#ID = 
#SEQUENCE = Oligo sequence
#GC% = GC content of the sequence
#Internal Repeat Score = Internal repeat score
#Self-Annealing Score = Self-anneal score
#Primary Strain = The strain of primary target
#Primary Target = Locus primarily hit by the oligo
#Common Name of Primary Target = Common name of primary target
#Gene Symbol = Gene symbol
#Strain MRSA252 = Target map of strain MRSA252
#Strain MSSA476 = Target map of strain MSSA476
#Strain Mu50 = Target map of strain Mu50
#Strain MW2 = Target map of strain MW2
#Strain N315 = Target map of strain N315
#Strain pLW043 = Target map of strain pLW043
#Strain COL = Target map of strain COL
ID	SEQUENCE	GC%	Internal Repeat Score	Self-Annealing Score	Primary Strain	Primary Target	Common Name of Primary Target	Gene Symbol	Strain MRSA252	Strain MSSA476	Strain Mu50	Strain MW2	Strain N315	Strain pLW043	Strain COL
5QSA00001_A_1	GGTAATAGCTATTATCATTTTTGAATTAATTATATTAATGTGTTTAGCAATAGCACTGGAGGTGTTGTAA	27.14	34	104	MSSA476	SAS0923a	hypothetical phage protein		SAR1526a::70::100.0::1.3E-10::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::+	SAS0923a::70::100.0::1.3E-10::+					
5QSA00001_A_10	CTTGTCTTTGATCGCCAAACATTATCAATCCCACCCTTATATTTATTTATCTTTAATATATAACAACATT	27.14	33	80	N315	SAP030	hypothetical protein		SAR0686::70::98.57143::3.4E-10::-,SAR0685::70::98.57143::3.4E-10::-				SAP030::70::100.0::8.2E-11::+		
5QSA00001_A_11	TGAAATGCTGATGGTTGTATTAACAATCATTGGTTTAGTATTGATTAGTACTCAAGACCATAAAAAATAA	27.14	32	100	MSSA476	SAS2051	hypothetical protein		SAR2237::70::98.57143::2.9E-10::+	SAS2051::70::100.0::1.1E-10::+		MW2072::70::100.0::1.1E-10::+			
5QSA00001_A_12	ATCTAGTTCTCTTAATTAAGTTCTTATCAAAAAAACTTATCCACCTGTACTGGATAGATATGACCATCAA	30.0	31	100	Mu50	SAV0396	hypothetical protein				SAV0396::70::100.0::8.2E-11::+				
5QSA00001_A_13	CACTTCTTTTTAGACATTGTCGAATCGAAGATTGAAACAAAGCGAACTGCGAAAAGTTTTAAAGATATTT	31.43	31	98	MSSA476	SAS1879	hypothetical phage protein			SAS1879::70::100.0::7.4E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-		MW1896::70::100.0::1.1E-10::+			
5QSA00001_A_14	ATATATTTAATATTGTTTTTATTAAGCCTACCATTGTTATTATTTATCGGGAGAAAAACACATTTTTATT	20.0	33	136	Mu50	SAV0915	hypothetical protein				SAV0915::70::100.0::8.2E-11::+				SACOL0910::70::97.14286::5.3E-10::+
5QSA00001_A_15	AGCGCGTTTATACAGAAATGTATTTTCTGTGATGTTACGCAATGATTTAAAGCGTTATATAGATTTTTAG	30.0	31	102	MSSA476	SAS2579a	hypothetical protein			SAS2579a::70::100.0::1.1E-10::+		MW2614::70::100.0::1.1E-10::+			
5QSA00001_A_16	TATACGCGAGTATGATTTAACACCTTCCGCGTTAGGGAAATGGATAAAGCAACATCAAAACACAGGTTGA	40.0	28	80	MSSA476	SAS0050	transposase (fragment)		SAR0081::67::92.537315::1.6E-8::+	SAS0050::70::100.0::8.2E-11::+		MW0050::70::100.0::8.2E-11::+			
5QSA00001_A_17	CGGACGATTGTGTTCTAATCATAGAGGCTCAATGGAAGAACTACGGGACGAAAACCAGACGATAACTCAA	44.29	31	81	MSSA476	SAS2107b	hypothetical protein			SAS2107b::70::100.0::1.0E-10::+		MW2135::70::100.0::1.0E-10::+			
5QSA00001_A_18	GATGACAACCAATTACTATGTTGAATCTATAAAATTAAAATTGAATTTCATTATGAATATCGATATAATG	21.43	34	122	COL	SACOL0933	hypothetical protein								SACOL0933::70::100.0::8.2E-11::+
5QSA00001_A_19	TTAATTATTCTTTGTATGATACCTTAAATACCTTATTACATATCCCATATGAAAACGGCTTTTTTATTAT	22.86	32	97	Mu50	SAV1299	hypothetical protein		SAR1273a::70::97.14286::6.0E-10::+	SAS1231a::70::98.57143::2.3E-10::+	SAV1299::70::100.0::1.0E-10::+	MW1181::70::98.57143::2.6E-10::+	SAS038::70::100.0::1.0E-10::+		
5QSA00001_A_2	GTATATAAAAAATGCTTCTGCAATAGATGCAATAAACATGCAATACAATATGGAGGCGAAGTAAATGAAA	30.0	33	84	COL	SACOL2595	hypothetical protein								SACOL2595::70::100.0::8.4E-11::+
5QSA00001_A_20	TCGTTGTGCACACAACAAAAATTGAATCATGAATTACAAGCAAAAGTAGCGGTGATTGTTAAAATTGATG	32.86	32	80	COL	SACOL1061	hypothetical protein								SACOL1061::70::100.0::8.2E-11::+
5QSA00001_A_21	TCCATATATGCTTTGTAGTCAAAACTGCTAGCGGATATTGTTATCTTAACAAACGTGAAGCTCAAGCAGC	38.57	30	94	MSSA476	SAS1595	hypothetical protein		SAR1746::70::100.0::1.0E-10::+	SAS1595::70::100.0::1.0E-10::+	SAV1666::70::100.0::1.0E-10::+	MW1610::70::100.0::1.0E-10::+	SAS051::70::100.0::1.0E-10::+		SACOL1713::70::100.0::8.9E-11::+
5QSA00001_A_22	GATGACTATTAAAGTGCGAAAAACAAATAAAAAAGAGAAAATAGAATTTTTAATAGGGACGTTTATAATT	22.86	33	89	COL	SACOL1334	hypothetical protein								SACOL1334::70::100.0::8.2E-11::+
5QSA00001_A_23	AGGCGATGTGAAAGTTAAAGAGCGGGAGATAGAGATATTAAGAAGTAGATTGAGACATTTTGAAGGTTAA	35.71	32	48	Mu50	SAV0883	hypothetical protein				SAV0883::70::100.0::1.0E-10::+				
5QSA00001_A_24	AAAATACGAACGAATGAGCGATATGATAATATAGATAAGAATGATTTTAATTTAGGAGGCCTTTATGGTG	30.0	33	78	COL	SACOL1890	hypothetical protein								SACOL1890::70::100.0::8.2E-11::+
5QSA00001_A_3	ATGAAAGTTGCCTTTTTATTTTTGGTAAAAGTTCATGCGTCAGTGAATTGTGTAAGTTTTTCAAAAAGTA	28.57	34	106	Mu50	SAV1477	hypothetical protein				SAV1477::70::100.0::1.2E-10::+		SAS046::70::100.0::1.2E-10::+		
5QSA00001_A_4	CAATTAAAAAAGCATCAAACAGTAATATGCTGCTTGATGCAATATGGTATTGGTTAAAATGTATTGTCTC	30.0	34	126	MRSA252	SAR395a	hypothetical protein		SAR395a::70::100.0::8.4E-11::+						
5QSA00001_A_5	CTAATTCCTGTTAACTGTATTATAACAACTTTACAGCAAAAAAATGCAAAATCAACTAATAAATTAATGA	22.86	33	103	MSSA476	SAS2401a	hypothetical protein			SAS2401a::70::100.0::1.2E-10::+		MW2436::70::100.0::1.2E-10::+			
5QSA00001_A_6	TGATAGATGAATTTGAAATTAAATTGAATTGGCTTATCATTCGTAAACATTATTATGACGTAACAATTCT	24.29	34	110	MRSA252	SAR1006	hypothetical protein		SAR1006::70::100.0::8.4E-11::+						
5QSA00001_A_7	ATGTATGTGTTTTAAAGTATTGAAAACCCTTAAAATTGGTTGCACAGAAAAACCCCATCTGTTAAAGTTA	30.0	31	96	MRSA252	SAR0030	hypothetical protein		SAR0030::70::100.0::5.1E-11::+		SAV0030::70::100.0::1.1E-10::+		SAS002::70::100.0::1.1E-10::+		
5QSA00001_A_8	TTGCATTGTTTGTAGAATTTCTTTTCGAAATTCTTTTTGTTGGGGCCCCGCCAAGATATTACTTGAATAA	34.29	30	105	Mu50	SAV2670	hypothetical protein				SAV2670::70::100.0::8.2E-11::+		SAS090::70::100.0::8.2E-11::+		
5QSA00001_A_9	TATAGATGTTAATAAATTGCTTCAAGCTTTTGTCTATTTTAAATCATTTGAGAAGTTACGACATAATAAT	22.86	32	102	MSSA476	SAS0610a	hypothetical protein		SAR0654::70::98.57143::2.9E-10::+	SAS0610a::70::100.0::1.1E-10::+	SAV0644::70::100.0::1.1E-10::+	MW0606::70::100.0::1.1E-10::+	SAS017::70::100.0::1.1E-10::+		
5QSA00001_B_1	TACTTGATATATGAATATCATCAAGATTTTAAAAGTATCGCTAATTTTAAAGTCTTAAAACGCATGATTA	22.86	31	148	COL	SACOL2247	hypothetical protein								SACOL2247::70::100.0::6.9E-11::+
5QSA00001_B_10	AACATAGAGAAATTGGATTCCCAATTTCTACAGACAATGCAAGTTGGCGGGGCCCCAACATAGAGAAATT	41.43	29	120	COL	SACOL0786	hypothetical protein		SAR2752::70::94.28571::2.3E-9::-	SAS1093::70::91.42857::7.7E-9::+,SAS1093::70::90.0::2.0E-8::+					SACOL0786::70::100.0::5.6E-11::+,SACOL0786::69::91.42857::2.9E-8::+,SACOL0412::70::92.85714::3.3E-9::+,SACOL1177::64::98.4375::4.0E-9::+
5QSA00001_B_11	ATATCGTCGTTAAGCTGTTTTGGTTTACGTTTCATGGATTCTACCCCAATTTTCATAAATATAAAAATTC	30.0	32	86	MSSA476	SAS0393a	hypothetical protein			SAS0393a::70::100.0::6.9E-11::+					
5QSA00001_B_12	TTGTTTGATACCTACTGCATATCCCATATGAAAACGGCTTTTTTATTATGTTATATGACTAAATCTCGTG	31.43	30	116	COL	SACOL1318	hypothetical protein								SACOL1318::70::100.0::5.6E-11::+
5QSA00001_B_13	TTTAGAAAGGAGACGCCTAATGATTACAATTAGTACCATGTTGCAGTTTGGTTTATTCCTTATTGCATTG	34.29	31	91	MSSA476	SAS1871	putative membrane protein		SAR2042::70::100.0::4.9E-11::+,SAR2031::70::100.0::1.3E-10::-	SAS1871::70::100.0::4.9E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-	SAV1947::70::100.0::6.7E-11::+	MW1888::70::100.0::6.7E-11::+	SAS059::70::100.0::6.7E-11::+		
5QSA00001_B_14	TGACTTTTTTTATAGTACCTATGTTTCTACTATTCGTGTATCTGCCGAATTATAATTTTATAACTATATT	24.29	33	105	MRSA252	SAR0100	putative membrane protein		SAR0100::70::100.0::5.6E-11::+						
5QSA00001_B_15	TCAATCCATTCATCTATTGCTTGGTTGAATAAGTCTGATGCCATATCTAAGTCATTCTCATCTACGACAT	35.71	31	69	Mu50	SAV0861	hypothetical protein				SAV0861::70::100.0::6.7E-11::+				
5QSA00001_B_16	GGGGTGGCTGAGACGGCACCCTAGGAAGGGACCCGTCATCAAAAATTCTATTTATAGAATTTTACAGTAA	44.29	29	92	MRSA252	SAR0249	hypothetical protein		SAR0249::70::100.0::5.6E-11::+,SAR0686::65::98.46154::4.6E-9::+,SAR0685::65::98.46154::4.6E-9::+						
5QSA00001_B_17	ATATCATTTCAACAATCAGTGACTTAGTAAAATGGATTATCGACACAGTGAACAAATTCACTAAAAAATA	27.14	32	98	MSSA476	SAS1940a	delta-hemolysin precursor		SAR2122::70::98.57143::1.7E-10::+	SAS1940a::70::100.0::6.6E-11::+	SAV2035::70::98.57143::1.7E-10::+	MW1959::70::100.0::6.7E-11::+	SAS065::70::98.57143::1.7E-10::+		SACOL2022::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00001_B_18	CAACTACTGCCAATATAACTTCGTAGAGCATAGAACATTGATTTATGTCCCAGCCTGTAAGACTCAGTAA	38.57	29	103	MRSA252	SAR0402	hypothetical protein		SAR0402::70::100.0::5.6E-11::+,SAR2183b::59::100.0::1.0E-8::+,SAR0250::58::100.0::3.7E-8::+	SAS1998b::59::100.0::1.1E-8::+,SAS1708::65::95.38461::1.1E-8::+,SAS0230a::58::100.0::3.7E-8::+	SAV2574::59::98.305084::4.4E-8::+	MW2019::59::100.0::1.1E-8::+,MW1725::65::95.38461::1.1E-8::+	SAS089::59::98.305084::4.4E-8::+		
5QSA00001_B_19	TTACATTTGACGTTACAGTCATTTCAACGACAACCCTTGCTAAATTCGACTGCAGTCCTTTTGAATTACA	37.14	30	103	COL	SACOL0231	hypothetical protein								SACOL0231::70::100.0::6.7E-11::+
5QSA00001_B_2	ACGAGTTAGATTATTGGTTGAATAAACGCAAGTCAGAAAATGAACAGATTGATATTGATAGAGTGCTTAA	31.43	31	68	MW2	MW1416	hypothetical protein					MW1416::70::100.0::5.6E-11::+			
5QSA00001_B_20	ATGAGCGACACATATAAAAGCTACCTAATAGCAGTGCTATGCTTCACGGTCTTAGCGATTGTACTCATGC	42.86	29	124	MRSA252	SAR1563	hypothetical protein (pseudogene)		SAR1546::70::100.0::5.6E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::+	SAS0903::70::91.42857::1.5E-8::+		MW1430::70::92.85714::6.1E-9::+			SACOL0334::70::92.85714::6.1E-9::+
5QSA00001_B_21	AAACTGGCGTCAAACACTCAAACATTTTTTATACAATTTGCATGTTTTTTTAAATACTTTTAAACATTGA	24.29	33	97	COL	SACOL0965	hypothetical protein								SACOL0965::70::100.0::6.7E-11::+
5QSA00001_B_22	GTACTTTCCATATATCAAAATAAAAACAATGACATTTCTGAAGAAAAAGCAGAGGCTTTAATTGATGCGT	30.0	30	84	MRSA252	SAR2051	hypothetical phage protein		SAR2051::70::100.0::5.6E-11::+,SAR2031::70::100.0::1.3E-10::-						
5QSA00001_B_23	ATGGCGCAAAATTAGGCACAAGCATTGTGAGCATCGTTGAAAATGGCGTAGGTTTATTAGGTAAATTATT	37.14	31	73	MSSA476	SAS1107a	antibacterial protein		SAR1150::70::97.14286::4.4E-10::+	SAS1107a::70::100.0::6.7E-11::+		MW1056::70::100.0::6.7E-11::+			SACOL1186::70::100.0::6.7E-11::+
5QSA00001_B_24	TATAAAAGCTACCTATTAGCAGTACTGTGCTTCACAGTCTTAGCGATTGTGCTTATGCCATTGCTGTACT	40.0	30	97	MRSA252	SAR2091	putative exported protein		SAR2091::70::100.0::5.6E-11::+	SAS1910::70::90.0::3.9E-8::+	SAV1990::70::91.42857::1.5E-8::+	MW1927::70::90.0::3.9E-8::+	SAS063::70::91.42857::1.5E-8::+		SACOL0334::70::90.0::3.9E-8::+
5QSA00001_B_3	CAACTTTAAATAAGGTTTACGGTTGCATTTTGATACAACAACCGATTACTAAGTCATGCTTTCCACTTTG	34.29	30	103	COL	SACOL2480	hypothetical protein								SACOL2480::70::100.0::6.9E-11::+
5QSA00001_B_4	GTGACACATATAAAAGTTACCTAGTAGCAGTACTGTGCTTCACGGTCTTAGCGATTGTACTCATGCCGTT	42.86	29	101	MW2	MW1430	hypothetical protein		SAR1546::70::92.85714::6.1E-9::+,SAR1563::70::92.85714::1.5E-8::+	SAS0903::67::92.537315::2.9E-8::+		MW1430::70::100.0::5.6E-11::+	SAS063::70::90.0::3.9E-8::+		SACOL0334::70::91.42857::1.5E-8::+
5QSA00001_B_5	TTGTCATTTAGTAATAAGATTGCATCAGCAGCTATAATTGATCGTTTTGTTCACCATTCAAAAGTATTTA	28.57	31	80	MRSA252	SAR0091	putative insertion sequence protein		SAR0091::70::100.0::6.9E-11::+,SAR1308::68::95.588234::2.0E-9::-						
5QSA00001_B_6	ACTGTGCTTTACAGTCTTAGCAATTGTACTTATGCCGTTTCTATACTTCACTACTGCATGGTCGATTGCG	41.43	30	75	MSSA476	SAS1910	putative exported protein			SAS1910::70::100.0::5.6E-11::+,SAS0903::70::94.28571::2.4E-9::+	SAV1990::69::92.753624::1.0E-8::+	MW1927::70::100.0::5.6E-11::+,MW1430::70::91.42857::1.5E-8::+	SAS063::69::92.753624::1.0E-8::+		SACOL0334::70::94.28571::2.4E-9::+
5QSA00001_B_7	AATAGAAGAGTTTACAAAAGGCAATATGAAATATATACTAAAAGTAACAAGAATTTCGTTTGTAAACGCA	25.71	32	119	MRSA252	SAR0686	putative transposase (pseudogene)		SAR0705::70::100.0::6.9E-11::+,SAR0686::70::100.0::1.3E-10::+,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::+						
5QSA00001_B_8	TTTCTATACTTCACTACAGCATGGTCAATTGCGGGATTCGCAAGTATCGCAACATTCATATTTTATAAAG	35.71	30	95	COL	SACOL0334	conserved hypothetical protein		SAR1546::70::94.28571::2.4E-9::+,SAR1563::70::94.28571::5.7E-9::+,SAR2091::70::92.85714::6.1E-9::+	SAS1910::70::95.71428::9.3E-10::+,SAS0903::70::91.42857::1.5E-8::+	SAV1990::70::90.0::3.9E-8::+	MW1430::70::95.71428::9.3E-10::+,MW1927::70::95.71428::9.3E-10::+	SAS063::70::95.71428::9.3E-10::+		SACOL0334::70::100.0::5.6E-11::+
5QSA00001_B_9	CACAAGCTAAAACAATGATTAAACCGACAGGGATTGCCAATGACACAGGTAAATCAGTAGAAGAAATGAT	37.14	31	80	MRSA252	SAR1909	hypothetical protein		SAR1909::70::100.0::6.9E-11::+						
5QSA00001_C_1	TATATTGACTGCGGGGACCCAACACAGAGAATTTCTAAAAGAAATTCTACAGGCAATGCACGTTTATGTT	38.57	30	106	MSSA476	SAS0843	hypothetical protein		SAR0936::64::93.75::6.9E-8::+	SAS0843::70::100.0::9.8E-11::+	SAV0973::70::100.0::9.8E-11::+	MW0855::70::100.0::9.8E-11::+	SAS024::70::100.0::9.8E-11::+		
5QSA00001_C_10	TACAACCATCATAATACTTCTCAAATCTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACAATTTTAAA	24.29	34	75	MRSA252	SAR1325b	hypothetical protein		SAR1325b::70::100.0::8.2E-11::+	SAS1255::70::97.14286::5.3E-10::+					
5QSA00001_C_11	GAATAATTGGATCAAAGTGGCACAAATATCTGTTACAGTCATTAACGAAGTGATTGACATCATGAAAGAA	32.86	31	90	COL	SACOL0039	hypothetical protein								SACOL0039::70::100.0::9.8E-11::+
5QSA00001_C_12	GATATAGATGGTGTTGTATGTGGCGAGATATTGGCGCACGTATACAGCGTTGAACCAGGAATTTTAATGT	41.43	31	103	MSSA476	SAS0415a	hypothetical protein		SAR0457a::70::94.28571::4.3E-9::+	SAS0415a::70::100.0::8.0E-11::+		MW0412::70::100.0::8.0E-11::+			
5QSA00001_C_13	TACCAATGAAGTTTCAAAAGAACAATTCCAAGAAATTGAGAATGTAAATAATAAGGTCAAAGAATTTTAT	24.29	34	71	COL	SACOL0057	hypothetical protein								SACOL0057::70::100.0::9.8E-11::+
5QSA00001_C_14	TATGTGTTCAAAGTGTGTACATCGGTGTGACGATTGATGATAAATTGAGCTCAGATGCTCAAAGGAGAAT	38.57	31	87	COL	SACOL0227	hypothetical protein								SACOL0227::70::100.0::8.0E-11::+
5QSA00001_C_15	AAGTATTTTTAAAATTAAACTAATGAATGGCATTTGTAGGTCTGAAAATATGAATATGAAAAAGAAAAAT	20.0	34	91	COL	SACOL0393	hypothetical protein								SACOL0393::70::100.0::9.8E-11::+
5QSA00001_C_16	CACCCTCGTTTTACATTTGATTCAAAGAAGAAGGTAAAAGATAAGATTATTTGCAACTTAAAAAGTCAAT	28.57	32	101	COL	SACOL0298	hypothetical protein								SACOL0298::70::100.0::8.0E-11::+
5QSA00001_C_17	TTAATGATAAAGTATTAGAAACATCGAAAGAGATGTATGTTGAGCAAAAATGTCTGATATTTTATAAAAC	24.29	33	122	COL	SACOL0561	hypothetical protein								SACOL0561::70::100.0::9.8E-11::+
5QSA00001_C_18	AATTATTAGGTACTATTATTTGGAGTATTGCTACATTTTATTATTCAAGAATGATGGAAATAATGAATTT	21.43	34	112	COL	SACOL0878	hypothetical protein								SACOL0878::70::100.0::8.0E-11::+
5QSA00001_C_19	CAACACAAAGGAGATAACTTCTCTATTGAAGAAGTTAAAAACATTATAGCAGACAATGAAATGAAAGTAA	28.57	31	82	COL	SACOL0702	hypothetical protein								SACOL0702::70::100.0::9.8E-11::+
5QSA00001_C_2	TTTGTTCTAGTGAATAATTATTATACAATGAGTATCTATCCTAGAATTATCAATAGTAATGGTGATTATG	24.29	34	118	COL	SACOL1949	hypothetical protein								SACOL1949::70::100.0::8.2E-11::+
5QSA00001_C_20	ATATTAATGCTTATCACCTTTTTTAAAAAGAAAATCGAGGCAAATTACAAATATTCAATTAGAGTATTGG	24.29	32	108	COL	SACOL1275	hypothetical protein								SACOL1275::70::100.0::8.0E-11::+
5QSA00001_C_21	TAGGATCATTATTACAAGAATTATTTAATATCATCTTAGAATCTCACAAAATATCAACTTTGTTTAATTA	20.0	33	114	COL	SACOL0852	hypothetical protein								SACOL0852::70::100.0::9.8E-11::+
5QSA00001_C_22	ACTTTTGTTAAAAAATGGATTTGGTCAAGTTTTGGTCAAGTAAATGTTTTATGTATTTATTTTTTTAAAG	21.43	37	97	COL	SACOL1330	hypothetical protein								SACOL1330::70::100.0::8.0E-11::+
5QSA00001_C_23	ATGAAATGACTTTGATGATTATGTTGAAGTCATTTCTTTATTTTTGTCTAATTTTCAATCAAATTGATAT	21.43	35	110	COL	SACOL1273	hypothetical protein								SACOL1273::70::100.0::9.8E-11::+
5QSA00001_C_24	GCGAAAAATGTAAAGTCATTAAACGTAAAGGTAAAGTAATGGTAATTTGTGAAAATCCAAAACACAAACA	28.57	32	77	MSSA476	SAS2118	50S ribosomal protein L36		SAR2312::70::100.0::8.0E-11::+	SAS2118::70::100.0::8.0E-11::+	SAV2227::70::100.0::8.0E-11::+	MW2146::70::100.0::8.0E-11::+	SAS078::70::100.0::8.0E-11::+		SACOL2216::70::100.0::8.0E-11::+
5QSA00001_C_3	ATAAAATTAAGTGCATACTTAATCGAATTATCAGTTTTCTTTTAATTGTTCACAGCACGTTCCTTTTTAT	25.71	32	109	MSSA476	SAS2176	hypothetical protein		SAR2370::70::94.28571::4.1E-9::+	SAS2176::70::100.0::9.8E-11::+	SAV2286::70::100.0::9.8E-11::+	MW2204::70::100.0::9.8E-11::+	SAS082::70::100.0::9.8E-11::+		
5QSA00001_C_4	TTATGGCAATGCTCATCGTTTTATTACTGGTAGTTATTGCATTAGTTTTGTATTTATTTTATGCCTTAAT	27.14	32	76	COL	SACOL2069	K+-transporting ATPase, F subunit	kdpF							SACOL2069::70::100.0::8.2E-11::+
5QSA00001_C_5	CATTTTTTAGCAGAACTTGCTAATAAATATGATGTTCAATATTTACTACAAAGTCGTGTTTTAAACACAA	25.71	31	130	Mu50	SAV2380	hypothetical protein		SAR2467::68::100.0::6.7E-11::+	SAS2270::69::100.0::4.0E-11::+	SAV2380::70::100.0::9.8E-11::+	MW2300::69::100.0::4.0E-11::+	SA2168::69::100.0::4.0E-11::+		SACOL2377::69::100.0::4.0E-11::+
5QSA00001_C_6	CATTTTGATACCAATACTAAAAGTTGCATATCCGTTTTTTAAAAAAGTTGAAAGAGAAAAGTGGTATTTT	25.71	32	109	COL	SACOL2633	hypothetical protein								SACOL2633::70::100.0::8.2E-11::+
5QSA00001_C_7	TATACTCTGTGCCCTATTTGTGATTTTCTTCATTCCATATATGGAGAAGAAAGACAAAAAGAAGAAATAA	30.0	31	156	MSSA476	SAS2052a	hypothetical protein		SAR2239::70::100.0::9.8E-11::+	SAS2052a::70::100.0::9.8E-11::+		MW2077::70::100.0::9.8E-11::+			
5QSA00001_C_8	GTGGTATTTATATTTTTAAAGAAGAATCTTTTAGAATTACACATATATTACACTAGGTTTATTGAAAAAA	20.0	32	112	COL	SACOL2677	hypothetical protein								SACOL2677::70::100.0::8.2E-11::+
5QSA00001_C_9	TTTGTGTATTGAAAGTGATAAATTAGTACTGTCAACGCCTCTGTTAAAGGGTTTTAAGGACGTTGAAAAC	34.29	31	88	COL	SACOL0017	hypothetical protein								SACOL0017::70::100.0::9.8E-11::+
5QSA00001_D_1	ACATGATAGTGTGAAATTAGGCACAAGTATCGTAGACATCGTTGCTAACGGTGTGGGTTTACTAGGTAAA	40.0	28	78	MSSA476	SAS1108	antibacterial protein			SAS1108::70::100.0::6.7E-11::+		MW1057::70::100.0::6.7E-11::+			SACOL1187::70::100.0::6.7E-11::+
5QSA00001_D_10	CTTAAATTAATTTCACCAACATTCGAAGATATTAAAACATGGTATCAATTGAAAGAATATAGTAAAGAAG	24.29	33	105	MSSA476	SAS0951	hypothetical phage protein		SAR1500::70::100.0::5.5E-11::+	SAS0951::70::100.0::5.5E-11::+		MW1383::70::100.0::5.5E-11::+			SACOL0386::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00001_D_11	AGTCGAAGACAGGGGCCCCAACACAGAAGCTGACGAAAAGTCAGCTTACAATAATGTGCAAGTTGGGGTG	50.0	29	133	MSSA476	SAS0230	hypothetical protein		SAR0249::70::91.42857::1.5E-8::+	SAS0230::70::100.0::6.7E-11::+					
5QSA00001_D_12	GCACTTTTGACAAATAGAATAAGGGATAAAAAAGATAAAAGGCTAGATATTTTATCTAGTGTATTACTTT	25.71	32	112	MSSA476	SAS2573	putative membrane protein			SAS2573::70::100.0::5.5E-11::+		MW2607::70::100.0::5.5E-11::+			
5QSA00001_D_13	CATTGTCTGTAGAAATTGGGAATCCAATTTCTCTTTGTTGGGGCCCATCCCCAACTTGCACATTATTGTA	41.43	31	110	MSSA476	SAS1375a	hypothetical protein			SAS1375a::70::100.0::6.7E-11::+,SAS0775::60::98.333336::1.7E-8::-	SAV2257::70::98.57143::1.9E-10::+,SAV0169::60::96.721306::7.6E-8::+	MW1322::70::100.0::7.6E-11::+	SAS080::70::98.57143::1.9E-10::+,SAS005::60::96.721306::7.6E-8::+		SACOL1469::70::98.57143::1.8E-10::-,SACOL0412::70::92.85714::3.3E-9::-
5QSA00001_D_14	ATTAGTATCACTGCTGGTTGTGGCATAGGTAAAGAAGCGAAAATAAAGAAAAGTTTTGAGAAGACATTGA	34.29	30	64	COL	SACOL0081	hypothetical protein		SAR0106::70::92.85714::4.6E-9::+	SAS0073::70::94.28571::1.7E-9::+,SAS0072::70::91.42857::1.3E-8::+	SAV0100::70::92.85714::4.6E-9::+,SAV0096::70::91.42857::1.3E-8::+,SAV0099::70::91.42857::1.3E-8::+	MW0072::70::94.28571::1.7E-9::+,MW0071::70::91.42857::1.3E-8::+	SA0096::70::92.85714::4.6E-9::+,SA0092::70::91.42857::1.3E-8::+,SA0095::70::91.42857::1.3E-8::+		SACOL0081::70::100.0::5.5E-11::+,SACOL0080::70::94.28571::1.7E-9::+,SACOL0079::70::91.42857::1.3E-8::+,SACOL0083::70::90.0::3.4E-8::+
5QSA00001_D_15	TAACCCTATATGGTTGAATCATGTTGATTATTTGGTTAAAAGTGTATTATTAAAAAGTATAAAATTAAGA	21.43	33	80	Mu50	SAV1154	hypothetical protein		SAR1126::66::96.969696::2.8E-9::+	SAS1087::70::97.14286::3.5E-10::+	SAV1154::70::100.0::6.6E-11::+	MW1036::70::97.14286::4.3E-10::+	SAS034::70::100.0::6.6E-11::+		
5QSA00001_D_16	ATATAAATACAAAATTTTATCGTGTATGTTGTTATACGATGAAAATACTTTTAATCTAATAAAATCATTT	17.14	35	119	COL	SACOL1487	hypothetical protein		SAR1459a::70::98.57143::1.4E-10::-	SAS1391::70::100.0::5.1E-11::-		MW1338::70::100.0::5.1E-11::-			SACOL1487::70::100.0::5.5E-11::+
5QSA00001_D_17	CTATGTCTTAAAAGTGACGAAACTTCAAATGTGCCAAGTGTTGAATCACATCAAAATCATTTTTATTTAA	28.57	31	103	COL	SACOL0471	hypothetical protein								SACOL0471::70::100.0::6.6E-11::+
5QSA00001_D_18	ATATTCACAGATGGTATAATAATAGAGTCGCCTATCTCTCAGGCGTCAATTGACGAAGAGAGGAGGTGCA	42.86	29	109	MRSA252	SAR0686	putative transposase (pseudogene)		SAR0686::70::100.0::1.3E-10::+,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::+				SAP007::70::100.0::5.4E-11::+		
5QSA00001_D_19	ACATGATTGTGGCATTAGAGTGCTGGTCTTTATTAAATTAATTGAAAGCTACATCAAATATTCTTTAGAT	28.57	32	109	MSSA476	SAS0788a	hypothetical protein			SAS0788a::70::100.0::6.6E-11::+		MW0800::70::100.0::6.6E-11::+			SACOL0919::70::100.0::6.6E-11::+
5QSA00001_D_2	ATGGTCAATTGCGGGATTCGCAAGCATAGTGACATTCATGTTTTATAAGGAATACTTTTATGAAGAATAA	32.86	30	94	MSSA476	SAS0903	hypothetical phage protein			SAS0903::70::100.0::5.6E-11::+,SAS1910::70::91.42857::1.5E-8::+		MW1927::70::91.42857::1.5E-8::+	SAS063::70::90.0::3.9E-8::+		SACOL0334::70::91.42857::1.5E-8::+
5QSA00001_D_20	ACAGGCGCTCGAAAACAATGACGAACACATTTACTTTATCAATCATTTTAAAATCAAAAGAGAAATATGA	30.0	32	93	Obsolete	Obsolete	Obsolete		SAR1093::70::95.83333::4.3E-10::+	SAS1054::70::97.22222::1.7E-10::+	SAV1119::70::97.22222::1.7E-10::+	MW1002::70::97.22222::1.7E-10::+	SA0968::70::97.22222::1.7E-10::+		SACOL1129::70::97.22222::1.7E-10::+
5QSA00001_D_21	TTAACTATAAAGTGCAAAAACAGTTAAAGTTATACGTCATCTCTAACAAGCCAATTCAAATCCAGTTTAC	30.0	31	85	Obsolete	Obsolete	Obsolete								
5QSA00001_D_22	ATCTAGAGAGCAATTATCAGTCGAAGAATACGAAACATTCTTTAACAGATTTGATAATCAAGAATTTGAT	28.57	34	119	COL	SACOL0029	HMG-CoA synthase, truncation		SAR0035::70::100.0::5.4E-11::+		SAV0038::70::100.0::2.7E-11::+	MW0028::70::100.0::5.4E-11::+	SA0035::70::100.0::2.7E-11::+		SACOL0029::70::100.0::5.4E-11::+
5QSA00001_D_23	TAAAGAATTAGTTGAAGAATTTGAAAGTATAGAAAAAGCGAAAAAGAATTCAAATTCAAAAGATAAATAG	21.43	35	93	COL	SACOL1343	hypothetical protein		SAR1323::70::95.71428::1.1E-9::+						SACOL1343::70::100.0::6.6E-11::+
5QSA00001_D_24	TAGTGATACTGAAATATTCAAATTGCTCTCTTTATTACAAGACGATATAGATCATATGAAAGTTAGTTAA	25.71	32	107	MSSA476	SAS0537	hypothetical protein		SAR0584::70::100.0::5.4E-11::+	SAS0537::70::100.0::5.4E-11::+	SAV0579::70::100.0::5.4E-11::+	MW0534::70::100.0::5.4E-11::+	SAS016::70::100.0::5.4E-11::+		SACOL0625::70::100.0::5.4E-11::+
5QSA00001_D_3	GTTGGCAATTGGCGGGACAAGTTCTTTAAAGAGCGTGAAGGTAAATATCAAGTAGAAGTAAAAGAAGCAT	38.57	29	73	COL	SACOL1344	hypothetical protein		SAR1312::69::98.55073::7.5E-11::+,SAR1315::69::95.652176::1.3E-9::+	SAS1253::68::95.588234::1.2E-9::+		MW1201::68::95.588234::9.2E-10::+			SACOL1344::70::100.0::6.7E-11::+
5QSA00001_D_4	ATAACAATGAGTAAATCAAGTGATGCCTTATTTAATTCATTAACACAATCGTTTGAGCTAATAGAAGGTG	30.0	29	104	MSSA476	SAS2052	transposase (fragment)		SAR2238::70::98.57143::4.4E-11::+	SAS2052::70::100.0::1.7E-11::+	SAV2151::70::100.0::5.5E-11::+	MW2076::70::100.0::5.5E-11::+	SAS072::70::100.0::5.5E-11::+		
5QSA00001_D_5	TTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATGATTTTGAAAG	21.43	33	112	COL	SACOL1863	hypothetical protein								SACOL1863::70::100.0::6.7E-11::+
5QSA00001_D_6	TAGTATTATATTTAGAAGAGGTTCCTAAGTTTATTTCTAATCTTAAAGAGCGACTGAACTACTCAGTTCA	30.0	30	86	Mu50	SAV2214	hypothetical protein				SAV2214::70::100.0::5.5E-11::+		SAS077::70::100.0::5.5E-11::+		
5QSA00001_D_7	GCTCTTCAAATAAATAATGATTTACCAATAAGTATATCAAGTAAACTAAAGAAATATATTCATAAACCTG	22.86	32	88	COL	SACOL2558	hypothetical protein								SACOL2558::70::100.0::6.7E-11::+
5QSA00001_D_8	TTGAATTTAGATACTTCCGCACTTGTTCGTCAACTTAAAGATATTGAAAATGAAATTAGAAACGTTCGCG	32.86	29	97	MSSA476	SAS2149	conserved hypothetical protein		SAR2343::70::97.14286::3.6E-10::+	SAS2149::70::100.0::5.5E-11::+	SAV2259::70::100.0::5.5E-11::+	MW2177::70::100.0::5.5E-11::+	SAS081::70::100.0::5.5E-11::+		SACOL2250::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00001_D_9	ACTCGAAGCCTTTCATGTAGCAAATAAAATGCATATACTGGGGCCCCAACAAAGAGAATTTCGAAAAGAA	38.57	30	86	MRSA252	SAR0779	hypothetical protein		SAR0779::70::100.0::6.7E-11::+						
5QSA00001_E_1	ATAATCTTACTGCTGTTTTTAATATTTGGATTCATTGTTGTGGTTACTTTAAAAAGTGAGCATCAATTAA	25.71	32	106	Obsolete	Obsolete	Obsolete								
5QSA00001_E_10	TCCAGTATTTTTAGCATTCTTTATTTATCATAAGCTTCGATATAAAACGAAAAAAATTCCATTAGAACAA	24.29	33	142	COL	SACOL1728	amino acid permease		SAR1761::69::98.55073::3.6E-10::+	SAS1610::69::100.0::1.4E-10::+	SAV1681::70::100.0::8.2E-11::+	MW1625::69::100.0::1.4E-10::+	SA1505::70::100.0::8.2E-11::+		SACOL1728::70::100.0::8.2E-11::+
5QSA00001_E_11	ATTGATGTTAGTAATTTTACATAAGTGGACTGTTTTTATACAACATCTTATGAATATTTTAAGTGGTGGT	25.71	32	116	MSSA476	SAS1298	hypothetical protein		SAR1370::70::100.0::9.5E-11::+	SAS1298::70::100.0::9.5E-11::+	SAV1358::70::100.0::9.5E-11::+	MW1245::70::100.0::9.5E-11::+	SAS043::70::100.0::9.5E-11::+		SACOL1394::70::100.0::5.4E-11::+
5QSA00001_E_12	CGCCAATTCATTAAAAGAATTGTTAAAACAATCCTTGTCGGTTATGTAATTAAATTTATTCGAAATAAAC	25.71	32	118	MSSA476	SAS0974	hypothetical protein		SAR1012::70::98.57143::2.0E-10::+	SAS0974::70::100.0::7.8E-11::+		MW0922::70::100.0::7.8E-11::+			SACOL1046::70::98.57143::1.8E-10::+
5QSA00001_E_13	ATTCATTAGAATTTTCATCACCTATTGAAAGAAATCATCGGTTTTTATTTCATCATCTATCAACACATCA	27.14	34	92	Obsolete	Obsolete	Obsolete		SAR0381::70::90.14085::2.1E-8::-		SAV0799::70::95.77465::4.4E-10::-		SA1821::70::95.77465::4.9E-10::-		SACOL0905::70::94.366196::1.2E-9::-
5QSA00001_E_14	AATTTTAAAAAGGGACATGCTATATACGATAAAAAGAGGCGGGGACATAAATCAATGTTCTATGCTCTAC	34.29	32	69	MSSA476	SAS1811a	hypothetical protein			SAS1811a::70::100.0::7.8E-11::+		MW1830::70::100.0::7.8E-11::+			
5QSA00001_E_15	TTAACAACTCCTATAAGATTATATTTAATTGATAATAATTATCAATATCAATTATTAGTGTTAATTGTAG	17.14	34	166	MSSA476	SAS1657a	hypothetical protein		SAR1809a::70::97.14286::6.2E-10::+	SAS1657a::70::100.0::9.5E-11::+		MW1673::70::100.0::9.5E-11::+			
5QSA00001_E_16	TGATGTCGTGGAAATATTATGGAGTTATACCAGAAGTTGATTTGTATTGTAATGTCGTGGAAATTTTATG	31.43	32	76	COL	SACOL0500	hypothetical protein								SACOL0500::70::100.0::7.8E-11::+
5QSA00001_E_17	GATTTATGAAAAATGGATTTTGAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTT	27.14	32	89	COL	SACOL1027	hypothetical protein								SACOL1027::70::100.0::9.5E-11::+
5QSA00001_E_18	CATATACAAAATGAATGTGCTGATAATGATTTACTCAAATTAAAAGGTGATTTTTATTCAATGATGAATG	24.29	33	100	COL	SACOL1517	hypothetical protein								SACOL1517::70::100.0::7.8E-11::+
5QSA00001_E_19	TAGATTTATTAATCCCACCATTCTCAAGTCGTAAACAATATGATGACTTATCATTCAACTTTTTATATTA	25.71	32	82	COL	SACOL1156	hypothetical protein								SACOL1156::70::100.0::9.5E-11::+
5QSA00001_E_2	TAAAAGTATCGGCATTTATATAATATTTATGTTATTTGGCGGAATTTTGAATAGGTTATCAAGAATCGTA	25.71	32	87	COL	SACOL2331	hypothetical protein								SACOL2331::70::100.0::8.0E-11::+
5QSA00001_E_20	TATTTAACAAGGTCTTTTCTCGAATATTGGCATATCAATTTAACTTTTTAAATAGTCATCAAAAAGATAA	22.86	32	107	COL	SACOL1521	hypothetical protein								SACOL1521::70::100.0::7.8E-11::+
5QSA00001_E_21	ATTTTTAATAAAGTGCATGAGTTATTTAATAAAGTGACGTTTATAGATAGAATTTATAACATAATAATAG	18.57	35	136	COL	SACOL1237	hypothetical protein								SACOL1237::70::100.0::9.5E-11::+
5QSA00001_E_22	ATCGCAAGGTTCTCATGTTCTGCTACAGTTTGCGGTCTTTGGAAGATATATCATTTACTATTATTAACAT	34.29	30	72	COL	SACOL1884	hypothetical protein								SACOL1884::70::100.0::7.8E-11::+
5QSA00001_E_23	GTATAATTTCAACTATGATTATGCACATAAAATTGTATCAAAAAAATACGATTATTCAATTTTTATAAAA	17.14	33	112	COL	SACOL1337	hypothetical protein								SACOL1337::70::100.0::9.5E-11::+
5QSA00001_E_24	GATAAAATTATAACATGGTGTCTTTTTAGCAATTCAAGCACTTTCTGCTTAATTAAATTTTTAGATGTAC	25.71	32	98	COL	SACOL2065	hypothetical protein								SACOL2065::70::100.0::7.8E-11::+
5QSA00001_E_3	CCTTGAAAATGAAAAAACGCAGATCAATGATTCAGAAAATGAATCTAGTGATCTCCGTAAAGCAAAATAA	31.43	34	115	COL	SACOL1953	hypothetical protein								SACOL1953::70::100.0::9.8E-11::+
5QSA00001_E_4	AATATGATTAAAAATGATGAATGGCATACTTATAAAGTGTCTAAATATTGGCGGTCAATATTACTTACAA	25.71	31	92	COL	SACOL2642	hypothetical protein								SACOL2642::70::100.0::8.0E-11::+
5QSA00001_E_5	CTACATCAAGTCGCATCGTGGTACCAGCACATCAAAGTAACATGGCATCAACGCCAAACCTGTCTATAAC	45.71	31	63	COL	SACOL2081	hypothetical protein								SACOL2081::70::100.0::9.8E-11::+
5QSA00001_E_6	AAAGCGATCAAAATACTTGGGGAACGGGCAGGGGCTCGACTTCGCGATAATTTTAAAAATCCATGTATAA	41.43	31	67	MRSA252	SAR2065a	hypothetical phage protein		SAR2065a::70::100.0::8.0E-11::+,SAR2031::70::100.0::1.3E-10::-						
5QSA00001_E_7	CACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAA	31.43	31	111	COL	SACOL2372	hypothetical protein								SACOL2372::70::100.0::9.8E-11::+
5QSA00001_E_8	TCGTGCTTGATGAAACAATAAATCAAGGCATTAATTTGACGGCAATGAAATATCCTAAGTCTTTCGATAT	32.86	30	83	MW2	MW1334	hypothetical protein				SAV1445::70::100.0::7.8E-11::+	MW1334::70::100.0::7.8E-11::+	SA1278::70::100.0::7.8E-11::+		
5QSA00001_E_9	CATAGCACCAGTCATCAGTGGCTGTGCTGTTGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAA	40.0	30	98	MRSA252	SAR0686	putative transposase (pseudogene)		SAR0716::70::100.0::9.8E-11::+,SAR0686::70::100.0::1.3E-10::+,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::+				SAP007::70::100.0::5.4E-11::+		
5QSA00001_F_1	TAAAAAAACTAAATCTCGTTTAGACATTATTAATACTTTGCCAGCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTA	25.71	31	126	MSSA476	SAS1989	hypothetical protein		SAR2173::70::100.0::6.6E-11::+	SAS1989::70::100.0::6.6E-11::+	SAV2085::70::100.0::6.6E-11::+	MW2008::70::100.0::6.6E-11::+	SAS068::70::100.0::6.6E-11::+		SACOL2076::70::100.0::6.6E-11::+
5QSA00001_F_10	ATTGTACTTTTTGGGAAAGTGATTGTTGATTGTCCTATTTGGTTGAATCCTGTTGATTATTTGGTTAAAA	30.0	33	56	MRSA252	SAR1126	hypothetical protein		SAR1126::70::100.0::5.4E-11::+						
5QSA00001_F_11	AGCCGCGTATATAAATTGTGATTTTTTATTGGACGAAGCTGAAGTACCAAAAGAATTAACTCAATTACAC	32.86	30	98	MSSA476	SAS1942	autoinducer peptide precursor		SAR2124::70::95.71428::1.1E-9::+	SAS1942::70::100.0::6.5E-11::+		MW1961::70::100.0::6.5E-11::+			
5QSA00001_F_12	TGCATTGCCTGTAGAATTTGGGAATCCAATTTCTCTTTGTTGGGGTCCCGCCAAGGTATTACTTGAATAA	41.43	30	86	MRSA252	SAR2752	conserved hypothetical protein		SAR2752::70::100.0::5.4E-11::+						
5QSA00001_F_13	AACGAAATTGCTTCAACCCGCTTCAACTTCAACTGGCTTCAACTTCAGCCTACTTCATTCAATAACAAAA	38.57	34	84	COL	SACOL0210	hypothetical protein								SACOL0210::70::100.0::6.5E-11::+
5QSA00001_F_14	CCACTCACATGATTTTTTTGATGAAACATAATTACATGATTGATTGCATCATTTTGTTAAACAATTTATT	24.29	34	110	Mu50	SAV0105	hypothetical protein				SAV0105::70::100.0::5.3E-11::+		SA0101::70::100.0::5.3E-11::+		
5QSA00001_F_15	ATTACGTTTATCTTTAAACAATTGCTATTTATATTTATTGTCCCTTTCATTTATCCATATAAAAAAGAAG	21.43	32	99	COL	SACOL1766	hypothetical protein								SACOL1766::70::100.0::6.5E-11::+
5QSA00001_F_16	AATTTTAATATCGAATTTATCACTAAATTAGAGGGCGCACATTTAGATTACGAAAAAGAAAACTCAGAAC	28.57	32	101	MSSA476	SAS1025	conserved hypothetical protein		SAR1064::70::100.0::4.2E-11::+	SAS1025::70::100.0::4.2E-11::+	SAV1090::70::100.0::5.3E-11::+	MW0973::70::100.0::4.2E-11::+	SA0941::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL1099::70::100.0::4.2E-11::+
5QSA00001_F_17	TATTACTGGGATTTTAAAAAACATTGGTAACATCGCAGCTTATAGTACTTGTGACTTCATAATGGATGAA	31.43	30	88	COL	SACOL2024	accessory gene regulator protein D	agrD							SACOL2024::70::100.0::6.5E-11::+
5QSA00001_F_18	CCCATCAAAATTCGAAGATGCAGAGGATATAGCTAAAGAAAGTTTAAAGCTTTACATTAATGCATATCGT	32.86	32	111	MSSA476	SAS1221	hypothetical protein		SAR1263::70::100.0::5.3E-11::+	SAS1221::70::100.0::4.2E-11::+	SAV1287::70::100.0::5.3E-11::+	MW1170::70::100.0::4.2E-11::+	SAS037::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL1306::70::100.0::4.2E-11::+
5QSA00001_F_19	TTGTTTTTTTAGGTGTGTCTGTCATGGGCAACACTTTGACGTTGGAATTCCGTTACAGGCTTGGGAGTAG	44.29	30	79	COL	SACOL2455	hypothetical protein								SACOL2455::70::100.0::6.5E-11::+
5QSA00001_F_2	TTAAAAACAATCCTATTCGAACATTTATGTGTGATGATTGTAAAAGTCGATTAGACACACCTAAACAACG	31.43	31	92	MSSA476	SAS1045	conserved hypothetical protein		SAR1084::70::95.71428::9.0E-10::+	SAS1045::70::100.0::5.4E-11::+	SAV1110::70::100.0::5.4E-11::+	MW0993::70::100.0::5.4E-11::+	SAS032::70::100.0::5.4E-11::+		SACOL1119::70::100.0::5.4E-11::+
5QSA00001_F_20	GGATTCCACTATATATAGGTGTGCTACTACTTTATTATTCTCGTTTTATAATCATGCATAACAATGAGTA	30.0	29	84	MSSA476	SAS2052	transposase (fragment)		SAR2238::70::97.14286::1.1E-10::+	SAS2052::70::100.0::1.7E-11::+	SAV2150::70::100.0::5.3E-11::+	MW2074::70::100.0::5.3E-11::+	SAS070::70::100.0::5.3E-11::+		
5QSA00001_F_21	ATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATG	21.43	31	103	COL	SACOL2490	hypothetical protein								SACOL2490::70::100.0::6.5E-11::+
5QSA00001_F_22	TAAAAATGCTGTTTTATGGCGGTTTCAAAATGGTGTTTCGATTAATAAGCCACAGCAAGACTTAGATCTA	34.29	30	98	Mu50	SAV2208	hypothetical protein				SAV2208::70::100.0::5.3E-11::+		SA2009::70::100.0::5.3E-11::+		
5QSA00001_F_23	CAAATAAATGGTCTTGGTATTTTTTGTATAGGATGTTCTTGGTGGTACGTAAGGAATATTCGTGATCTTT	32.86	32	70	Mu50	SAV0451	hypothetical protein				SAV0451::70::100.0::6.3E-11::+		SAS014::70::100.0::6.3E-11::+		
5QSA00001_F_24	AAAATTTTTCAAGCGTTCGAAACAAGGAAAATGTGGTACATGTGACATTAATCGTGATTGTTGTGGAATA	32.86	31	102	Mu50	SAV2549	hypothetical protein		SAR2629::69::95.652176::1.5E-9::+	SAS2435::69::97.10145::5.8E-10::+	SAV2549::70::100.0::5.3E-11::+	MW2470::69::97.10145::5.8E-10::+	SAS088::70::100.0::5.3E-11::+		
5QSA00001_F_3	CTTATCAACCAAATAAACGTAAACATAGTAAAGTTCATGGTTTCAGAAAACGCATGAGCACAAAAAATGG	32.86	30	81	MSSA476	SAS2596	50S ribosomal protein L34		SAR2800::70::98.57143::1.7E-10::+	SAS2596::70::100.0::6.6E-11::+	SAV2714::70::100.0::6.6E-11::+	MW2632::70::100.0::6.6E-11::+	SAS093::70::100.0::6.6E-11::+		SACOL2740::70::100.0::6.6E-11::+
5QSA00001_F_4	TATTTTTTTCTTCATAGTTTATGTGTTGTGTATCAGTTGTTTTAATAGCGATAAGCACGATAAAAATAAA	24.29	34	116	COL	SACOL2568	hypothetical protein								SACOL2568::70::100.0::5.4E-11::+
5QSA00001_F_5	CTGCGAGGCTGTCGGCAGTGCCGACCAAAACCATAAAACCTTTAAGACCTTTCTTTTTTTTACGAGAAAA	42.86	31	70	MRSA252	SAR0031a	hypothetical protein		SAR0031a::70::100.0::6.5E-11::+		SAV0032::70::100.0::6.5E-11::+		SA0030::70::100.0::6.5E-11::+		
5QSA00001_F_6	TGTTATCGACAGTGAATTGCGTACTATTAGAAACACTAATCATTTAGTTATGAGAAATAATTTGGTTCTG	30.0	30	90	pLW043	VRA0021	TrsO	trsO						VRA0021::70::100.0::5.4E-11::+	
5QSA00001_F_7	AGAAACTTCTTTATACGCAAAAAATTCTCCATGTTATATATGTCAATATAAAAATGTGAATCGTCTACAC	27.14	31	113	Mu50	SAV0805	hypothetical protein				SAV0805::70::100.0::6.5E-11::+				
5QSA00001_F_8	GATGGGGTTCCAATATCATCGAATGGGTTATTATTTGCTACTTGCATACGAATATGAGTCTTTTCAAATT	34.29	31	71	MRSA252	SAR0219	hypothetical protein		SAR0219::70::100.0::5.4E-11::+						
5QSA00001_F_9	CTAGTTACTGTTTAGAAAGAAGTAACAACCCTGAATTGTTGCGAGCAGTTGCAGAGTTGTTAAAGAAGGT	38.57	32	117	MSSA476	SAS1912a	hypothetical phage protein		SAR2094::70::100.0::6.5E-11::+	SAS1912a::70::100.0::6.5E-11::+		MW1930::70::100.0::6.5E-11::+			
5QSA00001_G_1	TTTTTAGCATTAAAGTTATAGATTTGGGTAAACAATTACCAATTGGAAACATATATCACGTTACGATGGG	30.0	31	120	COL	SACOL1463	hypothetical protein								SACOL1463::70::100.0::9.5E-11::+
5QSA00001_G_10	AAATTGTCGTTTTATGGCGGGCTGAAAATGCTGTTTTATGACGGTTTGAAAATGCTGTTTTTGGCGATTT	37.14	32	74	MRSA252	SAR2297a	hypothetical protein		SAR2297a::70::100.0::7.8E-11::+						
5QSA00001_G_11	CTAGAAATCCTTGTTCACATCACGACCACAGTCATCAGTGGTTGTATTATTGCGTTATTTACGCATTGGC	41.43	29	87	pLW043	VRA0033	hypothetical protein							VRA0033::70::100.0::9.5E-11::+	
5QSA00001_G_12	ATTGTCTGTAGAAATTGGGAATCCAATTTCTCTTTGTTGGGGCCCCTCCCCAACTTGCACATTATTGTAA	41.43	31	100	Mu50	SAV2257	hypothetical protein			SAS1375a::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV2257::70::100.0::7.6E-11::+	MW1322::70::98.57143::1.9E-10::+	SAS080::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL1469::70::97.14286::4.5E-10::-,SACOL0412::70::91.42857::8.4E-9::-
5QSA00001_G_13	TGTTCAGCATCATATTTGTATCTATAGTAGCTCCTATTATAGTAGGGGTTATAATCACGTTGTTTTCACA	32.86	31	94	Mu50	SAVP009	hypothetical protein				SAVP009::70::100.0::9.2E-11::+				
5QSA00001_G_14	GAATCGATGAAAATTTTCAAAGCTCAAGTAATGCTTAGAAATTTAAAGCTATTAAGCGAGTGGATTGTTA	30.0	32	109	Mu50	SAVP011	hypothetical protein				SAVP011::70::100.0::7.6E-11::+				
5QSA00001_G_15	ATGGATAGTGAATTTAAGGCAATTAAAAAAGCATCAAACAGTAATATGCTGCTTGATGCCCAAATGATGA	32.86	32	126	MSSA476	SAS0354a	hypothetical protein		SAR395a::68::92.64706::4.8E-8::+	SAS0354a::70::100.0::9.2E-11::+		MW0353::70::100.0::9.2E-11::+			
5QSA00001_G_16	GGCAGAACAATCAAAACAGAAACAAGCTAATGAACAACAAAAGGCCCAGAACTTATTCGCACGTTGGAGA	41.43	31	64	MSSA476	SAS1585a	hypothetical protein		SAR1729a::70::100.0::7.6E-11::+	SAS1585a::70::100.0::7.6E-11::+		MW1600::70::100.0::7.6E-11::+			
5QSA00001_G_17	CGACCGTTGGCATAAGGGAATTTGTAAACAAATCGTTTTGAATTTAGTAGAGAAAGGTGAAAAGGGTTAA	35.71	31	96	MSSA476	SAS0360a	hypothetical protein		SAR0401a::70::91.42857::2.5E-8::+	SAS0360a::70::100.0::9.2E-11::+		MW0360::70::100.0::9.2E-11::+			
5QSA00001_G_18	ATTTATATGAAATCATTCAATATAGACAAAGTATTGACTACATATATATTTTATTATGATTGTGAAAAAG	18.57	36	116	MSSA476	SAS2278a	hypothetical protein			SAS2278a::70::100.0::7.6E-11::+		MW2309::70::100.0::7.6E-11::+			
5QSA00001_G_19	TTTCTATTTTACCAATTTAATCAAACGAAAACATCAAGCTGAAGATCGCCGAAAGATTTTAATCAAGCAA	30.0	33	67	COL	SACOL0923	hypothetical protein								SACOL0923::70::100.0::9.2E-11::+
5QSA00001_G_2	CTTTTCTCAAGATTTTCATAACCTACAAATAAATATGTCACATTTTAAGAAAGGTATTTCAAAATTAAAG	22.86	33	131	COL	SACOL2187	hypothetical protein								SACOL2187::70::100.0::7.8E-11::+
5QSA00001_G_20	GATATTTTTGACTAAACCAAATGCTAACCCAGAAATACAATCACTGTGTCTAATGAATAATTTGTTTTAT	27.14	31	99	COL	SACOL0673	hypothetical protein								SACOL0673::70::100.0::7.6E-11::+
5QSA00001_G_21	ACTATATTTTCCCATTTTAAATTCTAAAAAACAAGTAGAAATTTTAGAAACACTTATCAATTTATTGATT	18.57	33	95	COL	SACOL1246	hypothetical protein								SACOL1246::70::100.0::9.2E-11::+
5QSA00001_G_22	GCTTCAGCTGTTTTTAATGAAAATAGCATTAAATGATTTTGAAAACGATAAGAGTGTGTTATTTATATTT	24.29	34	114	COL	SACOL0729	hypothetical protein								SACOL0729::70::100.0::7.6E-11::+
5QSA00001_G_23	GAGGCTATTTTCCAGATATGGAAATGGCCTCTTTTTATAATCAAATTAATAAGAATAAATATGTTTATTA	24.29	33	100	COL	SACOL1379	hypothetical protein								SACOL1379::70::100.0::9.2E-11::+
5QSA00001_G_24	GACGATTTTTACTCAATTGAGTGATAGAATCAAAAAAGCCATCTCAAAAATTAATCAAGCAAACAACATT	28.57	32	100	COL	SACOL1527	hypothetical protein								SACOL1527::70::100.0::7.6E-11::+
5QSA00001_G_3	ATATTTTTGGGATGTGGTGTTTAGTCAATGGCGGGCTGAAATTGTCGTTTTATGGTGGGCTGAAAATGCT	41.43	33	55	COL	SACOL2200	hypothetical protein								SACOL2200::70::100.0::9.5E-11::+
5QSA00001_G_4	TATTTTAACAATATAAATATTAATAGTATAATGGCTTTAAATGATAATAATTATCAATTTGAGCACGTTA	17.14	33	116	COL	SACOL2370	hypothetical protein								SACOL2370::70::100.0::7.8E-11::+
5QSA00001_G_5	TAACATGTTACAATACATTTAACACATCATTTGCAATCATTGAATTTAAATCAAAGATTAGTGGAATAGA	24.29	32	112	COL	SACOL2244	hypothetical protein								SACOL2244::70::100.0::9.5E-11::+
5QSA00001_G_6	CTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAA	21.43	33	137	MRSA252	SAR0686	putative transposase (pseudogene)		SAR0710::70::100.0::7.8E-11::+,SAR0686::70::100.0::1.3E-10::+,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::+						
5QSA00001_G_7	ATTTACAAAACAACTCAAGAATTAAGTTTTGTAAGTTCGTTAGATTTTTATTTAACGAAACATTTAACTT	21.43	33	116	COL	SACOL2629	hypothetical protein								SACOL2629::70::100.0::9.5E-11::+
5QSA00001_G_8	AAGCGGACATATGAAAAGTGAAAAAATTCCATCTGTCGGGTTTATTACAGAACCAATATGCTTTATCTAA	32.86	29	81	MRSA252	SAR1832	hypothetical protein		SAR1832::70::100.0::7.8E-11::+						
5QSA00001_G_9	GGCGGCTTTGTGAATAGTCTAATAATGAAGGATTTAAGCGATAATGATATGCGTTTTAAATATGAATATT	30.0	33	113	COL	SACOL2637	hypothetical protein								SACOL2637::70::100.0::9.5E-11::+
5QSA00001_H_1	ATTAGCTAAAGCAATCGGAATTGTCGGTGGCGTAAACGCTTGCAGCAGTTTATTTGATGAACCTAAAGTA	40.0	29	97	Mu50	SAV2037	AgrD protein	agrD			SAV2037::70::100.0::6.3E-11::+		SAS066::70::100.0::6.3E-11::+		
5QSA00001_H_10	ATTACATATGGATATACGACTGAGGGAACGTGGGTCAATCTATTATTTAAATCTTTATCGCTCAGCATGA	35.71	30	84	MSSA476	SAS2415a	hypothetical protein			SAS2415a::70::100.0::5.3E-11::+		MW2450::70::100.0::5.3E-11::+			SACOL2542::70::100.0::5.3E-11::+
5QSA00001_H_11	ATAGTTTTAAAATCTAATGACAAAGTAATAAACAATGCTTGCCAAATAACAATAAATTATAAAAATAACC	20.0	33	121	Obsolete	Obsolete	Obsolete								
5QSA00001_H_12	CTTCTGTTAGAATCCCTCAAAATGATATTTCACGATATGTTAATGAAATTGTTGAAACAATACCTGATAG	30.0	30	123	MSSA476	SAS1847	transposase (fragment)		SAR2471::70::97.14286::5.8E-10::+,SAR2251::70::97.14286::5.8E-10::+,SAR2029::70::97.14286::5.8E-10::+,SAR0722::70::97.14286::5.8E-10::+,SAR1138::70::97.14286::5.8E-10::+,SAR0932::70::97.14286::5.8E-10::+,SAR1375::70::97.14286::5.8E-10::+,SAR0698::70::97.14286::5.8E-10::+,SAR2236::70::97.14286::5.8E-10::+,SAR2440::70::95.71428::6.5E-10::+,SAR0686::70::97.14286::8.8E-10::+,SAR0686::70::97.14286::8.8E-10::+,SAR0686::70::97.14286::8.8E-10::-,SAR0685::70::97.14286::8.8E-10::+,SAR0685::70::97.14286::8.8E-10::+,SAR0685::70::97.14286::8.8E-10::-,SAR2606::70::92.85714::2.3E-9::+,SAR0963::70::94.28571::3.9E-9::+	SAS1847::70::100.0::4.3E-11::+,SAS1362::70::97.14286::1.0E-10::+,SAS2205::70::90.0::1.9E-8::+	SAV1923::70::100.0::5.2E-11::+	MW1864::70::100.0::5.2E-11::+,MW1296::70::91.42857::6.4E-9::+	SAS055::70::100.0::5.2E-11::+		SACOL0260::70::94.28571::9.5E-10::+,SACOL1813::70::94.28571::2.7E-9::+,SACOL1834::70::94.28571::3.8E-9::+,SACOL2172::70::94.28571::3.9E-9::+,SACOL1744::70::94.28571::3.9E-9::+,SACOL1442::70::91.42857::6.4E-9::+
5QSA00001_H_13	CTATCAATTACTATATAAATTTAGTACCCTTTTGCCACTTAATTATAACAAATTCTCAAATTTTAAAAAT	20.0	33	99	COL	SACOL1755	hypothetical protein								SACOL1755::70::100.0::6.3E-11::+
5QSA00001_H_14	TGGTTGATAACGAACTTTATTAATAACAAATATAGAAAAAGTACCCATACTTTTATCTCCTTTCCATTTT	25.71	31	90	MRSA252	SAR1733	DNA repair protein RadC (pseudogene)	radC	SAR1733::70::100.0::1.3E-10::+		SAV0051::70::100.0::5.2E-11::+,SAV1654::70::100.0::5.2E-11::+				
5QSA00001_H_15	CGTATTACAAGTCATAGTTTATGTACTCCTGGTTGTGCTAAGACTGGTAGTTTTAATAGCTTCTGCTGTT	37.14	29	94	MSSA476	SAS1746	lantibiotic precursor			SAS1746::70::100.0::6.3E-11::+		MW1765::70::100.0::6.3E-11::+			SACOL1878::70::100.0::6.3E-11::+
5QSA00001_H_16	TAGAGGCGCCGAGTGACTTCGCAAAGTTGAGCGATCAGTCTGATTTGATGAGGGCGGAGGTGACAGAGTA	52.86	32	90	Mu50	SAV0882	int gene activator RinB				SAV0882::70::100.0::5.2E-11::+				
5QSA00001_H_17	TAGTGCTAACGTACAAATTGTGATATTTTTACATAGTTGTTTAATCATTAGTAATCCGCCCTTTCAATAT	28.57	31	87	COL	SACOL2005	hypothetical protein								SACOL2005::70::100.0::6.3E-11::+
5QSA00001_H_18	TTTGGGGTTACTATAAAAACGAGCAAATTAAGTGGTACGTAGACAAGGGTTTAATCGATAAAGAAGAATA	32.86	31	84	Mu50	SAV0907	phiETA ORF59-like protein				SAV0907::70::100.0::5.2E-11::+				
5QSA00001_H_19	TCTACAGACAATGCAAGTTGGGGAACGGGGCCCCAACACAGAAGGTGACGAAAAGTCAGCATACAATAAT	47.14	29	70	COL	SACOL2260	hypothetical protein								SACOL2260::70::100.0::6.3E-11::+
5QSA00001_H_2	ACTTAGACAGCGTAAGGTCGGCAGTATTAGCCGATAAAGAAAAATCGAAATATAATGAACCTCTCTTTTA	35.71	32	75	Mu50	SAV0889	hypothetical protein				SAV0889::70::100.0::5.3E-11::+				
5QSA00001_H_20	TTTTTTATTTTCTACACTTCTGTGTTTTACTTTTGTTAAAATATATAGGATTTAAATTATTTATTTATGA	15.71	36	98	MSSA476	SAS1862	phospholipase C precursor (pseudogene)	hlb	SAR2033::70::98.57143::7.5E-11::+,SAR2031::70::98.57143::3.4E-10::+	SAS1864::70::100.0::2.9E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::+	SAV1941::70::100.0::2.9E-11::+	MW1883::70::100.0::2.9E-11::+	SA1753::68::100.0::8.9E-11::+		
5QSA00001_H_21	CAACGTAATATTACAATTAATGGATTGTTTCACAAGATGGTAAAGCTAGGATGTCTTTTTATTAAGAAAT	27.14	30	86	COL	SACOL2429	hypothetical protein								SACOL2429::70::100.0::6.3E-11::+
5QSA00001_H_22	ACTAAAGTTATATATCGTGGTTGGAATAAGGAGATATTTATTTTACAGGGTAAAAATATGAATGTTATTG	25.71	32	97	Mu50	SAV1973	hypothetical protein		SAR1530::70::97.14286::3.4E-10::+,SAR1563::70::97.14286::8.8E-10::+	SAS0920::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV1973::70::100.0::5.2E-11::+				
5QSA00001_H_23	GGAAAATACCTTTAAATTGTGAAGCTTGTGGCAATAGAAATTATAATGTTCCTAAGCAAGAAGGCACGGC	37.14	30	101	MRSA252	SAR0538	50S ribosomal protein L33 type 3	rpmG3	SAR0538::70::100.0::6.3E-11::+	SAS0492::70::97.14286::4.1E-10::+					
5QSA00001_H_24	TACAAACCATAGCCGGGTACACGGTCTTTGCAGTTGGTTTAAAGTATTTAACTAAACGTAAAAATAAATA	32.86	32	102	MSSA476	SAS0215	putative membrane protein		SAR0232::69::89.85507::6.2E-8::+	SAS0215::70::100.0::5.2E-11::+	SAV0239::69::98.55073::2.2E-10::+	MW0215::70::100.0::5.2E-11::+	SAS007::69::98.55073::2.2E-10::+		SACOL0219::69::98.55073::2.2E-10::+
5QSA00001_H_3	TCGCTAAAGAAAAAAGTAAATTAAAACTCAATTTACTAAAACATGCAAACAGTAATTTAGAAACAAGAAA	22.86	34	86	Mu50	SAV0857	hypothetical protein				SAV0857::70::100.0::6.3E-11::+				
5QSA00001_H_4	ATCTTTTAGTCAAAATAGAAGTCATAGCTTAGAACAATCTTTAAAAGAAGGATATTCACAAATGGCTGAT	28.57	31	101	MSSA476	SAS1974	hypothetical protein		SAR2157::70::100.0::5.3E-11::+	SAS1974::70::100.0::5.3E-11::+	SAV2069::70::100.0::5.3E-11::+	MW1993::70::100.0::5.3E-11::+	SAS067::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL2059::70::100.0::5.3E-11::+
5QSA00001_H_5	TAGGAATGAAATTATACGCGAGTATGATTTCACACCTTCGACGTTTGTAAATGGCGGTTATAAAATGTAG	35.71	30	109	MSSA476	SAS1727a	putative transposase (pseudogene)			SAS1727a::70::100.0::3.0E-11::+		MW1747::70::100.0::6.3E-11::+,MW1746::70::100.0::7.2E-11::-			SACOL1855::70::100.0::3.0E-11::+
5QSA00001_H_6	ATATATTACAACTCAATGGCATGGAGTGTGACATCAATGTTAAAGAACCACTAAAGATTTATTATGTAGT	30.0	29	108	COL	SACOL2259	hypothetical protein								SACOL2259::70::100.0::5.3E-11::+
5QSA00001_H_7	AATAACTAGCCATCTTTTTTGTAGCTTTGGTTGTGAAAAGACGGGTAGTTTTAACAGCTTCTGTTGTTAA	34.29	31	99	MSSA476	SAS1747a	lantibiotic precursor			SAS1747a::70::100.0::6.3E-11::+		MW1766::70::100.0::6.3E-11::+			
5QSA00001_H_8	TTGCCAAAAATACAAAAAATAATATGCGACAATTATACGCTTATTATAATAATAGTCAAATGCATTTTTT	21.43	33	140	COL	SACOL2457	hypothetical protein								SACOL2457::70::100.0::5.3E-11::+
5QSA00001_H_9	TGTACCTTCAATTAACAGTTGGTACGATGGTTTTGCCATTTTTCATCAACGTAAATATAAAAAGGACTAA	31.43	30	97	COL	SACOL0492	hypothetical protein								SACOL0492::70::100.0::6.3E-11::+
5QSA00001_I_1	CCGAATTGAACCTTCAGTAAATATAGAGATACATCATCATTTCTTATACAATACAAGAGATTTATATTAG	27.14	33	93	COL	SACOL1391	hypothetical protein								SACOL1391::70::100.0::9.2E-11::+
5QSA00001_I_10	TTTTATCTAATAAGGTTTCATACCATAATCTTACAGATTGTTCTGAACACTCTAAGACATTGCTAATATC	28.57	31	125	Obsolete	Obsolete	Obsolete		SAR0381::70::97.14286::1.7E-10::-	SAS1933::70::91.42857::1.2E-8::-	SAV0799::70::100.0::2.4E-11::-,SAV2013::70::100.0::4.3E-11::-	MW1950::70::91.42857::1.2E-8::-	SA1821::70::100.0::2.7E-11::-		SACOL0905::70::98.57143::6.8E-11::-
5QSA00001_I_11	ACACTTATTACAGGTGGCTTACTAATTATTTTTCGACTTTGGTTAGAACTGAAATGGAAAAATAAAAAAT	27.14	32	125	MSSA476	SAS1859a	hypothetical protein		SAR2027a::70::98.57143::2.3E-10::+	SAS1859a::70::100.0::9.2E-11::+		MW1877::70::100.0::9.2E-11::+			SACOL1999::70::100.0::9.2E-11::+
5QSA00001_I_12	CAACAATTAGATGGTTACATTTCTATAGAAGATTTTTTTAAGCATATGGATGAATTATCGAAGAAAGAAG	27.14	32	118	MSSA476	SAS1252	hypothetical protein			SAS1252::70::100.0::7.4E-11::+		MW1200::70::100.0::7.4E-11::+			
5QSA00001_I_13	TGGAAAAAACATATCTAGTGCTAATGATACTTAACATGCAAAAATGGCACTATTTAAATTTTTCAATTTC	25.71	33	132	COL	SACOL2336	hypothetical protein								SACOL2336::70::100.0::9.2E-11::+
5QSA00001_I_14	TTGTATCATTTGTTGCATCAATGTTGCATCACTAAAAATGATGCAACACCTACGATTACTTTTTACACTC	32.86	32	137	MW2	MW1407	hypothetical protein		SAR1563::70::97.14286::8.8E-10::-			MW1407::70::100.0::7.4E-11::+			
5QSA00001_I_15	ATCAGTAAGTGATACCAATTTATTAGGACAATACGAAAAGGCAATTTCTATTAGCGATATGATAGAGATT	30.0	31	89	COL	SACOL2406	hypothetical protein								SACOL2406::70::100.0::9.2E-11::+
5QSA00001_I_16	TATTGTTACCGTTATAATTTACAAGATTCATTATCAAGCCACTTCATTTCAATCGTCAATCACTTTGGAA	30.0	31	88	MSSA476	SAS2234a	hypothetical protein		SAR2428a::70::97.14286::4.8E-10::+	SAS2234a::70::100.0::7.4E-11::+	SAV2343::70::98.57143::1.2E-10::+	MW2262::70::100.0::7.4E-11::+	SAS086::70::98.57143::1.2E-10::+		
5QSA00001_I_17	GATTTTAGCGTTACTGCAAATAATTTTATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTA	30.0	30	98	COL	SACOL2468	hypothetical protein								SACOL2468::70::100.0::9.2E-11::+
5QSA00001_I_18	TTATTAACATGGGATATTCGAGGTTTAACATCTTATATTTTCTCATTCTTAATACTGGTTGCGCTTGTTT	30.0	31	111	MSSA476	SAS2493	putative membrane protein		SAR2686::70::97.14286::2.9E-10::+	SAS2493::70::100.0::4.5E-11::+	SAV2608::70::97.14286::2.4E-10::+	MW2527::70::100.0::7.4E-11::+	SA2401::70::97.14286::2.4E-10::+		
5QSA00001_I_19	ATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTAATTATCTCTGAAGAAGTTGAAAGATTTATGGAAAATGCATAC	30.0	32	109	COL	SACOL2543	hypothetical protein								SACOL2543::70::100.0::9.2E-11::+
5QSA00001_I_2	TTATATATAATAATATGGACAACAATAATACTATAAATAGAAATCTACATAGTGAATTTGCTATAATTAT	17.14	35	134	COL	SACOL1815	hypothetical protein								SACOL1815::70::100.0::7.6E-11::+
5QSA00001_I_20	AATCATAGACACAGATAAGTTCGTCAATCTGTTAATGAATTATGATGTGATAGAGTTAAGTGAGGATAAA	30.0	31	94	COL	SACOL0055	hypothetical protein								SACOL0055::70::100.0::7.4E-11::+
5QSA00001_I_21	GGATAATGAACATAACGTTTATAATCATTGGGGAGGACTTGATATAAATGACTATAGATCGACGTATTAG	32.86	30	122	Obsolete	Obsolete	Obsolete								
5QSA00001_I_22	GCCTAAAAATGTCATATATGTAATCAGAGTAGAAAGTGTTGAGGCGTTTCAGAAGTTGTTTAGAAAAGTA	32.86	32	83	COL	SACOL0094	hypothetical protein								SACOL0094::70::100.0::7.4E-11::+
5QSA00001_I_23	CATTTTCAAAAGTTTATTAGCGAAATAGATACGTTAGTCTTAAAAGTGATTAGTCGTATAACAGTAATTG	27.14	32	89	MRSA252	SAR0089	hypothetical protein		SAR0089::70::100.0::9.2E-11::+						
5QSA00001_I_24	TATTAGTATTAACACACCCAAGATATTATAAAACATCACAAAAACACCACTATCTAATTTATCTCAATAA	24.29	34	92	COL	SACOL0112	hypothetical protein								SACOL0112::70::100.0::7.4E-11::+
5QSA00001_I_3	GGATTATTGATTGTTGGTGGAATGTCATCTGGCAAAATAGTAACAGCATTACTCATATTAGATGCAACTA	34.29	30	113	Obsolete	Obsolete	Obsolete			SAS1377::70::100.0::1.3E-10::-	SAV1435::70::100.0::1.3E-10::-	MW1324::70::100.0::1.3E-10::-	SA1268::70::100.0::1.3E-10::-		SACOL1472::70::100.0::1.3E-10::-
5QSA00001_I_4	AATATATTATTTAATCGTGATGACTTAATTAAAATGAAAAAGATTGATAATATAAATGTGAAAAAGATAA	15.71	36	116	COL	SACOL2254	hypothetical protein		SAR2347::70::100.0::3.6E-11::-	SAS2153::70::100.0::3.6E-11::-	SAV2263::70::98.57143::9.2E-11::-	MW2181::70::100.0::3.6E-11::-	SA2058::70::98.57143::9.2E-11::-		SACOL2254::70::100.0::7.6E-11::+
5QSA00001_I_5	ATGAAAACATGTGAACAAATTAGTTACCATGATTTTAAGCACAATAATGTTTGGTATATTGTTAAAATTG	24.29	31	118	COL	SACOL1559	hypothetical protein								SACOL1559::70::100.0::9.2E-11::+
5QSA00001_I_6	CATTATTACAAAAATTCGACTTTTGTAATAATATTTCACATTTTCGACACTTTTTTGCTATAAAACAACC	24.29	33	119	COL	SACOL2454	hypothetical protein								SACOL2454::70::100.0::7.6E-11::+
5QSA00001_I_7	TGAATGATATTGATTTGATTCATTACATGTTACTGATGAACATACCTGCATATGTGTTTCTAGCTTGTTT	30.0	33	92	COL	SACOL1757	hypothetical protein								SACOL1757::70::100.0::9.2E-11::+
5QSA00001_I_8	TAAGTATTGGTGTTTTGGGGTTTGGAGATGTAGTCGGAGGTTTGGAGGATTTGAGCGATTTGGGTATGGA	44.29	35	19	MRSA252	SAR0419	hypothetical protein		SAR0419::70::100.0::7.6E-11::+						
5QSA00001_I_9	GCCATTTGATTCACTAGCGGTGTTAATAACTACGGAAATTGCATTTCCGACTGAAATTTTTGAAAAATAT	32.86	29	126	COL	SACOL1901	hypothetical protein								SACOL1901::70::100.0::9.2E-11::+
5QSA00001_J_1	TTAAGACAAATCACTGATTTTTATATGGAACATTTACTCGTAAGTAATTCCATCGTCATTGCAGGTTATT	30.0	30	115	Mu50	SAV0249	hypothetical protein		SAR0244::70::94.28571::2.6E-9::+	SAS0225::70::98.57143::1.6E-10::+	SAV0249::70::100.0::6.2E-11::+	MW0225::70::98.57143::1.6E-10::+	SAS008::70::100.0::6.2E-11::+		SACOL0234::70::98.57143::1.6E-10::+
5QSA00001_J_10	TTTCAAGAGCAAAAAGATGGCACGGTTGAAGTATCACATCAAGAAATCGTTTTTGTAGGTAAGAAAATCC	35.71	32	118	COL	SACOL1972	conserved hypothetical protein		SAR2003::70::97.14286::3.4E-10::+	SAS1834::70::98.57143::1.3E-10::+					SACOL1972::70::100.0::5.2E-11::+
5QSA00001_J_11	AAGGTCAAGTTTCACAAGCATTGATGGGAACTGGTATTAAAGATTCTACTGCAAGAAGCATAGGGTTTTG	38.57	30	77	COL	SACOL0850	hypothetical protein								SACOL0850::70::100.0::6.2E-11::+
5QSA00001_J_12	TAACTTTAATCATAACGAAAAAGGTAGGAAGAAAACAAAAATTTATACTCAACATCGCAAATATTTTAAG	24.29	32	68	COL	SACOL1983	hypothetical protein								SACOL1983::70::100.0::5.2E-11::+
5QSA00001_J_13	GTCTAATTACACAGATCATCAATTAATTGAAACTACAAATAGAGCTATTAGCTTATATATGGCAAATTAA	25.71	31	103	MSSA476	SAS0763	hypothetical protein		SAR0854::70::100.0::4.5E-11::+	SAS0763::70::100.0::4.5E-11::+	SAV0822::70::100.0::4.5E-11::+	MW0776::70::100.0::4.5E-11::+	SA0751::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL0867::70::100.0::6.2E-11::+
5QSA00001_J_14	TTATATCTTTAAAAAAGATTTTGAAGATATTGAAAGAAAAACTAAAGAAATTATTTCTGATATTGAAAGT	17.14	35	107	MSSA476	SAS1848	putative exported protein		SAR2016::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS1848::70::100.0::5.2E-11::+	SAV1924::70::100.0::5.2E-11::+	MW1865::70::100.0::5.2E-11::+	SAS056::70::100.0::5.2E-11::+		SACOL1987::70::100.0::5.2E-11::+
5QSA00001_J_15	TAACAATTTTATTACTAGCAATATCTAACATGTATGTCGCTTTTAGCGTTTATGCTTGGCTAATAACTTT	28.57	33	111	COL	SACOL0893	pathogenicity island protein								SACOL0893::70::100.0::6.2E-11::+
5QSA00001_J_16	TACCGCAAATATTGTTGTCAAAAATAACAATTTAATCAAAACATTGATTCAAACACTTGCCGGTTACACC	31.43	32	109	MRSA252	SAR0232	putative membrane protein		SAR0232::70::100.0::5.2E-11::+						
5QSA00001_J_17	TAAAAATAGCGATAATGAACAAGTTAAAAATGTAAAAGATAAGATAAATGAATATACAGGATCGAATAAC	22.86	33	53	MSSA476	SAS1560	hypothetical protein		SAR1704::70::98.57143::1.6E-10::+	SAS1560::70::100.0::6.2E-11::+	SAV1624::70::100.0::6.2E-11::+	MW1574::70::100.0::6.2E-11::+	SAS049::70::100.0::6.2E-11::+		SACOL1679::70::100.0::6.2E-11::+
5QSA00001_J_18	GGTAACTTATGGATTTAATTTAACAGGAGAGATTACAACGTGCGAAAACAAGTTATTATTACAAAAACAG	30.0	32	93	MRSA252	SAR0370	putative exported protein		SAR0370::70::100.0::5.2E-11::+						
5QSA00001_J_19	ATCGAGGGTTTATTTATATCTATAGAAGTCAAATTACTTTTAACTTTATTCATTGTACATGTTAATGGTA	24.29	31	98	COL	SACOL1959	hypothetical protein								SACOL1959::70::100.0::6.2E-11::+
5QSA00001_J_2	TTGGTCGGAGATATTAGAGATACACATTATAAACTGTCTGATGATTCAGTTATTAGCATTATAGATTTTA	28.57	31	87	MW2	MW1418	hypothetical protein					MW1418::70::100.0::5.2E-11::+			
5QSA00001_J_20	ACGAAGAGTTAATTGCCATAGATAAGCATGGTAATAAAATGTTTATTAAATTTTATCCGAATACGGAGGA	30.0	30	100	MRSA252	SAR2075	hypothetical phage protein		SAR2075::70::100.0::5.2E-11::+,SAR2031::70::100.0::1.3E-10::-						
5QSA00001_J_21	GATTTAAGCGTCCTTAGGGTTTTTGTATTGGATTACAATGGTCATGGCAATTTGATAATGATTGAGATAT	32.86	31	80	MRSA252	SAR0237	hypothetical protein		SAR0237::70::100.0::6.2E-11::+	SAS0219a::70::97.14286::3.5E-10::+					
5QSA00001_J_22	GTAATGAGTGTAGTATATATTTTAACTTCAGTCATAATGTTCTACATTAATGGATTAAGTAAACAATTTT	22.86	32	114	MSSA476	SAS0179	putative membrane protein			SAS0179::70::100.0::5.1E-11::+	SAV0204::70::100.0::5.1E-11::+	MW0179::70::100.0::5.1E-11::+	SAS006::70::100.0::5.1E-11::+		
5QSA00001_J_23	GTGCGAAAACAAGTTATTATTACAAAAACAGTAGTTGGCTGGTACAACATTAAAGATACTCAACATAATT	30.0	31	79	MRSA252	SAR0371	hypothetical protein		SAR0371::70::100.0::6.2E-11::+						
5QSA00001_J_24	CCCACTTTGCATAAAGTACTTATCGTTAACTCAACGCAAGTTGTTCCTATTCACAAAAAGCACATACAGT	37.14	31	100	Mu50	SAV1792	hypothetical protein			SAS1712a::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV1792::70::100.0::5.1E-11::+	MW1730::70::98.57143::1.3E-10::+	SA1610::70::100.0::5.1E-11::+		
5QSA00001_J_3	AATGTACTTAACTTATATCTGCTTAGTTTCATTGTTAACAATATTATTACTAGCAATATCTAACATGTAT	22.86	33	130	Mu50	SAV0787	hypothetical protein		SAR0370::70::98.57143::1.3E-10::+		SAV0787::70::100.0::6.2E-11::+				SACOL0893::70::95.71428::1.0E-9::+
5QSA00001_J_4	AATTTATGGAAAATGCAATTAATTGTCTATTATTTTTGTACGGTACATTTAAAATTAAGGATCAATTTAA	20.0	32	135	COL	SACOL0304	hypothetical protein								SACOL0304::70::100.0::5.2E-11::+
5QSA00001_J_5	ATGAAATTGAATTTATTTTATATAACTTTAACATCGCTGTTAACAATATTATTACTAGCAATATCTAACA	20.0	34	112	MW2	MW0748	hypothetical protein					MW0748::70::100.0::6.2E-11::+			
5QSA00001_J_6	AAATATTAATAAAAATTGAATATAATCATGAAAACAATATGCAAAAGTTAATCATGACTAAAATCCCTTT	18.57	34	108	COL	SACOL0601	hypothetical protein								SACOL0601::70::100.0::5.2E-11::+
5QSA00001_J_7	TATATTTTTAGGAAATGAAATCATCCATACACTGACTGTTTTAATAACAACATTATATATTGTTAATTCA	21.43	31	102	MSSA476	SAS1097a	hypothetical protein		SAR1136a::67::95.522385::4.9E-9::+	SAS1097a::70::100.0::6.2E-11::+		MW1045::70::100.0::6.2E-11::+			SACOL1174::70::98.57143::1.6E-10::+
5QSA00001_J_8	ATGGCAGTACCAAAAAGAAGAACTTCTAAAACTAGAAAAAACAAACGTCGTACGCATTTCAAAATTTCAG	32.86	30	74	MSSA476	SAS1062	50S ribosomal protein L32		SAR1101::70::100.0::5.2E-11::+	SAS1062::70::100.0::5.2E-11::+	SAV1128::70::100.0::5.2E-11::+	MW1010::70::100.0::5.2E-11::+	SAS033::70::100.0::5.2E-11::+		SACOL1137::70::100.0::5.2E-11::+
5QSA00001_J_9	CCAACATAGTGAAATTGGCTCCTCCCAATTTCTACAGGCAATGCAAGTTGGGGTGGGGCCCCAACATAGA	50.0	29	106	COL	SACOL0836	hypothetical protein								SACOL0836::70::100.0::6.2E-11::+
5QSA00001_K_1	ATATGAAGGACGTACAAAACAAGAAACAGGGCACCCACCTGTATATAACAGGCCGAATGATCAAGCTATT	41.43	29	78	MSSA476	SAS1565	hypothetical protein		SAR1709::70::100.0::8.9E-11::+	SAS1565::70::100.0::8.9E-11::+	SAV1629::70::100.0::8.9E-11::+	MW1579::70::100.0::8.9E-11::+	SAS050::70::100.0::8.9E-11::+		
5QSA00001_K_10	TATTTCACAGCTCACTTTAGATATCGAACTTGTTTCTTCAGAGTTACTTGTTATATTACCAGGTTTTATT	30.0	32	85	COL	SACOL2492	hypothetical protein								SACOL2492::70::100.0::7.4E-11::+
5QSA00001_K_11	AATTTTGATGTTGGTGGTGGAAATTTTACCTTTATGGAGATTGGGATAGGATTCATGACACACAAACCAA	35.71	32	92	COL	SACOL0475	hypothetical protein		SAR0432::70::90.0::4.8E-8::-		SAV0430::70::92.85714::6.2E-9::-		SAS013::70::92.85714::6.2E-9::-		SACOL0475::70::100.0::8.9E-11::+
5QSA00001_K_12	ATGTATGGTTTAGTATATTGTTTTAAATTAGATGAATTTGAATTTAATTTAAAAAGTAAGTATAAAAAAT	14.29	36	148	COL	SACOL2510	hypothetical protein								SACOL2510::70::100.0::7.4E-11::+
5QSA00001_K_13	CAATACTTATGTTTGAAAAGTGTTGAATTAGGTGTGGTTATTGTGATGATTTATTGTTTGAAAGTTGATG	28.57	34	65	COL	SACOL0642	hypothetical protein								SACOL0642::70::100.0::8.9E-11::+
5QSA00001_K_14	AAAAAGGCATGGATGCAGAAAAAGTGGCTAACATGCCGATACACTTCTTTTTAGACATTGTCGAATCGAA	38.57	29	91	MSSA476	SAS1879	hypothetical phage protein			SAS1879::70::100.0::7.4E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-					
5QSA00001_K_15	ATTTGTTAAAAGATGGTAAATTTACAAAAGTATATGTCAATCAAGATAGTGTATCTTTTGTGCCAGGGTA	28.57	32	108	COL	SACOL1341	hypothetical protein		SAR1321::70::91.42857::9.0E-9::+						SACOL1341::70::100.0::8.9E-11::+
5QSA00001_K_16	GTACTTAAGTGGGTTAGTTCCTATAATAATGAAAGGGATGCTTGGTTTGTACTTTATCCACCAAGCAAAG	37.14	30	84	MRSA252	SAR0075a	hypothetical protein		SAR0075a::70::100.0::7.2E-11::+		SAV0077::70::100.0::7.2E-11::+		SAS003::70::100.0::7.2E-11::+		
5QSA00001_K_17	AGAACTAAAAAAGGCTCTATGTCAAATTGGACTGATGCGTTCAATATCCGAAGTTAAGCAACTAAACATT	34.29	30	81	COL	SACOL1856	hypothetical protein								SACOL1856::70::100.0::8.9E-11::+
5QSA00001_K_18	GATATTTTCGAAAAATTTATTTCGTCGTCCCACCCCGGCAAGGTTGACTAGAATTGAAAAAAGCTTGTTA	37.14	30	112	Mu50	SAV2461	hypothetical protein		SAR1680::70::98.57143::1.3E-10::+,SAR0402::70::98.57143::1.4E-10::+,SAR2183b::70::97.14286::2.2E-10::+	SAS1998b::70::98.57143::9.4E-11::+,SAS2352a::70::98.57143::1.8E-10::+,SAS1708::70::97.14286::3.3E-10::+	SAV2461::70::100.0::7.2E-11::+,SAV2574::70::98.57143::1.5E-10::+,SAV2708::70::97.14286::3.9E-10::+	MW2019::70::98.57143::9.4E-11::+,MW2385::70::98.57143::1.8E-10::+,MW1725::70::97.14286::3.3E-10::+	SAS087::70::100.0::7.2E-11::+,SAS089::70::98.57143::1.5E-10::+,SAS092::70::97.14286::3.9E-10::+		
5QSA00001_K_19	ATTTATTAAGTTTAAAAAATTAATGAATTTTGCATTTAAAGGGAGATATTATAGTGAAAAACAATCTTAG	18.57	32	117	Obsolete	Obsolete	Obsolete								
5QSA00001_K_2	GATTTCAAACGTAAAGGTGCAGAACTTGCCAACTTCTATACAGGTATTATAAATGACTTGTTGCGTGTTG	37.14	31	106	MSSA476	SAS0297	lipase precursor		SAR0317::70::97.14286::6.5E-10::+	SAS0297::70::100.0::9.7E-11::+	SAV0320::70::98.57143::2.5E-10::+	MW0297::70::100.0::9.7E-11::+	SA0309::70::98.57143::2.5E-10::+		SACOL0390::70::100.0::7.4E-11::+
5QSA00001_K_20	TGTTGCTTTATCCATTTTCCTACATTTTATAACCGCCATTTACAAACGTCGAAGGTGTGAAATCATACTC	35.71	31	95	MW2	MW1746	hypothetical protein			SAS1727a::70::100.0::3.0E-11::-		MW1746::70::100.0::7.2E-11::+			SACOL1855::70::100.0::3.0E-11::-
5QSA00001_K_21	ATGAAAAAATTAGCAGTTATTTTAACATTAGTTGGCGGTTTATACTTCGCATTTAAAAAATACCAAGAAC	27.14	31	101	MSSA476	SAS2513a	hypothetical protein		SAR2706a::70::100.0::8.9E-11::+	SAS2513a::70::100.0::8.9E-11::+		MW2548::70::100.0::8.9E-11::+			SACOL2649::70::100.0::8.9E-11::+
5QSA00001_K_22	TATTACAATGTACTTTGTACCATTTGAATCTCGGAAAATGCCACTATTTATGACGATAATTTTTACAATC	28.57	32	84	MSSA476	SAS2100a	hypothetical protein		SAR2289a::70::90.0::5.1E-8::+	SAS2100a::70::100.0::7.2E-11::+		MW2126::70::100.0::7.2E-11::+			SACOL2191::70::100.0::7.2E-11::+
5QSA00001_K_23	TACTTGCGCCAACAAGTAACAGTGACAAACGATTAACAAAATTAATTCATTTTCAATATAAAACGAAAAA	27.14	32	80	MRSA252	SAR2090	hypothetical phage protein		SAR2090::70::100.0::8.9E-11::+						
5QSA00001_K_24	ATGAGTGATGGAGGATTGATTGATGTGAAGAATTGTTACAATAATTTTTGGATGTCGTGTTTAGTCAATG	32.86	32	81	MSSA476	SAS2107	hypothetical protein			SAS2107::70::100.0::7.2E-11::+		MW2133::70::100.0::7.2E-11::+			
5QSA00001_K_3	CCTTCACTACCAGATCATAAGAAAAGAGAGATCAAATTCTTATATGATGAACAAAAGCTGTCTGGTGAAG	35.71	31	123	Mu50	SAVP012	hypothetical protein				SAVP013::70::100.0::3.8E-11::+,SAVP012::70::100.0::8.9E-11::+				
5QSA00001_K_4	TATTTGTAATGAATACCCGGATCAAGACCGTTATCTTAAGCAGAGATATTTAATACATAAATTGTATTAG	28.57	32	116	COL	SACOL1730	hypothetical protein								SACOL1730::70::100.0::7.4E-11::+
5QSA00001_K_5	TATAAATTTATCAACTATAACTAAAAATGATAAAAGATTTAACGCCACTGATGACCGAATTAATATTATT	21.43	34	91	COL	SACOL0060	hypothetical protein								SACOL0060::70::100.0::8.9E-11::+
5QSA00001_K_6	GGACGAGTGGTAACGAAACGTATACCGCAGCATCGTGTAAAAACAATACAAACAAAAGAAAGTCAACCAA	40.0	32	69	COL	SACOL1978	hypothetical protein								SACOL1978::70::100.0::7.4E-11::+
5QSA00001_K_7	TTTGAATATCTGGCAAGAAATGGAAATTGGTAATGTCAGTCATAAAGTCGCTAAACGTGCTCAAATACCA	35.71	31	86	COL	SACOL0066	conserved domain protein								SACOL0066::70::100.0::8.9E-11::+
5QSA00001_K_8	ACACACCCTAATCACGTTAAATGTGAATAAAGTGTGTCTAAAAAACAATACATTGCAAATTGAATTGTAA	28.57	32	104	COL	SACOL2380	hypothetical protein								SACOL2380::70::100.0::7.4E-11::+
5QSA00001_K_9	CTGCAAAATACAATAGCAAAGAAAAAACAGGCGCGTCACCTTATGAAGGTATACGCACCTGTTTATAGTA	38.57	31	147	COL	SACOL0174	hypothetical protein								SACOL0174::70::100.0::8.9E-11::+
5QSA00001_L_1	TACGAGTTAGGTAAGTATGTAACTGAGCAAGTATATATTATGATGACAGCTAATGATGATGTAGAGGCGC	37.14	32	80	Mu50	SAV1971	hypothetical protein		SAR2069::70::97.14286::3.9E-10::+,SAR2031::70::97.14286::8.8E-10::-,SAR1527::70::92.85714::6.4E-9::+,SAR1563::70::92.85714::1.5E-8::+	SAS1899::70::98.57143::1.5E-10::+,SAS1862::70::98.57143::3.4E-10::-,SAS0923::70::95.71428::9.9E-10::+	SAV1971::70::100.0::5.9E-11::+,SAV0882::70::92.85714::5.6E-9::+	MW1916::70::98.57143::1.5E-10::+,MW1411::70::95.71428::9.7E-10::+	SAS062::70::100.0::6.1E-11::+		SACOL0361::70::95.71428::9.9E-10::+
5QSA00001_L_10	CTCTGTTATTGTTGACTTAACAATTATGGAAAATTTTAATGACCTTGATTTACCGGAAAAAACTGTTATC	28.57	31	103	MSSA476	SAS0961	hypothetical protein		SAR0998::70::100.0::5.1E-11::+	SAS0961::70::100.0::5.1E-11::+	SAV1029::70::100.0::5.1E-11::+	MW0909::70::100.0::5.1E-11::+	SAS027::70::100.0::5.1E-11::+		SACOL1035::70::100.0::5.1E-11::+
5QSA00001_L_11	AGAGCAGAAAAAACACTTTTAGATTATTTTTACTCATTCTCTATTTTATTTATTTTTGCTATAATAAATA	18.57	35	86	Obsolete	Obsolete	Obsolete		SAR0693::70::98.57143::2.7E-10::+,SAR0686::70::98.57143::6.4E-10::+,SAR0685::70::98.57143::6.4E-10::+						
5QSA00001_L_12	AATCCAAGAAGTACGTAAACGTGAATTTTACGAAAAACCAAGCGTAAAACGTAAAAAGAAATCAGAAGCT	32.86	32	75	MSSA476	SAS1513	30S ribosomal protein S21		SAR1652::70::100.0::5.1E-11::+	SAS1513::70::100.0::5.1E-11::+	SAV1575::70::100.0::5.1E-11::+	MW1527::70::100.0::5.1E-11::+	SA1404::70::100.0::5.1E-11::+		SACOL1632::70::100.0::5.1E-11::+
5QSA00001_L_13	GTGAAAGAAAGCAAATTAAAAAAATATAAAGTGGTCTCGGATAGAGAAGGTAAGAAATATCTAATTAAAT	25.71	33	72	MRSA252	SAR1563	hypothetical protein (pseudogene)		SAR1553::70::100.0::6.1E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::+						
5QSA00001_L_14	CTAATCATGAAAGCCAAGGTATAAAATTATTATTAGCAGCGATTATGTTTATGATTTGTGCTTTTATAAG	27.14	33	126	MSSA476	SAS1859	putative membrane protein		SAR2027::70::91.42857::1.4E-8::+	SAS1859::70::100.0::5.1E-11::+	SAV1935::70::100.0::5.1E-11::+	MW1876::70::100.0::5.1E-11::+	SAS057::70::100.0::5.1E-11::+		SACOL1998::70::100.0::5.1E-11::+
5QSA00001_L_15	TAGACTGTGACATCATAACTCATTTAAGAACTTCGCTTATTAATTTTCTACCAATACAATCCCTTCTAAG	31.43	31	89	Mu50	SAV0127	hypothetical protein		SAR0130a::70::92.85714::8.6E-9::+	SAS0101a::70::97.14286::3.9E-10::+	SAV0127::70::100.0::5.9E-11::+	MW0101::70::97.14286::3.9E-10::+	SAS004::70::100.0::5.9E-11::+		
5QSA00001_L_16	TCATTTTTATTTTAGTTGCTGAAAGGTGCGTTGAAGTGTTGGTATGTATGTGTTTTAAAGTATTGAAAAC	30.0	33	66	MRSA252	SAR0030	hypothetical protein		SAR0030::70::100.0::5.1E-11::+						
5QSA00001_L_17	GCTGCTATCATATTTGCAACCGCAAAATTCAAACCATTTAAGAACAGAATTAAAAATAACCCACTAAAAA	30.0	31	75	Mu50	SAV0419	hypothetical protein		SAR0418::70::92.85714::6.1E-9::+	SAS0378::70::91.42857::1.5E-8::+	SAV0419::70::100.0::5.9E-11::+	MW0376::70::91.42857::1.6E-8::+	SAS012::70::100.0::5.9E-11::+		SACOL0465::70::95.71428::9.9E-10::+
5QSA00001_L_18	ATGGCAGCAACAAAATTGATTGTGAAACTATTTATGAAATAAAAAATTTTCTAACTTCAAATATTAGAGT	22.86	33	104	MRSA252	SAR0414	hypothetical protein		SAR0414::70::100.0::5.1E-11::+						
5QSA00001_L_19	TTTTGAAGATTTAAAAGAATTAGGTAAAGAAATGGAACAAATCTCTGATCAAAATGATCAAGAAAAAAAT	22.86	35	94	Mu50	SAV1853	hypothetical protein		SAR1944::70::97.14286::3.9E-10::+	SAS1776::70::98.57143::1.5E-10::+	SAV1853::70::100.0::5.9E-11::+	MW1794::70::98.57143::1.5E-10::+	SAS053::70::100.0::5.9E-11::+		SACOL1911::70::98.57143::1.5E-10::+
5QSA00001_L_2	TATAATAGAGTAAAAATGAAATCTTTTTATTATATTATAGACAAGTATAAAAAAGGTATAGTAATATATG	15.71	34	122	MRSA252	SAR2044	hypothetical protein		SAR2044::70::100.0::4.7E-11::+,SAR2031::70::100.0::1.3E-10::-				SAS060::70::100.0::5.1E-11::+		
5QSA00001_L_20	ATATACCAAGAGACGAATGGAATCGATTAGTAAATGAAGTAAATAATCAATACAGTTACCAAGCTGACAA	31.43	29	83	MSSA476	SAS0899	hypothetical phage protein			SAS0899::70::100.0::5.1E-11::+					
5QSA00001_L_21	TTACAAGCCAATCCACAATATACAATTCACTATTTATCGCAAGAAATCACAAGACTAACACAAGAAAATG	31.43	31	57	MSSA476	SAS1875	hypothetical phage protein			SAS1875::70::100.0::5.9E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-	SAV1952::70::100.0::5.9E-11::+	MW1892::70::100.0::5.9E-11::+	SAS061::70::100.0::5.9E-11::+		
5QSA00001_L_22	TTAAAACAACTAAAGAATGTAAAAGTAATAATATCTTTAAAAGAAGTCAAGAAATTAATAATAGAGAAAG	18.57	35	83	MRSA252	SAR2031	phospholipase C precursor (pseudogene)	hlb	SAR2032::70::100.0::5.1E-11::+,SAR2031::70::100.0::1.3E-10::+	SAS1863a::70::98.57143::1.3E-10::+,SAS1862::70::98.57143::3.4E-10::+	SAV1940::70::98.57143::1.3E-10::+	MW1882::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS058::70::100.0::5.1E-11::+		
5QSA00001_L_23	GTTAATAAAACGGCAGTCAAGACTAGTGAACCAATAGCTTTTGTGATTTTCATTATACATTTATCTCCTT	31.43	30	103	MW2	MW0371	hypothetical protein					MW0371::70::100.0::5.9E-11::+			
5QSA00001_L_24	GAATCAGTTGAAAATTATAGTAGTGAATTTGATATTTATGACGATGAACAAGAACTTAAATTAAAAATTT	21.43	32	93	Mu50	SAV0848	excisionase	int			SAV0848::70::100.0::5.1E-11::+				
5QSA00001_L_3	TTTTAATTATTGCGTGTTTAATGACTTGGTTTTGTAGCGATTTTTATTTGATGAATTGTTTTTTTGTTTA	22.86	35	52	Mu50	SAV2198	hypothetical protein			SAS2099::69::100.0::1.0E-10::+	SAV2198::70::100.0::6.1E-11::+	MW2124::69::100.0::1.0E-10::+	SAS075::70::100.0::6.1E-11::+		
5QSA00001_L_4	TAAATTTGGCGACCAAGTGACTGGGAATGAAAGTTTGAACCAAAGAGGCGTTGGTTATTTCCTGTATACT	40.0	30	89	Mu50	SAV1020	peptide chain release factor 3				SAV1020::70::100.0::4.2E-11::+				
5QSA00001_L_5	TTCTTAAGACCTAAATTAATGTTATTTTTTAATAATTTACACCAAATTAATAGCAAAAATTATGTTATTC	17.14	33	128	COL	SACOL0674	hypothetical protein								SACOL0674::70::100.0::6.1E-11::+
5QSA00001_L_6	TACCAATATAAGATTGTAGAGCCTACGATTTGGATTTTATGTCCTGGGATCGGTTTCCTATTCTTATTAA	34.29	31	94	MSSA476	SAS0369	putative membrane protein			SAS0369::70::100.0::4.9E-11::+		MW0369::70::100.0::5.1E-11::+			
5QSA00001_L_7	AAACGTAACATTAGCATGCACAGAATGTGGCGATCGTAACTATATCACTACTAAAAATAAACGTAATAAT	31.43	31	80	MSSA476	SAS1275	50S ribosomal protein L33 type 2		SAR1345::70::100.0::6.1E-11::+	SAS1275::70::100.0::6.1E-11::+	SAV1335::70::100.0::6.1E-11::+	MW1222::70::100.0::6.1E-11::+	SAS042::70::100.0::6.1E-11::+		SACOL1369::70::100.0::6.1E-11::+
5QSA00001_L_8	TATTATTTTGTACTTTAAATTATTTAGTTCCAATGCAAAGTAATGCTTTTTCAATAATTATATATTCATC	18.57	35	129	MSSA476	SAS1725	putative membrane protein			SAS1725::70::100.0::5.1E-11::+		MW1743::70::100.0::5.1E-11::+			SACOL1853::67::98.50746::6.2E-10::+
5QSA00001_L_9	GAATGTGGTGACAGAAACTACATTACAACTAAGAACAAAAGAAATAATCCAGAACGTGTTGAAATGAAGA	32.86	31	79	MSSA476	SAS1489	50S ribosomal protein L33 type 1		SAR1628::70::100.0::6.1E-11::+	SAS1489::70::100.0::6.1E-11::+	SAV1551::70::100.0::6.1E-11::+	MW1503::70::100.0::6.1E-11::+	SAS047::70::100.0::6.1E-11::+		SACOL1608::70::100.0::6.1E-11::+
5QSA00001_M_1	GTTATTATCCAGAATATAATATCGCAGTAAGTTGGCAACGTTTAAGAGAAGGAAAAACAATAAAAAGCAA	30.0	31	80	MSSA476	SAS1246a	hypothetical protein			SAS1246a::70::100.0::8.7E-11::+		MW1195::70::100.0::8.7E-11::+			SACOL1336::70::98.57143::2.2E-10::+
5QSA00001_M_10	TAGTAAATTACTTGAAAAATTTTATAGTTTTTTGGTAACACGTATTAAAAAGAGAGGAATATTCTTTATC	21.43	32	106	COL	SACOL1508	hypothetical protein				SAV1468::70::100.0::7.2E-11::+		SAS045::70::100.0::7.2E-11::+		SACOL1508::70::100.0::7.2E-11::+
5QSA00001_M_11	TGTTATCATTTTGAAAACCCATGATGAAATTGTAAAACGTCATAAGACTTGCCCCCTTCATTTATTAAGC	32.86	31	81	COL	SACOL0866	hypothetical protein								SACOL0866::70::100.0::8.7E-11::+
5QSA00001_M_12	ATTTTTATATAGTGTGGCACATTTTATTCCAAAAGATGTAATAAAACTTAACGCATTTTTGCTTTTTATA	22.86	32	98	COL	SACOL2032	hypothetical protein								SACOL2032::70::100.0::7.2E-11::+
5QSA00001_M_13	GAAGAAAGAAGTGAAATGGATGGCTACGGGCGTATTAGAGGACGATATTGTCAAAGAGATATATGGCAGC	42.86	31	64	COL	SACOL1050	hypothetical protein		SAR1016::60::98.333336::4.0E-8::+	SAS0978::60::100.0::1.5E-8::+					SACOL1050::70::100.0::8.7E-11::+
5QSA00001_M_14	AACTGATTTTTATAAGAATAAAGTATCGAACCATAGTAGATACACAAATAATACAAATGAAACAATTTAA	21.43	33	108	COL	SACOL2420	hypothetical protein								SACOL2420::70::100.0::7.2E-11::+
5QSA00001_M_15	ATAATAATTGATAAAAACGCAACAACAGTTACTATGAATTTTTTAATTTACATCACCTACTATAAATATT	20.0	33	113	COL	SACOL1372	hypothetical protein								SACOL1372::70::100.0::8.7E-11::+
5QSA00001_M_16	CAATAAAAATATTTGTGCGTTTTTATTGTTGGAAAATAAAATTTTAATCGCTATTGTTAATTTCTGTAAT	20.0	34	127	COL	SACOL2604	hypothetical protein								SACOL2604::70::100.0::7.2E-11::+
5QSA00001_M_17	CTAGTGTTAACTATGTAAAAAAGCGTTTAATTCAGAACATTCAGCGTATTTTAAGTAAGGAAGGACTATA	30.0	31	102	COL	SACOL2417	hypothetical protein								SACOL2417::70::100.0::8.7E-11::+
5QSA00001_M_18	AAAATACCAATCTATCAAGCGTTGAAGTACAACAAAAGTCATTTTTATTTAACGAACATTATGGATTCCT	28.57	29	114	MRSA252	SAR0426	hypothetical protein		SAR0426::70::100.0::7.2E-11::+						
5QSA00001_M_19	TTATACCAGTTCTATTGAATAAATTAATTAAAGAGGTATATTTACCATTATTTTTGACACCTTATATGTT	21.43	33	118	COL	SACOL2444	hypothetical protein								SACOL2444::70::100.0::8.7E-11::+
5QSA00001_M_2	TAGAATTGAAAAAAGCTTGTTACAAGCGCATTTTCGTTCAGTCAACTACTGCCAATATAACTTTGTAGAG	34.29	30	114	MSSA476	SAS2352a	hypothetical protein		SAR2183b::70::98.57143::8.5E-11::+,SAR0402::70::98.57143::1.4E-10::+,SAR1680::70::97.14286::3.3E-10::+,SAR0250::70::97.14286::4.7E-10::+	SAS2352a::70::100.0::7.2E-11::+,SAS1998b::70::98.57143::9.4E-11::+,SAS1708::70::98.57143::1.3E-10::+,SAS0230a::70::98.57143::1.8E-10::+	SAV2461::70::100.0::7.2E-11::+,SAV2708::70::98.57143::1.5E-10::+,SAV2574::70::97.14286::3.7E-10::+	MW2385::70::100.0::7.2E-11::+,MW2019::70::98.57143::9.4E-11::+,MW1725::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS087::70::100.0::7.2E-11::+,SAS092::70::98.57143::1.5E-10::+,SAS089::70::97.14286::3.7E-10::+		
5QSA00001_M_20	GAAAAGAAATTCTACAAGCAATGCAAGTTGGGAGCGGAGCCCCAATTGGATTTCCAATTTCTACAAGTAA	40.0	31	125	MRSA252	SAR0936	hypothetical protein		SAR0936::70::100.0::7.2E-11::+						
5QSA00001_M_21	GACAACGGCAATCAGTGGTTGTCTCGTTACGTTATTTGGTTATTGGCTCCATAAACGTGATAAAAAATAA	37.14	31	79	MRSA252	SAR0706	putative membrane protein		SAR0706::70::100.0::8.7E-11::+,SAR0686::70::100.0::1.3E-10::-,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::-						
5QSA00001_M_22	TATAATAATGTTGAAACATGAAGCTCTTGAACACTATCTAATGAATAAGTATAATTTACACTATATAGAG	24.29	33	98	MRSA252	SAR1319	hypothetical protein		SAR1319::70::100.0::7.2E-11::+						
5QSA00001_M_23	GTATTGTTAACTTTTGTAACGACCATACATGATACCGATGATGGTCGTTTTTTTAATGAACACAAACATG	32.86	33	128	MSSA476	SAS1070a	hypothetical protein		SAR1109a::70::98.57143::2.1E-10::+	SAS1070a::70::100.0::8.4E-11::+		MW1019::70::100.0::8.4E-11::+			
5QSA00001_M_24	GAAAATCGAAATTTTGAGATTTTTACCAATTCGATTTTTTTCATAGAAATTAAAAAAGCCAACAAGGCTC	27.14	32	91	MSSA476	SAS2190	hypothetical protein			SAS2190::70::100.0::4.1E-11::+	SAV2300::70::100.0::7.1E-11::+	MW2218::70::100.0::7.1E-11::+	SAS083::70::100.0::7.1E-11::+		
5QSA00001_M_3	AATAAAGGAGAAATTAGAAATGGCGAGTCCGGAAGTGATCAAAAATTAACTAGCGGTCAAGTTGAAAGTT	35.71	32	71	MSSA476	SAS0893	hypothetical phage protein		SAR1560::70::100.0::7.4E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::-	SAS0893::70::100.0::7.4E-11::+		MW1440::70::100.0::8.7E-11::+			
5QSA00001_M_4	TAAGAAGTGACATCGTTGCTTTTATTTTTAATGTTACATTTGAAGCATTAAGTTCATCATGCACTGTAGT	30.0	32	107	COL	SACOL0223	hypothetical protein								SACOL0223::70::100.0::7.2E-11::+
5QSA00001_M_5	CGAAATTTAAATAGCCCTAACATTAAAACAAGAAAGCGTGCTTTAAAGATTATTAAGCAACACAAAAGAG	30.0	32	92	MW2	MW2338	hypothetical protein					MW2338::70::100.0::8.7E-11::+			SACOL2414::70::97.14286::5.6E-10::+
5QSA00001_M_6	GAATAAAGAAGGAATAAACAATTACATTATCAACTTTACATTAACTAAACAGCAAAAAAAGCCATCTATA	24.29	34	80	COL	SACOL1258	hypothetical protein								SACOL1258::70::100.0::7.2E-11::+
5QSA00001_M_7	AATGCTATTTATATTGGCAGTAGTTGGCGGGGCCCCAACACAGAAGCAGGCGGAAAGTCAGCTAACAATA	47.14	30	97	COL	SACOL0794	hypothetical protein								SACOL0794::70::100.0::8.7E-11::+
5QSA00001_M_8	CATTTATACTAATTTAAGTTTGGTGTTTCACTATAATGTTGTGTATAATAAACAACGTTTACTACCAAAC	25.71	33	137	COL	SACOL1488	hypothetical protein								SACOL1488::70::100.0::7.2E-11::+
5QSA00001_M_9	TAAATACTTTAAAAAATGTGAAGAAGTTGTTAAACGTTGTTATGTACTTAGTTTTAAAAAATCGGTTTAG	22.86	34	118	COL	SACOL0817	hypothetical protein								SACOL0817::70::100.0::8.7E-11::+
5QSA00001_N_1	TGATGATGGAGTGATAATAAATGCATTAGGAATTTTTGGTATGTATAAAATTATAGATTCCTTTTCAGAA	25.71	32	93	MSSA476	SAS1898	hypothetical phage protein			SAS1898::70::100.0::5.9E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-		MW1915::70::100.0::5.9E-11::+			
5QSA00001_N_10	GCTAGTTATATCGTCTCAAGTTAAAAGTTTTATATCTTATGTCGTAATTATTAATACAAAGGTTATTCAT	24.29	33	90	COL	SACOL1556	hypothetical protein								SACOL1556::70::100.0::5.1E-11::+
5QSA00001_N_11	GTACACAAATCAATGTTTTATGCTTTACAAAGTTATATTGGCAGTAGTTAACTGCAGTCCACAAACATAG	32.86	32	106	MSSA476	SAS1774	putative membrane protein			SAS1774::70::100.0::5.9E-11::+					SACOL1910::70::97.14286::3.0E-10::+
5QSA00001_N_12	TTAAAAAGACTAACAGTTCAGTAGTTGTTGAAGATAACCCTGCTATTCGTGGGCAAATCAACAAAGTTAA	34.29	30	90	MSSA476	SAS2123	50S ribosomal protein L30		SAR2317::70::100.0::5.1E-11::+	SAS2123::70::100.0::5.1E-11::+	SAV2232::70::100.0::5.1E-11::+	MW2151::70::100.0::5.1E-11::+	SA2030::70::100.0::5.1E-11::+		SACOL2221::70::100.0::5.1E-11::+
5QSA00001_N_13	GCAAAATTTATTTCGTTGTCCCACCCCAACTTGCATTGTCTGTAGAAATTGGGAATCCAATTTCTCTTTG	38.57	32	104	Mu50	SAV0169	hypothetical protein		SAR2752::70::98.57143::1.4E-10::+	SAS1375a::70::98.57143::1.7E-10::+,SAS0775::70::97.14286::2.4E-10::-	SAV0169::70::100.0::5.8E-11::+,SAV1584::70::98.57143::1.5E-10::+,SAV2257::70::97.14286::4.9E-10::+	MW1322::70::98.57143::1.9E-10::+,MW0971::69::97.10145::6.4E-10::+	SAS005::70::100.0::5.8E-11::+,SAS048::70::98.57143::1.5E-10::+,SAS080::70::97.14286::4.9E-10::+		SACOL1469::63::98.4127::6.7E-9::-,SACOL1097::63::96.82539::1.3E-8::-
5QSA00001_N_14	CATTACATTTAATGTTAAGTTTCGGTATGTTTATCGTCACTTTCATTGGTGTAGTAGTCGCAATAATTAA	30.0	31	82	MRSA252	SAR1000	hypothetical protein		SAR1000::70::100.0::5.1E-11::+	SAS0963::70::95.71428::1.4E-9::+	SAV1031::70::95.71428::9.3E-10::+	MW0911::70::95.71428::1.4E-9::+	SAS028::70::95.71428::9.3E-10::+		SACOL1037::70::95.71428::1.4E-9::+
5QSA00001_N_15	ATATCTATACTGTCACATTGATGACACTTTATTTAATTTTGTCACATTTATTTTGACAAAGTTGATTTTT	22.86	34	106	MSSA476	SAS2056	hypothetical protein		SAR2243::70::95.71428::7.6E-10::+	SAS2056::70::100.0::5.8E-11::+	SAV2155::70::100.0::5.8E-11::+	MW2081::70::100.0::5.8E-11::+	SAS073::70::100.0::5.8E-11::+		
5QSA00001_N_16	CTACTGCCAATATAACTTCGTAGAGCATAGAACATTGATTTCTTTCCTAGCCTGTTTATCATTTATGTCT	34.29	30	95	MRSA252	SAR1680	hypothetical protein		SAR1680::70::100.0::5.1E-11::+						
5QSA00001_N_17	AGTGAAACATAAATATTTGAAAGTCAACCGCTCTAATATGATTACATATAAGTCCAATCAATATTCAGCA	28.57	30	102	Mu50	SAV2213	hypothetical protein				SAV2213::70::100.0::5.8E-11::+		SAS076::70::100.0::5.8E-11::+		
5QSA00001_N_18	ATTCTTCTTAGTCTTTTTCTATGCCTTAGATTTAGGAATTACAGCATTGAAAAATTTATTATTTGGTTAG	25.71	31	114	MSSA476	SAS0493	preprotein translocase SecE subunit		SAR0539::70::100.0::5.0E-11::+	SAS0493::70::100.0::5.0E-11::+	SAV0534::70::100.0::5.0E-11::+	MW0490::70::100.0::5.0E-11::+	SA0493::70::100.0::5.0E-11::+		SACOL0581::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00001_N_19	GGTGGTTAAAGAAATTTTGAGACTATTATTCTTACTAGCAATGTATGAGTTAGGTAAGTATGTAACTGAG	31.43	32	78	MW2	MW1411	hypothetical protein			SAS0923::68::92.64706::1.8E-8::+	SAV0882::68::91.17647::4.1E-8::+	MW1411::70::100.0::5.8E-11::+			SACOL0361::68::92.64706::1.8E-8::+
5QSA00001_N_2	TTTGTATTTATATAGGAAGTTTTTAGATTTACTTGATTTAACAGATAACACATTTGAAAAAATAGTTAAA	18.57	34	100	MSSA476	SAS1391	hypothetical protein		SAR1459a::70::95.71428::1.6E-9::+	SAS1391::70::100.0::5.1E-11::+		MW1338::70::100.0::5.1E-11::+			
5QSA00001_N_20	AAATTATATCTTAGCAGATATGATATTTACGTATCCTCTTCAATTAACTTTCTTTATCCTTTTACTAATG	24.29	31	89	MSSA476	SAS0672	putative membrane protein		SAR0760::70::98.57143::4.9E-11::+	SAS0672::70::100.0::1.9E-11::+	SAV0707::70::100.0::5.0E-11::+	MW0669::70::100.0::5.0E-11::+	SA0662::70::100.0::5.0E-11::+		SACOL0767::70::100.0::1.9E-11::+
5QSA00001_N_21	TTTTTTTATCATAGTCAACATCATTTTATCAGTATCAATGCAAAATGATAACTTACCATTTAAAATTACA	21.43	34	116	COL	SACOL0532	hypothetical protein								SACOL0532::70::100.0::5.8E-11::+
5QSA00001_N_22	AATTTAAAGGAAATGTTAAAGAAACAGTAGGTAACGTTACTGATAACAAAGAATTAGAAAAAGAAGGTCA	27.14	35	86	MSSA476	SAS1561	conserved hypothetical protein		SAR1705::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS1561::70::100.0::5.0E-11::+	SAV1625::70::100.0::5.0E-11::+	MW1575::70::100.0::5.0E-11::+	SA1452::70::100.0::5.0E-11::+		SACOL1680::70::100.0::5.0E-11::+
5QSA00001_N_23	TACTTTAAGTAAACAAAATACACATTCCGAAAAATTAAATTTCAGTTTAATTGCAAATATCAATAAAATT	18.57	32	107	COL	SACOL0795	hypothetical protein								SACOL0795::70::100.0::5.8E-11::+
5QSA00001_N_24	AACTATAGTATATGAAGTTTTAACTAGTGGTAATCAACCATTCACTTATGAGTTACCTAAAGATTTATCG	28.57	32	124	COL	SACOL0320	hypothetical protein		SAR2103::70::95.71428::7.4E-10::+		SAV2000::70::100.0::5.0E-11::+		SA1807::70::100.0::5.0E-11::+		SACOL0320::70::100.0::4.0E-11::+
5QSA00001_N_3	TATCCTCCTTTTTCCTCAACACCCACATTCAGCAGACGGTTATCGCAATGACTATCGAATGTATTTAAAC	40.0	29	86	COL	SACOL0324	hypothetical protein								SACOL0324::70::100.0::5.9E-11::+
5QSA00001_N_4	CTTCGTAGAGCATAGAACATTGATTTATGTCCCAGCCTGTGACAATCCATCTAACCTTTTCATCAGTTGA	40.0	30	107	MSSA476	SAS1708	hypothetical protein			SAS1708::70::100.0::5.1E-11::+		MW1725::70::100.0::5.1E-11::+			
5QSA00001_N_5	ATGCGTAAGGAGGTGAAAAGCCTCATGCTAGACATAATAAAAACACTTCTAGAACATCAAGTATTGGCAG	38.57	29	71	COL	SACOL0909	hypothetical protein								SACOL0909::70::100.0::5.9E-11::+
5QSA00001_N_6	TAACAAGAATTTTAAAATGTTTATTGTGATTAAAAATACAAAAGTCATTATTTTAAAGAATAAAATATTT	12.86	37	127	COL	SACOL0258	hypothetical protein				SAV0272::70::98.57143::1.2E-10::+				SACOL0258::70::100.0::5.1E-11::+
5QSA00001_N_7	ATATGTTGAAGCATTCAAACCATATTTATTAACACTATTGTATTTGGCAATATTTATTACTTTATATTTA	20.0	33	111	MSSA476	SAS0801	putative membrane protein		SAR0893::70::100.0::5.9E-11::+	SAS0801::70::100.0::5.9E-11::+	SAV0931::70::100.0::5.9E-11::+	MW0813::70::100.0::5.9E-11::+	SA0792::70::100.0::5.9E-11::+		SACOL0934::70::100.0::5.9E-11::+
5QSA00001_N_8	ATAGAGAATTTCGAAAAGAAATTCTACAGGCAATGCGAGTTGGGGTGTGGGCCCCAACAAAGAGAAATTG	42.86	31	99	COL	SACOL1097	hypothetical protein			SAS0144::69::94.202896::2.4E-9::+,SAS0775::70::94.28571::3.0E-9::+	SAV0169::70::97.14286::3.8E-10::-,SAV1584::70::95.71428::9.5E-10::-	MW0971::70::100.0::5.8E-11::-	SAS005::70::97.14286::3.8E-10::-,SAS048::70::95.71428::9.5E-10::-		SACOL1097::70::100.0::5.1E-11::+
5QSA00001_N_9	AGCTAATCCTGAATATACAATTCATTATTTATCACAGGAAATTATGAGGTTAACACAAGAAAACGCGATG	31.43	32	92	MRSA252	SAR2047	hypothetical phage protein		SAR2047::70::100.0::5.9E-11::+,SAR2031::70::100.0::1.3E-10::-						
5QSA00001_O_1	CAATTTATTATGTAATTAATTATAGCATTGATGAACAAGGTGTGCAATGTATTTTTGTAATATTACAATA	21.43	34	126	MSSA476	SAS2320a	hypothetical protein		SAR2519a::70::97.14286::5.5E-10::+	SAS2320a::70::100.0::8.4E-11::+		MW2353::70::100.0::8.4E-11::+			SACOL2432::70::98.57143::2.1E-10::+
5QSA00001_O_10	TTGAAGGGATTGTTTTTTGTGGAAAAATTTATGAAGTGCTGAGGTTTATATCATTTTATACCTTTTATAA	25.71	32	86	COL	SACOL2351	hypothetical protein								SACOL2351::70::100.0::7.1E-11::+
5QSA00001_O_11	TTTCGGTATGTTTATCGTCACTTTCATTGGTATAGTAGTAGCAATAATAAATTTAAGCAATAAAAAATAA	24.29	34	116	MSSA476	SAS0963	hypothetical protein			SAS0963::70::100.0::8.4E-11::+	SAV1031::63::100.0::2.1E-9::+	MW0911::70::100.0::8.4E-11::+	SAS028::63::100.0::2.1E-9::+		SACOL1037::70::100.0::8.4E-11::+
5QSA00001_O_12	TCAGCCTAAACGTGCAATGAAATTCTGCACGCGTCCAATATATCATGCGCTAGATCATGAAGATCATTAA	40.0	29	98	MRSA252	SAR0451	hypothetical protein		SAR0451::70::100.0::7.1E-11::+						
5QSA00001_O_13	GTGAAAAGGAAATCGAATGTATTAACAATCATAAAAATTGTAACGGATATAGTGGCAACCGTGTTAATCA	31.43	31	86	COL	SACOL1165	hypothetical protein								SACOL1165::70::100.0::8.4E-11::+
5QSA00001_O_14	GTCTGTAGAATTTCTTTTTGAATTTCTCTATGTTGGGGCCCCGCCAACTTGCATTGTCTGTAGAATTTCT	40.0	31	107	Mu50	SAV1165	hypothetical protein				SAV1165::70::100.0::6.9E-11::+		SAS036::70::100.0::6.9E-11::+		SACOL0412::67::94.02985::6.2E-9::-,SACOL0412::65::95.38461::6.8E-9::-
5QSA00001_O_15	TTATTTTCACTCCTTAACAATAACATTATATCATGCTATAGCTTTCCAAAATATTGAAATATGTAGATAT	22.86	32	116	COL	SACOL1356	hypothetical protein								SACOL1356::70::100.0::8.4E-11::+
5QSA00001_O_16	TATACTAAAAATATGTCACACTGCAATGTTCACGTTTAAAAGAGTCTCAATCTCTGCAAATAAAATATTC	28.57	32	85	MSSA476	SAS2234b	hypothetical protein		SAR2428b::70::98.57143::1.8E-10::+	SAS2234b::70::100.0::6.9E-11::+		MW2264::70::100.0::6.9E-11::+			
5QSA00001_O_17	CAGTTTTGTAAGTAAGAATGATATTATGTATTTATATTTTGAATATTACGAACTTTACAAAAATAAAGAA	18.57	35	122	COL	SACOL1361	hypothetical protein								SACOL1361::70::100.0::8.4E-11::+
5QSA00001_O_18	TTAAAATTACAACGAATTAAAAACAATGCCTTTTATATGTTGAAAGAGTATTGCAGATTAAATTATAATA	20.0	32	116	COL	SACOL0542	hypothetical protein								SACOL0542::70::100.0::6.9E-11::+
5QSA00001_O_19	TTTAATTTTATTAACAAAATTAAATATGACGCGTGAATTAAAAAATGATGTAACGTCTCTTTGTATACCT	22.86	33	104	COL	SACOL2027	hypothetical protein								SACOL2027::70::100.0::8.4E-11::+
5QSA00001_O_2	CAGAAGTGTTAAAACAACTTAGAGAATGGCATCTCGGCTACCTAGACCGAAAGCCAAACAACAAAGATTA	40.0	30	100	COL	SACOL0909	hypothetical protein				SAV0914::70::100.0::7.1E-11::+				SACOL0909::70::100.0::5.9E-11::+
5QSA00001_O_20	AACATAGTGAAATTGGATTCCCAATTTCTACAGACAATGCAAGTTGGCGGGGCCCCAACATAGAAGCTGG	45.71	29	102	COL	SACOL1177	hypothetical protein								SACOL1177::70::100.0::6.9E-11::+,SACOL0786::64::98.4375::3.2E-9::+
5QSA00001_O_21	CGTGTTTTTTGTTATTGTATTTATATGAAGAAAAGGAGGCACCACTTTGTTTACTTACTTTAAATCAGCA	30.0	30	90	COL	SACOL2139	hypothetical protein								SACOL2139::70::100.0::8.4E-11::+
5QSA00001_O_22	GTCCCAACACAGAAGATGACGAAAAGTCAGCTTACAATAATGTGCAAGTTTGGGATGGGCCCCAACAAAG	45.71	30	95	COL	SACOL1469	hypothetical protein								SACOL1469::70::100.0::6.9E-11::+,SACOL0412::70::92.85714::3.3E-9::+
5QSA00001_O_23	AATTTATTAATTAACATCATGACTTCAGCTATAAGCGGCTGTCTTGTTGCGTTTTTTGCACATTGGTTAC	34.29	30	82	COL	SACOL2433	hypothetical protein		SAR2520::70::97.14286::2.3E-10::-	SAS2322::70::97.14286::2.3E-10::-	SAV2430::70::98.57143::9.1E-11::-	MW2354::70::97.14286::2.3E-10::-	SA2218::70::98.57143::9.1E-11::-		SACOL2433::70::100.0::8.4E-11::+
5QSA00001_O_24	AAGATTAATTTGCAATTGAATACTAAGGAACTACTAGGGGAGCCTAATGATATGGCTGAGATGAATTGTT	34.29	32	83	COL	SACOL2087	hypothetical protein								SACOL2087::70::100.0::6.9E-11::+
5QSA00001_O_3	TTATTTATTGCGTTGTTCTAAAAATTTGGACATTTATATGGAAAGAACTATATATAATGTGAAGGTTATG	24.29	33	106	COL	SACOL0087	hypothetical protein								SACOL0087::70::100.0::8.4E-11::+
5QSA00001_O_4	CTGCCGTTCCATTAGCAGTAACTAAATTTCGATCTTTTTCTGTAATAATTCAACAAATTTATGCTTTAAC	30.0	31	94	COL	SACOL0056	hypothetical protein								SACOL0056::70::100.0::7.1E-11::+
5QSA00001_O_5	GATAGTGAAAATCTCGTGTTTTTTGGTTTTGAGGTGTTGTTTGTATTTTATAAAATGGCTTACATATATG	28.57	33	87	MSSA476	SAS0573a	hypothetical protein			SAS0573a::70::100.0::8.4E-11::+		MW0569::70::100.0::8.4E-11::+			SACOL0661::70::100.0::8.4E-11::+
5QSA00001_O_6	TCAGTCTAAACGTGCAACGCAATTCCGCACGTGGCCAATATATCTTGCGCTAGATCATGAAAATCATTAA	41.43	31	93	COL	SACOL0493	hypothetical protein			SAS0409::70::94.28571::3.0E-9::+					SACOL0493::70::100.0::7.1E-11::+
5QSA00001_O_7	ATTTAGTAATATTACCTATGGCGATTTTCAAGGTATTGAATTAATTATTGAAAACGTTCTCAATTACATG	25.71	31	126	COL	SACOL0819	hypothetical protein								SACOL0819::70::100.0::8.4E-11::+
5QSA00001_O_8	AATAATCAAAGTGATAATGCTAAATATAAAATTTTAAGTTACTATGTACTTATGTATAAATCAGTGAAAG	20.0	32	118	COL	SACOL1684	hypothetical protein								SACOL1684::70::100.0::7.1E-11::+
5QSA00001_O_9	TTGCACTTAATCGAAATTATTTTTTATTCTTTTGAAAATCAAAATACTATAGTTGCAATGTACCAAATTT	21.43	31	114	Obsolete	Obsolete	Obsolete								
5QSA00001_P_1	TTGGATATAAACGATTAAGTAAAATGCTTTTTCAGTTTGAAATTAATCATATAAATTTCTTATGGGAGGG	25.71	31	107	COL	SACOL0853	hypothetical protein								SACOL0853::70::100.0::5.8E-11::+
5QSA00001_P_10	TGGCGATATTAGAGACACGCATTACAAGTTATCTGACGGATCTATTATTAGTCTTATAGACTTTGTTGTT	34.29	30	92	MRSA252	SAR2073	hypothetical phage protein		SAR2073::70::100.0::5.0E-11::+,SAR2031::70::100.0::1.3E-10::-						
5QSA00001_P_11	AATGTATGAAGTGAAGAAATCTTATACTGACTTGGAAAAAGGCCAGTATTTAAAGTCAGGTAAACGTGTT	32.86	32	97	MSSA476	SAS1886	hypothetical phage protein			SAS1886::70::100.0::5.7E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-		MW1903::70::100.0::5.7E-11::+			
5QSA00001_P_12	TTACTTCGAAATGTGTACCAAATAAAGTTGTTAGATTTATTTTGCGTACAGTCGTAGGCTACGGTATATT	32.86	29	101	MRSA252	SAR2494	putative membrane protein		SAR2494::70::100.0::5.0E-11::+						
5QSA00001_P_13	TGAAGTCAGAAAACAGCCGTATGTAAAACTTTTAGAAATACTTAATGAAGAGAATAAAGAAGAGACTGAA	30.0	31	74	MSSA476	SAS0943	hypothetical phage protein		SAR1508::70::100.0::5.7E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::+	SAS0943::70::100.0::5.7E-11::+					SACOL0378::70::100.0::5.7E-11::+
5QSA00001_P_14	AAACATATAAATAAAAAAGCGACAAAACTACTTGAAGATTATAAAAAGGTTCAACAAAGAAAATCGGAAG	25.71	32	54	MSSA476	SAS1094	putative membrane protein			SAS1094::70::100.0::4.9E-11::+	SAV1160::70::100.0::4.9E-11::+	MW1042::70::100.0::4.9E-11::+	SAS035::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL1171::70::95.71428::8.1E-10::+
5QSA00001_P_15	CTTGAAGGTATGTATGTTACACGAGAACAGCAAATACAAATTCTTCATGCAATTAATAATGAGAAAGAAA	30.0	31	98	MRSA252	SAR0090	hypothetical protein		SAR0090::70::100.0::5.7E-11::+						
5QSA00001_P_16	GAATACAAGAAAAAGATAATTGAATTAATTGAAAGTAATTTAACAGGATATGAAATTTCTAAAAAAACTG	20.0	33	92	MRSA252	SAR1304	putative DNA-binding protein		SAR1304::70::100.0::4.9E-11::+	SAS1246::70::97.14286::6.0E-10::+	SAV1312::70::100.0::4.9E-11::+	MW1194::70::97.14286::1.1E-9::+	SA1152::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL1335::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00001_P_17	TACCTATGGCATTACTTAACACTTTTGAAAGGAAAAGCCTATTGTGATATCTATTGCAAACGCATTACAT	32.86	30	95	Mu50	SAV1031	hypothetical protein		SAR1000::70::98.57143::1.3E-10::+		SAV1031::70::100.0::5.6E-11::+		SAS028::70::100.0::5.6E-11::+		
5QSA00001_P_18	TAACTTTTTCAGAGCAAAATACACTCGCGAAAATAGATGATTTAATGAATACTTATTGCAATCAATGTCC	30.0	30	86	Mu50	SAV1431	hypothetical protein		SAR1444::70::97.14286::3.0E-10::+	SAS1374::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV1431::70::100.0::4.9E-11::+		SA1264::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL1467::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00001_P_19	CACGTTTAAATAAGTTTATTGAGGATATCGATCATGTAAATCCTGATGAAGTACGTGTTGAAGATATAGA	31.43	30	96	Mu50	SAV1876	hypothetical protein		SAR1966::70::98.57143::1.4E-10::+	SAS1798::70::98.57143::1.4E-10::+	SAV1876::70::100.0::5.6E-11::+	MW1816::70::98.57143::1.4E-10::+	SAS054::70::100.0::5.6E-11::+		SACOL1934::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00001_P_2	TCATAATATAAGGAGTAAATTCATCATGTTTAAGTATATAAGCTCTAAATGTATAATATGCACAGGTTAA	24.29	33	112	MW2	MW2075	hypothetical protein		SAR2238::70::98.57143::4.4E-11::-	SAS2052::70::100.0::1.7E-11::-	SAV2148::70::100.0::4.7E-11::-,SAV2149::70::100.0::5.0E-11::+,SAV1806::70::92.85714::2.0E-9::-	MW2073::70::100.0::4.7E-11::-,MW2075::70::100.0::5.0E-11::+	SAS069::70::100.0::4.7E-11::-,SAS071::70::100.0::5.0E-11::+,SA1624::70::92.85714::2.0E-9::-		
5QSA00001_P_20	AATTATGGTAGGCATAGATATTATCTTAATTGTACTTATCATCGTGACATTATTATTAAAATATATGTAA	21.43	32	123	Mu50	SAV2318	hypothetical protein		SAR2402::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS2211::70::97.14286::3.2E-10::+	SAV2318::70::100.0::4.9E-11::+	MW2239::70::97.14286::3.2E-10::+	SAS084::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL2311::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00001_P_21	GAGTAAAACTTATAAAAGCTACCTAGTAGCAGTACTATGCTTCACAGTCTTAGCGATTGTACTTATGCCG	38.57	30	106	N315	SAS063	hypothetical protein		SAR2091::69::91.30435::2.6E-8::+	SAS1910::70::91.42857::1.5E-8::+	SAV1990::69::91.30435::2.6E-8::+	MW1927::70::91.42857::1.5E-8::+,MW1430::70::90.0::3.9E-8::+	SAS063::70::100.0::5.6E-11::+		SACOL0334::70::92.85714::6.1E-9::+
5QSA00001_P_22	TACAAAATATGTCATTAAAGAAGGTTATCAAGATATTTATTTCCTCAACAAAAACGGGGAATGGTATTAT	27.14	31	84	MRSA252	SAR0686	putative transposase (pseudogene)		SAR0686::70::100.0::1.3E-10::+,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::+				SAP029::70::100.0::4.9E-11::+		
5QSA00001_P_23	CTTTTCTGTACTTCACTACAGCATGGTCTCTTGCAGGATTCGCAAGTATCGCAATACTCATATTTTTTAA	37.14	31	74	Mu50	SAV1990	phi PVL ORF 38 homolog				SAV1990::70::100.0::5.6E-11::+				
5QSA00001_P_24	TTTATTTTAAACACACAAGCTCATGCGCGTCTTGATCAAATGGCACAACAGTTTGAAGTTGTTTGTAATG	35.71	33	123	MSSA476	SAS1429	hypothetical protein			SAS1429::70::100.0::9.9E-11::+	SAV1489::70::98.57143::2.5E-10::+	MW1377::70::100.0::4.9E-11::+	SA1320::70::98.57143::2.5E-10::+		SACOL1532::70::100.0::9.9E-11::+
5QSA00001_P_3	CTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAGCAAACACAAAGAAAGATGGCTTGGCGAAGTGAAAAC	32.86	31	87	COL	SACOL2051	hypothetical protein								SACOL2051::70::100.0::5.8E-11::+
5QSA00001_P_4	TAATAAAGTTATAAGGTTTATTTTACGTACTGCAATTGGTTACAGTATATTTGCATATGGTTTACATTAC	25.71	34	105	Mu50	SAV2404	hypothetical protein			SAS2295::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV2404::70::100.0::5.0E-11::+	MW2326::70::98.57143::1.3E-10::+	SA2192::70::100.0::5.0E-11::+		
5QSA00001_P_5	TTGTTTGTGTGTCATGAATCCTATCCCAATCTCCATGAATATAAAAATTCCACCACCAACATCAAAATTC	34.29	34	96	Mu50	SAV0430	hypothetical protein		SAR0432::70::94.28571::2.9E-9::+		SAV0430::70::100.0::5.7E-11::+		SAS013::70::100.0::5.7E-11::+		SACOL0475::70::92.85714::9.6E-9::-
5QSA00001_P_6	CTTTTTAGGTTTTATATTAAAACAGACAACTTTTCTATGTATTTAATGATTATCTTCTTAATTTGTTTAG	20.0	33	103	MSSA476	SAS2107a	hypothetical protein		SAR2297b::70::92.85714::5.4E-9::+	SAS2107a::70::100.0::5.0E-11::+		MW2134::70::100.0::5.0E-11::+			
5QSA00001_P_7	CAGTCAACTACTGCCAATATAACTTCGTAGAGCATAGAACATTGATTTATGTCCCAGCCTGGACACATTA	40.0	29	75	Mu50	SAV2574	hypothetical protein		SAR2183b::70::97.14286::4.0E-10::+,SAR0402::63::98.4127::5.5E-9::+,SAR0250::61::100.0::7.8E-9::+,SAR1680::69::90.0::6.6E-8::+	SAS1708::65::98.48485::1.9E-9::+,SAS1998b::70::94.28571::2.9E-9::+,SAS0230a::61::100.0::7.8E-9::+	SAV2574::70::100.0::5.7E-11::+,SAV2708::61::98.36066::1.7E-8::+	MW1725::65::98.48485::1.9E-9::+,MW2019::70::94.28571::2.9E-9::+	SAS089::70::100.0::5.7E-11::+,SAS092::61::98.36066::1.7E-8::+		
5QSA00001_P_8	TACATTGAACGAAGTTGTAGCTGTATTGCCGCTTGTATCAGTTGCTAATAAATTGATTGTCTTATTAGTT	32.86	31	74	Obsolete	Obsolete	Obsolete			SAS1377::70::100.0::1.3E-10::-	SAV1435::70::94.28571::5.5E-9::-	MW1324::70::100.0::1.3E-10::-	SA1268::70::94.28571::5.5E-9::-		SACOL1472::70::100.0::1.3E-10::-
5QSA00001_P_9	ATTTTTAAAAACTAAACTTGAGTGTTCAGATATGTACGCTCAGAAACTCATAGACGAGACACAAGGCAAT	34.29	29	82	Mu50	SAV0870	hypothetical protein				SAV0870::70::100.0::5.7E-11::+				
5QSA00002_A_1	ATTTATTTAATAATCCAGGTGAACTATTAAAATATAACGTTATAAATATCAAGGTTTTAGATTTAGAGGT	21.43	31	127	MRSA252	SAR1563	hypothetical protein (pseudogene)		SAR1540::70::100.0::4.9E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::+	SAS0910::70::98.57143::1.2E-10::+		MW1424::70::100.0::4.9E-11::+			
5QSA00002_A_10	TTAAAGAATTTGGGTGTGGGTGTGTATATAGTGAAAGAATAAGTGGTGTCAAACGTACAGAGCTTGTTAA	35.71	31	67	COL	SACOL2141	site-specific recombinase family protein, degenerate								SACOL2141::70::100.0::4.5E-11::+
5QSA00002_A_11	AGGAAACAAATAGAGGTTGTTTAAAAAGCGCCGCCATGCTTATTGTCTTATTTCTATTCATTATATTTGG	32.86	29	97	MRSA252	SAR1133	putative membrane protein		SAR1133::70::100.0::4.9E-11::+						
5QSA00002_A_12	TTATTTAGTCATTATTTTATATACGAGTATGACTGGACATGATGTATCACATTTCGTGTTAGATAGTCAG	30.0	32	88	MSSA476	SAS2419	putative membrane protein		SAR2613::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS2419::70::100.0::4.5E-11::+	SAV2533::70::100.0::4.5E-11::+	MW2454::70::100.0::4.5E-11::+	SA2321::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL2547::70::100.0::4.5E-11::+
5QSA00002_A_13	TATGTAGTGCCTAAAGGAACAATTTTTGCTTCTTCAATCGAAATTTCAAATACTTATAGTTTAGTAGGTT	28.57	30	99	Mu50	SAV0670	hypothetical protein		SAR0681::70::98.57143::4.9E-11::+	SAS0635::70::98.57143::4.9E-11::+	SAV0670::70::100.0::4.8E-11::+	MW0632::70::98.57143::4.9E-11::+	SA0625::70::100.0::4.8E-11::+		SACOL0728::70::97.14286::1.2E-10::+
5QSA00002_A_14	AAACATATTGTTACAATACACTTTTATTTTATCTTCATTTTTAAAATCCATTAATACAATAGAAGAAAGA	18.57	33	120	MSSA476	SAS2457	hypothetical protein			SAS2457::70::100.0::4.5E-11::+					SACOL2586::70::100.0::4.5E-11::+
5QSA00002_A_15	AATCTAAAAAAGAGTCCTATTTAAGTTTCACTGTCATTCTCTATATTTTTGGATTCGCTATATTAATATA	24.29	33	108	MSSA476	SAS0761	putative membrane protein		SAR0852::70::97.14286::3.1E-10::+	SAS0761::70::100.0::4.8E-11::+	SAV0820::70::100.0::4.8E-11::+	MW0774::70::100.0::4.8E-11::+	SAS018::70::100.0::4.8E-11::+		
5QSA00002_A_16	GTAATAACACCAGTGAAATCCATATGCATACCCTCTTTCTATTTAAGATACATTAAGTATAATATCAAAC	28.57	31	92	MRSA252	SAR0042	hypothetical protein		SAR0042::70::100.0::4.5E-11::+						
5QSA00002_A_17	AGAATGAGAAAAAAAGAAAGATCATTAGACAATATGTCATTGAAAAACGCTGAACTACTTTATAAATTTG	25.71	31	96	Mu50	SAV1174	hypothetical protein		SAR1148::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS1107::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV1174::70::100.0::4.8E-11::+	MW1055::70::98.57143::1.2E-10::+	SA1017::70::100.0::4.8E-11::+		SACOL1185::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00002_A_18	ACAACTTTATGCCATCGGTATTAACTGCAATAAAGATTGCTCGTATCTTCAATGAAAAGGTGGAAACTAT	34.29	29	93	MRSA252	SAR0346	putative DNA-binding protein		SAR0346::70::100.0::4.5E-11::+	SAS0325::70::95.71428::7.4E-10::+	SAV0349::67::91.04478::5.8E-8::+	MW0325::70::95.71428::7.4E-10::+	SA0337::67::91.04478::5.8E-8::+		
5QSA00002_A_19	TTTATTGGGTATCTTTGTAGGCTTTATCGTTTACTTGATTGTTTCGTTTTATAATAAGCGAAAAAATTAG	27.14	32	98	MSSA476	SAS1263	putative membrane protein		SAR1333::70::97.14286::3.1E-10::+	SAS1263::70::100.0::4.8E-11::+	SAV1323::70::100.0::4.8E-11::+	MW1210::70::100.0::4.8E-11::+	SAS041::70::100.0::4.8E-11::+		
5QSA00002_A_2	GAATAGTTTATTAAAGTTGTATTTTGATAGAAATTTACTGACACCACAAAAATTATTGAATTATTTAAAA	18.57	33	114	MSSA476	SAS0120	hypothetical protein (fragment)		SAR0149::70::98.57143::1.7E-10::+	SAS0120::70::100.0::3.9E-11::+	SAV0147::70::98.57143::1.7E-10::+		SA0142::70::98.57143::1.7E-10::+		SACOL0131::70::100.0::4.5E-11::+
5QSA00002_A_20	ACAAAACTAGATACAAATGGTAAACAAACAGAATTTAAACGTCGATTCGCCAATATTAATCCTGAAGTAT	30.0	31	85	MRSA252	SAR0628	hypothetical protein		SAR0628::70::100.0::4.5E-11::+						
5QSA00002_A_21	AATTAAAAAATTTAGTTAGCGAAGTAACTGACGCCGTAGAAAAAACAACGGGGGCAAATAGACAAGCAAT	35.71	31	58	MSSA476	SAS1303	putative 4-oxalocrotonate tautomerase		SAR1376::70::97.14286::3.1E-10::+	SAS1303::70::100.0::4.8E-11::+	SAV1363::70::100.0::4.8E-11::+	MW1250::70::100.0::4.8E-11::+	SAS044::70::100.0::4.8E-11::+		SACOL1399::70::100.0::4.9E-11::+
5QSA00002_A_22	TACAGATGATGACGAAAAAGCCGATGAAGATGGATTTTCTATTATTGCAATGTGGAATTGGGAACGGAAA	37.14	31	70	MRSA252	SAR0028	replication protein (pseudogene)	repB	SAR0028::70::100.0::5.4E-11::+		SAV0028::70::100.0::4.4E-11::+		SA0027::70::100.0::5.4E-11::+		
5QSA00002_A_23	ATCATAATGATGATGAACAAAATGTAGAATATGATTTTTATAATTTAAATGGTGAGTATGGTTATGAGGT	24.29	34	110	Mu50	SAV1601	enterotoxin homolog		SAR1679::70::97.14286::2.1E-10::+	SAS1538::70::97.14286::1.5E-10::+	SAV1601::70::100.0::4.8E-11::+	MW1552::70::97.14286::1.5E-10::+	SA1429::70::100.0::4.8E-11::+		SACOL1657::70::95.71428::4.7E-10::+
5QSA00002_A_24	TGAAAATAGAATATATGTTGTTCGTTTGATAGTAACAATTACTACTGTTATAAGCTTTATCCTTGTATAC	25.71	32	93	Mu50	SAV0716	hypothetical protein		SAR0769::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS0681::70::98.57143::1.1E-10::+	SAV0716::70::100.0::4.4E-11::+	MW0678::70::98.57143::1.1E-10::+	SA0671::70::100.0::4.4E-11::+		
5QSA00002_A_3	AAAGCGCTTAGATGACAATCCGGGTGAATTACTAAAGTATGACAGTATAACAATAAGACATGCATATATA	32.86	30	76	COL	SACOL0348	conserved hypothetical protein								SACOL0348::70::100.0::4.9E-11::+
5QSA00002_A_4	CAAACCGTTTTAAGATTATTAGAATGGGTGCAGACATAAGAATTAAATGTGAAAATTGTCAAAGAAGTAT	28.57	31	89	MSSA476	SAS0338	conserved hypothetical protein			SAS0338::70::100.0::4.5E-11::+		MW0338::70::100.0::4.5E-11::+			SACOL0434::70::100.0::4.5E-11::+
5QSA00002_A_5	GTAGTGAATCCAATTATCATGGCAGTATTGTTCACGATTTTCACAGCAATTTTTGCTGCAGTAATTAAAC	34.29	30	85	MSSA476	SAS0852	putative membrane protein		SAR0945::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS0852::70::100.0::4.9E-11::+	SAV0982::70::100.0::4.9E-11::+	MW0864::70::100.0::4.9E-11::+	SAS025::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL0986::70::100.0::4.9E-11::+
5QSA00002_A_6	TTATCGAAACGACACAGTTATGTCAGTGTTGAAAATTTGCTAATTAATGTGTTGTTTTTTACAATAGTAT	27.14	30	124	COL	SACOL1127	hypothetical protein								SACOL1127::70::100.0::4.5E-11::+
5QSA00002_A_7	AGCATGAAGTAAAAAATTGGAAAACCGTCAATCAAATAATTGAAAAAGAACACTTGGACAAAAATGAATA	27.14	32	67	COL	SACOL1852	hypothetical protein								SACOL1852::70::100.0::4.9E-11::+
5QSA00002_A_8	AACGGTTGGCAAACAATATGATGTTATCAACGAAACTGAAGAATATTATCAAATAATAGATAATTCTGGA	28.57	31	83	MSSA476	SAS1353	conserved hypothetical protein		SAR1422::70::95.71428::7.4E-10::+	SAS1353::70::100.0::4.5E-11::+	SAV1410::70::100.0::4.5E-11::+	MW1300::70::100.0::4.5E-11::+	SA1242::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL1446::70::100.0::4.5E-11::+
5QSA00002_A_9	AATATGCAGTTCGTGAATACACTCGTTGTGAACGTTGTGGCCGTCCACATTCTGTATATCGTAAATTTAA	38.57	31	112	MSSA476	SAS2128	30S ribosomal protein S14		SAR2322::70::100.0::4.9E-11::+	SAS2128::70::100.0::4.9E-11::+	SAV2237::70::100.0::4.9E-11::+	MW2156::70::100.0::4.9E-11::+	SAS079::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL2226::70::100.0::4.9E-11::+
5QSA00002_B_1	GGAAGTTTATAATGAAAATAACTAATTGCAAAATAAAAAAAGAAACTATAGTATATGAAGTTTTAACTAG	20.0	33	95	COL	SACOL0320	hypothetical protein		SAR2103::70::94.28571::1.9E-9::+						SACOL0320::70::100.0::4.0E-11::+
5QSA00002_B_10	CAGCTTTAATCGGTTCAATTATCTTTATTGCAATCGTAACGTTAATTTTAAGAGCGGTTCGTAAAAAATA	30.0	32	134	MRSA252	SAR0392	putative membrane protein		SAR0392::70::100.0::3.6E-11::+						
5QSA00002_B_11	ATTATACTAATAAGAGGAATAGTAAAAGCAATTCTAAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTTTGTTAAAAGCA	25.71	32	94	COL	SACOL0030	conserved hypothetical protein		SAR0036::58::100.0::2.2E-8::+						SACOL0030::70::100.0::3.9E-11::+
5QSA00002_B_12	TATATTATATCATTTATTTATTATATTTCACGCAATATTAAGACCCTTCCAAAGTATTTTTTAGTGGTTT	21.43	32	83	MRSA252	SAR2520	hypothetical protein		SAR2520::70::100.0::3.6E-11::+						
5QSA00002_B_13	ATTAGAGCAAATTGTTCAAAAATTAGATAATGAAACAGTATCTTTAGAGGAATCATTAGATTTATATCAA	22.86	32	99	MSSA476	SAS1461	putative exodeoxyribonuclease VII small subunit		SAR1600::70::97.14286::2.6E-10::+	SAS1461::70::100.0::3.9E-11::+	SAV1522::70::100.0::3.9E-11::+	MW1475::70::100.0::3.9E-11::+	SA1353::70::100.0::3.9E-11::+		SACOL1567::70::100.0::3.9E-11::+
5QSA00002_B_14	TAAAGAATGGTCATGAGGATTTAGCAAAGGCGAAGTTTTACGTCCAAAGAGCATTTGATTTGTGGGAGTG	40.0	30	79	MSSA476	SAS0912	hypothetical phage protein		SAR1538::70::91.42857::9.7E-9::+,SAR1563::70::91.42857::3.7E-8::+	SAS0912::70::100.0::3.6E-11::+		MW1422::70::91.42857::9.7E-9::+			
5QSA00002_B_15	AAAGATAAATATTTTAAATAATCATATATATTCCGAATATTTTTTTAGAGACCTGTTAAATATTGTATAT	15.71	35	147	MSSA476	SAS1729	conserved hypothetical protein (pseudogene)			SAS1729::70::100.0::1.2E-10::+		MW1749::70::100.0::1.2E-10::+			SACOL1860::70::100.0::3.9E-11::+
5QSA00002_B_16	TATCCAACATGTTCAGAGTACACTAGAGAAGCGATTCAATACCACGGTGCTTTCAAAGGCCTTTATTTAG	40.0	29	76	MSSA476	SAS1715	conserved hypothetical protein		SAR1875::70::100.0::3.5E-11::+	SAS1715::70::100.0::3.5E-11::+	SAV1795::70::100.0::3.5E-11::+	MW1733::70::100.0::3.5E-11::+	SA1613::70::100.0::3.5E-11::+		SACOL1842::70::100.0::3.5E-11::+
5QSA00002_B_17	AATTCCACGTATAGTAGCTATTTTAGGAATTATCAGTGCTATGTTGACTTTTAAAGACAAGCAAATCAGC	32.86	29	95	MSSA476	SAS2045	putative membrane protein		SAR2230::70::98.57143::1.0E-10::+	SAS2045::70::100.0::3.9E-11::+	SAV2142::70::100.0::3.9E-11::+	MW2066::70::100.0::3.9E-11::+	SA1944::70::100.0::3.9E-11::+		SACOL2134::70::100.0::3.9E-11::+
5QSA00002_B_18	ATTTGCAATAGGTAATGCAATCAAATATCTATCTAGAGCACCGTTGAAAAACGGACACGAGGATTTAGCA	37.14	29	82	N315	SA1787	hypothetical protein						SA1787::70::100.0::3.5E-11::+		
5QSA00002_B_19	ACATTTGTAAAAAATTATCTAAATGAGCATCAAATTGATTTTGAAGAGAGAAATATCAACAATCAACAAT	22.86	33	101	Mu50	SAV1085	putative NrdH-redoxin		SAR1058::70::97.14286::2.5E-10::+	SAS1020::70::98.57143::9.9E-11::+	SAV1085::70::100.0::3.9E-11::+	MW0967::70::98.57143::9.9E-11::+	SA0936::70::100.0::3.9E-11::+		SACOL1093::70::98.57143::9.9E-11::+
5QSA00002_B_2	TATATTATATCATTTATTTATTATATTTCACGCAATATTAAAGTTCGAGTAAAGCGTTTTTTAGTGGTTT	21.43	33	101	MSSA476	SAS2322	hypothetical protein			SAS2322::70::100.0::3.6E-11::+	SAV2430::70::100.0::3.6E-11::+	MW2354::70::100.0::3.6E-11::+	SA2218::70::100.0::3.6E-11::+		
5QSA00002_B_20	ATCACTAGTCCTACAGAAGCGAGAAAAGATTTTTATCAATTACTAAAAAATGTTAATAATAATCACGAAC	27.14	31	93	Mu50	SAV2457	hypothetical protein			SAS2349::70::98.57143::9.0E-11::+	SAV2457::70::100.0::3.5E-11::+	MW2381::70::98.57143::9.0E-11::+	SA2246::70::98.57143::9.0E-11::+		SACOL2465::70::98.57143::9.0E-11::+
5QSA00002_B_21	ATCAAATTAAGAACAATACGATAAATAAAGCATACGAACATAAAGACCCTACAAACAATGGCGAACAAAG	31.43	31	34	Mu50	SAV1340	hypothetical protein		SAR1350::70::98.57143::9.8E-11::+	SAS1280::70::98.57143::9.8E-11::+	SAV1340::70::100.0::3.9E-11::+	MW1227::70::98.57143::9.9E-11::+	SA1175::70::100.0::3.9E-11::+		SACOL1375::70::98.57143::9.9E-11::+
5QSA00002_B_22	GAATGGTCATGAGGATTTAGCAAAGGCGAAGTTTTACGTCGATAGAGTGTTTGACTTGTGGGAGGGGTAA	44.29	29	61	MRSA252	SAR1563	hypothetical protein (pseudogene)		SAR1538::70::100.0::3.5E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::+			MW1422::70::100.0::3.5E-11::+			
5QSA00002_B_23	AATAATAAAAAGTTTCAAGTTGCTGTAAATGAGGAATTTGTACAAAAATCAGATTTCATTCAACCTAATG	25.71	31	99	Mu50	SAV2270	probable molybdopterin synthase small subunit	moaD	SAR2354::70::98.57143::9.9E-11::+	SAS2160::70::98.57143::9.9E-11::+	SAV2270::70::100.0::3.9E-11::+	MW2188::70::98.57143::9.9E-11::+	SA2065::70::100.0::3.9E-11::+		SACOL2263::70::98.57143::9.9E-11::+
5QSA00002_B_24	ACTAATTTAAGAGTAATCATGGCTAGAGATAACGTAAGTGTTCAAGATTTGCACAATGAAACTGGCGTAT	34.29	30	88	COL	SACOL0349	conserved hypothetical protein								SACOL0349::70::100.0::3.5E-11::+
5QSA00002_B_3	CTTCAATTTCACAAAAATAATTCCCGCTGAAAGTATCTATATTTACACATTACTTCCACCATTATATAAC	28.57	33	101	COL	SACOL1886	hypothetical protein								SACOL1886::70::100.0::4.0E-11::+
5QSA00002_B_4	TCTAAGGAAAAAGTTGCACGCTTTAACAAACAACATTTTGTAGTTGGTCTTAAAGAAACGCTTAAAGCGT	34.29	33	117	MSSA476	SAS0502	putative ribosomal protein		SAR0549::70::100.0::2.9E-11::+	SAS0502::70::100.0::2.9E-11::+	SAV0544::70::100.0::3.6E-11::+	MW0499::70::100.0::3.6E-11::+	SA0502::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL0590::70::100.0::3.6E-11::+
5QSA00002_B_5	AGCACACGGAGGTTTTCTATATGAATAACGGTACAGTAAAATGGTTTAACGCAGAAAAAGGTTTTGGTTT	35.71	30	76	MRSA252	SAR2790	cold shock protein	cspB	SAR2790::70::100.0::4.0E-11::+	SAS2587::70::98.57143::1.0E-10::+					
5QSA00002_B_6	CAATATAATATCGATACATTACATGTTACACATTCTGAACAACCTGGGATTTCTAACATGGAAATTCAAG	31.43	30	104	MSSA476	SAS1960	acetolactate synthase isozyme III small subunit (fragment)		SAR2142::70::98.57143::9.1E-11::+	SAS1960::70::100.0::3.6E-11::+	SAV2055::70::100.0::3.6E-11::+	MW1979::70::100.0::3.6E-11::+	SA1860::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL2044::70::100.0::3.6E-11::+
5QSA00002_B_7	GACTACTTAAGTATGATCCGAGGACAAGTATTAACAACATTTTCCACAATAAAAGTGGTTGATCCAATCG	35.71	30	89	Mu50	SAV2573	hypothetical protein		SAR2654::70::97.14286::2.6E-10::+	SAS2460::70::98.57143::1.0E-10::+	SAV2573::70::100.0::3.9E-11::+	MW2494::70::98.57143::1.0E-10::+	SA2360::70::100.0::3.9E-11::+		SACOL2589::70::98.57143::1.0E-10::+
5QSA00002_B_8	TGGACGTCAAAAATTCGCTGCTGCGGATGGACGTGTGGAACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCA	42.86	30	90	MSSA476	SAS2023	putative 50S ribosomal protein L31		SAR2208::70::100.0::3.6E-11::+	SAS2023::70::100.0::3.6E-11::+	SAV2120::70::100.0::3.6E-11::+	MW2044::70::100.0::3.6E-11::+	SA1922::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL2112::70::100.0::3.6E-11::+
5QSA00002_B_9	TTGATGAAACCCTACGTGGCAGAATGGAAACGAAACTCATCTCTAAGATTTTATCGTTCGAAATTAAATA	34.29	29	73	Mu50	SAV0394	hhypothetical protein				SAV0394::70::100.0::3.9E-11::+				
5QSA00002_C_1	TTGATTTTAAGGTGAAAAAACGTGTGGATTTCTTAAAGTTCTATAATGACAATGAACTTATAAGTACCAA	27.14	31	109	MSSA476	SAS0052	enterotoxin (fragment)			SAS0052::70::100.0::4.8E-11::+		MW0052::70::100.0::4.8E-11::+			
5QSA00002_C_10	GCGAAAGAGAAGTACGAGGCACAAGTTAAAAGGGATGCAATTATTAAATTAGGTCAGTTGTTTGAAAATA	34.29	32	73	Mu50	SAV0877	hypothetical protein		SAR2071::70::92.85714::4.7E-9::+,SAR2031::70::92.85714::1.5E-8::-	SAS1862::70::90.0::9.5E-8::-	SAV0877::70::100.0::4.4E-11::+,SAV1972::70::92.85714::4.7E-9::+	MW1917::70::90.0::2.0E-8::+			SACOL0358::70::91.42857::1.2E-8::+
5QSA00002_C_11	TCTCTTTTTTATGGCTCGAATGAATGTTTGATTACCAATTACAGTAAGACGTTGTTTGTAGTGATTTTCC	32.86	31	94	MRSA252	SAR1930a	hypothetical protein		SAR1930a::70::100.0::4.8E-11::+						
5QSA00002_C_12	TAAAGAAGAAGCGAAAGAGAAGTACGAGGCACAATTTAAAAGAGGTGCAGTTATTAAATTAGGGCAGTTG	37.14	34	78	Mu50	SAV1972	hypothetical protein				SAV1972::70::100.0::4.4E-11::+,SAV0877::70::92.85714::4.7E-9::+		SA1782::70::90.14085::6.4E-8::+		
5QSA00002_C_13	CAATGGAGATTAACGAAAATAATAGTAATGTGAACAAAACAAACATAAAAGCGACTAAAATAAAATCAAC	25.71	32	53	MRSA252	SAR2115	hypothetical protein		SAR2115::70::100.0::4.8E-11::+						
5QSA00002_C_14	CTAAACTTGAAGGTAAAAGTCATATTGCAAGGTGCACAAGTTAAAGCGACTGATTTAAGAGCAGCAGCAG	40.0	31	98	Obsolete	Obsolete	Obsolete		SAR2188::70::98.57143::3.5E-10::+	SAS2003::70::97.14286::9.2E-10::+	SAV2099::70::98.57143::3.5E-10::+	MW2024::70::97.14286::9.2E-10::+	SA1902::70::98.57143::3.5E-10::+		SACOL2092::70::97.14286::9.2E-10::+
5QSA00002_C_15	TTTTCTAGTGTAACGGACAAAACCACTCAAAATAAAAAAGATACAAGAGAGGTCTCTCGTATCTTTTATT	31.43	31	140	MRSA252	SAR0031b	hypothetical protein		SAR0031b::70::100.0::5.2E-11::+		SAV0033::70::100.0::4.7E-11::+		SA0031::70::100.0::4.7E-11::+		
5QSA00002_C_16	AGAGATAAGCAAGAACTATTAAATAAGTATCACGAATTATTAGACAAATACTTTCTTCATAATATTTCGT	24.29	32	118	MW2	MW0753	hypothetical protein					MW0753::70::100.0::4.4E-11::+			
5QSA00002_C_17	CTGGCGAAGGCAAACAATTTTTCAGCACTCAAGATATTATTTACGCGAGTAAAATCATTCCATTCTTTTA	34.29	30	93	Mu50	SAV0364	hypothetical protein		SAR0361::70::97.14286::3.1E-10::+	SAS0340::70::97.14286::3.1E-10::+	SAV0364::70::100.0::4.7E-11::+	MW0340::70::97.14286::3.1E-10::+	SAS009::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL0436::70::97.14286::3.1E-10::+
5QSA00002_C_18	TTTTATTGCACTCAGGAAAAGCCTTTCCCGTAACTAATATAATCTCAGAAAATTCAACCTTCTTAATTAT	30.0	31	92	MSSA476	SAS0925	hypothetical phage protein			SAS0925::70::100.0::4.4E-11::+		MW1409::70::100.0::4.4E-11::+			
5QSA00002_C_19	TACCTACATCTAAATTGATACAACCAATTATGCAGTTATTTATAGATAATGCTATCCTTAACATTGTTCA	27.14	30	110	Mu50	SAV0379	hypothetical protein		SAR0397::70::92.85714::1.0E-8::+	SAS0356::70::95.71428::1.5E-9::+	SAV0379::70::100.0::4.7E-11::+	MW0355::70::95.71428::1.5E-9::+	SA0364::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL0450::70::90.0::2.2E-8::+
5QSA00002_C_2	ATTGAAACTATTATAAGTGAAATAGAAAAGTTATTAACTAACAATACACCATATAGTATTTCAAAAAATT	18.57	34	136	Mu50	SAV1311	hypothetical protein		SAR1303::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS1245::70::98.57143::1.1E-10::+	SAV1311::70::100.0::4.4E-11::+	MW1193::70::98.57143::1.1E-10::+	SA1151::70::100.0::4.4E-11::+		SACOL1333::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00002_C_20	ACATTAGAAATTAGATATTTCTTGTCATCTCTTTTTTATAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTACA	21.43	32	91	MSSA476	SAS1760a	hypothetical protein			SAS1760a::70::100.0::4.4E-11::+		MW1780::70::100.0::4.4E-11::+			
5QSA00002_C_21	CTGTGCATATTATACATTTAGAGCTTATATACTTAAACATGATGAATTTACTCCTTATATTATGAAATGT	24.29	33	114	MSSA476	SAS2052	transposase (fragment)		SAR2238::70::98.57143::4.4E-11::+	SAS2052::70::100.0::1.7E-11::+	SAV2148::70::100.0::4.7E-11::+,SAV2149::70::100.0::5.0E-11::-,SAV1806::70::91.42857::5.0E-9::+	MW2073::70::100.0::4.7E-11::+,MW2075::70::100.0::5.0E-11::-	SAS069::70::100.0::4.7E-11::+,SAS071::70::100.0::5.0E-11::-,SA1624::70::91.42857::5.0E-9::+		
5QSA00002_C_22	GTTGAACGCAACTGTTGTGTGACTTTTGATGTTGATAGCATCTTATGTAATGTGACTGGATACGTATCAA	37.14	29	93	COL	SACOL0352	hypothetical protein			SAS0914::70::94.28571::1.9E-9::+					SACOL0352::70::100.0::4.4E-11::+
5QSA00002_C_23	TATCAAGCCACTTCATTTCAATCGTCATTCACTTTGGAAAATGGACTTTATATTTCATCACTAGTAAAAT	30.0	30	98	Mu50	SAV2343	hypothetical protein				SAV2343::70::100.0::4.7E-11::+		SAS086::70::100.0::4.7E-11::+		
5QSA00002_C_24	CAGAGAATAAAGAAGAAGCAAAAGAGAAGTATGAGGCACAAGTTAAAAGGGATGCAATTATTAAAGCGAG	35.71	34	50	COL	SACOL0358	conserved hypothetical protein			SAS0921::65::92.30769::6.8E-8::+	SAV0877::65::93.84615::2.5E-8::+				SACOL0358::70::100.0::4.4E-11::+
5QSA00002_C_3	TTATCTTTCAATAAGCTCTTTTATTGTGGTTTCTCTCCAAATATCTCATCCAAATTTTTATTCAACACCG	30.0	32	81	MSSA476	SAS0180	hypothetical protein			SAS0180::70::100.0::4.8E-11::+		MW0180::70::100.0::4.8E-11::+			
5QSA00002_C_4	ATTATTAGATCCTGAAAAATATAAAAATGCAAATGAAGAAGAATTAACAGATATATATGATTTTGTTCAA	20.0	33	97	MSSA476	SAS1802	conserved hypothetical protein		SAR1970::70::100.0::4.2E-11::+	SAS1802::70::100.0::4.2E-11::+	SAV1880::70::100.0::4.4E-11::+	MW1820::70::100.0::4.4E-11::+	SA1696::70::100.0::4.4E-11::+		SACOL1938::70::100.0::4.4E-11::+
5QSA00002_C_5	TGAGCGCAAATACGAGGCACAAGTTAAGATAAGGAGAGATGGAGATGCCAAAGAAAACGGTAACGATTGA	42.86	31	46	MW2	MW1413	hypothetical protein					MW1413::70::100.0::4.8E-11::+			
5QSA00002_C_6	CGCAACGATCAAATATGACGGCGCATATTGCATTAATGGCTATAGATGGATTACTTATATTGCTAATAGT	35.71	30	104	N315	SA1756	truncated amidase		SAR2037::70::98.57143::7.8E-11::+,SAR2031::70::98.57143::3.4E-10::-	SAS1867::70::98.57143::6.9E-11::+,SAS1862::70::98.57143::3.4E-10::-,SAS0954::70::95.71428::1.4E-9::+	SAV1943::70::98.57143::4.3E-11::+	MW1380::70::94.28571::3.6E-9::+	SA1756::70::100.0::1.9E-11::+		
5QSA00002_C_7	CTTTAAACTCTACTAAACGTAGATGGAACGCTAACCTTCAAAAAGTTAGAATCCTAGTTGACGGTAAACC	37.14	31	93	MSSA476	SAS1158	50S ribosomal protein L28		SAR1200::70::100.0::4.8E-11::+	SAS1158::70::100.0::4.8E-11::+	SAV1224::70::100.0::4.8E-11::+	MW1107::70::100.0::4.8E-11::+	SA1067::70::100.0::4.8E-11::+		SACOL1238::70::100.0::4.8E-11::+
5QSA00002_C_8	AGAGTAAAGAAGAAGCTGAGCGCAAATACGAGGCACAAGTTAAAAGAGGTGCAGTTATTAAATTAGGGCA	40.0	32	70	N315	SA1782	hypothetical protein				SAV1972::70::90.14085::6.4E-8::+		SA1782::70::100.0::4.4E-11::+		
5QSA00002_C_9	GATTTCGATAACGTTTCACAAGCTGGTAGAGAAATCTTAAAAAAAGGATTAGAACAAATTAAAAGTAATA	27.14	31	81	pLW043	VRA0007	regulator of transfer gene ArtA	artA						VRA0007::70::100.0::4.8E-11::+	
5QSA00002_D_1	TATATGTAATCTTGATTCCAATTTTGACTATTTTAGCTAGTTTAATCAATTTAATTTGTGATATTAAAAA	18.57	33	113	Mu50	SAV2494	hypothetical protein			SAS2381::70::97.14286::2.5E-10::+	SAV2494::70::100.0::3.9E-11::+	MW2414::70::97.14286::2.5E-10::+	SA2282::70::100.0::3.9E-11::+		
5QSA00002_D_10	TTTTGTCTATAGATGATGAAGGAAAGCTTAATCTATCATTAAAGGATAATGATTACTTCAAAAATTATGA	24.29	32	119	MSSA476	SAS0825	putative S1 RNA binding domain		SAR0917::70::98.57143::6.1E-11::+	SAS0825::70::100.0::2.4E-11::+	SAV0955::70::100.0::3.5E-11::+	MW0837::70::100.0::2.4E-11::+	SA0816::70::100.0::3.5E-11::+		SACOL0958::70::100.0::2.4E-11::+
5QSA00002_D_11	TTTACAAACATGCGATCAGCACTTATACAGTAGAAACTGAAGGTCAAGCATCTACTGAAAGTGAAGAATA	35.71	30	110	MSSA476	SAS1237	conserved hypothetical protein		SAR1279::70::97.14286::2.5E-10::+	SAS1237::70::100.0::3.9E-11::+	SAV1305::70::100.0::3.9E-11::+	MW1187::70::100.0::3.9E-11::+	SA1145::70::100.0::3.9E-11::+		SACOL1324::70::100.0::3.9E-11::+
5QSA00002_D_12	CAGAATGAAGCAAGAAATCAAATTCGTCATATTGATAGAGATGTTATTATGGAAGAACTTGTTTCTTACT	30.0	32	152	Mu50	SAV1617	hypothetical protein		SAR1696::70::97.14286::2.3E-10::+	SAS1553::70::98.57143::8.9E-11::+	SAV1617::70::100.0::3.5E-11::+	MW1567::70::98.57143::8.9E-11::+	SA1445::70::100.0::3.5E-11::+		SACOL1672::70::97.14286::2.3E-10::+
5QSA00002_D_13	TTAGATCAATTTTTTAAAAAAGGATACGCCACTCAATTACAAGTGTGTATGATATTTGTTGCTATTTTAT	25.71	31	95	MSSA476	SAS2004	putative membrane protein		SAR2189::70::98.57143::9.9E-11::+	SAS2004::70::100.0::3.9E-11::+	SAV2101::70::100.0::3.9E-11::+	MW2025::70::100.0::3.9E-11::+	SA1903::70::100.0::3.9E-11::+		SACOL2093::70::100.0::3.9E-11::+
