NCBI Logo
GEO Logo
   NCBI > GEO > Accession DisplayHelp Not logged in | LoginHelp
GEO help: Mouse over screen elements for information.
          Go
Platform GPL6247 Query DataSets for GPL6247
Status Public on Dec 05, 2007
Title [RaGene-1_0-st] Affymetrix Rat Gene 1.0 ST Array [transcript (gene) version]
Technology type in situ oligonucleotide
Distribution commercial
Organism Rattus norvegicus
Manufacturer Affymetrix
Manufacture protocol See manufacturer's web site
 
Description Affymetrix submissions are typically submitted to GEO using the GEOarchive method described at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/geo/info/geo_affy.html

#%create_date=Wed Mar 11 16:20:04 2009 PDT
#%chip_type=RaGene-1_0-st-v1
#%lib_set_name=RaGene-1_0-st
#%lib_set_version=v1
#%genome-species=Rattus norvegicus
#%genome-version=rn4
#%genome-version-ucsc=rn4
#%genome-version-ncbi=HGSC v3.4
#%genome-version-create_date=2004-11
#%netaffx-annotation-date=2009-03-16
#%netaffx-annotation-netaffx-build=28
 
Web link http://www.affymetrix.com/support/technical/byproduct.affx?product=ragene-1_0-st-v1
http://www.affymetrix.com/support/technical/libraryfilesmain.affx
Submission date Dec 05, 2007
Last update date Jan 02, 2023
Organization Affymetrix, Inc.
E-mail(s) geo@ncbi.nlm.nih.gov, support@affymetrix.com
Phone 888-362-2447
URL http://www.affymetrix.com/index.affx
Street address
City Santa Clara
State/province CA
ZIP/Postal code 95051
Country USA
 
Samples (3283) GSM344073, GSM344331, GSM344335, GSM344336, GSM344337, GSM344338 
Series (197)
GSE13681 Genome wide analysis of gene expression of rat ES cells, rat embryonic fibroblast cells and mouse ES cells
GSE15878 Effects of Methylprednisolone (MP) to Spinal Cord Injury
GSE18860 Regulation of neuronal gene and miRNA expression by the complement protein C1q associated with neuroprotection
Relations
Alternative to GPL17378 (Alternative CDF [RaGene10stv1_Rn_ENTREZG])
Alternative to GPL17896 (Alternative CDF [RaGene10stv1_Rn_ENTREZG_V14])
Alternative to GPL32992 (Alternative CDF [RaGene10stv1_Rn_ENTREZG_V20])

Data table header descriptions
ID transcript_cluster_id
GB_LIST GenBank and RefSeq Accessions from mrna_assignment column
SPOT_ID genomic location of the transcript cluster in the version of the genome assembly used at annotation time. Coordinates are standard 1-based (length=stop-start+1).
seqname chromosome number
RANGE_GB NCBI RefSeq for chromosome of current build
RANGE_STRAND strand (+|-)
RANGE_START start (integer). Coordinates are standard 1-based (length=stop-start+1).
RANGE_STOP stop (integer). Coordinates are standard 1-based (length=stop-start+1).
total_probes Total number of probes contained by this transcript cluster.
gene_assignment Gene information for each assigned mRNA for mRNAs that corresponds to known genes (multipart).
mrna_assignment Description of the public mRNAs that should be detected by the sets within this transcript cluster based on sequence alignment (multipart).
