|
|
GEO help: Mouse over screen elements for information. |
|
Status |
Public on Jun 17, 2013 |
Title |
Affymetrix Human Exon 1.0 ST Array [CDF: HuEx_1_0_st_v2_core_na31_hg19_HB20110919_noSNPs] |
Technology type |
in situ oligonucleotide |
Distribution |
custom-commercial |
Organism |
Homo sapiens |
Manufacturer |
Affymetrix |
Manufacture protocol |
See manufacturer's website.
|
|
|
Description |
Probe set data extracted from custom CDF [HuEx_1_0_st_v2_core_na31_hg19_HB20110919_noSNPs]
#%chip_type=HuEx-1_0-st-v2 #%lib_set_name=HuEx-1_0-st #%lib_set_version=v2
#%genome-species=Homo sapiens #%genome-version=hg19 #%genome-version-ucsc=hg19 #%genome-version-ncbi=GRCh37 #%genome-version-create_date=2009-02-00
#%netaffx-annotation-date=2010-07-15 #%netaffx-annotation-netaffx-build=31 #%netaffx-annotation-tabular-format-version=1.11 #%netaffx-annotation-data-type=probe_set
|
|
|
Web link |
http://www.affymetrix.com/support/technical/byproduct.affx?product=huexon-st http://www.affymetrix.com/analysis/index.affx
|
Submission date |
Oct 23, 2012 |
Last update date |
Jun 17, 2013 |
Contact name |
Sergio E Baranzini |
E-mail(s) |
sebaran@cgl.ucsf.edu
|
Organization name |
University of California San Francisco
|
Department |
Neurology
|
Street address |
675 Nelson Rising Lane, Room S-215
|
City |
San Francisco |
State/province |
CA |
ZIP/Postal code |
94158-2306 |
Country |
USA |
|
|
Samples (815)
|
GSM1025555, GSM1025556, GSM1025557, GSM1025558, GSM1025559, GSM1025560
GSM1025561, GSM1025562, GSM1025563, GSM1025564, GSM1025565, GSM1025566, GSM1025567, GSM1025568, GSM1025569, GSM1025570, GSM1025571, GSM1025572, GSM1025573, GSM1025574, GSM1025575, GSM1025576, GSM1025577, GSM1025578, GSM1025579, GSM1025580, GSM1025581, GSM1025582, GSM1025583, GSM1025584, GSM1025585, GSM1025586, GSM1025587, GSM1025588, GSM1025589, GSM1025590, GSM1025591, GSM1025592, GSM1025593, GSM1025594, GSM1025595, GSM1025596, GSM1025597, GSM1025598, GSM1025599, GSM1025600, GSM1025601, GSM1025602, GSM1025603, GSM1025604, GSM1025605, GSM1025606, GSM1025607, GSM1025608, GSM1025609, GSM1025610, GSM1025611, GSM1025612, GSM1025613, GSM1025614, GSM1025615, GSM1025616, GSM1025617, GSM1025618, GSM1025619, GSM1025620, GSM1025621, GSM1025622, GSM1025623, GSM1025624, GSM1025625, GSM1025626, GSM1025627, GSM1025628, GSM1025629, GSM1025630, GSM1025631, GSM1025632, GSM1025633, GSM1025634, GSM1025635, GSM1025636, GSM1025637, GSM1025638, GSM1025639, GSM1025640, GSM1025641, GSM1025642, GSM1025643, GSM1025644, GSM1025645, GSM1025646, GSM1025647, GSM1025648, GSM1025649, GSM1025650, GSM1025651, GSM1025652, GSM1025653, GSM1025654, GSM1025655, GSM1025656, GSM1025657, GSM1025658, GSM1025659, GSM1025660, GSM1025661, GSM1025662, GSM1025663, GSM1025664, GSM1025665, GSM1025666, GSM1025667, GSM1025668, GSM1025669, GSM1025670, GSM1025671, GSM1025672, GSM1025673, GSM1025674, GSM1025675, GSM1025676, GSM1025677, GSM1025678, GSM1025679, GSM1025680, GSM1025681, GSM1025682, GSM1025683, GSM1025684, GSM1025685, GSM1025686, GSM1025687, GSM1025688, GSM1025689, GSM1025690, GSM1025691, GSM1025692, GSM1025693, GSM1025694, GSM1025695, GSM1025696, GSM1025697, GSM1025698, GSM1025699, GSM1025700, GSM1025701, GSM1025702, GSM1025703, GSM1025704, GSM1025705, GSM1025706, GSM1025707, GSM1025708, GSM1025709, GSM1025710, GSM1025711, GSM1025712, GSM1025713, GSM1025714, GSM1025715, GSM1025716, GSM1025717, GSM1025718, GSM1025719, GSM1025720, GSM1025721, GSM1025722, GSM1025723, GSM1025724, GSM1025725, GSM1025726, GSM1025727, GSM1025728, GSM1025729, GSM1025730, GSM1025731, GSM1025732, GSM1025733, GSM1025734, GSM1025735, GSM1025736, GSM1025737, GSM1025738, GSM1025739, GSM1025740, GSM1025741, GSM1025742, GSM1025743, GSM1025744, GSM1025745, GSM1025746, GSM1025747, GSM1025748, GSM1025749, GSM1025750, GSM1025751