5QSA00002_D_14	TTCAATTAAGAGTTAAGAAGCGAGCATATAGTGTCGAAATAGTCGTTTTAGATCATGAAGGAAATTCAAT	31.43	32	96	N315	SA1797	hypothetical protein		SAR2088::70::91.42857::9.6E-9::+	SAS0905::70::92.85714::3.8E-9::+			SA1797::70::100.0::3.5E-11::+		
5QSA00002_D_15	ATTATGTGTGTTCCTATGACAGTTGCTTTATGTACAATATTCCTTAAATTTATCTCAATTTTTATTCTTC	25.71	32	72	pLW043	VRA0059	hypothetical protein							VRA0059::70::100.0::3.9E-11::+	
5QSA00002_D_16	TATCAAAATTCCTACAAGTGAAATTAAAAATATTACACAAGACCAAGATATTCATGCAGTTCCTAAATTA	25.71	34	91	MSSA476	SAS2074	conserved hypothetical protein		SAR2264::70::98.57143::8.9E-11::+	SAS2074::70::100.0::3.5E-11::+	SAV2173::70::100.0::3.5E-11::+	MW2099::70::100.0::3.5E-11::+	SAS074::70::100.0::3.5E-11::+		SACOL2163::70::100.0::3.5E-11::+
5QSA00002_D_17	TTAATGTTGTTTACTCAGGGAAACATGAAGTAGTTACAAACGAAAATAGTTTATTTGTTATTGATGAAGA	27.14	31	98	MRSA252	SAR1134	hypothetical protein		SAR1134::70::100.0::3.9E-11::+						
5QSA00002_D_18	ATTTGGTGAAATCAAAAATAAAATTATCAGCTTTAACGGGTTCGAATTTAAAGTGTCTGCGATGAAGAAA	30.0	30	96	Mu50	SAV1988	phi PVL orf 39-like protein				SAV1988::70::100.0::3.5E-11::+				SACOL0336::66::92.42424::3.0E-8::+
5QSA00002_D_19	TCATCATAATCAATGTAATTATGTGAATCCACAAAATGTTTCACTTGACTGGGAATGTTTTATAATTAGT	27.14	32	125	Mu50	SAV0823	hypothetical protein		SAR0855::70::98.57143::9.8E-11::+	SAS0764::70::98.57143::9.8E-11::+	SAV0823::70::100.0::3.8E-11::+	MW0777::70::98.57143::9.8E-11::+	SA0752::70::100.0::3.8E-11::+		SACOL0868::70::98.57143::9.8E-11::+
5QSA00002_D_2	TTGACAAGGTCTTAAGCACTGACGTTACAAATAGCCATGATATTAATGAATTATATTTATTTCTTAAAAA	25.71	30	113	COL	SACOL2559	hypothetical protein								SACOL2559::70::100.0::3.5E-11::+
5QSA00002_D_20	AACAAATTTTAGAAGGTGTTCTATCAGAAAGTACCACATACGGTGATGCAAGAAATAAATTAGAAACATT	30.0	29	89	MSSA476	SAS1917	hypothetical phage protein			SAS1917::70::100.0::3.2E-11::+	SAV1996::70::100.0::3.5E-11::+	MW1934::70::100.0::3.5E-11::+			
5QSA00002_D_21	TTGAAGGTGATTCGCCGGAAGAATTATTACAAAATATATATGCACATATAAAAGAAACATGGATTTTTTA	27.14	31	96	Mu50	SAV0939	hypothetical protein		SAR0901::70::98.57143::9.8E-11::+	SAS0809::70::98.57143::9.8E-11::+	SAV0939::70::100.0::3.8E-11::+	MW0821::70::98.57143::9.8E-11::+	SA0800::70::100.0::3.8E-11::+		SACOL0942::70::98.57143::9.8E-11::+
5QSA00002_D_22	TAGAAGATAGATTTATCGACGGTATAAATATAACAGATGAGAATGATCTATACACAGCATTAGACATATT	28.57	32	95	MSSA476	SAS1909	hypothetical phage protein			SAS1909::70::100.0::3.5E-11::+		MW1926::70::100.0::3.5E-11::+			
5QSA00002_D_23	AACATATATGAAATGTTAATGCTTGCTACTATCTTTATGATATCTACAATTGCTTATAAACATCAAAAGA	24.29	33	114	N315	SA1783	hypothetical protein					MW1414::70::98.57143::9.8E-11::+	SA1783::70::100.0::3.8E-11::+		
5QSA00002_D_24	TCATCGCATACAAGGACAGCTTAATGGAGTCATTAAAATGATGGAGGAAGAAAAAAATTGTAAAGACGTC	35.71	31	75	COL	SACOL0048	conserved hypothetical protein								SACOL0048::70::100.0::3.5E-11::+
5QSA00002_D_3	AATAGGTTTTAATGTACACAAGGTGTTTAAAATGCCCGAAAAACAGGCACTATTTGAAGATTTGTACCAT	32.86	30	110	Mu50	SAVP005	hypotehtical protein				SAVP005::70::100.0::3.9E-11::+				
5QSA00002_D_4	TGAAAAATTTATTAGTTACTGGCTACACAACTGGAATTTTGAAAATCATAGGGCAAATGTTACTTGCTGT	31.43	32	83	MSSA476	SAS0372	putative membrane protein			SAS0372::70::100.0::3.5E-11::+					
5QSA00002_D_5	AAATGAAAAGAGTTTATTTGTCATTGACGAATTTTACGATGTTGCAATCGCAATCTATTATTTAGATGGA	28.57	32	108	MSSA476	SAS1096	hypothetical protein			SAS1096::70::100.0::3.9E-11::+	SAV1161::70::98.57143::9.9E-11::+	MW1043::70::100.0::3.9E-11::+	SA1005::70::98.57143::9.9E-11::+		SACOL1172::70::98.57143::9.9E-11::+
5QSA00002_D_6	ATAATTACGCAACTTAGTGCATCTAAAGGTTCTATACAACGTTTAATGGGGATTATAATTAGTGAAAATT	28.57	32	122	MRSA252	SAR0047	conserved hypothetical protein		SAR0047::70::100.0::3.4E-11::+		SAV0048::70::100.0::3.5E-11::+		SA0045::70::100.0::3.5E-11::+		
5QSA00002_D_7	TAAATAGATTAACAATTATTTTATCAATATTATTTTTTGTACTTATGATTTGCATAAGTTATCTTGGTAT	17.14	33	107	MSSA476	SAS0744	putative protein-export membrane protein		SAR0834::70::100.0::3.9E-11::+	SAS0744::70::100.0::3.9E-11::+	SAV0778::70::100.0::3.9E-11::+	MW0740::70::100.0::3.9E-11::+	SA0733::70::100.0::3.9E-11::+		SACOL0844::70::100.0::3.9E-11::+
5QSA00002_D_8	ATGATAAAAAAATGATTAATCGTATTAATAGAATACAAGGGCAACTAAATGGAATTATTAAAATGATGGA	22.86	33	96	MSSA476	SAS0055	conserved hypothetical protein			SAS0055::70::100.0::3.4E-11::+	SAV0085::70::100.0::3.5E-11::+	MW0055::70::100.0::3.5E-11::+	SA0081::70::100.0::3.5E-11::+		SACOL0062::70::100.0::3.5E-11::+
5QSA00002_D_9	AAATTTCGATAAAGTAAAAGATATCATCGTTGACCGTTTAGGTGTAGACGCTGATAAAGTAACTGAAGAT	32.86	31	88	MSSA476	SAS1166	acyl carrier protein		SAR1208::70::100.0::3.9E-11::+	SAS1166::70::100.0::3.9E-11::+	SAV1232::70::100.0::3.9E-11::+	MW1115::70::100.0::3.9E-11::+	SA1075::70::100.0::3.9E-11::+		SACOL1247::70::100.0::3.9E-11::+
5QSA00002_E_1	ATACAAGTCGTCAGTTGTCAGACAACAAAGATGATGATAAAGTCATCCATCTTAATAATTTCAAAAATTT	28.57	30	89	Mu50	SAV2556	hypothetical protein		SAR2636::70::97.14286::2.9E-10::+	SAS2442::70::95.71428::7.5E-10::+	SAV2556::70::100.0::4.7E-11::+	MW2477::70::95.71428::7.9E-10::+	SA2343::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL2571::70::95.71428::7.9E-10::+
5QSA00002_E_10	TATTAATTTATTACTTTTTTATCCTATCTTATCTACATTTTCAAATATTATAATACATATTGACCATTTT	15.71	35	84	Mu50	SAV0375	hypothetical protein		SAR0393::70::95.71428::7.2E-10::+	SAS0352::70::98.57143::1.1E-10::+	SAV0375::70::100.0::4.3E-11::+	MW0350::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS011::70::100.0::4.3E-11::+		
5QSA00002_E_11	TGTTTTCTTAGTATTATTTAGTTTTGCTGTTGGTGCATCAAATGTACCAATGATGATTTTAACATTTATA	25.71	33	94	MSSA476	SAS1043	putative membrane protein		SAR1082::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS1043::70::100.0::4.7E-11::+	SAV1108::70::100.0::4.7E-11::+	MW0991::70::100.0::4.7E-11::+	SAS031::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL1117::70::100.0::4.7E-11::+
5QSA00002_E_12	GATAAAAATACTTATTCATTATATAATGTTAACAAGATGTATTTTAAAGTTTACATTGAGTGAGGGATAT	21.43	33	145	Mu50	SAV0574	hypothetical protein		SAR0578::70::98.57143::7.9E-11::+	SAS0532::70::98.57143::7.9E-11::+	SAV0574::70::100.0::4.3E-11::+	MW0529::70::98.57143::1.1E-10::+	SA0532::70::100.0::4.3E-11::+		
5QSA00002_E_13	TTGTTGGTTCAATGATTTACTTAATACTCGCAACAATTGGCTATTTTTTACTATTACAAGGTAAACTTTA	27.14	32	114	MSSA476	SAS2212	putative membrane protein		SAR2403::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS2212::70::100.0::4.7E-11::+	SAV2319::70::100.0::4.7E-11::+	MW2240::70::100.0::4.7E-11::+	SAS085::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL2312::70::100.0::4.7E-11::+
5QSA00002_E_14	CCTAACAACTAAAAGTTGTAAGGTAAAAGAGGGATACATGCACCGAGCGCAAGCAAAAAAGCCCCTAACA	42.86	31	70	N315	SA0930	hypothetical protein				SAV1078::70::100.0::2.0E-11::-,SAV1078::70::95.71428::3.4E-10::-,SAV1078::70::92.85714::2.2E-9::-,SAV1078::70::90.0::1.4E-8::-		SA0930::70::100.0::4.3E-11::+,SA0930::70::95.71428::7.2E-10::+		
5QSA00002_E_15	TATGCCTTACATTGATGCTGAGCGTTTGTATCACTTTGCTATGGAACGTAAATCGTTAGTCACTAACTAG	38.57	29	96	MSSA476	SAS2372	hypothetical protein		SAR2569::70::100.0::4.7E-11::+	SAS2372::70::100.0::4.7E-11::+	SAV2480::70::100.0::4.7E-11::+	MW2405::70::100.0::4.7E-11::+	SA2268::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL2491::70::100.0::4.7E-11::+
5QSA00002_E_16	ACGTGGTTTATCAACTTGAGTTAAGTGTCGTGAATAATTTGGAAAGTTATGAACACACAGAATATGTTAA	31.43	32	102	Mu50	SAV2024	hypothetical protein				SAV2024::70::100.0::4.3E-11::+,SAV0788::70::92.85714::4.7E-9::+		SA1831::70::100.0::4.3E-11::+		SACOL0894::70::95.71428::7.2E-10::+
5QSA00002_E_17	GTGATTATAAATTAAAGAAACATTATTTCGTGAAAAGTACGAATGAGGAAAAAGCCACGAACATGGTATT	30.0	31	65	MRSA252	SAR1563	hypothetical protein (pseudogene)		SAR1534::70::100.0::4.7E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::+						
5QSA00002_E_18	AATATACACTCCCATTTGAAAACTTTTATTCACAATAAACTACTTTATTATCAATGTCAAACCATAAAAG	24.29	34	122	MRSA252	SAR0702	hypothetical protein		SAR0702::70::100.0::6.3E-11::+,SAR0686::70::100.0::1.3E-10::-,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::-				SAP026::70::100.0::4.3E-11::+		
5QSA00002_E_19	TAAAAAACTTGACTGTAACTTGGTATAACGTTATTGCTTTAGCAATTATTGTTATTGTCTTAAGCACCGT	30.0	31	116	MRSA252	SAR2783	putative membrane protein		SAR2783::70::100.0::4.7E-11::+	SAS2586a::65::93.84615::2.7E-8::+	SAV2703::65::93.84615::2.7E-8::+	MW2622::65::93.84615::2.7E-8::+	SAS091::65::93.84615::2.7E-8::+		
5QSA00002_E_2	GTTAACGAAAAACGATTTAAGCAGGCAGATGTATTTGAAGATTTATATAGAGAGAAACTAAAAGACACAA	30.0	33	77	COL	SACOL1529	hypothetical protein								SACOL1529::70::100.0::4.4E-11::+
5QSA00002_E_20	AATCAAATGGCTAATAATTTAAAAATTTCAGTTACTGCTTATAGAAATAAAGAAAGAGGAATAACACCAT	24.29	31	100	Mu50	SAV0785	hypothetical protein				SAV0785::70::100.0::4.3E-11::+				
5QSA00002_E_21	TTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTACCTATACTGTTTTATTTATGA	17.14	36	108	MSSA476	SAS1862	phospholipase C precursor (pseudogene)	hlb	SAR2034::70::98.57143::8.9E-11::+,SAR2031::70::98.57143::3.4E-10::+	SAS1865::70::100.0::4.7E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::+					
5QSA00002_E_22	AGAAAAAATTAAAAGTTCCTTGTTCACTAATGGCTCATATACTTTTGTTGGAGACAAAATAGTAGCTATC	30.0	31	83	Mu50	SAV0854	hypotheticalk protein				SAV0854::70::100.0::4.3E-11::+				
5QSA00002_E_23	AATTGATACAGGTAGAATTACATATGATATATCAGAAAATAAAATTAAAACTATTGTTTTACAAAAATAG	18.57	33	110	Mu50	SAV1314	hypothetical protein				SAV1314::70::100.0::4.7E-11::+		SAS039::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL1348::67::98.50746::5.7E-10::+
5QSA00002_E_24	ACATAGAACATGCCGTCATAAATATTTTTAATTCTAATAGAAAAGTCTTTGGTACAAGACGAATTAAAAA	25.71	31	121	MSSA476	SAS1727	putative transposase (fragment)		SAR0082::70::94.28571::1.9E-9::+	SAS1727::70::100.0::4.3E-11::+	SAV1805::70::94.28571::1.5E-9::+	MW1745::70::100.0::4.3E-11::+	SA1623::70::94.28571::2.1E-9::+		SACOL1855::70::100.0::3.0E-11::+
5QSA00002_E_3	TTTAGAGAATTAGTAAAACAATCATACGAGGATTTGAAAAATTTGACTGTAACTTGGTATAACGTGATTG	28.57	30	92	Mu50	SAV2703	hypothetical protein		SAR2783::70::95.71428::7.9E-10::+	SAS2586a::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV2703::70::100.0::4.7E-11::+	MW2622::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS091::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL2726::70::97.14286::3.1E-10::+,SACOL2730::70::97.14286::3.1E-10::+
5QSA00002_E_4	GACGTTAACCTTGAAAATGGTCAAGTAAGTGTTCAATATGATGACAGTAAAGTTGCTGTATCTCAAATGA	34.29	31	74	MSSA476	SAS2444	putative heavy-metal-associated protein		SAR2639::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS2444::70::100.0::4.4E-11::+	SAV2558::70::100.0::4.4E-11::+	MW2479::70::100.0::4.4E-11::+	SA2345::70::100.0::4.4E-11::+		SACOL2573::70::100.0::4.4E-11::+
5QSA00002_E_5	TATCAAAGTATCAATACAGCAAAGAATACTTTAAAAGGTATTGAATGTATTTACGCTCTATATAAAAAGA	24.29	34	126	COL	SACOL0028	IS431mec, transposase		SAR0034::70::100.0::1.4E-11::+,SAR0027::70::100.0::1.4E-11::+		SAV0027::70::100.0::1.4E-11::+,SAV0036::70::100.0::1.4E-11::+,SAVP023::70::100.0::1.4E-11::+,SAVP014::70::91.42857::9.0E-9::+,SAVP029::70::91.42857::9.0E-9::+	MW0027::70::100.0::1.4E-11::+	SA0026::70::100.0::1.4E-11::+,SA0034::70::100.0::1.4E-11::+	VRA0006::70::100.0::1.4E-11::+,VRA0034::70::100.0::2.8E-11::+,VRA0002::70::98.57143::4.3E-11::+,VRA0022::70::91.42857::9.0E-9::+,VRA0027::70::91.42857::9.0E-9::+	SACOL0028::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00002_E_6	GGATGCCAAATTTAAAACAATAATCAAGTTATATGAGTATCAAAAGTCGTCAGAAAATAATTCAGAGTGC	30.0	31	69	MRSA252	SAR1303	hypothetical protein		SAR1303::70::100.0::4.4E-11::+						
5QSA00002_E_7	TTTAAGTAATGTTACAGTTTACGCTTTAGCAAAGTTATATGATATTGAGGTAGACCAGATAAAGGTCTAA	30.0	31	88	MSSA476	SAS0898	putative phage regulatory protein			SAS0898::70::100.0::4.5E-11::+	SAV0852::70::100.0::4.7E-11::+				
5QSA00002_E_8	ACATTCAAAGATTCAACAGGACGTAAACATACACACATAACTAAAGCTAAGAGTAATCAAAGGTTTACAG	32.86	31	77	MRSA252	SAR2071	hypothetical phage protein		SAR2071::70::100.0::4.4E-11::+,SAR2031::70::100.0::1.3E-10::-			MW1413::70::90.0::3.4E-8::+			
5QSA00002_E_9	AATAATAAACAAAAGAATTTAATGTCTGTAATTAATCAATGTATTGAACTAGAAAATTTTTCTTACACTG	20.0	34	118	COL	SACOL0331	hypothetical protein								SACOL0331::70::100.0::4.7E-11::+
5QSA00002_F_1	ACAGTGAATTTTACAGTCCTATGATGGCTAATATGAATGAACATGAATTAAGGGCTATGTTAAGAATGAT	31.43	30	94	Mu50	SAV0880	hypothetical protein				SAV0880::70::100.0::3.8E-11::+				
5QSA00002_F_10	GAATAGCATTACATACATTTTTAGTAATGTCTGAATACTATGGTGTAGACTTTCATAAGGTAGTTAAAAA	27.14	31	107	pLW043	VRA0062	helix-turn-helix domain protein							VRA0062::70::100.0::3.5E-11::+	
5QSA00002_F_11	AAAATAAACTTGATATCGAAGTATCTATTATGGACTTTGATAGAGATGAGTGGGCAACACCAAATAAAAT	30.0	30	91	MSSA476	SAS0804	D-alanyl carrier protein		SAR0896::70::100.0::3.8E-11::+	SAS0804::70::100.0::3.8E-11::+	SAV0934::70::100.0::3.8E-11::+	MW0816::70::100.0::3.8E-11::+	SA0795::70::100.0::3.8E-11::+		SACOL0937::70::100.0::3.8E-11::+
5QSA00002_F_12	ATTGTTATTTACCTAATTTATAGTCTAATTGTCTATTTCATCTGCATTATAAATTTTTTCATAATGGCTG	22.86	34	96	MRSA252	SAR2031	phospholipase C precursor (pseudogene)	hlb	SAR2034::70::100.0::3.5E-11::+,SAR2031::70::100.0::1.3E-10::+	SAS1862::70::98.57143::3.4E-10::+					
5QSA00002_F_13	TTTACAGCCCTATGTTAGCCAGTCTAAATGAACAACAGTTAAAGAGTATGTTGAGACAGGTACTTTTTTT	34.29	31	87	MRSA252	SAR1563	hypothetical protein (pseudogene)		SAR1528::70::100.0::3.8E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::+						
5QSA00002_F_14	TAAAACAAACAATTTATGAATGGATTGAATTCAACACAGATGAACAGGACAAATTAATCAATTTAATCAT	24.29	34	106	MSSA476	SAS0905	hypothetical phage protein			SAS0905::70::100.0::3.5E-11::+					
5QSA00002_F_15	ATACACCTATTGTTTACTACACTAATAATTCTAAAGTGACCTTATTCGAAAGACCTAGTGAAGAAGTATT	30.0	33	108	MRSA252	SAR1563	hypothetical protein (pseudogene)		SAR1529::70::100.0::3.8E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::+						
5QSA00002_F_16	TATGGTACTAAATATGAAGCACATCAAATTTGGGAATGGGAGAATCATCATCATGAACCTAAATTTAAAG	31.43	30	98	Mu50	SAV0373	hypothetical protein		SAR0391::70::98.57143::8.8E-11::+	SAS0350::70::98.57143::8.8E-11::+	SAV0373::70::100.0::3.4E-11::+	MW0348::70::98.57143::8.8E-11::+	SAS010::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL0445::70::98.57143::8.8E-11::+
5QSA00002_F_17	GCGATCATGCAAATTCACCAAATAATGAAAGAATACCTACGCCACATATACACATATATACTGAAGAATA	32.86	32	71	MRSA252	SAR1913	hypothetical protein		SAR1913::70::100.0::3.8E-11::+						
5QSA00002_F_18	AAAGAAGTAAGTGATCAAGGTAGAATTACAATAAATGGTAATGTTGCTAAAGCTGGATCGGATGTTAAAG	32.86	32	100	MSSA476	SAS0463	S4 domain containing protein		SAR0507::70::98.57143::8.8E-11::+	SAS0463::70::100.0::3.4E-11::+	SAV0506::70::100.0::3.4E-11::+	MW0461::70::100.0::3.4E-11::+	SA0464::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL0550::70::100.0::3.4E-11::+
5QSA00002_F_19	TAGCTGAAGCTATAAAAGAACAGAGAGAATTAAAAAGATGGTCTCAAGAGGAATTAGCCAATATATTAAA	30.0	34	65	MRSA252	SAR0686	putative transposase (pseudogene)		SAR0704::70::100.0::2.7E-11::+,SAR0686::70::100.0::1.3E-10::+,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::+				SAP028::70::100.0::3.8E-11::+		
5QSA00002_F_2	CACGAAAGAGAATCGAGGTGTATAAACATGTTATTTGTCATTTTAGTTTTATATGTTACTGGTATTGCAT	30.0	29	81	COL	SACOL0490	hypothetical protein								SACOL0490::70::100.0::3.5E-11::+
5QSA00002_F_20	ACATTTACTGCTAAGGAGCCATTTAATCAACTTGGTGGTTATCCATATTTTGACCAAATAGATCCAAGAA	34.29	30	96	Mu50	SAV0834	hypothetical protein		SAR0865::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS0774::70::98.57143::1.1E-10::+	SAV0834::70::100.0::4.3E-11::+	MW0787::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS022::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL0879::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00002_F_21	ATATTACTATACACTTTTTATATTTGTCTATAATAAAAAGATTTCATTTTTACTCTATTATACATTTCAG	17.14	35	102	MSSA476	SAS1862	phospholipase C precursor (pseudogene)	hlb		SAS1862::70::100.0::1.3E-10::+	SAV1949::70::100.0::3.8E-11::+				
5QSA00002_F_22	CTGGCAATTGATACCCTTTTTGCCCTTCACTCGATAAATATATCTCAACAACATAGAAATATTACAGTCG	35.71	30	105	N315	SA1757	truncated amidase		SAR2031::67::97.01493::4.2E-9::-	SAS1862::67::97.01493::4.2E-9::-	SAV1943::67::97.01493::5.2E-10::+		SA1756::70::100.0::1.9E-11::+,SA1757::70::100.0::3.4E-11::+		
5QSA00002_F_23	AGCTGCAAGAGCAAGAGGGAGAAAAGGTGGAAGACCTTCACTACCAGATCATAAGAAAAGAGAGATCAAA	42.86	32	58	Mu50	SAVP013	truncated resolvase Res	truncated-res			SAVP013::70::100.0::3.8E-11::+				
5QSA00002_F_24	TAATCATCACGGATACTTATCGATTAATTTCTTGCACTATCACGACAGTTACAAAACAAACAATAAGCTT	31.43	31	92	N315	SA1796	hypothetical protein		SAR2087::70::98.57143::8.3E-11::+	SAS1908::70::98.57143::8.3E-11::+	SAV1987::70::98.57143::8.8E-11::+	MW1925::70::97.14286::2.2E-10::+	SA1796::70::100.0::3.4E-11::+		
5QSA00002_F_3	TATTAATGCGCAATGGGTTGAGTATCCAGAAGACTGGGCGTCAGAGGTTTTGAGAGAAGTAAGAGAGCTT	44.29	30	60	Mu50	SAV1976	similar to phi PVL ORF 52 homolog				SAV1976::70::100.0::3.8E-11::+				
5QSA00002_F_4	TATAGTTATTACTACCACTTTTGTTATCTTTAATATTTTAATCACATATAATAAAGATTTAGATGATTTA	17.14	34	122	MSSA476	SAS0762	putative membrane protein		SAR0853::70::100.0::3.5E-11::+	SAS0762::70::100.0::3.5E-11::+	SAV0821::70::100.0::3.5E-11::+	MW0775::70::100.0::3.5E-11::+	SAS019::70::100.0::3.5E-11::+		SACOL0865::70::100.0::3.5E-11::+
5QSA00002_F_5	CAATTACAACATGATGGTCATGAACTTATATTTGCATCAGCACACATTAATTGGCGCAAATGGTGCTATG	37.14	32	96	MSSA476	SAS1318	conserved hypothetical protein (pseudogene)			SAS1318::70::100.0::2.1E-11::+		MW1265::70::100.0::1.4E-11::+,MW1264::70::100.0::3.8E-11::+			
5QSA00002_F_6	GATAAGTAATGAAGTAGGTACGGGTATTGGTTTAGTAGTATTGGTTGTTGGTATTGTAAAATGGGCTAGT	35.71	34	50	COL	SACOL1581	conserved hypothetical protein		SAR1295::70::98.57143::8.9E-11::+						SACOL1581::70::100.0::3.5E-11::+
5QSA00002_F_7	TAATGACACAGAGGGGTTGCTAAAAGAGATTGAGGACGTGTATAAGAAAGCGCAAGCGTTTGATGAAATA	40.0	31	55	COL	SACOL0356	conserved hypothetical protein		SAR2074::70::95.71428::6.0E-10::+,SAR1532::70::95.71428::6.1E-10::+,SAR2031::70::95.71428::2.2E-9::-,SAR1563::70::95.71428::2.2E-9::+	SAS0918::70::92.85714::3.9E-9::+	SAV1976::68::97.05882::7.1E-10::+,SAV0875::69::95.652176::1.0E-9::+	MW1419::70::94.28571::1.5E-9::+	SA1785::69::95.652176::1.0E-9::+		SACOL0356::70::100.0::3.8E-11::+
5QSA00002_F_8	TCATTACTAATATATATAGTCGTAATTTTTGCGGTTATGTATTTCTTGATGATCAGACCACAACAAAAAC	28.57	29	88	MSSA476	SAS1574	putative exported protein		SAR1718::70::98.57143::8.9E-11::+	SAS1574::70::100.0::3.5E-11::+	SAV1638::70::100.0::3.5E-11::+	MW1588::70::100.0::3.5E-11::+	SA1464::70::100.0::3.5E-11::+		SACOL1693::70::100.0::3.5E-11::+
5QSA00002_F_9	TTGGTAGTATTATTTAGTGTAATAACAAGAAGTAAATGGGTCGGTACTATTCTGACATTAATTTTAATTG	27.14	31	97	COL	SACOL0822	conserved hypothetical protein		SAR0811::70::98.57143::9.8E-11::+	SAS0722::70::98.57143::9.8E-11::+	SAV0757::70::100.0::3.8E-11::+	MW0719::70::100.0::3.8E-11::+	SA0712::70::100.0::3.8E-11::+		SACOL0822::70::100.0::3.8E-11::+
5QSA00002_G_1	TTATACTGTTTATTGCCTTTGATAGTTAATTTGTCTATTTATGGTTTTTATGTTTTTGTTAAAAGAAAGT	21.43	34	76	N315	SAP004	hypothetical protein						SAP004::70::100.0::4.7E-11::+		
5QSA00002_G_10	AACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGGACAAATTTAA	21.43	33	92	Mu50	SAV1206	hypothetical protein		SAR1182::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS1140::70::98.57143::1.1E-10::+	SAV1206::70::100.0::4.3E-11::+	MW1089::70::98.57143::1.1E-10::+	SA1049::70::100.0::4.3E-11::+		SACOL1218::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00002_G_11	ATGCTATTTGTCATTTTAGTTTTATATATCATTGGTATTACATTTATTCTACTCAGTGTTTTTGGTTCAA	24.29	33	63	MSSA476	SAS0407	putative membrane protein		SAR0449::70::97.14286::3.0E-10::+	SAS0407::70::100.0::4.7E-11::+	SAV0449::70::91.42857::1.2E-8::+	MW0405::70::100.0::4.7E-11::+	SA0409::70::91.42857::1.2E-8::+		SACOL0490::70::92.85714::3.8E-9::+
5QSA00002_G_12	TTATATCGTAATAAGTCTTTTTCTGTAGTAAGAGACTTTATCGAGAAGCAAGAATTTCCCGAAAATTATA	28.57	31	100	MSSA476	SAS1247	hypothetical protein			SAS1247::70::100.0::3.6E-11::+	SAV1313::70::100.0::3.6E-11::+	MW1196::70::100.0::3.6E-11::+	SA1153::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL1338::70::100.0::3.6E-11::+
5QSA00002_G_13	GTTGTAACTGACTATGAAAATGAATTTGAGAGTGAAACAGGAAATCTTGTTGTAGATATACAGACTGATT	31.43	31	82	MSSA476	SAS1254	hypothetical protein		SAR1317::69::98.55073::2.0E-10::+	SAS1254::70::100.0::4.7E-11::+		MW1202::70::100.0::4.7E-11::+			SACOL1346::69::97.10145::5.1E-10::+
5QSA00002_G_14	TAATATTTCTTTAGCTTTATCTGATTTTAAGAATTCCATCCACTCTTTTGCTAATTTACTATCTGATGTA	25.71	33	76	Obsolete	Obsolete	Obsolete		SAR2363::69::98.55073::1.5E-10::-	SAS2169::70::100.0::3.1E-11::-	SAV2279::70::100.0::3.1E-11::-	MW2197::70::100.0::3.1E-11::-	SA2074::70::100.0::3.1E-11::-		SACOL2272::70::98.57143::8.5E-11::-
5QSA00002_G_15	GTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTAATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACA	20.0	33	163	MSSA476	SAS1331	transposase (fragment)		SAR0722::70::97.14286::5.8E-10::+,SAR0686::70::91.42857::3.7E-8::+,SAR0686::70::91.42857::3.7E-8::+,SAR0686::70::97.14286::8.8E-10::-,SAR0685::70::91.42857::3.7E-8::+,SAR0685::70::91.42857::3.7E-8::+,SAR0685::70::97.14286::8.8E-10::-,SAR2471::70::91.42857::2.6E-8::+,SAR2251::70::91.42857::2.6E-8::+,SAR2029::70::91.42857::2.6E-8::+,SAR0963::70::91.42857::2.6E-8::+,SAR1138::70::91.42857::2.6E-8::+,SAR0932::70::91.42857::2.6E-8::+,SAR1375::70::91.42857::2.6E-8::+,SAR0698::70::91.42857::2.6E-8::+,SAR2236::70::91.42857::2.6E-8::+,SAR2172::60::96.666664::4.6E-8::+	SAS1331::70::100.0::3.1E-11::+,SAS1348::70::95.71428::3.1E-10::+,SAS1129::68::94.117645::5.8E-9::+	SAV1390::70::100.0::3.1E-11::+,SAV1787::70::95.71428::6.4E-10::+,SAV1195::70::95.71428::1.3E-9::+	MW1278::70::100.0::4.7E-11::+,MW1295::70::95.71428::7.7E-10::+,MW1078::68::94.117645::5.8E-9::+,MW2233::66::92.42424::2.5E-8::+	SA1222::70::100.0::3.1E-11::+,SA1038::70::95.71428::1.3E-9::+,SA1605::70::95.71428::1.4E-9::+		SACOL1425::70::98.57143::7.8E-11::+,SACOL1834::70::97.14286::5.7E-10::+,SACOL2172::70::97.14286::5.8E-10::+,SACOL1744::70::97.14286::5.8E-10::+,SACOL2305::66::92.42424::2.5E-8::+
5QSA00002_G_16	AGAACGCAAAAAATCAGATGAACGTATTAAAGATGCGGTTCAAGAAGCTGAGAAGTTAGCTAAAATGAAG	35.71	31	73	MSSA476	SAS1250	hypothetical protein			SAS1250::70::100.0::4.3E-11::+		MW1199::70::100.0::4.3E-11::+			
5QSA00002_G_17	AAGGTGGGGTTCCAATATCATCATTTAGCTGATGTTGAATGGGTTATTATTTGCTACTTGCATATGAATA	34.29	31	83	MSSA476	SAS0203	hypothetical protein			SAS0203::70::100.0::2.9E-11::+		MW0203::70::100.0::2.9E-11::+			SACOL0206::70::100.0::4.7E-11::+
5QSA00002_G_18	TGGTGTAGGTTTAGTTGAGGCATTACCTATCATCGGTGTAGTAATTGCATTCATGACATTTGCTGGATAA	38.57	31	100	MSSA476	SAS2011	ATP synthase subunit c		SAR2196::70::100.0::4.3E-11::+	SAS2011::70::100.0::4.3E-11::+	SAV2108::70::100.0::4.3E-11::+	MW2032::70::100.0::4.3E-11::+	SA1910::70::100.0::4.3E-11::+		SACOL2100::70::100.0::4.3E-11::+
5QSA00002_G_19	TAATGTTAAAGAAACAGTAGGTAATGTTACTGATAATAAAAATTTAGAAAACGAAGGTAAAGAAGATAAA	22.86	33	79	MSSA476	SAS0782	conserved hypothetical protein		SAR0874::70::100.0::4.7E-11::+	SAS0782::70::100.0::4.7E-11::+	SAV0840::70::100.0::4.7E-11::+	MW0793::70::100.0::4.7E-11::+	SA0772::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL0912::70::100.0::4.7E-11::+
5QSA00002_G_2	CGTATGAGACACCAGCAAATTTGAATAGTATTGAAAAAGAAATCTATGATGAAGGATACAAAATTGTAAT	28.57	31	86	MSSA476	SAS1990	hypothetical protein		SAR2174::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS1990::70::100.0::4.3E-11::+	SAV2086::70::98.57143::1.1E-10::+	MW2009::70::100.0::4.3E-11::+	SA1889::70::98.57143::1.1E-10::+		SACOL2077::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00002_G_20	CGATTTGGATTAAAGAAGATGATTCATTCCCAAAACAAGAGAAGCTAACAGAAAACATTTTGTCTTATTT	30.0	32	80	MSSA476	SAS2496	hypothetical protein		SAR2689::70::100.0::4.3E-11::+	SAS2496::70::100.0::4.3E-11::+	SAV2611::70::100.0::4.3E-11::+	MW2530::70::100.0::4.3E-11::+	SA2404::70::100.0::4.3E-11::+		SACOL2626::70::100.0::4.3E-11::+
5QSA00002_G_21	TAGTGTGTTCCACTGCTGATTTCTTTTTGAGCATTATAGGCGGTATGTTGGAAGAAAAGAACAAAAGTTT	35.71	29	95	COL	SACOL2466	hypothetical protein								SACOL2466::70::100.0::4.7E-11::+
5QSA00002_G_22	GATAATCACAATACGAAATCAAAAATAATTATAAAAAGTAAATTGAGCAACTCAGGAATAGATGTCACTG	27.14	32	65	COL	SACOL2695	hypothetical protein								SACOL2695::70::100.0::4.3E-11::+
5QSA00002_G_23	CAGAAAATCGTCTGAAATACTCAGAATCCGAACGATATAAAAAGTATATTGGGTATTTTAGAGTAATGAA	30.0	31	100	COL	SACOL2513	hypothetical protein								SACOL2513::70::100.0::4.7E-11::+
5QSA00002_G_24	AGCTTTTATTATGTCTACCGTTTTGAATGTTTTATTTTTAGTTGGGTTAACTTTCTTAGTTCAATTAGAA	25.71	32	72	MRSA252	SAR0688	putative membrane protein		SAR0688::70::100.0::4.3E-11::+,SAR0686::70::100.0::1.3E-10::-,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::-						
5QSA00002_G_3	AACTCTTCCTGAGCCAGAACGCAGCAAAGAACACATAACATCAAATGGTGAAACTAAAATTCCATACTAA	37.14	30	58	Mu50	SAV0802	hypothetical protein				SAV0802::70::100.0::4.7E-11::+				
5QSA00002_G_4	TTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTAAAACTACGTTATCTA	18.57	35	109	MSSA476	SAS2195	putative membrane protein			SAS2195::70::100.0::4.3E-11::+		MW2223::70::100.0::4.3E-11::+			
5QSA00002_G_5	GATGTTAAAATTAAAACTATTTCAGGTGGAGTTTATTTTGTAAAAACAGCTGAACCTTTTGAAAAATATG	25.71	31	106	Mu50	SAV0878	hypothetical protein				SAV0878::70::100.0::4.7E-11::+				SACOL0359::70::95.71428::7.7E-10::+
5QSA00002_G_6	TCGTTTTTTTATTTCCAACCTCTTCTCATGTTAATTTATTACTTTTTAATCCTATCTTACCTACATTTTC	25.71	34	59	MRSA252	SAR0393	hypothetical protein		SAR0393::70::100.0::4.3E-11::+	SAS0352::70::90.0::3.0E-8::+		MW0350::70::90.0::3.0E-8::+			
5QSA00002_G_7	ATTACGAAAAAGAAACTCAGAACACTTTAATGTGGAGATTGCTAAATAATGAAACAATTACATCCAAATG	28.57	30	91	Obsolete	Obsolete	Obsolete								
5QSA00002_G_8	ACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTC	28.57	31	100	MSSA476	SAS1129	putative transposase (fragment)		SAR2172::70::98.57143::4.7E-11::+,SAR0722::70::98.57143::2.2E-10::+,SAR0686::70::91.42857::3.7E-8::+,SAR0686::70::91.42857::3.7E-8::+,SAR0686::70::98.57143::3.4E-10::-,SAR0685::70::91.42857::3.7E-8::+,SAR0685::70::91.42857::3.7E-8::+,SAR0685::70::98.57143::3.4E-10::-,SAR2471::70::91.42857::2.6E-8::+,SAR2251::70::91.42857::2.6E-8::+,SAR2029::70::91.42857::2.6E-8::+,SAR0963::70::91.42857::2.6E-8::+,SAR1138::70::91.42857::2.6E-8::+,SAR0932::70::91.42857::2.6E-8::+,SAR1375::70::91.42857::2.6E-8::+,SAR0698::70::91.42857::2.6E-8::+,SAR2236::70::91.42857::2.6E-8::+	SAS1348::70::100.0::1.9E-11::+,SAS1129::70::100.0::4.9E-11::+,SAS1331::70::98.57143::7.9E-11::+	SAV1787::70::100.0::3.0E-11::+,SAV1195::70::100.0::4.3E-11::+,SAV1390::70::98.57143::7.8E-11::+	MW1295::70::100.0::4.7E-11::+,MW1078::70::100.0::4.9E-11::+,MW1278::70::98.57143::1.2E-10::+	SA1038::70::100.0::4.3E-11::+,SA1222::70::98.57143::7.8E-11::+,SA1605::70::100.0::8.1E-11::+		SACOL1425::70::100.0::3.1E-11::+,SACOL1834::70::100.0::8.6E-11::+,SACOL2172::70::100.0::8.6E-11::+,SACOL1744::70::100.0::8.7E-11::+
5QSA00002_G_9	AGTTTTAAATATTTTTACAATAGCTTTTAAATCAATATTGAAAAATAAAGGTAGAAATATATTTACAATG	15.71	34	166	MSSA476	SAS0174	putative permease protein			SAS0174::70::100.0::6.7E-11::+	SAV0199::70::100.0::6.7E-11::+	MW0173::70::100.0::4.7E-11::+	SA0193::70::100.0::6.7E-11::+		
5QSA00002_H_1	GACTATATCAATGATAATATAATCTATGGTAGTGAAATCAAACGGGAGAAATTAGAGAATTTATTTAATC	25.71	32	84	COL	SACOL0027	conserved hypothetical protein		SAR0026::70::100.0::3.8E-11::+		SAV0026::70::100.0::3.8E-11::+	MW0026::70::100.0::3.8E-11::+	SA0025::70::100.0::3.8E-11::+		SACOL0027::70::100.0::3.8E-11::+
5QSA00002_H_10	AATTCTATTGATTGTCATGTAGGAAATCGTATTGTACTGAAAGCCAATGGAGGCCGTAAGAAAACAATAA	34.29	31	89	MSSA476	SAS0451	conserved hypothetical protein		SAR0495::70::100.0::3.4E-11::+	SAS0451::70::100.0::3.4E-11::+	SAV0494::70::100.0::3.4E-11::+	MW0449::70::100.0::3.4E-11::+	SA0452::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL0537::70::100.0::3.4E-11::+
5QSA00002_H_11	AAATTTAATAGCTTTAGTATTGGATAGTTTGGACATTTCAATATTTGATGTCAATACACAAATTAAAGTG	24.29	31	134	MRSA252	SAR0282	conserved hypothetical protein		SAR0282::70::100.0::3.7E-11::+	SAS0261::70::98.57143::9.5E-11::+	SAV0285::70::100.0::3.7E-11::+	MW0261::70::98.57143::9.5E-11::+	SA0274::70::100.0::3.7E-11::+		SACOL0274::70::98.57143::9.5E-11::+
5QSA00002_H_12	GTATTACGCAAGATGAAATGGCTCACAAAATGGGGTGGAAAACAAGAACGCCTTATGCAAAGAGAGAAAA	40.0	31	44	COL	SACOL0891	transcriptional regulator, putative								SACOL0891::70::100.0::3.4E-11::+
5QSA00002_H_13	TATATAGCTGGTTAAATGGGATGTCTACTGAAGATATATTAATTGCTGGTATGGTTAACGCAAAGAAAAC	32.86	31	77	Mu50	SAV0311	probable carbohydrate kinase homolog		SAR0308::70::97.14286::4.3E-10::+	SAS0288::70::98.57143::1.6E-10::+	SAV0311::70::100.0::6.3E-11::+	MW0288::70::98.57143::1.6E-10::+	SA0300::70::100.0::3.7E-11::+		SACOL0308::70::98.57143::1.6E-10::+
5QSA00002_H_14	GAAAAATTGTTTGCAAATACAGTGATTGAAGAATATAGCTATAAAGTGTTAGATGATGAAAAGGAGAATG	28.57	32	88	MSSA476	SAS1003	conserved hypothetical protein		SAR1041::70::97.14286::2.2E-10::+	SAS1003::70::100.0::3.4E-11::+	SAV1067::70::100.0::3.4E-11::+	MW0950::70::100.0::3.4E-11::+	SA0919::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL1076::70::100.0::3.4E-11::+
5QSA00002_H_15	TTTTCAAATTTGATTTACTGGATATTTGTATTATATTTTATTCCTATTATACTATGCGTTATCGGTTTCA	22.86	32	69	MSSA476	SAS0413	putative membrane protein		SAR0455::70::100.0::2.6E-11::+	SAS0413::70::100.0::2.6E-11::+	SAV0455::70::100.0::3.7E-11::+		SA0414::70::100.0::3.7E-11::+		SACOL0497::70::100.0::2.6E-11::+
5QSA00002_H_16	AATTTCTACAGACATTGCAAATTGGGGAAACGGGCCACAACATAGAAAAATTGGATCCTCAATTTCTACA	37.14	30	89	MSSA476	SAS1775	hypothetical protein			SAS1775::70::100.0::3.4E-11::+					
5QSA00002_H_17	TTGACGTTGAAGACGGTATTGTTAAATTACAATTACATGGTGCATGTGGTACATGCCCAAGTTCTACAAT	37.14	30	105	Mu50	SAV0936	nitrogen fixation protein NifU		SAR0898::70::98.57143::9.5E-11::+	SAS0806::70::98.57143::9.5E-11::+	SAV0936::70::100.0::3.7E-11::+	MW0818::70::98.57143::9.5E-11::+	SA0797::70::100.0::3.7E-11::+		SACOL0939::70::98.57143::1.0E-10::+
5QSA00002_H_18	TTTGATGTTAGTCCATACAAATAGACATTATGGTAAGACACTCGTACTTAATATGCAAACAAATAAATTC	28.57	32	101	MSSA476	SAS0797	conserved hypothetical protein		SAR0889::70::97.14286::2.2E-10::+	SAS0797::70::100.0::3.4E-11::+	SAV0927::70::100.0::3.4E-11::+	MW0809::70::100.0::3.4E-11::+	SA0788::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL0929::70::100.0::3.5E-11::+
5QSA00002_H_19	GTTTCTGAAAAACATCTAAACGAAAATATTAATAATCTAAGAGGCACGGTTAATCTAGACGAAAAATGTA	28.57	31	89	N315	SA1809	hypothetical protein						SA1809::70::100.0::3.7E-11::+		
5QSA00002_H_2	TGATATTTTTTTAGGTAATGAATACGAAAATTTCGTATTTACGAACGATAAAAAGAAATCAATTATTTTA	20.0	34	178	N315	SA1804	hypothetical transcriptional regulator		SAR2099::70::98.57143::8.8E-11::+				SA1804::70::100.0::3.4E-11::+		
5QSA00002_H_20	ATTCGATTCTGATATTCAATTAGAATATAACGGTAAGAAAGTAAACTTAAAATCAATCATGGGTGTTATG	27.14	32	101	MSSA476	SAS1018	histidine-containing phosphocarrier protein (HPr)		SAR1056::70::94.28571::1.4E-9::+	SAS1018::70::100.0::3.4E-11::+	SAV1083::70::100.0::3.4E-11::+	MW0965::70::100.0::3.4E-11::+	SA0934::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL1091::70::100.0::3.4E-11::+
5QSA00002_H_21	GCTGATGGTACGCTAGAAATTTACATCGACCATGACGAAAAAACAATAATTACAGAATTCCATGATTTAA	32.86	29	86	Mu50	SAV1975	hypothetical protein				SAV1975::70::100.0::3.7E-11::+				
5QSA00002_H_22	TTAGTTGATGATAAAATAAAAGAATTAGGGTATAAAGCAGCAGGTTTAGATACTTCAAGAAAAGCAATAC	28.57	32	86	MSSA476	SAS1075	conserved hypothetical protein		SAR1114::70::100.0::3.4E-11::+	SAS1075::70::100.0::3.4E-11::+	SAV1141::70::100.0::3.4E-11::+	MW1024::70::100.0::3.4E-11::+	SA0988::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL1151::70::100.0::3.4E-11::+
5QSA00002_H_23	CTGAAGAGCTTGAAACATATATAAAGCAACAGGATTTGGAATATGAGGAACAGAAGCAACTAACTTTATT	32.86	31	72	Mu50	SAV1978	PVL orf 51-like protein		SAR1536::70::94.28571::1.6E-9::+,SAR2076::70::92.85714::4.0E-9::+,SAR1563::70::94.28571::5.7E-9::+,SAR2031::70::92.85714::1.5E-8::-	SAS0913::70::95.77465::1.3E-9::+	SAV1978::70::100.0::3.7E-11::+,SAV0874::70::92.85714::3.9E-9::+	MW1420::70::92.85714::4.0E-9::+	SA1786::70::92.85714::3.9E-9::+		SACOL0351::70::95.77465::1.3E-9::+
5QSA00002_H_24	TATAAGTATTTTCAGCAGAACAATAAAAAAATGGTGAAGAAGATTAATGAGTTACTTAAAAGTATTGACA	24.29	30	83	Mu50	SAV2407	hypothetical protein		SAR2497::70::97.14286::2.2E-10::+	SAS2298::70::97.14286::2.2E-10::+	SAV2407::70::100.0::3.4E-11::+	MW2329::70::97.14286::2.2E-10::+	SA2195::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL2404::70::98.57143::8.7E-11::+
5QSA00002_H_3	AGCCTTAAGAAAAGCTTATCTTGAGAGTTTTAGAAAAGGGTTTAAACAACAAATTGAAAATACTAAAGTA	27.14	32	85	MSSA476	SAS1281	conserved hypothetical protein		SAR1351::70::98.57143::9.7E-11::+	SAS1281::70::100.0::3.8E-11::+	SAV1341::70::100.0::3.8E-11::+	MW1228::70::100.0::3.8E-11::+	SA1176::70::100.0::3.8E-11::+		SACOL1376::70::100.0::3.8E-11::+
5QSA00002_H_4	AAACTCGTCCTTTATCAGCAACAAAACGTTTTCGTATAGTAGAGATTGTTGAAGAGTCAGTAATTATTTA	31.43	32	111	Mu50	SAV2241	30S ribosomal protein S17	rpsQ	SAR2326::70::98.57143::8.8E-11::+	SAS2132::70::98.57143::8.8E-11::+	SAV2241::70::100.0::3.4E-11::+	MW2160::70::98.57143::8.8E-11::+	SA2038::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL2230::70::98.57143::8.8E-11::+
5QSA00002_H_5	CCTAGCGTTTCTATTAATCGCGATATTATTCTTAACGTTAGGTTTTTGGAAAACAGTACTTATCATCGTT	32.86	30	96	MSSA476	SAS2084	putative membrane protein		SAR2274::70::97.14286::2.5E-10::+	SAS2084::70::100.0::3.8E-11::+	SAV2183::70::100.0::3.8E-11::+	MW2109::70::100.0::3.8E-11::+	SA1985::70::100.0::3.8E-11::+		SACOL2174::70::100.0::3.8E-11::+
5QSA00002_H_6	TATCATCTATTCTCCAGCTGGACAGTTAATTAATATTCCGAAGTTAGAAGCGTATTTAATTAAAAGGCAA	31.43	31	94	MW2	MW1431	hypothetical protein					MW1431::70::100.0::3.4E-11::+			
5QSA00002_H_7	TTGGTGAATTGGCTTTAATCGTCTATATTATTTTTTATCACGTTTATGGAGCTAATAACCAAATAACGTA	28.57	31	104	Obsolete	Obsolete	Obsolete		SAR0686::70::98.57143::3.4E-10::+,SAR0685::70::98.57143::3.4E-10::+						
5QSA00002_H_8	AAATCCACCAATTATTCGGAGTATGTAGAAGTACCGTATACAACTGGTTGAAATATTACCGTGAAGATAA	34.29	30	94	COL	SACOL0333	conserved hypothetical protein		SAR1547::70::91.42857::9.5E-9::+,SAR1563::70::91.42857::3.7E-8::+	SAS0902::70::91.42857::9.5E-9::+					SACOL0333::70::100.0::3.4E-11::+
5QSA00002_H_9	TGCTGAAAGCAAAACTCTACACATCATTCATCCAAAAGATAGAGTTGTCAGTTTAGATCATGTTTTGTAT	32.86	30	104	MSSA476	SAS0900	hypothetical phage protein			SAS0900::70::100.0::3.8E-11::+					
5QSA00002_I_1	TTCTTTATTACAGAGTGAATCGGATTGGTGGAAATCGAAGTTTTGAGATTTTTACCAATCCGATTTTTTG	32.86	33	144	MRSA252	SAR2384	hypothetical protein		SAR2384::70::100.0::4.7E-11::+	SAS2190::69::95.652176::1.1E-9::+	SAV2300::69::95.652176::2.0E-9::+	MW2218::69::95.652176::2.0E-9::+	SAS083::69::95.652176::2.0E-9::+		
5QSA00002_I_10	TTAGACATCAGAATACCAAGGGTTTTCAGAAGAGATCACGCGCCAGTAGAATCTTTAACAGAAAATGAAC	38.57	32	87	MW2	MW1432	hypothetical protein			SAS0901::70::91.42857::1.2E-8::+		MW1432::70::100.0::4.2E-11::+			
5QSA00002_I_11	AAGGAAAGTTGCATCCTTTACAAAAATATGTGCATAGACAATTTGAAAATAGAGATCATAAAGTATATGT	27.14	31	91	MW2	MW1406	hypothetical protein		SAR1524::70::90.0::2.2E-8::+,SAR1563::70::90.0::9.5E-8::+	SAS0927::70::90.0::2.2E-8::+		MW1406::70::100.0::4.6E-11::+			
5QSA00002_I_12	TTGTTGACAGATTAGCGACCGATAAAGAGTTTTATATTTTTGACTCCCTTATACAAGGACTTAGTTATCA	32.86	31	76	MSSA476	SAS1933	hypothetical protein			SAS1933::70::100.0::4.2E-11::+		MW1950::70::100.0::4.2E-11::+			
5QSA00002_I_13	ATATTCAATACAATCAAAGAATTGATAGAAAACAAAGAGATATCGAGTTATCAAATTAATAAAGATACTG	22.86	35	104	COL	SACOL1331	hypothetical protein		SAR1285::70::95.71428::7.6E-10::+	SAS1243::70::97.14286::3.0E-10::+					SACOL1331::70::100.0::4.6E-11::+
5QSA00002_I_14	CTTATTGAAATCGATGTATGAAGAGACAAAGCAAAACGACCCGATTGTAGCAAATGTCTATATAGAAACT	34.29	30	68	COL	SACOL0344	hypothetical protein								SACOL0344::70::100.0::4.2E-11::+
5QSA00002_I_15	CTATTAAAGAAATAGAAGAAAGAACATTCCCAAATAATGAAGAAGAATTCAATGCAATTTTAACTTTATC	24.29	33	95	MSSA476	SAS1257	hypothetical protein			SAS1257::70::100.0::4.6E-11::+	SAV1316::70::100.0::4.6E-11::+	MW1204::70::100.0::4.6E-11::+	SAS040::70::100.0::4.6E-11::+		SACOL1350::70::100.0::4.6E-11::+
5QSA00002_I_16	AAATTTGCAGAATTAGTGGTTATGTCTAACCCATCAAAATTCGAAGATGCAGAGGATATAGCTAAAGAAA	32.86	30	93	MSSA476	SAS1221	hypothetical protein			SAS1221::70::100.0::4.2E-11::+		MW1170::70::100.0::4.2E-11::+			SACOL1306::70::100.0::4.2E-11::+
5QSA00002_I_17	AAATCTGAATTATGACGAAGATCAATCAAGAAAAACAGCACCAAGATCATTTCAATTTGAAAGTACCTTA	30.0	31	92	COL	SACOL2447	hypothetical protein								SACOL2447::70::100.0::4.6E-11::+
5QSA00002_I_18	ACAAGTTTCTAGCAAAGCTGATGCTTCTTCATCCTATTTAACGGAAAAGGAACGTAACTTAGGAGCGGAA	40.0	30	79	MRSA252	SAR1563	hypothetical protein (pseudogene)		SAR1548::70::100.0::4.2E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::+						
5QSA00002_I_19	CTTTGTTATTGATATTACATTAGCACATATATATAAGTTTAAACATACAGATTTCAACTATTTACCAAAT	21.43	33	118	MRSA252	SAR0592	hypothetical protein		SAR0592::70::100.0::4.6E-11::+	SAS0545::70::98.57143::1.2E-10::+					
5QSA00002_I_2	CTTTAAAAGAATTTAAATCTGCAACAGAAGATTTAGACAAAGAGTCTCACGACACACCCAGTAAGGAATC	35.71	31	88	Mu50	SAV0347	hypothetical protein		SAR0344::70::95.71428::7.0E-10::+	SAS0323::70::97.14286::2.7E-10::+	SAV0347::70::100.0::4.2E-11::+	MW0323::70::97.14286::2.7E-10::+	SA0335::70::100.0::4.2E-11::+		SACOL0418::70::97.14286::2.7E-10::+
5QSA00002_I_20	ATTGTAGCCATTTTTATTGTTTTGGATGATAAACTCTTTTTGGAATTTTTAGTTTTTATAATTTGCAACT	22.86	32	81	COL	SACOL0848	hypothetical protein				SAV0806::70::97.14286::2.7E-10::+		SA0737::70::100.0::4.2E-11::+		SACOL0848::70::100.0::3.2E-11::+
5QSA00002_I_21	CATTGAAAAACGCTGAACTACTTTATAAATTTGCCAATGGTATATTTAGTGATGAAAATTATGAAGAATA	25.71	32	100	MRSA252	SAR1148	putative DNA-binding protein		SAR1148::70::100.0::4.6E-11::+						
5QSA00002_I_22	ATTGTTAAACCATTGCCTAATGGTAGCTTCCAAATACTCACAGAAATAAATTTGGAGAATGGCAATATTA	31.43	30	107	Mu50	SAV0817	hypothetical protein		SAR0849::70::94.28571::1.8E-9::+	SAS0758::70::98.57143::1.1E-10::+	SAV0817::70::100.0::4.2E-11::+	MW0771::70::98.57143::1.1E-10::+	SA0748::70::100.0::4.2E-11::+		SACOL0862::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00002_I_23	AAAAGGTTTTGTTATAGATTTTGAAAATCCGTTAGAAAGTGATTCTGGTAACTATTGCATGGATTTAGAA	28.57	31	93	MRSA252	SAR1313	hypothetical protein		SAR1313::70::100.0::4.6E-11::+						
5QSA00002_I_24	TAAACATTTTATACTTTATCAGAACAAAAAAGACATGCATCAACATGTCAGTGAAACTAATCCATATTAT	25.71	33	79	MSSA476	SAS1737	hypothetical protein			SAS1737::70::100.0::4.2E-11::+	SAV1814::70::100.0::4.2E-11::+	MW1756::70::100.0::4.2E-11::+	SA1632::70::100.0::4.2E-11::+		
5QSA00002_I_3	GAAGTACGAGGAACAAGTTAAAAGGGATGCAGTTATTAAATTAAGTAGATATAGGAGAGGGATAAACTAA	32.86	33	68	MSSA476	SAS0921	hypothetical phage protein			SAS0921::70::100.0::4.7E-11::+					
5QSA00002_I_4	TACATGCAATTTTTGTCATTTTTACTAAAAAAGCAGATAAAGATGGTTATATTATATTCCCTAAAAATTA	21.43	33	106	COL	SACOL1047	conserved domain protein		SAR1013::70::95.71428::7.0E-10::+	SAS0975::70::98.57143::1.1E-10::+	SAV1039::70::100.0::4.2E-11::+	MW0923::70::98.57143::1.1E-10::+	SA0892::70::100.0::4.2E-11::+		SACOL1047::70::100.0::3.1E-11::+
5QSA00002_I_5	AACTAGAAGATGCTAGATTTAGAACGATTATTAAACTTTATAGTTACTATGTCTCATTAAAAGAACATTA	24.29	33	105	Mu50	SAV1164	hypothetical protein			SAS1098::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV1164::70::100.0::4.6E-11::+	MW1046::70::98.57143::1.2E-10::+	SA1008::70::100.0::4.6E-11::+		SACOL1175::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00002_I_6	ATTCAAGAAGCAACGAAGCTAGCGATGGAGAAAGGAATAAGTATAAGGAGAGAGAATCAAGATGTGTATG	38.57	32	54	N315	SA1803	hypothetical protein		SAR2098::70::98.57143::1.1E-10::+				SA1803::70::100.0::4.2E-11::+		
5QSA00002_I_7	TGTATTTACTTAGGATATCAAGGTTTAATTTGGTTGCTCGATTTTTTTCAAATAAATAGTGGGTTTTTAC	27.14	33	87	MSSA476	SAS1587	putative membrane protein		SAR1731::70::95.71428::7.0E-10::+	SAS1587::70::100.0::4.2E-11::+	SAV1651::70::100.0::4.6E-11::+	MW1602::70::100.0::4.6E-11::+	SA1477::70::100.0::4.6E-11::+		
5QSA00002_I_8	AAGCCATTAGTCAAATGACACCAGCTTTTTGGGTTTACTTTGAATTTGATTTACAAAAAGAGGAAATAAT	30.0	33	77	MW2	MW0744	hypothetical protein					MW0744::70::100.0::4.2E-11::+			
5QSA00002_I_9	AGAATGTAATAGACGACCCGTTAATATTCAATACAACGATGGCTACGACTTAATGATAGACCAGCGTTTT	37.14	29	92	N315	SAS064	hypothetical protein		SAR2095::65::98.46154::1.6E-9::+	SAS1913::70::97.14286::3.0E-10::+	SAV1993::70::97.14286::3.0E-10::+	MW1931::70::97.14286::3.0E-10::+	SAS064::70::100.0::4.6E-11::+		
5QSA00002_J_1	ATGATATACAATTTCGATTATAGTTTGCTGTACGAAAGAATGGCAGAGTATAGATATAGCCAAAGTTCTT	31.43	30	87	Mu50	SAV1997	hypothetical protein				SAV1997::70::100.0::3.7E-11::+				
5QSA00002_J_10	TGCTAAATATTTTACGCATATTAATATCATTAATGATAGCCATATTGAAAAATTATTGAAAAAACTTTAT	18.57	34	143	COL	SACOL1342	hypothetical protein		SAR1322::70::95.71428::5.0E-10::+						SACOL1342::70::100.0::3.4E-11::+
5QSA00002_J_11	TTTTAGCTAGAAAATATATGATGGACTACTTGAAGAAAAACCCACCAATCAACGAAGAAATGCTTCGTAT	32.86	30	61	MSSA476	SAS1283	putative exported protein		SAR1353::70::100.0::3.7E-11::+	SAS1283::70::100.0::3.7E-11::+	SAV1343::70::100.0::3.7E-11::+	MW1230::70::100.0::3.7E-11::+	SA1178::70::100.0::3.7E-11::+		SACOL1378::70::100.0::3.7E-11::+
5QSA00002_J_12	GATACGACGGCTATGGATACAACGGTAACAGAAATTGTTGAAAACGATAGAGAAATAGCAGGACAAATTA	37.14	31	65	MRSA252	SAR0285	hypothetical protein		SAR0285::70::100.0::3.4E-11::+						
5QSA00002_J_13	CACATGTTCACGAAGTCAATGGCACTTATTACTTTCACGGACATTATAAAACGATGTTTAAAGGCGTGAA	37.14	30	92	MRSA252	SAR1563	hypothetical protein (pseudogene)		SAR1536::70::100.0::3.7E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::+						
5QSA00002_J_14	TTCGAAAAGAAATTCTACAGGCAATGCAAGTTGGGGTGGGACAACGAAATAAATTTTGCGAAAATATCAT	35.71	30	84	MSSA476	SAS0144	hypothetical protein			SAS0144::70::100.0::3.4E-11::+	SAV2670::70::95.71428::1.4E-9::-,SAV1584::61::96.721306::4.0E-8::-,SAV0169::61::96.721306::4.1E-8::-		SAS090::70::95.71428::1.4E-9::-,SAS048::61::96.721306::4.0E-8::-,SAS005::61::96.721306::4.1E-8::-		
5QSA00002_J_15	ATACCTAAATCAATTCTTTGGATTTAAGAGATATCTGTATCAGGATAACGAACGAGTGGCACATATTCAT	32.86	29	90	MRSA252	SAR2076	hypothetical phage protein		SAR2076::70::100.0::3.7E-11::+,SAR2031::70::100.0::1.3E-10::-		SAV1978::70::98.57143::9.5E-11::+,SAV0874::70::91.42857::1.0E-8::+		SA1786::70::91.42857::1.0E-8::+		
5QSA00002_J_16	GGACGTCGTAGACATTTATTAAACTACTTACGTAGTAAAGATATTCAACGTTACCGTGAATTAATTAAAT	30.0	33	124	N315	SA1116	30Sribosomal protein S15	rpsO	SAR1249::70::98.57143::8.6E-11::+	SAS1207::70::98.57143::8.6E-11::+	SAV1273::70::98.57143::8.6E-11::+	MW1156::70::98.57143::8.6E-11::+	SA1116::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL1292::70::98.57143::8.6E-11::+
5QSA00002_J_17	AAATAAATTTTGCGAAAATATCATTTCTGTCCCACTCCCTAGATTGATCTATAGATACTACACTTATTAA	28.57	30	95	MSSA476	SAS0775	hypothetical protein			SAS0775::70::100.0::3.7E-11::+					
5QSA00002_J_18	TCATTTTATTTATAAGTATATTTTTAAAGTTTTCATTTAATATCGAGTTTATAGCAACAATTATGAACAT	17.14	33	126	Mu50	SAV1600	hypothetical protein		SAR1677::70::98.57143::8.6E-11::+	SAS1537::70::98.57143::8.6E-11::+	SAV1600::70::100.0::3.4E-11::+	MW1551::70::98.57143::8.6E-11::+	SA1428::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL1656::70::98.57143::8.6E-11::+
5QSA00002_J_19	TGACAGATAGTGGACGCAAAGAATACTTGAACCAATTTTTCGGATCTAAGAGTTATCTGTATCAGGATAA	35.71	29	112	MSSA476	SAS0913	hypothetical phage protein			SAS0913::70::100.0::3.7E-11::+	SAV0874::68::92.64706::1.1E-8::+		SA1786::70::90.0::2.6E-8::+		SACOL0351::70::90.0::2.6E-8::+
5QSA00002_J_2	TTAAGGAAAATAAAACATTCTTATTTAAAGAAGTCATTTTTAGAAATTGTTGAGACTTTAAAAAATGATC	20.0	34	120	Mu50	SAV2456	hypothetical protein			SAS2348::70::98.57143::8.7E-11::+	SAV2456::70::100.0::3.4E-11::+	MW2380::70::98.57143::8.7E-11::+	SA2245::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL2464::70::98.57143::8.7E-11::+
5QSA00002_J_20	TAAGTCAATTAGAAAAACAAATTGCACAACTGAAAGAGCAAAAGAAAAAACAAGAAGAACAACTATCTAA	27.14	34	54	Mu50	SAVP002	hypothetical protein				SAVP002::70::100.0::3.4E-11::+				
5QSA00002_J_21	TACATTTATTACTAATCGTATTAAATATTATTATATTGCTTTTTTTCAGTTTACCGTTGTTACTTTCATA	20.0	33	85	Mu50	SAV1036	hypothetical protein		SAR1005::70::95.71428::5.2E-10::+	SAS0969::70::98.57143::8.0E-11::+	SAV1036::70::100.0::3.7E-11::+	MW0917::70::98.57143::9.4E-11::+	SA0889::70::100.0::3.7E-11::+		SACOL1041::70::98.57143::8.0E-11::+
5QSA00002_J_22	TCTACATTAGCCCAACCATCTCCATTTGTATCTGCGCTATTTGGTAAGTTCTCTCCGTATACGGTTTTGG	42.86	33	74	Mu50	SAVP007	hypothetical protein				SAVP008::70::100.0::1.8E-11::-,SAVP007::70::100.0::3.4E-11::+				
5QSA00002_J_23	GAAATTGAATTAACAAAAACAGAGTATGATTTACTATATCTTCTAGCTGAAAATAAAAACCATGTTATGC	25.71	32	107	COL	SACOL1451	DNA-binding response regulator ArlR	arlR	SAR1427::70::98.57143::3.6E-11::+	SAS1358::70::98.57143::3.6E-11::+	SAV1415::70::100.0::1.4E-11::+	MW1305::70::98.57143::3.6E-11::+	SA1247::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL1451::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00002_J_24	ACGTTAAACCTATTTTAATAAATGAAAATATCGAATTCATTGAACAACACGAACACGAAATTATAGCAAT	25.71	32	96	MSSA476	SAS0536	hypothetical protein		SAR0583::70::92.85714::3.6E-9::+	SAS0536::70::100.0::3.4E-11::+	SAV0578::70::100.0::3.4E-11::+	MW0533::70::100.0::3.4E-11::+	SA0536::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL0624::70::100.0::3.4E-11::+
5QSA00002_J_3	CCTACTGAAGATACAACGATGTTTGATCAAGTAGCAGAAGTTATTGAACGTCTTCGTCCATTTTTATTAC	35.71	31	104	MSSA476	SAS0806	conserved hypothetical protein		SAR0898::70::98.57143::9.5E-11::+	SAS0806::70::100.0::3.7E-11::+	SAV0936::70::100.0::3.7E-11::+	MW0818::70::100.0::3.7E-11::+	SA0797::70::100.0::3.7E-11::+		
5QSA00002_J_4	CTCTAAACAAATACTTTTGATTATGGGCATTATATCTCTTATTGTTTTATTTATTTTTACACTATTCATC	22.86	33	78	MSSA476	SAS2379	putative exported protein		SAR2577::70::100.0::3.4E-11::+	SAS2379::70::100.0::3.4E-11::+	SAV2492::70::100.0::3.4E-11::+	MW2412::70::100.0::3.4E-11::+	SA2280::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL2502::70::100.0::3.4E-11::+
5QSA00002_J_5	TGACAGATAGCGCACGTAAAGAACGCTTAAACCAATTTTTCGGCTCTAAAAGATATCTGTATCAAGATAA	35.71	30	110	MW2	MW1420	hypothetical protein		SAR1536::70::98.57143::9.5E-11::+,SAR1563::70::98.57143::3.4E-10::+			MW1420::70::100.0::3.7E-11::+			SACOL0351::70::92.85714::4.0E-9::+
5QSA00002_J_6	CGATTACGGCATAAAGATATCAATACCACTATGAATATCTATGCTAAAATCACAAATTCATACAAAAAAG	28.57	32	103	MSSA476	SAS1934	putative integrase (fragment)			SAS1934::70::100.0::1.7E-11::+		MW1952::70::100.0::3.4E-11::+			SACOL2015::70::100.0::1.9E-11::+
5QSA00002_J_7	TATCCATGTAGTAAATGGCACTTATTACTTTCACGGTCATATCGTGCCAGGTTGGCAAGGTGTGAAAAAG	41.43	30	87	COL	SACOL0351	conserved hypothetical protein		SAR2076::70::90.0::2.6E-8::+,SAR2031::70::90.0::9.5E-8::-		SAV0874::70::92.85714::3.9E-9::+,SAV1978::70::91.42857::1.0E-8::+	MW1420::70::92.85714::4.0E-9::+	SA1786::70::92.85714::3.9E-9::+		SACOL0351::70::100.0::3.7E-11::+
5QSA00002_J_8	CAATGATGTAAACACTACATATAGTGATTTTTATACATTCAACCCATATAAGCTACTATTTTCTCAAATA	25.71	31	102	COL	SACOL0790.1	ribonucleoside-diphosphate reductase 2, NrdH-redoxin, putative								SACOL0790.1::70::100.0::3.4E-11::+
5QSA00002_J_9	AATGGTATTACACATATCGACTACAAAGACACTGAATTATTAAAACGTTTTATCTCAGAACGCGGTAAAA	31.43	29	87	MSSA476	SAS0343	30S ribosomal protein S18		SAR0364::70::100.0::3.7E-11::+	SAS0343::70::100.0::3.7E-11::+	SAV0367::70::100.0::3.7E-11::+	MW0343::70::100.0::3.7E-11::+	SA0354::70::100.0::3.7E-11::+		SACOL0439::70::100.0::3.7E-11::+
5QSA00002_K_1	AAATTGATACAGGTAGAATTACATATGATATATCAGAAAATAAAATTAAAGACATACAAATAATTACAAA	18.57	33	97	MRSA252	SAR1325	hypothetical protein		SAR1325::70::100.0::4.6E-11::+						
5QSA00002_K_10	AATACTAATGTTAAACATACAACTTTAGAAGCGTTTGTCACAACCGTCAATGATTTGGGTATTGAATTAA	30.0	32	113	MSSA476	SAS0959	conserved hypothetical protein		SAR0996::70::100.0::4.0E-11::+	SAS0959::70::100.0::4.0E-11::+	SAV1027::70::98.57143::1.1E-10::+	MW0907::70::100.0::4.2E-11::+	SA0883::70::98.57143::1.1E-10::+		SACOL1033::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00002_K_11	CTAAGAAAGATGATACTGATTTGAAGTTAGTTAGTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATCC	31.43	31	103	MSSA476	SAS1862	phospholipase C precursor (pseudogene)	hlb	SAR2031::70::100.0::1.3E-10::+	SAS1862::70::100.0::1.3E-10::+	SAV1939::70::100.0::3.8E-11::+	MW1881::70::100.0::4.5E-11::+	SA1752::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL2003::70::100.0::5.3E-11::+
5QSA00002_K_12	CAGAATGTTAGTCAGCTTTGCTGTAATAGCTGGTATTATTTATCTGATTTATTATTTCTTCATCTTAACT	28.57	32	87	MSSA476	SAS1470	putative exported protein		SAR1609::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS1470::70::100.0::4.2E-11::+	SAV1532::70::98.57143::1.1E-10::+	MW1484::70::100.0::4.2E-11::+	SA1362::70::98.57143::1.1E-10::+		SACOL1590::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00002_K_13	AACACTTAGTATATTGTTTTAAATTAGATAATGATGAATTTAATTTGAAAAATAAGTATAAAAAATACAA	14.29	33	140	MSSA476	SAS2389	hypothetical protein		SAR2581::70::94.28571::1.9E-9::+	SAS2389::70::100.0::4.5E-11::+	SAV2504::70::100.0::4.5E-11::+	MW2422::70::100.0::4.5E-11::+	SA2292::70::100.0::4.5E-11::+		
5QSA00002_K_14	TATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTT	27.14	32	110	COL	SACOL0285	conserved hypothetical protein		SAR0292::70::94.28571::1.8E-9::+		SAV0297::70::100.0::4.2E-11::+		SA0285::70::100.0::4.2E-11::+		SACOL0285::70::100.0::4.2E-11::+
5QSA00002_K_15	TAGTAATGTTATCTCCATTATTAATCATATTCTTTATAGTGTTGTCTATTTTAGAGGAGCGTAAACGTAC	28.57	31	74	MSSA476	SAS2512	putative membrane protein		SAR2704::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS2512::70::100.0::4.5E-11::+	SAV2626::70::100.0::4.5E-11::+	MW2546::70::100.0::4.5E-11::+	SA2419::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL2647::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00002_K_16	AAAGAAAGTGTACTCAAGAAGATTTAGCAAACCTCTTGAATATATCAACTGAAGGTTATCGTTTAAAAGA	30.0	32	111	COL	SACOL0322	prophage L54a, Cro-related protein								SACOL0322::70::100.0::4.2E-11::+
5QSA00002_K_17	TGTTTTTGAACAAAGTATTAAAAAACATAACGAAATGATGTATATTGAACTATGTATTGAAAAATTTTAA	18.57	35	123	Mu50	SAV0272	NADH dehydrogenase subunit			SAS0248a::60::96.721306::1.0E-7::+	SAV0272::70::100.0::4.5E-11::+	MW0248::60::96.721306::1.0E-7::+			SACOL0258::60::98.36066::2.6E-8::+
5QSA00002_K_18	GTATTTAAAGTTTTTTATCAACATAACAGAGACGAGGTAATTGTGCGTGAAAATACACAATCACTTTATG	30.0	31	93	MSSA476	SAS1025	conserved hypothetical protein		SAR1064::70::100.0::4.2E-11::+	SAS1025::70::100.0::4.2E-11::+		MW0973::70::100.0::4.2E-11::+			SACOL1099::70::100.0::4.2E-11::+
5QSA00002_K_19	CAAAAGAATTGATGATTACAAAAGGGCATATCTACTATCAATCTCGAAAGCTAGATAGAGTCCCTCGTGA	37.14	30	94	Mu50	SAV0393	hypothetical protein				SAV0393::70::100.0::4.5E-11::+				
5QSA00002_K_2	ATTAAATACACTTATTGATAATGAACAAATGGAGTTAGGACACCAAACAAGCTTATTTGAATATATATGA	25.71	32	105	N315	SA1790	hypothetical protein		SAR2080::70::98.57143::1.1E-10::+,SAR2031::70::98.57143::3.4E-10::-	SAS1902::70::98.57143::1.1E-10::+,SAS1862::70::98.57143::3.4E-10::-	SAV1981::70::98.57143::1.1E-10::+	MW1919::70::98.57143::1.1E-10::+	SA1790::70::100.0::4.2E-11::+		
5QSA00002_K_20	ATCCACCTTTAAACCAATTAACGTCACAAATTAAATCAAAGTATTTAATTGCAACAACTGCAGCGAAAAG	31.43	32	95	MSSA476	SAS1144	conserved hypothetical protein		SAR1186::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS1144::70::100.0::4.2E-11::+	SAV1210::70::100.0::4.2E-11::+	MW1093::70::100.0::4.2E-11::+	SA1053::70::100.0::4.2E-11::+		SACOL1222::70::100.0::4.2E-11::+
5QSA00002_K_21	TCATAAAATTAATGGAATTACTATATGGTGCTATATTTTTAGATAAACCACTTAATCCTATAACAAAAAT	21.43	32	116	MW2	MW1357	hypothetical protein			SAS1409a::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV1467::70::98.57143::1.2E-10::+	MW1357::70::100.0::4.5E-11::+	SA1300::70::98.57143::1.2E-10::+		SACOL1507::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00002_K_22	ATTCGTATTCTACCTGGCGACAAAGTAACTGTTGAGATGTCTCCGTACGATTTAACACGCGGAAGAATTA	41.43	28	110	MSSA476	SAS2119	translation initiation factor IF-1		SAR2313::70::100.0::4.2E-11::+	SAS2119::70::100.0::4.2E-11::+	SAV2228::70::100.0::4.2E-11::+	MW2147::70::100.0::4.2E-11::+	SA2026::70::100.0::4.2E-11::+		SACOL2217::70::100.0::4.2E-11::+
5QSA00002_K_23	TTGTCATTTCAATCGTTTTAGCTATATTTTTATTGATCTTGTTAAGTAGCATTTCTCATAAGATGAAAAC	25.71	31	87	MSSA476	SAS0924	putative exported phage protein		SAR1526::70::97.14286::2.9E-10::+,SAR1563::70::97.14286::8.8E-10::+	SAS0924::70::100.0::4.5E-11::+		MW1410::70::100.0::4.5E-11::+			SACOL0362::70::97.14286::2.9E-10::+
5QSA00002_K_24	TATTTTCGAACAAATCCATGTCCTGAAAGCATCTCAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCA	37.14	29	97	MSSA476	SAS2429	hypothetical protein		SAR2623::70::100.0::4.2E-11::+	SAS2429::70::100.0::4.2E-11::+	SAV2543::70::100.0::4.2E-11::+	MW2464::70::100.0::4.2E-11::+	SA2331::70::100.0::4.2E-11::+		SACOL2556::70::100.0::4.2E-11::+
5QSA00002_K_3	CAATAAAAGAAATTGAGGAAAGAACATTTCCAAATAATGAAGAAGAGTTTAATGCAATATTAACTCTATC	25.71	33	87	MRSA252	SAR1327	hypothetical protein		SAR1327::70::100.0::4.6E-11::+						
5QSA00002_K_4	CAAAATACGAGTTAAATAATACTAAAAAGGTCGCAAATGCATTTGGTTTAAATGAAGCAGATACAAATCT	28.57	32	97	Mu50	SAV2016	hypothetical protein				SAV0797::70::100.0::4.2E-11::+,SAV2016::70::100.0::4.2E-11::+		SA1823::70::100.0::4.2E-11::+		SACOL0903::70::97.14286::2.7E-10::+
5QSA00002_K_5	CAAAGTTGATTTTTGTTTATATTGAGGATTGCGTTATGGCTCTTTACACTAAAGATAGTCACATACATTA	30.0	32	83	MRSA252	SAR2243	hypothetical protein		SAR2243::70::100.0::4.6E-11::+						
5QSA00002_K_6	TCTGATTTATCACGTGAAACAGGTGTTGGAATTTCTTATTTAAGCCAAATTATTAATGGTAAAAAGATTC	28.57	29	103	Mu50	SAV2026	hypothetical protein				SAV2026::70::100.0::4.2E-11::+		SA1833::70::100.0::4.2E-11::+		
5QSA00002_K_7	TTTTATATGTCATTGGCATTGCATTTATTCTACTAAGTGTTTTTGGTTCTAAGACGGAAGGTTTATCTAC	31.43	30	62	Mu50	SAV0449	hypothetical protein		SAR0449::70::91.42857::1.3E-8::+		SAV0449::70::100.0::4.5E-11::+		SA0409::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL0490::70::90.0::2.4E-8::+
5QSA00002_K_8	ATCACTAGAAAAGAAAAAGGTGACACACAAAAGAAAGTTGCTAGCAAACTTGATATTAGTCCACAACGTT	34.29	31	94	MW2	MW0747	hypothetical protein				SAV0786::70::94.28571::1.7E-9::+	MW0747::70::100.0::4.2E-11::+			
5QSA00002_K_9	TATTGATAATCATTTTCAACTACTATTATACATTAGTGAGAATCATTGTCAATTAGAAACTAAAACTTTT	21.43	32	144	MRSA252	SAR1428	hypothetical protein		SAR1428::70::100.0::5.2E-11::+	SAS1358a::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV1416::70::100.0::4.5E-11::+		SA1249::70::100.0::4.5E-11::+		
5QSA00002_L_1	TGTATAATGACATATATTTGCGAAATAAAAAAACCGGAACATATCGAGAATTCCCCGATATATTCCAATC	31.43	31	100	MSSA476	SAS1998b	hypothetical protein		SAR2183b::70::94.366196::1.6E-9::+	SAS1998b::70::100.0::3.7E-11::+		MW2019::70::100.0::3.7E-11::+			
5QSA00002_L_10	CTTATTATTATCATGGTCATAAAGGACATGGTGCAACAGCTATTGGAAAATATAGATCATTTAGTGGTTA	31.43	31	92	MSSA476	SAS0964	putative exported protein		SAR1001::70::94.28571::1.4E-9::+	SAS0964::70::100.0::3.2E-11::+	SAV1032::70::100.0::3.3E-11::+	MW0912::70::100.0::3.3E-11::+	SAS029::70::100.0::3.3E-11::+		
5QSA00002_L_11	AATAGCGACAAATTCTCAATTTTTTTATCCTATGACCTATTTCAAACCCCAACAGATACTAGAACTTTAA	30.0	31	80	Mu50	SAV1786	truncated transposase		SAR2172::70::95.77465::4.6E-10::+,SAR2471::70::95.77465::1.7E-9::+,SAR2251::70::95.77465::1.7E-9::+,SAR2029::70::95.77465::1.7E-9::+,SAR0963::70::95.77465::1.7E-9::+,SAR0722::70::95.77465::1.7E-9::+,SAR1138::70::95.77465::1.7E-9::+,SAR0932::70::95.77465::1.7E-9::+,SAR1375::70::95.77465::1.7E-9::+,SAR0698::70::95.77465::1.7E-9::+,SAR2236::70::95.77465::1.7E-9::+,SAR0686::70::95.77465::2.5E-9::+,SAR0686::70::95.77465::2.5E-9::+,SAR0686::70::95.77465::2.5E-9::-,SAR0685::70::95.77465::2.5E-9::+,SAR0685::70::95.77465::2.5E-9::+,SAR0685::70::95.77465::2.5E-9::-		SAV1787::70::100.0::3.0E-11::+,SAV1786::70::100.0::3.7E-11::+		SA1605::70::100.0::8.1E-11::+		SACOL2172::70::97.1831::6.4E-10::+,SACOL1834::70::95.77465::1.6E-9::+,SACOL1744::70::95.77465::1.7E-9::+
5QSA00002_L_12	GATTATTTTTATGTGGTGAAGTATTAGATATACATGGTTATACTGGTGGTTATAATATTACAAGTGCACT	28.57	34	93	MSSA476	SAS1681	putative exported protein		SAR1840::70::98.57143::1.9E-10::+	SAS1681::70::100.0::7.2E-11::+	SAV1756::70::100.0::3.3E-11::+	MW1698::70::100.0::7.2E-11::+	SA1576::70::100.0::7.2E-11::+		SACOL1805::70::100.0::7.2E-11::+
5QSA00002_L_13	ATTGAACTTGATGAAGCAGTAGGAATTATGGCAGGTCAAGTTATCTATAAATATGAGGAGGAACAAGGAA	35.71	30	88	N315	SA1785	hypothetical protein		SAR2074::69::95.652176::1.9E-9::+,SAR2031::69::95.652176::7.0E-9::-	SAS0918::70::94.28571::2.9E-9::+	SAV0875::70::90.0::4.7E-8::+		SA1785::70::100.0::3.7E-11::+		SACOL0356::65::95.38461::8.6E-9::+
5QSA00002_L_14	AAGCTTAAGAATGAAATTATACGAAAGTATGATTTAAAACCCTCAATTATCTCAAATTCGATAAAACAAC	25.71	31	99	COL	SACOL0464	transposase, IS3 family				SAV0418::70::100.0::3.1E-11::+		SA0379::70::100.0::3.1E-11::+		SACOL0464::70::100.0::3.3E-11::+
5QSA00002_L_15	ATGACTATGACATATAACGCGCGCAAAGAATACTTAAACCAATTTTTCGGATCTAAGAGATATCTGTATC	34.29	30	95	N315	SA1786	hypothetical protein				SAV0874::70::90.0::2.6E-8::+		SA1786::70::100.0::3.7E-11::+		
5QSA00002_L_16	AAATTGCATGATGTACCAGCTAAAGAAAATACAATTACAGAACCAAAGCAAGTTGTAGTGAATCCTTTGT	32.86	31	70	COL	SACOL0892	pathogenicity island protein								SACOL0892::70::100.0::3.3E-11::+
5QSA00002_L_17	CATTACAATTACCTTTAATATTGAAAATTATTTTGAATCTTGCACTTATAGGTATTGTAATTATCGTTCT	22.86	32	176	Mu50	SAV2608	hypothetical protein				SAV2608::70::100.0::3.7E-11::+		SA2401::70::100.0::3.7E-11::+		
5QSA00002_L_18	TAATTGGTTTCGGTAACTTTGAGGTACGTGAACGTGCTGCACGTAAAGGTCGTAACCCTCAAACTGGTAA	44.29	31	130	MSSA476	SAS1414	DNA-binding protein HU		SAR1482::70::100.0::3.3E-11::+	SAS1414::70::100.0::3.3E-11::+	SAV1473::70::100.0::3.3E-11::+	MW1362::70::100.0::3.3E-11::+	SA1305::70::100.0::3.3E-11::+		SACOL1513::70::100.0::3.3E-11::+
5QSA00002_L_19	TATTCAAAAAAAGAAAACGGACATATTAGAATTAATGTTGACGATTTAGCAAAAGTAATTGAAGTGTTAG	25.71	32	77	MW2	MW1435	hypothetical protein					MW1435::70::100.0::3.7E-11::+			
5QSA00002_L_2	GTAAATAAATATTACGAATTACGTAAAGAGTTAAAAGCAAAAGGTGATTACGAAGCGTTAAGAAAATTAC	27.14	34	80	MSSA476	SAS1276	30S ribosomal protein S14		SAR1346::70::98.57143::8.6E-11::+	SAS1276::70::100.0::3.4E-11::+	SAV1336::70::100.0::3.4E-11::+	MW1223::70::100.0::3.4E-11::+	SA1171::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL1370::70::100.0::3.4E-11::+
5QSA00002_L_20	GTTACAAGATTTTCCATCAAAAGAAAATACAGTTACAGAACCGGAACAAGTTGTAGTAAATCCGTTGTTT	32.86	31	100	MRSA252	SAR0369	conserved hypothetical protein		SAR0369::70::100.0::3.3E-11::+						
5QSA00002_L_21	ATATTTTAGGCGATATTTCTGTAGACCAAATTTCAGACAGTACATTATATTATACTTGTGAAAAATTCAA	25.71	29	117	MSSA476	SAS1441	hypothetical protein		SAR1577::70::98.57143::9.3E-11::+	SAS1441::70::100.0::3.7E-11::+	SAV1501::70::98.57143::9.3E-11::+	MW1455::70::100.0::3.7E-11::+	SA1332::70::98.57143::9.3E-11::+		SACOL1544::70::98.57143::9.3E-11::+
5QSA00002_L_22	ATAAGAAATGCGAGCGATAGTATACAAAAAGTTGGCGAAGAATTTAATCAAACAGACGTAATGATTGGTA	32.86	31	61	Mu50	SAV2587	hypothetical protein				SAV2587::70::100.0::3.3E-11::+		SA2373::70::100.0::3.3E-11::+		
5QSA00002_L_23	CATTTTGTATATATTGTAAAATGTAGTGATGGAAGTTTATATACAGGATACGCTAAAGACGTTAATGCAC	30.0	31	101	MSSA476	SAS0445	conserved hypothetical protein		SAR0489::70::100.0::3.7E-11::+	SAS0445::70::100.0::3.7E-11::+	SAV0488::70::100.0::3.7E-11::+	MW0443::70::100.0::3.7E-11::+	SA0446::70::100.0::3.7E-11::+		SACOL0530::70::100.0::3.7E-11::+
5QSA00002_L_24	ACGACTACAAAAAGTTTAAAGTGTTTTCACTTATTTCAACACTTGTCATTGTCATTTTAGCAATTATAAG	27.14	32	89	Mu50	SAV2590	hypothetical protein		SAR2670::70::97.14286::2.1E-10::+	SAS2476::70::97.14286::2.1E-10::+	SAV2590::70::100.0::3.3E-11::+	MW2510::70::97.14286::2.1E-10::+	SA2376::70::100.0::3.3E-11::+		SACOL2607::70::97.14286::2.1E-10::+
5QSA00002_L_3	TTAGGTCAATTTCTAAAAACAGAAGGGATTATTGAATCTGGTGGTCAAGCAAAATGGTTCTTGCAAGACG	37.14	30	85	MSSA476	SAS0003	conserved hypothetical protein		SAR0003::70::100.0::3.7E-11::+	SAS0003::70::100.0::3.7E-11::+	SAV0003::70::100.0::3.7E-11::+	MW0003::70::100.0::3.7E-11::+	SA0003::70::100.0::3.7E-11::+		SACOL0003::70::100.0::3.7E-11::+
5QSA00002_L_4	AAATGTAACAAGCCATCAACTTGAAGAGTTAGAACTAAATCAAAAATTATCGGATTTTCGATCAATATAA	27.14	30	82	MSSA476	SAS1345	putative acylphosphatase		SAR1416::70::98.57143::8.6E-11::+	SAS1345::70::100.0::3.4E-11::+	SAV1404::70::100.0::3.4E-11::+	MW1292::70::100.0::3.4E-11::+	SA1236::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL1439::70::100.0::3.4E-11::+
5QSA00002_L_5	TAGCGATGGGACAAACCTTATCAGATATTGGCAACCTTCAGCCGATGACCTCATGGCAAATGATTGGGAA	45.71	30	88	COL	SACOL0327	hypothetical protein		SAR1550::70::100.0::3.7E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::+			MW1434::70::100.0::3.7E-11::+			SACOL0327::70::100.0::3.7E-11::+
5QSA00002_L_6	TCTACAGAAAAAGCCGTAGATAGTGTTGGGAATGTTGTTGGTGAAGGTTCAAAAAGTATTTCTAATCATA	34.29	30	73	MRSA252	SAR0604	hypothetical protein		SAR0604::70::100.0::3.4E-11::+						
5QSA00002_L_7	TTCCAACAAACAATGCAAGTTGGCGGGGGCCCCAACATAGAAGCTGGCGAAAAGTCAGCTTACAAAAATG	47.14	31	82	COL	SACOL1170	hypothetical protein			SAS1093::70::90.0::2.0E-8::+					SACOL1170::70::100.0::3.7E-11::+,SACOL1177::70::91.42857::3.5E-8::+
5QSA00002_L_8	AGTAAAACTTCATTATATAATCAGTCTCAAGTTTATAAAATTATGAAAGATATAAAACAATCTATAACTA	18.57	33	113	MSSA476	SAS1251	hypothetical protein			SAS1251::70::100.0::3.4E-11::+					
5QSA00002_L_9	TATGAAGAAACCACTTATCACATATTGACGAATGGAGACATCTTAAACCAACCCGGAAATTTGAAATTAT	32.86	32	77	MRSA252	SAR1908	hypothetical protein		SAR1908::70::100.0::3.7E-11::+						
5QSA00002_M_1	AGTAGTAGCTAGTAATGAAATATCAGAACTATTATATGAATATGACAGTGAGTTAATGTCAGCTGATGAA	30.0	31	99	MW2	MW1412	hypothetical protein					MW1412::70::100.0::4.5E-11::+			
5QSA00002_M_10	TTTATATAACTAACAAACCAACTGATAACAATTCAGATATTAGTTACTCCACAAATAGAAATAGAGCTAG	27.14	31	98	COL	SACOL0337	hypothetical protein				SAV0862::70::100.0::4.1E-11::+				SACOL0337::70::100.0::4.1E-11::+
5QSA00002_M_11	GTAATTTCACAATTAAGACAAGGAAAGCGCGAAGTAGATAACTTAACTTTAAATACAACTGAAAAACTAT	28.57	31	93	COL	SACOL0911	hypothetical protein								SACOL0911::70::100.0::4.5E-11::+
5QSA00002_M_12	TTATACCGAGAAGATGGCACAGAAGATATTAAGGTCATCAAGTATAAAGAGAATGAGAATGAAGTTTATT	31.43	31	64	Mu50	SAV0871	hypothetical protein				SAV0871::70::100.0::4.1E-11::+				SACOL0345::70::90.0::2.9E-8::+
5QSA00002_M_13	AAAAAGGATTCGGCTTTATCGAAGTTGAAGGAGAAAATGACGTATTCGTACATTTTTCAGCAATTAACCA	34.29	31	114	MSSA476	SAS1343	cold shock protein		SAR1414::70::100.0::4.5E-11::+	SAS1343::70::100.0::4.5E-11::+	SAV1402::70::100.0::4.5E-11::+	MW1290::70::100.0::4.5E-11::+	SA1234::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL1437::70::100.0::4.5E-11::+
5QSA00002_M_14	AAATAAAAAAGTGATTGAAAATTATATTCGTAATCAATTACAAGAGGATATCGTTGCAGATGAAATCTCA	25.71	33	93	MSSA476	SAS0122	transposase (pseudogene)			SAS0122::70::100.0::1.9E-11::+		MW0122::70::100.0::4.1E-11::+			SACOL0134::70::98.57143::4.8E-11::+,SACOL1839::70::97.14286::1.2E-10::+
5QSA00002_M_15	ACGTAAAGCTAGATTAGTGTCTAAGAGCGATATGAAACGTGTAAAACAATTATTAGCATACAAAAAATAA	28.57	32	96	MSSA476	SAS1608	50S ribosomal protein L35		SAR1759::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS1608::70::100.0::4.5E-11::+	SAV1679::70::100.0::4.5E-11::+	MW1623::70::100.0::4.5E-11::+	SA1503::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL1726::70::100.0::4.5E-11::+
5QSA00002_M_16	AACAAATGAAAGCTAAGGAAATTAGAGACTTAACCACTTCAGAAATCGAAGAACAAATCAAATCTTCAAA	30.0	34	78	MW2	MW2161	50S ribosomal protein L29	rpmC	SAR2327::65::100.0::5.8E-10::+	SAS2133::65::100.0::5.8E-10::+	SAV2242::65::100.0::5.8E-10::+	MW2161::70::100.0::4.1E-11::+	SA2039::65::100.0::5.8E-10::+		SACOL2231::65::100.0::5.8E-10::+
5QSA00002_M_17	AGGTATCGCTAGCGATGGCTACAAAACTTTAGAAGAAGGTCAAAAAGTTACTTTCGAAATCACTGAAGGT	38.57	30	81	MSSA476	SAS2587	cold shock protein		SAR2790::70::100.0::4.0E-11::+	SAS2587::70::100.0::4.0E-11::+	SAV2704::70::100.0::4.5E-11::+	MW2623::70::100.0::4.5E-11::+	SA2494::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL2731::70::100.0::4.5E-11::+
5QSA00002_M_18	GTGATTTCACATTGCCAATGTCTGTATTTGATGATTTATATGAAGAATATACGGAATGGCTAAAATTTTA	28.57	33	117	MSSA476	SAS1364	conserved hypothetical protein		SAR1434::70::98.57143::1.0E-10::+	SAS1364::70::100.0::4.1E-11::+	SAV1421::70::100.0::4.1E-11::+	MW1311::70::100.0::4.1E-11::+	SA1254::70::100.0::4.1E-11::+		SACOL1456::70::100.0::4.1E-11::+
5QSA00002_M_19	GTGCCGTATCAGACCGTACAAGATTTGAGGAATGGTAAAACGAAAATAGAAGATGCTAGATTTAGAACAA	37.14	30	56	MRSA252	SAR1137	hypothetical protein		SAR1137::70::100.0::4.5E-11::+						
5QSA00002_M_2	TATATTCTTAAGGTGAGGGGTGATTTTATGTTTATGACTGTAAAAGAAGTTGCTCAATTGTTACGTATAA	30.0	30	88	MRSA252	SAR0368	putative DNA-binding protein		SAR0368::70::100.0::4.2E-11::+						
5QSA00002_M_20	TAAAACACTAGAAACTTTAAAAGGTAAATGTAATTTAGTAACAAATTCTGAATCTCTTTCAGACTTAAAA	22.86	33	98	pLW043	VRA0025	hypothetical protein							VRA0025::70::100.0::4.1E-11::+	
5QSA00002_M_21	GCGTGAAGGTAAATATCGGGTAGAGAACAATACTGAAATGAAATTAGGTGAAGTTCATTATTCTAAAACT	32.86	30	82	MRSA252	SAR1324	hypothetical protein		SAR1324::70::100.0::4.5E-11::+						
5QSA00002_M_22	AACTACACAATCAGACTGGCGAACGGTTCCTAATTGCTTAGCATCTCAAAATTATATATCTATCGTAAAA	34.29	30	82	MSSA476	SAS0028	hypothetical protein			SAS0028::70::100.0::4.1E-11::+					
5QSA00002_M_23	CATTGTGATTATCGTTTTAACACATACTGAGTTTCAACTTAATGCCGGTGATAGTAATGTTTTTTTATTA	28.57	30	97	MRSA252	SAR2686	putative membrane protein		SAR2686::70::100.0::4.5E-11::+	SAS2493::70::95.71428::7.5E-10::+	SAV2608::69::95.652176::1.0E-9::+		SA2401::69::95.652176::1.0E-9::+		
5QSA00002_M_24	AAATGGTTATCCTATAACAAACTATGAACAAATTGATAATGCTTCATGGACAATTACAATTCAAAAAGTT	25.71	31	106	Mu50	SAV2044	hypothetical protein		SAR2131::70::95.71428::6.7E-10::+	SAS1949::70::97.14286::2.6E-10::+	SAV2044::70::100.0::4.0E-11::+	MW1968::70::97.14286::2.6E-10::+	SA1849::70::100.0::4.0E-11::+		SACOL2033::70::98.57143::1.0E-10::+
5QSA00002_M_3	ATCAACTGGAATTAGAAGACTGCGAAAAATATACAGACGAACAAGTTAAAGCAATGAGTCATAAAGAAGT	32.86	30	61	MW2	MW1421	hypothetical protein		SAR1537::70::98.57143::1.2E-10::+,SAR1563::70::98.57143::3.4E-10::+			MW1421::70::100.0::4.5E-11::+			
5QSA00002_M_4	GCTTGGACAGGAATCAAAGGTTCAGCTATAACTACATTTATTACTGCCTTATATAATGGAAGTAGTGTTT	34.29	28	97	MSSA476	SAS0175	putative membrane protein			SAS0175::70::100.0::4.1E-11::+	SAV0200::70::100.0::4.1E-11::+	MW0175::70::100.0::4.1E-11::+	SA0194::70::100.0::4.1E-11::+		
5QSA00002_M_5	TTCGGTCAAAATATAGGACTTTTATGCATTGGTATAACACTGATTGTTATTTCGTTGATTTTAAATCATG	28.57	30	96	MSSA476	SAS1890	hypothetical phage protein			SAS1890::70::100.0::4.5E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-		MW1907::70::100.0::4.5E-11::+			
5QSA00002_M_6	TTTTAAACGAGAATTTTCAAAACTCATTGGCTTCTTGATTATTGCTCTAATCGCCGTCGGACTTGTGTTC	37.14	30	90	Mu50	SAV0407	hypothetical protein				SAV0407::70::100.0::4.1E-11::+				
5QSA00002_M_7	ATAGACGACCAATAGATATTCAAATTAATGACGGATATGAACTTATGGTCCGATCTTATTTCATCAACAA	31.43	31	120	COL	SACOL0329	conserved hypothetical protein		SAR1552::70::92.85714::5.0E-9::+,SAR1563::70::92.85714::1.5E-8::+						SACOL0329::70::100.0::4.5E-11::+
5QSA00002_M_8	AGGCAGAATACCCGTCCAATTAGCTAGGAAAAAATTCCCTTATCACGACTTATCAGACGAGAGAATAATG	40.0	30	79	Mu50	SAV0859	hypothetical protein				SAV0859::70::100.0::4.1E-11::+				
5QSA00002_M_9	ACTTCTCAGCAATCGCTGAAGATGGATACAAATCATTAGAAGAAGGCCAAAAAGTTGAATTCGACATCGT	38.57	31	71	MSSA476	SAS0757	putative cold shock protein		SAR0848::70::100.0::4.5E-11::+	SAS0757::70::100.0::4.5E-11::+	SAV0816::70::100.0::4.5E-11::+	MW0770::70::100.0::4.5E-11::+	SA0747::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL0861::70::100.0::4.5E-11::+
5QSA00002_N_1	AGAATTTCTTTTTGAAATTCTCTATGTTGGGGCCCCGCCTATAATTGAAAAATGCTTGTTACATGGGCAT	37.14	30	101	COL	SACOL1176	hypothetical protein								SACOL1176::70::100.0::3.7E-11::+,SACOL1097::70::90.14085::3.9E-8::-
5QSA00002_N_10	ATATGAGTATCCAATTGATTTAGACTGGAGTAATGAAGAGATGATTTCAGTGATAAATTTCTTTAATCAT	27.14	31	109	MSSA476	SAS1032	conserved hypothetical protein		SAR1071::70::98.57143::8.4E-11::+	SAS1032::70::100.0::3.3E-11::+	SAV1097::70::100.0::3.3E-11::+	MW0980::70::100.0::3.3E-11::+	SA0947::70::100.0::3.3E-11::+		SACOL1106::70::100.0::3.3E-11::+
5QSA00002_N_11	ATTTCGGATTAATTATAGTCCCATTATTAACAACAAATGATGCGGATTTTGTATGGACTTCTTCATCATT	30.0	31	105	MSSA476	SAS1095	putative membrane protein			SAS1095::70::100.0::3.7E-11::+					
5QSA00002_N_12	TTAAAGTTCAACTAGATAATTTAACATTACCTTCATGCCCATTATATGAAGAAGTACTAGATACACAAAT	27.14	31	107	MSSA476	SAS1047	conserved hypothetical protein		SAR1086::70::100.0::3.3E-11::+	SAS1047::70::100.0::3.3E-11::+	SAV1112::70::100.0::3.3E-11::+	MW0995::70::100.0::3.3E-11::+	SA0961::70::100.0::3.3E-11::+		SACOL1121::70::100.0::3.3E-11::+
5QSA00002_N_13	TCAATAAAAGATTTATTGATGAAGGTAAAACTATTGATGTTTATTTATTCGAAGCATTAAATAACCAGAT	22.86	32	105	Mu50	SAV1019	hypothetical protein		SAR0989::70::95.71428::6.0E-10::+	SAS0888::70::98.57143::9.2E-11::+	SAV1019::70::100.0::3.6E-11::+	MW0900::70::98.57143::9.2E-11::+	SAS026::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL1024::70::98.57143::9.2E-11::+
5QSA00002_N_14	CACGTGACGGACGTATCATCGAACAAATCGGTACTTATAACCCAACGAGCGCTAATGCTCCAGAAATTAA	44.29	29	72	MSSA476	SAS1172	30S ribosomal protein S16		SAR1214::70::100.0::3.3E-11::+	SAS1172::70::100.0::3.3E-11::+	SAV1238::70::100.0::3.3E-11::+	MW1121::70::100.0::3.3E-11::+	SA1081::70::100.0::3.3E-11::+		SACOL1254::70::100.0::3.3E-11::+
5QSA00002_N_15	ATCTTTTTCACATTTATATTATCAATCTTTTTCATTTTAATTAAGTCATCCCGATTAAATAATATATTAA	17.14	34	109	Mu50	SAV2263	hypothetical protein		SAR2347::70::98.57143::9.2E-11::+	SAS2153::70::98.57143::9.2E-11::+	SAV2263::70::100.0::3.6E-11::+	MW2181::70::98.57143::9.2E-11::+	SA2058::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL2254::70::98.57143::1.9E-10::-
5QSA00002_N_16	TAATGCAATTGAGGAAATGGCAAAGGAACACAATATTAAAGTAGATATTAAACAAATCAAAATTACAGAA	25.71	32	78	MSSA476	SAS0222	putative PTS transport system, IIB component		SAR0241::70::100.0::3.3E-11::+	SAS0222::70::100.0::3.3E-11::+	SAV0246::70::100.0::3.3E-11::+	MW0222::70::100.0::3.3E-11::+	SA0237::70::100.0::3.3E-11::+		SACOL0230::70::98.57143::8.3E-11::+
5QSA00002_N_17	TATTGGTCTTGATGAAGCAGTAGGGATTATGACGGGTCAAGTTGTCTATAAATATGAGGAGGAACAGGAA	40.0	30	76	Mu50	SAV0875	phi PVL ORF 52 homolog		SAR1532::70::94.28571::1.5E-9::+,SAR2074::70::92.85714::3.9E-9::+,SAR1563::70::94.28571::5.7E-9::+,SAR2031::70::92.85714::1.5E-8::-	SAS0918::70::92.85714::3.9E-9::+	SAV0875::70::100.0::3.6E-11::+	MW1419::70::91.42857::9.8E-9::+	SA1785::70::90.14085::2.8E-8::+		SACOL0356::67::92.537315::2.0E-8::+
5QSA00002_N_18	TATAAATATCATGCTAAAAATAAAAAATTAGTATATCTTTCATTAGGTTTAAGCACTGTAGGAACCGTGT	25.71	31	120	MSSA476	SAS0423	putative membrane protein		SAR0465::70::100.0::3.4E-11::+	SAS0423::70::100.0::3.4E-11::+	SAV0466::70::100.0::3.3E-11::+	MW0420::70::100.0::3.4E-11::+	SA0424::70::100.0::3.3E-11::+		SACOL0508::70::100.0::3.4E-11::+
5QSA00002_N_19	CAATCAGTTAATTAATCATGGCCATACATTTAAGAGTGATTTTAAAAATGTAGCTAAAGGTGATTGGGTT	30.0	30	121	MSSA476	SAS0077	hypothetical protein			SAS0077::70::100.0::2.9E-11::+		MW0076::70::100.0::3.6E-11::+			
5QSA00002_N_2	ATTGGTTTCTTAATATATGGACCAGTTATGTTAATTGGTTTACAAGCATTAGATTATGTACCTAAAAAAG	27.14	30	101	MSSA476	SAS0313	putative glycerol-3-phosphate transporter		SAR0333::70::100.0::7.6E-11::+	SAS0313::70::100.0::7.6E-11::+	SAV0336::70::100.0::7.6E-11::+	MW0313::70::100.0::7.6E-11::+	SA0325::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL0407::70::100.0::7.6E-11::+
5QSA00002_N_20	ATAATGTTAGATATATTTTTCATTAAAGATGTAATGGCTATTGTTGTCGGAGTTTTAATGTTTATTTTTA	21.43	32	84	Mu50	SAV1816	truncated hypothetical protein				SAV1816::70::100.0::3.3E-11::+		SA1634::70::100.0::3.3E-11::+		
5QSA00002_N_21	TTGGATTTATTGGAATGTTAATTATCGGTGGCTTAATTGGATGGGCTGCTGGTGCTATTATGGGTAAAGA	38.57	33	62	MSSA476	SAS0351	putative membrane protein		SAR0392::70::98.57143::9.1E-11::+	SAS0351::70::100.0::3.6E-11::+	SAV0374::70::98.57143::9.2E-11::+	MW0349::70::100.0::3.6E-11::+	SA0360::70::98.57143::9.2E-11::+		SACOL0446::70::98.57143::9.2E-11::+
5QSA00002_N_22	AGTCGTGGATACTCAAATGACCAATCTAGAAGCAAGGTGTTTAATGAAAAAGGATTGCAAAAAATGATTT	32.86	30	84	MSSA476	SAS0936	hypothetical phage protein		SAR1515::70::100.0::3.3E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::+	SAS0936::70::100.0::3.3E-11::+		MW1397::70::100.0::3.3E-11::+			SACOL0371::70::100.0::3.3E-11::+
5QSA00002_N_23	TTTGGATAATGGACAAGCGTACTACAATACTGAATACGTTCTGGGCGGAACTAAAAATCAGTATGAAAAA	35.71	31	89	COL	SACOL0332	conserved hypothetical protein								SACOL0332::70::100.0::3.6E-11::+
5QSA00002_N_24	AGAAGCTAATGTCATTATAAGCAATTCAACTGGAGGGAAAGAAATGCAAGTAAACAAAGTTATTTATATT	28.57	31	72	MSSA476	SAS1148	putative membrane protein		SAR1190::70::100.0::3.3E-11::+	SAS1148::70::100.0::3.3E-11::+		MW1097::70::100.0::3.3E-11::+			SACOL1226::70::100.0::3.3E-11::+
5QSA00002_N_3	ATTTTCCTAATAATGATGAAAATATTAAGCCTGGTATTATTCAAATGGATATAGATAGTCTTGAAGTTAT	24.29	33	111	COL	SACOL1340	hypothetical protein		SAR1320::70::97.14286::2.4E-10::+						SACOL1340::70::100.0::3.7E-11::+
5QSA00002_N_4	TAATAATCCTGAATTAGAACGTTCATTAAAAGATGCGAAAGAAACATTTGTTAATAGAAAAAATCAACGC	27.14	30	92	MSSA476	SAS1804	putative exported protein		SAR1972::70::98.57143::8.4E-11::+	SAS1804::70::100.0::3.3E-11::+	SAV1882::70::98.57143::8.4E-11::+	MW1822::70::100.0::3.3E-11::+	SA1698::70::98.57143::8.4E-11::+		SACOL1940::70::98.57143::8.4E-11::+
5QSA00002_N_5	TATTGCTTTCGTAATCCTTGACGATAACCAAGGTACTGCAGAAGTACCTGAGGAATTATATGAAGATATG	37.14	29	115	MSSA476	SAS1424	ferredoxin		SAR1492::70::98.57143::9.3E-11::+	SAS1424::70::100.0::3.7E-11::+	SAV1484::70::100.0::3.7E-11::+	MW1372::70::100.0::3.7E-11::+	SA1315::70::100.0::3.7E-11::+		SACOL1525::70::100.0::3.7E-11::+
5QSA00002_N_6	TTAACAAAACACAAGTAAAAATGGCTGTTGAAGAAATCTTCAACGTAAAAGTTGCAAGTGTTAATATCAT	28.57	31	129	MSSA476	SAS2139	50S ribosomal protein L23		SAR2333::70::97.14286::2.1E-10::+	SAS2139::70::100.0::3.3E-11::+	SAV2248::70::98.57143::8.4E-11::+	MW2167::70::100.0::3.3E-11::+	SA2045::70::98.57143::8.4E-11::+		SACOL2237::70::98.57143::8.4E-11::+
5QSA00002_N_7	ACTACCAATGACGCAGATTTTGTTTGGACTTCTTCGTCATTAATATATATGATCCTTTTAACACTACTTA	31.43	30	81	MRSA252	SAR1133a	putative membrane protein		SAR1133a::70::100.0::3.7E-11::+						
5QSA00002_N_8	AGATGAAAGTACAACAGTAAGTGGAAATAATAATGCTCATAGTGTGATAGATGATTTGATGAGTAAGAAT	30.0	32	78	MSSA476	SAS2473	hypothetical protein		SAR2667::70::98.57143::8.3E-11::+	SAS2473::70::100.0::3.3E-11::+	SAV2587::70::97.14286::2.1E-10::+	MW2507::70::100.0::3.3E-11::+	SA2373::70::97.14286::2.1E-10::+		SACOL2603::70::100.0::3.3E-11::+
5QSA00002_N_9	AAATACTTGAGGGTTTACCTAATGCTATGCAAGATGCACTCAAAGGAGATATTTATCTTGATGAAGCAGT	35.71	30	89	MRSA252	SAR1563	hypothetical protein (pseudogene)		SAR1532::70::100.0::3.7E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::+						
5QSA00002_O_1	GATTTAAAGGAATCTTTAAAAAGTTTAGGTTGGTGGGATTTATTTTTTGCGATACCTATGTTTCTGCTAT	30.0	32	68	Mu50	SAV0090	hypothetical protein			SAS0060::70::94.28571::1.9E-9::+	SAV0090::70::100.0::4.5E-11::+	MW0060::70::94.28571::1.9E-9::+	SA0086::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL0068::70::94.28571::1.9E-9::+
5QSA00002_O_10	TTAAGTTTTAAATCTTCACTAGACAAGCCTGTAAAACTGCAATTACCACAATTAAACAACGTAGTGACCG	34.29	29	95	MSSA476	SAS0586	hypothetical protein		SAR0627::70::90.0::2.8E-8::+	SAS0586::70::100.0::4.0E-11::+	SAV0618::70::100.0::4.0E-11::+	MW0582::70::100.0::4.0E-11::+	SA0575::70::100.0::4.0E-11::+		SACOL0676::70::100.0::4.0E-11::+
5QSA00002_O_11	AAATGATAACACACCATTTGGTATATTGGCCGAACACGTTAGTGAAGATAAAGCATTCCCTCGATTAGAA	37.14	30	70	MSSA476	SAS0763	hypothetical protein		SAR0854::70::100.0::4.5E-11::+	SAS0763::70::100.0::4.5E-11::+	SAV0822::70::100.0::4.5E-11::+	MW0776::70::100.0::4.5E-11::+	SA0751::70::100.0::4.5E-11::+		
5QSA00002_O_12	TCCAACTGTATTCCTTTGTCCCCTTTTAATTTATTAATTAGGGGCTCTTTTGCTGTTGGTGCATTAGCAA	37.14	31	100	COL	SACOL0732	hypothetical protein								SACOL0732::70::100.0::4.0E-11::+,SACOL0732::69::100.0::6.8E-11::+
5QSA00002_O_13	GCAAGTAAACAAAGTTATTTATATTTTATTAGCATTGTTCTTAGGTAGTTTTGGTATTCATAAATTTTAT	21.43	35	81	MSSA476	SAS1148	putative membrane protein		SAR1190::70::100.0::3.3E-11::+	SAS1148::70::100.0::3.3E-11::+	SAV1214::70::100.0::4.5E-11::+	MW1097::70::100.0::3.3E-11::+	SA1057::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL1226::70::100.0::3.3E-11::+
5QSA00002_O_14	AATAGAAAAATTACTAAATGATAAATCAATATCTAATTATAGAATTAATCAAGACACTGATGTTTCTTAT	18.57	34	136	COL	SACOL1332	hypothetical protein		SAR1302::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS1244::70::97.14286::2.9E-10::+					SACOL1332::70::100.0::4.0E-11::+
5QSA00002_O_15	TTAGTTTGTATCAGTATTAATAGTGATCATGCAAGAGAGATACAAGCACTCAGATATATGAATGATTATC	30.0	32	113	N315	SA1781	hypothetical protein		SAR2068::70::95.71428::7.4E-10::+,SAR2031::70::95.71428::2.2E-9::-	SAS1896::70::94.28571::1.9E-9::+,SAS1862::70::94.28571::5.7E-9::-	SAV1970::70::95.71428::7.4E-10::+	MW1913::70::94.28571::1.9E-9::+	SA1781::70::100.0::4.5E-11::+		
5QSA00002_O_16	AGTGCTCCCATAGATAAATTTAAACGTAGTATGAAACGTTCTGATTTTTACTCAATGAGTATATTATTGG	30.0	30	110	MRSA252	SAR1132	hypothetical protein		SAR1132::70::100.0::4.0E-11::+						
5QSA00002_O_17	TTTTACAGTCTATTTTAGTAATAAAAAATCTATTGATGAAACAAATATCTTTAGTAAGAAAAATCGCAAT	20.0	32	95	Mu50	SAV2199	hypothetical protein				SAV2199::70::100.0::4.5E-11::+		SA2000::70::100.0::4.5E-11::+		
5QSA00002_O_18	TTTGATTATTCAGCTTTAATAGGTCGTATAATTGAAAAGTATGGTAATAGATATGCTTTTGCATACGCGA	30.0	31	88	MRSA252	SAR1563	hypothetical protein (pseudogene)		SAR1555::70::100.0::4.0E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::+						
5QSA00002_O_19	TTAACGATAGAAAAAGATTATGGCAGAGAACTTGTATTGAACAAAGGTTATATAGTTGGGATCAATGTTG	31.43	31	88	Mu50	SAV0879	hypothetical protein				SAV0879::70::100.0::4.5E-11::+				SACOL0360::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00002_O_2	AGGAACACTTACAAGCCATAATCGAGTGGGCATTACAACAAATAGAAAATAACTTTGATTTTGAGAATGA	32.86	29	70	MW2	MW0749	hypothetical protein					MW0749::70::100.0::4.0E-11::+			
5QSA00002_O_20	ACATTTGACAAAGGTTTTAGATACACTAACTGGAATATGCGTAGTATTATTATTTAGTAAATATTTTGTG	25.71	33	110	MSSA476	SAS1105	putative membrane protein		SAR1146::70::100.0::4.0E-11::+	SAS1105::70::100.0::4.0E-11::+	SAV1172::70::100.0::4.0E-11::+	MW1053::70::100.0::4.0E-11::+	SA1015::70::100.0::4.0E-11::+		
5QSA00002_O_21	TTTATGATGTACAACAGTTATTGAAAAGTTACGGATTTCTAATATATTTTAAAAATGCAGAAGATATGTA	22.86	32	97	Mu50	SAV1548	hypothetical protein		SAR1625::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS1486::70::98.57143::1.1E-10::+	SAV1548::70::100.0::4.5E-11::+	MW1500::70::98.57143::1.1E-10::+	SA1378::70::98.57143::1.1E-10::+		SACOL1605::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00002_O_22	AGAAATGTATGACATGCCAATTGATGAGTTATTTTCATCAAAAATTAAAGTAGAGGGGTCAAGGCAATGA	32.86	32	83	Mu50	SAV0786	hypothetical protein				SAV0786::70::100.0::4.0E-11::+				
5QSA00002_O_23	TTATCGAGTAGAAGGAAATTTTTGTGTAATCATTTTGTACTGCTTACTGCCATTATTTGTAAATACGTCA	30.0	32	84	MSSA476	SAS2396a	hypothetical protein			SAS2396a::70::100.0::4.5E-11::+		MW2430::70::100.0::4.5E-11::+			
5QSA00002_O_24	AAAAATGTTTATTTAAAGGGCCATGTATTATTGAAGTAAACGGACAACAGTTAAGTATTAGGCATTGCGA	31.43	30	86	MSSA476	SAS2437	hypothetical protein		SAR2631::70::98.57143::1.0E-10::+	SAS2437::70::100.0::4.0E-11::+	SAV2551::70::98.57143::1.0E-10::+	MW2472::70::100.0::4.0E-11::+	SA2338::70::98.57143::1.0E-10::+		SACOL2565::70::98.57143::1.0E-10::+
5QSA00002_O_3	AGATACATCATAGAACGCATTTTACATACAAATGATGAAAAACATATTCATATTTTGAAACCTAAAGATG	25.71	32	114	MSSA476	SAS0145	hypothetical protein		SAR0171::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS0145::70::100.0::4.5E-11::+	SAV0170::70::100.0::4.5E-11::+	MW0144::70::100.0::4.5E-11::+	SA0164::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL0156::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00002_O_4	GTACGATTGATTTAAATCAGTACTATTATAAAAATAGATCAAATGCAGCAAGTTTTATTATGATGGATTA	24.29	32	106	MSSA476	SAS1699	hypothetical protein		SAR1858::70::98.57143::1.0E-10::+	SAS1699::70::100.0::4.0E-11::+	SAV1776::70::98.57143::1.0E-10::+	MW1716::70::100.0::4.0E-11::+	SA1594::70::98.57143::1.0E-10::+		SACOL1826::70::98.57143::1.0E-10::+
5QSA00002_O_5	CAAACTAGCTGGTGTTTCAAGACAAACCATTTCGCTAATTGAGCGAAACAATTTTATGCCATCAGTATTA	35.71	29	123	Mu50	SAV0349	probable transcription regulator		SAR0346::69::92.753624::8.1E-9::+	SAS0325::70::94.28571::1.9E-9::+	SAV0349::70::100.0::4.5E-11::+	MW0325::70::94.28571::1.9E-9::+	SA0337::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL0420::69::94.202896::3.2E-9::+
5QSA00002_O_6	TTAAAACTCAACGGTAAAGTTGGTTGGAAAGACAGTGAAATATGGAAAGCTATACAACTACTAGATATAC	32.86	30	76	MSSA476	SAS1918	putative regulatory protein			SAS1918::70::100.0::4.0E-11::+		MW1935::70::100.0::4.0E-11::+			
5QSA00002_O_7	CCAATCGTTTTAAAATTATTAGAATGGGTGCTGACATTAGAATTAAGTGTGAAAATTGTCAACGAAGCAT	31.43	31	101	MRSA252	SAR0359	conserved hypothetical protein		SAR0359::70::100.0::4.5E-11::+		SAV0362::70::100.0::4.5E-11::+		SA0350::70::100.0::4.5E-11::+		
5QSA00002_O_8	AAACATACACACACAAAGATACTCTTACTGTGACATATGCAGGCGAGATTGAGCACACTTACGAAGTCGA	41.43	30	76	COL	SACOL0326	hypothetical protein				SAV0856::70::100.0::4.0E-11::+				SACOL0326::70::100.0::4.0E-11::+
5QSA00002_O_9	GCAAACTTATTGAGCGACTTACTGGAGAAACATATAACAATATCGAACTCATCAAATCTTTATCAATTTA	30.0	31	80	MSSA476	SAS0587	hypothetical protein		SAR0628::70::91.42857::1.2E-8::+	SAS0587::70::100.0::4.5E-11::+	SAV0619::70::100.0::4.5E-11::+	MW0583::70::100.0::4.5E-11::+	SA0576::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL0677::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00002_P_1	GAAAATTATATCTATATCAGAAACACCGAACCACAACACAATGAAGATTACACTTAGTGAAAGCAGAGAA	32.86	32	62	MSSA476	SAS1373	hypothetical protein		SAR1443::70::98.57143::9.2E-11::+	SAS1373::70::100.0::3.6E-11::+	SAV1430::70::100.0::3.6E-11::+	MW1320::70::100.0::3.6E-11::+	SA1263::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL1466::70::100.0::3.6E-11::+
5QSA00002_P_10	TGTTAATTACCTATCAAATCATTTTATTTTTTATTATTAGTCTAAGTTACTATTTAACTTTAAATCATTA	15.71	35	95	MSSA476	SAS0169	putative membrane protein		SAR0195::69::95.652176::9.0E-10::+	SAS0169::70::100.0::3.2E-11::+	SAV0194::70::100.0::3.2E-11::+	MW0168::70::100.0::3.2E-11::+	SA0188::70::100.0::3.2E-11::+		
5QSA00002_P_11	AATTAACTTAAAAGCAATGCAAGAGCATGTAGGTCATTCAGATTATAAAAAATCTAGAGATATACACACA	28.57	31	84	Mu50	SAV0369	truncated integrase		SAR0387::70::98.591545::4.4E-11::+		SAV0369::70::100.0::3.6E-11::+		SA0356::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL0441::70::97.22222::1.3E-10::+
5QSA00002_P_12	AGATTTATTTAGCAAAGAAGAATGGCTAAGTATGTCTCTTGCAGAAAGACAAAAAGCTGAAAAAGCATTT	31.43	32	90	Mu50	SAV2479	hypothetical protein		SAR2568::69::95.652176::9.0E-10::+	SAS2371::70::98.57143::8.2E-11::+	SAV2479::70::100.0::3.2E-11::+	MW2404::70::98.57143::8.2E-11::+	SA2267::70::100.0::3.2E-11::+		
5QSA00002_P_13	AAATAGAGATCGTAAATTTGTAATTATGTATGTGAATGAGCAGGATGTTGATCAAATTGTACATAAACTA	27.14	33	109	Mu50	SAV1122	hypothetical protein		SAR1095::70::98.57143::9.1E-11::+	SAS1056::70::98.57143::9.1E-11::+	SAV1122::70::100.0::3.6E-11::+	MW1004::70::98.57143::9.1E-11::+	SA0970::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL1131::70::98.57143::9.1E-11::+
5QSA00002_P_14	TAAACTCACCCGGACAAAAATATGAGGAATTGAGAAATGTTATAAAAAAGGAAATTTCTAATGGTCATTG	30.0	31	92	Mu50	SAV0867	hypothetical protein				SAV0867::70::100.0::3.2E-11::+				
5QSA00002_P_15	ATCAATATTCAGTACCAGCAATGTGTAAAGTCCTAAAAATACCAAGAAGTACCTATTATGATTCTATAAA	28.57	31	80	Mu50	SAV1805	truncated transposase				SAV1805::70::100.0::3.6E-11::+		SA1623::70::100.0::3.9E-11::+		SACOL1855::70::94.28571::1.7E-9::+
5QSA00002_P_16	ACAGTAGGTTATGTTGAATTCGTAAGTCCAGATGAAGTTAAAGTGGATGATGAAATTGTGAGTATCGAAG	35.71	32	80	MSSA476	SAS0301	putative glycine cleavage H-protein		SAR0321::70::98.57143::7.0E-11::+	SAS0301::70::100.0::2.7E-11::+	SAV0324::70::100.0::2.7E-11::+	MW0301::70::100.0::3.2E-11::+	SA0313::70::100.0::2.7E-11::+		SACOL0395::70::100.0::2.7E-11::+
5QSA00002_P_17	CTTTTTATTTGCTCAAAACATCGCCAAAGCTATTGGGTATGATATTCAAGTTTATACAGAGCAATTAACA	31.43	30	144	MSSA476	SAS1870	holin		SAR2041::70::97.14286::2.3E-10::+,SAR2031::70::97.14286::8.8E-10::-	SAS1870::70::100.0::3.6E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-	SAV1946::70::100.0::3.6E-11::+	MW1887::70::100.0::3.6E-11::+	SA1760::70::100.0::3.6E-11::+		
5QSA00002_P_18	CTAAATCTCATAAGACGCCTAGATATTACTTTGCTAACGAGCATGAGATTGAAAGATATTTTGAATTTTT	30.0	30	93	MW2	MW1417	hypothetical protein					MW1417::70::100.0::3.2E-11::+			
5QSA00002_P_19	TAAAGCTGAAGTCATGATGTTAATTAATAAATTGAACATCCATCATACACCTCCTCTCTGCGTTAAAGTA	32.86	32	130	Mu50	SAV2430	hypothetical protein		SAR2520::70::97.14286::2.3E-10::+	SAS2322::70::97.14286::2.3E-10::+	SAV2430::70::100.0::3.6E-11::+	MW2354::70::97.14286::2.3E-10::+	SA2218::70::100.0::3.6E-11::+		
5QSA00002_P_2	TAGGTCATAAATTAGGTGAGTTTGCTCCTACTCGTACATTCAAAGGACACGTTGCAGACGACAAGAAAAC	41.43	29	74	MSSA476	SAS2137	30S ribosomal protein S19		SAR2331::70::100.0::3.3E-11::+	SAS2137::70::100.0::3.3E-11::+	SAV2246::70::100.0::3.3E-11::+	MW2165::70::100.0::3.3E-11::+	SA2043::70::100.0::3.3E-11::+		SACOL2235::70::100.0::3.3E-11::+
5QSA00002_P_20	AGTAAAATTATATAATGTTGTATATTCTTATAACGGCATTAAACGTAATTTTAAACAAGTTGAAAATGAA	20.0	31	132	MSSA476	SAS2371	hypothetical protein			SAS2371::70::100.0::3.2E-11::+	SAV2479::70::100.0::3.2E-11::+	MW2404::70::100.0::3.2E-11::+	SA2267::70::100.0::3.2E-11::+		SACOL2489::70::100.0::7.4E-11::+
5QSA00002_P_21	TTAACGAAGGTAAAGATATAAGATTTAGTAGCGAACGTGATGAATACGAACCACAAAATAATGAATTCTT	30.0	30	79	Mu50	SAV0900	hypothetical protein				SAV0900::70::100.0::3.6E-11::+				
5QSA00002_P_22	CTAATCAAAGTAAGTTATTGAAATACACAACAGATCAAACGAATATTGTATCAATCAATAGTGATGGTCA	28.57	31	90	MRSA252	SAR2053	hypothetical phage protein		SAR2053::70::100.0::3.2E-11::+,SAR2031::70::100.0::1.3E-10::-						
5QSA00002_P_23	TAGAGAAGGTATTGAACTTGATGAAGCAATAGGGATTATGACGGGGCAAGTGGTCTATAAATATGAGGAG	40.0	29	78	MW2	MW1419	hypothetical protein		SAR2074::70::90.0::2.5E-8::+,SAR2031::70::90.0::9.5E-8::-	SAS0918::70::91.42857::1.0E-8::+	SAV0875::70::91.42857::9.9E-9::+	MW1419::70::100.0::3.6E-11::+			SACOL0356::70::91.42857::1.1E-8::+
5QSA00002_P_24	CACATGATGCCCAAGTGAAACTGTATAATGTTGTGTATTCATACAATGGCATTAAACGTAATTTCAAACA	32.86	32	118	MRSA252	SAR2568	hypothetical protein		SAR2568::70::100.0::3.2E-11::+						
5QSA00002_P_3	GAAAAAGCTGAAGCACGCAACATTTCACAAAAGAGTGCAATGCGTACAGCAGTTAAAAACGCTAAAACAG	40.0	32	86	MSSA476	SAS1523	putative 30S ribosomal protein S20		SAR1663::70::100.0::3.6E-11::+	SAS1523::70::100.0::3.6E-11::+	SAV1586::70::100.0::3.6E-11::+	MW1537::70::100.0::3.6E-11::+	SA1414::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL1642::70::100.0::3.6E-11::+
5QSA00002_P_4	AGTAGCTTATTTATTAAAAGGTGGTAAAGTTACAAAAGTAGATGGCAATCAAAATAGTGTATCTTTTGTG	28.57	33	94	MRSA252	SAR1321	hypothetical protein		SAR1321::70::100.0::3.3E-11::+	SAS1249::68::92.64706::6.4E-9::+					SACOL1341::70::91.42857::2.5E-8::+
5QSA00002_P_5	ATTCGAGAATGTTAAAAACGTCAGCTGTAATTTCTAATACATTATTAGTCATAGGTTTAGTCTGTCTATT	28.57	31	95	MSSA476	SAS2199	putative membrane protein		SAR2391a::70::100.0::3.6E-11::+	SAS2199::70::100.0::3.6E-11::+		MW2227::70::100.0::3.6E-11::+			SACOL2299::70::100.0::3.6E-11::+
5QSA00002_P_6	TAGGTATAAGCATGAGAGACACAGAAAGAAATATATTGAATATTTTTAAGACGTTATTCGACGAATATAC	28.57	32	106	MRSA252	SAR2087	hypothetical phage protein		SAR2087::70::100.0::3.3E-11::+	SAS1908::70::97.14286::2.1E-10::+	SAV1987::59::98.305084::2.7E-8::+		SA1796::59::98.305084::2.7E-8::+		
5QSA00002_P_7	TAGTGATATGGTAACTGTAACATCTACTGATGATAAAAACGTAGTAATCATGTCAGAATCAGATTATAAC	30.0	32	118	MSSA476	SAS2299	conserved hypothetical protein		SAR2498::70::98.57143::9.2E-11::+	SAS2299::70::100.0::3.6E-11::+	SAV2408::70::100.0::3.6E-11::+	MW2330::70::100.0::3.6E-11::+	SA2196::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL2405::70::100.0::3.6E-11::+
5QSA00002_P_8	GGTAGGTATAAGCATGAGAGATACAGAAAGAAATATATTGAATATTTTTAAAACGTTATTCGACGAATAT	27.14	32	92	MSSA476	SAS1908	hypothetical phage protein		SAR2087::70::97.14286::2.1E-10::+	SAS1908::70::100.0::3.3E-11::+		MW1925::57::100.0::3.0E-8::+			
5QSA00002_P_9	CAAGTTATAGTATATGAATATATTCCACAAGATAAAATAGAAAAAGGGAAAGGCGAAATAACAGTAAATA	25.71	33	74	MRSA252	SAR1311	hypothetical protein		SAR1311::70::100.0::3.6E-11::+						
5QSA00003_A_1	CGCCTAGGGGATGTCTTAGTTCTTGATAATATTTTAGATAAAGCTGAATTACAACAAAAGCTCTCAGAAA	34.29	30	102	Mu50	SAV0330	putative sugar-specific PTS component EIIB		SAR0327::70::97.14286::2.1E-10::+	SAS0307::70::98.57143::8.1E-11::+	SAV0330::70::100.0::3.2E-11::+	MW0307::70::98.57143::8.1E-11::+	SA0319::70::100.0::3.2E-11::+		SACOL0401::70::98.57143::8.1E-11::+
5QSA00003_A_10	CTACAGCTGAAAGAATATATCCAATAGTACTTGAATCTCTAATGATAGCAATTACTGAGATTAGACCTGG	34.29	31	98	Obsolete	Obsolete	Obsolete		SAR1607::70::90.14085::1.1E-7::+	SAS1468::70::90.14085::1.1E-7::+	SAV1529::70::90.14085::1.1E-7::+	MW1482::70::90.14085::1.1E-7::+	SA1360::70::90.14085::1.1E-7::+		SACOL1588::70::90.14085::1.1E-7::+
5QSA00003_A_11	GTCAAGAATTGATACTTATACGCGCTAGATATGCTTATCAAGATTTATTAGAACACTTCAACGATAATTA	30.0	31	94	MRSA252	SAR2059	hypothetical phage protein		SAR2059::70::100.0::3.2E-11::+,SAR2031::70::100.0::1.3E-10::-		SAV1961::70::100.0::3.2E-11::+		SA1772::70::100.0::3.2E-11::+		
5QSA00003_A_12	CATCACAAGAGGAATTAATGAAAGTATTCCACTAGACCTTCAAATCTTACTTTGGCACATGGTAGAAAAA	34.29	32	93	MW2	MW0036	hypothetical protein					MW0036::70::100.0::2.9E-11::+			
5QSA00003_A_13	ATAAGTACGACAAAGTTTATATCGTACCTTTAGATAAGCTGACAAAACAAGAATTATTAGAACTATGCGA	30.0	31	93	MRSA252	SAR2060	hypothetical phage protein		SAR2060::70::100.0::3.2E-11::+,SAR2031::70::100.0::1.3E-10::-		SAV1962::70::100.0::3.2E-11::+		SA1773::70::100.0::3.2E-11::+		
5QSA00003_A_14	CCAATATATTAATCGTAAACGCTATAATCCCGTTAAAGTACTTAATGAAGTAAAATCATATTTTATGAAT	24.29	33	123	MSSA476	SAS1672	putative membrane protein		SAR1824::70::98.57143::7.4E-11::+	SAS1672::70::100.0::2.9E-11::+	SAV1746::70::98.57143::7.4E-11::+	MW1689::70::100.0::2.9E-11::+	SA1567::70::98.57143::7.4E-11::+		SACOL1796::70::98.57143::7.4E-11::+
5QSA00003_A_15	CAGAAGTTAAACGAGATAATGAAACATATCTAGTATTAAATGAAGAAGATATTTTAGCGGTAATTGAATA	25.71	32	99	Mu50	SAV2030	GroES protein	groES	SAR2117::70::94.28571::1.3E-9::+	SAS1936::70::97.14286::2.1E-10::+	SAV2030::70::100.0::3.2E-11::+	MW1954::70::97.14286::2.1E-10::+	SA1837::70::100.0::3.2E-11::+		SACOL2017::70::95.71428::5.3E-10::+
5QSA00003_A_16	TTGATTCCAATGGATACCATTCCGGATAATTTAAATTCATTTAATAAAAATGAAATATATTATATTGTAT	20.0	34	129	MSSA476	SAS1683	conserved hypothetical protein			SAS1683::70::100.0::2.9E-11::+	SAV1759::70::100.0::2.9E-11::+	MW1700::70::100.0::2.9E-11::+	SA1578::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL1807::70::98.57143::7.4E-11::+
5QSA00003_A_17	GCAAAAAACTAGTTAAAGCAGTTGTTGAACACGCTCGAGAAAATCATTTAAAAATTATTGCCTCATGTTC	32.86	31	100	Mu50	SAV2521	hypothetical protein		SAR2601::70::95.71428::5.1E-10::+	SAS2406::70::94.28571::1.3E-9::+	SAV2521::70::100.0::3.2E-11::+	MW2441::70::94.28571::1.3E-9::+	SA2309::70::100.0::3.2E-11::+		SACOL2532::70::95.71428::5.3E-10::+
5QSA00003_A_18	TTTAGACTGAAAGAAGATGAGAATATACTTTCAATCATACATGAGCAAGAACAACCCACGTACAAATTGG	34.29	31	80	COL	SACOL0038	conserved hypothetical protein								SACOL0038::70::100.0::2.9E-11::+
5QSA00003_A_19	ATGATCTTAAGTTGTCTTTTGTAGCTTGTCAGCATTCTTATCTAATAACACATCGATATAGCTTAATTCA	30.0	33	100	Obsolete	Obsolete	Obsolete		SAR0437::70::98.591545::8.3E-11::-	SAS0398::70::98.591545::8.3E-11::-	SAV0435::64::100.0::1.0E-9::-	MW0396::70::98.591545::8.3E-11::-	SA0395::70::98.591545::8.3E-11::-		SACOL0480::70::95.77465::5.4E-10::-
5QSA00003_A_2	AGTCAATTACTACAGATGAATTAAAAAACAAACTTTTTGAATCTAAACCAGTTCAAATTGTTGATGTTCG	27.14	32	98	Mu50	SAV1759	hypothetical protein		SAR1842::70::97.14286::1.9E-10::+	SAS1683::70::98.57143::7.4E-11::+	SAV1759::70::100.0::2.9E-11::+	MW1700::70::98.57143::7.4E-11::+	SA1578::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL1807::70::97.14286::1.9E-10::+
5QSA00003_A_20	GCAAAGTTAATTCCAATGGATACCATTCCCGACAATTTAAATGCATTTAACAAAAAAGAGACATACTATA	30.0	31	86	MRSA252	SAR1842	conserved hypothetical protein		SAR1842::70::100.0::2.9E-11::+						
5QSA00003_A_21	AGCTGATGAAGTATGGTATTCACCAGTTGTATGTATGGCTTTAAGTAAAGCGCATAATATTAATTTTTAT	30.0	30	106	Mu50	SAV0793	hypothetical protein				SAV0793::70::100.0::3.2E-11::+				SACOL0899::70::91.42857::8.8E-9::+
5QSA00003_A_22	TAAACAACTATCTCTAGACCTTCAAATCCTACTTTGGAATATGGTAAAAGATCGAGACAATCAACTTAAT	31.43	31	78	MSSA476	SAS0030	hypothetical protein			SAS0030::70::100.0::2.9E-11::+					
5QSA00003_A_23	ATTATAAATTTTTAAAACAATATGGTGTGTCTAATACATTTATTTGTAAGATGTATCATATTTCAATTGA	18.57	34	108	COL	SACOL1586	hypothetical protein		SAR1300::70::97.14286::2.0E-10::+						SACOL1586::70::100.0::3.2E-11::+
5QSA00003_A_24	CCCTGATCCGTTATCTAATCCTATGTCTGACCCTTTACTAGGAGATAGTTGGATGGTAGGTGATTTGAAA	41.43	31	98	MSSA476	SAS0077	hypothetical protein			SAS0077::70::100.0::2.9E-11::+					
5QSA00003_A_3	TATATTTATCTCGCTACGTTTTTAGAGTATGTCGTACTATACCTCACTTTATTTACGGACATACTAAGAT	31.43	33	103	MSSA476	SAS0657	putative membrane protein		SAR0745::70::97.14286::2.1E-10::+	SAS0657::70::100.0::3.2E-11::+	SAV0692::70::100.0::3.2E-11::+	MW0654::70::98.57143::8.1E-11::+	SA0647::70::100.0::3.2E-11::+		
5QSA00003_A_4	ACCATTTAATGACAACAATTTTACTGAAAGATTTAATGAAGCATTTATTAGAATTTTATAAAAGAGGGTG	24.29	33	124	MSSA476	SAS2092	PTS system, lactose-specific IIA component		SAR2282::70::100.0::2.9E-11::+	SAS2092::70::100.0::2.9E-11::+	SAV2191::70::100.0::2.9E-11::+	MW2117::70::100.0::2.9E-11::+	SA1993::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL2182::70::98.57143::7.4E-11::+
5QSA00003_A_5	AAATTTTGGACGATAACATTTACAATATTTCTATTTTAAACAAGACATTTATTGAATTTGAACAAAATTT	18.57	35	148	Mu50	SAV0818	hypothetical protein		SAR0850::70::98.57143::8.1E-11::+	SAS0759::70::97.14286::2.1E-10::+	SAV0818::70::100.0::3.2E-11::+	MW0772::70::97.14286::2.1E-10::+	SA0749::70::100.0::3.2E-11::+		SACOL0863::70::97.14286::2.1E-10::+
5QSA00003_A_6	GTAAATCATAAAGGGAAATATGTGCGTTCGATAGAATACATTACAAAAGATATTCCTAGCTTTTTAAAAT	27.14	31	106	MRSA252	SAR0686	putative transposase (pseudogene)		SAR0696::70::100.0::2.9E-11::+,SAR0686::70::100.0::1.3E-10::+,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::+				SAP021::70::100.0::2.9E-11::+		
5QSA00003_A_7	CTAAAGAGCAATTGGATCCTGTTTACAAAGAAATTATTAGATTAATTTATAGAGAAGAGATTCCAAAATG	27.14	32	100	Mu50	SAV1267	hypothetical protein		SAR1243::70::97.14286::2.1E-10::+	SAS1201::70::97.14286::2.1E-10::+	SAV1267::70::100.0::3.2E-11::+	MW1150::70::97.14286::2.1E-10::+	SA1110::70::100.0::3.2E-11::+		SACOL1286::70::98.57143::8.1E-11::+
5QSA00003_A_8	GTTGGAATGCCTTTACCTAAAAATGACCGCTCACAGCGACCAGCAAGAGGTAAAACGATTCAAGCTAAAA	42.86	29	93	Mu50	SAV0780	ribonuclease R				SAV0780::70::100.0::1.0E-10::+		SA0735::70::100.0::1.0E-10::+		
5QSA00003_A_9	ATCTATTAATAACATTAGCTTTATCTACGTTAGGTATTTTAGTAACGGCGTTAGCAGGTGTGATCGTTAC	34.29	30	85	MSSA476	SAS1588	putative membrane protein		SAR1732::70::97.14286::2.1E-10::+	SAS1588::70::100.0::3.2E-11::+	SAV1652::70::100.0::3.2E-11::+	MW1603::70::100.0::3.2E-11::+	SA1478::70::100.0::3.2E-11::+		SACOL1706::70::95.71428::5.3E-10::+
5QSA00003_B_1	ATTTTTATCAATCCTTATTGACGAATAAACAACGTAATTATTTGGAATTATTTTATCTCGAAGATTATTC	22.86	37	118	MRSA252	SAR1212	putative DNA-binding protein		SAR1212::70::100.0::2.7E-11::+	SAS1170::70::98.57143::7.0E-11::+	SAV1236::70::100.0::2.7E-11::+	MW1119::70::98.57143::7.0E-11::+	SA1079::70::100.0::2.7E-11::+		SACOL1252::70::98.57143::7.0E-11::+
5QSA00003_B_10	ATTATATCTTCATTAGTAGAAAATATCATCATGCCATTAATTGGTAAAATTTTCGGATCAGTTGATTTTG	25.71	33	98	Mu50	SAV1347	large-conductance mechanosensitive channel	mscL	SAR1360::70::98.57143::6.4E-11::+	SAS1287::70::98.57143::6.4E-11::+	SAV1347::70::100.0::2.5E-11::+	MW1234::70::98.57143::4.7E-11::-,MW1235::70::98.57143::6.4E-11::+	SA1182::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL1383::70::98.57143::6.4E-11::+
5QSA00003_B_11	ATTCCAGTAATTGGGACAGTTAGTGGAGGCGTAGTTGGAGCTGTTGGTGGTGCTGTCGGCGGTGGTCTAA	52.86	31	62	MSSA476	SAS0373	putative membrane protein			SAS0373::70::100.0::2.7E-11::+		MW0373::70::100.0::2.7E-11::+			
5QSA00003_B_12	ACAAGCTATCTCAAACGGAACCCAAAATGACATTAAATTGTATATTCGTGATCCGCAAGGTGATTATTTA	34.29	30	88	MRSA252	SAR2058	hypothetical phage protein		SAR2058::70::100.0::2.5E-11::+,SAR2031::70::100.0::1.3E-10::-		SAV1960::70::100.0::2.5E-11::+		SA1771::70::100.0::2.5E-11::+		
5QSA00003_B_13	AAAAATGAAATTGTATAGTTGCTTTTGTAAAATTTATAATCCTTCTATGAAAGATAGAGAGATTTTAAAA	20.0	33	106	MW2	MW1396	hypothetical protein		SAR1514::70::97.14286::1.8E-10::+,SAR1563::70::97.14286::8.8E-10::+	SAS0937::70::98.57143::7.0E-11::+		MW1396::70::100.0::2.7E-11::+			SACOL0372::70::98.57143::7.0E-11::+
5QSA00003_B_14	AAAAAGTATAAATTGGATAAAGACTCAGTTATATTATTAGAACAAATTCGTACACTTGATAAAAAACGAT	22.86	32	104	Mu50	SAV2068	similar to pemK family of DNA-binding proteins		SAR2156::70::98.57143::6.4E-11::+	SAS1973::70::98.57143::6.4E-11::+	SAV2068::70::100.0::2.5E-11::+	MW1992::70::98.57143::6.4E-11::+	SA1873::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL2058::70::98.57143::6.4E-11::+
5QSA00003_B_15	CAAAATAGATCACAATTCAGAGGACGACTTATTAGAAATATATTACTCTTGGGCATTCCATGAAATAGCT	32.86	30	87	MSSA476	SAS1885	hypothetical phage protein			SAS1885::70::100.0::2.7E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-		MW1902::70::100.0::2.7E-11::+			
5QSA00003_B_16	TGTCTATGATAAGGATAAAATTATCATTTTAGCTTATAAACCTTTGAGTAATGATGATGAAGTGCATTAT	25.71	33	100	MSSA476	SAS2301	putative lipoprotein		SAR2500::70::100.0::2.5E-11::+	SAS2301::70::100.0::2.5E-11::+	SAV2410::70::100.0::2.5E-11::+	MW2332::70::100.0::2.5E-11::+	SA2198::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL2408::70::100.0::2.4E-11::+
5QSA00003_B_17	ATATTTATTAGGATTTGCTGAACGCGAAGAATCTACAAAACAAGATACTATCGCCGCGCACTTAGATGGA	38.57	30	78	COL	SACOL0890	transcriptional regulator, Cro-CI family								SACOL0890::70::100.0::2.7E-11::+
5QSA00003_B_18	TATTGGATCTTCAGAAATGAATGTAGATATGGCTATTGAAATGTATGATGGTAATCATCGTGTGTTAAAA	30.0	33	77	MSSA476	SAS0617	conserved hypothetical protein		SAR0662::70::95.71428::4.2E-10::+	SAS0617::70::100.0::2.5E-11::+	SAV0652::70::98.57143::6.4E-11::+	MW0614::70::100.0::2.5E-11::+	SA0607::70::98.57143::6.4E-11::+		SACOL0709::70::98.57143::6.4E-11::+
5QSA00003_B_19	TGAAGATGTAAGCGAGAGAGTGAACGGAAATCCGATGAAACCGAAGACGAAAATATTATACTCTTGTTTC	38.57	32	85	MSSA476	SAS1884	hypothetical phage protein			SAS1884::70::100.0::2.7E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-		MW1901::70::100.0::2.7E-11::+			
5QSA00003_B_2	AGACATTATAAGTTATATCGGTATAGACCAATCTAGAATTGTTAAAAGCGTAAAAGAATTATCAAAAAAG	25.71	31	95	MSSA476	SAS2384	putative staphylococcal accessory regulator			SAS2384::70::100.0::2.5E-11::+	SAV2498::70::100.0::2.5E-11::+	MW2417::70::100.0::2.5E-11::+	SA2286::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL2506::70::98.57143::6.5E-11::+
5QSA00003_B_20	AGCTATCTACTATCAAAGAAGAGCATTATGAAAAAATTGTTGATTTTATGAATGCGAGAATAAATGCATG	28.57	33	115	MW2	MW1428	hypothetical protein		SAR1544::70::95.71428::4.2E-10::+,SAR1563::70::95.71428::2.2E-9::+	SAS0906::70::95.71428::4.2E-10::+		MW1428::70::100.0::2.5E-11::+			
5QSA00003_B_21	ATAAATTTTGGGAAAATATCATTTCTGTCCCACTCCCATATTCCCGATAGAAAAACAGGACTTGAACTTG	35.71	30	78	Mu50	SAV0083	hypothetical protein				SAV0083::70::100.0::2.7E-11::+		SA0079::70::100.0::2.7E-11::+		
5QSA00003_B_22	ATGAAGTATTTGATGAATTGTATCTTGCGATTTTAAAATATTTAAATACAGTAAGTATAGAGAACATAAG	22.86	31	103	MSSA476	SAS2362	hypothetical protein			SAS2362::70::100.0::2.5E-11::+		MW2395::70::100.0::2.5E-11::+			SACOL2481::70::98.57143::6.3E-11::+
5QSA00003_B_23	TTTTAAAATACTTGGTAGAAGTTGGAATGGATTAATCATTAATTATCTCTCAAGATGTAATGACTGTTCA	27.14	33	118	MSSA476	SAS2026	conserved hypothetical protein		SAR2211::70::100.0::2.7E-11::+	SAS2026::70::100.0::2.7E-11::+	SAV2123::70::100.0::2.7E-11::+	MW2047::70::100.0::2.7E-11::+	SA1925::70::100.0::2.7E-11::+		SACOL2115::70::100.0::2.7E-11::+
5QSA00003_B_24	CTATTGTAAGGTCGAAAAACATTAAAACAGATCATTGGCTACCTGTCACGTTTACTATTAGTAAGAAAGA	32.86	30	74	COL	SACOL0898	pathogenicity island protein				SAV0792::70::98.57143::5.2E-11::+				SACOL0898::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00003_B_3	TAATGATTTTTTCTAGTCAAAAAACGACTTATTTTGGTTATATGAATAGTAAAACAAATGCAGAAAAAGT	22.86	32	113	Mu50	SAV1443	hypothetical protein		SAR1455::70::98.57143::7.0E-11::+	SAS1386::70::98.57143::7.0E-11::+	SAV1443::70::100.0::2.7E-11::+	MW1332::70::98.57143::7.0E-11::+	SA1276::70::100.0::2.7E-11::+		SACOL1482::70::98.57143::7.0E-11::+
5QSA00003_B_4	AACATGCATTAGATTTATTAGGTCTTGCTACTTTAAGTTTACTAGATACATTTTCTTGTAATAAAAAATA	22.86	32	104	MSSA476	SAS2544	conserved hypothetical protein		SAR2739::70::100.0::2.5E-11::+	SAS2544::70::100.0::2.5E-11::+	SAV2658::70::100.0::2.5E-11::+	MW2578::70::100.0::2.5E-11::+	SA2451::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL2681::70::98.57143::6.4E-11::+
5QSA00003_B_5	ATTGTTGTATCATTAATTTTTATTACACAACAAACAGATGGTTTATCATCAATATCAGACTTTTATTTAA	21.43	32	88	MSSA476	SAS0589	putative NADH-Ubiquinone/plastoquinone (complex I) oxidoreductase protein			SAS0589::70::100.0::1.0E-10::+	SAV0621::70::100.0::1.0E-10::+	MW0585::70::100.0::1.0E-10::+	SA0578::70::100.0::1.0E-10::+		SACOL0679::70::100.0::1.0E-10::+
5QSA00003_B_6	TAACTTATCAGGTACAGCTGAAAAGCCACGTTTAAACGTATATCGTTCAAACAAGCATATCTACGCTCAA	37.14	30	100	MSSA476	SAS2125	50S ribosomal protein L18		SAR2319::70::100.0::2.5E-11::+	SAS2125::70::100.0::2.5E-11::+	SAV2234::70::100.0::2.5E-11::+	MW2153::70::100.0::2.5E-11::+	SA2032::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL2223::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00003_B_7	CGGTTGACGGACGTAGCAATGCGTATGAATTGAACGATTTCAAGGAGTATGAAGCTATTATTGATAATTA	37.14	30	80	Mu50	SAV0894	hypothetical protein				SAV0894::70::100.0::2.7E-11::+				
5QSA00003_B_8	ATGATATCATTCTTAAAATTACAGGTATCAAAGTGATGAGCTTCCACAGTGATTTAAGTACAGTTACAGG	32.86	31	96	Mu50	SAV0454	hypothetical protein		SAR0454::70::97.14286::1.6E-10::+	SAS0412::70::97.14286::1.6E-10::+	SAV0454::70::100.0::2.5E-11::+	MW0409::70::97.14286::1.6E-10::+	SA0413::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL0496::70::97.14286::1.6E-10::+
5QSA00003_B_9	ATCATTGGATGATGGATTCGAAGACGCCTTTCAATATACCGTACAAGGAAATTCCCACAATCGACTAAAG	40.0	29	104	Mu50	SAVP028	truncated transposase	truncated-tnp			SAVP025::70::100.0::2.7E-11::+,SAVP028::70::100.0::3.2E-11::+			VRA0028::70::100.0::3.2E-11::+,VRA0031::70::100.0::3.2E-11::+	
5QSA00003_C_1	TGGCGATGATACATTATTCGCTAAAATCGACGGCGTTGTTAAATTCGAACGTAAAGGTCGCGACAAAAAA	40.0	31	96	MSSA476	SAS1581	50S ribosomal protein L27		SAR1725::70::100.0::3.2E-11::+	SAS1581::70::100.0::3.2E-11::+	SAV1645::70::100.0::3.0E-11::+	MW1595::70::100.0::3.2E-11::+	SA1471::70::100.0::3.2E-11::+		SACOL1700::70::100.0::3.2E-11::+
5QSA00003_C_10	TCATTAGTGCCAGTGTAAGTTTAGGTTATTCAATTCAAGCATGTGCATCTAGTCATAATATAAATGCATA	31.43	31	88	Mu50	SAV0918	hypothetical protein		SAR0881::70::95.71428::4.8E-10::+	SAS0789::70::95.71428::4.8E-10::+	SAV0918::70::100.0::2.9E-11::+	MW0801::70::95.71428::4.8E-10::+	SA0779::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL0920::70::95.71428::4.8E-10::+
5QSA00003_C_11	ATTTAAAAATTATGAGCAGATAGATCCAACTATAGAAATCGAAAATGGAAATACAAAATTAAAATTAAAT	20.0	34	125	MSSA476	SAS0970	hypothetical protein		SAR1007::70::98.57143::8.1E-11::+	SAS0970::70::100.0::3.2E-11::+		MW0918::70::100.0::3.2E-11::+			SACOL1042::70::97.14286::2.1E-10::+
5QSA00003_C_12	GCGCATAAACATGTTAGAAGTAAAAATGAAGATGAAAGTAGCCCGATTATCAATAACAAAGTAATTACAT	30.0	31	68	Mu50	SAV1136	iron-regulated surface determinant G	isdG	SAR1109::70::97.14286::1.8E-10::+	SAS1070::70::98.57143::7.2E-11::+	SAV1136::70::100.0::2.9E-11::+	MW1018::70::98.57143::7.2E-11::+	SA0983::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL1146::70::98.57143::7.2E-11::+
5QSA00003_C_13	CGGAGACGTTAAATTTGTTATATCAATTAACTAACAAAAAACAACGTGTGAAAGTAGTGAAAGAAGTTGT	30.0	31	86	MRSA252	SAR2046	hypothetical phage protein		SAR2046::70::100.0::3.2E-11::+,SAR2031::70::100.0::1.3E-10::-						
5QSA00003_C_14	GACAATTATTAAAGAGAACTTTAAGGGAATATCCCGGTTTAAACCATAAACAAATGAATGATTTATTTAC	27.14	33	104	MRSA252	SAR1342	hypothetical protein		SAR1342::70::100.0::2.9E-11::+	SAS1272::69::100.0::4.9E-11::+	SAV1332::70::100.0::2.9E-11::+	MW1219::69::100.0::4.9E-11::+	SA1168::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL1366::69::100.0::4.9E-11::+
5QSA00003_C_15	ATTTAACTGAAGGTAAAGATGGACGTTTACAAACATTCAAAGTTATCTTTGCTCTTGTAATTACACTTTG	30.0	31	110	MSSA476	SAS0993	putative quinol oxidase polypeptide IV		SAR1031::70::98.57143::8.0E-11::+	SAS0993::70::100.0::3.1E-11::+	SAV1058::70::100.0::3.1E-11::+	MW0941::70::100.0::3.1E-11::+	SA0910::70::100.0::3.1E-11::+		SACOL1067::70::100.0::3.3E-11::+
5QSA00003_C_16	CTTGTGATTTGTTAGCACATTTTCAATTCTCTCAACCCACACTTAGCTATCATTTGAAAGCATTAGTAAA	32.86	31	94	Mu50	SAV1773	arsenical resistance operon repressor homolog		SAR1855::70::97.14286::1.9E-10::+	SAS1696::70::97.14286::1.9E-10::+	SAV1773::70::100.0::2.9E-11::+	MW1713::70::97.14286::1.9E-10::+	SA1591::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL1822::70::97.14286::1.9E-10::+
5QSA00003_C_17	ATATTTAAATTTATCCTTTTTGTTGTTGAAATTTATTATTTCGGCATGATTATATATTTCTTTACATCTT	18.57	33	104	MSSA476	SAS1124	putative membrane protein		SAR1166::70::98.57143::8.0E-11::+	SAS1124::70::100.0::3.1E-11::+	SAV1190::70::100.0::3.1E-11::+	MW1073::70::100.0::3.1E-11::+	SA1033::70::100.0::3.1E-11::+		SACOL1203::70::98.57143::8.0E-11::+
5QSA00003_C_18	AATTGGTAAAATTTATAAACTGACTGATGGCAGTAATCAATATTTTAAAGTAGAAAGATTAAAAGGTATT	22.86	32	108	MSSA476	SAS1794	conserved hypothetical protein		SAR1962::70::100.0::2.9E-11::+	SAS1794::70::100.0::2.9E-11::+	SAV1872::70::100.0::2.9E-11::+	MW1812::70::100.0::2.9E-11::+	SA1689::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL1930::70::100.0::2.9E-11::+
5QSA00003_C_19	GCGTAGTGAATTAGTGCAAGTGATTGGATCTATGATAGTGATTTATAGAGAATCTAAAGAAAATAAAGAA	30.0	32	73	MSSA476	SAS1532	conserved hypothetical protein		SAR1672::70::97.14286::2.0E-10::+	SAS1532::70::100.0::3.1E-11::+	SAV1595::70::100.0::3.1E-11::+	MW1546::70::100.0::3.1E-11::+	SA1423::70::100.0::3.1E-11::+		SACOL1651::69::97.10145::3.4E-10::+
5QSA00003_C_2	ATGTTAATATATTAAAGGTTGATGCAAGCAGAACTTTGGAGGATAAATTATTGTCTAAGGAAAAAGTTGC	30.0	31	92	MSSA476	SAS0502	putative ribosomal protein		SAR0549::70::100.0::2.9E-11::+	SAS0502::70::100.0::2.9E-11::+					
5QSA00003_C_20	ACCCCTAATTGGAAAAAAGGTTATTGTCAAAGGCAAAGAGGTAGGATTGTTTTTAACTGAAAGTGGTACA	35.71	30	77	Mu50	SAV2399	assimilatory nitrite reductase	nasE	SAR2488::70::94.28571::1.2E-9::+	SAS2290::70::94.28571::1.2E-9::+	SAV2399::70::100.0::2.9E-11::+	MW2321::70::94.28571::1.2E-9::+	SA2187::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL2397::70::94.28571::1.2E-9::+
5QSA00003_C_21	ACAAAAAATGGCAGTTTATTATATCAGAAAATAGGGATAAACCCATGCAATAATAGCACGCCTTCGAAAG	34.29	31	97	MW2	MW0041	hypothetical protein					MW0041::70::100.0::3.1E-11::+			
5QSA00003_C_22	TTATAAAGAACTATCAACAATATTAAAAATTTTATCAGATCCAAGTAGGTTAGAAATATTAGATTTACTT	20.0	33	100	N315	SAP016	arsenical resistance operon repressor	arsR	SAR0690::70::98.57143::7.4E-11::+,SAR0686::70::98.57143::3.4E-10::+,SAR0685::70::98.57143::3.4E-10::+				SAP016::70::100.0::2.9E-11::+		
5QSA00003_C_23	TATAGCGTCTATTGATTTGACAGATTTAATGAAAATATCTTTAAGAGGAAATGAAAACCAATTGCAAAAA	25.71	30	94	MSSA476	SAS0121	replication initiation protein (fragment)			SAS0121::70::100.0::3.6E-11::+		MW0121::70::100.0::3.1E-11::+			SACOL0132::70::100.0::4.4E-11::+
5QSA00003_C_24	CAAACTCATCAACCCACATATTACCGCAGAAGGTTATAAAATTGGCAATCGAGGATTTACCAATTACATT	35.71	30	85	Mu50	SAV0412	hypothetical protein				SAV0412::70::100.0::2.9E-11::+				
5QSA00003_C_3	TAATTTATGCAGTCATTGTATTACTATTAAATATTTTCTATTCTGATTTGAAAATAACAATGACATTATT	18.57	33	146	MSSA476	SAS0654	putative membrane protein		SAR0742::70::100.0::3.2E-11::+	SAS0654::70::100.0::3.2E-11::+	SAV0689::70::100.0::3.2E-11::+	MW0651::70::100.0::3.2E-11::+	SA0644::70::100.0::3.2E-11::+		SACOL0749::70::100.0::3.2E-11::+
5QSA00003_C_4	TTATAGATTTTCACAACACGTTGGTAAACAATATACCTACGGTAAAGGATTAGAAGAGCTGTCAGAAGTA	34.29	31	100	MRSA252	SAR0066	putative transposase		SAR0066::70::100.0::2.9E-11::+		SAV0068::70::100.0::2.9E-11::+		SA0064::70::100.0::2.9E-11::+		
5QSA00003_C_5	TATTAGTTATAGTCAACTCATTAACTCATTTTCTAACTCTAAACACCTCATTTTTTAATAGTTCAGCATC	27.14	33	86	N315	SA1753	hypothetical protein		SAR2033::70::98.57143::7.5E-11::+,SAR2031::70::98.57143::3.4E-10::+	SAS1864::70::98.57143::7.5E-11::+,SAS1862::70::98.57143::3.4E-10::+	SAV1941::70::98.57143::7.5E-11::+	MW1883::70::98.57143::7.5E-11::+	SA1753::70::100.0::3.2E-11::+		
5QSA00003_C_6	ATATAAAGGGATTAAAGCAGATGGTGGCAAGGTGAATCAAGCGAAACAATTAGCGGCAAAAATAGCTAAA	37.14	31	45	Mu50	SAV0290	hypothetical protein			SAS0265::70::92.85714::3.1E-9::+	SAV0290::70::100.0::2.9E-11::+	MW0265::70::92.85714::3.1E-9::+	SA0278::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL0278::70::94.28571::1.2E-9::+
5QSA00003_C_7	TGAAAAGTGATGAGAAAATATTACTTGACCAAATGGTAAGTCATTTCAAAAACTTTGAAGATGATTTTAA	25.71	32	100	Mu50	SAV2482	hypothetical protein				SAV2482::70::100.0::3.2E-11::+		SA2270::70::100.0::3.2E-11::+		SACOL2494::70::98.57143::8.1E-11::+
5QSA00003_C_8	AGGAGACTGGGTTAAAAGTGCAATGTCTGAGATAGACAGTATTAAAGATGATTTGAAAAAAATTAATAGC	31.43	31	76	Mu50	SAV0448	hypothetical protein		SAR0448::70::91.42857::7.9E-9::+	SAS0406::70::91.42857::7.9E-9::+	SAV0448::70::100.0::2.9E-11::+	MW0404::70::91.42857::7.9E-9::+	SA0408::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL0489::70::91.42857::7.9E-9::+
5QSA00003_C_9	ACGTATCAAAGCTTTAGCTAGTGTTGAAAATAAACGCAACGAACAAATGATTTACATTGTAAATGACAAA	30.0	30	85	Mu50	SAV0893	hypothetical protein				SAV0893::70::100.0::3.2E-11::+				
5QSA00003_D_1	TTAAATCAAAATGGCAAGCTTTGAATAAAGGGATGATTAACTTGTTTGGAGGGGAAAACGATGTTAACTA	32.86	31	107	Mu50	SAV2692	hypothetical protein				SAV2692::70::100.0::2.7E-11::+		SA2484::70::100.0::2.7E-11::+		SACOL2716::70::95.71428::4.4E-10::+
5QSA00003_D_10	ACATATGGATTTTACAATCACTGAATTTGAAAGAGATGCATGGTTAGAAAATATGCAGACAGCAATTAAT	30.0	32	102	MSSA476	SAS0872	protozoan/cyanobacterial globin family protein		SAR0970::70::97.14286::1.6E-10::+	SAS0872::70::100.0::2.5E-11::+	SAV1003::70::100.0::2.5E-11::+	MW0884::70::100.0::2.5E-11::+	SA0861::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL1007::70::98.57143::6.3E-11::+
5QSA00003_D_11	AAAATTATTGATTATTTTAAGCAGGTTAATGACATAACTAGCAATATTGATTTTGATAATTTAAATCAAT	18.57	32	128	Mu50	SAV1451	hypothetical protein		SAR1462::70::98.57143::6.8E-11::+	SAS1394::70::97.14286::1.7E-10::+	SAV1451::70::100.0::2.7E-11::+	MW1341::70::97.14286::1.7E-10::+	SA1284::70::100.0::2.7E-11::+		SACOL1491::70::97.14286::1.7E-10::+
5QSA00003_D_12	AATAAAATTAAAAATTTGGATACTATCAAAACATATCAACAAATTGAAGCACAGATTCATCAGAACCAAA	24.29	33	80	MSSA476	SAS1227	conserved hypothetical protein		SAR1269::70::100.0::2.5E-11::+	SAS1227::70::100.0::2.5E-11::+	SAV1293::70::100.0::2.5E-11::+	MW1176::70::100.0::2.5E-11::+	SA1135::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL1313::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00003_D_13	ACCCTCTTTACACCTTATATGATGGAATCACTCTCTTCCCTAGGTGTGAAACCAGACATTATCGATTTAA	38.57	30	96	Mu50	SAV1802	hypothetical protein		SAR1882::70::95.71428::4.4E-10::+		SAV1802::70::100.0::2.7E-11::+		SA1620::70::100.0::2.7E-11::+		
5QSA00003_D_14	AAATTAAGTCATTACTTGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACAT	28.57	31	106	MSSA476	SAS1760	putative exported protein		SAR1930::70::98.57143::6.3E-11::+	SAS1760::70::100.0::2.5E-11::+	SAV1839::70::100.0::2.5E-11::+	MW1779::70::100.0::2.5E-11::+	SA1657::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL1895::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00003_D_15	ATAAGTGATGTGTTGATAGATGATGAAATAAATACCGATGAATTCTTTTCAATAGGTGATGAAAATTCTA	27.14	34	80	Mu50	SAV0799	hypothetical protein		SAR0381::70::92.85714::2.9E-9::+		SAV0799::70::100.0::2.4E-11::+		SA1821::70::100.0::2.7E-11::+		SACOL0905::70::97.14286::1.7E-10::+
5QSA00003_D_16	TAAAGTTATCATTATATTATTTATTTCATTAATTGTTGCAGTAGCATTTTTCTTTGGTCTGAAAACATAT	21.43	32	70	MSSA476	SAS2275	putative exported protein		SAR2473::70::98.57143::6.3E-11::+	SAS2275::70::100.0::2.5E-11::+	SAV2385::70::100.0::2.5E-11::+	MW2305::70::100.0::2.5E-11::+	SA2173::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL2383::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00003_D_17	GTCCAATAAGTATATTACTAAAACTAAAATCTTAAATCAATTGGGATATGAATATAATTCAAGCAATGAA	22.86	32	97	Mu50	SAV2018	hypothetical protein		SAR0378::70::90.14085::3.8E-8::+		SAV0795::70::100.0::2.7E-11::+,SAV2018::70::100.0::2.7E-11::+		SA1825::70::100.0::2.7E-11::+		SACOL0901::70::98.57143::6.8E-11::+
5QSA00003_D_18	AAAATATTGGACTAGAAGAATTTGGTTCGGATATTTTAACGGAGTTGGGAAAGCGACCTATGACCCGAAA	38.57	30	79	Mu50	SAV0899	hypothetical protein				SAV0899::70::100.0::2.5E-11::+				
5QSA00003_D_19	AGATTTATTTAAAGATGAAGGATTGACTGAAGAAGATGTTCTGAACAAGATGAGTACTAAAACTTATACA	28.57	33	88	COL	SACOL0377	hypothetical protein		SAR1509::70::100.0::2.6E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::+	SAS0942::70::98.57143::6.6E-11::+		MW1391::70::100.0::2.7E-11::+			SACOL0377::70::100.0::2.6E-11::+
5QSA00003_D_2	TTCTAATATGACAGCGATAGAACCTAAGCAAATTAATATTCACATTACACAAATCGTTATTGAAAAGTAA	27.14	31	98	MSSA476	SAS1464	conserved hypothetical protein		SAR1603::70::100.0::2.5E-11::+	SAS1464::70::100.0::2.5E-11::+	SAV1525::70::100.0::2.5E-11::+	MW1478::70::100.0::2.5E-11::+	SA1356::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL1570::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00003_D_20	AAACAGGATTCCAAATAGGCGTAATGGAAGCTAGGTTGAAGAAGATGAGAAAACAACGTGATGAGTACAA	38.57	30	58	Mu50	SAV1977	phi PV83 orf 27-like protein				SAV1977::70::100.0::2.5E-11::+				
5QSA00003_D_21	TCTTTACACCTTATATGATGGAAACACTCTCTTCCCTAGGCATGAAAGACAGCATTGTCGATTTAATTCA	37.14	29	99	MSSA476	SAS1722	hypothetical protein		SAR1882::70::90.14085::3.8E-8::+	SAS1722::70::100.0::2.7E-11::+	SAV1802::70::90.14085::3.9E-8::+	MW1740::70::100.0::2.7E-11::+	SA1620::70::90.14085::3.9E-8::+		SACOL1849::70::94.28571::1.1E-9::+
5QSA00003_D_22	GTCCGTACTCTACAAAGATTATTTAGAATGTGTAAAGTTAGGTTCGGTTAAATTAACCTGCAATAATTTT	30.0	31	97	COL	SACOL0328	hypothetical protein		SAR1549::70::100.0::2.5E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::-			MW1433::70::100.0::2.5E-11::+			SACOL0328::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00003_D_23	CTGAAATCGTGATAGGTTGTCAATCTTATTGTGGACCTGGACGCCGAAAAACATTCACTTTTGTTAATAA	37.14	31	85	MSSA476	SAS0552	hypothetical protein		SAR0599::70::98.57143::6.8E-11::+	SAS0552::70::100.0::2.7E-11::+	SAV0593::70::100.0::2.7E-11::+	MW0548::70::100.0::2.7E-11::+	SA0550::70::100.0::2.7E-11::+		SACOL0639::70::100.0::2.7E-11::+