category Array design category of the transcript cluster

Data table
ID GB_LIST SPOT_ID seqname RANGE_GB RANGE_STRAND RANGE_START RANGE_STOP total_probes gene_assignment mrna_assignment category
10701620 NM_001099458, NM_001099485, NM_001099462, NM_001099459 chr1:5473-17577 chr1 NC_005100.2 + 5473 17577 53 NM_001099458 // Vom2r4 // vomeronasal 2 receptor, 4 // 1p13 // 308248 /// NM_001099458 // Vom2r4 // vomeronasal 2 receptor, 4 // 1p13 // 308248 /// NM_001099458 // Vom2r4 // vomeronasal 2 receptor, 4 // 1p13 // 308248 /// ENSRNOT00000041386 // Vom2r4 // vomeronasal 2 receptor, 4 // 1p13 // 308248 /// ENSRNOT00000044016 // Vom2r6 // vomeronasal 2 receptor, 6 // 1p13 // 308257 /// ENSRNOT00000046204 // Vom2r2 // vomeronasal 2 receptor, 2 // 1p13 // 292438 NM_001099458 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 4 (Vom2r4), mRNA. // chr1 // 49 // 74 // 19 // 39 // 0 /// ENSRNOT00000041386 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 4 gene:ENSRNOG00000030558 // chr1 // 64 // 53 // 18 // 28 // 0 /// ENSRNOT00000044016 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 6 gene:ENSRNOG00000031001 // chr1 // 43 // 53 // 12 // 28 // 0 /// ENSRNOT00000046204 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 2 gene:ENSRNOG00000023718 // chr1 // 100 // 8 // 4 // 4 // 0 /// ENSRNOT00000044270 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:5473:16844:1 gene:ENSRNOG00000021490 // chr1 // 100 // 96 // 51 // 51 // 0 /// ENSRNOT00000049921 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:5526:16968:1 gene:ENSRNOG00000021490 // chr1 // 100 // 96 // 51 // 51 // 0 /// ENSRNOT00000044505 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:8268:16850:1 gene:ENSRNOG00000021490 // chr1 // 100 // 91 // 48 // 48 // 0 /// ENSRNOT00000050719 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:951015:972300:-1 gene:ENSRNOG00000029249 // chr1 // 64 // 53 // 18 // 28 // 0 /// ENSRNOT00000043301 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:951015:972441:-1 gene:ENSRNOG00000029249 // chr1 // 64 // 53 // 18 // 28 // 0 /// NM_001099485 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 67 (Vom2r67), mRNA. // chr1 // 23 // 25 // 3 // 13 // 1 /// NM_001099462 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 5 (Vom2r5), mRNA. // chr1 // 33 // 74 // 13 // 39 // 1 /// NM_001099459 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 6 (Vom2r6), mRNA. // chr1 // 33 // 74 // 13 // 39 // 1 main
10701630 chr1:114953-115930 chr1 NC_005100.2 + 114953 115930 12 --- ENSRNOT00000043839 // ENSEMBL // cdna:novel chromosome:RGSC3.4:1:114953:115930:1 gene:ENSRNOG00000029999 // chr1 // 100 // 100 // 12 // 12 // 0 /// GENSCAN00000025155 // ENSEMBL // cdna:Genscan chromosome:RGSC3.4:1:5588:115834:1 // chr1 // 100 // 100 // 12 // 12 // 0 main
10701632 chr1:311443-320731 chr1 NC_005100.2 + 311443 320731 10 --- ENSRNOT00000043877 // ENSEMBL // cdna:novel chromosome:RGSC3.4:1:311443:320141:1 gene:ENSRNOG00000005949 // chr1 // 100 // 100 // 10 // 10 // 0 /// ENSRNOT00000044669 // ENSEMBL // cdna:novel chromosome:RGSC3.4:1:311443:320222:1 gene:ENSRNOG00000005949 // chr1 // 100 // 100 // 10 // 10 // 0 main
