NCBI Logo
GEO Logo
   NCBI > GEO > Accession DisplayHelp Not logged in | LoginHelp
GEO help: Mouse over screen elements for information.
          Go
Platform GPL17400 Query DataSets for GPL17400
Status Public on Jul 02, 2013
Title [MoGene-2_1-st] Affymetrix Mouse Gene 2.1 ST Array [transcript (gene) version]
Technology type in situ oligonucleotide
Distribution commercial
Organism Mus musculus
Manufacturer Affymetrix
Manufacture protocol see manufacturer's web site
 
Description Affymetrix submissions are typically submitted to GEO using the GEOarchive method described at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/geo/info/geo_affy.html

MoGene-2_1-st-v1.na33.2.mm10.transcript.csv
#%create_date=Thu Mar 28 17:33:46 2013 PDT
#%chip_type=MoGene-2_1-st-v1
#%lib_set_name=MoGene-2_1-st
#%lib_set_version=v1
#%genome-species=Mus musculus
#%genome-version=mm10
#%genome-version-ucsc=mm10
#%genome-version-ncbi=38
#%genome-version-create_date=2011-12-00
#%genome-lifted-method=liftOver
#%genome-lifted_from-species=Mus musculus
#%genome-lifted_from-version-ucsc=mm10
#%genome-lifted_from-version-ncbi=38
#%netaffx-annotation-date=2012-09-30
#%netaffx-annotation-netaffx-build=33
 
Web link http://www.affymetrix.com/browse/products.jsp?navMode=34000&productId=131555&navAction=jump&aId=productsNav#1_1
http://www.affymetrix.com/analysis/index.affx
Submission date Jul 02, 2013
Last update date Apr 30, 2020
Organization Affymetrix, Inc.
E-mail(s) geo@ncbi.nlm.nih.gov, support@affymetrix.com
Phone 888-362-2447
URL http://www.affymetrix.com/index.affx
Street address
City Santa Clara
State/province CA
ZIP/Postal code 95051
Country USA
 
Samples (3551) GSM1179395, GSM1179396, GSM1179397, GSM1179398, GSM1179399, GSM1179400 
Series (214)
GSE43899 Co-ordinate inhibiton of autism candidate genes by topoisomerase inhibitors [array]
GSE43900 Co-ordinate inhibition of autism candidate genes by topoisomerase inhibitors
GSE50383 AR function is altered by polyglutamine expansion and by SUMO
Relations
Alternative to GPL21798 (Alternative CDF)
Alternative to GPL22070 (transcript level na35ens81)
Alternative to GPL23232 (Alternative CDF [moGene21st_Mm_ENSG_19.0.0])
Alternative to GPL23972 (Alternative CDF [mogene21st_Mm_ENTREZG_21.0.0])
Alternative to GPL24115 (Alternative CDF [mogene21st_Mm_ENTREZG_22.0.0])
Alternative to GPL24707 (Alternative CDF [mogene21st_Mm_ENTREZG_19.0.0])

Data table header descriptions
ID transcript_cluster_id
probeset_id
seqname chromosome number
strand strand (+|-)
start start (integer). Coordinates are standard 1-based (length=stop-start+1).
stop stop (integer). Coordinates are standard 1-based (length=stop-start+1).
total_probes Total number of probes contained by this transcript cluster.
gene_assignment Gene information for each assigned mRNA for mRNAs that corresponds to known genes (multipart).
mrna_assignment Description of the public mRNAs that should be detected by the sets within this transcript cluster based on sequence alignment (multipart).
category Array design category of the transcript cluster
SPOT_ID genomic location of the transcript cluster in the version of the genome assembly used at annotation time. Coordinates are standard 1-based (length=stop-start+1).