5QSA00003_D_24	TCAGCAATTAATCAAACTCAAAAGATAGAAGTAGACACAATATATGTAGGGCATTTAGAAGATATTGAAT	28.57	32	82	MSSA476	SAS0535	hypothetical protein		SAR0582::70::95.71428::4.1E-10::+	SAS0535::70::100.0::2.5E-11::+	SAV0577::70::100.0::2.5E-11::+	MW0532::70::100.0::2.5E-11::+	SA0535::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL0623::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00003_D_3	ACACACTATTGAAGAAGAATATAATGAGAATATTAGATTAAATTATAAGTGTGGTGCATCACGATGGTGA	30.0	30	111	Obsolete	Obsolete	Obsolete								
5QSA00003_D_4	TTAAAATAACATGCAAGTTGGCGAGGCCCCAAAATAGTGAGATCGGATTTCTAATTTCTACAGACATTGC	38.57	28	96	COL	SACOL1910	hypothetical protein								SACOL1910::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00003_D_5	ATGGACAGATTGATACACTTGAGGAATATGGTTGTGAACGTATCTTTAGCGAGAAAGCGAGTGGTCGTAA	41.43	31	69	Mu50	SAVP030	truncated resolvase	truncated-res			SAVP030::70::100.0::2.7E-11::+				
5QSA00003_D_6	TATTAAATAAGAATTTACGCGTGTTAAATACTGAACTATCAACTGTAGATTCATCAATAGTACAAGAGAA	27.14	30	95	MSSA476	SAS0906	hypothetical phage protein		SAR1544::70::95.71428::4.2E-10::+,SAR1563::70::95.71428::2.2E-9::+	SAS0906::70::100.0::2.5E-11::+					
5QSA00003_D_7	ATAAAGAGAAACACTTAAATATGCTAGAATCTAGAGAGCAATTATCAGTCGAAGAATACGAAACATTCTT	30.0	31	82	Mu50	SAV0038	probable HMG-CoA synthase				SAV0038::70::100.0::2.7E-11::+		SA0035::70::100.0::2.7E-11::+		
5QSA00003_D_8	ATTGCAAATCGTATAAATTCACAATATAATCGTGTAATGGAAACAAAAGTGAGAATCACTAAAGAAAACC	28.57	31	72	Mu50	SAV0515	7,8-dihydroneopterin aldolase	folB	SAR0516::70::98.57143::6.3E-11::+	SAS0472::70::98.57143::6.3E-11::+	SAV0515::70::100.0::2.5E-11::+	MW0470::70::98.57143::6.3E-11::+	SA0473::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL0559::70::98.57143::6.3E-11::+
5QSA00003_D_9	GTCTGATACGAATTGTTATGGGAACTACACTATTAACACATGCAGCAAACTTATTTTTAATAACTATGGG	32.86	32	83	Mu50	SAV0950	hypothetical protein	mnhC	SAR0912::70::97.14286::1.7E-10::+	SAS0820::70::98.57143::6.8E-11::+	SAV0950::70::100.0::2.7E-11::+	MW0832::70::98.57143::6.8E-11::+	SA0811::70::100.0::2.7E-11::+		SACOL0953::70::98.57143::6.8E-11::+
5QSA00003_E_1	TAAAAATAAATTAGATAAATTAAAAATAGGCGAAGCAGGAATTATTCAAAATAGCATTGTACAGAAATCC	24.29	33	68	COL	SACOL0382	hypothetical protein		SAR1504::70::98.57143::8.0E-11::+	SAS0947::70::97.14286::2.0E-10::+		MW1387::70::100.0::3.1E-11::+			SACOL0382::70::100.0::3.1E-11::+
5QSA00003_E_10	TGGAAGCGCAAAAAGAAAATATTCGCACAGTTATTGCACCTGAACATAAGCATAAATACAAAGATATTGA	32.86	31	68	COL	SACOL0489	conserved hypothetical protein		SAR0448::70::95.71428::4.8E-10::+		SAV0448::70::94.28571::1.2E-9::+		SA0408::70::94.28571::1.2E-9::+		SACOL0489::70::100.0::2.9E-11::+
5QSA00003_E_11	ATCTGGTATGCATTTTAGAGTAGGTCCGTTAGAAACGACAGTACAAGGAAATATGAATGAATGTTTAATT	32.86	30	73	MSSA476	SAS1225	conserved hypothetical protein		SAR1267::70::98.57143::7.9E-11::+	SAS1225::70::100.0::3.1E-11::+	SAV1291::70::98.57143::7.9E-11::+	MW1174::70::100.0::3.1E-11::+	SA1133::70::98.57143::7.9E-11::+		SACOL1310::70::98.57143::7.9E-11::+
5QSA00003_E_12	GTTGTCCAAATTGCCAATCTCGGTTTAACAATCGCTGTAAATATCACTATCATATTTATTTTGAAATTTA	28.57	31	122	MSSA476	SAS0702	hypothetical protein		SAR0791::70::94.28571::1.2E-9::+	SAS0702::70::100.0::2.9E-11::+	SAV0737::70::100.0::2.9E-11::+	MW0699::70::100.0::2.9E-11::+	SA0692::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL0800::70::100.0::2.9E-11::+
5QSA00003_E_13	TATTATGAATAAAGTTAATCAAGGTGCTCAGGAAGAGGCGATGGAAGAGTTATTAGTGACTTTTCAAAAA	32.86	30	110	MSSA476	SAS1991	conserved hypothetical protein		SAR2175::70::98.57143::7.9E-11::+	SAS1991::70::100.0::3.1E-11::+	SAV2087::70::98.57143::7.9E-11::+	MW2010::70::100.0::3.1E-11::+	SA1890::70::98.57143::7.9E-11::+		SACOL2078::70::98.57143::7.9E-11::+
5QSA00003_E_14	GCAATCGTAAAAGTAACAGATGCAGATTTTGATTCAAAAGTAGAATCTGGTGTACAACTAGTAGATTTTT	31.43	30	132	MSSA476	SAS1079	thioredoxin		SAR1118::70::97.14286::1.9E-10::+	SAS1079::70::100.0::2.9E-11::+	SAV1145::70::100.0::2.9E-11::+	MW1028::70::100.0::2.9E-11::+	SA0992::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL1155::70::100.0::2.9E-11::+
5QSA00003_E_15	AATTAAACAACAATTGAATAGCACTGCTGATGCCGTTCAAGAACAAGACCAACAACTTTCTAATAATTTC	32.86	32	96	MSSA476	SAS0258	conserved hypothetical protein		SAR0279::70::98.57143::7.9E-11::+	SAS0258::70::100.0::3.1E-11::+	SAV0282::70::100.0::3.1E-11::+	MW0258::70::100.0::3.1E-11::+	SA0271::70::100.0::3.1E-11::+		SACOL0271::70::100.0::3.1E-11::+
5QSA00003_E_16	TCAGCTTTTTTCATTGCCTAAAAACTTAATGTCCCGACCTCTTTATCTACGCATAAATACTTATTACTGA	32.86	30	84	COL	SACOL2305	IS1272-related, transposase, degenerate					MW2233::70::100.0::2.9E-11::+			SACOL2305::70::100.0::2.9E-11::+
5QSA00003_E_17	TCTAAATTAGTACAACCAATTATGCAGTTATTTATAGATAAAGCTATCCTTAACAACGTCCAAAATGATG	28.57	31	94	COL	SACOL0450	hypothetical protein		SAR0397::70::94.28571::3.9E-9::+	SAS0356::70::91.42857::2.6E-8::+		MW0355::70::91.42857::2.6E-8::+			SACOL0450::70::100.0::3.1E-11::+
5QSA00003_E_18	TTATAAAGAACTATCAACAATATTAAAAATTTTATCAGATTCAAGTAGGTTAGAAATATTAGATTTACTT	18.57	33	110	MRSA252	SAR0686	putative transposase (pseudogene)		SAR0690::70::100.0::2.9E-11::+,SAR0686::70::100.0::1.3E-10::+,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::+,SAR1855::69::91.42857::2.8E-8::+	SAS1696::69::89.85507::3.4E-8::+	SAV1773::69::89.85507::3.4E-8::+	MW1713::69::89.85507::3.4E-8::+	SAP016::70::98.57143::7.4E-11::+,SA1591::69::89.85507::3.4E-8::+		SACOL1822::69::89.85507::3.4E-8::+
5QSA00003_E_19	AGAAAATATTAGGTATTTCATTCAATTTACCTGAAGGAGAAGAATTTACATTTCATGACTTGAACAGTCG	30.0	31	84	MRSA252	SAR0062	hypothetical protein		SAR0062::70::100.0::3.1E-11::+		SAV0064::70::100.0::3.1E-11::+		SA0060::70::100.0::3.1E-11::+		
5QSA00003_E_2	AGTTACCACAAGCTCAAATTCAAACACAATCTGTTCATAGTAAAGACATAACTGGTAATGAAGCACATGT	34.29	30	88	MW2	MW0044	hypothetical protein					MW0044::70::100.0::2.9E-11::+			
5QSA00003_E_20	GTGCTTGGAGCAGGGGAAGATAACGGACGCTAAGATTGTGCACCATATAGTTTATCTAGACAATGACTTT	42.86	30	92	MRSA252	SAR1563	hypothetical protein (pseudogene)		SAR1521::70::100.0::2.9E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::+						
5QSA00003_E_21	CCAAAGAAATGATATTAATTCCAGACATTACCGAAGCAATAAATCTCACTAATTTATTTGAGCTCATAAA	28.57	31	112	Mu50	SAV0091	hypothetical protein				SAV0091::70::100.0::3.1E-11::+		SA0087::70::100.0::3.1E-11::+		
5QSA00003_E_22	AAACGAAAGAGAAAATCAAAGTGACAACTTTAGATGAATTGACACCCTTAATTGGTAAAAAGGTTATTGT	30.0	30	81	MRSA252	SAR2488	assimilatory nitrite reductase small subunit	nasE	SAR2488::70::100.0::2.9E-11::+						
5QSA00003_E_23	AAAAAGCGTTAGTTGAACGTTTCAACGGTATCTTAGCTACTGAAGGTGCAGAAGTTTTAGAAGCAAAAGA	37.14	31	92	COL	SACOL0437	ribosomal protein S6	rpsF	SAR0362::70::100.0::3.1E-11::+	SAS0341::70::98.57143::7.8E-11::+	SAV0365::70::100.0::3.1E-11::+	MW0341::70::98.57143::7.8E-11::+	SA0352::70::100.0::3.1E-11::+		SACOL0437::70::100.0::3.3E-11::+
5QSA00003_E_24	ATTAGTCAAAAGTATGATGAAATAGCTCAAAACTTTGGAAAAATAGCGCAATTAAATTACTACAGTAGTG	28.57	31	89	Mu50	SAV0292	hypothetical protein			SAS0267::70::98.57143::7.3E-11::+	SAV0292::70::100.0::2.9E-11::+	MW0267::70::98.57143::7.3E-11::+	SA0280::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL0280::70::98.57143::7.3E-11::+
5QSA00003_E_3	AAAGTGAAAATTGGAGGTGTAATTTTGACTAGAACTTATAATATTATTGGTATCCTTTCTTGTCTTATAT	25.71	31	98	COL	SACOL1041	hypothetical protein		SAR1005::70::98.57143::8.0E-11::+	SAS0969::70::98.57143::8.0E-11::+					SACOL1041::70::100.0::3.1E-11::+
5QSA00003_E_4	TGAATGCTCAAAAAGAAAACATTCGTTCAGTTGTTGCACCTGAACATAAGCATAAATATAAAGATATTGA	30.0	33	94	MSSA476	SAS0406	hypothetical protein		SAR0448::70::92.85714::3.1E-9::+	SAS0406::70::100.0::2.9E-11::+	SAV0448::70::94.28571::1.2E-9::+	MW0404::70::100.0::2.9E-11::+	SA0408::70::94.28571::1.2E-9::+		
5QSA00003_E_5	TTAATCAAATTATTGGAAAAATACATATCGAAAATGTGTATATTGAAACCAGAAAGGGAAAAGTGCATTA	25.71	33	88	COL	SACOL1345	hypothetical protein		SAR1316::70::95.71428::8.7E-10::+	SAS1253::70::95.71428::3.5E-10::+		MW1201::70::95.71428::3.3E-10::+			SACOL1345::70::100.0::3.1E-11::+
5QSA00003_E_6	CTGTCATAACAAAATTCATGCAAATGATAATGACAAAAGTAATATTAAGAGAATTAGAGTTATAAAAATT	21.43	32	87	MW2	MW1403	hypothetical protein					MW1403::70::100.0::2.9E-11::+			SACOL0365::70::95.71428::4.8E-10::+
5QSA00003_E_7	TTATTATGATGATTGGTATATTAGCCTTTTTAGGTACTGCAGTATTCTCTAAATTTATGGACAAAGGTAA	28.57	32	124	MRSA252	SAR0909	Na /H  antiporter subunit	mnhF	SAR0909::70::100.0::3.1E-11::+	SAS0817::70::98.57143::7.9E-11::+	SAV0947::70::100.0::3.1E-11::+	MW0829::70::98.57143::7.9E-11::+	SA0808::70::100.0::3.1E-11::+		SACOL0950::70::98.57143::7.9E-11::+
5QSA00003_E_8	ACGCAAATTGGAAAGAAAGCGAAAGAGAGGTACGAGGCGCAAGTTAAAAGAGGTGCAGTTATTAAAGTGG	42.86	32	44	MW2	MW1917	hypothetical protein			SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-		MW1917::70::100.0::2.9E-11::+			
5QSA00003_E_9	TTGCTCGACCTGGTGTTCAATCTAAGGCATCTGCTCCAAAGGCTTGGGGTGGAAACAAAACATTTTATAG	44.29	29	74	MRSA252	SAR0686	putative transposase (pseudogene)		SAR0694::70::100.0::3.1E-11::+,SAR0686::70::100.0::1.3E-10::+,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::+				SAP019::70::100.0::3.1E-11::+		
5QSA00003_F_1	TGACGATGAAATTGAATAATGTTAAGCAAAAGCGTCATATTTTATGCACAAATGAATATAATAATAAGAA	24.29	33	92	COL	SACOL1347	hypothetical protein								SACOL1347::70::100.0::2.7E-11::+
5QSA00003_F_10	GTATTATTTTCTTTAGTGGATCATTATATATTTTAGTATTAACTCAAATTAAAGTTTTAGGTGCGATTAC	22.86	32	82	MSSA476	SAS0541	putative membrane protein		SAR0588::70::100.0::2.5E-11::+	SAS0541::70::100.0::2.5E-11::+	SAV0583::70::100.0::2.5E-11::+	MW0538::70::100.0::2.5E-11::+	SA0540::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL0629::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00003_F_11	TCTGAAGAAGCATTGGCTACAAAATCCATAAATGCAAACGATTTATTAACTTTAGCATATGTGAAAGTTT	30.0	30	101	MRSA252	SAR2113	hypothetical protein		SAR2113::70::100.0::2.7E-11::+						
5QSA00003_F_12	CTTTGATAGACGAAAGTGATGAGCTTAATCATTCGATAGAACAATTATATCAACATTTAGGTGACCGTTA	32.86	30	104	Mu50	SAV2586	hypothetical protein		SAR2666::70::92.85714::2.7E-9::+	SAS2472::70::92.85714::2.7E-9::+	SAV2586::70::100.0::2.5E-11::+	MW2506::70::92.85714::2.7E-9::+	SA2372::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL2602::70::92.85714::2.7E-9::+
5QSA00003_F_13	TCTATACCTCACAGATACTAAAAATACAATTATCGATGAACGTCATCTATTACAAAAAGGAGGAGAATAA	30.0	31	84	MSSA476	SAS0031	hypothetical protein			SAS0031::70::100.0::2.7E-11::+					
5QSA00003_F_14	AGAAAAGCAAGGATTGTAACAATAAATGATAAACCATATAGGTTTACCAAATCTGAAATGGAATTAATAG	27.14	32	105	Mu50	SAV1979	phi PVL ORF 50 homolog		SAR2077::70::90.0::1.7E-8::+,SAR2031::70::90.0::9.5E-8::-	SAS1900::70::92.85714::3.9E-9::+,SAS1862::70::92.85714::1.5E-8::-	SAV1979::70::100.0::2.5E-11::+	MW1917::70::92.85714::3.1E-9::+	SA1788::70::92.85714::2.6E-9::+		
5QSA00003_F_15	TTTAATATTATTACTAGTTATAGGATTTTTAGTGTTTATAGGAACATATATGATTTTATCAATCAATTTA	17.14	35	111	MSSA476	SAS0591	putative membrane protein		SAR0632::70::91.42857::7.2E-9::+	SAS0591::70::100.0::2.6E-11::+	SAV0624::70::100.0::2.6E-11::+	MW0587::70::100.0::2.6E-11::+	SA0580::70::100.0::2.6E-11::+		SACOL0681::70::100.0::2.6E-11::+
5QSA00003_F_16	CTAAATATAACATTCATTATTTAAGTGACGACGAATTATTAAAAAAGATATCAAAGGAAGTTATTTTGTA	21.43	32	121	MSSA476	SAS0965	putative membrane protein (pseudogene)		SAR1002::70::97.1831::7.0E-10::+	SAS0965::70::100.0::9.5E-11::+	SAV1033::70::98.591545::2.7E-10::+	MW0913::70::100.0::2.5E-11::+	SA0886::70::98.591545::2.7E-10::+		SACOL1038::70::95.77465::1.8E-9::+
5QSA00003_F_17	GCAAAAGATATAGCGGCTTTTAGTGTACTTATAGTTTCAATATTAGCATTTATTATAGGTTTAATAGTAT	25.71	32	96	MSSA476	SAS1507	putative diacylglycerol kinase		SAR1646::70::98.57143::6.7E-11::+	SAS1507::70::100.0::2.6E-11::+	SAV1569::70::100.0::2.6E-11::+	MW1521::70::100.0::2.6E-11::+	SA1398::70::100.0::2.6E-11::+		SACOL1626::70::97.14286::1.7E-10::+
5QSA00003_F_18	TCATGAACAAATCATTGAAGCGATTAAAGAAATGTCAGTATTAGAATTAAACGACTTAGTAAAAGCAATT	27.14	32	90	MSSA476	SAS0498	50S ribosomal protein L7/L12		SAR0545::70::98.57143::6.3E-11::+	SAS0498::70::100.0::2.5E-11::+	SAV0540::70::100.0::2.5E-11::+	MW0495::70::100.0::2.5E-11::+	SA0498::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL0586::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00003_F_19	TAAAAGCTAACGAAGAATCTAAAAAGTTATTCGATGAGTTCCGTGAAACTCAAATTAACTTCCAACAAAA	30.0	32	100	Mu50	SAV1845	putative transcriptional regulator		SAR1936::70::98.57143::6.7E-11::+	SAS1766::70::98.57143::6.7E-11::+	SAV1845::70::100.0::2.6E-11::+	MW1786::70::98.57143::6.7E-11::+	SA1663::70::100.0::2.6E-11::+		SACOL1902::70::98.57143::6.7E-11::+
5QSA00003_F_2	GAAACTAACTTAAATATCAAACGTTTAATGGAAATTTCATCATACCGTGGTATCCGTCACCGTCGTGGTT	37.14	30	90	MSSA476	SAS2117	30S ribosomal protein S13		SAR2311::70::100.0::2.5E-11::+	SAS2117::70::100.0::2.5E-11::+	SAV2226::70::100.0::2.5E-11::+	MW2145::70::100.0::2.5E-11::+	SA2025::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL2215::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00003_F_20	TCGAATGATGCAATCAGACGAAATATGGCTGTCTTCTCTATGAGTGTAGTAAGTAAGTTAACGGATTTAA	35.71	31	72	MSSA476	SAS1241	glutamine synthetase repressor		SAR1283::70::100.0::2.5E-11::+	SAS1241::70::100.0::2.5E-11::+	SAV1309::70::100.0::2.5E-11::+	MW1191::70::100.0::2.5E-11::+	SA1149::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL1328::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00003_F_21	GACTATGATTTATTTACTCAATCTGAAAAGGCGCCACCATATGAAAGGGAAAGACCAGTAGCCAAACTAT	38.57	30	73	MRSA252	SAR2065	hypothetical phage protein		SAR2065::70::100.0::2.6E-11::+,SAR2031::70::100.0::1.3E-10::-		SAV1967::70::100.0::2.6E-11::+		SA1778::70::100.0::2.6E-11::+		
5QSA00003_F_22	CACTCGTATCCTTAAACAAGGCCCTCGTCGCGGTGACGGTGCTGAATCAGTAATTATCGAATTAGTATAA	44.29	30	86	MSSA476	SAS2114	50S ribosomal protein L17		SAR2308::70::100.0::2.5E-11::+	SAS2114::70::100.0::2.5E-11::+	SAV2223::70::100.0::2.5E-11::+	MW2142::70::100.0::2.5E-11::+	SA2022::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL2212::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00003_F_23	ATTAATAATGATTTTATTAACAATATTCTGTTGCTTAGTTTTAAATAAATGGTTTGTATCTGCAGTAATT	20.0	33	110	MSSA476	SAS1324	putative membrane protein		SAR1396::69::98.55073::1.1E-10::+	SAS1324::70::100.0::2.6E-11::+	SAV1383::70::100.0::2.6E-11::+	MW1271::70::100.0::2.6E-11::+	SA1215::70::100.0::2.6E-11::+		SACOL1418::70::100.0::2.6E-11::+
5QSA00003_F_24	GTTCGTCGTAATGACGGTTCATACATCAAATTTGATGAAAATGCATGTGTTATCATCCGTGATGACAAAG	37.14	31	140	MSSA476	SAS2131	50S ribosomal protein L14		SAR2325::70::98.57143::6.3E-11::+	SAS2131::70::100.0::2.5E-11::+	SAV2240::70::100.0::2.5E-11::+	MW2159::70::100.0::2.5E-11::+	SA2037::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL2229::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00003_F_3	AAAGATGGTACAGTGTGGACAAGTTTATATAAAAAGAATGAGACAACAGATAAATATGTAAAAGTTGAAG	28.57	33	68	COL	SACOL1574	conserved hypothetical protein								SACOL1574::70::100.0::2.7E-11::+
5QSA00003_F_4	TTTTAAGGCTCTATCAGATGATACAAGAGTTAAAATTGCTTATGTTTTGTCTTTAGAGGGAGAGTTATGT	31.43	31	104	MRSA252	SAR0724	putative cadmium efflux system accessory protein	cadC	SAR0724::70::100.0::2.5E-11::+,SAR0686::70::100.0::1.3E-10::-,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::-						
5QSA00003_F_5	TTGTGATTATCATGAGCGAACTAGAAGTGATGTATTAATAGATGATGATATAAATACTGATGAATTCTTT	27.14	33	116	MRSA252	SAR0381	hypothetical protein		SAR0381::70::100.0::2.7E-11::+						SACOL0905::70::92.85714::2.9E-9::+
5QSA00003_F_6	ACTCAAAGTGCTTTTAATAAAGAAGGGAAAGAGACGCAATTAATGTATACTGCTACATTTGATGTTAAAC	31.43	31	87	Mu50	SAV0371	hypothetical protein		SAR0389::70::98.57143::6.3E-11::+	SAS0348::70::98.57143::5.8E-11::+	SAV0371::70::100.0::2.5E-11::+	MW0346::70::98.57143::5.8E-11::+	SA0358::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL0443::70::97.14286::1.6E-10::+
5QSA00003_F_7	AAAAAGTTATTTTAGAGGGAAATTATAGAGAGAGTAACAGGGCACCTTCCATAGTTGATTTTCTTTATGA	31.43	31	86	MRSA252	SAR0686	putative transposase (pseudogene)		SAR0704::70::100.0::2.7E-11::+,SAR0686::70::100.0::1.3E-10::+,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::+						
5QSA00003_F_8	ATTAAAGGCACATGCAGTTGAATTAGTAGAAGAAAATGTAGCGCTTCAACTTGAAAATGATAATTTGAAA	30.0	31	92	Mu50	SAV0486	hypothetical protein		SAR0487::70::98.57143::6.7E-11::+	SAS0443::70::98.57143::6.7E-11::+	SAV0486::70::100.0::2.5E-11::+	MW0441::70::98.57143::6.7E-11::+	SA0444::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL0528::70::98.57143::6.7E-11::+
5QSA00003_F_9	CATGTATTCTTAGTTATAGAAGATGAAAACCATAATCACAGTGATGCTGTTTTTGGAAAAAGTATATTAC	28.57	31	111	MRSA252	SAR2102	hypothetical phage protein		SAR2102::70::100.0::2.7E-11::+						
5QSA00003_G_1	AAAGTAGTCAATCTTATTATGACAAAAGAAAGAAGAACATTTAGTTCAGAGTTTAAGTTACAAATGGTTA	25.71	32	77	Mu50	SAV0418	probable transposase		SAR0416::70::90.0::1.8E-8::+		SAV0418::70::100.0::3.1E-11::+		SA0379::70::100.0::3.1E-11::+		
5QSA00003_G_10	AAGAAAAAATCAATGATGTAGCTATCAAACATGGTTGGTTTGTTGAAGATAAATTTGTCAAAAATGAATT	25.71	34	98	Mu50	SAV0789	hypothetical protein				SAV0789::70::100.0::2.9E-11::+				SACOL0895::70::91.42857::7.8E-9::+
5QSA00003_G_11	GTAATTTCTACAGACAATGCAAGTTGGCGGGGCCCCAACATAGAGAATTTCGAAAAGAAATTCTACAAGC	41.43	32	120	COL	SACOL0412	conserved hypothetical protein				SAV1165::65::95.38461::1.5E-8::-		SAS036::65::95.38461::1.5E-8::-		SACOL0412::70::100.0::3.1E-11::+,SACOL0412::68::95.588234::1.4E-9::+
5QSA00003_G_12	ATTAACAGGGGTTTAATATATGGATTACACAAATCAAAAAAGAAAATACATAATATTTGGTATGTTCTTG	24.29	32	96	Mu50	SAVP021	truncated hypothetical protein				SAVP021::70::100.0::2.9E-11::+				
5QSA00003_G_13	CTACATTTTATGAGGAAGACAAACATTTAATCTTTGGTTATACACCAACGTGTGGTACTTGTAAGGTTTC	34.29	29	107	MSSA476	SAS0777	putative thioredoxin		SAR0868::70::92.85714::3.3E-9::+	SAS0777::70::100.0::3.1E-11::+	SAV0836::70::100.0::3.1E-11::+	MW0789::70::100.0::3.1E-11::+	SAS023::70::100.0::3.1E-11::+		SACOL0881::70::100.0::3.1E-11::+
5QSA00003_G_14	CAGATGATATTGAAATGCTACAAGACTTAGTGTTAGCAGCTACTAATGAAGCGATGAATAAAGCTGATGA	35.71	32	104	MSSA476	SAS0436	conserved hypothetical protein		SAR0478::70::100.0::2.9E-11::+	SAS0436::70::100.0::2.9E-11::+	SAV0479::70::98.57143::7.3E-11::+	MW0434::70::100.0::2.9E-11::+	SA0437::70::98.57143::7.3E-11::+		SACOL0521::70::98.57143::7.3E-11::+
5QSA00003_G_15	AATAGAACTTACTGATGCAGCAGTAACTTGGTTTAAAAATGAACTTGAGTTGCCTGAAAATAATAAAGTG	31.43	32	89	MSSA476	SAS1292	conserved hypothetical protein		SAR1364::70::98.57143::7.8E-11::+	SAS1292::70::100.0::3.1E-11::+	SAV1352::70::100.0::3.1E-11::+	MW1239::70::100.0::3.1E-11::+	SA1186::70::100.0::3.1E-11::+		SACOL1387::70::100.0::3.1E-11::+
5QSA00003_G_16	TAGATATGACAGAGAGCTTTAATGAAACTATGGAAAAGTTTAATACAAGAGATAAAAATCGATTCGAAAG	28.57	31	79	MSSA476	SAS1402	conserved hypothetical protein		SAR1470::70::97.14286::1.9E-10::+	SAS1402::70::100.0::2.9E-11::+	SAV1459::70::98.57143::7.3E-11::+	MW1349::70::100.0::2.9E-11::+	SA1292::70::98.57143::7.3E-11::+		SACOL1499::70::98.57143::7.3E-11::+
5QSA00003_G_17	TTTTGAAGAAGATATTGCTAAAGATTATTTGTACGTATTAGAGGAAAATGACAAAATTTATGGCTTTATT	24.29	31	89	MSSA476	SAS1361	putative acetyltransferase		SAR1431::70::100.0::1.8E-11::+	SAS1361::70::100.0::1.8E-11::+	SAV1419::70::100.0::1.8E-11::+	MW1308::70::100.0::1.8E-11::+	SA1252::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL1454::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00003_G_18	TTATGAATTACAAAACGAAGAAGATAACGAGGAGTGCGAAGAGGAGTACGAAGAATACAAGGAGGACTAA	38.57	33	43	COL	SACOL0335	hypothetical protein								SACOL0335::70::100.0::2.9E-11::+
5QSA00003_G_19	ATTTCAAGATAATGCATTAGTATCGCCGTATCCTGGTGCTAAAGAAATGATATTAATTCCAGACTTTGCC	35.71	30	82	MRSA252	SAR0101	hypothetical protein		SAR0101::70::100.0::3.1E-11::+						
5QSA00003_G_2	CTAAATTAATTACAGATAAATGTAAGAGTTACAAAGTTCCATTCAGAAAGTTTGGAAATCGAAATGAATT	25.71	31	123	MSSA476	SAS1202	putative ribosomal protein		SAR1244::70::100.0::2.9E-11::+	SAS1202::70::100.0::2.9E-11::+	SAV1268::70::100.0::2.9E-11::+	MW1151::70::100.0::2.9E-11::+	SA1111::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL1287::70::100.0::2.9E-11::+
5QSA00003_G_20	TAAACTATTACAGTCATTATCAGCCCTCGGTGTTTCTGCTACACTAGTAACACCAAATTTAAATGCAGAT	35.71	30	86	MSSA476	SAS0997	putative exported protein		SAR1035::70::100.0::2.9E-11::+	SAS0997::70::100.0::2.9E-11::+	SAV1062::70::100.0::2.9E-11::+	MW0945::70::100.0::2.9E-11::+	SA0914::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL1071::70::100.0::2.9E-11::+
5QSA00003_G_21	TCAGTTTTAAATATACTAAATTCATTTGAGACAATATCAATTTCAGGAAGTGAATCAGCACACGATGTTG	30.0	31	93	MRSA252	SAR2114	hypothetical protein		SAR2114::70::100.0::3.1E-11::+						
5QSA00003_G_22	ATCAAAAAAGGTGACAACGTTAAAGTTATCGCAGGTAAAGACAAAGGTAAAGAAGGTAAAGTAATTGCTA	32.86	34	56	MSSA476	SAS2130	50S ribosomal protein L24		SAR2324::70::98.57143::7.3E-11::+	SAS2130::70::100.0::2.9E-11::+	SAV2239::70::100.0::2.9E-11::+	MW2158::70::100.0::2.9E-11::+	SA2036::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL2228::70::100.0::2.9E-11::+
5QSA00003_G_23	GATTTTAAACTGTTGAAAAGAAGAATTTTAGGAATTGGATTCGTTTTACCGGAGGGACAAGTATTTACTT	31.43	31	89	MSSA476	SAS0035	hypothetical protein			SAS0035::70::100.0::3.1E-11::+					
5QSA00003_G_24	GTATTAGCTGGTGTGGCTGTTGGGGCAGCACTTGTTTGGTTGGTTCCATGGGTATACAACCTTTTCCAAT	47.14	31	74	pLW043	VRA0009	TraB	traB						VRA0009::70::100.0::2.9E-11::+	
5QSA00003_G_3	AACGAAAAAAATCTATAGTCATAGAAAAATTTATGTAGAGCCTGTTTTTGGATTTATGAAGGTTATTTTG	25.71	31	125	Mu50	SAV1390	truncated transposase		SAR2471::70::95.71428::1.5E-9::+,SAR2251::70::95.71428::1.5E-9::+,SAR2029::70::95.71428::1.5E-9::+,SAR0963::70::95.71428::1.5E-9::+,SAR1138::70::95.71428::1.5E-9::+,SAR0932::70::95.71428::1.5E-9::+,SAR1375::70::95.71428::1.5E-9::+,SAR0698::70::95.71428::1.5E-9::+,SAR2236::70::95.71428::1.5E-9::+,SAR0686::70::95.71428::2.2E-9::+,SAR0686::70::95.71428::2.2E-9::+,SAR0686::70::94.28571::5.7E-9::-,SAR0685::70::95.71428::2.2E-9::+,SAR0685::70::95.71428::2.2E-9::+,SAR0685::70::94.28571::5.7E-9::-,SAR0722::70::94.28571::3.9E-9::+	SAS1331::70::98.591545::8.8E-11::+,SAS1348::70::94.28571::1.5E-9::+	SAV1390::70::100.0::3.1E-11::+,SAV1787::70::94.28571::1.7E-9::+		SA1222::70::100.0::3.1E-11::+,SA1605::70::94.28571::3.7E-9::+		SACOL1425::70::98.57143::7.8E-11::+,SACOL1834::70::95.71428::1.5E-9::+,SACOL2172::70::95.71428::1.5E-9::+,SACOL1744::70::92.85714::1.0E-8::+
5QSA00003_G_4	CTCATATGAATATCCAGAATAACGACTTTAAACAAGTCAATATCAAAAAGTTATTGGAGGCAAGGCAATG	32.86	30	105	Mu50	SAV2025	hypothetical protein				SAV2025::70::100.0::2.9E-11::+		SA1832::70::100.0::2.9E-11::+		
5QSA00003_G_5	AAAAGTTAATGATTATTAATAGAGGACCAATTGTAGAAATTGAAAATCAAAAGTATATGTTTGACTATTC	22.86	34	108	MSSA476	SAS2471	conserved hypothetical protein		SAR2665::70::100.0::3.1E-11::+	SAS2471::70::100.0::3.1E-11::+	SAV2585::70::100.0::3.1E-11::+	MW2505::70::100.0::3.1E-11::+	SA2371::70::100.0::3.1E-11::+		SACOL2601::70::100.0::3.1E-11::+
5QSA00003_G_6	ACTACTCTTAGTCGGCAATGTCGAAGTGACAGGATTTAAAATGCTTAAAAAAGATCTAAAAGGTGTAAAC	34.29	31	82	Mu50	SAV2260	hypothetical protein		SAR2344::70::94.28571::1.2E-9::+	SAS2150::70::97.14286::1.9E-10::+	SAV2260::70::100.0::2.9E-11::+	MW2178::70::97.14286::1.9E-10::+	SA2055::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL2251::70::95.71428::4.7E-10::+
5QSA00003_G_7	AATAGAATTTTAGGTATTTCAATTAATTTACCAGAAGGACAAACATTTACTTTCCATGACTTGAACCGTC	30.0	33	100	COL	SACOL0044	conserved hypothetical protein								SACOL0044::70::100.0::3.1E-11::+
5QSA00003_G_8	ATATGTATGAACAGTAAAAATGAACCTACACATATTCAAACACTATCGATTGGATCTATTAACCAAACGG	31.43	30	82	MRSA252	SAR0055	DNA repair protein RadC (fragment)		SAR0055::70::100.0::2.9E-11::+		SAV0057::70::100.0::2.9E-11::+		SA0053::70::100.0::2.9E-11::+		
5QSA00003_G_9	TTCTAAAGAAATGATATTAATTCTAGACTTTACCGAAGCAACAAATCTCACTGATTTATTTAAGACCATA	27.14	30	118	MSSA476	SAS0061	hypothetical protein			SAS0061::70::100.0::3.1E-11::+		MW0061::70::100.0::3.1E-11::+			SACOL0069::70::100.0::3.1E-11::+
5QSA00003_H_1	CCGCTATACGCACTAAAAATTTGGATCAAATGACTAAAGCGAAACATAGATTAGAAAGTATTTACGATTC	32.86	30	90	MSSA476	SAS0205	hypothetical protein		SAR0221::70::98.57143::6.7E-11::+	SAS0205::70::100.0::2.6E-11::+	SAV0229::70::97.14286::1.7E-10::+	MW0205::70::100.0::2.6E-11::+	SA0221::70::97.14286::1.7E-10::+		SACOL0208::70::97.14286::1.7E-10::+
5QSA00003_H_10	GCATAGTCCAGAGGTGAACCTAGGAACACCATCTTTAATGTTTAAAGAGAAAAACTTTGATGCATTATAC	35.71	29	92	Mu50	SAV1509	hypothetical protein		SAR1586::70::95.71428::4.1E-10::+	SAS1449::70::94.28571::1.0E-9::+	SAV1509::70::100.0::2.4E-11::+	MW1463::70::94.28571::1.0E-9::+	SA1340::70::100.0::2.4E-11::+		SACOL1553::70::95.71428::4.1E-10::+
5QSA00003_H_11	TTTGAAGTAAAAGAAAAGACGTACAACTTACCGAATGAACACCGCCAAGTACTCAATGTGATAAGAAATA	34.29	31	65	MRSA252	SAR0378	hypothetical protein		SAR0378::70::100.0::2.6E-11::+						
5QSA00003_H_12	ACCAATTAGTAGACATTATTAAAAAACATAATGTGGGTACAGTCGTAATAGGACTACCTAAAAACATGAA	30.0	32	92	MSSA476	SAS1552	conserved hypothetical protein		SAR1695::70::100.0::2.1E-11::+	SAS1552::70::100.0::2.1E-11::+	SAV1616::70::100.0::2.4E-11::+	MW1566::70::100.0::2.1E-11::+	SA1444::70::100.0::2.4E-11::+		SACOL1671::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00003_H_13	TATCATGAGTATGGGCACTTACGGCTCTAATAAATCAGAACCGCTGATTACAGGTGGAAATCAATTGTTT	38.57	28	90	MRSA252	SAR0632	putative membrane protein		SAR0632::70::100.0::2.6E-11::+						
5QSA00003_H_14	TTGTTTAATGTACCTCAGAAACATTCACGTGATCCGTACTGGTTTGATAATACTTATAACCAAATGTTCA	32.86	31	113	N315	SA1788	hypothetical protein				SAV0873::70::92.85714::2.6E-9::+		SA1788::70::100.0::2.4E-11::+		
5QSA00003_H_15	ACTATTAAAACAATACAAAAATGTAGAATTCAATGACAAAATATTAATCAATTGGCGCATTATGCAAGAG	25.71	32	75	MRSA252	SAR1882	hypothetical protein		SAR1882::70::100.0::2.6E-11::+	SAS1722::70::94.28571::1.1E-9::+	SAV1802::70::94.28571::1.1E-9::+	MW1740::70::94.28571::1.1E-9::+	SA1620::70::94.28571::1.1E-9::+		SACOL1849::70::95.71428::4.4E-10::+
5QSA00003_H_16	AGTTAAATGAAGAAGAAATTAAAAACCATGCTCCTAAAGTAGCAGTAATGAATGAAGACAATGTCATTAT	28.57	31	77	Mu50	SAV2597	aspartate 1-decarboxylase precursor	panD	SAR2675::70::97.14286::1.5E-10::+	SAS2482::70::95.71428::3.9E-10::+	SAV2597::70::100.0::2.4E-11::+	MW2516::70::95.71428::3.9E-10::+	SA2390::70::100.0::2.4E-11::+		SACOL2613::70::95.71428::3.9E-10::+
5QSA00003_H_17	TATATTAATGAAATTAAAATTAAAGATGACATACTTTATTGTTATACAGAAGATTCTATTAAAGGATTAT	17.14	33	126	MSSA476	SAS0874	conserved hypothetical protein		SAR0972::70::100.0::2.6E-11::+	SAS0874::70::100.0::2.6E-11::+	SAV1005::70::100.0::2.6E-11::+	MW0886::70::100.0::2.6E-11::+	SA0863::70::100.0::2.6E-11::+		SACOL1009::70::100.0::2.6E-11::+
5QSA00003_H_18	GAAAGAAATCAGGCATTAAGAAATGAAGCTATTAAAATTCATGGAACTACATGTAAAGTATGTGGATTTG	30.0	32	89	MW2	MW0046	hypothetical protein					MW0046::70::100.0::2.4E-11::+			
5QSA00003_H_19	ATAAATCTAAGAAATTACTTAACATTTTAGAAAAAATTTGTGATGAGAAGAAATTGAAAATCATATTATC	18.57	34	120	N315	SAP006	CadX	cadX					SAP006::70::100.0::2.6E-11::+		
5QSA00003_H_2	AAAAGCAAGAATTGTAACAATAAACGATAAACCTTATAGGTTCAGTAAATTTGAAATGGAATTAATAGAA	24.29	31	84	MRSA252	SAR2077	hypothetical phage protein		SAR2077::70::100.0::2.5E-11::+,SAR2031::70::100.0::1.3E-10::-	SAS1900::70::97.14286::2.3E-10::+,SAS1862::70::97.14286::8.8E-10::-	SAV0873::70::92.85714::2.6E-9::+,SAV1979::70::90.0::1.7E-8::+	MW1917::70::97.14286::1.9E-10::+	SA1788::70::97.14286::1.6E-10::+		
5QSA00003_H_20	GTACAGCTATTTATAACCATTATAAAGCTGGGCATGGTTATAAAGGTGCACAAGCTGCTTCTAAATTTTT	34.29	33	138	MRSA252	SAR0093	putative membrane protein		SAR0093::70::100.0::2.4E-11::+						
5QSA00003_H_21	AAACGCCAAAGAATATGTAGTACGAGCTAAATTGAAAGCTAGAGAAGTAATGAATAAGGGTTATTGGACT	34.29	30	72	Mu50	SAV0896	hypothetical protein				SAV0896::70::100.0::2.6E-11::+				
5QSA00003_H_22	ATGTCTATAAAGATGGTAAAGTCATTGTTATTGGTATTCAATTATATAAAGATCGTGAAAAAATGTATTA	22.86	32	88	Mu50	SAV0303	hypothetical protein		SAR0299::70::97.14286::1.8E-10::+	SAS0280::70::98.57143::6.2E-11::+	SAV0303::70::100.0::2.4E-11::+	MW0280::70::98.57143::6.2E-11::+	SA0291::70::100.0::2.4E-11::+		SACOL0299::70::98.57143::6.2E-11::+
5QSA00003_H_23	ATTAGTATTACTAAAACATATTACAATCCAAATAATAACAAGAAGAAATTTCAGATACTTCCCCCTAAAA	24.29	33	77	MSSA476	SAS1934	putative integrase (fragment)			SAS1934::70::100.0::1.7E-11::+		MW1951::70::100.0::2.6E-11::+			SACOL2015::70::98.57143::4.9E-11::+
5QSA00003_H_24	TTATTAGAGACATTTGAGATGTCAATAGATCACCAGGAAGATGGTTTAGTTGTTATTTCTATGCCTGTCA	34.29	31	85	Mu50	SAV0944	hypothetical protein		SAR0906::70::98.57143::6.2E-11::+	SAS0814::70::98.57143::6.2E-11::+	SAV0944::70::100.0::2.4E-11::+	MW0826::70::98.57143::6.2E-11::+	SA0805::70::100.0::2.4E-11::+		SACOL0947::70::98.57143::6.2E-11::+
5QSA00003_H_3	TTGATGGTAAAGGTCTAAAGCTACCAATCGTAAAGAATAAAAATATAAAAATAGATCATTGGCTACCAGT	30.0	31	76	MW2	MW0752	hypothetical protein					MW0752::70::100.0::2.6E-11::+			
5QSA00003_H_4	ATTACTCTCTTGTAGAAGAAAGTGATATAAAATATAAAACATCTAAAAACTTTATCAATAAAGTATACAA	20.0	33	103	MRSA252	SAR0041	methicillin resistance regulatory protein MecI	mecI	SAR0041::70::100.0::2.6E-11::+		SAV0043::70::100.0::2.4E-11::+		SA0040::70::100.0::2.4E-11::+		
5QSA00003_H_5	AAGTAATTTTGACGACTGTATCTAAAATTAATATTGATGCTTCTAAAGTAATTTTGACGACTGTATCTAA	25.71	32	114	MW2	MW1492	hypothetical protein					MW1492::70::100.0::2.6E-11::+			
5QSA00003_H_6	GCTCAAACTACGGCAATTCAAATCCTGAATTGAAAAAAAGAGTTCAAGAGACTATTAAACAAGAAGGAAA	32.86	31	75	MRSA252	SAR0072	potassium-transporting ATPase C chain (pseudogene)		SAR0072::70::100.0::1.6E-11::+		SAV0074::70::100.0::1.7E-11::+		SA0071::70::100.0::2.4E-11::+		
5QSA00003_H_7	CAAGACCTCAGGACAATAAAAGTTTTTCTTCGAATAATACAACAACAAATACATCTTCAAATAATGTAGA	28.57	32	71	MSSA476	SAS1388	conserved hypothetical protein		SAR1457::70::98.57143::6.7E-11::+	SAS1388::70::100.0::2.6E-11::+	SAV1446::70::100.0::2.6E-11::+	MW1335::70::100.0::2.6E-11::+	SA1279::70::100.0::2.6E-11::+		SACOL1484::70::100.0::2.6E-11::+
5QSA00003_H_8	CATTACTTTGTTTCTACATGGATAATCCCCTTATTATTAATAAATATTCTATATTTTATTATGACGATTG	22.86	32	88	Mu50	SAV0985	hypothetical protein		SAR0948::70::97.14286::1.6E-10::+	SAS0855::70::97.14286::1.6E-10::+	SAV0985::70::100.0::2.4E-11::+	MW0867::70::97.14286::1.6E-10::+	SA0844::70::100.0::2.4E-11::+		SACOL0989::70::98.57143::6.2E-11::+
5QSA00003_H_9	GCATTATTTCAATCGAAAACGCAGAGCATACGCTTTTTACACCTTATATGTTGGAAACGCTCTCTTCCCT	40.0	29	91	COL	SACOL1849	hypothetical protein		SAR1882::70::90.0::1.8E-8::+	SAS1722::70::91.42857::7.3E-9::+		MW1740::70::91.42857::7.3E-9::+			SACOL1849::70::100.0::2.6E-11::+
5QSA00003_I_1	AACTACAATCAATTGATGCTTCTAAAGTAATTTTGACGACTGTATCTAAAATTAATAAAGAAGAACTTAA	24.29	33	118	Mu50	SAV1540	hypothetical protein		SAR1617::70::98.57143::7.7E-11::+	SAS1478::70::98.57143::7.7E-11::+	SAV1540::70::100.0::3.0E-11::+	MW1492::70::93.05556::3.5E-9::+	SA1370::70::100.0::3.0E-11::+		
5QSA00003_I_10	TTAAGTATAAAACTTAAATCAGCAATGGCAAATGATCAAGGGATAACTAAACATGACATAGGACTTGCTG	32.86	30	88	COL	SACOL2002	map protein, programmed frameshift	map		SAS1861::70::97.14286::6.4E-10::+	SAV1937::70::100.0::2.8E-11::+	MW1879::70::97.14286::2.0E-10::+	SA1750::70::100.0::8.9E-11::+		SACOL2002::70::100.0::9.7E-11::+
5QSA00003_I_11	ATCATACCTTAAATAAAGACGATGTTATTAAAGAAGGATTTTCATATCATGAGAGACGCATTCACAATGA	30.0	30	94	MW2	MW0750	hypothetical protein					MW0750::70::100.0::3.0E-11::+			
5QSA00003_I_12	AATTTTCAAGGCATTAGGCGATTACAATCGAATACGTATCATGGAATTGTTATCAGTCAGTGAAGCAAGT	35.71	30	121	MSSA476	SAS2048	zinc and cobalt transport repressor protein		SAR2233::70::98.57143::7.2E-11::+	SAS2048::70::100.0::2.8E-11::+	SAV2145::70::100.0::2.8E-11::+	MW2069::70::100.0::2.8E-11::+	SA1947::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL2137::70::98.57143::7.2E-11::+
5QSA00003_I_13	AGATATTACTTTGCCAGAATTAGGTAGAGAATTAGAAAATATTACAGGACATACGATTGCTGATTCTACT	31.43	31	83	MSSA476	SAS0643	hypothetical protein		SAR0731::70::97.14286::2.0E-10::+	SAS0643::70::100.0::3.0E-11::+	SAV0678::70::100.0::3.0E-11::+	MW0640::70::100.0::3.0E-11::+	SA0633::70::100.0::3.0E-11::+		SACOL0738::70::100.0::3.0E-11::+
5QSA00003_I_14	AATCAGAGTAGTCTGGGTGTAGTGACATACATTACAAATAAATTAAAGTCGACGTTGAAGCAACACATAA	34.29	31	75	COL	SACOL2588	hypothetical protein				SAV2572::70::100.0::2.8E-11::+		SA2359::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL2588::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00003_I_15	CGAGTATGATTTAACACCTTCGCCGTTAGGAAAATGGATAAAGCAATATCAAAACACGGGTACATTCAAT	37.14	29	75	MRSA252	SAR0081	transposase		SAR0081::70::100.0::3.0E-11::+						
5QSA00003_I_16	AAAAATCAAGAAATTGTAAGTGATTTAGAAAAAGGTTTGTATCGAAAACGTATGTTAAGTTATGGTGGAT	27.14	32	90	MRSA252	SAR0686	putative transposase (pseudogene)		SAR0686::70::100.0::1.3E-10::+,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::+				SAP002::70::100.0::2.8E-11::+		
5QSA00003_I_17	CATTAAAATTTCAAACATTAAATGAAATCATTGAAACAATTAATAATTCTTCGCAAAGTTTAGAAGGTAC	22.86	34	111	MRSA252	SAR1896	hypothetical protein		SAR1896::70::100.0::3.0E-11::+						
5QSA00003_I_18	AAGGAATTGTGCATTACCCTGATGAGAATTTTAATCGCTGGAGATTTAACGCAAGAAAGATGAATAAATT	32.86	31	83	MSSA476	SAS1911	hypothetical phage protein		SAR2092::70::98.57143::7.2E-11::+	SAS1911::70::100.0::2.8E-11::+	SAV1991::70::100.0::2.8E-11::+	MW1928::70::100.0::2.8E-11::+			
5QSA00003_I_19	AACTAGCGCCTAACTTAAAAACTAGAGATTTAGTGTTATTAAGATATATGTATTCATATAAAGAAATTAA	22.86	32	100	COL	SACOL0849	hypothetical protein				SAV0807::70::100.0::3.0E-11::+		SA0738::70::100.0::3.0E-11::+		SACOL0849::70::100.0::2.8E-11::+
5QSA00003_I_2	TAATTCTATTAAGACTATGACAATTGTAACTAATAAAGGACGTATTAAATTTATAAGTAAGACAGAACAT	22.86	33	103	MRSA252	SAR1314	hypothetical protein		SAR1314::70::100.0::2.9E-11::+						
5QSA00003_I_20	AGGCAGAGTCTAATGACATTCATTATAAGTAAATTGAAGTCGACGTTGAAGCAACGCATAATAAATGCTC	35.71	31	130	MSSA476	SAS2459	hypothetical protein		SAR2653::70::91.42857::5.0E-9::+	SAS2459::70::100.0::1.8E-11::+		MW2493::70::100.0::2.8E-11::+			
5QSA00003_I_21	GATTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTC	20.0	32	105	Mu50	SAV1782	hypothetical protein		SAR1865::67::98.50746::3.6E-10::+	SAS1705::70::98.57143::7.7E-11::+	SAV1782::70::100.0::3.0E-11::+	MW1722::70::98.57143::7.7E-11::+	SA1600::70::100.0::3.0E-11::+		
5QSA00003_I_22	ATAAAGCTAAGTTCAATTGACCAATTTGAACAGGTTATTGAGGAAAATAAATATGTTTTTGTATTAAAAC	24.29	32	107	MSSA476	SAS0706	conserved hypothetical protein		SAR0795::70::100.0::2.8E-11::+	SAS0706::70::100.0::2.8E-11::+	SAV0741::70::100.0::2.8E-11::+	MW0703::70::100.0::2.8E-11::+	SA0696::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL0804::70::100.0::2.8E-11::+
5QSA00003_I_23	AATTAAAGGTATTCCGCAAGAATTAGCTTTGAAAAATGCCAAAGAAACAGAAGATGGACAATTTAAAGTG	31.43	31	92	MSSA476	SAS1824	glutamyl-tRNA amidotransferase subunit C		SAR1993::70::100.0::3.0E-11::+	SAS1824::70::100.0::3.0E-11::+	SAV1901::70::100.0::3.0E-11::+	MW1842::70::100.0::3.0E-11::+	SA1717::70::100.0::3.0E-11::+		SACOL1962::70::98.57143::7.7E-11::+
5QSA00003_I_24	GTCAAGAACAAGGCGAACAAATCACTGTTAAAACGCCTAATAAAGTGGAATTAGACTATTTACAAGAATG	34.29	30	79	COL	SACOL1585	conserved hypothetical protein		SAR1299::70::97.14286::1.8E-10::+						SACOL1585::70::100.0::2.8E-11::+
5QSA00003_I_3	TAAAGACGAACGTATACGATTCTATAAGTCTAAAGAATGGCAAACAACAAGAAAAAGAGTACTAGAAAGA	31.43	31	83	N315	SA1779	hypothetical protein		SAR2066::70::97.14286::2.0E-10::+,SAR2031::70::97.14286::8.8E-10::-		SAV1968::70::97.14286::2.0E-10::+		SA1779::70::100.0::3.0E-11::+		
5QSA00003_I_4	GCAAGCAATCAAAAGTAATGAATCATTTAAATCTATAATTAATAGCGATACACCTGTAATTGTTAAATTT	24.29	31	105	Mu50	SAV0831	similar to thioredoxin		SAR0862::70::97.14286::1.8E-10::+	SAS0771::70::97.14286::1.8E-10::+	SAV0831::70::100.0::2.8E-11::+	MW0784::70::97.14286::1.8E-10::+	SA0758::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL0875::70::97.14286::1.8E-10::+
5QSA00003_I_5	TTTAAATAAAGAGCAAAGACGCATCACAGCTGAAGAGTTGCAAGCACATTTTGAAGAATCTACCTTATCG	37.14	31	92	Mu50	SAV2577	hypothetical protein		SAR2657::70::95.71428::5.0E-10::+	SAS2463::70::94.366196::2.7E-9::+	SAV2577::70::100.0::3.0E-11::+	MW2497::70::94.366196::2.7E-9::+	SA2363::70::100.0::3.0E-11::+		SACOL2592::70::97.14286::2.0E-10::+
5QSA00003_I_6	TTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATCGTATCCATTACTATTGCTTTTACAATCATACATCATCCTA	25.71	35	146	Mu50	SAV1034	hypothetical protein		SAR1003::70::97.14286::1.8E-10::+	SAS0967::70::98.57143::7.2E-11::+	SAV1034::70::100.0::2.8E-11::+	MW0915::70::98.57143::7.2E-11::+	SA0887::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL1039::70::97.14286::1.8E-10::+
5QSA00003_I_7	TCTAGGATTAATAGGGACGATTCTAAGTACATTTGTTATAGCCTTGTTAAAAACTATTTTTGGCATTTAA	28.57	29	80	MSSA476	SAS0952	hypothetical phage protein		SAR1499::70::100.0::3.0E-11::+	SAS0952::70::100.0::3.0E-11::+	SAV0908::70::100.0::3.0E-11::+	MW1382::70::100.0::3.0E-11::+			SACOL0387::70::100.0::3.0E-11::+
5QSA00003_I_8	AAACAATGCTTGTGTCTTTACAAACTATTGAAGAAGAATATAATGAGAATATTAGATTAAATTATAAGTG	22.86	34	82	MSSA476	SAS1582	conserved hypothetical protein		SAR1726::70::100.0::2.8E-11::+	SAS1582::70::100.0::2.8E-11::+	SAV1646::70::100.0::2.8E-11::+	MW1596::70::100.0::4.5E-11::+	SA1472::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL1701::70::100.0::2.8E-11::+
5QSA00003_I_9	TGTGGTGCATCACGATGGTGAAAATAGACTTACAATTCTTCGCATCTAAAAAAGGGGTAAGTTCTACAAA	37.14	30	76	Obsolete	Obsolete	Obsolete				SAV1645::70::90.0::2.1E-8::+				
5QSA00003_J_1	GGGGATATTGTTCAAGATTGTTATTCGAGAGAAGTAAGTTTTATCGAGTTTAAAGAAGGAGCCTTTTATA	32.86	31	82	MSSA476	SAS0916	hypothetical phage protein			SAS0916::70::100.0::2.6E-11::+					SACOL0354::70::100.0::2.6E-11::+
5QSA00003_J_10	TTACAATACAGATCTACCAGCAATACCTCATACCAAATTGAGAGATGCCCTTGCTCACGAAATAAATAAA	35.71	32	74	MRSA252	SAR0086	hypothetical protein		SAR0086::70::100.0::2.4E-11::+						
5QSA00003_J_11	AACGACCACTCAAGAACTCAAACAATATATAACTCGTCTATTCCAACTATCTAACAATGAAACATGGGAA	34.29	34	64	MRSA252	SAR0058	hypothetical protein		SAR0058::70::100.0::2.6E-11::+	SAS0031::70::98.57143::6.8E-11::+	SAV0060::70::98.57143::6.6E-11::+		SA0056::70::100.0::2.6E-11::+		SACOL0040::70::98.57143::6.6E-11::+
5QSA00003_J_12	TCTAAATTTTCGATTGAAGGTAAAGTTATTAATTTTAATTCAATAGCAAAGGAAGCTAATGTTTCTAAAT	22.86	34	125	MRSA252	SAR0052	transposase C 1	tnpC1	SAR1737::70::100.0::2.4E-11::+,SAR0052::70::100.0::2.4E-11::+,SAR0725::70::98.57143::6.1E-11::+,SAR1733::70::100.0::1.3E-10::+,SAR0686::70::98.57143::3.4E-10::-,SAR0685::70::98.57143::3.4E-10::-		SAV0054::70::100.0::2.4E-11::+,SAV1657::70::100.0::2.4E-11::+		SA0050::70::100.0::2.4E-11::+,SA0764::70::100.0::2.4E-11::+,SA1482::70::100.0::2.4E-11::+,SA1953::70::100.0::2.4E-11::+,SA2386::70::100.0::2.4E-11::+		
5QSA00003_J_13	GAATCAATGCTCCATTATACACGCACAGAGAAGATTAAACAGATGTATAAAGAAATAGATGTAAATGAGA	31.43	31	88	Mu50	SAV0176	hypothetical protein		SAR0177::70::98.57143::6.4E-11::+	SAS0151::70::98.57143::6.4E-11::+	SAV0176::70::100.0::2.6E-11::+	MW0150::70::98.57143::6.4E-11::+	SA0170::70::100.0::2.6E-11::+		SACOL0161::70::98.57143::6.4E-11::+
5QSA00003_J_14	CCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTCTTTACATCAATAATCAGCTTAATAGCTCTAATCATATTGTAATA	31.43	30	86	MRSA252	SAR0064	putative transposase (pseudogene)		SAR0064::70::100.0::3.8E-11::+		SAV0066::70::100.0::2.4E-11::+		SA0062::70::100.0::2.4E-11::+		
5QSA00003_J_15	AATCACAAATTAATCGAAGCAGTAACTAAATCACAATTGCGTACAGACTTACCAAGTTTCCGTCCTGGTG	38.57	29	93	Mu50	SAV1241	50S ribosomal protein L19	rplS	SAR1217::70::98.57143::6.6E-11::+	SAS1175::70::97.14286::1.7E-10::+	SAV1241::70::100.0::2.6E-11::+	MW1124::70::97.14286::1.7E-10::+	SA1084::70::100.0::2.6E-11::+		SACOL1257::70::98.57143::6.6E-11::+
5QSA00003_J_16	AATGTTAGATAAAATGGTCGGTATTCAAATAGGTCAAACAACCGTAATTTTAATAGAAAACAAGCATTTT	27.14	30	115	Mu50	SAV2575	hypothetical protein		SAR2655::70::97.14286::1.6E-10::+	SAS2461::70::98.57143::6.1E-11::+	SAV2575::70::100.0::2.4E-11::+	MW2495::70::98.57143::6.1E-11::+	SA2361::70::100.0::2.4E-11::+		SACOL2590::70::98.57143::6.1E-11::+
5QSA00003_J_17	AGCTTAAAAGTGTCCAATATGATTTACAAAATATATTAGATGGCGTAACAAAAGAGGGTACTTATGGTTA	30.0	30	107	Mu50	SAV1448	hypothetical protein		SAR1459::70::97.14286::1.7E-10::+	SAS1390::70::97.14286::1.7E-10::+	SAV1448::70::100.0::2.6E-11::+	MW1337::70::97.14286::1.7E-10::+	SA1281::70::100.0::2.6E-11::+		SACOL1486::70::97.14286::1.7E-10::+
5QSA00003_J_18	AGTGAAATCAAAAACAAATACAAGAGGTATTCAAAGAGAAAATAAAAATTATGAAAATATAGATATTGAT	20.0	34	82	MRSA252	SAR0686	putative transposase (pseudogene)		SAR0699::70::100.0::7.1E-11::+,SAR0686::70::100.0::1.3E-10::+,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::+				SAP023::70::100.0::2.4E-11::+		
5QSA00003_J_19	TTCAGTTCCATAGTCAATGTTTAAAGCAAAATCTTATTGATAATAATTCAATTTTTATTGATGGTACATA	22.86	31	138	Mu50	SAV1785	truncated transposase		SAR2471::70::95.71428::1.5E-9::+,SAR2251::70::95.71428::1.5E-9::+,SAR2029::70::95.71428::1.5E-9::+,SAR0963::70::95.71428::1.5E-9::+,SAR0722::70::95.71428::1.5E-9::+,SAR1138::70::95.71428::1.5E-9::+,SAR0932::70::95.71428::1.5E-9::+,SAR1375::70::95.71428::1.5E-9::+,SAR0698::70::95.71428::1.5E-9::+,SAR2236::70::95.71428::1.5E-9::+,SAR0686::70::95.71428::2.2E-9::+,SAR0686::70::94.28571::5.7E-9::+,SAR0686::70::95.71428::2.2E-9::-,SAR0685::70::95.71428::2.2E-9::+,SAR0685::70::94.28571::5.7E-9::+,SAR0685::70::95.71428::2.2E-9::-,SAR2606::70::90.0::2.8E-8::+	SAS1362::70::94.28571::6.6E-10::+	SAV1785::70::100.0::2.6E-11::+	MW1309::70::94.28571::9.9E-10::+	SA1605::70::100.0::8.1E-11::+		SACOL1834::70::98.57143::2.2E-10::+,SACOL1744::70::98.57143::2.2E-10::+,SACOL1813::70::95.71428::4.9E-10::+
5QSA00003_J_2	TTATTGTAAGTTATGGTGTGAAAATATCTGAAGTTGCCAATAATGTACAATCAACAGTGAAATATACTTT	27.14	33	108	Mu50	SAV1225	similar to alkaline-shock protein homolog yloU		SAR1201::70::98.57143::6.2E-11::+	SAS1159::70::98.57143::6.2E-11::+	SAV1225::70::100.0::2.4E-11::+	MW1108::70::98.57143::6.2E-11::+	SA1068::70::100.0::2.4E-11::+		SACOL1239::70::98.57143::6.2E-11::+
5QSA00003_J_20	GCAGACGTTGATTGGTACGTGAAAGCAGACGATCTTGTATTAAAAGGACAGACAAAACCTCATCAGAAAT	40.0	29	74	Mu50	SAV0411	hypothetical protein				SAV0411::70::100.0::2.4E-11::+				
5QSA00003_J_21	TATTATAAGCGAACTATAAAAATTTCAGGTCTAAAAGCAATGTATGCTCTTAAGTCAAAAGACTTTAAGA	27.14	31	85	N315	SA1754	hypothetical protein		SAR2035::70::98.57143::6.6E-11::+,SAR2031::70::98.57143::3.4E-10::-	SAS1866::70::98.57143::6.6E-11::+,SAS1862::70::98.57143::3.4E-10::-	SAV1942::70::98.57143::6.6E-11::+	MW1884::70::98.57143::6.6E-11::+	SA1754::70::100.0::2.6E-11::+		
5QSA00003_J_22	GCGGAATGGTTGCGAGTATGCAAATGCAGGTGGTACAAGTAAACGTATTAACAATGGAATTAGCTCAACA	41.43	30	82	Mu50	SAV0906	phiETA ORF58-like protein				SAV0906::70::100.0::2.4E-11::+				
5QSA00003_J_23	TTAAAGACCTAAAAGAACGTATGCATGCACCTGATGGAATGAATGCACTTCGTGAACAAGTGATTTTCAT	37.14	31	98	MRSA252	SAR2052	hypothetical phage protein		SAR2052::70::100.0::2.6E-11::+,SAR2031::70::100.0::1.3E-10::-		SAV1956::70::97.14286::1.7E-10::+		SA1767::70::100.0::2.6E-11::+		
5QSA00003_J_24	GCACTATATTGAAGAAGTCGAACGTATGTCAGACAAAATTATTCTCATTGAAAATGGAGAAATAATACTT	30.0	31	92	MSSA476	SAS1259	ABC transporter ATP-binding protein			SAS1259::70::100.0::4.6E-11::+		MW1206::70::100.0::4.5E-11::+	SA1156::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL1352::70::100.0::4.6E-11::+
5QSA00003_J_3	CATTGTATAATTGAAATAACAATATTTTGCTATTTTCAATTTAGTACGATTTATATTTATTATACAGAGG	20.0	33	140	COL	SACOL0497	conserved hypothetical protein		SAR0455::70::98.57143::6.7E-11::+	SAS0413::70::98.57143::6.7E-11::+					SACOL0497::70::100.0::2.6E-11::+
5QSA00003_J_4	GTGTTGATGATGTTGAAATACTAGCAAACGAAACAGCTGATCATGTGCTTGAACTTAGAGAGGAACATAA	37.14	34	101	MSSA476	SAS1873	putative membrane protein		SAR2045::70::97.14286::1.6E-10::+,SAR2031::70::97.14286::8.8E-10::-	SAS1873::70::100.0::2.4E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-	SAV1950::70::100.0::2.4E-11::+	MW1890::70::100.0::2.4E-11::+	SA1762::70::100.0::2.4E-11::+		
5QSA00003_J_5	GCTAAAAGATTTAAAATTGTTATCAAAGAAAAGAAGTTTACAAGACGAAAGAACAGTTATTGTTTATGTT	24.29	33	86	MSSA476	SAS2185	staphylococcal accessory regulator A homologue		SAR2379::70::100.0::2.6E-11::+	SAS2185::70::100.0::2.6E-11::+	SAV2295::70::100.0::2.6E-11::+	MW2213::70::100.0::2.6E-11::+	SA2089::70::100.0::2.6E-11::+		SACOL2287::70::100.0::2.6E-11::+
5QSA00003_J_6	AGTTACAATCTTTGATTAACAAATATCCACAAATACAAAAAAATATGAAATCAGAGTTCATTGCTTATTA	22.86	30	90	MSSA476	SAS2542	putative lipoprotein		SAR2736::70::90.0::4.5E-8::+	SAS2542::70::100.0::4.9E-11::+	SAV2656::70::100.0::2.4E-11::+	MW2577::70::100.0::4.9E-11::+	SA2449::70::100.0::2.4E-11::+		SACOL2679::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00003_J_7	CGACTTTACAAATACAGAATAGTCTTGAGCACGTACTTAAAATTGCCAAAGTTTTTAATAAAAAGATTAA	27.14	31	90	MSSA476	SAS2595	ribonuclease P protein component		SAR2799::70::98.57143::6.7E-11::+	SAS2595::70::100.0::2.6E-11::+	SAV2713::70::100.0::2.6E-11::+	MW2631::70::100.0::2.6E-11::+	SA2502::70::100.0::2.6E-11::+		SACOL2739::70::100.0::2.6E-11::+
5QSA00003_J_8	TTAATGCACAACAACGTAAAAAAATCGAATCATTATTGAGTCGAGTAAATAAACGAATCACTGAAGCAAA	30.0	31	86	MSSA476	SAS0584	staphylococcal accessory regulator A		SAR0625::70::100.0::2.4E-11::+	SAS0584::70::100.0::2.4E-11::+	SAV0616::70::100.0::2.4E-11::+	MW0580::70::100.0::2.4E-11::+	SA0573::70::100.0::2.4E-11::+		SACOL0672::70::100.0::2.4E-11::+
5QSA00003_J_9	GTTTTAAAGCAAATATTGCTAATCACGAGACGAAATAGAAATCATTTAACAGAATGCGTATCAATATTCA	28.57	31	107	MRSA252	SAR0416	putative transposase		SAR0416::70::100.0::2.6E-11::+						
5QSA00003_K_1	GAGTGAAACGTTCATTACAATGGGGTAATGATGCTTATACAATGATTTTAGATCGTATGAATATTGAAAC	31.43	31	96	Mu50	SAV1907	hypothetical protein		SAR1999::70::98.57143::7.7E-11::+	SAS1830::70::98.57143::7.7E-11::+	SAV1907::70::100.0::3.0E-11::+	MW1848::70::98.57143::7.7E-11::+	SA1723::70::100.0::3.0E-11::+		SACOL1968::70::98.57143::7.7E-11::+
5QSA00003_K_10	ATCCTGATGATGTAGTTGAAGTTTTTGGAGTATCGAAAACACATGCAAAATCCACACTTTCGAGACTTAA	35.71	30	91	MW2	MW1429	hypothetical protein					MW1429::70::100.0::2.8E-11::+			
5QSA00003_K_11	TCAAGAACAATACAATGAGCAAATACAAAAAATTAAAAGTAATATTGAATAAAAATAAAGACAATAATAC	18.57	35	64	Mu50	SAVP020	truncated hypothetical protein				SAVP020::70::100.0::3.0E-11::+			VRA0045::70::98.57143::3.6E-10::+	
5QSA00003_K_12	GATACGAAAACGGTAGCAGAAAAATACCTATGGAGGATATAGCTGAAATTGCCAATGCATTGAAAGTTAC	37.14	30	67	MW2	MW1436	phage repressor					MW1436::70::100.0::2.8E-11::+			
5QSA00003_K_13	TACTACGTATAAAGACAATCCAACATCTCAAGAAGGTAAATGGGCAAATCAAAAGCTAAAGAAATATAAA	30.0	31	46	MW2	MW1381	holin		SAR1498::70::94.28571::1.3E-9::+	SAS0953::70::97.14286::2.0E-10::+		MW1381::70::100.0::3.0E-11::+			SACOL0388::70::91.42857::8.3E-9::+
5QSA00003_K_14	AACTATAGTATCTATAGTTTTAATCATAGTCGGCGTAGTTTCGTTAAACATTTTCGGAACATCGCATTAA	31.43	30	85	pLW043	VRA0026	quaternary ammonium compound-resistance protein QacC	qacC						VRA0026::70::100.0::2.8E-11::+	
5QSA00003_K_15	ATCTTAGCATTAGTAAATCAATTCTTAGCGAATAAAGGTATAAGTCCGATACCAGTAGATGAAGAAAGTG	32.86	31	86	COL	SACOL0388	prophage L54a, holin, SPP1 family			SAS0953::70::95.71428::5.0E-10::+					SACOL0388::70::100.0::3.0E-11::+
5QSA00003_K_16	CTAATTTCTCAAAAAGATTTTGAAGTTGGAAACTCAATATACTTAAATATCTTAGTAAAAGATATCGAAG	24.29	32	107	MRSA252	SAR0715	hypothetical protein		SAR0715::70::100.0::2.8E-11::+,SAR0686::70::100.0::1.3E-10::-,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::-						
5QSA00003_K_17	TTATATCTTTTGTAAGTTCTGTTTCAATATCACGCTTTATTGGTGGGGGGCATGTGTTTAATGGAAATAA	32.86	30	73	MSSA476	SAS0594	putative membrane protein		SAR0635::70::90.0::2.1E-8::+	SAS0594::70::100.0::3.0E-11::+	SAV0627::70::100.0::3.0E-11::+	MW0590::70::100.0::3.0E-11::+	SA0583::70::100.0::3.0E-11::+		SACOL0685::70::100.0::3.0E-11::+
5QSA00003_K_18	TTTCAATTCTGATGATGTTGTTGAAACTTTTGGGATATCTAAAACACATGCAAAATCCACTCTTTCAAAA	30.0	34	111	MRSA252	SAR1563	hypothetical protein (pseudogene)		SAR1545::70::100.0::2.8E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::+						
5QSA00003_K_19	AAGCAGGACATGGCAGAATGCTACAAGTTAATTTGGAAGATTGTATATATATTGGCGATATTGATGTTTA	32.86	30	78	COL	SACOL1584	hypothetical protein		SAR1298::70::98.57143::7.7E-11::+						SACOL1584::70::100.0::3.0E-11::+
5QSA00003_K_2	AAGAGAAATAGCACTAGATAGGGATAACAACCTATGCCAAATGTGCTTGCGTGAAGGGAAAATTACAGAT	38.57	30	83	MSSA476	SAS0930	hypothetical phage protein			SAS0930::70::100.0::2.8E-11::+					
5QSA00003_K_20	CACCAATTTCAACAGACAATGCAAGTTGGGGTAGGACATCGATAAAAAAATACTTTTTCTTTAGAAATTA	31.43	31	105	MSSA476	SAS1093	hypothetical protein			SAS1093::70::100.0::2.8E-11::+					
5QSA00003_K_21	TGCAGAGTTAATGAGTTATGGTAGACAAATTCTAAACAAAGAAGATGTCATGGATGGTGTCGAACACATG	37.14	29	79	MSSA476	SAS2178	urease gamma subunit		SAR2372::70::100.0::3.0E-11::+	SAS2178::70::100.0::3.0E-11::+	SAV2288::70::100.0::3.0E-11::+	MW2206::70::100.0::3.0E-11::+	SA2082::70::100.0::3.0E-11::+		SACOL2280::70::100.0::3.0E-11::+
5QSA00003_K_22	GCATTGAAACTATTGAAGGCTTCCAACAAATGTTTGTCACTAAAACATTAAATACCGAGGATACAGACGA	35.71	29	80	Mu50	SAV0165	iron-regulated surface determinant I	isdI	SAR0167::70::95.71428::4.6E-10::+	SAS0140::70::98.57143::7.1E-11::+	SAV0165::70::100.0::2.8E-11::+	MW0140::70::98.57143::7.1E-11::+	SA0160::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL0152::70::98.57143::7.1E-11::+
5QSA00003_K_23	ATTAAGTTCTAATGCTAAAGGTGACGCCGACATGTTAGAAACGGAACTTCATGCTGTTATAAACGCAATG	38.57	31	102	MRSA252	SAR2738	conserved hypothetical protein		SAR2738::70::100.0::3.0E-11::+	SAS2543::70::90.0::2.1E-8::+	SAV2657::70::90.0::2.1E-8::+		SA2450::70::90.0::2.1E-8::+		
5QSA00003_K_24	ATATGAGACAAGAAATTCAAGATGCAGTGATGAAAGTATATGATGAAACAGATGAAGTAGTACCAGATAA	31.43	35	60	MSSA476	SAS0455	stage V sporulation protein G		SAR0499::70::98.57143::7.7E-11::+	SAS0455::70::100.0::3.0E-11::+	SAV0498::70::100.0::2.8E-11::+	MW0453::70::100.0::3.0E-11::+	SA0456::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL0541::70::100.0::3.0E-11::+
5QSA00003_K_3	TATAAAGACATGACGCAGGAAGAAATAAAAGACTTATTATCTGAAAAAACGGCAGAATTGTATGAATTAG	30.0	32	90	N315	SA1798	hypothetical protein				SAV0860::70::94.366196::2.6E-9::+		SA1798::70::100.0::3.0E-11::+		
5QSA00003_K_4	AATTAGAAGAATCATATGAATCTGAGAAAAAACGTATAGAGAATGAACTGCATAATTTAAATGAACTTAG	25.71	32	88	Mu50	SAV0447	hypothetical protein		SAR0447::70::97.14286::1.8E-10::+	SAS0405::70::98.57143::7.2E-11::+	SAV0447::70::100.0::2.8E-11::+	MW0403::70::98.57143::7.2E-11::+	SA0407::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL0488::70::98.57143::7.2E-11::+
5QSA00003_K_5	TTGAATTTGGTGATGTAAAAAACGATGTAAGTGTTCTGAGGATAAAAGAATCAATATCTCACCCTGTTAG	32.86	30	66	Mu50	SAV0895	hypothetical protein				SAV0895::70::100.0::3.0E-11::+				
5QSA00003_K_6	AATCAAAGACAGGTTATTATTTCACCCTAGACTCGAAAAAGAGTTAAGAGCACAAGGTATCGTACATTAT	34.29	28	72	N315	SA1799	hypothetical protein						SA1799::70::100.0::2.8E-11::+		
5QSA00003_K_7	CATAAAAAGTTCAAGTTCTGCTCTTGGCAATGCTTTTAATCTTGCTGAATTATTGGATAATGCTACTAAT	31.43	31	81	Mu50	SAV1989	hypothetical protein				SAV1989::70::100.0::3.0E-11::+				
5QSA00003_K_8	GTTTTGGATTTTACGGATTTACGTTTTATAGGAAAATATGAAAACATAGTCTTTTTAGACTCAAATGTCG	28.57	32	89	Mu50	SAV2212	truncated IS232 IstB protein homolog				SAV2212::70::100.0::2.8E-11::+		SA2013::70::100.0::2.8E-11::+		
5QSA00003_K_9	AATATTTAAAAATAAAATCAGAATACCAAGATTGCTTATTATTTTTTAGACTAGGTGATTTCTATGAAAT	20.0	33	120	MSSA476	SAS1229	DNA mismatch repair protein MutS		SAR1271::70::100.0::1.1E-10::+	SAS1229::70::100.0::1.1E-10::+	SAV1295::70::100.0::1.1E-10::+	MW1178::70::100.0::1.1E-10::+	SA1137::70::100.0::1.1E-10::+		SACOL1315::70::100.0::1.1E-10::+
5QSA00003_L_1	ATATCATACCGAAATGTTTGCCACTTCGAAAAACAGCGGTTCTTGTTACAGGAATCTTTGAGATATTATT	34.29	30	114	Mu50	SAV2135	hypothetical protein		SAR2223::70::98.57143::6.6E-11::+	SAS2038::70::98.57143::6.6E-11::+	SAV2135::70::100.0::2.6E-11::+	MW2059::70::98.57143::6.6E-11::+	SA1937::70::100.0::2.6E-11::+		SACOL2127::70::98.57143::6.6E-11::+
5QSA00003_L_10	AGTAGAAATTAGTGATGAAAGTCAGCTTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGT	30.0	32	96	MRSA252	SAR0864	glycine cleavage system H protein	gcvH	SAR0864::70::100.0::2.4E-11::+	SAS0773::70::98.57143::6.1E-11::+	SAV0833::70::100.0::2.4E-11::+	MW0786::70::98.57143::6.1E-11::+	SA0760::70::100.0::2.4E-11::+		SACOL0877::70::98.57143::6.1E-11::+
5QSA00003_L_11	ATGATCAATCAATCGAATATGGTAATAAAATTGAACGAATGATTCAAGATTTACACAAACAAGATAGATA	25.71	33	109	COL	SACOL1289	ribosome-binding factor A	rbfA	SAR1246::70::100.0::2.6E-11::+	SAS1204::70::98.57143::6.6E-11::+	SAV1270::70::100.0::2.6E-11::+	MW1153::70::100.0::2.6E-11::+	SA1113::70::100.0::2.6E-11::+		SACOL1289::70::100.0::2.6E-11::+
5QSA00003_L_12	AAAATAATTTTAAAAAACAATAGTGATTTTCCGATTTATGAACAGATTAAGCAACAAGTAAAACAAAATA	20.0	34	87	MSSA476	SAS1858	GntR family regulatory protein		SAR2026::70::100.0::2.0E-11::+	SAS1858::70::100.0::2.0E-11::+	SAV1934::70::100.0::2.4E-11::+	MW1875::70::100.0::2.4E-11::+	SA1748::70::100.0::2.4E-11::+		SACOL1997::70::100.0::2.4E-11::+
5QSA00003_L_13	CACCTTTTCATTTTATCTTCTCATATATTTAAATCAATTACTTTTGATTGTGGTAAGGAGTTCTCAAACT	27.14	31	91	COL	SACOL2729	integrase-recombinase, core domain family		SAR2784::66::94.02985::2.4E-8::+						SACOL2729::70::100.0::2.6E-11::+,SACOL2727::66::97.01493::9.8E-10::+
5QSA00003_L_14	AACTGTAATGTATGCATTATTAAAACTGGAAGAAGCAAAGTATGTTAGTGTTAAATTCGGTTGGGAAGAT	31.43	31	89	N315	SA1800	hypothetical protein						SA1800::70::100.0::2.4E-11::+		
5QSA00003_L_15	TGAAATCATTACTTGATCAATCTTATGTAAATGATTTAGCTGCAGGAAGCTTAAACCCATACTACAAACG	32.86	30	115	MRSA252	SAR1131	putative exported protein		SAR1131::70::100.0::2.6E-11::+						
5QSA00003_L_16	GGATGGAACAAAATTACAATGTTTGCGTTGATTGAATTAGTTAAAAGTGAACAACTTGATTTAGTGTATA	28.57	33	104	Mu50	SAV2020	hypothetical protein		SAR0376::70::98.57143::6.1E-11::+		SAV2020::70::100.0::2.4E-11::+		SA1827::70::100.0::2.4E-11::+		
5QSA00003_L_17	ATTAATCATAAGAGAGTACAGAGAATGATGCAGAAGCATCATTTGAACTGCCGAGTTAGACCTAAAAAGA	35.71	32	103	MRSA252	SAR0064	putative transposase (pseudogene)		SAR0064::70::100.0::3.8E-11::+		SAV0067::70::100.0::2.6E-11::+		SA0063::70::100.0::2.6E-11::+		
5QSA00003_L_18	TTATAAAACGATACAAATCAGAAAATATTTATTTTTACTCATCAAATATTAAAGAAGACGATATTAAAAT	17.14	34	96	N315	SAP012	PENICILLINASE REPRESSOR	blaI	SAR1829::70::98.57143::6.1E-11::+				SAP012::70::100.0::2.4E-11::+	VRA0049::70::98.57143::6.1E-11::+	
5QSA00003_L_19	AAGAAATTATTATAATATTGAAAAGTTATATCAAGATGCACCATTAGAATCATATGGTCAGGTTGCGTAT	27.14	32	97	Mu50	SAV1592	similar to iojap protein family		SAR1669::70::98.57143::6.6E-11::+	SAS1529::70::98.57143::6.6E-11::+	SAV1592::70::100.0::2.6E-11::+	MW1543::70::98.57143::6.6E-11::+	SA1420::70::100.0::2.6E-11::+		SACOL1648::70::98.57143::6.6E-11::+
5QSA00003_L_2	TAAAAAGCATGCTCGCGATCACATAGCTGTTTCTAATGTGAAAACAGACAGACACACAAGTGAGAAAATC	38.57	31	82	MSSA476	SAS1883	hypothetical phage protein			SAS1883::70::100.0::2.4E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-		MW1900::70::100.0::2.4E-11::+			
5QSA00003_L_20	GAATGTGTTTAACTACACTATAGATGACCATTTTCACGAAAAAACTGACAAGCCTATTATTCGCATATAT	31.43	29	80	MSSA476	SAS1882	hypothetical phage protein			SAS1882::70::100.0::2.4E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-		MW1899::70::100.0::2.4E-11::+			
5QSA00003_L_21	CATTAATGATGACACCAAAATTTGATATTAACCTTTTTCTCAATTATTCACTTTTACAATTCATCATTGG	25.71	34	116	Mu50	SAV1784	hypothetical protein		SAR1867::70::95.71428::4.3E-10::+	SAS1707::70::95.71428::4.3E-10::+	SAV1784::70::100.0::2.6E-11::+	MW1724::70::95.71428::4.3E-10::+	SA1602::70::100.0::2.6E-11::+		SACOL1833::70::95.71428::4.3E-10::+
5QSA00003_L_22	ATATTATTTTTGATAAATATGATTTTGAAACAGTAATGTACTCACTTTTAAAATTAGAAGAAGCTAAATT	18.57	33	114	COL	SACOL0330	conserved hypothetical protein		SAR1551::70::100.0::2.4E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::-						SACOL0330::70::100.0::2.4E-11::+
5QSA00003_L_23	GTATTCTGTCTTGTATATTAACTGTATTTTTGACATCTCTCTATATTAAGCATAAAGGTTATCGGAAAGG	30.0	30	84	MSSA476	SAS2590	putative membrane protein		SAR2793::70::100.0::2.6E-11::+	SAS2590::70::100.0::2.6E-11::+	SAV2707::70::100.0::2.6E-11::+	MW2626::70::100.0::2.6E-11::+	SA2497::70::100.0::2.6E-11::+		SACOL2734::70::98.57143::6.6E-11::+
5QSA00003_L_24	AGAATCAAACAAGCTATGAAGTCATCGAATTTAAAACAAATAGATATAGTAAACAAAGCTAAAAGCATGG	28.57	31	68	MRSA252	SAR1556	putative regulatory protein		SAR1556::70::100.0::2.4E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::-						
5QSA00003_L_3	TATTCTATTTCTATAGTACTTCTCAAAAGAAATTGTTAGATAAAATTACTAAAGAAATAGAAGTGTTAAG	21.43	34	162	MSSA476	SAS2157	hypothetical protein		SAR2351::70::100.0::2.6E-11::+	SAS2157::70::100.0::2.6E-11::+	SAV2267::70::100.0::2.6E-11::+	MW2185::70::100.0::2.6E-11::+	SA2062::70::100.0::2.6E-11::+		SACOL2258::70::100.0::2.6E-11::+
5QSA00003_L_4	TATTATGATGAACAAAAAGAAAGAATAACGATTTATATGAAGTACAATGTGAAAGGTTATAAAAATATAA	20.0	34	86	COL	SACOL1857	hypothetical protein		SAR1893::70::98.57143::6.1E-11::+	SAS1728::70::98.57143::6.1E-11::+		MW1748::70::100.0::2.4E-11::+			SACOL1857::70::100.0::2.4E-11::+
5QSA00003_L_5	TTCTGTACCTTACAGATACTCAAAATATCATTATTGATGAACGTCATTTACTAAAACAAGGAGGTCAGGA	32.86	30	102	MW2	MW0037	hypothetical protein					MW0037::70::100.0::2.6E-11::+			
5QSA00003_L_6	ATTGAATGTTGATGGGAAAATCGTAAGCGCTGATGTTCAAGCACAGACAAAACAAGTTTTAGAAAATTTA	32.86	31	87	Mu50	SAV0497	translation initiation inhibitor homolog		SAR0498::70::98.57143::6.1E-11::+	SAS0454::70::98.57143::6.1E-11::+	SAV0497::70::100.0::2.4E-11::+	MW0452::70::98.57143::6.1E-11::+	SA0455::70::100.0::2.4E-11::+		SACOL0540::70::94.28571::1.0E-9::+
5QSA00003_L_7	ATTAGAAAAAGATTCAAAAGCTAAAGAGAGGCGTTGGAATAGTGGAGACATTAAGTTGCTTATAGCACAT	34.29	31	67	COL	SACOL0363	conserved hypothetical protein								SACOL0363::70::100.0::2.6E-11::+
5QSA00003_L_8	ATACATATATTAACATCTTTATATGCTTCAACATCAAATACACCACATATTGGTGAACAACAAATGAATC	27.14	32	100	MSSA476	SAS0540	hypothetical protein		SAR0587::70::98.57143::6.1E-11::+	SAS0540::70::100.0::2.4E-11::+	SAV0582::70::100.0::2.4E-11::+	MW0537::70::100.0::2.4E-11::+	SA0539::70::100.0::2.4E-11::+		SACOL0628::70::100.0::2.4E-11::+
5QSA00003_L_9	TTATAAACGTACGATTATGATGAATGAATATAGAGCTAAAGCGGCACTTAAGAAAAATGATTTCGTATCA	30.0	31	83	MSSA476	SAS1092	putative exported protein			SAS1092::70::100.0::2.6E-11::+	SAV1159::70::100.0::2.6E-11::+	MW1041::70::100.0::2.6E-11::+	SA1004::70::100.0::2.6E-11::+		SACOL1169::70::100.0::2.6E-11::+
5QSA00003_M_1	GGTGACTGGCAAAAATGCACTACTATCAGATAGTCTTTTAAGAGATATTAAAGTATTAAGTTCTAATGCT	31.43	30	100	Mu50	SAV2657	hypothetical protein		SAR2738::70::95.71428::5.0E-10::+	SAS2543::70::97.14286::2.0E-10::+	SAV2657::70::100.0::3.0E-11::+		SA2450::70::100.0::3.0E-11::+		SACOL2680::70::97.14286::2.0E-10::+
5QSA00003_M_10	AGCTTATAAAGCAGCTGAGTTACAAGGTCGTGTCGAAGACAGAAAAGATTTATACATACACATGCTATAA	35.71	30	95	Obsolete	Obsolete	Obsolete								
5QSA00003_M_11	ATATAGAAGATTACAAAAAATCTGATGACATATTAATTAATTTGTATATAGAAACATATGAATTTTATTG	17.14	34	126	COL	SACOL0366	prophage L54a, terminase, small subunit, putative		SAR1520::70::95.71428::4.9E-10::+,SAR1563::70::95.71428::2.2E-9::+	SAS0931::70::90.0::2.1E-8::+		MW1402::70::95.71428::4.9E-10::+			SACOL0366::70::100.0::3.0E-11::+
5QSA00003_M_12	AACAATTTGAATTATTTAGTATTGATAAATTCAAATGTAATTCAGAGGCTAAGTATTATCTTAATATTAT	18.57	33	119	MSSA476	SAS1833	hypothetical protein		SAR2002::70::100.0::2.8E-11::+	SAS1833::70::100.0::2.8E-11::+	SAV1910::70::98.57143::7.1E-11::+	MW1851::70::100.0::2.8E-11::+	SA1726::70::98.57143::7.1E-11::+		SACOL1971::70::98.57143::7.1E-11::+
5QSA00003_M_13	ATTGAAAAACAGTGATTTGATGATGGAGCATACCAATAAAGCTGGAGCAAGTAATATTGTTAAGAATCCA	32.86	31	82	MSSA476	SAS0931	terminase small subunit			SAS0931::70::100.0::3.0E-11::+					
5QSA00003_M_14	TTAAACCAAAATGATAAAGAACTATACATTTTAGGTGTGTCAGATCGTATCGGTAGACTATTTGAAATTA	28.57	29	95	MSSA476	SAS1971	anti-sigma B factor antagonist		SAR2154::70::98.57143::7.1E-11::+	SAS1971::70::100.0::2.8E-11::+	SAV2066::70::100.0::2.8E-11::+	MW1990::70::100.0::2.8E-11::+	SA1871::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL2056::70::100.0::2.8E-11::+
5QSA00003_M_15	AATTAAGCTATATCGATGTGTTATTAGATAAGAATGCTGACCAAGCTACAAAAGACAACTTAAGATCATA	30.0	31	100	MSSA476	SAS0398	putative exported protein		SAR0437::70::100.0::2.9E-11::+	SAS0398::70::100.0::2.9E-11::+	SAV0435::63::98.4127::8.0E-9::+	MW0396::70::100.0::2.9E-11::+	SA0395::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL0480::70::97.14286::1.9E-10::+
5QSA00003_M_16	TGCCAGATAAATATGATGTTATCGGTGCAATCATTTGTATTGTAGGTGTTTTAGTAATGTTGCTACCCAG	35.71	31	79	MSSA476	SAS2231	putative membrane protein		SAR2425::70::98.57143::7.1E-11::+	SAS2231::70::100.0::2.8E-11::+	SAV2339::70::100.0::2.8E-11::+	MW2259::70::100.0::2.8E-11::+	SA2130::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL2333::70::100.0::2.8E-11::+
5QSA00003_M_17	AAAAGAAAATACCCAAATATATCATTTAAATATACGTATATAGATATTACAAAAGATAATGACAACTTAA	18.57	35	116	MSSA476	SAS0807	conserved hypothetical protein		SAR0899::70::100.0::2.8E-11::+	SAS0807::70::100.0::2.8E-11::+	SAV0937::70::100.0::2.9E-11::+	MW0819::70::100.0::2.8E-11::+	SA0798::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL0940::70::100.0::2.8E-11::+
5QSA00003_M_18	TAGTGAAGACGCTATGATCAGGATGACACGTATTATAGAATCTTTCGATAGAGAAACGAATCAACGTATC	37.14	32	91	COL	SACOL2495	hypothetical protein				SAV2483::70::100.0::2.8E-11::+		SA2271::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL2495::70::100.0::2.8E-11::+
5QSA00003_M_19	GTAATTGACCCTGAATTAGGAATTGATATCGTTAATTTAGGTTTAGTATACAAAGTGAATGTTGATGATG	30.0	32	98	MSSA476	SAS0842	conserved hypothetical protein		SAR0935::70::100.0::2.9E-11::+	SAS0842::70::100.0::2.9E-11::+	SAV0972::70::100.0::2.9E-11::+	MW0854::70::100.0::2.9E-11::+	SA0833::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL0977::70::98.57143::7.5E-11::+
5QSA00003_M_2	TTAAAGTTGTTGAAAGATAGTTTTGAGGATTTAAAGGATAGTAATGGTTGGCATTTTGATGAGCTATATC	30.0	32	55	Mu50	SAV2023	hypothetical protein				SAV2023::70::100.0::2.8E-11::+		SA1830::70::100.0::2.8E-11::+		
5QSA00003_M_20	AATTGTTGAAAGATAGATTCGAAGATTTAAAGGATAATCATGGTTGGCATTTTGAGGAGTTATATCCACA	31.43	31	89	MRSA252	SAR0373	hypothetical protein		SAR0373::70::100.0::2.8E-11::+						
5QSA00003_M_21	CAGTTCGATAATTATGTCACAGGCAAATATAATATTTATGCATTTTATAATAATTGTGACATGAACTATT	24.29	33	152	MSSA476	SAS1344	hypothetical protein		SAR1415::70::98.57143::7.5E-11::+	SAS1344::70::100.0::2.9E-11::+	SAV1403::70::100.0::2.9E-11::+	MW1291::70::100.0::2.9E-11::+	SA1235::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL1438::70::98.57143::7.5E-11::+
5QSA00003_M_22	AACTGTAGGGGTTAGCAATGGAGATACTACATCATCGTCACATTGTGCGCTTGGGGATATTGTAGGTCTT	44.29	29	89	MRSA252	SAR2089	hypothetical phage protein		SAR2089::70::100.0::2.8E-11::+						
5QSA00003_M_23	TAAGTATAAAGATTCACGTGAACAATTCGAACAACGTACACACAAACGTTTAATCGATATTGTAAACCCA	32.86	32	94	MSSA476	SAS2142	30S ribosomal protein S10		SAR2336::70::98.57143::7.5E-11::+	SAS2142::70::100.0::2.9E-11::+	SAV2251::70::98.57143::7.5E-11::+	MW2170::70::100.0::2.9E-11::+	SA2048::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL2240::70::98.57143::7.5E-11::+
5QSA00003_M_24	TTTATCTATAATCACGCGTAGTTTAACTATTACAATTATTAGTGGGATTGTTATCATGGCAACATTACGA	30.0	31	94	Mu50	SAV0011	hypothetical protein		SAR0011::70::98.57143::7.0E-11::+	SAS0011::70::98.57143::7.0E-11::+	SAV0011::70::100.0::2.8E-11::+	MW0011::70::98.57143::7.0E-11::+	SAS001::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL0011::70::98.57143::7.0E-11::+
5QSA00003_M_3	TATTGTAAGAGAAACAGCACTTATCGCTATATCGTGTGTCTTTTGGATATATTGTTTAGTTGTTCTACTC	32.86	30	96	Mu50	SAV2667	intercellular adhesion protein D	icaD	SAR2748::69::98.55073::1.3E-10::+	SAS2553::70::98.57143::7.6E-11::+	SAV2667::70::100.0::3.0E-11::+	MW2587::70::98.57143::7.6E-11::+	SA2460::70::100.0::3.0E-11::+		SACOL2690::70::98.57143::7.6E-11::+
5QSA00003_M_4	TTCACTAAATATAGGCGTGTTACTACTTTCTTACTCCCGTTTTGTAATCATGAAAGTGACAATGAATAAA	31.43	29	85	Mu50	SAV2215	truncated IS232 IstA protein homolog				SAV2215::70::100.0::2.8E-11::+		SA2014::70::100.0::2.8E-11::+		
5QSA00003_M_5	AAAATTAATTATTAAACGACAAGATACAAGTGATTCTAAGCCTTATGAAGAAACATTTGAAATTCCATAT	24.29	31	96	MSSA476	SAS1083	putative succinate dehydrogenase iron-sulfur protein		SAR1122::70::100.0::3.5E-11::+	SAS1083::70::100.0::3.5E-11::+	SAV1149::70::100.0::3.5E-11::+	MW1032::70::100.0::3.5E-11::+	SA0996::70::100.0::3.5E-11::+		SACOL1160::70::100.0::3.5E-11::+
5QSA00003_M_6	AAGTATTAGTTATAATGAAATAGAGAAGATAGATTATGATGGTCAAACTATAATGTTCAAATTTAATATT	20.0	34	106	MSSA476	SAS2186	hypothetical protein		SAR2380::70::98.57143::7.1E-11::+	SAS2186::70::100.0::2.8E-11::+	SAV2296::70::100.0::2.8E-11::+	MW2214::70::100.0::2.8E-11::+	SA2090::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL2288::70::100.0::2.8E-11::+
5QSA00003_M_7	AATCATAAGGATATTGATATGATTCTAAAGAGATTATATAATAGTGGTAACATAATATATAAAGTTAGGT	21.43	34	107	MSSA476	SAS1249	hypothetical protein			SAS1249::70::100.0::2.1E-11::+		MW1197::70::100.0::3.0E-11::+			
5QSA00003_M_8	CGGCTATAAACAAAAAACAGAATATCATAAACAAATGTATATGCGCGAGAAGCAAATAGAGGATCATTTA	31.43	32	84	MRSA252	SAR0686	putative transposase (pseudogene)		SAR0699::70::100.0::7.1E-11::+,SAR0686::70::100.0::1.3E-10::+,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::+				SAP024::70::100.0::2.8E-11::+		
5QSA00003_M_9	TGAAAGAATATATAGAGGATTATAAAAAATCTGATGACATATTAATTAATTTGTATATAGAAACGTATGA	20.0	33	99	MW2	MW1402	terminase small subunit		SAR1520::70::92.85714::3.2E-9::+,SAR1563::70::92.85714::1.5E-8::+			MW1402::70::100.0::3.0E-11::+			SACOL0366::70::94.28571::1.3E-9::+
5QSA00003_N_1	TTGATTAAAAGCACTCGAAGGTTACAGGTAGAAAAATACATGGATAGCTTTACAGACAAAGAACTATCCT	34.29	30	78	Mu50	SAV0397	putative transcriptional regulator				SAV0397::70::100.0::2.6E-11::+				
5QSA00003_N_10	TAAAATCGACACCCAAACTTTATTAGATTTTTTAGCAGAACTTGCTAATAAATATGATGTTCAATATTTA	24.29	31	148	MSSA476	SAS2270	conserved hypothetical protein		SAR2467::70::98.57143::6.0E-11::+	SAS2270::70::100.0::2.4E-11::+		MW2300::70::100.0::2.4E-11::+	SA2168::70::100.0::2.4E-11::+		SACOL2377::70::100.0::2.4E-11::+
5QSA00003_N_11	ATTAATAAATTGTTTAATACACACGGTGCGAAATATCGTGAGCTTGATTTGAAAAATAAATTACAAACTT	25.71	31	96	MRSA252	SAR0863	conserved hypothetical protein		SAR0863::70::100.0::2.5E-11::+	SAS0772::70::98.57143::6.5E-11::+	SAV0832::70::100.0::2.5E-11::+	MW0785::70::98.57143::6.5E-11::+	SA0759::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL0876::70::98.57143::6.5E-11::+
5QSA00003_N_12	ATATTTGGAGTGTAAGCGATGATTTAGGACATCATGACGGACTTGTTAAAAGGTGTATCGATGATTTAAC	35.71	31	87	Mu50	SAV0897	hypothetical protein				SAV0897::70::100.0::2.4E-11::+				
5QSA00003_N_13	CATTACTATTTGGTACTTTTTTATATTTTATTGCTACTCAAGGTTTTGTAAATATGCAATTAATCGTTGC	25.71	31	92	Mu50	SAV0946	Na+/H+ antiporter subunit	mnhG	SAR0908::70::98.57143::6.5E-11::+	SAS0816::70::98.57143::6.5E-11::+	SAV0946::70::100.0::2.5E-11::+	MW0828::70::98.57143::6.5E-11::+	SA0807::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL0949::70::98.57143::6.5E-11::+
5QSA00003_N_14	TTTTGTTCGTAAGCGCAATTATCACATTAGCTATTGGTGGTAAGTCTGTTGATAAGAATGACTTCCATTA	34.29	30	97	MSSA476	SAS0354	putative membrane protein		SAR0395::70::92.85714::2.6E-9::+	SAS0354::70::100.0::2.4E-11::+	SAV0377::70::95.71428::3.9E-10::+	MW0352::70::100.0::2.4E-11::+	SA0362::70::95.71428::3.9E-10::+		
5QSA00003_N_15	GTTAAAACAAATACTGCCACGTGCTACAAAAATATCGATACTCTTTGCTGTAGCATTTTTCATCATAAAT	31.43	31	133	Mu50	SAV2317	hypothetical protein		SAR2401::70::97.14286::1.7E-10::+	SAS2210::70::97.14286::1.7E-10::+	SAV2317::70::100.0::2.5E-11::+	MW2238::70::97.14286::1.7E-10::+	SA2110::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL2310::70::97.14286::1.7E-10::+
5QSA00003_N_16	TCAATATGTAGAAACAGGTAAAGATACTGCAACATTATATCTTTCTTCTGCATATACAAAAACAATAGCT	28.57	32	120	MSSA476	SAS1726	putative membrane protein			SAS1726::70::100.0::2.4E-11::+		MW1744::70::100.0::2.4E-11::+			SACOL1854::70::100.0::2.4E-11::+
5QSA00003_N_17	GTTAAAGTTAAAAAAGGTGATTTTGTAATTGTTTATAAATTAGCAGATTCAGATAAAATTGTTAAAGTTA	20.0	34	134	MSSA476	SAS2273	putative exported protein			SAS2273::70::100.0::2.5E-11::+	SAV2383::70::100.0::2.5E-11::+	MW2303::70::100.0::2.5E-11::+	SA2171::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL2381::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00003_N_18	ATGCTTTAAAAACGGATTTATCACTTCATCAAGTTCAACAAATGATTGATGATGCTTTGTTAATTGAACC	30.0	32	117	MSSA476	SAS2270	conserved hypothetical protein		SAR2467::70::95.71428::3.9E-10::+	SAS2270::70::100.0::2.4E-11::+	SAV2378::70::98.57143::6.8E-11::+	MW2300::70::100.0::2.4E-11::+	SA2168::70::98.57143::6.0E-11::+		SACOL2377::70::98.57143::6.0E-11::+
5QSA00003_N_19	CAAGTTGAAGCTATTGCTGGAGAATTAAATATTTTCACTGTACCTGTGGATTTAATTTTTATGAATGGAA	30.0	32	96	Mu50	SAV2536	similar to thioredoxin		SAR2616::70::97.14286::1.7E-10::+	SAS2422::70::97.14286::1.7E-10::+	SAV2536::70::100.0::2.5E-11::+	MW2457::70::97.14286::1.7E-10::+	SA2324::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL2550::70::97.14286::1.7E-10::+
5QSA00003_N_2	GGTTTTACAATTGGCTTATTAATCAAAAAATTTATAAAGAATATGTAGAAAACTTTTATTTACATCGAGG	22.86	32	103	Mu50	SAV0166	hypothetical protein		SAR0168::70::98.57143::6.0E-11::+	SAS0141::70::98.57143::6.0E-11::+	SAV0166::70::100.0::2.4E-11::+	MW0141::70::98.57143::6.0E-11::+	SA0161::70::100.0::2.4E-11::+		SACOL0153::70::98.57143::6.0E-11::+
5QSA00003_N_20	TTTGTTCACAAGCACAATTATCACATTAGCCATTGGTGGTAAGTCTGTTGAAAAGAATGATTCCCCTTAA	35.71	30	100	COL	SACOL0448	conserved hypothetical protein		SAR0395::70::90.0::1.7E-8::+		SAV0377::70::92.85714::2.6E-9::+		SA0362::70::92.85714::2.6E-9::+		SACOL0448::70::100.0::2.4E-11::+
5QSA00003_N_21	ATCAGGATGCACAAAAAGATGCTTTTGAAAAATTAAAGGATATTGTAAATCAGCATAATCATGTTCTATT	27.14	32	100	MSSA476	SAS0214	conserved hypothetical protein			SAS0214::70::100.0::2.5E-11::+	SAV0238::70::98.57143::6.5E-11::+	MW0214::70::100.0::2.5E-11::+	SA0230::70::98.57143::6.5E-11::+		SACOL0218::70::98.57143::6.5E-11::+
5QSA00003_N_22	ATAAAAAAGCTTATAATTTAAAGCGAACTTTTGAACAACCGATAGTTATGTATGAATTTACAGATAAGTT	24.29	33	104	COL	SACOL1580	hypothetical protein		SAR1294::70::94.28571::1.0E-9::+						SACOL1580::70::100.0::2.4E-11::+
5QSA00003_N_23	ATGTGGATTGATGTATTAAGTCAAAACGGAGATTATCAACCAACTGCAAAAGCGGTAGATGGATATATCA	35.71	30	75	COL	SACOL0342	hypothetical protein								SACOL0342::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00003_N_24	AACATAAACATACAACAGATCGCAAAGGACACGTGATTGGAATGTTAGAGTGGGCATTAGATTACATTGT	37.14	30	83	MRSA252	SAR0372	hypothetical protein		SAR0372::70::100.0::2.4E-11::+						
5QSA00003_N_3	AAACGATCCAGAGTATTTAAGATTTTATAAATCGAAAACGTGGCAAAACATGCGTCGAATTGTATTGTTA	31.43	32	97	MSSA476	SAS1893	hypothetical phage protein			SAS1893::70::100.0::2.6E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-		MW1910::70::100.0::2.6E-11::+			
5QSA00003_N_4	TTTAATGGTATTAGTCGCATTACCTTCACTTGTTTTAGCTATATATGATTATATGAGTTTTAGAATTTCT	25.71	31	71	Mu50	SAV0377	hypothetical protein			SAS0354::70::98.57143::6.0E-11::+	SAV0377::70::100.0::2.4E-11::+	MW0352::70::98.57143::6.0E-11::+	SA0362::70::100.0::2.4E-11::+		SACOL0448::70::98.57143::6.0E-11::+
5QSA00003_N_5	AATCAACACATGTATTTTTGAATGCTATTTAGCTAAAGCTAAAAGACCAGACACTATGCATATTTCAACT	30.0	31	108	MSSA476	SAS2013	putative ATP synthase protein I			SAS2013::70::100.0::2.6E-11::+	SAV2110::70::100.0::2.6E-11::+	MW2034::70::100.0::2.6E-11::+	SA1912::70::100.0::2.6E-11::+		SACOL2102::70::100.0::2.6E-11::+
5QSA00003_N_6	ACAAATATGATTACATTGTTGGTGACTATGGTTACGATCAATTACGATTAAAAGGCTTTTACAAAGATTC	30.0	31	94	Mu50	SAV0925	hypothetical protein		SAR0888::70::97.14286::1.5E-10::+	SAS0796::70::95.71428::3.9E-10::+	SAV0925::70::100.0::2.4E-11::+	MW0808::70::95.71428::3.9E-10::+	SA0786::70::100.0::2.4E-11::+		SACOL0928::70::95.71428::3.8E-10::+
5QSA00003_N_7	AGCAAAAGCGGTTGCTAGAACAATAAGAATCGCACCTCGTAAAGTAAGACTAGTTCTTGACTTAATCAGA	38.57	30	80	MSSA476	SAS2136	50S ribosomal protein L22		SAR2330::70::100.0::2.6E-11::+	SAS2136::70::100.0::2.6E-11::+	SAV2245::70::100.0::2.6E-11::+	MW2164::70::100.0::2.6E-11::+	SA2042::70::100.0::2.6E-11::+		SACOL2234::70::100.0::2.6E-11::+
5QSA00003_N_8	AATGTCTTTAGCTAGTTTAGCACGCTTAAAAGAAGATTATTCACTTCAATACAAAGAAAATTTTAAATAA	24.29	31	89	MSSA476	SAS0823	conserved hypothetical protein		SAR0915::70::100.0::2.4E-11::+	SAS0823::70::100.0::2.4E-11::+	SAV0953::70::100.0::2.4E-11::+	MW0835::70::100.0::2.4E-11::+	SA0814::70::100.0::2.4E-11::+		SACOL0956::70::100.0::2.4E-11::+
5QSA00003_N_9	AATCAATACTGTTATATTTGAGAGCTACTTAGCCAAAGCTAAAAGACCAGACACTATGCATATTTCAACT	32.86	30	99	MRSA252	SAR2198	putative ATP synthase protein I	atpI	SAR2198::70::100.0::2.6E-11::+						
5QSA00003_O_1	GTATGGTTATATTAGGCATTTATGTCGCAATAACTAAAGATTTCACACTAATTTCTTATATAAATCAAAC	25.71	32	127	Mu50	SAV2493	hypothetical protein		SAR2578::70::97.14286::1.9E-10::+	SAS2380::70::97.14286::1.9E-10::+	SAV2493::70::100.0::2.9E-11::+	MW2413::70::97.14286::1.9E-10::+	SA2281::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL2503::70::97.14286::1.9E-10::+
5QSA00003_O_10	ATTTTGATAAAGAGGGATTAACTGAAGAAGAGATTGAAGAAGTAAATAGATTCATTGAATGGGTTAGAAA	28.57	32	60	Mu50	SAV0851	hypothetical protein			SAS0897::70::98.57143::7.0E-11::+	SAV0851::70::100.0::2.8E-11::+				
5QSA00003_O_11	CATGATTCACAACTAGAAATTAATAACGAAGAAGAATTATTAACTTTATTCGATGAAGAGGGAAATGAAG	28.57	33	108	MSSA476	SAS1551	conserved hypothetical protein		SAR1694::70::100.0::2.9E-11::+	SAS1551::70::100.0::2.9E-11::+	SAV1615::70::100.0::2.9E-11::+	MW1565::70::100.0::2.9E-11::+	SA1443::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL1670::70::100.0::2.9E-11::+
5QSA00003_O_12	ACCAGATCTTCAAAAAATGGCTGTGGAACAAGTTGTAGAGCAAGCAGAATTAATGGCAAGTCAGCAATAA	38.57	30	72	COL	SACOL0035	hypothetical protein					MW0033::70::100.0::2.8E-11::+			SACOL0035::70::100.0::3.5E-11::+
5QSA00003_O_13	TGCTACTGTTAATAAACAAGGTCGCGGTAAAAAAATCACTGTATTCACATACAAACGTCGTAAAAATTCA	32.86	30	77	MSSA476	SAS1583	50S ribosomal protein L21		SAR1727::70::100.0::2.9E-11::+	SAS1583::70::100.0::2.9E-11::+	SAV1647::70::100.0::2.9E-11::+	MW1597::70::100.0::2.9E-11::+	SA1473::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL1702::70::100.0::2.9E-11::+
5QSA00003_O_14	AAAATGCATATGAAATAGAGTTGAAACGTATTGAAAGGGAGATACAAAATCTTAGTGATTTAAAATATCA	25.71	33	89	MSSA476	SAS0076	hypothetical protein			SAS0076::70::100.0::2.8E-11::+		MW0075::70::100.0::2.8E-11::+			
5QSA00003_O_15	AACACTCCTTTTATGTGGCAAAAACACTCCTTTTATGTGGCAAAAACACTCCTTTTATGTGGCAAAAACA	35.71	32	76	Obsolete	Obsolete	Obsolete								
5QSA00003_O_16	AATAACTTTAGAGCAACAAAATTGGCAACAACAGGTGGGTTTTTAAGAGCAGGTAATACAACATTCTTAT	32.86	31	73	MSSA476	SAS0440	conserved hypothetical protein		SAR0484::70::100.0::2.8E-11::+	SAS0440::70::100.0::2.8E-11::+	SAV0483::70::98.57143::7.0E-11::+	MW0438::70::100.0::2.8E-11::+	SA0441::70::98.57143::7.0E-11::+		SACOL0525::70::98.57143::7.0E-11::+
5QSA00003_O_17	AATTTTGAATAGGGATTGCTTAACCACCGAACAAATCGCTAAAGAATTATGTAATAAAGATTGGGAATGA	31.43	32	86	MSSA476	SAS0040	hypothetical protein			SAS0040::70::100.0::2.9E-11::+					
5QSA00003_O_18	TATATGAGACAACAAATTACTAATTTGATTCAAATCATTGATACGATTAAATATAATACCTTAATGACAG	22.86	35	112	MSSA476	SAS2207	hypothetical protein		SAR2398::70::98.57143::7.0E-11::+	SAS2207::70::100.0::2.8E-11::+	SAV2314::70::98.57143::7.0E-11::+	MW2235::70::100.0::2.8E-11::+	SA2107::70::98.57143::7.0E-11::+		SACOL2307::70::98.57143::7.0E-11::+
5QSA00003_O_19	TCAATCGATACATCACAAGAGGTATTAGTGAATACCTATCTCTAGACCTTCAAATCTTACTTTGGAATAT	32.86	31	92	MRSA252	SAR0057	hypothetical protein		SAR0057::70::100.0::2.9E-11::+	SAS0030::70::91.42857::8.0E-9::+	SAV0059::70::100.0::2.9E-11::+		SA0055::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL0038::70::92.85714::3.1E-9::+
5QSA00003_O_2	ATTTTCATCTATTGATAATGAAGAAATCACTTATATTCTTGATTATGATGATACACAGCATATCCTCATG	27.14	32	128	Mu50	SAV1046	cysteine protease	sspC	SAR1020::70::97.14286::1.8E-10::+	SAS0982::70::98.57143::7.0E-11::+	SAV1046::70::100.0::2.8E-11::+	MW0930::70::98.57143::7.0E-11::+	SA0899::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL1055::70::98.57143::7.0E-11::+
5QSA00003_O_20	TATATTGCAGATATTCAGAAAAAACTTCAAGAATATAAAGCAATGGGTAAAATTGATTTTCAATTAACAC	24.29	32	95	MSSA476	SAS1484	conserved hypothetical protein		SAR1623::70::97.14286::1.8E-10::+	SAS1484::70::100.0::2.8E-11::+	SAV1546::70::100.0::2.8E-11::+	MW1498::70::100.0::2.8E-11::+	SA1376::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL1603::70::100.0::2.8E-11::+
5QSA00003_O_21	ATAGAGATGCTATTAGTGTTATTAATCATCAGTTTATTATTAATTTTAATCATTCCAAATATTGCTAAAC	21.43	33	116	MSSA476	SAS1480	putative exported protein		SAR1619::70::100.0::2.9E-11::+	SAS1480::70::100.0::2.9E-11::+	SAV1542::70::100.0::2.9E-11::+	MW1494::70::100.0::2.9E-11::+	SA1372::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL1599::70::100.0::2.9E-11::+
5QSA00003_O_22	GGAAAACCCTCCAATACCTTCAAAAGAACACACAGCGCCCTTAAAAGAGCATACAGAACCTATTAAACGT	41.43	30	61	pLW043	VRA0061	hypothetical protein							VRA0061::70::100.0::2.8E-11::+	
5QSA00003_O_23	TATGGATATTTGTATTGAAAATGGTATTATGGGGATTCCAAGTTTTCTAGTATATAAAAATGGTGAACTG	28.57	31	113	Mu50	SAV1744	thioredoxin homolog		SAR1822::70::98.57143::7.4E-11::+	SAS1670::70::97.14286::1.9E-10::+	SAV1744::70::100.0::2.9E-11::+	MW1687::70::97.14286::1.9E-10::+	SA1565::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL1794::70::97.14286::1.9E-10::+
5QSA00003_O_24	AGATATAGACAGTCACGACAATTTGAATAGTTTCAAAGCACGCATCGGCAGTACTATCGATAAGTTAGCT	38.57	30	110	MRSA252	SAR0077	putative membrane protein		SAR0077::70::100.0::3.2E-11::+		SAV0079::70::100.0::2.7E-11::+		SA0075::70::100.0::2.7E-11::+		
5QSA00003_O_3	ATGCAATTAGGTAAGTACGAACCAATGGAAGGTACTGAGAAGAAGTTTACTTTTTGGGCTGATAAACCAG	38.57	30	83	Mu50	SAV0891	hypothetical protein				SAV0891::70::100.0::2.9E-11::+				
5QSA00003_O_4	TTAATTTAATTCATTTCCAACACAGCTATGAAAAGAAAAAATTACAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAA	22.86	31	101	Mu50	SAV1155	hypothetical protein		SAR1127::70::98.57143::7.3E-11::+	SAS1088::70::98.57143::7.3E-11::+	SAV1155::70::100.0::2.8E-11::+	MW1037::70::98.57143::7.3E-11::+	SA1000::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL1164::70::98.57143::7.0E-11::+
5QSA00003_O_5	TATGCTTCTTTTTCAATTGAGTATAGAGTATTAGCAAGACGTAGTAAGTATATGAGACAACTTCTACAAT	30.0	31	78	MSSA476	SAS0203	hypothetical protein			SAS0203::70::100.0::2.9E-11::+		MW0203::70::100.0::2.9E-11::+			
5QSA00003_O_6	CACAAGATTTTAAATCTGAGGAAAACGCTAAAAAGATTGCTGAAACTTTAAATCTTTTATATCAATTAAC	25.71	32	123	MSSA476	SAS1874	hypothetical phage protein			SAS1874::70::100.0::3.2E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-	SAV1951::70::100.0::2.8E-11::+	MW1891::70::98.57143::7.0E-11::+	SA1763::70::100.0::2.8E-11::+		
5QSA00003_O_7	AAATAAGATACACTCGAGATCTTTTCAACAAACATCTAAGCATGAATAACGAAGACGCATTTGCTGGTTT	34.29	31	82	COL	SACOL0323	hypothetical protein								SACOL0323::70::100.0::2.9E-11::+
5QSA00003_O_8	TTACAACTTTATTCAATTTACCTTGGTAGAATTGACGAAGGTATGTCTAAACATTCTGCATCTTATTTCG	31.43	30	116	N315	SA1802	hypothetical protein		SAR2097::70::97.14286::1.8E-10::+				SA1802::70::100.0::2.8E-11::+		
5QSA00003_O_9	ATCTTTGTACTAACTCTAACAAGTTATTAGATAAACTTCACAAAGCATTAAAAGATCGTGAAGAGTACAA	28.57	31	118	COL	SACOL0355	conserved hypothetical protein			SAS0917::70::95.71428::4.9E-10::+					SACOL0355::70::100.0::2.9E-11::+
5QSA00003_P_1	AAGTTGTGTTATCCAAAATCATGGAGCGAGAGAGCAAAGAGCGTGAAATGGCTAGGCAACGACGTAAAGA	44.29	30	52	COL	SACOL0350	conserved hypothetical protein								SACOL0350::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00003_P_10	ATAATTTTAGTTATAGCAATTATTGCTTATATGATTGTTCAACAAATTCTTAACAAGCGAGCTGTTAAAG	25.71	34	110	MSSA476	SAS1472	putative membrane protein		SAR1611::70::100.0::2.4E-11::+	SAS1472::70::100.0::2.4E-11::+	SAV1534::70::100.0::2.4E-11::+	MW1486::70::100.0::2.4E-11::+	SA1364::70::100.0::2.4E-11::+		SACOL1592::70::100.0::2.4E-11::+
5QSA00003_P_11	TAAACTTTATGGTGCTTTTAAAGAAAAATACGAAAAAGAATTGCGTGACAATGAGACGCAAAAAGAAGCT	31.43	31	97	MRSA252	SAR0231	conserved hypothetical protein		SAR0231::70::100.0::2.5E-11::+						
5QSA00003_P_12	TTACTTGTAAGAAAGAAACACCTCTTTTACCGAATATAAATAATGAAAGGTTAGTTTTAGTAAATGAATA	24.29	32	102	MSSA476	SAS0776	hypothetical protein		SAR0867::70::97.14286::1.5E-10::+	SAS0776::70::100.0::2.4E-11::+	SAV0835::70::100.0::2.4E-11::+	MW0788::70::100.0::2.4E-11::+	SA0768::70::100.0::2.4E-11::+		SACOL0880::70::100.0::2.4E-11::+
5QSA00003_P_13	TACAAAGAAGTATAAAAATGTTGAGCGGTCAAAAAGTTATTATAAGATTTATAATGATGGTGAGGTTATT	25.71	33	92	MRSA252	SAR1288	putative lipoprotein		SAR1288::70::100.0::2.5E-11::+						
5QSA00003_P_14	GCTAGATGAAAAAATGAAAAATTTAGATGATTATATGCGTTATTTAATTACTAAAAAAGAACAACTTAGC	22.86	33	91	MSSA476	SAS1809	hypothetical protein		SAR1977::70::97.14286::1.5E-10::+	SAS1809::70::100.0::2.4E-11::+	SAV1887::70::100.0::2.4E-11::+	MW1827::70::100.0::2.4E-11::+	SA1703::70::100.0::2.4E-11::+		SACOL1945::70::100.0::2.4E-11::+
5QSA00003_P_15	AGCATTGAGAAGAACGTTAAATTACCTTCAGATGCAGACGTTTCAGTTAAAAAAGGCGACTTTGTAATTG	35.71	31	86	MRSA252	SAR2470	putative exported protein		SAR2470::70::100.0::2.5E-11::+						
5QSA00003_P_16	CTATATTGTATTAGATGATAAACAAGTCATCGAAAACTCAGACTTATTCTTCAAAGGAAAGTTTGATAGC	30.0	31	94	MRSA252	SAR2070	hypothetical phage protein		SAR2070::70::100.0::2.4E-11::+,SAR2031::70::100.0::1.3E-10::-						
5QSA00003_P_17	TTTATCAGCAGTAATCCAAAAGAAATATGCACAGCTATTTTAGTGTATATCATTGGCGTTGCTATTTATG	31.43	31	102	Mu50	SAV0420	hypothetical protein		SAR0420::70::98.57143::6.4E-11::+	SAS0382::70::98.57143::6.4E-11::+	SAV0420::70::100.0::2.5E-11::+	MW0380::70::98.57143::6.4E-11::+	SA0380::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL0466::70::98.57143::6.4E-11::+
5QSA00003_P_18	TCAAAAATCAAACAAAACAATAGTTCAAGATGTATTAACTAGACATCAACAAGGACAAACAGATTTCGAA	28.57	33	82	Mu50	SAV0348	hypothetical protein			SAS0324::70::91.42857::6.4E-9::+	SAV0348::70::100.0::2.3E-11::+	MW0324::70::91.42857::6.4E-9::+	SA0336::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL0419::70::94.28571::9.9E-10::+
5QSA00003_P_19	GGTACATTTTTAAGAAACATACAAGTAACATATACGCATGCACAACTAAAAGGTGGTAATAAAGAACCTT	31.43	31	92	MSSA476	SAS0526	conserved hypothetical protein		SAR0572::70::97.14286::1.6E-10::+	SAS0526::70::100.0::2.5E-11::+	SAV0568::70::100.0::2.5E-11::+	MW0523::70::100.0::2.5E-11::+	SA0526::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL0615::70::97.14286::1.6E-10::+
5QSA00003_P_2	TCACACTCAACATCATTATAATGGTATTAGTCGCATTACCCGCACTTATTTTAGCTATATTCAATAATAT	30.0	31	83	MRSA252	SAR0395	putative membrane protein		SAR0395::70::100.0::2.4E-11::+						
5QSA00003_P_20	CAAAGTCACAAAATGTTTTGGATAACAATGGCATTAATTATCATCACAATGGTATTAGGTGTCATTCTAC	31.43	32	112	MSSA476	SAS0839	putative membrane protein		SAR0931::70::97.14286::1.5E-10::+	SAS0839::70::100.0::2.3E-11::+	SAV0969::70::100.0::2.3E-11::+	MW0851::70::100.0::2.3E-11::+	SA0830::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL0974::70::97.14286::1.5E-10::+
5QSA00003_P_21	GATTAAAAGTATTAGTAGACAAAGAAGATGCACCCGTATTAAATGGTACGACTATTGATTTTAAGCAATC	31.43	31	113	Mu50	SAV0940	hypothetical protein		SAR0902::70::97.14286::1.6E-10::+	SAS0810::70::98.57143::6.4E-11::+	SAV0940::70::100.0::2.5E-11::+	MW0822::70::98.57143::6.4E-11::+	SA0801::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL0943::70::98.57143::6.4E-11::+
5QSA00003_P_22	TTAAATATCCATATCCAGATTCAAATAAAAAGTTTCAAATGATTAATGATTGTGCTGAAAAATTCGACAT	24.29	32	112	MSSA476	SAS1057	conserved hypothetical protein		SAR1096::70::98.57143::5.9E-11::+	SAS1057::70::100.0::2.3E-11::+	SAV1123::70::100.0::2.3E-11::+	MW1005::70::100.0::2.3E-11::+	SA0971::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL1132::70::98.57143::5.9E-11::+
5QSA00003_P_23	ATCGATCGAATAAAAGTGTTATATAGTAAGCAGCCAAAATTGGTTGAGCGGATTTTAACTAAAAATGAAC	31.43	29	84	MSSA476	SAS1976	holo-[acyl-carrier protein] synthase		SAR2159::70::97.14286::1.6E-10::+	SAS1976::70::100.0::2.5E-11::+	SAV2071::70::100.0::2.5E-11::+	MW1995::70::100.0::2.5E-11::+	SA1875::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL2061::70::95.71428::4.2E-10::+
5QSA00003_P_24	AATGAAGCGATAAGTTTTATTAAAGACGATAATCCAGATTTAGACTTTGAATTTATTCATTGGCTAGTTT	27.14	32	140	Mu50	SAV1524	transcription antitermination protein NusB	nusB	SAR1602::70::97.14286::1.5E-10::+	SAS1463::70::97.14286::1.5E-10::+	SAV1524::70::100.0::2.3E-11::+	MW1477::70::97.14286::1.5E-10::+	SA1355::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL1569::70::97.14286::1.5E-10::+
5QSA00003_P_3	TTAGGTATGCTTTTAATTAGATGGATGTTAGCAACATCATTCTTAGTGCATGGTACTTTGAAATTTGTTG	31.43	33	105	MSSA476	SAS0972	putative membrane protein		SAR1010::70::90.0::1.8E-8::+	SAS0972::70::100.0::2.5E-11::+	SAV1037::70::100.0::2.5E-11::+	MW0920::70::100.0::2.5E-11::+	SA0890::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL1044::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00003_P_4	TTGCCAGCGGAAATTGCGCCATTTGCAGGTTTAGTGATTACGATACCCATCACATTTGTATTATCTAAAT	38.57	30	83	MSSA476	SAS2323	putative membrane protein		SAR2521::70::91.42857::6.5E-9::+	SAS2323::70::100.0::2.4E-11::+	SAV2431::70::100.0::2.4E-11::+	MW2355::70::100.0::2.4E-11::+	SA2219::70::100.0::2.4E-11::+		SACOL2434::70::91.42857::6.5E-9::+
5QSA00003_P_5	CAGAAATCGCAATTTCTGACGAAAAAGCATTTGCTCAATTAGTAACTAAAGCTAAAGATGCTTTAAAATA	30.0	31	135	MSSA476	SAS1607	50S ribosomal protein L20		SAR1758::70::98.57143::6.5E-11::+	SAS1607::70::100.0::2.5E-11::+	SAV1678::70::100.0::2.5E-11::+	MW1622::70::100.0::2.5E-11::+	SA1502::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL1725::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00003_P_6	GTTCTATATTGTGTTAGACAACAAGCAAGTCATCGAAAACTCTGACTTACTATTCAAAAAGAAATTTGAT	30.0	30	97	Mu50	SAV0881	hypothetical protein				SAV0881::70::100.0::2.4E-11::+				
5QSA00003_P_7	GTTTTAAACGTGACTTCAAGCTATATGAATGCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCT	30.0	31	106	COL	SACOL2355	IS1272-related, transposase, degenerate								SACOL2355::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00003_P_8	CGAAATTGAACGAAAATTCAAAAACACTATATCGTGACTTAGTTGAAGAAAAGCTGATTTCTATCAAATA	28.57	31	116	MSSA476	SAS1362	putative transposase (fragment)			SAS1362::70::100.0::1.6E-11::+		MW1309::70::100.0::2.4E-11::+			
5QSA00003_P_9	CAGATTCAGATAAAATTGTTAAAGTTAAAAAAGTTGACCATGACGATGTACCACATGGTTTAATGATGAA	30.0	32	88	COL	SACOL2381	conserved hypothetical protein		SAR2470::70::92.85714::2.7E-9::+	SAS2273::70::92.85714::2.7E-9::+	SAV2383::70::92.85714::2.7E-9::+	MW2303::70::92.85714::2.7E-9::+	SA2171::70::92.85714::2.7E-9::+		SACOL2381::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00004_A_1	CTTTATCTAATTCTTACTATTATATTATTAGTGAATAGACAAAATGCGATTAGACCTATAGCGATTATTC	25.71	34	121	MSSA476	SAS2143	putative membrane protein		SAR2337::70::98.57143::5.9E-11::+	SAS2143::70::100.0::2.3E-11::+	SAV2252::70::100.0::2.3E-11::+	MW2171::70::100.0::2.3E-11::+	SA2049::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL2241::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00004_A_10	GACAATTTAGAACTTATTAATATGTTTTTGGATGGGCTTAAATGTGAATTCGAACAAACTAATCAATCAT	27.14	32	94	MRSA252	SAR1306	hypothetical protein		SAR1306::70::100.0::2.2E-11::+						
5QSA00004_A_11	TTCAACATTCAACAACACTATTGTAACTATCACTGATGAGTTCGGTAATGCTTTATCATGGTCATCAGCT	35.71	30	96	MSSA476	SAS2116	30S ribosomal protein S11		SAR2310::70::100.0::2.3E-11::+	SAS2116::70::100.0::2.3E-11::+	SAV2225::70::100.0::2.3E-11::+	MW2144::70::100.0::2.3E-11::+	SA2024::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL2214::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00004_A_12	AAAGCATATGCTTTGATGAGTATACCACGACATAATTTACCAGAAAGTGAGAAGGCTATTTATGACAAAG	34.29	31	78	MRSA252	SAR2149	putative exported protein		SAR2149::70::100.0::2.2E-11::+						
5QSA00004_A_13	TGTAAAAAGTAATCATCCTGTCGCTCCAAGTTCAAATCAATCTATCGTTCAAGATGTATTAACTAGACAT	32.86	31	87	MRSA252	SAR0345	conserved hypothetical protein		SAR0345::70::100.0::2.3E-11::+						
5QSA00004_A_14	TGGAGCAAACACTCGTATCGCAGTTATCTGAAGAAGAAAATGAACAAATGAAAGCAAACTTAACTAAAAT	32.86	30	51	Mu50	SAV0333	hypothetical protein		SAR0330::70::98.57143::5.5E-11::+	SAS0310::70::98.57143::5.5E-11::+	SAV0333::70::100.0::2.2E-11::+	MW0310::70::98.57143::5.5E-11::+	SA0322::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL0404::70::98.57143::5.5E-11::+
5QSA00004_A_15	ACATACTTAAATATTTCAAAAAATCAAGGTGGTACGCCATATTTCAAACCATTACATATGGTGCTACGAT	31.43	31	89	MRSA252	SAR0931	putative membrane protein		SAR0931::70::100.0::2.3E-11::+						
5QSA00004_A_16	TTAAATAAAGATTTTAATTTTTCGGCTGCACATCACATTCCTTGTGAAGAAGCAGGTATTTGTCAAAATG	31.43	30	93	Mu50	SAV0711	6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase homolog		SAR0764::70::97.14286::1.4E-10::+	SAS0676::70::98.57143::5.5E-11::+	SAV0711::70::100.0::2.2E-11::+	MW0673::70::98.57143::5.5E-11::+	SA0666::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL0771::70::98.57143::5.5E-11::+
5QSA00004_A_17	TAAAAAGTTACCGTTTGCCACAAACAAATATCGTCACATCATCTATTCATAGTTCTGAAATGACTGGTGA	34.29	31	76	MRSA252	SAR0044	metallo-beta-lactamase superfamily protein (pseudogene)		SAR0044::70::100.0::7.5E-11::+		SAV0045::70::100.0::2.3E-11::+		SA0042::70::100.0::2.3E-11::+		
5QSA00004_A_18	GAAAGGTTACATCACAAGTCAACAATCTAGCGAAGATTTAAGATGTAAAGAATTAATTTTGACTGATCAA	30.0	30	101	Mu50	SAV1051	ATL autolysin transcription regulator		SAR1025::70::98.57143::5.5E-11::+	SAS0987::70::98.57143::5.5E-11::+	SAV1051::70::100.0::2.2E-11::+	MW0935::70::98.57143::5.5E-11::+	SA0904::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL1060::70::98.57143::5.5E-11::+
5QSA00004_A_19	GATATTTAAGAAAAGCTGAACAATATAAGCGATTAGAATTTAATTTAAGTATTGCACTAGATGATGTTGA	25.71	34	117	Mu50	SAV0289	hypothetical protein			SAS0264::70::95.71428::3.8E-10::+	SAV0289::70::100.0::2.3E-11::+	MW0264::70::95.71428::3.8E-10::+	SA0277::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL0277::70::95.71428::3.8E-10::+
5QSA00004_A_2	TGTAGATTAGCGCAGCTTCCTAAAAATAAAAATATTCAAACACAGCAAAAGCAAATTTTAAATAAGCAAC	28.57	33	80	Mu50	SAV2201	similar to transcription regulators (MerR family) homolog		SAR2291::70::95.71428::3.6E-10::+	SAS2102::70::94.28571::9.2E-10::+	SAV2201::70::100.0::2.2E-11::+	MW2128::70::94.28571::9.2E-10::+	SA2002::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL2193::70::94.28571::9.2E-10::+
5QSA00004_A_20	CACTTTATGGTATATTTGCGACAATTTGTATTAAAGGGCGTAGAAAATTATCGATTATACTTTTTGTTAT	27.14	31	106	Mu50	SAV1104	hypothetical protein		SAR1078::70::98.57143::5.5E-11::+	SAS1039::70::98.57143::5.5E-11::+	SAV1104::70::100.0::2.2E-11::+	MW0987::70::98.57143::5.5E-11::+	SA0955::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL1113::70::98.57143::5.5E-11::+
5QSA00004_A_21	CATTTGATGTAACTGAAACTAAAGGTAACTATGATGTTTTAGTTAACGTTCATGGTGGTGGTTTCACTGG	35.71	31	119	MSSA476	SAS2108	30S ribosomal protein S9		SAR2300::70::98.57143::5.9E-11::+	SAS2108::70::100.0::2.3E-11::+	SAV2217::70::100.0::2.3E-11::+	MW2136::70::100.0::2.3E-11::+	SA2016::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL2206::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00004_A_22	ATTTTAGAAGGAAGAGTTAGAGATATTAGAGATAGACAATCAATTTACTTTACTGACCCTGATGGTCATA	31.43	31	87	Mu50	SAV2333	fosfomycin resistance protein FosB	fosB	SAR2419::70::98.57143::5.5E-11::+		SAV2333::70::100.0::2.2E-11::+		SA2124::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL2326::70::98.57143::5.5E-11::+
5QSA00004_A_23	ATTAGAGAAATTAGAGAAGAAATGAAATGTGATCTAATTGTTGGAGACAAAGTCATAACTACAGAACATG	30.0	31	77	Mu50	SAV2490	similar to mutator protein mutT		SAR2575::70::98.57143::5.9E-11::+	SAS2377::70::98.57143::5.9E-11::+	SAV2490::70::100.0::2.3E-11::+	MW2410::70::98.57143::5.9E-11::+	SA2278::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL2500::70::97.14286::1.5E-10::+
5QSA00004_A_24	AGCAGCTTGAAGATCAACATTTCCTAGAAGATTATGATAAATTTCAAAATGAGGTTACTCATCGCAATTA	31.43	31	104	Mu50	SAV2349	hypothetical protein		SAR2434::70::95.71428::3.6E-10::+	SAS2240::70::95.71428::3.6E-10::+	SAV2349::70::100.0::2.2E-11::+	MW2270::70::95.71428::3.6E-10::+	SA2139::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL2344::70::95.71428::3.6E-10::+
5QSA00004_A_3	TGAAAAGTACGATTCCTGTTGCTCAAAAATCAAATCAATCTATCGTTCAAGATGTATTAACTAGACATCA	31.43	31	75	MSSA476	SAS0324	conserved hypothetical protein			SAS0324::70::100.0::2.3E-11::+		MW0324::70::100.0::2.3E-11::+			
5QSA00004_A_4	CACATATTCCAAAAGGTAGAGGAATAGTTAAATGGAACGCATTTAAGACGATACCCCAGCAATATGAAAT	35.71	32	125	Mu50	SAVP018	hypothetical protein				SAVP018::70::100.0::2.2E-11::+			VRA0046::70::100.0::2.2E-11::+	
5QSA00004_A_5	GGTGGCTTTGAAGAAGGTATTGATATTGAAAATTTACCAGAAAATTTCTCTCAAGTTTTTAGACCTAAAG	31.43	31	118	MSSA476	SAS0950	hypothetical phage protein		SAR1501::70::100.0::2.3E-11::+	SAS0950::70::100.0::2.3E-11::+		MW1384::70::100.0::2.3E-11::+			SACOL0385::70::98.57143::5.9E-11::+
5QSA00004_A_6	ATTATGAATTATATCAAGATAATGAAAAAATGGGTTCTTATCAATATGAAATTAACTATAAGGAGATAGG	22.86	34	115	MSSA476	SAS0574	conserved hypothetical protein		SAR0614::70::100.0::2.1E-11::+	SAS0574::70::100.0::2.1E-11::+	SAV0606::70::100.0::2.1E-11::+	MW0570::70::100.0::2.2E-11::+	SA0563::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL0662::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00004_A_7	AACAAAACAATAGTTCAAGACGTCTTAACTAGACATCAACAAGGGCAAACAGATTTTGAAACATTTTGTG	32.86	32	134	COL	SACOL0419	hypothetical protein				SAV0348::70::94.28571::9.9E-10::+		SA0336::70::94.28571::9.9E-10::+		SACOL0419::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00004_A_8	TTTATTCTAGAAATAATATGTCACTTACTAATTGGTAGCCTCATTTATTTTGTATTTGTGTTACTGTTTC	25.71	31	97	MSSA476	SAS2490	putative membrane protein		SAR2683::70::94.28571::9.2E-10::+	SAS2490::70::100.0::2.2E-11::+	SAV2605::70::95.71428::3.6E-10::+	MW2524::70::100.0::2.2E-11::+	SA2398::70::95.71428::3.6E-10::+		SACOL2621::70::95.71428::3.6E-10::+
5QSA00004_A_9	ATTAGCGATTATTTTATTTATCGCTACATACTTAAACATTTCAAAAAATCAAGGCAGATCACCATTTTTC	27.14	31	97	COL	SACOL0974	conserved hypothetical protein			SAS0839::70::98.57143::5.9E-11::+	SAV0969::70::98.57143::5.9E-11::+	MW0851::70::98.57143::5.9E-11::+	SA0830::70::98.57143::5.9E-11::+		SACOL0974::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00004_B_1	TACATGTATTAACTTTTTTAACTAAGCATCATTCAGAAAAATTCAATAGTAGTTCATTAGCTGAATTAAC	24.29	32	105	MRSA252	SAR0601	putative DNA-binding protein		SAR0601::70::100.0::2.1E-11::+	SAS0554::70::95.71428::3.4E-10::+	SAV0595::70::95.71428::3.4E-10::+	MW0550::70::95.71428::3.4E-10::+	SA0552::70::95.71428::3.4E-10::+		SACOL0641::70::95.71428::3.4E-10::+
5QSA00004_B_10	AATAGCGAAACAAGAATACTTAAGAATATTACCGCACATGCAAGAATTGCCAATTTCCAACTTAGATAAA	31.43	30	98	MSSA476	SAS1892	hypothetical phage protein			SAS1892::70::100.0::1.9E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-		MW1909::70::100.0::1.9E-11::+			
5QSA00004_B_11	TATATTTTATAAAAATTGTGACATCATACTTTACTAAGAAACTTTTAGAAATTAAATTTAATTCGAAATA	15.71	34	125	MSSA476	SAS1702	putative membrane protein			SAS1702::70::100.0::2.0E-11::+	SAV1779::70::100.0::2.0E-11::+	MW1719::70::100.0::2.0E-11::+	SA1597::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL1829::70::100.0::2.0E-11::+
5QSA00004_B_12	TTACTAGTATTTGGCGTATTTAATCCAATTAATGTGATTATTTCTATTATATTTAGAGTTATAGCTATTG	22.86	31	88	MSSA476	SAS2313	putative membrane protein		SAR2512::70::98.57143::5.0E-11::+	SAS2313::70::100.0::1.9E-11::+	SAV2422::70::97.14286::1.3E-10::+	MW2345::70::100.0::1.9E-11::+	SA2210::70::97.14286::1.3E-10::+		SACOL2423::70::98.57143::5.0E-11::+
5QSA00004_B_13	TAGAATTAATACATATGTTTGATCATCAACAATTTATAACTTTACTACTATATGCTGTAACAAGTTATGT	22.86	32	114	MSSA476	SAS1706	CrcB-like protein		SAR1866::70::100.0::2.0E-11::+	SAS1706::70::100.0::2.0E-11::+	SAV1783::70::100.0::2.0E-11::+	MW1723::70::100.0::2.0E-11::+	SA1601::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL1832::70::100.0::2.0E-11::+
5QSA00004_B_14	TATTTAATATTTTCAATCATTGTAGCTTTATTTATGGGAACTATAGTTATAGTTATTCGTATGAAAGCTC	24.29	31	108	MSSA476	SAS1284	putative membrane protein		SAR1355::70::98.57143::5.0E-11::+	SAS1284::70::100.0::1.9E-11::+	SAV1344::70::100.0::1.9E-11::+	MW1231::70::100.0::1.9E-11::+	SA1179::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL1380::70::100.0::1.9E-11::+
5QSA00004_B_15	ATAATTTCCACTGGTATGTGAAAGGACCTAACTTCTTCTCATTACACGTTAAATTTGAAGAATTATATAA	28.57	30	106	MSSA476	SAS2042	putative non-heme iron-containing ferritin		SAR2227::70::98.57143::5.2E-11::+	SAS2042::70::100.0::2.0E-11::+	SAV2139::70::100.0::2.0E-11::+	MW2063::70::100.0::2.0E-11::+	SA1941::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL2131::70::97.14286::1.3E-10::+
5QSA00004_B_16	ATTTGCTATATTATGGTAGTTATATTATATTTGGCTACTTTATCGTATTTGCAGTTGAACATTTGATGGA	27.14	31	74	MRSA252	SAR2259	putative membrane protein		SAR2259::70::100.0::1.9E-11::+						
5QSA00004_B_17	TATAACATTCCAAGTTATTAATAAAAATGTAACAGCCATTACAAGCAATCAAAAATTCAAACTAAAATTA	21.43	33	86	MSSA476	SAS2254	hypothetical protein		SAR2449::70::98.57143::5.2E-11::+	SAS2254::70::100.0::2.0E-11::+	SAV2363::70::100.0::2.0E-11::+	MW2284::70::100.0::2.0E-11::+	SA2153::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL2360::70::100.0::2.0E-11::+
5QSA00004_B_18	TAGGCAGTTTGGTATCAAGATTGATACTATCGGTCATTTTAAATTTACCTGTGTGGGTCGTGTTATTAAA	34.29	31	92	MRSA252	SAR2512	putative membrane protein		SAR2512::70::100.0::1.9E-11::+						
5QSA00004_B_19	TAGAAGTTATTTAATAGAAGAACTGGATGATTGTCTCACAATACAAAAAAATAATGACACTGCATATTAC	27.14	30	86	Mu50	SAV2610	hypothetical protein		SAR2688::70::98.57143::5.2E-11::+	SAS2495::70::98.57143::5.2E-11::+	SAV2610::70::100.0::2.0E-11::+	MW2529::70::98.57143::5.2E-11::+	SA2403::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL2625::70::98.57143::5.2E-11::+
5QSA00004_B_2	ATACGACAAAAGAATTATTTGAAAAATGGTTTCATCCAAAAGGGGCTAGCACAAAAGTATTTCGCTTTAA	31.43	30	87	Mu50	SAV2405	hypothetical protein		SAR2495::70::90.0::1.4E-8::+	SAS2296::70::91.42857::5.3E-9::+	SAV2405::70::100.0::1.9E-11::+	MW2327::70::91.42857::5.3E-9::+	SA2193::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL2402::70::91.42857::5.3E-9::+
5QSA00004_B_20	CAAAAAAGCAAATAGAGGCATTAGTCTATAATTTTTATGAAGTCAATAATATCAATTTAAGTTCTGGTTT	24.29	32	101	MSSA476	SAS1724	hypothetical protein			SAS1724::70::100.0::1.9E-11::+		MW1742::70::98.57143::5.0E-11::+			SACOL1851::70::98.57143::3.6E-11::+
5QSA00004_B_21	CAAACCATCTCGAAACAAATTGTGTCTTTTTACATTGCGATTACATTCTTAAAGTTCCAATTAACAAACT	30.0	31	88	MSSA476	SAS1701	hypothetical protein			SAS1701::70::100.0::2.0E-11::+	SAV1778::70::100.0::2.0E-11::+	MW1718::70::100.0::2.0E-11::+	SA1596::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL1828::70::100.0::2.0E-11::+
5QSA00004_B_22	GATCCAATTCATAACTCTAAGTTAGTAACTAAATTAATTAACAAAATTATGTTAGATGGTAAACGTGGAA	25.71	33	124	MSSA476	SAS0504	30S ribosomal protein S7		SAR0551::70::100.0::1.9E-11::+	SAS0504::70::100.0::1.9E-11::+	SAV0546::70::100.0::1.9E-11::+	MW0501::70::100.0::1.9E-11::+	SA0504::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL0592::70::100.0::1.9E-11::+
5QSA00004_B_23	ATCTGCACATAAACTATATAGTGATAATGGGTATGTTAGCAATACATCTGGGTTTACTAAACAACTATAA	30.0	32	94	MSSA476	SAS1930	putative GNAT family acetyltransferase			SAS1930::70::100.0::2.1E-11::+		MW1947::70::100.0::2.0E-11::+			SACOL2012::70::100.0::2.0E-11::+
5QSA00004_B_24	TTATATGTACCAACATATAGAGAAGATAAAGCAGATAATAGGGCTATTGATAAAGCTTATTTTGAAAAAT	25.71	32	89	MSSA476	SAS0605	teichoic acid biosynthesis protein		SAR0649::70::100.0::6.2E-11::+	SAS0605::70::100.0::6.2E-11::+	SAV0639::70::100.0::1.9E-11::+	MW0601::70::100.0::6.2E-11::+	SA0595::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL0696::70::100.0::6.2E-11::+
5QSA00004_B_3	TCTGTTAAATATAGGTATGTTACTCATAAATTCTGGGATGTTAGGCTTTTTTATAGCACATGGAATCTAT	30.0	31	85	MSSA476	SAS0177	putative membrane protein			SAS0177::70::100.0::2.0E-11::+	SAV0202::70::100.0::2.0E-11::+	MW0177::70::100.0::2.0E-11::+	SA0196::70::100.0::2.0E-11::+		
5QSA00004_B_4	AAAGTACTTTTTAGGTGGGCTTTTATCAAGCGTATTATTACTGATATTTGGCGTATTTAATCCAATTAAT	28.57	30	72	Mu50	SAV2422	hypothetical protein			SAS2313::70::90.0::1.4E-8::+	SAV2422::70::100.0::1.9E-11::+	MW2345::70::90.0::1.4E-8::+	SA2210::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL2423::70::90.0::1.4E-8::+
5QSA00004_B_5	AAACAGTCCAGCAACTATTAACTGCAAAAAACGCACAAGACATTAAAAACATTTTAAAGGAGCATGATTA	31.43	31	74	Mu50	SAV0331	hypothetical protein		SAR0328::70::98.57143::5.2E-11::+	SAS0308::70::97.14286::1.3E-10::+	SAV0331::70::100.0::2.0E-11::+	MW0308::70::97.14286::1.3E-10::+	SA0320::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL0402::70::97.14286::1.3E-10::+
5QSA00004_B_6	GCTTATAGTAAAGTGCAAACGCTCAATAATGAAGGGAAAACAGTAGAGATAATGGATGATATTGATTCTT	32.86	30	73	MSSA476	SAS1290	conserved hypothetical protein		SAR1363::70::94.28571::8.2E-10::+	SAS1290::70::100.0::1.9E-11::+	SAV1351::70::98.57143::5.0E-11::+	MW1238::70::100.0::1.9E-11::+	SA1185::70::98.57143::5.0E-11::+		SACOL1386::70::98.57143::5.0E-11::+
5QSA00004_B_7	CAGTACAATTCATAAAAATAATTTGCCAATGATATCTTTGAATAAAGATTTAGGTTATCAAGTGAGTCAT	25.71	32	122	Mu50	SAV0676	hypothetical protein		SAR0729::70::97.14286::1.3E-10::+	SAS0641::70::98.57143::5.2E-11::+	SAV0676::70::100.0::2.0E-11::+	MW0638::70::98.57143::5.2E-11::+	SA0631::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL0736::70::98.57143::5.2E-11::+
5QSA00004_B_8	TATTTATACAAAATTAAAGATAACAACGATAATAGTCTAAAGAATTTACATGAAATGATTTATGAAAGCG	21.43	32	85	MSSA476	SAS1724	hypothetical protein			SAS1724::70::100.0::1.9E-11::+		MW1742::70::100.0::1.9E-11::+			
5QSA00004_B_9	TTAAGAAGTACAATCTAACATACCCACAATTTCTTGTCTTAACAATTTTATGGGATGAATCTCCTGTAAA	30.0	30	110	MSSA476	SAS0651	MarR family regulatory protein		SAR0739::70::98.57143::5.2E-11::+	SAS0651::70::100.0::2.0E-11::+	SAV0686::70::100.0::2.0E-11::+	MW0648::70::100.0::2.0E-11::+	SA0641::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL0746::70::100.0::2.0E-11::+
5QSA00004_C_1	TGCAAAGTTTAGTACCGGAAATACAAAGTAGTTATGGCATAACCATAAATAAAAATTTCAATATAGATAG	27.14	31	86	MSSA476	SAS0370	hypothetical protein			SAS0370::70::100.0::2.3E-11::+		MW0370::70::100.0::2.3E-11::+			
5QSA00004_C_10	ACCAACAACACAACGGACAAACTCAAACTGGTAATAATCCGTTCGACAATACCGAAGAAGACTTTTCTGA	40.0	30	72	COL	SACOL0339	prophage L54a, single-stranded DNA binding protein	ssb1							SACOL0339::70::100.0::2.2E-11::+
5QSA00004_C_11	ATTGTGTTGTATGGGGAAAACAAGCAGAAAGTTTAGTTGATTATCAAAGTAAAGGTAATCTAATTATTAT	27.14	31	87	pLW043	VRA0020	TraM	traM						VRA0020::70::100.0::2.3E-11::+	
5QSA00004_C_12	CGGTGGAACAAAAGAAATGTATGTACATACCTATGAAGAACTTGTAAGTTTAATTTTAAAATTAAAAGAT	25.71	32	102	MSSA476	SAS2018	putative low molecular weight protein-tyrosine-phosphatase		SAR2203::70::97.14286::1.4E-10::+	SAS2018::70::100.0::2.2E-11::+	SAV2115::70::100.0::2.2E-11::+	MW2039::70::100.0::2.2E-11::+	SA1917::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL2107::70::100.0::2.2E-11::+
5QSA00004_C_13	AATCACAGAGGAAGTCACTGAAGATACTGAGTTTGATTGTCTAGTAGAACTAAACGATATTGAAGGTTTT	34.29	31	75	MRSA252	SAR1563	hypothetical protein (pseudogene)		SAR1535::70::100.0::2.3E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::+						
5QSA00004_C_14	CATCGCCTGAACATAATTATCAATTTGGTGGCGCTATGATAAAAAGTGAAGGAGTAGATAAATTATTAAA	31.43	29	102	COL	SACOL2485	hypothetical protein								SACOL2485::70::100.0::2.2E-11::+
5QSA00004_C_15	CCAGGTGGTAAAATAGAAGAAGGAGAATCACAAGTACACGCGCTGTTAAGAGAAGTAAAAGAAGAATTAA	37.14	33	53	Mu50	SAV0467	hypothetical protein		SAR0466::70::97.14286::1.5E-10::+	SAS0424::70::95.71428::3.7E-10::+	SAV0467::70::100.0::2.3E-11::+	MW0421::70::95.71428::3.8E-10::+	SA0425::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL0509::70::97.14286::1.5E-10::+
5QSA00004_C_16	TGCTATGATAGAAAGTGAAAAATTAAGCGAGTTACTAAAGCCAGCCAATCAGTTAAAATCACCAGATGAT	34.29	31	64	COL	SACOL2486	hypothetical protein			SAS2367::70::91.42857::6.0E-9::+		MW2400::70::91.42857::6.0E-9::+			SACOL2486::70::100.0::2.2E-11::+
5QSA00004_C_17	TAAAGATAATCACAAAAAGCCTACATCAACAGATAAAGATCAAAAAGCTAATGACAAACACCAATCATAA	28.57	34	38	MRSA252	SAR0730	putative lipoprotein		SAR0730::70::100.0::2.3E-11::+	SAS0642::70::98.57143::5.9E-11::+	SAV0677::70::100.0::2.3E-11::+	MW0639::70::98.57143::5.9E-11::+	SA0632::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL0737::70::98.57143::5.9E-11::+
5QSA00004_C_18	TGGCGCTATGATAGAAAGTGAAAGATTAAGTGAATTACTAAAACCAGCACAGAAATTAAAATCGCCTGAT	34.29	31	94	MRSA252	SAR2563	putative membrane protein		SAR2563::70::100.0::2.2E-11::+	SAS2367::70::90.0::1.5E-8::+,SAS2366::69::89.85507::2.6E-8::+	SAV2475::69::91.30435::1.0E-8::+	MW2400::70::90.0::1.5E-8::+,MW2399::69::89.85507::2.6E-8::+	SA2263::69::91.30435::1.0E-8::+		
5QSA00004_C_19	ATTATATTTACCTGTTATTTTCAAAGTAATAAAATTACAACTCAATTTATCAAAAGGATTAATCGATGAT	20.0	32	110	MSSA476	SAS1773	putative membrane protein		SAR1943::70::98.57143::5.9E-11::+	SAS1773::70::100.0::2.3E-11::+	SAV1852::70::100.0::2.3E-11::+	MW1793::70::100.0::2.3E-11::+	SA1670::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL1909::70::98.57143::5.9E-11::+
5QSA00004_C_2	GTGAGTTACTAAAACCAGCGCATCAATTAAAATCACCTGACGAAATCAAAGAAGAATTAGACAAAAAAGA	32.86	30	53	Mu50	SAV2475	hypothetical protein			SAS2366::70::91.42857::6.0E-9::+	SAV2475::70::100.0::2.2E-11::+	MW2399::70::91.42857::6.0E-9::+	SA2263::70::100.0::2.2E-11::+		
5QSA00004_C_20	GAAAAAGGTTCAGGCGAACCAAACAAAACTAAAGTTGCTACAGTAACTAAAGATCAAGTACGCGAAATTG	37.14	32	76	MSSA476	SAS0495	50S ribosomal protein L11		SAR0542::70::98.57143::5.5E-11::+	SAS0495::70::100.0::2.2E-11::+	SAV0537::70::100.0::2.2E-11::+	MW0492::70::100.0::2.2E-11::+	SA0495::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL0583::70::98.57143::5.4E-11::+
5QSA00004_C_21	TTATAGGAACATGTATCGTTGCATTATCTTCAGGTTATATTGCTGAAAAAATGTCTGTTAAACATAAACA	28.57	31	95	Mu50	SAV2541	hypothetical protein		SAR2621::70::97.14286::1.5E-10::+	SAS2427::70::98.57143::5.9E-11::+	SAV2541::70::100.0::2.3E-11::+	MW2462::70::98.57143::5.9E-11::+	SA2329::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL2554.1::70::98.57143::5.9E-11::+
5QSA00004_C_22	AAATGTTATATCTCAAGAAGAAGCTGAAAAATATTTACAAATGGCTCATGAATTTTGTCCATATTCAAAA	25.71	33	96	MSSA476	SAS0768	OsmC-like protein		SAR0859::70::100.0::2.2E-11::+	SAS0768::70::100.0::2.2E-11::+	SAV0828::70::100.0::2.2E-11::+	MW0781::70::100.0::2.2E-11::+	SA0755::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL0872::70::100.0::2.2E-11::+
5QSA00004_C_23	ATGAAATTAACATTAATGAAATTTTTTGTGGGGGGATTTGCAGTATTATTAAGTTATATTGTATCTGTAA	24.29	34	95	MSSA476	SAS2589	putative membrane protein		SAR2792::70::100.0::2.3E-11::+	SAS2589::70::100.0::2.3E-11::+	SAV2706::70::100.0::2.3E-11::+	MW2625::70::100.0::2.3E-11::+	SA2496::70::100.0::2.3E-11::+		
5QSA00004_C_24	TATATCATTAAAGTCAATTGCTGAAGAAAATAATTTGAGTGATTTATATTTAGAACAGCTTGTAGGTCCT	27.14	31	90	MSSA476	SAS1562	conserved hypothetical protein		SAR1706::70::100.0::2.2E-11::+	SAS1562::70::100.0::2.2E-11::+	SAV1626::70::100.0::2.2E-11::+	MW1576::70::100.0::2.2E-11::+	SA1453::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL1681::70::100.0::2.2E-11::+
5QSA00004_C_3	ATTACTTGCGATAATTGTTGTTTTATCAATCTTGCTTGTTGTCCAAAAACATCGCAATGATATCGATGCA	32.86	31	111	MSSA476	SAS0464	putative cell division protein		SAR0508::70::98.57143::5.9E-11::+	SAS0464::70::100.0::2.3E-11::+	SAV0507::70::98.57143::5.9E-11::+	MW0462::70::100.0::2.3E-11::+	SA0465::70::98.57143::5.9E-11::+		SACOL0551::70::98.57143::5.9E-11::+
5QSA00004_C_4	AGATAAGATGTCCAAAAAGGATCTAATAACACGTCAAACTGATAATGAAAATAGAAGAACTGTGCTAATA	30.0	31	59	N315	SAP009	hypothetical protein						SAP009::70::100.0::2.2E-11::+		
5QSA00004_C_5	GTACATCTAAATTAATGTTAACTGATTTTCAAAAAGAGAATTATAATAAATATATTCAAGGTCAGAAACA	21.43	32	98	MSSA476	SAS0249	hypothetical protein		SAR0270::70::97.14286::1.5E-10::+	SAS0249::70::100.0::2.3E-11::+	SAV0273::70::100.0::2.3E-11::+	MW0249::70::100.0::2.3E-11::+	SA0262::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL0259::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00004_C_6	AGTGTAACTGAAATAAAAGCTATTAGAGTTGTTAATGATAGAAGATTATCGCAATTGGCCAGAATGAAAT	30.0	31	66	Mu50	SAV0884	hypothetical protein				SAV0884::70::100.0::2.2E-11::+				
5QSA00004_C_7	AATAAAGACTTAGATTATAAGAGTAAATCAAAAGAGCCAATACAATTATTAGTAATCATGGGTATTACAG	25.71	31	85	MSSA476	SAS1216	putative DNA-binding protein		SAR1258::70::100.0::2.3E-11::+	SAS1216::70::100.0::2.3E-11::+	SAV1282::70::100.0::2.3E-11::+	MW1165::70::100.0::2.3E-11::+	SA1125::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL1301::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00004_C_8	TACACTTTATCTCAAGCATAATACCAAGGAGCCAAACACAATCAAAACTGTACATTTCACTAACTTTGAA	32.86	31	73	MSSA476	SAS2367	putative membrane protein			SAS2367::70::100.0::2.2E-11::+		MW2400::70::100.0::2.2E-11::+			
5QSA00004_C_9	GAAATTGTTGAAACGATATCTGATAGCGAATTCGATGAATTTATATGTCCTAATAACAAAAGAATAGGTT	28.57	32	102	COL	SACOL1442	IS1272-related, transposase, degenerate					MW1296::70::100.0::2.3E-11::+			SACOL1442::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00004_D_1	TTTCGCAAAAGATTTGTCGCTAGGAAGATTGAGGAAGCTCAATCATCCGATTCCGCTAAAAAAGTATCAG	40.0	31	111	MRSA252	SAR1563	hypothetical protein (pseudogene)		SAR1554::70::100.0::2.0E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::+						
5QSA00004_D_10	CAGTAAAAGATAATCCGTTTGCGAATGCAAATGGTCCGATTGAAATAGATGACAATGATTTACCATTCTA	34.29	31	103	N315	SA1792	single-strand DNA-binding protein		SAR2083::69::94.202896::1.4E-9::+,SAR2031::69::94.202896::9.6E-9::-	SAS1904::70::98.57143::4.9E-11::+,SAS1862::70::98.57143::3.4E-10::-	SAV1983::69::94.202896::1.4E-9::+	MW1921::70::98.57143::4.9E-11::+	SA1792::70::100.0::1.9E-11::+		
5QSA00004_D_11	CATAAGAATTACACCTCAAAGACAAGCAATATTACGTTATTTAATTTCTTCACATACTCATCCAACAGCT	31.43	30	97	Mu50	SAV1861	transcription regulator Fur family homolog		SAR1951::70::98.57143::5.2E-11::+	SAS1783::70::98.57143::5.2E-11::+	SAV1861::70::100.0::2.0E-11::+	MW1801::70::98.57143::5.2E-11::+	SA1678::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL1919::70::98.57143::5.2E-11::+
5QSA00004_D_12	TATGTATCATTTATTAATCATGATAATTATGATGATGTATTAAATATTGTTGAAGCAACTTTAAATGATG	20.0	34	150	MSSA476	SAS2037	autoinducer-2 production protein		SAR2222::70::100.0::1.9E-11::+	SAS2037::70::100.0::1.9E-11::+	SAV2134::70::100.0::1.9E-11::+	MW2058::70::100.0::1.9E-11::+	SA1936::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL2126::70::100.0::1.9E-11::+
5QSA00004_D_13	AAACAATTTGAAATCGTGATAGAACCGATACAAACAGAACAATATCGTGAATTCACTATAAATGAATATC	28.57	31	90	Mu50	SAV2271	molybdopterin converting factor	moaE	SAR2355::70::98.57143::5.2E-11::+	SAS2161::70::98.57143::5.2E-11::+	SAV2271::70::100.0::2.0E-11::+	MW2189::70::98.57143::5.2E-11::+	SA2066::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL2264::70::98.57143::5.2E-11::+
5QSA00004_D_14	ATAGTATTCAATTTTTAGAACCGAAAAACTCAAATGACACTCAACAAGATTTATATCAACAACAAGTACA	27.14	31	68	Mu50	SAV1983	single-strand DNA-binding protein		SAR2083::70::98.57143::4.9E-11::+,SAR2031::70::98.57143::3.4E-10::-		SAV1983::70::100.0::1.9E-11::+		SA1792::70::100.0::1.9E-11::+		
5QSA00004_D_15	AGCATCAGATATAATTAATAATTTGCGGAATTTTGTTTCTAAAAATTTTGACTATTCCGACAGAAAGTAA	25.71	32	104	Mu50	SAV2386	transcriptional regulator		SAR2474::70::90.0::1.4E-8::+	SAS2276::70::97.14286::1.3E-10::+	SAV2386::70::100.0::2.0E-11::+	MW2306::70::97.14286::1.3E-10::+	SA2174::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL2384::70::97.14286::1.3E-10::+
5QSA00004_D_16	TAAAGTCTACGATAACGAAAGTACATCAATTGCACAATACGGTTATCAATCTGCGATGCCAAAAGCTAAA	35.71	29	77	MSSA476	SAS1895	hypothetical phage protein			SAS1895::70::100.0::1.9E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-		MW1912::70::100.0::1.9E-11::+			
5QSA00004_D_17	TTGAGCACTGTCCTGACAATGTCCTGAAACATATTGAAAATAGCGAAATGGGACACCTATCAAAAATTAG	37.14	30	98	Mu50	SAV0792	hypothetical protein				SAV0792::70::100.0::2.0E-11::+				
5QSA00004_D_18	AGTATTCAATTTTTAGAACCGAAGAACACAGATGATAATCAACAAGATTTATACCAACAACAAGCGCAAC	32.86	32	80	MSSA476	SAS1904	putative single-strand DNA-binding protein		SAR2083::70::90.0::1.4E-8::+,SAR2031::70::90.0::9.5E-8::-	SAS1904::70::100.0::1.9E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-		MW1921::70::100.0::1.9E-11::+			
5QSA00004_D_19	ATGGATTTACAGATGTGGAAGCTAAAAATATAGAGGGACATGATGTCTTATTGTGGAAACCCATAAGATA	34.29	30	116	Mu50	SAV1176	hypothetical protein		SAR1152::66::98.48485::7.9E-10::+	SAS1110::66::98.48485::7.9E-10::+	SAV1176::70::100.0::2.0E-11::+	MW1059::66::98.48485::7.9E-10::+	SA1019::66::98.48485::7.9E-10::+		SACOL1189::66::98.48485::7.9E-10::+
5QSA00004_D_2	CTAAGCATTCCATTACAATATTTAGTTGCAGCAGCATTAGAAGTAACTGATGTGAATATATTTAAGCCTT	31.43	31	104	Mu50	SAV1055	hypothetical protein			SAS0990::70::97.14286::1.3E-10::+	SAV1055::70::100.0::1.9E-11::+	MW0938::70::97.14286::1.3E-10::+	SA0907::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL1064::70::97.14286::1.3E-10::+
5QSA00004_D_20	AGCTAAAAAAGCAGCTCAACTAGGCGAAGTACCTATAGGTGCTATCATCACTAAAGATGATGAAGTTATC	38.57	30	96	MSSA476	SAS0516	putative deaminase		SAR0563::70::98.57143::4.9E-11::+	SAS0516::70::100.0::1.9E-11::+	SAV0558::70::100.0::1.9E-11::+	MW0513::70::100.0::1.9E-11::+	SA0516::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL0605::70::100.0::1.9E-11::+
5QSA00004_D_21	ATTGAAAAGATTGGACAGTTAATTGGACGAATTACAGGTGGGGAACCTAGCGATACAAAAAAGTTCGTGA	38.57	30	70	MSSA476	SAS1880	hypothetical phage protein			SAS1880::70::100.0::2.0E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-		MW1897::70::100.0::2.0E-11::+			
5QSA00004_D_22	CTGATGCTAGGATGAAAGCCAAACAAAAAGTTAACACATTAAGCAAACCGCATCAAAACTATTTCAATAA	32.86	30	74	COL	SACOL0859	hypothetical protein								SACOL0859::70::100.0::1.9E-11::+
5QSA00004_D_23	TATATAAATACAGGAGATGAAGGAAATCAGTTTAATAGTAGCATAGGATATAAGGAAGAAAAAATAGGGC	30.0	32	50	MRSA252	SAR1886	putative exported protein		SAR1886::70::100.0::2.0E-11::+						
5QSA00004_D_24	CTTAGCATTCCATTACAATATTTAGTTGCAGCAGCTTTAGAAGTAACTGATGTGAATATATTTAAGCCTT	31.43	30	109	MSSA476	SAS0990	conserved hypothetical protein		SAR1028::70::90.0::1.4E-8::+	SAS0990::70::100.0::1.9E-11::+	SAV1055::70::97.14286::1.3E-10::+	MW0938::70::100.0::1.9E-11::+	SA0907::70::97.14286::1.3E-10::+		SACOL1064::70::100.0::1.9E-11::+
5QSA00004_D_3	TACTCAACATTAACAAGCTGGTGCCTATTTACCTTAATCCGAAAACGATTCTTTTCCCAATAAAACAAAA	32.86	30	78	MRSA252	SAR1860	hypothetical protein		SAR1860::70::100.0::2.0E-11::+						
5QSA00004_D_4	AAAATACTTAATGGACTTGTGCGTTCTTGTGAGAAACGACCAGTTAGATATCAACAACTTGAAGACATAA	34.29	29	87	MRSA252	SAR1765	conserved hypothetical protein		SAR1765::70::100.0::1.9E-11::+	SAS1614::70::98.57143::4.9E-11::+	SAV1686::70::100.0::1.9E-11::+	MW1629::70::98.57143::4.9E-11::+	SA1509::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL1733::70::98.57143::4.9E-11::+
5QSA00004_D_5	CTAGTATTACTGACAAGGACAATGTGAACTTTAATAAGCCAATCACCTTTGCTAATACGTACTTAAGAGA	34.29	31	110	MRSA252	SAR1861	putative membrane protein		SAR1861::70::100.0::2.0E-11::+						