10701636 chr1:673834-767173 chr1 NC_005100.2 + 673834 767173 11 ENSRNOT00000046204 // Vom2r2 // vomeronasal 2 receptor, 2 // 1p13 // 292438 ENSRNOT00000046204 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 2 gene:ENSRNOG00000023718 // chr1 // 100 // 82 // 9 // 9 // 0 main
10701643 chr1:1015946-1022510 chr1 NC_005100.2 + 1015946 1022510 10 ENSRNOT00000044213 // Vom2r3 // vomeronasal 2 receptor, 3 // 1p13 // 502213 ENSRNOT00000044213 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 3 gene:ENSRNOG00000040335 // chr1 // 100 // 80 // 10 // 8 // 0 main
10701648 NM_001099462 chr1:1234983-1244166 chr1 NC_005100.2 + 1234983 1244166 16 NM_001099462 // Vom2r5 // vomeronasal 2 receptor, 5 // 1p13 // 679691 NM_001099462 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 5 (Vom2r5), mRNA. // chr1 // 100 // 100 // 16 // 16 // 0 main
10701654 NM_001099459 chr1:1287065-1295777 chr1 NC_005100.2 + 1287065 1295777 25 NM_001099459 // Vom2r6 // vomeronasal 2 receptor, 6 // 1p13 // 308257 /// ENSRNOT00000044016 // Vom2r6 // vomeronasal 2 receptor, 6 // 1p13 // 308257 NM_001099459 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 6 (Vom2r6), mRNA. // chr1 // 100 // 100 // 25 // 25 // 0 /// ENSRNOT00000044016 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 6 gene:ENSRNOG00000031001 // chr1 // 100 // 100 // 25 // 25 // 0 main
10701663 chr1:1306646-1307637 chr1 NC_005100.2 + 1306646 1307637 9 ENSRNOT00000044523 // LOC292449 // similar to hypothetical protein // 1p13 // 292449 ENSRNOT00000044523 // ENSEMBL // similar to Probable cation-transporting ATPase 13A3 gene:ENSRNOG00000029897 // chr1 // 100 // 44 // 4 // 4 // 0 main
10701666 chr1:1418266-1418387 chr1 NC_005100.2 + 1418266 1418387 16 --- ENSRNOT00000052842 // ENSEMBL // ncrna:snoRNA chromosome:RGSC3.4:1:1418266:1418387:1 gene:ENSRNOG00000034719 // chr1 // 100 // 100 // 16 // 16 // 0 main
10701668 NM_001099461, NM_001099654 chr1:1498164-1500699 chr1 NC_005100.2 + 1498164 1500699 25 NM_001099461 // Vom2r1 // vomeronasal 2 receptor, 1 // 1p13 // 678740 /// NM_001099461 // Vom2r1 // vomeronasal 2 receptor, 1 // 1p13 // 678740 /// ENSRNOT00000041455 // Vom2r1 // vomeronasal 2 receptor, 1 // 1p13 // 678740 /// ENSRNOT00000046204 // Vom2r2 // vomeronasal 2 receptor, 2 // 1p13 // 292438 /// ENSRNOT00000044213 // Vom2r3 // vomeronasal 2 receptor, 3 // 1p13 // 502213 NM_001099461 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 1 (Vom2r1), mRNA. // chr1 // 100 // 64 // 16 // 16 // 0 /// ENSRNOT00000041455 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 1 gene:ENSRNOG00000032583 // chr1 // 100 // 64 // 16 // 16 // 0 /// ENSRNOT00000046204 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 2 gene:ENSRNOG00000023718 // chr1 // 81 // 64 // 13 // 16 // 0 /// ENSRNOT00000044213 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 3 gene:ENSRNOG00000040335 // chr1 // 50 // 64 // 8 // 16 // 0 /// ENSRNOT00000050133 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:347176:356821:-1 gene:ENSRNOG00000033371 // chr1 // 81 // 64 // 13 // 16 // 0 /// ENSRNOT00000047424 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:347992:356812:-1 gene:ENSRNOG00000033371 // chr1 // 81 // 64 // 13 // 16 // 0 /// NM_001099654 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 65 (Vom2r65), mRNA. // chr1 // 25 // 64 // 4 // 16 // 1 main