, GSM1025752, GSM1025753, GSM1025754, GSM1025755, GSM1025756, GSM1025757, GSM1025758, GSM1025759, GSM1025760, GSM1025761, GSM1025762, GSM1025763, GSM1025764, GSM1025765, GSM1025766, GSM1025767, GSM1025768, GSM1025769, GSM1025770, GSM1025771, GSM1025772, GSM1025773, GSM1025774, GSM1025775, GSM1025776, GSM1025777, GSM1025778, GSM1025779, GSM1025780, GSM1025781, GSM1025782, GSM1025783, GSM1025784, GSM1025785, GSM1025786, GSM1025787, GSM1025788, GSM1025789, GSM1025790, GSM1025791, GSM1025792, GSM1025793, GSM1025794, GSM1025795, GSM1025796, GSM1025797, GSM1025798, GSM1025799, GSM1025800, GSM1025801, GSM1025802, GSM1025803, GSM1025804, GSM1025805, GSM1025806, GSM1025807, GSM1025808, GSM1025809, GSM1025810, GSM1025811, GSM1025812, GSM1025813, GSM1025814, GSM1025815, GSM1025816, GSM1025817, GSM1025818, GSM1025819, GSM1025820, GSM1025821, GSM1025822, GSM1025823, GSM1025824, GSM1025825, GSM1025826, GSM1025827, GSM1025828, GSM1025829, GSM1025830, GSM1025831, GSM1025832, GSM1025833, GSM1025834, GSM1025835, GSM1025836, GSM1025837, GSM1025838, GSM1025839, GSM1025840, GSM1025841, GSM1025842, GSM1025843, GSM1025844, GSM1025845, GSM1025846, GSM1025847, GSM1025848, GSM1025849, GSM1025850, GSM1025851, GSM1025852, GSM1025853, GSM1025854, GSM1025855, GSM1025856, GSM1025857, GSM1025858, GSM1025859, GSM1025860, GSM1025861, GSM1025862, GSM1025863, GSM1025864, GSM1025865, GSM1025866, GSM1025867, GSM1025868, GSM1025869, GSM1025870, GSM1025871, GSM1025872, GSM1025873, GSM1025874, GSM1025875, GSM1025876, GSM1025877, GSM1025878, GSM1025879, GSM1025880, GSM1025881, GSM1025882, GSM1025883, GSM1025884, GSM1025885, GSM1025886, GSM1025887, GSM1025888, GSM1025889, GSM1025890, GSM1025891, GSM1025892, GSM1025893, GSM1025894, GSM1025895, GSM1025896, GSM1025897, GSM1025898, GSM1025899, GSM1025900, GSM1025901, GSM1025902, GSM1025903, GSM1025904, GSM1025905, GSM1025906, GSM1025907, GSM1025908, GSM1025909, GSM1025910, GSM1025911, GSM1025912, GSM1025913, GSM1025914, GSM1025915, GSM1025916, GSM1025917, GSM1025918, GSM1025919, GSM1025920, GSM1025921, GSM1025922, GSM1025923, GSM1025924, GSM1025925, GSM1025926, GSM1025927, GSM1025928, GSM1025929, GSM1025930, GSM1025931, GSM1025932, GSM1025933, GSM1025934, GSM1025935, GSM1025936, GSM1025937, GSM1025938, GSM1025939, GSM1025940, GSM1025941, GSM1025942, GSM1025943, GSM1025944, GSM1025945, GSM1025946, GSM1025947, GSM1025948, GSM1025949, GSM1025950, GSM1025951, GSM1025952, GSM1025953, GSM1025954, GSM1025955, GSM1025956, GSM1025957, GSM1025958, GSM1025959, GSM1025960, GSM1025961, GSM1025962, GSM1025963, GSM1025964, GSM1025965, GSM1025966, GSM1025967, GSM1025968, GSM1025969, GSM1025970, GSM1025971, GSM1025972, GSM1025973, GSM1025974, GSM1025975, GSM1025976, GSM1025977, GSM1025978, GSM1025979, GSM1025980, GSM1025981, GSM1025982, GSM1025983, GSM1025984, GSM1025985, GSM1025986, GSM1025987, GSM1025988, GSM1025989, GSM1025990, GSM1025991, GSM1025992, GSM1025993, GSM1025994, GSM1025995, GSM1025996, GSM1025997, GSM1025998, GSM1025999, GSM1026000, GSM1026001, GSM1026002, GSM1026003, GSM1026004, GSM1026005, GSM1026006, GSM1026007, GSM1026008, GSM1026009, GSM1026010, GSM1026011, GSM1026012, GSM1026013, GSM1026014, GSM1026015, GSM1026016, GSM1026017, GSM1026018, GSM1026019, GSM1026020, GSM1026021, GSM1026022, GSM1026023, GSM1026024, GSM1026025, GSM1026026, GSM1026027, GSM1026028, GSM1026029, GSM1026030, GSM1026031, GSM1026032, GSM1026033, GSM1026034, GSM1026035, GSM1026036, GSM1026037, GSM1026038, GSM1026039, GSM1026040, GSM1026041, GSM1026042, GSM1026043, GSM1026044, GSM1026045, GSM1026046, GSM1026047, GSM1026048, GSM1026049, GSM1026050, GSM1026051, GSM1026052, GSM1026053, GSM1026054... Accession list truncated, click here to browse through all related public accessions You can also download a list of all accessions here