Data table
ID probeset_id seqname strand start stop total_probes gene_assignment mrna_assignment category SPOT_ID
17210850 17210850 chr1 + 3102016 3102125 8 --- ENSMUST00000082908 // ENSEMBL // ncrna:snRNA chromosome:NCBIM37:1:3092097:3092206:1 gene:ENSMUSG00000064842 gene_biotype:snRNA transcript_biotype:snRNA // chr1 // 100 // 100 // 8 // 8 // 0 main chr1(+):3102016-3102125
17210852 17210852 chr1 + 3466587 3513553 23 --- ENSMUST00000161581 // ENSEMBL // cdna:putative chromosome:NCBIM37:1:3456668:3503634:1 gene:ENSMUSG00000089699 gene_biotype:antisense transcript_biotype:antisense // chr1 // 100 // 100 // 23 // 23 // 0 main chr1(+):3466587-3513553
17210855 17210855 chr1 + 4807823 4846739 20 NM_008866 // Lypla1 // lysophospholipase 1 // 1 A1|1 // 18777 /// ENSMUST00000027036 // Lypla1 // lysophospholipase 1 // 1 A1|1 // 18777 /// BC013536 // Lypla1 // lysophospholipase 1 // 1 A1|1 // 18777 /// BC052848 // Lypla1 // lysophospholipase 1 // 1 A1|1 // 18777 /// U89352 // Lypla1 // lysophospholipase 1 // 1 A1|1 // 18777 /// CT010201 // Lypla1 // lysophospholipase 1 // 1 A1|1 // 18777 /// ENSMUST00000134384 // Lypla1 // lysophospholipase 1 // 1 A1|1 // 18777 /// ENSMUST00000150971 // Lypla1 // lysophospholipase 1 // 1 A1|1 // 18777 /// ENSMUST00000134384 // Lypla1 // lysophospholipase 1 // 1 A1|1 // 18777 /// ENSMUST00000155020 // Lypla1 // lysophospholipase 1 // 1 A1|1 // 18777 /// ENSMUST00000141278 // Lypla1 // lysophospholipase 1 // 1 A1|1 // 18777 /// AK050549 // Lypla1 // lysophospholipase 1 // 1 A1|1 // 18777 /// AK167231 // Lypla1 // lysophospholipase 1 // 1 A1|1 // 18777 /// ENSMUST00000115529 // Lypla1 // lysophospholipase 1 // 1 A1|1 // 18777 /// ENSMUST00000137887 // Lypla1 // lysophospholipase 1 // 1 A1|1 // 18777 /// AK034851 // Lypla1 // lysophospholipase 1 // 1 A1|1 // 18777 /// ENSMUST00000131119 // Lypla1 // lysophospholipase 1 // 1 A1|1 // 18777 /// ENSMUST00000119612 // Lypla1 // lysophospholipase 1 // 1 A1|1 // 18777 NM_008866 // RefSeq // Mus musculus lysophospholipase 1 (Lypla1), mRNA. // chr1 // 100 // 85 // 17 // 17 // 0 /// ENSMUST00000027036 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:4797904:4836820:1 gene:ENSMUSG00000025903 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 85 // 17 // 17 // 0 /// BC013536 // GenBank // Mus musculus lysophospholipase 1, mRNA (cDNA clone MGC:19218 IMAGE:4240573), complete cds. // chr1 // 100 // 85 // 17 // 17 // 0 /// BC052848 // GenBank // Mus musculus lysophospholipase 1, mRNA (cDNA clone MGC:60679 IMAGE:30055025), complete cds. // chr1 // 94 // 85 // 16 // 17 // 0 /// U89352 // GenBank // Mus musculus lysophospholipase I mRNA, complete cds. // chr1 // 100 // 75 // 15 // 15 // 0 /// CT010201 // GenBank // Mus musculus full open reading frame cDNA clone RZPDo836F0950D for gene Lypla1, Lysophospholipase 1; complete cds, incl. stopcodon. // chr1 // 100 // 70 // 14 // 14 // 0 /// ENSMUST00000134384 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:4797869:4838491:1 gene:ENSMUSG00000025903 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:nonsense_mediated_decay // chr1 // 100 // 100 // 36 // 36 // 0 /// ENSMUST00000150971 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:4797999:4831367:1 gene:ENSMUSG00000025903 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:retained_intron // chr1 // 100 // 70 // 14 // 14 // 0 /// ENSMUST00000134384 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:4797869:4838491:1 gene:ENSMUSG00000025903 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:nonsense_mediated_decay // chr1 // 100 // 60 // 12 // 12 // 0 /// ENSMUST00000155020 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:4797973:4876851:1 gene:ENSMUSG00000025903 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:nonsense_mediated_decay // chr1 // 100 // 60 // 12 // 12 // 0 /// ENSMUST00000141278 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:4826986:4832908:1 gene:ENSMUSG00000025903 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:retained_intron // chr1 // 100 // 25 // 5 // 5 // 0 /// AK050549 // GenBank HTC // Mus musculus adult pancreas islet cells cDNA, RIKEN full-length enriched library, clone:C820014D19 product:lysophospholipase 1, full insert sequence. // chr1 // 100 // 70 // 14 // 14 // 0 /// AK167231 // GenBank HTC // Mus musculus blastocyst blastocyst cDNA, RIKEN full-length enriched library, clone:I1C0043L13 product:lysophospholipase 1, full insert sequence. // chr1 // 100 // 