10701671 NM_001099462, NM_001099461, NM_001099654, NM_001099459, NM_001099458 chr1:1503580-1505189 chr1 NC_005100.2 + 1503580 1505189 33 NM_001099462 // Vom2r5 // vomeronasal 2 receptor, 5 // 1p13 // 679691 /// NM_001099461 // Vom2r1 // vomeronasal 2 receptor, 1 // 1p13 // 678740 /// NM_001099461 // Vom2r1 // vomeronasal 2 receptor, 1 // 1p13 // 678740 /// NM_001099461 // Vom2r1 // vomeronasal 2 receptor, 1 // 1p13 // 678740 /// NM_001099461 // Vom2r1 // vomeronasal 2 receptor, 1 // 1p13 // 678740 /// ENSRNOT00000044213 // Vom2r3 // vomeronasal 2 receptor, 3 // 1p13 // 502213 /// ENSRNOT00000041455 // Vom2r1 // vomeronasal 2 receptor, 1 // 1p13 // 678740 /// ENSRNOT00000046204 // Vom2r2 // vomeronasal 2 receptor, 2 // 1p13 // 292438 /// ENSRNOT00000046204 // Vom2r2 // vomeronasal 2 receptor, 2 // 1p13 // 292438 /// ENSRNOT00000046204 // Vom2r2 // vomeronasal 2 receptor, 2 // 1p13 // 292438 /// ENSRNOT00000046204 // Vom2r2 // vomeronasal 2 receptor, 2 // 1p13 // 292438 /// ENSRNOT00000046204 // Vom2r2 // vomeronasal 2 receptor, 2 // 1p13 // 292438 /// ENSRNOT00000046204 // Vom2r2 // vomeronasal 2 receptor, 2 // 1p13 // 292438 /// ENSRNOT00000046204 // Vom2r2 // vomeronasal 2 receptor, 2 // 1p13 // 292438 /// ENSRNOT00000046204 // Vom2r2 // vomeronasal 2 receptor, 2 // 1p13 // 292438 NM_001099462 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 5 (Vom2r5), mRNA. // chr1 // 58 // 79 // 15 // 26 // 0 /// NM_001099461 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 1 (Vom2r1), mRNA. // chr1 // 46 // 79 // 12 // 26 // 0 /// ENSRNOT00000044213 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 3 gene:ENSRNOG00000040335 // chr1 // 69 // 79 // 18 // 26 // 0 /// ENSRNOT00000041455 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 1 gene:ENSRNOG00000032583 // chr1 // 46 // 79 // 12 // 26 // 0 /// ENSRNOT00000046204 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 2 gene:ENSRNOG00000023718 // chr1 // 46 // 79 // 12 // 26 // 0 /// ENSRNOT00000050719 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:951015:972300:-1 gene:ENSRNOG00000029249 // chr1 // 100 // 15 // 5 // 5 // 0 /// ENSRNOT00000043301 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:951015:972441:-1 gene:ENSRNOG00000029249 // chr1 // 100 // 15 // 5 // 5 // 0 /// NM_001099654 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 65 (Vom2r65), mRNA. // chr1 // 38 // 79 // 10 // 26 // 1 /// NM_001099459 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 6 (Vom2r6), mRNA. // chr1 // 31 // 79 // 8 // 26 // 1 /// NM_001099458 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 4 (Vom2r4), mRNA. // chr1 // 19 // 79 // 5 // 26 // 1 /// ENSRNOT00000044016 