|
Series (5)
|
GSE41846 |
longitudinal expression profiling in whole blood of multiple sclerosis patients and controls [IFN_discovery dataset] |
GSE41847 |
longitudinal expression profiling in whole blood of multiple sclerosis patients and controls [IFN_replication dataset] |
GSE41848 |
longitudinal expression profiling in whole blood of multiple sclerosis patients and controls [MS vs Ctrl Discovery dataset] |
GSE41849 |
longitudinal expression profiling in whole blood of multiple sclerosis patients and controls [MS vs Ctrl Replication dataset] |
GSE41850 |
Longitudinal expression profiling in whole blood of multiple sclerosis patients and controls |
|
Relations |
Alternative to |
GPL5175 (Alternative CDF [official]) |
Data table header descriptions |
ID |
Unique identifier for the transcript cluster |
seqname |
Chromosome number |
RANGE_GB |
RefSeq accession.version of chromosome (NCBI Build 37) |
RANGE_STRAND |
Strand (+|-) relative to RANGE_GB |
RANGE_START |
Start coordinate relative to RANGE_GB |
RANGE_STOP |
Stop coordinate relative to RANGE_GB#total_probes = Total number of probes contained by this transcript cluster |
probe_count |
|
transcript_cluster_id |
|
exon_id |
|
psr_id |
|
gene_assignment |
Gene information for each assigned mRNA for mRNAs that corresponds to known genes |
mrna_assignment |
Description of the public mRNAs that should be detected by the sets within this transcript cluster based on sequence alignment |
Data table |
ID |
seqname |
RANGE_GB |
RANGE_STRAND |
RANGE_START |
RANGE_STOP |
probe_count |
transcript_cluster_id |
exon_id |
psr_id |
gene_assignment |
mrna_assignment |
2315101 |
chr1 |
NC_000001.10 |
+ |
11925 |
12167 |
4 |
2315100 |
1 |
1 |
NR_024005 // DDX11L2 /// NR_024004 // DDX11L2 /// AK093685 // DDX11L2 |
NR_024005 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// NR_024004 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// AK093685 // chr1 // 75 // 3 // 4 // 0 /// ENST00000451886 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000456328 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 |
2315102 |
chr1 |
NC_000001.10 |
+ |
12657 |
12692 |
4 |
2315100 |
2 |
2 |
NR_024004 // DDX11L2 /// NR_024005 // DDX11L2 /// AK093685 // DDX11L2 |
NR_024004 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// NR_024005 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// AK093685 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000451886 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000456328 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 |
2315104 |
chr1 |
NC_000001.10 |
+ |
13366 |
13888 |
4 |
2315100 |
4 |
4 |
NR_024004 // DDX11L2 /// NR_024005 // DDX11L2 /// AK093685 // DDX11L2 |
NR_024004 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// NR_024005 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// AK093685 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000451886 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000456328 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 |
2315105 |
chr1 |
NC_000001.10 |
+ |
14150 |
14368 |
4 |
2315100 |
4 |
5 |
NR_024004 // DDX11L2 /// NR_024005 // DDX11L2 /// AK093685 // DDX11L2 |
NR_024004 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// NR_024005 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// AK093685 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000451886 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000456328 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 |
2315107 |
chr1 |
NC_000001.10 |
+ |
14768 |
15057 |
4 |
2315106 |
5 |
6 |
--- |
DQ786314 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 |
2315112 |
chr1 |
NC_000001.10 |
+ |
25147 |
25217 |
4 |
2315111 |
8 |
9 |
XM_002344625 // LOC100292727 |