70 // 14 // 14 // 0 /// ENSMUST00000115529 // ENSEMBL // cdna:novel chromosome:NCBIM37:1:4797992:4835433:1 gene:ENSMUSG00000025903 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 65 // 13 // 13 // 0 /// ENSMUST00000137887 // ENSEMBL // cdna:novel chromosome:NCBIM37:1:4797979:4831050:1 gene:ENSMUSG00000025903 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 55 // 11 // 11 // 0 /// AK034851 // GenBank HTC // Mus musculus 12 days embryo embryonic body between diaphragm region and neck cDNA, RIKEN full-length enriched library, clone:9430047N20 product:lysophospholipase 1, full insert sequence. // chr1 // 100 // 25 // 5 // 5 // 0 /// ENSMUST00000131119 // ENSEMBL // cdna:putative chromosome:NCBIM37:1:4798318:4831174:1 gene:ENSMUSG00000025903 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 75 // 15 // 15 // 0 /// ENSMUST00000119612 // ENSEMBL // cdna:putative chromosome:NCBIM37:1:4797977:4835255:1 gene:ENSMUSG00000025903 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:processed_transcript // chr1 // 100 // 50 // 10 // 10 // 0 /// GENSCAN00000010943 // ENSEMBL // cdna:genscan chromosome:NCBIM37:1:4803477:4844373:1 transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 25 // 5 // 5 // 0 main chr1(+):4807823-4846739
17210869 17210869 chr1 + 4857694 4897909 21 NM_001159751 // Tcea1 // transcription elongation factor A (SII) 1 // 1 A1|1 // 21399 /// ENSMUST00000165720 // Tcea1 // transcription elongation factor A (SII) 1 // 1 A1|1 // 21399 /// NM_011541 // Tcea1 // transcription elongation factor A (SII) 1 // 1 A1|1 // 21399 /// NM_001159750 // Tcea1 // transcription elongation factor A (SII) 1 // 1 A1|1 // 21399 /// ENSMUST00000081551 // Tcea1 // transcription elongation factor A (SII) 1 // 1 A1|1 // 21399 /// M18210 // Tcea1 // transcription elongation factor A (SII) 1 // 1 A1|1 // 21399 NM_001159751 // RefSeq // Mus musculus transcription elongation factor A (SII) 1 (Tcea1), transcript variant 1, mRNA. // chr1 // 100 // 81 // 17 // 17 // 0 /// ENSMUST00000165720 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:4848409:4887987:1 gene:ENSMUSG00000033813 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 81 // 17 // 17 // 0 /// NM_011541 // RefSeq // Mus musculus transcription elongation factor A (SII) 1 (Tcea1), transcript variant 2, mRNA. // chr1 // 100 // 76 // 16 // 16 // 0 /// NM_001159750 // RefSeq // Mus musculus transcription elongation factor A (SII) 1 (Tcea1), transcript variant 3, mRNA. // chr1 // 100 // 76 // 16 // 16 // 0 /// ENSMUST00000081551 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:4847775:4887987:1 gene:ENSMUSG00000033813 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 76 // 16 // 16 // 0 /// M18210 // GenBank // Mouse transcription factor S-II, clone PSII-3. // chr1 // 100 // 67 // 14 // 14 // 0 main chr1(+):4857694-4897909
17210883 17210883 chr1 + 4970857 4976820 23 --- ENSMUST00000144339 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:4960938:4966901:1 gene:ENSMUSG00000085623 gene_biotype:antisense transcript_biotype:antisense // chr1 // 100 // 100 // 23 // 23 // 0 main chr1(+):4970857-4976820
17210887 17210887 chr1 + 5083173 5162549 25 NM_133826 // Atp6v1h // ATPase, H+ transporting, lysosomal V1 subunit H // 1 A1|1 // 108664 /// ENSMUST00000044369 // Atp6v1h // ATPase, H+ transporting, lysosomal V1 subunit H // 1 A1|1 // 108664 /// BC009154 // Atp6v1h // ATPase, H+ transporting, lysosomal V1 subunit H // 1 A1|1 // 108664 NM_133826 // RefSeq // Mus musculus ATPase, H+ transporting, lysosomal V1 subunit H (Atp6v1h), mRNA. // chr1 // 100 // 100 // 25 // 25 // 0 /// ENSMUST00000044369 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:5073254:5152630:1 gene:ENSMUSG00000033793 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 100 // 25 // 25 // 0 /// BC009154 // GenBank // Mus musculus ATPase, H+ transporting, lysosomal V1 subunit H, mRNA (cDNA clone MGC:11985 IMAGE:3601621), complete cds. // chr1 // 100 // 100 // 25 // 25 // 0 main chr1(+):5083173-5162549