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 6 gene:ENSRNOG00000031001 // chr1 // 31 // 79 // 8 // 26 // 1 /// ENSRNOT00000041386 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 4 gene:ENSRNOG00000030558 // chr1 // 19 // 79 // 5 // 26 // 1 /// ENSRNOT00000044270 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:5473:16844:1 gene:ENSRNOG00000021490 // chr1 // 30 // 70 // 7 // 23 // 1 /// ENSRNOT00000049921 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:5526:16968:1 gene:ENSRNOG00000021490 // chr1 // 30 // 70 // 7 // 23 // 1 /// ENSRNOT00000044505 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:8268:16850:1 gene:ENSRNOG00000021490 // chr1 // 30 // 70 // 7 // 23 // 1 /// ENSRNOT00000047424 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:347992:356812:-1 gene:ENSRNOG00000033371 // chr1 // 29 // 64 // 6 // 21 // 1 /// ENSRNOT00000050133 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:347176:356821:-1 gene:ENSRNOG00000033371 // chr1 // 23 // 79 // 6 // 26 // 1 main
10701674 NM_001099462, NM_001099459, NM_001099458, NM_001099654 chr1:1636457-1642396 chr1 NC_005100.2 + 1636457 1642396 53 NM_001099462 // Vom2r5 // vomeronasal 2 receptor, 5 // 1p13 // 679691 /// NM_001099462 // Vom2r5 // vomeronasal 2 receptor, 5 // 1p13 // 679691 /// NM_001099462 // Vom2r5 // vomeronasal 2 receptor, 5 // 1p13 // 679691 /// NM_001099462 // Vom2r5 // vomeronasal 2 receptor, 5 // 1p13 // 679691 /// ENSRNOT00000044213 // Vom2r3 // vomeronasal 2 receptor, 3 // 1p13 // 502213 /// ENSRNOT00000046204 // Vom2r2 // vomeronasal 2 receptor, 2 // 1p13 // 292438 /// ENSRNOT00000046204 // Vom2r2 // vomeronasal 2 receptor, 2 // 1p13 // 292438 /// ENSRNOT00000046204 // Vom2r2 // vomeronasal 2 receptor, 2 // 1p13 // 292438 /// ENSRNOT00000046204 // Vom2r2 // vomeronasal 2 receptor, 2 // 1p13 // 292438 /// ENSRNOT00000046204 // Vom2r2 // vomeronasal 2 receptor, 2 // 1p13 // 292438 /// ENSRNOT00000046204 // Vom2r2 // vomeronasal 2 receptor, 2 // 1p13 // 292438 /// ENSRNOT00000046204 // Vom2r2 // vomeronasal 2 receptor, 2 // 1p13 // 292438 /// ENSRNOT00000046204 // Vom2r2 // vomeronasal 2 receptor, 2 // 1p13 // 292438 /// ENSRNOT00000046204 // Vom2r2 // vomeronasal 2 receptor, 2 // 1p13 // 292438 NM_001099462 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 5 (Vom2r5), mRNA. // chr1 // 58 // 49 // 15 // 26 // 0 /// ENSRNOT00000044213 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 3 gene:ENSRNOG00000040335 // chr1 // 69 // 49 // 18 // 26 // 0 /// ENSRNOT00000046204 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 2 gene:ENSRNOG00000023718 // chr1 // 46 // 49 // 12 // 26 // 0 /// NM_001099459 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 6 (Vom2r6), mRNA. // chr1 // 34 // 66 // 12 // 35 // 1 /// NM_001099458 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 4 (Vom2r4), mRNA. // chr1 // 22 // 87 // 10 // 46 // 1 /// NM_001099654 // RefSeq // Rattus norvegicus vomeronasal 2 receptor, 65 (Vom2r65), mRNA. // chr1 // 38 // 49 // 10 // 26 // 1 /// ENSRNOT00000044016 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 