5QSA00004_D_6	TAAATTATTACCTTATCGATTTATTCAGACAACAAAATCAATTAAAAGATGTCATTTTATGTGAGAATAA	21.43	32	104	Mu50	SAV1777	hypothetical protein			SAS1700::70::98.57143::4.9E-11::+	SAV1777::70::100.0::1.9E-11::+	MW1717::70::98.57143::4.9E-11::+	SA1595::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL1827::70::98.57143::4.9E-11::+
5QSA00004_D_7	GATCAGTAAGTACAAAACAAATTGCCGAAGCACTAAAAGCACAACATGATATTAAAATTGATAAACGTAA	30.0	31	64	Mu50	SAV0015	50S ribosomal protein L9	rplI	SAR0015::70::98.57143::5.2E-11::+	SAS0015::70::98.57143::5.2E-11::+	SAV0015::70::100.0::2.0E-11::+	MW0015::70::98.57143::5.2E-11::+	SA0014::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL0015::70::98.57143::5.2E-11::+
5QSA00004_D_8	ATTAAATTTATCAAATACTGCTGCGTTGTTAATTTATGAAGCGTTACGTCAACAAGATTTTCCAGGATTG	31.43	30	89	Mu50	SAV1855	putative rRNA methylase		SAR1946::70::98.57143::4.9E-11::+	SAS1778::70::98.57143::4.9E-11::+	SAV1855::70::100.0::1.9E-11::+	MW1796::70::98.57143::4.9E-11::+	SA1672::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL1913::70::98.57143::4.9E-11::+
5QSA00004_D_9	CAGATAATAATTGCATGATTTCAAATGCTGTAAGAAATAATGTAGACATAAAAATCTATCCCATCATTCA	27.14	31	100	Mu50	SAV1722	hypothetical protein		SAR1799::70::98.57143::5.2E-11::+	SAS1648::70::97.14286::1.3E-10::+	SAV1722::70::100.0::2.0E-11::+	MW1664::70::97.14286::1.3E-10::+	SA1543::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL1771::70::98.57143::5.2E-11::+
5QSA00004_E_1	TTAAAACAATCAGATTTGGTCGTAACGTTATGTAGTGATGCAGACAATAATTGTCCTATTTTACCACCAA	32.86	31	125	MRSA252	SAR0686	putative transposase (pseudogene)		SAR0692::70::100.0::2.3E-11::+,SAR0686::70::100.0::1.3E-10::+,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::+				SAP018::70::100.0::2.3E-11::+		
5QSA00004_E_10	CGGTTAATGATGAACTTAGTGCATTGATTAAGTTATTAATTTCAAAAATTAACGGTTGTCATTATTGTGT	27.14	31	118	Mu50	SAV2474	hypothetical protein		SAR2561::70::98.57143::5.5E-11::+	SAS2365::70::98.57143::5.5E-11::+	SAV2474::70::100.0::2.2E-11::+	MW2398::70::98.57143::5.5E-11::+	SA2262::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL2484::70::97.14286::1.4E-10::+
5QSA00004_E_11	CATATAAATTCTAGAATATACTATTACAAAGTCACTGAAAACGCTGAAACTTCCAAACCCTTTGTTGTTA	30.0	31	78	MSSA476	SAS0939	hypothetical phage protein		SAR1512::70::100.0::2.3E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::+	SAS0939::70::100.0::2.3E-11::+		MW1394::70::100.0::2.3E-11::+			SACOL0374::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00004_E_12	AAAAGAAAACTCAAGCGATTGGACAATTAAAAGTAACTAAACCAGATATCGATAATTTGATGAAGACAGT	30.0	29	70	Mu50	SAV1980	hypothetical protein				SAV1980::70::100.0::2.2E-11::+				
5QSA00004_E_13	ACATTATTTACTTCACCAAGTTGCACATCTTGCCGTAAAGCGAAAGCATGGTTACAAGAACATGACATTC	38.57	29	94	MSSA476	SAS0867	conserved hypothetical protein		SAR0965::70::100.0::2.3E-11::+	SAS0867::70::100.0::2.3E-11::+	SAV0997::70::100.0::2.3E-11::+	MW0879::70::100.0::2.3E-11::+	SA0856::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL1002::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00004_E_14	AATTTTTAGAAATCCTTGGAGAACCAGACTTTAATATGATTTCACATGAGAATATTCAATTGGTCGCAAA	30.0	31	106	MSSA476	SAS0376	hypothetical protein			SAS0376::70::100.0::2.2E-11::+		MW0375::70::100.0::2.2E-11::+			
5QSA00004_E_15	ATATGTACAGGCAACTCATGTCGAAGTCAAATGGCTGAAGGTTGGGCTAAACAAATCTTAGCGGATGATT	41.43	29	72	COL	SACOL1824	arsenate reductase	arsC							SACOL1824::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00004_E_16	CTGTATTTCATATTCATTTCCACTTAATTCCTCGATATGAAAATGATATTGATGGATTTGGTTATAAGTG	28.57	31	116	MSSA476	SAS1759	HIT-family protein		SAR1929::70::98.57143::5.5E-11::+	SAS1759::70::100.0::2.2E-11::+	SAV1838::70::98.57143::5.5E-11::+	MW1778::70::100.0::2.2E-11::+	SA1656::70::98.57143::5.5E-11::+		SACOL1894::70::98.57143::5.5E-11::+
5QSA00004_E_17	CAGATTGGAAAGGAGAAAGAAGGACTAAAAGTGACAGCAAAAAGAAAGATGTCGATTCTGAATTAAAAAA	32.86	32	53	MRSA252	SAR0286	hypothetical protein		SAR0286::70::100.0::2.3E-11::+						
5QSA00004_E_18	TATTAAAACCAGCACATCAAACCAAAACGCCTGATGATATAAAAAAAGAACTAGATTCTAAAAAGAACGA	30.0	32	65	MSSA476	SAS2369	putative exported protein		SAR2566::70::91.42857::5.9E-9::+	SAS2369::70::100.0::2.2E-11::+		MW2402::70::100.0::2.2E-11::+			
5QSA00004_E_19	ATGTAATCGACTTTATCTTTGATAGAGATATAATAACCGTTTTCTTCCCAGAGAACGGAACTGAAACTGA	34.29	30	79	MSSA476	SAS0894	hypothetical phage protein			SAS0894::70::100.0::2.3E-11::+					
5QSA00004_E_2	ATAATAATTTACGTATCGTCACTGAAGAAGATTTAAAAAAGAATAAAAATGCATTATCTGATAAAGAATA	21.43	32	86	COL	SACOL1802	conserved hypothetical protein		SAR1837::70::98.57143::5.5E-11::+	SAS1678::70::97.14286::1.4E-10::+	SAV1752::70::100.0::2.2E-11::+	MW1695::70::97.14286::1.4E-10::+	SA1573::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL1802::70::100.0::2.2E-11::+
5QSA00004_E_20	TTGTATTAAAATTTTTCAATTTAACAACGAAACAATACGAAGAAAAACATATTACTGAGCCACTGGAATT	25.71	31	82	MSSA476	SAS0659	conserved hypothetical protein		SAR0747::70::94.28571::9.1E-10::+	SAS0659::70::100.0::2.2E-11::+	SAV0694::70::100.0::2.2E-11::+	MW0656::70::100.0::2.2E-11::+	SA0649::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL0753::70::100.0::2.2E-11::+
5QSA00004_E_21	AATTACATTTGCTTTATGGTTAGTCAGTGGTATTAAACTACTTACTAATAACAAGCCTAAAGATGAAATA	27.14	32	164	MSSA476	SAS0281	putative membrane protein		SAR0301::70::98.57143::5.8E-11::+	SAS0281::70::100.0::2.3E-11::+	SAV0304::70::100.0::2.3E-11::+	MW0281::70::100.0::2.3E-11::+	SA0292::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL0300::70::98.57143::5.8E-11::+
5QSA00004_E_22	TTTAAGAGTAGTTCCGCAATCCATTAAGCTAATGAATGATAAATCATTAGATACACCTATCAAAATCGAT	30.0	31	105	COL	SACOL2379	conserved hypothetical protein		SAR2469::70::95.71428::3.6E-10::+						SACOL2379::70::100.0::2.2E-11::+
5QSA00004_E_23	TTATATGTAATAGCTAAAAAGATGGGTAAAGGCAATACAATAGCTGTAGTAAAAATCAAAGACGGTGGTA	31.43	31	72	MSSA476	SAS1089	hypothetical protein			SAS1089::70::100.0::2.3E-11::+		MW1038::70::100.0::2.3E-11::+			
5QSA00004_E_24	TATCTTAAGCATAATACTAAAGAACCCAATACCATCAAAACTGTACATTTCACAAGTTTAAAAAGAGGAC	30.0	31	77	COL	SACOL2487	conserved hypothetical protein		SAR2564::70::91.42857::5.9E-9::+	SAS2369::70::90.0::1.5E-8::+	SAV2477::70::98.57143::4.5E-11::+,SAV2475::70::92.85714::2.3E-9::+	MW2402::70::90.0::1.5E-8::+	SA2265::70::98.57143::4.5E-11::+,SA2263::70::92.85714::2.3E-9::+		SACOL2487::70::100.0::2.2E-11::+
5QSA00004_E_3	TCCTTCAGGGACGTTGTATGTCACTATAAGTGATGTTTATTCAGGATCTCCGACATTGACCATTGAATAA	38.57	29	86	Mu50	SAV0911	phi ETA orf 63-like protein				SAV0911::70::100.0::2.3E-11::+				
5QSA00004_E_4	TCTATTTATTAAGTTTATTCACATCTATTATTGGTCCACTGATAATATGGTTATTGAAAAAAGATGAATC	24.29	31	136	COL	SACOL2294	conserved hypothetical protein		SAR2387::70::98.57143::5.5E-11::+	SAS2193::70::98.57143::5.5E-11::+	SAV2303::70::100.0::2.2E-11::+	MW2221::70::98.57143::5.5E-11::+	SA2096::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL2294::70::100.0::2.2E-11::+
5QSA00004_E_5	ATATAATTACTGTTTACTGTCCTGAAAACGGAACTGCGACTGATGAATATTTTTGTGAAATTATATTTAA	27.14	33	105	MW2	MW1439	hypothetical protein		SAR1559::70::98.57143::5.9E-11::+,SAR1563::70::98.57143::3.4E-10::-			MW1439::70::100.0::2.3E-11::+			
5QSA00004_E_6	TATAACGACACAACTAATCGTAGTTTCGTTGAAATGGAAGCCACGATAGAAGTAGTTACTGATCAAAAAG	35.71	30	102	Mu50	SAV2382	similar to general stress protein			SAS2272::70::91.42857::5.9E-9::+	SAV2382::70::100.0::2.2E-11::+	MW2302::70::91.42857::5.9E-9::+	SA2170::70::100.0::2.2E-11::+		
5QSA00004_E_7	AAATTCTCTCAGATAGTATTTTAGATATTGACTCTCAAAATATAGATAATCATGACTTATTAGAAATTTA	21.43	34	134	MSSA476	SAS2000	putative single strand DNA-binding protein		SAR2185::70::100.0::2.3E-11::+	SAS2000::70::100.0::2.3E-11::+	SAV2096::70::100.0::2.3E-11::+	MW2021::70::100.0::2.3E-11::+	SA1899::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL2089::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00004_E_8	TACATTTAAAGATTTAGGTAAACAAGTATTTAATTACTTTTCAACACCTTCATTTGTAACGAATATATAT	21.43	32	126	MSSA476	SAS2277	putative small heat shock protein		SAR2475::70::98.57143::5.5E-11::+	SAS2277::70::100.0::2.2E-11::+	SAV2387::70::100.0::2.2E-11::+	MW2307::70::100.0::2.2E-11::+	SA2175::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL2385::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00004_E_9	GCAGTAGAATTTATAGCACAAAAAAGATTAGAAAAGCATAGTTGGAAAGCTGGAAAATCGAATAGTAAAT	30.0	34	63	MSSA476	SAS2589	putative membrane protein		SAR2792::70::98.57143::5.9E-11::+	SAS2589::70::100.0::2.3E-11::+	SAV2706::70::98.57143::5.9E-11::+	MW2625::70::100.0::2.3E-11::+	SA2496::70::98.57143::5.9E-11::+		SACOL2733::70::98.57143::6.1E-11::+
5QSA00004_F_1	GAATCATTATAAGTCACTTAAAGTAACGAGATTTAAAAAGTCGCCAATGGACAGTTATTTTATAGGTGGT	31.43	30	100	MRSA252	SAR1889	putative exported protein		SAR1889::70::100.0::2.0E-11::+						
5QSA00004_F_10	TGTTGCTTCGAAAAAGGATTTTAAAGTTGAATTCGAAAATGAGGCACTTTCAAAGAAATTTATAAATAAG	27.14	36	120	Mu50	SAV1602	hypothetical protein		SAR1679::70::94.28571::1.6E-9::+	SAS1538::70::94.28571::1.2E-9::+	SAV1602::70::100.0::1.9E-11::+	MW1552::70::94.28571::1.2E-9::+	SA1430::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL1657::70::94.28571::1.3E-9::+
5QSA00004_F_11	TAGAGAAAGGCACAAAAAATACTGCTCAATTTGAAAAAATGGTTATTTTAACTGAAAATAAAGGTTACTA	25.71	32	80	N315	SA1755	hypothetical protein		SAR2036::70::97.14286::1.3E-10::+,SAR2031::70::97.14286::8.8E-10::+				SA1755::70::100.0::2.0E-11::+		
5QSA00004_F_12	AAAGAAAATGATTTAATAAAGAATGTACCATTAAGCCAAATTAAAAATGTATTTAAAATGATAGATAAAC	18.57	33	106	MSSA476	SAS1586	putative membrane protein		SAR1730::70::98.57143::4.9E-11::+	SAS1586::70::100.0::1.9E-11::+	SAV1650::70::100.0::1.9E-11::+	MW1601::70::100.0::1.9E-11::+	SA1476::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL1705::70::100.0::1.9E-11::+
5QSA00004_F_13	GAAGATGCTGATAAAGTTGAAGCATTCTATGAGAAAATTAAAGATCATTCTTCAATTGAAATAGAATTAC	27.14	32	103	Mu50	SAV2592	hypothetical protein		SAR2672::70::98.57143::5.2E-11::+	SAS2478::70::98.57143::5.2E-11::+	SAV2592::70::100.0::2.0E-11::+	MW2512::70::98.57143::5.2E-11::+	SA2378::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL2609::70::98.57143::5.2E-11::+
5QSA00004_F_14	ACAACATTAAATTAGACGAAACTTGTAAGGGAGATATTAACATAACATCATGTAATTCTGAATACTTTTT	25.71	31	95	Mu50	SAV1817	hypothetical protein				SAV1817::70::100.0::1.9E-11::+		SA1635::70::100.0::1.9E-11::+		
5QSA00004_F_15	GAAACATGGATTTATAAAGCTATTAATAATCAAACAGAACAAGAGATGAGAGAAAAGTTTAGACACTATT	27.14	34	88	MSSA476	SAS2522	arginine repressor family protein		SAR2715::70::95.71428::3.4E-10::+	SAS2522::70::100.0::2.0E-11::+	SAV2636::70::100.0::2.0E-11::+	MW2557::70::100.0::2.0E-11::+	SA2429::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL2658::70::98.57143::5.2E-11::+
5QSA00004_F_16	CTGACATCATTACTATACAAATTATTTTCTCCAGTATCAGAAATGATTATGAATACATCTTATCAAGAGT	27.14	33	123	N315	SA1949	lytic regulatory protein truncated with Tn554	truncated-SA					SA1949::70::100.0::1.9E-11::+		
5QSA00004_F_17	TATCTAAGATATACATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATC	31.43	31	99	COL	SACOL0028	IS431mec, transposase		SAR0034::70::100.0::1.4E-11::+,SAR0027::70::100.0::1.4E-11::+		SAV0027::70::100.0::1.4E-11::+,SAV0036::70::100.0::1.4E-11::+,SAVP014::70::98.57143::4.3E-11::+,SAVP029::70::98.57143::4.3E-11::+,SAVP023::70::97.14286::1.3E-10::+,SAVP024::70::90.0::2.4E-8::+	MW0027::70::100.0::1.4E-11::+	SA0026::70::100.0::1.4E-11::+,SA0034::70::100.0::1.4E-11::+	VRA0022::70::98.57143::4.3E-11::+,VRA0027::70::98.57143::4.3E-11::+,VRA0034::70::98.57143::7.8E-11::+,VRA0002::70::97.14286::1.3E-10::+,VRA0006::70::97.14286::1.3E-10::+,VRA0032::70::90.0::2.4E-8::+	SACOL0028::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00004_F_18	TATTTCATCATTCATTTAAATTATGTTTATATCAATATCGATTTTTGGGTCATCATGGTTATTATAGGGT	24.29	35	81	Mu50	SAV2167	hypothetical protein			SAS2069::70::91.42857::5.3E-9::+	SAV2167::70::100.0::1.9E-11::+	MW2094::70::91.42857::5.3E-9::+	SA1971::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL2158::70::91.42857::5.3E-9::+
5QSA00004_F_19	TTTGCTTGCGCTCGGTGCATGTATCCCTCTTTTACCTTACAACTTTTAGTTGTTAGGGGCTTTTTTGCAT	41.43	31	86	Mu50	SAV1078	hypothetical protein				SAV1078::70::100.0::2.0E-11::+,SAV1078::70::95.71428::3.4E-10::+,SAV1078::70::91.42857::5.6E-9::+,SAV1078::70::90.0::1.4E-8::+		SA0930::70::100.0::4.3E-11::-,SA0930::70::95.71428::7.2E-10::-,SA0930::70::90.0::3.0E-8::-		
5QSA00004_F_2	TCGCAGCAGCTTTAGAAGTGACAGATGTAAATATCTTTAAACCTTCTGGGTTTACAATGGGAATGAATAA	35.71	29	98	MRSA252	SAR1028	conserved hypothetical protein		SAR1028::70::100.0::1.9E-11::+						
5QSA00004_F_20	CCGGGTTTTGGCAAAGGTGTTATCAAGAGGGAGTAATTGCGGATTTACAGTTAAAAAATAATGGTGATTT	37.14	30	75	Mu50	SAV2435	hypothetical protein		SAR2525::70::95.71428::3.2E-10::+	SAS2327::70::97.14286::1.2E-10::+	SAV2435::70::100.0::1.9E-11::+	MW2359::70::97.14286::1.2E-10::+	SA2223::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL2438::70::97.14286::1.2E-10::+
5QSA00004_F_21	AATAATCAATATCAGAAAAATATTGGTTACCATGATGATAAATTAGGCAAATTATTTAAAGAAAAAGACC	22.86	32	99	MRSA252	SAR1894	putative exported protein		SAR1894::70::100.0::2.0E-11::+,SAR1891::69::94.202896::1.5E-9::+						
5QSA00004_F_22	TATAAAACGTTTATTACTACCGCTGATGAAATTATAGAGAAGTATGGTATGAGCCGTCAGCATCATCGTT	35.71	31	89	MSSA476	SAS2514	putative regulatory protein		SAR2707::70::100.0::2.0E-11::+	SAS2514::70::100.0::2.0E-11::+	SAV2628::70::100.0::1.9E-11::+	MW2549::70::100.0::1.9E-11::+	SA2421::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL2650::70::97.14286::1.3E-10::+
5QSA00004_F_23	ATTATTGTGAACATGAAGTACTTAGCTCGATTATCAATGGCGCATATATTATAGTCAAAACCTCACCAGG	35.71	29	95	MRSA252	SAR2715	arginine repressor family protein		SAR2715::70::100.0::2.0E-11::+						
5QSA00004_F_24	CCGTCGATTCCTACAATTGATAAAAATGGCATTGAAATTAGAGATGAAATTGTTTTGACAAAATATTTGT	28.57	31	93	MSSA476	SAS0053	acetyltransferase (GNAT) family protein			SAS0053::70::100.0::1.9E-11::+		MW0053::70::100.0::1.9E-11::+			
5QSA00004_F_3	TACTAGTTTTAAAAAGACGCCTATGGGTGGCTATATTGTGGATGGATATGTTAATCACAACAAAAATTAT	31.43	30	87	MRSA252	SAR1890	putative exported protein		SAR1890::70::100.0::2.0E-11::+						
5QSA00004_F_4	TGTTTGTGCCCTACTAAACCACAGGGAACGTCAGTGGCTTATGCTTTATCTTGAAGGCTATAAGCAATAT	41.43	29	90	MRSA252	SAR1859	putative DNA-binding protein		SAR1859::70::100.0::1.9E-11::+						
5QSA00004_F_5	TTATGGTGAACACCAAGGCAAACCGTTTTATAATGATTTAATTTCATTTATTACATCAGCACCAGTGTTC	32.86	31	102	Mu50	SAV1469	nucleoside diphosphate kinase	ndk	SAR1478::70::97.14286::1.3E-10::+	SAS1410::70::97.14286::1.3E-10::+	SAV1469::70::100.0::2.0E-11::+	MW1358::70::97.14286::1.3E-10::+	SA1301::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL1509::70::97.14286::1.3E-10::+
5QSA00004_F_6	ATATGATATTTATCATTATCATTGGTTTAACGCTTGTCATATTTTGTTTACTTCCTACAATTCACAAAAT	24.29	30	77	Mu50	SAV0109	hypothetical protein		SAR0112::70::97.14286::1.2E-10::+	SAS0083::70::97.14286::1.2E-10::+	SAV0109::70::100.0::1.9E-11::+	MW0082::70::97.14286::1.2E-10::+	SA0105::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL0092::70::97.14286::1.2E-10::+
5QSA00004_F_7	ATTTTAAAATTTTAGATCATCGTTTAACTTTCCATGGTGTGTGTGAAACATGCCAAGCTAAAGGTAAAGG	32.86	33	101	Mu50	SAV1498	ferric uptake regulator homolog		SAR1574::70::98.57143::5.2E-11::+	SAS1438::70::98.57143::5.2E-11::+	SAV1498::70::100.0::2.0E-11::+	MW1452::70::98.57143::5.2E-11::+	SA1329::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL1541::70::98.57143::5.2E-11::+
5QSA00004_F_8	TATATTGATATGGAACATCCTAGAAAATCCAAATGTAATTGTCCTCATGCTGATGGAAGACGAGTGATAT	34.29	30	76	MSSA476	SAS1319	hypothetical protein		SAR1391::70::98.57143::5.1E-11::+	SAS1319::70::100.0::1.9E-11::+	SAV1378::70::100.0::1.9E-11::+	MW1266::70::100.0::1.9E-11::+	SA1210::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL1413::70::98.57143::4.9E-11::+
5QSA00004_F_9	CATTAAATCACCAATGGTAGGTACATTCTTTTTACAAGATAGTAAAGAATTAACTGAACCAATTGTGAAT	28.57	30	149	MSSA476	SAS1543	putative biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase		SAR1686::69::98.55073::8.7E-11::+	SAS1543::70::100.0::2.0E-11::+	SAV1607::70::100.0::2.0E-11::+	MW1557::70::100.0::2.0E-11::+	SA1435::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL1662::70::98.57143::5.2E-11::+
5QSA00004_G_1	ATAGTAGCATTATCAACAGATGAATTTAATCAAATTAAACATAAAAAATCTTATTATGATTATGAACAAC	20.0	34	118	MSSA476	SAS0607	glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase		SAR0651::70::98.57143::5.8E-11::+	SAS0607::70::100.0::2.3E-11::+	SAV0641::70::100.0::2.3E-11::+	MW0603::70::100.0::2.3E-11::+	SA0597::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL0698::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00004_G_10	AAAAAAATTTAAGATAATAATGACAGAAGCATTGTCTTTATATATTTGGGGGTGCAACATTTTGAATACT	25.71	32	130	MSSA476	SAS0633	hypothetical protein		SAR0679::70::98.57143::5.4E-11::+	SAS0633::70::100.0::2.1E-11::+	SAV0668::70::100.0::2.1E-11::+	MW0630::70::100.0::2.1E-11::+	SA0623::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL0726::68::100.0::6.0E-11::+
5QSA00004_G_11	ACCGAAGCAACAACCACAAACTAAGCCCGAAAAGAAGACTGTTTCGAGAAAAGTGGTTGTACAATTAACT	40.0	31	94	MSSA476	SAS1114	putative cell division protein		SAR1156::70::100.0::2.3E-11::+	SAS1114::70::100.0::2.3E-11::+	SAV1180::70::100.0::2.3E-11::+	MW1063::70::100.0::2.3E-11::+	SA1023::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL1193::70::100.0::2.4E-11::+
5QSA00004_G_12	TAGTAATAACGGTTATAAGGAATTGACAATGGATGGAAAACACACTGTGCCTTACACGATCTCAGTAGAT	37.14	31	88	Mu50	SAV2205	hypothetical protein			SAS2104::70::97.14286::1.4E-10::+	SAV2205::70::100.0::2.1E-11::+	MW2130::70::97.14286::1.4E-10::+	SA2006::70::100.0::2.1E-11::+		
5QSA00004_G_13	ATATTCCAAAAATCACGACATTTTTAATGTTTAATAACAAAGCTGAAGAAGCTGTTAAACTATACACAAG	27.14	30	75	Mu50	SAV1207	similar to PhnB protein		SAR1183::70::97.14286::1.5E-10::+	SAS1141::70::98.57143::5.8E-11::+	SAV1207::70::100.0::2.3E-11::+	MW1090::70::98.57143::5.8E-11::+	SA1050::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL1219::70::98.57143::5.8E-11::+
5QSA00004_G_14	TCTAAAGGATCGTTGGCAGGTGTAGACGGACGACTACAAACACGTAACTATGAAAACAAAGACGGGCAAC	45.71	29	85	Mu50	SAV0864	single strand DNA binding protein				SAV0864::70::100.0::2.1E-11::+				
5QSA00004_G_15	AATTCGTGCAATTTTACGTCGTCAGCCACAAAAGGATATTATCGATGTCAACGGAACGCTTTTAAAGTGA	38.57	29	80	N315	SA1248	truncated (putative response regulator ArlR [S						SA1247::70::100.0::1.4E-11::+,SA1248::70::100.0::2.3E-11::+		
5QSA00004_G_16	TAATAATGCGCAAACTGCAACTTATACACTTACTTTGAATGATGGTAATAAAAAAGTAGTGAATCTAAAG	28.57	33	89	MSSA476	SAS2104	putative exported protein		SAR2295::70::95.71428::3.5E-10::+	SAS2104::70::100.0::2.1E-11::+	SAV2205::70::95.71428::3.5E-10::+	MW2130::70::100.0::2.1E-11::+	SA2006::70::95.71428::3.5E-10::+		SACOL2197::70::95.71428::3.5E-10::+
5QSA00004_G_17	TAAGTACATGTGCCATTGTAATCAAAGAAGATAAGCAGCATTATACATATACACATGAGTTAGGCGAAAT	32.86	32	117	Mu50	SAV1433	similar to cell wall enzyme EbsB		SAR1446::70::95.71428::3.8E-10::+	SAS1376::70::98.57143::5.8E-11::+	SAV1433::70::100.0::2.3E-11::+	MW1323::70::98.57143::5.8E-11::+	SA1266::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL1471::70::98.57143::5.8E-11::+
5QSA00004_G_18	GAATTCAGTTTTACATTAGATCCTTGTTCAACAGACGAGAACGCCAAATGCCGGAAGTATTATACAGTAA	37.14	28	80	COL	SACOL0346	prophage L54a, N-6-adenine-methyltransferase								SACOL0346::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00004_G_19	CAAACTATTATAATCAATGCTATTTTTCATTGGATAATATGGAATTAAATGATGGTAGATTAATTGAAAA	21.43	33	112	Mu50	SAV1827	enterotoxin	yent1	SAR1918::70::94.28571::1.8E-9::+		SAV1827::70::100.0::2.3E-11::+		SA1645::70::100.0::2.3E-11::+		
5QSA00004_G_2	ATACTGCTGTTCAAGCGAGCCATATGGTAGATGGTAATATTACAGTGATTGATTCTAAATCTATTTCGTT	34.29	29	86	pLW043	VRA0003	hypothetical protein							VRA0003::70::100.0::2.2E-11::+	
5QSA00004_G_20	TTTAAAGAGCGTGAAGGTAAATATCAAGTAGAAGGTTGTTTTATTGAATCAGGTGCACTTAATAATAAAA	28.57	31	93	COL	SACOL1339	conserved hypothetical protein		SAR1318::70::94.28571::1.6E-9::+						SACOL1339::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00004_G_21	TTATCAAGGTCAAGATTACGGCAGTCTAATTATGGAACATATTATGAAGTATATTAAAAATGTATCTGTC	28.57	32	84	Mu50	SAV2371	similar to attachment to host cells and virulence		SAR2460::70::92.85714::2.4E-9::+	SAS2263::70::97.14286::1.5E-10::+	SAV2371::70::100.0::2.3E-11::+	MW2293::70::97.14286::1.5E-10::+	SA2161::70::100.0::2.3E-11::+		
5QSA00004_G_22	ACTGTTTGAATTGGGCATTTTGTTCTCGGTTGTCGGGGTTATTGTAACGGTGATGCTGTCTCTTAGTGGA	44.29	30	58	MRSA252	SAR0631	putative membrane protein		SAR0631::70::100.0::2.1E-11::+						
5QSA00004_G_23	TATCACTGGAAGATTTACTTGAAGGTGCAAAAGATACTTTGATTCGACATGATGTTAATGAAGACAATAT	31.43	30	82	Obsolete	Obsolete	Obsolete		SAR1850::70::98.57143::9.3E-11::+	SAS1691::70::98.57143::9.3E-11::+	SAV1767::70::98.57143::9.3E-11::+	MW1708::70::98.57143::9.3E-11::+	SA1586::70::98.57143::9.3E-11::+		SACOL1817::70::98.57143::9.3E-11::+
5QSA00004_G_24	TACCATATTACAAAATAAATAGAAATAATAATTTATTCGTACAAGATTATGGAATTAAGCGTAAAGGTAG	22.86	33	121	MSSA476	SAS0621	hypothetical protein		SAR0666::69::98.55073::9.1E-11::+	SAS0621::70::100.0::2.1E-11::+	SAV0656::70::100.0::2.1E-11::+	MW0618::70::100.0::2.1E-11::+	SA0611::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL0713::70::98.57143::5.4E-11::+
5QSA00004_G_3	GAAAATAATATATTTTTCATTTACTGGAAATGTCCGTCGTTTTATTAAGAGAACAGAACTTGAAAATACG	27.14	33	103	MSSA476	SAS0695	conserved hypothetical protein		SAR0784::70::98.57143::5.8E-11::+	SAS0695::70::100.0::2.3E-11::+	SAV0730::70::100.0::2.3E-11::+	MW0692::70::100.0::2.3E-11::+	SA0685::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL0791::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00004_G_4	AAGTGCTAAATATAAATCCGGAAAACTCATTTTAGATGAGCGAAACTTCGAATCATTAATACGCCAATTT	31.43	29	96	MRSA252	SAR2475	putative small heat shock protein		SAR2475::70::100.0::2.2E-11::+						
5QSA00004_G_5	TATTAAAAAAGAAATTGCTGAAATCTTAAAGAGTGAAGGTTTCATTAAAAATGTTGAATACGTAGAAGAT	24.29	33	103	MSSA476	SAS2127	30S ribosomal protein S8		SAR2321::70::100.0::2.3E-11::+	SAS2127::70::100.0::2.3E-11::+	SAV2236::70::100.0::2.3E-11::+	MW2155::70::100.0::2.3E-11::+	SA2034::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL2225::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00004_G_6	TCTATCTCAAGCATAACACTAAAGAACCGAACACGATCAAATCTGTACATTTCACAAGTTTAAAGACAGG	35.71	30	92	MRSA252	SAR2566	putative exported protein		SAR2566::70::100.0::2.2E-11::+,SAR2564::70::90.0::1.5E-8::+	SAS2369::70::90.0::1.5E-8::+,SAS2366::70::90.0::1.5E-8::+		MW2402::70::90.0::1.5E-8::+,MW2399::70::90.0::1.5E-8::+			
5QSA00004_G_7	GATGAAGTAGACGTGAAAGTATTATCTATTGCTGATGATGGAAAAATTAGTCTTTCAATTAAGAAAGCTA	30.0	31	92	Mu50	SAV0508	hypothetical protein		SAR0509::70::97.14286::1.5E-10::+	SAS0465::70::98.57143::5.8E-11::+	SAV0508::70::100.0::2.3E-11::+	MW0463::70::98.57143::5.8E-11::+	SA0466::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL0552::70::98.57143::5.8E-11::+
5QSA00004_G_8	AATTTTAGGGCAAATTCATGTAAGTACAATAACACTTTTTGAATTAGGTATTTTATTCTCAGTTGTTGGT	27.14	31	86	Mu50	SAV0623	Na_ antiporter			SAS0590::70::98.57143::5.4E-11::+	SAV0623::70::100.0::2.1E-11::+	MW0586::70::98.57143::5.4E-11::+	SA0579::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL0680::70::98.57143::5.4E-11::+
5QSA00004_G_9	AGAAAGCAGTTGTCAGAATTAAAGATGGTGGTCCTAGAGATTACTATACTTTTGACTTAACTCGTCCTTT	35.71	29	135	COL	SACOL1166	hypothetical protein				SAV1156::70::100.0::2.3E-11::+		SA1001::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL1166::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00004_H_1	TTAGTCTTATTAAATTTCAGCACAGCAATCAATACCATGTTAGAAGTAACACTTATTGCAGGCGCCATCG	37.14	30	77	Mu50	SAV0585	hypothetical protein		SAR0590::70::90.0::1.4E-8::+	SAS0543::70::95.71428::3.3E-10::+	SAV0585::70::100.0::2.0E-11::+	MW0540::70::95.71428::3.3E-10::+	SA0542::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL0631::70::94.28571::8.5E-10::+
5QSA00004_H_10	AGCTACCCATCAAAAGAAAGATACTGAAGTAAATCATCAAAAAGACGAGAATACAAACAACACAAATGAA	31.43	32	42	MRSA252	SAR2718	putative exported protein		SAR2718::70::100.0::1.9E-11::+						
5QSA00004_H_11	ATTCCTTTGTTAATATAGATGGTACTGATAATTTACTTGTTCTAAAAACGTTACCTGGTAATGCACAATC	30.0	31	82	MSSA476	SAS1459	arginine repressor		SAR1598::70::98.57143::5.1E-11::+	SAS1459::70::100.0::2.0E-11::+	SAV1520::70::98.57143::5.1E-11::+	MW1473::70::100.0::2.0E-11::+	SA1351::70::98.57143::5.1E-11::+		SACOL1565::70::98.57143::5.1E-11::+
5QSA00004_H_12	CTATAAAGATTTTGAATGAATATGATGGTATTAGCGTATCTAATATTTCTCCGATTTATGAAACAGCACC	30.0	31	106	Mu50	SAV0516	2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridin e pyrophosphokinase	folK	SAR0517::70::97.14286::1.2E-10::+	SAS0473::70::98.57143::4.9E-11::+	SAV0516::70::100.0::1.9E-11::+	MW0471::70::98.57143::4.9E-11::+	SA0474::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL0560::70::98.57143::4.9E-11::+
5QSA00004_H_13	TTTTGTAATGTACCGATAGATAAAGGAATTATGATAAATGAACTTAGCGAAGCATTGTGGAATATAGCTA	30.0	30	79	MSSA476	SAS1894	hypothetical phage protein			SAS1894::70::100.0::2.0E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-		MW1911::70::100.0::2.0E-11::+			
5QSA00004_H_14	TTTTACAATCTTACGCTCTTATCAGCCAGAAATGTATGGCGAAAAGTTAGACTTAGCACTTATGTACAAA	34.29	31	123	Mu50	SAV0602	hypothetical protein		SAR0610::70::98.57143::4.9E-11::+	SAS0570::70::98.57143::4.9E-11::+	SAV0602::70::100.0::1.9E-11::+	MW0565::70::98.57143::4.9E-11::+	SA0559::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL0657::70::98.57143::4.9E-11::+
5QSA00004_H_15	CTTGTTAAACGTATTCAAAGAGTCGTTACAGACCATGGCACTGAAATAGGCATTCGTTTAAAACAACCTA	37.14	29	116	MSSA476	SAS2181	urease accessory protein UreE		SAR2375::70::94.28571::8.5E-10::+	SAS2181::70::100.0::2.0E-11::+	SAV2291::70::100.0::2.0E-11::+	MW2209::70::100.0::2.0E-11::+	SA2085::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL2283::70::100.0::2.0E-11::+
5QSA00004_H_16	ACAATTTATGATTTTGTAGTAGAAACAAATAAAGGTGTTACTTACAAATTAGATGCATATAAGGGTGACG	28.57	31	126	MSSA476	SAS1238	putative glutathione peroxidase		SAR1280::70::98.57143::4.9E-11::+	SAS1238::70::100.0::1.9E-11::+	SAV1306::70::100.0::1.9E-11::+	MW1188::70::100.0::1.9E-11::+	SA1146::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL1325::70::100.0::1.9E-11::+
5QSA00004_H_17	TTATGAAAACAGGAAAGCGTATGGTAATAGCCAATGTTGGTTTAGCTTTAGGGCCTGAAGAAAAGATTGA	37.14	30	109	MSSA476	SAS2284	hypothetical protein			SAS2284::70::100.0::2.0E-11::+	SAV2393::70::100.0::2.0E-11::+	MW2315::70::100.0::2.0E-11::+	SA2181::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL2391::70::100.0::2.0E-11::+
5QSA00004_H_18	TAGTTGTTTATGTAGCAGGAGGGTGTCTATGGGGTGTTGAAGCATTTTTTGCAACAATACCTGGAATTAT	38.57	30	84	Mu50	SAV2660	methionine sulfoxide reductase A		SAR2741::69::95.652176::5.3E-10::+	SAS2546::69::97.10145::2.1E-10::+	SAV2660::70::100.0::1.9E-11::+	MW2580::69::97.10145::2.1E-10::+	SA2453::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL2683::69::97.10145::2.1E-10::+
5QSA00004_H_19	GTGACAGGTATCATCCCGTTAGTGCCAGGTGGATTAGCTTACGATGCAACGAAAAATTTAGTATTATTAA	38.57	28	66	MRSA252	SAR0590	putative membrane protein		SAR0590::70::100.0::2.0E-11::+						
5QSA00004_H_2	AATTCGAGGACGTCAAGTCATCATAAATAAATTTGCAGTTGAACTTAATAAAGATATTTATACAGGGCTA	30.0	31	95	MSSA476	SAS2200	conserved hypothetical protein			SAS2200::70::100.0::1.9E-11::+	SAV2308::70::100.0::1.9E-11::+	MW2228::70::100.0::1.9E-11::+	SA2101::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL2300::70::100.0::1.9E-11::+
5QSA00004_H_20	TAATGGTAAAATCGACACCCAAACTTTATTAGATTTTTTAGGTTCTCCACCAAATGTGGTGGGTATATAA	32.86	30	84	Mu50	SAV2378	probable type II DNA modification enzyme				SAV2378::70::100.0::2.7E-11::+				
5QSA00004_H_21	TATGATTATAGCTAATGTCGGTTTAGCATTGGGACCAGAAGAAAAGATTGACTATCCAATTTTATTAAGC	32.86	30	91	MRSA252	SAR2482	hypothetical protein		SAR2482::70::100.0::2.0E-11::+						
5QSA00004_H_22	TAATTTAGATTATCTAGGATTATCTCATGAAAGATATGAAAGTGTATTTAATACTTTGAAAAAACAAAGT	21.43	33	100	MSSA476	SAS0753	putative exported protein			SAS0753::70::100.0::8.3E-11::+		MW0765::70::100.0::1.9E-11::+			SACOL0857::70::100.0::8.3E-11::+
5QSA00004_H_23	GCAAAGAAAGTATGGGTATTGTAAGAACAACTTTTATAATAGATGAACAAGGTAAAGTATTAGATGTTAT	27.14	32	76	Mu50	SAV1863	similar to bacterioferritin comigratory protein		SAR1953::70::97.14286::1.3E-10::+	SAS1785::70::97.14286::1.3E-10::+	SAV1863::70::100.0::2.0E-11::+	MW1803::70::97.14286::1.3E-10::+	SA1680::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL1921::70::97.14286::1.3E-10::+
5QSA00004_H_24	AAGGTTTAGATGATGAAGTTCGTGTTCCACTACCTAATGGTGGCGAAATGAACGTAAAAATTGTTAATAT	34.29	29	93	MSSA476	SAS1546	transcription elongation factor		SAR1689::70::98.57143::4.9E-11::+	SAS1546::70::100.0::1.9E-11::+	SAV1610::70::100.0::1.9E-11::+	MW1560::70::100.0::1.9E-11::+	SA1438::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL1665::70::100.0::1.9E-11::+
5QSA00004_H_3	GATAATTATGGTTTAGAAAGAATTTCTAAGACAAATCATGGATATAATTATGTTTATTCCAATGATAATT	21.43	31	126	MSSA476	SAS0661	putative exported protein		SAR0749::70::100.0::2.0E-11::+	SAS0661::70::100.0::2.0E-11::+	SAV0696::70::100.0::2.0E-11::+	MW0658::70::100.0::2.0E-11::+	SA0651::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL0755::70::98.57143::5.1E-11::+
5QSA00004_H_4	CCGTCGATTCCTGAAATGGGTGAAAATGGCATTGAAATTAGAGATGAAATTGTATTGAAAAAATGTTTAT	31.43	31	65	MRSA252	SAR0098	acetyltransferase (GNAT) family protein		SAR0098::70::100.0::1.9E-11::+						
5QSA00004_H_5	ATAATAAATTAAACTTTAATATCCAACAAATGAATGGTGAAATACTATCAGTTTCACAATTTACTCTCTA	22.86	32	118	MSSA476	SAS1569	conserved hypothetical protein		SAR1713::70::98.57143::5.1E-11::+	SAS1569::70::100.0::2.0E-11::+	SAV1633::70::100.0::2.0E-11::+	MW1583::70::100.0::2.0E-11::+	SA1459::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL1688::70::100.0::2.0E-11::+
5QSA00004_H_6	TCCGAGAAGTATTGAAAGATGGACGAAGAGCGCCGTTTAGTAGTATTTATTTTTTGCTTACAGATGACAA	37.14	30	62	MRSA252	SAR0681	conserved hypothetical protein		SAR0681::70::100.0::1.9E-11::+	SAS0635::70::95.71428::3.2E-10::+		MW0632::70::95.71428::3.2E-10::+			SACOL0728::70::95.71428::3.2E-10::+
5QSA00004_H_7	TGAATGATGAAAGGAATTTGACGATGAAGCCCACTAAAGTGATTTTAAGAGATGCATCTTATTTACATAG	32.86	31	91	Mu50	SAV1890	hypothetical protein				SAV1890::70::100.0::2.0E-11::+	MW1831::70::94.28571::8.5E-10::+	SA1706::70::100.0::2.0E-11::+		
5QSA00004_H_8	AGATGCTTTAAATGGCGCAGTTAGAGGACGTCAAGTGATTATTAATAAATTTGCTGTTGAGCTCAACAAA	35.71	30	99	MRSA252	SAR2392	conserved hypothetical protein		SAR2392::70::100.0::1.9E-11::+						
5QSA00004_H_9	TTAGTCTTATTAAATTTCAGCACAGCAATAAATACAATGTTAGAAGTAACACTTATTGCAGGAGCCATCG	32.86	31	84	MSSA476	SAS0543	putative membrane protein			SAS0543::70::100.0::2.0E-11::+	SAV0585::70::95.71428::3.3E-10::+	MW0540::70::100.0::2.0E-11::+	SA0542::70::95.71428::3.3E-10::+		SACOL0631::70::90.0::1.4E-8::+
5QSA00004_I_1	GGGCAAGTACCTAAAAAAAGCATTAGACAAATTGAGTCGATTATAGCGTGCTTATATTACATGGTTCAAT	34.29	30	108	MSSA476	SAS0348	putative exported protein			SAS0348::70::100.0::2.3E-11::+		MW0346::70::100.0::2.3E-11::+			
5QSA00004_I_10	CAACATAAAATTTTAGGACTCGATGTCGGTAGTAGAACGGTAGGAATTGCAATTAGTGATATAATGGGTT	35.71	30	83	MSSA476	SAS1552	conserved hypothetical protein		SAR1695::70::100.0::2.1E-11::+	SAS1552::70::100.0::2.1E-11::+		MW1566::70::100.0::2.1E-11::+			SACOL1671::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00004_I_11	TTATATGGCAGATGTGTGCCTACCAAAGCATTCTACATCTTAAACGATGACCTAACTATGACGTTAATCT	37.14	28	81	COL	SACOL0353	hypothetical protein								SACOL0353::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00004_I_12	TGATTGCGGATGATACCGAAGGTTTACCTATAACCCAAGGTAATAATATATCGCTTTGTATTACTTTTGA	34.29	31	90	MSSA476	SAS0046	conserved hypothetical protein			SAS0046::70::100.0::2.1E-11::+					
5QSA00004_I_13	CAAAAGTTGGTAGTCAAGAAAGGGCTGTTTTAATTGAATGGGTAGGTCCTATGAATCGCAAAAACATTAT	35.71	30	87	COL	SACOL0373	conserved hypothetical protein		SAR1513::70::97.14286::1.6E-10::+,SAR1563::70::97.14286::8.8E-10::+	SAS0938::70::97.14286::1.6E-10::+		MW1395::70::100.0::2.3E-11::+			SACOL0373::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00004_I_14	TATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACTTATCAAT	25.71	31	112	MSSA476	SAS2430	putative exported protein		SAR2624::70::92.85714::2.3E-9::+	SAS2430::70::100.0::2.1E-11::+	SAV2544::70::100.0::2.1E-11::+	MW2465::70::100.0::2.1E-11::+	SA2332::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL2557::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00004_I_15	TAACGTTCCAAGAGAATTACTAGATAACAATATACCTATGGGAAGAGGCATGATTAAATGGGCTCCTTTT	35.71	29	86	MSSA476	SAS1846	hypothetical protein		SAR2015::70::100.0::2.3E-11::+	SAS1846::70::100.0::2.3E-11::+	SAV1922::70::100.0::2.3E-11::+	MW1863::70::100.0::2.3E-11::+	SA1738::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL1986::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00004_I_16	AAGATTTAAAAGAGATACCAGTCCTAATATAAAACCTCGTCAATTTATTGTTATTAGTAGCGATAATGGA	28.57	31	88	Mu50	SAV0917	hypothetical protein				SAV0917::70::100.0::2.1E-11::+				
5QSA00004_I_17	CTAATTATGGAGCATATTATGCAATATATTAAAGGTGTGGCTGTTGAGAGTACATACGTTAGTCTGATTG	34.29	31	98	COL	SACOL2368	acetyltransferase, GNAT family								SACOL2368::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00004_I_18	AGCAACGACGGAGATAAGAAAGAAGAAAGCAAGAGCTATACTACAAATGATATCGTTAAAGGTTTTAAAG	34.29	31	70	COL	SACOL0888	pathogenicity island, lipoprotein, putative								SACOL0888::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00004_I_19	GCTTGAAAAAGTTGGGTTAGATAAGTACCAAGCTAGCAGGTTTATCAAAGTTGCAAATGAACAATCAAAA	34.29	32	97	MRSA252	SAR0384	hypothetical protein		SAR0384::70::100.0::2.3E-11::+						
5QSA00004_I_2	ATTTATGTAGATAAGATTTCTGGTAAACCTTTATTTACATCTGAAGAAAAGTTTCATTCTGAATGTGGAT	27.14	31	103	Mu50	SAV1423	methionine sulfoxide reductase B		SAR1436::70::97.14286::1.4E-10::+	SAS1366::70::98.57143::5.4E-11::+	SAV1423::70::100.0::2.1E-11::+	MW1313::70::98.57143::5.4E-11::+	SA1256::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL1459::70::98.57143::1.6E-10::+
5QSA00004_I_20	ATGATTATACCGTCCAAGTTTCGTTATGACTTAAATGAGCGTTTTATTATCACAAGAGGCCTTGATAAAT	32.86	29	85	MSSA476	SAS1112	conserved hypothetical protein		SAR1154::70::100.0::2.1E-11::+	SAS1112::70::100.0::2.1E-11::+	SAV1178::70::100.0::2.1E-11::+	MW1061::70::100.0::2.1E-11::+	SA1021::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL1191::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00004_I_21	TTGTACACTGACTCTAAGTTAATTGCGGATAGTGTTAACGCTGGTTATGTAAAAAATGCCAAATTCAAAC	34.29	31	88	MRSA252	SAR1446	conserved hypothetical protein		SAR1446::70::100.0::2.3E-11::+						
5QSA00004_I_22	TTAACTGGTTCTTCTATGTATATAACATAGGTGTTATCGTTACTATAGGTATGATGGTGACAAAAGGATT	31.43	31	90	MSSA476	SAS2265	putative membrane protein		SAR2462::70::100.0::2.1E-11::+	SAS2265::70::100.0::2.1E-11::+	SAV2373::70::100.0::2.1E-11::+	MW2295::70::100.0::2.1E-11::+	SA2163::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL2371::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00004_I_23	TTCACTTTGGTTCACCATGAAGATGGATTCGCAGTTCTAATGTGTAATGAGGTTCGGATTCATCTATGGG	41.43	30	95	MRSA252	SAR0032	bleomycin resistance protein	ble	SAR0032::70::100.0::2.2E-11::+		SAV0034::70::100.0::2.2E-11::+		SA0032::70::100.0::2.2E-11::+		
5QSA00004_I_24	ACGAATTTGCTTCTGACAACAATTTAACGTTTACTTCGTCTTATTATCACACAATGAGAAAAAGTTTTAG	30.0	30	97	MRSA252	SAR0290	hypothetical protein		SAR0290::70::100.0::2.1E-11::+						
5QSA00004_I_3	TATTATTTTTCAAAACTAATATTGATAAAACATACATATTTTTTAACATCATATTTATCGACTTTTATTA	14.29	36	136	MSSA476	SAS1342	putative membrane protein		SAR1413::67::97.01493::7.0E-10::+	SAS1342::70::100.0::2.3E-11::+	SAV1401::70::98.57143::5.8E-11::+	MW1289::70::100.0::2.3E-11::+	SA1233::70::98.57143::5.8E-11::+		SACOL1436::70::98.57143::5.8E-11::+
5QSA00004_I_4	TAAAGGTTTTGTTGAAGGTAAATACGATGGTGGTAGACACCAAATCCGTGTAGATATGCTTAATAAAATG	34.29	32	99	MSSA476	SAS2096	galactose-6-phosphate isomerase LacA subunit		SAR2286::70::98.57143::5.4E-11::+	SAS2096::70::100.0::2.1E-11::+	SAV2195::70::98.57143::5.4E-11::+	MW2121::70::100.0::2.1E-11::+	SA1997::70::98.57143::5.4E-11::+		SACOL2186::70::98.57143::5.4E-11::+
5QSA00004_I_5	ACTAATGACATTGAGAGAAGTTTCAGAAAAATATCATATATCTCCAGAACTTCTTAGATACAGATACAAA	28.57	32	105	MRSA252	SAR1563	hypothetical protein (pseudogene)		SAR1539::70::100.0::2.3E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::+	SAS0911::70::97.14286::1.5E-10::+		MW1423::70::100.0::2.3E-11::+			
5QSA00004_I_6	CCTGTATACCCAGGTAATACATTGTACGTTATCGCTGAAATTACAAATAAGAAATCCATAAAAAAAGAAA	30.0	31	79	COL	SACOL0032	MaoC domain protein	maoC	SAR0038::70::100.0::2.1E-11::+		SAV0040::70::100.0::2.1E-11::+	MW0030::70::100.0::2.1E-11::+	SA0037::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL0032::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00004_I_7	CAGGAATTCTCTTTGAAGAATTAGCACATAATAAACTTACATACGGTGATATAGCCGATTACTCGAAATT	32.86	30	86	MW2	MW1437	hypothetical protein					MW1437::70::100.0::2.3E-11::+			
5QSA00004_I_8	TCGCAAGTTGGTTTTTAGGCAAAAATTTCTTTACGCATGTCACATTTGATATACCGTTATTTATATTAGA	30.0	31	75	MSSA476	SAS0821	Na /H  antiporter subunit		SAR0913::70::98.57143::5.4E-11::+	SAS0821::70::100.0::2.1E-11::+	SAV0951::70::100.0::2.1E-11::+	MW0833::70::100.0::2.1E-11::+	SA0812::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL0954::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00004_I_9	TAAATTATATACAAAATTTGGATTTATACCTACGGAACCAGATTCAGGTGGAATGTATATTAAGTTTTAA	25.71	32	131	MSSA476	SAS2263	putative acetyltransferase (GNAT) family protein			SAS2263::70::100.0::2.3E-11::+		MW2293::70::100.0::2.3E-11::+			SACOL2368::70::90.0::1.6E-8::+
5QSA00004_J_1	GCGAATTATGAATATTATTGTACTAAATGTCATGCAAAATATATACGTATCCGTAAAGTTGATACGAATC	28.57	32	98	Mu50	SAV2062	hypothetical protein		SAR2150::70::97.14286::1.3E-10::+	SAS1967::70::97.14286::1.3E-10::+	SAV2062::70::100.0::2.0E-11::+	MW1986::70::97.14286::1.3E-10::+	SA1867::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL2052::70::97.14286::1.3E-10::+
5QSA00004_J_10	AATATACCATTGAAACACATGATCAAACTGATTTTGTAAAAGATGTATATTTTATCGAAGTTGAATCATT	24.29	32	116	MSSA476	SAS1714	conserved hypothetical protein		SAR1874::70::100.0::1.9E-11::+	SAS1714::70::100.0::1.9E-11::+	SAV1794::70::100.0::1.9E-11::+	MW1732::70::100.0::1.9E-11::+	SA1612::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL1841::70::100.0::1.9E-11::+
5QSA00004_J_11	AATAAGTTTTAAGTTAGGAATAAAGTACTTATTAACGATAAAAAGAGGGAACATAGAAAAAGATAGGTTT	24.29	34	108	MSSA476	SAS1750	hypothetical protein			SAS1750::70::100.0::2.0E-11::+		MW1769::70::100.0::2.0E-11::+			SACOL1882::70::98.57143::4.3E-11::+
5QSA00004_J_12	ATTACTTACTTTATATTTTGTTGGTTTTAGGTGCTCTGAGTACATTAAAATTATTTATTAAGCCTTTATG	24.29	32	110	COL	SACOL2064	membrane protein, putative			SAS1979::70::98.57143::4.8E-11::+	SAV2074::70::100.0::1.9E-11::+	MW1998::70::98.57143::4.8E-11::+	SA1878::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL2064::70::100.0::1.9E-11::+
5QSA00004_J_13	TATGTATTAATTTGGATAATTCAATTCTTTAAAAATAAGAACTACGTAAACACTATTAACAAGCAACTGA	22.86	32	111	MSSA476	SAS2255	putative membrane protein		SAR2450::65::92.30769::2.9E-8::+	SAS2255::70::100.0::2.0E-11::+	SAV2364::70::95.71428::3.3E-10::+	MW2285::70::100.0::2.0E-11::+	SA2154::70::95.71428::3.3E-10::+		SACOL2361::70::97.14286::1.3E-10::+
5QSA00004_J_14	TTAAAACTGCTATAAAGCTAATTATTAATAATAGGGGCAAAGCAAAAAATGTCATACAACAAGTTGGTGG	30.0	32	88	MSSA476	SAS0371	putative exported protein			SAS0371::70::100.0::1.9E-11::+		MW0372::70::100.0::1.9E-11::+			
5QSA00004_J_15	AGATACAGTAAATGAATTTTTCATGGACAAAGATATATATCCAACTGGTCCTATAATTTTCCAAAGAGAA	28.57	30	94	MRSA252	SAR0289	hypothetical protein		SAR0289::70::100.0::2.0E-11::+						
5QSA00004_J_16	GTAGGCATTATTAACATATATTTTGAAATTTTAGAAGATAAAATTAAAATTGTTATTTCTGATAAAGGTG	20.0	33	137	MSSA476	SAS1970	anti-sigma B factor		SAR2153::70::98.57143::4.8E-11::+	SAS1970::70::100.0::1.9E-11::+	SAV2065::70::98.57143::4.8E-11::+	MW1989::70::100.0::1.9E-11::+	SA1870::70::98.57143::4.8E-11::+		SACOL2055::70::98.57143::4.8E-11::+
5QSA00004_J_17	ACGAAATACTTCAGCGAATGGTCGAGAACCTTTCGGAAGAAAAATTTGGACGTACCTTTCAACATCGTGC	42.86	31	113	MRSA252	SAR2150	conserved hypothetical protein		SAR2150::70::100.0::2.0E-11::+		SAV2062::70::90.0::1.4E-8::+		SA1867::70::90.0::1.4E-8::+		
5QSA00004_J_18	AATATCATTGTCGCTTTTATAAAGTTGATCAACTAAGTGTACAATATCGTACATCATTTTTAATATATAA	22.86	32	127	MSSA476	SAS1979	conserved hypothetical protein		SAR2162::70::95.71428::3.1E-10::+	SAS1979::70::100.0::1.9E-11::+	SAV2074::70::98.57143::4.8E-11::+	MW1998::70::100.0::1.9E-11::+	SA1878::70::98.57143::4.8E-11::+		SACOL2064::70::98.57143::4.8E-11::+
5QSA00004_J_19	CCACTAACAATAAATTACCTAATCATATTTACAATTATCTTTATTGTGGTTTACACATTGATTTGGATTA	24.29	32	107	MRSA252	SAR2450	putative membrane protein		SAR2450::70::100.0::2.0E-11::+						
5QSA00004_J_2	GATGCGGGTTGTGTTAATTGAGCAAGTGTATAGAGCATTTAAGATTATGCGTGGAGAAGCATATCATAAA	37.14	32	80	Mu50	SAV0024	conserved hypothetical protein orfX		SAR0024::70::97.14286::1.2E-10::+	SAS0024::70::95.71428::3.1E-10::+	SAV0024::70::100.0::1.9E-11::+	MW0024::70::97.14286::1.2E-10::+	SA0023::70::100.0::1.9E-11::+		
5QSA00004_J_20	CTGTTCCCTCTTATTATACCAATATTTTTTGCAGTTTTTGATATTTTCCTGACATTTATGCCCGATTTTT	30.0	32	56	COL	SACOL0025	conserved hypothetical protein								SACOL0025::70::100.0::1.9E-11::+
5QSA00004_J_21	TTGTGTATATTGTATATATACAGAAAGTGATAGGGGGACGTTGATGAAAATAATTTTAAAAAACAATAGT	25.71	31	89	MSSA476	SAS1858	GntR family regulatory protein		SAR2026::70::98.57143::5.1E-11::+	SAS1858::70::100.0::2.0E-11::+					
5QSA00004_J_22	TTGAATGGCCTCAGTACTTAATTTATATTTTATTTGTTTTATGTACTTTGACTGTTTTAAAATTAATCAT	21.43	31	79	MRSA252	SAR2162	conserved hypothetical protein		SAR2162::70::100.0::1.9E-11::+						
5QSA00004_J_23	AATGATTTAAATCAATATGATACAACGCTATTTAATAAAGATAGTAAAGAAGTCAACGACGCGATTGCTA	28.57	31	82	Mu50	SAV0284	hypothetical protein			SAS0260::70::90.0::1.4E-8::+	SAV0284::70::100.0::2.0E-11::+	MW0260::70::90.0::1.4E-8::+	SA0273::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL0273::70::90.0::1.4E-8::+
5QSA00004_J_24	ATTTATCATTTTATATGCATATTCAATGCTCGTTTTGCTTGCGTTAGTAATTTCTAACATATTCATTCAC	27.14	32	96	MSSA476	SAS0069	putative membrane protein		SAR0104::70::98.57143::4.8E-11::+	SAS0069::70::100.0::1.9E-11::+	SAV0094::70::100.0::1.9E-11::+	MW0069::70::100.0::1.9E-11::+	SA0090::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL0077::70::100.0::1.9E-11::+
5QSA00004_J_3	AGATATTACTAATGATTTAAATTCTGAAGATATTGAAAATGTAAGGCAAGTATTAGAAGTCATCAATCAT	24.29	33	120	MSSA476	SAS2248	MarR family regulatory protein		SAR2443::70::100.0::2.0E-11::+	SAS2248::70::100.0::2.0E-11::+	SAV2357::70::100.0::2.0E-11::+	MW2278::70::100.0::2.0E-11::+	SA2147::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL2353::70::100.0::2.0E-11::+
5QSA00004_J_4	TAAATGAGATGTCAGAGTCACTCTTATTATACGTATACTCAGTCTTAATCAATGTTACCTCTATTAATAA	28.57	31	128	MRSA252	SAR0076	hypothetical protein		SAR0076::70::100.0::2.1E-11::+		SAV0078::70::100.0::1.9E-11::+		SA0074::70::100.0::1.9E-11::+		
5QSA00004_J_5	TTGTGATTTATGTATTAATTTGGATAATTCAATTCTTTAAAAACAAGAACTACGTAGACACTATTAACGA	24.29	32	105	Mu50	SAV2364	hypothetical protein		SAR2450::70::91.42857::5.5E-9::+	SAS2255::70::94.28571::8.4E-10::+	SAV2364::70::100.0::2.0E-11::+	MW2285::70::94.28571::8.4E-10::+	SA2154::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL2361::70::97.14286::1.3E-10::+
5QSA00004_J_6	GTACAATTAGTATTAAACTTTATTATCGCAGTGTTTTGGTTGTTTGTAACAAATAGTTACACAACAAATA	25.71	32	105	Mu50	SAV0948	Na+/H+ antiporter subunit	mnhE	SAR0910::70::95.71428::3.1E-10::+	SAS0818::70::98.57143::4.8E-11::+	SAV0948::70::100.0::1.9E-11::+	MW0830::70::98.57143::4.8E-11::+	SA0809::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL0951::70::98.57143::4.8E-11::+
5QSA00004_J_7	TTAGTGGTAAACATGTACTAACTTCTATCACATATAAAGATGATAAGGTTTTAAAACAGTCTACAATCAA	27.14	30	111	Mu50	SAV2458	hypothetical protein		SAR2546::70::98.57143::5.1E-11::+	SAS2350::70::98.57143::5.1E-11::+	SAV2458::70::100.0::2.0E-11::+	MW2382::70::98.57143::5.1E-11::+	SA2247::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL2467::70::98.57143::5.1E-11::+
5QSA00004_J_8	ATGATTTGAAACATGTTAAAAAATTATCAACAGGTCATACTTTAGTAATGGGTCGTAAGACATTTGAATC	28.57	31	102	MSSA476	SAS1369	dihydrofolate reductase type I		SAR1439::70::98.57143::4.8E-11::+	SAS1369::70::100.0::1.9E-11::+	SAV1426::70::100.0::1.9E-11::+	MW1316::70::100.0::1.9E-11::+	SA1259::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL1461::70::98.57143::4.8E-11::+
5QSA00004_J_9	GTACTTCAGTAATCACTGCTACGTCTACTGATGGAAGCGATAAGTCAGGACAAATTTCAGTGACAGTAAC	41.43	29	101	MW2	MW1392	major tail protein		SAR1510::70::98.57143::5.1E-11::+,SAR1563::70::98.57143::3.4E-10::+	SAS0941::70::98.57143::5.1E-11::+		MW1392::70::100.0::2.0E-11::+			SACOL0376::70::98.57143::5.1E-11::+
5QSA00004_K_1	CAATTCCAAATGATCATCGCCGTATCGACCTAGCTGTCACAAAAAACTTACCACGCTTTATTGATGTCTT	40.0	30	77	Mu50	SAV0269	ribose permease	rbsD	SAR0267::70::97.14286::1.5E-10::+	SAS0246::70::95.71428::3.7E-10::+	SAV0269::70::100.0::2.2E-11::+	MW0245::70::95.71428::3.7E-10::+	SA0259::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL0254::70::95.71428::3.7E-10::+
5QSA00004_K_10	CATAACAATTGACAATAACAATTCAATTTATAGAATAATATTCCATATTGAAAAAGGAAGAATTCGTTAT	21.43	34	142	MSSA476	SAS1479	putative exported protein		SAR1618::70::98.57143::5.3E-11::+	SAS1479::70::100.0::2.1E-11::+	SAV1541::70::100.0::2.1E-11::+	MW1493::70::100.0::2.1E-11::+	SA1371::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL1598::70::98.57143::5.2E-11::+
5QSA00004_K_11	ATAGCTAAAGAAAATAATAAAATTATAGGATTTGCATATTGCTATACACTTTTAAGACCTGATGGAAAAA	24.29	31	106	Mu50	SAVP027	hypothetical protein				SAVP027::70::100.0::2.2E-11::+			VRA0029::70::100.0::2.0E-11::+	
5QSA00004_K_12	TAGTGGTGCTGTAACAGATGCTTATATTCAAGCAATGAAAGATCGTGAGCAAGTTGTATCAACATTTATG	35.71	31	87	Mu50	SAV2158	PTS system, mannitol specific IIA component	mtlA	SAR2246::70::98.57143::5.3E-11::+	SAS2059::70::97.14286::1.4E-10::+	SAV2158::70::100.0::2.1E-11::+	MW2084::70::97.14286::1.4E-10::+	SA1962::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL2148::70::98.57143::5.3E-11::+
5QSA00004_K_13	ACGTACACACATACATGCCTACAAACTATACAAAACATAAAAAATATTTACAAAGTCAAATGCCAAGGCT	31.43	32	59	MSSA476	SAS1901	hypothetical phage protein		SAR2078::70::90.0::2.1E-8::+,SAR2031::70::90.0::9.5E-8::-	SAS1901::70::100.0::2.2E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-	SAV1980::70::90.0::1.5E-8::+	MW1918::70::100.0::2.2E-11::+			
5QSA00004_K_14	ATTAACAAAAGCGTTTGATGTGTTAACAAAGGATGAATTAACAATCTTACAACAAGCGTTTAAGAAACTA	28.57	32	114	COL	SACOL2531	transcriptional regulator, MarR family		SAR2600::70::100.0::2.1E-11::+	SAS2405::70::98.57143::5.3E-11::+	SAV2520::70::100.0::2.1E-11::+	MW2440::70::98.57143::5.3E-11::+	SA2308::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL2531::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00004_K_15	ACTGATGCGTTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTCGCTTATTTTTCTTGGATTTCTTGTATATCATTTT	25.71	31	74	COL	SACOL0260	IS1272-related, transposase, degenerate								SACOL0260::70::100.0::2.2E-11::+
5QSA00004_K_16	ATCACAAAACAATCAACTTAATAATAATTCAGATCCATCTAATAATACTCCTGCAAATATAAATGAAAAC	24.29	34	81	MW2	MW1438	hypothetical protein		SAR1558::70::98.57143::5.3E-11::+,SAR1563::70::98.57143::3.4E-10::-			MW1438::70::100.0::2.1E-11::+			
5QSA00004_K_17	GAAATTTGGGAAACAAAGACCGATTACGTATATAGCCGATTTCTCTTTGTGGAAGGAAGGGAAACTGGTT	40.0	30	84	COL	SACOL0347	conserved hypothetical protein								SACOL0347::70::100.0::2.2E-11::+
5QSA00004_K_18	GTTTTCAAAAGTAAACAATCAAAAGATGTTAGAAGATTGCTTCTATATAAGAAAGAAAGTGTTTGTAGAA	25.71	35	90	MSSA476	SAS0989	acetyltransferase (GNAT) family protein		SAR1027::70::90.0::1.5E-8::+	SAS0989::70::100.0::2.1E-11::+	SAV1054::70::100.0::2.1E-11::+	MW0937::70::100.0::2.1E-11::+	SA0906::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL1063::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00004_K_19	TATATCGTTTTAAAGCTTAAAAGTAAGCCTAATAAACTACATCAAATGTCTAAAAAATATGTATCTGCCA	25.71	32	86	MSSA476	SAS0488	conserved hypothetical protein		SAR0534::70::100.0::2.2E-11::+	SAS0488::70::100.0::2.2E-11::+	SAV0530.1::70::100.0::2.2E-11::+,SAV0530::70::100.0::9.2E-11::+	MW0486::70::100.0::2.2E-11::+	SA0489::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL0577::70::100.0::2.2E-11::+
5QSA00004_K_2	ATGTTGACTCTATCACTGATGAGCAAAGTGCAATAAGACACTTTAGAGCTCAATCAAAAGTTTTTAAAGA	32.86	32	109	MRSA252	SAR1563	hypothetical protein (pseudogene)		SAR1533::70::100.0::2.1E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::+						
5QSA00004_K_20	GTAACTACGTAACATTTGGTGAGTTTGGTTTACAAGCTACAACAACGTCTTGGATCACATCTCGTCAAAT	38.57	30	84	MSSA476	SAS2134	50S ribosomal protein L16		SAR2328::70::100.0::2.1E-11::+	SAS2134::70::100.0::2.1E-11::+	SAV2243::70::100.0::2.1E-11::+	MW2162::70::100.0::2.1E-11::+	SA2040::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL2232::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00004_K_21	TAAATTAGCCAAAGCAAGAGCAGAGTCTCACTTGGAAAATGATGACGACAATACTGATATTCATAGAGCC	38.57	29	71	MSSA476	SAS2005	ATP synthase epsilon chain		SAR2190::70::98.57143::5.7E-11::+	SAS2005::70::100.0::2.2E-11::+	SAV2102::70::100.0::2.2E-11::+	MW2026::70::100.0::2.2E-11::+	SA1904::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL2094::70::100.0::2.2E-11::+
5QSA00004_K_22	TGCAACCAATCAAAGCCAAGCACAAAACAATCAATTTAGTAATCATTCAGACCTGTCTAATAACGCACCT	37.14	31	63	MSSA476	SAS0895	putative lipoprotein			SAS0895::70::100.0::2.1E-11::+					
5QSA00004_K_23	GTTAGAGGTATATGAGATTCAAGAAGGAGTCTATAAATCCGCATTACACAAAGGTATCAGTTTGAACGAA	35.71	29	82	MSSA476	SAS0915	hypothetical phage protein			SAS0915::70::100.0::2.2E-11::+					
5QSA00004_K_24	AATCATTTATGCCAATTCCTATGCCTGCATCAGTAATCGGTTTAGTATTATTATTTGTATTATTATGTAC	28.57	32	96	COL	SACOL0247	holin-like protein LrgA	lrgA	SAR0259::70::100.0::2.0E-11::+	SAS0239::70::98.57143::5.2E-11::+	SAV0262::70::100.0::2.1E-11::+	MW0238::70::98.57143::5.3E-11::+	SA0252::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL0247::70::100.0::2.0E-11::+
5QSA00004_K_3	CTTATTTAAAAACGAAAGACGGTAGAACTTTTTATGGTACCAATGTAGAAAATGCTTCTTATCCATTATC	30.0	31	113	MSSA476	SAS1506	cytidine deaminase		SAR1645::70::100.0::2.2E-11::+	SAS1506::70::100.0::2.2E-11::+	SAV1568::70::100.0::2.2E-11::+	MW1520::70::100.0::2.2E-11::+	SA1397::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL1625::70::100.0::2.2E-11::+
5QSA00004_K_4	TGATATATTAGAACTAGAAAATGTTATTACTAAAGAAACACAGCAGGAGATTAATAAAACTGTCGATATT	25.71	32	79	Mu50	SAV0928	hypothetical protein		SAR0890::70::98.57143::5.3E-11::+	SAS0798::70::97.14286::1.4E-10::+	SAV0928::70::100.0::2.1E-11::+	MW0810::70::97.14286::1.4E-10::+	SA0789::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL0930::70::97.14286::1.4E-10::+
5QSA00004_K_5	AAGGCGTTAATAGCTGGTGCTAAGGTAATTGTTGAAGAAGTAAAAAAACAACTAAAGCCCTCAAAAGATA	34.29	31	73	N315	SA1770	hypothetical protein		SAR2056::70::98.57143::1.1E-10::+,SAR2031::70::98.57143::6.4E-10::-		SAV1959::70::98.57143::5.7E-11::+		SA1770::70::100.0::2.2E-11::+		
5QSA00004_K_6	CCAAAAGATAGCCAATTATCATATTTAGATTTAGGAAATAAAGTTAAAGCTTTATTATATGATGAACGTG	25.71	31	111	Mu50	SAV0981	hypothetical protein		SAR0944::70::98.57143::5.3E-11::+	SAS0851::70::97.14286::1.4E-10::+	SAV0981::70::100.0::2.1E-11::+	MW0863::70::97.14286::1.4E-10::+	SA0841::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL0985::70::97.14286::1.4E-10::+
5QSA00004_K_7	GGTCGCCTCGTCCACGCTTTCGTAATACAGGTAGATTTGTTCAAACTTACATGCCAACGTCTTACACAAA	44.29	29	94	N315	SA1789	hypothetical protein						SA1789::70::100.0::2.2E-11::+		
5QSA00004_K_8	CACATTTACTTTATCAATCATTTTTAAAATCAAAAGAGAAATATGATGAAGTAATGCGTTTCGGGAAATA	25.71	31	134	MSSA476	SAS1054	conserved hypothetical protein		SAR1093::70::98.57143::5.3E-11::+	SAS1054::70::100.0::2.1E-11::+	SAV1119::70::100.0::2.1E-11::+	MW1002::70::100.0::2.1E-11::+	SA0968::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL1129::70::98.57143::5.3E-11::+
5QSA00004_K_9	TAAACAACGAAAGATTGAATATATTGCAGACTTCGCGTTATATCTCGATGACAAACTGATTGAAGTTATC	32.86	31	97	Mu50	SAV0872	hypothetical protein				SAV0872::70::100.0::2.2E-11::+				
5QSA00004_L_1	TACAAATCTAAAATACTGTTGAAATATATTTTTAGTGAAGAATCAGAAGTTAAAGATTTAACTGAAGAAA	21.43	33	108	Mu50	SAV0335	hypothetical protein		SAR0332::70::95.71428::3.4E-10::+	SAS0312::70::97.14286::1.3E-10::+	SAV0335::70::100.0::2.0E-11::+	MW0312::70::97.14286::1.3E-10::+	SA0324::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL0406::67::98.50746::2.5E-10::+
5QSA00004_L_10	CATTGAAAATTTAGATGATGAAGTATTCCATTTAAGTGCATTACAAGACATGAATCGTATACCAATTGAC	30.0	31	101	Mu50	SAV1798	hypothetical protein		SAR1878::70::91.42857::5.2E-9::+	SAS1718::70::98.57143::4.8E-11::+	SAV1798::70::100.0::1.9E-11::+	MW1736::70::98.57143::4.8E-11::+	SA1616::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL1845::70::98.57143::4.8E-11::+
5QSA00004_L_11	GAATCAATAATGATTTAAATCAATATGATACAACGCTATTTAATAAAGACAGCAAAGCGGTTAATGATGC	28.57	32	104	MSSA476	SAS0260	putative membrane protein		SAR0281::70::100.0::2.0E-11::+	SAS0260::70::100.0::2.0E-11::+	SAV0284::70::90.0::1.4E-8::+	MW0260::70::100.0::2.0E-11::+	SA0273::70::90.0::1.4E-8::+		SACOL0273::70::100.0::2.0E-11::+
5QSA00004_L_12	ATGAAGGGAGATAAAGAAGCACATGCCACTCCCTTTCACGACAGAAAGGGGGTGAAAAGCATGAAACCAT	45.71	32	116	Mu50	SAV0395	hypothetical protein				SAV0395::70::100.0::1.9E-11::+				
5QSA00004_L_13	TGTATTTATACGAAAAGATGGTTATTGAAAACAAAGAGATACCAATTGATGATGGGAAGTCTTTAGGTAA	30.0	30	78	COL	SACOL0889	pathogenicity island protein								SACOL0889::70::100.0::2.0E-11::+
5QSA00004_L_14	TTACTATTTCGAACAAAGACGTAACTGACGATTATAAACATGGAGCAATAGTTACATTAAAAATTTTGAA	27.14	31	92	MSSA476	SAS0380	conserved hypothetical protein			SAS0380::70::100.0::1.9E-11::+		MW0378::70::100.0::1.9E-11::+			
5QSA00004_L_15	TAAATCAATATGATACAACGCTATTTAATAAAGACAGCAAAGCGGTTAATGATGCGATTGTTAAGCAGAA	31.43	31	103	MRSA252	SAR0281	putative membrane protein		SAR0281::70::100.0::2.0E-11::+	SAS0260::70::98.57143::5.1E-11::+		MW0260::70::98.57143::5.1E-11::+			SACOL0273::70::98.57143::5.1E-11::+
5QSA00004_L_16	CATTAATATGACACCTTTTTTCAAACATTCCGAACCACATGACTCTGCAACTACTATTCGATTATCAAAT	32.86	32	70	MSSA476	SAS1046	conserved hypothetical protein		SAR1085::70::98.57143::4.8E-11::+	SAS1046::70::100.0::1.9E-11::+	SAV1111::70::98.57143::4.8E-11::+	MW0994::70::100.0::1.9E-11::+	SA0960::70::98.57143::4.8E-11::+		SACOL1120::70::98.57143::4.8E-11::+
5QSA00004_L_17	TCGATGGTTGGTATCAAGAAGGAGAAATTTTTATTAGACCTTCCCTATCCGAAAGGAACAAATTAGAAGT	35.71	31	95	MRSA252	SAR1557	hypothetical phage protein		SAR1557::70::100.0::2.0E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::-						
5QSA00004_L_18	CAATGAAATTGAAACGTTATATATGATGTCTAGTACTAATTATTCATTTATAAGTTCAAGTATTGTTAAA	21.43	32	147	MSSA476	SAS1059	putative phosphopantetheine adenylyltransferase		SAR1098::70::100.0::1.9E-11::+	SAS1059::70::100.0::1.9E-11::+	SAV1125::70::100.0::1.9E-11::+	MW1007::70::100.0::1.9E-11::+	SA0973::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL1134::70::100.0::1.9E-11::+
5QSA00004_L_19	TTATGGACTCAGTATATGAATTATATAAGCAATTTGATAAACTAAGAGATTTATTTAAAGAAGAAGGACT	24.29	32	98	Mu50	SAV0300	hypothetical protein			SAS0275::70::92.85714::2.0E-9::+	SAV0300::70::100.0::2.0E-11::+	MW0275::70::92.85714::2.0E-9::+	SA0288::70::100.0::2.0E-11::+		
5QSA00004_L_2	TGAAAATGGTGACATTTCCTATAATTCTGAAGCTCCTATTTATTCAGCGAAATATAAACTGAAAAATGAT	28.57	30	107	Mu50	SAV0439	hypothetical protein				SAV0439::70::100.0::1.9E-11::+		SA0399::70::100.0::1.9E-11::+		
5QSA00004_L_20	TATGAAAGAAAAGGTGTAGAGATAATTGAAGCAGAGGTATGTAAAGATCATATCCATATGTTAGTTAGTA	30.0	32	77	COL	SACOL0134	transposase, IS200 family, degenerate			SAS0122::70::98.57143::4.8E-11::+					SACOL0134::70::100.0::1.9E-11::+,SACOL1839::70::97.14286::1.2E-10::+
5QSA00004_L_21	CGTTTTGATTGTGTACCATCACAATTAAATTATGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATG	30.0	33	124	MSSA476	SAS0479	putative DNA-binding protein		SAR0525::70::95.71428::3.3E-10::+	SAS0479::70::100.0::2.0E-11::+	SAV0522::70::100.0::2.0E-11::+	MW0477::70::100.0::2.0E-11::+	SA0480::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL0567::70::98.57143::5.0E-11::+
5QSA00004_L_22	TTCGAAGAAAAACTAAGTCAAATGTACAATGAAATTGCAAATGAAATCAGTGGGATGATACCAGTAGAGT	32.86	31	80	Mu50	SAV0302	hypothetical protein		SAR0297::70::92.85714::2.0E-9::+	SAS0278::70::94.28571::7.7E-10::+,SAS0279::70::91.42857::5.1E-9::+	SAV0302::70::100.0::1.9E-11::+,SAV0300::70::90.0::1.4E-8::+	MW0279::70::95.71428::3.1E-10::+,MW0278::70::94.28571::7.7E-10::+	SA0290::70::100.0::1.9E-11::+,SA0288::70::90.0::1.4E-8::+		SACOL0296::70::95.71428::3.0E-10::+,SACOL0297::70::95.71428::3.1E-10::+,SACOL0292::70::91.42857::5.0E-9::+
5QSA00004_L_23	ATCTGGTATTGAATTTAAAAAAATTCCATTTTCACCAGAATATGTTGCTAAATATCTGACTAAAGGTTAA	25.71	32	96	MSSA476	SAS1526	putative deaminase		SAR1666::70::95.71428::3.3E-10::+	SAS1526::70::100.0::2.0E-11::+	SAV1589::70::100.0::2.0E-11::+	MW1540::70::100.0::2.0E-11::+	SA1417::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL1645::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00004_L_24	AGGATATCAATATATGGGAGATAGTATGTTCATCGGAAGACCTGTTCATATTATGGCGTTAACTATAAAA	32.86	30	86	MSSA476	SAS0425	putative acetyltransferase		SAR0467::70::97.14286::1.2E-10::+	SAS0425::70::100.0::1.9E-11::+	SAV0468::70::100.0::1.9E-11::+	MW0422::70::100.0::1.9E-11::+	SA0426::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL0510::70::98.57143::4.8E-11::+
5QSA00004_L_3	ATACAATTCCAAAAATATTCAACAACTATTAGATAAACGATATATAAATGCACAAATTAGAAAACAAGGT	22.86	32	67	Mu50	SAV0681	hypothetical protein		SAR0734::70::98.57143::5.1E-11::+	SAS0646::70::98.57143::5.1E-11::+	SAV0681::70::100.0::2.0E-11::+	MW0643::70::98.57143::5.1E-11::+	SA0636::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL0741::70::98.57143::5.1E-11::+
5QSA00004_L_4	ACTAACAAGTGATTGGGCAATAACATTTTTAACAATTTTAATTATTATAACTCCAGGGTCTACAGTAATA	27.14	33	101	Mu50	SAV0626	Na_ antiporter		SAR0634::70::98.57143::4.8E-11::+	SAS0593::70::98.57143::4.8E-11::+	SAV0626::70::100.0::1.9E-11::+	MW0589::70::98.57143::4.8E-11::+	SA0582::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL0684::70::98.57143::4.8E-11::+
5QSA00004_L_5	TAATCGTTATTATAGGTTCGGTTGCATTAGCGATTTATATGCTTGTTGTTTCTATCAAACGTAAAAGTAC	31.43	31	89	MSSA476	SAS0743	putative membrane protein		SAR0833::70::98.57143::5.1E-11::+	SAS0743::70::100.0::2.0E-11::+	SAV0777::70::100.0::2.0E-11::+	MW0739::70::100.0::2.0E-11::+	SA0732::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL0843::70::98.57143::5.1E-11::+
5QSA00004_L_6	CATTTATCGGGTGCAGAAGTCGCAGAACTTATACAAGCAAATGTTAAAACAGTATTTAAAACGCTTGTTC	35.71	30	92	Mu50	SAV0697	similar to transcription regulation protein		SAR0750::70::91.42857::5.2E-9::+	SAS0662::70::94.28571::8.0E-10::+	SAV0697::70::100.0::1.9E-11::+	MW0659::70::94.28571::8.0E-10::+	SA0652::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL0756::70::94.28571::8.0E-10::+
5QSA00004_L_7	AAGATGTTATTGGTGCTTTGAGAAATTTAGATTATGTATCAAAAGTAGAATTAATTAGTATGAGTATGTA	24.29	34	77	MSSA476	SAS1579	putative DNA-binding protein		SAR1723::70::98.57143::5.1E-11::+	SAS1579::70::100.0::2.0E-11::+	SAV1643::70::100.0::2.0E-11::+	MW1593::70::100.0::2.0E-11::+	SA1469::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL1698::70::98.57143::5.1E-11::+
5QSA00004_L_8	GTATTCAAAATCCTTCTTTAGTTGAAAAACTAAATCAGTATGAATCTTCGTTAATTCAAAAAGTGGAGGA	28.57	32	122	MSSA476	SAS1000	putative phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit		SAR1038::70::100.0::1.9E-11::+	SAS1000::70::100.0::1.9E-11::+	SAV1064::70::100.0::1.9E-11::+	MW0947::70::100.0::1.9E-11::+	SA0916::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL1073::70::100.0::1.9E-11::+
5QSA00004_L_9	TAATAACCAAGAACAAGAAAATAAATCTACGCATAAAAAAACAGAAACCGAAGAAAATGATCAACAAGAT	27.14	33	40	Mu50	SAV2639	hypothetical protein			SAS2525::70::97.14286::1.2E-10::+	SAV2639::70::100.0::2.0E-11::+	MW2560::70::97.14286::1.3E-10::+	SA2432::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL2661::70::98.57143::5.1E-11::+
5QSA00004_M_1	TCATCACATAAAGAAGTTCAAGAACATAACTCAGCATATGAAGAAATTGATATTACTCATTTTGCTGAAG	30.0	33	97	Mu50	SAV0387	hypothetical protein				SAV0387::70::100.0::2.2E-11::+		SA0372::70::100.0::2.2E-11::+		
5QSA00004_M_10	AAAAAGATTGAGGTTGGAAATACTTAATCCAACGAAGGAACAAGATTCCAATATTGTATATGGACCATTA	31.43	30	91	MW2	MW1404	hypothetical protein					MW1404::70::100.0::2.1E-11::+			
5QSA00004_M_11	TAAGAATGATTGATACCATAAAACAATCACAACGATTTAGCAGAAGGCAGAAAGTTTACTTCTATAAAAG	30.0	32	71	pLW043	VRA0010	TraC	traC						VRA0010::70::100.0::2.2E-11::+	
5QSA00004_M_12	GGCATCATATGATATTAAGCCAGGTACATTTAAATATATTGAGTCAGAGATATATAACCTACAAGAGAAC	31.43	32	89	COL	SACOL0364	prophage L54a, transcriptional regulator, RinA family								SACOL0364::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00004_M_13	TTGGCGTTCGCGATCATTCATCTCACCAAGAAGTACTAGAAAATAATTCAGCTTATGAAGAAGTTGATAT	35.71	29	104	MRSA252	SAR0405	hypothetical protein		SAR0405::70::100.0::2.2E-11::+						
5QSA00004_M_14	AAGCAGTATCGGAGTATATGAACCAAGTAAATGCTGATGACACTACTTTTGTAGTTATTAACTCTACATG	34.29	30	101	MSSA476	SAS1371	conserved hypothetical protein		SAR1441::70::95.71428::3.4E-10::+	SAS1371::70::100.0::2.1E-11::+	SAV1428::70::100.0::2.1E-11::+	MW1318::70::100.0::2.1E-11::+	SA1261::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL1464::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00004_M_15	AAATGATGCTATTAAAATTTTAAAAGAGAACGGTTTAAAATATACAGATAAACGTAAAGATATGTTAGAT	21.43	34	98	MSSA476	SAS1492	zinc-specific metalloregulatory protein		SAR1631::70::100.0::2.2E-11::+	SAS1492::70::100.0::2.2E-11::+	SAV1554::70::100.0::2.2E-11::+	MW1506::70::100.0::2.2E-11::+	SA1383::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL1611::70::100.0::2.2E-11::+
5QSA00004_M_16	AAGATTACAGAAATGATTGAAAGACATCAAATCGAAGGTCATGATGTGATGAACGTAATTAATCAATTAC	30.0	32	120	MSSA476	SAS1453	conserved hypothetical protein		SAR1592::70::98.57143::5.3E-11::+	SAS1453::70::100.0::2.1E-11::+	SAV1514::70::100.0::2.1E-11::+	MW1467::70::100.0::2.1E-11::+	SA1345::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL1558::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00004_M_17	GTAAAAAATTTTATCCGACTAAATATTTACTAATTTATAATGATAATAAAACAGTTGAGAGTAAATCTAT	18.57	34	111	Mu50	SAV1826	enterotoxin	yent2	SAR1918::70::97.14286::2.4E-10::+		SAV1826::70::100.0::2.2E-11::+		SA1644::70::100.0::2.2E-11::+		
5QSA00004_M_18	ATTTACATTACTTAGTATTTTAATTGTGATTTTTATTTTTCAGTTTGCATATTCTAAACTATTTAATACG	18.57	34	90	MSSA476	SAS1931	putative membrane protein			SAS1931::70::100.0::1.8E-11::+		MW1948::70::100.0::1.8E-11::+			SACOL2013::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00004_M_19	GATGCATATGCAGGTGTATTCGGAGATAACGGTGCTGAAAACGTGAATAAAAAAGGAGGAAAAAGATCAT	38.57	32	70	Mu50	SAV2289	urease beta subunit	ureB	SAR2373::70::95.71428::3.7E-10::+	SAS2179::70::98.57143::5.6E-11::+	SAV2289::70::100.0::2.2E-11::+	MW2207::70::98.57143::5.6E-11::+	SA2083::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL2281::70::98.57143::5.6E-11::+
5QSA00004_M_2	TATTAAGTTCAAATGAACAAAACTCTACAGAAGCATTACAATTACGTGCTAAAAAACGAGAAGAGCATCG	32.86	30	69	Mu50	SAV0628	hypothetical protein		SAR0636::70::95.71428::3.4E-10::+	SAS0595::70::98.57143::5.3E-11::+	SAV0628::70::100.0::2.1E-11::+	MW0591::70::98.57143::5.3E-11::+	SA0584::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL0686::70::98.57143::5.3E-11::+
5QSA00004_M_20	TAATTTAAATGAGAACAAGAAAGAGATAAATAGATTGAGAATGGAGATACTTAACCCAACGAAAGAACTA	28.57	33	46	MRSA252	SAR1563	hypothetical protein (pseudogene)		SAR1522::70::100.0::2.1E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::+	SAS0929::70::98.57143::5.3E-11::+					SACOL0364::70::94.28571::8.8E-10::+
5QSA00004_M_21	AGAAAATTTTAATATTAACTAGTATTATGTTAATCATATTAATTAGTGTTGCAAGTATCTATTTTAAAAT	15.71	34	136	MSSA476	SAS2368	putative exported protein		SAR2565::70::97.14286::1.4E-10::+,SAR2563::70::95.71428::3.6E-10::+	SAS2368::70::100.0::2.2E-11::+	SAV2476::70::100.0::2.2E-11::+	MW2401::70::100.0::2.2E-11::+	SA2264::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL2486::70::95.71428::3.6E-10::+
5QSA00004_M_22	CTAACATTGTGTATGGACCGTTGCAAAAAGGTGAACCAGTTAGAACAACTGAACTAATGGCAACAAGATT	38.57	32	89	MSSA476	SAS0929	phage regulatory protein			SAS0929::70::100.0::2.1E-11::+		MW1404::70::90.0::1.5E-8::+			
5QSA00004_M_23	TTTATATTAGATGGTTCGAAGATTTGAGAACAGCGTTTATTAATCAGCACATGAATTACTCAACAATGAT	30.0	30	100	MSSA476	SAS2423	hypothetical protein		SAR2617::70::100.0::2.2E-11::+	SAS2423::70::100.0::2.2E-11::+	SAV2537::70::100.0::2.2E-11::+	MW2458::70::100.0::2.2E-11::+	SA2325::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL2551::70::100.0::2.2E-11::+
5QSA00004_M_24	TCATTATTAATTTTTATAATGAAAAAACAATCAAAGATGTCATTGAAGACATTCAAAAGGAGGATTTATG	22.86	33	91	Mu50	SAV0594	mercuric reductase homolog		SAR0601::69::98.55073::8.8E-11::+	SAS0554::70::97.14286::1.3E-10::+	SAV0595::70::100.0::2.1E-11::+,SAV0594::70::100.0::8.0E-11::+	MW0550::70::97.14286::1.3E-10::+	SA0552::70::100.0::2.1E-11::+,SA0551::70::100.0::8.0E-11::+		SACOL0641::70::98.57143::5.3E-11::+
5QSA00004_M_3	TCGCATTCAAAAGTTATTATGGTCTGAACTAAAAATGGGAAATGTTTCAAATGGAAAACCGGAATATATA	30.0	31	83	MRSA252	SAR2055	hypothetical phage protein		SAR2055::70::100.0::2.2E-11::+,SAR2031::70::100.0::1.3E-10::-		SAV1958::70::100.0::2.2E-11::+		SA1769::70::100.0::2.2E-11::+		
5QSA00004_M_4	AATCATCCAGGTGGTATCAAATCAATCACTGCTGGTGAATTAAGAAGAACTAACCCAGAACGTTTAATTG	37.14	32	78	Mu50	SAV2218	50S ribosomal protein L13	rplM	SAR2301::70::98.57143::5.3E-11::+	SAS2109::70::98.57143::5.3E-11::+	SAV2218::70::100.0::2.1E-11::+	MW2137::70::98.57143::5.3E-11::+	SA2017::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL2207::70::98.57143::5.3E-11::+
5QSA00004_M_5	TATATAATTTCTTTTCGTCAATTTTATGGCTGATTGGTGGTATTTTGCTGATTTGGAATAAATACTCAAA	27.14	32	66	MSSA476	SAS0099	putative membrane protein			SAS0099::70::100.0::2.2E-11::+		MW0098::70::100.0::2.2E-11::+			SACOL0109::70::98.57143::5.7E-11::+
5QSA00004_M_6	TTGACGGAAAGAAACCCTATGGATTTCTAAAGTCTATCATTACCTATGCTCTACGCCCTAAAGTAACCTA	38.57	30	70	Mu50	SAV0403	hypothetical protein				SAV0403::70::100.0::2.1E-11::+				
5QSA00004_M_7	CGTTACAACTTAGCGCCTGATGAATTAGAAAAATATAAACAACTTATTTTAGACGATAAAATGTTAGTTG	28.57	32	101	MSSA476	SAS0363	hypothetical protein		SAR0405::70::98.57143::5.7E-11::+	SAS0363::70::100.0::2.2E-11::+	SAV0387::70::98.57143::5.7E-11::+	MW0363::70::100.0::2.2E-11::+	SA0372::70::98.57143::5.7E-11::+		SACOL0457::70::98.57143::5.7E-11::+
5QSA00004_M_8	ATTACTGACCCAACGTCAAAAGGCGTCTCAGATTCATCTATAGCACAGACATATCAAGCGCCTAGAGATA	42.86	29	75	Mu50	SAV0912	holin				SAV0912::70::100.0::2.1E-11::+				
5QSA00004_M_9	TTATCCAATACACATTTGGGAATGAACCTGATGATATAGAGGTATTGGATTTTATTCATCATCAATTAAT	28.57	33	92	MSSA476	SAS0379	conserved hypothetical protein			SAS0379::70::100.0::2.2E-11::+		MW0377::70::100.0::2.2E-11::+			
5QSA00004_N_1	TTCAATGAAAAGTTACAACAAGAGAAAGTAGAGTTGTTGAATTTCATCAGTGATGCCATTGCAAGTAGAG	34.29	31	97	Mu50	SAV1764	repressor of toxins Rot	rot	SAR1847::70::98.57143::4.6E-11::+	SAS1688::70::97.14286::1.2E-10::+	SAV1764::70::100.0::2.0E-11::+	MW1705::70::97.14286::1.3E-10::+	SA1583::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL1812::70::98.57143::4.6E-11::+
5QSA00004_N_10	TTGATTTAAATGACTATTATGCATTGTCAGATAAGTCGGCAAAGAAAACTATATTTTATGGACGTAATGT	28.57	30	88	MSSA476	SAS0121	replication initiation protein (fragment)			SAS0121::70::100.0::3.6E-11::+		MW0120::70::100.0::1.9E-11::+			SACOL0132::70::97.14286::3.2E-10::+
5QSA00004_N_11	ATAGATGGACCGAGTCATTGCGAGATACGCAAATAGACAACTTCAAAGAAATCATGTCACAAAAAAAGTA	35.71	30	65	MSSA476	SAS0063	conserved hypothetical protein			SAS0063::70::100.0::1.6E-11::+		MW0063::70::100.0::1.6E-11::+			SACOL0071::70::100.0::2.0E-11::+
5QSA00004_N_12	AATGATTGACCAGGTAGATGATATGTATATCACAGTAATAGATGGAAAGTTTCAAGGAGACACATTCTTT	32.86	30	88	pLW043	VRA0004	trimethoprim resistant dihydrofolate reductase	dfrA						VRA0004::70::100.0::1.9E-11::+	
5QSA00004_N_13	GGATTAATAGAAAATTTGAAAATTATGCACGTAGACATGGTTTTACTTCAGCTGTACCGCTACATGAAAT	32.86	29	88	MSSA476	SAS0896	hypothetical phage protein			SAS0896::70::100.0::2.0E-11::+					
5QSA00004_N_14	TCAATCAGCACAAACTAAAGGTGTAAAAAAAGAAACTAAAGACATTAAACTTTATCAAGACGTAGATAAT	27.14	32	59	pLW043	VRA0015	TraH	traH						VRA0015::70::100.0::1.9E-11::+	
5QSA00004_N_15	TTGCATAAACGTGAAATCTTTAAATTAGGTGAACAAACTCGAGAAATTGGTTATTCGATTGTGCCGTTAA	32.86	31	96	Mu50	SAV0782	SsrA-binding protein	ssrP	SAR0837::70::90.0::1.4E-8::+	SAS0747::70::91.42857::5.4E-9::+	SAV0782::70::100.0::2.0E-11::+	MW0743::70::91.42857::5.4E-9::+	SA0736::70::100.0::2.0E-11::+		
5QSA00004_N_16	ATTTATCTTCGCTATTGGAGCGACAGACATAACAGATGTAATTACAAATACTGTTGGAGGCTTTCTTGGA	37.14	29	94	pLW043	VRA0043	VanZ protein	vanZ						VRA0043::70::100.0::1.9E-11::+	
5QSA00004_N_17	ATATGATTGCGATTTTAAGTAACATGTCTGCCTTATTAAATGATAATCTAAATCAAATTAATTGGGTTGG	27.14	30	127	Mu50	SAV1718	hypothetical protein		SAR1796::70::94.28571::8.3E-10::+	SAS1645::70::95.71428::3.2E-10::+	SAV1718::70::100.0::2.0E-11::+	MW1661::70::95.71428::3.2E-10::+	SA1540::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL1768::70::95.71428::3.2E-10::+
5QSA00004_N_18	GTATCTATGGCATTGCTAACAATACTAATTTTATGTGCGGACTTTTTAGCTAATAAATATTTTGTGAATC	28.57	32	114	Mu50	SAV0674	hypothetical protein		SAR0685::70::98.57143::3.4E-10::+	SAS0639::70::97.14286::1.2E-10::+	SAV0674::70::100.0::1.9E-11::+	MW0636::70::97.14286::1.2E-10::+	SA0629::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL0734::70::97.14286::1.2E-10::+
5QSA00004_N_19	TTGAAGGTAAATTAATTGGAAAAGATTTGAAAGTTGCAATCGTAGTTAGTCGATTTAATGATTTTATCAC	27.14	32	113	MSSA476	SAS1691	6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase		SAR1850::70::97.14286::1.3E-10::+	SAS1691::70::100.0::2.0E-11::+	SAV1767::70::100.0::2.0E-11::+	MW1708::70::100.0::2.0E-11::+	SA1586::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL1817::70::100.0::2.0E-11::+
5QSA00004_N_2	AACAACTTTTAAATATTAATATCGGTAATCAATCATCGATAGCTTATAAAGTAATGTTAGATATTTTTTA	20.0	33	127	Mu50	SAV0762	similar to O-acetyltransferase		SAR0816::70::97.14286::1.2E-10::+	SAS0727::70::98.57143::4.8E-11::+	SAV0762::70::100.0::1.9E-11::+	MW0724::70::98.57143::4.8E-11::+	SA0717::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL0827::70::98.57143::4.8E-11::+
5QSA00004_N_20	GTTAAAACATTTGATGATTCGTTAAAAAGATTATTACAAGATTTAGAAGATACAATGTATGCACAAGAAG	25.71	33	91	COL	SACOL1227	polypeptide deformylase	def2	SAR1191::70::97.14286::1.2E-10::+	SAS1149::70::97.14286::1.2E-10::+	SAV1215::70::100.0::1.9E-11::+	MW1098::70::97.14286::1.2E-10::+	SA1058::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL1227::70::100.0::1.9E-11::+
5QSA00004_N_21	AAAGACAGAAATATTCATGATATTAAAGTACATTCAAGAGGTACTGGTAGCTGGAATTTAGGAGAGCCGC	37.14	30	76	Mu50	SAV1881	protein-tyrosine phosphatase		SAR1971::70::97.14286::1.3E-10::+	SAS1803::70::98.57143::5.0E-11::+	SAV1881::70::100.0::2.0E-11::+	MW1821::70::98.57143::5.0E-11::+	SA1697::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL1939::70::98.57143::5.0E-11::+
5QSA00004_N_22	AATATGTTTCATTTTATAATTATGGTGGTATATAACATGAATTATAACATATTGGAGGTTAAGGAAATGC	24.29	33	150	MSSA476	SAS2395	hypothetical protein		SAR2587::70::97.14286::1.2E-10::+	SAS2395::70::100.0::1.9E-11::+	SAV2510::70::100.0::1.9E-11::+	MW2428::70::100.0::1.9E-11::+	SA2298::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL2519::70::100.0::1.9E-11::+
5QSA00004_N_23	AGTATTGAAAAGATTTTAGAAGGTCTCCAAACATTACCTGAACGTGCACGAAATCTAACTGAAGATGATT	34.29	30	83	Mu50	SAV2693	hypothetical protein		SAR2773::70::97.14286::1.3E-10::+	SAS2577::70::94.28571::8.3E-10::+	SAV2693::70::100.0::2.0E-11::+	MW2611::70::94.28571::8.3E-10::+	SA2485::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL2717::70::97.14286::1.3E-10::+
5QSA00004_N_24	ATATAAAAATTGATAGAGATGATCAACCTGATTTGGAGAACATCGAACATAACTATTTGAATAGTGGAGG	31.43	32	92	Mu50	SAV2568	hypothetical protein			SAS2454::70::98.57143::4.7E-11::+	SAV2568::70::100.0::1.9E-11::+	MW2489::70::98.57143::4.7E-11::+	SA2355::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL2583::70::98.57143::4.7E-11::+
5QSA00004_N_3	ATAAAGATAAATAATTTAGATGAAATGAATCAATTTGCTATGTTTTTAGTTGAGCAATTGAAAAGTGGTG	24.29	33	80	MRSA252	SAR2139	conserved hypothetical protein		SAR2139::70::100.0::1.8E-11::+	SAS1957::70::98.57143::4.7E-11::+	SAV2052::70::100.0::2.0E-11::+	MW1976::70::98.57143::5.0E-11::+	SA1857::70::100.0::2.0E-11::+		
5QSA00004_N_4	CATTAGGTTATAAGGTCCTGTATGTTACTGATACGAAGTATCTGAAATACAAATTTAACGGCATTACGCA	34.29	30	103	N315	SA1793	hypothetical protein		SAR2084::70::95.71428::3.1E-10::+,SAR2031::70::95.71428::2.2E-9::-	SAS1905::70::95.71428::3.1E-10::+,SAS1862::70::95.71428::2.2E-9::-	SAV1984::70::92.85714::2.0E-9::+	MW1922::70::95.71428::3.1E-10::+	SA1793::70::100.0::1.9E-11::+		
5QSA00004_N_5	TTCATCGGTAATACAGCATTTGGCGGACCAGCATCAATTAAGAAATATTATACGATTTTCTTATTTTTCC	32.86	31	101	MSSA476	SAS1052	putative membrane protein		SAR1091::70::97.14286::1.3E-10::+	SAS1052::70::100.0::2.0E-11::+	SAV1117::70::98.57143::5.0E-11::+	MW1000::70::100.0::2.0E-11::+	SA0966::70::98.57143::5.0E-11::+		SACOL1126::70::98.57143::5.0E-11::+
5QSA00004_N_6	GACACATGGTTATACAGTTGCTACTATTAAACATCATGGGCATGCTAAGGAAGATATTCAATTACAGGAT	35.71	32	80	Mu50	SAV2272	probable molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis	mobB	SAR2356::70::97.14286::1.2E-10::+	SAS2162::70::97.14286::1.2E-10::+	SAV2272::70::100.0::1.9E-11::+	MW2190::70::97.14286::1.2E-10::+	SA2067::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL2265::70::97.14286::1.2E-10::+
5QSA00004_N_7	ACAAAATGGACATATGTTAGGTCATCATCTATATAATGAAAATAAAAAAAGAGCCATTTTAAATAATAAG	22.86	32	120	MSSA476	SAS1253	conserved hypothetical protein (fragment)			SAS1253::70::100.0::1.4E-11::+		MW1201::70::100.0::2.0E-11::+			
5QSA00004_N_8	ATTCTCAACACAAATAGCACACTATTATAAAAATCAACCAACTATCACTTGGCCTGAACAATTAGGACAT	32.86	31	72	Mu50	SAV2348	hypothetical protein		SAR2433::70::98.57143::4.7E-11::+	SAS2239::70::98.57143::4.7E-11::+	SAV2348::70::100.0::1.9E-11::+	MW2269::70::98.57143::4.7E-11::+	SA2138::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL2343::70::97.14286::1.2E-10::+
5QSA00004_N_9	TTATAAAAGATTTACTTCCAGCGACGCATTTATCTATTAATATTTCAACAATATCTGAAAATACAAGACA	25.71	31	86	MSSA476	SAS1957	conserved hypothetical protein		SAR2139::70::95.71428::3.0E-10::+	SAS1957::70::100.0::1.8E-11::+	SAV2052::70::98.57143::5.0E-11::+	MW1976::70::100.0::2.0E-11::+	SA1857::70::98.57143::5.0E-11::+		SACOL2041::70::98.57143::5.3E-11::+
5QSA00004_O_1	AAAAAAGATGATTTTGTTGCCTATGCATCACCTGAAAATAACTTTCAATTTGTAGGTGATTTAATTAAAA	25.71	32	118	MW2	MW2401	hypothetical protein		SAR2565::70::98.57143::5.6E-11::+,SAR2562::65::95.38461::4.9E-9::+	SAS2368::70::98.57143::5.6E-11::+	SAV2476::70::98.57143::5.6E-11::+	MW2401::70::100.0::2.2E-11::+	SA2264::70::98.57143::5.6E-11::+		
5QSA00004_O_10	ATATCGCCCCTATTTAAAATTAGCAGAGCCGATTTTGGAAAAACACAATATATATTATGGTCAATGGTTA	31.43	30	85	Mu50	SAV2265	similar to transcription regulator MarR family		SAR2349::70::95.71428::3.4E-10::+	SAS2155::70::95.71428::3.4E-10::+	SAV2265::70::100.0::2.1E-11::+	MW2183::70::95.71428::3.4E-10::+	SA2060::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL2256::70::95.71428::3.4E-10::+
5QSA00004_O_11	TCTAATTGGGAAAGAGAAGTAAGTAATCCCGACTTAAAAACAATTTTAGAAATCACTAAATTATTTAATG	25.71	32	97	Mu50	SAVP004	hypothetical protein				SAVP004::70::100.0::2.2E-11::+				
5QSA00004_O_12	TAGCGTTATCTGCTTCTATTGCTAGAGGAGAACCTCAAGAGGCTTACAGTAAGAAATATGACCATTTAAA	37.14	29	91	Mu50	SAV0885	small terminase				SAV0885::70::100.0::2.1E-11::+				
5QSA00004_O_13	GTGTTCATTTAAACAAACTTACTGAAGAACGAAGCAAGCGATTGGAAAAAACACGCAAAGCTTTAGAAGA	35.71	31	76	MSSA476	SAS1633	putative universal stress protein		SAR1784::70::100.0::2.2E-11::+	SAS1633::70::100.0::2.2E-11::+	SAV1706::70::100.0::2.2E-11::+	MW1649::70::100.0::2.2E-11::+	SA1528::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL1753::70::100.0::2.2E-11::+
5QSA00004_O_14	TTATACCAAGCCCAGAAATGATGAGCTGTATTATTATTCGAGTATCGTTGAAGATTATAATGTTTTAGAA	30.0	32	82	COL	SACOL0287	conserved hypothetical protein								SACOL0287::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00004_O_15	CTCTTTGATAGTGACATGGACAATTTGAAACATATGGATTGCGACAATCCTGTTACTGAAATATATTTTA	31.43	30	111	COL	SACOL1948	hypothetical protein			SAS1812::70::97.14286::1.4E-10::+	SAV1890::70::97.14286::1.3E-10::+	MW1831::70::97.14286::1.3E-10::+	SA1706::70::97.14286::1.3E-10::+		SACOL1948::70::100.0::2.2E-11::+
5QSA00004_O_16	AATTAAGAGATTTATTTAAAGAAGAAGGACTTGAACCATGGACATCATGTGAATTTGACTTTACAAGCGA	31.43	32	81	COL	SACOL0294	conserved hypothetical protein		SAR0294::70::92.85714::2.0E-9::+,SAR0295::70::91.42857::5.1E-9::+,SAR0297::70::91.54929::1.1E-8::+	SAS0274::70::92.85714::2.0E-9::+,SAS0275::70::91.42857::5.0E-9::+,SAS0278::70::91.42857::5.0E-9::+,SAS0276::70::90.0::1.3E-8::+	SAV0300::70::95.71428::3.3E-10::+,SAV0294::70::92.95775::4.1E-9::+,SAV0299::70::91.54929::1.0E-8::+	MW0274::70::92.85714::2.0E-9::+,MW0275::70::91.42857::5.0E-9::+,MW0278::70::91.42857::5.0E-9::+,MW0276::70::90.0::1.3E-8::+	SA0288::70::95.71428::3.3E-10::+,SA0282::70::92.95775::4.1E-9::+,SA0287::70::91.54929::1.0E-8::+		SACOL0294::70::100.0::2.1E-11::+,SACOL0295::70::95.71428::3.0E-10::+,SACOL0288::70::92.85714::2.0E-9::+,SACOL0286::70::91.42857::5.0E-9::+,SACOL0287::70::91.42857::5.7E-9::+,SACOL0296::70::90.0::1.3E-8::+,SACOL0282::70::90.14085::2.7E-8::+
5QSA00004_O_17	TCTGGTGTTTCGTTAAGGATAAACGTTACTAAATCAGGTTTTACTAAATTTATTAATGAATTAGTCTCGT	28.57	31	126	MRSA252	SAR1981	hypothetical protein		SAR1981::70::100.0::2.2E-11::+	SAS1812::70::90.0::1.5E-8::+		MW1831::70::90.0::1.4E-8::+			SACOL1948::70::90.0::1.5E-8::+
5QSA00004_O_18	TAATTATAATCGGCCATACAAAATTGAAGAGTTTGCTGATTACCTGATTGTTGCTGTTATCGATGATGAA	32.86	31	86	COL	SACOL0406	hypothetical protein								SACOL0406::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00004_O_19	ACTTTCAATTTGTAGGTGATATAATACTAAGCAAAAATTTATCGGAAATAATTAAAATAAAAACAAAATC	20.0	32	79	MRSA252	SAR2562	putative membrane protein		SAR2562::70::100.0::2.2E-11::+						
5QSA00004_O_2	AAAAACGGCGGTAATATGGGTGTATCTGGATCAGTTGCTTATATGTTTGATCATGTGGCAACATTTGGTA	38.57	30	68	COL	SACOL0727	conserved hypothetical protein TIGR01033		SAR0680::70::97.14286::1.8E-10::+	SAS0634::70::98.57143::6.1E-11::+	SAV0669::70::100.0::2.1E-11::+	MW0631::70::98.57143::6.1E-11::+	SA0624::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL0727::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00004_O_20	CTGTTATCACAACATTAGCTTTAGGTGCTTGTGGTAATTCTAATTCACAAGATCAAGGTAACAAAACTGA	34.29	31	118	COL	SACOL0768	conserved hypothetical protein		SAR0761::70::97.14286::1.3E-10::+						SACOL0768::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00004_O_21	GCCTACTAAATTGATATTAAAAGATGCATCTTATTTACATAGCAAAACATCGATAACATTTATTTTAAAA	22.86	34	137	MSSA476	SAS1812	hypothetical protein		SAR1981::70::98.57143::5.6E-11::+	SAS1812::70::100.0::2.2E-11::+	SAV1890::70::94.28571::8.5E-10::+	MW1831::70::100.0::2.0E-11::+	SA1706::70::94.28571::8.5E-10::+		SACOL1948::70::98.57143::5.6E-11::+
5QSA00004_O_22	AAAAGTATTAAAAATTTTAAAACAACAATGTCTATCGTATTTGAATGTCATATTTACACTTTACGTCAAC	22.86	34	113	MSSA476	SAS2001	conserved hypothetical protein		SAR2186::70::98.57143::5.3E-11::+	SAS2001::70::100.0::2.1E-11::+	SAV2097::70::100.0::2.1E-11::+	MW2022::70::100.0::2.1E-11::+	SA1900::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL2090::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00004_O_23	TTTAGTGATAACAGGTACAATACATTAAGAAATATAGTTAACGGTGTAGATAGATTGATAGATGAAAGTG	28.57	33	96	MRSA252	SAR2067	hypothetical phage protein		SAR2067::70::100.0::2.2E-11::+,SAR2031::70::100.0::1.3E-10::-		SAV1969::70::100.0::2.2E-11::+		SA1780::70::100.0::2.2E-11::+		
5QSA00004_O_24	TCTTATTTCCTAGGGAATTATTGGTAGAAAAAGGCATCTTAACTACATTTGAGCATAAAGGTAAAATGGC	32.86	32	95	MRSA252	SAR0332	hypothetical protein		SAR0332::70::100.0::2.1E-11::+	SAS0312::70::94.28571::8.7E-10::+	SAV0335::70::94.28571::8.4E-10::+	MW0312::70::94.28571::8.7E-10::+	SA0324::70::94.28571::8.4E-10::+		
5QSA00004_O_3	TGTATCACCTGAAAATAACTTTCAATTTGTAGGTGATTTAATTAAAAGTGAAAGATTAAGTGAGTTACTA	25.71	32	144	MSSA476	SAS2368	putative exported protein		SAR2565::70::98.57143::5.6E-11::+	SAS2368::70::100.0::2.2E-11::+	SAV2476::70::98.57143::5.6E-11::+	MW2401::70::98.57143::5.6E-11::+	SA2264::70::98.57143::5.6E-11::+		
5QSA00004_O_4	AAAATATTTTTTAGCAGTTGGTGCTGTTGCCTCTGTATTAACTTTAGGCGCTTGTGGTAATTCTAATTCA	34.29	31	69	MSSA476	SAS0673	putative lipoprotein			SAS0673::70::100.0::2.1E-11::+	SAV0708::70::100.0::2.1E-11::+	MW0670::70::100.0::2.1E-11::+	SA0663::70::100.0::2.1E-11::+		
5QSA00004_O_5	AAATCAGATTCTCCAGCTTTAAATAAAGGTTTCAACAGTAAAAAGAAAAAATTTACTGACTTAAACTCAC	27.14	32	89	MSSA476	SAS0503	30S ribosomal protein S12		SAR0550::70::100.0::2.2E-11::+	SAS0503::70::100.0::2.2E-11::+	SAV0545::70::100.0::2.2E-11::+	MW0500::70::100.0::2.2E-11::+	SA0503::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL0591::70::100.0::2.2E-11::+
5QSA00004_O_6	TAACCAAATTAAACAAATTATACCTCACAGACAGCCATTTTTATTAATTGATAAAGTAGTTGAATATGAA	24.29	31	98	MSSA476	SAS2002	putative hydroxymyristoyl-(acyl carrier protein) dehydratase		SAR2187::70::98.57143::5.3E-11::+	SAS2002::70::100.0::2.1E-11::+	SAV2098::70::100.0::2.1E-11::+	MW2023::70::100.0::2.1E-11::+	SA1901::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL2091::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00004_O_7	ATGGAAACTGTATATATTGTTATAACTATGTCATTTGGTTAATTCAACATGACCTACCAAGAAATTATCA	27.14	32	104	MSSA476	SAS2043	conserved hypothetical protein		SAR2228::70::98.57143::5.6E-11::+	SAS2043::70::100.0::2.2E-11::+	SAV2140::70::100.0::2.2E-11::+	MW2064::70::100.0::2.2E-11::+	SA1942::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL2132::70::100.0::2.2E-11::+
5QSA00004_O_8	AACATAAATCGTAAAGAATATGCTATTGTTAACTTAGACCAACTTAATAAATTTGAAGATGGTACTGAAG	27.14	30	92	MSSA476	SAS2122	50S ribosomal protein L15		SAR2316::70::100.0::2.1E-11::+	SAS2122::70::100.0::2.1E-11::+	SAV2231::70::100.0::2.1E-11::+	MW2150::70::100.0::2.1E-11::+	SA2029::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL2220::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00004_O_9	TTTATATTTCACCATTCTGGTTTATATTTTTATTTTTCTTTTATAAAAAATACAAAACGAATGCTGAAAA	18.57	34	175	Mu50	SAV2438	amino acid ABC transporter homolog		SAR2528::70::98.57143::2.0E-10::+	SAS2330::70::97.14286::5.3E-10::+	SAV2438::70::100.0::7.8E-11::+	MW2362::70::97.14286::5.3E-10::+	SA2227::70::100.0::2.2E-11::+,SA2226::70::100.0::7.8E-11::+		SACOL2441::70::98.57143::2.0E-10::+
5QSA00004_P_1	AAAATGGATTAATAGAAAATTTGAAAATTATGCACGTAGACACGGCTTTATCTCAGCTGTTCCATTACGC	34.29	30	103	Mu50	SAV0850	hypothetical protein				SAV0850::70::100.0::2.0E-11::+				
5QSA00004_P_10	AGAGAGGGTAAATTGAAAGTATCATTTGATTATATAGATTGGATAAATACAGAGTTTGATCAATTGGGCC	31.43	31	107	Mu50	SAV0294	hypothetical protein		SAR0293::70::91.42857::5.0E-9::+	SAS0269::67::94.02985::3.7E-9::+,SAS0278::70::91.42857::5.0E-9::+,SAS0273::70::91.42857::5.0E-9::+,SAS0272::70::91.42857::5.0E-9::+	SAV0294::70::100.0::1.8E-11::+,SAV0298::70::91.42857::5.0E-9::+,SAV0301::70::91.42857::5.0E-9::+,SAV0299::70::90.0::1.3E-8::+	MW0269::67::94.02985::3.7E-9::+,MW0272::70::91.42857::5.0E-9::+,MW0273::70::91.42857::5.0E-9::+,MW0278::70::91.42857::5.0E-9::+	SA0282::70::100.0::1.8E-11::+,SA0286::70::91.42857::5.0E-9::+,SA0289::70::91.42857::5.0E-9::+,SA0287::70::90.0::1.3E-8::+		SACOL0293::70::94.28571::7.7E-10::+,SACOL0294::70::92.85714::2.2E-9::+,SACOL0296::70::91.42857::5.0E-9::+,SACOL0289::70::90.0::1.3E-8::+
5QSA00004_P_11	AATAATCTAGATCAATTATATAGATCTGTCATTATGGATCATTATAAAAATCCTAGAAATAAAGGTGTAT	22.86	33	119	MSSA476	SAS0787	NifU-like protein		SAR0879::70::100.0::2.0E-11::+	SAS0787::70::100.0::2.0E-11::+	SAV0845::70::100.0::2.0E-11::+	MW0798::70::100.0::2.0E-11::+	SA0777::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL0917::70::100.0::2.0E-11::+
5QSA00004_P_12	ATATTTAATATAGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATA	20.0	34	154	Mu50	SAV1196	lipoprotein signal peptidase	lsp	SAR1172::70::98.57143::4.7E-11::+	SAS1130::70::98.57143::4.7E-11::+	SAV1196::70::100.0::1.8E-11::+	MW1079::70::98.57143::4.7E-11::+	SA1039::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL1208::70::98.57143::4.7E-11::+
5QSA00004_P_13	TGTATTAAATCCAGATAACCAACCAATTTTCGGTACTTCTAAAATGAGAGAAGCTGAAACATACTTTAAC	31.43	30	91	MSSA476	SAS1768	putative DNA-binding protein		SAR1938::70::100.0::2.0E-11::+	SAS1768::70::100.0::2.0E-11::+	SAV1847::70::100.0::2.0E-11::+	MW1788::70::100.0::2.0E-11::+	SA1665::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL1904::70::100.0::2.0E-11::+
5QSA00004_P_14	GATCTATTATAAGTTATTTCTTATTAATTACTCTAAAAAAACGTGGTATTCTTCAAAGGTTTATAAAATA	20.0	34	115	MSSA476	SAS1228	putative membrane protein		SAR1270::70::98.57143::4.7E-11::+	SAS1228::70::100.0::1.8E-11::+	SAV1294::70::100.0::1.8E-11::+	MW1177::70::100.0::1.8E-11::+	SA1136::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL1314::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00004_P_15	ATCGATAAAAAAACTTTTAGCGAAAGACTTAGTAGTTGAATCGCACAATGAATTTAACAAAAGAGAAGTT	28.57	31	83	COL	SACOL2524	transcriptional regulator, MarR family								SACOL2524::70::100.0::2.0E-11::+
5QSA00004_P_16	AAAGAAGTTTATTATTTTTAACTGTTTTATTGTTATTATTCTCATTTTCTTCAATTACTAATGAGGTAAG	20.0	36	65	MSSA476	SAS1868	staphylokinase precursor		SAR2039::70::98.57143::4.7E-11::+,SAR2031::70::98.57143::3.4E-10::-	SAS1868::70::100.0::1.8E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-	SAV1944::70::100.0::1.8E-11::+	MW1885::70::100.0::1.8E-11::+	SA1758::70::100.0::1.8E-11::+		
5QSA00004_P_17	GATATATCACAGTTGTTTATACCTCCAGCTAAACACCCAATAAGCACTATTATCGGTTTTGTATCTGATA	34.29	31	100	pLW043	VRA0017	TraJ	traJ						VRA0017::70::100.0::2.0E-11::+	
5QSA00004_P_18	TGTACTTTTAATCGCATTTAATATTTTGAACTGGCTATTTTGGGAGATATTAGATAACAATATATCCATT	25.71	30	84	MSSA476	SAS1977	putative membrane protein		SAR2160::70::95.71428::3.1E-10::+	SAS1977::70::100.0::1.8E-11::+	SAV2072::70::100.0::1.8E-11::+	MW1996::70::100.0::1.8E-11::+	SA1876::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL2062::70::95.71428::3.0E-10::+
5QSA00004_P_19	CGATGGATAAAGTAGATGATCAACTTAAGTTGTTACAACAGTTGATGCAAATTTTTCAAAGTGAAGAAAA	30.0	32	127	MSSA476	SAS0221	putative PTS transport system, IIA component		SAR0240::70::97.14286::1.3E-10::+	SAS0221::70::100.0::1.9E-11::+	SAV0245::70::100.0::1.9E-11::+	MW0221::70::100.0::1.9E-11::+	SA0236::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL0229::70::97.14286::1.3E-10::+
5QSA00004_P_2	AGATGAAATCAGTGGAATGATACCAGTAGAGTGGGAAAAAGTATATACAATTGCTTATGTAGATGATGAA	32.86	31	72	MW2	MW0279	hypothetical protein		SAR0293::68::91.17647::1.4E-8::+	SAS0279::68::95.588234::8.7E-10::+,SAS0278::70::90.0::1.3E-8::+	SAV0302::70::97.14286::1.2E-10::+	MW0279::70::100.0::1.9E-11::+,MW0278::70::90.0::1.3E-8::+	SA0290::70::97.14286::1.2E-10::+		SACOL0297::70::94.28571::7.9E-10::+
5QSA00004_P_20	GGTTATCGTACACTTGTTGCTGGTATTGATGCTTCTAATGAAGCGAGTATTAAATTACATCAAAAATTCA	32.86	30	96	Mu50	SAV2529	similar to N-acetyltransferase				SAV2529::70::100.0::1.8E-11::+		SA2317::70::100.0::1.8E-11::+		
5QSA00004_P_21	AGTAAAATTACAGAACAAGTAGAAGTGATTGTTCAACCAATTATGGAAGACTTGAATTTTGAACTTGTAG	30.0	31	132	Mu50	SAV1265	hypothetical protein		SAR1241::70::98.57143::5.0E-11::+	SAS1199::70::98.57143::5.0E-11::+	SAV1265::70::100.0::1.9E-11::+	MW1148::70::98.57143::5.0E-11::+	SA1108::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL1284::70::98.57143::5.0E-11::+
5QSA00004_P_22	TATAAAACGTCAAGAACGACAAAACAAGCGAGAAGAATTACATCGAATAGAGTTTGATAAGCATTTAGAA	31.43	31	66	MW2	MW0755	hypothetical protein					MW0755::70::100.0::1.8E-11::+			
5QSA00004_P_23	ATAAACAAGAAATACAAGAAATTAATCGAACATATAGAGATAAAGATAAAGTTACAGATGTAATCTCATT	22.86	31	90	MSSA476	SAS1508	conserved hypothetical protein		SAR1647::70::100.0::1.9E-11::+	SAS1508::70::100.0::1.9E-11::+	SAV1570::70::100.0::1.9E-11::+	MW1522::70::100.0::1.9E-11::+	SA1399::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL1627::70::100.0::1.9E-11::+
5QSA00004_P_24	TAATTTTATGTATCGGTATCGTAGCTGTATTAAATTCTGTTAAGAAAAACTTAGATTATGTTGCAAAAAC	25.71	33	99	MSSA476	SAS1665	putative exported protein		SAR1817::70::100.0::1.8E-11::+	SAS1665::70::100.0::1.8E-11::+	SAV1739::70::100.0::1.8E-11::+	MW1682::70::100.0::1.8E-11::+	SA1560::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL1789::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00004_P_3	AGACTATCATGGTCTGTCACAAAGAGAATACAATGATAGAGTTTCTGAAATTATAAATAATGATAATTGA	27.14	32	92	MRSA252	SAR2104	putative lipoprotein		SAR2104::70::100.0::2.0E-11::+		SAV2001::70::100.0::2.0E-11::+				
5QSA00004_P_4	ACCTCTCTTTTTTAAATGTAACCTCAATTATACAACAAATAAAAAAATTAGAAAATAGATTATTCAAGAA	20.0	32	95	MW2	MW1234	hypothetical protein					MW1234::70::100.0::1.9E-11::+			
5QSA00004_P_5	CCATTAAAGCTTTATTTGAAGCATGGGCATTGTAAAGTATTACTTGGTGTCGCACGAGGTAAGAAAAAAT	35.71	31	82	MSSA476	SAS0747	putative tmRNA-binding protein		SAR0837::70::95.71428::3.2E-10::+	SAS0747::70::100.0::2.0E-11::+	SAV0782::70::95.71428::3.2E-10::+	MW0743::70::100.0::2.0E-11::+	SA0736::70::95.71428::3.2E-10::+		SACOL0847::70::95.71428::3.2E-10::+
5QSA00004_P_6	ACAATTGCCTACGTAGATGATGAAGGTGGAGAGGTTGTTTTTAATTATACTAAACCAGGAAGTGAAGATT	35.71	29	76	COL	SACOL0297	conserved hypothetical protein		SAR0297::70::90.0::1.3E-8::+	SAS0279::70::90.0::1.3E-8::+	SAV0302::70::90.0::1.3E-8::+	MW0279::70::90.0::1.3E-8::+	SA0290::70::90.0::1.3E-8::+		SACOL0297::70::100.0::1.9E-11::+
5QSA00004_P_7	AACTTTAAAGAAATCAAAGAATTAATTGAAATTCTGGATAAATCAACTTTAACGGAAATCAATATTGAAG	22.86	34	103	MSSA476	SAS1466	biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase		SAR1605::70::100.0::2.0E-11::+	SAS1466::70::100.0::2.0E-11::+	SAV1527::70::100.0::2.0E-11::+	MW1480::70::100.0::2.0E-11::+	SA1358::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL1572::70::100.0::2.0E-11::+
5QSA00004_P_8	TCGAAGAAAAATTAAGTCAAATGTACAACGAGATTGCGAATGAGATTAGTGGGATGATACCAGTAGAGTG	37.14	31	68	MSSA476	SAS0279	conserved hypothetical protein		SAR0293::70::92.85714::2.0E-9::+,SAR0297::70::90.0::1.3E-8::+	SAS0279::70::100.0::1.9E-11::+,SAS0276::70::91.42857::5.0E-9::+,SAS0277::70::91.42857::5.0E-9::+	SAV0301::70::97.14286::1.2E-10::+,SAV0298::70::95.71428::3.0E-10::+,SAV0302::70::91.42857::5.1E-9::+	MW0276::70::91.42857::5.0E-9::+,MW0277::70::91.42857::5.0E-9::+	SA0289::70::97.14286::1.2E-10::+,SA0286::70::95.71428::3.0E-10::+,SA0290::70::91.42857::5.1E-9::+		SACOL0293::70::94.28571::7.7E-10::+,SACOL0291::70::92.85714::2.0E-9::+
5QSA00004_P_9	CAGTCAAAAGAACAATTAAACATTAGAGAGATGACTAAAGAAGATGTGCCACAAGTCTTTGATATTGAGC	34.29	32	89	MSSA476	SAS1955	putative acetyltransferase		SAR2137::70::98.57143::5.0E-11::+	SAS1955::70::100.0::2.0E-11::+	SAV2050::70::98.57143::5.0E-11::+	MW1974::70::100.0::2.0E-11::+	SA1855::70::98.57143::5.0E-11::+		SACOL2039::70::98.57143::5.0E-11::+
5QSA00005_A_1	GCACACTGACCAATGTAGGTTTTAAATTCAATCAATGGTTAGATTTAGCATTTTACGAATTAGATTTACA	30.0	30	97	MSSA476	SAS2415	acetyltransferase (GNAT) family protein		SAR2609::70::98.57143::4.7E-11::+	SAS2415::70::100.0::1.8E-11::+		MW2449::70::100.0::1.8E-11::+			SACOL2541::70::95.71428::3.1E-10::+
5QSA00005_A_10	GCTTGCATCATAAATATAATAAGAAAGTTATGATGGCGAAGTTTAACAATTTTCATGAACTAAAACAACA	27.14	31	90	MSSA476	SAS0704	hypothetical protein		SAR0793::70::95.71428::2.9E-10::+	SAS0704::70::100.0::1.8E-11::+	SAV0739::70::97.14286::1.1E-10::+	MW0701::70::100.0::1.8E-11::+	SA0694::70::97.14286::1.1E-10::+		SACOL0802::70::97.14286::1.1E-10::+
5QSA00005_A_11	CACACGCAACATATACAACTATTTTATTAGTACCGTATGCGTATTTCTTATATGTACGTATTAAACAAGA	30.0	32	94	MSSA476	SAS0196	putative membrane protein		SAR0212::70::100.0::1.8E-11::+	SAS0196::70::100.0::1.8E-11::+	SAV0220::70::100.0::1.8E-11::+	MW0196::70::100.0::1.8E-11::+	SA0213::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL0199::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_A_12	TTTTGTCAACAATTGCTATTACTATATCATTTATTTTAAATTTTGGGTTGTTTATTTCTCTAGCTATTTG	22.86	33	73	MSSA476	SAS1931	putative membrane protein			SAS1931::70::100.0::1.8E-11::+		MW1948::70::100.0::1.8E-11::+			
5QSA00005_A_13	ATCAAACAACTGTATGGTAAAATCAAAGGTAAGACATATAAAAAATCTTACAACATGAATAATAGAGTTT	24.29	32	102	MSSA476	SAS0709	putative membrane protein		SAR0798::70::100.0::1.8E-11::+	SAS0709::70::100.0::1.8E-11::+	SAV0744::70::100.0::1.8E-11::+	MW0706::70::100.0::1.8E-11::+	SA0699::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL0807::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00005_A_14	GTTGAAAAATTAGGCGGTATCGTAGTAGGTATTGCATTTATAATTGAATTGAAATATTTAAATGGTATTG	27.14	34	102	MSSA476	SAS1571	adenine phosphoribosyltransferase		SAR1715::70::97.14286::1.1E-10::+	SAS1571::70::100.0::1.8E-11::+	SAV1635::70::100.0::1.8E-11::+	MW1585::70::100.0::1.8E-11::+	SA1461::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL1690::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00005_A_15	TAAATACAACTTTGTTACTAATAACGATAAATCGATTAATAGCGAGCTCATTAATTTCATTATTAATTAT	21.43	34	133	MSSA476	SAS0767	hypothetical protein		SAR0858::70::100.0::1.8E-11::+	SAS0767::70::100.0::1.8E-11::+	SAV0826::70::100.0::1.8E-11::+	MW0780::70::100.0::1.8E-11::+	SA0754::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL0871::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00005_A_16	AACTTTCTATATTTCCAAATATGAATTTACGAATGTGGGAAAATCCAGTTACTCAAAATAATATTCGATT	25.71	31	96	MSSA476	SAS1743	putative lantibiotic modifying enzyme			SAS1743::70::100.0::1.7E-11::+		MW1762::70::100.0::1.8E-11::+			SACOL1875::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00005_A_17	ATTAGATGTAGATAATAAAGTTGTTTATAAAGAAATCGTTAGTGAAGGTACTGATTTCCCAGATTTTGAT	27.14	33	85	Mu50	SAV1713	probable thiol peroxidase		SAR1791::70::98.57143::4.7E-11::+	SAS1640::70::98.57143::4.7E-11::+	SAV1713::70::100.0::1.8E-11::+	MW1656::70::98.57143::4.7E-11::+	SA1535::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL1762::70::98.57143::4.7E-11::+
5QSA00005_A_18	TGATCGTCTCTTATCGACTAATGATGAGATCGCTTTACAATTCAATACTAAAAAGCATCAAATATTGCAA	31.43	31	93	MRSA252	SAR0793	hypothetical protein		SAR0793::70::100.0::1.8E-11::+						
5QSA00005_A_19	ACCCTATTAGAGAAGAATATGTAGAGGGAGAAACAGACCCGATATATAAAAGAGAGTATAAGCATTTTTA	32.86	32	54	Mu50	SAV1822	hypothetical protein				SAV1822::70::100.0::1.8E-11::+		SA1640::70::100.0::1.8E-11::+		
5QSA00005_A_2	CGATAAAAGTAACTTCCAAAAAAACTTAATATTTTCACTTGTCATATTCCCATTCTTATTTGTGCCTTAC	28.57	31	84	MRSA252	SAR1910	putative membrane protein		SAR1910::70::100.0::1.8E-11::+						
5QSA00005_A_20	AGAAGGATCAACTTAATATAATGAATTCGGCAACAGAAGAGCATCATCATAAAGATTATATTAAACTATA	27.14	31	111	Mu50	SAV0809	hypothetical protein		SAR0840::70::94.28571::7.4E-10::+	SAS0750::70::98.57143::4.4E-11::+	SAV0809::70::100.0::1.7E-11::+	MW0762::70::98.57143::4.4E-11::+	SA0740::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL0854::70::98.57143::4.4E-11::+
5QSA00005_A_21	AAGCATTACTGTGAATGAAACTATTTTTAAGCAGATTTCTAATAACACCAATACCAAAGGCAATGTATTG	30.0	32	90	Mu50	SAV2274	molybdenum cofactor biosynthesis protein C	moaC	SAR2358::70::97.14286::1.2E-10::+	SAS2164::70::97.14286::1.2E-10::+	SAV2274::70::100.0::1.8E-11::+	MW2192::70::97.14286::1.2E-10::+	SA2069::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL2267::70::98.57143::4.7E-11::+
5QSA00005_A_22	GATCATGTTAAAGAAGCACAAAGCTTAATTAACGATTATAAAGATACACAAAGCTATGAAGATCTCGCTA	31.43	32	96	Mu50	SAV0814	hypothetical protein			SAS0755::70::92.85714::1.9E-9::+	SAV0814::70::100.0::1.7E-11::+	MW0768::70::92.85714::1.9E-9::+	SA0745::70::100.0::1.7E-11::+		
5QSA00005_A_23	ATTTTTAAGTTTAATCAAAGATACATCATTATTAGGATTTATTTTAGTGGCTGAAATGTTTAGAAAAGCT	22.86	31	111	MSSA476	SAS2304	transport system membrane protein		SAR2503::70::95.71428::5.1E-10::+	SAS2304::70::100.0::2.2E-11::+	SAV2413::70::100.0::1.8E-11::+	MW2335::70::100.0::1.8E-11::+	SA2201::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL2411::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00005_A_24	ATAGCATTGAATTATGTATACTATGACATTTATACACAAATGATTGAAATGACAAGAGACTTAGAATTAT	24.29	33	116	Mu50	SAV2126	hypothetical protein		SAR2214::70::98.57143::4.4E-11::+	SAS2029::70::98.57143::4.4E-11::+	SAV2126::70::100.0::1.7E-11::+	MW2050::70::98.57143::4.4E-11::+	SA1928::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL2118::70::98.57143::4.4E-11::+
5QSA00005_A_3	TATTTGAGGAGTTAAGAGATTTATTTAAAGAAGAAGATTTAGAACCATGGACATCATGCGAATTTGATTT	28.57	33	77	COL	SACOL0282	conserved hypothetical protein TIGR01741		SAR0294::70::90.14085::2.6E-8::+	SAS0274::70::91.42857::5.0E-9::+	SAV0299::70::97.14286::1.2E-10::+,SAV0294::70::95.71428::3.1E-10::+	MW0274::70::91.42857::5.0E-9::+	SA0287::70::97.14286::1.2E-10::+,SA0282::70::95.71428::3.1E-10::+		SACOL0282::70::100.0::1.8E-11::+,SACOL0288::70::91.42857::5.0E-9::+,SACOL0294::70::90.14085::3.0E-8::+
5QSA00005_A_4	TTAAACATATTAAAGAACCTTATGATAAACACACAGACATCCACTTGATGAAAGCAATTAGCGAAAGTGA	31.43	31	52	MRSA252	SAR0056	conserved hypothetical protein		SAR0056::70::100.0::1.8E-11::+		SAV0058::70::100.0::1.8E-11::+		SA0054::70::100.0::1.8E-11::+		
5QSA00005_A_5	GCAGTGATGAATTATTTTACTATACAAGTGTGATAAAGAAGTATAATTTATTGAAATCAAGCTTTATGGA	25.71	33	111	COL	SACOL0289	conserved hypothetical protein								SACOL0289::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00005_A_6	TTACCTCTTATCAACTAATGATGATATTGCTTTGCAATTCAATACAAAAAAGCACCAAATATTGCAACAT	28.57	32	95	Mu50	SAV0739	hypothetical protein			SAS0704::70::98.57143::4.5E-11::+	SAV0739::70::100.0::1.8E-11::+	MW0701::70::98.57143::4.5E-11::+	SA0694::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL0802::70::98.57143::4.5E-11::+
5QSA00005_A_7	GGTCATGCACAACATGCAGACGCTGCTGAAAATTATACAAATTATAACTATAATACGACTCAAACTACAA	34.29	30	81	MRSA252	SAR2388	putative exported protein		SAR2388::70::100.0::1.8E-11::+						
5QSA00005_A_8	CATGATTTCCAAACTAAGTTGAAAAACGGACGTAAATTCTTAACTAAAGGCGATAAATGTAAAGTATCTA	30.0	30	77	MSSA476	SAS1609	translation initiation factor IF-3		SAR1760::70::100.0::1.7E-11::+	SAS1609::70::100.0::1.7E-11::+	SAV1680::70::100.0::1.8E-11::+	MW1624::70::100.0::1.7E-11::+	SA1504::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL1727::70::98.57143::4.4E-11::+
5QSA00005_A_9	ATATTAGTTAAAAAATACGCTTACTTAGCAATTGGACAAGGTGCTGTTTTTGGTATTGCTATTTGGGTAT	31.43	31	91	Mu50	SAV0181	hypothetical protein		SAR0182::70::98.57143::4.7E-11::+	SAS0156::70::98.57143::4.7E-11::+	SAV0181::70::100.0::1.8E-11::+	MW0155::70::98.57143::4.7E-11::+	SA0175::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL0166::70::98.57143::4.7E-11::+
5QSA00005_B_1	ATTATTCATAGACTATATAAATTTAGCGAGAGATTACTATCAACAAATTATGAATGACTATAGTACTACA	24.29	32	97	MSSA476	SAS2245	TetR family regulatory protein		SAR2439::70::97.14286::1.1E-10::+	SAS2245::70::100.0::1.6E-11::+	SAV2354::70::100.0::1.6E-11::+	MW2275::70::100.0::1.6E-11::+	SA2144::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL2349::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_B_10	GGAACAAGAGCGTAATGCATTGGAGAGTAAAATAAAGATAGATAAGTCCACATATAAACAGTTAATCATG	32.86	30	60	Mu50	SAV2017	hypothetical protein				SAV0796::70::100.0::1.6E-11::+,SAV2017::70::100.0::1.6E-11::+		SA1824::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL0902::70::98.57143::4.0E-11::+
5QSA00005_B_11	CAAAAAGACGAAGATAAAAGTGAAAATATGCCTGAAGAAAAATCAGAATCAGAAACAGATAAGGATTTAC	30.0	33	63	MRSA252	SAR1879	putative lipoprotein		SAR1879::70::100.0::1.6E-11::+						
5QSA00005_B_12	TCAGAAAATGTCATTGCATATGCGCAGTATGGGGCTGATATTCCGGCAATTGTTCAATTTAACAATTATA	35.71	31	99	Mu50	SAV2675	amidotransferase hisH	hisH	SAR2757::70::97.14286::1.0E-10::+	SAS2560::70::98.57143::4.0E-11::+	SAV2675::70::100.0::1.6E-11::+	MW2594::70::98.57143::4.0E-11::+	SA2467::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL2699::70::98.57143::4.0E-11::+
5QSA00005_B_13	AACACATCAATCTATGATGCTTGATATGTATATCATATATAAAACAATTAAAAATATCGTTACTTCAGAA	22.86	33	97	MSSA476	SAS0136	capsular polysaccharide synthesis enzyme		SAR0163::70::100.0::1.6E-11::+	SAS0136::70::100.0::1.6E-11::+	SAV0161::70::100.0::1.6E-11::+	MW0136::70::100.0::1.6E-11::+	SA0156::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL0148::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_B_14	ACCATGTAACTGAAGATATCGGCATTGTCATTGGCCAATTGTTACTTGAAATGATTAAAGATAAAAAGCA	32.86	29	90	Mu50	SAV2676	imidazoleglycerol-phosphate dehydratase	hisB	SAR2758::70::98.57143::4.0E-11::+	SAS2561::70::98.57143::4.0E-11::+	SAV2676::70::100.0::1.6E-11::+	MW2595::70::98.57143::4.0E-11::+	SA2468::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL2700::70::98.57143::4.0E-11::+
5QSA00005_B_15	AAGAATTATGACCAAATAAGTTCTATTGAAGAACAAGAATTTATTGGTGATTTGATTCAAGTCAATCCAA	27.14	31	124	MSSA476	SAS1162	conserved hypothetical protein		SAR1204::70::98.57143::4.2E-11::+	SAS1162::70::100.0::1.6E-11::+	SAV1228::70::100.0::1.6E-11::+	MW1111::70::100.0::1.6E-11::+	SA1071::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL1242::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_B_16	CTCAAATAAGCAAAATATAATCGATCAAGCAGAAACAATCATATTACCGGGTGTCGGTCATTTTAAAGAT	32.86	30	82	MRSA252	SAR2757	putative amidotransferase	hisH	SAR2757::70::100.0::1.6E-11::+	SAS2560::70::90.14085::3.2E-8::+	SAV2675::70::90.14085::3.2E-8::+	MW2594::70::90.14085::3.2E-8::+	SA2467::70::90.14085::3.2E-8::+		SACOL2699::70::90.14085::3.2E-8::+
5QSA00005_B_17	ATATTTAAGATTTTAGAATACATTTATCGTTTAATCTTAAAATATTTACTTTGGTATATTAAAACTGTCA	17.14	34	119	MSSA476	SAS1851	putative membrane protein		SAR2019::70::100.0::1.6E-11::+	SAS1851::70::100.0::1.6E-11::+	SAV1927::70::100.0::1.6E-11::+	MW1868::70::100.0::1.6E-11::+	SA1741::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL1990::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_B_18	TGTTTACGTTTCATAGTGGACTATCGTTAAACATCGAGGCACAAGGTGATATCGATGTAGATGATCACCA	40.0	31	94	MRSA252	SAR2758	putative imidazoleglycerol-phosphate dehydratase	hisB	SAR2758::70::100.0::1.6E-11::+						
5QSA00005_B_19	ATAAATTACGTTTTTACCAAAGCGCATTTTATCAAGAATTATTTGATTTTTATTATGACTTATTTAAAAG	20.0	32	93	MSSA476	SAS2464	TetR family regulatory protein		SAR2658::70::97.14286::1.1E-10::+	SAS2464::70::100.0::1.6E-11::+	SAV2578::70::100.0::1.6E-11::+	MW2498::70::100.0::1.6E-11::+	SA2364::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL2593::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_B_2	ATAAAGAGATTGCTTCGCTCAATATTCAATCCATCATCACACATGGCTATTTCGGTTCCATGCACGGTAG	41.43	30	78	MRSA252	SAR2777	putative DNA-binding protein		SAR2777::70::100.0::1.6E-11::+						
5QSA00005_B_20	TGGCATTTTGGAATATTTGAAGGTGAGTCAGTCTATCTATTTGATAATCTATACAAGCCTGAGGACTTAT	34.29	29	96	COL	SACOL0869	phosphoglycerate mutase family protein		SAR0856::70::97.14286::1.0E-10::+	SAS0765::70::97.14286::1.0E-10::+	SAV0824::70::100.0::1.6E-11::+	MW0778::70::97.14286::1.0E-10::+	SAS020::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL0869::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00005_B_21	GTGAAGGCGACACTTTAGTTATTTACAAGCTAGATAGATTAGGCAGGACTACTAAGCAACTGATAGATTT	37.14	31	79	Mu50	SAVP017	putative resolvase	res			SAVP017::70::100.0::1.6E-11::+			VRA0053::70::100.0::1.6E-11::+	
5QSA00005_B_22	AAAAAGATAATGTACCGTCAGATGATTTTAATACTACTGTTAGTGGTGAAGATAGTTGGAAAACACTTAC	31.43	31	79	Mu50	SAV1815	probable beta-lactamase				SAV1815::70::100.0::1.6E-11::+		SA1633::70::100.0::1.6E-11::+		
5QSA00005_B_23	ACAAGTTTGCCATTTCCTGCAGATATAACTGTTAGAATGCATAACCCTAATAACATTGTTTTTGATAAAA	30.0	32	102	MSSA476	SAS0133	capsular polysaccharide synthesis enzyme		SAR0160::70::97.14286::1.1E-10::+	SAS0133::70::100.0::1.6E-11::+		MW0133::70::100.0::1.6E-11::+			
5QSA00005_B_24	ACTTAAGGCGACTGGATACAGATTCCATGACACTACAAAAGCAGATGCGTTAACTGGCGAAGATTTAACA	41.43	30	72	Mu50	SAV0898	hypothetical protein				SAV0898::70::100.0::1.6E-11::+				
5QSA00005_B_3	TATTATTTCAGTTGGTATTATTGGGACAATATTATTAAAAGCATATGCTTCATCTCAAATAAAAAAAGGT	24.29	32	120	Mu50	SAV2685	similar to integral membrane protein		SAR2767::70::98.57143::4.2E-11::+	SAS2570::70::98.57143::4.2E-11::+	SAV2685::70::100.0::1.6E-11::+	MW2604::70::98.57143::4.2E-11::+	SA2477::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL2709::70::97.14286::1.1E-10::+
5QSA00005_B_4	GTAGGATTACTGAGACTTTTGGCAAATATCAACATTCACCATTTGATGGTAAGCATTATGGCATTGATTT	34.29	31	81	Mu50	SAV0212	hypothetical protein		SAR0204::70::95.71428::2.6E-10::+	SAS0188::70::97.14286::1.0E-10::+	SAV0212::70::100.0::1.6E-11::+	MW0188::70::97.14286::1.0E-10::+	SA0205::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL0191::70::97.14286::1.0E-10::+
5QSA00005_B_5	ATATTGTAATTACTAAAACTTATTTTGAAAAATACACTAAACAAATTAAAGCAGCACAGATGATATTAGA	21.43	33	88	MRSA252	SAR0686	putative transposase (pseudogene)		SAR0699::70::100.0::7.1E-11::+,SAR0686::70::100.0::1.3E-10::+,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::+				SAP025::70::100.0::1.6E-11::+		
5QSA00005_B_6	ATTTACTAAAAATAAAACAAGTACGGTCATTGTTTCAAAAGAATTTTTATCAGAAGAAGATACTGTACTC	25.71	31	115	MSSA476	SAS0364	putative xanthine phosphoribosyltransferase		SAR0406::70::100.0::1.6E-11::+	SAS0364::70::100.0::1.6E-11::+	SAV0388::70::100.0::1.6E-11::+	MW0364::70::100.0::1.6E-11::+	SA0373::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL0458::69::98.55073::6.7E-11::+
5QSA00005_B_7	TTACAAGGTCGTGTCGAAGACAGAAAAGATTTATACATACACATGCTATAATGAAATCATACCTAAAAGA	31.43	31	90	Obsolete	Obsolete	Obsolete								
5QSA00005_B_8	AATGTGTCATTTCTAGGAGGATATGAAATAAGAATTGAGTTATTAATCAGTGGTTTTATTTTTATATTGG	25.71	32	113	MSSA476	SAS1217	putative CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase		SAR1259::70::100.0::1.6E-11::+	SAS1217::70::100.0::1.6E-11::+	SAV1283::70::100.0::1.6E-11::+	MW1166::70::100.0::1.6E-11::+	SA1126::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL1302::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_B_9	GGTGATGACTATAATGATCATAAACAATTGATGTTATTTAAAAAGGATATAGATAAAATCACGATAAACT	24.29	32	111	MW2	MW0758	Ear	ear				MW0758::70::100.0::1.6E-11::+			
5QSA00005_C_1	ACTAAGTCAAATGTATAACGAGATTGCGAATAAGATTAGCAGTATGATACCGGTAGAATGGGAAAAGGTA	35.71	30	69	MSSA476	SAS0269	conserved hypothetical protein			SAS0269::70::100.0::1.8E-11::+,SAS0276::70::95.71428::3.0E-10::+,SAS0277::70::95.71428::3.0E-10::+,SAS0275::70::91.42857::5.0E-9::+,SAS0272::70::91.42857::5.0E-9::+	SAV0300::70::92.85714::2.1E-9::+,SAV0298::70::90.0::1.3E-8::+	MW0269::70::100.0::1.8E-11::+,MW0276::70::95.71428::3.0E-10::+,MW0277::70::95.71428::3.0E-10::+,MW0272::70::91.42857::5.0E-9::+,MW0275::70::91.42857::5.0E-9::+	SA0288::70::92.85714::2.1E-9::+,SA0286::70::90.0::1.3E-8::+		SACOL0286::70::92.85714::2.0E-9::+,SACOL0288::70::90.0::1.3E-8::+
5QSA00005_C_10	GATATTAATAATCAAGTATCTGAACTATCAGTGTTAATTGCTTCTAAAGTTCTTAGAAAAGAAATTTCTG	25.71	32	92	MSSA476	SAS2010	putative ATP synthase subunit b		SAR2195::70::100.0::1.7E-11::+	SAS2010::70::100.0::1.7E-11::+	SAV2107::70::100.0::1.7E-11::+	MW2031::70::100.0::1.7E-11::+	SA1909::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL2099::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00005_C_11	AGTATAATTTTACTAATTGTTCCAGACTTAATTAGACTTAGCAAAACTTTTCTAATTGAAAGTAGGGAAT	25.71	32	119	Mu50	SAV1539	hypothetical protein		SAR1616::70::97.14286::1.2E-10::+	SAS1477::70::95.71428::3.0E-10::+	SAV1539::70::100.0::1.8E-11::+	MW1491::70::95.71428::3.0E-10::+	SA1369::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL1597::70::95.71428::3.0E-10::+
5QSA00005_C_12	GATTTAATCGTAAGGAAATAATTAATTTCGAAAAAACTATAGGAAAAGCTTATGCAGGTGGAAAATATAT	25.71	32	97	MRSA252	SAR1312	hypothetical protein		SAR1312::70::100.0::1.7E-11::+						
5QSA00005_C_13	CATGAAAAAATATATCAAAACAGCATTTTTTTGTAGTATGTATTGGTTAATTGTTCAACTAAATATAGCA	22.86	35	94	Mu50	SAV2565	hypothetical protein		SAR2647::70::98.57143::4.7E-11::+	SAS2451::70::98.57143::4.7E-11::+	SAV2565::70::100.0::1.8E-11::+	MW2486::70::98.57143::4.7E-11::+	SA2352::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL2580::69::98.55073::8.0E-11::+
5QSA00005_C_14	TATTTAAGTACTTTAACAGAGTTAGATTATGATAAATCTTTAAATAGTATTGAAGAAAGTTTTGATGATA	20.0	33	122	MSSA476	SAS0434	acetyltransferase (GNAT) family protein		SAR0476::70::100.0::1.7E-11::+	SAS0434::70::100.0::1.7E-11::+	SAV0477::70::100.0::1.7E-11::+	MW0432::70::100.0::1.7E-11::+	SA0435::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL0519::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00005_C_15	CTTATAAATTAGAAGCATTTAGAGGTAAAGTGATTTTAGTTGTTAATACTGCAACAGAATGTATATATAG	25.71	32	103	MSSA476	SAS2507	putative glutathione peroxidase		SAR2699::70::100.0::1.8E-11::+	SAS2507::70::100.0::1.8E-11::+	SAV2621::70::100.0::1.8E-11::+	MW2541::70::100.0::1.8E-11::+	SA2414::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL2641::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00005_C_16	AACGTTATGTTTATGAACTTTATGACAAGCATACTAAGCATATTGCAGTTGTAACAAGTGATATGAGTGA	31.43	32	98	Mu50	SAV0532	hypothetical protein		SAR0536::70::95.71428::2.9E-10::+	SAS0490::70::98.57143::4.4E-11::+	SAV0532::70::100.0::1.7E-11::+	MW0488::70::98.57143::4.4E-11::+	SA0491::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL0579::70::98.57143::4.4E-11::+
5QSA00005_C_17	AAAAAATAGATTGTAGTGTTATTGGTATTTGTGGATATGAATATCGACAATTAAAGCAAGAAACAGTACT	27.14	31	134	Mu50	SAV2682	hypothetical protein		SAR2764::70::98.57143::4.7E-11::+	SAS2567::70::98.57143::4.7E-11::+	SAV2682::70::100.0::1.8E-11::+	MW2601::70::98.57143::4.7E-11::+	SA2474::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL2706::70::98.57143::4.7E-11::+
5QSA00005_C_18	TAAAGAATTAGATGGAGATATTATACCGCCTAACAATTTTGTTGTGCTAAATGATCATGATAACAATCAG	30.0	31	98	MSSA476	SAS0834	putative signal peptidase Ia		SAR0926::70::98.57143::4.4E-11::+	SAS0834::70::100.0::1.7E-11::+	SAV0964::70::100.0::1.7E-11::+	MW0846::70::100.0::1.7E-11::+	SA0825::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL0968::70::90.0::1.2E-8::+
5QSA00005_C_19	AATATCTAATATCAACAAGTCATTTAATAAAAGATGTGTTCTAAAAAATATTTCGTTCGATATTGAACAA	21.43	33	126	MSSA476	SAS1259	ABC transporter ATP-binding protein			SAS1259::70::100.0::4.6E-11::+	SAV1318::70::100.0::1.8E-11::+	MW1206::70::100.0::4.5E-11::+	SA1156::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL1352::70::100.0::4.6E-11::+
5QSA00005_C_2	TAAGCTGTTAGAGTTGGAGAATATCGATATGTCAAAGCTTTATATACCTAAACACAGTACAAAGCCGTAA	34.29	28	106	Mu50	SAV2547	probable methylated DNA-protein cysteine methyltransferase	adaB	SAR2627::70::92.85714::1.9E-9::+	SAS2433::70::92.85714::1.9E-9::+	SAV2547::70::100.0::1.7E-11::+	MW2468::70::92.85714::1.9E-9::+	SA2335::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL2562::70::92.85714::1.9E-9::+
5QSA00005_C_20	TTTATTGATATAGATTCATATATCGAAGAGAAGTATAAGTTAACAATACCAGAAATATTTAGTAAACATG	22.86	33	91	MSSA476	SAS1476	putative shikimate kinase		SAR1615::70::98.57143::4.4E-11::+	SAS1476::70::100.0::1.7E-11::+	SAV1538::70::100.0::1.7E-11::+	MW1490::70::100.0::1.7E-11::+	SA1368::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL1596::70::98.57143::4.4E-11::+
5QSA00005_C_21	GGATTATGCCCCATATACAGCTGAAAATGTCGTTCAAAACGCTAATAAATTAATAGATGTTTTTAGAAAA	30.0	30	86	MSSA476	SAS0162	putative isochorismatase			SAS0162::70::100.0::1.6E-11::+	SAV0187::70::97.14286::1.2E-10::+	MW0161::70::100.0::1.8E-11::+	SA0181::70::97.14286::1.2E-10::+		SACOL0172::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00005_C_22	AGATTTGACAATGTTATTAGACGAATTAAAAGATATGTCCTTTTTTAATAAAGGAGATATATGTTTAATT	21.43	31	162	MSSA476	SAS2017	conserved hypothetical protein		SAR2202::70::98.57143::4.4E-11::+	SAS2017::70::100.0::1.7E-11::+	SAV2114::70::100.0::1.7E-11::+	MW2038::70::100.0::1.7E-11::+	SA1916::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL2106::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00005_C_23	ATATATTTCAAGTGCGCATGAAGTAGAAAGTATGATGTTTTATACATGTATTTTAGATATGATTAAGTAC	25.71	32	108	MSSA476	SAS0618	hypothetical protein		SAR0663::70::100.0::1.8E-11::+	SAS0618::70::100.0::1.8E-11::+	SAV0653::70::100.0::1.8E-11::+	MW0615::70::100.0::1.8E-11::+	SA0608::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL0710::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00005_C_24	CAAACAAGCATCACCAATGGCAGATGATTATGTTAATGTCTTAAAATTGAATATCACTTTAGATAAACTC	30.0	30	86	MRSA252	SAR0072	potassium-transporting ATPase C chain (pseudogene)		SAR0072::70::100.0::1.6E-11::+		SAV0074::70::100.0::1.7E-11::+				
5QSA00005_C_3	ATATAGGAGAATCAACATTGATAAAGATAAATAATTTAGATGAAATGAATCAATTTGCTATATTTTTAGT	20.0	33	127	MSSA476	SAS1957	conserved hypothetical protein		SAR2139::70::98.57143::4.7E-11::+	SAS1957::70::100.0::1.8E-11::+					
5QSA00005_C_4	TATTTACTTACTATCATTTACATTGTTACTAGTAAGTAGTATTATCATTTCATTTGGTATTAAATTGCCG	24.29	33	108	Mu50	SAV2168	putative multidrug transporter			SAS2070::70::98.57143::2.0E-10::+	SAV2168::70::100.0::1.9E-11::+	MW2095::70::98.57143::2.0E-10::+	SA1972::70::100.0::7.5E-11::+		SACOL2159::70::98.57143::2.0E-10::+
5QSA00005_C_5	ACGGAATATGAAATTAATAAAGTTAAAGAAATCGAGCAATATATTAAAGAGCAAGAAGAAGCTGAACTAT	27.14	32	77	COL	SACOL0288	hypothetical protein, authentic frameshift		SAR0293::70::90.0::1.3E-8::+	SAS0277::70::98.57143::4.6E-11::+,SAS0276::70::97.14286::1.2E-10::+,SAS0278::70::95.71428::3.0E-10::+,SAS0272::70::90.14085::2.6E-8::+	SAV0299::70::91.54929::1.0E-8::+,SAV0298::70::90.0::1.3E-8::+,SAV0301::70::90.0::1.3E-8::+	MW0277::70::98.57143::4.6E-11::+,MW0276::70::97.14286::1.2E-10::+,MW0278::70::90.0::1.3E-8::+,MW0272::70::90.14085::2.6E-8::+,MW0273::70::90.14085::2.6E-8::+	SA0287::70::91.54929::1.0E-8::+,SA0286::70::90.0::1.3E-8::+,SA0289::70::90.0::1.3E-8::+		SACOL0288::70::100.0::1.8E-11::+,SACOL0286::70::97.14286::1.2E-10::+,SACOL0291::70::95.71428::3.0E-10::+,SACOL0289::60::100.0::3.4E-9::+,SACOL0282::60::98.333336::8.5E-9::+,SACOL0293::70::90.0::1.3E-8::+,SACOL0296::70::90.0::1.3E-8::+
5QSA00005_C_6	TGATTTTATCATAATCATTTTCTTTGTGTATTTTGTCATGGTTGGATTCAGACGAGGTTTTTGGTTATCT	30.0	35	58	MSSA476	SAS1076	putative membrane protein		SAR1115::70::98.57143::4.4E-11::+	SAS1076::70::100.0::1.7E-11::+	SAV1142::70::98.57143::4.4E-11::+	MW1025::70::100.0::1.7E-11::+	SA0989::70::98.57143::4.4E-11::+		SACOL1152::70::98.57143::4.4E-11::+
5QSA00005_C_7	TTATGCGCCACATACAGCTGAAAATGTCGTTCAAAACGCTAATAAATTAATAGATGTTTTTAGAAAAAAC	30.0	30	88	Mu50	SAV0187	hypothetical protein		SAR0188::70::91.42857::4.5E-9::+	SAS0162::70::97.14286::1.1E-10::+	SAV0187::70::100.0::1.8E-11::+	MW0161::70::97.14286::1.2E-10::+	SA0181::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL0172::70::97.14286::1.2E-10::+
5QSA00005_C_8	TTTATTATTTATTATTGTATTAATGCAATTATATATAAAGAAAAGCAGCCGGTAAGTGTTACTGTACTAT	22.86	32	124	MSSA476	SAS1619	putative membrane protein		SAR1770::70::95.71428::1.4E-9::+	SAS1619::70::100.0::8.1E-11::+	SAV1691::70::100.0::8.1E-11::+	MW1635::70::100.0::1.7E-11::+	SA1514::70::100.0::8.1E-11::+		SACOL1738::70::100.0::8.1E-11::+