17210904 17210904 chr1 + 5588493 5606133 22 NM_001204371 // Oprk1 // opioid receptor, kappa 1 // 1 A2-A3|1 5.5 cM // 18387 /// NM_011011 // Oprk1 // opioid receptor, kappa 1 // 1 A2-A3|1 5.5 cM // 18387 /// ENSMUST00000160777 // Oprk1 // opioid receptor, kappa 1 // 1 A2-A3|1 5.5 cM // 18387 /// ENSMUST00000160339 // Oprk1 // opioid receptor, kappa 1 // 1 A2-A3|1 5.5 cM // 18387 /// ENSMUST00000027038 // Oprk1 // opioid receptor, kappa 1 // 1 A2-A3|1 5.5 cM // 18387 /// L11065 // Oprk1 // opioid receptor, kappa 1 // 1 A2-A3|1 5.5 cM // 18387 /// ENSMUST00000159083 // Oprk1 // opioid receptor, kappa 1 // 1 A2-A3|1 5.5 cM // 18387 NM_001204371 // RefSeq // Mus musculus opioid receptor, kappa 1 (Oprk1), transcript variant 1, mRNA. // chr1 // 100 // 91 // 20 // 20 // 0 /// NM_011011 // RefSeq // Mus musculus opioid receptor, kappa 1 (Oprk1), transcript variant 2, mRNA. // chr1 // 100 // 77 // 17 // 17 // 0 /// ENSMUST00000160777 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:5578574:5596212:1 gene:ENSMUSG00000025905 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 77 // 17 // 17 // 0 /// ENSMUST00000160339 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:5579022:5594095:1 gene:ENSMUSG00000025905 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 77 // 17 // 17 // 0 /// ENSMUST00000027038 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:5578638:5592947:1 gene:ENSMUSG00000025905 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 64 // 14 // 14 // 0 /// L11065 // GenBank // Mouse kappa opioid receptor mRNA, complete cds. // chr1 // 100 // 59 // 13 // 13 // 0 /// ENSMUST00000159083 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:5586599:5593234:1 gene:ENSMUSG00000025905 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:retained_intron // chr1 // 100 // 32 // 7 // 7 // 0 main chr1(+):5588493-5606133
17210912 17210912 chr1 + 6206197 6276648 28 ENSMUST00000027040 // Rb1cc1 // RB1-inducible coiled-coil 1 // 1|1 A2 // 12421 /// NM_009826 // Rb1cc1 // RB1-inducible coiled-coil 1 // 1|1 A2 // 12421 /// AB070619 // Rb1cc1 // RB1-inducible coiled-coil 1 // 1|1 A2 // 12421 /// AB050017 // Rb1cc1 // RB1-inducible coiled-coil 1 // 1|1 A2 // 12421 /// BC150774 // Rb1cc1 // RB1-inducible coiled-coil 1 // 1|1 A2 // 12421 /// ENSMUST00000167867 // Rb1cc1 // RB1-inducible coiled-coil 1 // 1|1 A2 // 12421 /// ENSMUST00000159906 // Rb1cc1 // RB1-inducible coiled-coil 1 // 1|1 A2 // 12421 /// ENSMUST00000160871 // Rb1cc1 // RB1-inducible coiled-coil 1 // 1|1 A2 // 12421 /// ENSMUST00000159802 // Rb1cc1 // RB1-inducible coiled-coil 1 // 1|1 A2 // 12421 /// ENSMUST00000162257 // Rb1cc1 // RB1-inducible coiled-coil 1 // 1|1 A2 // 12421 /// ENSMUST00000162210 // Rb1cc1 // RB1-inducible coiled-coil 1 // 1|1 A2 // 12421 /// ENSMUST00000160062 // Rb1cc1 // RB1-inducible coiled-coil 1 // 1|1 A2 // 12421 /// ENSMUST00000159661 // Rb1cc1 // RB1-inducible coiled-coil 1 // 1|1 A2 // 12421 /// ENSMUST00000159656 // Rb1cc1 // RB1-inducible coiled-coil 1 // 1|1 A2 // 12421 /// ENSMUST00000161327 // Rb1cc1 // RB1-inducible coiled-coil 1 // 1|1 A2 // 12421 /// AK165119 // Rb1cc1 // RB1-inducible coiled-coil 1 // 1|1 A2 // 12421 /// AK020027 // Rb1cc1 // RB1-inducible coiled-coil 1 // 1|1 A2 // 12421 /// ENSMUST00000162795 // Rb1cc1 // RB1-inducible coiled-coil 1 // 1|1 A2 // 12421 /// ENSMUST00000159530 // Rb1cc1 // RB1-inducible coiled-coil 1 // 1|1 A2 // 12421 ENSMUST00000027040 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:6204726:6266729:1 gene:ENSMUSG00000025907 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 89 // 25 // 25 // 0 /// NM_009826 // RefSeq // Mus musculus RB1-inducible coiled-coil 1 (Rb1cc1), mRNA. // chr1 // 100 // 86 // 24 // 24 // 0 /// AB070619 // GenBank // Mus musculus Rb1cc1 mRNA for transcription factor, complete cds. // chr1 // 100 // 86 // 24 // 24 // 0 /// AB050017 // GenBank // Mus musculus CC1 mRNA for coiled-coil protein, complete cds. // chr1 // 100 // 86 // 24 // 24 // 0 /// BC150774 // GenBank // Mus musculus RB1-inducible coiled-coil 1, mRNA (cDNA clone MGC:183685 IMAGE:9087685), complete cds. // chr1 // 100 // 75 // 21 // 21 // 0 /// ENSMUST00000167867 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:6204743:6266179:1 gene:ENSMUSG00000025907 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 86 // 24 // 24 // 0 /// ENSMUST00000159906 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:6196278:6224392:1 gene:ENSMUSG00000025907 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 21 // 6 // 6 // 0 /// ENSMUST00000160871 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:6196308:6228465:1 gene:ENSMUSG00000025907 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 21 // 6 // 6 // 0 /// ENSMUST00000159802 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:6231051:6238439:1 gene:ENSMUSG00000025907 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:retained_intron // chr1 // 100 // 21 // 6 // 6 // 0 /// ENSMUST00000162257 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:6239169:6264571:1 gene:ENSMUSG00000025907 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:nonsense_mediated_decay // chr1 // 100 // 21 // 6 // 6 // 0 /// ENSMUST00000162210 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:6204744:6220785:1 gene:ENSMUSG00000025907 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:retained_intron // chr1 // 100 // 14 // 4 // 4 // 0 /// ENSMUST00000160062 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:6205089:6224091:1 gene:ENSMUSG00000025907 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 14 // 4 // 4 // 0 /// ENSMUST00000159661 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:6240176:6255891:1 gene:ENSMUSG00000025907 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:retained_intron // chr1 // 100 // 14 // 4 // 4 // 0 /// ENSMUST00000159656 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:6260759:6265656:1 gene:ENSMUSG00000025907 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:retained_intron // chr1 // 100 // 14 // 4 // 4 // 0 /// ENSMUST00000161327 // ENSEMBL // cdna:novel chromosome:NCBIM37:1:6224360:6265658:1 gene:ENSMUSG00000025907 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 64 // 18 // 18 // 0 /// AK165119 // GenBank HTC // Mus musculus 2 days pregnant adult female ovary cDNA, RIKEN full-length enriched library, clone:E330018H07 product:RB1-inducible coiled-coil 1, full insert sequence. // chr1 // 100 // 21 // 6 // 6 // 0 /// AK020027 // GenBank HTC // Mus musculus 13 days embryo forelimb cDNA, RIKEN full-length enriched library, clone:5930404L04 product:hypothetical protein, full insert sequence. // chr1 // 100 // 14 // 4 // 4 // 0 /// ENSMUST00000162795 // ENSEMBL // cdna:putative chromosome:NCBIM37:1:6218083:6239110:1 gene:ENSMUSG00000025907 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 46 // 13 // 13 // 0 /// ENSMUST00000159530 // ENSEMBL // cdna:putative chromosome:NCBIM37:1:6253014:6264570:1 gene:ENSMUSG00000025907 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 18 // 5 // 5 // 0 /// GENSCAN00000018628 // ENSEMBL // cdna:genscan chromosome:NCBIM37:1:6204213:6362066:1 transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 61 // 17 // 17 // 0 main chr1(+):6206197-6276648
17210947 17210947 chr1 + 6359331 6394731 21 NM_001195732 // Fam150a // family with sequence similarity 150, member A // 1 A1|1 // 620393 NM_001195732 // RefSeq // Mus musculus family with sequence similarity 150, member A (Fam150a), mRNA. // chr1 // 100 // 100 // 21 // 21 // 0 main chr1(+):6359331-6394731
17210953 17210953 chr1 + 6487231 6860940 24 NR_045188 // St18 // suppression of tumorigenicity 18 // 1 A1|1 // 240690 /// ENSMUST00000043578 // St18 // suppression of tumorigenicity 18 // 1 A1|1 // 240690 /// NM_001244692 // St18 // suppression of tumorigenicity 18 // 1 A1|1 // 240690 /// NR_045189 // St18 // suppression of tumorigenicity 18 // 1 A1|1 // 240690 /// ENSMUST00000140079 // St18 // suppression of tumorigenicity 18 // 1 A1|1 // 240690 /// ENSMUST00000150761 // St18 // suppression of tumorigenicity 18 // 1 A1|1 // 240690 /// NM_001244693 // St18 // suppression of tumorigenicity 18 // 1 A1|1 // 240690 /// NM_173868 // St18 // suppression of tumorigenicity 18 // 1 A1|1 // 240690 /// ENSMUST00000131494 // St18 // suppression of tumorigenicity 18 // 1 A1|1 // 240690 /// ENSMUST00000163727 // St18 // suppression of tumorigenicity 18 // 1 A1|1 // 240690 /// ENSMUST00000151281 // St18 // suppression of tumorigenicity 18 // 1 A1|1 // 240690 /// BC118528 // St18 // suppression of tumorigenicity 18 // 1 A1|1 // 240690 /// ENSMUST00000151015 // St18 // suppression of tumorigenicity 18 // 1 A1|1 // 240690 /// ENSMUST00000126379 // St18 // suppression of tumorigenicity 18 // 1 A1|1 // 240690 /// ENSMUST00000139756 // St18 // suppression of tumorigenicity 18 // 1 A1|1 // 240690 /// ENSMUST00000124167 // St18 // suppression of tumorigenicity 18 // 1 A1|1 // 240690 NR_045188 // RefSeq // Mus musculus suppression of tumorigenicity 18 (St18), transcript variant 4, non-coding RNA. // chr1 // 100 // 88 // 21 // 21 // 0 /// ENSMUST00000043578 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:6720132:6851021:1 gene:ENSMUSG00000033740 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 88 // 21 // 21 // 0 /// NM_001244692 // RefSeq // Mus musculus suppression of tumorigenicity 18 (St18), transcript variant 