6 gene:ENSRNOG00000031001 // chr1 // 34 // 66 // 12 // 35 // 1 /// ENSRNOT00000041386 // ENSEMBL // vomeronasal 2 receptor 4 gene:ENSRNOG00000030558 // chr1 // 22 // 87 // 10 // 46 // 1 /// ENSRNOT00000050719 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:951015:972300:-1 gene:ENSRNOG00000029249 // chr1 // 26 // 79 // 11 // 42 // 1 /// ENSRNOT00000043301 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:951015:972441:-1 gene:ENSRNOG00000029249 // chr1 // 26 // 79 // 11 // 42 // 1 /// ENSRNOT00000044270 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:5473:16844:1 gene:ENSRNOG00000021490 // chr1 // 21 // 81 // 9 // 43 // 1 /// ENSRNOT00000049921 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:5526:16968:1 gene:ENSRNOG00000021490 // chr1 // 21 // 81 // 9 // 43 // 1 /// ENSRNOT00000044505 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:8268:16850:1 gene:ENSRNOG00000021490 // chr1 // 21 // 81 // 9 // 43 // 1 /// ENSRNOT00000047424 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:RGSC3.4:1:347992:356812:-1 gene:ENSRNOG00000033371 // chr1 // 29 // 40 // 6 // 21 // 1 main
10701679 DQ083543 chr1:1693915-1760654 chr1 NC_005100.2 + 1693915 1760654 38 ENSRNOT00000062042 // RGD1563859 // similar to Retinoic acid early inducible protein 1 gamma precursor (RAE-1gamma) // 1p13 // 292455 /// ENSRNOT00000048138 // Raet1e // retinoic acid early transcript 1E // 1p13 // 292450 /// DQ083543 // Raet1e // retinoic acid early transcript 1E // 1p13 // 292450 ENSRNOT00000062042 // ENSEMBL // similar to retinoic acid early transcript 1L gene:ENSRNOG00000023656 // chr1 // 100 // 100 // 38 // 38 // 0 /// ENSRNOT00000048138 // ENSEMBL // similar to retinoic acid early transcript 1L gene:ENSRNOG00000033113 // chr1 // 79 // 100 // 30 // 38 // 0 /// DQ083543 // GenBank // Rattus norvegicus Rae-like protein mRNA, partial cds. // chr1 // 100 // 13 // 5 // 5 // 0 main
10701684 chr1:1694318-1696500 chr1 NC_005100.2 + 1694318 1696500 31 ENSRNOT00000042737 // LOC679825 // similar to retinoic acid early transcript 1L // 1p13 // 679825 ENSRNOT00000042737 // ENSEMBL // similar to Retinoic acid early inducible protein 1 delta precursor gene:ENSRNOG00000032770 // chr1 // 64 // 81 // 16 // 25 // 0 main
10701689 chr1:1962595-1962716 chr1 NC_005100.2 + 1962595 1962716 39 --- ENSRNOT00000053783 // ENSEMBL // ncrna:snoRNA chromosome:RGSC3.4:1:1962595:1962716:1 gene:ENSRNOG00000035660 // chr1 // 100 // 100 // 39 // 39 // 0 /// ENSRNOT00000054134 // ENSEMBL // ncrna:snoRNA chromosome:RGSC3.4:1:214779511:214779632:1 gene:ENSRNOG00000036011 // chr1 // 67 // 100 // 26 // 39 // 0 /// ENSRNOT00000052706 // ENSEMBL // ncrna:snoRNA chromosome:RGSC3.4:8:12116592:12116713:1 gene:ENSRNOG00000034583 // chr1 // 67 // 100 // 26 // 39 // 0 /// ENSRNOT00000052842 // ENSEMBL // ncrna:snoRNA chromosome:RGSC3.4:1:1418266:1418387:1 gene:ENSRNOG00000034719 // chr1 // 56 // 100 // 22 // 39 // 0 /// ENSRNOT00000053906 // ENSEMBL // ncrna:snoRNA chromosome:RGSC3.4:8:88763471:88763592:-1 gene:ENSRNOG00000035783 // chr1 // 46 // 100 // 18 // 39 // 0 /// ENSRNOT00000054101 // ENSEMBL // ncrna:snoRNA chromosome:RGSC3.4:1:1324482:1324599:-1 gene:ENSRNOG00000035978 // chr1 // 50 // 82 // 16 // 32 // 0 main