XM_002344625 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 |
2315114 |
chr1 |
NC_000001.10 |
+ |
27566 |
27779 |
4 |
2315113 |
9 |
10 |
--- |
DQ786265 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 |
2315116 |
chr1 |
NC_000001.10 |
+ |
28439 |
28661 |
4 |
2315115 |
10 |
11 |
--- |
ENST00000422679 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 |
2315118 |
chr1 |
NC_000001.10 |
+ |
30623 |
30666 |
4 |
2315117 |
11 |
12 |
--- |
ENST00000422679 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 |
2315120 |
chr1 |
NC_000001.10 |
+ |
35703 |
35793 |
4 |
2315119 |
12 |
13 |
--- |
GENSCAN00000033255 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 |
2315126 |
chr1 |
NC_000001.10 |
+ |
51955 |
51993 |
4 |
2315125 |
15 |
16 |
--- |
GENSCAN00000032383 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 |
2315132 |
chr1 |
NC_000001.10 |
+ |
62929 |
62959 |
4 |
2315129 |
20 |
21 |
--- |
GENSCAN00000044510 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 |
2315138 |
chr1 |
NC_000001.10 |
+ |
69135 |
69278 |
4 |
2315125 |
22 |
25 |
NM_001005240 // OR4F17 /// NM_001004195 // OR4F4 /// NM_001005484 // OR4F5 /// ENST00000318050 // OR4F17 /// ENST00000335137 // OR4F4 /// ENST00000326183 // OR4F5 /// BC136848 // OR4F17 /// BC136907 // OR4F4 |
NM_001005240 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// NM_001004195 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// NM_001005484 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000318050 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000335137 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000326183 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// BC136848 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// BC136907 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000442916 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 |
2315140 |
chr1 |
NC_000001.10 |
+ |
69315 |
69510 |
4 |
2315125 |
22 |
26 |
NM_001005240 // OR4F17 /// NM_001004195 // OR4F4 /// NM_001005484 // OR4F5 /// ENST00000318050 // OR4F17 /// ENST00000335137 // OR4F4 /// ENST00000326183 // OR4F5 /// BC136848 // OR4F17 /// BC136907 // OR4F4 |
NM_001005240 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// NM_001004195 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// NM_001005484 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000318050 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000335137 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000326183 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// BC136848 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// BC136907 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000442916 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 |
2315142 |
chr1 |
NC_000001.10 |
+ |
69578 |
69784 |
4 |
2315125 |
22 |
27 |
NM_001005240 // OR4F17 /// NM_001004195 // OR4F4 /// NM_001005484 // OR4F5 /// ENST00000318050 // OR4F17 /// ENST00000335137 // OR4F4 /// ENST00000326183 // OR4F5 /// BC136848 // OR4F17 /// BC136907 // OR4F4 |
NM_001005240 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// NM_001004195 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// NM_001005484 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000318050 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000335137 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000326183 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// BC136848 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// BC136907 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000442916 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 |
2315144 |
chr1 |
NC_000001.10 |
+ |
69982 |
70008 |
3 |
2315125 |
22 |
28 |