1, mRNA. // chr1 // 100 // 83 // 20 // 20 // 0 /// NR_045189 // RefSeq // Mus musculus suppression of tumorigenicity 18 (St18), transcript variant 5, non-coding RNA. // chr1 // 100 // 83 // 20 // 20 // 0 /// ENSMUST00000140079 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:6477312:6851015:1 gene:ENSMUSG00000033740 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 83 // 20 // 20 // 0 /// ENSMUST00000150761 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:6720182:6849551:1 gene:ENSMUSG00000033740 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 83 // 20 // 20 // 0 /// NM_001244693 // RefSeq // Mus musculus suppression of tumorigenicity 18 (St18), transcript variant 2, mRNA. // chr1 // 100 // 79 // 19 // 19 // 0 /// NM_173868 // RefSeq // Mus musculus suppression of tumorigenicity 18 (St18), transcript variant 3, mRNA. // chr1 // 100 // 79 // 19 // 19 // 0 /// ENSMUST00000131494 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:6477412:6851021:1 gene:ENSMUSG00000033740 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 79 // 19 // 19 // 0 /// ENSMUST00000163727 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:6727656:6851015:1 gene:ENSMUSG00000033740 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 79 // 19 // 19 // 0 /// ENSMUST00000151281 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:6720183:6848894:1 gene:ENSMUSG00000033740 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 75 // 18 // 18 // 0 /// BC118528 // GenBank // Mus musculus suppression of tumorigenicity 18, mRNA (cDNA clone MGC:144173 IMAGE:40098452), complete cds. // chr1 // 100 // 83 // 20 // 20 // 0 /// ENSMUST00000151015 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:6817978:6839065:1 gene:ENSMUSG00000033740 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:processed_transcript // chr1 // 100 // 25 // 6 // 6 // 0 /// ENSMUST00000126379 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:6835649:6848573:1 gene:ENSMUSG00000033740 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:processed_transcript // chr1 // 100 // 21 // 5 // 5 // 0 /// ENSMUST00000139756 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:6720134:6785506:1 gene:ENSMUSG00000033740 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:processed_transcript // chr1 // 100 // 17 // 4 // 4 // 0 /// ENSMUST00000124167 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:6720224:6785485:1 gene:ENSMUSG00000033740 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:processed_transcript // chr1 // 100 // 13 // 3 // 3 // 0 main chr1(+):6487231-6860940
17210984 17210984 chr1 + 7088920 7173628 22 NM_183028 // Pcmtd1 // protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase domain containing 1 // 1 A1|1 // 319263 /// ENSMUST00000061280 // Pcmtd1 // protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase domain containing 1 // 1 A1|1 // 319263 /// BC110360 // Pcmtd1 // protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase domain containing 1 // 1 A1|1 // 319263 /// ENSMUST00000172291 // Pcmtd1 // protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase domain containing 1 // 1 A1|1 // 319263 /// ENSMUST00000097828 // Pcmtd1 // protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase domain containing 1 // 1 A1|1 // 319263 NM_183028 // RefSeq // Mus musculus protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase domain containing 1 (Pcmtd1), mRNA. // chr1 // 100 // 86 // 19 // 19 // 0 /// ENSMUST00000061280 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:7079001:7163707:1 gene:ENSMUSG00000051285 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 86 // 19 // 19 // 0 /// BC110360 // GenBank // Mus musculus protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase domain containing 1, mRNA (cDNA clone MGC:117877 IMAGE:5326388), complete cds. // chr1 // 100 // 77 // 17 // 17 // 0 /// ENSMUST00000172291 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:7079001:7163707:1 gene:ENSMUSG00000051285 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 86 // 19 // 19 // 0 /// ENSMUST00000097828 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:7156542:7159968:1 gene:ENSMUSG00000051285 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 23 // 5 // 5 // 0 main chr1(+):7088920-7173628
17210994 17210994 chr1 + 7265803 7265932 9 --- ENSMUST00000104056 // ENSEMBL // ncrna:snoRNA chromosome:NCBIM37:1:7255884:7256013:1 gene:ENSMUSG00000077244 gene_biotype:snoRNA transcript_biotype:snoRNA // chr1 // 100 // 100 // 9 // 9 // 0 main chr1(+):7265803-7265932