5QSA00005_C_9	ATACAAAGTGAAGAAAATGGTCTTACAAGAGCGAATTGATAATGTATTAAAACAAGGATTAGTGAGATAA	28.57	32	80	Mu50	SAV1158	Fibrinogen-binding protein precursor			SAS1091::70::95.71428::3.0E-10::+	SAV1158::70::100.0::1.8E-11::+	MW1040::70::95.71428::3.0E-10::+	SA1003::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL1168::70::97.14286::1.2E-10::+
5QSA00005_D_1	CCAAAACAAAATTAGATTAACGGATTCTGGAACTGTTGTAAGTGGTGATTATATTAGAGCTTCAATTAAT	30.0	30	82	MRSA252	SAR1563	hypothetical protein (pseudogene)		SAR1542::70::100.0::1.6E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::+			MW1426::70::100.0::1.6E-11::+			
5QSA00005_D_10	CTTTGATCTATTAGAATACATTGATGACTATAGAGTTAAACATGATCTAGAGAAAATTAGTGAAGAGTGA	28.57	33	92	Mu50	SAV0784	hypothetical protein				SAV0784::70::100.0::1.6E-11::+				
5QSA00005_D_11	GGATTTAGACTTACAGTTGAGACGTCGAGGAATTGATACAATTGTTCTTGGCGGTGTAGCAACACATGTT	41.43	31	100	MRSA252	SAR0188	putative isochorismatase		SAR0188::70::100.0::1.6E-11::+						
5QSA00005_D_12	ACTATAACGATATTGAGAAAGATGTAAGTAAAAACAAAGGCGATAAGAATGTTCAATCGAAATTAAATCA	27.14	32	63	MW2	MW1483	hypothetical protein		SAR1608::69::97.10145::1.7E-10::+	SAS1469::69::100.0::2.6E-11::+	SAV1531::69::100.0::2.6E-11::+	MW1483::70::100.0::1.6E-11::+	SA1361::69::100.0::2.6E-11::+		SACOL1589::69::100.0::2.6E-11::+
5QSA00005_D_13	ATTTGAAGGGATTAGGTGGAGAACACAACGATTACGAAAAAATTACATATAGCACTTCTTCTAATAATGT	31.43	30	87	MRSA252	SAR0846	putative exported protein		SAR0846::70::100.0::1.6E-11::+						
5QSA00005_D_14	AATGGTCATAGAGGGGTATGCGTTAAAGTTTGACACTTGGTCTGAAAATCTTGGTGGATTCAAAGAAACG	40.0	30	74	MSSA476	SAS1888	putative prohead protease			SAS1888::70::100.0::1.5E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-		MW1905::70::100.0::1.6E-11::+			
5QSA00005_D_15	AATATTACTTGAATCATAAACAATCTTATAGAGAAGTTGCAGAACACTTTAATATCTCATACGGTCAATT	27.14	30	100	MRSA252	SAR0962	putative insertion element protein		SAR0962::70::100.0::1.6E-11::+,SAR0481::70::98.57143::7.6E-11::+,SAR1358::70::98.57143::7.6E-11::+,SAR2306::70::98.57143::7.6E-11::+,SAR0520::70::98.57143::7.6E-11::+						
5QSA00005_D_16	AAGGGCAAATTAGTCATAGACGAAATGCGATTAATTTACTTCAAGCTTTTCTTGAAGGTGAAAAAAATGT	31.43	30	85	Mu50	SAV1152	hypothetical protein			SAS1085::70::98.57143::3.9E-11::+	SAV1152::70::100.0::1.5E-11::+	MW1034::70::98.57143::3.9E-11::+	SA0998::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1162::70::98.57143::3.9E-11::+
5QSA00005_D_17	TGCAAGCATTATCAACACGTGTATTTGATTTCCAAATAGAACATCGCAATATTTCAATTGAAGCGTATAG	32.86	30	95	MRSA252	SAR2658	TetR family regulatory protein		SAR2658::70::100.0::1.6E-11::+						
5QSA00005_D_18	TTTCTATCTCATTGATATTAATTCAAAAACAAAATAGTATTATCGAAGCACTGGCATTTGTAACATTATT	24.29	30	81	Mu50	SAV1461	hypothetical protein		SAR1472::70::95.71428::2.6E-10::+	SAS1404::70::95.71428::2.6E-10::+	SAV1461::70::100.0::1.5E-11::+	MW1351::70::95.71428::2.6E-10::+	SA1294::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1501::70::98.57143::3.9E-11::+
5QSA00005_D_19	AGAAGGTATTCTTAAAATGGATTATGCCCCATATACAGCTGAAAATGTCGTTCAAAACGCTAATAAATTA	31.43	30	92	MSSA476	SAS0162	putative isochorismatase		SAR0188::70::91.42857::4.5E-9::+	SAS0162::70::100.0::1.6E-11::+					
5QSA00005_D_2	CCAGTCATGGCATCTGCATTCTTAATCTTTACCATTGTCATCATGTTTATTGCTGGAACAGGACAATATG	38.57	30	84	MRSA252	SAR0067	putative membrane protein (fragment)		SAR0067::70::100.0::4.5E-11::+		SAV0069::70::100.0::1.6E-11::+		SA0065::70::100.0::1.6E-11::+		
5QSA00005_D_20	ATACACGAAAAACTATATGACTTAATTATGTGTCATTTACAACGTTATAAAAATGAAAATGATCAAATTA	21.43	35	122	Mu50	SAV2593	hypothetical protein		SAR2673::70::94.28571::6.5E-10::+	SAS2479::70::95.71428::2.6E-10::+	SAV2593::70::100.0::1.5E-11::+	MW2513::70::95.71428::2.6E-10::+	SA2379::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL2610::70::95.71428::2.6E-10::+
5QSA00005_D_21	CCAAGACCGAAATAGATTAACGGATTCAGGAGCTGTTGTAAGTGGTGACTATATTAGAGCTTCAATCAAT	38.57	28	84	MSSA476	SAS0908	hypothetical phage protein			SAS0908::70::100.0::1.6E-11::+					
5QSA00005_D_22	ATAAAACAGTCATAGCTGATGACAGTGGACTAGAAGTTTTTGCATTAAATGGTGAGCCAGGTATATACTC	37.14	30	84	MSSA476	SAS1085	conserved hypothetical protein		SAR1124::70::98.57143::3.9E-11::+	SAS1085::70::100.0::1.5E-11::+	SAV1152::70::98.57143::3.9E-11::+	MW1034::70::100.0::1.5E-11::+	SA0998::70::98.57143::3.9E-11::+		SACOL1162::70::98.57143::3.9E-11::+
5QSA00005_D_23	TCCATCCTGAATTAACAGATGACTATAGAGTAACTGATTACTTTATTAATCATATTGTAAAAAAAGCATA	25.71	30	120	MSSA476	SAS0477	SNO glutamine amidotransferase family protein		SAR0523::70::100.0::1.6E-11::+	SAS0477::70::100.0::1.6E-11::+	SAV0520::70::100.0::1.6E-11::+	MW0475::70::100.0::1.6E-11::+	SA0478::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL0565::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_D_24	TTATGGATACTGGATCATATATTTTTATGTACTTTGCAATTAAGTGTTTATGGGTGAAACCTAAGGTAGT	30.0	29	80	COL	SACOL0269	conserved hypothetical protein								SACOL0269::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00005_D_3	ATACTGCAACTGGTGCTACTAAATCGGCAACTGTTGAAACTGGTTATACATTAAATGTACCTTTATTTGT	34.29	31	90	MSSA476	SAS1467	putative elongation factor P		SAR1606::70::97.14286::1.1E-10::+	SAS1467::70::100.0::1.6E-11::+	SAV1528::70::98.57143::4.2E-11::+	MW1481::70::100.0::1.6E-11::+	SA1359::70::98.57143::4.2E-11::+		SACOL1587::70::98.57143::4.2E-11::+
5QSA00005_D_4	TTGAAAATGGTGAAACTTTAACATTCAATGATTTACAGCAATTAGCAGATAATACAAAAGATATGGTAGC	28.57	31	92	MSSA476	SAS0616	putative dihydroxyacetone kinase		SAR0661::70::97.14286::1.0E-10::+	SAS0616::70::100.0::1.6E-11::+	SAV0651::70::100.0::1.6E-11::+	MW0613::70::100.0::1.6E-11::+	SA0606::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL0708::70::98.57143::4.0E-11::+
5QSA00005_D_5	TATCCATTACATAAAAGTATACATTTGTTATTTTTCTTACCATATAGAAAATCGTTTAAAGTTCATAAGT	21.43	33	90	MSSA476	SAS1761	putative membrane protein		SAR1931::70::98.57143::4.2E-11::+	SAS1761::70::100.0::1.6E-11::+	SAV1840::70::98.57143::4.2E-11::+	MW1781::70::100.0::1.6E-11::+	SA1658::70::98.57143::4.2E-11::+		SACOL1896::70::98.57143::4.2E-11::+
5QSA00005_D_6	ATAATAACAAAATAAAGAAACTAATGATTAAAGGACTTATCATTATTAACATTTCATTTATCGTTATGAT	18.57	33	158	MSSA476	SAS0674	putative membrane protein		SAR0762::70::98.57143::4.0E-11::+	SAS0674::70::100.0::1.6E-11::+	SAV0709::70::100.0::1.6E-11::+	MW0671::70::100.0::1.6E-11::+	SA0664::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL0769::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_D_7	GTTGGTGAAAACTATAATGGCAACAAGGGGTTAATGCTAAATCAGAGAGATATAACAAAAATAACTATAA	30.0	32	76	COL	SACOL0908	hypothetical protein								SACOL0908::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_D_8	AGATATTACGGTATATAATAAGACGATTGACTGTTTAAATTATTATAACTATAGTGACGAAAGAATAAAG	24.29	34	134	MSSA476	SAS1530	conserved hypothetical protein		SAR1670::70::98.57143::4.0E-11::+	SAS1530::70::100.0::1.6E-11::+	SAV1593::70::100.0::1.6E-11::+	MW1544::70::100.0::1.6E-11::+	SA1421::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL1649::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_D_9	ATTTAAAAGAATCATTAGATTTAATTGATTTATCTCCAATTACAATCCAAGGTCAGTTAACCATTAAGTC	25.71	33	116	MSSA476	SAS1061	conserved hypothetical protein		SAR1100::70::100.0::1.6E-11::+	SAS1061::70::100.0::1.6E-11::+	SAV1127::70::100.0::1.6E-11::+	MW1009::70::100.0::1.6E-11::+	SA0975::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL1136::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_E_1	TGTTATAGATATCATCAGTGTATCCAAAGATACTCTTGATTATATAAAGTCAGAATTCAATGATCACTGT	28.57	34	113	COL	SACOL2728	hypothetical protein		SAR2787::70::98.57143::4.7E-11::+						SACOL2728::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00005_E_10	CTGATAATTTAATTCTTTTAGGTATCAAAACAAGAGGTGAATATTTAGCGAATCGTATACAAGATAAAAT	25.71	31	99	MSSA476	SAS1132	putative pyrimidine operon regulatory protein		SAR1174::70::100.0::1.7E-11::+	SAS1132::70::100.0::1.7E-11::+	SAV1198::70::100.0::1.7E-11::+	MW1081::70::100.0::1.7E-11::+	SA1041::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL1210::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00005_E_11	GAAATTAAATCAGGTGTTATGGAAGGCAATGTTATTACAGCAGAAGAAGTTAAAACTGTTGGTTCATTAC	32.86	30	94	Mu50	SAV0539	50S ribosomal protein L10	rplJ	SAR0544::70::98.57143::4.6E-11::+	SAS0497::70::98.57143::4.6E-11::+	SAV0539::70::100.0::1.8E-11::+	MW0494::70::98.57143::4.6E-11::+	SA0497::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL0585::70::98.57143::4.6E-11::+
5QSA00005_E_12	CTAAGGTTAATAGATTAATTGAAAGACGATTATTACGTCATTTCAGTAAAAAAGGTTATATCACATGGGA	28.57	31	106	Mu50	SAV1598	putative lipase		SAR1675::70::98.57143::4.4E-11::+	SAS1535::70::98.57143::4.4E-11::+	SAV1598::70::100.0::1.7E-11::+	MW1549::70::98.57143::4.4E-11::+	SA1426::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL1654::70::98.57143::4.4E-11::+
5QSA00005_E_13	AGATTCAACCTTGAATTTATTAATAATAACGCTAAATCTGTTATTTCACCAATTATAATTACTAACACTG	24.29	31	105	Mu50	SAV1422	glucose-specific enzyme II, PTS system A component		SAR1435::70::97.14286::1.2E-10::+	SAS1365::70::97.14286::1.2E-10::+	SAV1422::70::100.0::1.8E-11::+	MW1312::70::97.14286::1.2E-10::+	SA1255::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL1457::70::97.14286::1.2E-10::+
5QSA00005_E_14	TGAAACAAAAGCAGGGTTACAAAACTATAAAAATAGATCTATAAATAATATGGCGTTGTTGAAAAAGGTA	27.14	31	90	COL	SACOL0904	pathogenicity island protein				SAV0798::70::100.0::1.7E-11::+,SAV2015::70::100.0::1.7E-11::+		SA1822::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL0904::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00005_E_15	GCAGGAATCGGTACAGCATTAGTAGGTCAAGCACATCATGCAGATGCTGCTGAAAATTATACAAATTACA	40.0	29	124	Mu50	SAV2304	hypothetical protein		SAR2388::70::92.85714::2.0E-9::+	SAS2194::70::98.57143::4.6E-11::+	SAV2304::70::100.0::1.8E-11::+	MW2222::70::98.57143::4.6E-11::+	SA2097::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL2295::70::97.14286::1.2E-10::+
5QSA00005_E_16	AAATTCGGCGCCAACAAGTAAACAGGCACAGGCAGCAATAACCCCATATTATACTTATAATGGTTATATT	37.14	30	86	MSSA476	SAS2524	immunodominant antigen B			SAS2524::70::100.0::1.7E-11::+	SAV2638::70::100.0::1.7E-11::+	MW2559::70::100.0::1.7E-11::+	SA2431::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL2660::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00005_E_17	GGTGTTTATAGAAGAACAGTTGATAAATATTTAAATGGCTTTGAGCCAACCAAAAAGAGAAATCGTCAGT	32.86	30	76	Mu50	SAV1806	transposase homolog for IS232	tnp			SAV1806::70::100.0::1.8E-11::+		SA1624::70::100.0::1.8E-11::+		
5QSA00005_E_18	AGGCAAGATTACAAAACTATAAAAATCGATCTATAAGTAATATGGTGTTGTTGAAAACAGTACTAAATCA	27.14	32	91	MRSA252	SAR0380	hypothetical protein		SAR0380::70::100.0::1.7E-11::+						
5QSA00005_E_19	TTATTTAAAAATGTCTCCATAAATAATAGTGAAGGTGGCTATATTAGTGTGTTAGGTCTTGTTGTAGCAC	31.43	31	79	Mu50	SAV2661	putative acetyltransferase		SAR2742::70::94.28571::7.7E-10::+	SAS2547::70::98.57143::4.6E-11::+	SAV2661::70::100.0::1.8E-11::+	MW2581::70::98.57143::4.6E-11::+	SA2454::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL2684::70::98.57143::4.6E-11::+
5QSA00005_E_2	AGATGCATTTCAAAAGTCTCCCAAAGAACTGGTTGAAACTGACCAAATGTCAATACAATACCTGAATAAT	34.29	31	85	MSSA476	SAS2279	conserved hypothetical protein (pseudogene)			SAS2279::70::100.0::4.6E-11::+		MW2310::70::100.0::1.7E-11::+			
5QSA00005_E_20	GTTGTAGGGACTGCATCACCAATACATCAAGAAGCACAGGCGGCAACAACACCTTACTATACTTATCATG	44.29	30	74	MRSA252	SAR2717	immunodominant antigen B	isaB	SAR2717::70::100.0::1.7E-11::+						
5QSA00005_E_21	AAGAATATGCAATACATGATTTTGAGCTTCCTTTTGATGTGGACGAATACACGCCGATTAGTGAAATCAA	35.71	30	78	Mu50	SAV0405	hypothetical protein				SAV0405::70::100.0::1.8E-11::+				
5QSA00005_E_22	GGTAATGAATCAGAGCTAGTAGACCAAATTCGTCTAAGTGATACGTATGACAATAACTTAGAAATAGTAG	34.29	30	126	Mu50	SAV0810	hypothetical protein		SAR0841::70::97.14286::1.1E-10::+	SAS0751::70::97.14286::1.1E-10::+	SAV0810::70::100.0::1.7E-11::+	MW0763::70::97.14286::1.1E-10::+	SA0741::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL0855::70::97.14286::1.1E-10::+
5QSA00005_E_23	ATTATTTTACTATACAAGCGTGATAAAAAAGTATAATATTTCGAGATCAGGATTTATGAATTCAGTATAT	22.86	32	101	MSSA476	SAS0272	conserved hypothetical cytosolic protein			SAS0272::70::100.0::1.8E-11::+		MW0272::70::100.0::1.8E-11::+			
5QSA00005_E_24	CATATAGGTAAGTTTGAACTTGTATTTGTACCACACCTTACATTTATGTATATTTTAATGATGGTAGTGT	28.57	34	94	MSSA476	SAS1584	putative membrane protein		SAR1728::70::98.57143::4.4E-11::+	SAS1584::70::100.0::1.7E-11::+	SAV1648::70::100.0::1.7E-11::+	MW1598::70::100.0::1.7E-11::+	SA1474::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL1703::70::98.57143::4.4E-11::+
5QSA00005_E_3	ACAACACCTAAATATATTAAGTTTAGACATGATTATAACATCGTGGAATATAATGACGGTACATTCGAAT	28.57	31	99	MRSA252	SAR1130	fibrinogen-binding protein precursor	fib	SAR1130::70::100.0::1.8E-11::+						
5QSA00005_E_4	ATAACAAGCACGATTCAAGACAATTTGGTTTAATCGATAAAAAGGATATTATTGGTAATGTTAGTTTACG	28.57	31	107	COL	SACOL0968	signal peptidase IA, inactive	spsA							SACOL0968::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00005_E_5	TCAAATGTACAACGAGATTGCGAATAAGATTAGTAGCATGATACCAGTAGAGTGGGAAAAAGTATATACA	34.29	30	73	Mu50	SAV0298	hypothetical protein		SAR0293::70::91.42857::5.0E-9::+,SAR0294::70::91.42857::5.0E-9::+	SAS0276::70::95.71428::3.0E-10::+,SAS0277::70::95.71428::3.0E-10::+,SAS0279::70::95.71428::3.1E-10::+,SAS0274::70::92.85714::2.0E-9::+,SAS0272::70::91.42857::5.0E-9::+,SAS0269::70::90.0::1.3E-8::+	SAV0298::70::100.0::1.8E-11::+,SAV0301::70::90.0::1.3E-8::+	MW0276::70::95.71428::3.0E-10::+,MW0277::70::95.71428::3.0E-10::+,MW0274::70::92.85714::2.0E-9::+,MW0272::70::91.42857::5.0E-9::+,MW0269::70::90.0::1.3E-8::+	SA0286::70::100.0::1.8E-11::+,SA0289::70::90.0::1.3E-8::+		SACOL0288::70::94.28571::7.8E-10::+,SACOL0289::70::91.42857::5.1E-9::+,SACOL0286::70::90.0::1.3E-8::+
5QSA00005_E_6	ATAACCATTTAAAATTAAACTTACTTTATCAAGATTTAGAAATTAAACGTATTGAATTTTTTAGTAAATA	15.71	32	144	MSSA476	SAS1852	putative membrane protein		SAR2020::70::100.0::1.7E-11::+	SAS1852::70::100.0::1.7E-11::+	SAV1928::70::100.0::1.7E-11::+	MW1869::70::100.0::1.7E-11::+	SA1742::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL1991::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00005_E_7	ATTTTACAAGTGAAGGTAAATTAAAAGTTTCACTTGATTATATTGATTGGATAAATACAGAGTTTGATCA	24.29	32	105	Mu50	SAV0299	hypothetical protein		SAR0293::70::91.42857::5.0E-9::+,SAR0295::70::90.0::1.3E-8::+	SAS0278::70::97.14286::1.2E-10::+,SAS0269::70::97.14286::1.2E-10::+	SAV0299::70::100.0::1.8E-11::+,SAV0301::70::95.71428::3.0E-10::+,SAV0298::70::91.42857::5.0E-9::+,SAV0294::70::90.0::1.3E-8::+	MW0278::70::97.14286::1.2E-10::+,MW0269::70::97.14286::1.2E-10::+	SA0287::70::100.0::1.8E-11::+,SA0289::70::95.71428::3.0E-10::+,SA0286::70::91.42857::5.0E-9::+,SA0282::70::90.0::1.3E-8::+		SACOL0296::70::95.71428::3.0E-10::+,SACOL0289::70::94.28571::7.8E-10::+,SACOL0294::70::94.28571::8.7E-10::+,SACOL0288::70::92.85714::2.0E-9::+,SACOL0282::70::91.42857::5.1E-9::+,SACOL0286::70::90.0::1.3E-8::+
5QSA00005_E_8	TAACATCGACGAAATAGATTTTTGGTTGAGGTTTGGTTTCAAGCTAAAAAGATATACAGGTTTAAGTAAA	30.0	31	82	MSSA476	SAS0922	hypothetical phage protein			SAS0922::70::100.0::1.7E-11::+					
5QSA00005_E_9	AGTAGAATGGGAGCAAGTATTTACAATAGCTTATGTAACTGATCAAGCTGGGGAAGTCATTTTTAATTAT	32.86	31	87	COL	SACOL0292	conserved hypothetical protein				SAV0301::70::100.0::1.8E-11::+		SA0289::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL0292::70::100.0::1.8E-11::+,SACOL0293::69::97.10145::2.0E-10::+
5QSA00005_F_1	ACAAGCATATGGTAGTTTTAGTAAATTTTTATGGTCTTATGTAAATGGTAAGCCTAAAGATTTGCAGTAT	28.57	31	113	MSSA476	SAS1593	DNA-3-methyladenine glycosylase I		SAR1744::70::98.57143::4.1E-11::+	SAS1593::70::100.0::1.6E-11::+	SAV1664::70::98.57143::4.1E-11::+	MW1608::70::100.0::1.6E-11::+	SA1489::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL1711::70::98.57143::4.1E-11::+
5QSA00005_F_10	AAGTTAATCCTAATAATATTGAATTAATCATTAGTGCAGTAAAAGAAGAACAATATCCAGAAACAGAATT	24.29	33	101	Mu50	SAV1673	GTP-binding protein		SAR1753::70::95.71428::2.6E-10::+	SAS1602::70::98.57143::3.9E-11::+	SAV1673::70::100.0::1.5E-11::+	MW1617::70::97.14286::1.0E-10::+	SA1497::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1720::70::98.57143::3.9E-11::+
5QSA00005_F_11	AAATGCTGTTTTGATTACCTTAATAATATTATTATGATGAATCAAAATAAATCGAACTATTCAATTGATG	21.43	34	154	Mu50	SAV2665	ica operon transcriptional regulator	icaR	SAR2746::70::98.57143::4.1E-11::+	SAS2551::70::98.57143::4.1E-11::+	SAV2665::70::100.0::1.6E-11::+	MW2585::70::98.57143::4.1E-11::+	SA2458::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL2688::70::98.57143::4.1E-11::+
5QSA00005_F_12	TTGTCTGCGATTGTTGATCAATTAGAACAACCTATTCGTTTAGAGCCAATGAATACTTTCCCAGTTATCC	37.14	30	83	Obsolete	Obsolete	Obsolete		SAR1122::70::98.591545::1.1E-10::+	SAS1083::70::98.591545::1.1E-10::+	SAV1149::70::98.591545::1.1E-10::+	MW1032::70::98.591545::1.1E-10::+	SA0996::70::98.591545::1.1E-10::+		SACOL1160::70::98.591545::1.1E-10::+
5QSA00005_F_13	CAATTTTATCTGGAGATTACTAGCTTGTTATGTAACGAGTGTCACAGTGATTATAGTTGCCTTGATTATA	32.86	31	92	Mu50	SAVP033	hypotehtical protein				SAVP033::70::100.0::1.6E-11::+				
5QSA00005_F_14	GTTAATGATATTCATGTTTATTTTGATACTTATGACCCTAAAAAAGATAGTTATAAAGTTTTTGTTCAGT	22.86	32	82	COL	SACOL1575	hypothetical protein		SAR1289::70::98.57143::3.9E-11::+						SACOL1575::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00005_F_15	CAAATATTAATTATAAGTGTAAAGAGAAATTAGGAACTGGTTTAGAATTTAAATCGATGATTAGCTTACT	24.29	32	86	MW2	MW0757	hypothetical protein					MW0757::70::100.0::1.6E-11::+			
5QSA00005_F_16	TACTAATGGTTCACAATTTTTCATTGTTCAAATGAAAGAAGTACCTCAAAATATGTTAAGTCAACTTGCA	28.57	30	112	MSSA476	SAS0824	putative cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase		SAR0916::70::98.57143::3.9E-11::+	SAS0824::70::100.0::1.5E-11::+	SAV0954::70::100.0::1.5E-11::+	MW0836::70::100.0::1.5E-11::+	SA0815::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL0957::70::98.57143::3.9E-11::+
5QSA00005_F_17	ATATATAGAGGACAGGAGTCTTTCGAATGAAGACGTTCTTTTTCAATCACTACGAACAAATCAAGTATTA	32.86	31	92	MSSA476	SAS0588	phage integrase family protein			SAS0588::70::100.0::1.6E-11::+	SAV0620::70::100.0::1.6E-11::+	MW0584::70::100.0::1.6E-11::+	SA0577::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL0678::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_F_18	CTGCGGATTATGAGTTAGAGTTCGAAGTTAAAGACTATAATCAAGGTTTACAAAAGTTCCAATCTTTATT	31.43	31	100	Mu50	SAV1004	hypothetical protein		SAR0971::70::97.14286::1.0E-10::+	SAS0873::70::98.57143::3.9E-11::+	SAV1004::70::100.0::1.5E-11::+	MW0885::70::98.57143::3.9E-11::+	SA0862::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1008::70::98.57143::3.9E-11::+
5QSA00005_F_19	AGAAAAAATTTCTCTTCGAGATAGACAAGAATGGTGGTACAATGTTTTTTATGACGATGGCAAATATAAT	30.0	31	88	MSSA476	SAS1729	conserved hypothetical protein (pseudogene)			SAS1729::70::100.0::1.2E-10::+		MW1749::70::100.0::1.2E-10::+			SACOL1858::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_F_2	AAATCGAAATTGCTGCAAATCACATTTTAAAAACACGTGAAAAATTAAACCGCATTTTATCAGAGCGTAC	31.43	31	90	MSSA476	SAS0733	putative ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit		SAR0823::70::97.14286::1.0E-10::+	SAS0733::70::100.0::1.5E-11::+	SAV0768::70::100.0::1.5E-11::+	MW0730::70::100.0::1.5E-11::+	SA0723::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL0833::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00005_F_20	ATATTGAAAAAGCAGTACTTGTTGGATTTTCAAATGGATCAAATATAGCGATTAACTTAATGTTGCGTTC	30.0	30	92	MSSA476	SAS2403	putative phospholipase/carboxylesterase		SAR2598::70::97.14286::9.9E-11::+	SAS2403::70::100.0::1.5E-11::+	SAV2518::70::100.0::1.5E-11::+	MW2438::70::100.0::1.5E-11::+	SA2306::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL2529::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00005_F_21	ACTGTTGAAGATACTAAACGACTGATAGAAAAGGGGACACTAAGCGAATTGTGTAAAGCCCATTATCACT	38.57	28	83	MRSA252	SAR0629	phage integrase family protein		SAR0629::70::100.0::1.6E-11::+						
5QSA00005_F_22	CCAGAAAAATTAAATCAAAAAGATTTAAACTTACTTAAGACACTTTATGATAATGGCACGCCAATTAAGA	27.14	33	106	N315	SAP013	DNA-invertase	binL	SAR1828::70::98.57143::3.9E-11::+				SAP013::70::100.0::1.5E-11::+	VRA0050::70::98.57143::3.9E-11::+	
5QSA00005_F_23	ATTTTTTGTAATAGATGATGAAGAGGAAGTAGAAGTACCTGACAAACAACAACAGGTCAATGAAGCGCCA	37.14	30	48	MSSA476	SAS1123	hypothetical protein		SAR1165::70::98.57143::4.1E-11::+	SAS1123::70::100.0::1.6E-11::+	SAV1189::70::100.0::1.6E-11::+	MW1072::70::100.0::1.6E-11::+	SA1032::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL1202::70::98.57143::4.1E-11::+
5QSA00005_F_24	TTAAAGATTACAGCCAAAAACGATGAAGCGATTATTATGGCATTTGAGCATATTACATTTCCGGTTTTTG	32.86	31	110	MSSA476	SAS0678	glutamine amidotransferase class-I protein		SAR0766::70::97.14286::1.0E-10::+	SAS0678::70::100.0::1.5E-11::+	SAV0713::70::97.14286::1.0E-10::+	MW0675::70::100.0::1.5E-11::+	SA0668::70::97.14286::1.0E-10::+		SACOL0773::70::97.14286::1.0E-10::+
5QSA00005_F_3	AATATTGAAGATTTTATTGTTTCTCGTATCAATGACTTTAATTATTATCAAGACCATATATTCTTTTTAA	20.0	32	106	MSSA476	SAS1842	isochorismatase family protein		SAR2011::70::100.0::1.6E-11::+	SAS1842::70::100.0::1.6E-11::+	SAV1918::70::100.0::1.6E-11::+	MW1859::70::100.0::1.6E-11::+	SA1734::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL1981::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_F_4	GAATTTTGGGTCATTTGTGTATATGTACTATGCAATTAAGAGCTTGTGGGTGAAGCCTAAGTTAGTAAAT	34.29	29	79	MRSA252	SAR0291	putative membrane protein		SAR0291::70::100.0::1.5E-11::+						
5QSA00005_F_5	TGCAAAAGCTGAGCAAACGACAGATAACGCATTGTGGAAAAATGTAAGAGACGCTTTAAAAGACGCGAAT	40.0	31	61	Mu50	SAV2010	hypothetical protein				SAV2010::70::100.0::1.6E-11::+		SA1818::70::100.0::1.6E-11::+		
5QSA00005_F_6	AAAAAGGTCAAATTAGCCATAGACGAAATGCAATTAATTTATTAGAAGCTTATCTTGCGGGTGATCAAAA	31.43	29	90	MRSA252	SAR1124	conserved hypothetical protein		SAR1124::70::100.0::1.5E-11::+						
5QSA00005_F_7	AACTATGGTATTATGTGGATTTTTATTCCCGTTAGCTATCACGTTAATTGGTCAAATATTTTTTTATCAA	27.14	32	88	MSSA476	SAS1980	putative potassium-transporting ATPase C chain		SAR2163::70::98.57143::4.1E-11::+	SAS1980::70::100.0::1.6E-11::+	SAV2075::70::100.0::1.6E-11::+	MW1999::70::100.0::1.6E-11::+	SA1879::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL2066::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_F_8	ATCGTTCTAATGTATGATCTAATGCAACACCATCAGTATCATCATTATTCCAATTATAAACGAGTCATAG	31.43	33	121	Mu50	SAV1326	hypothetical protein		SAR1336::70::97.14286::1.0E-10::+	SAS1266::70::98.57143::3.9E-11::+	SAV1326::70::100.0::1.5E-11::+	MW1213::70::98.57143::3.9E-11::+	SA1162::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1359::70::98.57143::3.9E-11::+
5QSA00005_F_9	CTATTATATTACTGTTTTAGAAGATGCTGTTGGTGATAGATCAGATGATAAACATGACTTTATTATTGAA	27.14	32	88	MSSA476	SAS2531	isochorismatase family protein		SAR2724::70::100.0::1.6E-11::+	SAS2531::70::100.0::1.6E-11::+	SAV2645::70::100.0::1.6E-11::+	MW2566::70::100.0::1.6E-11::+	SA2438::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL2667::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_G_1	TGATCAATTGAGTCTTGAAAATTATTATATGTACAAAAAATTCGAGGTTATACCAGAAATGGAATATGAA	25.71	32	98	MW2	MW0273	hypothetical protein		SAR0295::66::95.454544::2.5E-9::+,SAR0293::70::91.42857::5.0E-9::+	SAS0273::70::98.57143::4.6E-11::+,SAS0272::70::94.28571::7.7E-10::+,SAS0274::70::91.42857::5.0E-9::+,SAS0269::70::91.42857::5.1E-9::+	SAV0294::70::92.85714::2.0E-9::+,SAV0298::70::91.42857::5.0E-9::+,SAV0299::70::91.42857::5.0E-9::+	MW0273::70::100.0::1.8E-11::+,MW0272::70::94.28571::7.7E-10::+,MW0274::70::91.42857::5.0E-9::+,MW0269::70::91.42857::5.1E-9::+	SA0282::70::92.85714::2.0E-9::+,SA0286::70::91.42857::5.0E-9::+,SA0287::70::91.42857::5.0E-9::+		SACOL0293::70::91.42857::5.0E-9::+
5QSA00005_G_10	AGTATTTATTATTGATAGTCAAGCATTGAAACGCAGTATAGATTTGATAAAAAAAGTGGAACCTGATTTT	27.14	31	77	Mu50	SAV1298	glycerol uptake operon antiterminator regulatory protein	glpP	SAR1273::70::97.14286::1.1E-10::+	SAS1231::70::98.57143::4.3E-11::+	SAV1298::70::100.0::1.7E-11::+	MW1180::70::98.57143::4.3E-11::+	SA1139::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL1317::70::98.57143::4.3E-11::+
5QSA00005_G_11	GATTCAGTGTATGAGTTGTATAAACAATTTCAAAATTTAAGGAATTTATTTAAAGAAGAAGGACATGAAC	25.71	32	108	COL	SACOL0286	conserved hypothetical protein		SAR0293::70::92.85714::2.0E-9::+	SAS0269::70::92.85714::2.0E-9::+	SAV0298::70::92.85714::2.0E-9::+	MW0269::70::92.85714::2.0E-9::+	SA0286::70::92.85714::2.0E-9::+		SACOL0286::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00005_G_12	TATAGTGGCGGTCATGTTGATAACCCTACTTATGAACAGGTATGTACGAATAAAACCGGCCATGTCGAAG	42.86	29	101	Mu50	SAV1424	methionine sulfoxide reductase A		SAR1437::70::95.71428::2.8E-10::+	SAS1367::70::95.71428::2.8E-10::+	SAV1424::70::100.0::1.7E-11::+	MW1314::70::95.71428::2.8E-10::+	SA1257::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL1459::70::95.71428::1.1E-9::+
5QSA00005_G_13	CAGTAGAATGGGACCAAGTATTTACGATAGCTTATGTAAATGATAGAGGTGGAGAGATCGTTTTTAATTA	34.29	30	77	COL	SACOL0291	conserved hypothetical protein								SACOL0291::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00005_G_14	TTTATGACCGTAACAGTGATACGTTAGATGGTCTACCTGTGGTTAACCTTAAATCAAGCAATTTAAAACG	35.71	30	87	Mu50	SAV0892	hypothetical protein				SAV0892::70::100.0::1.7E-11::+				
5QSA00005_G_15	GAGAAACTAAGTCAAATGTACAATAAAATTGCAAGTGAGATCAGTGGAATGATACCAGTAGAATGGGAGC	37.14	30	64	COL	SACOL0292	conserved hypothetical protein			SAS0278::68::91.17647::1.4E-8::+	SAV0302::68::91.17647::1.5E-8::+	MW0278::68::91.17647::1.4E-8::+	SA0290::68::91.17647::1.5E-8::+		SACOL0292::70::100.0::1.8E-11::+,SACOL0296::68::92.64706::5.5E-9::+,SACOL0297::68::92.64706::5.7E-9::+
5QSA00005_G_16	TGAATAATTTAACAGTAGATCAATTAAAAGAACTTTTACAAATACAAAAGGAGTTCGACGATAGAATACC	27.14	32	93	MW2	MW1415	hypothetical protein					MW1415::70::100.0::1.7E-11::+			
5QSA00005_G_17	TACAAGAGATGGCAAATTGAATGTATCTTTTGATTATATAGATTGGATAAATACAGAGTTTGATCAATTG	27.14	32	122	COL	SACOL0293	conserved hypothetical protein			SAS0273::70::94.28571::7.7E-10::+,SAS0272::70::91.42857::5.0E-9::+,SAS0274::69::89.85507::2.1E-8::+	SAV0294::70::94.28571::7.8E-10::+	MW0273::70::94.28571::7.7E-10::+,MW0272::70::91.42857::5.0E-9::+,MW0274::69::89.85507::2.1E-8::+	SA0282::70::94.28571::7.8E-10::+		SACOL0293::70::100.0::1.8E-11::+,SACOL0294::69::89.85507::2.4E-8::+
5QSA00005_G_18	TCTGTTAAACATAGTCTTTATGCGCTTGAAGAATATATCGACATTTTCCCTACTTTATCTCTAAAAGAAA	30.0	31	114	MSSA476	SAS0065	conserved hypothetical protein			SAS0065::70::100.0::1.7E-11::+		MW0065::70::100.0::1.7E-11::+			SACOL0073::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00005_G_19	TAAACCAGGAAGTGAAGATTTGAATTATTATACCGATATACCTAAGGAGTATAATGTTTCTGTGCAAGTA	31.43	29	95	COL	SACOL0295	conserved hypothetical protein				SAV0299::70::91.42857::5.0E-9::+,SAV0294::70::90.0::1.3E-8::+		SA0287::70::91.42857::5.0E-9::+,SA0282::70::90.0::1.3E-8::+		SACOL0295::70::100.0::1.8E-11::+,SACOL0282::70::90.0::1.3E-8::+,SACOL0294::70::90.0::1.4E-8::+
5QSA00005_G_2	TCTTATTAAGTACTGGCTTGCTTATTTTAATTAAGGTATTTGGTTATTCATCACTTATTTTTATGTTTAG	24.29	33	87	Mu50	SAV1896	hypothetical protein		SAR1987::70::97.14286::1.1E-10::+	SAS1818::70::98.57143::4.4E-11::+	SAV1896::70::100.0::1.7E-11::+	MW1837::70::98.57143::4.4E-11::+	SA1712::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL1956::70::98.57143::4.4E-11::+
5QSA00005_G_20	TCATACGGGTCCTTTCAAAAAGGGGACGAATCATGAAACTGTACAAGATTTAAATGGTAAAGATAAAGTA	34.29	32	89	MSSA476	SAS1264	thermonuclease		SAR1334::70::94.28571::7.2E-10::+	SAS1264::70::100.0::1.7E-11::+	SAV1324::70::100.0::1.7E-11::+	MW1211::70::100.0::1.7E-11::+	SA1160::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL1357::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00005_G_21	TTTATATAGATTGTTTAAGAAGTTAAGAGAAACTTTTAAAGAAGAAGGGCTTGAACCATGGACATCAAGT	30.0	33	102	COL	SACOL0296	conserved hypothetical protein								SACOL0296::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00005_G_22	AGTAGATAATCGAATTATTCCTAAAAATATAACTCAAAACAAAATCTTCAAATTGAGTAATTTAACCTTA	21.43	32	94	Mu50	SAV0416	hypothetical protein		SAR0411::70::98.57143::4.3E-11::+		SAV0416::70::100.0::1.7E-11::+		SA0377::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL0462::70::98.57143::4.3E-11::+
5QSA00005_G_23	TTCACGAAGATTGTATGAATATTATTATGAATGATTTGATAGAGCTTATGGACCCACATTATATTGAAGT	28.57	31	99	MSSA476	SAS0693	conserved hypothetical protein		SAR0782::70::92.85714::2.0E-9::+	SAS0693::70::100.0::1.8E-11::+	SAV0728::70::100.0::1.8E-11::+	MW0690::70::100.0::1.8E-11::+	SA0683::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL0789::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00005_G_24	AAGCTTATGAATCAATTGATAAATCTGTGCTAATAGAGTTGGGGTTAATCGTTGGGAAAGATGCAAGGCG	38.57	31	77	MSSA476	SAS0449	conserved hypothetical protein		SAR0493::70::100.0::1.7E-11::+	SAS0449::70::100.0::1.7E-11::+	SAV0492::70::100.0::1.7E-11::+	MW0447::70::100.0::1.7E-11::+	SA0450::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL0535::70::98.57143::4.3E-11::+
5QSA00005_G_3	AGAGAAGGTACATTGAATGTATCTTTTGATTATATTGATTGGGTTAATACGGAGTTTGATCAATTAGGCC	32.86	31	80	MSSA476	SAS0274	conserved hypothetical protein			SAS0274::70::100.0::1.8E-11::+		MW0274::70::100.0::1.8E-11::+			
5QSA00005_G_4	TGATGAAAAATCATTTATTGATATGGCTTATACATTATTGAATGATAAAGGCGAAACTATGAACTTATAT	24.29	33	92	MRSA252	SAR2216	DNA-directed RNA polymerase delta subunit	rpoE	SAR2216::70::100.0::1.7E-11::+	SAS2031::70::98.57143::4.4E-11::+	SAV2128::70::100.0::1.7E-11::+	MW2052::70::98.57143::4.4E-11::+	SA1930::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL2120::70::98.57143::4.4E-11::+
5QSA00005_G_5	CTTATGTAGATGATCAAGGTGGAGAGGTCATTTTTAATTATACAAAACCTGAAAGTGAAGATTTGAATTA	30.0	31	85	MSSA476	SAS0276	conserved hypothetical protein			SAS0276::70::100.0::1.8E-11::+,SAS0273::70::94.28571::7.7E-10::+		MW0276::70::100.0::1.8E-11::+,MW0273::70::94.28571::7.7E-10::+			
5QSA00005_G_6	AAAAGCACGTCGCATTGAAAGTAAACAAACAATTGAATATTTAGCTCAAGCGCAACATATTAGAGACTAA	32.86	31	93	Mu50	SAV1878	hypothetical protein		SAR1968::70::98.57143::4.4E-11::+	SAS1800::70::98.57143::4.4E-11::+	SAV1878::70::100.0::1.7E-11::+	MW1818::70::98.57143::4.4E-11::+	SA1694::70::98.57143::4.4E-11::+		SACOL1936::70::98.57143::4.4E-11::+
5QSA00005_G_7	TATGTTGATTGGATGAATTCAGAATTTGGTCCATCAGGAAAGGAAAACTACTATATGTATAAAAAGTTTG	30.0	32	81	MSSA476	SAS0277	conserved hypothetical protein			SAS0277::70::100.0::1.8E-11::+,SAS0276::70::90.0::1.3E-8::+,SAS0279::70::90.0::1.3E-8::+	SAV0302::70::90.0::1.3E-8::+	MW0277::70::100.0::1.8E-11::+,MW0276::70::90.0::1.3E-8::+,MW0279::70::90.0::1.3E-8::+	SA0290::70::90.0::1.3E-8::+		SACOL0291::70::90.0::1.3E-8::+
5QSA00005_G_8	TCATGCACATATTATATGTACGCCAGAAATATTTGCTAAATTGTTACATACGATTGCAACTAGAAATATC	30.0	30	99	MSSA476	SAS2215	hypothetical protein		SAR2407::70::97.14286::1.1E-10::+	SAS2215::70::100.0::1.7E-11::+	SAV2322::70::100.0::1.7E-11::+	MW2243::70::100.0::1.7E-11::+	SA2113::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL2315::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00005_G_9	TCTAGAGATTATAATATTTCAGAAGAAATATTTGATGATTTATGGATGAATCTTTATTACTTGTTTATGA	21.43	34	114	MSSA476	SAS0278	conserved hypothetical protein		SAR0297::70::98.57143::4.7E-11::+	SAS0276::70::100.0::1.8E-11::+,SAS0278::70::100.0::1.8E-11::+		MW0276::70::100.0::1.8E-11::+,MW0278::70::100.0::1.8E-11::+			
5QSA00005_H_1	TATTTAAAACAATTTATAAAACATAAAATTGAACAACTGTTGGATGAAGGATTAGAATGGGTGTTAATAC	24.29	32	102	MSSA476	SAS1389	conserved hypothetical protein		SAR1458::70::100.0::1.6E-11::+	SAS1389::70::100.0::1.6E-11::+	SAV1447::70::100.0::1.6E-11::+	MW1336::70::100.0::1.6E-11::+	SA1280::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL1485::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_H_10	TAATATTTTTGAAATTTCAAAAGATATAACAATTGAAGAAAAAGGTCATATTAAATTAACTGATGAACTT	18.57	34	114	MSSA476	SAS1668	conserved hypothetical protein		SAR1820::70::98.57143::3.6E-11::+	SAS1668::70::100.0::1.5E-11::+	SAV1742::70::100.0::1.5E-11::+	MW1685::70::100.0::1.5E-11::+	SA1563::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1792::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00005_H_11	ATTAATAAGTGTTGGAGTAGTGATTAAATATGCACCTGCAGCCACTAAGAAGAAGCCTATCCCAGCGAGG	42.86	29	87	MSSA476	SAS1941	putative autoinducer processing protein		SAR2123::70::92.85714::1.7E-9::+	SAS1941::70::100.0::1.6E-11::+		MW1960::70::100.0::1.6E-11::+			
5QSA00005_H_12	TATTTATTGGTTTAATATTGCTTGTAGTAAGTTTAGTGACAAGATTTATAAAATTAAATAGCCATCAATA	21.43	32	142	MSSA476	SAS2481	putative cell wall-anchored protein (pseudogene)			SAS2481::70::100.0::1.4E-11::+	SAV2595::70::100.0::1.4E-11::+	MW2515::70::100.0::1.5E-11::+	SA2381::70::100.0::1.4E-11::+		
5QSA00005_H_13	ACCGCTATAAAACTGACGCTTCATTTTGGAAAGCAGTTTATAATTCCATCCTAAATAAATTAGAAAATAA	28.57	30	97	MSSA476	SAS1853	hypothetical protein		SAR2021::70::97.14286::1.0E-10::+	SAS1853::70::100.0::1.6E-11::+	SAV1929::70::100.0::1.6E-11::+	MW1870::70::100.0::1.6E-11::+	SA1743::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL1992::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_H_14	CAACTCAAAATAAGGGGGAAGCTCTGAAAGTTAAAGGTATGGTCTTGTATATGAATAGAAATACCAAAAC	34.29	31	70	COL	SACOL0082	staphylococcus tandem lipoprotein			SAS0074::70::90.0::3.4E-8::+		MW0073::70::90.0::2.7E-8::+			SACOL0082::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00005_H_15	TTAATGCGTTATTATCTTTAATGTCAACCGAAGGTATTATCGTATTAGTTATCTATCATGGTCATAGTGA	30.0	30	96	MRSA252	SAR1846	conserved hypothetical protein		SAR1846::70::100.0::1.6E-11::+						
5QSA00005_H_16	CATGAAAATGATTTAAAGCCAGATGAAGTTGCATCAAATACATCAGACAATAATCAACAATCCAATGATT	30.0	33	95	MRSA252	SAR1168	conserved hypothetical protein		SAR1168::70::100.0::1.5E-11::+						
5QSA00005_H_17	TTGGTGTGTTACAAGATTGGGTCAAACGAGGATATAAAGAGAGTCCTAAAGAAGTAGCAGAAATTATGAA	35.71	30	57	MRSA252	SAR2451	putative membrane protein		SAR2451::70::100.0::1.6E-11::+						
5QSA00005_H_18	ACTATATGACTGCATTTTGGAATATTGTTAACTGGAAAAAAGTTGATGAATTATACCAAGCAGCAAAATA	28.57	31	112	MSSA476	SAS0107	superoxide dismutase		SAR0135::70::100.0::1.5E-11::+	SAS0107::70::100.0::1.5E-11::+	SAV0133::70::100.0::1.5E-11::+	MW0107::70::100.0::1.5E-11::+	SA0128::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL0118::70::98.57143::3.9E-11::+
5QSA00005_H_19	ATTTTTCAAATCAACAAATTGTCAATGATGATGTTGTATTTCGGTTAAAAGCGTTGGCACAATTCACAAT	30.0	32	117	Mu50	SAV0340	similar to NADH-dependent FMN reductase		SAR0336::70::95.71428::2.7E-10::+	SAS0316::70::98.57143::4.1E-11::+	SAV0340::70::100.0::1.6E-11::+	MW0316::70::98.57143::4.1E-11::+	SA0328::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL0410::70::98.57143::4.1E-11::+
5QSA00005_H_2	AAAATGGTGCGCCAACACTAATATTATTGCATGGTACAGGTGGTGATGAGTTCGATTTATTACCGTTAGG	40.0	31	86	COL	SACOL2529	phospholipase-carboxylesterase family protein		SAR2598::70::95.71428::2.5E-10::+	SAS2403::70::90.0::1.6E-8::+		MW2438::70::90.0::1.6E-8::+			SACOL2529::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00005_H_20	TCCACTATTTGGGGTATTATATATCTTATTTTAATTATCACTTTTTCTTTGATTAGTATTAGCATTCAGT	24.29	34	72	MSSA476	SAS0171	putative membrane protein			SAS0171::70::100.0::1.5E-11::+	SAV0196::70::100.0::1.5E-11::+	MW0170::70::100.0::1.5E-11::+	SA0190::70::100.0::1.5E-11::+		
5QSA00005_H_21	AGCCTGAATATCAAGAACATCAAGATAATTTCGAAGAAGCATTTGTTGTTAAGCAAATTTTACAACATTT	28.57	32	90	Mu50	SAV0523	hypothetical protein		SAR0526::70::98.57143::4.1E-11::+	SAS0480::70::98.57143::4.1E-11::+	SAV0523::70::100.0::1.6E-11::+	MW0478::70::98.57143::4.1E-11::+	SA0481::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL0568::70::98.57143::4.1E-11::+
5QSA00005_H_22	ACAACTTAACTAATGTTGATGTTATAGGAATAGACGAAGTGCAATTTTTTGACGATGAAATTGTAAGTAT	28.57	30	104	Mu50	SAV2119	thymidine kinase	tdk	SAR2207::70::97.14286::9.9E-11::+	SAS2022::70::98.57143::3.9E-11::+	SAV2119::70::100.0::1.5E-11::+	MW2043::70::98.57143::3.9E-11::+	SA1921::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL2111::70::98.57143::3.9E-11::+
5QSA00005_H_23	TATGAATTAGTATTTGGTGCAGGGTCAATTGGCATTATGGGTGCCATTCAAGATGGTGTATTAAATCATG	37.14	32	114	Mu50	SAV0680	similar to lysine decarboxylase family		SAR0733::70::97.14286::1.0E-10::+	SAS0645::70::98.57143::4.1E-11::+	SAV0680::70::100.0::1.6E-11::+	MW0642::70::98.57143::4.1E-11::+	SA0635::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL0740::70::98.57143::4.1E-11::+
5QSA00005_H_24	AATTACAGTTTTAAAAATATATATCATGAATTATCAACGGATTATTTGGATGTCAGGGATGTAGATGCGC	30.0	31	85	Mu50	SAV2269	molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein A	mobA	SAR2353::70::97.14286::9.9E-11::+	SAS2159::70::97.14286::9.9E-11::+	SAV2269::70::100.0::1.5E-11::+	MW2187::70::97.14286::9.9E-11::+	SA2064::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL2262::70::97.14286::9.9E-11::+
5QSA00005_H_3	CTATTAATTCATTGCTATCATTAATGTCAATTGAAGGTATTATTGTACTTGTTATATATCATGGTCATAG	25.71	32	110	MSSA476	SAS1687	conserved hypothetical protein			SAS1687::70::100.0::1.6E-11::+	SAV1763::70::100.0::1.6E-11::+	MW1704::70::100.0::1.6E-11::+	SA1582::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL1811::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_H_4	TAATCACATTAGTCAATGAACTTAATGAGAGAGGCGTGAGTTTCCATAGCTTAGAAGAAAATATAACCAT	32.86	31	85	pLW043	VRA0050	DNA invertase							VRA0050::70::100.0::1.5E-11::+	
5QSA00005_H_5	TCTTAAGTGTATTTTTGTTTACCTTAGTTACACACTTATCCTATATGTTAATACGCTATAATGCACATGG	30.0	33	102	Mu50	SAV2036	accessory gene regulator B	agrB			SAV2036::70::100.0::1.6E-11::+		SA1842::70::100.0::1.6E-11::+		
5QSA00005_H_6	AAATCTGAATTTACAGGAGGACCGATTAAACGCATATGGTTGTGAAAAGATATTTAGCGACCATATTAGT	34.29	29	96	MRSA252	SAR1828	resolvase	tnpR	SAR1828::70::100.0::1.5E-11::+						
5QSA00005_H_7	TATAATAATAACTCTAGTAAAGGGAAAATAATTTTATTTCCTTCATTAAAAAACTTTTGTTTCACAATAT	18.57	33	103	MSSA476	SAS0566	putative membrane protein		SAR0603::70::97.14286::9.3E-11::+	SAS0566::70::100.0::1.4E-11::+		MW0561::70::100.0::1.6E-11::+			SACOL0653::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00005_H_8	TTATTTGTGTTGTGGAAGATGACAAAGATGTCATAGCTATGGAAAAAATGAGAGAATACAAAGGTTTATA	30.0	30	98	MSSA476	SAS0437	putative recombination protein		SAR0479::70::100.0::1.5E-11::+	SAS0437::70::100.0::1.5E-11::+	SAV0480::70::100.0::1.5E-11::+	MW0435::70::100.0::1.5E-11::+	SA0438::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL0522::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00005_H_9	GCTTTAGAAAATACACGTGATAAAGTTAAGGATTTCAATCATGTTTCTTTAATAAAAGATGGACATGAAA	27.14	31	107	MW2	MW1704	hypothetical protein		SAR1846::70::97.14286::1.0E-10::+	SAS1687::70::98.57143::4.1E-11::+	SAV1763::70::98.57143::4.1E-11::+	MW1704::70::100.0::1.6E-11::+	SA1582::70::98.57143::4.1E-11::+		SACOL1811::70::98.57143::4.1E-11::+
5QSA00005_I_1	AAGTTAACAATTGTGAATGTAATTGATTCAAGAACGTATTCTTCTTATGAAGTTTATGATGCTCAATTTA	25.71	34	127	MSSA476	SAS1637	putative universal stress protein		SAR1788::70::100.0::1.8E-11::+	SAS1637::70::100.0::1.8E-11::+	SAV1710::70::100.0::1.8E-11::+	MW1653::70::100.0::1.8E-11::+	SA1532::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL1759::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00005_I_10	GTATTGATAATAGCATTGTACAAGTTTTAATAATGCCGTTTTTGTACGCCAATACTTACTATTCTATCGA	30.0	31	123	Mu50	SAV0876	similar to phi ETA orf 34-like protein		SAR1531::70::97.14286::1.1E-10::+,SAR1563::70::97.14286::8.8E-10::+	SAS0919::70::95.71428::2.8E-10::+	SAV0876::70::100.0::1.7E-11::+	MW1415::70::97.14286::1.1E-10::+	SA1784::70::94.28571::7.2E-10::+		
5QSA00005_I_11	AAATTAAGTGAAATGTACAATGAAATTGCGAATAAAATTAGTAGCATGATACCAGTAGAATGGGAAAAGG	30.0	32	80	MRSA252	SAR0294	conserved hypothetical protein		SAR0294::70::100.0::1.8E-11::+	SAS0274::70::92.85714::2.0E-9::+,SAS0275::70::90.0::1.3E-8::+	SAV0298::70::91.42857::5.0E-9::+,SAV0300::70::91.42857::5.4E-9::+	MW0274::70::92.85714::2.0E-9::+,MW0275::70::90.0::1.3E-8::+	SA0286::70::91.42857::5.0E-9::+,SA0288::70::91.42857::5.4E-9::+		SACOL0288::70::94.28571::7.8E-10::+
5QSA00005_I_12	TCTAGATAAAATATTGGCTAGTGATACAATTATTTTTGCATCACCAGTGTATTGGTATAGCATTTCAGCA	31.43	31	106	MSSA476	SAS0569	conserved hypothetical protein		SAR0609::70::98.57143::4.3E-11::+	SAS0569::70::100.0::1.7E-11::+	SAV0601::70::100.0::1.7E-11::+	MW0564::70::100.0::1.7E-11::+	SA0558::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL0656::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00005_I_13	AAAAATTCGAGGTTATACCAGAAATGGAATATAAAATGGAAGAAATTAAAGAAATCGAACAATATATTAA	22.86	32	70	MSSA476	SAS0273	conserved hypothetical protein		SAR0293::70::92.85714::2.0E-9::+	SAS0273::70::100.0::1.8E-11::+,SAS0274::70::94.28571::7.7E-10::+,SAS0272::70::94.28571::7.7E-10::+	SAV0298::70::94.28571::7.7E-10::+,SAV0299::70::94.28571::7.7E-10::+,SAV0301::70::91.42857::5.0E-9::+	MW0273::70::98.57143::4.6E-11::+,MW0272::70::94.28571::7.7E-10::+,MW0274::70::94.28571::7.7E-10::+	SA0286::70::94.28571::7.7E-10::+,SA0287::70::94.28571::7.7E-10::+,SA0289::70::91.42857::5.0E-9::+		SACOL0293::70::94.28571::7.7E-10::+,SACOL0294::70::92.85714::2.2E-9::+
5QSA00005_I_14	TATTAAACAATATGGTACAAGGTGTTTCTCAAGGATACGTAAAAGTACTTGAACTTGTTGGTGTAGGTTA	32.86	31	110	MSSA476	SAS2126	50S ribosomal protein L6		SAR2320::70::98.57143::4.3E-11::+	SAS2126::70::100.0::1.7E-11::+	SAV2235::70::100.0::1.7E-11::+	MW2154::70::100.0::1.7E-11::+	SA2033::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL2224::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00005_I_15	GTGAAAACTATTATATGTATAAAAAGTTTGGTGTTTTACCAGAAATGGAATACGAAATTAATAAAGTTAA	22.86	32	105	MSSA476	SAS0278	conserved hypothetical protein			SAS0278::70::100.0::1.8E-11::+,SAS0277::68::95.588234::8.5E-10::+,SAS0276::68::94.117645::2.2E-9::+		MW0278::70::94.28571::7.7E-10::+,MW0277::68::95.588234::8.5E-10::+,MW0276::68::94.117645::2.2E-9::+			SACOL0296::70::94.28571::7.7E-10::+,SACOL0289::70::92.85714::2.0E-9::+,SACOL0291::68::94.117645::2.2E-9::+
5QSA00005_I_16	ATTTCCTACCAAAGAAAACATAAGGAGTTTGGACATCTTGAAGGAGATACTATTGTTGGTCGTCGTCATG	38.57	29	76	COL	SACOL2727	integrase-recombinase, core domain family								SACOL2727::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00005_I_17	TTACATTTAGGAGATTCAGAATTCGCGTATGATGATACGGAACTTAGCTTATTTAATAGAGTAAAAGGCA	32.86	30	120	Mu50	SAV1153	hypothetical protein			SAS1086::70::98.57143::4.6E-11::+	SAV1153::70::100.0::1.8E-11::+	MW1035::70::98.57143::4.6E-11::+	SA0999::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL1163::70::98.57143::4.6E-11::+
5QSA00005_I_18	AAAACTGCATTTGATACAGTTGCAAAATATGACCAAGTAAGACAACCGAATGTAGTTGCAAAACTATATA	31.43	32	98	MRSA252	SAR2275	putative membrane protein		SAR2275::70::100.0::1.7E-11::+						
5QSA00005_I_19	AAACTATATACATCTTATGGCACTTATGGATTTTTACATCAAATAAAAATCAATAACCCGACCCATCAAC	30.0	33	128	Mu50	SAV1835	signal transduction protein	traP		SAS1756::70::98.57143::4.6E-11::+	SAV1835::70::100.0::1.8E-11::+	MW1775::70::98.57143::4.6E-11::+	SA1653::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL1891::70::98.57143::4.6E-11::+
5QSA00005_I_2	GATCAGTTACAAGAGTTATTACAAATACAAAAGAAGTTCGACGATAGAATACCGACTAGAAATTTAAATG	30.0	31	87	N315	SA1784	hypothetical protein		SAR1531::70::97.14286::1.1E-10::+,SAR1563::70::97.14286::8.8E-10::+	SAS0919::70::95.71428::2.8E-10::+	SAV0876::70::97.14286::1.1E-10::+		SA1784::70::100.0::1.7E-11::+		
5QSA00005_I_20	ACTACATCAATTAATGCATGAGGCGTTTACACCGTTGAGAGAACTTGGCATAGACTGGCCTTCGGTAAAT	42.86	30	71	MRSA252	SAR2491	acetyltransferase (GNAT) family protein		SAR2491::70::100.0::1.7E-11::+						
5QSA00005_I_21	TATCAAACAAGTACATATTTACAAGATGATATTGGTGATTTACGTCAAGGATATGAATATTCTCGTACTG	30.0	33	106	MSSA476	SAS0418	putative Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme		SAR0460::70::100.0::6.4E-11::+	SAS0418::70::100.0::6.4E-11::+	SAV0460::70::100.0::6.4E-11::+	MW0415::70::100.0::6.4E-11::+	SA0419::70::100.0::6.4E-11::+		SACOL0503::70::100.0::6.4E-11::+
5QSA00005_I_22	GGATAGGTACATGTTGGAAATCGCCATTATATATCTATGATCCTAAAGTAAGAAAAACACTTGGTATAAA	31.43	30	80	Mu50	SAV0830	hypothetical protein		SAR0861::70::98.57143::4.3E-11::+	SAS0770::70::98.57143::4.3E-11::+	SAV0830::70::100.0::1.7E-11::+	MW0783::70::98.57143::4.3E-11::+	SA0757::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL0874::70::98.57143::4.3E-11::+
5QSA00005_I_23	TAATTATGAAAATCAAGAAGGTCGTCGTGTGTTTGTTACTGAAGTTGTGTGTGATAGTGTTCAATTCCTT	34.29	31	71	MSSA476	SAS0342	putative single-strand DNA-binding protein		SAR0363::70::98.57143::4.6E-11::+	SAS0342::70::100.0::1.8E-11::+	SAV0366::70::98.57143::4.6E-11::+	MW0342::70::100.0::1.8E-11::+	SA0353::70::98.57143::4.6E-11::+		SACOL0438::70::98.57143::4.6E-11::+
5QSA00005_I_24	ATTATTTAAATCATCAAATGACTTTTAAAGAAATATTTAATCTCAAAGATATTGATGTCGATAATAAGGG	21.43	33	144	MSSA476	SAS1488	5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase family protein		SAR1627::70::94.28571::7.1E-10::+	SAS1488::70::100.0::1.7E-11::+	SAV1550::70::100.0::1.7E-11::+	MW1502::70::100.0::1.7E-11::+	SA1380::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL1607::70::98.57143::4.3E-11::+
5QSA00005_I_3	ATACAAGTTTTGGGATTGTTGGGATGTTTGTTAATACTTGTATAGTAGCTAAATATGTGATTATTAATTG	27.14	32	86	COL	SACOL1812	repressor of toxins	rot	SAR1847::70::97.14286::1.2E-10::+	SAS1688::70::97.14286::1.2E-10::+					SACOL1812::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00005_I_4	AGACGGCATTCGATACGGTTGCAAAATATGATCAAGTAAGACAACCAAATGTAGTTGCGAAACTATATAA	35.71	30	96	MSSA476	SAS2085	putative membrane protein			SAS2085::70::100.0::1.7E-11::+	SAV2184::70::100.0::1.7E-11::+	MW2110::70::100.0::1.7E-11::+	SA1986::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL2175::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00005_I_5	CACACGCATATATGGCAATGGCAGCATACTGTGATAAAGAATCGTACGAAGGATTTGCAAACTTCTTCAT	40.0	30	80	MSSA476	SAS1815	ferritin		SAR1984::70::97.14286::1.2E-10::+	SAS1815::70::100.0::1.8E-11::+	SAV1893::70::100.0::1.8E-11::+	MW1834::70::100.0::1.8E-11::+	SA1709::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL1952::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00005_I_6	ATATAGATAAAAATACTACATTTGTCATGACAATTGATGATGAAATTATATCTACGATTACGGTTAGATA	24.29	34	136	MSSA476	SAS2293	acetyltransferase (GNAT) family protein		SAR2491::70::100.0::1.7E-11::+	SAS2293::70::100.0::1.7E-11::+	SAV2402::70::100.0::1.7E-11::+	MW2324::70::100.0::1.7E-11::+	SA2190::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL2400::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00005_I_7	ATCACTGATATCTTAAGTAAATCATTAGGATCAAACACACCAATCAACATGGTTCGTGCTACAATCGATG	35.71	30	83	MSSA476	SAS2124	30S ribosomal protein S5		SAR2318::70::100.0::1.8E-11::+	SAS2124::70::100.0::1.8E-11::+	SAV2233::70::100.0::1.8E-11::+	MW2152::70::100.0::1.8E-11::+	SA2031::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL2222::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00005_I_8	GTTTTAGTAGATGGTCTATTTATACAACACTTATTCAAACCTGATTTACCATATAAAGGTTCTTTAAATC	27.14	30	99	MSSA476	SAS2502	putative anaerobic ribonucleotide reductase activating protein		SAR2694::70::98.57143::4.3E-11::+	SAS2502::70::100.0::1.7E-11::+	SAV2616::70::100.0::1.7E-11::+	MW2536::70::100.0::1.7E-11::+	SA2409::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL2634::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00005_I_9	AGAAGTTAAGTCAAATGTACAACGAGATTGCGAATGAGATCAGTGGGATGATACCGATAGAGTGGGAAAA	40.0	31	55	MRSA252	SAR0293	conserved hypothetical protein		SAR0293::70::100.0::1.8E-11::+	SAS0279::70::92.85714::2.0E-9::+	SAV0301::67::91.04478::2.4E-8::+		SA0289::67::91.04478::2.4E-8::+		SACOL0293::65::92.30769::2.6E-8::+
5QSA00005_J_1	TTAGTAACATTATTAAATAAAGATAAGGTAGAGTGGATTATTTTAGCTGGCTACATGCGTCTAATTGGTC	31.43	29	83	Mu50	SAV1072	phosphoribosylglycinamide formyltransferase	purN	SAR1046::70::97.14286::1.0E-10::+	SAS1008::70::95.71428::2.7E-10::+	SAV1072::70::100.0::1.6E-11::+	MW0955::70::95.71428::2.7E-10::+	SA0924::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL1081::70::97.14286::1.0E-10::+
5QSA00005_J_10	CGATTTGAAAATTTAACAGAGATTCAAGCACGTAGCGAAGAAATTAAATATTATCTAGCTGAAGCAATTA	30.0	33	106	MSSA476	SAS2341	conserved hypothetical protein			SAS2341::70::100.0::1.5E-11::+	SAV2449::70::97.14286::9.9E-11::+	MW2373::70::100.0::1.5E-11::+	SA2238::70::97.14286::9.9E-11::+		SACOL2456::70::97.14286::9.9E-11::+
5QSA00005_J_11	GATCAACAGTTGATGAAAATCATATCAACCTATCAACACAAACCCATTTTAGGTATATGTTTAGGGGCTC	35.71	30	98	MSSA476	SAS1308	anthranilate synthase component II			SAS1308::70::100.0::1.6E-11::+	SAV1368::70::92.85714::1.7E-9::+	MW1255::70::100.0::1.6E-11::+	SA1200::70::92.85714::1.7E-9::+		SACOL1404::70::97.14286::1.0E-10::+
5QSA00005_J_12	TGCAGGTTTTCATTTAGATACAGATCAAGCGCCAGTTCTAGATGAATTAAAGAAAAATGTTGAAAAACAT	31.43	30	118	MSSA476	SAS1777	putative membrane protein		SAR1945::70::95.71428::2.5E-10::+	SAS1777::70::100.0::1.5E-11::+	SAV1854::70::100.0::1.5E-11::+	MW1795::70::100.0::1.5E-11::+	SA1671::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1912::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00005_J_13	TACGAGCAAGATTATTTGTCGATCAAATTGTATCTTTTGTGAATAATAGTCCATATGAACATTTAAAATA	25.71	32	112	MSSA476	SAS0518	conserved hypothetical protein		SAR0565::70::98.57143::4.1E-11::+	SAS0518::70::100.0::1.6E-11::+	SAV0560::70::100.0::1.6E-11::+	MW0515::70::100.0::1.6E-11::+	SA0518::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL0607::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_J_14	TACATTTTTTAAACCAGAATATAATAAACAACATGTGAATGAGGAGTTTAATTCTTTATCTTCTTCGAAA	24.29	31	111	COL	SACOL2201	conserved domain protein, putative								SACOL2201::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00005_J_15	TAAAGATTCATTACATGATTCTGATATTATTTTAAGTAACGAGTACGAAACAATCAACGTTACTTATTTA	24.29	32	111	COL	SACOL1870	hypothetical protein			SAS1738::70::98.57143::4.1E-11::+		MW1757::70::100.0::1.6E-11::+			SACOL1870::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_J_16	ACAGCTAGAGTCGTCATTTTATAAATTGACACCAGGCAGACAGCATCAATACATTTATCACATTGGACAA	37.14	30	92	MRSA252	SAR2539	conserved hypothetical protein		SAR2539::70::100.0::1.5E-11::+						
5QSA00005_J_17	TTCACCAGGCCCTGGGCATCCATTAGACGACCAACATTTAATGAAAATTATCTCATCCTATCAAGATAAA	38.57	30	62	MRSA252	SAR1381	anthranilate synthase component II	trpG	SAR1381::70::100.0::1.6E-11::+						
5QSA00005_J_18	TTGTAAAGTCGTTCGTAAAATTGATAATGAGGTACCATCAGAAGCATTGAACGATGAAACACTAAATTAG	32.86	29	108	MRSA252	SAR2635	putative acetyltransferase		SAR2635::70::100.0::1.5E-11::+						
5QSA00005_J_19	AATATGATTTGACAACTCAAGACAGTACAATCAAACGTAACAATTCAATAAATGATAAAGACTTCGAAAA	27.14	33	80	Mu50	SAV0533	hypothetical protein		SAR0537::70::98.57143::4.1E-11::+	SAS0491::70::97.14286::1.0E-10::+	SAV0533::70::100.0::1.6E-11::+	MW0489::70::97.14286::1.0E-10::+	SA0492::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL0580::70::97.14286::1.0E-10::+
5QSA00005_J_2	ATGGCGAGAAAGTTGAAGATCCATATGATTATGAAAGTTATGAGAAGTTATTAAAAGATAAAATAAAATA	24.29	33	72	MSSA476	SAS2300	putative lipoprotein		SAR2499::70::95.71428::2.5E-10::+	SAS2300::70::100.0::1.5E-11::+	SAV2409::70::100.0::1.5E-11::+	MW2331::70::100.0::1.5E-11::+	SA2197::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL2407::70::98.57143::3.9E-11::+
5QSA00005_J_20	TCGACGCATAGCAACAACATCCGTTGCGCAAATTGTTGCTATTATATTGTTATTAATTTTTAATGCTTAA	31.43	32	122	Mu50	SAV1030	hypothetical protein		SAR0999::70::95.71428::2.5E-10::+	SAS0962::70::95.71428::2.5E-10::+	SAV1030::70::100.0::1.5E-11::+	MW0910::70::95.71428::2.5E-10::+	SA0885::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1036::70::95.71428::2.5E-10::+
5QSA00005_J_21	TATTAAACGAACGATAATTTTACTTATATTATTCGTTGTCGTATCCCCTATAAACTCACCAAAAACAATT	27.14	32	104	Mu50	SAV0819	hypothetical protein		SAR0851::70::98.57143::4.1E-11::+	SAS0760::70::98.57143::4.1E-11::+	SAV0819::70::100.0::1.6E-11::+	MW0773::70::98.57143::4.1E-11::+	SA0750::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL0864::70::98.57143::4.1E-11::+
5QSA00005_J_22	ACACCAAATTCTTATCGTTTTCAAAAGCATCTAGATCATGAAGTTTTAATTCGTACATCTTTAATTGTTC	28.57	31	91	MSSA476	SAS1578	Holliday junction DNA helicase RuvA		SAR1722::70::98.57143::3.8E-11::+	SAS1578::70::100.0::1.5E-11::+	SAV1642::70::100.0::1.5E-11::+	MW1592::70::100.0::1.5E-11::+	SA1468::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1697::70::98.57143::3.8E-11::+
5QSA00005_J_23	ACATTTATTAATAATGAATCTATCATTCTTCATGTTTCATACCACAGTTTATGGCATCAATATAACAATT	24.29	31	87	Mu50	SAV1026	competence transcription factor		SAR0995::70::97.14286::1.0E-10::+	SAS0958::70::98.57143::4.1E-11::+	SAV1026::70::100.0::1.6E-11::+	MW0906::70::98.57143::4.1E-11::+	SA0882::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL1032::70::98.57143::4.4E-11::+
5QSA00005_J_24	AAAACTTCATGATTTTATTAGCAAGTCGTTTAGACGCTGTTGTTTATTCATTAGGTTTAGCTCGTACTCG	34.29	31	118	Mu50	SAV1719	30S ribosomal protein S4	rpsD	SAR1797::70::98.57143::3.8E-11::+	SAS1646::70::98.57143::3.8E-11::+	SAV1719::70::100.0::1.5E-11::+	MW1662::70::98.57143::3.8E-11::+	SAS052::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1769::70::98.57143::3.8E-11::+
5QSA00005_J_3	CCGAAGATTGTATACAGTCATTTGAGCATAAAGAAAGACCGCATTACGGTATTCAGTACCATCCTGAATC	40.0	31	95	Mu50	SAV1368	anthranilate synthase component II	trpG	SAR1381::70::92.85714::1.7E-9::+	SAS1308::70::95.71428::2.7E-10::+	SAV1368::70::100.0::1.6E-11::+	MW1255::70::95.71428::2.7E-10::+	SA1200::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL1404::70::95.71428::2.7E-10::+
5QSA00005_J_4	GAAACAAAACAAAAGCGTGTTGAAAAGTATATTAACCAAATACTAGAAGGTAAAGGGATGCATGATAAGT	31.43	31	50	N315	SA2238	hypothetical protein		SAR2539::70::98.57143::3.9E-11::+	SAS2341::70::98.57143::3.9E-11::+	SAV2449::70::98.57143::3.9E-11::+	MW2373::70::98.57143::3.9E-11::+	SA2238::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL2456::70::98.57143::3.9E-11::+
5QSA00005_J_5	ACTCTTTATACGACGAAAAAAATAGATGGATGGGTTACTTTAATAGCAATGATATTAAGGTAGTAAAATA	27.14	30	113	Mu50	SAV2596	hypothetical protein				SAV2596::70::100.0::6.0E-11::+		SA2382::70::100.0::1.6E-11::+		
5QSA00005_J_6	TGCTTTGAATTAAATCATACAAAGCCGAGTGATACAAATAAAAGAAAGGAATTAATCGATCAATTATTTC	27.14	34	91	Mu50	SAV2555	putative acetyltransferase		SAR2635::70::95.71428::2.5E-10::+	SAS2441::70::94.28571::6.4E-10::+	SAV2555::70::100.0::1.5E-11::+	MW2476::70::94.28571::6.4E-10::+	SA2342::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL2570::70::94.28571::6.4E-10::+
5QSA00005_J_7	TATTATCAATCCATTACTTGAAAGCAGTGATTTAACTGAAGCTGAAACACAAGAGGCACAAAAAATTAAA	30.0	30	75	MSSA476	SAS2499	conserved hypothetical protein		SAR2692::70::98.57143::4.1E-11::+	SAS2499::70::100.0::1.6E-11::+	SAV2614::70::100.0::1.6E-11::+	MW2533::70::100.0::1.6E-11::+	SA2407::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL2630::70::98.57143::4.1E-11::+
5QSA00005_J_8	CATCATGACAGACATCATAACACTTATGTTACGAAATTAAATGCTGCAGTAGAAGGTACAGATTTAGAAT	32.86	33	80	MSSA476	SAS1491	superoxide dismutase		SAR1630::70::98.57143::3.9E-11::+	SAS1491::70::100.0::1.5E-11::+	SAV1553::70::97.14286::9.9E-11::+	MW1505::70::100.0::1.5E-11::+	SA1382::70::97.14286::9.9E-11::+		SACOL1610::70::97.14286::9.9E-11::+
5QSA00005_J_9	TGAACTATCTTTAACAACCGAATACTATTATCCACTTCAAAACGCAATAATTGAATTTTACACTGAATAT	27.14	32	93	Mu50	SAVP031	transcriptional regulator	qacR			SAVP031::70::100.0::1.6E-11::+				
5QSA00005_K_1	TTAAAGGATCTAAAGAATATTTGATTCCTTATATTGCTGATGTTGTAAAAGAAGTGGATGTTGAAAATAA	25.71	32	76	MSSA476	SAS1173	16S rRNA processing protein		SAR1215::70::98.57143::4.6E-11::+	SAS1173::70::100.0::1.8E-11::+	SAV1239::70::100.0::1.8E-11::+	MW1122::70::100.0::1.8E-11::+	SA1082::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL1255::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00005_K_10	CAAATAAGAAAGTATTAAAAATTAATGCCTATACAGGAACAGACATGGCTAAACTTGATTTAAATAGTCT	27.14	31	106	COL	SACOL1882	hypothetical protein								SACOL1882::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00005_K_11	CTATGTATTCTTACAATGAAGATGGAACTGAACATTATTACGAATTCCATACTAAAAAAGGTATGTTATT	27.14	32	87	MSSA476	SAS0581	putative exported protein		SAR0622::70::98.57143::4.6E-11::+	SAS0581::70::100.0::1.8E-11::+	SAV0613::70::100.0::1.8E-11::+	MW0577::70::100.0::1.8E-11::+	SA0570::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL0669::70::98.57143::4.6E-11::+
5QSA00005_K_12	AGGTATGCCAATCGGTGCGAAAGTAACACTTCGCGGTGAAAGAATGTATGAATTCTTAGACAAATTAATT	37.14	29	78	MSSA476	SAS2129	50S ribosomal protein L5		SAR2323::70::100.0::1.7E-11::+	SAS2129::70::100.0::1.7E-11::+	SAV2238::70::100.0::1.7E-11::+	MW2157::70::100.0::1.7E-11::+	SA2035::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL2227::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00005_K_13	TTTTAAAAGATAAGTTATTTATCGATGGTAAATATTACGATGACTATATGATGGCTAAAATTCTTAATTA	21.43	33	115	MSSA476	SAS0622	putative acetyltransferase		SAR0667::70::98.57143::4.6E-11::+	SAS0622::70::100.0::1.8E-11::+	SAV0657::70::100.0::1.8E-11::+	MW0619::70::100.0::1.8E-11::+	SA0612::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL0714::70::98.57143::4.6E-11::+
5QSA00005_K_14	ACGTTGAAGTTAGCAGAAGAACATCAAATATACGATGTCTATAGTTTTACAGCAGAAGCAAATAAAGCCT	34.29	30	75	Mu50	SAV0679	hypothetical protein		SAR0732::70::97.14286::1.1E-10::+	SAS0644::70::97.14286::1.1E-10::+	SAV0679::70::100.0::1.7E-11::+	MW0641::70::97.14286::1.1E-10::+	SA0634::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL0739::70::97.14286::1.1E-10::+
5QSA00005_K_15	GAAATAATACAAAATGCTAAAGATAGAGATGCGTTATACCTTAATTTAAATGATTATCAATTGTTAATTG	22.86	33	112	MSSA476	SAS1436	conserved hypothetical protein		SAR1572::70::98.57143::4.6E-11::+	SAS1436::70::100.0::1.8E-11::+	SAV1496::70::100.0::1.8E-11::+	MW1450::70::100.0::1.8E-11::+	SA1327::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL1539::70::98.57143::4.6E-11::+
5QSA00005_K_16	CCACATGCACAAGAAGTTGTGAAAAAATTAACTGAACATTATGATGTATATATTGCTACAGCAGCAATGG	34.29	31	86	Mu50	SAV0725	hypothetical protein		SAR0778::70::97.14286::1.1E-10::+	SAS0690::70::97.14286::1.1E-10::+	SAV0725::70::100.0::1.7E-11::+	MW0687::70::97.14286::1.1E-10::+	SA0680::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL0785::70::97.14286::1.1E-10::+
5QSA00005_K_17	CAGTTAAATTAGCATTAGAAAAGCTCATTAAACCAGAATTAAATCATCTGATTCATGAGCTTACAAAATA	27.14	33	132	MSSA476	SAS2165	putative molybdenum cofactor biosynthesis protein B		SAR2359::70::100.0::1.8E-11::+	SAS2165::70::100.0::1.8E-11::+	SAV2275::70::100.0::1.8E-11::+	MW2193::70::100.0::1.8E-11::+	SA2070::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL2268::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00005_K_18	CAAAAACAATTTAACATCAAATTTAACAAATAAAATTGGTAATTCAGTCTTTAAAATAGAAAATGTTGAC	20.0	35	114	MSSA476	SAS1017	hypothetical protein		SAR1055::70::97.14286::1.1E-10::+	SAS1017::70::100.0::1.7E-11::+	SAV1082::70::100.0::1.7E-11::+	MW0964::70::100.0::1.7E-11::+	SA0933::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL1090::70::98.57143::4.3E-11::+
5QSA00005_K_19	ATTAGTTGAAAAAGAAAGACGATTTACTAATTTAGAATACAAGCAAAAGAAAAAAGAATATCATGATGCC	25.71	32	67	MSSA476	SAS2218	hypothetical protein		SAR2410::70::97.14286::1.2E-10::+	SAS2218::70::100.0::1.8E-11::+	SAV2325::70::100.0::1.8E-11::+	MW2246::70::100.0::1.8E-11::+	SA2116::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL2318::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00005_K_2	ATTAATGAAGAATTAACAGTTATAAATGAAGCAGTAAAAGATAAAATTGAGCAATTGAAAATGGTTGACA	24.29	32	78	MSSA476	SAS2009	putative ATP synthase delta chain		SAR2194::70::98.57143::4.3E-11::+	SAS2009::70::100.0::1.7E-11::+	SAV2106::70::100.0::1.7E-11::+	MW2030::70::100.0::1.7E-11::+	SA1908::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL2098::70::98.57143::4.3E-11::+
5QSA00005_K_20	GATAAAGTTAAAGAAGGTATCTTTAATAGTTTATATGATGTGTCAGGTATAGGTTTAGATTTATTTGCAG	27.14	33	97	MSSA476	SAS1058	putative methylase		SAR1097::70::100.0::1.7E-11::+	SAS1058::70::100.0::1.7E-11::+	SAV1124::70::100.0::1.7E-11::+	MW1006::70::100.0::1.7E-11::+	SA0972::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL1133::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00005_K_21	AGGGTTGGGCTAAAAAGATTGATGTCTATGCTGGAGTAAATGGGCAAACATATACAATAGGAAAGGCCTT	40.0	30	76	Mu50	SAV2596	hypothetical protein				SAV2596::70::100.0::6.0E-11::+		SA2389::70::100.0::1.8E-11::+		
5QSA00005_K_22	AGACCAACTCGTTGAATTAATTGAAAATTATTCATCACATGGATTAATGATACAACGATTTGGAACGACG	32.86	32	152	Mu50	SAV1494	hypothetical protein		SAR1570::70::97.14286::1.1E-10::+	SAS1434::70::97.14286::1.1E-10::+	SAV1494::70::100.0::1.7E-11::+	MW1448::70::97.14286::1.1E-10::+	SA1325::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL1537::70::98.57143::4.3E-11::+
5QSA00005_K_23	AGAAAGCTGCATGCACAGTGATAACGATGTATCCTCATTTAGACGGTGTATTATCACTCGATCTCACAAC	41.43	29	87	MW2	MW0035	hypothetical protein		SAR0056::70::91.42857::4.9E-9::+		SAV0058::70::91.42857::4.8E-9::+	MW0035::70::100.0::1.8E-11::+	SA0054::70::91.42857::4.8E-9::+		SACOL0037::70::91.42857::4.9E-9::+
5QSA00005_K_24	TTTATTTTACTGATAATTTAGAAGAAGGTACAGTTCACTTAGATGAAGATGAATTTGTCGAAGTCATTAA	27.14	32	91	Mu50	SAV1499	similar to ADP-ribose pyrophosphatase		SAR1575::70::94.28571::7.1E-10::+	SAS1439::70::97.14286::1.1E-10::+	SAV1499::70::100.0::1.7E-11::+	MW1453::70::97.14286::1.1E-10::+	SA1330::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL1542::70::97.14286::1.1E-10::+
5QSA00005_K_3	ATCTGGCATTTTATACCAAATTTACGAGGCACACCCAGATGCTGATATGTATTTGCATTTAGGCGATTCA	38.57	30	84	MRSA252	SAR1125	conserved hypothetical protein		SAR1125::70::100.0::1.8E-11::+						
5QSA00005_K_4	GAGTTAACATCAGCAAATAAGGTAAGTGCTCTTTCCAACCCCAAGGATGGTTTTTTAAAGAAGTTTTTAT	34.29	31	84	MSSA476	SAS1916	hypothetical phage protein			SAS1916::70::100.0::1.7E-11::+	SAV1995::70::100.0::1.7E-11::+	MW1933::70::100.0::1.7E-11::+			
5QSA00005_K_5	TTTACTTTGGCTTTGCTGATCGACAAACTTATGAAGACTTTAAAAATTCTGATGCTTTTAAAGATCATTT	28.57	31	96	MRSA252	SAR1926	signal transduction protein	trap	SAR1926::70::100.0::1.8E-11::+						
5QSA00005_K_6	TTTGTTGTTGGTTACGGTTTAGATTATCGTGAATTATACCGAAACTTACCATATATCGGTACGTTAAAAC	32.86	32	110	MSSA476	SAS0467	putative hypoxanthine phosphoribosyltransferase		SAR0511::70::100.0::1.7E-11::+	SAS0467::70::100.0::1.7E-11::+	SAV0510::70::100.0::1.7E-11::+	MW0465::70::100.0::1.7E-11::+	SA0468::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL0554::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00005_K_7	TTACTACTGTTCTTATTCTTAACCAATTAGCGAATTCTGAACAATATGGTGCTGTATATCTTGTGAATCT	31.43	32	91	MSSA476	SAS0029	conserved hypothetical protein			SAS0029::70::100.0::1.8E-11::+					
5QSA00005_K_8	ATAGGTAATAAAATTAAAAATCTTAGAAGAATTAAAAATTTAACGCAAGAAGAACTTGCTGAACGTACAG	25.71	31	86	MSSA476	SAS1033	putative DNA-binding protein		SAR1072::70::98.57143::4.3E-11::+	SAS1033::70::100.0::1.7E-11::+	SAV1098::70::100.0::1.7E-11::+	MW0981::70::100.0::1.7E-11::+	SA0949::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL1107::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00005_K_9	ACTTTTTAATGAACCATGATGAAGGTATGTGGAAGCTTTCTTCTGATGCTTTACATCAAGCATTTAATTA	31.43	31	112	Mu50	SAV0604	hypothetical protein		SAR0612::70::97.14286::1.2E-10::+	SAS0572::70::98.57143::4.6E-11::+	SAV0604::70::100.0::1.8E-11::+	MW0567::70::98.57143::4.6E-11::+	SA0561::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL0659::70::98.57143::4.4E-11::+
5QSA00005_L_1	CAGATGAATTTTATTTTTTACCTAGTTTTATGTCTCCATTGAAAAAGCACAATAATTTTATAGATGTTCA	24.29	33	94	MSSA476	SAS1531	conserved hypothetical protein		SAR1671::70::95.71428::2.6E-10::+	SAS1531::70::100.0::1.6E-11::+	SAV1594::70::100.0::1.6E-11::+	MW1545::70::100.0::1.6E-11::+	SA1422::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL1650::70::95.71428::2.6E-10::+
5QSA00005_L_10	ACCATCTAAACACATCGATCAATTAATTCAAACTTTAAACATTAATCATTTGATGAAACAATATCCTATG	25.71	32	111	Mu50	SAV2277	molybdenum transport ATP-binding protein	modC	SAR2361::70::94.28571::6.3E-10::+	SAS2167::70::97.14286::9.8E-11::+	SAV2277::70::100.0::1.5E-11::+	MW2195::70::97.14286::9.8E-11::+	SA2072::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL2270::70::97.14286::9.8E-11::+
5QSA00005_L_11	TATATCAGCAATTGGTATACTCAGCCTCATAATTTTCCTTAGTGTGTATATGGCAAATAAGTTTTTATAA	28.57	31	94	Mu50	SAV2705	hypothetical protein			SAS2588::70::97.14286::1.0E-10::+	SAV2705::70::100.0::1.6E-11::+	MW2624::70::97.14286::1.0E-10::+	SA2495::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL2732::70::97.14286::1.0E-10::+
5QSA00005_L_12	TATAACATATAACGAAAAGCAACAGTTACTGTCACAAATTGTGTCACAAGAATATTTAAATCATGACAAA	27.14	32	100	COL	SACOL2638	siroheme synthase, putative		SAR2697::70::100.0::1.5E-11::+		SAV2619::70::100.0::1.5E-11::+		SA2412::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL2638::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00005_L_13	AGCATGATATTAACGGGAATGTCCCTATATTCATTAATATTGGTGAATGGGACGGAGACGATGAGGAATT	38.57	33	104	Mu50	SAV0800	similar to bacteriophage terminase small subunit		SAR0382::70::94.28571::6.7E-10::+	SAS1932::70::90.0::1.5E-8::+	SAV0800::70::100.0::1.6E-11::+,SAV2012::70::91.42857::4.4E-9::+	MW1949::70::90.0::1.5E-8::+	SA1820::70::91.42857::4.4E-9::+		SACOL0906::70::92.85714::1.7E-9::+,SACOL2014::70::90.0::1.5E-8::+
5QSA00005_L_14	AGAAAATAAAGTTACTTGATATGAATCACAGCGAAAAGCAGCAATTGTTATCACAAATAGTGACGAAAGA	31.43	31	77	MSSA476	SAS2505	conserved hypothetical protein			SAS2505::70::100.0::1.5E-11::+		MW2539::70::100.0::1.5E-11::+			
5QSA00005_L_15	AACGTTAGAGAGTGAGGATATGAGTAACTTTGGTCGGAGTCCTGCTGGGATAGATGGAAAGTATGCCCGA	47.14	30	68	Mu50	SAV1974	dUTP pyrophosphatase				SAV1974::70::100.0::1.6E-11::+				
5QSA00005_L_16	TTTATAGTAAGTTTATACTGGCACTTCTTAGATGTTGTTTGGGTTTTCATCTTTACTGCCGTATATATGA	31.43	30	88	MSSA476	SAS0994	putative quinol oxidase polypeptide III		SAR1032::70::100.0::1.5E-11::+	SAS0994::70::100.0::1.5E-11::+	SAV1059::70::100.0::1.5E-11::+	MW0942::70::100.0::1.5E-11::+	SA0911::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1068::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00005_L_17	CTGAGTAAACAAATTAAAAAATATAGGGAACGAGATGGTTATTCACAAGAATATCTTGCTGAAAAGTTAT	28.57	32	93	MSSA476	SAS2588	putative membrane protein		SAR2791::70::97.14286::1.0E-10::+	SAS2588::70::100.0::1.6E-11::+	SAV2705::70::98.57143::4.1E-11::+	MW2624::70::100.0::1.6E-11::+	SA2495::70::98.57143::4.1E-11::+		SACOL2732::70::98.57143::4.1E-11::+
5QSA00005_L_18	GTCAATATAGACTTAAAATCGTATTAAATGCTGAAAGCAAATTTGAAACGATAGTGTCACCTTTACCTGA	31.43	29	114	COL	SACOL0774	para-aminobenzoate synthase, component I, putative, authentic frameshift		SAR0768::70::94.28571::6.3E-10::+	SAS0680::70::97.14286::9.7E-11::+	SAV0715::70::100.0::1.5E-11::+	MW0677::70::97.14286::9.7E-11::+	SA0670::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL0774::70::100.0::9.0E-11::+
5QSA00005_L_19	TACAAAACCAATATGAAGAATTACAAAAATTAGGCGTAAATGTATTCTCAGTATCAACTGATACTCACTT	28.57	30	107	MSSA476	SAS0358	alkyl hydroperoxide reductase subunit C		SAR0399::70::100.0::1.6E-11::+	SAS0358::70::100.0::1.6E-11::+	SAV0381::70::100.0::1.6E-11::+	MW0357::70::100.0::1.6E-11::+	SA0366::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL0452::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_L_2	TATTATTGACAGGTGTCTTAACATGGCAAGACATTTTAAACGAAACAGGTGCTTGGAACACATTAGTATG	35.71	31	95	Mu50	SAV2695	2-oxoglutarate/malate translocator		SAR2775::70::98.57143::2.0E-10::+	SAS2579::70::98.57143::2.0E-10::+	SAV2695::70::100.0::1.5E-11::+	MW2613::70::98.57143::2.0E-10::+	SA2486::70::100.0::7.9E-11::+		SACOL2718::70::98.57143::2.0E-10::+
5QSA00005_L_20	AAGACTATATTTTATTAGTCGTTAGTTTCTTAGTTTCAATCATATTGATAATTAGACATCGCTCTAATAT	24.29	32	114	MSSA476	SAS1293	putative membrane protein		SAR1365::70::100.0::1.5E-11::+	SAS1293::70::100.0::1.5E-11::+	SAV1353::70::100.0::1.5E-11::+	MW1240::70::100.0::1.5E-11::+	SA1187::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1388::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00005_L_21	ATGGCGATGATGAGGAATTAGATAAGGCAGTGAAAGATGTATCTAACGCTAATCCTAATCATACTGTGAT	37.14	30	124	COL	SACOL0906	phage terminase family protein			SAS1932::70::91.42857::4.9E-9::+	SAV2012::70::90.0::1.2E-8::+	MW1949::70::91.42857::4.9E-9::+	SA1820::70::90.0::1.2E-8::+		SACOL0906::70::100.0::1.6E-11::+,SACOL2014::70::91.42857::4.9E-9::+
5QSA00005_L_22	TTTTTAATAATGAAAAGAATACTTTCAATGGGTTTTTAAATAAGAATAAACCAGAAGGTCAAAATATTTT	20.0	36	112	COL	SACOL1724	MutT-nudix family protein		SAR1757::70::98.57143::3.8E-11::+	SAS1606::70::98.57143::3.8E-11::+	SAV1677::70::100.0::1.5E-11::+	MW1621::70::98.57143::3.8E-11::+	SA1501::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1724::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00005_L_23	TTAATTATGATTATTTTAACAGTTATTTCTTTAGGTGTAATCTCAGTATATGCTCCTGCAGCAACTAAAA	27.14	32	96	COL	SACOL2023	accessory gene regulator protein B	agrB							SACOL2023::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_L_24	ATGACTGTAGATTGTCTATTGATACTAAGAATCGTAAATATCCTAAAGATATTATTGCTAGTCCACGAAT	30.0	32	102	MSSA476	SAS2235	putative 3-methylpurine glycosylase		SAR2429::70::100.0::1.5E-11::+	SAS2235::70::100.0::1.5E-11::+	SAV2344::70::100.0::1.5E-11::+	MW2265::70::100.0::1.5E-11::+	SA2134::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL2339::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00005_L_3	CTAAATACAAAAATCATCAAATAGAAACTAATGAAAAACGAATTAAAAATCATTTGAATCGCGCTTTTAA	22.86	37	99	Mu50	SAV1804	truncated transposase		SAR0082::70::95.71428::7.0E-10::+	SAS0049::70::95.71428::2.5E-10::+	SAV1804::70::100.0::1.6E-11::+	MW0049::70::95.71428::2.5E-10::+	SA1623::70::100.0::3.9E-11::+		
5QSA00005_L_4	AAAACCCATTAACGCCCAAAGAACAAATTGTATTAAGGGAAATTGGCAATGGTTTAAGTAGTAAAGAAAT	31.43	32	92	MSSA476	SAS1262	response regulator			SAS1262::70::100.0::1.5E-11::+	SAV1322::70::100.0::1.5E-11::+	MW1209::70::100.0::1.5E-11::+	SA1159::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1355::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00005_L_5	ATTAATATTGGTGAATGGGATGGCGATGATGAAGATTTAGATAAGACGGTACAAGAGGTATCTAACGCTA	37.14	30	64	Mu50	SAV2012	similar to bacteriophage terminase small subunit				SAV2012::70::100.0::1.6E-11::+		SA1820::70::100.0::1.6E-11::+		
5QSA00005_L_6	CATTCGTCGTAGAAAGCTTAAAGATTATGAACCAGAAGAACTGGAAAGTGTAGTAGAACATGAAATTCAA	34.29	30	69	MSSA476	SAS1835	putative membrane protein		SAR2004::70::98.57143::3.8E-11::+	SAS1835::70::100.0::1.5E-11::+	SAV1911::70::100.0::1.5E-11::+	MW1852::70::100.0::1.5E-11::+	SA1727::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1973::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00005_L_7	ATAGTATTCACATTATTTGTAGCAGTTGCGATTATTATGAATGTATGGTTTACCCATCAAAACGTTAAAA	28.57	31	83	Mu50	SAV2327	hypothetical protein			SAS2220::70::92.85714::1.7E-9::+	SAV2327::70::100.0::1.6E-11::+	MW2248::70::92.85714::1.7E-9::+	SA2118::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL2320::70::92.85714::1.7E-9::+
5QSA00005_L_8	TATTGTCATTGTTGCACATCAAGTTGTCATTCGTTGTTTGATGGTTTATTTTAACAAAGTTTCAAGGGAA	31.43	34	77	Mu50	SAV0376	putative phosphoglycerate mutase Gpm3p		SAR0394::70::98.57143::4.0E-11::+	SAS0353::70::98.57143::4.0E-11::+	SAV0376::70::100.0::1.5E-11::+	MW0351::70::98.57143::4.0E-11::+	SA0361::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL0447::70::98.57143::4.0E-11::+
5QSA00005_L_9	TATCTGTAACCATTTTAAAAGACTTGAATGATAACTTGAGCATTTCTAATGTCATTAATGAAAAGGTGCT	28.57	30	114	Mu50	SAV2571	hypothetical protein		SAR2652::70::97.14286::1.0E-10::+	SAS2458::70::97.14286::1.0E-10::+	SAV2571::70::100.0::1.6E-11::+	MW2492::70::97.14286::1.0E-10::+	SA2358::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL2587::70::97.14286::9.8E-11::+
5QSA00005_M_1	GCATTATTCAATTTATCACAATTGATTTTGGTAGTTTTTTCTTAATGGGTATTATATTAATCTTGATTTC	22.86	33	82	MSSA476	SAS1090	putative membrane protein		SAR1129::70::95.71428::3.0E-10::+	SAS1090::70::100.0::1.8E-11::+	SAV1157::70::97.14286::1.2E-10::+	MW1039::70::100.0::1.8E-11::+	SA1002::70::97.14286::1.2E-10::+		SACOL1167::70::97.14286::1.2E-10::+
5QSA00005_M_10	TATTTGAAAAATTTGAAACAAAATTACAACAGTTTAGTGGTAACTTAGAAAGAGCTGCTGTTGAATTGGC	30.0	31	89	Mu50	SAV1253	ATP-dependent protease peptidase subunit	clpQ	SAR1229::70::98.57143::4.2E-11::+	SAS1187::70::98.57143::4.2E-11::+	SAV1253::70::100.0::1.7E-11::+	MW1136::70::98.57143::4.2E-11::+	SA1096::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL1270::70::98.57143::4.2E-11::+
5QSA00005_M_11	TTTCTACACTAATGATCATCAAAAAGAACTCGCTGAGACATATATCGAGCAGCTTAAAAATACGATTAAT	31.43	31	77	Mu50	SAV1361	methionine sulfoxide reductase A	msrA	SAR1373::70::98.57143::4.5E-11::+	SAS1301::70::98.57143::4.5E-11::+	SAV1361::70::100.0::1.8E-11::+	MW1248::70::98.57143::4.5E-11::+	SA1194::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL1397::70::98.57143::4.5E-11::+
5QSA00005_M_12	AAAACTTGCTGAACTACTTATTTAGTATGGGCGATCCAGTTGGGCCGTTTGCTAACTTTTTAGCAGGCGC	44.29	29	91	Mu50	SAV1485	similar to riboflavin transporter		SAR1493::70::92.85714::1.8E-9::+	SAS1425::70::92.85714::1.8E-9::+	SAV1485::70::100.0::1.7E-11::+	MW1373::70::92.85714::1.8E-9::+	SA1316::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL1526::70::92.85714::1.8E-9::+
5QSA00005_M_13	AATTAATGGAATATCCGCCATATGATAAAGGTGAACCATTTTATGCATATTATAAAAATTTAAAAGAATA	22.86	34	125	MSSA476	SAS1361	putative acetyltransferase		SAR1431::70::98.57143::4.5E-11::+	SAS1361::70::100.0::1.8E-11::+	SAV1419::70::100.0::1.8E-11::+	MW1308::70::100.0::1.8E-11::+	SA1252::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL1454::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00005_M_14	GCTTCGATGAGATTGAATTAAATCGAATTGAGATCAGTGCCGCAGTTAATAATGAAAAAAGCCAAGCTAT	35.71	31	98	MRSA252	SAR0339	putative acetyltransferase		SAR0339::70::100.0::1.7E-11::+	SAS0318::70::90.0::1.2E-8::+	SAV0342::70::90.0::1.2E-8::+	MW0318::70::90.0::1.2E-8::+	SA0330::70::90.0::1.2E-8::+		
5QSA00005_M_15	TTAAAGAACAAGTTAAATATATTACTGGTTTAGATGTTGTTGAAGTTAACATGCAAGTTGATGATGTAAT	25.71	33	93	Mu50	SAV2182	alkaline shock protein 23	asp23	SAR2273::70::97.14286::1.2E-10::+	SAS2083::70::97.14286::1.2E-10::+	SAV2182::70::100.0::1.8E-11::+	MW2108::70::97.14286::1.2E-10::+	SA1984::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL2173::70::97.14286::1.2E-10::+
5QSA00005_M_16	ATTCGGAGTAAAGGAGACAACTGAAAGAAGTAATAGCTATAAGGCCACAGGGCTCACTACCCAAAGCATC	44.29	29	79	COL	SACOL0441	integrase, degenerate								SACOL0441::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00005_M_17	ATCTACGAAGACAATTCCAACATTAATTGAAGTACAAGCTACTGAAAATTTAACTCATGGTTATTTTATT	27.14	31	92	MSSA476	SAS0146	conserved hypothetical protein		SAR0172::70::100.0::1.8E-11::+	SAS0146::70::100.0::1.8E-11::+	SAV0171::70::100.0::1.8E-11::+	MW0145::70::100.0::1.8E-11::+	SA0165::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL0157::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00005_M_18	AAAAAATTGACTGGCCTGGCGAAGATATTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATA	25.71	32	101	Mu50	SAV2553	hypothetical protein		SAR2633::70::92.85714::1.8E-9::+	SAS2439::70::90.0::1.2E-8::+	SAV2553::70::100.0::1.7E-11::+	MW2474::70::90.0::1.2E-8::+	SA2340::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL2567::70::98.57143::4.8E-11::+
5QSA00005_M_19	CTATAATGTTCGTAATTACAGATTACAAAAAAATTTCATTTTCCACCACATTTTAGGAGTTACTTTAATG	25.71	33	110	Mu50	SAV2477	hypothetical protein				SAV2477::70::100.0::1.8E-11::+		SA2265::70::100.0::1.8E-11::+		
5QSA00005_M_2	AGACTATGATTTAGATATTAAAGTATATCCAAACGGAAAGTATCATTTATTAGATGAAGATGAATATGAG	25.71	33	90	COL	SACOL1925	conserved hypothetical protein		SAR1957::70::98.57143::4.3E-11::+	SAS1789::69::100.0::2.8E-11::+	SAV1867::70::100.0::1.7E-11::+	MW1807::69::100.0::2.8E-11::+	SA1684::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL1925::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00005_M_20	GTATTATCTTATTCTTACTACGATTATCGTGTTCTTCTGTATATTCCTTATTTTTAGTCCTATTGGAAAA	27.14	33	61	MSSA476	SAS1288	glycine betaine transporter 1		SAR1361::70::100.0::8.7E-11::+	SAS1288::70::100.0::8.7E-11::+	SAV1348::70::100.0::8.7E-11::+	MW1236::70::100.0::8.7E-11::+	SA1183::70::100.0::8.7E-11::+		SACOL1384::70::100.0::8.7E-11::+
5QSA00005_M_21	TTTATCTACATGTTTGCATTCTGGTTCATTTTTAGTTCTATTGCAGGATTATTTACGTTTACGGGTAGTG	32.86	32	63	Mu50	SAV2700	hypothetical protein		SAR2780::70::92.85714::1.9E-9::+	SAS2584::70::98.57143::4.5E-11::+	SAV2700::70::100.0::1.8E-11::+	MW2619::70::98.57143::4.5E-11::+	SA2491::70::100.0::1.8E-11::+		
5QSA00005_M_22	AATAAAGTTAAAAAGAATTTAGAAAAAAGAGTAGAATCTATGAATATGACTGAACAAATCTTTAGAGTAG	22.86	33	88	MSSA476	SAS0494	transcription antitermination protein		SAR0540::70::100.0::1.7E-11::+	SAS0494::70::100.0::1.7E-11::+	SAV0535::70::100.0::1.7E-11::+	MW0491::70::100.0::1.7E-11::+	SA0494::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL0582::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00005_M_23	GCAAAAGGAAACCAAGGTATTAAATGGTCTAGTTTAATAATGGGTGTATTATTATTAATGTTGGCAGTCG	32.86	30	94	MSSA476	SAS2584	putative membrane protein			SAS2584::70::100.0::1.8E-11::+	SAV2700::70::97.14286::1.2E-10::+	MW2619::70::100.0::1.8E-11::+	SA2491::70::97.14286::1.2E-10::+		SACOL2723::70::97.14286::1.2E-10::+
5QSA00005_M_24	CAACGTTTGCATCCAAAATACTACATGCTGAACATATATTTGTAGCTGGTAAAGGACGTTCAGGATTCGT	38.57	30	110	MSSA476	SAS0529	putative 6-phospho-3-hexuloisomerase		SAR0575::70::97.14286::1.1E-10::+	SAS0529::70::100.0::1.7E-11::+	SAV0571::70::97.14286::1.1E-10::+	MW0526::70::100.0::1.7E-11::+	SA0529::70::97.14286::1.1E-10::+		SACOL0618::70::97.14286::1.1E-10::+
5QSA00005_M_3	AGCTAATACTGAACAATATGGTGCTGTATATCTTGTAAATCTATTTTCAAATATTAGAACACCCGAAAAC	30.0	31	110	COL	SACOL0037	conserved hypothetical protein			SAS0029::70::90.0::1.3E-8::+		MW0035::70::90.0::1.3E-8::+			SACOL0037::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00005_M_4	AACTGTCGTACTCGAACCACAAGAAAAAGCAGTGATCAAAACAGATGTAGCTGTGAGTATACCAGAGGGC	44.29	32	86	COL	SACOL0357	prophage L54a, deoxyuridine 5-triphosphate nucleotidohydrolase	dut	SAR2072::70::91.42857::4.6E-9::+,SAR2031::70::91.42857::3.7E-8::-		SAV1974::70::92.85714::1.7E-9::+				SACOL0357::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00005_M_5	TTATAAAGTGTATAACGGTAAGAAAGAATATAGTGCTTCTCTTATGACTTCATTTTTCACAGATGGAACA	30.0	31	103	MRSA252	SAR1332	response regulator		SAR1332::70::100.0::1.8E-11::+						
5QSA00005_M_6	AATTTACCAAATCAACAAAGGCGACAAACTAGCACAACTGGTTATCGTGCCTATATGGACACCTGAACTA	40.0	31	82	MRSA252	SAR2072	putative dUTP pyrophosphatase		SAR2072::70::100.0::1.7E-11::+,SAR2031::70::100.0::1.3E-10::-						SACOL0357::70::92.85714::1.8E-9::+
5QSA00005_M_7	AAGTAGATAATGTTGAAGTTAGCGATGCACATTATACCATTGTAAAAGACGAAAAAGTAGCTATTACGAC	32.86	31	83	MRSA252	SAR2359	putative molybdenum cofactor biosynthesis protein B	moaB	SAR2359::70::100.0::1.8E-11::+						
5QSA00005_M_8	GAAATTAATCACATGCACAGAAAAACTTCATTAGGGTACTATTTAGATAAACAATTTGAGGGTCATGGGA	32.86	31	89	Mu50	SAV0342	similar to ribosomal-protein-serine N-acetyltransferase		SAR0339::70::98.57143::4.2E-11::+	SAS0318::70::95.71428::2.8E-10::+	SAV0342::70::100.0::1.7E-11::+	MW0318::70::95.71428::2.8E-10::+	SA0330::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL0413::70::98.57143::4.2E-11::+
5QSA00005_M_9	ATTAAACCACATGTGACAATTAAAGCGCCATTTGAAATTGAAGATGGTGATTTAGATTCTGTCATTGAAC	32.86	32	136	MSSA476	SAS0884	conserved hypothetical protein		SAR0985::70::98.57143::4.5E-11::+	SAS0884::70::100.0::1.8E-11::+	SAV1015::70::100.0::1.8E-11::+	MW0896::70::100.0::1.8E-11::+	SA0873::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL1020::70::98.57143::4.5E-11::+
5QSA00005_N_1	ATCAACGGGGATGTTCCTATATTCATTAACATTGGTGAATGGGACGGAGACGATGAGGAATTAGATAAAA	38.57	31	99	MRSA252	SAR0382	putative terminase small subunit		SAR0382::70::100.0::1.6E-11::+		SAV0800::70::94.28571::6.7E-10::+				SACOL0906::68::91.17647::1.4E-8::+
5QSA00005_N_10	GGTGATTATAGAAGGTATAGTACATATTTCAAAAAAGAATAAAGCAATCGATAACTTTTTAAACCAAGTT	25.71	33	100	Mu50	SAV0092	hypothetical protein		SAR0102::70::94.28571::6.4E-10::+	SAS0067::70::95.71428::2.5E-10::+	SAV0092::70::100.0::1.5E-11::+	MW0067::70::95.71428::2.5E-10::+	SA0088::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL0075::70::95.71428::2.5E-10::+
5QSA00005_N_11	ATATTTTAGAGAAAAATAATTTTTCATTAGATAAACAAAAGTTTAAAGGTGCATATACAATTGAACGAAT	20.0	34	108	MSSA476	SAS0459	putative peptidyl-tRNA hydrolase		SAR0503::70::100.0::1.6E-11::+	SAS0459::70::100.0::1.6E-11::+	SAV0502::70::100.0::1.6E-11::+	MW0457::70::100.0::1.6E-11::+	SA0460::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL0546::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_N_12	TTGTTGTAATAAGGCCAATATTATTCAGTTGTTGGATATTTATTTTGAATATGATTTTATCAAGATTATT	21.43	33	106	Mu50	SAV0296	hypothetical protein			SAS0271::70::95.71428::2.5E-10::+	SAV0296::70::100.0::1.5E-11::+	MW0271::70::95.71428::2.5E-10::+	SA0284::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL0284::70::97.14286::9.7E-11::+
5QSA00005_N_13	TACGCAGGTATTGATTTAATTAATAATAAACTTGAAAGACAAGTTCGAAAATATAAAACACGTATTAATC	24.29	31	110	MSSA476	SAS0717	putative S30EA family ribosomal protein		SAR0806::70::100.0::1.6E-11::+	SAS0717::70::100.0::1.6E-11::+	SAV0752::70::100.0::1.6E-11::+	MW0714::70::100.0::1.6E-11::+	SA0707::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL0815::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_N_14	GTATACATTTAGAAGGAACATACACAGTTGCTGATAGAGTATATACACCTAAGAGAAATATTACTCTTAA	30.0	30	99	Mu50	SAV0370	hypothetical protein			SAS0347::70::97.14286::9.7E-11::+	SAV0370::70::100.0::1.5E-11::+	MW0345::70::97.14286::9.7E-11::+	SA0357::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL0442::70::94.28571::6.4E-10::+
5QSA00005_N_15	GAATATGAATCCATTAATATTAATCATCGGTTAGGTAAGTTACTTGATTCATATGATATTCCAGATGTTG	28.57	33	135	MSSA476	SAS1413	hypothetical protein		SAR1481::70::98.57143::4.0E-11::+	SAS1413::70::100.0::1.6E-11::+	SAV1472::70::100.0::1.6E-11::+	MW1361::70::100.0::1.6E-11::+	SA1304::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL1512::70::98.57143::4.0E-11::+
5QSA00005_N_16	TCTTGTAACAATTCTTATTTCAATATTTTTGAGTTTAACAGAATCATGGCAAGTAGAAACTGGAAACAGC	30.0	30	94	MSSA476	SAS0611	putative membrane protein		SAR0656::70::98.57143::1.0E-10::+	SAS0611::70::100.0::3.7E-11::+	SAV0646::70::100.0::1.5E-11::+	MW0608::70::98.57143::1.0E-10::+	SA0601::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL0703::70::100.0::3.7E-11::+
5QSA00005_N_17	GTAGAGAAACTACTCATTAAAATTGACGATATGTTAGAAGGAATAGAAATATATGATTTCCTTGAGTCTA	28.57	31	102	Mu50	SAV1803	hypothetical protein		SAR1883::70::95.71428::2.6E-10::+	SAS1723::70::97.14286::1.0E-10::+	SAV1803::70::100.0::1.6E-11::+	MW1741::70::97.14286::1.0E-10::+	SA1621::70::100.0::1.6E-11::+		
5QSA00005_N_18	CAGATGATACATTTAGCAATATTCAACTACCTTTTTACACTTTAAGTGATTACAATGAATTAATTGAAGT	25.71	32	109	COL	SACOL1217	orotate phosphoribosyltransferase	pyrE	SAR1181::70::100.0::1.5E-11::+	SAS1139::70::98.57143::3.8E-11::+	SAV1205::70::100.0::1.5E-11::+	MW1088::70::98.57143::3.8E-11::+	SA1048::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1217::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00005_N_19	TAGAAAAAAGTGCTCGTGAACATCTTGCACAATATGAGGAAATTGAAATAGATTTACCAAATCAAACTGT	31.43	30	81	Mu50	SAV2060	3-isopropylmalate dehydratase small subunit	leuD			SAV2060::70::100.0::1.6E-11::+		SA1865::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL2049::70::91.42857::4.4E-9::+
5QSA00005_N_2	ATTAAACCATCATAAAATTGATTTAATAACTGATAATGGAGTGTTTTCGAAAGATAAAGTAGATTATGGT	24.29	31	104	MSSA476	SAS0499	conserved hypothetical protein		SAR0546::70::98.57143::3.8E-11::+	SAS0499::70::100.0::1.5E-11::+	SAV0541::70::98.57143::3.8E-11::+	MW0496::70::100.0::1.5E-11::+	SA0499::70::98.57143::3.8E-11::+		SACOL0587::70::98.57143::3.8E-11::+
5QSA00005_N_20	ACCTTATTTATTATTGCAACCATCGCATCGTTTATAGGGCTGTTAATTTTATATTATATCTGCCGTTTGA	31.43	30	69	Mu50	SAV2513	alkaline phosphatase		SAR2590::70::97.14286::9.7E-11::+	SAS2398::70::97.14286::9.7E-11::+	SAV2513::70::100.0::1.5E-11::+	MW2432::70::95.71428::2.5E-10::+	SA2301::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL2522::70::97.14286::9.7E-11::+
5QSA00005_N_21	TGGTTTTCATATTATTATTGCAGGAAGTTTCAGTGACATATTTTATATGAATTGTACAAAAAATGCAATG	25.71	32	105	MSSA476	SAS1965	3-isopropylmalate dehydratase small subunit		SAR2147::70::95.71428::2.6E-10::+	SAS1965::70::100.0::1.6E-11::+	SAV2060::70::95.71428::2.6E-10::+	MW1984::70::100.0::1.6E-11::+	SA1865::70::95.71428::2.6E-10::+		SACOL2049::70::95.71428::2.6E-10::+
5QSA00005_N_22	AACTATAAATTATTAATTGGTTCAATTATTCCACGACCTATAGCATTTGTTACAACATTAAATCAAGATG	25.71	30	106	Mu50	SAV2659	similar to nitrilotriacetate monooxygenase component B		SAR2740::70::98.57143::3.8E-11::+	SAS2545::70::98.57143::3.8E-11::+	SAV2659::70::100.0::1.5E-11::+	MW2579::70::98.57143::3.8E-11::+	SA2452::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL2682::70::98.57143::3.8E-11::+
5QSA00005_N_23	GCTTTATCTATAAAATACTTTATGTTGTCAAAATCAACGCTTATACATATGACATAATGACGGAGGACAT	30.0	31	92	COL	SACOL0199	conserved hypothetical protein								SACOL0199::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_N_24	GATCATATGAAACCTGATAAACCATTTATTAAAGATTTAACGGATGATGATTTAAAAGAAGCGATACAAA	27.14	34	114	MSSA476	SAS1041	conserved hypothetical protein		SAR1080::70::100.0::1.5E-11::+	SAS1041::70::100.0::1.5E-11::+	SAV1106::70::100.0::1.5E-11::+	MW0989::70::100.0::1.5E-11::+	SA0957::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1115::70::98.57143::3.8E-11::+
5QSA00005_N_3	CAATTGCCCATGAAATAGGACATTTTTTACACAATCATAAAAATAAAATCAAATATAGAAATAATAGTTA	21.43	32	77	MRSA252	SAR1885	hypothetical protein		SAR1885::70::100.0::1.6E-11::+						
5QSA00005_N_4	ATGAAGATTATGCAAGATATTCTGAAAAATATAATGATTTAATATCGGAATTTGATAATGAAGATATCTA	21.43	34	124	MSSA476	SAS2100	hypothetical protein		SAR2289::69::97.10145::1.6E-10::+	SAS2100::70::100.0::1.5E-11::+		MW2125::70::100.0::1.5E-11::+			SACOL2190::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00005_N_5	ACAAAAGTTGCCAGTTTATATATTATTCACACTGTTTGTTGTGGTTGCGATTGTTTCGAATGTATGGCTT	34.29	31	81	MRSA252	SAR2412	putative membrane protein		SAR2412::70::100.0::1.6E-11::+						
5QSA00005_N_6	AACCTGACAAAGGAAAGTTATTATCCCAATATTGACCGAACTGAGATGATTTCAAAAGGATACGTGGCTT	37.14	29	86	pLW043	VRA0041	vancomycin B-type resistance protein VanX	vanX						VRA0041::70::100.0::1.5E-11::+	
5QSA00005_N_7	TATAAAAACAGGTGTACTTTCTTTCATAGCATTTGTTGGTGCAATCATTCTTATAGCTTTGATTAGTATG	30.0	30	78	MRSA252	SAR2791	putative membrane protein		SAR2791::70::100.0::1.6E-11::+						
5QSA00005_N_8	AGTATGCCATTGATGATAGATTTAACAAATAAGAACGTGGTTATAGTAGGTGGGGGTACAGTTGCAAGTC	38.57	31	71	MRSA252	SAR2697	conserved hypothetical protein		SAR2697::70::100.0::1.5E-11::+						
5QSA00005_N_9	CATACAAAGGCCAAAAGTTGAAAGGAATTTCATTTGAAAATTCTAATGGTGAATGGGCTTATAAAGTGAC	32.86	31	94	Mu50	SAV0372	hypothetical protein		SAR0390::70::98.57143::4.0E-11::+	SAS0349::70::98.57143::4.0E-11::+	SAV0372::70::100.0::1.6E-11::+	MW0347::70::98.57143::4.0E-11::+	SA0359::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL0444::70::98.57143::4.0E-11::+
5QSA00005_O_1	GCGCAAGTTCAGCATTCTTTATTTATATGTTTGCTTTTTGGTTTATTTTTAGTTCTATCTCTGGATTATT	28.57	32	45	COL	SACOL2723	conserved hypothetical protein								SACOL2723::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00005_O_10	ACAGATTAGTGGCATTCGCCTTTATACCAATGATAGAAGGTAAAATTTGTATTAACCATATTGACGGGAA	34.29	29	87	Mu50	SAV0865	hypothetical protein				SAV0865::70::100.0::1.6E-11::+				
5QSA00005_O_11	GAACAGTTTATGTTTTATTTCAGCCTTTCATCAATGATATAATAAGCAACTGGAATACTAAGTTTTTATA	25.71	30	116	MSSA476	SAS2073	putative membrane protein		SAR2263::70::100.0::1.8E-11::+	SAS2073::70::100.0::1.8E-11::+	SAV2172::70::100.0::1.8E-11::+	MW2098::70::100.0::1.8E-11::+	SA1975::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL2162::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00005_O_12	CTTGTTTATTTGGAAGTAGTAGAAAAGATGGCAATTCAGCTATCGCAGTAGAGAATCTATTGAAGAATTT	32.86	32	72	MSSA476	SAS0063	conserved hypothetical protein			SAS0063::70::100.0::1.6E-11::+		MW0063::70::100.0::1.6E-11::+			
5QSA00005_O_13	TAACGCTGAATATAAAGCAACTGAAGAGAACAAAAAATTAATCGCTAAAATTAAACATTTAGAAACAAGC	27.14	32	72	Mu50	SAV2194	galactose-6-phosphate isomerase	lacB	SAR2285::70::97.14286::1.1E-10::+	SAS2095::70::97.14286::1.1E-10::+	SAV2194::70::100.0::1.8E-11::+	MW2120::70::97.14286::1.1E-10::+	SA1996::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL2185::70::97.14286::1.1E-10::+
5QSA00005_O_14	GAGGACAAATTCCAAAATCTATCTGATCTAAGATTCATTTCCAAATTTAAGTACTCATACGACGTTCAAA	31.43	32	117	COL	SACOL1850	hypothetical protein				SAV1803::70::91.42857::4.4E-9::+		SA1621::70::91.42857::4.4E-9::+		SACOL1850::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_O_15	ATGATGACAAAGATTTTGATCAATTTTTTAAAGACAATTATACTGTAGAAAAATTTACACAAGAGATTAA	21.43	33	117	MSSA476	SAS2260	acetyltransferase (GNAT) family protein		SAR2458::70::95.71428::2.9E-10::+	SAS2260::70::100.0::1.8E-11::+	SAV2369::70::100.0::1.8E-11::+	MW2290::70::100.0::1.8E-11::+	SA2159::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL2366::70::98.57143::4.5E-11::+
5QSA00005_O_16	ATTGCAGTACCTGCCTTAACAGAAGAGCGTAGAAAAGAGCGCGTTAAAGATGTTAAGAAAATTGGTGAAG	40.0	31	66	MSSA476	SAS1193	ribosome recycling factor		SAR1235::70::97.14286::1.1E-10::+	SAS1193::70::100.0::1.6E-11::+	SAV1259::70::100.0::1.6E-11::+	MW1142::70::100.0::1.6E-11::+	SA1102::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL1278::70::97.14286::1.1E-10::+
5QSA00005_O_17	TCACGTTTGAAACAAAATCAGTTACTGAAAACAAAGTTGTTGGTGATTTAACAATTAAAGGTATCACTAA	28.57	31	100	Mu50	SAV2687	hypothetical protein		SAR2769::70::90.0::1.2E-8::+		SAV2687::70::100.0::1.8E-11::+		SA2479::70::100.0::1.8E-11::+		
5QSA00005_O_18	TTAACGATTTGATAAAAGTTAAAGGGATTGGATTACAAAAAGCAATTACTTTAAAAGCAGCATTTGAGTT	27.14	32	86	MSSA476	SAS1589	DNA repair protein RadC		SAR1733::70::95.71428::2.1E-9::+	SAS1589::70::100.0::1.6E-11::+	SAV1660::70::100.0::1.6E-11::+	MW1604::70::100.0::1.6E-11::+	SA1485::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL1707::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_O_19	AATTTTTAAAAGAAGTAAATCAACATAAAATTGATCAAACAAGTATTAACCTTATAGGAAGAAAAATTTA	18.57	32	130	MSSA476	SAS0850	conserved hypothetical protein		SAR0943::70::98.57143::4.5E-11::+	SAS0850::70::100.0::1.8E-11::+	SAV0980::70::100.0::1.8E-11::+	MW0862::70::100.0::1.8E-11::+	SA0840::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL0984::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00005_O_2	AGACATTAGCGATCGCCTTAACCACCCATTTCAAACGATTAGCGATACAATTAACAATAAAGAAGATTTG	35.71	30	67	MSSA476	SAS2439	TetR family regulatory protein			SAS2439::70::100.0::1.7E-11::+		MW2474::70::100.0::1.7E-11::+			
5QSA00005_O_20	AAAAGAAAGTTGACAATTTTTACGGATTGAGTTCTAAAAATGACAAATACGTTTCATATAAAGAAACCCA	27.14	31	108	MSSA476	SAS1752	hypothetical protein		SAR1922::70::97.14286::1.1E-10::+	SAS1752::70::100.0::1.6E-11::+	SAV1831::70::100.0::1.6E-11::+	MW1771::70::100.0::1.6E-11::+	SA1649::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL1885::70::98.57143::4.2E-11::+
5QSA00005_O_21	GTAAAAATCCAATGGATGGTTCTCAAGTAACAGGTGTTATTGTTACTGGTACAATCAATAGAGAAAACTA	32.86	31	112	MSSA476	SAS2572	conserved hypothetical protein		SAR2769::70::92.85714::1.9E-9::+	SAS2572::70::100.0::1.8E-11::+	SAV2687::70::97.14286::1.1E-10::+	MW2606::70::100.0::1.8E-11::+	SA2479::70::97.14286::1.1E-10::+		SACOL2711::70::94.28571::7.5E-10::+
5QSA00005_O_22	TACTGAAAAATTATGAAAATTTAACATATGTAACTAATATTTATGGTAAAAATCTAAAAGATAAAGGCTA	18.57	34	110	MSSA476	SAS1816	putative exonuclease		SAR1985::70::98.57143::4.2E-11::+	SAS1816::70::100.0::1.6E-11::+	SAV1894::70::100.0::1.6E-11::+	MW1835::70::100.0::1.6E-11::+	SA1710::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL1954::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_O_23	TGGATATATAGATTGGCCTAGTTTCGTTGATTACGAAGATTTCCAAGTTGAAGAAGTAATGAGTTTATTA	31.43	30	81	MRSA252	SAR0084	hypothetical protein		SAR0084::70::100.0::1.8E-11::+						
5QSA00005_O_24	AAAACAGTTAGTATATACAGCTTTAATGACAGCGATTATCGCTATTTTAGGAATGGTACCGGTAATTCCA	34.29	30	105	Mu50	SAV2282	similar to biotin biosynthesis protein		SAR2366::70::97.14286::1.1E-10::+	SAS2172::70::98.57143::4.2E-11::+	SAV2282::70::100.0::1.6E-11::+	MW2200::70::98.57143::4.2E-11::+	SA2077::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL2275::70::98.57143::4.2E-11::+
5QSA00005_O_3	ATTAAATCTAGTCAAGAGAGAAAAACTAACTGGGTTAAATGTGGTCTAGGAACAGTTGGAGGCGCTGGCA	41.43	31	62	MRSA252	SAR0385	putative membrane protein		SAR0385::70::100.0::1.8E-11::+						
5QSA00005_O_4	ATACTATGGATGATAAGGGCAGATACGTCGATGAAAATGGAAAACTAATAAATAAGGATTATGACGTTTT	31.43	30	74	MSSA476	SAS0377	hypothetical protein			SAS0377::70::100.0::1.7E-11::+					
5QSA00005_O_5	CTTTTATGCAATCACAAGGTTAATTGGATTATTTGTATTGATTAATGGTGTGATTCAAATTGTTTATCGT	27.14	34	98	MRSA252	SAR2780	putative membrane protein		SAR2780::70::100.0::1.8E-11::+						
5QSA00005_O_6	TATATAAAAAAGTAGGCTTTATATCTGATGGACAGATTGAATTATACAAGCACATGTATCATCATTTAAT	25.71	31	104	MSSA476	SAS0976	acetyltransferase (GNAT) family protein		SAR1014::70::98.57143::4.2E-11::+	SAS0976::70::100.0::1.6E-11::+	SAV1040::70::100.0::1.6E-11::+	MW0924::70::100.0::1.9E-11::+	SA0893::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL1048::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00005_O_7	TAAATGGCAATCCAATTAAATCATTCCCGTTTGAAATAACAGAACTTCCAAAAGATACTAAATATCTTGC	30.0	31	96	Mu50	SAV0980	hypothetical protein				SAV0980::70::100.0::1.8E-11::+		SA0840::70::100.0::1.8E-11::+		
5QSA00005_O_8	TGTAATGTTCTATGATCACATTGACAAAAATCACCCATTACAACCACATACAGATGCTGTAGAAGTTTAA	32.86	31	89	Mu50	SAV1091	peptide deformylase	def	SAR1065::70::97.14286::1.1E-10::+	SAS1026::70::98.57143::4.2E-11::+	SAV1091::70::100.0::1.6E-11::+	MW0974::70::98.57143::4.2E-11::+	SA0942::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL1100::70::97.14286::1.1E-10::+
5QSA00005_O_9	AATAGATACAGATGATTTAAAAGGTCGTACGTTAACAGCAGTATTGAACGTGCGCAAAGATTTATCAAAT	32.86	30	98	Mu50	SAV1875	hypothetical protein		SAR1965::70::94.28571::7.5E-10::+	SAS1797::70::94.28571::7.5E-10::+	SAV1875::70::100.0::1.8E-11::+	MW1815::70::94.28571::7.5E-10::+	SA1692::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL1933::70::94.28571::7.5E-10::+
5QSA00005_P_1	TCAGATAATCCTGATTTCAATCCAAATAAGCCTCAATATAAAGGTGCATCCATATTAATTACTGGAGATA	31.43	30	102	MRSA252	SAR2147	3-isopropylmalate dehydratase small subunit	leuD	SAR2147::70::100.0::1.6E-11::+						
5QSA00005_P_10	GGTATTGATGTCGAATTGATTAAATTGAATGGTTCTGTTGAATTAGCTTGTGTCGTAGATATGGTAGACG	35.71	32	82	MSSA476	SAS2564	putative ATP phosphoribosyltransferase		SAR2761::70::97.14286::9.6E-11::+	SAS2564::70::100.0::1.5E-11::+	SAV2679::70::100.0::1.5E-11::+	MW2598::70::100.0::1.5E-11::+	SA2471::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL2703::70::94.28571::6.6E-10::+
5QSA00005_P_11	TAATAATCCATATGCCTATGTGATTCAAGCACTTAGAAAAACATTGAAATTATGTTTGACATCACCAAAA	28.57	30	99	Mu50	SAV2395	similar to nitrate reductase delta chain		SAR2484::70::98.57143::4.0E-11::+	SAS2286::70::98.57143::4.0E-11::+	SAV2395::70::100.0::1.6E-11::+	MW2317::70::98.57143::3.9E-11::+	SA2183::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL2393::70::98.57143::3.9E-11::+
5QSA00005_P_12	GTAAAAAAAGCGGTTAATGAAGCGGTTAAGGTTAACGCTAGACAATCGCCATTGACTGGTGGAGATTCAT	41.43	31	101	Mu50	SAV0890	hypothetical protein				SAV0890::70::100.0::1.5E-11::+				
5QSA00005_P_13	GCCTGGACACTTTGACATTTATGGACCTCAAATTTTAATTCAAGAACTATCTAACTATTACAATCAGGTT	32.86	32	95	Mu50	SAV2697	hypothetical protein		SAR2777::70::90.0::1.3E-8::+	SAS2581::69::89.85507::2.4E-8::+	SAV2697::70::100.0::1.6E-11::+	MW2616::69::89.85507::2.4E-8::+	SA2488::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL2720::69::89.85507::2.4E-8::+
5QSA00005_P_14	TATACAACAATTTCCAGAGAATGATAGCCCTTCTTATATGGTATACAACACTGATATTACAGCATTTATT	30.0	31	82	Mu50	SAVP022	hypothetical protein				SAVP022::70::100.0::1.5E-11::+			VRA0044::70::100.0::1.5E-11::+	
5QSA00005_P_15	ATATTGTTGATGAAACATATGAATATATTTTAACTGTTGTAAAAGCAGGTATGACTGAAAAAGAATTAAA	22.86	32	98	MSSA476	SAS1468	putative peptidase		SAR1607::70::90.0::5.1E-8::+	SAS1468::70::100.0::5.9E-11::+	SAV1529::70::100.0::5.9E-11::+	MW1482::70::100.0::5.9E-11::+	SA1360::70::100.0::5.9E-11::+		SACOL1588::70::98.57143::1.6E-10::+
5QSA00005_P_16	ACCGATCTGTTAAAAATTCTGAAAGACGTGGCATGTTAAAAGGATGCGGCGGTTGCCTTATTTCTTTCAT	40.0	28	94	MSSA476	SAS1719	putative lipoprotein			SAS1719::70::100.0::1.5E-11::+	SAV1799::70::95.71428::2.5E-10::+	MW1737::70::100.0::1.5E-11::+	SA1617::70::95.71428::2.5E-10::+		SACOL1846::70::95.71428::3.2E-10::+
5QSA00005_P_17	CATATACGGACCTCAAATATTAATTCAAGAACTATCTAATCATTACAATCAGGTTGCTAGTCTCAATATC	31.43	31	100	MSSA476	SAS2581	putative DNA-binding protein			SAS2581::70::100.0::1.6E-11::+	SAV2697::70::92.85714::1.7E-9::+	MW2616::70::100.0::1.6E-11::+	SA2488::70::92.85714::1.7E-9::+		SACOL2720::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00005_P_18	AAGGCATCTAACTTTATGGAATCATTACCATTTCTAATTATTGTAGAATTTTTATTTATATACATTCCGT	24.29	31	102	MSSA476	SAS1081	putative succinate dehydrogenase cytochrome b558		SAR1120::70::98.57143::3.8E-11::+	SAS1081::70::100.0::1.5E-11::+	SAV1147::70::100.0::1.5E-11::+	MW1030::70::100.0::1.5E-11::+	SA0994::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1158::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00005_P_19	AAAATCGGTTATATTCGTGTCAGTTCGACTAACCAGAATCCTTCAAGACAATTTCAGCAGTTGAACGAGA	38.57	30	82	pLW043	VRA0036	Tn1546 resolvase							VRA0036::70::100.0::1.6E-11::+	
5QSA00005_P_2	TTTGCATTAACAATGGCACTATCTGGAATTTTGAATCCAGCATTAAAAAATATATTCGATAGAGAAAGAC	30.0	30	108	Mu50	SAV1417	hypothetical protein		SAR1429::70::98.57143::3.8E-11::+	SAS1359::70::98.57143::3.8E-11::+	SAV1417::70::100.0::1.5E-11::+	MW1306::70::98.57143::3.8E-11::+	SA1250::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1452::70::98.57143::3.8E-11::+
5QSA00005_P_20	TCATTGTCGGTTATTATTGGGGTTACATTTTCATATAAATTAAACGAAGGGATAGCTATTTTTATTGGTA	28.57	32	87	MRSA252	SAR0838	putative membrane protein		SAR0838::70::100.0::1.5E-11::+						
5QSA00005_P_21	TTGGTACATTATATCGTCATTTTGAAAGTAAAACATTGTTGTGTCAGGCTATTATGGATAAAAAAGTCGA	30.0	31	92	MRSA252	SAR0097	putative DNA-binding protein		SAR0097::70::100.0::1.6E-11::+						
5QSA00005_P_22	GGAACAAGGAATTGCAGATATTGGTATCGTTGGTAGCGACATTTTAGATGAGCGTCATTACAATGTTAAT	37.14	30	90	MRSA252	SAR2761	putative ATP phosphoribosyltransferase	hisG	SAR2761::70::100.0::1.5E-11::+						
5QSA00005_P_23	GTATGGTGGAAGACCCGAAAAATTAAACAAACAAGATTTAAAATTGCTCAAAACACTTTATGATAATGGT	30.0	30	82	MRSA252	SAR0719	putative resolvase		SAR0719::70::100.0::1.6E-11::+,SAR0686::70::100.0::1.3E-10::-,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::-						
5QSA00005_P_24	AATACTTTGAGTCCTGTTGAATTTCAGAAATTCAGTAAAATTTATGATATTTTAACTGAAGATATGATTA	22.86	32	116	Mu50	SAV0557	similar to deoxypurine kinase		SAR0562::70::98.57143::3.8E-11::+	SAS0515::70::98.57143::3.8E-11::+	SAV0557::70::100.0::1.5E-11::+	MW0512::70::98.57143::3.8E-11::+	SA0515::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL0604::70::98.57143::3.8E-11::+
5QSA00005_P_3	TATATATTAGAGCGATAATTCCAGTATTTCCTTTAGCACTCTATATTTTAATTAACATTCAAGCTTATGG	27.14	31	92	MSSA476	SAS0833	putative membrane protein		SAR0925::70::92.85714::1.7E-9::+	SAS0833::70::100.0::1.6E-11::+	SAV0963::70::100.0::1.6E-11::+	MW0845::70::100.0::1.6E-11::+	SA0824::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL0967::70::98.57143::4.0E-11::+
5QSA00005_P_4	TCATCCAGCATATCGTCCACATTTAGATAGAGATAAAGATAATCGTGCATGTGAACCTGATAAAAATTAA	32.86	31	91	Mu50	SAV1799	hypothetical protein		SAR1879::70::95.71428::2.7E-10::+	SAS1719::70::95.71428::2.5E-10::+	SAV1799::70::100.0::1.5E-11::+	MW1737::70::95.71428::2.5E-10::+	SA1617::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1846::70::95.71428::3.2E-10::+
5QSA00005_P_5	AGAATATAAAAATGATACATTATATGTCAATGGTAAAAAACAAGATGAACCATATTTAAACTATAATTTA	18.57	32	107	MSSA476	SAS0835	signal peptidase Ib		SAR0927::70::97.14286::1.0E-10::+	SAS0835::70::100.0::1.6E-11::+	SAV0965::70::100.0::1.6E-11::+	MW0847::70::100.0::1.6E-11::+	SA0826::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL0969::70::97.14286::1.0E-10::+
5QSA00005_P_6	GAAATGAGTATCGGCGTTATTACAAATGATATATATACAAAAGAAGACGAAAAGATATTAGTAAATTCAG	27.14	31	92	MSSA476	SAS2183	urease accessory protein UreG		SAR2377::70::98.57143::3.8E-11::+	SAS2183::70::100.0::1.5E-11::+	SAV2293::70::100.0::1.5E-11::+	MW2211::70::100.0::1.5E-11::+	SA2087::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL2285::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00005_P_7	CTTTCCCTATAGATTATTTCTATGGTTATTTAAATGAAGTTGCAGGTTGGAACTTAACATTATTCATCGT	30.0	30	93	MSSA476	SAS1013	putative membrane protein		SAR1051::70::97.14286::1.0E-10::+	SAS1013::70::100.0::1.6E-11::+	SAV1077::70::100.0::1.6E-11::+	MW0960::70::100.0::1.6E-11::+	SA0929::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL1086::70::98.57143::4.0E-11::+
5QSA00005_P_8	AATGACCAAAACCAAACAAATAATAACCAATCAAGTAATAATCAAAAATCAAGTTACGTTGCACCATATT	27.14	33	71	Mu50	SAV2368	hypothetical protein			SAS2259::70::95.71428::2.5E-10::+	SAV2368::70::100.0::1.5E-11::+	MW2289::70::95.71428::2.5E-10::+	SA2158::70::100.0::1.5E-11::+		
5QSA00005_P_9	ATATAAAGTTAATGAATACAAATGAAATATTTGATTATATCGCTAATCATAACTGTGCTTTTGATATTCA	21.43	33	152	MSSA476	SAS1405	conserved hypothetical protein		SAR1473::70::98.57143::4.0E-11::+	SAS1405::70::100.0::1.6E-11::+	SAV1462::70::100.0::1.6E-11::+	MW1352::70::100.0::1.6E-11::+	SA1295::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL1502::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00006_A_1	GCGAAACAGATCCAATCACATTAATTAAAATAAAAGATATTTATGAAAGCATGGAAGAAATTGCTGATAA	27.14	31	81	Mu50	SAV0663	putative pit accessory protein		SAR0673::70::98.57143::3.8E-11::+	SAS0628::70::97.14286::9.6E-11::+	SAV0663::70::100.0::1.5E-11::+	MW0625::70::97.14286::9.6E-11::+	SA0618::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL0721::70::97.14286::9.6E-11::+
5QSA00006_A_10	ATCACGTGAAGTGAAGTTCAAACAATTTATTTTTGATCAGTTTATGGTACAGGTATGTTTCTTAGGAGAG	32.86	30	95	Mu50	SAV0180	hypothetical protein		SAR0181::70::98.57143::3.6E-11::+	SAS0155::70::98.57143::3.6E-11::+	SAV0180::70::100.0::1.4E-11::+	MW0154::70::98.57143::3.6E-11::+	SA0174::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0165::70::98.57143::3.6E-11::+
5QSA00006_A_11	AGTATGATGATGAGTATTTAATGGTCGATGTAATAAGCACTTGGCTTGTATACTTTTTTCCATTTATTAA	28.57	30	91	MSSA476	SAS0558	putative membrane protein			SAS0558::70::100.0::1.5E-11::+		MW0554::70::100.0::1.5E-11::+			SACOL0646::70::98.57143::3.8E-11::+
5QSA00006_A_12	TGATAATAAAGGCAATCCATTAGAATATTATTTTGATATAAATATCAAAAATATAACGCAAAAAGGTAAT	20.0	32	120	MSSA476	SAS0636	hypothetical protein		SAR0682::70::97.14286::9.6E-11::+	SAS0636::70::100.0::1.4E-11::+	SAV0671::70::100.0::1.4E-11::+	MW0633::70::100.0::1.4E-11::+	SA0626::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0730::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_A_13	GTTGCAGCAAATGCACAAAATAATGCATCAAATACATCAGACAATAATCAACAATCCAATGATTCAGAAA	31.43	34	56	MSSA476	SAS1126	conserved hypothetical protein			SAS1126::70::100.0::1.5E-11::+	SAV1192::70::98.57143::3.8E-11::+	MW1075::70::100.0::1.5E-11::+	SA1035::70::98.57143::3.8E-11::+		SACOL1205::70::98.57143::3.8E-11::+
5QSA00006_A_14	TGAAAATGGTGCTACAATGCTAGTAACAGGTTCATTTTTCTTTAAACAAGAAGATTATAAAAAAGTCACA	28.57	30	89	Mu50	SAV1222	ribulose-5-phosphate 3-epimerase homolog	cfxE	SAR1198::70::98.57143::3.6E-11::+	SAS1156::70::98.57143::3.6E-11::+	SAV1222::70::100.0::1.4E-11::+	MW1105::70::98.57143::3.6E-11::+	SA1065::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL1235::70::98.57143::3.6E-11::+
5QSA00006_A_15	AGCATTGGGGCTTATTTTGCCCCTAGGAGCGCAAAACGTGTTTGTATTTAATCAAGGTGCTAATCAAAAA	40.0	30	115	MRSA252	SAR2591	putative LysE type translocator		SAR2591::70::100.0::1.5E-11::+						
5QSA00006_A_16	AAATAAATCTAAATTTACATCAAGAAGACGATGGCAGTAATATTTTAACAGAATATGAAAAGAAATTTTC	22.86	31	100	COL	SACOL1798	tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase	trmB	SAR1833::70::100.0::1.4E-11::+	SAS1674::70::98.57143::3.6E-11::+	SAV1748::70::100.0::1.4E-11::+	MW1691::70::98.57143::3.6E-11::+	SA1569::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL1798::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_A_17	AAAGTATACGCTTTTACTTGACACTCAACTTGATAAAAAATTAGTTATTGCCATATGTTGCACCACATTT	30.0	31	82	Mu50	SAV0598	hypothetical protein		SAR0605::70::91.42857::6.6E-9::+	SAS0567::70::92.85714::2.3E-9::+,SAS0560::70::91.42857::6.6E-9::+	SAV0598::70::100.0::1.5E-11::+	MW0562::70::92.85714::2.3E-9::+,MW0556::70::91.42857::6.5E-9::+	SA0555::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL0654::70::92.85714::2.3E-9::+,SACOL0648::70::91.42857::6.5E-9::+
5QSA00006_A_18	AAATTGTTTTTAATGAAGATTATGATGAAGATGGCGTTTACGAAGAGAAACAAGGTAAACAAAACAATTA	27.14	33	108	Mu50	SAV1957	hypothetical protein				SAV1957::70::100.0::1.4E-11::+		SA1768::70::100.0::1.4E-11::+		
5QSA00006_A_19	ATTTTATTTATCGTCTCCCTTTTTGAGACTAAAATTTTTCAATTTATGACTTTAAATTTGTTTTTAGCAT	21.43	33	82	MSSA476	SAS0658	putative membrane protein		SAR0746::70::98.57143::3.7E-11::+	SAS0658::70::100.0::1.5E-11::+	SAV0693::70::100.0::1.5E-11::+	MW0655::70::100.0::1.5E-11::+	SA0648::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL0752::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00006_A_2	ATACGTGATGATGAATAGTAAGTTGTTTAGTCATGTATATATTAAAGATTGTAAAGTAAGGCAATCATTT	25.71	31	95	COL	SACOL0900	pathogenicity island protein				SAV2019::70::91.42857::7.5E-9::+		SA1826::70::91.42857::7.5E-9::+		SACOL0900::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_A_20	GACACCTTCCAATCATGTTGAGCAGTATCAAACTTTTAATTTAAAAGATAACGCATATTTAGAATATGTC	30.0	29	145	Mu50	SAV2294	urease accessory protein	ureD	SAR2378::70::98.57143::1.0E-10::+	SAS2184::70::98.57143::1.0E-10::+	SAV2294::70::100.0::1.4E-11::+	MW2212::70::98.57143::3.6E-11::+	SA2088::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL2286::70::98.57143::1.0E-10::+
5QSA00006_A_21	TATTCAGTATTATATTTTATATAGTATTACAGATTATCGATAGTTATTATGACAGTGATTTTACATTAAT	18.57	36	105	MSSA476	SAS2234	putative membrane protein		SAR2428::70::98.57143::3.6E-11::+	SAS2234::70::100.0::1.5E-11::+	SAV2342::70::100.0::1.5E-11::+	MW2263::70::100.0::1.5E-11::+	SA2133::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL2338::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_A_22	TAATAAAAAGTCTGTACGTAAATATATCTTTGACTCAGCTAACATGACAAATCATGGTGGCGACGGTGAA	35.71	30	73	Mu50	SAV1957	hypothetical protein		SAR2054::70::92.85714::2.7E-9::+,SAR2031::70::92.85714::1.5E-8::-		SAV1957::70::100.0::1.4E-11::+		SA1768::70::92.85714::2.7E-9::+		
5QSA00006_A_23	CCAACAGATGTAGAAGTTCTAGATGAACAAAAAGGTAAAGATAAACAATTAACATTAATTACTTGTGATG	28.57	31	76	Mu50	SAV2528	sortase	srtA	SAR2608::70::98.57143::3.7E-11::+	SAS2414::70::98.57143::3.7E-11::+	SAV2528::70::100.0::1.5E-11::+	MW2448::70::98.57143::3.7E-11::+	SA2316::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL2539::70::97.14286::9.5E-11::+
5QSA00006_A_24	TTAGTTTGTTGTTATTTCTACTTTATACTTTGTATGATTTTAATCGTTTAAAAAGAGGTGACTATTCACC	25.71	31	94	MSSA476	SAS0631	putative membrane protein		SAR0676::70::98.57143::3.6E-11::+	SAS0631::70::100.0::1.4E-11::+	SAV0666::70::98.57143::3.6E-11::+	MW0628::70::100.0::1.4E-11::+	SA0621::70::98.57143::3.6E-11::+		SACOL0724::70::98.57143::3.6E-11::+
5QSA00006_A_3	AAAACTGGAAAATTATTAACAATAATCAATAAAATATCAAGCATAATAATTATTATTGTTGCTCTAATGA	18.57	35	126	Mu50	SAV0825	similar to transporter, LysE family		SAR0857::70::97.14286::9.6E-11::+	SAS0766::70::95.71428::2.4E-10::+	SAV0825::70::100.0::1.5E-11::+	MW0779::70::95.71428::2.4E-10::+	SA0753::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL0870::70::97.14286::9.6E-11::+
5QSA00006_A_4	CGTGAATTGGGCCGTTATTTATTTAAAAATACAGACTTAATGAGAGATAGTAACGATAATAGTCTAAAGA	30.0	31	89	COL	SACOL1851	hypothetical protein								SACOL1851::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_A_5	AGATAATATTCCTAAGGATAGTAAATATGTCGTAACTTGTACGCATGAAAGTTATAACGAAGTTATTATG	28.57	31	122	Mu50	SAV1727	acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase-like		SAR1804::70::98.57143::3.8E-11::+	SAS1653::70::98.57143::3.8E-11::+	SAV1727::70::100.0::1.5E-11::+	MW1669::70::98.57143::3.8E-11::+	SA1548::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1776::70::98.57143::3.8E-11::+
5QSA00006_A_6	ATGGTTTATGTGGTGATGAACAACAAGTTATTCGGTCATGTATATATTAAAGATTGTAAGGTGAGGAAGT	32.86	31	71	MRSA252	SAR0377	hypothetical protein		SAR0377::70::100.0::1.4E-11::+						
5QSA00006_A_7	GCAAAGACTAGAAAAGAATATAGAGATATTTATGTTGGTCAATATTTAGGGTCTATTATTTTAATATTAG	24.29	33	116	N315	SAP005	CadD	cadD					SAP005::70::100.0::1.5E-11::+		
5QSA00006_A_8	GTTAGGGGCAATTTTAGCTAGTTTGTTTAATGCTACTTTTGTAAATACGGTATATGTAATAATCGCCATA	31.43	31	83	MRSA252	SAR0048	putative membrane protein (fragment)		SAR0048::70::100.0::1.4E-11::+		SAV0049::70::100.0::1.4E-11::+		SA0046::70::100.0::1.4E-11::+		
5QSA00006_A_9	AACTGTAATTAATAAAGTTTACCATAGATTAGTAAAAGATTATGATGTCATTATGACAAGAGAACCGGGC	30.0	31	87	MSSA476	SAS0439	putative thymidylate kinase		SAR0483::70::97.14286::9.6E-11::+	SAS0439::70::100.0::1.5E-11::+	SAV0482::69::95.652176::4.1E-10::+	MW0437::70::100.0::1.5E-11::+	SA0440::69::95.652176::4.1E-10::+		SACOL0524::69::95.652176::4.1E-10::+
5QSA00006_B_1	ATTTTCTTGGACAGCTAAATCTAGTGAACTAATAGAAAGAAAAAGATTGATGTGGGGAAGTTTATTATTT	28.57	31	86	MSSA476	SAS2285	putative nitrate reductase gamma chain		SAR2483::70::90.0::2.6E-8::+	SAS2285::70::100.0::1.4E-11::+	SAV2394::70::98.57143::4.4E-11::+	MW2316::70::100.0::1.4E-11::+	SA2182::70::98.57143::4.4E-11::+		SACOL2392::70::97.14286::1.3E-10::+
5QSA00006_B_10	GTATTTTAGCTACAGGTGTAAATACTGTAACGGAACAACCGGTGCATGCCGAAAATAAACATGTTCAAGT	38.57	31	92	MRSA252	SAR0423	exotoxin		SAR0423::70::100.0::1.9E-11::+						
5QSA00006_B_11	TTATATAAATCAAATAAAACAATGGTATAACGATAATTTAGAACAAGATTACCATGCAACTATTACAGTG	24.29	30	84	MSSA476	SAS0637	LysR family regulatory protein		SAR0683::70::100.0::4.1E-11::+	SAS0637::70::100.0::4.1E-11::+	SAV0672::70::100.0::1.5E-11::+	MW0634::70::100.0::4.1E-11::+	SA0627::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL0731::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00006_B_12	AACGTGACGCAATTAAAAGAACGTTATCAAGTAAGTAAGAGTACTATCATTAAAGCATTAGGCTTATTGG	32.86	30	84	Mu50	SAV0264	hypothetical protein		SAR0262::70::98.57143::5.6E-11::+	SAS0241::70::98.57143::5.6E-11::+	SAV0264::70::100.0::1.9E-11::+	MW0240::70::98.57143::5.6E-11::+	SA0254::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL0249::70::98.57143::5.6E-11::+
5QSA00006_B_13	TATCAGCATTGTTATACTTATTGTTAATTATTTTAAACAGCTCAATAAAATAAATACTAGAAAATTTAAA	17.14	33	120	Mu50	SAV1932	hypothetical protein		SAR2024::70::97.14286::1.4E-10::+	SAS1856::70::98.57143::4.6E-11::+	SAV1932::70::100.0::1.5E-11::+	MW1873::70::98.57143::4.6E-11::+	SA1746::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1995::70::98.57143::4.6E-11::+
5QSA00006_B_14	TTTAAAAAAACAGATTATCGATATCAGTAGTAAAGTACAAGCATTAACCCAAAAATATAGAGATATTGAC	25.71	32	77	Mu50	SAV0417	hypothetical protein		SAR0412::70::97.14286::1.6E-10::+		SAV0417::70::100.0::1.9E-11::+		SA0378::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL0463::70::97.14286::1.6E-10::+
5QSA00006_B_15	CATGAAACATTAATCAAAGCATCTAACCACCAATATTTAAACTCATTTTGGAGTCATTTAAAACCAGTAA	28.57	31	83	Mu50	SAV2507	gluconate operon transcriptional repressor	gntR	SAR2584::70::97.14286::1.4E-10::+	SAS2392::70::97.14286::1.4E-10::+	SAV2507::70::100.0::1.5E-11::+	MW2425::70::97.14286::1.4E-10::+	SA2295::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL2516::70::97.14286::1.4E-10::+
5QSA00006_B_16	GATAAAAATAGAAAATTCACAAGAGTACAGATATTTGGTAAAGATATTGAAAGATTTAAAGCACGCAAAA	25.71	31	78	Mu50	SAV0425	exotoxin 10	set10			SAV0425::70::100.0::1.9E-11::+		SA0386::70::100.0::1.9E-11::+		
5QSA00006_B_17	ATTAATGATATCAACGATATGAAATTAGACTGTAAAGATGAATTTATTAAGATAGATGAAGATAAATGCT	22.86	34	94	Mu50	SAV2531	putative beta-subunit of L-serine dehydratase		SAR2611::70::98.57143::4.6E-11::+	SAS2417::70::98.57143::4.6E-11::+	SAV2531::70::100.0::1.5E-11::+	MW2452::70::98.57143::4.6E-11::+	SA2319::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL2545::70::98.57143::4.6E-11::+
5QSA00006_B_18	CGCCTATTTATATCACTCAAATGCTAGAAGCGTTACTGGAACTATACAGAAAGTTAATGGTGCTTGGTAT	37.14	30	83	Mu50	SAV1280	putative 3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase		SAR1256::70::95.71428::4.7E-10::+	SAS1214::70::97.14286::1.6E-10::+	SAV1280::70::100.0::1.9E-11::+	MW1163::70::97.14286::1.6E-10::+	SA1123::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL1299::70::97.14286::1.6E-10::+
5QSA00006_B_19	CACTAAAAGAACTTGATTTTAAATTAAGAAAGCAATTAATTAGTCAAAGTGGCTTGTATTCAAATGGTCT	27.14	32	103	MSSA476	SAS0384	exotoxin			SAS0384::70::100.0::1.5E-11::+		MW0382::70::100.0::1.5E-11::+			
5QSA00006_B_2	ACAATCATCATCTTGTTCGTCTTTTTATTACTACTTATTGTGCGTTATTTAATACATAAATTTAAACCAA	24.29	31	80	Mu50	SAV1886	hypothetical protein		SAR1976::70::95.71428::4.6E-10::+	SAS1808::70::98.57143::5.5E-11::+	SAV1886::70::100.0::1.9E-11::+	MW1826::70::98.57143::5.5E-11::+	SA1702::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL1944::70::95.71428::4.6E-10::+
5QSA00006_B_20	TGAAATATTTATTACAACTTACGTATTAAAATTAGCTTCAACAGTTTTCAATGTACCATTTGGATATATT	22.86	31	127	Mu50	SAV1432	similar to transporter		SAR1445::70::97.14286::1.6E-10::+	SAS1375::70::98.57143::5.6E-11::+	SAV1432::70::100.0::1.9E-11::+	MW1321::70::98.57143::5.6E-11::+	SA1265::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL1468::70::98.57143::5.6E-11::+
5QSA00006_B_21	ATATACTGATGAGGGTAAACACTATTTAGAAGTCACAGTAGGGCAACAGCATTCTCGAATCACTTTACTT	37.14	30	77	COL	SACOL0468	exotoxin 3, putative								SACOL0468::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00006_B_22	TTAGTCCCTATATTAATGTTAACGGCGAAAAATGATGAGTTTGATCGGGTATTAGGTTTAGAATTAGGTG	34.29	31	85	Mu50	SAV1693	alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein	phoP	SAR1772::70::98.57143::5.5E-11::+	SAS1621::70::98.57143::5.6E-11::+	SAV1693::70::100.0::1.9E-11::+	MW1637::70::98.57143::5.6E-11::+	SA1516::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL1740::70::98.57143::5.6E-11::+
5QSA00006_B_23	TTGAAATTAAGAAAGGTAATGAAGAACCACAAAATAGTCTGTATCAAATTTATAAAGAAAATATCTCATT	22.86	33	102	MRSA252	SAR0422	exotoxin		SAR0422::70::100.0::1.5E-11::+						
5QSA00006_B_24	TTAAGGTTCATGGTAAAGATAGCCCCTTAAAGTATTGGCCAAAGTTCGATAAAAAACAATTAGCTATATC	32.86	29	81	Mu50	SAV2011	toxic shock syndrome toxin-1	tst			SAV2011::70::100.0::1.9E-11::+		SA1819::70::100.0::1.9E-11::+		
5QSA00006_B_3	TATTATAATAGACCGTTCTTTGAGTATACAAATCAGTCAGGATATAAAGAGGAAGGAAAAGTGACGTTTA	31.43	30	91	COL	SACOL0478	exotoxin 3, putative								SACOL0478::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_B_4	ACCAAGGTTCAGATGTACAATCAGTAAGCTACAATGCACAATCAAGTAACTCAAACGTTGAAGCTGTTTC	38.57	30	83	Mu50	SAV2569	immunodominant antigen A	isaA	SAR2650::70::98.57143::5.5E-11::+	SAS2455::70::98.57143::5.5E-11::+	SAV2569::70::100.0::1.9E-11::+	MW2490::70::98.57143::5.5E-11::+	SA2356::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL2584::70::98.57143::5.5E-11::+