NM_001005240 // OR4F17 /// NM_001004195 // OR4F4 /// NM_001005484 // OR4F5 /// ENST00000318050 // OR4F17 /// ENST00000335137 // OR4F4 /// ENST00000326183 // OR4F5 /// BC136848 // OR4F17 /// BC136907 // OR4F4 |
NM_001005240 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// NM_001004195 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// NM_001005484 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// ENST00000318050 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// ENST00000335137 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// ENST00000326183 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// BC136848 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// BC136907 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 |
2315146 |
chr1 |
NC_000001.10 |
+ |
115848 |
115991 |
4 |
2315145 |
26 |
29 |
--- |
BC028185 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 |
2315148 |
chr1 |
NC_000001.10 |
+ |
131179 |
131210 |
4 |
2315147 |
27 |
30 |
XM_002344252 // LOC100288667 |
ENST00000432723 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000457191 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// XM_002344252 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000014787 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000035092 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000032381 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000018274 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000016975 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000048645 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 |
2315149 |
chr1 |
NC_000001.10 |
+ |
131645 |
131733 |
4 |
2315147 |
28 |
31 |
XM_002344252 // LOC100288667 |
ENST00000432723 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000440782 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000457191 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// XM_002344252 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000035092 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000032381 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000018274 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000002200 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000016975 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000048645 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000014787 // chr1 // 50 // 2 // 4 // 0 |
2315150 |
chr1 |
NC_000001.10 |
+ |
131752 |
131845 |
4 |
2315147 |
28 |
32 |
XM_002344252 // LOC100288667 |
ENST00000432723 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000440782 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000457191 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// ENST00000447359 // chr1 // 50 // 2 // 4 // 0 /// ENST00000406017 // chr1 // 50 // 2 // 4 // 0 /// XM_002344252 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000035092 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000032381 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000018274 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000002200 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000016975 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000048645 // chr1 // 100 // 4 // 4 // 0 /// GENSCAN00000014787 // chr1 // 50 // 2 // 4 // 0 /// GENSCAN00000035200 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 |
Total number of rows: 1432143
Table truncated, full table size 272823 Kbytes.
Supplementary file |
Size |
Download |
File type/resource |
GPL16209_HuEx-1_0-st-v2.na31.AFFX_README.NetAffx-CSV-Files.txt |
38.4 Kb |
(ftp)(http) |
TXT |
GPL16209_HuEx-1_0-st-v2.na31.hg19.probeset.csv.gz |
39.4 Mb |
(ftp)(http) |
CSV |
GPL16209_HuEx_1_0_st_v2_core_na31_hg19_HB20110919_noSNPs.cdf.gz |
6.4 Mb |
(ftp)(http) |
CDF |
GPL16209_HuEx_1_0_st_v2_core_na31_hg19_HB20110919_noSNPs.cdf.txt.gz |
7.3 Mb |
(ftp)(http) |
TXT |
|
|
|
|
|