17210996 17210996 chr1 + 8816138 8816247 13 --- ENSMUST00000102181 // ENSEMBL // ncrna:miRNA chromosome:NCBIM37:1:8806219:8806328:1 gene:ENSMUSG00000076135 gene_biotype:miRNA transcript_biotype:miRNA // chr1 // 100 // 100 // 13 // 13 // 0 main chr1(+):8816138-8816247
17210998 17210998 chr1 + 9458670 9458772 8 --- ENSMUST00000083691 // ENSEMBL // ncrna:snRNA chromosome:NCBIM37:1:9448751:9448853:1 gene:ENSMUSG00000065625 gene_biotype:snRNA transcript_biotype:snRNA // chr1 // 100 // 100 // 24 // 21 // 0 /// ENSMUST00000083691 // ENSEMBL // ncrna:snRNA chromosome:NCBIM37:1:9448751:9448853:1 gene:ENSMUSG00000065625 gene_biotype:snRNA transcript_biotype:snRNA // chr1 // 100 // 88 // 8 // 7 // 0 main chr1(+):9458670-9458772
17211000 17211000 chr1 + 9545408 9547455 15 NM_021511 // Rrs1 // RRS1 ribosome biogenesis regulator homolog (S. cerevisiae) // 1 A2|1 8.0 cM // 59014 /// ENSMUST00000072079 // Rrs1 // RRS1 ribosome biogenesis regulator homolog (S. cerevisiae) // 1 A2|1 8.0 cM // 59014 /// BC055925 // Rrs1 // RRS1 ribosome biogenesis regulator homolog (S. cerevisiae) // 1 A2|1 8.0 cM // 59014 NM_021511 // RefSeq // Mus musculus RRS1 ribosome biogenesis regulator homolog (S. cerevisiae) (Rrs1), mRNA. // chr1 // 100 // 100 // 15 // 15 // 0 /// ENSMUST00000072079 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:9535489:9537535:1 gene:ENSMUSG00000061024 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 100 // 15 // 15 // 0 /// BC055925 // GenBank // Mus musculus RRS1 ribosome biogenesis regulator homolog (S. cerevisiae), mRNA (cDNA clone MGC:68331 IMAGE:4235851), complete cds. // chr1 // 100 // 93 // 14 // 14 // 0 main chr1(+):9545408-9547455
17211004 17211004 chr1 + 9547948 9577970 30 ENSMUST00000144177 // Adhfe1 // alcohol dehydrogenase, iron containing, 1 // 1 A2|1 // 76187 /// NM_175236 // Adhfe1 // alcohol dehydrogenase, iron containing, 1 // 1 A2|1 // 76187 /// NR_027664 // Adhfe1 // alcohol dehydrogenase, iron containing, 1 // 1 A2|1 // 76187 /// BC026584 // Adhfe1 // alcohol dehydrogenase, iron containing, 1 // 1 A2|1 // 76187 /// ENSMUST00000027044 // Adhfe1 // alcohol dehydrogenase, iron containing, 1 // 1 A2|1 // 76187 /// ENSMUST00000130927 // Adhfe1 // alcohol dehydrogenase, iron containing, 1 // 1 A2|1 // 76187 ENSMUST00000144177 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:9538029:9568051:1 gene:ENSMUSG00000025911 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 93 // 28 // 28 // 0 /// NM_175236 // RefSeq // Mus musculus alcohol dehydrogenase, iron containing, 1 (Adhfe1), nuclear gene encoding mitochondrial protein, transcript variant 1, mRNA. // chr1 // 100 // 87 // 26 // 26 // 0 /// NR_027664 // RefSeq // Mus musculus alcohol dehydrogenase, iron containing, 1 (Adhfe1), transcript variant 2, non-coding RNA. // chr1 // 100 // 87 // 26 // 26 // 0 /// BC026584 // GenBank // Mus musculus alcohol dehydrogenase, iron containing, 1, mRNA (cDNA clone MGC:37234 IMAGE:4972323), complete cds. // chr1 // 100 // 87 // 26 // 26 // 0 /// ENSMUST00000027044 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:9538136:9566982:1 gene:ENSMUSG00000025911 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:nonsense_mediated_decay // chr1 // 100 // 87 // 26 // 26 // 0 /// ENSMUST00000130927 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:9538173:9543768:1 gene:ENSMUSG00000025911 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:processed_transcript // chr1 // 100 // 30 // 9 // 9 // 0 main chr1(+):9547948-9577970
17211023 17211023 chr1 + 9601199 9627143 21 BC066997 // 3110035E14Rik // RIKEN cDNA 3110035E14 gene // 1 A2|1 // 76982 /// ENSMUST00000088666 // 3110035E14Rik // RIKEN cDNA 3110035E14 gene // 1 A2|1 // 76982 /// NM_178399 // 3110035E14Rik // RIKEN cDNA 3110035E14 gene // 1 A2|1 // 76982 BC066997 // GenBank // Mus musculus RIKEN cDNA 3110035E14 gene, mRNA (cDNA clone MGC:91354 IMAGE:5703513), complete cds. // chr1 // 100 // 81 // 17 // 17 // 0 /// ENSMUST00000088666 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:9591280:9617224:1 gene:ENSMUSG00000067879 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 100 // 21 // 21 // 0 /// NM_178399 // RefSeq // Mus musculus RIKEN cDNA 3110035E14 gene (3110035E14Rik), mRNA. // chr1 // 100 // 90 // 19 // 19 // 0 /// ENSMUST00000148585 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:9590494:9621225:-1 gene:ENSMUSG00000079671 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:processed_transcript // chr1 // 100 // 86 // 18 // 18 // 0 main chr1(+):9601199-9627143