5QSA00006_B_5	TATCATTCCGGTATTTTTTGGACATGTTGTAGGATTATTAATACCTAAGTCGTGGATGGATGCTGCCGGT	40.0	30	95	MRSA252	SAR2483	putative nitrate reductase gamma chain	narI	SAR2483::70::100.0::1.4E-11::+						
5QSA00006_B_6	TCAATTGTGGGCGTTTGTTGCGCCTGGTTTGCATAATAATGAGCGCCAATTTATTTATAAATATAGCTTT	35.71	31	78	MSSA476	SAS0322	putative Sec-independent protein translocase protein			SAS0322::70::100.0::1.9E-11::+		MW0322::70::100.0::1.9E-11::+			
5QSA00006_B_7	TTCAAAATTTTAAACTAATTCATAATAATACTATTTTAGAAAATATAAGTATGCCACTGGTATATACAAA	18.57	32	110	MSSA476	SAS0173	ABC transporter, ATP-binding protein			SAS0173::70::100.0::1.5E-11::+	SAV0198::70::100.0::1.5E-11::+	MW0172::70::100.0::1.5E-11::+	SA0192::70::100.0::1.5E-11::+		
5QSA00006_B_8	CGATCTTATAGATACATATTCTTTGAAACATTATCGTAAATATATTTATTTTGCTTGCTTTGTGCTGGCG	30.0	30	90	MRSA252	SAR0343	putative Sec-independent protein translocase protein		SAR0343::70::100.0::1.9E-11::+						
5QSA00006_B_9	GGTAAAGATTATATAGATGTTATAGTAGACAATCAATATTCTCAAATTTCTTTAGTTGGATCTGATAAAG	25.71	32	105	Mu50	SAV0422	exotoxin 6	set6			SAV0422::70::100.0::1.5E-11::+		SA0382::70::100.0::1.5E-11::+		
5QSA00006_C_1	ATTGTGGAATAAAGTCAATCCATCCTTCGCGCTAAAATTTAACCATAGTATAATAAATAATAGTAGTTAA	27.14	31	75	N315	SA0761	hypothetical protein	truncated-SA					SA0761::70::100.0::1.5E-11::+		
5QSA00006_C_10	AATATGAGCTATCGCAATGGCAAAAACGATCATGTCACTTTATCTTTAGAAGGTCAAATTGTCAGGGATG	37.14	31	101	Mu50	SAV2089	hypothetical protein		SAR2178::70::98.57143::3.6E-11::+	SAS1993::70::98.57143::3.6E-11::+	SAV2089::70::100.0::1.4E-11::+	MW2012::70::98.57143::3.6E-11::+	SA1892::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL2080::70::98.57143::3.6E-11::+
5QSA00006_C_11	CTGTAGAAAATATTGAAGAGTATTTTCCATTACCTGAACACTTAACATCGACACATAATAGCGACATATT	31.43	30	82	Mu50	SAV1339	LexA repressor	lexA	SAR1349::70::95.71428::2.4E-10::+	SAS1279::70::95.71428::2.4E-10::+	SAV1339::70::100.0::1.5E-11::+	MW1226::70::95.71428::2.4E-10::+	SA1174::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1374::70::95.71428::2.4E-10::+
5QSA00006_C_12	TCGGAAAATTTCTAAGTCAAAGTTTTTTGAATAGTAATAATGTAATAAAGCAAGAGATTATAAAAATTAT	20.0	33	94	Mu50	SAV2211	hypothetical protein				SAV2211::70::100.0::1.4E-11::+		SA2012::70::100.0::1.4E-11::+		
5QSA00006_C_13	CATTTTATAAAGTTGAAGGCTTTTTTTATTCTCATATTGATAATGCTTTAAATTTGGTTGATGCATATAC	24.29	34	98	MSSA476	SAS1346	putative membrane protein		SAR1417::70::98.57143::3.7E-11::+	SAS1346::70::100.0::1.5E-11::+	SAV1405::70::100.0::1.5E-11::+	MW1293::70::100.0::1.5E-11::+	SA1237::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1440::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_C_14	ATTAAATCACTTAATGTTAAACAAGGTGACAAACTCGATAAAGGTGACAAAGTAGCAACTGTTACTGTAC	32.86	31	83	MSSA476	SAS2244	putative exported protein			SAS2244::70::100.0::1.4E-11::+	SAV2353::70::100.0::1.4E-11::+	MW2274::70::100.0::1.4E-11::+	SA2143::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL2348::70::98.57143::3.6E-11::+
5QSA00006_C_15	GTGATTATGAAACGCTAGTTGATTCTATTCAAGATAAAATATTTGAATTAGAAGGCGATTTACCTTTATT	27.14	31	117	MSSA476	SAS1483	metallo-beta-lactamase superfamily protein		SAR1622::70::98.57143::3.7E-11::+	SAS1483::70::100.0::1.5E-11::+	SAV1545::70::100.0::1.5E-11::+	MW1497::70::100.0::1.5E-11::+	SA1375::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1602::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00006_C_16	TAGAATTAACCAATCTAAATTATCTGATTGGGCTTCCTATATGCATCGAGTAACTAAGAATCATCCAATG	32.86	30	91	Mu50	SAV0858	hypothetical protein				SAV0858::70::100.0::1.4E-11::+				
5QSA00006_C_17	GTAAGTACATTATTTATTATTAATGAAGATAACGATTTTGTTGGTGTGTGTTCAAGAAAAGATTTATTAA	22.86	34	96	MSSA476	SAS1502	putative DNA-binding protein (pseudogene)		SAR1641::70::100.0::1.4E-11::+	SAS1502::70::100.0::1.4E-11::+	SAV1564::70::100.0::1.5E-11::+	MW1516::70::100.0::1.7E-11::+	SA1393::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1621::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00006_C_18	TAAGCCTATTTTAGATTTCTATGATCAAAAAGGTGTATTGAAAAATATTGATGGTTCAAAAGATATTAGC	25.71	32	103	MSSA476	SAS2120	adenylate kinase		SAR2314::70::98.57143::3.6E-11::+	SAS2120::70::100.0::1.4E-11::+	SAV2229::70::100.0::1.4E-11::+	MW2148::70::100.0::1.4E-11::+	SA2027::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL2218::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_C_19	AAGGTATTTTCGCTTTAGAAAATAAGGTATTACGTGATATGATGGATGTTAAAATATATGTTGATACAGA	27.14	31	93	MSSA476	SAS1547	uridine kinase		SAR1690::70::100.0::1.5E-11::+	SAS1547::70::100.0::1.5E-11::+	SAV1611::70::100.0::1.5E-11::+	MW1561::70::100.0::1.5E-11::+	SA1439::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1666::70::98.57143::3.7E-11::+
5QSA00006_C_2	GATATTTCTATTGGTAATGAAGTGGAAATTGTATCGAAAGATGAAATGAATAAAGTAATTATCATTAAAC	24.29	35	78	MSSA476	SAS0600	putative metalloregulator		SAR0644::70::97.14286::9.6E-11::+	SAS0600::70::100.0::1.4E-11::+	SAV0634::70::100.0::1.4E-11::+	MW0596::70::100.0::1.4E-11::+	SA0590::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0691::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_C_20	GTCTACAATTAAAAATCAACCAGTGACATCTGAAACACCGGAAAAAGCGTGTACATCTGAAACACCGAAA	38.57	31	53	COL	SACOL2338	hypothetical protein		SAR2428::69::92.753624::4.9E-9::+						SACOL2338::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_C_21	CAACGTAATAATCTGTCATTAGAAGATGCGAAAGCACGTGTCTATAGCCAAATTTCTATTGATAAAAAAA	31.43	30	102	Mu50	SAV1688	dephospho-CoA kinase		SAR1767::70::95.71428::2.4E-10::+	SAS1616::70::98.57143::3.7E-11::+	SAV1688::70::100.0::1.5E-11::+	MW1631::70::98.57143::3.7E-11::+	SA1511::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1735::70::98.57143::3.7E-11::+
5QSA00006_C_22	CACAAAAAGGTACAATTGCTAAATTAGATGGCATGGAAGGTTCTATGGTACAAGCAGGCAATCCAATTGC	40.0	30	91	MRSA252	SAR2438	putative exported protein		SAR2438::70::100.0::1.4E-11::+						
5QSA00006_C_23	GAAATTAAAGTTTTGGTATTAACAAGTTATGTTGATGATGAACATGTAATTTCAGCAATCAATAAAGGTG	27.14	30	106	Mu50	SAV1848	two-component response regulator homolog		SAR1939::70::98.57143::3.7E-11::+	SAS1769::70::98.57143::3.7E-11::+	SAV1848::70::100.0::1.5E-11::+	MW1789::70::98.57143::3.7E-11::+	SA1666::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1905::70::98.57143::3.7E-11::+
5QSA00006_C_24	CAAATAATGAAATTTCTTTAGCCGAAGCAAAAACACAACTTGAAAAAATATATGTTGCTAAGCGTGACAG	31.43	31	88	Mu50	SAV0586	hypothetical protein		SAR0591::70::97.14286::2.2E-10::+	SAS0544::70::97.14286::2.2E-10::+	SAV0586::70::100.0::1.4E-11::+	MW0541::70::97.14286::1.0E-10::+	SA0543::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0632::70::97.14286::2.2E-10::+
5QSA00006_C_3	TAAGAATTTCTGTAGGTATTGAAGATACTGAAGATTTAGTCGATGATTTAAAACAAGCACTAGATACGCT	31.43	30	83	Mu50	SAV0460	cystathionine gamma-synthase homolog	yrhB	SAR0460::70::97.14286::4.4E-10::+	SAS0418::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV0460::70::100.0::6.4E-11::+	MW0415::70::98.57143::1.7E-10::+	SA0419::70::100.0::6.4E-11::+		SACOL0503::67::100.0::3.2E-10::+
5QSA00006_C_4	TTGAAAAATCAAACGTTATTCGTTATTTAACATTAAATGTTGTAGCTGGGTATTCAATGGTACTACTTGT	28.57	32	100	MRSA252	SAR0288	putative membrane protein		SAR0288::70::100.0::1.4E-11::+						
5QSA00006_C_5	ATATAAAGAAGCAGGAAAGCCTACTTATCCTCATGAAAATTTATATCGAGGACGTAATCATAGTATTTCA	31.43	31	125	MW2	MW0047	hypothetical protein					MW0047::70::100.0::1.5E-11::+			
5QSA00006_C_6	GATTCGCAAAATAGTATTCAATGAAGAGTATGATGAAGACGGTGTTTATAAAGAAACTCAAGGTAAACAA	31.43	30	71	MRSA252	SAR2054	hypothetical phage protein		SAR2054::70::100.0::1.4E-11::+,SAR2031::70::100.0::1.3E-10::-						
5QSA00006_C_7	ACATCAGTTATGACCATGAGTATGTTGGGCTATTTATTATATTACTAGGTGTTGTACTTCTTAAAGTTTT	30.0	31	84	MRSA252	SAR1863	putative membrane protein		SAR1863::70::100.0::1.5E-11::+						
5QSA00006_C_8	AAGGTCATTACTTCATTCAAATCCAGATTTTATAATCAATGATCCATCAGAAATTAATACAGTATTATAA	24.29	32	106	Mu50	SAV0572	hypothetical protein		SAR0576::70::98.57143::3.6E-11::+	SAS0530::70::98.57143::3.6E-11::+	SAV0572::70::100.0::1.4E-11::+	MW0527::70::98.57143::3.6E-11::+	SA0530::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0619::70::94.28571::9.9E-10::+
5QSA00006_C_9	TCCAATGAGAAAATACAAAGTCGTATTAACGAAGCGCGTAAAGAAGTTGAAATGATGAATTTATACGATT	31.43	32	90	Mu50	SAV1209	guanylate kinase homolog	gmk	SAR1185::70::94.28571::7.4E-10::+	SAS1143::70::97.14286::9.5E-11::+	SAV1209::70::100.0::1.5E-11::+	MW1092::70::97.14286::9.5E-11::+	SA1052::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1221::70::97.14286::9.5E-11::+
5QSA00006_D_1	AGGTTTATAGATTTCGAAAAAGAAAGTGCACGGAAATATAAAAAAATATATGCTCGATTTTTAGTTATTA	24.29	32	91	Mu50	SAV0295	hypothetical protein			SAS0270::70::94.28571::1.2E-9::+	SAV0295::70::100.0::1.5E-11::+	MW0270::70::94.28571::1.2E-9::+	SA0283::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL0283::70::95.71428::4.1E-10::+,SACOL0290::70::91.42857::9.4E-9::+
5QSA00006_D_10	TCATTTTACCTATATTAATTGTTAGTTTATCGGTAATTTTAGTGAGTTGTAATAATAACGATTCAGAACA	24.29	30	94	Mu50	SAVP006	hypothetical protein				SAVP006::70::100.0::1.9E-11::+				
5QSA00006_D_11	ATAGGTTGGACAGTATTTATTTTATTATGGGGAACAACACTTTGGGGTATTTTATATAAATCCATAGCTG	31.43	32	87	MSSA476	SAS2071	putative membrane protein			SAS2071::70::100.0::1.5E-11::+	SAV2170::70::97.14286::1.4E-10::+	MW2096::70::100.0::1.5E-11::+	SA1973::70::97.14286::1.4E-10::+		SACOL2160::70::97.14286::1.4E-10::+
5QSA00006_D_12	CATCAAAAGTTCACTAGAATACAAATTTTTGGTAAAGATATAGAAAGATTTAAAGCACGCAAAAATCCGG	30.0	31	87	MSSA476	SAS0388	exotoxin 3			SAS0388::70::100.0::1.9E-11::+		MW0386::70::100.0::1.9E-11::+			
5QSA00006_D_13	ATCTTTATTATTTTGCAGCTGTACAAAACCATTATGATTTATTTAATTATTGGTTGATGGGTTCGATTTC	27.14	33	94	COL	SACOL0283	hypothetical protein			SAS0270::70::92.85714::3.4E-9::+	SAV0295::70::94.28571::1.2E-9::+	MW0270::70::92.85714::3.4E-9::+	SA0283::70::94.28571::1.2E-9::+		SACOL0283::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00006_D_14	GATTCAGCTAGAAGACAACCTGAGCAAACTGAAACATACGTCAAAGGTTCAGTCGTTGGGTTCTTTACAC	42.86	29	132	MSSA476	SAS2105	conserved hypothetical protein		SAR2296::70::92.85714::3.7E-9::+	SAS2105::70::100.0::1.9E-11::+	SAV2206::70::94.28571::1.3E-9::+	MW2131::70::100.0::1.9E-11::+	SA2007::70::94.28571::1.3E-9::+		SACOL2198::70::94.28571::1.3E-9::+
5QSA00006_D_15	ATTATCGAATATATATTGGTGCCCAATGTCGTAGAATCCAAGTTTGTCATAATGGTAAGTATCATTATTA	30.0	31	91	COL	SACOL0290	hypothetical protein								SACOL0290::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00006_D_16	AATATTGCTGATGCCAATCGTATCAACGTCTTTAAGACTAATGGTTTCTCTAAAAGTTTAGGTGAACACC	35.71	29	78	COL	SACOL0249	transcriptional regulator, GntR family			SAS0241::70::97.14286::1.6E-10::+	SAV0264::70::97.14286::1.6E-10::+	MW0240::70::97.14286::1.6E-10::+	SA0254::70::97.14286::1.6E-10::+		SACOL0249::70::100.0::1.9E-11::+
5QSA00006_D_17	AAAAAGGTGATCAGACGATTTTCCTGTCCAAAACAGAAATGATTATATTAGAAATTCTTATTACCAAAAA	27.14	31	96	COL	SACOL0716	DNA-binding response regulator		SAR0669::70::94.28571::1.1E-9::+	SAS0624::70::92.85714::3.2E-9::+	SAV0659::70::92.85714::3.2E-9::+	MW0621::70::92.85714::3.2E-9::+	SA0614::70::92.85714::3.2E-9::+		SACOL0716::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00006_D_18	TGAAGATATTGAAATACTAAAATCCAAAGCATTAAAGATTAATAATGTGTTGAAACAATTAATGGATGCT	24.29	32	97	MSSA476	SAS1002	putative phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase			SAS1002::70::100.0::1.9E-11::+	SAV1066::70::100.0::1.9E-11::+	MW0949::70::100.0::1.9E-11::+	SA0918::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL1075::70::100.0::1.9E-11::+
5QSA00006_D_19	TATTAAAGATATGAAAAAATCACAAAAATACGAAGAAAAAGCAGGCTTAACACCTAATAAATTAGATGAG	25.71	31	57	MSSA476	SAS0647	putative exported protein		SAR0735::70::97.14286::1.4E-10::+	SAS0647::70::100.0::1.5E-11::+	SAV0682::70::100.0::1.5E-11::+	MW0644::70::100.0::1.5E-11::+	SA0637::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL0742::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00006_D_2	TGCTGACCCAGGCGCTACAAATACTGATTTAGTTGGTGATTTTAGTAATAATTCCAAACACGTTTCTGAA	37.14	30	84	Mu50	SAV2579	putative short chain oxidoreductase		SAR2659::70::92.85714::3.7E-9::+	SAS2465::70::98.57143::5.6E-11::+	SAV2579::70::100.0::1.9E-11::+	MW2499::70::98.57143::5.6E-11::+	SA2365::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL2594::70::98.57143::5.6E-11::+
5QSA00006_D_20	GCAAATCGTATCAATGTTTTTAAGACCAATGGTTTTTCTAAAAGTTTAGGCGAACATCGAATGACAAGTA	32.86	32	121	MRSA252	SAR0262	GntR family regulatory protein		SAR0262::70::100.0::1.9E-11::+	SAS0241::70::91.42857::1.0E-8::+	SAV0264::70::91.42857::1.0E-8::+	MW0240::70::91.42857::1.0E-8::+	SA0254::70::91.42857::1.0E-8::+		
5QSA00006_D_21	AGAAAATACTGTAGCACAATTAGATCATGCAGTGAATAGACTACATGAAAAGATAAACCTTAATAAAGAG	30.0	31	83	pLW043	VRA0011	TraD	traD						VRA0011::70::100.0::1.5E-11::+	
5QSA00006_D_22	AAAGAAGTAGGTGCAGGTGTTTCTGTGCATGTTAAAAGATACTACATTTATAAGGAAGAGATTTCGCTGA	35.71	30	67	MRSA252	SAR0427	exotoxin 3	set3	SAR0427::70::100.0::1.9E-11::+						
5QSA00006_D_23	TAAATATAGAGGGATGAAGACTCAAGTATTATTGCCTGGAGATGAGTACCGTAAATATCAACAGCGAAGA	37.14	30	75	MRSA252	SAR0431	exotoxin 4	set4	SAR0431::70::100.0::1.5E-11::+						
5QSA00006_D_24	CTGAATATTGCGACAGATAAAGATATTGAAACATTAAAAACGAAAGCGCTAGAAATTAATCAAGTATTAA	27.14	31	83	MRSA252	SAR1040	putative phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase	purC	SAR1040::70::100.0::1.9E-11::+						
5QSA00006_D_3	AAATCAAAAGTCAGTAAATAAACATGACAAGGAGGCACTATACCGATACTACACTGGAAAGACTATGGAA	35.71	31	69	Mu50	SAV0429	exotoxin 14	set14		SAS0393::70::97.14286::1.4E-10::+	SAV0429::70::100.0::1.5E-11::+	MW0391::70::97.14286::1.4E-10::+	SA0390::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL0474::70::97.14286::1.4E-10::+
5QSA00006_D_4	TAGAAGGAACAGCTACAATTAATGAATTGTTAGAACATGGGAATTTAGGGATTGCAACGTTAACAGGGTC	37.14	30	100	Mu50	SAV2601	similar to alpha-acetolactate decarboxylase		SAR2679::70::98.57143::5.6E-11::+	SAS2486::70::98.57143::5.6E-11::+	SAV2601::70::100.0::1.9E-11::+	MW2520::70::98.57143::5.6E-11::+	SA2394::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL2617::70::98.57143::5.6E-11::+
5QSA00006_D_5	GTGAATATTATAAAGGGAGAGGATTTGAATTAACAAATGTAACAGGATATAAATACGGAAATAAAGTTAC	27.14	32	76	Mu50	SAV0433	exotoxin 15	set15			SAV0433::70::100.0::1.5E-11::+		SA0393::70::100.0::1.5E-11::+		
5QSA00006_D_6	ATTGAAGGTAATATTATTAGAGAACATTACAATCAAAATGGAGATGTATATCGTTATTTTAATAAAGAGC	24.29	32	94	Mu50	SAV2631	transcriptional regulator		SAR2710::70::98.57143::5.6E-11::+	SAS2517::70::98.57143::5.6E-11::+	SAV2631::70::100.0::1.9E-11::+	MW2552::70::98.57143::5.6E-11::+	SA2424::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL2653::70::98.57143::4.8E-11::+
5QSA00006_D_7	CAAAAGAAGAATTACATGAAGCTGATATTATTTTAAATAGTGCGGCAGATATTTTAGAAGCTTTAAATTA	25.71	32	116	MSSA476	SAS0513	haloacid dehalogenase-like hydrolase		SAR0560::70::98.57143::4.7E-11::+	SAS0513::70::100.0::1.5E-11::+	SAV0555::70::100.0::1.5E-11::+	MW0510::70::100.0::1.5E-11::+	SA0513::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL0602::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00006_D_8	ATTGGCTTAAAGAGATGGCACATACATTTCCAGGTCGTATTTATCTGTCAGTTGATGCTTATGGAGAAGA	38.57	29	79	Mu50	SAV2674	1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino) methylideneamino imidazole-4-carboxamide isomerase		SAR2756::70::92.85714::3.7E-9::+	SAS2559::70::92.85714::3.7E-9::+	SAV2674::70::100.0::1.9E-11::+	MW2593::70::92.85714::3.7E-9::+	SA2466::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL2698::70::92.85714::3.7E-9::+
5QSA00006_D_9	ACTTTGAATTATGAGGTTTACAAATACAATACCAATGACACGTCAATTGCTAATGACTATTTTAATAAAC	27.14	31	138	MSSA476	SAS1065	putative surface anchored protein		SAR1104::70::98.57143::4.7E-11::+	SAS1065::70::100.0::1.5E-11::+	SAV1131::70::100.0::1.5E-11::+	MW1013::70::100.0::1.5E-11::+	SA0978::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1141::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00006_E_1	ATATCAAAAATAATATGCAACGTTATATTAGTATCAATCATTCTATCGGAGGCGTTCCAGAGATGTATTT	30.0	29	102	Mu50	SAV2375	hypothetical protein		SAR2464::70::97.14286::9.5E-11::+	SAS2267::70::97.14286::9.5E-11::+	SAV2375::70::100.0::1.5E-11::+	MW2297::70::97.14286::9.5E-11::+	SA2165::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL2374::70::97.14286::9.5E-11::+
5QSA00006_E_10	TACGCTCTGCTTTAGATAAAACTAAGATTTCACAAACAACATGGTTATCTTCAACTGGTTTCACTGGTGA	35.71	30	78	Mu50	SAV2337	hypothetical protein		SAR2423::70::98.57143::3.5E-11::+	SAS2229::70::98.57143::3.5E-11::+	SAV2337::70::100.0::1.4E-11::+	MW2257::70::98.57143::3.5E-11::+	SA2128::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL2330::70::98.57143::3.5E-11::+
5QSA00006_E_11	TAGTCTAGCAAATACACATTTGGAACAACCCCAAAAATACAAGGCACATTTTAAAAAAATACCAATCGAA	31.43	31	62	MRSA252	SAR0078	hypothetical protein		SAR0078::70::100.0::1.5E-11::+		SAV0080::70::100.0::1.5E-11::+		SA0076::70::100.0::1.5E-11::+		
5QSA00006_E_12	GAAACTAAAATTTTAATATTAACCATGTTTGATGATGAGGAGTATTTGTTCCATGTGTTGCGTAATGGTG	31.43	32	81	MSSA476	SAS2282	putative response regulator		SAR2480::70::97.14286::1.1E-10::+	SAS2282::70::100.0::1.4E-11::+	SAV2391::70::95.71428::3.3E-10::+	MW2313::70::100.0::1.4E-11::+	SA2179::70::95.71428::3.3E-10::+		SACOL2389::70::95.71428::3.3E-10::+
5QSA00006_E_13	AATACATAAAGATGAAGCTACAACTAAAGTTGTCAGTGATAACACGGAACCGCCGATTGAATCAAAAGGC	38.57	29	72	Mu50	SAV0125	hypothetical protein		SAR0128::70::94.28571::7.6E-10::+	SAS0100::70::95.71428::2.4E-10::+	SAV0125::70::100.0::1.5E-11::+	MW0099::70::95.71428::2.4E-10::+	SA0121::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL0110::70::97.14286::9.4E-11::+
5QSA00006_E_14	TGCCATTGCTTTTTGTATCTATTTACGTTTTTGGTGTAGTCGGTTTTGGATTTGATGTTTTCAATTATTG	31.43	31	42	COL	SACOL0268	hypothetical protein								SACOL0268::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_E_15	AAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTAATTATTATGGATGGATTAACAATAAATACTGGTGCAGTCATA	31.43	33	101	Mu50	SAV0156	capsular polysaccharide synthesis enzyme O-acetyl transferase Cap5H	capH			SAV0156::70::100.0::1.5E-11::+		SA0151::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL0143::70::98.57143::3.7E-11::+
5QSA00006_E_16	AAAATTAGAGTATAACTATAATGTTTTAAGACAGTTTGGGTTACAAAATAACGGGCAACCAGTCATCAAA	30.0	30	90	MRSA252	SAR0379	hypothetical protein		SAR0379::70::100.0::1.4E-11::+						
5QSA00006_E_17	TATCAACAACAACATCCTGATGATGAAGTGAAACATATTGATTTATTTGAAACTTATATTCCAGTTATTG	27.14	33	105	MSSA476	SAS0187	putative phosphodiesterase		SAR0203::70::98.57143::3.7E-11::+	SAS0187::70::100.0::1.5E-11::+	SAV0211::70::98.57143::3.7E-11::+	MW0187::70::100.0::1.5E-11::+	SA0204::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL0190::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00006_E_18	TAAAGACAGTAGAGGCACATAAAACGCATATTATGACAAAGCTTGGCTTGAAAAGTAAACCAGAGCTCGT	38.57	30	82	MRSA252	SAR2480	putative response regulator		SAR2480::70::100.0::1.4E-11::+						
5QSA00006_E_19	AAAAGCAACAAGATAAAATTAAAGATTTCTTAAAATCTAAAGGTATCAAGAGTGATGTTATCGATAAATA	22.86	32	94	MSSA476	SAS0355	putative lipoprotein		SAR0396::70::100.0::1.5E-11::+	SAS0355::70::100.0::1.5E-11::+	SAV0378::70::100.0::1.5E-11::+	MW0354::70::100.0::1.5E-11::+	SA0363::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL0449::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00006_E_2	CTCCTTTAAAGTAACTAAAATTGCTCAATATCTAGCAACAGTTGAAGAATATCATGGTCGAAAGATTAAT	30.0	31	91	Mu50	SAV0756	probable HD superfamily hydrolase		SAR0810::70::98.57143::3.6E-11::+	SAS0721::70::98.57143::3.6E-11::+	SAV0756::70::100.0::1.4E-11::+	MW0718::70::98.57143::3.6E-11::+	SA0711::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0821::70::97.14286::1.0E-10::+
5QSA00006_E_20	GAAGAAAATGCATTTATGTGCAACCACATTCATATACAATTGAAAATCAACAACAAAATAAACACACGTA	28.57	33	96	Mu50	SAV2436	hypothetical protein		SAR2526::70::95.71428::3.4E-10::+	SAS2328::70::98.57143::3.5E-11::+	SAV2436::70::100.0::1.4E-11::+	MW2360::70::98.57143::3.5E-11::+	SA2224::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL2439::70::97.14286::1.1E-10::+
5QSA00006_E_21	ACAAATTGCATGGTGAATACGCGAAAGCATATAAAAAGGCTGTAAACTCAGAGAAAACATTATTTAAATA	30.0	31	70	Mu50	SAV1092	hypothetical protein		SAR1066::70::91.42857::6.8E-9::+	SAS1027::70::91.42857::6.8E-9::+	SAV1092::70::100.0::1.5E-11::+	MW0975::70::91.42857::6.8E-9::+	SA0943::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1101::70::91.42857::6.8E-9::+
5QSA00006_E_22	CCTAGGCATGATTCTATTAGGAATCGTTGCTTTCTATGAAGAAAAGAAAATTAGAAGTTTAAAAATTTAA	27.14	31	82	MSSA476	SAS0197	putative sugar phosphate transport protein		SAR0213::70::98.57143::2.0E-10::+	SAS0197::70::100.0::7.7E-11::+	SAV0222::70::100.0::1.4E-11::+,SAV0221::70::100.0::7.7E-11::+	MW0197::70::98.57143::2.0E-10::+	SA0214::70::100.0::7.7E-11::+		SACOL0200::70::100.0::7.7E-11::+
5QSA00006_E_23	TAAAGACGAATCAGTTGAAAAAAACACTGAATCAACAGTTGAAGAAACAAACATCAAACAAAATATTGAT	27.14	34	78	Mu50	SAV1581	GrpE protein	grpE	SAR1658::70::98.57143::3.7E-11::+	SAS1519::70::98.57143::3.7E-11::+	SAV1581::70::100.0::1.5E-11::+	MW1533::70::98.57143::3.7E-11::+	SA1410::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1638::70::97.14286::9.4E-11::+
5QSA00006_E_24	GTCTTCTATTTCAATTACCAATATTATTTATGGGTCTTGCAAAATTCGGTCTTATAGATACCACATCATT	30.0	30	92	COL	SACOL0417	MttB family protein		SAR0343::67::92.537315::3.9E-8::+	SAS0322::67::95.522385::2.6E-9::+		MW0322::67::95.522385::2.6E-9::+			SACOL0417::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_E_3	TTTTATACTTACTATGCTCTATCCAATAAGAATTTGGTGTATTTCAATAGTGATAATAAGAAAGTTATTC	24.29	31	112	MRSA252	SAR1563	hypothetical protein (pseudogene)		SAR1561::70::100.0::1.5E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::+	SAS0892::70::98.57143::3.7E-11::+		MW1441::70::100.0::1.5E-11::+			
5QSA00006_E_4	ATGAACGAGCAAATAATAGGAAGCATATATACTTTAGCAGGAGGTGTTGTGCTTTATTCAGTTAAAGAGA	34.29	30	94	MSSA476	SAS1897	hypothetical phage protein			SAS1897::70::100.0::1.4E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-		MW1914::70::100.0::1.4E-11::+			
5QSA00006_E_5	TGACAATGATATTACAGAATTAGAAGAGCGTATCAATCAGTTCGTGAGTTTATCTCAAGAAAAGGGACGA	35.71	30	68	COL	SACOL0338	conserved hypothetical protein								SACOL0338::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00006_E_6	AGTTTAACTGTTGCTGATGTTAAAGTAACTGGCGACTTCAAAATCGAAAACGATTCAGCTGAATCAGTTG	37.14	31	119	Mu50	SAV0501	50S ribosomal protein L25	rplY	SAR0502::70::97.14286::1.1E-10::+	SAS0458::70::97.14286::1.1E-10::+	SAV0501::70::100.0::1.4E-11::+	MW0456::70::97.14286::1.1E-10::+	SA0459::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0545::70::97.14286::1.1E-10::+
5QSA00006_E_7	TCAAAAATGTATTATCTACATTAGAACAACCTAAAAAAGTATTAGTAGTTACTGAAAACGAAGATGTAAA	24.29	31	93	MSSA476	SAS2140	50S ribosomal protein L4		SAR2334::70::100.0::1.5E-11::+	SAS2140::70::100.0::1.5E-11::+	SAV2249::70::100.0::1.5E-11::+	MW2168::70::100.0::1.5E-11::+	SA2046::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL2238::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00006_E_8	CACTTTTACACGAAGATTTAAAAATCCGTAAATTTATTGATAATGAATTAAAAGAAGCATCAGTTTCTCA	25.71	32	105	MSSA476	SAS2135	30S ribosomal protein S3		SAR2329::70::100.0::1.4E-11::+	SAS2135::70::100.0::1.4E-11::+	SAV2244::70::100.0::1.4E-11::+	MW2163::70::100.0::1.4E-11::+	SA2041::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL2233::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_E_9	TTCCAAGCAATAAACTTATCGAAAGTTACTTAATGAACATAAAAGACACTAATGAGGAGTATAATTTTTA	25.71	30	90	MRSA252	SAR0367	DNA-binding protein		SAR0367::70::100.0::1.5E-11::+						
5QSA00006_F_1	AAGCTAAACGGTAAAATAGATGGGAAAATTGATGTTTATATCGATGAAAAAGTGAACGGAAAACCTTTCA	31.43	31	69	MRSA252	SAR1104	putative surface anchored protein	isdC	SAR1104::70::100.0::1.5E-11::+						
5QSA00006_F_10	TAAAAATGTAATGGTTAAAGGTTTAACTGCTTTAACTATTTTAACATCTCTTGGTTTCGCTGAAAATATT	25.71	32	126	Mu50	SAV1813	serine protease	splA		SAS1736::70::97.14286::1.7E-10::+	SAV1813::70::100.0::2.0E-11::+	MW1755::70::97.14286::1.7E-10::+	SA1631::70::100.0::2.0E-11::+		
5QSA00006_F_11	TTACTTAATTGGAAGAAAAACAATGTCAAAACAATTGACGATTCTAGAAAAATAAGAGAAAAATTTAATA	21.43	32	78	MSSA476	SAS1396	conserved hypothetical protein		SAR1464::70::100.0::1.6E-11::+	SAS1396::70::100.0::1.6E-11::+	SAV1453::70::100.0::1.6E-11::+	MW1343::70::100.0::1.6E-11::+	SA1286::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL1493::70::98.57143::4.8E-11::+
5QSA00006_F_12	TGGAACAGCACGTGACAAAGGTGTACGTCATCATGTAGGTAATGTGTTATCAAGTGATATTTTCTATAAC	37.14	30	100	MSSA476	SAS0110	putative purine nucleoside phosphorylase		SAR0138::70::98.57143::5.7E-11::+	SAS0110::70::100.0::2.0E-11::+	SAV0136::70::98.57143::5.7E-11::+	MW0110::70::100.0::2.0E-11::+	SA0131::70::98.57143::5.7E-11::+		SACOL0121::70::98.57143::5.7E-11::+
5QSA00006_F_13	AATTAAGCGAAATTTCAGTTGCACATGTTAAATTTTATACTGGCATTTTAAAAGATAGAGAAGTAGTGAT	27.14	31	90	MSSA476	SAS1536	5-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase		SAR1676::70::100.0::1.6E-11::+	SAS1536::70::100.0::1.6E-11::+	SAV1599::70::100.0::1.6E-11::+	MW1550::70::100.0::1.6E-11::+	SA1427::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL1655::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00006_F_14	GATATAGAATCACTTTTAAAACATTACAAAATCAAGCTAGAAACTTTTATTGAATTACATTCTAAGACGC	25.71	31	102	Mu50	SAV0717	similar to urea amidolyase		SAR0770::70::95.71428::4.8E-10::+	SAS0682::70::97.14286::1.7E-10::+	SAV0717::70::100.0::2.0E-11::+	MW0679::70::97.14286::1.7E-10::+	SA0672::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL0776::70::97.14286::1.7E-10::+
5QSA00006_F_15	GACCATATTTTCATATGATTTGGCATATTTTTATTGTAATAGCATCACTATTGCATTTAATTGCGATCTT	27.14	32	79	Mu50	SAV2170	hemolysin III		SAR2261::70::92.85714::3.4E-9::+	SAS2071::70::98.57143::4.7E-11::+	SAV2170::70::100.0::1.6E-11::+	MW2096::70::98.57143::4.7E-11::+	SA1973::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL2160::70::98.57143::4.7E-11::+
5QSA00006_F_16	TAATTTTTTAGAAAATGTTGAACAATTTAACGATGTACGTAACATGTTTGGTTACACTGGTACATATAAA	25.71	32	130	MSSA476	SAS2041	putative purine nucleoside phosphorylase		SAR2226::70::100.0::2.0E-11::+	SAS2041::70::100.0::2.0E-11::+	SAV2138::70::100.0::2.0E-11::+	MW2062::70::100.0::2.0E-11::+	SA1940::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL2130::70::100.0::2.0E-11::+
5QSA00006_F_17	AATTATATTTTAGATTGTAAGTTACCAAAAGGAATTGACCCATATAAGTTCCATGAGTATTTAATTCATC	25.71	33	103	MSSA476	SAS2228	putative ribose 5-phosphate isomerase		SAR2422::70::100.0::1.6E-11::+	SAS2228::70::100.0::1.6E-11::+	SAV2336::70::100.0::1.6E-11::+	MW2256::70::100.0::1.6E-11::+	SA2127::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL2329::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00006_F_18	ATTTAATTGGTAGTCATTTAGATAAAGAAATCGAAGATTGTGCTCAAATTAGAAAACAGACCCGTAAAAA	28.57	31	88	COL	SACOL1813	IS1272-related, transposase, degenerate								SACOL1813::70::100.0::2.0E-11::+
5QSA00006_F_19	TAATTAAATATCTTGAAGATGTGTCAGATGAAGATATCATTAATTATGAAATTAAAACAGGTGCACCGCT	28.57	29	132	MSSA476	SAS2307	putative phosphoglycerate mutase		SAR2506::70::98.57143::4.8E-11::+	SAS2307::70::100.0::1.6E-11::+	SAV2416::70::100.0::1.6E-11::+	MW2339::70::100.0::1.6E-11::+	SA2204::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL2415::70::98.57143::4.8E-11::+
5QSA00006_F_2	TGCCTATTTAAAAAAATCGGATATGAATATGAAAGGGGCTACGCCTTTTAAGAGTAAATGGATAAAAAAA	30.0	31	86	MSSA476	SAS0037	hypothetical protein			SAS0037::70::100.0::1.9E-11::+					
5QSA00006_F_20	ACTTGACGTTTGCGACTTATAACAATGTCGTTGTAATATCGATTGTTGCGACTATGATCATCATATTGGT	35.71	31	92	Mu50	SAV0350	hypothetical protein			SAS0326::70::92.85714::3.8E-9::+	SAV0350::70::100.0::2.1E-11::+	MW0326::70::92.85714::3.8E-9::+	SA0338::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL0421::70::94.28571::1.4E-9::+
5QSA00006_F_21	ATGAAAATTTCTCAGAAGCATTTTTAAAACAATTAATAGGAGTTAAAAATGAATTACACACAACAACTTA	22.86	33	105	MSSA476	SAS2318	putative dethiobiotin synthetase		SAR2517::70::100.0::1.6E-11::+	SAS2318::70::100.0::1.6E-11::+	SAV2427::70::98.57143::4.8E-11::+	MW2350::70::100.0::1.6E-11::+	SA2215::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL2428::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00006_F_22	ATGAAGTGATTACACAATGCGTACCTTCCTCATTAAACTTAAAAGTAGTTGTATTCGACGATAAAGATTA	31.43	30	82	MSSA476	SAS0675	putative radical activating enzyme		SAR0763::70::98.57143::6.0E-11::+	SAS0675::70::100.0::2.1E-11::+	SAV0710::70::100.0::2.1E-11::+	MW0672::70::100.0::2.1E-11::+	SA0665::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL0770::70::98.57143::6.0E-11::+
5QSA00006_F_23	TAGGTGTCATTTTGAACAAGACAAAGGTCGATAAATCTTCTAGTTATTATCACTATTATGGAGATGAATA	30.0	32	82	MSSA476	SAS0125	capsular polysaccharide synthesis enzyme		SAR0152::70::90.0::2.6E-8::+	SAS0125::70::100.0::1.6E-11::+	SAV0150::70::100.0::1.6E-11::+	MW0125::70::100.0::1.6E-11::+	SA0145::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL0137::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00006_F_24	AACCTATTTTGTATTCATTAAATTATATGAAAAATAGCTTAGTTCAATTTAAAATCACTAGAAAAATATA	17.14	33	145	MSSA476	SAS1211	conserved hypothetical protein		SAR1253::70::100.0::2.1E-11::+	SAS1211::70::100.0::2.1E-11::+	SAV1277::70::100.0::2.1E-11::+	MW1160::70::100.0::2.1E-11::+	SA1120::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL1296::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00006_F_3	GGTGGTTGGATTGGATGGACAGTGTTTATCCTATTATGGGGCACAACGCTTTGGGGAATTTTATATAAAT	40.0	30	79	MRSA252	SAR2261	putative membrane protein		SAR2261::70::100.0::1.5E-11::+						
5QSA00006_F_4	ATAATAATGCTTACTGCTAAAGATTCAGAAATTGATAAAGTGCTTGGTTTAGAACTAGGTGCAGATGACT	32.86	31	86	COL	SACOL0019	DNA-binding response regulator YycF	yycF	SAR0018::70::98.57143::5.7E-11::+	SAS0018::70::98.57143::5.7E-11::+	SAV0018::70::100.0::2.0E-11::+	MW0018::70::98.57143::5.5E-11::+	SA0017::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL0019::70::100.0::1.9E-11::+
5QSA00006_F_5	ATAAGACATTAGTTATTGATGGCGATATGTGTAAGCCAACACAAAACTATATTTTTAATGAGCAAAATAA	27.14	32	102	N315	SA0145	capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap5B	capB		SAS0125::70::98.57143::4.8E-11::+	SAV0150::70::98.57143::4.8E-11::+	MW0125::70::98.57143::4.8E-11::+	SA0145::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL0137::70::98.57143::4.8E-11::+
5QSA00006_F_6	ATTGGTATTATTGGCATGATACTGATAACTATAAACATAACAACGCTCGGTGATAATTTGCTATTTATGC	31.43	32	90	N315	SA1403	hypothetical protein		SAR1651::70::98.57143::5.7E-11::+	SAS1512::70::98.57143::5.7E-11::+	SAV1574::70::98.57143::5.7E-11::+	MW1526::70::98.57143::5.7E-11::+	SA1403::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL1631::70::98.57143::5.7E-11::+
5QSA00006_F_7	AATATGGCCCTGAAGCAAGTGCATTTACGAAAAAAATGGTAGAAAATGCAAATAAAATTGAAGTCGAGTT	32.86	33	78	Mu50	SAV0815	staphylococcal nuclease	nuc	SAR0847::70::95.71428::4.2E-10::+	SAS0756::70::97.14286::1.4E-10::+	SAV0815::70::100.0::1.6E-11::+	MW0769::70::97.14286::1.4E-10::+	SA0746::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL0860::70::97.14286::1.4E-10::+
5QSA00006_F_8	GTATTGTTATCTTATAGCTGCAGTTGTATTTTTAGTTTTCTATATCAATTTATATCTATAGAAGAAACGT	24.29	32	111	Mu50	SAV1661	hypothetical protein		SAR1741::70::97.14286::1.7E-10::+	SAS1590::70::98.57143::5.7E-11::+	SAV1661::70::100.0::2.0E-11::+	MW1605::70::98.57143::5.7E-11::+	SA1486::70::100.0::2.0E-11::+		SACOL1708::70::98.57143::5.7E-11::+
5QSA00006_F_9	CGTTGCATAAATATATTAAAAAGATATTTATATCTGAGGAAACAGGATATCAAAAACCTAATCCGGAATT	27.14	31	90	Mu50	SAV1175	similar to 2-haloalkanoic acid dehalogenase		SAR1151::70::98.57143::4.8E-11::+	SAS1109::70::98.57143::4.8E-11::+	SAV1175::70::100.0::1.6E-11::+	MW1058::70::98.57143::4.8E-11::+	SA1018::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL1188::70::98.57143::5.2E-11::+
5QSA00006_G_1	GACATTCAACATCATGACAATGATAATAACAAAGCCATTCAAAATGATACACCAGATCAAAAAGCCGTTG	34.29	32	80	Mu50	SAV1801	hypothetical protein			SAS1721::70::92.85714::2.3E-9::+	SAV1801::70::100.0::1.5E-11::+	MW1739::70::92.85714::2.3E-9::+	SA1619::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1848::67::92.537315::1.4E-8::+
5QSA00006_G_10	ATTTATTATACTATGGTTAATTCAGTACAATCATCATATGCAGATAGTACACACCTGATTGGTATTGCTA	30.0	31	114	N315	SA1956	lytic regulatory protein truncated with Tn554	truncated-SA					SA1956::70::100.0::1.4E-11::+		
5QSA00006_G_11	AAGTATTTTGGAAGAGATATAAAGATAATATTAAAAAGTCTATAACAGTTGATGAAATACGAAAAAATGG	22.86	32	101	MSSA476	SAS1392	putative recombination protein U		SAR1460::70::98.57143::3.7E-11::+	SAS1392::70::100.0::1.5E-11::+	SAV1449::70::100.0::1.5E-11::+	MW1339::70::100.0::1.5E-11::+	SA1282::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL1489::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00006_G_12	TAAATCAAAATTTGATACTAAAGGGCTCACGCTATTTTATATATTCCAGTCTACCTTCAAGAACAACTAG	31.43	30	71	Mu50	SAV2169	probable multidrug transporter				SAV2169::70::100.0::1.4E-11::+				
5QSA00006_G_13	AATGATCAAGCTGAAATGGATAATGAGTCGGAAGACATTCAACATCATGATATTGACAATAACAAAGCCA	34.29	32	101	MRSA252	SAR1881	putative lipoprotein		SAR1881::70::100.0::1.5E-11::+						
5QSA00006_G_14	TACGTGCGATTTTACGTCGTCAGCCACAAAAAGATATTATCGATGTCAATGGTATTACAATTGATAAGAA	34.29	30	88	MSSA476	SAS1358	response regulator protein		SAR1427::70::97.14286::1.1E-10::+	SAS1358::70::100.0::1.4E-11::+	SAV1415::70::94.28571::1.0E-9::+	MW1305::70::100.0::1.4E-11::+			SACOL1451::70::94.28571::1.0E-9::+
5QSA00006_G_15	AGTATATGCGGTCATTGGTATCGTTATAACAAGTGTTTCTTATATATTGTCTATTAAAATTTTTAACAAA	24.29	31	86	MSSA476	SAS0328	putative membrane protein		SAR0349::70::94.28571::7.8E-10::+	SAS0328::70::100.0::1.4E-11::+	SAV0352::70::100.0::1.4E-11::+	MW0328::70::100.0::1.4E-11::+	SA0340::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0424::70::94.28571::7.8E-10::+
5QSA00006_G_16	TGATATTAATACAAAATTCGACAGTATTAAATCTAAATTAGAAAGCTTATTTAAAGATGAAAATGGTGGC	24.29	32	101	MSSA476	SAS2325	putative membrane protein		SAR2523::70::98.57143::3.6E-11::+	SAS2325::70::100.0::1.4E-11::+	SAV2433::70::98.57143::3.6E-11::+	MW2357::70::100.0::1.4E-11::+	SA2221::70::98.57143::3.6E-11::+		SACOL2436::70::98.57143::3.6E-11::+
5QSA00006_G_17	ATGCATCTCAAGATAAATCAGATGATAATCAGAAGAAAACTGATGATAATAAACAACCAGCTCAGCCTAA	32.86	34	75	Mu50	SAV0770	hypothetical protein		SAR0826::70::98.57143::3.7E-11::+	SAS0736::70::98.57143::3.7E-11::+	SAV0770::70::100.0::1.4E-11::+	MW0732::70::98.57143::3.7E-11::+	SA0725::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0835::70::98.57143::3.7E-11::+
5QSA00006_G_18	ACTTTGTCAATCTTTGATTGATCAATTTAATGGAGAAATACCACAAACACATAAGGAATTAGAAAGTTTA	27.14	31	111	MSSA476	SAS1395	putative endonuclease		SAR1463::70::100.0::1.4E-11::+	SAS1395::70::100.0::1.4E-11::+	SAV1452::70::100.0::1.4E-11::+	MW1342::70::100.0::1.4E-11::+	SA1285::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL1492::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_G_19	AAATTAAAGTATTAATGTTAACTAGTTTTATTGAAGATAAAGAGGTATATCGTGCATTAGATGCAGGTGT	27.14	32	87	MSSA476	SAS1806	putative response regulator		SAR1974::70::100.0::1.4E-11::+	SAS1806::70::100.0::1.4E-11::+	SAV1884::70::100.0::1.4E-11::+	MW1824::70::100.0::1.4E-11::+	SA1700::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL1942::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_G_2	TATATTGGTGATTCAACGTTTGATGTTGAGATGGCACAACGTGCTGGTATGCAATCTGCAGCTGTCACTT	42.86	31	96	COL	SACOL0619	hydrolase, haloacid dehalogenase-like family								SACOL0619::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_G_20	GCGAACTATCAATGATTTATGTCGATACAGGAGCAATGTATCGTGCATTAACATACAAATATTTAAAATT	30.0	31	121	MSSA476	SAS1418	cytidylate kinase		SAR1486::70::97.14286::1.1E-10::+	SAS1418::70::100.0::1.4E-11::+	SAV1478::70::100.0::1.4E-11::+	MW1366::70::100.0::1.4E-11::+	SA1309::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL1518::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_G_21	CCGGATGTAGATATTTATATTGCTGCACTTGATGAAAAGCTAAATGATAAAGCATATATCACACCAGGGT	35.71	31	130	Mu50	SAV2112	uracil phosphoribosyl transferase	upp	SAR2200::70::97.14286::9.4E-11::+	SAS2015::70::98.57143::3.7E-11::+	SAV2112::70::100.0::1.4E-11::+	MW2036::70::98.57143::3.7E-11::+	SA1914::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL2104::70::97.14286::9.4E-11::+
5QSA00006_G_22	AAATCATCGATGAAGCGAAAGCATACAATTTTAAATCTGTATGTGTGAATCCAACGCATGTTAAATATGC	32.86	31	118	MRSA252	SAR0140	deoxyribose-phosphate aldolase	deoC1	SAR0140::70::100.0::1.4E-11::+,SAR2225::70::98.57143::3.8E-11::+	SAS0112::70::98.57143::3.8E-11::+,SAS2040::70::98.57143::3.8E-11::+	SAV0138::70::100.0::1.4E-11::+,SAV2137::70::98.57143::3.8E-11::+	MW0112::70::98.57143::3.8E-11::+,MW2061::70::98.57143::3.8E-11::+	SA0133::70::100.0::1.4E-11::+,SA1939::70::98.57143::3.8E-11::+		SACOL0123::70::98.57143::3.8E-11::+,SACOL2129::70::98.57143::3.8E-11::+
5QSA00006_G_23	ATTTATAAAAATCCTAAATATCGAGTTATTAGATATAATAATGAATATTTCATGGTCGATTTAGTAAGTA	20.0	34	142	MSSA476	SAS0563	putative membrane protein			SAS0563::70::100.0::1.4E-11::+		MW0558::70::100.0::1.4E-11::+			SACOL0650::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_G_24	AAAGCGTATTTAGTTGAACTTATCCGTTGGCTTTTCACTTTTGGCATTTTATTCCAATTGCCAATATTAT	31.43	30	76	Mu50	SAV0346	hypothetical protein				SAV0346::70::100.0::1.4E-11::+		SA0334::70::100.0::1.4E-11::+		
5QSA00006_G_3	TGTCGATGAGATGACTTCAAAAGAATTTAATATTCCTAAAAGTTGGAAACTTATTGCTCAAATGCCATTT	30.0	31	112	Mu50	SAV2033	similar to nitroreductase family protein		SAR2120::70::97.14286::9.4E-11::+	SAS1939::70::97.14286::9.4E-11::+	SAV2033::70::100.0::1.5E-11::+	MW1957::70::97.14286::9.4E-11::+	SA1840::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL2020::70::97.14286::9.4E-11::+
5QSA00006_G_4	ATCAAAACCGTATTCCAAAGCGAATGCCTATTTAGAGTCAGTAGGAAAATCACCAATTAATTGGTGTGAA	35.71	30	89	COL	SACOL0627	uracil-DNA glycosylase	ung	SAR0586::70::98.57143::3.5E-11::+	SAS0539::70::98.57143::3.5E-11::+	SAV0581::70::100.0::1.4E-11::+	MW0536::70::100.0::1.4E-11::+	SA0538::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0627::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_G_5	AAAAATGGAAAAATAGTTATTGATTTATTATTGAAGCTACTTGATGAAAATAAAACTATGATTGTCGTAA	21.43	32	118	MRSA252	SAR0686	putative transposase (pseudogene)		SAR0697::70::100.0::1.5E-11::+,SAR0686::70::100.0::1.3E-10::+,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::+				SAP022::70::100.0::1.5E-11::+		
5QSA00006_G_6	ACTTAACATCATGAAATCTAAATGTTTAATTATATTAACTACCCATCATTTAGATGAAGTGGAAGCACTT	27.14	30	137	Mu50	SAV0277	similar to ABC transporter ATP-binding protein		SAR0274::70::97.14286::1.1E-10::+	SAS0253::69::97.10145::2.1E-10::+	SAV0277::70::100.0::1.4E-11::+	MW0253::69::97.10145::2.1E-10::+	SA0266::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0264::70::98.57143::3.6E-11::+
5QSA00006_G_7	TTACATTTACTTAAATAAAAAGCTTAAACTAAAGATATATGATGATAATCTAGATAATGAAAATAAGGTT	18.57	33	99	MSSA476	SAS0556	putative membrane protein			SAS0556::70::100.0::1.5E-11::+		MW0552::70::100.0::1.5E-11::+			SACOL0644::70::98.57143::3.7E-11::+
5QSA00006_G_8	ATTGTACGAAACGTTATATATGGTATCTATTGCTTTATTTTTAGGAGCAGTGATTGGTATTCCATTAGGT	31.43	30	84	Mu50	SAV0463	ABC transporter permease protein		SAR0462::70::95.71428::3.5E-10::+	SAS0420::70::98.57143::3.6E-11::+	SAV0463::70::100.0::1.4E-11::+	MW0417::70::98.57143::3.6E-11::+	SA0421::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0505::70::98.57143::3.6E-11::+
5QSA00006_G_9	ATGATAAAAGTGATAAAAATGCTGTTAATAAAGAAGAAAAACACGATAACGGTACAAATAATTCTGAAGA	25.71	32	52	MSSA476	SAS1721	putative lipoprotein		SAR1881::70::90.0::2.0E-8::+	SAS1721::70::100.0::1.5E-11::+		MW1739::70::100.0::1.5E-11::+			SACOL1848::70::91.42857::6.8E-9::+
5QSA00006_H_1	ACGAAGTCCCTATGCGTATTAAGGAATTTGAGTTATTGTGGTATTTAGCTTCTAGAGAAAATGAAGTTAT	32.86	30	61	MSSA476	SAS0671	response regulator protein		SAR0759::70::97.14286::1.4E-10::+	SAS0671::70::100.0::1.6E-11::+	SAV0706::70::100.0::1.6E-11::+	MW0668::70::100.0::1.6E-11::+	SA0661::70::100.0::1.6E-11::+		SACOL0766::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00006_H_10	GTTCGCAACGCATAACAATGTCGTTGTAATATCAATTATTGCGACTATAATCATCATATTAATAGAAATC	30.0	31	108	MRSA252	SAR0347	putative membrane protein		SAR0347::70::100.0::2.1E-11::+						
5QSA00006_H_11	TATCAATTGATAGATAAACCTACAGACGTACATACATTTACTCCTAAATACCATAAATTAGCTGAGGCGG	34.29	30	82	Mu50	SAV2051	similar to glycoprotein endopeptidase		SAR2138::70::98.57143::3.8E-11::+	SAS1956::70::98.57143::3.8E-11::+	SAV2051::70::100.0::1.7E-11::+	MW1975::70::98.57143::5.0E-11::+	SA1856::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL2040::70::97.14286::1.2E-10::+
5QSA00006_H_12	ACGAAACAATTATGAACATTATCGACCATATTCGCAATGTAAATGGAATTAATAATGATGATGTGATTGT	28.57	33	128	Mu50	SAV0251	2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase	ispD		SAS0227::70::98.57143::6.1E-11::+	SAV0251::70::100.0::2.1E-11::+	MW0227::70::98.57143::6.1E-11::+	SA0241::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL0236::70::98.57143::6.1E-11::+
5QSA00006_H_13	ATATATTCAACGAAATATAATTCATGACGATCATACTTTTATTGCTTGGTTAAAAATGTTTTTACAAGAG	24.29	31	120	MSSA476	SAS2182	urease accessory protein UreF		SAR2376::70::98.57143::5.0E-11::+	SAS2182::70::100.0::1.7E-11::+	SAV2292::70::100.0::1.7E-11::+	MW2210::70::100.0::1.7E-11::+	SA2086::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL2284::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00006_H_14	GATTCAAAGGAATTTATTTGCTTTACAAATGAATCCAGTTATTTTCTTTATTATAAACTTCATTCTCATA	22.86	32	92	Mu50	SAV0614	hypothetical protein		SAR0623::70::97.14286::1.8E-10::+	SAS0582::70::98.57143::6.1E-11::+	SAV0614::70::100.0::2.1E-11::+	MW0578::70::98.57143::6.1E-11::+	SA0571::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL0670::70::98.57143::6.1E-11::+
5QSA00006_H_15	TTTTGAATCCAGCATTAATTGCATCTTTAGGAATTATTTTTGTCTTACTTATCTTTGGAATTAGTTATAA	24.29	33	70	MSSA476	SAS2426	putative membrane protein		SAR2620::70::100.0::1.7E-11::+	SAS2426::70::100.0::1.7E-11::+	SAV2540::70::100.0::1.7E-11::+	MW2461::70::100.0::1.7E-11::+	SA2328::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL2554::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00006_H_16	ATCAACGAATCATTAAACACTTGCAACAGTATAATAAAGAGGTGGTTATATCACATCATAATTTCGAAAG	30.0	31	96	Mu50	SAV0829	3-dehydroquinate dehydratase		SAR0860::70::95.71428::5.0E-10::+	SAS0769::70::98.57143::6.1E-11::+	SAV0829::70::100.0::2.1E-11::+	MW0782::70::98.57143::6.1E-11::+	SA0756::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL0873::70::97.14286::1.8E-10::+
5QSA00006_H_17	ATGCAACTTAAAATACTCTATTACAAAAAAATTATTAAATGGAAGTATCGATTTAAATGATTTGAAAGAA	20.0	33	116	MW2	MW0379	hypothetical protein			SAS0381::70::98.57143::5.0E-11::+		MW0379::70::100.0::1.7E-11::+			
5QSA00006_H_18	AATATAATTTTAACGACAACATTATTACTATTAGGTACTGTATTACCTCAAAATCAAAAACCAGTATTTA	22.86	31	111	MSSA476	SAS1099	exotoxin			SAS1099::70::100.0::2.1E-11::+	SAV1166::70::100.0::2.1E-11::+	MW1047::70::100.0::2.1E-11::+	SA1009::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL1178::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00006_H_19	AAGCAGAAATAGAATTAACAGCAGTAAAAACGAAAAAGAAAATTGTTACCATTCAAGAATTAGATGTTCA	27.14	33	83	MSSA476	SAS1538	putative enterotoxin		SAR1679::70::92.85714::4.4E-9::+	SAS1538::70::100.0::1.7E-11::+		MW1552::70::100.0::1.7E-11::+			SACOL1657::70::92.85714::3.7E-9::+
5QSA00006_H_2	TTATTACACGCCCTGCAGATGTTGTGAAAAAAGTGAATACAAACTTAGGTCGCGATATTAACGAATTATC	35.71	30	91	Mu50	SAV1781	transaldolase		SAR1864::70::98.57143::6.0E-11::+	SAS1704::70::98.57143::6.0E-11::+	SAV1781::70::100.0::2.1E-11::+	MW1721::70::98.57143::6.0E-11::+	SA1599::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL1831::70::97.14286::1.7E-10::+
5QSA00006_H_20	TCGGTTTTAAACATGTTGAAACATTTACTGATTTTAATATAGATGAACATAATGAAGATACAGAAAGATT	24.29	32	109	Mu50	SAV1591	similar to methyltransferase		SAR1668::70::97.14286::1.8E-10::+	SAS1528::70::97.14286::1.8E-10::+	SAV1591::70::100.0::2.1E-11::+	MW1542::70::97.14286::1.8E-10::+	SA1419::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL1647::70::97.14286::1.8E-10::+
5QSA00006_H_21	TCTATCAACACATCGTTCTATTAATTGGGATTGTTAGTTTTCTCAAAGGATTTTTAGGATTTTTCATGGA	30.0	31	94	MSSA476	SAS0640	putative membrane protein		SAR0728::70::95.71428::4.3E-10::+	SAS0640::70::100.0::1.7E-11::+	SAV0675::70::100.0::1.7E-11::+	MW0637::70::100.0::1.7E-11::+	SA0630::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL0735::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00006_H_22	AATTTTATGGTAATTTAAAAGAACTGAGTCAATTAGATGATCGTTTCTTTAGATGTCATAATAGCTTTGT	25.71	31	109	MSSA476	SAS1944	autoinducer sensor protein response regulator protein		SAR2126::70::98.57143::6.1E-11::+	SAS1944::70::100.0::2.1E-11::+	SAV2039::70::100.0::2.1E-11::+	MW1963::70::100.0::2.1E-11::+	SA1844::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL2026::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00006_H_23	AGAAGATGTTATCCGGAGATATAGGAGCTGACGCATTACGCCATTACTTAAAAGCTGATGCTGCGTATTT	41.43	30	79	MSSA476	SAS1998	transcriptional activator			SAS1998::70::100.0::1.7E-11::+	SAV2094::70::100.0::1.7E-11::+	MW2017::70::100.0::1.7E-11::+	SA1897::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL2086::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00006_H_24	TATTAAAGAGAATATTGAAGTAGCAGAAAAATATGGTGCAGTAGATACAGTCATTGAAGCAATTGATACG	31.43	31	71	MSSA476	SAS0227	conserved hypothetical protein		SAR0246::70::97.14286::1.8E-10::+	SAS0227::70::100.0::2.1E-11::+	SAV0251::70::97.14286::1.8E-10::+	MW0227::70::100.0::2.1E-11::+	SA0241::70::97.14286::1.8E-10::+		SACOL0236::70::97.14286::1.8E-10::+
5QSA00006_H_3	TCGCAGTTCATAATCATCCATCCGGTGATGTAACGCCCTCACAAGAAGATATCATAACAACAATGAGGTT	41.43	29	86	MSSA476	SAS1589	DNA repair protein RadC			SAS1589::70::100.0::1.6E-11::+		MW1604::70::100.0::1.6E-11::+			SACOL1707::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00006_H_4	TATGTTAAGAAAGTCTTTGTTGAAGATGATAGATTGACTCTAGTTTCACTAAATAAAGATTACGACGATC	30.0	31	114	N315	SA1805	hypothetical protein		SAR2100::70::98.57143::6.0E-11::+				SA1805::70::100.0::2.1E-11::+		
5QSA00006_H_5	TACATGACAGTTTAGAATCCATCACAAAAAACTTATATGCGACACCTACTTCGGAACTGCCTTTTGATAA	35.71	29	81	MSSA476	SAS2500	metallo-beta-lactamase superfamily protein			SAS2500::70::100.0::1.6E-11::+		MW2534::70::100.0::1.6E-11::+			SACOL2631::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00006_H_6	AAAAGGTAATAGTTACGCTTGCATAAATTCTTTCCAGCCGATTAGTAAGTTTCGCATAAGAAAAGTTTTA	31.43	31	80	COL	SACOL0319	hypothetical protein								SACOL0319::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00006_H_7	TTCTGAAAGATTTAAAGAGTTAGTTAATCTTTTCAATGAGCGTTATGACATCATTATTGTCGATACACCG	31.43	30	83	MRSA252	SAR0152	capsular polysaccharide synthesis enzyme	capB	SAR0152::70::100.0::1.6E-11::+						
5QSA00006_H_8	TTCTGCAGACAGTTATTGCTTTTTTAGTATTGCTTATTTTTGTGGTAGGGCACGCTGCAGCAAATGCAAT	38.57	31	77	COL	SACOL0421	hypothetical protein								SACOL0421::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00006_H_9	TATTAATGAATTTATTAAACCAAAAATTTCTGTACCGATTCATTATGATACATTCCCATTAATCGAACAA	24.29	32	146	MSSA476	SAS1634	metallo-beta-lactamase superfamily protein		SAR1785::70::100.0::1.7E-11::+	SAS1634::70::100.0::1.7E-11::+	SAV1707::70::100.0::1.7E-11::+	MW1650::70::100.0::1.8E-11::+	SA1529::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL1754::70::100.0::1.6E-11::+
5QSA00006_I_1	CTTTGCGAATCTAGAGTCATTAATCAAAACCCTAAATATAGAATTATTAAATACAATAATGAATATTTCA	22.86	32	106	MSSA476	SAS0559	putative membrane protein			SAS0559::70::100.0::1.4E-11::+		MW0555::70::100.0::1.4E-11::+			SACOL0647::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_I_10	TTAATAATAAAGAAAAGATAGAAAATATCATTTTTAAGTTAGTGGAACAGGATGTTGCTATCATGTGGAT	25.71	31	93	Mu50	SAV2454	similar to ABC transporter (ATP-binding protein)			SAS2346::70::98.57143::3.8E-11::+	SAV2454::70::100.0::1.4E-11::+	MW2378::70::98.57143::3.8E-11::+	SA2243::70::100.0::1.4E-11::+		
5QSA00006_I_11	TAGATATAATAATGAATATTTCATGGTCGATTTAGTAAGTACTTGGATTACTTATTTTTTCGCTATGATT	24.29	32	102	MSSA476	SAS0563	putative membrane protein			SAS0563::70::100.0::1.4E-11::+,SAS0559::70::90.0::2.0E-8::+		MW0558::70::98.57143::3.7E-11::+,MW0555::70::90.0::2.0E-8::+			SACOL0650::70::98.57143::3.7E-11::+,SACOL0647::70::90.0::2.0E-8::+
5QSA00006_I_12	TACGGCATTAACCTTCTTTGTTATGCCTGACAAATATACTGCTTCTACTCAAATACTAGTGAACATGAAA	34.29	30	76	Mu50	SAV2664	capsular polysaccharide biosynthesis		SAR2745::70::94.28571::1.0E-9::+	SAS2550::70::95.71428::3.5E-10::+	SAV2664::70::100.0::1.4E-11::+	MW2584::70::95.71428::3.5E-10::+	SA2457::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL2687::70::95.71428::3.5E-10::+
5QSA00006_I_13	TGTTTGAAAATGTACAAAATTTAATCTTATATATTTCTTGGCTTTTCATGACTATGCTATTTATGTTAAT	21.43	33	98	Mu50	SAV0597	hypothetical protein			SAS0562::70::94.28571::8.8E-10::+	SAV0597::70::100.0::1.4E-11::+	MW0557::70::94.28571::8.8E-10::+	SA0554::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0649::70::94.28571::8.8E-10::+
5QSA00006_I_14	CCAGTGCATTAGACGTTAATAATAAAGAAAAGATAGAAAATATCATTTTTAAATTAGCAGATCAAGGCGT	28.57	32	98	COL	SACOL2462	ABC transporter, ATP-binding protein		SAR2544::70::92.85714::3.0E-9::+		SAV2454::70::90.0::2.4E-8::+		SA2243::70::90.0::2.4E-8::+		SACOL2462::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_I_15	TATTAAATATAATGATGAATATTTGATGGTGAATATAATAAATAATTGGTTAGTTTTATTCATTCCATTG	18.57	35	127	Mu50	SAV0599	hypothetical protein		SAR0607::70::98.57143::3.7E-11::+		SAV0599::70::100.0::1.4E-11::+		SA0556::70::100.0::1.4E-11::+		
5QSA00006_I_16	TTAGATAAATTTTACAGCGATTTTGAACGTTGGAGTTTCCATTTACAAATTTATTTCTTAGCTGAACGCT	30.0	31	107	MRSA252	SAR0561	putative deoxyadenosine kinase protein		SAR0561::70::100.0::1.4E-11::+	SAS0514::70::94.28571::1.0E-9::+		MW0511::70::94.28571::1.0E-9::+			SACOL0603::70::94.28571::1.0E-9::+
5QSA00006_I_17	CAAATCATATCGATAAAGTATGTGTCATGGTAAATCCTGATTTAACAACAATTGAACACGTATTAAGCAA	30.0	31	108	MSSA476	SAS1311	N-(5phosphoribosyl)anthranilate (PRA) isomerase		SAR1384::70::92.85714::2.4E-9::+	SAS1311::70::100.0::1.4E-11::+	SAV1371::70::100.0::1.4E-11::+	MW1258::70::100.0::1.4E-11::+	SA1203::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL1407::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_I_18	AATTTAATTAGCCCAACCAGTGGAACGCTTTACTTTAAAGGTAAACCATATGATGATTACGAACCAGAAA	34.29	30	109	MRSA252	SAR2544	ABC transporter ATP-binding protein		SAR2544::70::100.0::1.4E-11::+						
5QSA00006_I_19	CTGAATATTACTGGCATTGGGATTTAAAAAATTCAAAGTTAGATGTATTTGACTATAAAAAATTAATGCA	24.29	33	109	MSSA476	SAS1660	acetoin utilization protein		SAR1812::70::98.57143::3.7E-11::+	SAS1660::70::100.0::1.4E-11::+	SAV1734::70::100.0::1.4E-11::+	MW1677::70::100.0::1.4E-11::+	SA1555::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL1784::70::98.57143::3.7E-11::+
5QSA00006_I_2	AAATATTAAACTGACAAAGGATATCTACGGTACAAGTGTTAAATCAAATTATATTTTGAAGTATGTATTT	22.86	31	103	MSSA476	SAS0362	hypothetical protein		SAR0404::70::100.0::1.4E-11::+	SAS0362::70::100.0::1.4E-11::+	SAV0386::70::100.0::1.4E-11::+	MW0362::70::100.0::1.4E-11::+	SA0371::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0456::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_I_20	TACGAACATATAGATGGTATGATTAAATCTTTAATCGATGATACAAATCCATCATTGATTATTTCATTTT	24.29	33	137	MSSA476	SAS0525	conserved hypothetical protein		SAR0571::70::98.57143::3.9E-11::+	SAS0525::70::100.0::1.4E-11::+	SAV0567::70::100.0::1.4E-11::+	MW0522::70::100.0::1.4E-11::+	SA0525::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0614::70::98.57143::3.9E-11::+
5QSA00006_I_21	GTTTTGTTTAAATATGTTGAAAATATTTTAAATAAAGATAAAGACCAATTATCTGTAGATAAATTAAGAG	18.57	33	106	MSSA476	SAS1693	riboflavin synthase alpha chain		SAR1852::70::98.57143::3.7E-11::+	SAS1693::70::100.0::1.4E-11::+	SAV1770::70::100.0::1.4E-11::+	MW1710::70::100.0::1.4E-11::+	SA1588::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL1819::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_I_22	GTTTCAAATTATTAGTGGTGAGCAGGACATTAAAGATGCTTTAACTCAATTTGAAATTGAAAAGGATTAA	28.57	32	129	MSSA476	SAS2047	conserved hypothetical protein		SAR2232::70::95.71428::3.6E-10::+	SAS2047::70::100.0::1.4E-11::+	SAV2144::70::100.0::1.4E-11::+	MW2068::70::100.0::1.4E-11::+	SA1946::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL2136::70::95.71428::3.6E-10::+
5QSA00006_I_23	AAATATAAAATTGATTTTAGCAAAGGTTTAGTGCCAGCAATTTTACAAGATAATCAAACAAAACAAGTAT	24.29	32	94	Mu50	SAV2672	histidine biosynthesis bifunctional protein HisIE	hisI	SAR2754::70::97.14286::9.3E-11::+	SAS2557::70::97.14286::9.3E-11::+	SAV2672::70::100.0::1.4E-11::+	MW2591::70::97.14286::9.3E-11::+	SA2464::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL2696::70::98.57143::3.7E-11::+
5QSA00006_I_24	GGTTCATATTATTAGATGGTTTCTGGCATATAAAAAAGTTCCTAAAATTTTGGTAGATAAAATTATAGCA	25.71	32	100	Mu50	SAV2210	hypothetical protein				SAV2210::70::100.0::1.4E-11::+		SA2011::70::100.0::1.4E-11::+		
5QSA00006_I_3	CCAACGTTTAAACTTGGCTGTTTTTTAGTTTTCGGATATATTTTCGCTGGAAGTTTTTCAATATTTTCAT	30.0	30	78	MSSA476	SAS0564	putative membrane protein			SAS0564::70::100.0::1.4E-11::+		MW0559::70::100.0::1.4E-11::+			SACOL0651::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_I_4	TTAAACTTTAAAACGTCTTTTGAAAATGTCGAACATAATCCATATTTAGATAAATTTTATAGCGATTTTG	22.86	33	119	Mu50	SAV0556	deoxypurine kinase		SAR0561::70::98.57143::3.8E-11::+	SAS0514::70::98.57143::3.8E-11::+	SAV0556::70::100.0::1.4E-11::+	MW0511::70::98.57143::3.8E-11::+	SA0514::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0603::70::98.57143::3.8E-11::+
5QSA00006_I_5	CAAAACCAAACAAATAATAACCAATCAAGTAATAACCAAGCGAATAATAATCAAAAATCAAGTTACGTTG	27.14	35	59	COL	SACOL2365	conserved hypothetical protein								SACOL2365::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_I_6	AATATTAATTTAGAAATAGGTGATATTTTAATCATGATTGGACATGATAATGATTTAAATCGCTTTGAAA	21.43	33	111	MSSA476	SAS1023	putative potassium transport protein		SAR1061::70::98.57143::3.8E-11::+	SAS1023::70::100.0::1.4E-11::+	SAV1088::70::100.0::1.4E-11::+	MW0970::70::100.0::1.4E-11::+	SA0939::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL1096::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_I_7	CAGTGGCTCGTCAAATTTATCCATTTAATGGTAATAAATCACAAGCATTACAACAATTGCCTAATTTCCA	32.86	30	113	MRSA252	SAR2457	putative lipoprotein		SAR2457::70::100.0::1.4E-11::+						
5QSA00006_I_8	AAGGTAACGTACCTGGACCTAAAAAAGGTTTAGTAGAAATCAGAACTTCAATTAAAAAAGGTAATAAATA	28.57	31	75	MSSA476	SAS2141	50S ribosomal protein L3		SAR2335::70::98.57143::3.8E-11::+	SAS2141::70::100.0::1.4E-11::+	SAV2250::70::100.0::1.4E-11::+	MW2169::70::100.0::1.4E-11::+	SA2047::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL2239::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_I_9	GCAAGGCGTAACGAATAAAGGTAATTTAGATATTAATAGGCAAAGAAAACAGTATAATGAAGTGGCTTTA	31.43	31	79	MSSA476	SAS0044	conserved hypothetical protein			SAS0044::70::100.0::1.4E-11::+					
5QSA00006_J_1	AAAATTAGACACACTAGAAGAAGTAAAAAAGGGCTATTTTCCAATCAAACGTGCGATTGACTTGGTATTA	32.86	30	84	MRSA252	SAR0131	putative sugar transferase		SAR0131::70::100.0::1.7E-11::+						
5QSA00006_J_10	CAAATCCAGAATCTAACCAAGCTTTAAGATTGGTACTTGAACGCGCTAAGACATATTCAGTACCGAATCA	38.57	31	106	MRSA252	SAR0680	conserved hypothetical protein		SAR0680::70::100.0::2.1E-11::+	SAS0634::70::94.28571::1.4E-9::+		MW0631::70::94.28571::1.4E-9::+			SACOL0727::70::94.28571::1.4E-9::+
5QSA00006_J_11	AAAAGTAAATCAATTTTTAGATTTATTTGATGAATCATTATTCGTAAAAGTAGGTATGGAACTTTTTTAT	20.0	32	142	MSSA476	SAS1138	putative orotidine 5-phosphate decarboxylase		SAR1180::70::100.0::1.8E-11::+	SAS1138::70::100.0::1.8E-11::+	SAV1204::70::100.0::1.7E-11::+	MW1087::70::100.0::1.7E-11::+	SA1047::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL1216::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00006_J_12	AGGAACAACAGCTACACAAACCTCTAATTCGCCATTAAATGTTTCTACAGACGCTAAAGCTTATCATATT	35.71	29	80	MRSA252	SAR1139	exotoxin		SAR1139::70::100.0::2.1E-11::+						
5QSA00006_J_13	CATTTAATGAGCAGAATAAGAAGATACCCATTGCCTTTAGTACTTGAAATATCAAATATCGAAAGTGTAA	30.0	29	92	N315	SA1722	PcrB-like protein	pcrB	SAR1998::70::95.71428::4.4E-10::+	SAS1829::70::97.14286::1.5E-10::+	SAV1906::70::98.57143::5.1E-11::+	MW1847::70::97.14286::1.5E-10::+	SA1722::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL1967::70::97.14286::1.5E-10::+
5QSA00006_J_14	ACAATGGTTGAAGGTATTCAACAAACAGCCAAAGCCGAACATAATGTGAAACTAATCAAAAATACTAATG	32.86	30	81	MRSA252	SAR1902	serine protease	splE	SAR1902::70::100.0::2.1E-11::+		SAV1809::70::90.0::3.0E-8::+		SA1627::70::90.0::3.0E-8::+		SACOL1865::70::92.85714::3.9E-9::+,SACOL1864::70::90.0::3.0E-8::+
5QSA00006_J_15	TTTAGAATTAGCTAAATATTGCAACGTATCCAAACGCACAATTTTAAGAGATATTGATGATTTAGAAAAT	25.71	31	121	MSSA476	SAS2204	DeoR family regulatory protein		SAR2396::70::100.0::1.7E-11::+	SAS2204::70::100.0::1.7E-11::+	SAV2312::70::100.0::1.7E-11::+	MW2232::70::100.0::1.7E-11::+	SA2105::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL2304::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00006_J_16	TGAAAATACTGAAATCCTAACGTTGGCATCGGAAGCTAAAGCGAATGAAAGAGTTGCAATCGTTGGCTAT	40.0	30	85	MRSA252	SAR1905	serine protease		SAR1905::70::100.0::2.1E-11::+						
5QSA00006_J_17	ACAAAAAATTATGGAACCGATTCAACAAATAAAAGCATTACAAATTATTGAGGATGATAAAGCAAATCTC	27.14	32	85	Mu50	SAV2423	6-carboxyhexanoate-CoA ligase		SAR2513::70::97.14286::1.5E-10::+	SAS2314::70::98.57143::5.1E-11::+	SAV2423::70::100.0::1.7E-11::+	MW2346::70::98.57143::5.1E-11::+	SA2211::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL2424::70::97.14286::1.5E-10::+
5QSA00006_J_18	CATATCCAACAGACAGAACAGAAGTTTATTTAAATGACTATGCTAAAATAATTATGAGTCATAACGTAAC	28.57	30	95	Mu50	SAV0998	adaptor protein		SAR0966::70::98.57143::6.2E-11::+	SAS0868::70::98.57143::6.2E-11::+	SAV0998::70::100.0::2.2E-11::+	MW0880::70::98.57143::6.2E-11::+	SA0857::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL1003::70::98.57143::6.2E-11::+
5QSA00006_J_19	CTTAATCGTAAAGGATTACAGATTAGTGCAGAAACTGCCAAAGAACACATACTGGATATTGCGGGAATTC	38.57	30	68	Mu50	SAV2509	GTP-pyrophosphokinase		SAR2586::70::97.14286::1.5E-10::+	SAS2394::70::95.71428::4.4E-10::+	SAV2509::70::100.0::1.7E-11::+	MW2427::70::95.71428::4.4E-10::+	SA2297::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL2518::70::95.71428::4.4E-10::+
5QSA00006_J_2	GAGTACGGTGCAGTAGATACAGTGATTGATGCTATAGATACGATTGTTACATCTAAAGATAATCAAACGA	35.71	31	102	MSSA476	SAS0232	conserved hypothetical protein		SAR0252::70::98.57143::6.1E-11::+	SAS0232::70::100.0::2.1E-11::+	SAV0255::70::100.0::2.1E-11::+	MW0231::70::100.0::2.1E-11::+	SA0245::70::100.0::2.1E-11::+		SACOL0240::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00006_J_20	AAAAGTATATTTAAATGGTAATTTTGAAGGCATCACATACCCAGAAAGTTTTAAAGTATTTGGTTCAGAA	27.14	33	118	Mu50	SAV1397	tetrahydrodipicolinate acetyltransferase	dapD	SAR1409::69::97.10145::3.2E-10::+	SAS1338::70::98.57143::6.2E-11::+	SAV1397::70::100.0::2.2E-11::+	MW1285::70::98.57143::6.2E-11::+	SA1229::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL1432::70::98.57143::6.2E-11::+
5QSA00006_J_21	CTCGTCCAATAGGTTGGATTTCTACTGTATCGAAAGATGGGAAAGATAATTTAGCGCCTTATAGTCAGTA	38.57	29	77	Mu50	SAV2655	hypothetical protein		SAR2735::70::94.28571::1.2E-9::+	SAS2541::70::95.71428::4.4E-10::+	SAV2655::70::100.0::1.7E-11::+	MW2576::70::95.71428::4.4E-10::+	SA2448::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL2678::70::95.71428::4.4E-10::+
5QSA00006_J_22	AAAATATAATCATCAAAAGTATTGCAGCATTGACGATTTTAACATCAGTGACTGGCGTCGGCACAACAAT	35.71	30	87	Mu50	SAV1809	serine protease	splF	SAR1903::70::97.14286::1.7E-10::+,SAR1900::70::97.14286::1.8E-10::+,SAR1902::70::95.71428::5.0E-10::+,SAR1905::70::92.85714::3.9E-9::+	SAS1733::70::92.85714::3.9E-9::+	SAV1809::70::100.0::2.2E-11::+,SAV1810::70::92.85714::3.9E-9::+	MW1752::70::92.85714::3.9E-9::+	SA1627::70::100.0::2.2E-11::+,SA1628::70::92.85714::3.9E-9::+		SACOL1865::70::98.57143::6.1E-11::+,SACOL1864::70::95.71428::5.1E-10::+,SACOL1866::70::92.85714::3.9E-9::+
5QSA00006_J_23	ATTTGTATGACACATTATTGATGAATTATAACTTTGTCATTATCGATACGCCACCAGTGAACACAGTTAC	32.86	31	98	Mu50	SAV2663	capsular polysaccharide biosynthesis		SAR2744::70::98.57143::5.1E-11::+	SAS2549::70::98.57143::5.1E-11::+	SAV2663::70::100.0::1.7E-11::+	MW2583::70::98.57143::5.1E-11::+	SA2456::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL2686::70::98.57143::5.1E-11::+
5QSA00006_J_24	TTGTACAAGTTGAAGAAAAATCAACGCAACCAAAAGGTAGAAAATTCAAAGATTTCACTAGCAAATTTAA	28.57	33	71	Mu50	SAV1810	serine protease	splD	SAR1900::70::97.14286::1.8E-10::+	SAS1733::70::97.14286::1.8E-10::+	SAV1810::70::100.0::2.2E-11::+,SAV1809::70::97.14286::1.8E-10::+	MW1752::70::97.14286::1.8E-10::+	SA1628::70::100.0::2.2E-11::+,SA1627::70::97.14286::1.8E-10::+		SACOL1866::70::98.57143::6.2E-11::+,SACOL1864::70::97.14286::1.8E-10::+
5QSA00006_J_3	ATTTTGGTGATGTTGTAGAACTAGCAAAGAAAACAGAAGCAACAGTAATTGGAAGTGCAGAAATGGCTGA	37.14	32	70	MRSA252	SAR1785	metallo-beta-lactamase superfamily protein		SAR1785::70::100.0::1.7E-11::+	SAS1634::70::97.14286::1.5E-10::+	SAV1707::70::97.14286::1.5E-10::+		SA1529::70::97.14286::1.5E-10::+		SACOL1754::70::97.14286::1.5E-10::+
5QSA00006_J_4	GCGTCGGCACAACAGTGGTTGAGGGTATTCAACAAACGGCTAAAGCTGAACATAATGTGAAACTAATCAA	42.86	30	74	COL	SACOL1865	serine protease SplE, putative		SAR1902::70::90.0::2.9E-8::+						SACOL1865::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00006_J_5	GATGACTTTATTCAAAAAATGTTATTAGGCAATATACAAGCTGATGCATTACGTCATTATTTACAAGCTG	30.0	32	100	MRSA252	SAR2183	transcriptional activator	tenA	SAR2183::70::100.0::1.7E-11::+						
5QSA00006_J_6	TAAAAATGTAATGGTTAAAGGTTTAACTGCTTTAACTATTTTAACTATTTTAACATCTCTTGGTTTTGCT	24.29	35	134	COL	SACOL1869	serine protease SplA	splA							SACOL1869::70::100.0::2.1E-11::+
5QSA00006_J_7	ATGCACTCGAAGAAGTGAGAAAAGGCTATTACCCAATTAAACGTGCGATTGACTTAGTATTAAGTATCGT	37.14	29	75	Mu50	SAV0129	similar to capsular polysaccharide biosynthesis				SAV0129::70::100.0::1.7E-11::+		SA0124::70::100.0::1.7E-11::+		
5QSA00006_J_8	AATACGCAGGGTATCAACGATGATGATGTGATTGTAACTCATGATGCCGTAAGACCATTTTTAACTCAAC	38.57	30	81	MRSA252	SAR0246	conserved hypothetical protein		SAR0246::70::100.0::2.1E-11::+						
5QSA00006_J_9	ATGAACAATTAATTGAAAACTTCAATACTTTACAAGATGTATTAGCTAAAGCTAAACCATCATCTGCTAA	27.14	32	99	MSSA476	SAS0496	50S ribosomal protein L1		SAR0543::70::100.0::1.7E-11::+	SAS0496::70::100.0::1.7E-11::+	SAV0538::70::100.0::1.7E-11::+	MW0493::70::100.0::1.7E-11::+	SA0496::70::100.0::1.7E-11::+		SACOL0584::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00006_K_1	TAGAATTGTTAAATTCGCATTCGGATCATACACCTCTCAATATCTATCGGAATTAACACATGAACAAACT	32.86	31	85	Mu50	SAV0916	hypothetical protein				SAV0916::70::100.0::1.4E-11::+				
5QSA00006_K_10	CATTCTTTGTGTCTAATATGTCTCCAAAGAAAGGCAGAGCATTAGATATCGGATGTGGCTCGGGTTTGTT	41.43	29	84	MRSA252	SAR1734	transposon Tn554 hypothetical protein		SAR1734::70::100.0::1.4E-11::+,SAR0049::70::100.0::1.4E-11::+,SAR1733::70::100.0::1.3E-10::+		SAV0050::70::100.0::1.4E-11::+,SAV1653::70::100.0::1.4E-11::+		SA0047::70::100.0::1.4E-11::+,SA0767::70::100.0::1.4E-11::+,SA1479::70::100.0::1.4E-11::+,SA1950::70::100.0::1.4E-11::+,SA2383::70::100.0::1.4E-11::+		
5QSA00006_K_11	TAAGACAAAGAAAAGATTTTAAAGTAATTGAAGAACGAGATTATATTCGTAACACTAAAGAAAGTGGTTA	25.71	32	69	MSSA476	SAS0875	conserved hypothetical protein		SAR0973::70::100.0::1.4E-11::+	SAS0875::70::100.0::1.4E-11::+	SAV1006::70::100.0::1.4E-11::+	MW0887::70::100.0::1.4E-11::+	SA0864::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL1010::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_K_12	ACATTAGAATTAACAAAAATTAAAGAAGTATTACAAAAAAACTTGAAGATTTTAATTATTTTACCGCTAT	18.57	35	120	MSSA476	SAS0124	capsular polysaccharide synthesis enzyme		SAR0151::70::100.0::1.4E-11::+	SAS0124::70::100.0::1.4E-11::+	SAV0149::70::100.0::1.4E-11::+	MW0124::70::100.0::1.8E-11::+	SA0144::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0136::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_K_13	TATTCAGAAAACACTTATTTTTAGGGTTACTTGTGTCTAGTTTAGTTTTTGCATCATTACACGAATCTGA	30.0	31	84	Mu50	SAV1780	hypothetical protein			SAS1703::70::95.71428::2.7E-10::+	SAV1780::70::100.0::1.4E-11::+	MW1720::70::95.71428::2.7E-10::+	SA1598::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL1830::70::95.71428::2.7E-10::+
5QSA00006_K_14	ACCACATGGATTAATAGTATCTTGTCAGGCACTAGCAGATGAACCATTGCATTCATCTTTTATTATGTCG	37.14	28	104	Mu50	SAV0318	N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase		SAR0315::70::98.57143::4.0E-11::+	SAS0295::70::98.57143::4.0E-11::+	SAV0318::70::100.0::1.4E-11::+	MW0295::70::98.57143::4.0E-11::+	SA0307::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0315::70::98.57143::4.0E-11::+
5QSA00006_K_15	GCAAGTACATCAAATTGACTTAGGTATAGAATTACAGTCATTATTATTCTTTATGAAAAATTACAGTGAA	25.71	31	95	MSSA476	SAS1951	conserved hypothetical protein		SAR2133::70::100.0::1.4E-11::+	SAS1951::70::100.0::1.4E-11::+	SAV2046::70::100.0::1.4E-11::+	MW1970::70::100.0::1.4E-11::+	SA1851::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL2035::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_K_16	GAAGATCCTACAATTATTGAAAATTATATTAATGCTGGTATCGTACTTGCTGATGCGAATGAGATTGAAA	31.43	30	80	Mu50	SAV1620	hypothetical protein		SAR1699::70::95.71428::3.7E-10::+	SAS1556::70::98.57143::4.0E-11::+	SAV1620::70::100.0::1.4E-11::+	MW1570::70::98.57143::4.0E-11::+	SA1448::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL1675::70::98.57143::4.0E-11::+
5QSA00006_K_17	ATATTTCTATAGTGGCATTATTACTTGCCATCATTGTTGCAGTACCTATAGGCATTTTATTATCAAAAAC	30.0	33	100	MSSA476	SAS2339	putative glycine betaine/carnitine/choline transport system permease protein		SAR2537::70::100.0::1.4E-11::+	SAS2339::70::100.0::1.4E-11::+	SAV2447::70::100.0::1.4E-11::+	MW2371::70::100.0::1.4E-11::+	SA2236::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL2452::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_K_18	AACATATCAACAACCAGTAACAATTGCAGAAATTCAAACACTCGAATCACTAATTGAAAAGATTTTAGAA	28.57	31	77	Mu50	SAV1669	uroporphyrinogen III synthase	hemD	SAR1749::70::97.14286::1.2E-10::+	SAS1598::70::98.57143::4.0E-11::+	SAV1669::70::100.0::1.4E-11::+	MW1613::70::98.57143::4.0E-11::+	SA1493::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL1716::70::98.57143::4.0E-11::+
5QSA00006_K_19	GAAAAAAGTTATAAGTTTATTTGTTGCAATTTTATCAGTGTTGATTTTTACGGATAATGCGAACGCCGAA	30.0	32	72	Mu50	SAV2595	hypothetical protein				SAV2595::70::100.0::1.4E-11::+		SA2381::70::100.0::1.4E-11::+		
5QSA00006_K_2	TCCTAGTGATTTGCGATTGGAAGATATTGGTTTTATTTTTCAATCTTCACATTTAGTTCCTTATTTAAAA	27.14	30	85	Mu50	SAV2359	similar to ABC transporter (ATP-binding protein)		SAR2445::70::97.14286::1.2E-10::+	SAS2250::70::98.57143::3.9E-11::+	SAV2359::70::100.0::1.4E-11::+	MW2280::70::98.57143::3.9E-11::+	SA2149::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL2356::70::98.57143::3.9E-11::+
5QSA00006_K_20	AAAAAACATTTCAAAGAAGTTGAACTCGTAACGTTTAATTATGGCCAAAGACATGATACTGAAATTGAAG	30.0	30	89	MSSA476	SAS0677	conserved hypothetical protein		SAR0765::70::98.57143::4.0E-11::+	SAS0677::70::100.0::1.4E-11::+	SAV0712::70::100.0::1.4E-11::+	MW0674::70::100.0::1.4E-11::+	SA0667::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0772::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_K_21	ACGATAAAATCTTTTAAGGAACTCTATAGGTTTGATGATGAGATTGTACTTCAAGCACAACAGACCATTA	32.86	28	89	MSSA476	SAS1912	hypothetical phage protein		SAR2093::70::100.0::1.4E-11::+	SAS1912::70::100.0::1.4E-11::+	SAV1992::70::100.0::1.4E-11::+	MW1929::70::100.0::1.4E-11::+			
5QSA00006_K_22	CACTCTTTTTAGGATTAGTTGTCGCGCTTATATATATCTTCTTCAAAGTAATTTTTGATAAGCGAATTAA	28.57	32	113	MRSA252	SAR0151	capsular polysaccharide synthesis enzyme	capA	SAR0151::70::100.0::1.4E-11::+	SAS0124::70::97.14286::1.2E-10::+	SAV0149::70::97.14286::1.2E-10::+		SA0144::70::97.14286::1.2E-10::+		SACOL0136::70::97.14286::1.2E-10::+
5QSA00006_K_23	TATACAAGAAAAATATATGATAAATTAGGATATGAAAACACTAAAAATTATGATCAATTAAAAAAAGTAG	17.14	37	88	MSSA476	SAS0576	putative DNA repair protein		SAR0617::70::97.14286::9.3E-11::+	SAS0576::70::100.0::1.4E-11::+	SAV0608::70::100.0::1.4E-11::+	MW0572::70::100.0::1.4E-11::+	SA0565::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0664::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_K_24	ATTATTGTACTGATGAAATATATCAACAATTAAAAGCTAACAATCAAATTATTCTGAAATATGTGAATAA	20.0	35	113	MSSA476	SAS1004	putative phosphoribosylformylglycinamidine synthase I		SAR1042::70::98.57143::4.2E-11::+	SAS1004::70::100.0::1.4E-11::+	SAV1068::70::100.0::1.4E-11::+	MW0951::70::100.0::1.4E-11::+	SA0920::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL1077::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_K_3	CGGATTATATTGCAGTACACACTGGTTATGATTTACAAGCAGAAGGGCAATCACCATTAGAAAGTTTAAG	37.14	31	76	MSSA476	SAS0528	putative hexulose-6-phosphate synthase		SAR0574::70::98.57143::3.7E-11::+	SAS0528::70::100.0::1.4E-11::+	SAV0570::70::98.57143::3.7E-11::+	MW0525::70::100.0::1.4E-11::+	SA0528::70::98.57143::3.7E-11::+		SACOL0617::70::98.57143::3.7E-11::+
5QSA00006_K_4	CAAATATTAAAGTTATTATTTCAAAATGAAGATAAATATGTAAGTAGAACTGCTTTAATTGAAAAATGTT	18.57	33	109	MSSA476	SAS2511	response regulator protein		SAR2703::70::100.0::1.4E-11::+	SAS2511::70::100.0::1.4E-11::+	SAV2625::70::100.0::1.4E-11::+	MW2545::70::100.0::1.4E-11::+	SA2418::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL2646::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_K_5	GCTTTACGAATCTAATATTATTAACAAAAATCCCAGATATAGAATTATTAAATATAAAAACGACTATCTG	22.86	32	94	MSSA476	SAS0557	putative membrane protein			SAS0557::70::100.0::1.4E-11::+		MW0553::70::100.0::1.4E-11::+			
5QSA00006_K_6	AAGTTGAAACCTAACTGTCATTGCACATCTAAATATCTCAATAACTTCATTGAACAAGATCATCGTCACA	32.86	30	88	Mu50	SAVP024	probable transposase	tnpF			SAVP024::70::100.0::1.4E-11::+			VRA0032::70::100.0::1.4E-11::+	
5QSA00006_K_7	GGGGATTTTGAACCAGTATCGATTAAGATGGCTAAGGATCAAAATTTATCATTAAATCCAACTAAAATTT	30.0	30	130	COL	SACOL0527	conserved hypothetical protein		SAR0486::70::98.57143::9.2E-11::+	SAS0442::70::98.57143::9.2E-11::+	SAV0485::70::100.0::1.4E-11::+	MW0440::70::98.57143::9.2E-11::+	SA0443::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0527::70::100.0::3.4E-11::+
5QSA00006_K_8	ACATGCAACAAGGTCATATGCAATCATCAAACCATCAAATGAACCAAAGTAACAAAAAAGTTTTACCAGC	34.29	32	58	MRSA252	SAR0136	putative surface anchored protein	sasD	SAR0136::70::100.0::1.4E-11::+						
5QSA00006_K_9	TAAATTGTTATATAGGCATATGGGACCGCAAAATTGGTGGCCTGCTGATAATGACATTGAACTGATGTTA	37.14	31	92	Mu50	SAV0608	putative endonuclease III		SAR0617::70::97.14286::9.3E-11::+		SAV0608::70::100.0::1.4E-11::+		SA0565::70::100.0::1.4E-11::+		
5QSA00006_L_1	CTCACTACTGTGGAGTATGGGCAATCGTAAATCCAATAGCCGGCGGTGTATGTGAAGCAGTTTGCGGAAC	50.0	30	70	N315	SAP003	hypothetical protein						SAP003::70::100.0::1.7E-11::+		
5QSA00006_L_10	ACAGTGGTTGATGGTATTCAACAAACAGCCAAAGCCGAAAATACTGTTAAACAAATTACAAATACAAATG	32.86	31	75	MSSA476	SAS1733	serine protease		SAR1900::70::92.85714::3.9E-9::+	SAS1733::70::100.0::2.2E-11::+	SAV1809::70::97.14286::1.8E-10::+	MW1752::70::100.0::2.2E-11::+	SA1627::70::97.14286::1.8E-10::+		SACOL1864::70::97.14286::1.8E-10::+
5QSA00006_L_11	GATCCAGTATCTACCGTAGATATTGTTATAGGAAGAGTTGCCCAAGTTCATATTGACGATAAGGTTATTC	37.14	30	89	COL	SACOL2678	conserved hypothetical protein			SAS2541::70::98.57143::5.1E-11::+	SAV2655::70::98.57143::5.1E-11::+	MW2576::70::98.57143::5.1E-11::+	SA2448::70::98.57143::5.1E-11::+		SACOL2678::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00006_L_12	AACAGTTTGAATCTACAGGAACTATAAAAAGAATCAAAGACAATATTTTAAATTTTGATGCATACATTGA	24.29	31	105	MSSA476	SAS1734	serine protease		SAR1906::70::92.85714::3.9E-9::+	SAS1734::70::100.0::2.2E-11::+	SAV1811::70::100.0::2.2E-11::+	MW1753::70::100.0::2.2E-11::+	SA1629::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL1867::70::100.0::2.2E-11::+
5QSA00006_L_13	TATGATTACACGGTTGTGAATGAAATATTTGAAATGAAAGCACCATCAGCTTCTAAAGAAGAGCTTGCAG	35.71	30	77	MRSA252	SAR2735	conserved hypothetical protein		SAR2735::70::100.0::1.7E-11::+						
5QSA00006_L_14	CACTAAAAAAGCTACTATTTCAAATTATGAGACAGGGTACAGAACTCCTAAACAAGATGATTTGTTTGAA	31.43	30	85	COL	SACOL0321	prophage L54a, repressor protein, putative								SACOL0321::70::100.0::2.2E-11::+
5QSA00006_L_15	ACGTCCTGACGTCTGGACCGATTCCGCCAAATCCATCAGAGTTAATCACATCAAGAGCATTTGCGAATTT	45.71	29	89	MRSA252	SAR2744	putative capsule synthesis protein		SAR2744::70::100.0::1.7E-11::+						
5QSA00006_L_16	ATCAACTAGGGGTATTACCTGAGCAAATTATGTATGTTGGCGATGATGCGTTAAATGATGTAGCTCCAGC	41.43	30	78	MSSA476	SAS0579	haloacid dehalogenase-like hydrolase		SAR0620::70::94.28571::1.4E-9::+	SAS0579::70::100.0::2.2E-11::+	SAV0611::70::100.0::2.2E-11::+	MW0575::70::100.0::2.2E-11::+	SA0568::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL0667::70::100.0::2.2E-11::+
5QSA00006_L_17	TTGGTATTGTGGCTTCGTCTCAAAACTTTAGTATTTTAGAAATTATCTTGTTATGTCTTGTTATATATGC	28.57	30	69	Mu50	SAV0010	amino acid permease		SAR0010::70::97.14286::1.5E-10::+	SAS0010::70::98.57143::5.2E-11::+	SAV0010::70::100.0::1.8E-11::+	MW0010::70::98.57143::5.2E-11::+	SA0010::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL0010::70::98.57143::5.2E-11::+
5QSA00006_L_18	TTTAAAAATTAACGCTGAAGATCCTTCTGGTAGAATGAAACTCGATTTTGATAGTATGAAATTAGTAGAT	28.57	31	85	MRSA252	SAR0365	hypothetical protein		SAR0365::70::100.0::2.2E-11::+						
5QSA00006_L_19	GGTTACGGCGAAGACGGGGAAAGAAGCGGACTTTCGCCTAAGAACAGAACAACCAGATATTATCTTATTA	44.29	30	74	MRSA252	SAR0068	response regulator protein	kdpE	SAR0068::70::100.0::1.8E-11::+		SAV0070::70::100.0::1.8E-11::+		SA0066::70::100.0::1.8E-11::+		
5QSA00006_L_2	TAATTTTCCATATAATGGCGTCGTTTCATTTAAGGATGCGACAGGTTTTGTAATTGGAAAAAATACAATT	30.0	31	118	Mu50	SAV1811	serine protease	splC		SAS1734::70::97.14286::1.8E-10::+	SAV1811::70::100.0::2.2E-11::+	MW1753::70::97.14286::1.8E-10::+	SA1629::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL1867::70::97.14286::1.8E-10::+
5QSA00006_L_20	GGTGGTATTTATAAAATTAAAAGTATTTCCGATTATCCAGGCAATGAAGATATTTCCGTCATGAATATAG	30.0	30	87	MRSA252	SAR1906	serine protease	splC	SAR1906::70::100.0::2.2E-11::+						
5QSA00006_L_21	ATTGAATATAAAAATGTGACAGGTTATATCAGTTTCATTCAACCAAGTATTAAATTTATGAATATCATAG	22.86	33	99	MSSA476	SAS0385	exotoxin			SAS0385::70::100.0::1.8E-11::+	SAV0423::70::100.0::1.8E-11::+	MW0383::70::100.0::1.8E-11::+	SA0383::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL0469::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00006_L_22	TCCAAGTTTTTTTCTGGATTTAATACTGGGAAAATATCATTTCATTTGAATGACGGTACATCATTCTCTT	30.0	31	82	MRSA252	SAR1920	enterotoxin		SAR1920::70::100.0::2.2E-11::+						
5QSA00006_L_23	TCACTATCAATTTGAAAGACGAGAAAAAGGAAGTAATTGATTTAGGTGATAAACTGCAATTCGAGCGCAT	34.29	30	79	Mu50	SAV0426	exotoxin 11	set11			SAV0426::70::100.0::1.8E-11::+		SA0387::70::100.0::1.8E-11::+		
5QSA00006_L_24	TATGCTCGAAGGTTTGGTGAAATATTCAATTCCGATTACCCTCGTAACATTTGTATTAGGGTTAATCATT	34.29	30	91	MRSA252	SAR2503	transport system membrane protein		SAR2503::70::100.0::2.2E-11::+						
5QSA00006_L_3	TTATTAATTCTGAAATGGCGACTCAAAATAAGGGAGAAGCTTTGAAAATTAAAGGTATGGTCTTATACAT	30.0	30	88	MSSA476	SAS0074	putative lipoprotein			SAS0074::70::100.0::2.8E-11::+		MW0073::70::100.0::1.7E-11::+			
5QSA00006_L_4	GATACAAATAAAGGAAGAAATTATGGTAATAAGTCAAAATTTAGTTCTGGATTTAATGCAGGAAAAATAT	24.29	32	88	Mu50	SAV1829	enterotoxin	sem			SAV1829::70::100.0::2.2E-11::+		SA1647::70::100.0::2.2E-11::+		
5QSA00006_L_5	GGTAAACACGCAGATAATATATCAATTGGTGGAATTACAAAAACAAATAAGAATCAATATAAAGACCCTG	30.0	31	70	MSSA476	SAS0396	exotoxin			SAS0396::70::100.0::1.7E-11::+		MW0394::70::100.0::1.7E-11::+			
5QSA00006_L_6	ATTAGAAGAAGCAAAATTTGCAATTAGTGTGTTAGGTGGTAACGTTACAGAAACACATACCTTTAAATTG	31.43	31	115	Mu50	SAV2710	glucose-inhibited division protein B	gidB	SAR2796::70::98.57143::6.2E-11::+	SAS2592::70::94.28571::1.4E-9::+	SAV2710::70::100.0::2.2E-11::+	MW2628::70::94.28571::1.4E-9::+	SA2499::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL2736::70::97.14286::1.8E-10::+
5QSA00006_L_7	AAACGGTTTAAAAATCAAGATGTATTAAAGCATATTAATATCACTTTAGAAAATAACGAAGTTTATGGAT	22.86	32	114	MSSA476	SAS1741	putative lantibiotic transport ATP-binding protein			SAS1741::70::100.0::1.7E-11::+		MW1760::70::100.0::1.7E-11::+			SACOL1873::70::98.57143::5.1E-11::+
5QSA00006_L_8	TTAATTATGGGATTTGTTTTAAGTTACTTTGGTTCTGTAATGGGATTATTAATTGTACTTTGGGGACTTA	28.57	34	77	MSSA476	SAS0197	putative sugar phosphate transport protein		SAR0213::70::98.57143::2.0E-10::+	SAS0197::70::100.0::7.7E-11::+	SAV0221::70::100.0::7.7E-11::+	MW0197::70::100.0::7.7E-11::+	SA0214::70::100.0::7.7E-11::+		SACOL0200::70::100.0::7.7E-11::+
5QSA00006_L_9	GACAAACTAGAAGAAGTGAGAAAAAGCTATTACCCAATTAAACGTGCGATTGACTTAATTTTAAGCATTG	32.86	31	84	MSSA476	SAS0103	putative sugar transferase			SAS0103::70::100.0::1.7E-11::+		MW0103::70::100.0::1.7E-11::+			SACOL0114::70::100.0::1.7E-11::+
5QSA00006_M_1	ATGATTATATAGAGGTAGTTGTTGGTAGAGAAGATGTTGAACAAGTTAAACCTGATCCTGAATTATATTT	30.0	31	95	MSSA476	SAS2213	haloacid dehalogenase-like hydrolase		SAR2404::70::95.71428::2.7E-10::+	SAS2213::70::100.0::1.4E-11::+	SAV2320::70::97.14286::9.3E-11::+	MW2241::70::100.0::1.4E-11::+	SA2111::70::97.14286::9.3E-11::+		SACOL2313::70::97.14286::9.3E-11::+
5QSA00006_M_10	CTAATTAAATATGAACAAGGTGAAGTAGTAAACGATATTAATACAGTGATTGATGATTTAGTATCTGATC	27.14	32	98	Mu50	SAV0259	cell division and morphogenesis-related protein	scdA		SAS0236::70::98.57143::4.3E-11::+	SAV0259::70::100.0::1.4E-11::+	MW0235::70::98.57143::4.3E-11::+	SA0249::70::100.0::1.4E-11::+		
5QSA00006_M_11	GGGAAATGAAGTGCCAATTGTAGATCGTTTAACATTAGATTTAATTAAGCAATTAATTCGTATGAATAAT	27.14	31	112	Mu50	SAV1614	similar to caffeoyl-CoA O-methyltransferase		SAR1693::69::95.652176::5.2E-10::+	SAS1550::69::98.55073::6.1E-11::+	SAV1614::70::100.0::1.4E-11::+	MW1564::69::98.55073::6.1E-11::+	SA1442::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL1669::70::98.57143::3.6E-11::+
5QSA00006_M_12	GATCATTATTATTTCAGTTGCTGCTAAGACAATAACAAAAGTGTTGAGTGCGCTAGTTATGGGAATATTA	32.86	30	85	Mu50	SAV0456	hypothetical protein		SAR0456::70::97.14286::1.3E-10::+	SAS0414::70::97.14286::1.3E-10::+	SAV0456::70::100.0::1.4E-11::+	MW0410::70::97.14286::1.3E-10::+	SA0415::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0498::70::95.71428::3.9E-10::+
5QSA00006_M_13	AAATATTTTAGTGTTAACAATTATGTTAGTCATTACTTTGTATTTCAGTTATATTATTAAAACACTCGCA	21.43	32	97	Mu50	SAV2351	hypothetical protein		SAR2436::70::97.14286::9.3E-11::+	SAS2242::70::97.14286::9.3E-11::+	SAV2351::70::100.0::1.4E-11::+	MW2272::70::97.14286::9.3E-11::+	SA2141::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL2346::70::97.14286::9.3E-11::+
5QSA00006_M_14	CATTTGTTAGTGATAATACGTTAACAGTAAATGTGAATCGTTTACGAAAAAAATTATCTGAAATTAGTAT	24.29	33	102	MSSA476	SAS0624	putative response regulator protein			SAS0624::70::100.0::1.4E-11::+	SAV0659::70::98.57143::4.3E-11::+	MW0621::70::100.0::1.4E-11::+	SA0614::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0716::70::100.0::1.5E-11::+
5QSA00006_M_15	AAGATAGTTGCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACGTATAGCTCTAG	38.57	30	81	Mu50	SAV2690	pyrrolidone-carboxylate peptidase	pcp	SAR2772::70::92.85714::2.5E-9::+	SAS2576::70::92.85714::2.5E-9::+	SAV2690::70::100.0::1.4E-11::+	MW2610::70::92.85714::2.5E-9::+	SA2482::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL2714::70::92.85714::2.5E-9::+
5QSA00006_M_16	ATTAGATTTAAATGGCAAGGAAATATTACTCGTTGACGATATTTATACAACTGGATTAACAATTCATCGT	28.57	29	108	MSSA476	SAS0716	conserved hypothetical protein		SAR0805::70::98.57143::4.3E-11::+	SAS0716::70::100.0::1.4E-11::+	SAV0751::70::100.0::1.4E-11::+	MW0713::70::100.0::1.4E-11::+	SA0706::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0814::70::98.57143::4.3E-11::+
5QSA00006_M_17	GACCAAAAAGAAGCCATGTGTTTCTCATTAAGTCAAAGTGATTCAGAAGATCCCAGAAAAAAATATTGTT	32.86	31	85	Mu50	SAV0404	hypothetical protein				SAV0404::70::100.0::1.4E-11::+				
5QSA00006_M_18	TTAGAAGATGTTGATCAGTTTATAGATGATCTTAAAAAATATGACAAAATCGAAATTGTAGGTTTAATGA	24.29	33	120	MSSA476	SAS1122	conserved hypothetical protein		SAR1164::70::100.0::1.4E-11::+	SAS1122::70::100.0::1.4E-11::+	SAV1188::70::100.0::1.4E-11::+	MW1071::70::100.0::1.4E-11::+	SA1031::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL1201::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_M_19	ACTAATGAAGGTAATGTTGTAGGTTATAATATTTTTGAAATTACTAATGAAGGTAATGTTGTAGGTTATA	24.29	34	77	MRSA252	SAR1820	conserved hypothetical protein		SAR1820::70::100.0::1.4E-11::+						
5QSA00006_M_2	GCAAAATATGATGAAGTATACGGCTTAACTAAAAAAGGTAGTAAGCAGTTTATTCTCATTAGTGAAAATG	30.0	30	104	Mu50	SAV2131	hypothetical protein		SAR2219::70::98.57143::4.2E-11::+	SAS2034::70::98.57143::4.2E-11::+	SAV2131::70::100.0::1.4E-11::+	MW2055::70::98.57143::4.2E-11::+	SA1933::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL2123::70::98.57143::4.2E-11::+
5QSA00006_M_20	GCAAGAAGTTCACTTACTTCAATGGCACAAAATGATTCTGAAATGATAAGATATGATGCTATAGATAAAT	30.0	31	92	Mu50	SAV2027	hypothetical protein				SAV2027::70::100.0::1.4E-11::+		SA1834::70::100.0::1.4E-11::+		
5QSA00006_M_21	TTTGTTAAAGTAAAGCAGTTAGTATATCAATTGATTAAGTTATATCGTACAAACGATATGAATTCCCATA	25.71	32	106	MSSA476	SAS0043	putative fusidic acid resistance protein			SAS0043::70::100.0::1.4E-11::+					
5QSA00006_M_22	TTTACTCGTGAACAAATAATAGAAAAAATTTGGGGCTATGATTATGAAGGAGATGAACGAACAGTTGACG	34.29	30	83	Mu50	SAV2361	similar to two component response regulator		SAR2447::70::97.14286::1.3E-10::+	SAS2252::70::97.14286::1.3E-10::+	SAV2361::70::100.0::1.4E-11::+	MW2282::70::97.14286::1.3E-10::+	SA2151::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL2358::70::98.57143::4.3E-11::+
5QSA00006_M_23	GTTTATTAACTTTTTAAATCAAATGACTGCTGGAAATTTCGATTTGACTGAAGAAACTCCAAAGCAGTTA	30.0	31	127	Mu50	SAV0748	hypothetical protein		SAR0802::70::98.57143::3.6E-11::+	SAS0713::70::98.57143::3.6E-11::+	SAV0748::70::100.0::1.4E-11::+	MW0710::70::98.57143::3.6E-11::+	SA0703::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0811::70::98.57143::3.6E-11::+
5QSA00006_M_24	TAACGGATTTGATGTGGAAGTCGATGTAAGCGTCATAGATCCATTTCAAATTACCGGCAAGCAACGACGA	42.86	29	114	Mu50	SAV0866	hypothetical protein				SAV0866::70::100.0::1.4E-11::+				SACOL0340::70::90.0::2.7E-8::+
5QSA00006_M_3	ATTCGATAAGATTTATAACATACTAAACATCGAAGCAATACCGTCTAACGTACTACTAAAAAACTTGAGT	30.0	32	101	MSSA476	SAS2412	ABC transport system, ATP-binding protein			SAS2412::70::100.0::1.4E-11::+	SAV2526::70::100.0::1.4E-11::+	MW2446::70::100.0::1.4E-11::+	SA2314::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL2537::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_M_4	TTAAGAGATATTAAAAAATATGAGGCACAAACGATCCCAGCTGTTGAACAAAAATTCGATGCATTCCAAG	34.29	30	58	MSSA476	SAS2409	nitroreductase family protein		SAR2603::70::98.57143::4.2E-11::+	SAS2409::70::100.0::1.4E-11::+	SAV2523::70::100.0::1.4E-11::+	MW2443::70::100.0::1.4E-11::+	SA2311::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL2534::70::98.57143::4.2E-11::+
5QSA00006_M_5	ATACACACATACTTTATGGCGTGTTTATAGTGCTCATCGGTATTGTGTTATTACGGTTATTCAAAATTAA	31.43	32	86	MRSA252	SAR1862	CAAX amino terminal protease family protein		SAR1862::70::100.0::1.4E-11::+						
5QSA00006_M_6	ATCTAAATGGTTGTATCATCGTAAGGGTTCGTGGGTTAAAGTATTGGAAAGTTTATTGATATTACCTATT	31.43	32	97	MSSA476	SAS2168	putative molybdenum transport system permease protein		SAR2362::70::98.57143::4.2E-11::+	SAS2168::70::100.0::1.4E-11::+	SAV2278::70::98.57143::4.2E-11::+	MW2196::70::100.0::1.4E-11::+	SA2073::70::98.57143::4.2E-11::+		SACOL2271::70::98.57143::4.2E-11::+
5QSA00006_M_7	CCTTACCGCTTATACTAGGCGGTATTCGCTTGTCGTCTGTGTATGTAATTAGTTGGGCTACACTTGCAAG	45.71	30	69	MRSA252	SAR2537	putative glycine betaine/carnitine/choline transport system permease protein	opuCB	SAR2537::70::100.0::1.4E-11::+	SAS2339::70::90.0::2.1E-8::+		MW2371::70::90.0::2.1E-8::+			
5QSA00006_M_8	ATACCGCAACAAGCAGAATTATTATTTTCGGGGAACCATATTAGAAACCAAGGATTTATCATCGATCATC	35.71	30	65	MRSA252	SAR0228	putative glutamine amidotransferase class-I		SAR0228::70::100.0::1.4E-11::+						
5QSA00006_M_9	GAACCTAAAGAAAGTGACTTTGAATTAACTTTAATGGAAATAGAGTATCCTGAAAAATTCGTCACTTTAA	28.57	31	144	Mu50	SAV1191	YlmH		SAR1167::70::97.14286::2.6E-10::+	SAS1125::70::97.14286::2.6E-10::+	SAV1191::70::100.0::1.4E-11::+	MW1074::70::97.14286::2.6E-10::+	SA1034::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL1204::70::97.14286::2.3E-10::+
5QSA00006_N_1	ACTGTTTTTATTTTAATTATTGTATTTATAATCCAATTCATTGGGGATTGGCTTACAAATAAACTTGATA	22.86	32	123	Mu50	SAV0838	similar to ABC transporter, permease protein homolog		SAR0871::70::98.57143::5.2E-11::+	SAS0780::70::98.57143::5.2E-11::+	SAV0838::70::100.0::1.8E-11::+	MW0791::70::98.57143::5.2E-11::+	SA0770::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL0883::70::98.57143::5.2E-11::+
5QSA00006_N_10	GGTCCAGGAAATCTAAGAAATTTTTATACTAAATATGAATATGTGAATTTAAAGAATGTTAAAGACAAAA	22.86	32	93	Mu50	SAV2008	extracellular enterotoxin L	sel			SAV2008::70::100.0::2.2E-11::+	MW0760::70::98.57143::6.3E-11::+	SA1816::70::100.0::2.2E-11::+		
5QSA00006_N_11	CACTTTCAATTTGAAAGATGGAGAAAAGCAAGAAATTGATTTAGGTGATAAATTGCAATTCGAGCACATG	32.86	31	90	MSSA476	SAS0390	exotoxin 1			SAS0390::70::100.0::1.8E-11::+		MW0388::70::100.0::1.8E-11::+			
5QSA00006_N_12	AAGCTATGGTCAGTTTTTCTTTAGTTCTTATACAGTTGCCACTGAATTTGGCTTTTTATTATTTTCATTT	28.57	31	80	Mu50	SAV2527	hypothetical protein				SAV2527::70::100.0::2.2E-11::+		SA2315::70::100.0::2.2E-11::+		
5QSA00006_N_13	CTCCAAATGAATTTAGCTTGTTAGAACTATTGTCAAATCATAAAGGAAAAGTACTCACTTATGAGATGAT	30.0	29	96	MSSA476	SAS1984	response regulator protein		SAR2167::70::98.57143::5.2E-11::+	SAS1984::70::100.0::1.8E-11::+	SAV2079::70::98.57143::5.2E-11::+	MW2003::70::100.0::1.8E-11::+	SA1883::70::98.57143::5.2E-11::+		SACOL2071::70::98.57143::5.2E-11::+
5QSA00006_N_14	ATATTCATCCGAAAAATGAATATTTACGACGTGCTAAAGTGCAAGAACAATTTGTGGAAGATTTTAATCG	31.43	31	91	MRSA252	SAR2671	conserved hypothetical protein		SAR2671::70::100.0::2.2E-11::+	SAS2477::70::97.14286::1.8E-10::+	SAV2591::70::100.0::2.2E-11::+	MW2511::70::97.14286::1.8E-10::+	SA2377::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL2608::70::97.14286::1.8E-10::+
5QSA00006_N_15	TTCAATTATTATGTTACGAACTTTGGCTATCTATGGGATTTATTTTTCAAACACTTATTAATGTCTGTCT	27.14	32	65	MSSA476	SAS2337	putative glycine betaine/carnitine/choline transport system permease protein		SAR2535::70::98.57143::5.2E-11::+	SAS2337::70::100.0::1.8E-11::+	SAV2445::70::98.57143::5.2E-11::+	MW2369::70::100.0::1.8E-11::+	SA2234::70::98.57143::5.2E-11::+		SACOL2450::70::98.57143::5.2E-11::+
5QSA00006_N_16	TATTTTATTAATAAAGAGTATTCGAATAAAAATACCCTGTTTTATAAATTGATTGGCGATAATATCTTTA	20.0	34	126	MSSA476	SAS2413	putative membrane protein			SAS2413::70::100.0::2.3E-11::+		MW2447::70::100.0::2.2E-11::+			SACOL2538::70::98.57143::6.7E-11::+
5QSA00006_N_17	AGTTGATGAGAGGCTCAACAAAATGCTGAAAGGAGAAGACAATGGGAGAAGTATCGTGGATAAAACTTAA	38.57	31	53	COL	SACOL0340	conserved hypothetical protein								SACOL0340::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00006_N_18	TCATATGAGTCAACAAGACCATATGAATCAGAACACACACATGAACCAACAGCCACAAATACAACAAGGT	38.57	33	66	Mu50	SAV0134	hypothetical protein			SAS0108::70::95.71428::5.2E-10::+	SAV0134::70::100.0::2.3E-11::+	MW0108::70::95.71428::5.2E-10::+	SA0129::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL0119::70::95.71428::5.2E-10::+
5QSA00006_N_19	AAATAAGGGACAAGCACACCTATCCGATTATCATGCTGACCGGGAAAGATACAGAGGTAGATAAAATTAC	40.0	29	75	pLW043	VRA0037	vancomycin response regulator VanR	vanR						VRA0037::70::100.0::1.8E-11::+	
5QSA00006_N_2	TAATCAAACCACGTTAGAAACATGGTTGTTAGAAAGTCAAAAAGAGGTGATACCTTATGAAGAAAAATGA	31.43	31	85	MSSA476	SAS0178	ATP-binding transport protein			SAS0178::70::100.0::2.2E-11::+	SAV0203::70::100.0::2.2E-11::+	MW0178::70::100.0::2.2E-11::+	SA0197::70::100.0::2.2E-11::+		
5QSA00006_N_20	TGCCCCCATTTTATATTTATAATGAAGATGGTAATTATAGCGAAGAAATGAAGGACGTATATTATGGATA	30.0	33	112	Mu50	SAV0487	hypothetical protein		SAR0488::70::98.57143::6.5E-11::+	SAS0444::70::98.57143::6.5E-11::+	SAV0487::70::100.0::2.3E-11::+	MW0442::70::98.57143::6.5E-11::+	SA0445::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL0529::70::98.57143::6.5E-11::+
5QSA00006_N_21	TTACGGATTATATAAAGGTACATCTAAATACGGTAAAATCATTATCAATTTGAAAGACGAAAATAAAGTA	24.29	33	89	MRSA252	SAR0428	exotoxin 1	set1	SAR0428::70::100.0::1.8E-11::+						
5QSA00006_N_22	GAAAAAAATTATTTTATCAACAACATTGTTACTATTAGGTACAGCATTTACACAATTTCCTAATACACCT	25.71	31	83	Mu50	SAV1167	hypothetical protein			SAS1100::70::98.57143::6.5E-11::+	SAV1167::70::100.0::2.3E-11::+	MW1048::70::98.57143::6.5E-11::+	SA1010::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL1179::70::98.57143::6.5E-11::+
5QSA00006_N_23	AATGGTTGATACAGCAATAACTGCCACATACAATCCAACAGATCGTAAAAAACTTGAGCCACAAGATATT	35.71	30	60	MRSA252	SAR2567	putative short chain dehydrogenase		SAR2567::70::100.0::1.8E-11::+	SAS2370::70::90.0::2.7E-8::+		MW2403::70::90.0::2.7E-8::+			SACOL2488::70::94.28571::1.3E-9::+
5QSA00006_N_24	ATTCGTCAAACATTAATAAAGAATAAAAAGTTATATAACGGAGAATTTAATAAAGGTCAAATTAAGATAA	20.0	35	98	Mu50	SAV1168	hypothetical protein			SAS1101::70::98.57143::6.5E-11::+	SAV1168::70::100.0::2.3E-11::+	MW1049::70::98.57143::6.5E-11::+	SA1011::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL1180::70::98.57143::6.5E-11::+
5QSA00006_N_3	ACAGCAATTTAGATTCAGGAGAATATCGTTTATTAACTGAAAATGATTTTGACAAATTAAATTATAAATA	21.43	31	118	COL	SACOL1803	pseudouridine synthase, family 1		SAR1838::70::98.57143::5.2E-11::+	SAS1679::70::98.57143::5.2E-11::+	SAV1753::70::100.0::1.8E-11::+	MW1696::70::98.57143::5.2E-11::+	SA1574::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL1803::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00006_N_4	CTCTATTATGGAAGAAGGGAATATTAAACGTGCTGTTATGGGTGAAAAGATAGGTACGTTAATTACAAAA	32.86	30	77	Mu50	SAV1258	uridylate kinase	smbA	SAR1234::70::98.57143::6.3E-11::+	SAS1192::70::98.57143::6.3E-11::+	SAV1258::70::100.0::2.2E-11::+	MW1141::70::98.57143::6.3E-11::+	SA1101::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL1277::70::98.57143::6.3E-11::+
5QSA00006_N_5	AAACATGAGTGCACAAGCACCTGCAACTAATAATGTTGAACCATCAGCTGTTCAAGCTAATCAAGTACAA	38.57	33	89	Mu50	SAV2095	similar to SceD precursor		SAR2184::70::94.28571::1.3E-9::+	SAS1999::70::97.14286::1.5E-10::+	SAV2095::70::100.0::1.8E-11::+	MW2020::70::97.14286::1.5E-10::+	SA1898::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL2088::70::95.71428::4.4E-10::+
5QSA00006_N_6	ATTTTTCAAATCCGAATCTATTATTCCCATTATTAGATGAAGAGTTTCATTTGCCATTAGTTGTGGCAAC	31.43	31	96	Mu50	SAV1396	dihydrodipicolinate reductase	dapB	SAR1408::70::90.0::3.0E-8::+	SAS1337::70::92.85714::4.0E-9::+	SAV1396::70::100.0::2.2E-11::+	MW1284::70::92.85714::4.0E-9::+	SA1228::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL1431::70::91.42857::1.1E-8::+
5QSA00006_N_7	AGATATTGCAGAAGCGGTATTGTATGCATTAACACAACCAAAGCATGTTAACGTGAATGAAATTACAGTG	35.71	32	90	Mu50	SAV2478	similar to oxidoreductase		SAR2567::70::95.71428::4.4E-10::+	SAS2370::70::94.28571::1.3E-9::+	SAV2478::70::100.0::1.8E-11::+	MW2403::70::94.28571::1.3E-9::+	SA2266::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL2488::70::95.71428::4.4E-10::+
5QSA00006_N_8	GTTCAACAAACTGCCAAAGCAGAAAATAATGTCACAAAAATTCAAGATACTAATATTTTTCCATATACTG	28.57	31	80	Mu50	SAV1812	serine protease	splB		SAS1735::70::94.28571::1.4E-9::+	SAV1812::70::100.0::2.2E-11::+	MW1754::70::94.28571::1.4E-9::+	SA1630::70::100.0::2.2E-11::+		SACOL1868::70::95.71428::5.1E-10::+
5QSA00006_N_9	AGTCGCAAGAAGGTGTTACTTTCTTAATTTCGAGTCATATTTTAAGTGAGTTAGTTAAAATCACAAACTC	31.43	30	89	Mu50	SAV2514	probable transport protein		SAR2594::67::97.01493::8.9E-10::+	SAS2399::67::98.50746::3.1E-10::+	SAV2514::70::100.0::1.8E-11::+	MW2433::67::98.50746::3.1E-10::+	SA2302::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL2525::67::98.50746::3.1E-10::+
5QSA00006_O_1	CTAATTATAATTTATGTAGTTTACCAAACAATGATCTTTGTATCGATAAAATATTTGAATATAAAAAGAG	20.0	33	142	Mu50	SAV0978	hypothetical protein		SAR0941::70::97.14286::9.2E-11::+	SAS0848::70::95.71428::2.9E-10::+	SAV0978::70::100.0::1.4E-11::+	MW0860::70::95.71428::2.9E-10::+	SA0838::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0982::70::95.71428::2.9E-10::+
5QSA00006_O_10	AAGACAAGGTATCAAAGTATCAATACAGCAAAGAATACTTTAAAAGGTATTGAGTGTATTTACGCTCTAT	30.0	32	131	pLW043	VRA0002	IS431mec transposase		SAR0034::70::98.57143::4.3E-11::+,SAR0027::70::98.57143::4.3E-11::+		SAV0027::70::98.57143::4.3E-11::+,SAV0036::70::98.57143::4.3E-11::+,SAVP023::70::98.57143::4.3E-11::+	MW0027::70::98.57143::4.3E-11::+	SA0026::70::98.57143::4.3E-11::+,SA0034::70::98.57143::4.3E-11::+	VRA0002::70::100.0::1.4E-11::+,VRA0006::70::98.57143::4.3E-11::+,VRA0034::70::98.57143::7.8E-11::+	SACOL0028::70::98.57143::4.3E-11::+
5QSA00006_O_11	CAGGTTTATTAGAAAGTAGTAGAGAAACGCATTTCGCTTTCAAAATATATAATGATCCATTTGATATGGT	30.0	32	106	Mu50	SAV0794	hypothetical protein				SAV0794::70::100.0::1.4E-11::+				
5QSA00006_O_12	AGTTAATGTGAACCGATTACGTAAGAAACTATCTGAAATAGGGATGGACAGCGCAATTGAAACAAAAGTA	35.71	30	74	MRSA252	SAR0669	putative response regulator protein		SAR0669::70::100.0::1.4E-11::+						
5QSA00006_O_13	GATGAAATTTTAGCAATTAAATTACCAGCTGAAGCGACGAAAGTATCACCAAAAGAAATTCAGCCAGCTC	37.14	32	93	COL	SACOL1806	cell wall surface anchor family protein	sasC		SAS1682::70::97.14286::8.1E-10::+	SAV1757::70::100.0::1.2E-10::+	MW1699::70::97.14286::8.1E-10::+	SA1577::70::100.0::1.2E-10::+		SACOL1806::70::100.0::1.2E-10::+
5QSA00006_O_14	TTGTACCTCTAAATATTTAAATAATCTCATTGAACAAGATCATCGTCATATCAAAGTAAGGAAAATAAGT	25.71	30	92	MRSA252	SAR0686	putative transposase (pseudogene)		SAR0726::70::100.0::1.4E-11::+,SAR0687::70::100.0::1.4E-11::+,SAR0686::70::100.0::1.3E-10::+,SAR0686::70::100.0::1.3E-10::+,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::+,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::+						
5QSA00006_O_15	CATGGTTAGCACTCTTTTTCCCAATGATTAATTGGCTGATTCCAAAAAAGTACGTCAAAATCAGCGAAAA	35.71	29	106	MSSA476	SAS0565	putative membrane protein			SAS0565::70::100.0::1.4E-11::+		MW0560::70::100.0::1.4E-11::+			SACOL0652::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_O_16	ATTGTTTGATCCATCAAATTTTGAAGAAGCTAAAGTGGCTTTAATTGAAAAAGAATTAGTAACAGAGAAT	27.14	33	98	Mu50	SAV0291	hypothetical protein			SAS0266::70::97.14286::1.3E-10::+	SAV0291::70::100.0::1.4E-11::+	MW0266::70::97.14286::1.3E-10::+	SA0279::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0279::70::95.71428::3.9E-10::+
5QSA00006_O_17	TACGTAGCCTTACTTAAAGGTACTTTTAGTTTAGATTCAATTGAATTTAAAACACGAGGTGAAAAAGCAG	31.43	29	115	MW2	MW1393	major tail protein		SAR1511::70::98.57143::3.6E-11::+,SAR1563::70::98.57143::3.4E-10::+	SAS0940::70::98.57143::3.6E-11::+		MW1393::70::100.0::1.4E-11::+			SACOL0375::70::98.57143::3.6E-11::+
5QSA00006_O_18	GATAAATAAAGGTGATATTATAGCGTTGGTTGGACCTTCTGGCTCTGGTAAAAGTACATTTCTAACTATG	35.71	30	83	Mu50	SAV0309	similar to ABC transporter (ATP-binding protein)		SAR0306::70::95.71428::4.0E-10::+	SAS0286::70::98.57143::4.4E-11::+	SAV0309::70::100.0::1.4E-11::+	MW0286::70::98.57143::4.4E-11::+	SA0297::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0306::70::98.57143::4.4E-11::+
5QSA00006_O_19	TTCAGTCATTTCAGCCATTTCTAAAAGTGAAAATATTGAAAATACTGTTAATCGATTCAAAGATTTTTTT	24.29	32	108	MSSA476	SAS1995	putative thiamine-phosphate pyrophosphorylase		SAR2180::70::98.57143::3.6E-11::+	SAS1995::70::100.0::1.4E-11::+	SAV2091::70::98.57143::3.6E-11::+	MW2014::70::100.0::1.4E-11::+	SA1894::70::98.57143::3.6E-11::+		SACOL2083::70::98.57143::3.6E-11::+
5QSA00006_O_2	ACCGTCATATTAAAGTAAGAAAGACAAGATATCAAAGTATCAATACGGCAAAAAATACACTCAAAGGCAT	31.43	32	59	Mu50	SAVP029	probable transposase	tnpE	SAR0034::70::90.0::2.5E-8::+,SAR0027::70::90.0::2.5E-8::+		SAVP014::70::100.0::1.4E-11::+,SAVP029::70::100.0::1.4E-11::+,SAVP024::70::92.85714::3.0E-9::+,SAV0027::70::90.0::2.5E-8::+,SAV0036::70::90.0::2.5E-8::+,SAVP023::70::90.0::2.5E-8::+	MW0027::70::90.0::2.5E-8::+	SA0026::70::90.0::2.5E-8::+,SA0034::70::90.0::2.5E-8::+	VRA0022::70::100.0::1.4E-11::+,VRA0027::70::100.0::1.4E-11::+,VRA0032::70::92.85714::3.0E-9::+,VRA0002::70::90.0::2.5E-8::+,VRA0006::70::90.0::2.5E-8::+,VRA0034::70::90.0::3.3E-8::+	SACOL0028::70::90.0::2.5E-8::+
5QSA00006_O_20	ATATTTATGAAATTGTTGTAGCAGAACATTCTACACAATTAATAGAGCTATCATCTGATGAATTGAAATT	25.71	33	115	Mu50	SAV1560	hypothetical protein		SAR1637::70::97.14286::1.3E-10::+	SAS1498::70::97.14286::1.3E-10::+	SAV1560::70::100.0::1.4E-11::+	MW1512::70::97.14286::1.3E-10::+	SA1389::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL1617::70::97.14286::1.3E-10::+
5QSA00006_O_21	AATAGCAGCCGGTGCGAAAGTTTTAGGAAATATTAAAATAAATTCAAATGTAAATATTGGTGCAAATTCA	28.57	32	105	MSSA476	SAS0486	serine acetyltransferase		SAR0532::70::98.57143::3.6E-11::+	SAS0486::70::100.0::1.4E-11::+	SAV0529::70::100.0::1.4E-11::+	MW0484::70::100.0::1.4E-11::+	SA0487::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0575::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_O_22	ATTGAAGTAAACAGTGTGCACGTAAAAAATGGGAACACAAATAATACTAAAGTAAATTTAAATACCGCAT	28.57	33	79	Mu50	SAV1590	similar to ComEA		SAR1667::69::95.652176::7.1E-10::+	SAS1527::70::97.14286::1.3E-10::+	SAV1590::70::100.0::1.4E-11::+	MW1541::70::97.14286::1.3E-10::+	SA1418::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL1646::70::97.14286::1.4E-10::+
5QSA00006_O_23	GAGATATTGCTTTGCGAGGTTAGAGTTGTAAACAAAAATCCCAGATATAGAATTATTAAATATAAAAACG	28.57	30	89	COL	SACOL0645	conserved hypothetical protein								SACOL0645::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_O_24	GGGGTATCTGAGCATTTATATCATATAGGCGCTGTTTATATTGGTAGCATCTTTGGTATAATAACTTTGA	34.29	31	82	Mu50	SAV2394	nitrate reductase gamma chain	narI		SAS2285::70::97.14286::1.3E-10::+	SAV2394::70::100.0::1.4E-11::+	MW2316::70::97.14286::1.3E-10::+	SA2182::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL2392::70::97.14286::1.3E-10::+
5QSA00006_O_3	AATTAAAAGATTTAACCATACAAAAAGGTAATATACATATTTTGAAGAAACTTAATTTGAAATTTCAATG	18.57	33	115	Mu50	SAV1035	similar to ABC transporter (ATP-binding protein)		SAR1004::70::98.57143::3.6E-11::+	SAS0968::70::98.57143::3.6E-11::+	SAV1035::70::100.0::1.4E-11::+	MW0916::70::98.57143::3.6E-11::+	SA0888::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL1040::70::98.57143::3.6E-11::+
5QSA00006_O_4	TATTAAGTATGAAAGGATATTCATATCATGTAGAACCAAATAGAGAATCTGTTATTGAGGATTCACATAT	27.14	31	90	Mu50	SAVP015	hypothetical protein				SAVP015::70::100.0::1.4E-11::+			VRA0055::70::100.0::8.6E-11::+	
5QSA00006_O_5	AATATAATTTAGCTAGACAAATGCTTAATATAGGTTCTACTTTAACTATTTCAAATGAAATTGAGTCTTT	22.86	32	112	MSSA476	SAS1157	conserved hypothetical protein		SAR1199::70::100.0::1.4E-11::+	SAS1157::70::100.0::1.4E-11::+	SAV1223::70::100.0::1.4E-11::+	MW1106::70::100.0::1.4E-11::+	SA1066::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL1236::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_O_6	ATAAAAATGACATAGTAGCAGATGTAGTAACAGATTATCCGAAAGCAGCAGATATTTTTAGAAGCGTAGG	34.29	30	84	MSSA476	SAS0236	cell wall metabolism protein		SAR0256::70::94.28571::1.1E-9::+	SAS0236::70::100.0::1.4E-11::+	SAV0259::70::97.14286::1.3E-10::+	MW0235::70::100.0::1.4E-11::+	SA0249::70::97.14286::1.3E-10::+		SACOL0244::70::94.28571::1.1E-9::+
5QSA00006_O_7	ATAAAGGAATTACGTCGGTTAGGTGCAAATGTCTATGTGAGTATTGAAAATGGTATAAAATCATTAAGTA	30.0	31	78	MSSA476	SAS1326	putative phosphate transport system protein		SAR1398::70::98.57143::3.6E-11::+	SAS1326::70::100.0::1.4E-11::+	SAV1385::70::100.0::1.4E-11::+	MW1273::70::100.0::1.4E-11::+	SA1217::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL1420::70::98.57143::3.6E-11::+
5QSA00006_O_8	TAAAGTAATTAAAGCTTTTAAACTTAAACCTGACTGTCATTGTACATCGAAATATCTGAATAACCTCATT	27.14	30	82	COL	SACOL0028	IS431mec, transposase		SAR0034::70::100.0::1.4E-11::+,SAR0027::70::100.0::1.4E-11::+		SAV0027::70::100.0::1.4E-11::+,SAV0036::70::100.0::1.4E-11::+,SAVP014::70::100.0::1.4E-11::+,SAVP029::70::100.0::1.4E-11::+,SAVP023::70::98.57143::4.3E-11::+	MW0027::70::100.0::1.4E-11::+	SA0026::70::100.0::1.4E-11::+,SA0034::70::100.0::1.4E-11::+	VRA0022::70::100.0::1.4E-11::+,VRA0027::70::100.0::1.4E-11::+,VRA0002::70::98.57143::4.3E-11::+,VRA0006::70::98.57143::4.3E-11::+,VRA0034::70::98.57143::7.8E-11::+	SACOL0028::70::100.0::1.4E-11::+
5QSA00006_O_9	GTGATGATGAACAGCAAGCTATTCGGTCATGTATATATTAAAGATTGTAAAGTAAGGCAATCATTTGAAT	31.43	30	83	Mu50	SAV2019	hypothetical protein		SAR0377::70::90.0::2.2E-8::+		SAV2019::70::100.0::1.4E-11::+		SA1826::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL0900::70::91.42857::7.5E-9::+
5QSA00006_P_1	TGTCATTGAAGGAACTTGATTTTAAAATAAGAAAACTGTTGATTAAAAAATACAAACTGTATGAAGGGTC	27.14	32	94	Mu50	SAV0427	exotoxin 12	set12		SAS0391::70::92.85714::3.7E-9::+	SAV0427::70::100.0::1.8E-11::+	MW0389::70::92.85714::3.6E-9::+	SA0388::70::100.0::1.8E-11::+		
5QSA00006_P_10	ACTTTAAATTTGTTATGCCTATTTTTGGGAAATTATTTGCAAAATCAAAAGAAGAATATGAATGGTTACA	24.29	33	115	MSSA476	SAS1412	putative 2-heptaprenyl-1,4-naphthoquinone methyltransferase		SAR1480::70::98.57143::6.5E-11::+	SAS1412::70::100.0::2.3E-11::+	SAV1471::70::98.57143::6.5E-11::+	MW1360::70::100.0::2.3E-11::+	SA1303::70::98.57143::6.5E-11::+		SACOL1511::70::98.57143::6.5E-11::+
5QSA00006_P_11	GATTGTTAGCTACTGGTGTAATAACAACAGAAAGTCAAACAGTAAAAGCGGCAGAATCAACTCAAGGTCA	38.57	31	88	MSSA476	SAS0389	exotoxin			SAS0389::70::100.0::1.8E-11::+		MW0387::70::100.0::1.8E-11::+			
5QSA00006_P_12	AGACTAATATCAATGAACTAATCAAATATTACACTCAGCCGCATTTTTCATTATCTGGAAAATGGTTATG	30.0	30	96	COL	SACOL1180	exotoxin 3, putative				SAV1168::70::95.71428::5.2E-10::+		SA1011::70::95.71428::5.2E-10::+		SACOL1180::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00006_P_13	ATAAGAAAACTCTTAATCGAAAAATATAGATTGTATAAAGGAACGTCTGATAAAGGTAGAATTGTTATCA	25.71	31	112	COL	SACOL0473	exotoxin 5, putative		SAR0429::70::90.0::2.8E-8::+						SACOL0473::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00006_P_14	GAGTTAAGACCTGTAAATTGTATTAATATACTACCGGAACACCATAAATATATAGACTGGATAAAGTATC	30.0	32	95	MRSA252	SAR0982	hypothetical protein		SAR0982::70::100.0::2.3E-11::+						
5QSA00006_P_15	TAGGCGTATCATTGTTTTTCAATGTAATTATATTACTGCTACTTTTTATTTTTAGTATTTTCATTAAAGA	21.43	31	85	MSSA476	SAS1739	putative lantibiotic ABC transporter protein			SAS1739::70::100.0::2.0E-11::+		MW1758::70::100.0::1.8E-11::+			SACOL1871::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00006_P_16	AAGGAAGTTGATTTCCGAATCCGCCAAACACTAATTAAAAACAAAAAATTATATAATGGTGATTATAATA	25.71	31	85	MRSA252	SAR1140	exotoxin		SAR1140::70::100.0::2.3E-11::+						
5QSA00006_P_17	AAAGTTGGATGAAACACAACGCAAATATTATATAAATATGCTAAAAGATTACTATTCTCAAGAAAGCTAT	25.71	32	92	MRSA252	SAR0429	exotoxin 5	set5	SAR0429::70::100.0::1.8E-11::+						
5QSA00006_P_18	GTACCAAGGATGAGGATACTATAGAAGGCTATTGGACTTATGATGAAACCTTTACTGGAGGTGTAACACC	41.43	31	87	MRSA252	SAR1141	exotoxin		SAR1141::70::100.0::2.3E-11::+						
5QSA00006_P_19	CCAAGACGAATAAAAACGATTATAAAGATTTCGTAAATAATGTAGGTCTAGAAATAACTAAACCAACAGG	30.0	31	80	MRSA252	SAR0435	exotoxin		SAR0435::70::100.0::1.8E-11::+						
5QSA00006_P_2	AATTATTAATATATTTAGCTAAAACACCAAATAAAGTATTTGACCGTGAACAATTATTAAAAGAAGTTTG	21.43	33	121	MSSA476	SAS1432	response regulator protein		SAR1568::70::100.0::2.5E-11::+	SAS1432::70::100.0::2.5E-11::+	SAV1492::70::100.0::2.3E-11::+	MW1446::70::100.0::2.3E-11::+	SA1323::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL1535::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00006_P_20	TGTATTTAGAAAATACAATGCCGTTTCAATATAATATTTCAAAACATCTTGCAAATGAATTTAAATTTAA	20.0	33	110	MSSA476	SAS0433	GntR family regulatory protein		SAR0475::70::100.0::2.3E-11::+	SAS0433::70::100.0::2.3E-11::+	SAV0476::70::100.0::2.3E-11::+	MW0430::70::100.0::2.3E-11::+	SA0434::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL0518::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00006_P_21	AAGAATTAACATCATTAGCAGTTATTTTAAATGGTGTCATTATTTATGCCCTAGGTAATAAATTCTTGAA	25.71	31	116	MSSA476	SAS0240	holin-like protein		SAR0260::70::100.0::1.9E-11::+	SAS0240::70::100.0::1.9E-11::+	SAV0263::70::100.0::1.9E-11::+	MW0239::70::100.0::1.9E-11::+	SA0253::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL0248::70::98.57143::5.5E-11::+
5QSA00006_P_22	ACTCAAGATGATAAAAATACAGTAAATAAATTAAGAGATGGTTATCTTTTAAGTGATAAAAAATATAAAG	20.0	33	94	MSSA476	SAS0749	putative lipoprotein		SAR0839::70::98.57143::6.6E-11::+	SAS0749::70::100.0::2.3E-11::+	SAV0808::70::100.0::2.3E-11::+	MW0761::70::100.0::2.3E-11::+	SA0739::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL0851::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00006_P_23	TGTTAAAGGAGAAATTTACTTAAGTGATAATGCTGTGTTAACGATTTTCCAACACCCTTTAACTAGCTTT	31.43	29	134	Mu50	SAV1379	oligopeptide transporter putative ATPase domain		SAR1392::70::95.71428::4.6E-10::+	SAS1320::70::95.71428::4.6E-10::+	SAV1379::70::100.0::1.9E-11::+	MW1267::70::95.71428::4.6E-10::+	SA1211::70::100.0::1.9E-11::+		SACOL1414::70::95.71428::4.6E-10::+
5QSA00006_P_24	GATTTAAATCTAACACGCGTGAGGAAATCATTAGATATTTACAATCTATCCAACAAACATTGAATAATTA	27.14	32	121	Mu50	SAV1373	tryptophan synthase alpha chain	trpA	SAR1386::70::95.71428::5.3E-10::+	SAS1313::70::98.57143::6.6E-11::+	SAV1373::70::100.0::2.3E-11::+	MW1260::70::98.57143::6.6E-11::+	SA1205::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL1409::70::98.57143::6.6E-11::+
5QSA00006_P_3	ACCAACGAAATAAAACTTTCAAAGTGTTTCTGCTTGGTGACGATAAAAATAAATATAAAGAAAAAACACA	27.14	33	96	Mu50	SAV0428	exotoxin 13	set13		SAS0392::70::91.42857::1.0E-8::+	SAV0428::70::100.0::1.8E-11::+	MW0390::70::91.42857::1.0E-8::+	SA0389::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL0473::70::91.42857::1.0E-8::+
5QSA00006_P_4	ACACTAAATAGTGAAAAATTGGCACAGGAAAGGGTGATTGGTGCTAATGTTTGGGTAGATGGTATTCAAA	37.14	30	80	MSSA476	SAS0051	enterotoxin H	seh		SAS0051::70::100.0::2.3E-11::+		MW0051::70::100.0::2.3E-11::+			
5QSA00006_P_5	AATTTTTACTATGATAATTTATTTCGTAATATTAATGGTGCTTCCTTTATGGGCACAACACAAAGTTAAA	25.71	30	110	MSSA476	SAS1403	putative membrane protein		SAR1471::70::100.0::1.8E-11::+	SAS1403::70::100.0::1.8E-11::+	SAV1460::70::100.0::1.8E-11::+	MW1350::70::100.0::1.8E-11::+	SA1293::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL1500::70::100.0::2.0E-11::+
5QSA00006_P_6	TTTTATCAAACGAATGTAGATGCAAATGGTATTAATCATGGTGGTAGTGAAATGGTGCAAAATAAAACAG	31.43	31	83	MSSA476	SAS0108	putative surface anchored protein		SAR0136::70::98.57143::3.9E-11::+	SAS0108::70::100.0::2.3E-11::+	SAV0134::70::98.57143::6.5E-11::+	MW0108::70::100.0::2.3E-11::+	SA0129::70::98.57143::6.5E-11::+		SACOL0119::70::98.57143::6.5E-11::+
5QSA00006_P_7	AATTTGATAAAGATGAAGTAATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATA	24.29	31	88	MSSA476	SAS1510	hypothetical protein		SAR1649::70::100.0::1.8E-11::+	SAS1510::70::100.0::1.8E-11::+	SAV1572::70::100.0::1.8E-11::+	MW1524::70::100.0::1.8E-11::+	SA1401::70::100.0::1.8E-11::+		SACOL1629::70::100.0::1.8E-11::+
5QSA00006_P_8	TGAGTTAATAAAGTATTATACACAGCCTCATTTATCACTATCAAATAAATGGTTATGGCAAAAGCCCAAT	30.0	30	82	MSSA476	SAS1101	exotoxin			SAS1101::70::100.0::2.3E-11::+		MW1049::70::100.0::2.3E-11::+			
5QSA00006_P_9	TCAATACTTCATCCCTCCCACAATCTGCACAAAATCAAATAAGTGAACTTTCTAAACAGAAAGATTCAGG	35.71	30	79	Mu50	SAVP008	hypothetical protein				SAVP008::70::100.0::1.8E-11::+				
5QSA00007_A_1	ATAGTTTTATATTAGTTTTTATATTACTTTTTAACATTAAAGATCTTACGTATGCTCAAGGTGATATTGG	22.86	33	96	Mu50	SAV1828	extracellular enterotoxin type I precursor	sei	SAR1919::70::91.42857::1.1E-8::+		SAV1828::70::100.0::2.3E-11::+		SA1646::70::100.0::2.3E-11::+		
5QSA00007_A_10	ATGAAGCTAAATCTGAATTTATTCATTTACAGCATGCATCATTACAATATTCTTTTTTAACGAATTTCTT	24.29	32	101	MSSA476	SAS0710	putative membrane protein		SAR0799::70::100.0::2.8E-11::+	SAS0710::70::100.0::2.8E-11::+	SAV0745::70::100.0::2.8E-11::+	MW0707::70::100.0::2.8E-11::+	SA0700::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL0808::70::100.0::2.8E-11::+
5QSA00007_A_11	TATTAATGTTTTCGAAGAGTTCACTTCAACATTAACGCTTGGTCTGCGTTTGTACGGTAACATATTTGCA	35.71	29	99	MSSA476	SAS2012	ATP synthase subunit a		SAR2197::70::98.57143::6.6E-11::+	SAS2012::70::100.0::2.3E-11::+	SAV2109::70::98.57143::6.6E-11::+	MW2033::70::100.0::2.3E-11::+	SA1911::70::98.57143::6.6E-11::+		SACOL2101::70::98.57143::6.6E-11::+
5QSA00007_A_12	TAATTGCTTATGAGCCAATCTGGGCAATCGGAACTGGTAAATCATCAACATCTGAAGATGCAAATGAAAT	37.14	31	72	MSSA476	SAS0740	triosephosphate isomerase		SAR0830::70::97.14286::2.2E-10::+	SAS0740::70::100.0::2.8E-11::+	SAV0774::70::100.0::2.8E-11::+	MW0736::70::100.0::2.8E-11::+	SA0729::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL0840::70::98.57143::7.8E-11::+
5QSA00007_A_13	TATTCAATTCCTATTACATTAGTTACATTTGTTTTAGGATTGATTATTGCATTATTTACAGCATTAATGC	24.29	35	94	MSSA476	SAS2304	transport system membrane protein			SAS2304::70::100.0::2.2E-11::+					SACOL2411::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00007_A_14	AACTTAGATTTTATCGATTATTTATCACGTAAAAATGTTCCTTATCAATTTGAAGATGGACCAGGAGATC	30.0	30	88	MSSA476	SAS2515	putative esterase		SAR2708::70::97.14286::2.2E-10::+	SAS2515::70::100.0::2.8E-11::+	SAV2629::70::100.0::2.8E-11::+	MW2550::70::100.0::2.8E-11::+	SA2422::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL2651::70::97.14286::2.2E-10::+
5QSA00007_A_15	GATGGTATCGTTATTGGTAGTGAAATAGTAAAACGATTTAAATCTAACACGCGTGAAGAAATCATTAAAT	30.0	31	98	MRSA252	SAR1386	tryptophan synthase alpha chain	trpA	SAR1386::70::100.0::2.3E-11::+						
5QSA00007_A_16	TCTAACTAAACAATTAGATCAACAAAATAGCAATGTTAATACATTAAATAAACTGTTGGAGAATCAACAA	24.29	33	86	Mu50	SAVP034	replication-associated protein				SAVP034::70::100.0::2.8E-11::+				
5QSA00007_A_17	TTATGGATGAGGCGGAACGTTGTGATAAAGTTGGACTTATTGTCGACGGAAGAATATTTGCTATAGATAC	38.57	29	70	MRSA252	SAR2452	ABC transporter ATP_binding protein		SAR2452::70::100.0::2.3E-11::+						
5QSA00007_A_18	TAGTATTATTAGCTGTTTTTATTAGCGCGTGTGGTATGAAAGAAGATAAACAAATTAAAGAAAATTTCAA	25.71	32	77	MSSA476	SAS2375	putative lipoprotein			SAS2375::70::100.0::2.8E-11::+		MW2408::70::100.0::2.8E-11::+			
5QSA00007_A_19	TGACTAAAGAAGCGGTAAACCCCTCTGAGAATATAAAAGTGATTCAAACGGATATTCTAAAATTTTCCTT	32.86	30	81	MRSA252	SAR0050	rRNA adenine N-6-methyltransferase 1	ermA1	SAR1735::70::100.0::2.3E-11::+,SAR0050::70::100.0::2.3E-11::+,SAR1733::70::100.0::1.3E-10::-		SAV0052::70::100.0::2.3E-11::+,SAV1655::70::100.0::2.3E-11::+		SA0048::70::100.0::2.3E-11::+,SA0766::70::100.0::2.3E-11::+,SA1480::70::100.0::2.3E-11::+,SA1951::70::100.0::2.3E-11::+,SA2384::70::100.0::2.3E-11::+		
5QSA00007_A_2	ATTACATGCTATTGATTGGATTATCACGAATAAAGATGAAACAGAAACATACTTAAATTTAAAAATATAA	21.43	32	78	N315	SA0299	hypothetical protein		SAR0308::70::98.57143::1.6E-10::+	SAS0288::70::98.57143::1.6E-10::+	SAV0311::70::98.57143::1.6E-10::+	MW0288::70::98.57143::1.6E-10::+	SA0299::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL0308::70::98.57143::1.6E-10::+
5QSA00007_A_20	ATATTAGTGATAAATATCCCTCTGAATTGTCTGGTGGACAAAGGCAACGAACATCAGCTGCCAGAGCATT	41.43	28	77	COL	SACOL0718	ABC transporter, ATP-binding protein		SAR0671::70::91.42857::1.2E-8::+	SAS0626::70::91.42857::1.2E-8::+	SAV0661::70::91.42857::1.2E-8::+	MW0623::70::91.42857::1.2E-8::+	SA0616::70::91.42857::1.2E-8::+		SACOL0718::70::100.0::2.8E-11::+
5QSA00007_A_21	TTTATACCAACAAGCATTTTCGCATTCGAGTTTTATTAATGATTTTAATATGAATCGTTTAGACCATAAT	25.71	32	101	MSSA476	SAS1167	putative ribonuclease III		SAR1209::70::100.0::2.3E-11::+	SAS1167::70::100.0::2.3E-11::+	SAV1233::70::100.0::2.3E-11::+	MW1116::70::100.0::2.3E-11::+	SA1076::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL1248::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00007_A_22	ATTACACACTATCAACGATTATTAAATTACATTACTCCTGATAAAGTACATGTAATGTATGCTGGTAAAG	28.57	31	121	MSSA476	SAS0784	ABC transporter ATP-binding protein		SAR0876::70::97.14286::2.2E-10::+	SAS0784::70::100.0::2.8E-11::+	SAV0842::70::100.0::2.8E-11::+	MW0795::70::100.0::2.8E-11::+	SA0774::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL0914::70::100.0::2.8E-11::+
5QSA00007_A_23	AACATTAATATTATCTATTTTATTTCCTGTGATATTCTATATATTATTTACTTCGATATTGGAATTGCCG	22.86	32	94	Mu50	SAV1320	hypothetical protein		SAR1330::70::95.71428::5.4E-10::+	SAS1260::70::98.57143::6.7E-11::+	SAV1320::70::100.0::2.3E-11::+	MW1207::70::98.57143::6.7E-11::+	SA1157::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL1353::70::98.57143::6.7E-11::+
5QSA00007_A_24	TATGTATGTTTTATTAATAAGTCCGCTGGTATTTCTTTGTTTTGCTATTTTCACAGTCTTATTCGCCAAA	30.0	31	71	MSSA476	SAS1740	putative lantibiotic ABC transporter protein			SAS1740::70::100.0::2.8E-11::+		MW1759::70::100.0::2.8E-11::+			SACOL1872::70::100.0::2.8E-11::+
5QSA00007_A_3	GATAATATTATTTTAGCTCCTAAATTATTAAAGAAAGATAATAACGATGAATTACATAAGGAAGCATTGT	22.86	33	109	MSSA476	SAS1780	glutamine transport ATP-binding protein		SAR1948::70::100.0::2.3E-11::+	SAS1780::70::100.0::2.3E-11::+	SAV1857::70::100.0::2.3E-11::+	MW1798::70::100.0::2.3E-11::+	SA1674::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL1915::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00007_A_4	TACCCTTCTGAATTGTCTGGTGGACAAAGACAACGAACATCTGCTGCAAGAGCGTTTATTACATTACCTT	41.43	29	82	MSSA476	SAS0626	putative ABC transporter protein			SAS0626::70::100.0::2.8E-11::+	SAV0661::70::100.0::2.8E-11::+	MW0623::70::100.0::2.8E-11::+	SA0616::70::100.0::2.8E-11::+		
5QSA00007_A_5	TTATGTCTGAACGGAAGATATCTCAATCAGAGCTATCAAGAAGGACTGGTATTGGCAGAAACTCAATTAG	38.57	29	79	Mu50	SAV1998	repressor homolog				SAV1998::70::100.0::2.3E-11::+				
5QSA00007_A_6	TAATATTAGAAGAACTTTCGCACAAAGATTTTTTGACTTTACAAGAATTAATAGATCGAACTGGTTGCAG	30.0	31	85	Mu50	SAV0698	similar to transcription repressor of fructose operon		SAR0751::70::98.57143::7.8E-11::+	SAS0663::70::97.14286::2.2E-10::+	SAV0698::70::100.0::2.8E-11::+	MW0660::70::97.14286::2.2E-10::+	SA0653::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL0757::70::98.57143::7.9E-11::+
5QSA00007_A_7	CAATGATAATAAAACTATAGATGCAGAGAATTTTCATTTGGATGTAGAGATTTCATATGAGAAAACTGAA	27.14	33	115	MSSA476	SAS1920	enterotoxin			SAS1920::70::100.0::2.3E-11::+		MW1937::70::100.0::2.3E-11::+			SACOL0887::70::95.71428::5.3E-10::+
5QSA00007_A_8	ATAAAAATAATGACTTGTCGAAAAAAATATCTATATTAAAACAAACAAACCATACTGAAATGAATATTAC	20.0	34	68	MSSA476	SAS0700	ABC transporter ATP-binding protein			SAS0700::70::100.0::2.8E-11::+	SAV0735::70::100.0::2.8E-11::+	MW0697::70::100.0::2.8E-11::+	SA0690::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL0798::70::100.0::2.8E-11::+