10701691 chr1:2005520-2089510 chr1 NC_005100.2 + 2005520 2089510 11 --- ENSRNOT00000062037 // ENSEMBL // cdna:novel chromosome:RGSC3.4:1:2005520:2089510:1 gene:ENSRNOG00000023667 // chr1 // 100 // 91 // 10 // 10 // 0 /// ENSRNOT00000062036 // ENSEMBL // cdna:novel chromosome:RGSC3.4:1:2005595:2007359:1 gene:ENSRNOG00000023667 // chr1 // 100 // 91 // 10 // 10 // 0 /// ENSRNOT00000062035 // ENSEMBL // cdna:novel chromosome:RGSC3.4:1:2005607:2007541:1 gene:ENSRNOG00000023667 // chr1 // 100 // 91 // 10 // 10 // 0 /// ENSRNOT00000029038 // ENSEMBL // cdna:novel chromosome:RGSC3.4:1:2005661:2008863:1 gene:ENSRNOG00000023667 // chr1 // 100 // 64 // 7 // 7 // 0 /// GENSCAN00000010105 // ENSEMBL // cdna:Genscan chromosome:RGSC3.4:1:2005602:2030076:1 // chr1 // 100 // 91 // 10 // 10 // 0 main
10701697 chr1:2190201-2192462 chr1 NC_005100.2 + 2190201 2192462 9 --- ENSRNOT00000028945 // ENSEMBL // cdna:novel chromosome:RGSC3.4:1:2190201:2192462:1 gene:ENSRNOG00000023653 // chr1 // 100 // 100 // 9 // 9 // 0 /// GENSCAN00000010124 // ENSEMBL // cdna:Genscan chromosome:RGSC3.4:1:2191258:2192462:1 // chr1 // 100 // 33 // 3 // 3 // 0 main
10701699 NM_001106217 chr1:2255393-2284326 chr1 NC_005100.2 + 2255393 2284326 26 NM_001106217 // Lrp11 // low density lipoprotein receptor-related protein 11 // 1p13 // 292462 /// ENSRNOT00000062020 // Lrp11 // low density lipoprotein receptor-related protein 11 // 1p13 // 292462 /// ENSRNOT00000019181 // Lrp11 // low density lipoprotein receptor-related protein 11 // 1p13 // 292462 NM_001106217 // RefSeq // Rattus norvegicus low density lipoprotein receptor-related protein 11 (Lrp11), mRNA. // chr1 // 100 // 85 // 22 // 22 // 0 /// ENSRNOT00000062020 // ENSEMBL // 50 kDa protein gene:ENSRNOG00000014303 // chr1 // 100 // 96 // 25 // 25 // 0 /// ENSRNOT00000019181 // ENSEMBL // low density lipoprotein receptor-related protein 11 gene:ENSRNOG00000014303 // chr1 // 100 // 77 // 20 // 20 // 0 main
10701709 chr1:2375247-2382793 chr1 NC_005100.2 + 2375247 2382793 28 ENSRNOT00000020098 // RGD1564085 // similar to LATS homolog 1 // 1p13 // 308265 ENSRNOT00000020098 // ENSEMBL // hypothetical protein LOC308265 gene:ENSRNOG00000014916 // chr1 // 100 // 100 // 28 // 28 // 0 main
10701714 chr1:2393294-2394240 chr1 NC_005100.2 + 2393294 2394240 25 --- ENSRNOT00000033768 // ENSEMBL // cdna:novel chromosome:RGSC3.4:1:2393294:2394240:1 gene:ENSRNOG00000028381 // chr1 // 100 // 96 // 24 // 24 // 0 /// GENSCAN00000010122 // ENSEMBL // cdna:Genscan chromosome:RGSC3.4:1:2375286:2436411:1 // chr1 // 100 // 24 // 6 // 6 // 0 main

Total number of rows: 29215

Table truncated, full table size 16697 Kbytes.






Download family Format
SOFT formatted family file(s) SOFTHelp
MINiML formatted family file(s) MINiMLHelp

Supplementary data files not provided
| NLM | NIH | GEO Help | Disclaimer | Accessibility |
NCBI Home NCBI Search NCBI SiteMap