17211033 17211033 chr1 + 9747648 9791922 25 NR_040462 // 1700034P13Rik // RIKEN cDNA 1700034P13 gene // 1|1 // 73331 NR_040462 // RefSeq // Mus musculus RIKEN cDNA 1700034P13 gene (1700034P13Rik), non-coding RNA. // chr1 // 100 // 52 // 13 // 13 // 0 main chr1(+):9747648-9791922
17211043 17211043 chr1 + 9798130 9902570 37 NM_133220 // Sgk3 // serum/glucocorticoid regulated kinase 3 // 1 A2|1 7.5 cM // 170755 /// ENSMUST00000168907 // Sgk3 // serum/glucocorticoid regulated kinase 3 // 1 A2|1 7.5 cM // 170755 /// NM_001037759 // Sgk3 // serum/glucocorticoid regulated kinase 3 // 1 A2|1 7.5 cM // 170755 /// ENSMUST00000171265 // Sgk3 // serum/glucocorticoid regulated kinase 3 // 1 A2|1 7.5 cM // 170755 /// NM_177547 // Sgk3 // serum/glucocorticoid regulated kinase 3 // 1 A2|1 7.5 cM // 170755 /// ENSMUST00000166384 // Sgk3 // serum/glucocorticoid regulated kinase 3 // 1 A2|1 7.5 cM // 170755 /// ENSMUST00000097826 // Sgk3 // serum/glucocorticoid regulated kinase 3 // 1 A2|1 7.5 cM // 170755 /// AF312007 // Sgk3 // serum/glucocorticoid regulated kinase 3 // 1 A2|1 7.5 cM // 170755 /// ENSMUST00000097825 // Sgk3 // serum/glucocorticoid regulated kinase 3 // 1 A2|1 7.5 cM // 170755 NM_133220 // RefSeq // Mus musculus serum/glucocorticoid regulated kinase 3 (Sgk3), transcript variant 1, mRNA. // chr1 // 100 // 89 // 33 // 33 // 0 /// ENSMUST00000168907 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:9788211:9892637:1 gene:ENSMUSG00000025915 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 89 // 33 // 33 // 0 /// NM_001037759 // RefSeq // Mus musculus serum/glucocorticoid regulated kinase 3 (Sgk3), transcript variant 3, mRNA. // chr1 // 100 // 86 // 32 // 32 // 0 /// ENSMUST00000171265 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:9838362:9892637:1 gene:ENSMUSG00000025915 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 86 // 32 // 32 // 0 /// NM_177547 // RefSeq // Mus musculus serum/glucocorticoid regulated kinase 3 (Sgk3), transcript variant 2, mRNA. // chr1 // 100 // 84 // 31 // 31 // 0 /// ENSMUST00000166384 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:9788211:9892637:1 gene:ENSMUSG00000025915 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 84 // 31 // 31 // 0 /// ENSMUST00000097826 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:9838478:9889936:1 gene:ENSMUSG00000025915 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 81 // 30 // 30 // 0 /// AF312007 // GenBank // Mus musculus serine/threonine protein kinase CISK (Cisk) mRNA, complete cds. // chr1 // 100 // 81 // 30 // 30 // 0 /// ENSMUST00000097825 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:9788232:9889929:1 gene:ENSMUSG00000025915 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 68 // 25 // 25 // 0 main chr1(+):9798130-9902570
17211066 17211066 chr1 + 9908638 9940954 32 NM_177722 // 6030422M02Rik // RIKEN cDNA 6030422M02 gene // 1 A2|1 // 240697 /// ENSMUST00000171802 // 6030422M02Rik // RIKEN cDNA 6030422M02 gene // 1 A2|1 // 240697 /// ENSMUST00000140948 // 6030422M02Rik // RIKEN cDNA 6030422M02 gene // 1 A2|1 // 240697 /// ENSMUST00000125294 // 6030422M02Rik // RIKEN cDNA 6030422M02 gene // 1 A2|1 // 240697 NM_177722 // RefSeq // Mus musculus RIKEN cDNA 6030422M02 gene (6030422M02Rik), mRNA. // chr1 // 100 // 84 // 27 // 27 // 0 /// ENSMUST00000171802 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:9898719:9931035:1 gene:ENSMUSG00000046101 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding // chr1 // 100 // 84 // 27 // 27 // 0 /// ENSMUST00000140948 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:9901780:9932166:1 gene:ENSMUSG00000046101 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:nonsense_mediated_decay // chr1 // 100 // 66 // 21 // 21 // 0 /// ENSMUST00000125294 // ENSEMBL // cdna:known chromosome:NCBIM37:1:9901709:9924208:1 gene:ENSMUSG00000046101 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:nonsense_mediated_decay // chr1 // 100 // 56 // 18 // 18 // 0 main chr1(+):9908638-9940954

Total number of rows: 41535

Table truncated, full table size 49222 Kbytes.




Download family Format
SOFT formatted family file(s) SOFTHelp
MINiML formatted family file(s) MINiMLHelp

Supplementary data files not provided
| NLM | NIH | GEO Help | Disclaimer | Accessibility |
NCBI Home NCBI Search NCBI SiteMap