5QSA00007_A_9	GTGGAATCACAGCTACTAACGAATATCTAGATAAACCTAGAAATATACCTATAAATATATGGATCAATGG	31.43	32	93	MSSA476	SAS1921	enterotoxin			SAS1921::70::100.0::2.3E-11::+		MW1938::70::100.0::2.3E-11::+			SACOL0886::70::94.28571::1.5E-9::+
5QSA00007_B_1	ATATTTAGTAGAAGTAAAGAAGAAGCATTTATTATGTTGACAGCGTTGAGTTCGTTCCAAGTAACAAAAT	30.0	31	79	Mu50	SAV0441	hypothetical protein	lpl5			SAV0441::70::100.0::3.1E-11::+		SA0401::70::100.0::3.1E-11::+		
5QSA00007_B_10	TGTCGAACGATTTATACATTTAATGCAAAATGAAATCATACCTAAAAGAGATATTATTACAGAATCAATG	25.71	31	110	COL	SACOL1006	conserved hypothetical protein		SAR0969::70::97.14286::2.6E-10::+	SAS0871::70::98.57143::9.3E-11::+	SAV1001::70::98.57143::8.6E-11::+	MW0883::70::98.57143::9.3E-11::+	SA0860::70::98.57143::8.6E-11::+		SACOL1006::70::100.0::3.4E-11::+
5QSA00007_B_11	GATTATATAAATAATCGATTTACGACAGTAAAATCAATTGTATCAACTACAGAAAAATTCTTAGACTTCG	25.71	32	92	Mu50	SAV1830	enterotoxin	seo			SAV1830::70::100.0::3.1E-11::+		SA1648::70::100.0::3.1E-11::+		
5QSA00007_B_12	ATCATTTAAATGACAAGGGTCATACTGTATCAAGACGAAAGATAGGTCGTATCATGAAAAAATATAATCT	30.0	30	79	MRSA252	SAR0082	transposase		SAR0082::70::100.0::3.4E-11::+						
5QSA00007_B_13	AAACCTATTATCATAATGGAAGTGCTATAATTGAAAATAAAGAGAGTAATGATCAATTTTTAAAGAACAC	24.29	32	93	N315	SA1761	enterotoxin P	sep					SA1761::70::100.0::3.1E-11::+		
5QSA00007_B_14	ATAGATCATGTTAGTATCAAACATAAAAATGTTAATTCAATACAATACCGTGTAGCAAATGAAAAAGTGA	25.71	32	85	MSSA476	SAS0876	conserved hypothetical protein		SAR0974::70::100.0::3.4E-11::+	SAS0876::70::100.0::3.4E-11::+	SAV1007::70::100.0::3.4E-11::+	MW0888::70::100.0::3.4E-11::+	SA0865::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL1011::70::100.0::3.4E-11::+
5QSA00007_B_15	TCAGGTTTTAATTTTAGATGAGCCAGCAGCTGGTTTAGACTTTATTGCTCGTGAGTCACTATTGAATATA	35.71	29	90	Mu50	SAV2153	similar to ATP-binding protein homolog				SAV2153::70::100.0::3.1E-11::+		SA1958::70::100.0::3.1E-11::+		
5QSA00007_B_16	ATATTTTACCTTCTATTATAGGAGGTTTCTTTATGGCTTTAACTTATTCACTAGACGATTTCACAGTAAG	30.0	32	78	Mu50	SAV1101	spermidine/putrescine ABC transporter homolog	potC	SAR1075::70::98.57143::9.4E-11::+	SAS1036::70::98.57143::9.4E-11::+	SAV1101::70::100.0::3.4E-11::+	MW0984::70::98.57143::9.4E-11::+	SA0952::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL1110::70::98.57143::9.4E-11::+
5QSA00007_B_17	TATAGCTATTGTAATGGCATTATTTTTAGTATTAGCTGGTTGCTCTAATTCTAACGATAATAATGAAAGT	27.14	30	126	MSSA476	SAS2169	putative molybdate-binding lipoprotein precursor		SAR2363::68::92.64706::1.4E-8::+	SAS2169::70::100.0::3.1E-11::+	SAV2279::70::100.0::3.1E-11::+	MW2197::70::100.0::3.1E-11::+	SA2074::70::100.0::3.1E-11::+		
5QSA00007_B_18	AGATGATATTGAATCAATTAGAATTACTGAAAACAGTGGATTATCGTTTATATTCACTTTACAAAAATAA	22.86	32	100	MSSA476	SAS1354	hypothetical protein		SAR1423::70::100.0::3.4E-11::+	SAS1354::70::100.0::3.4E-11::+	SAV1411::70::100.0::3.4E-11::+	MW1301::70::100.0::3.4E-11::+	SA1243::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL1447::70::100.0::3.4E-11::+
5QSA00007_B_19	ATGAAAAAAACAGCATTTACATTACTTTTATTCATTGCCCTAACGTTGACAACAAGTCCACTTGTAAATG	31.43	31	116	MSSA476	SAS1872	enterotoxin type A precursor		SAR2043::70::95.71428::6.3E-10::+,SAR2031::70::95.71428::2.2E-9::-	SAS1872::70::100.0::3.0E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-	SAV1948::70::100.0::3.1E-11::+	MW1889::70::100.0::3.0E-11::+			
5QSA00007_B_2	CATTGGTTGAAATAGTTAAGTATAAGAAATTGGATATATTGTTGATTGCGGGAGATATCTCAAATCATTA	28.57	31	84	MSSA476	SAS2329	hypothetical protein		SAR2527::70::95.71428::7.0E-10::+	SAS2329::70::100.0::3.4E-11::+	SAV2437::70::100.0::3.4E-11::+	MW2361::70::100.0::3.4E-11::+	SA2225::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL2440::70::98.57143::9.3E-11::+
5QSA00007_B_20	TAATGTCTTTATACCTAACACACCTTTACATGATGGTGCAATGATTATTCAAGGCACTAAGATTGCAGCA	35.71	30	105	Mu50	SAV2163	hypothetical protein		SAR2254::70::97.14286::2.6E-10::+	SAS2065::70::98.57143::9.4E-11::+	SAV2163::70::100.0::3.4E-11::+	MW2090::70::98.57143::9.4E-11::+	SA1967::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL2153::70::98.57143::9.4E-11::+
5QSA00007_B_21	GATTTATGTTACGCACTTTATTGAAGAAATTACTAGTAACTTTACTAAAATTTTGCTATTAAAAGATGGG	25.71	32	121	MSSA476	SAS2054	ABC transporter ATP-binding protein		SAR2241::70::97.14286::2.4E-10::+	SAS2054::70::100.0::3.1E-11::+	SAV2153::70::97.14286::2.4E-10::+	MW2079::70::100.0::3.1E-11::+	SA1958::70::97.14286::2.4E-10::+		
5QSA00007_B_22	AATTGTATTTCAGAATCCGGATAATCAATTTGTTGGTTCAATTGTAAAATACGATGTAGCATTTGGACTC	31.43	30	106	N315	SA2021	hypothetical protein		SAR2305::70::98.57143::9.4E-11::+	SAS2113::70::95.71428::7.0E-10::+	SAV2222::70::98.57143::9.4E-11::+	MW2141::70::95.71428::7.0E-10::+	SA2021::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL2211::70::98.57143::9.4E-11::+
5QSA00007_B_23	TTTTCCAAAATTTTACTGCTAAAAGATGGCCAAAGTATTCAACAAGGCGCTGTAGAAGACATATTAACTT	32.86	29	82	COL	SACOL2144	ABC transporter, ATP-binding protein								SACOL2144::70::100.0::3.1E-11::+
5QSA00007_B_24	ACTACTACAATGGCTACAATAACTATAACTACAACAATTACAACAATGGTTATAGCTACAATAATTACAG	28.57	35	102	MSSA476	SAS2189	putative exported protein		SAR2383::70::95.71428::7.0E-10::+	SAS2189::70::100.0::3.4E-11::+		MW2217::70::100.0::3.4E-11::+			
5QSA00007_B_3	ATCTAGAAGAGTTTTATGATAAAGAAGGATATAGAGATGGAGAATTTGAAAAAGATGATAAAGGGACTTG	30.0	34	72	Mu50	SAV0444	hypothetical protein	lpl8			SAV0444::70::100.0::3.1E-11::+		SA0404::70::100.0::3.1E-11::+		
5QSA00007_B_4	TTTTTATTACCAACTACTGAGGATCTAGCTAACTTCTTATATTTCGTGGCACAAAAAAATATGGGCATTG	32.86	30	102	Mu50	SAV2522	hypothetical protein		SAR2602::70::98.57143::9.3E-11::+	SAS2407::69::95.652176::2.4E-9::+	SAV2522::70::100.0::3.4E-11::+	MW2442::69::97.10145::4.5E-10::+	SA2310::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL2533::70::98.57143::9.3E-11::+
5QSA00007_B_5	TCATCTCTTATTTAACCCTATTTTTAAATTTCGCTATTTTAATTATTAGTATTGTATTGATTATTTTTGG	20.0	35	77	COL	SACOL0511	conserved hypothetical protein		SAR0468::70::100.0::3.1E-11::+	SAS0426::70::97.14286::2.4E-10::+	SAV0469::70::100.0::3.1E-11::+	MW0423::70::97.14286::2.4E-10::+	SA0427::70::100.0::3.1E-11::+		SACOL0511::70::100.0::3.1E-11::+
5QSA00007_B_6	ATTAAATCAACTGATTTAGCTAAAGAATTAATTAAGTATAATCAAACAGGTATGACATTAAACCAAGTTG	24.29	31	108	MSSA476	SAS0988	bifunctional autolysin precursor		SAR1026::70::98.57143::3.0E-10::+	SAS0988::70::100.0::1.2E-10::+	SAV1052::70::100.0::1.2E-10::+	MW0936::70::100.0::1.2E-10::+	SA0905::70::100.0::1.2E-10::+		SACOL1062::70::98.57143::3.0E-10::+
5QSA00007_B_7	ATATTTGCTAATATATTAGCATTGATTGCATTAAAAGAATTGTTGAATATGAATATGATTAAATTTGTTT	18.57	35	126	MSSA476	SAS1195	putative phosphatidate cytidylyltransferase		SAR1237::70::100.0::3.1E-11::+	SAS1195::70::100.0::3.1E-11::+	SAV1261::70::100.0::3.1E-11::+	MW1144::70::100.0::3.1E-11::+	SA1104::70::100.0::3.1E-11::+		SACOL1280::70::100.0::3.1E-11::+
5QSA00007_B_8	TTTATACATTTAATGCAAAATGAAATCATACCTAAAAGAGATATTATTACAGAATCAATGATTTGTGACT	22.86	32	90	MSSA476	SAS0871	conserved hypothetical protein		SAR0969::70::98.57143::9.3E-11::+	SAS0871::70::100.0::3.4E-11::+	SAV1001::70::100.0::3.1E-11::+	MW0883::70::100.0::3.4E-11::+	SA0860::70::100.0::3.1E-11::+		SACOL1006::70::100.0::3.4E-11::+
5QSA00007_B_9	TTTAGAAAATAAAAAACCCAATCATCATTATATTTCTGAAAGTGGTATTCACGATGCATCTGATGTAAGA	28.57	30	88	Mu50	SAV1370	indole-3-glycerol phosphate synthase	trpC	SAR1383::70::94.28571::1.8E-9::+	SAS1310::70::95.71428::6.5E-10::+	SAV1370::70::100.0::3.1E-11::+	MW1257::70::95.71428::6.5E-10::+	SA1202::70::100.0::3.1E-11::+		SACOL1406::70::95.71428::6.5E-10::+
5QSA00007_C_1	CTTTTGGTTATGGTAATAATGATGAAGATAAAAAAGAAGGCATTCATTATAAAAATTTATTAGGTACTTA	22.86	32	92	MSSA476	SAS1813	conserved hypothetical protein		SAR1982::70::100.0::2.3E-11::+	SAS1813::70::100.0::2.3E-11::+	SAV1891::70::100.0::2.3E-11::+	MW1832::70::100.0::2.3E-11::+	SA1707::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL1950::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00007_C_10	TATTATGAAGATATGAACGGATTTATTAGTAATGCGAAGTTAGTTGTTGATGATAAAAAAATTCCTAAAC	25.71	32	88	MSSA476	SAS0126	capsular polysaccharide synthesis enzyme		SAR0153::70::100.0::2.8E-11::+	SAS0126::70::100.0::2.8E-11::+	SAV0151::70::100.0::2.8E-11::+	MW0126::70::100.0::2.8E-11::+	SA0146::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL0138::70::100.0::2.8E-11::+
5QSA00007_C_11	ATCTCGAAACGGTATCAAAAATTGATTGTCGTACCATTATTTTTATACGACGGAAGGCTTGTTAACAAAG	34.29	29	102	MSSA476	SAS2292	conserved hypothetical protein			SAS2292::70::100.0::2.3E-11::+	SAV2401::70::97.14286::1.9E-10::+	MW2323::70::100.0::2.3E-11::+	SA2189::70::97.14286::1.9E-10::+		SACOL2399::70::97.14286::1.9E-10::+
5QSA00007_C_12	TATTTAGAAAATTAAACATTGAATGGATATATAGAGCATTAATAGATTGGAAACGTATTGGTAGATTGAA	24.29	33	90	Mu50	SAV0636	teichoic acid biosynthesis protein	tagA	SAR0646::70::97.14286::2.2E-10::+	SAS0602::70::97.14286::2.2E-10::+	SAV0636::70::100.0::2.8E-11::+	MW0598::70::95.71428::6.1E-10::+	SA0592::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL0693::70::97.14286::2.2E-10::+
5QSA00007_C_13	TATAGTGCTTATATTGCCTCAGGATTAACTTCAAGTCAGGTGTTTTTTAGTACATTGAGTGGATCTTTAA	32.86	31	73	COL	SACOL0049	conserved domain protein								SACOL0049::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00007_C_14	AAAAAATGATGATATTTATTTTAGAATTGAAGATGGTAAAGTTTCAAAATATCATTCGGTTATCATAAAA	20.0	35	122	MSSA476	SAS2154	hypothetical protein		SAR2348::70::98.57143::7.9E-11::+	SAS2154::70::100.0::2.8E-11::+	SAV2264::70::100.0::2.8E-11::+	MW2182::70::100.0::2.8E-11::+	SA2059::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL2255::70::100.0::2.8E-11::+
5QSA00007_C_15	TTCAATTAACTTCGACCCAATTTTAAAGCAAATCATTAACGATAGATTAGAAAGCTTAATGATTCCAATG	28.57	32	101	COL	SACOL2399	transcriptional regulator NirR	nirR	SAR2490::70::92.95775::4.9E-9::+	SAS2292::70::98.57143::6.7E-11::+	SAV2401::70::98.57143::6.7E-11::+	MW2323::70::98.57143::6.7E-11::+	SA2189::70::98.57143::6.7E-11::+		SACOL2399::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00007_C_16	ATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTA	18.57	32	142	MSSA476	SAS2217	putative transcription regulator		SAR2409::70::100.0::2.8E-11::+	SAS2217::70::100.0::2.8E-11::+	SAV2324::70::100.0::2.8E-11::+	MW2245::70::100.0::2.8E-11::+	SA2115::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL2317::70::100.0::2.8E-11::+
5QSA00007_C_17	CTTGTTGTGCTATTCACATTCCTTTTCTTACTTGGGTATTTTTTACCAATAGGTATAGACAAAGTTAAAA	30.0	30	92	COL	SACOL2538	conserved hypothetical protein			SAS2413::70::95.71428::5.4E-10::+	SAV2527::70::95.71428::5.1E-10::+	MW2447::70::95.71428::5.1E-10::+	SA2315::70::95.71428::5.1E-10::+		SACOL2538::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00007_C_18	CAATCTTGATGAAAAACAAATGGCCGTTTTTAATTGCTTTACCATTTATGAATTGTTACGGCATTGGTGT	32.86	30	108	Mu50	SAV2508	similar to transcriptional regulator MerR family		SAR2585::70::91.42857::1.1E-8::+		SAV2508::70::100.0::2.8E-11::+		SA2296::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL2517::70::92.85714::4.6E-9::+
5QSA00007_C_19	TGGAGAACAAGGGGCACCTGAAGAGATTTTTAACAATCCAAAAACTGAAGAACTAAAACGCTTTTTAAAT	34.29	31	65	MRSA252	SAR2502	ABC transporter ATP-binding protein		SAR2502::70::100.0::2.3E-11::+						
5QSA00007_C_2	ATGCGGATTTACAACGCTAAGCCTATTTTCCTGACGAATCCCTCGTTTTTAACAACGTTAAGAAAGTTTT	37.14	30	87	pLW043	VRA0034	IS431mec transposase							VRA0034::70::100.0::2.8E-11::+	
5QSA00007_C_20	AAAATAAATGGCCGTTTCTAATTGCGTTGCCGTTTATGATTGGATACGGCATTGGTGTTACTTTTTATTA	34.29	32	122	MSSA476	SAS2393	MerR family regulatory protein			SAS2393::70::100.0::2.8E-11::+		MW2426::70::100.0::2.8E-11::+			SACOL2517::70::91.42857::1.2E-8::+
5QSA00007_C_21	TCTTAATTGCTTTACCATTTATGATCGGTTATGGCATTGGTATTACTATCTACTATCAACGCAAAGTTGC	34.29	30	85	MRSA252	SAR2585	MerR family regulatory protein		SAR2585::70::100.0::2.3E-11::+						
5QSA00007_C_22	CAGGTGTACTCATCAATGATGTTGTTATACCTCAATTGCCATTAGTCGATATTCATCAATATATTGAACA	32.86	30	110	MSSA476	SAS0157	putative amino acid kinase			SAS0157::70::100.0::2.8E-11::+	SAV0182::70::100.0::2.8E-11::+	MW0156::70::100.0::2.8E-11::+	SA0176::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL0167::70::100.0::2.8E-11::+
5QSA00007_C_23	GATATCATGACAAATTTAAATGTTATTAAAATTCCAGCTAATATATTATTTGGTGGTAAAGATGAGCCAT	25.71	31	109	Mu50	SAV0457	putative carboxylesterase		SAR0457::70::97.14286::1.9E-10::+	SAS0415::70::97.14286::1.9E-10::+	SAV0457::70::100.0::2.4E-11::+	MW0411::70::97.14286::1.9E-10::+	SA0416::70::100.0::2.4E-11::+		SACOL0499::70::97.14286::1.9E-10::+
5QSA00007_C_24	TATAAGTGCAATTTTGATGAAAAATAAATGGCCGTTTTTAATTGCTTTACCATTTATGATTGGTTATGGC	28.57	32	108	COL	SACOL2517	transcriptional regulator, MerR family		SAR2585::70::90.0::3.1E-8::+	SAS2393::70::91.42857::1.2E-8::+	SAV2508::70::90.0::3.4E-8::+	MW2426::70::91.42857::1.2E-8::+	SA2296::70::90.0::3.4E-8::+		SACOL2517::70::100.0::2.8E-11::+
5QSA00007_C_3	GCATGTCATAAATCTTATACGAAGTCAGATGTTATTGATAGAACTTTGAAACATTGTGATAATTGTGGTG	31.43	31	95	Mu50	SAV2197	similar to regulatory protein SIR2 family		SAR2288::70::98.57143::6.7E-11::+	SAS2098::70::98.57143::6.7E-11::+	SAV2197::70::100.0::2.3E-11::+	MW2123::70::98.57143::6.7E-11::+	SA1999::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL2189::70::98.57143::6.7E-11::+
5QSA00007_C_4	AGATGGGCAAATATTCACGGAGTTATATCAAGGTGATGATGACAAACATACTTTCTTTAAAGAAATCATA	31.43	30	89	MRSA252	SAR0671	putative ABC transporter protein		SAR0671::70::100.0::2.8E-11::+						
5QSA00007_C_5	ATTTTACTAAGGCACACGAAGAGTTACAAATATGCGCTCAACATTTGCAGATTAATAAACCTACTTATGC	34.29	31	94	Mu50	SAV2401	similar to NirR protein		SAR2490::70::90.0::3.3E-8::+		SAV2401::70::100.0::2.3E-11::+		SA2189::70::100.0::2.3E-11::+		
5QSA00007_C_6	GATTTGTCGAAAAAGATATCGATTTTAAAGCAAACGAACCATACAGAAATGAACATTACTGTAGAACAAT	30.0	31	88	MRSA252	SAR0789	ABC transporter ATP-binding protein	sstC	SAR0789::70::100.0::2.8E-11::+						
5QSA00007_C_7	AATGGTCATTGTGACACATGAAATGCGTTTTGCAAAAGAAGTATCTAATAACATTGTATTTATTCATGAA	28.57	30	104	Mu50	SAV2412	ABC transporter (ATP binding subunit)		SAR2502::70::95.71428::5.4E-10::+	SAS2303::70::98.57143::6.7E-11::+	SAV2412::70::100.0::2.3E-11::+	MW2334::70::98.57143::6.7E-11::+	SA2200::70::100.0::2.3E-11::+		SACOL2410::70::98.57143::6.7E-11::+
5QSA00007_C_8	GTAATTGGAAGCAGTTTTTAGCAGATAAGTTTGCCAATATGAGATGCTATACTGAAAAAGTATACTTGGT	32.86	31	95	Mu50	SAV0124	hypothetical protein		SAR0127::70::97.14286::2.2E-10::+	SAS0098::70::98.57143::7.9E-11::+	SAV0124::70::100.0::2.8E-11::+	MW0097::70::98.57143::7.9E-11::+	SA0120::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL0108::70::98.57143::7.9E-11::+
5QSA00007_C_9	TCAATAATTACGGCAAATGTCAGATACGATAACCGACTTACTGACAGCGAAAAGTTACTTTTTGCAGAAA	35.71	30	94	Mu50	SAV0868	hypothetical protein				SAV0868::70::100.0::2.3E-11::+				
5QSA00007_D_1	TGAAATTGAAACGTTTATTTGCTGTTGTGATTGCAATGCTTTTAGTATTAGCTGGTTGCTCTAATTCTAA	31.43	31	79	COL	SACOL2272	molybdenum ABC transporter, molybdenum-binding protein ModA	modA							SACOL2272::70::100.0::3.1E-11::+
5QSA00007_D_10	TGAAATTAACGATTTAGTTAAAGCATTTGGTTCTGTAATTGAAGTATCAGAGGATCATTTACATCAAGTA	28.57	30	92	Mu50	SAV1503	putative pyrroline-5-carboxylate reductase		SAR1579::70::98.57143::9.6E-11::+	SAS1443::70::98.57143::9.6E-11::+	SAV1503::70::100.0::3.5E-11::+	MW1457::70::98.57143::9.6E-11::+	SA1334::70::100.0::3.5E-11::+		SACOL1546::70::98.57143::9.6E-11::+
5QSA00007_D_11	ACTATCAAATATTTAATACAGCTTTTAGTGTGAATAAAAGTGGCCAGCTGATTAATGAATACGACAAAGT	30.0	30	124	Mu50	SAV2034	hypothetical protein		SAR2121::70::95.71428::6.5E-10::+	SAS1940::70::98.57143::8.6E-11::+	SAV2034::70::100.0::3.1E-11::+	MW1958::70::98.57143::8.6E-11::+	SA1841::70::100.0::3.1E-11::+		SACOL2021::70::98.57143::8.6E-11::+
5QSA00007_D_12	TATTGCTTAGAATCAACAAATGGTTGAATTCAAGGTATTTAATATACTATAACATTATTTTATTTTGCTT	21.43	32	102	Mu50	SAV1671	hemA concentration negative effector	hemX	SAR1751::70::97.14286::2.6E-10::+	SAS1600::70::98.57143::9.6E-11::+	SAV1671::70::100.0::3.5E-11::+	MW1615::70::98.57143::9.6E-11::+	SA1495::70::100.0::3.5E-11::+		SACOL1718::70::95.71428::7.1E-10::+
5QSA00007_D_13	AATTTCACGTTAGACAATAAACAATCGCTACTAATTCAAGGCTCATTTGGTACAGGTAAATCACACTTAT	32.86	30	75	Mu50	SAV0869	hypothetical protein				SAV0869::70::100.0::3.1E-11::+				
5QSA00007_D_14	TATATGCTACTCAATTTCTGATGAAAAAATACAATATACCAGTAAAATCAATATTAGGTTTTGGAGATAG	25.71	30	93	Mu50	SAV2204	hypothetical protein		SAR2294::70::97.14286::2.6E-10::+		SAV2204::70::100.0::3.5E-11::+		SA2005::70::100.0::3.5E-11::+		SACOL2196::70::95.71428::7.1E-10::+
5QSA00007_D_15	GATCATTGGAGATTCAAAAGAAGAACAAATCAAAAAGAGCTTTGCGAAAACGTTAGATATCTACCCTATT	32.86	30	83	COL	SACOL0485	staphylococcus tandem lipoprotein		SAR0442::69::91.30435::2.2E-8::+	SAS0400::68::91.17647::3.8E-8::+		MW0398::68::91.17647::3.8E-8::+			SACOL0485::70::100.0::3.1E-11::+
5QSA00007_D_16	ATATATGGATTATTTAAGTTTGAAAGATCCTAAACGTATATTAAAATCATACCCTTACATGTTATCAGGA	25.71	30	116	COL	SACOL2473	peptide ABC transporter, ATP-binding protein		SAR2551::70::100.0::3.5E-11::+	SAS2355::70::98.57143::9.6E-11::+	SAV2464::70::100.0::3.5E-11::+	MW2388::70::98.57143::9.6E-11::+	SA2252::70::100.0::3.5E-11::+		SACOL2473::70::100.0::3.5E-11::+
5QSA00007_D_17	TGATAAAAGAGATAAAGGGACTTGGATTATTTATTCTGAAATGGTTATCGAACCAAAAGGGAAAAATATG	30.0	32	90	COL	SACOL2497	staphylococcus tandem lipoprotein								SACOL2497::70::100.0::3.1E-11::+
5QSA00007_D_18	AATTCACTCTAAAATGATTATTGAGACAAATAATAGCAATATGGAATCTAGAGGAATGGTGCTCTATATA	28.57	32	114	MSSA476	SAS2373	putative exported protein			SAS2373::70::100.0::3.5E-11::+		MW2406::70::100.0::3.5E-11::+			
5QSA00007_D_19	GAAATATAAAAAGTTTTGCATTGTACATAAGTATCTTGCTTTTAATAGTTGTTGTAGCAGGTTGTGGCAA	30.0	32	98	MRSA252	SAR0438	putative lipoprotein		SAR0438::70::100.0::3.1E-11::+						
5QSA00007_D_2	AGTAAACGAATACTATTAAAAATATTATTAACCATTCTAATCATTATCGCATTGTTTATTGGTATCATGT	22.86	33	123	MSSA476	SAS1796	putative transglycosylase		SAR1964::70::98.57143::9.4E-11::+	SAS1796::70::100.0::3.4E-11::+	SAV1874::70::100.0::3.4E-11::+	MW1814::70::100.0::3.4E-11::+	SA1691::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL1932::70::100.0::3.4E-11::+
5QSA00007_D_20	GGGGTATATAAAAAGAATGGCTTTATACATGAGTGTATTTCTTTTAATCATTTTTATTGTTGGATGTCGA	28.57	30	118	COL	SACOL0484	Staphylococcus tandem lipoprotein								SACOL0484::70::100.0::3.5E-11::+
5QSA00007_D_21	AAGGTTCAGAATATCAATTAAGTGAAATTAATTCTGGTTCTGTAAAATACGAACAAACGTATGATAATTT	25.71	31	97	Mu50	SAV0021	hypothetical protein		SAR0021::70::97.14286::2.4E-10::+	SAS0021::70::98.57143::8.7E-11::+	SAV0021::70::100.0::3.2E-11::+	MW0021::70::98.57143::8.7E-11::+	SA0020::70::100.0::3.2E-11::+		
5QSA00007_D_22	CAATTACAACTAATAACTCTCCAAATCTAAAATTATATATAGATGGTGATATAAAAGGAAGCTCAGTAGG	28.57	30	96	COL	SACOL0486	staphylococcus tandem lipoprotein								SACOL0486::70::100.0::3.5E-11::+
5QSA00007_D_23	ATCAGTTCAGTAATGGTTAAACAGCCAAAAGGTGAAATTATGAAATCAAGAGGGATGTATCTATTTTTAA	30.0	31	87	Mu50	SAV0438	hypothetical protein	lpl3			SAV0438::70::100.0::3.2E-11::+		SA0398::70::100.0::3.2E-11::+		
5QSA00007_D_24	GAGAAAGTGGTAGTGGTAAATCAATCACTTGTAAATCGATTATTGGTTTGAATCCCGAACGACTCGGGGT	41.43	30	90	COL	SACOL2473	peptide ABC transporter, ATP-binding protein			SAS2355::70::97.14286::2.6E-10::+	SAV2464::70::94.28571::1.9E-9::+	MW2388::70::97.14286::2.6E-10::+	SA2252::70::94.28571::1.9E-9::+		SACOL2473::70::100.0::3.5E-11::+
5QSA00007_D_3	AAATATTTCTTGGCAAATTAATGAAGGTGATAAATGGATTCTATATGGTTTAAATGGTGCTGGCAAGACA	31.43	32	101	MRSA252	SAR2241	ABC transporter ATP-binding protein		SAR2241::70::100.0::3.1E-11::+						
5QSA00007_D_4	AAAAAACTTAGAGAGGTTTATCCAATCACAACAAAAAAATCTCCAGTATTAAAATTACATATAGATGGTG	27.14	32	66	MSSA476	SAS0399	putative lipoprotein		SAR0440::70::90.0::3.7E-8::+	SAS0399::70::100.0::3.5E-11::+		MW0397::70::100.0::3.5E-11::+			
5QSA00007_D_5	GGTTGTTCTAATTCTAATGATAATCAAGACAACAAAAAAGATGCAGCAGACAATGGAAAAAAACAAGAAA	30.0	32	84	MRSA252	SAR2363	putative molybdate-binding lipoprotein precursor	modA	SAR2363::70::100.0::3.1E-11::+						
5QSA00007_D_6	CTGTAGGTATGCTTGGGAAACTTTTAGCTGAAGATATTGAAGGTCTAGATTTCAGTGCTGTAGAATCATT	37.14	30	84	Mu50	SAV0140	phosphonates transport permease		SAR0142::70::97.14286::2.6E-10::+	SAS0114::70::98.57143::9.6E-11::+	SAV0140::70::100.0::3.5E-11::+	MW0114::70::98.57143::9.6E-11::+	SA0135::70::100.0::3.5E-11::+		SACOL0125::70::98.57143::9.6E-11::+
5QSA00007_D_7	GATTCAAAAAGAGTAGTATTGTACATAAGCATTATGGTGTTGAGTATTTTTATAATTGGTTGTGGCAAAG	30.0	32	84	N315	SA0400	hypothetical protein	lpl4			SAV0440::70::98.57143::8.6E-11::+		SA0400::70::100.0::3.1E-11::+		
5QSA00007_D_8	AGAAACACACGCACAGCTAAGGGGTACTACTTTGTCAGGACGTTTTATCGCAAGGATAAATTACCTGATA	41.43	29	85	Mu50	SAV0445	hypothetical protein	lpl9			SAV0445::70::100.0::3.5E-11::+		SA0405::70::100.0::3.5E-11::+		
5QSA00007_D_9	TTCAAATTATCAGCAATCTTATCCAAATTAAGAATTGAATATAATCAATATATACGTATCAGACATATAT	21.43	33	106	MSSA476	SAS0871	conserved hypothetical protein		SAR0969::70::100.0::3.4E-11::+	SAS0871::70::100.0::3.4E-11::+	SAV1001::70::100.0::3.1E-11::+	MW0883::70::100.0::3.4E-11::+	SA0860::70::100.0::3.1E-11::+		SACOL1006::70::100.0::3.4E-11::+
5QSA00007_E_1	ATTAATTCAGATGTTAATGTAACGGTAAAAGATAAAATAATGACTTTATCAACGTGCGAAGATGCATATA	27.14	30	103	Mu50	SAV1135	NPQTN specific sortase B		SAR1108::70::98.57143::6.8E-11::+	SAS1069::70::98.57143::6.8E-11::+	SAV1135::70::100.0::2.4E-11::+	MW1017::70::98.57143::6.8E-11::+	SA0982::70::100.0::2.4E-11::+		SACOL1145::70::98.57143::6.8E-11::+
5QSA00007_E_10	ATGATCAATTTGATAAAAACGATAAAGGCACATGGATTATTAATTCTGAAATGGTTGTTCAACCTAAAGG	30.0	32	89	Mu50	SAV0100	hypothetical protein			SAS0072::67::92.537315::2.4E-8::+	SAV0100::70::100.0::2.9E-11::+,SAV0096::67::92.537315::2.4E-8::+	MW0071::67::92.537315::2.4E-8::+	SA0096::70::100.0::2.9E-11::+,SA0092::67::92.537315::2.4E-8::+		SACOL0083::70::91.42857::1.2E-8::+,SACOL0079::67::92.537315::2.4E-8::+
5QSA00007_E_11	TTTAACACAACTAGAATTTAGTGATGAAGATGTTGATATTATAATTAACTCAAATGGTGGTAACCTAGTA	27.14	31	117	MRSA252	SAR2062	putative Clp protease		SAR2062::70::100.0::2.4E-11::+,SAR2031::70::100.0::1.3E-10::-		SAV1964::70::100.0::2.4E-11::+		SA1775::70::100.0::2.4E-11::+		
5QSA00007_E_12	AAAATCCAAAAAGTAAAAACTACCTAGAGGTACTTATGGCTAAGAATAGGGACATTAATTTTGGTACTGT	31.43	31	106	Mu50	SAV0146	hypothetical protein		SAR0148::70::90.0::3.4E-8::+		SAV0146::70::100.0::2.9E-11::+		SA0141::70::100.0::2.9E-11::+		
5QSA00007_E_13	GTATGTGGACGATATATACAGATTTTGCCAAAAGTAATAAAGCAGACGAATTAAGTAATGAAGGTATGGT	32.86	31	82	MSSA476	SAS0403	putative lipoprotein			SAS0403::70::100.0::3.5E-11::+		MW0401::70::100.0::2.4E-11::+			
5QSA00007_E_14	AGTTATCTAAAGATTATCCTGAATACGGTTTTGAAAAAAACGCGGGTTATGGTACCAAACAACATTTACT	32.86	30	86	Mu50	SAV1244	RNase HII	rnhB	SAR1220::70::95.71428::6.2E-10::+	SAS1178::70::97.14286::2.2E-10::+	SAV1244::70::100.0::2.9E-11::+	MW1127::70::97.14286::2.2E-10::+	SA1087::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL1261::70::97.14286::2.2E-10::+
5QSA00007_E_15	TGTCTTTAACGAACTGATTATTAAGTTAGATGATATTAGTAAAGTAGAAACATACAGACGTAGTAAGAAG	28.57	32	92	MW2	MW0746	hypothetical protein					MW0746::70::100.0::2.4E-11::+			
5QSA00007_E_16	ACTATAAAACAATCTCAAAACGAATCAAACGTATTTCTGAAATTGAAAAAATGGAAGAAGATGGTTTATT	25.71	34	116	Mu50	SAV1256	30S ribosomal protein S2	rpsB	SAR1232::70::98.57143::8.0E-11::+	SAS1190::70::98.57143::8.0E-11::+	SAV1256::70::100.0::2.9E-11::+	MW1139::70::98.57143::8.0E-11::+	SA1099::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL1274::70::98.57143::8.3E-11::+
5QSA00007_E_17	AAAAATATCCATTAACTAATGCAGATAAGCAAATATTAGAAAGATATAAAATAGGATTGAAAAAAGGTTA	21.43	31	83	MSSA476	SAS1174	putative tRNA (guanine-7-)-methyltransferase		SAR1216::70::100.0::2.4E-11::+	SAS1174::70::100.0::2.4E-11::+	SAV1240::70::98.57143::6.9E-11::+	MW1123::70::100.0::2.4E-11::+	SA1083::70::98.57143::6.9E-11::+		SACOL1256::70::100.0::2.4E-11::+
5QSA00007_E_18	CACCAATCAAGATCATTTTATTAAATATAGACCCGGCACAAATTACAACTATATTAGACGAGCTAAATAA	30.0	32	100	Mu50	SAV1377	hypothetical protein		SAR1389::70::91.42857::1.3E-8::+	SAS1318::70::94.28571::1.4E-9::+	SAV1377::70::100.0::2.9E-11::+	MW1265::70::94.28571::1.1E-9::+	SA1209::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL1412::70::95.71428::6.2E-10::+
5QSA00007_E_19	CTTATTTAAAATCTGGAAGAAACCTAGGTTCAACAATTGCATTACATATAGCAAATAATTTTGTTTCTTT	25.71	31	120	MSSA476	SAS2206	putative membrane protein		SAR2397::70::98.57143::6.9E-11::+	SAS2206::70::100.0::2.4E-11::+	SAV2313::70::100.0::2.4E-11::+	MW2234::70::100.0::2.4E-11::+	SA2106::70::100.0::2.4E-11::+		SACOL2306::70::100.0::2.4E-11::+
5QSA00007_E_2	ATCGGAAATTTCCAAAGAGTATTTTGGAAAAACTGTAGATATTTATGGTGTCTATTATAAAGCGCATTGT	30.0	30	88	MRSA252	SAR1921	enterotoxin		SAR1921::70::100.0::2.8E-11::+						
5QSA00007_E_20	TACTATGATCATAAAAAAGTGTTAGAAAATATAAACATTAAAATAAATAAAGGTGAATTTTTAGCGATTG	20.0	31	91	Mu50	SAV1556	ABC transporter MreA		SAR1633::70::98.57143::8.6E-11::+	SAS1494::70::98.57143::8.6E-11::+	SAV1556::70::100.0::2.9E-11::+	MW1508::70::98.57143::8.0E-11::+	SA1385::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL1613::70::98.57143::8.6E-11::+
5QSA00007_E_21	TATCCAATTATGATTAATAAGTGGTATATTCCACAGGAAATATCTGAATTAACACTGACACGTATAAGAC	30.0	33	100	COL	SACOL0120	transcriptional regulator, GntR family		SAR0137::70::98.57143::7.0E-11::+	SAS0109::70::98.57143::7.0E-11::+	SAV0135::70::100.0::2.5E-11::+	MW0109::70::98.57143::7.0E-11::+	SA0130::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL0120::70::100.0::2.7E-11::+
5QSA00007_E_22	TTTAAAACATTCTGAAGAGCCGACATTATACTTAGCAGCAGATACAGTTTGGTTTGAAGGGGTTGAAAAA	35.71	30	85	Mu50	SAV2471	hypothetical protein				SAV2471::70::100.0::2.9E-11::+		SA2259::70::100.0::2.9E-11::+		
5QSA00007_E_23	TGGATTTCAACAGAAAATTAGTGATGAAGAGATTAACGCACAGCTTAAATTAGTTGATTTAGAAGACAGG	32.86	31	82	Mu50	SAV0172	hypothetical protein		SAR0173::69::97.10145::3.5E-10::+	SAS0147::70::97.14286::2.0E-10::+	SAV0172::70::100.0::2.5E-11::+	MW0146::70::97.14286::2.0E-10::+	SA0166::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL0158::70::98.57143::2.3E-10::+
5QSA00007_E_24	ATTCATATCAATACAATAACTATACAAACAATAGCCAAACAGCAACAAATAACTATTATACTGGTGGTTC	28.57	33	67	Mu50	SAV2566	similar to secretory antigen precursor SsaA		SAR2648::70::98.57143::8.0E-11::+	SAS2452::70::98.57143::8.0E-11::+	SAV2566::70::100.0::2.9E-11::+	MW2487::70::98.57143::8.0E-11::+	SA2353::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL2581::70::98.57143::8.0E-11::+
5QSA00007_E_3	TATAGAAAAAAATAATTATGATAAGGTTATTTCATTCATAAAAATTAACGACTCAAATTATAGACTTAGT	18.57	32	120	MSSA476	SAS0066	LysR-family regulatory protein			SAS0066::70::100.0::2.4E-11::+		MW0066::70::100.0::2.4E-11::+			SACOL0074::70::98.57143::6.8E-11::+
5QSA00007_E_4	TAATAGAAACTTTGACAAACTAAATGATAATGATTTACATATCGCCCACTTCATCAACACACACGTTGAT	31.43	31	88	MRSA252	SAR2409	putative transcription regulator		SAR2409::70::100.0::2.8E-11::+						
5QSA00007_E_5	TTATGCAATAGATGAACAAGAATTTATACAAATCGAAAGAGATATATCAGATGGCAACTTTAATGTTGAT	27.14	33	86	MSSA476	SAS1545	conserved hypothetical protein		SAR1688::70::98.57143::6.8E-11::+	SAS1545::70::100.0::2.4E-11::+	SAV1609::70::97.14286::1.9E-10::+	MW1559::70::100.0::2.4E-11::+	SA1437::70::97.14286::1.9E-10::+		SACOL1664::70::97.14286::1.9E-10::+
5QSA00007_E_6	AAAATAGTTTTATGTATTAGTTTTCTATTTTTAACAATTTTTATTGGGGGTTGTGGCATGGGTAAAGAAG	27.14	33	67	MSSA476	SAS0074	putative lipoprotein			SAS0074::70::100.0::2.8E-11::+					
5QSA00007_E_7	TGTTAACTGGCGGTGAGTTACCGGCAATGACAATGACTGATGCTATTGTTAGACTGATTCCAGGTGTTTT	42.86	30	83	Mu50	SAV1240	tRNA-mehtyltransferase	trmD			SAV1240::70::100.0::2.4E-11::+		SA1083::70::100.0::2.4E-11::+		
5QSA00007_E_8	ATGCGATAAAGAAGGATGAAAATGGCAGACCTCAGGATAAGCAAATAGAATATCCCGTTAAAATGATTGA	35.71	31	61	Mu50	SAV0098	hypothetical protein				SAV0098::70::100.0::2.9E-11::+		SA0094::70::100.0::2.9E-11::+		
5QSA00007_E_9	ATTTAATGACACATCCAAGATATCAAATTAAGAAGAAATATGTAGCAAAATTAAAAGGTTACTTAATGAG	24.29	32	94	MSSA476	SAS1433	ribosomal large subunit pseudouridine synthase B		SAR1569::70::100.0::2.4E-11::+	SAS1433::70::100.0::2.4E-11::+	SAV1493::70::100.0::2.4E-11::+	MW1447::70::100.0::2.4E-11::+	SA1324::70::100.0::2.4E-11::+		SACOL1536::70::94.28571::1.5E-9::+
5QSA00007_F_1	ATTAATTTTGCATAAAGATGAACCTATGTATTTAAAAAAACGTACATGTGTACCTACTTTGTTAATTAAT	22.86	31	123	MSSA476	SAS0583	putative esterase		SAR0624::70::100.0::3.2E-11::+	SAS0583::70::100.0::3.2E-11::+	SAV0615::70::100.0::3.2E-11::+	MW0579::70::100.0::3.2E-11::+	SA0572::70::100.0::3.2E-11::+		SACOL0671::70::100.0::3.2E-11::+
5QSA00007_F_10	AAGGACCACAAAATAAGGTTAAAGAAAAAGTAATGCAATCTTTAATTCAAAAAGGGTTTGAAATGGAAAC	28.57	33	103	Mu50	SAV1873	regulatory protein recX		SAR1963::70::97.14286::2.6E-10::+	SAS1795::70::97.14286::2.6E-10::+	SAV1873::70::100.0::3.6E-11::+	MW1813::70::97.14286::2.6E-10::+	SA1690::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL1931::70::97.14286::2.6E-10::+
5QSA00007_F_11	ATACTGACAATATTAATAGCCAAGATACAAGTTATACACCTCAAGTAAAAGTAACAACACCAATTTTAGT	28.57	31	76	Mu50	SAV0265	hypothetical protein			SAS0242::70::98.57143::8.8E-11::+	SAV0265::70::100.0::3.2E-11::+	MW0241::70::98.57143::8.8E-11::+	SA0255::70::100.0::3.2E-11::+		SACOL0250::70::98.57143::8.8E-11::+
5QSA00007_F_12	TAGTATCACTAGCAATGACAAATTATTGTTAGTTGGTTCAGGTGCATATCCAATGACGTTAATTCAAGTA	32.86	30	101	Mu50	SAV2469	hypothetical protein		SAR2556::70::97.14286::2.6E-10::+	SAS2360::70::97.14286::2.6E-10::+	SAV2469::70::100.0::3.6E-11::+	MW2393::70::97.14286::2.6E-10::+	SA2257::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL2478::70::97.14286::2.6E-10::+
5QSA00007_F_13	ATGAAGAATTATTACAACAAGGTATTACTCTAGGTATTACAACTAGAGGAGATGGTTTAAGCGACTATCC	34.29	31	107	Mu50	SAV1187	hypothetical protein		SAR1163::70::97.14286::2.4E-10::+	SAS1121::70::95.71428::6.7E-10::+	SAV1187::70::100.0::3.2E-11::+	MW1070::70::95.71428::6.7E-10::+	SA1030::70::100.0::3.2E-11::+		SACOL1200::70::97.14286::2.4E-10::+
5QSA00007_F_14	GGCGCAGTGATTAATTTTACAAAATCAATCGCAATTGAGTATGGTCGTGATGGCATTCGATCCAATGCAA	40.0	31	94	Mu50	SAV2472	short chain dehydrogenase				SAV2472::70::100.0::3.6E-11::+		SA2260::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL2482::70::92.85714::5.2E-9::+
5QSA00007_F_15	TATATTGATGAAATAAATATGGCTAAACCTGAAACATTGCCTGTATTAAATGGTGTATTAGATTATCGTC	28.57	31	100	Mu50	SAV1409	nitric-oxide reductase		SAR1421::70::95.71428::6.7E-10::+	SAS1352::70::97.14286::2.4E-10::+	SAV1409::70::100.0::3.2E-11::+	MW1299::70::97.14286::2.4E-10::+	SA1241::70::100.0::3.2E-11::+		SACOL1445::70::97.14286::2.4E-10::+
5QSA00007_F_16	TGGTGCATTTCCATCAGAAGAATATACGTATAAAAAGAAAATTATGAATGAGGTTAATAACAATGACTAA	27.14	30	95	MSSA476	SAS2484	putative 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase		SAR2677::70::98.57143::9.7E-11::+	SAS2484::70::100.0::3.6E-11::+	SAV2599::70::100.0::3.6E-11::+	MW2518::70::100.0::3.6E-11::+	SA2392::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL2615::70::100.0::3.6E-11::+
5QSA00007_F_17	TATTTCTGTAAATATATCTTTTTCAGGGGATCGATATAAACTAACTGATCATGGTGAAACTTTATGGAAC	30.0	31	88	Mu50	SAV1818	hypothetical protein				SAV1818::70::100.0::3.2E-11::+		SA1636::70::100.0::3.2E-11::+		
5QSA00007_F_18	GGCTTATTTATTCAATGTCATTTTGCTGAAAATGAATCTCGAGTTTTAACAGGTGGTTATTACAAAGGAA	31.43	30	93	MSSA476	SAS2565	hypothetical protein		SAR2762::70::98.57143::9.7E-11::+	SAS2565::70::100.0::3.6E-11::+	SAV2680::70::100.0::3.6E-11::+	MW2599::70::100.0::3.6E-11::+	SA2472::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL2704::70::98.57143::9.7E-11::+
5QSA00007_F_19	GTTATACAAACGATGTAGTTAAAAATTTTACAGCGAATGGTTTATTAAGTATTGGTGCGAGCCCTGCCAT	35.71	30	106	Mu50	SAV2092	hydroxyethylthiazole kinase	thiM	SAR2181::70::98.57143::8.8E-11::+	SAS1996::70::97.14286::2.5E-10::+	SAV2092::70::100.0::3.2E-11::+	MW2015::70::97.14286::2.5E-10::+	SA1895::70::100.0::3.2E-11::+		SACOL2084::70::97.14286::2.4E-10::+
5QSA00007_F_2	AAACTAAATTAAGGAATGATTTATATAGTATTACTGCAAGCATTGATTTGGGTCAAAAATTGCATGTTGT	27.14	31	94	pLW043	VRA0052	ATP-binding protein, putative							VRA0052::70::100.0::3.5E-11::+	
5QSA00007_F_20	CAAATGCTAAGAGTTGGGCTGAAAATGAATTAGCGACTATGGGTAAAATCGCTTTAGCTGAAAATTTATG	35.71	32	88	Mu50	SAV2694	2-oxoglutarate/malate translocator		SAR2775::70::97.1831::5.9E-10::+	SAS2579::70::98.591545::2.3E-10::+	SAV2694::70::100.0::3.6E-11::+	MW2613::70::98.591545::2.3E-10::+	SA2486::70::98.591545::2.3E-10::+		SACOL2718::70::98.591545::2.3E-10::+
5QSA00007_F_21	GAATTGGGTAAGATGACACGCGAAAAAAATTATCGTGTTGAACTTAAAAATAATAAGATAGTAGTTTTAG	28.57	30	78	MSSA476	SAS0401	putative lipoprotein			SAS0401::70::100.0::3.2E-11::+		MW0399::70::100.0::3.2E-11::+			
5QSA00007_F_22	GTAGATAAACTGACAGGTACGAGTGAAGATAAGGAAGGCAAAGCATTCAGAGAAAATCAGAAATGGATGA	38.57	31	46	MSSA476	SAS2363	putative short chain dehydrogenase		SAR2559::70::94.28571::1.9E-9::+	SAS2363::70::100.0::3.6E-11::+		MW2396::70::100.0::3.6E-11::+			
5QSA00007_F_23	AAAGATATAAGGATATGAACACTTGGCTTAAATTCCTAAATCAAGTTATGAATAGTAACATGTTTATTTA	24.29	32	116	MSSA476	SAS1675	conserved hypothetical protein		SAR1834::70::98.57143::8.8E-11::+	SAS1675::70::100.0::3.2E-11::+	SAV1749::70::98.57143::8.8E-11::+	MW1692::70::100.0::3.2E-11::+	SA1570::70::98.57143::8.8E-11::+		SACOL1799::70::98.57143::8.8E-11::+
5QSA00007_F_24	GCAGTGGTATACGCTGTATTTTATAAACATACATTTAATATTGGTTGTGCAATTGCAATTGTTGTAGTTA	30.0	33	89	MSSA476	SAS1232	putative glycerol uptake facilitator protein		SAR1274::70::97.14286::2.6E-10::+	SAS1232::70::100.0::3.6E-11::+	SAV1300::70::100.0::3.6E-11::+	MW1182::70::100.0::3.6E-11::+	SA1140::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL1319::70::100.0::3.6E-11::+
5QSA00007_F_3	TTCAGTAAAAATAGATACCCCTTTTAAAGATAATTCTTTAGATAATTTAAAAATATACGCTTTATACGAT	21.43	34	134	Mu50	SAV1821	hypothetical protein			SAS1751::67::94.02985::9.5E-9::+	SAV1821::70::100.0::3.2E-11::+	MW1770::67::94.02985::9.5E-9::+	SA1639::70::100.0::3.2E-11::+		SACOL1883::67::94.02985::9.5E-9::+
5QSA00007_F_4	CTGATGATATATTATCGGTGAATAAGATATTTTATACTGCACCGGCTGAAAAACAAACAAGATTAAGTAA	30.0	32	93	MRSA252	SAR1826	potential ATP-binding protein		SAR1826::70::100.0::3.5E-11::+						
5QSA00007_F_5	TATTATAATCGTTACTTGAAAAAAGGTGATGAAGTCATTAATGCTAGACTTGGTTACTATTCAGTCGTGA	31.43	31	97	MSSA476	SAS0021	putative exported protein		SAR0021::70::97.14286::2.4E-10::+	SAS0021::70::100.0::3.2E-11::+	SAV0021::70::97.14286::2.4E-10::+	MW0021::70::100.0::3.2E-11::+	SA0020::70::97.14286::2.4E-10::+		SACOL0022::70::97.14286::2.4E-10::+
5QSA00007_F_6	TGTAGGTTTAAATCCAGAACGATTACGCGTAACAGGTGATATAACCTTTGATGGTAAGTCAATGTTGTCG	38.57	30	110	MRSA252	SAR2551	oligopeptide transporter putative ATPase domain	opp-1D	SAR2551::70::100.0::3.5E-11::+						
5QSA00007_F_7	AAGCGCGTATTTAAAGGTGCTGAATATCAATTAAGCGAGATTAGTTCAGATTCTGTAAAATATGAACAAA	31.43	30	114	COL	SACOL0022	yycI protein	yycI							SACOL0022::70::100.0::3.2E-11::+
5QSA00007_F_8	TCCGTTGATATCATGGGGCCATTAATGGATTTATTATCAGCATCGGTTGAAGAAAAACCTTATAATGAGC	37.14	30	94	Mu50	SAV1563	hypothetical protein		SAR1640::70::95.71428::7.2E-10::+	SAS1501::70::95.71428::7.2E-10::+	SAV1563::70::100.0::3.6E-11::+	MW1515::70::95.71428::7.2E-10::+	SA1392::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL1620::70::94.28571::1.9E-9::+
5QSA00007_F_9	AGAAATAGAATCAATCTATCATAAGTATAATGGTATTTATGGCTATCGTCGCATTTATATCTATATTCGC	28.57	36	129	MRSA252	SAR1359	putative transposase		SAR0480::70::100.0::3.2E-11::+,SAR0519::70::100.0::3.2E-11::+,SAR1359::70::100.0::3.2E-11::+,SAR2307::70::100.0::3.2E-11::+,SAR0961::70::98.57143::8.7E-11::+						
5QSA00007_G_1	ATATATTATTAACACGAAACACATTAAAGAAGTGCAACAATGGTTTAACTACACTTATATGGTAATATTG	25.71	31	111	MRSA252	SAR0258	autolysin response regulator protein	lytR	SAR0258::70::100.0::2.5E-11::+	SAS0238::70::98.57143::7.0E-11::+	SAV0261::70::100.0::2.5E-11::+	MW0237::70::98.57143::7.0E-11::+	SA0251::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL0246::70::98.57143::7.0E-11::+
5QSA00007_G_10	AGGAACGAATATTGGATAAATATGGGGATGATGTTAAGGCTATTGGTGTTTATGGCTCTCTTGGTCGTCA	40.0	29	66	MRSA252	SAR0033	kanamycin nucleotidyltransferase	knt	SAR0033::70::100.0::2.9E-11::+		SAV0035::70::100.0::2.9E-11::+		SA0033::70::100.0::2.9E-11::+		
5QSA00007_G_11	AATTTTAAATTTAGTTAAGTATGATCTTTATAGTATTTTTAAAAGTCCTTTAACATATTTAGCGATACTA	18.57	34	129	MSSA476	SAS1854	putative membrane protein		SAR2022::70::97.14286::2.0E-10::+	SAS1854::70::100.0::2.5E-11::+	SAV1930::70::97.14286::2.0E-10::+	MW1871::70::100.0::2.5E-11::+	SA1744::70::97.14286::2.0E-10::+		SACOL1993::70::97.14286::2.0E-10::+
5QSA00007_G_12	TATTGAATTTACTTTCGTGGAGAAAAAAGGTGAAAATATATACTTTAGTGATAGTCTACATCTTGAACCA	28.57	30	82	Mu50	SAV0096	hypothetical protein		SAR0106::70::91.42857::1.3E-8::+		SAV0096::70::100.0::2.9E-11::+,SAV0100::69::91.30435::2.2E-8::+		SA0092::70::100.0::2.9E-11::+,SA0096::69::91.30435::2.2E-8::+		SACOL0083::68::91.17647::3.8E-8::+
5QSA00007_G_13	ATTAACGGACACTCTCTAATAGATACCAGCATTTTAAATAAGACACTACAGTCACAATATGATAAAGAAG	31.43	31	83	MSSA476	SAS2281	MerR family regulatory protein		SAR2478::70::94.28571::1.5E-9::+	SAS2281::70::100.0::2.5E-11::+	SAV2390::70::95.71428::5.6E-10::+	MW2312::70::100.0::2.5E-11::+	SA2178::70::95.71428::5.6E-10::+		SACOL2388::70::95.71428::5.6E-10::+
5QSA00007_G_14	GCTACAAAAAAATTGAATTTACTTTCGTAGAGAAAAAGGGAGAAAATATATACTTTAGTGATGGGCTACA	30.0	32	87	Mu50	SAV0097	hypothetical protein				SAV0097::70::100.0::2.9E-11::+		SA0093::70::100.0::2.9E-11::+		
5QSA00007_G_15	AAAGAAAGGTTATACATCATATGCACCGCAATATGAAGGCCACGCGGCACCACCAGATGAAATACTGAAA	42.86	31	73	COL	SACOL0845	carboxylesterase	est							SACOL0845::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00007_G_16	TTGTAAATTCTCAAATGGCAATTCAAAATAAAGGAGAACCTATGAAATCAAAAGGCATGGTTCTGTATAT	30.0	31	77	Mu50	SAV0099	hypothetical protein				SAV0099::70::100.0::2.9E-11::+		SA0095::70::100.0::2.9E-11::+		
5QSA00007_G_17	CTAGTACAACTAAAACATAAAACGGAATCAACTATTATCTTAGTCGCTCACGATATTGATGAAGCTATTT	31.43	29	82	MRSA252	SAR0173	putative ABC transporter ATP-binding protein		SAR0173::70::100.0::2.5E-11::+						
5QSA00007_G_18	TAAAACGTAACGTTGATCAAGTAGAAGTAGGTAAAACAGCGGCTTACTTATTAAGTGACTTATCAAGTGG	35.71	29	102	Mu50	SAV1011	enoyl-(acyl carrier protein) reductase	fabI	SAR0978::70::97.14286::2.3E-10::+	SAS0880::70::95.71428::6.2E-10::+	SAV1011::70::100.0::2.9E-11::+	MW0892::70::95.71428::6.2E-10::+	SA0869::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL1016::70::95.71428::6.2E-10::+
5QSA00007_G_19	AAGAGATACTTCAATCAAGTCCTTTTGTTTGGTTTAAAGATGCCTTAGATGGCTATGACTACCTTGTTGA	35.71	30	84	MRSA252	SAR0835	putative carboxylesterase	est	SAR0835::70::100.0::2.5E-11::+						
5QSA00007_G_2	TATTCATAACCATATATTAGTTGATATAGATGATGGTCCTAAAACAATTGAAAAGAGTATTGCACTATTA	25.71	31	87	MSSA476	SAS2548	putative capsule synthesis protein		SAR2743::70::98.57143::8.0E-11::+	SAS2548::70::100.0::2.9E-11::+	SAV2662::70::100.0::2.9E-11::+	MW2582::70::100.0::2.9E-11::+	SA2455::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL2685::70::100.0::2.9E-11::+
5QSA00007_G_20	CAACAAGGTTTAAATAGTGATATCATAGATGAAACATATATAAACAATCATTTAATGACAAAAGACTATC	24.29	33	104	MSSA476	SAS1194	undecaprenyl pyrophosphate synthetase		SAR1236::70::98.57143::8.1E-11::+	SAS1194::70::100.0::2.9E-11::+	SAV1260::70::100.0::2.9E-11::+	MW1143::70::100.0::2.9E-11::+	SA1103::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL1279::70::100.0::2.9E-11::+
5QSA00007_G_21	TTTATGATTATTTATTATTAAATTCAGATGGATTAACTGATTATGTTAAAGACAATGAAATTAAGCGTTT	20.0	34	126	MSSA476	SAS1153	putative protein phosphatase		SAR1195::70::100.0::2.5E-11::+	SAS1153::70::100.0::2.5E-11::+	SAV1219::70::100.0::2.5E-11::+	MW1102::70::100.0::2.5E-11::+	SA1062::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL1231::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00007_G_22	ATGTAATAGGTTTAATTATGGCTATAAGTATGATTGCTGGGTCATATACTGGAGCACATTTTGCTATCAA	32.86	31	82	Mu50	SAV1714	hypothetical protein			SAS1641::70::94.28571::1.7E-9::+	SAV1714::70::100.0::2.9E-11::+	MW1657::70::94.28571::1.7E-9::+	SA1536::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL1763::70::94.28571::1.7E-9::+
5QSA00007_G_23	AGTTATGTTAATCCTAATTATGCATTAGTGGCCAGAAAATTTGTTGATAAAGCACATCATCATCAATTAC	30.0	31	101	Mu50	SAV1721	similar to glycerophosphoryl diester phosphodiesterase		SAR1798::70::97.14286::2.0E-10::+	SAS1647::70::98.57143::7.2E-11::+	SAV1721::70::100.0::2.5E-11::+	MW1663::70::98.57143::7.2E-11::+	SA1542::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL1770::70::98.57143::7.2E-11::+
5QSA00007_G_24	CATGTGCCAAGACCACCAGCGATGGTTGAAACATTGACTTATATTAAAGAGTTTATGAAACAAGTTGAGT	37.14	30	72	Mu50	SAV1793	hypothetical protein		SAR1873::70::97.14286::2.3E-10::+	SAS1713::70::98.57143::8.1E-11::+	SAV1793::70::100.0::2.9E-11::+	MW1731::70::98.57143::8.1E-11::+	SA1611::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL1840::70::98.57143::8.1E-11::+
5QSA00007_G_3	GTTATTACGATTGATAAAGAAAAAGAACAAGTATTTGAAGATATTTATCAATTTTTAGAGTCATTAGACT	22.86	34	107	MSSA476	SAS0745	putative carboxylesterase		SAR0835::70::94.28571::1.5E-9::+	SAS0745::70::100.0::2.5E-11::+	SAV0779::70::100.0::2.5E-11::+	MW0741::70::100.0::2.5E-11::+	SA0734::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL0845::70::98.57143::7.0E-11::+
5QSA00007_G_4	TTCATCGTTGGGTTAGTACTTTTAATTGCGCTTATTGTAATTTGTATTTTAATTAAACAGAAAATTTATG	24.29	32	92	Mu50	SAV2691	hypothetical protein				SAV2691::70::100.0::2.9E-11::+		SA2483::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL2715::70::95.71428::6.2E-10::+
5QSA00007_G_5	CTGTATCCAAAAAGCAACACCACAAATGTTAAGACAACGTAGTGGTGCTATCATCAATTTATCAAGTGTT	35.71	31	94	MSSA476	SAS1165	3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase		SAR1207::70::97.14286::2.0E-10::+	SAS1165::70::100.0::2.5E-11::+	SAV1231::70::100.0::2.5E-11::+	MW1114::70::100.0::2.5E-11::+	SA1074::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL1245::70::100.0::2.4E-11::+
5QSA00007_G_6	GATAAAGAAGGTTATCGTGATGACGAATTTGATAAAAATGATAAAGGTACATGGATTATTGGTTCTGAAA	30.0	31	72	COL	SACOL0083	staphylococcal tandem lipoprotein		SAR0106::69::91.42857::2.4E-8::+		SAV0098::70::92.85714::4.6E-9::+		SA0094::70::92.85714::4.6E-9::+		SACOL0083::70::100.0::2.9E-11::+
5QSA00007_G_7	CGGTTATTTATGAAGAACTCACATTAGAGGAACATATAGAGATGACAGCAATGGCATATGATATTGATCG	35.71	30	72	Mu50	SAV1837	ABC transporter ecsA homolog		SAR1928::70::94.28571::1.5E-9::+	SAS1758::70::97.14286::2.0E-10::+	SAV1837::70::100.0::2.5E-11::+	MW1777::70::97.14286::2.0E-10::+	SA1655::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL1893::70::97.14286::2.0E-10::+
5QSA00007_G_8	ACGGTTTGGTTCGACGGTGTTGAGAAGACTTTAAAAGCGCATCATCCAGATATCATAGTACTTAATGGTG	41.43	28	83	MRSA252	SAR2558	conserved hypothetical protein		SAR2558::70::100.0::2.9E-11::+						
5QSA00007_G_9	ATTTAATCATACCTATTTATGGTAAAGCTGAAAGTTTAAATGTAGCGATTGCAGGTAGTATTTTACTTTA	27.14	30	97	MSSA476	SAS1071	SpoU rRNA Methylase family protein		SAR1110::70::100.0::2.5E-11::+	SAS1071::70::100.0::2.5E-11::+	SAV1137::70::100.0::2.5E-11::+	MW1020::70::100.0::2.5E-11::+	SA0984::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL1147::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00007_H_1	TTTATAGTAGGTGAGATAACTAAAGATAAAAAAGGATATACACATGATAAAGATAAAAAATACCCTGTCA	25.71	33	63	MW2	MW2407	hypothetical protein			SAS2374::60::100.0::9.1E-9::+		MW2407::70::100.0::3.2E-11::+			
5QSA00007_H_10	TACCATTTTTAATAATTATATTGTTGCATTCTAAATTTAGATTCAATGCTGTAAGTATGATATTAGTAGG	22.86	31	139	MSSA476	SAS1068	iron/heme permease		SAR1107::70::98.57143::1.4E-10::+	SAS1068::70::100.0::5.1E-11::+	SAV1134::70::100.0::3.6E-11::+	MW1016::70::100.0::5.1E-11::+	SA0981::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL1144::70::100.0::5.1E-11::+
5QSA00007_H_11	TATGTGCGGAACCAACTTATTTTAAGAATACAGAAAACTGCGTGAATCAAAAACAATGGATTCAATTTTG	31.43	31	84	N315	SA0027	truncated replication protein for plasmid		SAR0028::70::97.14286::3.8E-10::+		SAV0029::70::97.14286::2.5E-10::+		SA0028::70::100.0::3.2E-11::+,SA0027::70::100.0::5.4E-11::+		
5QSA00007_H_12	ATTATGTACAATCACATTCATTTATAAAATCTTTAGTGTTAGGTATTTCAGGAGGACAAGATTCTACATT	27.14	32	113	Mu50	SAV1912	NAD(+) synthetase	nadE	SAR2005::69::98.55073::1.7E-10::+	SAS1836::70::98.57143::9.8E-11::+	SAV1912::70::100.0::3.6E-11::+	MW1853::70::98.57143::9.8E-11::+	SA1728::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL1974::70::98.57143::9.8E-11::+
5QSA00007_H_13	TGTACCGAGATATGAAGCAGAATACAAATTGAATAATAGTGATACAAATGTAAAAAAACTTAGAGATATT	25.71	32	74	Mu50	SAV0437	hypothetical protein	lpl2	SAR0438::70::91.42857::1.3E-8::+		SAV0437::70::100.0::3.2E-11::+		SA0397::70::100.0::3.2E-11::+		SACOL0486::69::89.85507::6.5E-8::+
5QSA00007_H_14	AACATATGTACATTATGTGATTCCAGTTAAACAAGTAACAACTGAAATTCAACATTTGGTTGAAGCATTT	28.57	32	113	Mu50	SAV2470	similar to diaminopimelate epimerase		SAR2557::70::92.85714::5.3E-9::+	SAS2361::70::97.14286::2.7E-10::+	SAV2470::70::100.0::3.6E-11::+	MW2394::70::97.14286::2.7E-10::+	SA2258::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL2479::70::97.14286::2.7E-10::+
5QSA00007_H_15	GAATAGCGAAGGTATGGTACTACATTTTAATAGAAATACGAGGACAGCAACAGGATATTATACTGTAAGA	34.29	30	80	Mu50	SAV0442	hypothetical protein	lpl6			SAV0442::70::100.0::3.2E-11::+		SA0402::70::100.0::3.2E-11::+		
5QSA00007_H_16	TATTAATCCGAATATAAAATTCACAATGATTTCTTCTATTGATATAGCTAAAATTGCATCGTATATTTTT	21.43	33	113	MSSA476	SAS2462	conserved hypothetical protein		SAR2656::70::98.57143::9.8E-11::+	SAS2462::70::100.0::3.6E-11::+	SAV2576::70::100.0::3.6E-11::+	MW2496::70::100.0::3.6E-11::+	SA2362::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL2591::70::100.0::3.6E-11::+
5QSA00007_H_17	TCGGTAAACATTAAAAATGTAACAAAAGAATATCGTATTTATCGTACAAATAAAGAACGTATGAAAGATG	25.71	33	89	MSSA476	SAS0603	teichoic acid ABC transporter ATP-binding protein		SAR0647::70::100.0::3.2E-11::+	SAS0603::70::100.0::3.2E-11::+	SAV0637::70::100.0::3.2E-11::+	MW0599::70::100.0::3.2E-11::+	SA0593::70::100.0::3.2E-11::+		SACOL0694::70::100.0::3.2E-11::+
5QSA00007_H_18	ATTTACATCATTTAAATATGTCTAAAGATATTACTATTAATGATAAACCTGCGCGATTAATGGATAAAGT	24.29	31	125	MSSA476	SAS1771	RNA pseudouridylate synthase		SAR1941::70::100.0::3.6E-11::+	SAS1771::70::100.0::3.6E-11::+	SAV1850::70::100.0::3.6E-11::+	MW1791::70::100.0::3.6E-11::+	SA1668::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL1907::70::100.0::3.6E-11::+
5QSA00007_H_19	GGGCTGTTAGCAAGTGTGCTTAATACATTTGCTTTGTTTAATATTAATTTATCCTGGATTGAGTCTCGTC	35.71	30	79	Mu50	SAV1915	similar to chorismate mutase		SAR2008::70::98.57143::8.9E-11::+	SAS1839::70::98.57143::8.9E-11::+	SAV1915::70::100.0::3.2E-11::+	MW1856::70::98.57143::8.9E-11::+	SA1731::70::100.0::3.2E-11::+		SACOL1977::70::98.57143::8.9E-11::+
5QSA00007_H_2	CCGGACAAGCAGCAGACTTGTATCGCTCTGGATATAATGCTGCGAAAGGTGCAGTGATTAATTTTACAAA	42.86	29	81	COL	SACOL2482	3-oxoacyl-(acyl carrier protein) reductase, authentic point mutation	fabG2	SAR2559::70::91.42857::1.4E-8::+	SAS2363::70::91.42857::1.4E-8::+	SAV2472::70::91.42857::1.4E-8::+	MW2396::70::91.42857::1.4E-8::+	SA2260::70::91.42857::1.4E-8::+		SACOL2482::70::100.0::3.6E-11::+
5QSA00007_H_20	TCGTAGTTGGCACTGATCATTCTGCAGAAAATATAACTGGTTTTTATACGAAGTACGGTGATGGTGCTGC	41.43	31	91	MSSA476	SAS1836	putative NAD synthetase			SAS1836::70::100.0::3.6E-11::+	SAV1912::70::90.0::3.8E-8::+	MW1853::70::100.0::3.6E-11::+	SA1728::70::90.0::3.8E-8::+		SACOL1974::70::90.0::3.8E-8::+
5QSA00007_H_21	AGCCACTACCGAATGACAAGTTAAGAAAAGAAATCGAAAACTTTAAATTCTTTGTACAATACGGTGACTT	32.86	30	120	Mu50	SAV2481	hypothetical protein				SAV2481::70::100.0::3.2E-11::+		SA2269::70::100.0::3.2E-11::+		SACOL2493::70::90.0::3.6E-8::+
5QSA00007_H_22	GCGCCTAACTATTCAGCTGAATATAAAATTAATGATGATGATAATAACATCAAACAATTAAAAAATCGAT	25.71	33	90	MRSA252	SAR0445	putative lipoprotein		SAR0445::70::100.0::3.6E-11::+						
5QSA00007_H_23	ACTAGAACAGCTAAGGGATATTTTTTAATAAGTGAGACAACAGAAGACAAAAAAGGATACGTTCATAATA	30.0	31	71	Mu50	SAV2485	hypothetical protein				SAV2485::70::100.0::3.2E-11::+		SA2273::70::100.0::3.2E-11::+		
5QSA00007_H_24	TCATCCTCTTATTTAGTAGAAATTAACAACACAAATCTAATTAAAAATATGGTCCACGCTGATAAAGGCT	30.0	30	89	MRSA252	SAR0717	LysR family regulatory protein		SAR0717::70::100.0::3.6E-11::+,SAR0686::70::100.0::1.3E-10::-,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::-						
5QSA00007_H_3	GACGCACCAATTTAGTGCATCAGGTCAAAACAGAAATATGATCATTATCAACGAATCAGGATTATACAGT	35.71	30	72	COL	SACOL0325	prophage L54a, antirepressor, putative								SACOL0325::70::100.0::3.2E-11::+
5QSA00007_H_4	AAAGTCATTAAGTGATGAACCTGTCTATATATTAGGTTCAATCGTTGCGATGCATGTGTTAAAAGATTAC	32.86	31	97	MSSA476	SAS2467	putative hydrolase			SAS2467::70::100.0::3.6E-11::+					
5QSA00007_H_5	ATACAACAATGGTGAGTTTTCATATAATCCTGAAGCACCAATTTATTCGGCTAAATATCAATTACACAAC	31.43	31	80	COL	SACOL0482	staphylococcus tandem lipoprotein								SACOL0482::70::100.0::3.2E-11::+
5QSA00007_H_6	ACCTAGATATTAAAACAATTAACGATTACACTACGCCTAATAAATTACTAGATAAAGGTGAAATTGACGC	30.0	32	92	Mu50	SAV0839	similar to ABC transporter substrate-binding protein		SAR0872::70::97.14286::2.7E-10::+	SAS0781::70::95.71428::7.3E-10::+	SAV0839::70::100.0::3.6E-11::+	MW0792::70::95.71428::7.3E-10::+	SA0771::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL0884::70::95.71428::7.3E-10::+
5QSA00007_H_7	AAATAAGCAAAGAAAATCTAAATTACGATAAAGAGTTTGATCTAAATCAAGGTGCCAAACCTAGTGGAAT	30.0	31	86	COL	SACOL2204	hypothetical protein								SACOL2204::70::100.0::3.2E-11::+
5QSA00007_H_8	TTTAGATAAAGTTGAAGATGAAACTGTGCAATGGTGTAAAGAGATTATGAAACACTCACCAACAGCTTTA	32.86	31	114	Mu50	SAV1045	naphthoate synthase	menB	SAR1019::70::95.71428::7.3E-10::+	SAS0981::70::97.14286::2.7E-10::+	SAV1045::70::100.0::3.6E-11::+	MW0929::70::97.14286::2.7E-10::+	SA0898::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL1054::70::97.14286::2.7E-10::+
5QSA00007_H_9	TAGATGGCGTGGCGTCAGTTGATGAAAATGAAACACAGTTAGTTATCGTATTTAATGAAGAAGTAAAATA	32.86	31	81	MRSA252	SAR0263	putative PTS transport system protein		SAR0263::70::100.0::3.2E-11::+						
5QSA00007_I_1	GTATCTATTATCGGTCCTTTATTAGAAGAATACGTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATG	27.14	30	101	Mu50	SAV2031	hypothetical protein			SAS1937::70::97.14286::2.0E-10::+	SAV2031::70::100.0::2.5E-11::+	MW1955::70::97.14286::2.0E-10::+	SA1838::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL2018::70::97.14286::2.0E-10::+
5QSA00007_I_10	CTTGAAGATTTATACGACAAAGAAGGATATCGAGATGGCGAATTTAAAAAAGGTGACAAAGGGATGTGGA	37.14	31	58	MSSA476	SAS0400	putative membrane protein		SAR0445::69::94.202896::3.4E-9::+,SAR0439::70::91.42857::1.3E-8::+,SAR0444::69::91.30435::2.3E-8::+	SAS0400::70::100.0::2.9E-11::+,SAS0401::70::91.42857::1.3E-8::+	SAV0440::70::91.42857::1.3E-8::+,SAV0436::70::90.0::3.7E-8::+,SAV0445::70::90.0::3.8E-8::+,SAV0438::69::89.85507::6.2E-8::+	MW0398::70::100.0::2.9E-11::+,MW0399::70::91.42857::1.3E-8::+	SA0400::70::91.42857::1.3E-8::+,SA0396::70::90.0::3.7E-8::+,SA0405::70::90.0::3.8E-8::+,SA0398::69::89.85507::6.2E-8::+		SACOL0483::69::92.753624::8.2E-9::+,SACOL0484::70::91.42857::1.4E-8::+,SACOL0485::69::89.85507::6.1E-8::+
5QSA00007_I_11	TATCATCCACCATGATCTATCAAAAGCAAAGCAATACTTTGATCGCATTATTCTATTAAATCAAACATTA	28.57	32	89	MSSA476	SAS0599	ABC transporter ATP-binding protein		SAR0643::70::98.57143::7.2E-11::+	SAS0599::70::100.0::2.5E-11::+	SAV0633::70::100.0::2.5E-11::+	MW0595::70::100.0::2.5E-11::+	SA0589::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL0690::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00007_I_12	AAGCACTTTATCTCAATATATTAACGACGTACAATCACCCGACCAAGATAGAATTTACCTACTTTCTAAA	32.86	30	73	MSSA476	SAS1919	putative repressor			SAS1919::70::100.0::2.9E-11::+		MW1936::70::100.0::2.9E-11::+			
5QSA00007_I_13	CGTAAGATTCCATTGTTTATCTTTTTCGTATCAATCGTTGGTCCTCTATTAGAAGAATATGTATTTAGAA	30.0	31	78	MRSA252	SAR2118	putative membrane protein		SAR2118::70::100.0::2.5E-11::+						
5QSA00007_I_14	CAATCATATTAGTTGCAGATGGTGAAGATACAGCAAAAGATATGTATGCAAAGCAAGGTTATGTTTACCA	34.29	32	102	MSSA476	SAS2171	acetyltransferase (GNAT) family protein		SAR2365::67::97.01493::1.2E-9::+	SAS2171::70::100.0::2.9E-11::+	SAV2281::70::95.71428::6.2E-10::+	MW2199::70::100.0::2.9E-11::+	SA2076::70::95.71428::6.2E-10::+		SACOL2274::70::97.14286::2.3E-10::+
5QSA00007_I_15	TTATTGTTCAAACTGTACCAAAATCTAAATTAGATTTTTTAGCAAATGCACCACATCAGGGTGTTGCAGC	34.29	30	117	Mu50	SAV0531	putative tRNA/rRNA methyltransferase		SAR0535::70::97.14286::2.0E-10::+	SAS0489::70::98.57143::7.3E-11::+	SAV0531::70::100.0::2.6E-11::+	MW0487::70::98.57143::7.3E-11::+	SA0490::70::100.0::2.6E-11::+		SACOL0578::70::98.57143::7.3E-11::+
5QSA00007_I_16	ACGTTTGTAGAGAAAAAAGAAGAAAATATATACTTTAGTGATAGCTTAGATTATAAAAAAAGCGGAGATG	27.14	34	77	MSSA476	SAS0072	putative lipoprotein			SAS0072::70::100.0::2.9E-11::+,SAS0074::70::90.0::3.4E-8::+		MW0071::70::100.0::2.9E-11::+,MW0073::70::90.0::2.7E-8::+			SACOL0079::70::100.0::2.9E-11::+
5QSA00007_I_17	ATATCTTGTTTAAAATTAATATTAATCCTACTATTTTTACTTTCAATACTTTTGGTCATATATCAAACTC	20.0	33	108	Mu50	SAV1376	hypothetical protein			SAS1316::70::98.57143::7.6E-11::+	SAV1376::70::100.0::2.6E-11::+	MW1263::70::98.57143::7.6E-11::+	SA1208::70::100.0::2.6E-11::+		
5QSA00007_I_18	GTATGATTGCTGGGTCATATGCTGGGGCTCATTTTGCTATTAAACAAGGTGTTGGTTATGTAAAAGTATT	37.14	31	76	COL	SACOL1763	conserved hypothetical protein		SAR1792::70::92.85714::4.6E-9::+	SAS1641::70::92.85714::4.6E-9::+	SAV1714::70::92.85714::4.6E-9::+	MW1657::70::92.85714::4.6E-9::+	SA1536::70::92.85714::4.6E-9::+		SACOL1763::70::100.0::2.9E-11::+
5QSA00007_I_19	GATTATGATTCCATCAGTTTAATAGTAATGTTGTGGTTAACCATTATATTAAATACTTTGATTTGCCAAC	27.14	33	144	Mu50	SAV2460	hypothetical protein				SAV2460::70::100.0::2.6E-11::+		SA2249::70::100.0::2.6E-11::+		
5QSA00007_I_2	CAGATGCACAGGATAAGTTAGTTAAACATTACCAAAAACTAATTGAGTCATTGGCATATAAATATTCTAA	28.57	31	98	MSSA476	SAS1969	RNA polymerase sigma-B factor		SAR2152::70::98.57143::8.1E-11::+	SAS1969::70::100.0::2.9E-11::+	SAV2064::70::100.0::2.9E-11::+	MW1988::70::100.0::2.9E-11::+	SA1869::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL2054::70::100.0::2.9E-11::+
5QSA00007_I_20	ATATCAAAGATGAGAACATAAAAAAAGAAATCGAGAACTTTAAGTTCTTCGCGCAATATGGCAGCTTTAA	31.43	33	103	MRSA252	SAR0106	putative lipoprotein		SAR0106::70::100.0::2.9E-11::+		SAV0100::69::94.202896::3.0E-9::+,SAV0098::70::90.0::3.4E-8::+		SA0096::69::94.202896::3.0E-9::+,SA0094::70::90.0::3.4E-8::+		SACOL0083::69::94.202896::3.0E-9::+
5QSA00007_I_21	AGTTACAGATGTTGAAAAATCATATCAAAGCGCACATGTTTTTAAGCGTCGTCGAACACCTATCGTGAAA	37.14	30	126	Mu50	SAV2463	oligopeptide transporter putative ATPase domain		SAR2550::70::95.71428::5.8E-10::+	SAS2354::70::95.71428::5.8E-10::+	SAV2463::70::100.0::2.6E-11::+	MW2387::70::95.71428::5.8E-10::+	SA2251::70::100.0::2.6E-11::+		SACOL2472::70::95.71428::5.8E-10::+
5QSA00007_I_22	CACCCATTTATGTACTAAGTAATATTGCTGGCGTGCTAATCAACGATGTTGTTATACCTCAACTACCCTT	38.57	29	78	MRSA252	SAR0183	putative amino acid kinase		SAR0183::70::100.0::2.9E-11::+						
5QSA00007_I_23	AGTCCAGAAATGATTATGCAACGTGCTTTAAAAATTGCTAACAACACAATCAATCAATTAGAAACAAAGA	30.0	32	98	MW2	MW1932	phage anti repressor		SAR2096::70::98.57143::7.5E-11::+	SAS1914::70::94.28571::2.3E-8::+	SAV1994::70::98.57143::7.6E-11::+	MW1932::70::100.0::2.6E-11::+	SA1801::70::98.57143::7.5E-11::+		
5QSA00007_I_24	TTATTTTATTAGACAAGGTAAACGATCCAAACCTTAAAGAAAGAATAGAAAATTTTAAGTTTTTTGGACA	24.29	32	88	MRSA252	SAR0442	putative membrane protein		SAR0442::70::100.0::2.9E-11::+						
5QSA00007_I_3	ATTTTGAAGGGATTAGTTAAAAAAGAGAGATGTGAATTAGATGAAAGACGTGTTATTGTAACAATCAAGC	30.0	32	91	Mu50	SAV2297	hypothetical protein		SAR2381::70::97.14286::2.0E-10::+	SAS2187::70::98.57143::7.2E-11::+	SAV2297::70::100.0::2.5E-11::+	MW2215::70::98.57143::7.2E-11::+	SA2091::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL2289::70::98.57143::7.2E-11::+
5QSA00007_I_4	TACAATTCAATCGTTGATAGGTGAATACGCCATATCAAAAAATCACAAACCAATCATATTAGTTACAGAT	30.0	31	94	Mu50	SAV2281	hypothetical protein			SAS2171::70::97.14286::2.3E-10::+	SAV2281::70::100.0::2.9E-11::+	MW2199::70::97.14286::2.3E-10::+	SA2076::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL2274::70::98.57143::8.1E-11::+
5QSA00007_I_5	AAAAGATTTTTTAAAATATCGATTTAATTTAACATTTCTTGATTTATCTATCTTATATGTAATATCATCT	15.71	36	105	MSSA476	SAS2385	putative staphylococcal accessory regulator			SAS2385::70::100.0::2.5E-11::+	SAV2499::70::100.0::2.5E-11::+	MW2418::70::100.0::2.5E-11::+	SA2287::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL2507::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00007_I_6	TTCATTCTACTAATGGTTGCTCAAGGTTATATCGCTACAAAATACAATGAAATTTTTACGCCACAGGAAT	32.86	30	94	Mu50	SAV2515	probable transmembrane protein smpB		SAR2595::70::95.71428::6.2E-10::+	SAS2400::70::95.71428::6.2E-10::+	SAV2515::70::100.0::2.9E-11::+	MW2434::70::95.71428::6.2E-10::+	SA2303::70::100.0::2.9E-11::+		SACOL2526::70::97.14286::2.3E-10::+
5QSA00007_I_7	ATAGAAAAAATCATTCGAAGAGTAAATGAAAATAAAAAGAAATATGGTTTTGAAAGTACTACTGAAGACA	24.29	33	68	N315	SAP031	hypothetical protein		SAR0707::70::98.57143::7.1E-11::+,SAR0686::70::98.57143::3.4E-10::-,SAR0685::70::98.57143::3.4E-10::-				SAP031::70::100.0::2.5E-11::+		
5QSA00007_I_8	AAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAATATTTACTTTACTGATAGTCTACATCTTAA	17.14	34	104	MSSA476	SAS0073	putative lipoprotein			SAS0073::70::100.0::2.9E-11::+		MW0072::70::100.0::2.9E-11::+			SACOL0080::70::98.57143::8.1E-11::+
5QSA00007_I_9	TTATGAATTGAACGTATGGACTGTAAACAAACCAGCACGTGCAAACCAACTTGCTAATTGGGGAGTTGAT	40.0	30	89	COL	SACOL0031	glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative		SAR0037::70::100.0::2.5E-11::+		SAV0039::70::100.0::2.5E-11::+	MW0029::70::100.0::2.5E-11::+	SA0036::70::100.0::2.5E-11::+		SACOL0031::70::100.0::2.5E-11::+
5QSA00007_J_1	CGAAACTATTATTGAAAGGCGATGGAGATTTAAAAGGTTCATCCGTAGGTTCTAGAAGTCTTGAATTTAC	35.71	29	90	COL	SACOL2493	staphylococcus tandem lipoprotein								SACOL2493::70::100.0::3.2E-11::+
5QSA00007_J_10	TTTAACCTTGATGCAGTTTCATGGTTACATGTTTTAAAAAATATCGTTTTTGCTTTCTTAGGTAACTTTG	28.57	32	86	Mu50	SAV2403	similar to NirC protein			SAS2294::70::98.57143::9.9E-11::+	SAV2403::70::100.0::3.6E-11::+	MW2325::70::98.57143::9.9E-11::+	SA2191::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL2401::70::98.57143::9.9E-11::+
5QSA00007_J_11	TACAATTGTAAATGCTGAAAATGCAGCACATGGTAAAGGTTTGACTGAAAAAATATATAAACAATTACTA	27.14	32	77	MSSA476	SAS1222	conserved hypothetical protein		SAR1264::70::98.57143::9.0E-11::+	SAS1222::70::100.0::3.3E-11::+	SAV1288::70::100.0::3.3E-11::+	MW1171::70::100.0::3.3E-11::+	SA1130::70::100.0::3.3E-11::+		SACOL1307::70::100.0::3.3E-11::+
5QSA00007_J_12	TACAACAAAAGTATAGATAAAAACACTGATTTTGTTTTAGATGGTGTGTATGCATATCGAGATATAAATA	25.71	33	96	COL	SACOL0380	conserved hypothetical protein		SAR1506::70::100.0::3.6E-11::+	SAS0945::70::98.57143::9.9E-11::+		MW1389::70::100.0::3.6E-11::+			SACOL0380::70::100.0::3.6E-11::+
5QSA00007_J_13	CTTCTATGTCTAAAATCACTTTAACTCCAATACAAATTATTAACATGATGACTCGATTACAAAGTGCAAG	30.0	31	110	Mu50	SAV2280	formate dehydrogenase accessory protein	narQ		SAS2170::70::97.14286::2.5E-10::+	SAV2280::70::100.0::3.3E-11::+	MW2198::70::97.14286::2.5E-10::+	SA2075::70::100.0::3.3E-11::+		SACOL2273::70::97.14286::2.5E-10::+
5QSA00007_J_14	CTTCATTCCTGCTATTTCAAATATTGCTGCCGCTTTTATCGGTAACTATATCGGAGGCGGTCTCATTATA	40.0	30	76	MRSA252	SAR0302	putative formate/nitrite transporter		SAR0302::70::100.0::3.6E-11::+		SAV0305::70::90.0::3.8E-8::+		SA0293::70::90.0::3.8E-8::+		SACOL0301::70::90.0::4.0E-8::+
5QSA00007_J_15	CAAAAACGTTAGACATGTATCCTACTGAAAATCTAGAAGACTTTTATGACAAAGAGGGATATCGAGATGG	35.71	29	89	MSSA476	SAS0402	putative lipoprotein			SAS0402::70::100.0::3.3E-11::+		MW0400::70::100.0::3.3E-11::+			
5QSA00007_J_16	AAATCTATGATGGCAGGTTTCTTATTGTCCATTGTTACTGTTTTTATGTTTGGTATTAAAACACAATTCG	30.0	30	84	MRSA252	SAR2493	putative nitrite transporter		SAR2493::70::100.0::3.6E-11::+						
5QSA00007_J_17	TATTGATGTTGTTTTAAGTAAAGATCCTAAAACTGGAAAACCTTTATTGGTAACTTATGACTTATGTCGC	30.0	30	84	MSSA476	SAS0612	ferrichrome transport ATP-binding protein		SAR0657::70::98.57143::9.0E-11::+	SAS0612::70::100.0::3.3E-11::+	SAV0647::70::98.57143::9.0E-11::+	MW0609::70::100.0::3.3E-11::+	SA0602::70::98.57143::9.0E-11::+		SACOL0704::70::98.57143::9.0E-11::+
5QSA00007_J_18	ATATAAAGTAATTACTAAAGATGCATTTGCATTACCTTACACAATTATTAAAGCAAAAAATCAACCAACA	24.29	32	91	Mu50	SAV0321	hypothetical protein		SAR0318::70::91.42857::1.4E-8::+	SAS0298::70::98.57143::1.0E-10::+	SAV0321::70::100.0::3.7E-11::+	MW0298::70::98.57143::1.0E-10::+	SA0310::70::100.0::3.7E-11::+		SACOL0391::70::98.57143::1.0E-10::+
5QSA00007_J_19	TGGCCCATATGGTCATGTTGCTTATGTTGAACGTGTCAATGGTGATGGTAGTATCTTGATTTCTGAAATG	40.0	30	75	MSSA476	SAS0630	putative exported protein		SAR0675::70::98.57143::9.0E-11::+	SAS0630::70::100.0::3.3E-11::+	SAV0665::70::98.57143::9.0E-11::+	MW0627::70::100.0::3.3E-11::+	SA0620::70::98.57143::9.0E-11::+		SACOL0723::70::98.57143::9.0E-11::+
5QSA00007_J_2	ATTGAAAGAAGCTGGGATTGTCCTAACAGACTTCCAAAAAGGTAATGAAAAGGCTCGCGAACGTATGAAA	40.0	30	76	MRSA252	SAR2005	putative NAD synthetase		SAR2005::70::100.0::3.6E-11::+						
5QSA00007_J_20	GGTAGTAACATTATTGAGAACAGTAATGTTGTTAATGGGTATATATTTAATTATTCGAGCGTTGATTTAA	27.14	31	91	Mu50	SAV0922	hypothetical protein		SAR0885::70::98.57143::1.0E-10::+	SAS0793::70::98.57143::1.0E-10::+	SAV0922::70::100.0::3.7E-11::+	MW0805::70::98.57143::1.0E-10::+	SA0783::70::100.0::3.7E-11::+		SACOL0925::70::98.57143::1.0E-10::+
5QSA00007_J_21	TAGGATTTATTCGAAATGGTGGCTTTAATATATATAGTCATCCAGAACGTATCATCGACTCTGAACAATA	32.86	30	102	MSSA476	SAS2170	FdhD/NarQ family protein		SAR2364::70::94.28571::1.8E-9::+	SAS2170::70::100.0::3.3E-11::+	SAV2280::70::98.57143::9.0E-11::+	MW2198::70::100.0::3.3E-11::+	SA2075::70::98.57143::9.0E-11::+		SACOL2273::70::94.28571::1.8E-9::+
5QSA00007_J_22	CGAGGTCTCCATCAAGAAATTAGCAATGATTATTTAGAGCCCTACCATGATACGTTAATACAATTACATG	35.71	29	89	Mu50	SAV1107	myo-inositol-1(or 4)-monophosphatase homolog			SAS1042::70::95.71428::7.4E-10::+	SAV1107::70::100.0::3.7E-11::+	MW0990::70::95.71428::7.4E-10::+	SA0958::70::100.0::3.7E-11::+		SACOL1116::70::95.71428::7.4E-10::+
5QSA00007_J_23	AGAAAAAAGTAATGCAATGATTACGAATGAAATTAATCATTTATGGATTATGGATCCCATTGATGGAACT	28.57	32	111	MSSA476	SAS2203	inositol monophosphatase family protein		SAR2395::70::98.57143::9.0E-11::+	SAS2203::70::100.0::3.3E-11::+	SAV2311::70::98.57143::9.0E-11::+	MW2231::70::100.0::3.3E-11::+	SA2104::70::98.57143::9.0E-11::+		SACOL2303::70::98.57143::9.0E-11::+
5QSA00007_J_24	GTATCTAGTTTATTAGGTATGTTAGGTATAAGTATTGTTACAATTAATGGTGTTGATCAAGGTAAACGAG	30.0	32	95	MSSA476	SAS1215	putative membrane protein		SAR1257::70::100.0::3.7E-11::+	SAS1215::70::100.0::3.7E-11::+	SAV1281::70::100.0::3.7E-11::+	MW1164::70::100.0::3.7E-11::+	SA1124::70::100.0::3.7E-11::+		SACOL1300::70::100.0::3.7E-11::+
5QSA00007_J_3	AGAACAAATCAAAAAGAGCTTTGCGAAAACATTAGAAATGTATCCAATCAAAAACCTCGAAGATTTATAC	30.0	30	96	MRSA252	SAR0444	putative lipoprotein		SAR0444::70::100.0::3.2E-11::+,SAR0440::70::92.85714::5.1E-9::+,SAR0439::67::94.02985::9.1E-9::+,SAR0445::70::90.0::3.8E-8::+	SAS0399::70::90.0::3.7E-8::+,SAS0400::67::91.04478::6.6E-8::+	SAV0436::70::94.28571::1.9E-9::+,SAV0437::70::91.42857::1.3E-8::+,SAV0440::69::91.30435::2.3E-8::+	MW0397::70::90.0::3.7E-8::+,MW0398::67::91.04478::6.6E-8::+	SA0396::70::94.28571::1.9E-9::+,SA0397::70::91.42857::1.3E-8::+,SA0400::69::91.30435::2.3E-8::+		SACOL0486::70::90.0::3.8E-8::+,SACOL0481::69::89.85507::6.3E-8::+
5QSA00007_J_4	CACCAGGTATAGTGAATATGGCTAGCGCCATTACATTCAGCTTTGCGTTAGTACTCATTTTATTTACAAA	37.14	31	90	Mu50	SAV0305	similar to NirC protein		SAR0302::70::92.85714::5.3E-9::+	SAS0282::70::92.85714::5.3E-9::+	SAV0305::70::100.0::3.6E-11::+	MW0282::70::92.85714::5.3E-9::+	SA0293::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL0301::70::92.85714::5.5E-9::+
5QSA00007_J_5	AACAAGCGCCGAAACTATTATTGAAAGGTGATGGTGATTTAAAAGGATCATCAGTAGGATCAAAAAATAT	32.86	31	97	MRSA252	SAR2570	putative exported protein		SAR2570::70::100.0::3.2E-11::+	SAS2373::70::91.54929::1.6E-8::+	SAV2486::70::92.95775::5.2E-9::+	MW2406::70::91.54929::1.6E-8::+	SA2274::70::92.95775::5.2E-9::+		
5QSA00007_J_6	AAACAGGCGAAATCTTCAATAAGTGAAGATGTCCAAATTATAAAAAATACATTCCAAAAAGAAAAGTTAG	27.14	30	84	Mu50	SAV0496	purine operon repressor	purR	SAR0497::70::98.57143::9.9E-11::+	SAS0453::70::98.57143::9.9E-11::+	SAV0496::70::100.0::3.6E-11::+	MW0451::70::98.57143::9.9E-11::+	SA0454::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL0539::70::98.57143::9.9E-11::+
5QSA00007_J_7	TTGAAAATGTTTGCATATTCAATTTTATATGCCGCTTTAATAACAATTATTACGTTGGCTATCAGTTATC	27.14	32	102	Mu50	SAV1100	spermidine/putrescine ABC transporter homolog	potB	SAR1074::70::97.14286::2.5E-10::+	SAS1035::70::97.14286::2.5E-10::+	SAV1100::70::100.0::3.3E-11::+	MW0983::70::97.14286::2.5E-10::+	SA0951::70::100.0::3.3E-11::+		SACOL1109::70::95.71428::6.8E-10::+
5QSA00007_J_8	GCCCGCCATGGTGTTGCTATGGAAAATGGTTTGCAAGAACTTAAAGATGTAGCGAACAATATTACATTCA	40.0	30	110	MSSA476	SAS0841	putative haloacid dehalogenase-like hydrolase		SAR0934::70::95.71428::7.3E-10::+	SAS0841::70::100.0::3.6E-11::+	SAV0971::70::100.0::3.6E-11::+	MW0853::70::100.0::3.6E-11::+	SA0832::70::100.0::3.6E-11::+		SACOL0976::70::95.71428::7.3E-10::+
5QSA00007_J_9	GACGTATTAGGATTAAATATTATAAATGAGACATTAACATCGATACAATATGAAGTAGGTCAAAATAATC	25.71	31	94	Mu50	SAV1194	hypothetical protein		SAR1171::70::98.57143::9.0E-11::+	SAS1128::70::98.57143::9.0E-11::+	SAV1194::70::100.0::3.3E-11::+	MW1077::70::98.57143::9.0E-11::+	SA1037::70::100.0::3.3E-11::+		SACOL1207::70::98.57143::9.0E-11::+
5QSA00007_K_1	ATTAATCCCTTTAAAGATTACAATAGTATTATCCGTTATTCTTGAAACACTGTACTATTATCCATACATT	25.71	32	98	MSSA476	SAS2352	putative membrane protein		SAR2548::70::97.14286::2.1E-10::+	SAS2352::70::100.0::2.6E-11::+	SAV2460::70::97.14286::2.1E-10::+	MW2384::70::100.0::2.6E-11::+	SA2249::70::97.14286::2.1E-10::+		SACOL2470::70::90.0::3.2E-8::+
5QSA00007_K_10	TTCAAGTCCTGGAAAAAACCAAATTATATACAAAGAAAGCCTTACTTATAATAAATTAAGTGAACATTAA	24.29	31	97	Mu50	SAV0210	hypothetical protein			SAS0186::70::98.57143::8.2E-11::+	SAV0210::70::100.0::3.0E-11::+	MW0186::70::98.57143::8.2E-11::+	SA0203::70::100.0::3.0E-11::+		SACOL0189::70::92.85714::4.7E-9::+
5QSA00007_K_11	TAAAATGAATTCATTGAATATCCATCAAGAAATTATTGATGAAATGTCAGATATCATTTTAATGTTATAT	20.0	36	161	MSSA476	SAS1504	putative recombination protein O		SAR1643::70::100.0::2.7E-11::+	SAS1504::70::100.0::2.7E-11::+	SAV1566::70::100.0::2.7E-11::+	MW1518::70::100.0::2.7E-11::+	SA1395::70::100.0::2.7E-11::+		SACOL1623::70::100.0::2.7E-11::+
5QSA00007_K_12	ATATTGTAACTAATAAGCTGAATTTTTATATTTCATTAGGTGGACCTGTGACATTTAAAAATGCTAAACA	25.71	34	129	COL	SACOL0534	deoxyribonuclease, TatD family		SAR0492::70::98.57143::8.2E-11::+	SAS0448::70::98.57143::8.2E-11::+	SAV0491::70::100.0::3.0E-11::+	MW0446::70::98.57143::8.2E-11::+	SA0449::70::100.0::3.0E-11::+		SACOL0534::70::100.0::3.0E-11::+
5QSA00007_K_13	CGCTCAATTGTTAAATTAAACGAGGCGAAAGTTGTCAAAAAGATAGAGCGTTGGCAAAAAATAATTAAAG	32.86	32	81	Mu50	SAV1577	hypothetical protein		SAR1654::70::94.28571::1.6E-9::+	SAS1515::70::95.71428::5.8E-10::+	SAV1577::70::100.0::2.7E-11::+	MW1529::70::95.71428::5.8E-10::+	SA1406::70::100.0::2.7E-11::+		SACOL1634::70::95.71428::5.8E-10::+
5QSA00007_K_14	TAGGAATGAAAGGTACTTTCATTAAAGTTAAAAAAGAAAAATTCTTAGATGAATTAGAAAAAAGTAAATA	20.0	34	94	MSSA476	SAS1189	putative regulatory protein		SAR1231::70::98.57143::8.2E-11::+	SAS1189::70::100.0::3.0E-11::+	SAV1255::70::100.0::3.0E-11::+	MW1138::70::100.0::3.0E-11::+	SA1098::70::100.0::3.0E-11::+		SACOL1272::70::100.0::3.0E-11::+
5QSA00007_K_15	TGATGATTTATCAATTAGGTGCATTACAAGGGTTTTGTCGCATTCATCAACTTAAAATTAATCATGTTAA	28.57	31	102	Mu50	SAV1605	hypothetical protein		SAR1684::70::98.57143::7.5E-11::+	SAS1541::70::98.57143::7.5E-11::+	SAV1605::70::100.0::2.7E-11::+	MW1555::70::98.57143::7.5E-11::+	SA1433::70::100.0::2.7E-11::+		SACOL1660::70::98.57143::7.5E-11::+
5QSA00007_K_16	GAGAAAATATTAGTAGATTGAGTCAATATTATGGTCATACAATTGGTTATATTTCTCAAAATTATGCAGA	25.71	32	124	Mu50	SAV1380	oligopeptide transport ATPase		SAR1393::70::94.28571::1.7E-9::+	SAS1321::70::95.71428::6.3E-10::+	SAV1380::70::100.0::3.0E-11::+	MW1268::70::95.71428::6.3E-10::+	SA1212::70::100.0::3.0E-11::+		SACOL1415::70::95.71428::6.3E-10::+
5QSA00007_K_17	ATTATATAGTCACGGACATTTTTGTCCATAACCCACTAGGAGGTCGTCAGAATCAAACTGACCACGCACT	42.86	29	74	MRSA252	SAR2096	putative anti repressor		SAR2096::70::100.0::2.7E-11::+				SA1801::70::100.0::2.7E-11::+		
5QSA00007_K_18	ACATATGTTTTATACAGAAGAGACATATGAAGAAATTTTCGATAACTACGATATAGATTATTTTGTAGAT	24.29	34	102	MSSA476	SAS1564	conserved hypothetical protein		SAR1708::70::98.57143::8.2E-11::+	SAS1564::70::100.0::3.0E-11::+	SAV1628::70::100.0::3.0E-11::+	MW1578::70::100.0::3.0E-11::+	SA1455::70::100.0::3.0E-11::+		SACOL1683::70::100.0::3.0E-11::+
5QSA00007_K_19	GCTGAACAATTATTAGCTCAAGTGAATCAATTATTAGCAGATAAAGATCATTTACATCTTGTTTTTGAAT	27.14	32	104	MSSA476	SAS0086	putative regulatory protein		SAR0115::70::97.14286::2.1E-10::+	SAS0086::70::100.0::2.7E-11::+	SAV0112::70::100.0::2.7E-11::+	MW0085::70::100.0::2.7E-11::+	SA0108::70::100.0::2.7E-11::+		SACOL0096::70::100.0::2.7E-11::+
5QSA00007_K_2	TGCGAGTATGATTGTAGGGTCATATGCTGGGGCTCATTTTGCTATCAAACAAGGTGTTGGCTATGTGAAA	42.86	30	74	MRSA252	SAR1792	putative membrane protein		SAR1792::70::100.0::2.9E-11::+						SACOL1763::66::92.42424::4.2E-8::+
5QSA00007_K_20	GATTACAATGTGAAGCAACTTCGAAAAAGATATAATATTCCAACCAACAAAGCTCCGAAACTATTATTGA	31.43	32	80	Mu50	SAV2486	hypothetical protein			SAS2373::70::97.14286::2.6E-10::+	SAV2486::70::100.0::3.0E-11::+,SAV2481::70::94.28571::1.8E-9::+	MW2406::70::97.14286::2.6E-10::+	SA2274::70::100.0::3.0E-11::+,SA2269::70::94.28571::1.8E-9::+		
5QSA00007_K_21	GACAGAAATAATCATGCAACGTATTGATGAGGTGCGCGTGGATGAAATGCAACAAGTCGGTGTTGTCGTT	44.29	30	72	MRSA252	SAR2490	conserved hypothetical protein		SAR2490::70::100.0::2.7E-11::+						
5QSA00007_K_22	TGAAGCCATTTCTTTTATTCGGCAATACCATTATTCAAAGATACTCCCTAGATTGTGTAAATACTTTCTA	31.43	30	83	Mu50	SAV0410	hypothetical protein				SAV0410::70::100.0::3.0E-11::+				
5QSA00007_K_23	TAAAATTAAGTAAAAAAGTCCCTAACATAATACAAAAATGGATTATCAGTATTTTAATCGTTTTTGCTAT	21.43	32	113	MSSA476	SAS0054	putative membrane protein			SAS0054::70::100.0::2.7E-11::+	SAV0084::70::100.0::2.7E-11::+	MW0054::70::100.0::2.7E-11::+	SA0080::70::100.0::2.7E-11::+		SACOL0061::70::100.0::2.7E-11::+
5QSA00007_K_24	AAGAAAATCAAAAAGTAAAGGTGAAATATTCATTTATGGTGATATTGTAAGTGATAAATGGTTTGAAAGT	24.29	33	99	MW2	MW1399	protease		SAR1517::70::98.57143::8.2E-11::+,SAR1563::70::98.57143::3.4E-10::+	SAS0934::70::98.57143::8.2E-11::+		MW1399::70::100.0::3.0E-11::+			SACOL0369::70::98.57143::8.2E-11::+
5QSA00007_K_3	AAAATGACTTTAAGGCAGAATTTACCGACCAAGATACGGGAGAAAAAATAATATATGATACGAATGAGGT	32.86	30	59	MRSA252	SAR2788	putative exported protein		SAR2788::70::100.0::2.6E-11::+						
5QSA00007_K_4	ATAAATATCCGCAAGCTTTTATTCATATGGTTGGTTTTTCAAGAGGTGGACTACAAGGGTTGTTGACGTT	37.14	29	71	MRSA252	SAR1873	conserved hypothetical protein		SAR1873::70::100.0::2.9E-11::+						
5QSA00007_K_5	ATCCACTTTGTCGAGAACAAACGTTATTTAGAAGACATTGATTTAAAAGAATTGGTATTGCCGTTAATTG	31.43	32	74	Mu50	SAV0355	hypothetical protein		SAR0352::70::97.14286::2.1E-10::+	SAS0331::70::97.14286::2.1E-10::+	SAV0355::70::100.0::2.7E-11::+	MW0331::70::97.14286::2.1E-10::+	SA0343::70::100.0::2.7E-11::+		SACOL0427::70::97.14286::2.1E-10::+
5QSA00007_K_6	TCGACACCAAGGAATCGGTTCTACCATGCAGTCATTAGTAGGTGAATATGCTTTATCTAGAAATCATAAA	37.14	30	76	MRSA252	SAR2365	acetyltransferase (GNAT) family protein		SAR2365::70::100.0::2.9E-11::+						
5QSA00007_K_7	CATATTCATATGTATCAGTCATTGAATTGAGCAATTATTTAGCTGGTAAATCTGATGAAGATCCTTATGA	30.0	34	130	MSSA476	SAS0546	conserved hypothetical protein		SAR0593::70::100.0::2.7E-11::+	SAS0546::70::100.0::2.7E-11::+	SAV0587::70::100.0::2.7E-11::+	MW0542::70::100.0::2.7E-11::+	SA0544::70::100.0::2.7E-11::+		SACOL0633::70::100.0::2.7E-11::+
5QSA00007_K_8	TCCAAGGCAAATCCATCACTAAAGCCCATGGTAAAGCATTATTAGAAATGCGCCGAAATATAGGTATGAT	38.57	29	84	Mu50	SAV0142	transport system protein		SAR0144::70::94.28571::1.7E-9::+	SAS0116::70::95.71428::6.3E-10::+	SAV0142::70::100.0::3.0E-11::+	MW0116::70::95.71428::6.3E-10::+	SA0137::70::100.0::3.0E-11::+		SACOL0127::70::97.14286::2.3E-10::+
5QSA00007_K_9	GTTGTATTTTATATTAAAAGATGAAAATATAGTAGAAATTCAACTACTTGTCACAATGAGTTATCAATAT	21.43	33	117	MSSA476	SAS0601	putative membrane protein		SAR0645::70::100.0::2.7E-11::+	SAS0601::70::100.0::2.7E-11::+	SAV0635::70::100.0::2.7E-11::+	MW0597::70::100.0::2.7E-11::+	SA0591::70::100.0::2.7E-11::+		SACOL0692::70::100.0::2.7E-11::+
5QSA00007_L_1	TGTTGCTAAAACATCTATGTCTAAAATCACTTTAACACCACAACAAATTATTAATATGATGACGCGTTTA	28.57	32	94	MRSA252	SAR2364	FdhD/NarQ family protein		SAR2364::70::100.0::3.3E-11::+						
5QSA00007_L_10	GTTGACTAAACCTGTGCTAGGAGAGATTTTTAAGGATGTCGTAAATATTTCAAGAAGTGCAAGGGCATAT	37.14	29	83	MRSA252	SAR1081	inositol monophosphatase family protein		SAR1081::70::100.0::3.7E-11::+						
5QSA00007_L_11	GATACTTCAGAAAAGCCAAAAGAAGATTCAAAAGAAACACAAATCAAAAAGAGCTTTGCGAAAACGTTAG	32.86	33	51	Mu50	SAV0443	hypothetical protein	lpl7	SAR0443::70::92.85714::5.0E-9::+,SAR0440::70::90.0::3.7E-8::+		SAV0443::70::100.0::3.3E-11::+,SAV0437::70::91.42857::1.3E-8::+		SA0403::70::100.0::3.3E-11::+,SA0397::70::91.42857::1.3E-8::+		
5QSA00007_L_12	GATATGTATGTGGTACCACCATCAAGACTTATCAATGAAATACCTTACGCAATGAAACAATTAGAAAGTT	32.86	31	88	Mu50	SAV0007	hypothetical protein		SAR0007::70::98.57143::1.0E-10::+	SAS0007::70::98.57143::1.0E-10::+	SAV0007::70::100.0::3.7E-11::+	MW0007::70::98.57143::9.5E-11::+	SA0007::70::100.0::3.7E-11::+		SACOL0007::70::98.57143::5.5E-11::+
5QSA00007_L_13	TAATTATTCTGTGTTTAATAAATTAGCAGCACAATTAGCAAAATCATTTCAAGTTGTGTTAATTGATTTA	22.86	33	129	MSSA476	SAS0580	putative hydrolase		SAR0621::70::98.57143::9.1E-11::+	SAS0580::70::100.0::3.3E-11::+	SAV0612::70::100.0::3.3E-11::+	MW0576::70::100.0::3.3E-11::+	SA0569::70::100.0::3.3E-11::+		SACOL0668::70::98.57143::9.1E-11::+
5QSA00007_L_14	AGCTTTTTTCAACCATCTTTGTGGAATTTAGTTATCTCAATTACAGTAATAAAATGGATGAATTACACAA	27.14	30	137	Mu50	SAV1381	oligopeptide transporter membrane permease domain		SAR1394::70::94.28571::2.0E-9::+	SAS1322::70::95.71428::7.4E-10::+	SAV1381::70::100.0::3.7E-11::+	MW1269::70::95.71428::7.4E-10::+	SA1213::70::100.0::3.7E-11::+		SACOL1416::70::95.71428::7.4E-10::+
5QSA00007_L_15	AAATGTATTAGTACTAGGAACTGAAGGCACAATTAAATCTGAAGCATATCGTACGCATATTAAACGTATC	32.86	30	84	Mu50	SAV1151	glutamate racemase	murI	SAR1123::69::95.652176::1.2E-9::+	SAS1084::70::98.57143::9.1E-11::+	SAV1151::70::100.0::3.3E-11::+	MW1033::70::98.57143::9.1E-11::+	SA0997::70::100.0::3.3E-11::+		SACOL1161::70::98.57143::9.1E-11::+
5QSA00007_L_16	ATATACACCTGAAATCGGCCGTGGTAGAGGACCAGTGAATCATTTTGCATATTTAAAGAAAGAGGGATTA	38.57	30	86	Mu50	SAV2093	phosphomethylpyrimidine kinase	thiD	SAR2182::70::97.14286::2.7E-10::+	SAS1997::70::97.14286::2.7E-10::+	SAV2093::70::100.0::3.7E-11::+	MW2016::70::97.14286::2.7E-10::+	SA1896::70::100.0::3.7E-11::+		SACOL2085::70::97.14286::2.7E-10::+
5QSA00007_L_17	CACTGATACTAGTTATTTCTACACCCAACGTTTTAGCAGAGAGTCAACCAGACCCTATGCCAGATGATTT	41.43	31	88	Mu50	SAV2009	enterotoxin typeC3	sec3			SAV2009::70::100.0::3.3E-11::+		SA1817::70::100.0::3.3E-11::+		SACOL0907::70::92.85714::5.0E-9::+
5QSA00007_L_18	AGATGTTAACTTTTATATAAACAAAGAAACTGGCATACCTATTGTAGATATTCCAGGCGGTCACTTAGGT	34.29	29	81	Mu50	SAV2581	conserevd hypothetical protein		SAR2661::70::98.57143::1.0E-10::+	SAS2467::70::98.57143::9.7E-11::+	SAV2581::70::100.0::3.7E-11::+	MW2501::70::98.57143::1.0E-10::+	SA2367::70::100.0::3.7E-11::+		SACOL2597::70::98.57143::1.0E-10::+
5QSA00007_L_19	TCGAAAAAGACATACGATAAACCGAGATTTGAAGCGATTTTTACTGAACTTAGAAATAGAGATATTACAT	30.0	31	64	Mu50	SAV2525	hypothetical protein		SAR2607::70::94.28571::1.9E-9::+	SAS2411::70::97.14286::2.5E-10::+	SAV2525::70::100.0::3.3E-11::+	MW2445::70::97.14286::2.5E-10::+	SA2313::70::100.0::3.3E-11::+		SACOL2536::70::94.28571::1.9E-9::+
5QSA00007_L_2	TAGATTGGTTAAAGATAGCTAATGAATATAAAATTCCTACTTATGTATTAGGGGTAGGACTTGGCGGTTT	32.86	29	83	Mu50	SAV1765	lysophospholipase homolog		SAR1848::70::98.57143::1.0E-10::+	SAS1689::70::98.57143::1.0E-10::+	SAV1765::70::100.0::3.7E-11::+	MW1706::70::98.57143::1.0E-10::+	SA1584::70::100.0::3.7E-11::+		SACOL1814::70::98.57143::1.0E-10::+
5QSA00007_L_20	CAAGATAAATCGTATGACTTATACTATGATGGTCAAACATTTTATCAACTAACAACAGACATGTTCCAAC	31.43	31	98	MSSA476	SAS0538	conserved hypothetical protein		SAR0585::70::98.57143::1.0E-10::+	SAS0538::70::100.0::3.7E-11::+	SAV0580::70::100.0::3.7E-11::+	MW0535::70::100.0::3.7E-11::+	SA0537::70::100.0::3.7E-11::+		SACOL0626::70::100.0::3.7E-11::+
5QSA00007_L_21	AGTTAAATACATTTTTCAAAGCATATTTACAACAAAAAGGATTTAATCCTGAATTAATGTCAGCTACTAT	24.29	33	106	Mu50	SAV2699	similar to N-hydroxyarylamine O-acetyltransferase		SAR2779::70::92.85714::5.0E-9::+	SAS2583::70::97.14286::2.5E-10::+	SAV2699::70::100.0::3.3E-11::+	MW2618::70::97.14286::2.5E-10::+	SA2490::70::100.0::3.3E-11::+		SACOL2722::70::97.14286::2.5E-10::+
5QSA00007_L_22	ATCAATGATATTTCAGATAAACACATTACTATTAGTCAAATGGAAGAAGCTTTCGAGAAAGGTTTTAAGA	28.57	30	84	MSSA476	SAS1471	lipoate-protein ligase A protein		SAR1610::70::98.57143::1.0E-10::+	SAS1471::70::100.0::3.7E-11::+	SAV1533::70::98.57143::1.0E-10::+	MW1485::70::100.0::3.7E-11::+	SA1363::70::98.57143::1.0E-10::+		SACOL1591::70::98.57143::1.0E-10::+
5QSA00007_L_23	GAGTCGATTTATTTCATGCGTAATTTTGATATTCGCACTTATACTAGTTCTTTTTACACCCAACGTATTA	31.43	31	66	MW2	MW0759	ENTEROTOXIN TYPE C PRECURSOR	sec4				MW0759::70::100.0::3.3E-11::+			
5QSA00007_L_24	CCATCACAATCTTTAGTAAATTGAAACCACAATTACCTACATGTCGCGTGATTTTTACTCCGCATCTCAA	37.14	29	98	MRSA252	SAR0007	conserved hypothetical protein		SAR0007::70::100.0::3.7E-11::+						
5QSA00007_L_3	GCGATGACAGATGTGATTACAGGTAACACGAAACGTATTTACCTATCGCATTTATCACAAGACAATAACA	37.14	32	116	Mu50	SAV0022	hypothetical protein		SAR0022::70::97.14286::2.5E-10::+	SAS0022::70::92.85714::5.0E-9::+	SAV0022::70::100.0::3.3E-11::+	MW0022::70::92.85714::5.0E-9::+	SA0021::70::100.0::3.3E-11::+		SACOL0023::70::97.14286::2.5E-10::+
5QSA00007_L_4	GTAAATGGATAAATATGATTAACATTGCTGATTATACTGATTCAAAATATAATATTGCACCAGATGAACT	25.71	31	97	MSSA476	SAS0298	hypothetical protein			SAS0298::70::100.0::3.7E-11::+	SAV0321::70::100.0::3.7E-11::+	MW0298::70::100.0::3.7E-11::+	SA0310::70::100.0::3.7E-11::+		SACOL0391::70::98.57143::1.0E-10::+
5QSA00007_L_5	ATCGTCATTTATGTCATACGTATTATATGCATTTGAAGTAAATATACGAGCTTCAGCTGTGCTTGGATTA	32.86	30	98	Mu50	SAV0141	phosphonates transport permease		SAR0143::70::98.57143::9.1E-11::+	SAS0115::70::98.57143::9.1E-11::+	SAV0141::70::100.0::3.3E-11::+	MW0115::70::98.57143::9.1E-11::+	SA0136::70::100.0::3.3E-11::+		SACOL0126::70::98.57143::9.1E-11::+
5QSA00007_L_6	TCAAATCCGAATGACCTTGTTACAAATGTAGATAAAGCAACAGAAGATTTTATTTTTGATACAATTTTAG	27.14	32	102	MSSA476	SAS1042	inositol monophosphatase family protein		SAR1081::70::100.0::3.7E-11::+	SAS1042::70::100.0::3.7E-11::+	SAV1107::70::98.57143::1.0E-10::+	MW0990::70::100.0::3.7E-11::+	SA0958::70::98.57143::1.0E-10::+		SACOL1116::70::98.57143::1.0E-10::+
5QSA00007_L_7	ATTTATTAGAAAATACAAATCTGAGTCAAACTTATCAACATACTAAATCTATTATCCTAGACAACAAATA	22.86	34	106	Mu50	SAV0317	hypothetical protein		SAR0314::70::98.57143::9.1E-11::+	SAS0294::70::98.57143::9.1E-11::+	SAV0317::70::100.0::3.3E-11::+	MW0294::70::98.57143::9.1E-11::+	SA0306::70::100.0::3.3E-11::+		SACOL0314::70::98.57143::9.1E-11::+
5QSA00007_L_8	GAAGCATCAACCAACAAAAGGTGCCATTGTCTACATTCATGGTGGCGGTTTAATGTTTGGAAAGGCCAAT	42.86	31	91	MRSA252	SAR0318	hypothetical protein		SAR0318::70::100.0::3.7E-11::+						
5QSA00007_L_9	TTCAACATTGAAAGTCGTGTTCAATGTATTTACAGATAAGGATTTACAACTGTATAAGGAGGCATTGAAC	32.86	30	120	Mu50	SAV0325	hypothetical protein		SAR0322::70::97.14286::2.5E-10::+	SAS0302::70::98.57143::9.1E-11::+	SAV0325::70::100.0::3.3E-11::+	MW0302::70::98.57143::9.1E-11::+	SA0314::70::100.0::3.3E-11::+		SACOL0396::70::98.57143::9.1E-11::+
5QSA00007_M_1	AATTCATTAATTCTCTTGATAACGTCGAAAAGTTTGAAATTCTGCCATATCATCAGTTAGGTGTTCATAA	30.0	31	93	MSSA476	SAS0202	putative pyruvate formate-lyase activating enzyme		SAR0218::70::98.57143::7.6E-11::+	SAS0202::70::100.0::2.7E-11::+	SAV0227::70::100.0::2.7E-11::+	MW0202::70::100.0::2.7E-11::+	SA0219::70::100.0::2.7E-11::+		SACOL0205::70::98.57143::7.6E-11::+
5QSA00007_M_10	TAAAAAGCTTATGAGATTGTTCTACATAGCTGCAATTATAATAACTTTATTATGTCTTATTAATAATAAT	20.0	33	103	Mu50	SAV1825	enterotoxin	sen			SAV1825::70::100.0::3.0E-11::+		SA1643::70::100.0::3.0E-11::+		
5QSA00007_M_11	CACATAAAGAAAAACATACTCGTCAAATTGCTGAAAAAAGATATATAGCTAGGAAAGCTGCATCATTAAT	30.0	31	67	Mu50	SAV2196	lactose phosphotransferase system repressor	lacR	SAR2287::70::91.42857::1.2E-8::+	SAS2097::70::90.0::3.3E-8::+	SAV2196::70::100.0::2.7E-11::+	MW2122::70::90.0::3.3E-8::+	SA1998::70::100.0::2.7E-11::+		SACOL2188::70::90.0::3.3E-8::+
5QSA00007_M_12	ATTAATGGATAAATCCTATAAGCAGTTTGGTATAAAGAAAGATGATATTAGACAAACATATTATAAATAA	21.43	32	95	MSSA476	SAS2198	putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase		SAR2391::70::100.0::3.0E-11::+	SAS2198::70::100.0::3.0E-11::+	SAV2307::70::100.0::3.0E-11::+	MW2226::70::100.0::3.0E-11::+	SA2100::70::100.0::3.0E-11::+		SACOL2298::70::100.0::3.0E-11::+
5QSA00007_M_13	CGTCAAAGGCATTGATGATGTTATTTCAAGAGATTCATCAATTGGAACAGACAATTTTAATGGTAACTCA	32.86	31	98	Mu50	SAV2623	similar to ABC transporter (ATP-binding protein)		SAR2701::70::95.71428::5.9E-10::+	SAS2509::70::98.57143::7.6E-11::+	SAV2623::70::100.0::2.7E-11::+	MW2543::70::98.57143::7.6E-11::+	SA2416::70::100.0::2.7E-11::+		SACOL2644::70::98.57143::7.9E-11::+
5QSA00007_M_14	ATTGGAACAGCATTACCACTTGCAGGTACTGTAGCTACAGGGGCAATTCATTTTACAGCCAATGAAGTTA	41.43	29	130	Mu50	SAV2453	putative metal resistance protein			SAS2345::70::90.0::3.5E-8::+	SAV2453::70::100.0::3.0E-11::+	MW2377::70::90.0::3.5E-8::+	SA2242::70::100.0::3.0E-11::+		
5QSA00007_M_15	AAGTTGAAAAAGTACACGGTCAAAAAAGGGCGCGTACTTATGAACAAGTTAATCATATTCTCACTCTCGA	37.14	30	87	Mu50	SAV1994	anti repressor				SAV1994::70::100.0::2.7E-11::+				
5QSA00007_M_16	TATTGTGAGGGAATTATGGGAAGATAAAAAAGGATACTCACGTAGTAAAGAAAAAGAATATCCAGTGAAA	31.43	31	64	N315	SA2275	hypothetical protein				SAV2487::70::98.57143::8.3E-11::+		SA2275::70::100.0::3.0E-11::+		SACOL2498::70::98.57143::8.3E-11::+
5QSA00007_M_17	GTTATAATTGATGATCTTAGTCTACCAATACGTGCAGGTTATTCGTTGGAAATTAAAGTCCCATTAAATG	32.86	30	107	MSSA476	SAS0172	putative membrane protein			SAS0172::70::100.0::2.7E-11::+	SAV0197::70::100.0::6.2E-11::+	MW0171::70::100.0::2.7E-11::+	SA0191::70::100.0::6.2E-11::+		
5QSA00007_M_18	GATGATGTATTTAATGCAGTAAGACAAACTGCAGCTCAATTTGGCGATTTCCATGTCATGGTTAACAATG	37.14	31	116	MSSA476	SAS0101	putative short chain dehydrogenase		SAR0129::70::98.57143::8.3E-11::+	SAS0101::70::100.0::3.0E-11::+	SAV0126::70::95.71428::6.4E-10::+	MW0100::70::100.0::3.0E-11::+	SA0122::70::95.71428::6.4E-10::+		SACOL0111::70::95.71428::6.4E-10::+
5QSA00007_M_19	TTTCCATTATTTGGTATGGCAGTAGGGGAACCTGCAGAAGATGAAAATGGCGCAGCCAAACCACGCTTAC	47.14	30	80	MRSA252	SAR0400	nitroreductase family protein		SAR0400::70::100.0::2.7E-11::+		SAV0382::70::90.0::3.3E-8::+		SA0367::70::90.0::3.3E-8::+		
5QSA00007_M_2	CAAAAATCGAATCATCAGAATATAGAGAGAGCTTAGATAGTTTTAATGAAATTTTAATGAAATATCTAGA	24.29	34	106	COL	SACOL2202	hypothetical protein								SACOL2202::70::100.0::3.0E-11::+
5QSA00007_M_20	ACATATTATTAAAGATTTAATTGTTGCGACACTACGCGCAATTGTGCAATTAATCATTTTGGGATTTTTG	30.0	33	119	MSSA476	SAS2345	putative membrane protein			SAS2345::70::100.0::3.0E-11::+	SAV2453::70::97.14286::2.3E-10::+	MW2377::70::100.0::3.0E-11::+	SA2242::70::97.14286::2.3E-10::+		SACOL2461::70::95.71428::6.4E-10::+
5QSA00007_M_21	GCAGCTGAAATTCAAGCATTAAAAGCACAAAATCGATTATTAGAGATGGAAAATGACGTTTTAAAAAAGT	30.0	33	86	MRSA252	SAR0520	putative insertion element protein		SAR0520::70::100.0::2.7E-11::+,SAR0481::70::98.57143::7.6E-11::+,SAR1358::70::98.57143::7.6E-11::+,SAR2306::70::98.57143::7.6E-11::+						
5QSA00007_M_22	AGATCAAAAAGAGCTTTGCGAAAACATTAGATGTATACCCTACGAAAAATCTAGAAGATTTTTATGACAA	30.0	31	110	COL	SACOL0483	staphyloccoccus tandem lipoprotein								SACOL0483::70::100.0::3.0E-11::+
5QSA00007_M_23	ATGTAGACAAAAATGATTTAAAGAAAAAATCTGATATAGATAGTAGTAAGTTATTTAATTTAACAAGTTA	18.57	35	103	MRSA252	SAR1917	enterotoxin		SAR1917::70::100.0::2.7E-11::+		SAV1825::70::94.28571::1.7E-9::+		SA1643::70::94.28571::1.7E-9::+		
5QSA00007_M_24	ACAAAACATCGATTTAGATGAAAAAGAAAAATCAGAAGAAACAGAAGCAACAGAAGCAACTGAAGAATAA	30.0	34	40	COL	SACOL1274	ribosomal protein S2	rpsB							SACOL1274::70::100.0::3.0E-11::+
5QSA00007_M_3	GATTATGTATATAATCTTGTGAAAAAGCATCATTCTGTTAGAAAATTTAAGAATAAACCTTTAAGTGAAG	24.29	31	95	Mu50	SAV0382	similar to nitro/flavin reductase		SAR0400::70::98.57143::7.6E-11::+	SAS0359::70::97.14286::2.1E-10::+	SAV0382::70::100.0::2.7E-11::+	MW0358::70::97.14286::2.1E-10::+	SA0367::70::100.0::2.7E-11::+		SACOL0453::70::97.14286::2.1E-10::+
5QSA00007_M_4	TATGATTTTAATGTTTGCGATAGCAGGTTGTGGCAAAGGTAATGAAACAAAAGAAGGTTCAAAAGAAACA	32.86	31	89	MRSA252	SAR0439	putative lipoprotein		SAR0439::70::100.0::3.0E-11::+		SAV0438::67::94.02985::9.5E-9::+		SA0398::67::94.02985::9.5E-9::+		SACOL0481::67::95.522385::3.6E-9::+
5QSA00007_M_5	TTTATTGCTGCATCTTATCCAAAAATTTGAAATAGATATTTATGATATTCCTATGCAAGCATTAACAGAG	27.14	32	127	COL	SACOL1538	segregation and condensation protein A	scpA	SAR1571::70::98.57143::7.6E-11::+	SAS1435::70::98.57143::7.6E-11::+	SAV1495::70::100.0::2.7E-11::+	MW1449::70::98.57143::7.6E-11::+	SA1326::70::100.0::2.7E-11::+		SACOL1538::70::100.0::2.3E-11::+
5QSA00007_M_6	CATCCAGAAACAAATTAGAACCTATCATGTTGATAATTGTAAATGATGTAGATCATCCGATAAATGAAAG	30.0	31	92	Mu50	SAV1823	hypothetical protein		SAR1914::70::95.71428::6.4E-10::+		SAV1823::70::100.0::3.0E-11::+		SA1641::70::100.0::3.0E-11::+		
5QSA00007_M_7	ATAGTTTTTCAGAAATGATTGAAACGTATCAGCTTAATTTAATTAGTTTTAATGTTTTATATACTGTGTT	21.43	32	123	MSSA476	SAS1442	putative short chain dehydrogenase		SAR1578::70::98.57143::7.7E-11::+	SAS1442::70::100.0::2.8E-11::+	SAV1502::70::100.0::2.7E-11::+	MW1456::70::100.0::2.7E-11::+	SA1333::70::100.0::2.7E-11::+		SACOL1545::70::100.0::2.7E-11::+
5QSA00007_M_8	TGAATTATGTGAATGCTCAACCCGATCCTAAATTAGACGAACTAAATAAAGTAAGTGATTATAAAAATAA	27.14	31	82	Mu50	SAV1824	extracellular enterotoxin type G precursor	seg	SAR1916::70::91.42857::1.3E-8::+		SAV1824::70::100.0::3.0E-11::+		SA1642::70::100.0::3.0E-11::+		
5QSA00007_M_9	AAATTAACCCACCTGCTCAAAAAGCAGTCGGTAAATCTGCAAGTAAAATAACAGTTGGAAGTAAAGCACC	38.57	32	82	N315	SA1759	lytic enzyme		SAR2040::70::95.71428::5.9E-10::+,SAR2031::70::95.71428::2.2E-9::-	SAS1869::70::95.71428::5.9E-10::+,SAS1862::70::95.71428::2.2E-9::-	SAV1945::70::95.71428::5.4E-10::+	MW1886::70::95.71428::5.9E-10::+	SA1759::70::100.0::2.7E-11::+		
5QSA00007_N_1	TCAGAAAAGTTAGCTGTCACTAAAAATAACTATAAACATTTTTTAGAAAAATATTTTGGACTAGATATAA	21.43	33	118	MSSA476	SAS2583	putative N-acetyltransferase			SAS2583::70::100.0::3.3E-11::+	SAV2699::70::91.42857::1.4E-8::+	MW2618::70::100.0::3.3E-11::+	SA2490::70::91.42857::1.4E-8::+		SACOL2722::70::91.42857::1.3E-8::+
5QSA00007_N_10	CGATTTGTTGTTAAATTCATTCTGTTTTTCACAATATTAAATATTATTGCCGTATACATATTTGACCCTG	27.14	32	93	Mu50	SAV2683	similar to cobalt transport family protein		SAR2765::70::94.28571::2.0E-9::+	SAS2568::70::97.14286::2.8E-10::+	SAV2683::70::100.0::3.7E-11::+	MW2602::70::97.14286::2.8E-10::+	SA2475::70::100.0::3.7E-11::+		SACOL2707::70::97.14286::2.8E-10::+
5QSA00007_N_11	GAGATATTTAAATAGAGTTGTACTGTACATAATTGTTATGGTTTTGAGTGTTTTTATAATAGGTTGTGAT	25.71	33	92	MRSA252	SAR0443	putative lipoprotein		SAR0443::70::100.0::3.3E-11::+	SAS0402::70::91.42857::1.3E-8::+	SAV0443::70::90.0::3.6E-8::+	MW0400::70::91.42857::1.3E-8::+	SA0403::70::90.0::3.6E-8::+		
5QSA00007_N_12	AAATTTTTGAGTAAGAGAAGTATGTACTTAACTATTCCTGTAACAATTCTTATTTCAATATTTTTGAGTT	22.86	32	114	MW2	MW0608	hypothetical protein		SAR0656::70::97.14286::2.8E-10::+	SAS0611::70::98.57143::1.0E-10::+		MW0608::70::100.0::3.7E-11::+			SACOL0703::70::98.57143::1.0E-10::+
5QSA00007_N_13	TTACCAGATGATACACAGCAGATCACTGATATCAGTGGGACATTCCGCGCTATTTTCAACAGTGAGGATA	42.86	32	91	MRSA252	SAR2779	putative N-acetyltransferase		SAR2779::70::100.0::3.3E-11::+						
5QSA00007_N_14	CATTTGAGTTTGATTCACAAGATGACTTTGTGAGAATAATTGAACAATTAAATCGTAGGTATGGTAAATA	28.57	31	108	Mu50	SAV0360	similar to transcription terminator		SAR0357::70::92.85714::5.5E-9::+	SAS0336::70::94.28571::2.1E-9::+	SAV0360::70::100.0::3.8E-11::+	MW0336::70::94.28571::2.0E-9::+	SA0348::70::100.0::3.8E-11::+		SACOL0432::70::97.14286::2.9E-10::+
5QSA00007_N_15	AAAAAGACTTTCATGGTACATAAGCATCTTAATTTTAATAGTTGTTATAGCTGGTTGTGGCAAAGGTAAT	30.0	30	95	Mu50	SAV0436	hypothetical protein	lpl1			SAV0436::70::100.0::3.4E-11::+		SA0396::70::100.0::3.4E-11::+		
5QSA00007_N_16	GCCCATTACTCAAGAAGAATGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAA	31.43	30	91	Mu50	SAV0589	putative lipoate-protein ligase A		SAR0595::70::98.57143::1.0E-10::+	SAS0548::70::98.57143::1.0E-10::+	SAV0589::70::100.0::3.8E-11::+	MW0544::70::98.57143::7.9E-11::+	SA0546::70::100.0::3.8E-11::+		SACOL0635::70::98.57143::1.0E-10::+
5QSA00007_N_17	ACGAGACCCGGTCATGAAATGGTTACATTAGAAGAAGAGCTGAACAGAGTATTACCTGTTGTTGAAGCTA	41.43	30	80	Mu50	SAV0514	dihydropteroate synthase chain A synthetase	folP		SAS0471::70::95.71428::6.9E-10::+	SAV0514::70::100.0::3.4E-11::+	MW0469::70::95.71428::6.9E-10::+	SA0472::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL0558::70::95.71428::6.9E-10::+
5QSA00007_N_18	AACTGAAAAAATAAATATCATATTTTATGGGGTTTGTGTATTGTGTATCTTATTGTTACCAATTATTTTC	22.86	32	95	Mu50	SAV1870	similar to teichoic acid transport protein tagG		SAR1960::69::94.202896::3.5E-9::+	SAS1792::70::98.57143::1.0E-10::+	SAV1870::70::100.0::3.8E-11::+	MW1810::70::98.57143::1.0E-10::+	SA1687::70::100.0::3.8E-11::+		SACOL1928::70::98.57143::1.0E-10::+
5QSA00007_N_19	TTATAATCACATCGATAAATATACTGATATCTGTCATGTCATCACTATAGACTTACCAGGCCATGGCGAA	35.71	30	110	Mu50	SAV1044	similar to prolyl aminopeptidase		SAR1018::70::92.85714::5.1E-9::+	SAS0980::70::98.57143::9.2E-11::+	SAV1044::70::100.0::3.4E-11::+	MW0928::70::98.57143::9.2E-11::+	SA0897::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL1053::70::92.85714::5.1E-9::+
5QSA00007_N_2	CTTATCTTTTTTGTATTCGGCGCATTTATATTTGTGATGATTGTACTACAATTCTTTGTCAGTAGTGAAA	30.0	30	71	MRSA252	SAR1394	putative oligopeptide transport system permease		SAR1394::70::100.0::3.7E-11::+						
5QSA00007_N_20	TGAGGCACTTAAATCAATAATTTTAAATAAATTTCCTGACAAAAAAATCGACATTATTAAAGATATAAAT	20.0	33	127	MSSA476	SAS2020	conserved hypothetical protein		SAR2205::70::100.0::3.8E-11::+	SAS2020::70::100.0::3.8E-11::+	SAV2117::70::100.0::3.8E-11::+	MW2041::70::100.0::3.8E-11::+	SA1919::70::100.0::3.8E-11::+		SACOL2109::70::100.0::3.8E-11::+
5QSA00007_N_21	CATTCTTCTTAGAATTTATGGCCAAAGATGTTTCAAAAGGTAATGCAATTAAAGCGTTATGTCACAAATT	30.0	31	94	Mu50	SAV1331	hypothetical protein		SAR1341::70::98.57143::9.2E-11::+	SAS1271::70::98.57143::9.2E-11::+	SAV1331::70::100.0::3.4E-11::+	MW1218::70::98.57143::9.2E-11::+	SA1167::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL1365::70::98.57143::9.2E-11::+
5QSA00007_N_22	AAACGAAATATACCTTAGATTACGATAATGTATCAAATGAATTTCTAGTAGAAGATTCACATGATAATTA	24.29	31	142	Mu50	SAVP019	truncated hypothetical protein				SAVP019::70::100.0::3.8E-11::+			VRA0045::70::100.0::7.2E-11::+	
5QSA00007_N_23	TAAAACTGAAAATATCGTTTATATCGGTTCTTCATTCCATAATAACGCTTTATTACGCAAAGTTGTGGAA	30.0	30	92	Mu50	SAV2130	hypothetical protein		SAR2218::70::98.57143::9.2E-11::+	SAS2033::70::98.57143::9.2E-11::+	SAV2130::70::100.0::3.4E-11::+	MW2054::70::98.57143::9.2E-11::+	SA1932::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL2122::70::98.57143::9.2E-11::+
5QSA00007_N_24	CTCATTTGAGTTTGATTCACAAGAAGATTTTCTAAGAATAATTGAACAATTAAATCGTAGGTATGGTAAA	27.14	32	107	MSSA476	SAS0336	putative DNA-binding protein			SAS0336::70::100.0::3.9E-11::+	SAV0360::70::94.28571::2.0E-9::+	MW0336::70::100.0::3.8E-11::+	SA0348::70::94.28571::2.0E-9::+		SACOL0432::70::97.14286::2.9E-10::+
5QSA00007_N_3	AAAGTACAATGAACAAGGTTATATTATGCTATCCGAAAACTTGCCGTACAACGAAGAAATGTTAGCAAAT	32.86	31	82	COL	SACOL0341	conserved hypothetical protein								SACOL0341::70::100.0::3.3E-11::+
5QSA00007_N_4	ATATAATCCAGTTTACTTTATTGTTGAATCATACCGTGCAGCAATTTTATATCACGAATGGTATTTCATG	30.0	29	90	N315	SA0594	teichoic acid translocation permease protein	tagG	SAR0648::70::98.57143::1.0E-10::+	SAS0604::70::98.57143::1.0E-10::+	SAV0638::70::98.57143::1.0E-10::+	MW0600::70::98.57143::1.0E-10::+	SA0594::70::100.0::3.7E-11::+		SACOL0695::70::98.57143::9.5E-11::+
5QSA00007_N_5	TAAAAAGGGCGACAAAGGAATGTGGACTATATATACAGATTTTGCTAAAGGCAATAAATCAGACGAATTG	34.29	31	83	COL	SACOL0481	staphylococcus tandem lipoprotein		SAR0442::70::91.42857::1.3E-8::+						SACOL0481::70::100.0::3.3E-11::+
5QSA00007_N_6	TTAATCAAGTTGAATATCATCCATATTTAACGCAACATAAATTGAAATTATATTTGGCAGCACAACATAT	25.71	32	98	Mu50	SAV1788	plant metabolite dehydrogenase homolog		SAR1868::70::98.57143::1.0E-10::+	SAS1709::70::98.57143::1.0E-10::+	SAV1788::70::100.0::3.7E-11::+	MW1726::70::98.57143::1.0E-10::+	SA1606::70::100.0::3.7E-11::+		SACOL1835::70::97.14286::2.8E-10::+
5QSA00007_N_7	AGATTACCTAACTCGTCACTATTTGGTGAAAAATAAAAAACTCTATGAATTTAACAACTCGCCTTATGAA	30.0	31	72	COL	SACOL0907	staphylococcal enterotoxin B	seb							SACOL0907::70::100.0::3.3E-11::+
5QSA00007_N_8	TTAAACGTAACAAAGATGGTATCAATGCAAAAGTTGATTCTATTCAATATGATCCAAACCGCTCAGCAAA	32.86	30	79	Mu50	SAV2247	50S ribosomal protein L2	rplB	SAR2332::70::98.57143::1.0E-10::+	SAS2138::70::98.57143::1.0E-10::+	SAV2247::70::100.0::3.7E-11::+	MW2166::70::98.57143::1.0E-10::+	SA2044::70::100.0::3.7E-11::+		SACOL2236::70::98.57143::1.0E-10::+
5QSA00007_N_9	GCTATTTGAGTTGTCTTAAATTGGCTGATCAACAAAGTTTAAATCATATAGCATTTTGCTGTATATCTAC	30.0	31	134	MRSA252	SAR0322	conserved hypothetical protein		SAR0322::70::100.0::3.3E-11::+						
5QSA00007_O_1	ATAAAATGTTTAGCTATCATTTTAAAAAATATTTACAAATGTCGCCAAGTGATTATTGTAAGCAAGCTAA	24.29	33	111	Mu50	SAV0223	similar to two-component response regulator		SAR0214::70::98.57143::7.7E-11::+	SAS0198::70::98.57143::7.7E-11::+	SAV0223::70::100.0::2.8E-11::+	MW0198::70::98.57143::7.7E-11::+	SA0215::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL0201::70::98.57143::7.7E-11::+
5QSA00007_O_10	CTAGAAAGTTTAAAAGTGACATTTTTAACACTCAAAATTGGAAATATGACGAACTTAATGATGAATTTAT	24.29	31	103	COL	SACOL2355	IS1272-related, transposase, degenerate		SAR2172::70::98.57143::4.7E-11::+,SAR2471::70::97.14286::5.8E-10::+,SAR2251::70::97.14286::5.8E-10::+,SAR2029::70::97.14286::5.8E-10::+,SAR0722::70::97.14286::5.8E-10::+,SAR1138::70::97.14286::5.8E-10::+,SAR1375::70::97.14286::5.8E-10::+,SAR0698::70::97.14286::5.8E-10::+,SAR2236::70::97.14286::5.8E-10::+,SAR0686::70::97.14286::8.8E-10::+,SAR0686::70::97.14286::8.8E-10::+,SAR0686::70::97.14286::8.8E-10::-,SAR0685::70::97.14286::8.8E-10::+,SAR0685::70::97.14286::8.8E-10::+,SAR0685::70::97.14286::8.8E-10::-,SAR0963::70::95.71428::1.5E-9::+,SAR0932::70::95.71428::1.5E-9::+		SAV1787::70::100.0::3.0E-11::+		SA1605::70::100.0::8.1E-11::+		SACOL2355::70::100.0::2.5E-11::+,SACOL1834::70::98.57143::2.2E-10::+,SACOL2172::70::97.14286::5.8E-10::+,SACOL1744::70::95.71428::1.5E-9::+
5QSA00007_O_11	CAGGTAAATCTATAGAAAACAGACCTGTTTTTCAAGAAGTATTAAATTTTTTAAGAATGGGAGATCGTTT	28.57	32	102	N315	SAP015	recombinase Sin	sin					SAP015::70::100.0::2.8E-11::+		
5QSA00007_O_12	AATAAAGATAGCAAGACAATTAATGTTGGTACTGAGGGGACTTATGCACCATTTAGTTTCCATGATAAAG	34.29	31	86	Mu50	SAV2414	ABC transporter (periplasmic amino acid-binding protein)		SAR2504::70::95.71428::6.4E-10::+	SAS2305::70::95.71428::6.4E-10::+	SAV2414::70::100.0::3.0E-11::+	MW2336::70::95.71428::6.4E-10::+	SA2202::70::100.0::3.0E-11::+		SACOL2412::70::95.71428::6.4E-10::+
5QSA00007_O_13	TGGTTTAGCAACTGGTGGTACAATGACAGATTTGTATGAGCAACTTGTTAAGTTATTAAATAAAAATCAG	31.43	31	97	MSSA476	SAS0527	putative glucosamine-6-phosphate isomerase		SAR0573::70::97.14286::2.2E-10::+	SAS0527::70::100.0::2.8E-11::+	SAV0569::69::98.55073::1.4E-10::+	MW0524::70::100.0::2.8E-11::+	SA0527::69::98.55073::1.4E-10::+		SACOL0616::69::98.55073::1.4E-10::+
5QSA00007_O_14	AGAGAGAAGCAAAACTAATAATAGGTATTTCAAGTACAGTTACAGATTATATTAGCGGATACCTTGATAA	30.0	31	83	Mu50	SAV0406	hypothetical protein				SAV0406::70::100.0::3.0E-11::+				
5QSA00007_O_15	GGTATGAAACAAGGCTTTGATATTGAACACCTAGCAAATATTAAGTCTCTTGTAAATATTCCAATCATTG	31.43	30	110	MSSA476	SAS2558	HisF cyclase-like protein		SAR2755::70::90.0::3.3E-8::+	SAS2558::70::100.0::2.8E-11::+		MW2592::70::100.0::2.8E-11::+			SACOL2697::70::100.0::2.8E-11::+
5QSA00007_O_16	GAGATGCTTTGTCAAAACATGTTGATGAAGACGACAAGAAAGTTCTAACGTCGCGAAATACGACTTTAGA	38.57	30	79	Mu50	SAV0855	similar to anti-repressor				SAV0855::70::100.0::3.0E-11::+				
5QSA00007_O_17	GGAAACCATTGCTGTCAGATATATTATTGTATTTTTTTAGTAATCAGTCACCGGATCAATTATATGAGTA	30.0	30	87	MRSA252	SAR0981	conserved hypothetical protein		SAR0981::70::100.0::2.8E-11::+						
5QSA00007_O_18	TATGAGTTTAAAAGCCTAACAGACTACCCAGCTAAAATAAATTCTAATGATATTGATAATCCTTTCTTAG	28.57	30	84	Mu50	SAVP016	hypothetical protein				SAVP016::70::100.0::3.0E-11::+			VRA0054::70::100.0::3.0E-11::+	
5QSA00007_O_19	CCTGAAAGAAAAGCACATTATTGTTGTACGCATGGCGGTAAAAAATTGACAAATATTAAAGTATATGACT	31.43	30	77	MRSA252	SAR2755	HisF cyclase-like protein	hisF	SAR2755::70::100.0::2.8E-11::+	SAS2558::70::94.28571::1.6E-9::+	SAV2673::70::97.14286::2.2E-10::+	MW2592::70::94.28571::1.6E-9::+	SA2465::70::97.14286::2.2E-10::+		SACOL2697::70::94.28571::1.6E-9::+
5QSA00007_O_2	AACGCATCATGGAATACGATTAGTCGATCATCACCTGTCATGCACCATGTCTTTTTGATTTCCTTTGTGG	41.43	30	82	MRSA252	SAR2543	putative membrane protein		SAR2543::70::100.0::3.0E-11::+						
5QSA00007_O_20	ATCTGTACGATACCGATATTATGTCTGGTATTAACGTAGGTATGGATACGATTCATGTACAAACAGGTGT	37.14	32	102	MSSA476	SAS0799	haloacid dehalogenase-like hydrolase		SAR0891::70::98.57143::8.4E-11::+	SAS0799::70::100.0::3.0E-11::+	SAV0929::70::98.57143::8.4E-11::+	MW0811::70::100.0::3.0E-11::+	SA0790::70::98.57143::8.4E-11::+		SACOL0931::70::98.57143::8.4E-11::+
5QSA00007_O_21	ATTTGGTTTTATTATTGATCGATTCATTAGTTATATTGAGCAGTTTATACTTAGAAGATTTGGTGAATAA	24.29	32	104	MSSA476	SAS0149	putative transport system permease		SAR0175::70::100.0::2.8E-11::+	SAS0149::70::100.0::2.8E-11::+	SAV0174::70::100.0::2.8E-11::+	MW0148::70::100.0::2.8E-11::+	SA0168::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL0159::70::100.0::2.8E-11::+
5QSA00007_O_22	ATGGGGCAACATTTATTTCTACAAATCCAGATGTGTCAATTCCAAAAGAGCGAGGATTTTTACCAGGGAA	38.57	30	72	MRSA252	SAR0891	haloacid dehalogenase-like hydrolase		SAR0891::70::100.0::3.0E-11::+						
5QSA00007_O_23	TTAGATTTATATCATCAAGCTGGTTTTAATCATGTGCATTATCATACTGGTCCAATGAGTTTAATGACAC	31.43	31	98	Mu50	SAV0267	putative methyltransferase		SAR0265::70::98.57143::7.8E-11::+	SAS0244::70::98.57143::7.8E-11::+	SAV0267::70::100.0::2.8E-11::+	MW0243::70::98.57143::7.8E-11::+	SA0257::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL0252::70::98.57143::7.8E-11::+
5QSA00007_O_24	ATCATAGTTTACCTCAATTAACTCGAAAAAAACTAACAGAAAGACTAATGACTATATCAGGAAAGATTGG	30.0	30	75	MRSA252	SAR0051	streptomycin 3-adenylyltransferase 1	spc1	SAR1736::70::100.0::3.1E-11::+,SAR0051::70::100.0::3.1E-11::+,SAR1733::70::100.0::1.3E-10::+		SAV0053::70::100.0::3.1E-11::+,SAV1656::70::100.0::3.1E-11::+		SA0049::70::100.0::3.1E-11::+,SA0765::70::100.0::3.1E-11::+,SA1481::70::100.0::3.1E-11::+,SA1952::70::100.0::3.1E-11::+,SA2385::70::100.0::3.1E-11::+		
5QSA00007_O_3	GAAACCATTGCTGTCAGATATATTATTGTATTTTTTACGTAAAAACACAGATGATCAACATTATGAGTAA	27.14	31	133	MSSA476	SAS0883	conserved hypothetical protein			SAS0883::70::100.0::2.8E-11::+	SAV1014::70::100.0::2.8E-11::+	MW0895::70::100.0::2.8E-11::+	SA0872::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL1019::70::95.71428::6.0E-10::+
5QSA00007_O_4	AGGAAGGATTTCGTGACGAAGAGTTTGATAAAGGAGATAAAGGCACTTGGATTGTTGATTCTGAGATGGT	40.0	31	61	MRSA252	SAR2573	putative lipoprotein		SAR2573::70::100.0::3.0E-11::+	SAS2375::70::91.42857::1.2E-8::+		MW2408::70::91.42857::1.2E-8::+			
5QSA00007_O_5	CTCAAATTGAGCATACGGTTATCGTGACTAAGGATGGTCCGATTTTAACGACAAAAATTGAAGAAGAATA	35.71	29	101	MSSA476	SAS1810	putative metallopeptidase		SAR1978::70::97.14286::2.2E-10::+	SAS1810::70::100.0::2.8E-11::+	SAV1888::70::100.0::2.8E-11::+	MW1828::70::100.0::2.8E-11::+	SA1704::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL1946::70::98.57143::7.7E-11::+
5QSA00007_O_6	AGTACCTATTATGATTCTATAAAAAGAAAAGATAATAAAATCACTAAAGATGATTCAAACATAGAACATG	22.86	33	99	MSSA476	SAS1727	putative transposase (fragment)		SAR0082::70::97.14286::2.6E-10::+	SAS1727::70::100.0::4.3E-11::+,SAS0049::70::97.14286::9.4E-11::+	SAV1805::70::97.14286::2.3E-10::+	MW1745::70::100.0::4.3E-11::+,MW0049::70::97.14286::9.4E-11::+	SA1623::70::97.14286::2.9E-10::+		SACOL1855::70::100.0::3.0E-11::+
5QSA00007_O_7	GACATGATGGTATGAAACAAGGATTTGATATTGAGCATCTTGCAAAAATAAAATCCCTTGTAAATATTCC	31.43	32	130	Mu50	SAV2673	cyclase-like protein hisF	hisF	SAR2755::70::97.14286::2.2E-10::+		SAV2673::70::100.0::2.8E-11::+		SA2465::70::100.0::2.8E-11::+		
5QSA00007_O_8	TAGAAGATGTTGAAGGGGTTATGGCCATTGACGATATAGCTCAAGTCGAAGGTTTAGACATGATAGTCGA	41.43	30	86	Mu50	SAV0122	hypothetical protein		SAR0125::70::98.57143::8.3E-11::+	SAS0096::70::98.57143::8.3E-11::+	SAV0122::70::100.0::3.0E-11::+	MW0095::70::98.57143::8.4E-11::+	SA0118::70::100.0::3.0E-11::+		SACOL0106::70::98.57143::8.3E-11::+
5QSA00007_O_9	GAAAGCAACAATGGAAGAAAATTATAAAGCGATTACTACAGCATTAGGTATTTATGACCTAGGAAATAAA	30.0	30	82	Mu50	SAV2701	similar to vraD protein	vraD	SAR2781::70::95.71428::6.0E-10::+	SAS2585::70::94.28571::1.6E-9::+	SAV2701::70::100.0::2.8E-11::+	MW2620::70::94.28571::1.6E-9::+	SA2492::70::100.0::2.8E-11::+		SACOL2724::70::95.71428::6.0E-10::+
5QSA00007_P_1	ATTAGTAGAAATTGCGTATCAAGGAAATAATTTTCTAGGCTTTCAAATTCAACAGAATGGACGTACGGTA	32.86	32	107	Mu50	SAV2219	tRNA pseudouridine synthase A	truA	SAR2302::70::94.28571::1.8E-9::+	SAS2110::70::94.28571::1.9E-9::+	SAV2219::70::100.0::3.4E-11::+	MW2138::70::94.28571::1.9E-9::+	SA2018::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL2208::70::94.28571::1.9E-9::+
5QSA00007_P_10	CGGTAGAAGATGTTCATAAACTTTGTGAGGATCCTCAGTACATGTCACATGTAAAACATATCGGTAAGTT	37.14	30	108	Mu50	SAV0590	mevalonate kinase	mvaK1	SAR0596::70::97.14286::3.3E-10::+	SAS0549::70::97.14286::3.3E-10::+	SAV0590::70::100.0::3.8E-11::+	MW0545::70::97.14286::3.3E-10::+	SA0547::70::100.0::3.8E-11::+		SACOL0636::70::97.14286::3.3E-10::+
5QSA00007_P_11	ATTTCTGCATGGATTTCTTAGCGACAGCCGTACTTATCATAATCACATCGAAAAATTTACTGATAACTAT	32.86	29	92	COL	SACOL1053	hydrolase, alpha-beta hydrolase fold family		SAR1018::70::97.14286::2.5E-10::+						SACOL1053::70::100.0::3.4E-11::+
5QSA00007_P_12	ATTTTAGATTTTAATTTAGAATTAACAGAAGTAGCTGAAATTGATGCTTTAGATAGAAATGCAAGACAAG	25.71	34	94	Mu50	SAV0703	similar to oxidoreductase, aldo/keto reductase family		SAR0756::70::98.57143::1.0E-10::+	SAS0668::70::98.57143::1.0E-10::+	SAV0703::70::100.0::3.8E-11::+	MW0665::70::98.57143::1.0E-10::+	SA0658::70::100.0::3.8E-11::+		SACOL0763::70::98.57143::1.0E-10::+
5QSA00007_P_13	TACTACAATGGTTACAATAACTATAACAATTACAACAACGGTTATAGCTACAATAACTACAGCCGTTACA	31.43	33	107	COL	SACOL2291	staphyloxanthin biosynthesis protein		SAR2383::70::90.789474::7.1E-8::+		SAV2299::70::94.28571::1.9E-9::+		SA2093::70::94.28571::1.9E-9::+		SACOL2291::70::100.0::3.4E-11::+
5QSA00007_P_14	AAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACAT	22.86	32	148	MSSA476	SAS0720	putative exported protein		SAR0809::70::100.0::3.8E-11::+	SAS0720::70::100.0::3.8E-11::+	SAV0755::70::100.0::3.8E-11::+	MW0717::70::100.0::3.8E-11::+	SA0710::70::100.0::3.8E-11::+		SACOL0820::70::100.0::3.8E-11::+
5QSA00007_P_15	AATGGGCAGGCCTTTATGATCATCGCATGTTTCAAGTTGTAGCCAAATACGATGCGGAAATTGTTTTAAT	38.57	31	86	MRSA252	SAR0515	dihydropteroate synthase	folP	SAR0515::70::100.0::3.4E-11::+						
5QSA00007_P_16	AATTCTTTTAATTTTAATAAGTATAAGTTTAATTGTATATAGAAGGATTAAGTATAATCCACCGTTGTAT	20.0	34	99	MSSA476	SAS0726	prolipoprotein diacylglyceryl transferase		SAR0815::70::100.0::3.8E-11::+	SAS0726::70::100.0::3.8E-11::+	SAV0761::70::100.0::3.8E-11::+	MW0723::70::100.0::3.8E-11::+	SA0716::70::100.0::3.8E-11::+		SACOL0826::70::100.0::3.8E-11::+
5QSA00007_P_17	ACGTTTTAACGAAGTATATTCTATCACAGCAATAGACAAAAACAATAAGCCATTTATATATGCACCTACT	30.0	31	77	MRSA252	SAR2789	putative subtilase family protease		SAR2789::70::100.0::3.4E-11::+						
5QSA00007_P_18	GAAGAAAGTTTTTAACGAAGCTTTTCATGTGAATAATTACGATATAAATGTAACTACACCAGTTATTTCT	27.14	32	127	Mu50	SAV1425	hypothetical protein		SAR1438::70::97.14286::2.8E-10::+	SAS1368::70::98.57143::1.0E-10::+	SAV1425::70::100.0::3.8E-11::+	MW1315::70::98.57143::1.0E-10::+	SA1258::70::100.0::3.8E-11::+		SACOL1460::70::98.57143::1.0E-10::+
5QSA00007_P_19	TATACTATTTTTCTTTATTATATTTGTGCATAATTTCGATTTTATGCTTTATATCACTATCTTAATGTTA	18.57	35	106	MSSA476	SAS1011	putative cobalt transport protein		SAR1049::70::100.0::3.6E-11::+	SAS1011::70::100.0::3.6E-11::+	SAV1075::70::100.0::3.4E-11::+	MW0958::70::100.0::3.4E-11::+	SA0927::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL1084::70::100.0::3.4E-11::+
5QSA00007_P_2	GCGACAATCGTACTTTGTACGTTTGTAATTTATATCATCACATTATTTTTCACAAAATTTACGAATAGAA	27.14	34	104	MSSA476	SAS0598	ABC transporter permease protein		SAR0642::70::98.57143::1.0E-10::+	SAS0598::70::100.0::3.8E-11::+	SAV0632::70::100.0::3.8E-11::+	MW0594::70::100.0::3.8E-11::+	SA0588::70::100.0::3.8E-11::+		SACOL0689::70::100.0::3.8E-11::+
5QSA00007_P_20	AAACAGGACTACATGTTGAGCATAAAGACAAAGATCATGAAGATTATTATGAAATAAAAATTCGAATATA	25.71	31	73	MSSA476	SAS2591	putative DNA-binding protein		SAR2795::70::98.57143::1.0E-10::+	SAS2591::70::100.0::3.8E-11::+	SAV2709::70::100.0::3.8E-11::+	MW2627::70::100.0::3.8E-11::+	SA2498::70::100.0::3.8E-11::+		SACOL2735::70::98.57143::1.0E-10::+
5QSA00007_P_21	TAATTTAAAACATCTTTCTCCCAATACTTTAATGAGTGATATTGTTTATATACCGTATAAAACACCTATT	24.29	30	100	Mu50	SAV1596	shikimate dehydrogenease	aroE	SAR1673::70::97.14286::2.6E-10::+	SAS1533::70::98.57143::9.3E-11::+	SAV1596::70::100.0::3.4E-11::+	MW1547::70::98.57143::9.3E-11::+	SA1424::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL1652::70::98.57143::9.3E-11::+
5QSA00007_P_22	TACTTTTAGCACAATATGGAATTGTTACGACAGGAGATAAAGATGTTGAAATTCCTAAGCATTTAATCAT	30.0	30	85	Mu50	SAV0351	similar to ABC transporter (ATP-binding protein)		SAR0348::70::98.57143::1.0E-10::+	SAS0327::70::98.57143::1.0E-10::+	SAV0351::70::100.0::3.8E-11::+	MW0327::70::98.57143::1.0E-10::+	SA0339::70::100.0::3.8E-11::+		SACOL0422::70::98.57143::1.0E-10::+
5QSA00007_P_23	TATTTTAGAAGGGCTATATATATCATTGCGTTTAATTGGGATTGTGATGATTGCAACAATTATGACACTA	30.0	31	93	Mu50	SAV2220	similar to cobalt transport protein		SAR2303::70::97.14286::2.6E-10::+	SAS2111::70::98.57143::9.3E-11::+	SAV2220::70::100.0::3.4E-11::+	MW2139::70::98.57143::9.3E-11::+	SA2019::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL2209::70::97.14286::2.6E-10::+
5QSA00007_P_24	TAATAATGGTGTAGCAACTAAAGCGGGTAAAGATCCTAAAAATGATCCGATATTTTTAGAAAAATCAAAT	28.57	32	100	Mu50	SAV0464	lactococcal lipoprotein			SAS0421::70::95.71428::7.6E-10::+	SAV0464::70::100.0::3.8E-11::+	MW0418::70::95.71428::7.6E-10::+	SA0422::70::100.0::3.8E-11::+		SACOL0506::70::98.57143::1.0E-10::+
5QSA00007_P_3	CTACTACAATGGCTACAATAACTACAACAATTACAACAATGGTTATAGCTACAATAATTACAGCCGTTAC	32.86	34	114	Mu50	SAV2299	secretory antigen precursor SsaA homolog	ssaA		SAS2189::70::92.10526::2.7E-8::+	SAV2299::70::100.0::3.4E-11::+	MW2217::70::92.10526::2.7E-8::+	SA2093::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL2291::70::94.28571::1.9E-9::+
5QSA00007_P_4	GTGTTTTTTGATGGCAATCGATCAGTGTCAAGAGATATTTTCTTTGAAAAAGCACTTAAAGTGATACGTC	34.29	31	98	MRSA252	SAR2378	urease accessory protein UreD	ureD	SAR2378::70::100.0::3.8E-11::+	SAS2184::70::97.14286::2.8E-10::+					SACOL2286::70::97.14286::2.8E-10::+
5QSA00007_P_5	ATATTATACACCTAATGATATACAAGTAGATATAGATGACTGGGTAGTTGTCGAATCTAAAAGAGGCATA	31.43	30	86	MSSA476	SAS0442	conserved hypothetical protein		SAR0486::70::97.14286::2.5E-10::+	SAS0442::70::100.0::3.4E-11::+		MW0440::70::100.0::3.4E-11::+			SACOL0527::70::98.57143::9.2E-11::+
5QSA00007_P_6	GGACCATTTATGGACTTTATATTACCTAAAATACTATTAAGAAGTCCTGAAAAATTCACATTAGCAGTTG	30.0	31	108	Mu50	SAV0216	maltose/maltodextrin transport permease homolog		SAR0208::70::98.57143::1.0E-10::+	SAS0192::70::98.57143::1.0E-10::+	SAV0216::70::100.0::3.8E-11::+	MW0192::70::98.57143::1.0E-10::+	SA0209::70::100.0::3.8E-11::+		SACOL0195::70::98.57143::1.0E-10::+
5QSA00007_P_7	TGAATGCTAAATTAGCTAAAGGTATAGATTTTTTAAAGGAGAATGAAAATGCAAGACACAATCTTTCTTA	27.14	32	99	MSSA476	SAS0471	dihydropteroate synthase		SAR0515::70::98.57143::9.2E-11::+	SAS0471::70::100.0::3.4E-11::+	SAV0514::70::100.0::3.4E-11::+	MW0469::70::100.0::3.4E-11::+	SA0472::70::100.0::3.4E-11::+		SACOL0558::70::100.0::3.4E-11::+
5QSA00007_P_8	ATTATATTTAGTGGGCACACCAATTGGTAATTTAGCAGATATTACTTATAGAGCAGTTGATGTATTGAAA	30.0	32	108	MSSA476	SAS0446	tetrapyrrole (corrin/porphyrin) methylase family protein		SAR0490::70::100.0::3.8E-11::+	SAS0446::70::100.0::3.8E-11::+	SAV0489::70::100.0::3.8E-11::+	MW0444::70::100.0::3.8E-11::+	SA0447::70::100.0::3.8E-11::+		SACOL0531::70::100.0::3.8E-11::+
5QSA00007_P_9	TAATCATCATTATGATGAATCTGGTGAAGAGATTAAAGCAAGTAACAAATCATTCTGGGGAACTGTGTTG	34.29	31	82	MSSA476	SAS0890	putative membrane protein		SAR0991::70::97.14286::2.5E-10::+	SAS0890::70::100.0::3.4E-11::+	SAV1022::70::98.57143::9.2E-11::+	MW0902::70::100.0::3.4E-11::+	SA0878::70::98.57143::9.2E-11::+		SACOL1026::70::98.57143::9.2E-11::+
5QSA00008_A_1	ATGAAAAGAACTCAGAACTTGTAATTAGTGACATTAATAATAGAGATAATATCTCAAAAGGTGATAAAGT	25.71	32	103	MSSA476	SAS1585	putative rod shape-determining protein		SAR1729::70::98.57143::1.0E-10::+	SAS1585::70::100.0::3.8E-11::+	SAV1649::70::100.0::3.8E-11::+	MW1599::70::100.0::3.8E-11::+	SA1475::70::100.0::3.8E-11::+		SACOL1704::70::100.0::3.8E-11::+
5QSA00008_A_10	AATCTAAATCATGGATAGATATAAAATTAGATCATACTGAATTAAAAAGAACGATATGTGCTATTACAAA	22.86	32	94	COL	SACOL0513	transcriptional regulatory protein GltC	gltC	SAR0470::70::95.71428::8.4E-10::+	SAS0428::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV0471::70::100.0::4.3E-11::+	MW0425::70::98.57143::1.2E-10::+	SA0429::70::100.0::4.3E-11::+		SACOL0513::70::100.0::4.3E-11::+
5QSA00008_A_11	AACATTTACTAATGGTAAAGTTGGGAAAAGCGACAATGTTTTAGAATTTTATACGATTGATGGTAATATC	28.57	33	109	MSSA476	SAS1850	putative exported protein		SAR2018::70::94.28571::2.1E-9::+	SAS1850::70::100.0::3.8E-11::+	SAV1926::70::100.0::3.8E-11::+	MW1867::70::100.0::3.8E-11::+	SA1740::70::100.0::3.8E-11::+		SACOL1989::70::100.0::3.8E-11::+
5QSA00008_A_12	GATTATTTATGATATTCGAAATGCTAAAATAGGAAATTATTGTTTTGATATTTTTAAAGATATGACTGAG	21.43	34	98	MSSA476	SAS1177	putative GTPase protein		SAR1219::70::100.0::4.3E-11::+	SAS1177::70::100.0::4.3E-11::+	SAV1243::70::100.0::4.3E-11::+	MW1126::70::100.0::4.3E-11::+	SA1086::70::100.0::4.3E-11::+		SACOL1260::70::100.0::4.3E-11::+
5QSA00008_A_13	GCTGGGAAAGATCCAAAAAATGATCCGATTTTCTTGGAAAAATCAGATTCAGATGCTGTAAAGCCATATA	35.71	32	110	MRSA252	SAR0463	putative lipoprotein		SAR0463::70::100.0::3.8E-11::+	SAS0421::70::90.0::3.9E-8::+	SAV0464::70::90.0::3.9E-8::+	MW0418::70::90.0::3.9E-8::+	SA0422::70::90.0::3.9E-8::+		
5QSA00008_A_14	TTAATATTCATTTAGCTATAACAAATGAAAAAATAACCCACGAAGATATAAGATCCATTCCTTTATATGA	24.29	32	92	COL	SACOL2325	transcriptional regulator, LysR family		SAR2418::70::100.0::4.3E-11::+	SAS2225::70::95.71428::8.4E-10::+	SAV2332::70::100.0::4.3E-11::+	MW2253::70::95.71428::8.4E-10::+	SA2123::70::100.0::4.3E-11::+		SACOL2325::70::100.0::4.3E-11::+
5QSA00008_A_15	AAATAAATGAAGAGCATGTTATTATATTACCTATTTGGCATAAAGTGAGTGTTGAAGATGTACGTGCATA	30.0	32	78	MSSA476	SAS0038	hypothetical protein			SAS0038::70::100.0::3.8E-11::+					
5QSA00008_A_16	TGCCATCTATGGACTGAACTTTTTAATTCAAAATGATTTAGCGCGCTTAAAAGCACATTATAAAATCGAA	31.43	31	106	MRSA252	SAR1219	putative GTPase protein		SAR1219::70::100.0::4.3E-11::+		SAV1243::70::90.0::4.2E-8::+		SA1086::70::90.0::4.2E-8::+		SACOL1260::70::90.0::4.2E-8::+
5QSA00008_A_17	ATAGTTATGATATGAAAGAACTTGCTGCTATTTTATCTGAGGCATCAGGCACAGAAATTAAATATGAACC	32.86	32	99	Mu50	SAV0421	similar to oxidoreductase		SAR0421::70::95.71428::7.7E-10::+	SAS0383::70::95.71428::7.7E-10::+	SAV0421::70::100.0::3.9E-11::+	MW0381::70::95.71428::7.7E-10::+	SA0381::70::100.0::3.9E-11::+		SACOL0467::70::95.71428::7.7E-10::+
5QSA00008_A_18	TTAACATACAGCAATACGTTATATGAAAATAATAATGCACTTGAAGTTATTCCTGGAAAAATGTCACTTG	28.57	30	84	Mu50	SAV0162	capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap5N	capN	SAR0164::70::97.14286::3.1E-10::+	SAS0137::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV0162::70::100.0::4.3E-11::+	MW0137::70::98.57143::1.2E-10::+	SA0157::70::100.0::4.3E-11::+		SACOL0149::70::97.14286::3.1E-10::+
5QSA00008_A_19	GATATCACTTTAAAAGAACTTATTGAGGCTTCAATGACATATAGTGATAATACAGCAAACAATAAAATTA	25.71	31	103	N315	SAP010	beta-lactamase	blaZ	SAR1831::70::98.57143::1.1E-10::+				SAP010::70::100.0::3.9E-11::+	VRA0047::70::98.57143::1.1E-10::+	
5QSA00008_A_2	TATTTCATTAACTAAAAGTTTTTCAGAAGAATTAGGACCAAAAGGAATTAGAGTGAACTGTGTAGCACCT	31.43	31	95	Mu50	SAV2328	dehydrogenase		SAR2413::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS2221::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV2328::70::100.0::4.3E-11::+	MW2249::70::98.57143::1.2E-10::+	SA2119::70::100.0::4.3E-11::+		SACOL2321::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00008_A_20	TAATTGGAAGATTAGCAAGTGAACTTGGCACTGCTATGAAAGGTTTAGATATCAATCAATTATCATTAGA	31.43	32	107	MSSA476	SAS0476	putative pyridoxine biosynthesis protein		SAR0522::70::100.0::4.3E-11::+	SAS0476::70::100.0::4.3E-11::+	SAV0519::70::100.0::4.3E-11::+	MW0474::70::100.0::4.3E-11::+	SA0477::70::100.0::4.3E-11::+		SACOL0564::70::100.0::4.3E-11::+
5QSA00008_A_21	TTAATCCCGAAAGCATGGTAGAGGTATTTAAAGGAATGGATACCGTTGTGTTTATTCCAAGTATTATCCA	35.71	30	88	MSSA476	SAS0383	conserved hypothetical protein			SAS0383::70::100.0::3.9E-11::+	SAV0421::70::94.28571::2.1E-9::+	MW0381::70::100.0::3.9E-11::+	SA0381::70::94.28571::2.1E-9::+		SACOL0467::70::94.28571::2.1E-9::+
5QSA00008_A_22	ATATCATCAAAAAAAGGGGTGGATTCAATAAAATTAATGCTGTCAAGAATACACGTATTGAAGTTGTAAA	28.57	31	78	Mu50	SAV0609	similar to iron-binding protein		SAR0618::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS0577::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV0609::70::100.0::4.3E-11::+	MW0573::70::98.57143::1.2E-10::+	SA0566::70::100.0::4.3E-11::+		SACOL0665::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00008_A_23	AATTGAATGAAATTTTACCAAATACAATAAGAGTAATACATGAATATAATTATTTTGACTATTATAAGAA	17.14	33	105	MSSA476	SAS1927	hypothetical protein			SAS1927::70::100.0::3.9E-11::+		MW1944::70::100.0::3.9E-11::+			SACOL2009::70::100.0::3.9E-11::+
5QSA00008_A_24	CAAGTTATTTAGAATTTGGAAACTATGAATTACGTTTACCATTGGTTAGCCTAGAAGATACAGATACTAA	30.0	30	93	Mu50	SAV1395	dihydrodipicolinate synthase	dapA	SAR1407::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS1336::70::97.14286::3.1E-10::+	SAV1395::70::100.0::4.3E-11::+	MW1283::70::97.14286::3.1E-10::+	SA1227::70::100.0::4.3E-11::+		SACOL1430::70::95.71428::8.4E-10::+
5QSA00008_A_3	TGAAGATCGGGGATATATCTATTCATTATCTAAATGGTGGCAATACAAAAATGGATGGCGGTGCAATGTT	37.14	31	76	Mu50	SAV1747	similar to metal-dependent hydrolase		SAR1825::70::98.57143::1.0E-10::+	SAS1673::70::97.14286::2.8E-10::+	SAV1747::70::100.0::3.8E-11::+	MW1690::70::97.14286::2.8E-10::+	SA1568::70::100.0::3.8E-11::+		
5QSA00008_A_4	TATGTTAAAATAAACAATGGTGGTACGACTGTGGCAGAGGGAACGGTTAAATCAATAGGACTTCGTTCAA	38.57	31	63	MSSA476	SAS0337	putative membrane protein			SAS0337::70::100.0::4.3E-11::+		MW0337::70::100.0::4.3E-11::+			
5QSA00008_A_5	ACCCTAAAAATGATCCGATATTTTTAGAAAAATCAAATTCAGATGCTGTAAAGCCATATATTAATATTGT	25.71	32	92	MW2	MW0418	hypothetical protein		SAR0463::70::91.42857::1.5E-8::+	SAS0421::70::98.57143::1.0E-10::+	SAV0464::70::98.57143::1.0E-10::+	MW0418::70::100.0::3.8E-11::+	SA0422::70::98.57143::1.0E-10::+		SACOL0506::70::97.14286::2.8E-10::+
5QSA00008_A_6	TGGTACAACTGTAGCAGAGGGAACAGTTAAATCAATTGGACTTCGTTCAACACGAATCAATACAATTTCA	37.14	30	89	COL	SACOL0433	conserved hypothetical protein		SAR0358::69::94.202896::3.8E-9::+	SAS0337::70::94.28571::2.2E-9::+	SAV0361::69::94.202896::3.8E-9::+	MW0337::70::94.28571::2.2E-9::+	SA0349::69::94.202896::3.8E-9::+		SACOL0433::70::100.0::4.3E-11::+
5QSA00008_A_7	TACCATATTTTATTCAGCAACAATATTGGTTCTTGTTTTATCATGATGAAAACTACTTTGCTGTAAAATA	25.71	30	179	MSSA476	SAS1673	metallo-beta-lactamase superfamily protein		SAR1825::70::98.57143::1.0E-10::+	SAS1673::70::100.0::3.8E-11::+	SAV1747::70::100.0::3.8E-11::+	MW1690::70::100.0::3.8E-11::+	SA1568::70::100.0::3.8E-11::+		SACOL1797::70::100.0::3.0E-11::+
5QSA00008_A_8	CGAAAACATTAATATCATTGGTGCAAAATGTTGTTAAATATATTGTGTGGTTTATAGTTGTAACTACCAT	27.14	31	90	MRSA252	SAR0358	putative membrane protein		SAR0358::70::100.0::4.3E-11::+						
5QSA00008_A_9	GCTGGATAGATTAGATAATCAAATTAATGATTATTATGAAGTGTTTAATTATGTCGTAGTTATTACAAAT	22.86	32	118	COL	SACOL0181	conserved domain protein		SAR0197::70::92.85714::5.7E-9::+						SACOL0181::70::100.0::3.8E-11::+
5QSA00008_B_1	TTAGGGAAAATTGTAGAAAAAACGAATGGTAAAAGTTTAGCAGCAAATATAAAACTTGTTGAAAACAATG	27.14	35	97	MSSA476	SAS0289	putative membrane protein		SAR0309::70::100.0::4.7E-11::+	SAS0289::70::100.0::4.7E-11::+	SAV0312::70::100.0::4.7E-11::+	MW0289::70::100.0::4.7E-11::+	SA0301::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL0309::70::100.0::4.7E-11::+
5QSA00008_B_10	TTTTGAAATATTTGAATATCAATTTTCAAGTCGTTTAAGAAAGTTCATATTAATTATTTTAGTAGGTGCT	21.43	32	135	MSSA476	SAS0699	FecCD transport family protein		SAR0788::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS0699::70::100.0::5.0E-11::+	SAV0734::70::100.0::5.0E-11::+	MW0696::70::100.0::5.0E-11::+	SA0689::70::100.0::5.0E-11::+		SACOL0797::70::100.0::5.0E-11::+
5QSA00008_B_11	CAAGCTGATGCACTAGTTTCAGCATTAAATAAAGCATATGCAGATGTTGAATTTAAACTATACTTAGGAT	31.43	31	124	Mu50	SAV1833	ferrochelatase	hemH	SAR1924::70::97.14286::3.4E-10::+	SAS1754::70::97.14286::3.4E-10::+	SAV1833::70::100.0::4.7E-11::+	MW1773::70::97.14286::3.4E-10::+	SA1651::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL1888::70::97.14286::3.4E-10::+
5QSA00008_B_12	TTAAAAATTAACAGTGACAAGTCTATTTTCGACATAAATTATGAAGATTTGGAAATTGTTGACTATGAAT	24.29	32	134	MSSA476	SAS1370	thymidylate synthase		SAR1440::70::97.14286::3.6E-10::+	SAS1370::70::100.0::5.0E-11::+	SAV1427::70::100.0::5.0E-11::+	MW1317::70::100.0::5.0E-11::+	SA1260::70::100.0::5.0E-11::+		SACOL1462::70::100.0::5.0E-11::+
5QSA00008_B_13	AAGGTTATCTATCATGCATCACCTAGAAATTATGAATAGATACTTGGAGTCTCAAAATGAAAATATGTGA	30.0	31	88	COL	SACOL0182	hypothetical protein								SACOL0182::70::100.0::4.7E-11::+
5QSA00008_B_14	TAATAAATATATAAATACAAAAAGACCTAACTATAGTAAGAAGGAAGTAATAGAAGTAGGTGTATTTAAT	21.43	34	126	Mu50	SAV1486	hypothetical protein			SAS1426::70::95.71428::8.8E-10::+	SAV1486::70::100.0::5.0E-11::+	MW1374::70::95.71428::8.8E-10::+	SA1317::70::100.0::5.0E-11::+		
5QSA00008_B_15	TGTTCGATACATTTTATAAATCTCTTAAGGGAAAACAAATTCTTGTTTATTCTGGACTGTTTAAAGAGGC	30.0	31	92	pLW043	VRA0023	replication protein							VRA0023::70::100.0::4.7E-11::+	
5QSA00008_B_16	GCCCAGACATCACACGCTTTAGAGATTTACCTGACTGGATTAAAGAGAATAAAGCGTTATTTACAGATAA	37.14	31	97	Mu50	SAV2689	hypothetical protein		SAR2771::70::91.42857::1.7E-8::+	SAS2575::70::91.42857::1.7E-8::+	SAV2689::70::100.0::5.0E-11::+	MW2609::70::91.42857::1.7E-8::+	SA2481::70::100.0::5.0E-11::+		SACOL2713::70::91.42857::1.7E-8::+
5QSA00008_B_17	ATTACGATTAGTTGAAAAGTCTGTTAATCAAGACAATCCTTCAATGTATCATTTGTTTTATGGGGACGAA	31.43	30	85	Mu50	SAV0338	similar to glyoxalase family protein		SAR0334::70::97.14286::3.4E-10::+	SAS0314::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV0338::70::100.0::4.7E-11::+	MW0314::70::98.57143::1.3E-10::+	SA0326::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL0408::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00008_B_18	GCCTCTCAAGCAAAAGCATTAGCTGAATCAACAAATAAAGTTGAAAAGAATGCTGTTACTGAAGATAAAG	34.29	33	104	COL	SACOL0455	conserved hypothetical protein			SAS0361::70::94.28571::2.5E-9::+	SAV0385::70::94.28571::2.5E-9::+	MW0361::70::94.28571::2.5E-9::+	SA0370::70::94.28571::2.5E-9::+		SACOL0455::70::100.0::5.0E-11::+
5QSA00008_B_19	TTAATCAATTATTTTTGATGTTTGATCAACTGACGGAAGCACATAAGAAATTGAATCAAAATGTAAATCC	27.14	30	130	N315	SA0442	probable DNA polymerase III, delta prime subunit	holB	SAR0485::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS0441::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV0484::70::98.57143::1.3E-10::+	MW0439::70::98.57143::1.3E-10::+	SA0442::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL0526::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_B_2	TTGTTTTAAGTAAATATATTAAAGAGTATGAATCAAACTATGAAACAGCGTCAGATGATTCTTTAAAATA	22.86	31	114	MSSA476	SAS1147	putative lipoprotein		SAR1189::70::97.14286::3.5E-10::+	SAS1147::70::100.0::5.0E-11::+	SAV1213::70::100.0::5.0E-11::+	MW1096::70::100.0::5.0E-11::+	SA1056::70::100.0::5.0E-11::+		SACOL1225::70::100.0::5.0E-11::+
5QSA00008_B_20	AATTAAAATCAGTTATACAACAAATTAAAACCAATCCAAACTCTCGACGTCACATTGTTTCAGCATGGAA	31.43	31	71	pLW043	VRA0005	thymidylate synthase	thyA						VRA0005::70::100.0::5.0E-11::+	
5QSA00008_B_21	TTTAGAAATCAACCAAATGCAATTTATGAATTTCAATATGCATATGGTTTACCAGACTATGGAATAATTG	27.14	32	131	Mu50	SAV0687	similar to cobalamin synthesis related protein		SAR0740::70::95.71428::9.0E-10::+	SAS0652::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV0687::70::100.0::4.7E-11::+	MW0649::70::98.57143::1.3E-10::+	SA0642::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL0747::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_B_22	AATCATCAAATAAAGTTGAAAATAATACTGCTACTGATGAAAAGGCTGAAAGTAAAGATTCGAAGGTTGC	31.43	30	63	MRSA252	SAR0403	putative DNA-binding protein		SAR0403::70::100.0::5.0E-11::+						
5QSA00008_B_23	GCTGTATCTGTACCATCTTTTGTACTTGCTGTACTTTTACAATATGTATTTGCAGTTAAATTAAGATGGT	31.43	31	110	Mu50	SAV0986	oligopeptide transport system permease protein	oppB	SAR0949::70::97.14286::3.4E-10::+	SAS0856::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV0986::70::100.0::4.7E-11::+	MW0868::70::98.57143::1.3E-10::+	SA0845::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL0991::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00008_B_24	AACATCCGTTGTTATTTTCCAAGCGATTACAAATAATCGTTTATTGACACCATCAATAATGGGATTAGAT	31.43	30	91	MRSA252	SAR0788	FecCD transport family protein	sstB	SAR0788::70::100.0::5.0E-11::+						
5QSA00008_B_3	CTGACGGAATAATAACTTTAATTTTATTGAGTGGAAGTTTAGTGAAAAAATACACAGTTAATCAAGGGAA	28.57	30	90	MSSA476	SAS0623	hypothetical protein		SAR0668::70::97.14286::3.4E-10::+	SAS0623::70::100.0::4.7E-11::+	SAV0658::70::100.0::4.7E-11::+	MW0620::70::100.0::4.7E-11::+	SA0613::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL0715::70::97.14286::3.4E-10::+
5QSA00008_B_4	TACTATGCAGCAAGATTTTCGTTTCGTACCAATCTCTCAAAATAATAAGATACAAGAAACTGTAAAAATT	28.57	30	96	MRSA252	SAR1491	hypothetical protein		SAR1491::70::100.0::5.0E-11::+						
5QSA00008_B_5	CCGTGAAGGTGGTATTCGCGGCATTGTAATTAGTTTATTATCACTAGATCATATCGATGTATCTGATGAT	37.14	30	86	Mu50	SAV0738	UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase		SAR0792::70::97.14286::3.4E-10::+	SAS0703::70::97.14286::3.4E-10::+	SAV0738::70::100.0::4.7E-11::+	MW0700::70::97.14286::3.4E-10::+	SA0693::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL0801::70::97.14286::3.4E-10::+
5QSA00008_B_6	ATTAGGAATTCCAGTTAAAGTGTCTGTATCAACTAACTACAATACAATTGTTGAAGCTATGAAGTCTAAA	30.0	30	94	Mu50	SAV0143	alkylphosphonate ABC transporter		SAR0145::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS0117::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV0143::70::100.0::5.0E-11::+	MW0117::70::98.57143::1.3E-10::+	SA0138::70::100.0::5.0E-11::+		SACOL0128::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_B_7	AATCTATGAAGATGAGAAATTTATGTTGATTGATCCAATTGAAGAAATTCAACCTGATCATCGACCATTT	30.0	33	127	Mu50	SAV1613	protease		SAR1692::70::97.14286::3.4E-10::+	SAS1549::70::97.14286::3.4E-10::+	SAV1613::70::100.0::4.7E-11::+	MW1563::70::97.14286::3.4E-10::+	SA1441::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL1668::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_B_8	GAAAATGCAGCTGAGACTTCAAATAAAGAAGCTACAGTAGATGCAGACGCGCAACATGATGCTGAACAAC	42.86	31	73	Mu50	SAV0385	hypothetical protein		SAR0403::70::95.71428::9.4E-10::+	SAS0361::67::97.01493::1.8E-9::+	SAV0385::70::100.0::5.0E-11::+	MW0361::67::97.01493::1.8E-9::+	SA0370::70::100.0::5.0E-11::+		SACOL0455::70::97.14286::3.6E-10::+
5QSA00008_B_9	AAATTTTTGATGGTAAAGATCATAAATTTGATTATAGTCTATATGAACTTGCTAACAAGTTATCTATATA	21.43	32	112	MSSA476	SAS1626	6-phosphofructokinase		SAR1777::70::100.0::5.1E-11::+	SAS1626::70::100.0::5.1E-11::+	SAV1698::70::100.0::4.7E-11::+	MW1642::70::100.0::4.7E-11::+	SA1521::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL1746::70::100.0::5.1E-11::+
5QSA00008_C_1	GCGCAAAAGTAGATATATCGATAAAAAAATCAGTCGGCAAAATCTCATTTGAGTTTGAATCGCAAGATGA	34.29	32	95	MRSA252	SAR0357	putative DNA-binding protein		SAR0357::70::100.0::3.9E-11::+						
5QSA00008_C_10	ATATAATGTGAAAGAGGACTTTGATGGCGTATTAAATGAATTTGATAAAATTATTGGAGTCGACAGAATC	30.0	30	87	MSSA476	SAS1495	putative endonuclease		SAR1634::69::97.10145::5.5E-10::+	SAS1495::70::100.0::4.4E-11::+	SAV1557::70::100.0::4.4E-11::+	MW1509::70::100.0::4.4E-11::+	SA1386::70::100.0::4.4E-11::+		SACOL1614::70::97.14286::3.2E-10::+
5QSA00008_C_11	AAAATGAAAGTTATAAATGAATATAATTACTTTGACTACCATAAGAAAAGGTGGGGGCTCTTTGGGTATT	30.0	32	88	Mu50	SAV0804	hypothetical protein				SAV0804::70::100.0::3.9E-11::+				
5QSA00008_C_12	ACACAAAACAATAAATCATCAATTTGTGCAATCACCAGTCACATGTACTAAAGCAGAGTTTATAAAACGT	31.43	30	79	Mu50	SAV2582	similar to cobalamin synthesis related protein CobW		SAR2662::70::95.71428::8.5E-10::+	SAS2468::70::90.0::4.2E-8::+	SAV2582::70::100.0::4.4E-11::+	MW2502::70::90.0::4.2E-8::+	SA2368::70::100.0::4.4E-11::+		SACOL2598::70::91.42857::1.6E-8::+
5QSA00008_C_13	GATTAAATTTAGACTATCTTGATCTAGTGCTTATTCACCAACCTTATAATGATGTATATGGCTCATGGCG	34.29	30	85	MSSA476	SAS2101	aldo/keto reductase family protein		SAR2290::70::94.28571::2.1E-9::+	SAS2101::70::100.0::3.9E-11::+	SAV2200::70::95.71428::7.8E-10::+	MW2127::70::100.0::3.9E-11::+	SA2001::70::95.71428::7.8E-10::+		SACOL2192::70::95.71428::7.8E-10::+
5QSA00008_C_14	TATTGCTAAAGGTTTAGTGCCAATTATCGAACCAGAAGTTAATATTAATGCAAAAGACAAAGCTGAAATT	30.0	30	84	Mu50	SAV2606	fructose-bisphosphate aldolase		SAR2684::70::95.71428::8.5E-10::+	SAS2491::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV2606::70::100.0::4.4E-11::+	MW2525::70::98.57143::1.2E-10::+	SA2399::70::100.0::4.4E-11::+		SACOL2622::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00008_C_15	CTAGCAATATCTGAAGTTGTTAAACTTAACTTTACCGGTCTTCCTATACTACTTGCAGTCGGATTTGGGG	40.0	29	121	Mu50	SAV0841	similar to integral membrane protein		SAR0875::70::95.71428::7.8E-10::+	SAS0783::70::94.28571::2.1E-9::+	SAV0841::70::100.0::4.0E-11::+	MW0794::70::94.28571::2.1E-9::+	SA0773::70::100.0::4.0E-11::+		SACOL0913::70::94.28571::2.1E-9::+
5QSA00008_C_16	AACAGTGCGAAAGTTCAACTAGATAAAGAGATTAAAAAGAATAAAGGTAAACATAAGTTAGCTATTGCTT	28.57	31	72	MSSA476	SAS0284	putative exported protein		SAR0304::70::91.54929::3.4E-8::+	SAS0284::70::100.0::4.4E-11::+	SAV0307::70::91.54929::3.4E-8::+	MW0284::70::100.0::4.4E-11::+	SA0295::70::91.54929::3.4E-8::+		SACOL0303::70::91.54929::3.4E-8::+
5QSA00008_C_17	CATCTGAGAATGGTCAACAAAAGCTAGCTGCTATTAATGTAAAAGCATATATTGGTGATATATTAAAAGC	31.43	31	106	Mu50	SAV2442	similar to dTDP-glucose 4,6-dehydratase		SAR2532::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS2334::70::98.57143::1.1E-10::+	SAV2442::70::100.0::4.0E-11::+	MW2366::70::97.14286::2.9E-10::+	SA2231::70::100.0::4.0E-11::+		SACOL2446::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00008_C_18	CTGACAATAAACATAAGTCGTTACATCAAATGATTAATCATCAATTTGTGCAATCACCAGCCAAATGTAC	32.86	32	112	MSSA476	SAS2468	cobalamin synthesis protein/P47K family protein			SAS2468::70::100.0::4.4E-11::+		MW2502::70::100.0::4.4E-11::+			SACOL2598::70::97.14286::3.2E-10::+
5QSA00008_C_19	ATATATATCCAGGTGAATTAGGTATTGATGTCAAAGTAGGTCCATTAGCTGATGTGTTAGAAGGAGCGAA	37.14	30	73	Mu50	SAV2598	pantoate--beta-alanine ligase	panC	SAR2676::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS2483::70::98.57143::1.1E-10::+	SAV2598::70::100.0::4.0E-11::+	MW2517::70::98.57143::1.1E-10::+	SA2391::70::100.0::4.0E-11::+		SACOL2614::70::97.14286::2.9E-10::+
5QSA00008_C_2	TTATCACGACAAGCAATATGGAAAATGATTAAACAAAATGGCGTAAAGGCAAACATTAAAAAGACGTTAA	30.0	32	84	Mu50	SAV1497	site-specific recombinase	xerD	SAR1573::70::97.14286::3.1E-10::+	SAS1437::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV1497::70::100.0::4.3E-11::+	MW1451::70::98.57143::1.2E-10::+	SA1328::70::100.0::4.3E-11::+		SACOL1540::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00008_C_20	ATGGATACGGGTTGCTTGATAGTAATATTTATATGTCAAAAGAAATAGCACAAAAATTTTCAGAGATGGT	30.0	30	80	pLW043	VRA0042	D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase VanY	vanY						VRA0042::70::100.0::4.4E-11::+	
5QSA00008_C_21	AATTTTAACTATGATACAAAAACAATTTGATGTTAATATCAGTGAGTCTGAAATTATATATTTAACATTA	18.57	33	138	MSSA476	SAS1297	transcription antiterminator		SAR1369::70::100.0::4.0E-11::+	SAS1297::70::100.0::4.0E-11::+	SAV1357::70::100.0::4.0E-11::+	MW1244::70::100.0::4.0E-11::+	SA1191::70::100.0::4.0E-11::+		SACOL1393::70::100.0::4.0E-11::+
5QSA00008_C_22	TTATGTTAAAATTAACAATTCCTACTGAAGCTAACTTATACAAAGACTTAGCTGAGCATCCAAACGTTGT	31.43	29	88	MRSA252	SAR2684	fructose-bisphosphate aldolase class I	fda	SAR2684::70::100.0::4.4E-11::+						
5QSA00008_C_23	GAGTTAGTACCTTCTGTGAAAACAGCTGGTAAAATATTATATCGAGATCAAGACATTTTTGATCAAAAAT	30.0	31	90	MSSA476	SAS1327	ABC transporter ATP-binding protein		SAR1399::70::91.42857::1.5E-8::+	SAS1327::70::100.0::4.0E-11::+	SAV1386::70::100.0::4.0E-11::+	MW1274::70::100.0::4.0E-11::+	SA1218::70::100.0::4.0E-11::+		SACOL1421::70::100.0::4.0E-11::+
5QSA00008_C_24	CTACGTTGAAAAAGTTAATATTGATGGAAGTATTCTAATTTCAGAAATGAACTGGATTGGTGAATATATC	28.57	31	86	MSSA476	SAS0257	putative exported protein		SAR0278::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS0257::70::100.0::4.5E-11::+	SAV0281::70::100.0::4.4E-11::+	MW0257::70::100.0::4.4E-11::+	SA0270::70::100.0::4.4E-11::+		SACOL0270::70::100.0::4.4E-11::+
5QSA00008_C_3	TATCATGAGATTGAAATGATAATGACAACAGTTGATTTAAATGATCGTTTAACTTTTCATAAAAGAAAAG	24.29	33	110	MSSA476	SAS0452	conserved hypothetical protein		SAR0496::70::100.0::3.9E-11::+	SAS0452::70::100.0::3.9E-11::+	SAV0495::70::100.0::3.9E-11::+	MW0450::70::100.0::3.9E-11::+	SA0453::70::100.0::3.9E-11::+		SACOL0538::70::100.0::3.9E-11::+
5QSA00008_C_4	ATCAATATTCTTGGTGCATTCCATCAGCAATATCCAAATGTTACATATAATTTAATAGAAAATGGCGGCA	31.43	32	97	Mu50	SAV2542	similar to transcription regulator		SAR2622::70::95.71428::8.3E-10::+	SAS2428::70::95.71428::8.3E-10::+	SAV2542::70::100.0::4.3E-11::+	MW2463::70::95.71428::7.4E-10::+	SA2330::70::100.0::4.3E-11::+		SACOL2555::70::95.71428::8.4E-10::+
5QSA00008_C_5	AGATGTACGCTATTTATATGATTATAATGAGCAAGAATTAATAGACTTGGCACAAAAGGCACAAATATTA	28.57	31	94	Mu50	SAV0921	hypothetical protein		SAR0884::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS0792::69::100.0::6.8E-11::+	SAV0921::70::100.0::3.9E-11::+	MW0804::69::100.0::6.8E-11::+	SA0782::70::100.0::3.9E-11::+		SACOL0924::69::100.0::6.8E-11::+
5QSA00008_C_6	ACTGCGTTGTATCAGCTTAAAAATGAACAAATTGAATATAAAAATGATGTAGAGAGCTACTTTTTAACAT	27.14	32	90	Mu50	SAV2624	putative two-component sensor histidine kinase		SAR2702::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS2510::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV2624::70::100.0::4.3E-11::+	MW2544::70::98.57143::1.2E-10::+	SA2417::70::100.0::4.3E-11::+		SACOL2645::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00008_C_7	ATTTATGAATACATTCGAGTATATAATGGTAAGTTATTTACAGTAACAGAACATTATGAAAGATTTTTAC	22.86	33	109	MSSA476	SAS1676	putative D-alanine aminotransferase		SAR1835::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS1676::70::100.0::3.9E-11::+	SAV1750::70::100.0::3.9E-11::+	MW1693::70::100.0::3.9E-11::+	SA1571::70::100.0::3.9E-11::+		SACOL1800::70::100.0::3.9E-11::+
5QSA00008_C_8	GATATTAGAAAAGTTTATTTTAAAATTCGTAATAAAAATAATAAACTCATCGAACGATTTAATGGTCTAG	21.43	32	112	MSSA476	SAS2146	acetyltransferase (GNAT) family protein		SAR2340::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS2146::70::100.0::4.3E-11::+	SAV2255::70::100.0::5.2E-11::+	MW2174::70::100.0::4.3E-11::+	SA2052::70::100.0::5.2E-11::+		SACOL2245::70::100.0::4.3E-11::+
5QSA00008_C_9	TAATAATTTGGTGGTAACAATTTATCATCAAGATAAGAAAGTCTATCAAAATATTATTAAATTTGCGCGA	24.29	32	127	MSSA476	SAS2571	conserved hypothetical protein		SAR2768::69::100.0::6.8E-11::+	SAS2571::70::100.0::3.9E-11::+	SAV2686::70::100.0::3.9E-11::+	MW2605::70::100.0::3.9E-11::+	SA2478::70::100.0::3.9E-11::+		SACOL2710::70::100.0::3.9E-11::+
5QSA00008_D_1	GTTAAATGATATGAATATCATTCCAGGCTATTATGGCGTAAATAGTATAGATCTGATGAATGATTTATAC	28.57	31	130	MSSA476	SAS1055	putative exported protein		SAR1094::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS1055::70::100.0::4.7E-11::+	SAV1121::70::100.0::4.7E-11::+	MW1003::70::100.0::4.7E-11::+	SA0969::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL1130::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_D_10	ATAAAAAGTAAAGATTCTGTATTAGAACAGGCATCATTACACTTATTGTCTTCTGGTGGTAAAAGAGTAC	31.43	32	94	MSSA476	SAS1411	putative heptaprenyl diphosphate synthase component II		SAR1479::70::100.0::5.1E-11::+	SAS1411::70::100.0::5.1E-11::+	SAV1470::70::100.0::5.1E-11::+	MW1359::70::100.0::5.1E-11::+	SA1302::70::100.0::5.1E-11::+		SACOL1510::70::100.0::5.1E-11::+
5QSA00008_D_11	AGCACCGCAACAAACAGCAAATGCGACAACACCGCCTTCAACTAAAGTGACAACACCTCCATCAACAAAC	47.14	32	36	COL	SACOL0472	exotoxin, putative								SACOL0472::70::100.0::4.7E-11::+
5QSA00008_D_12	CAGGTATTCATGATGAAAATGAAGCCATTCAATCATTATTTACAGGTAATGTTACTGTAGTCATTTATAC	30.0	31	105	COL	SACOL2028	fructokinase, putative		SAR2127::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS1945::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV2040::70::100.0::5.1E-11::+	MW1964::70::98.57143::1.3E-10::+	SA1845::70::100.0::5.1E-11::+		SACOL2028::70::100.0::5.1E-11::+
5QSA00008_D_13	TTATTTTAAATATCATTATCAATCCAGAAGTATTTACTATTCACTTTTACAATAATCAATCATTTAACTA	18.57	35	113	MSSA476	SAS0585	putative membrane protein			SAS0585::70::100.0::4.8E-11::+	SAV0617::70::100.0::4.8E-11::+	MW0581::70::100.0::4.4E-11::+	SA0574::70::100.0::4.8E-11::+		SACOL0675::70::100.0::4.4E-11::+
5QSA00008_D_14	TCATACATTTTTTGCAGATGATGTAGGTTCAGCAGGTACAGATATGACATTCTTTGATTTTCCAAATATT	31.43	31	82	Mu50	SAV2519	similar to glyoxylase family protein		SAR2599::70::92.85714::6.7E-9::+	SAS2404::70::94.28571::2.5E-9::+	SAV2519::70::100.0::5.1E-11::+	MW2439::70::94.28571::2.5E-9::+	SA2307::70::100.0::5.1E-11::+		SACOL2530::70::94.28571::2.5E-9::+
5QSA00008_D_15	AATGGTATTAAATACGTAAAAACAATTCAACAAACATTTATCGATAACGACAAAAAACATAAAGCAGATT	24.29	32	92	Mu50	SAV0631	lipoprotein		SAR0641::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS0597::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV0631::70::100.0::4.8E-11::+	MW0593::70::98.57143::1.3E-10::+	SA0587::70::100.0::4.8E-11::+		SACOL0688::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_D_16	CAAGCGTTGTTCGATAAATCTGTTAAAATATTAGAAGATACATTTGATTCAATTAAATATTTATTAGAAG	22.86	32	110	Mu50	SAV2602	L-lactate dehydrogenase		SAR2680::70::90.0::4.6E-8::+	SAS2487::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV2602::70::100.0::5.1E-11::+	MW2521::70::98.57143::1.3E-10::+	SA2395::70::100.0::5.1E-11::+		SACOL2618::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_D_17	TTATACAGATTTAACTGAACAAAATACCCATCATTTAAAAGACTTAGGATTTATAGTACATCCTTATACA	25.71	33	119	MSSA476	SAS0829	putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase		SAR0921::70::100.0::4.8E-11::+	SAS0829::70::100.0::4.8E-11::+	SAV0959::70::100.0::4.8E-11::+	MW0841::70::100.0::4.8E-11::+	SA0820::70::100.0::4.8E-11::+		SACOL0962::70::100.0::4.8E-11::+
5QSA00008_D_18	CGTGACAGCGATCGAAAAGAATTTGAAGAATGTATTCAAATTATTAGAAAGTCTGACAGTATTAATGAAT	30.0	32	111	MSSA476	SAS1411	putative heptaprenyl diphosphate synthase component II			SAS1411::70::100.0::5.1E-11::+		MW1359::70::100.0::5.1E-11::+			
5QSA00008_D_19	ACTGAAAGAAAAAGTTATACCTAACGTTATGGAAACATTAAATGATGGTGCATTACATATCGCTGAAGAA	31.43	31	84	MSSA476	SAS1605	hypothetical protein		SAR1756::70::97.14286::3.4E-10::+	SAS1605::70::100.0::4.8E-11::+	SAV1676::70::100.0::4.8E-11::+	MW1620::70::100.0::4.8E-11::+	SA1500::70::100.0::4.8E-11::+		SACOL1723::70::97.14286::3.4E-10::+
5QSA00008_D_2	TTAGTTGCATTTTTAAATGGTTTAGCATTAATTGTAATTTCAATCTGGATTTTATATGAAGCTATTGTAC	24.29	32	107	Mu50	SAV0168	similar to cation-efflux system membrane protein CzcD		SAR0170::70::97.14286::3.6E-10::+	SAS0143::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV0168::70::100.0::5.1E-11::+	MW0143::70::98.57143::1.3E-10::+	SA0163::70::100.0::5.1E-11::+		SACOL0155::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_D_20	TGCTGAACTTGAAGAAATGCACTCAACTATTATGAGAAGAAAAAATATGGAAAACAATCCATTATCTCTA	30.0	32	75	pLW043	VRA0001	replication initiator protein	repA						VRA0001::70::100.0::5.1E-11::+	
5QSA00008_D_21	TAATAGTGATTCTAAAATTTTAGTTGTAGGTGCTGAAAAAGATAAAGTCGGCGAAGCATTCAATGTTCAA	31.43	30	69	Mu50	SAV1919	putative manganese-dependent inorganic pyrophosphatase		SAR2012::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS1843::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV1919::70::100.0::4.8E-11::+	MW1860::70::98.57143::1.3E-10::+	SA1735::70::100.0::4.8E-11::+		SACOL1982::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_D_22	TCGGTTTGTCAATGTTGGCAATTTATTTTGCTAGTAAGAAGCCGACTGCACGCTACACATTCGGATATTT	40.0	28	78	MRSA252	SAR0170	putative cation efflux system protein		SAR0170::70::100.0::5.1E-11::+						
5QSA00008_D_23	CAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGTCAAGGTGCAGAAATCATC	31.43	31	90	Mu50	SAV2419	gamma-hemolysin chain II precursor	hlgA	SAR2509::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS2310::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV2419::70::100.0::4.8E-11::+	MW2342::70::98.57143::1.3E-10::+	SA2207::70::100.0::4.8E-11::+		SACOL2419::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_D_24	AAAGCTGTGAAAGATAATAAAGTATATGATGTTGATCGAAATAAGTGGTTGCAATCAAGAGGTATTATGG	31.43	32	83	MRSA252	SAR1011	transport system extracellular binding lipoprotein		SAR1011::70::100.0::5.1E-11::+						
5QSA00008_D_3	AAAAAATAAATAGAGATGTTAAGTTAACATCAATTCAAACTTTAGAAGATGTGAAAGGATGGAATGAAAA	24.29	33	96	MSSA476	SAS1164	putative malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase		SAR1206::70::100.0::4.7E-11::+	SAS1164::70::100.0::4.7E-11::+	SAV1230::70::100.0::4.7E-11::+	MW1113::70::100.0::4.7E-11::+	SA1073::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL1244::70::100.0::4.7E-11::+
5QSA00008_D_4	GGCAAATTGTAGATGAAACAGCATTAATCGATGCACTAGACAATAAAGAAATTTTAGCATGTGGTTTAGA	32.86	29	95	Mu50	SAV0930	similar to glycerate dehydrogenase		SAR0892::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS0800::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV0930::70::100.0::5.1E-11::+	MW0812::70::98.57143::1.3E-10::+	SA0791::70::100.0::5.1E-11::+		SACOL0932::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_D_5	TATTTATTACAGTATTTATGCTGTAGGGTTCACACTATTTATCTTTACCTTAATCATGAATTTACTTTCT	25.71	32	87	MSSA476	SAS1329	ABC transporter permease protein		SAR1401::70::97.14286::3.4E-10::+	SAS1329::70::100.0::4.7E-11::+	SAV1388::70::100.0::4.7E-11::+	MW1276::70::100.0::4.7E-11::+	SA1220::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL1423::70::100.0::4.7E-11::+
5QSA00008_D_6	GTCCTTATATATATTTAAATAATGAAGAACTTGCCAATATCAATCCAAAAGTTATGATTTTAGCCACTGA	27.14	31	94	MSSA476	SAS0973	transport system extracellular binding lipoprotein		SAR1011::67::94.02985::1.3E-8::+	SAS0973::70::100.0::5.1E-11::+	SAV1038::70::100.0::5.1E-11::+	MW0921::70::100.0::5.1E-11::+	SA0891::70::100.0::5.1E-11::+		SACOL1045::70::100.0::5.1E-11::+
5QSA00008_D_7	TTAAATGGATTAGAGGTAATATAGATACACGATTAGAAAAGTTACAAACTGAAGATTATGATGCGATTAT	27.14	31	78	MSSA476	SAS1599	porphobilinogen deaminase		SAR1750::70::100.0::4.7E-11::+	SAS1599::70::100.0::4.7E-11::+	SAV1670::70::100.0::4.7E-11::+	MW1614::70::100.0::4.7E-11::+	SA1494::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL1717::70::100.0::4.7E-11::+
5QSA00008_D_8	ACTACCAATTGCATTGGACTTCAACAAATTGGAAAGGTACCAATACTAAAGATAAATGGACAGATCGTTC	35.71	31	90	Mu50	SAV1163	alpha-hemolysin precursor		SAR1136::70::95.71428::9.5E-10::+	SAS1097::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV1163::70::100.0::5.1E-11::+	MW1044::70::98.57143::1.3E-10::+	SA1007::70::100.0::5.1E-11::+		SACOL1173::70::97.14286::3.6E-10::+
5QSA00008_D_9	ACCATTTCAAATCGTAGGCATCATTCTTATTATGATTTTAATTTTATTACTATCACTTAAAAGACAACCT	25.71	30	94	MSSA476	SAS2420	putative membrane protein		SAR2614::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS2420::70::100.0::4.7E-11::+	SAV2534::70::100.0::4.7E-11::+	MW2455::70::100.0::4.7E-11::+	SA2322::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL2548::70::100.0::5.1E-11::+
5QSA00008_E_1	GCTTAAGAGAAAATGTTTTACAAGTTATTTCAAGTATAAAAGGTATAGGTTCTTGGACAGTGCAAATGTT	30.0	31	85	MRSA252	SAR0983	hypothetical protein		SAR0983::70::100.0::4.0E-11::+						
5QSA00008_E_10	AACATTTCAAACCAATTCAGTCATGCAATCATGATTTTCTTATTTTAAATATGAAGGGTGAAGCAATCAC	30.0	32	99	Mu50	SAV1252	site-specific recombinase XerC homolog	xerC	SAR1228::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS1186::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV1252::70::100.0::4.4E-11::+	MW1135::70::98.57143::1.2E-10::+	SA1095::70::100.0::4.4E-11::+		SACOL1269::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00008_E_11	TTCCAAGTAATGAATGATAAGAATATTGAAGCATGTACGTCTTTGAAAATTCGATTTTTAAATAATCTAG	25.71	32	99	Mu50	SAV2203	hypothetical protein		SAR2293::70::92.85714::5.6E-9::+		SAV2203::70::100.0::4.0E-11::+		SA2004::70::100.0::4.0E-11::+		SACOL2195::70::92.85714::5.6E-9::+
5QSA00008_E_12	GCTAAACTATACTGCTAATACTGATGTTGTTTCTACACTTTTTTCTACTAAGAAAAACTTTACTAAAGAC	28.57	33	79	Mu50	SAV1487	hypothetical protein			SAS1430::70::90.0::4.4E-8::+	SAV1487::70::100.0::4.4E-11::+	MW1444::70::90.0::4.4E-8::+	SA1318::70::100.0::4.4E-11::+		
5QSA00008_E_13	TCCAAAGTGTAAGAAAATTATGTACACAAAAGAATTAGCTGAAAATTTAAATGTGTGCTTTAATTGTGAT	25.71	33	99	MSSA476	SAS1628	acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta		SAR1779::70::100.0::4.0E-11::+	SAS1628::70::100.0::4.0E-11::+	SAV1701::70::100.0::4.0E-11::+	MW1644::70::100.0::4.0E-11::+	SA1523::70::100.0::4.0E-11::+		SACOL1748::70::100.0::4.0E-11::+
5QSA00008_E_14	GTATTGGGTTTGTTTACTCTGAAAATTATTTTAATGAGAGATGGACTACGAAGCAACTTGAAAAAATGAT	30.0	31	89	Mu50	SAV1933	similar to ABC transporter (ATP-binding protein)		SAR2025::70::97.14286::3.2E-10::+	SAS1857::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV1933::70::100.0::4.4E-11::+	MW1874::70::98.57143::1.2E-10::+	SA1747::70::100.0::4.4E-11::+		SACOL1996::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00008_E_15	ATCCTTTGGATATAAACAGGGTCATCTTGAACCGATATTTATTTTAGGTAAAAATAATAAACAAAAAAGA	25.71	31	96	MSSA476	SAS1669	conserved hypothetical protein		SAR1821::70::100.0::4.0E-11::+	SAS1669::70::100.0::4.0E-11::+	SAV1743::70::100.0::4.0E-11::+	MW1686::70::100.0::4.0E-11::+	SA1564::70::100.0::4.0E-11::+		SACOL1793::70::100.0::4.0E-11::+
5QSA00008_E_16	AATAAAGAAGATCAGCAAGTCCCGTTAGCAGTTCGAAAGGCAATACCACAATTGACAAAAGTAATAAAAA	34.29	31	68	Mu50	SAV0191	hypothetical protein		SAR0192::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS0166::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV0191::70::100.0::4.5E-11::+	MW0165::70::98.57143::1.2E-10::+	SA0185::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL0177::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00008_E_17	AATTTATCTATTCAGTTCTAATTTAGAAAAAATAACAGCATTTAGAGATGAATTAAAGCAAAATCATGTG	22.86	32	112	MSSA476	SAS2053	haloacid dehalogenase-like hydrolase		SAR2240::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS2053::70::100.0::4.0E-11::+	SAV2152::70::100.0::4.0E-11::+	MW2078::70::100.0::4.0E-11::+	SA1957::70::100.0::4.0E-11::+		SACOL2143::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00008_E_18	AATATTTTTGGTCAATTATTGAAAATTTAAAAGAAGATAATCGAACGATACTCTATACATCGCACTATAT	24.29	30	86	MSSA476	SAS1259	ABC transporter ATP-binding protein			SAS1259::70::100.0::4.6E-11::+		MW1206::70::100.0::4.5E-11::+	SA1156::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL1352::70::100.0::4.6E-11::+
5QSA00008_E_19	GTGTATTCTTACAAAAAGAACCGGATAATCCTTATGATGAAAACGCGATAAAAGTTATGATTTCAAATGA	30.0	30	86	Mu50	SAV1999	hypothetical protein				SAV1999::70::100.0::4.0E-11::+				
5QSA00008_E_2	AAAAAAGTTTAGGACAGAACTTTTTGATAGATGTGAATATCATTAATAATATCATTGATGCAAGTGATAT	24.29	32	92	MSSA476	SAS0450	ribosomal RNA adenine dimethylase		SAR0494::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS0450::70::100.0::4.4E-11::+	SAV0493::70::100.0::4.4E-11::+	MW0448::70::100.0::4.4E-11::+	SA0451::70::100.0::4.4E-11::+		SACOL0536::70::100.0::4.4E-11::+
5QSA00008_E_20	AATATATTATAGAAATGTTGAAAAATGTTAAGACACCAGTATTTTTAGTATTAAATAAAATAGATTTAGT	17.14	33	119	MSSA476	SAS1505	putative GTP-binding protein		SAR1644::70::100.0::4.5E-11::+	SAS1505::70::100.0::4.5E-11::+	SAV1567::70::100.0::4.5E-11::+	MW1519::70::100.0::4.5E-11::+	SA1396::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL1624::70::100.0::4.5E-11::+
5QSA00008_E_21	TAAAGGTACTAATTTTAAGCGATTATTAAAATCACTGTCTCCTTATGTCAAAGTAAAAAATGATGTAAAC	25.71	31	105	MSSA476	SAS0293	putative ROK family protein		SAR0313::70::100.0::4.1E-11::+	SAS0293::70::100.0::4.1E-11::+	SAV0316::70::100.0::4.1E-11::+	MW0293::70::100.0::4.1E-11::+	SA0305::70::100.0::4.1E-11::+		SACOL0313::70::100.0::4.1E-11::+
5QSA00008_E_22	TTGAAGAATTATGTGATGATGTTTGTATTTTAGATAAAGGTCAACTTGTTGTTTCTGGTGATATCAATCA	28.57	31	88	MSSA476	SAS2233	ABC transporter ATP-binding protein		SAR2427::70::100.0::4.5E-11::+	SAS2233::70::100.0::4.5E-11::+	SAV2341::70::100.0::4.5E-11::+	MW2261::70::100.0::4.5E-11::+	SA2132::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL2335::70::100.0::4.5E-11::+
5QSA00008_E_23	TAAAACATGCTGATATTGATTTAGAAGCTAAAAATGCAGTTGTAATTGGACGAAGTCATATTGTCGGACA	32.86	31	98	Mu50	SAV1063	FolD bifunctional protein	folD	SAR1037::70::97.14286::3.0E-10::+	SAS0999::70::97.14286::3.0E-10::+	SAV1063::70::100.0::4.1E-11::+	MW0946::70::97.14286::3.0E-10::+	SA0915::70::100.0::4.1E-11::+		SACOL1072::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00008_E_24	ATTAGCAGGTATTGAAAGTAGAATACCTGTTGATGAAGTTATTGAAGCAATGGATAAGGTTGGTCGTAAC	35.71	30	82	Mu50	SAV2530	putative L-serine dehydratase		SAR2610::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS2416::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV2530::70::100.0::4.5E-11::+	MW2451::70::98.57143::1.2E-10::+	SA2318::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL2544::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00008_E_3	AAATTAAGTGATGATATTCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACA	21.43	32	101	MSSA476	SAS0319	putative lipoprotein		SAR0340::70::97.14286::2.9E-10::+	SAS0319::70::100.0::4.0E-11::+	SAV0343::70::100.0::4.0E-11::+	MW0319::70::100.0::4.0E-11::+	SA0331::70::100.0::4.0E-11::+		SACOL0414::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00008_E_4	CGATTTAAATTATTATCTTGATTCATTTGAAAATGATTCAGATGAAATAGTTACCGCATCACTTAAAATC	25.71	33	155	Mu50	SAV1982	hypothetical protein		SAR2082::70::98.57143::1.1E-10::+,SAR2031::70::98.57143::3.4E-10::-	SAS1903::70::98.57143::1.2E-10::+,SAS1862::70::98.57143::3.4E-10::-	SAV1982::70::100.0::4.4E-11::+	MW1920::70::98.57143::1.2E-10::+	SA1791::70::100.0::4.4E-11::+		
5QSA00008_E_5	GAAAAAAATATATACTTGCCTTGTATATGGCAAAACCCATACATCTGGTATTATTGAAGCTAATATTAGA	28.57	34	106	Mu50	SAV1008	hypothetical protein		SAR0975::70::97.14286::2.9E-10::+	SAS0877::70::98.57143::1.1E-10::+	SAV1008::70::100.0::4.0E-11::+	MW0889::70::98.57143::1.1E-10::+	SA0866::70::100.0::4.0E-11::+		SACOL1012::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00008_E_6	AAAAAGCAAACATACAAACCTCATGTTAAACAATCAAAAGAAAAAACGCCTAAATGGCTCACAGACGGCA	35.71	32	58	MSSA476	SAS1903	putative phage regulatory protein			SAS1903::70::100.0::4.4E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-		MW1920::70::100.0::4.4E-11::+			
5QSA00008_E_7	ATAAATATGTTGATACCGTTTCAACAAAATCTTCATTACGACGTATTATTAGCGAAGCCATAGAGCTATC	32.86	31	96	Mu50	SAV1325	hypothetical protein		SAR1335::70::97.14286::2.9E-10::+	SAS1265::70::97.14286::2.9E-10::+	SAV1325::70::100.0::4.0E-11::+	MW1212::70::97.14286::2.9E-10::+	SA1161::70::100.0::4.0E-11::+		SACOL1358::70::97.14286::2.9E-10::+
5QSA00008_E_8	ATTTGTAAAACTGGATACTCTAATATCCGGTAATAGCCGGTTAAATCGACATAGGATGTCACTAGCTATT	35.71	30	93	COL	SACOL0132	replication initiation protein, degenerate								SACOL0132::70::100.0::4.4E-11::+
5QSA00008_E_9	TTTTATAAGAATATGAAGACTGAAGGAAAATACTTCAAATACTTTGTGTATAAAGATGACAGTAAACATT	24.29	33	103	Mu50	SAV1775	similar to glucosaminidase		SAR1857::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS1698::70::98.57143::1.1E-10::+	SAV1775::70::100.0::4.0E-11::+	MW1715::70::98.57143::1.1E-10::+	SA1593::70::100.0::4.0E-11::+		SACOL1825::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00008_F_1	CATTTTCAGTAGGTACTATATGCTTAATCGTCTTAAATATTTTTATAAATCCTGACGTTTTCTCATTACA	27.14	31	93	MRSA252	SAR0626	putative membrane protein		SAR0626::70::100.0::4.8E-11::+						
5QSA00008_F_10	ATTAAAGAGATTAGGTTTAATGATTCCGTTACTAATTTTAATTTCTATTGTTGTATTTTCATTAGCTATC	22.86	34	93	MSSA476	SAS0864	putative oligopeptide transport system permease protein		SAR0959::69::91.30435::2.8E-8::+	SAS0864::70::100.0::5.1E-11::+		MW0876::70::100.0::5.1E-11::+			
5QSA00008_F_11	TTTATCTGTTAATAATGTTTTTGGAAATATCTTTAACACTGGTAATCTTGGTCAAAAGTCTAGTAAAACG	27.14	32	92	Mu50	SAV2162	hypothetical protein		SAR2253::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS2064::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV2162::70::100.0::4.8E-11::+	MW2089::70::98.57143::1.3E-10::+	SA1966::70::100.0::4.8E-11::+		SACOL2152::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_F_12	AAATATATCACACATTTTTACCTGCATTCACTTTAGGTTTATTATCTACTGCTGGTTATATTCAATATTT	25.71	32	93	COL	SACOL0999	oligopeptide ABC transporter, permease protein			SAS0864::70::92.85714::6.7E-9::+	SAV0994::70::92.85714::6.7E-9::+	MW0876::70::92.85714::6.7E-9::+	SA0853::70::92.85714::6.7E-9::+		SACOL0999::70::100.0::5.1E-11::+
5QSA00008_F_13	CTGAATGCGCAAGAAGCACAAACAGGATATGTCAATTTAAATAATTATGATGAATTATTCAATCAAATTG	28.57	31	114	Mu50	SAV2193	tagatose-6-phosphate kinase	lacC	SAR2284::70::97.14286::3.4E-10::+	SAS2094::70::97.14286::3.4E-10::+	SAV2193::70::100.0::4.8E-11::+	MW2119::70::97.14286::3.4E-10::+	SA1995::70::100.0::4.8E-11::+		SACOL2184::70::95.71428::9.1E-10::+
5QSA00008_F_14	CGTATTTATTATTCAACCAACATCATATCCTGTGAATCTACATTTAATGGAATTATTAATTATGATTGAT	24.29	32	107	COL	SACOL0544	ribose-phosphate pyrophosphokinase	prsA	SAR0501::70::100.0::5.1E-11::+	SAS0457::69::100.0::8.8E-11::+	SAV0500::70::100.0::5.1E-11::+	MW0455::69::100.0::8.8E-11::+	SA0458::70::100.0::5.1E-11::+		SACOL0544::70::100.0::5.1E-11::+
5QSA00008_F_15	ACTAAAGGACATCGTTGATGAAAACGAAAGAATATTAACCGAATACAGTAAATCAATTAATAAGACGGAA	30.0	31	81	Mu50	SAV0849	hypothetical protein				SAV0849::70::100.0::4.8E-11::+				
5QSA00008_F_16	GTAAAAGAAGCAATTCAAGAATACTATCCAAATTTTACATTAGATTATGATGTTGATCCTATTAGACAAG	27.14	31	112	Mu50	SAV0553	UDP-glucose 4-epimerase related protein			SAS0511::70::97.14286::3.6E-10::+	SAV0553::70::100.0::5.1E-11::+	MW0508::70::97.14286::3.6E-10::+	SA0511::70::100.0::5.1E-11::+		SACOL0599::70::97.14286::3.6E-10::+
5QSA00008_F_17	GCGTGCTTATAACATCATTAAATGAATTAGATGCTGCCTTAGAGGGTAAAGTAGGTACTGTGATTAAAAA	34.29	31	83	MSSA476	SAS1103	putative carbamate kinase		SAR1143::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS1103::70::100.0::4.8E-11::+	SAV1170::70::98.57143::1.3E-10::+	MW1051::70::100.0::4.8E-11::+	SA1013::70::98.57143::1.3E-10::+		SACOL1182::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_F_18	GAATTATCATTAATTTTTATAGGTTTAGTATTCGTAATTGAAACATTATCTGTTATGTTACAAGTCGCTA	24.29	32	92	COL	SACOL1195	phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase	mraY	SAR1158::70::100.0::5.1E-11::+	SAS1116::70::98.57143::1.4E-10::+	SAV1182::70::100.0::5.1E-11::+	MW1065::70::98.57143::1.4E-10::+	SA1025::70::100.0::5.1E-11::+		SACOL1195::70::100.0::5.1E-11::+
5QSA00008_F_19	TGCAGAAGCACGAGCACTACTCGATGAATTTGAAGCCCAAATGGACGAAGACGTTAAAATTGAATTATAG	40.0	29	79	COL	SACOL0067	conserved hypothetical protein		SAR0099::70::95.71428::9.9E-10::+	SAS0059::70::95.71428::9.9E-10::+	SAV0089::70::95.71428::9.9E-10::+	MW0059::70::95.71428::9.9E-10::+	SA0085::70::95.71428::9.9E-10::+		SACOL0067::70::100.0::4.8E-11::+,SACOL0059::70::97.14286::1.3E-10::+
5QSA00008_F_2	GTGCAGAAGAACAAGCATTATTCGACAAATCAGTTAAAACATTAGAAGATACTTTCGATTCAATTAAATA	28.57	30	89	MRSA252	SAR2680	L-lactate dehydrogenase 2	ldh2	SAR2680::70::100.0::5.1E-11::+	SAS2487::70::90.0::4.6E-8::+		MW2521::70::90.0::4.6E-8::+			SACOL2618::70::90.0::4.6E-8::+
5QSA00008_F_20	TTTAATGACCTAATTACAAAATTTACAACTGGTAACAATGAAGCAGTGGATTCAATCATTGATTTGCGAT	30.0	30	79	MSSA476	SAS1068	iron/heme permease		SAR1107::70::95.71428::9.6E-10::+	SAS1068::70::100.0::5.1E-11::+		MW1016::70::100.0::5.1E-11::+			SACOL1144::70::97.14286::3.6E-10::+
5QSA00008_F_21	AGATGTAACACATCAAGTTTTAGCCGACAATCACGTGATTGAACGCTTTGAAAGTATCAATAATCCTGTT	35.71	30	124	Mu50	SAV0243	similar to inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase		SAR0236::70::95.71428::9.1E-10::+	SAS0219::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV0243::70::100.0::4.8E-11::+	MW0219::70::98.57143::1.3E-10::+	SA0234::70::100.0::4.8E-11::+		SACOL0225::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_F_22	ATCAATAAAAAAGAAACATTTTTAACTGATATGCTTGAAGGATTGTTAATTGCGCACCCAGAGTTAGATC	31.43	30	91	MSSA476	SAS0615	putative dihydroxyacetone kinase			SAS0615::70::100.0::5.1E-11::+	SAV0650::70::100.0::5.1E-11::+	MW0612::70::100.0::5.1E-11::+	SA0605::70::100.0::5.1E-11::+		SACOL0707::70::100.0::5.1E-11::+
5QSA00008_F_23	TATTACGAATGATGTTGGTTATATTGTGACAAAAGATGATATGACAACATCAGTACCAGGTATTTTTGCA	31.43	32	131	Mu50	SAV0764	thioredoxine reductase	trxB	SAR0818::70::97.14286::3.4E-10::+	SAS0729::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV0764::70::100.0::4.8E-11::+	MW0726::70::98.57143::1.3E-10::+	SA0719::70::100.0::4.8E-11::+		SACOL0829::70::97.14286::3.4E-10::+
5QSA00008_F_24	AACCGGGTGGTGGCACAACGGACTACGCAGTTGAAATTTACTTCAAGGCTGTAAGAGAAGGACATTATAC	45.71	29	77	MRSA252	SAR0558	conserved hypothetical protein		SAR0558::70::100.0::5.1E-11::+						
5QSA00008_F_3	CTAAAGAATGTAATGAAATAACTATGCAGAATTTTCAACAGTTTATGGTTGAAAACGAAAATACGATTGA	27.14	32	94	MSSA476	SAS0047	hypothetical protein			SAS0047::70::100.0::4.8E-11::+					
5QSA00008_F_4	ATGCTTAAATTAATACTTAAAAGGTTAGGGTTAATGATCCCGTTACTAATTTTAATCTCAATAGTTGTAT	25.71	34	132	Mu50	SAV0994	probable oligopeptide transport system permease protein	oppB	SAR0959::70::95.71428::3.2E-10::+		SAV0994::70::100.0::5.1E-11::+		SA0853::70::100.0::5.1E-11::+		SACOL0999::70::97.14286::3.6E-10::+
5QSA00008_F_5	GATTTATTCCAGGCACTTTGAATACAGAAATCTATGACAGTATTATTAAAGTAGGAAATGATACAGCGAT	31.43	31	106	MSSA476	SAS0470	putative O-acetylserine (thiol)-lyase		SAR0514::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS0470::70::100.0::4.8E-11::+	SAV0513::70::100.0::4.8E-11::+	MW0468::70::100.0::4.8E-11::+	SA0471::70::100.0::4.8E-11::+		SACOL0557::70::100.0::4.8E-11::+
5QSA00008_F_6	ACTCTAAAGAAAATACATTAATTTCTTCTAAAGCTGGAGATGTAACAGTTGCAGATACAATGAAAAAAAT	27.14	30	92	Mu50	SAV1841	peptidyl-prolyl cis/trans isomerase	prsA	SAR1932::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS1762::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV1841::70::100.0::5.1E-11::+	MW1782::70::98.57143::1.3E-10::+	SA1659::70::100.0::5.1E-11::+		SACOL1897::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_F_7	GACCAGGCTTAGAGATGGCAGGTTATTTTTCACATTATGCGTCAGATAGAATACAACTATTAGGAACAAC	38.57	30	72	Mu50	SAV0760	HPr kinase/phosphorylase	hprK	SAR0814::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS0725::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV0760::70::100.0::4.8E-11::+	MW0722::70::98.57143::1.3E-10::+	SA0715::70::100.0::4.8E-11::+		SACOL0825::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_F_8	TGGTGAATCCTATCTTTACCAGAAAAGATAACCAAGTAATCGTGAATGTCGCTGTGAAATATTTAGATCA	34.29	29	76	Mu50	SAV0399	hypothetical protein				SAV0399::70::100.0::5.1E-11::+				
5QSA00008_F_9	TTTAATTAAGGATTTATCAATAGTAAAAGTTTATTCATCTTATATTAATCCTCCTAATAATAGATATAAC	18.57	35	138	MRSA252	SAR2101	putative exonuclease		SAR2101::70::100.0::4.8E-11::+				SA1806::70::100.0::4.8E-11::+		
5QSA00008_G_1	ACGTGAAGCCATCAAAGAAACAGTTAAAGGTAAAATTAAAGAGTTCGGTACTTCAAACCGCGCTAAATAA	35.71	30	75	Mu50	SAV2125	fructose-bisphosphate aldolase	fbaA	SAR2213::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS2028::70::98.57143::1.1E-10::+	SAV2125::70::100.0::4.1E-11::+	MW2049::70::98.57143::1.1E-10::+	SA1927::70::100.0::4.1E-11::+		SACOL2117::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00008_G_10	TAGAAAAATTATATGTATTTACAAAAGCAGCGTCATCTTTAACAGGAGATAATGCAACAATTCCAAATCA	28.57	30	95	MSSA476	SAS0838	fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase family protein		SAR0930::70::97.14286::3.2E-10::+	SAS0838::70::100.0::4.5E-11::+	SAV0968::70::100.0::4.5E-11::+	MW0850::70::100.0::4.5E-11::+	SA0829::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL0973::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00008_G_11	TCAAATTAAACGATATTCAAAACCATACATTACTTGTTACTGAAAAAGGGTGTAGTTACAGAGAACAGTT	30.0	31	71	MSSA476	SAS0064	LysR-family regulatory protein			SAS0064::70::100.0::4.1E-11::+		MW0064::70::100.0::4.1E-11::+			SACOL0072::70::100.0::4.1E-11::+
5QSA00008_G_12	GAAGATTATTAATATAGAAACAGGTAAAATCACTTTAACTAAAAAAGGTTGGAGTCGAATTGACTCAAAA	27.14	31	91	Mu50	SAV1391	hypothetical protein		SAR1403::69::95.652176::1.5E-9::+	SAS1332::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV1391::70::100.0::4.5E-11::+	MW1279::70::98.57143::1.2E-10::+	SA1223::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL1426::70::97.14286::3.2E-10::+
5QSA00008_G_13	GAATATAGTAAAGTCATTGGCATTCATAAATGGATTCAATTTTTATTTATTGTTATTGTAGCGATGGTTA	25.71	32	99	Mu50	SAV1555	ABC transporter MreB		SAR1632::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS1493::70::98.57143::1.1E-10::+	SAV1555::70::100.0::4.1E-11::+	MW1507::70::98.57143::1.1E-10::+	SA1384::70::100.0::4.1E-11::+		SACOL1612::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00008_G_14	TATTTCCAGATGGTAGCGATCGATATATGTCTAAGCAAATATTTAATTATGAGGAGAATGATTATGAATA	28.57	31	91	MSSA476	SAS0417	pyridoxal-phosphate dependent enzyme		SAR0459::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS0417::70::100.0::4.5E-11::+	SAV0459::70::100.0::4.5E-11::+	MW0414::70::100.0::4.5E-11::+	SA0418::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL0502::70::94.28571::2.3E-9::+
5QSA00008_G_15	TACTTGTTATCGTTTCAACATTAGGTGGTATTTTCATTTTAGGAGAAAGAAAAGATCGTCGTCAGATGAC	34.29	31	86	Mu50	SAV2256	glucose uptake protein homolog		SAR2341::70::97.14286::3.0E-10::+	SAS2147::70::97.14286::3.0E-10::+	SAV2256::70::100.0::4.1E-11::+	MW2175::70::97.14286::3.0E-10::+	SA2053::70::100.0::4.1E-11::+		SACOL2246::70::97.14286::3.0E-10::+
5QSA00008_G_16	TTAAAAGAACAAAACTAATCTTAATAGCAACGATACTACTATCAGGATGTTCAACTACCAATAACGAATC	30.0	31	90	Mu50	SAV1488	hypothetical protein		SAR1494::70::94.28571::2.3E-9::+,SAR1495::70::91.42857::1.6E-8::+	SAS1428::70::97.14286::3.3E-10::+,SAS1426::70::95.71428::8.8E-10::+,SAS1427::70::94.28571::2.4E-9::+	SAV1488::70::100.0::4.5E-11::+,SAV1487::70::95.71428::8.6E-10::+	MW1376::70::97.14286::3.3E-10::+,MW1374::70::95.71428::8.8E-10::+,MW1375::70::94.28571::2.4E-9::+	SA1319::70::100.0::4.5E-11::+,SA1318::70::95.71428::8.6E-10::+		SACOL1531::70::94.28571::2.4E-9::+,SACOL1528::70::92.85714::6.2E-9::+
5QSA00008_G_17	GAAGATTTTGACAATGAACGGGTATATTTTAGTAAGCAACGATTAAAGCAATATGAAGTTGATATTGCTG	31.43	31	88	Mu50	SAV2562	squalene desaturase	crtM	SAR2643::70::97.14286::3.0E-10::+	SAS2448::70::98.57143::1.1E-10::+	SAV2562::70::100.0::4.1E-11::+	MW2483::70::98.57143::1.1E-10::+	SA2349::70::100.0::4.1E-11::+		SACOL2577::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00008_G_18	TATATCATTTTGAAAAGATATATAAAGCTATCAAACATGTCATTGTTTTTATATTTATGATTTTCATTGC	20.0	33	143	MSSA476	SAS1656	putative transglycosylase		SAR1807::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS1656::70::100.0::4.5E-11::+	SAV1730::70::100.0::4.5E-11::+	MW1672::70::100.0::4.5E-11::+	SA1551::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL1779::70::100.0::4.5E-11::+
5QSA00008_G_19	GATATTTCTATTTTTACGTATGCATCTATAATTTTCACAGCAATACTTGGATTTGTTCTATTCGGAGAAT	28.57	30	85	Mu50	SAV0729	putative transporter		SAR0783::70::94.28571::2.2E-9::+	SAS0694::70::97.14286::3.0E-10::+	SAV0729::70::100.0::4.1E-11::+	MW0691::70::97.14286::3.0E-10::+	SA0684::70::100.0::4.1E-11::+		SACOL0790::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00008_G_2	AAGGAAAGTATACAATATTTAATTCAGTTGTGTGGAAAGAGTAATATTCCAATAGGTATAATCCCAGCAT	30.0	31	82	MRSA252	SAR1587	PfkB family carbohydrate kinase		SAR1587::70::100.0::4.5E-11::+						
5QSA00008_G_20	CGCGTTTTATAAATTATAGTGAGGCAGAGGTTAATGATGGGTTAGCCGGATTTAATCCAGTGTTAACTGC	40.0	29	85	Mu50	SAV2287	similar to urea transporter		SAR2371::70::91.42857::1.6E-8::+	SAS2177::70::91.42857::1.6E-8::+	SAV2287::70::100.0::4.5E-11::+	MW2205::70::91.42857::1.6E-8::+	SA2081::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL2279::70::95.71428::8.7E-10::+
5QSA00008_G_21	TTGAAGATGGTCAAGCGTTATACAAAAAGTTACAAGAAGATTGTCCTTCAGGTTATCAAGTAGCATACTC	35.71	30	80	Mu50	SAV0749	hypothetical protein		SAR0803::70::94.28571::2.2E-9::+	SAS0714::70::95.71428::8.1E-10::+	SAV0749::70::100.0::4.1E-11::+	MW0711::70::95.71428::8.1E-10::+	SA0704::70::100.0::4.1E-11::+		SACOL0812::70::95.71428::8.1E-10::+
5QSA00008_G_22	TAATTTTGAAAATACGAAAATATTTTTACAACTAGCAAAATCTACTATTAGTACTAATCGAGTTAATTAC	21.43	33	102	MSSA476	SAS1428	putative lipoprotein		SAR1495::70::100.0::4.5E-11::+	SAS1428::70::100.0::4.5E-11::+	SAV1488::70::98.57143::1.2E-10::+	MW1376::70::100.0::4.5E-11::+	SA1319::70::98.57143::1.2E-10::+		
5QSA00008_G_23	AATTTAAAGAGGGTATGCAACGAGCTAGAAAAGAGTTAGATTATACTGCTAATAGTAATACAGTAGCAAC	32.86	31	81	Mu50	SAV1490	hypothetical protein				SAV1490::70::100.0::4.1E-11::+		SA1321::70::100.0::4.1E-11::+		
5QSA00008_G_24	AGTGGACTGGTTTATTTATCTTGATTGGATTATTTGTGGCCGACTGGACAGTTGGATTAGCAGCTATGAT	40.0	31	70	MRSA252	SAR2371	putative membrane protein		SAR2371::70::100.0::4.5E-11::+						
5QSA00008_G_3	TGAAAGACAACAAATATATTCATCTTTACCTAAAGAAGTTATTGATGATGCAATTAATGATGTTGATAGG	27.14	32	112	Mu50	SAV2129	similar to spermine/spermidine acetyltransferase blt		SAR2217::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS2032::70::98.57143::1.1E-10::+	SAV2129::70::100.0::4.1E-11::+	MW2053::70::98.57143::1.1E-10::+	SA1931::70::100.0::4.1E-11::+		SACOL2121::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00008_G_4	TTCATTTGCAGAGGGACAAGGACGTCAAAGAGCAAATATAAATGGTGATGTCAAAACACCTAAAAACTAG	37.14	29	79	MRSA252	SAR0075	hypothetical protein		SAR0075::70::100.0::4.4E-11::+		SAV0076::70::100.0::4.5E-11::+		SA0073::70::100.0::4.5E-11::+		
5QSA00008_G_5	GGAGACAGACAGTTGCAATCATGCATAATCCTGAAATACGTATACTGTGTAGACAGTTATTACTAGATGG	38.57	29	92	Mu50	SAV2600	2-dehydropantoate 2-reductase		SAR2678::70::95.71428::8.0E-10::+	SAS2485::70::95.71428::8.0E-10::+	SAV2600::70::100.0::4.1E-11::+	MW2519::70::95.71428::8.0E-10::+	SA2393::70::100.0::4.1E-11::+		SACOL2616::70::94.28571::2.1E-9::+
5QSA00008_G_6	GAAAATTAGAATGTCCTGCTGGAAAAGTATTGTTTTTTCATGAAGGAGTAAGTATGAATATGATTCAAGC	31.43	31	87	Mu50	SAV0750	similar to comF operon protein 1		SAR0804::70::97.14286::4.2E-10::+	SAS0715::70::98.57143::1.6E-10::+	SAV0750::70::100.0::4.5E-11::+	MW0712::70::98.57143::1.3E-10::+	SA0705::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL0813::70::97.14286::4.2E-10::+
5QSA00008_G_7	ATATGAAAAGCAACCTCAAAAAGATTACGACCCACAATTAGAGAAAGAACGAGAGGATTTTTTAAAACAA	31.43	32	71	MRSA252	SAR0686	putative transposase (pseudogene)		SAR0703::70::100.0::4.1E-11::+,SAR0686::70::100.0::1.3E-10::+,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::+				SAP027::70::100.0::4.1E-11::+		
5QSA00008_G_8	TTCAAGCATTGGGATTCCAATTTAAATATAGTAATTTAAAAATGGCACTTGAAGATTTAATCAAAGAATA	24.29	32	134	Mu50	SAV0769	cell-division inhibitor		SAR0825::63::98.4127::5.5E-9::+	SAS0734::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV0769::70::100.0::4.5E-11::+	MW0731::70::98.57143::1.2E-10::+	SA0724::70::100.0::4.5E-11::+		SACOL0834::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00008_G_9	CAAGTAATGCGATTACTAAAGTCATTACAAACAGATGAAAATAAGGCAATTATCCTAATTTCACATGATA	28.57	30	85	MSSA476	SAS2112	ABC transporter ATP-binding protein		SAR2304::70::95.71428::8.0E-10::+	SAS2112::70::100.0::4.1E-11::+	SAV2221::70::97.14286::3.0E-10::+	MW2140::70::100.0::4.1E-11::+	SA2020::70::97.14286::3.0E-10::+		SACOL2210::70::97.14286::3.0E-10::+
5QSA00008_H_1	ATATGAAAAAGGTCCAGAGGTACCAAGAGGATTGCCAGTTATACCAGAAGCATATACACCTAAGTTAAAG	38.57	30	74	Mu50	SAV1179	S-adenosyl-methyltransferase mraW		SAR1155::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS1113::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV1179::70::100.0::4.8E-11::+	MW1062::70::98.57143::1.3E-10::+	SA1022::70::100.0::4.8E-11::+		SACOL1192::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_H_10	TATAAATACATACACAAACTTTTTATATTCTAAACAAATCATCAACAATTTGTATCATGAAGCAGTTAAA	21.43	32	102	MSSA476	SAS2249	putative membrane protein		SAR2444::70::100.0::5.1E-11::+	SAS2249::70::100.0::5.1E-11::+	SAV2358::70::100.0::5.1E-11::+	MW2279::70::100.0::5.1E-11::+	SA2148::70::100.0::5.1E-11::+		SACOL2354::70::100.0::5.1E-11::+
5QSA00008_H_11	TTTGGTACAAGTTACATTACAGGGGATCCTGTTGCTGAACGCATTGGCCCAGCATTTATGAACACATTGA	42.86	30	91	Mu50	SAV2466	oligopeptide transporter putative membrane permease domain		SAR2553::70::94.28571::2.4E-9::+	SAS2357::70::94.28571::2.4E-9::+	SAV2466::70::100.0::4.8E-11::+	MW2390::70::94.28571::2.4E-9::+	SA2254::70::100.0::4.8E-11::+		
5QSA00008_H_12	ATAACGTTAATGATAAACAAGATAAGCATCAACGCGTTGTATTATACGCACATGGAGGCGCATGGTTCCA	40.0	30	84	Mu50	SAV2535	hypothetical protein		SAR2615::70::95.71428::9.6E-10::+	SAS2421::70::95.71428::9.6E-10::+	SAV2535::70::100.0::5.1E-11::+	MW2456::70::95.71428::9.6E-10::+	SA2323::70::100.0::5.1E-11::+		SACOL2549::70::95.71428::9.6E-10::+
5QSA00008_H_13	TAATGAAATCTCTTAAATCTGAATTTGCAGAAGTACATACGCTTAATAAACGACGTGATCATTTACCAAT	30.0	31	91	Mu50	SAVP001	replication initiator protein A	repA			SAVP001::70::100.0::4.8E-11::+				
5QSA00008_H_14	TTCAATAACCCAACCAAACCAATTGGTCCTTTTTATACGAAAGAAGAAGTTGAAGAATTACAAAAAGAAC	31.43	32	106	MSSA476	SAS2518	carbamate kinase		SAR2711::70::95.71428::9.6E-10::+	SAS2518::70::100.0::5.1E-11::+	SAV2632::70::100.0::5.1E-11::+	MW2553::70::100.0::5.1E-11::+	SA2425::70::100.0::5.1E-11::+		SACOL2654::70::95.71428::9.2E-10::+
5QSA00008_H_15	ATTATTAAACCATGTGTCGCCACCTATTAAAGATATGATTGAGCGTTTTGTGCATGAACATGACGTCATT	35.71	29	80	MSSA476	SAS2226	arginase family protein			SAS2226::70::100.0::4.8E-11::+		MW2254::70::100.0::4.8E-11::+			
5QSA00008_H_16	TTGATGAAAAATATGGATAAACTAATAAGTAATTATTCACATTCTTTCTATACAATTACTATAGATGACC	22.86	32	140	Mu50	SAV0801	hypothetical protein		SAR0383::70::98.57143::1.4E-10::+		SAV0801::70::100.0::5.1E-11::+				
5QSA00008_H_17	TATTAATTGTAGCGGTATTATTTATTGTATTTAATACATTAGCAGATATCATTAATGCGCTATTAAATCC	24.29	33	133	MSSA476	SAS2357	oligopeptide transporter putative membrane permease		SAR2553::70::100.0::4.8E-11::+	SAS2357::70::100.0::4.8E-11::+	SAV2466::70::100.0::4.8E-11::+	MW2390::70::100.0::4.8E-11::+	SA2254::70::100.0::4.8E-11::+		SACOL2475::70::100.0::4.8E-11::+
5QSA00008_H_18	TTTTAGAAAATAAAAGAGAATATATTGAATCGGAAGTTAGACCTTTTAATACGAAGCGTCAACATGGTTA	28.57	31	84	COL	SACOL2530	conserved hypothetical protein		SAR2599::70::97.14286::3.6E-10::+						SACOL2530::70::100.0::5.1E-11::+
5QSA00008_H_19	GAGTCACGTATCACCAACAATTAAAGATATGATTGAACGTTTTGTACATGAACATGATGTCATTATGTTT	31.43	31	95	COL	SACOL2327	formiminoglutamase	hutG	SAR2420::70::95.71428::9.1E-10::+		SAV2334::70::100.0::4.8E-11::+		SA2125::70::100.0::4.8E-11::+		SACOL2327::70::100.0::4.8E-11::+
5QSA00008_H_2	TACATGCAGGATTTTTAGTTCATACACCATATACGATGTTAAAGTTACGTGAGGCTACAAATGAATATAT	31.43	30	117	Mu50	SAV0219	hypothetical protein		SAR0211::70::95.71428::9.6E-10::+	SAS0195::70::94.28571::2.5E-9::+	SAV0219::70::100.0::5.1E-11::+	MW0195::70::94.28571::2.5E-9::+	SA0212::70::100.0::5.1E-11::+		SACOL0198::70::94.28571::2.5E-9::+
5QSA00008_H_20	TATTGGAAGGAGAGGAAGAGTTTTTCTACTCTGATTGCACCCAAAAACCAATTGATAATCAATTTTTACT	32.86	30	82	pLW043	VRA0039	vancomycin resistance protein VanH	vanH						VRA0039::70::100.0::5.1E-11::+	
5QSA00008_H_21	ATCCAAACAATCGACAGAGAGTATTGCGCGCTATCGAATACTATTTTAAAACAAAAAAACTTTTAAGTAA	30.0	31	88	MRSA252	SAR1278	putative tRNA delta 2-isopentenylpyrophosphate transferase	miaA	SAR1278::70::100.0::4.8E-11::+						
5QSA00008_H_22	TTAATTAATAAGAAAGAAACATTTTTAACTGATATGATAGAGGGCATGTTAATTGCGCATCCAGAGTTAG	30.0	30	80	MRSA252	SAR0660	putative dihydroxyacetone kinase		SAR0660::70::100.0::5.1E-11::+						
5QSA00008_H_23	AAAAATTCAGGCATTTTCAAACAGTGACATTTGAAGATTTGTCGAAATTGGAAAAAAGTAGTACACCATC	31.43	31	99	MRSA252	SAR2420	arginase family protein		SAR2420::70::100.0::4.8E-11::+						
5QSA00008_H_24	TAGCAACATTAAGATTGTTAGAAATCATTAAAAAATATAATAGTCATATAAAACGTTTTATCTTTGCTTC	21.43	34	112	MSSA476	SAS0102	NAD dependent epimerase/dehydratase family protein			SAS0102::70::100.0::5.2E-11::+	SAV0128::70::100.0::5.2E-11::+	MW0102::70::100.0::5.2E-11::+	SA0123::70::100.0::5.2E-11::+		SACOL0113::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00008_H_3	GGCGCAATTAATGTACATGCATCATTGTTACCAAAGTATAGAGGTGGTGCACCAATTCATCAGGCAATTA	40.0	31	96	Mu50	SAV1216	methionyl-tRNA formyltransferase		SAR1192::70::97.14286::3.4E-10::+	SAS1150::70::97.14286::3.4E-10::+	SAV1216::70::100.0::4.8E-11::+	MW1099::70::97.14286::3.4E-10::+	SA1059::70::100.0::4.8E-11::+		SACOL1228::70::97.14286::3.4E-10::+
5QSA00008_H_4	TTTATCATCATGCGCTAATACGCGTCACTCTGAATCAGATAAAAATGTATTAACAGTTTATTCTCCGTAT	32.86	31	91	Mu50	SAV0225	similar to periplasmic-iron-binding protein BitC		SAR0216::70::97.14286::3.6E-10::+	SAS0200::70::98.57143::1.4E-10::+	SAV0225::70::100.0::5.1E-11::+	MW0200::70::98.57143::1.4E-10::+	SA0217::70::100.0::5.1E-11::+		SACOL0203::70::97.14286::3.6E-10::+
5QSA00008_H_5	ACTGAAAATTATGATACATTATTATTAGGGATTGAAATGTCGCGTAAAACATTATATTCAAGAATAAATA	22.86	31	114	MSSA476	SAS1236	putative tRNA delta 2-isopentenylpyrophosphate transferase		SAR1278::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS1236::70::100.0::4.8E-11::+	SAV1304::70::100.0::4.8E-11::+	MW1186::70::100.0::4.8E-11::+	SA1144::70::100.0::4.8E-11::+		SACOL1323::70::100.0::4.8E-11::+
5QSA00008_H_6	GATTAAAATTATTAGTTGCGTTAAGCAACAATTTAGATAAAGCTGAAATCAAATCATATTTTGAATTATA	21.43	32	135	MSSA476	SAS1419	putative L-asparaginase		SAR1487::70::97.14286::3.6E-10::+	SAS1419::70::100.0::5.1E-11::+	SAV1479::70::100.0::5.1E-11::+	MW1367::70::100.0::5.1E-11::+	SA1310::70::100.0::5.1E-11::+		SACOL1519::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00008_H_7	ACTGATTGCGCCTTTAGCATCTCCGATTCAAGAATCTAGAGCTAATACTAATATAGAGAATATTGGTGAT	35.71	29	101	Mu50	SAV1820	leukotoxin S-subunit	lukE		SAS1749::70::94.28571::2.4E-9::+	SAV1820::70::100.0::4.8E-11::+	MW1768::70::94.28571::2.4E-9::+	SA1638::70::100.0::4.8E-11::+		SACOL1881::70::94.28571::2.4E-9::+
5QSA00008_H_8	TGCTGTAATTATTATTATGATCTTTCCAACAGCACCATTGTTTGTTTTACCTATAGGTTCATTCTTAGGT	31.43	30	71	Mu50	SAV2175	heme transport system permease	htsC	SAR2266::70::97.14286::3.6E-10::+	SAS2076::70::95.71428::9.6E-10::+	SAV2175::70::100.0::5.1E-11::+	MW2101::70::95.71428::9.6E-10::+	SA1977::70::100.0::5.1E-11::+		SACOL2165::70::95.71428::9.6E-10::+
5QSA00008_H_9	AGCATTTGAATATTTAGTTGATTTAAATGAAAAAGTTGGTGCGCATTATCCATCCATGTATCAAGATTTA	28.57	31	102	Mu50	SAV2443	2-dehydropantoate 2-reductase		SAR2533::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS2335::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV2443::70::100.0::4.8E-11::+	MW2367::70::98.57143::1.3E-10::+	SA2232::70::100.0::4.8E-11::+		SACOL2448::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_I_1	CGATTATATATCAAATTATCAACTACTGAGAGAGCACCCTATCCATACAGATTAGAAGAGACAGATGATA	34.29	30	76	Mu50	SAV1506	transcription regulator AraC/XylS family homolog		SAR1583::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS1446::70::98.57143::1.1E-10::+	SAV1506::70::100.0::4.1E-11::+	MW1460::70::98.57143::1.1E-10::+	SA1337::70::100.0::4.1E-11::+		SACOL1550::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00008_I_10	AGGTAAGAAATTATTACAGTCAGTGCCACTCGTTACATACATTGTAATGTTTATATTGAATATAAATCAC	28.57	30	89	Mu50	SAV2258	hypothetical protein		SAR2342::70::97.14286::3.3E-10::+	SAS2148::70::97.14286::3.3E-10::+	SAV2258::70::100.0::4.6E-11::+	MW2176::70::97.14286::3.3E-10::+	SA2054::70::100.0::4.6E-11::+		SACOL2248::70::97.14286::3.3E-10::+
5QSA00008_I_11	GGCATGGTCATTTGTCTTCTTATGAATTTGAGCCAGATAAAGAATCTATCTTAAGTGTAATCTTGCCTCA	35.71	30	87	MSSA476	SAS2007	ATP synthase gamma chain		SAR2192::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS2007::70::100.0::4.1E-11::+	SAV2104::70::100.0::4.1E-11::+	MW2028::70::100.0::4.1E-11::+	SA1906::70::100.0::4.1E-11::+		SACOL2096::70::100.0::4.1E-11::+
5QSA00008_I_12	ACTATAATAAGCATAAATATTTAGAACAACAAGAAATGTTAGGGAAAATTGTTGGTAAAGAAGATAAAGT	24.29	31	82	MSSA476	SAS2174	putative ferrichrome-binding lipoprotein precursor		SAR2368::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS2174::70::100.0::4.6E-11::+	SAV2284::70::100.0::4.6E-11::+	MW2202::70::100.0::4.6E-11::+	SA2079::70::100.0::4.6E-11::+		SACOL2277::70::100.0::4.6E-11::+
5QSA00008_I_13	AGTATGTTGCAATTACCACAAGTTGATTCATTTGTAAATCTTATGACGAGCTTTGTTGAAGAACCAAAGG	34.29	28	79	MRSA252	SAR0683	LysR family regulatory protein		SAR0683::70::100.0::4.1E-11::+						
5QSA00008_I_14	TATGGATTATTGAAAAAAGTAGTACATATTGATGCCATCAGCAGTATTACGATTGAATGTATTGTTACAG	30.0	31	110	Mu50	SAV2696	rarD protein		SAR2776::70::95.71428::8.7E-10::+	SAS2580::70::97.14286::3.3E-10::+	SAV2696::70::100.0::4.6E-11::+	MW2615::70::97.14286::3.3E-10::+	SA2487::70::100.0::4.6E-11::+		SACOL2719::70::97.14286::3.3E-10::+
5QSA00008_I_15	GTAAACTCTCAAGCCAACCATTATTATTAACACGATCAACACTTGGACTCATAGGTGTATTATTAAATAT	31.43	30	87	MRSA252	SAR0783	putative membrane protein		SAR0783::70::100.0::4.1E-11::+						
5QSA00008_I_16	GTATGCAACAAGCTAGAAAAGAGTTAGATTATACTGCCAATACTGATGCAGTTTCTACACTTTTTTCAAC	34.29	30	140	MSSA476	SAS1430	putative lipoprotein			SAS1430::70::100.0::4.6E-11::+		MW1444::70::100.0::4.6E-11::+			
5QSA00008_I_17	ACAACAAAAAGAAATGCGAAAGATGATACAGGCAAAAGTACTTCTCTTGTCTTCTACCAAATCAAAATTG	32.86	30	86	MRSA252	SAR0074	hypothetical protein		SAR0074::70::100.0::4.2E-11::+		SAV0075::70::100.0::4.2E-11::+		SA0072::70::100.0::4.2E-11::+		
5QSA00008_I_18	GGTACCTGTTGTGAACATTGAAAAATTTCATAGTGAACAAAAAGGATTAAGAAATTATGATGAAATTATA	25.71	31	90	MSSA476	SAS2066	arginase			SAS2066::70::100.0::4.6E-11::+	SAV2164::70::98.57143::1.2E-10::+	MW2091::70::100.0::4.6E-11::+	SA1968::70::98.57143::1.2E-10::+		SACOL2154::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00008_I_19	GAAAGATGTCATGGCAATAGGTGACAATTTAAATGACTTATCAATGTTAGAGAAAGTTGGCTATCCAGTT	34.29	30	89	Mu50	SAV0559	hypothetical protein		SAR0564::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS0517::70::98.57143::1.1E-10::+	SAV0559::70::100.0::4.2E-11::+	MW0514::70::98.57143::1.1E-10::+	SA0517::70::100.0::4.2E-11::+		SACOL0606::70::97.14286::3.0E-10::+
5QSA00008_I_2	AATATATTATGAAAGAAAGACTACATATTAGCATCAATCAATTAGAATTATCGCCATATCACGTTGATAG	27.14	31	86	MSSA476	SAS0653	aldo/keto reductase family protein		SAR0741::70::100.0::4.6E-11::+	SAS0653::70::100.0::4.6E-11::+	SAV0688::70::100.0::4.6E-11::+	MW0650::70::100.0::4.6E-11::+	SA0643::70::100.0::4.6E-11::+		SACOL0748::70::100.0::4.6E-11::+
5QSA00008_I_20	TTTTATGAAAATCCATTAACATTGGACGTAATAATAGAACTAACAAAGTTTAATTCTAATCAATTGAATC	22.86	32	98	MRSA252	SAR1329	ABC transporter ATP-binding protein		SAR1329::70::100.0::4.6E-11::+						
5QSA00008_I_21	CCTATTTATATAACAACAGATAGTGATTACAATATTTCGGTTATTAACACGAAAATTTTACAAGCGCCTA	28.57	31	107	Mu50	SAV0976	hypothetical protein		SAR0939::70::94.28571::2.2E-9::+	SAS0846::70::95.71428::8.1E-10::+	SAV0976::70::100.0::4.2E-11::+	MW0858::70::95.71428::8.1E-10::+	SA0836::70::100.0::4.2E-11::+		SACOL0980::70::95.71428::8.1E-10::+
5QSA00008_I_22	TTATATTACGACTATACCGTATAATTTAACTGAGTATAGAGACTATTTTGAACCATTATTAAACAAAAGT	24.29	38	102	MRSA252	SAR1494	putative lipoprotein		SAR1494::70::100.0::4.6E-11::+						SACOL1528::70::91.42857::1.7E-8::+
5QSA00008_I_23	ATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGG	24.29	32	121	COL	SACOL2003	phospholipase C	hlb			SAV2003::70::100.0::4.2E-11::+	MW1940::70::100.0::3.6E-11::+	SA1811::70::100.0::4.2E-11::+		SACOL2003::70::100.0::5.3E-11::+
5QSA00008_I_24	CTTACATATAGAGAAAGTCATTTTGCGCTGGAATTATTACATCAGTCTCAGTCAGTTACTTCAATGGACT	35.71	30	82	MRSA252	SAR2255	arginase	rocF	SAR2255::70::100.0::4.6E-11::+						
5QSA00008_I_3	ATTGTCGATATTATTTTAGCAACATTACTAGGCTTACTAATCGTTTATACTGGTTTTGGTATTTTTAAAG	27.14	31	95	MSSA476	SAS2308	cation efflux family protein		SAR2507::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS2308::70::100.0::4.1E-11::+	SAV2417::70::100.0::4.1E-11::+	MW2340::70::100.0::4.1E-11::+	SA2205::70::100.0::4.1E-11::+		SACOL2416::70::100.0::4.1E-11::+
5QSA00008_I_4	GAAATTGGTTCAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACAGTTAATA	27.14	31	102	Mu50	SAV1246	succinyl-CoA synthetase alpha subunit	sucD	SAR1222::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS1180::70::97.14286::3.3E-10::+	SAV1246::70::100.0::4.6E-11::+	MW1129::70::97.14286::3.3E-10::+	SA1089::70::100.0::4.6E-11::+		SACOL1263::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00008_I_5	AAATTAGGATTTGTCAAAACAACAATAGAATATGCGTTGAAAGATGACAGTATGCGAGAAGAATTAACAC	31.43	31	82	Mu50	SAV2500	UTP-glucose-1-phosphate uridyltransferase	gtaB	SAR2579::70::91.42857::1.5E-8::+	SAS2386::70::92.85714::5.8E-9::+	SAV2500::70::100.0::4.1E-11::+	MW2419::70::92.85714::5.8E-9::+	SA2288::70::100.0::4.1E-11::+		SACOL2508::70::91.42857::1.5E-8::+
5QSA00008_I_6	AACTATCATACTAAAGTTGGTTTAGATCAGATTAAAACAGCAAGAGCTCGTGTAAAGGATTTGGAATATA	31.43	31	110	Mu50	SAV1500	similar to oxidoreductase		SAR1576::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS1440::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV1500::70::100.0::4.6E-11::+	MW1454::70::98.57143::1.2E-10::+	SA1331::70::100.0::4.6E-11::+		SACOL1543::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00008_I_7	GATAATCATTGGCAAGATGATTGGCGTACCATTTTTGTCGATAAACGTTTGGATCATTTGAAAGAAGAGT	35.71	30	93	Mu50	SAV2588	hypothetical protein		SAR2668::70::90.0::4.1E-8::+	SAS2474::70::90.0::4.1E-8::+	SAV2588::70::100.0::4.1E-11::+	MW2508::70::90.0::4.1E-8::+	SA2374::70::100.0::4.1E-11::+		SACOL2605::70::91.42857::1.4E-8::+
5QSA00008_I_8	TTTACTATGTCAGATATTGATAAATTAGGGATAAAGGAAGTAATTGAAAATACAATAGAATATTTGAAGT	22.86	32	94	Mu50	SAV2164	arginase	arg	SAR2255::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS2066::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV2164::70::100.0::4.6E-11::+	MW2091::70::98.57143::1.2E-10::+	SA1968::70::100.0::4.6E-11::+		SACOL2154::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00008_I_9	GTAACTGGTATTGTTTATCAAGATAAAGAAACACCATCATATGAATCTCAAATTAAAGAGTTAGATGATA	27.14	30	116	MSSA476	SAS1224	conserved hypothetical protein		SAR1266::70::97.14286::3.0E-10::+	SAS1224::70::100.0::4.1E-11::+	SAV1290::70::100.0::4.1E-11::+	MW1173::70::100.0::4.1E-11::+	SA1132::70::100.0::4.1E-11::+		SACOL1309::70::100.0::4.1E-11::+
5QSA00008_J_1	AAAGCTGTAAATGTTGAAGGTTCTACAAAAATCGGAGCAAAACAAATGTATCAGTCCATACAATTTGCTG	34.29	30	76	MRSA252	SAR0044	metallo-beta-lactamase superfamily protein (pseudogene)		SAR0044::70::100.0::7.5E-11::+		SAV0046::70::100.0::4.9E-11::+		SA0043::70::100.0::4.9E-11::+		
5QSA00008_J_10	ATCCGTGAAGATATATGGAGTAAGTTAGCAAATGAATGGAATATAGGAAATTCACTTCTATACAATGAAA	30.0	30	80	N315	SAP008	hypothetical protein						SAP008::70::100.0::5.2E-11::+		
5QSA00008_J_11	AATTTGTAGATAATCAATATTTTGCAGTATATAAATGGGATATTCATGGAGATTTAAAATTCAATAAACC	22.86	33	124	MSSA476	SAS2528	mannose-6-phosphate isomerase		SAR2721::70::100.0::4.9E-11::+	SAS2528::70::100.0::4.9E-11::+	SAV2642::70::100.0::4.9E-11::+	MW2563::70::100.0::4.9E-11::+	SA2435::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL2664::70::100.0::4.9E-11::+
5QSA00008_J_12	TTAAAATCATTGATTTTATAAAAGTGAAAGATGTCATTTTTGTACCGCTTCTAGGAATTATGATGGGTGG	30.0	30	101	MSSA476	SAS0698	FecCD transport family protein		SAR0787::70::90.0::4.7E-8::+	SAS0698::70::100.0::5.2E-11::+	SAV0733::70::98.57143::1.4E-10::+	MW0695::70::100.0::5.2E-11::+	SA0688::70::98.57143::1.4E-10::+		SACOL0796::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00008_J_13	AAACAAATACATTTTTCGGTTTATTATATGCATTAGGTATTTATATTAGTGCATTATTTGCAGGCATTTA	24.29	35	111	MSSA476	SAS0977	UbiA prenyltransferase family protein		SAR1015::70::97.14286::3.5E-10::+	SAS0977::70::100.0::4.9E-11::+	SAV1041::70::100.0::4.9E-11::+	MW0925::70::100.0::4.9E-11::+	SA0894::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL1049::70::100.0::4.9E-11::+
5QSA00008_J_14	TATTTACCGGTTTAGATGCACAGCATTTACGAAATGAACTATCTGAAAGTGAGAAACAAAAAGCAGATCA	34.29	29	98	MSSA476	SAS0697	ribonucleoside-diphosphate reductase beta chain		SAR0786::70::90.0::4.7E-8::+	SAS0697::70::100.0::5.2E-11::+	SAV0732::70::100.0::5.2E-11::+	MW0694::70::100.0::5.2E-11::+	SA0687::70::100.0::5.2E-11::+		SACOL0793::70::100.0::5.2E-11::+
5QSA00008_J_15	ATTTAGAAGGATCTAGAATACACAACGCATTTGTAAACAGAAATTACACAGTTAAATATGAAGTGAACTG	30.0	31	76	MW2	MW1379	Panton-Valentine leukocidin chain S precursor	lukS				MW1379::70::100.0::4.9E-11::+			
5QSA00008_J_16	GATACAGCAAACTTCCACGAACCTTCATTGATTAACTCTATTGAGACATTTGGTAAGGATAAATTTATGA	32.86	29	90	MRSA252	SAR0092	putative hydratase		SAR0092::70::100.0::5.2E-11::+						
5QSA00008_J_17	ATTTAACATCAGATGATATAGATTTATTTATTCCTCATCAAGCTAATATTAGAATTATGGAATCAGCTAG	25.71	32	104	MSSA476	SAS0853	putative 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III		SAR0946::70::100.0::4.9E-11::+	SAS0853::70::100.0::4.9E-11::+	SAV0983::70::100.0::4.9E-11::+	MW0865::70::100.0::4.9E-11::+	SA0842::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL0987::70::100.0::4.9E-11::+
5QSA00008_J_18	TATTAGAAACCATTAAAAAATATAACAGTCATATAAAACGATTCATCTTTGCATCATCTGCAGCCGTTTA	28.57	31	89	MRSA252	SAR0130	NAD dependent epimerase/dehydratase family protein		SAR0130::70::100.0::5.2E-11::+						
5QSA00008_J_19	ATTTAGTTATATTGATGATGAAGCAAATAATCATTTAAGACAATTACATGAAATTAGACCGAATCACTTT	24.29	31	100	COL	SACOL0994	oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein	oppF	SAR0952::70::92.85714::6.5E-9::+	SAS0859::70::91.42857::1.7E-8::+	SAV0989::70::100.0::4.9E-11::+	MW0871::70::91.42857::1.7E-8::+	SA0848::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL0994::70::100.0::4.9E-11::+
5QSA00008_J_2	TTAATAATGGCGATGATTACCATTTTGGTATACCACATCGTTATTCAACACATTATCTTTTACTTGAGGA	31.43	31	123	Mu50	SAV0173	hypothetical protein		SAR0174::68::95.588234::2.9E-9::+	SAS0148::69::100.0::8.9E-11::+	SAV0173::70::100.0::5.2E-11::+	MW0147::69::100.0::8.9E-11::+	SA0167::70::100.0::5.2E-11::+		SACOL0158::69::100.0::1.5E-10::+
5QSA00008_J_20	TATGAAAAATTAATCAATATTGCTCTATTTATTACTGCCACAATTACGGCATTAGTCGTTGTGACAGTTG	31.43	30	89	MRSA252	SAR0787	FecCD transport family protein	sstA	SAR0787::70::100.0::5.2E-11::+						
5QSA00008_J_21	AACGATATAGTACAGGTAGTAAACTTATTAAAATAGATCATCATCCTGCAGTTGATCAGTATGGTGATAT	31.43	29	88	Mu50	SAV1704	hypothetical protein		SAR1782::70::97.14286::3.5E-10::+	SAS1631::70::97.14286::3.5E-10::+	SAV1704::70::100.0::4.9E-11::+	MW1647::70::97.14286::3.5E-10::+	SA1526::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL1751::70::97.14286::3.5E-10::+
5QSA00008_J_22	ATATACTAGCAGAAATTAAGCCTATGCTCAATTTTGATGAGCAAATAGCGAAATTAAAACAGATGAATAT	28.57	31	104	Mu50	SAV0368	hypothetical protein			SAS0344::70::98.57143::1.4E-10::+	SAV0368::70::100.0::5.2E-11::+	MW0344::70::98.57143::1.4E-10::+	SA0355::70::100.0::5.2E-11::+		
5QSA00008_J_23	CATTGTTAAACAAAAGTTTGTTATATAGTGGTATTATTTTGCATGATATTGGTAAAGTTAGAGAATTGAG	25.71	35	76	MSSA476	SAS1763	conserved hypothetical protein		SAR1933::70::100.0::4.9E-11::+	SAS1763::70::100.0::4.9E-11::+	SAV1842::70::100.0::4.9E-11::+	MW1783::70::100.0::4.9E-11::+	SA1660::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL1898::70::100.0::4.9E-11::+
5QSA00008_J_24	ATATTTCTTTTCCCATAATCATTCATTACCATCATCATTTAAGAACTTAGAAGATAAACTTGATGATATG	25.71	32	107	MSSA476	SAS1482	hypothetical protein		SAR1621::70::100.0::5.2E-11::+	SAS1482::70::100.0::5.2E-11::+	SAV1544::70::100.0::5.2E-11::+	MW1496::70::100.0::5.2E-11::+	SA1374::70::100.0::5.2E-11::+		SACOL1601::70::100.0::5.2E-11::+
5QSA00008_J_3	ATTTTATACCTGGTGTTTTTGAAGAGAATGTGCGTCGCGTAAAAGCTTTGGAAAGCCTAGCTGCAGCACA	42.86	30	82	Mu50	SAV0600	similar to oxidoreducatse ion channel		SAR0608::70::92.85714::6.5E-9::+	SAS0568::70::92.85714::6.5E-9::+	SAV0600::70::100.0::4.9E-11::+	MW0563::70::92.85714::6.5E-9::+	SA0557::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL0655::70::92.85714::6.5E-9::+
5QSA00008_J_4	CAATTAAAGATTTACTACATTTAACTGAATCACAGCGGAATATTTTATTCTCAAGCCGAATACCAAGGAC	32.86	30	83	Mu50	SAV0733	ferrichrome ABC transporter permease			SAS0698::70::98.57143::1.4E-10::+	SAV0733::70::100.0::5.2E-11::+	MW0695::70::98.57143::1.4E-10::+	SA0688::70::100.0::5.2E-11::+		SACOL0796::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00008_J_5	AAATATATTAATATGACGATTCCTAAAGGTGCCGGTGCTAAAGTCGATGTAATTGCCGCAAAAATTATAA	32.86	30	80	Mu50	SAV1140	ribonuclease HIII		SAR1113::70::92.85714::6.5E-9::+	SAS1074::70::95.71428::9.2E-10::+	SAV1140::70::100.0::4.9E-11::+	MW1023::70::95.71428::9.2E-10::+	SA0987::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL1150::70::95.71428::9.2E-10::+
5QSA00008_J_6	GTCAAGATTTAATCAATGGTGAGTTGCAAAAAGCGAATGATGCTTTAGGCTATATTTATTCTATTAAAGG	31.43	30	97	Mu50	SAV1272	riboflavin kinase / FAD synthase	ribC	SAR1248::70::98.57143::1.4E-10::+	SAS1206::70::98.57143::1.4E-10::+	SAV1272::70::100.0::5.2E-11::+	MW1155::70::98.57143::1.4E-10::+	SA1115::70::100.0::5.2E-11::+		SACOL1291::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00008_J_7	TTATTAAATTTAGATGAACTTGATCAACATAACATTCAATTCAGTGAGCAAATTATTGCAGAGACGGATT	28.57	31	100	Mu50	SAV1578	probable methyltransferase		SAR1655::70::94.28571::2.4E-9::+	SAS1516::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV1578::70::100.0::4.9E-11::+	MW1530::70::98.57143::1.3E-10::+	SA1407::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL1635::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_J_8	TTGATTCAGTAAATCATAAAGGGCATTTATTACAACAACTCCCAGATATTTGGTATCAGGGTATAATAGA	31.43	30	88	Mu50	SAV1456	similar to biotin ligase		SAR1467::70::95.71428::9.7E-10::+	SAS1399::70::95.71428::9.7E-10::+	SAV1456::70::100.0::5.2E-11::+	MW1346::70::95.71428::9.7E-10::+	SA1289::70::100.0::5.2E-11::+		SACOL1496::70::95.71428::9.7E-10::+
5QSA00008_J_9	GAAAGTGAAATTATTGAAAACCATAAGTGTACACACATTGTATCGAATGATTTCTTTACATTGGTTAAAT	27.14	33	132	MSSA476	SAS2046	putative mannose-6-phosphate isomerase		SAR2231::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS2046::70::100.0::4.9E-11::+	SAV2143::70::100.0::4.9E-11::+	MW2067::70::100.0::4.9E-11::+	SA1945::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL2135::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_K_1	CAATCAAATGCTAGTCCTAATGTCATAGGATACACTCGACGCGATAGTGAGTACTGGCGCGAGCTATGCT	47.14	30	86	Mu50	SAV2022	hypothetical protein				SAV2022::70::100.0::4.2E-11::+		SA1829::70::100.0::4.2E-11::+		
5QSA00008_K_10	ACTGTGACATATTATTATTTCTCTACTAACGGTATATGGGAAACTTATGATTTCACTCCATTTCTTTTTG	30.0	31	98	Mu50	SAVP010	hypothetical protein				SAVP010::70::100.0::4.6E-11::+				
5QSA00008_K_11	CAAGAAAAGAAGTGAATTACGCTGCAAATACAGATGCTGTTGCTACACTTTTTTCTACTAAGAAAAACTT	32.86	32	124	COL	SACOL1533	lipoprotein, putative								SACOL1533::70::100.0::4.8E-11::+
5QSA00008_K_12	ATTTTAAAGCGGCTCATATTGATACATCATATATTATCAAAACAACTGAAGCAAAAACGGGCCAAGCCTT	34.29	31	101	Mu50	SAV0268	probable ribokinase	rbsK	SAR0266::70::97.14286::3.3E-10::+	SAS0245::70::97.14286::3.3E-10::+	SAV0268::70::100.0::4.6E-11::+	MW0244::70::97.14286::3.3E-10::+	SA0258::70::100.0::4.6E-11::+		SACOL0253::70::95.71428::8.8E-10::+
5QSA00008_K_13	TGAAGCAATCAGCTCAGCTTTAATCAATGTTGCATGGTTTTGGCACACAAGTTACTCGCACAGAACTGAA	41.43	30	78	MRSA252	SAR0374	hypothetical protein		SAR0374::70::100.0::4.2E-11::+		SAV0790::70::98.57143::1.1E-10::+				
5QSA00008_K_14	TATATTCACTAAATTATTTAGTGATCTTTTTCGTGTTAGCTGTAATTGTTTCATTACTTACTTTGATCTA	24.29	31	101	Mu50	SAV1116	protoheme IX farnesyltransferase	ctaB	SAR1090::70::97.14286::3.3E-10::+	SAS1051::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV1116::70::100.0::4.6E-11::+	MW0999::70::98.57143::1.2E-10::+	SA0965::70::100.0::4.6E-11::+		SACOL1125::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00008_K_15	CTTTTATTACGTAAATACTATGCTTTTATAAAACTTGATCATAACGATATTATTAAAGAACTGCAGAAAT	22.86	32	117	Mu50	SAV1249	similar to DNA processing Smf protein		SAR1225::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS1183::70::98.57143::1.1E-10::+	SAV1249::70::100.0::4.2E-11::+	MW1132::70::98.57143::1.1E-10::+	SA1092::70::100.0::4.2E-11::+		SACOL1266::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00008_K_16	GATTCTTTAGGTGATTATGGTAAAGGGATTTTAAAATTGGCGAATATATATAGAAAAGCTGGCATTAAAA	28.57	31	84	Mu50	SAV1303	similar to lysophospholipase		SAR1277::70::97.14286::3.3E-10::+	SAS1235::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV1303::70::100.0::4.6E-11::+	MW1185::70::98.57143::1.2E-10::+	SA1143::70::100.0::4.6E-11::+		SACOL1322::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00008_K_17	TTTAGAAATAGCGCCTGAACCTTTTACAAATGAAGCATTGACGTATTATTTAAATCGAATTCATCAACAG	31.43	31	99	Mu50	SAV1689	similar to formamidopyrimidine-DNA glycosidase		SAR1768::70::97.14286::3.0E-10::+	SAS1617::70::98.57143::1.1E-10::+	SAV1689::70::100.0::4.2E-11::+	MW1632::70::98.57143::1.1E-10::+	SA1512::70::100.0::4.2E-11::+		SACOL1736::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00008_K_18	GTAAAAAGTAGTGCAATTAGTAATACAATGATTTGTGCATTAGCACAGCACAATTATGAATTAGCAGGTA	31.43	33	99	Mu50	SAV1330	homoserine kinase homolog	thrB	SAR1340::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS1270::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV1330::70::100.0::4.6E-11::+	MW1217::70::98.57143::1.2E-10::+	SA1166::70::100.0::4.6E-11::+		SACOL1364::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00008_K_19	AATAGGAAAAAACGGTGTTGGTAAAACAACCATTATGAAAGTAATGAATGGTAATATTATTAAATTTGAT	24.29	32	103	Mu50	SAV1931	similar to ABC transporter (ATP-binding protein)		SAR2023::70::97.14286::3.0E-10::+	SAS1855::70::98.57143::1.1E-10::+	SAV1931::70::100.0::4.2E-11::+	MW1872::70::98.57143::1.1E-10::+	SA1745::70::100.0::4.2E-11::+		SACOL1994::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00008_K_2	GCCAAGCCCATTCAATTACTAGCAATTGTCGTAGCGGGTTATGTTATCACATTAAATTGGGGTACATTTA	38.57	30	102	MRSA252	SAR2776	putative membrane protein		SAR2776::70::100.0::4.6E-11::+						
5QSA00008_K_20	AAATTAAAAATACTATTTATAATCATTTACATTTAAAGCATATATTTGAATCGATGCCTTATCTCTATGG	21.43	34	112	MSSA476	SAS2279	conserved hypothetical protein (pseudogene)		SAR2477::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS2279::70::100.0::4.6E-11::+	SAV2389::70::100.0::4.6E-11::+	MW2311::70::100.0::2.5E-11::+	SA2177::70::100.0::4.6E-11::+		SACOL2387::70::100.0::4.6E-11::+
5QSA00008_K_21	CTTGTATTGGTAATTCGTATTATTTTATTACCATTCATGTTGTCAAACTATAAAAATAGTCATATGATGC	25.71	32	104	MSSA476	SAS1994	putative membrane protein		SAR2179::70::100.0::4.2E-11::+	SAS1994::70::100.0::4.2E-11::+	SAV2090::70::100.0::4.2E-11::+	MW2013::70::100.0::4.2E-11::+	SA1893::70::100.0::4.2E-11::+		SACOL2082::70::100.0::4.2E-11::+
5QSA00008_K_22	CGATTTCAAAAGAAAATATTAGTAAATATGCTGGTGATTATATATTTTTAAGTAAGCCTTCATACGGGAA	27.14	30	85	Mu50	SAV0803	ferric hydroxamate receptor 1			SAS1928::70::94.28571::2.3E-9::+	SAV0803::70::100.0::4.6E-11::+	MW1945::70::94.28571::2.3E-9::+			SACOL2010::70::94.28571::2.3E-9::+
5QSA00008_K_23	ATTAACTTTGATGATATGGATGAAACTATTTATGAAAATGCTTATCCAATCTTAAAAAAATATAAAATAC	20.0	36	122	MSSA476	SAS2554	intercellular adhesion protein B		SAR2749::70::100.0::4.2E-11::+	SAS2554::70::100.0::4.2E-11::+	SAV2668::70::100.0::4.2E-11::+	MW2588::70::100.0::4.2E-11::+	SA2461::70::100.0::4.2E-11::+		SACOL2691::70::100.0::4.3E-11::+
5QSA00008_K_24	TCTTTAAATAGTCAGGTAGTATCATGCCATTCTGAATTGGTCGATATTAATATCAGTGGTGTTAAAGAAC	32.86	29	125	MSSA476	SAS1270	homoserine kinase			SAS1270::70::100.0::4.6E-11::+	SAV1330::70::100.0::4.6E-11::+	MW1217::70::100.0::4.6E-11::+	SA1166::70::100.0::4.6E-11::+		SACOL1364::70::100.0::4.6E-11::+
5QSA00008_K_3	ACAACATAGTCAGCTTCATGAGAATGAAAATGTTGCTAATGAGTTAATCGACTTCTTATGGAAAAAATAA	30.0	31	89	Mu50	SAV2188	hypothetical protein		SAR2279::70::97.14286::3.0E-10::+	SAS2089::70::98.57143::1.1E-10::+	SAV2188::70::100.0::4.2E-11::+	MW2114::70::98.57143::1.1E-10::+	SA1990::70::100.0::4.2E-11::+		SACOL2179::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00008_K_4	ATGGAATTCAGATGGATGCAGATTTAGTATTTGATGTACGATTTTTACCAAATCCATATTATGTAGTAGA	30.0	31	85	Mu50	SAV0765	hypothetical protein		SAR0820::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS0730::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV0765::70::100.0::4.6E-11::+	MW0727::70::98.57143::1.2E-10::+	SA0720::70::100.0::4.6E-11::+		SACOL0830::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00008_K_5	TGACCATGTCAGATTTGCTAAAACAATCGGTATGAATGATATGAAAATTATTCACAAACATATTATGCCG	31.43	30	89	Mu50	SAV2465	oligopeptide transporter putative membrane permease domain		SAR2552::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS2356::70::98.57143::1.1E-10::+	SAV2465::70::100.0::4.2E-11::+	MW2389::70::98.57143::1.1E-10::+	SA2253::70::100.0::4.2E-11::+		SACOL2474::69::98.55073::1.9E-10::+
5QSA00008_K_6	TATCCAAATAATCGTACTGTTCATTATGGTTATACAGCTGCATTTATACTTGTTATATTACAAGTTATCA	27.14	32	94	Mu50	SAV1115	heme synthase		SAR1089::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS1050::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV1115::70::100.0::4.6E-11::+	MW0998::70::98.57143::1.2E-10::+	SA0964::70::100.0::4.6E-11::+		SACOL1124::70::98.57143::1.6E-10::+
5QSA00008_K_7	TCGAAGGAACTTGAACAATCAAATGCTAGTCCTAATGTTATAGGGTACACGCGACGTGATAGTGCGTATT	41.43	29	76	Mu50	SAV0790	hypothetical protein				SAV0790::70::100.0::4.2E-11::+				
5QSA00008_K_8	TTAACAAGAACTGGTCTTTATATTATTGATTCTCAATTGTTAAAAGGTCATGTTTATAATGGTATTAGTG	25.71	31	103	MSSA476	SAS1710	putative exported protein		SAR1869::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS1710::70::100.0::4.6E-11::+	SAV1789::70::100.0::4.6E-11::+	MW1727::70::100.0::4.6E-11::+	SA1607::70::100.0::4.6E-11::+		SACOL1836::70::100.0::4.6E-11::+
5QSA00008_K_9	CATATATAGAAATGTGATTGTACTTGATTACGATGAAATAAATGATGTAAAACAACTACATGACGCAATC	28.57	33	98	COL	SACOL0896	pathogenicity island protein		SAR0374::70::90.0::4.1E-8::+		SAV0790::70::90.0::4.1E-8::+,SAV2022::70::90.0::4.1E-8::+		SA1829::70::90.0::4.1E-8::+		SACOL0896::70::100.0::4.2E-11::+
5QSA00008_L_1	ATGTCATAAATCATGTAGATAACAACGCATTTTTTGATTATATAACTGCACTTGCTAAAAAAGTAAATTA	24.29	32	96	MSSA476	SAS2173	putative inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase		SAR2367::70::100.0::4.9E-11::+	SAS2173::70::100.0::4.9E-11::+	SAV2283::70::100.0::4.9E-11::+	MW2201::70::100.0::4.9E-11::+	SA2078::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL2276::70::100.0::4.9E-11::+
5QSA00008_L_10	ATATAACACCAAATTAGAACAGGAACGAAAGCAAAGATTGACTGATACAAATAAAGTTAGTGAAAATGCT	30.0	31	65	pLW043	VRA0008	TraA	traA						VRA0008::70::100.0::5.2E-11::+	
5QSA00008_L_11	ATTAAGCAATTAGGTATTATAGATGATGTCATTTCTGAACCACTTGGCGGTGCACATAAAGATGTTGAAC	35.71	29	78	Mu50	SAV1700	acetyl-CoA carboxylase alpha subunit	accA	SAR1778::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS1627::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV1700::70::100.0::4.9E-11::+	MW1643::70::98.57143::1.3E-10::+	SA1522::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL1747::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_L_12	CTACCGAATCCGCGGAAAAGTCTAAAAAATTAGATGAGTTTAAGACAAAAGTTAAAGAAAATAGACTAAT	30.0	31	75	Obsolete	Obsolete	Obsolete								
5QSA00008_L_13	TTTTTAATAACTTATTAAGTAAACAGGTTGATGGTATTATTTTCCTTGGTGGTACAATTACTGAAGAAAT	25.71	31	85	MSSA476	SAS1662	catabolite control protein A		SAR1814::70::98.57143::1.4E-10::+	SAS1662::70::100.0::5.3E-11::+	SAV1736::70::100.0::4.9E-11::+	MW1679::70::100.0::5.3E-11::+	SA1557::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL1786::70::100.0::5.3E-11::+
5QSA00008_L_14	ATGTATTCGAAGGAAATATTTTTAAAGTAAATCCAGAAACTAAAGAAATTAAGCGGCCTTTTGTAAGCCA	30.0	31	75	MRSA252	SAR2770	conserved hypothetical protein	drp35	SAR2770::70::100.0::5.2E-11::+						
5QSA00008_L_15	GTTATATATCTTGGATTATTGTGGTAGGTATTTCATTAATTCTTGTCGTAATTGTTAGTATTTTCTTATG	25.71	33	65	MSSA476	SAS2268	CorA-like Mg2  transporter protein		SAR2465::70::100.0::4.9E-11::+	SAS2268::70::100.0::4.9E-11::+	SAV2376::70::100.0::4.9E-11::+	MW2298::70::100.0::4.9E-11::+	SA2166::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL2375::70::100.0::4.9E-11::+
5QSA00008_L_16	AGTAGATGAATTACTTGATATGGTTGGATTAGAACCTGAAAAATATAAAAACAGAAAACCTGATGAATTG	28.57	32	73	Mu50	SAV0722	similar to choline transport ATP-binding protein		SAR0775::70::98.57143::1.4E-10::+	SAS0687::70::98.57143::1.4E-10::+	SAV0722::70::100.0::5.2E-11::+	MW0684::70::98.57143::1.4E-10::+	SA0677::70::100.0::5.2E-11::+		SACOL0781::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00008_L_17	TCCTGAATTAAACCATGAACAATTAAAACAACACATCACATCACTTATCAAATCAACAATTGAACGACTT	30.0	33	47	Mu50	SAV1755	probable NAD(FAD)-utilizing dehydrogenase				SAV1755::70::100.0::4.5E-11::+				
5QSA00008_L_18	AAGAAGAATATACAATTGACATTGGTAAGGCTAATGTGAAAAAAGAAGGTAATGACATTTCAATCATCAC	30.0	31	74	MSSA476	SAS1029	putative pyruvate dehydrogenase E1 component, beta subunit		SAR1068::70::100.0::5.2E-11::+	SAS1029::70::100.0::5.2E-11::+	SAV1094::70::100.0::5.2E-11::+	MW0977::70::100.0::5.2E-11::+	SA0944::70::100.0::5.2E-11::+		SACOL1103::70::100.0::5.2E-11::+
5QSA00008_L_19	AAGAATCAAACAAAATCTATTCCAAAAACGGTTAGCGTCAAAGATTATGATGGTAAATATATTGGTGAAC	30.0	32	95	MW2	MW2577	hypothetical protein		SAR2736::70::92.85714::6.5E-9::+	SAS2542::70::98.57143::1.3E-10::+		MW2577::70::100.0::4.9E-11::+			
5QSA00008_L_2	CTGATTATAAACTTAAATCATCATATATGGATAAACAGTTAATACTGGAATTATTCATTCTATCTTTATA	21.43	32	122	MSSA476	SAS1524	conserved hypothetical protein		SAR1664::70::100.0::5.2E-11::+	SAS1524::70::100.0::5.2E-11::+	SAV1587::70::100.0::5.2E-11::+	MW1538::70::100.0::5.2E-11::+	SA1415::70::100.0::5.2E-11::+		SACOL1643::70::100.0::5.2E-11::+
5QSA00008_L_20	GATTAAACATATAAAAAACCATATACCTGATAGTTTTGTTATTGCTGGTAATGTTGGTACGCCAGAAGGT	32.86	31	119	Mu50	SAV1337	guanosine 5'-monophosphate oxidoreductase		SAR1347::70::97.14286::3.7E-10::+	SAS1277::70::98.57143::1.4E-10::+	SAV1337::70::100.0::5.2E-11::+	MW1224::70::98.57143::1.4E-10::+	SA1172::70::100.0::5.2E-11::+		SACOL1371::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00008_L_21	TAATTTAGGTCGTAAATCTTTAGAAGAAGTTAAATACAAATTAGAAGATTTAGGATTAGGATTAAGAAAA	22.86	34	119	MSSA476	SAS2115	DNA-directed RNA polymerase alpha chain		SAR2309::70::100.0::4.9E-11::+	SAS2115::70::100.0::4.9E-11::+	SAV2224::70::100.0::4.9E-11::+	MW2143::70::100.0::4.9E-11::+	SA2023::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL2213::70::100.0::4.9E-11::+
5QSA00008_L_22	TTTATCAATAAATTGATAAATACGATGAATAATCATATTTCTAATCAAAGTAATAGCATTTATATGGGTG	21.43	32	134	Mu50	SAV1582	Heat-inducible transcriptional repressor	hrcA	SAR1659::70::97.14286::3.7E-10::+	SAS1520::70::98.57143::1.4E-10::+	SAV1582::70::100.0::5.2E-11::+	MW1534::70::98.57143::1.4E-10::+	SA1411::70::100.0::5.2E-11::+		SACOL1639::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00008_L_23	GCAATAGTTTTTATGTTATTGAGTGATGAAGAAGAATGGGGAAAGCTTCACAGAAATTCTAGAACAAAAT	31.43	29	87	COL	SAA0001	replication initiation protein	repC							SAA0001::70::100.0::4.9E-11::+
5QSA00008_L_24	ATGACCATATGCATAGTCATGTAACTACAAATAATAAGAAAGTATTGTTTATATCGTTTTTAATAATCGG	25.71	31	83	MSSA476	SAS2049	zinc resistance protein		SAR2234::70::100.0::5.2E-11::+	SAS2049::70::100.0::5.2E-11::+	SAV2146::70::100.0::5.2E-11::+	MW2070::70::100.0::5.2E-11::+	SA1948::70::100.0::5.2E-11::+		SACOL2138::70::100.0::5.2E-11::+
5QSA00008_L_3	ATAGGTCTAGTCTACGACGCATTAAACACAGAGAAGTTAGACGTTGCATTAGGTTATTCTACAGATGGTC	40.0	30	76	Mu50	SAV2446	glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter	opuCC	SAR2536::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS2338::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV2446::70::100.0::4.9E-11::+	MW2370::70::98.57143::1.3E-10::+	SA2235::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL2451::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_L_4	AAGAAGATTTAATATATCCAATTTTTGTAGTTGAAAAAGACGATGTGAAAAAAGAAATTAAGTCATTGCC	25.71	32	100	MSSA476	SAS1597	delta-aminolevulinic acid dehydratase		SAR1748::70::100.0::5.2E-11::+	SAS1597::70::100.0::5.2E-11::+	SAV1668::70::100.0::5.2E-11::+	MW1612::70::100.0::5.2E-11::+	SA1492::70::100.0::5.2E-11::+		SACOL1715::70::100.0::5.2E-11::+
5QSA00008_L_5	GACATCAAAGGCTTGAAAATATGGGTATTTGCAGTCGATGAAGGTAATGAAATCAGATGTCGATTACGTT	37.14	30	88	MSSA476	SAS1631	conserved hypothetical protein			SAS1631::70::100.0::4.9E-11::+		MW1647::70::100.0::4.9E-11::+			SACOL1751::70::100.0::4.9E-11::+
5QSA00008_L_6	GGAACAAATCAACTCATCATTTGTTCCAATGATATAGAAATGGGCGGAGGATCTATGCTTTATACAGTTA	35.71	29	84	Mu50	SAV2688	Drp35	drp35	SAR2770::70::95.71428::9.7E-10::+	SAS2574::67::100.0::2.6E-10::+	SAV2688::70::100.0::5.2E-11::+	MW2608::67::100.0::2.6E-10::+	SA2480::70::100.0::5.2E-11::+		SACOL2712::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00008_L_7	TGAAAAAGGTATTACATTCCTATTTATTGCACATGATTTATCGATGGTGAAGTATATCTCTGATCGAATT	30.0	30	82	MRSA252	SAR0952	putative oligopeptide transport ATP-binding protein	oppF	SAR0952::70::100.0::4.9E-11::+						
5QSA00008_L_8	CTATTATAATAATGCATTAGCTATCAAAAGATTTTTTATAGCTTTAGATAAAATTATTGACTTCAACAGA	21.43	34	145	MSSA476	SAS0344	hypothetical protein			SAS0344::70::100.0::5.3E-11::+	SAV0368::70::100.0::5.2E-11::+	MW0344::70::100.0::5.2E-11::+	SA0355::70::100.0::5.2E-11::+		SACOL0440::70::100.0::4.9E-11::+
5QSA00008_L_9	AAATCACCGATTAAGAAAACTTAATGATTTAGCCGATAAGATTAGAAATGGTGAACAAATAGAATTATAA	25.71	31	87	MSSA476	SAS0732	conserved hypothetical protein		SAR0822::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS0732::70::100.0::4.9E-11::+	SAV0767::70::100.0::4.9E-11::+	MW0729::70::100.0::4.9E-11::+	SA0722::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL0832::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_M_1	TTATTATTTTACTTGCATCTTTTAGTGAAAGTTTGTATTTTACTTTCCAGAAAAAATACATAGAAAAATA	20.0	33	142	COL	SACOL0090	integral membrane domain protein				SAV0107::70::100.0::4.2E-11::+		SA0103::70::100.0::4.2E-11::+		SACOL0090::70::100.0::4.2E-11::+
5QSA00008_M_10	CGAAATTTCATTAGAAACACCTATTGATATTGAGGTTATACCAAATGCTATTCAGTTACTTACTGTCAAT	30.0	30	86	Mu50	SAV0726	similar to multidrug resistance protein		SAR0780::70::97.14286::3.3E-10::+	SAS0691::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV0726::70::100.0::4.7E-11::+	MW0688::70::98.57143::1.2E-10::+	SA0681::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL0787::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00008_M_11	GATGAAACGATGATTAAAGATCAATTACATAGACAAATTTTAGAACAAGCAATTGTTGATGGACTTAAAA	27.14	32	93	Mu50	SAV1632	N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase	lytH	SAR1712::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS1568::70::98.57143::1.1E-10::+	SAV1632::70::100.0::4.2E-11::+	MW1582::70::98.57143::1.1E-10::+	SA1458::70::100.0::4.2E-11::+		SACOL1687::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00008_M_12	CAGATATCCCAACTAAATCAAGTATTATGGTTGGATTAGGTGAAACTATAGAAGAAATTTATGAAACGAT	30.0	30	82	Mu50	SAV0924	lipoyl synthase	lipA	SAR0887::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS0795::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV0924::70::100.0::4.7E-11::+	MW0807::70::98.57143::1.2E-10::+	SA0785::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL0927::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00008_M_13	TGCTGATAAATACTCAGCTAAAGTTAAAAACCCACAAACAGTGGATCAAATCAATTATTTCCAAGCGTTT	32.86	30	81	MSSA476	SAS0648	putative undecaprenol kinase		SAR0736::70::94.28571::2.2E-9::+	SAS0648::70::100.0::4.2E-11::+	SAV0683::70::95.71428::8.2E-10::+	MW0645::70::100.0::4.2E-11::+	SA0638::70::95.71428::8.2E-10::+		SACOL0743::70::95.71428::8.2E-10::+
5QSA00008_M_14	TACCAATACATTAGTTAATGGTTTAATGTATCAAATTAAAAATTTGTCAGGTATTAATGGAGAAATTCGT	24.29	32	111	MSSA476	SAS1131	putative RNA pseudouridylate synthase		SAR1173::70::95.71428::8.9E-10::+	SAS1131::70::100.0::4.7E-11::+	SAV1197::70::100.0::4.7E-11::+	MW1080::70::100.0::4.7E-11::+	SA1040::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL1209::70::100.0::4.7E-11::+
5QSA00008_M_15	ATTCCAGATTTTAATAATGATGAAATAGAGATTGAAATCAATCCGGATGATATTACAGTTGATACATTCA	27.14	33	104	MSSA476	SAS0719	peptide chain release factor 2		SAR0808::70::100.0::6.2E-11::+	SAS0719::70::100.0::6.2E-11::+	SAV0754::70::100.0::5.3E-11::+	MW0716::70::100.0::4.2E-11::+	SA0709::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL0818::70::100.0::6.2E-11::+
5QSA00008_M_16	AATTTTAAAGGTGTTATTGAACAAATTCCGCCAATGTATTCATCAGTCAAGGTGAATGGCAAAAAATTAT	30.0	31	102	Mu50	SAV1271	tRNA pseudouridine 5S synthase	truB	SAR1247::70::94.28571::2.4E-9::+		SAV1271::70::100.0::4.7E-11::+		SA1114::70::100.0::4.7E-11::+		
5QSA00008_M_17	AAAAATAAATATGGAGTGGAAAGATACTCGGTCGGTGGTATCACAAAGAGTAATAGTAAAAAAGTTGATC	32.86	31	72	N315	SA0385	exotoxin 9	set9					SA0385::70::100.0::4.3E-11::+		
5QSA00008_M_18	TACTAGTTATCTTAATCTTAATGAATGGCGTTGCGATTATTTTACGTAACAAATTTAGTAAAAAATTCTA	24.29	31	119	MSSA476	SAS1328	ABC transporter permease protein		SAR1400::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS1328::70::100.0::4.7E-11::+	SAV1387::70::100.0::4.7E-11::+	MW1275::70::100.0::4.7E-11::+	SA1219::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL1422::70::100.0::4.7E-11::+
5QSA00008_M_19	GTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATA	25.71	33	90	MSSA476	SAS0509	ThiJ/PfpI family protein		SAR0556::70::100.0::4.3E-11::+	SAS0509::70::100.0::4.3E-11::+	SAV0551::70::100.0::4.3E-11::+	MW0506::70::100.0::4.3E-11::+	SA0509::70::100.0::4.3E-11::+		SACOL0597::70::100.0::4.3E-11::+
5QSA00008_M_2	ATAAGACGCAAAATAGTGGTTATGAAAATGAATATTTTTATATTTCGGCCATACCTTATAATTTAGCTGA	27.14	30	116	COL	SACOL1528	lipoprotein, putative								SACOL1528::70::100.0::4.6E-11::+
5QSA00008_M_20	AGGATTATTAATATTTTTAGTAGTTATTTTACATAACGTATTAGGGTATACGATTGGATATTGGTTAGCT	25.71	34	87	COL	SACOL2314	sodium-bile acid symporter family protein		SAR2405::70::97.14286::3.3E-10::+	SAS2214::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV2321::70::100.0::4.7E-11::+	MW2242::70::98.57143::1.2E-10::+	SA2112::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL2314::70::100.0::4.7E-11::+
5QSA00008_M_21	ATATTAATAAAGATCAAAACATAGTTGATGACTATAAAAACAAAATTTTAGATGCAATGGAAGCTAATGC	24.29	31	82	Mu50	SAV0566	hypothetical protein		SAR0570::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS0524::70::97.14286::3.1E-10::+	SAV0566::70::100.0::4.3E-11::+	MW0521::70::97.14286::3.1E-10::+	SA0524::70::100.0::4.3E-11::+		SACOL0613::70::97.14286::3.1E-10::+
5QSA00008_M_22	TTTGATAACAAAATTAAAGACCAAATTGTATTTATTGATGGTGATTCAGAAAAAGTATTAGCAATTTATA	21.43	31	94	MW2	MW1154	tRNA pseudouridine 5S synthase	truB	SAR1247::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS1205::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV1271::70::98.57143::1.2E-10::+	MW1154::70::100.0::4.7E-11::+	SA1114::70::98.57143::1.2E-10::+		SACOL1290::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00008_M_23	AGAAATTAAATTAGCTGATAATAAAAGTGAAGCAACTAATCTTACGACAAAATTAGAACATAATAATAAA	21.43	33	82	MSSA476	SAS0705	putative lipoprotein		SAR0794::70::100.0::4.3E-11::+	SAS0705::70::100.0::4.3E-11::+	SAV0740::70::100.0::4.3E-11::+	MW0702::70::100.0::4.3E-11::+	SA0695::70::100.0::4.3E-11::+		SACOL0803::70::100.0::4.3E-11::+
5QSA00008_M_24	AAGTGAATTATGCCGCTGATACAGATGCAGTAGCGACACTGTTTAGTACAAAGAAAAATTTTACTAATGA	34.29	30	84	MSSA476	SAS1427	putative lipoprotein			SAS1427::70::100.0::4.7E-11::+		MW1375::70::100.0::4.7E-11::+			
5QSA00008_M_3	AAACACATATTTTTGCAACATTATTAGCAACTCACAATTCGAACGACAGTGTTATTCTTATTACTAACAA	28.57	31	97	MSSA476	SAS2208	putative transcription regulator		SAR2399::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS2208::70::100.0::4.2E-11::+	SAV2315::70::98.57143::1.1E-10::+	MW2236::70::100.0::4.2E-11::+	SA2108::70::98.57143::1.1E-10::+		SACOL2308::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00008_M_4	TAGTTCGCGCTTTAAATAGAAATGTAGTTACATGTCATTCTGAATTAGTGGATATTAATGTTAGTGGTGT	31.43	31	96	MRSA252	SAR1340	homoserine kinase	thrB	SAR1340::70::100.0::4.6E-11::+						
5QSA00008_M_5	TTTTAAAGAATCCACATAAAATCATTGATATGACGGTGAATGATTTGGCAGATGTTACGAATGTTAGTAC	31.43	30	108	Mu50	SAV0193	similar to transcription regulator RpiR family		SAR0194::70::97.14286::3.1E-10::+	SAS0168::70::98.57143::1.1E-10::+	SAV0193::70::100.0::4.2E-11::+	MW0167::70::98.57143::1.1E-10::+	SA0187::70::100.0::4.2E-11::+		SACOL0179::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00008_M_6	TGCAACAGATTCCTATTCATAATGATGCCAAGCAGACAATGAGTGCAATTCAATTTTTAGATGCCTTTCA	35.71	31	78	MRSA252	SAR2477	conserved hypothetical protein		SAR2477::70::100.0::4.6E-11::+		SAV2389::70::90.0::4.4E-8::+		SA2177::70::90.0::4.4E-8::+		SACOL2387::70::90.0::4.4E-8::+
5QSA00008_M_7	ATTATTGCTGATAAGTATTCAGTTAAAGTTAAAAACCCACAAACAGTGGATCAAATCAATTATTTCCAAG	28.57	30	75	Mu50	SAV0683	undecaprenyl pyrophosphate phosphatase	uppP		SAS0648::70::95.71428::8.2E-10::+	SAV0683::70::100.0::4.2E-11::+	MW0645::70::95.71428::8.2E-10::+	SA0638::70::100.0::4.2E-11::+		SACOL0743::70::92.85714::5.9E-9::+
5QSA00008_M_8	GTATGAAACTAATCCAATTAATCACTTCTACTATACTCGTATCTATGGCAATCAGTTTAGTAGGTAACAT	31.43	29	104	MSSA476	SAS0087	putative siderophore transport system permease		SAR0116::70::90.0::4.8E-8::+	SAS0087::70::100.0::5.4E-11::+	SAV0113::70::100.0::4.7E-11::+	MW0086::70::100.0::4.7E-11::+	SA0109::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL0097::70::100.0::5.4E-11::+
5QSA00008_M_9	GTGATATAGTGGAATTTGAAGTACAAAACATTAACGAAGGCTATATTCATCAAGTGTTTGAGCGGAAAAA	32.86	31	89	MSSA476	SAS1155	conserved hypothetical protein		SAR1197::70::95.71428::8.2E-10::+	SAS1155::70::100.0::4.2E-11::+	SAV1221::70::100.0::4.2E-11::+	MW1104::70::100.0::4.2E-11::+	SA1064::70::100.0::4.2E-11::+		SACOL1234::70::95.71428::8.2E-10::+
5QSA00008_N_1	GACAATGCTTTCGATGCTGCTGAATATGATATGACTCATGTATTTCATATACAAGGGGAGTATATACTGC	37.14	31	106	Mu50	SAV0326	hypothetical protein		SAR0323::70::95.71428::9.3E-10::+	SAS0303::70::94.28571::2.5E-9::+	SAV0326::70::100.0::4.9E-11::+	MW0303::70::94.28571::2.5E-9::+	SA0315::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL0397::70::94.28571::2.5E-9::+
5QSA00008_N_10	CCAAATCCAAAAGACACTATTAGTTCTCAATTTTATTGGGGTTCTAAGTACAACATTTCAATTAATTCAG	30.0	30	93	MW2	MW1378	Panton-Valentine leukocidin chain F precursor	lukF				MW1378::70::100.0::5.2E-11::+			
5QSA00008_N_11	CATTTTAATAGTCTAATGAATGAAATTCAAAATAATGTTAAAACAGATTTAACATTAGGTGATTTGAATA	20.0	33	150	MSSA476	SAS2202	putative exported protein		SAR2394::70::100.0::4.9E-11::+	SAS2202::70::100.0::4.9E-11::+	SAV2310::70::100.0::4.9E-11::+	MW2230::70::100.0::4.9E-11::+	SA2103::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL2302::70::100.0::5.0E-11::+
5QSA00008_N_12	TAGGGAAAATTATCACACAGATACAACAATACAAAGATATTGATTACCCGATAGCGATTGTCTTTCAAGC	34.29	29	94	MW2	MW2320	uroporphyrin-III C-methyl transferase	nasF		SAS2289::70::98.57143::1.4E-10::+	SAV2398::70::92.85714::6.8E-9::+	MW2320::70::100.0::5.2E-11::+	SA2186::70::92.85714::6.8E-9::+		SACOL2396::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00008_N_13	TATTTCATAGTATTATGGGGTCAAACTATTCACCAATAGCACTAAATATTTTTATACAAGACAATGTATT	25.71	33	114	Mu50	SAV2347	similar to divalent cation transport		SAR2432::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS2238::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV2347::70::100.0::4.9E-11::+	MW2268::70::98.57143::1.3E-10::+	SA2137::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL2342::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_N_14	TGATAAAGTGGAACGTCAAACATTATCAACAGACTCCATTTTATGGAAAGTCAAAGGTAATAAAGATATA	30.0	32	89	MSSA476	SAS1791	putative membrane protein		SAR1959::70::97.14286::3.7E-10::+	SAS1791::70::100.0::5.2E-11::+	SAV1869::70::100.0::5.2E-11::+	MW1809::70::100.0::5.2E-11::+	SA1686::70::100.0::5.2E-11::+		SACOL1927::70::100.0::5.2E-11::+
5QSA00008_N_15	GCATTCGTAAATAGAAACTATACTGTTAAATACGAGGTCAATTGGAAGACTCATGAAATCAAGGTGAAAG	34.29	30	80	Mu50	SAV2420	gamma-hemolysin component C	hlgC		SAS2311::70::97.14286::3.5E-10::+	SAV2420::70::100.0::4.9E-11::+	MW2343::70::97.14286::3.5E-10::+	SA2208::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL2421::70::97.14286::3.5E-10::+
5QSA00008_N_16	TATAGGGGAAGTTGTTGATTATACTGAAAACACTCCTAAATCATATGATCCTATGAAGCAATTTTATGTA	30.0	31	102	COL	SACOL2396	uroporphyrinogen III methylase SirB, putative								SACOL2396::70::100.0::5.2E-11::+
5QSA00008_N_17	TATAGCCCAACCAAAATTTAAATACGGAGCTAATAAATTTGAGTTTAATCAAACGGTACAAAAAGTTCAG	30.0	31	84	Mu50	SAV0902	phi ETA orf 54-like protein				SAV0902::70::100.0::4.9E-11::+				
5QSA00008_N_18	AGAACATAAAGGTTCGTTAACGGATACGCTAAAAGAAATGCAACAAGATTTACAAAGTTCAATCTCTTAT	31.43	30	82	MRSA252	SAR1347	putative GMP reductase		SAR1347::70::100.0::5.2E-11::+						
5QSA00008_N_19	CATTAATGGGTGGTAGTGATAATGTAGCAACGTCTCCATTCACATTAGTGTTTAAAAATGCTGGATTTCG	37.14	30	102	Obsolete	Obsolete	Obsolete			SAS1610::68::100.0::2.4E-10::+	SAV1681::68::100.0::2.4E-10::+	MW1625::68::100.0::2.4E-10::+	SA1505::68::100.0::2.4E-10::+		SACOL1728::68::98.52941::6.1E-10::+
5QSA00008_N_2	TAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACTATATAATAAAAGTAACAAAAAGTACGGAGGTAA	22.86	32	108	Mu50	SAV2255	hypothetical protein				SAV2255::70::100.0::5.2E-11::+		SA2052::70::100.0::5.2E-11::+		
5QSA00008_N_20	TATTGATTATCCGATAGCGATTGTTTTTCAAGCATCTTGTTTTAATGAATTCGTCGTTAAAGGGCGCTTA	34.29	30	71	MRSA252	SAR2487	tetrapyrrole (corrin/porphyrin) methylase family protein		SAR2487::70::100.0::5.2E-11::+						
5QSA00008_N_21	CAAGCAGCAAACGCGACAACACCACCTTCGTCTAATGTAGACACATCACCACCACAATCGCCAACCACAA	50.0	31	56	MSSA476	SAS0387	exotoxin			SAS0387::70::100.0::4.9E-11::+		MW0385::70::100.0::4.9E-11::+			
5QSA00008_N_22	GTGCAAAATACAATGTGTCTATCAGTTCACAATCTAATGATTCGGTTAATGTAGTAGACTATGCACCTAA	34.29	31	115	MRSA252	SAR2511	gamma-hemolysin component C precursor	hlgB	SAR2511::70::100.0::5.2E-11::+						
5QSA00008_N_23	GGTTTAAAAACAAATGATAAATATGTTTCTTTAATTAATTATTTACCTAAAAATAAAATTGAATCTACAA	15.71	34	106	MSSA476	SAS2311	gamma-hemolysin component C precursor		SAR2510::70::95.71428::9.3E-10::+	SAS2311::70::100.0::4.9E-11::+	SAV2420::70::100.0::4.9E-11::+	MW2343::70::100.0::4.9E-11::+	SA2208::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL2421::70::100.0::4.9E-11::+
5QSA00008_N_24	TAATATTATTTCAAAATTGCAACACTATTCAATTGAGGCGAAACCAGGTATATGTATTATTGGGGAAGTT	30.0	32	104	MSSA476	SAS2289	tetrapyrrole (corrin/porphyrin) methylase family protein			SAS2289::70::100.0::5.2E-11::+		MW2320::70::100.0::5.2E-11::+			SACOL2396::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00008_N_3	ATAGTACTTAGAGTCTTTATAGGATATCTTCACTTCTTTTTAAAAAAGGAAAATCAAGATAAATTTCTTC	24.29	33	119	Mu50	SAV1173	exfoliative toxin A		SAR1147::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS1106::70::97.14286::3.5E-10::+	SAV1173::70::100.0::4.9E-11::+	MW1054::70::97.14286::3.5E-10::+	SA1016::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL1184::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_N_4	TCGTGTTTTAACGAGTTTGTTGTTAAGGGGCGTTTAAGTAATATTGTTGGGAAACTGGAGCATTACGCAA	38.57	30	77	Mu50	SAV2398	uroporphyrin-III C-methyl transferase	nasF	SAR2487::70::90.0::4.7E-8::+		SAV2398::70::100.0::5.2E-11::+		SA2186::70::100.0::5.2E-11::+		
5QSA00008_N_5	GAATTATACAAATAGACGATATGAACCAATCTCAAGCTTTAATTGGAAATAATGATGAACATTTAAAAGC	27.14	32	99	MRSA252	SAR1648	PhoH-like protein		SAR1648::70::100.0::4.9E-11::+	SAS1509::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV1571::70::100.0::4.9E-11::+	MW1523::70::98.57143::1.3E-10::+	SA1400::70::100.0::4.9E-11::+		
5QSA00008_N_6	ATTATAAAAACTTTAAAACTAGAACATTTAAATCAACATATGAAATTGATTGGGAAAATCACAAAGTGAA	21.43	33	104	MSSA476	SAS2312	gamma-hemolysin component C precursor		SAR2511::70::100.0::5.2E-11::+	SAS2312::70::100.0::5.2E-11::+	SAV2421::70::100.0::5.2E-11::+	MW2344::70::100.0::5.2E-11::+	SA2209::70::100.0::5.2E-11::+		SACOL2422::70::100.0::5.2E-11::+
5QSA00008_N_7	AGCCAGTTGAAGTATTATTGGCAAATATTCCTGATTTCAAAAATCCTTCACAATTTCAAGGATTTATGAC	31.43	33	113	Mu50	SAV1712	hypothetical protein		SAR1790::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS1639::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV1712::70::100.0::4.9E-11::+	MW1655::70::98.57143::1.3E-10::+	SA1534::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL1761::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_N_8	CAGATATCGATAGTATTACTAGGTTAATTACTGATGACTATTATTTTACAATTCTTACAGACAGTTTTGG	28.57	32	91	MW2	MW0756	hypothetical protein					MW0756::70::100.0::5.2E-11::+			
5QSA00008_N_9	GCAATGTTATCTTAACCCCATCTTTAAAAGTAATTGAATCAGGTCATTTTCATACAGACTTTTCACTAAT	30.0	31	80	Mu50	SAV2216	hypothetical protein				SAV2216::70::100.0::4.9E-11::+		SA2015::70::100.0::4.9E-11::+		
5QSA00008_O_1	GATAGTGAAGCGCTTTTTGAGAAAATGTCATTTGCAACAACACTTAATCATATTTTATCAATTTGTAACG	30.0	32	109	Mu50	SAV1440	putative 5'-3' exonuclease		SAR1452::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS1383::70::98.57143::1.1E-10::+	SAV1440::70::100.0::4.3E-11::+	MW1329::70::98.57143::1.1E-10::+	SA1273::70::100.0::4.3E-11::+		SACOL1479::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00008_O_10	ATTTCATCCACTATTTATTAAACCTAATAAAGATGAATTAGAAGTGATGTTTAATACAACAGTGAACTCA	25.71	32	140	Mu50	SAV0699	fructose 1-phosphate kinase	fruB	SAR0752::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS0664::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV0699::70::100.0::4.7E-11::+	MW0661::70::98.57143::1.3E-10::+	SA0654::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL0758::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_O_11	ATTATCGAAACAGTGTTATCAATGGGGATTTATCCAACATTGAAAGAAATATTACGTCATCGTGACATTG	32.86	31	100	Mu50	SAV0315	N-acetylneuraminate lyase	nanA	SAR0312::70::94.28571::2.2E-9::+	SAS0292::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV0315::70::100.0::4.3E-11::+	MW0292::70::98.57143::1.2E-10::+	SA0304::70::100.0::4.3E-11::+		SACOL0312::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00008_O_12	AAATATTGATACAAAATGAAGATACACCTAATTTTAATTTTGTAAAAGATTTTGATAGTTTTAAAGTCTA	18.57	33	130	Mu50	SAV1504	similar to metallo-beta-lactamase, AtsA/ElaC family		SAR1581::70::92.85714::6.3E-9::+	SAS1444::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV1504::70::100.0::4.7E-11::+	MW1458::70::98.57143::1.3E-10::+	SA1335::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL1548::70::97.14286::3.3E-10::+
5QSA00008_O_13	CGCTATTCGAACCATTAACTAAAATTGAAACATATGAAAATATTGCAACTAAAATCGCTATGATTGTTAT	27.14	32	88	Mu50	SAV0361	similar to mechanosensitive ion channel			SAS0337::70::91.42857::1.6E-8::+	SAV0361::70::100.0::4.3E-11::+	MW0337::70::91.42857::1.6E-8::+	SA0349::70::100.0::4.3E-11::+		SACOL0433::70::91.42857::1.6E-8::+
5QSA00008_O_14	TGGACCTTTGCTACACTATCGAATGGTTCATGAATTACCAACATTCTTTAGTTCTAATTTTGACTATAGT	32.86	30	106	Mu50	SAV1684	primosomal protein DnaI	dnaI	SAR1763::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS1612::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV1684::70::100.0::4.7E-11::+	MW1627::70::98.57143::1.3E-10::+	SA1507::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL1731::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_O_15	TATTATAGTTGTTAAAGACGTTGGAATGAAAGACTATTTCTCTGGAGCAAGTCCAATTGTTTCAGGAGAA	34.29	30	90	Mu50	SAV0512	heat-shock protein HSP33 homolog		SAR0513::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS0469::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV0512::70::100.0::4.3E-11::+	MW0467::70::98.57143::1.2E-10::+	SA0470::70::100.0::4.3E-11::+		SACOL0556::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00008_O_16	AAACTATTCGCCTGAGAATGCAATGAAGTCAGCAATGTTACAACTGCAAGAATTAAAAGGATCTAAAAAA	32.86	30	75	N315	SA1794	hypothetical protein						SA1794::70::100.0::4.7E-11::+		
5QSA00008_O_17	CTAGATTTATTCATAATAAAATTGCAATGTTATCGATTATTTTTTTATTAATCATAACTATTGTATCAAT	17.14	34	140	Mu50	SAV0995	similar to oligopeptide ABC transporter permease		SAR0960::70::97.14286::3.1E-10::+	SAS0865::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV0995::70::100.0::4.3E-11::+	MW0877::70::98.57143::1.2E-10::+	SA0854::70::100.0::4.3E-11::+		SACOL1000::70::97.14286::3.1E-10::+
5QSA00008_O_18	AAGATTTTTTTATAAAAGAGAAATTGAAAATAGAAAAAAACATAAGCAGCCTTCAACATTAAATGTTAAA	20.0	33	80	MSSA476	SAS2241	hypothetical protein		SAR2435::70::100.0::4.7E-11::+	SAS2241::70::100.0::4.7E-11::+	SAV2350::70::100.0::4.7E-11::+	MW2271::70::100.0::4.7E-11::+	SA2140::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL2345::70::100.0::4.5E-11::+
5QSA00008_O_19	CAGATGATTATCATCAAAAGCATGGCTTAAATGAAGTGCGCTATAACAAATTACAAGAACATGCTATTGT	32.86	31	104	MSSA476	SAS1134	putative aspartate carbamoyltransferase		SAR1176::70::98.57143::1.2E-10::+	SAS1134::70::100.0::4.3E-11::+	SAV1200::70::100.0::4.3E-11::+	MW1083::70::100.0::4.3E-11::+	SA1043::70::100.0::4.3E-11::+		SACOL1212::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00008_O_2	CCAGAAAAGAAGTGAATTACGCTGCTAATACAGATACAGTAACAACATTGTTTAGTACAAAGGAAAATTT	31.43	31	80	COL	SACOL1531	lipoprotein, putative								SACOL1531::70::100.0::4.7E-11::+
5QSA00008_O_20	AGCGTGGATGCAGTCATCAATGATTAAAGATGAAAAAGCATTACAAAATTCTAAAACACATAATAATTTC	28.57	31	72	Mu50	SAV1985	hypothetical protein		SAR2085::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS1906::70::98.57143::1.3E-10::+,SAS1862::70::98.57143::3.4E-10::-	SAV1985::70::100.0::4.7E-11::+	MW1923::70::98.57143::1.3E-10::+			
5QSA00008_O_21	CTTTACCAAATGGTAAATCAGTTGATGAAAGAATTAAAGAAGCAATTTCAACAATCGGTGAAAAATTAAG	28.57	32	105	MSSA476	SAS1191	elongation factor Ts		SAR1233::70::100.0::4.3E-11::+	SAS1191::70::100.0::4.3E-11::+	SAV1257::70::100.0::4.3E-11::+	MW1140::70::100.0::4.3E-11::+	SA1100::70::100.0::4.3E-11::+		SACOL1276::70::100.0::4.3E-11::+
5QSA00008_O_22	ATTAGATCAGAGCGATGTAGTCAGACATCCATTGGTAAGTAAGATCATTGAACATTATGAAGGAGAGAAT	35.71	31	86	COL	SACOL1628	PhoH family protein		SAR1648::70::97.14286::3.5E-10::+	SAS1509::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV1571::70::98.57143::1.3E-10::+	MW1523::70::98.57143::1.3E-10::+	SA1400::70::98.57143::1.3E-10::+		SACOL1628::70::100.0::4.7E-11::+
5QSA00008_O_23	ATAAATCAGTAATGGATACTCAGCTAGAAGAAAGCATGTTGTATTCATTAAATGCTGGAGGTAAACGCAT	34.29	30	91	Mu50	SAV1521	geranyltranstransferase homolog	ispA	SAR1599::70::97.14286::3.1E-10::+	SAS1460::70::98.57143::1.2E-10::+	SAV1521::70::100.0::4.3E-11::+	MW1474::70::98.57143::1.2E-10::+	SA1352::70::100.0::4.3E-11::+		SACOL1566::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00008_O_24	TTAAGCATTACTAAAAAAGATGAGAAAGGCAAAATCTCACACGATGATTCAGAATATAAGATAACTAAAG	28.57	33	73	MRSA252	SAR0425	exotoxin		SAR0425::70::100.0::4.7E-11::+						
5QSA00008_O_3	ACTACCATGTATTGAAATGGATTTAAAAGAGATGCAAGAAGAAACTTTAAGCCAGAGTAAGATTGGTGGA	34.29	30	68	Mu50	SAV0834	hypothetical protein		SAR0865::70::95.71428::8.3E-10::+	SAS0774::70::92.85714::5.9E-9::+	SAV0834::70::100.0::4.3E-11::+	MW0787::70::92.85714::5.9E-9::+	SA0761::70::100.0::1.5E-11::+		SACOL0879::70::95.71428::8.3E-10::+
5QSA00008_O_4	CTAGGTTCTATGGGGACTATGGCAGGTAGTCAAATTATGTTTATTCTATTTATTCTATTGATTTTAGTAT	30.0	31	68	pLW043	VRA0019	TraL	traL						VRA0019::70::100.0::4.7E-11::+	
5QSA00008_O_5	AATTTAAACAGAATGATATTTGGAAACATTTTAAAGCTGTGAAAAATAATCATGTTTATGACTTAGAGGA	24.29	31	136	MSSA476	SAS1067	putative transport system extracellular binding lipoprotein		SAR1106::70::98.57143::1.1E-10::+	SAS1067::70::100.0::4.3E-11::+	SAV1133::70::98.57143::1.1E-10::+	MW1015::70::100.0::4.3E-11::+	SA0980::70::98.57143::1.1E-10::+		SACOL1143::70::98.57143::1.1E-10::+
5QSA00008_O_6	AACAACTGAAGATCAAACGGGTGATACATTGGAAATGAAGGGTGTACATTCAGCTAATTTCAACAATGAC	37.14	31	121	MRSA252	SAR1247	putative tRNA pseudouridine synthase B		SAR1247::70::100.0::4.7E-11::+						
5QSA00008_O_7	GCTAAACTATACTGCTAATACAAATACTGTAGCAACGTTGTTTAGTACGAATGATGAAAGGAATAGAAAA	31.43	31	90	COL	SACOL1530	lipoprotein, putative								SACOL1530::70::100.0::4.9E-11::+
5QSA00008_O_8	GATAGGTATCGTCTTTATCTTATTCCATATTCAAACAATAAGTCATCGTTTATTCATGACATTTATATAT	25.71	32	89	Mu50	SAV0278	hypothetical protein		SAR0275::70::97.14286::3.3E-10::+	SAS0254::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV0278::70::100.0::4.7E-11::+	MW0254::70::98.57143::1.3E-10::+	SA0267::70::100.0::4.7E-11::+		SACOL0265::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_O_9	CTTAAAACAACATAAAACTTCAAAAGAAATGGTTATTACAATTATCGGCTTAGTACTCATTTTAGTAGCC	28.57	31	95	Mu50	SAV0270	similar to ribose transporter RbsU		SAR0268::70::97.14286::3.1E-10::+	SAS0247::70::97.14286::3.1E-10::+	SAV0270::70::100.0::4.3E-11::+	MW0246::70::97.14286::3.1E-10::+	SA0260::70::100.0::4.3E-11::+		SACOL0255::70::97.14286::3.1E-10::+
5QSA00008_P_1	AGCGAATTTCTTAAATCTAGAACGTCATATAGATGTCTTTGCACCTAATGATATTGTAAATGAAGAGTTA	30.0	30	112	MSSA476	SAS1820	conserved hypothetical protein		SAR1989::70::97.14286::3.5E-10::+	SAS1820::70::100.0::4.9E-11::+	SAV1898::70::100.0::4.9E-11::+	MW1839::70::100.0::4.9E-11::+	SA1714::70::100.0::4.9E-11::+		SACOL1958::70::100.0::4.9E-11::+
5QSA00008_P_10	GAATGATGGCTAAACATCAAACGGAAGAGCCAACTGTCGCTCAAATTGAACAATTAAAAGTATTGGTTGC	38.57	30	82	Mu50	SAV2192	tagatose 1,6-diphosphate aldolase	lacD	SAR2283::70::91.42857::1.8E-8::+	SAS2093::70::92.85714::6.8E-9::+	SAV2192::70::100.0::5.2E-11::+	MW2118::70::92.85714::6.8E-9::+	SA1994::70::100.0::5.2E-11::+		SACOL2183::70::91.42857::1.8E-8::+
5QSA00008_P_11	GAGGCAAAGTATGACTTATTAGATATTTTTAAAAACAATCTAGTTAATTTTCTCAATAAGAATGGTCTAA	24.29	32	123	Mu50	SAV1862	similar to D-3-phosphoglycerate dehydrogenase		SAR1952::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS1784::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV1862::70::100.0::5.0E-11::+	MW1802::70::98.57143::1.3E-10::+	SA1679::70::100.0::5.0E-11::+		SACOL1920::70::97.14286::3.5E-10::+
5QSA00008_P_12	ATACAAGATGTCCAATTGCTCAAGATATGTGCAAAAAAAGTATGCCAGAATTAAAGGACATTGGTAATGA	32.86	30	123	COL	SACOL0998	oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein		SAR0958::70::97.14286::3.7E-10::+						SACOL0998::70::100.0::5.2E-11::+
5QSA00008_P_13	GATTGCATTAGCTGCCTATAAATATTATTCTGATAAAAATGATGTTATGAAACCACATCAAATATATGGT	27.14	32	96	Mu50	SAV2042	sucrose operon repressor	scrR	SAR2129::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS1947::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV2042::70::100.0::5.0E-11::+	MW1966::70::98.57143::1.3E-10::+	SA1847::70::100.0::5.0E-11::+		SACOL2030::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_P_14	TGTTATTCTTTATTGGTTTATACCACTTTTAACAACTTTTCAGATTATTCGTTATTGGGCAGAAATGGCT	30.0	31	78	MRSA252	SAR2592	putative fatty acid desaturase		SAR2592::70::100.0::5.2E-11::+						
5QSA00008_P_15	ATTGTTGATGAATTAGTCATCATTGATTTAGACACTGAAAAAGTTCGAGGAGATGTTATGGATTTAAAAC	30.0	31	77	MSSA476	SAS0217	L-lactate dehydrogenase 1		SAR0234::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS0217::70::100.0::5.0E-11::+	SAV0241::70::100.0::5.0E-11::+	MW0217::70::100.0::5.0E-11::+	SA0232::70::100.0::5.0E-11::+		SACOL0222::70::100.0::5.0E-11::+
5QSA00008_P_16	TTATTTTACGATGGATGCGGGTCCTAATGTGAAAATACTTGTAGAAAAGAAAAACAAGCAACAGATTATA	31.43	30	76	Mu50	SAV0591	mevalonate diphosphate decarboxylase	mvaD	SAR0597::70::97.14286::3.7E-10::+	SAS0550::70::97.14286::3.7E-10::+	SAV0591::70::100.0::5.3E-11::+	MW0546::70::97.14286::3.7E-10::+	SA0548::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL0637::70::97.14286::3.7E-10::+
5QSA00008_P_17	TATACTATTTTATCAAAAATAATAATGAAACCTACATTATTAAATCAAACTTATATTACTTATACAAAAT	14.29	35	126	MSSA476	SAS1423	hypothetical protein		SAR1491::70::97.14286::3.5E-10::+	SAS1423::70::100.0::5.0E-11::+	SAV1483::70::100.0::5.0E-11::+	MW1371::70::100.0::5.0E-11::+	SA1314::70::100.0::5.0E-11::+		SACOL1524::70::100.0::5.0E-11::+
5QSA00008_P_18	TCAATAAGCGCGCTATATATTATCTATTTATTCATCAATATTATGATATCTGGTGTTAATATTCCAGGAT	27.14	32	102	Mu50	SAV0704	similar to CsbB stress response protein		SAR0757::70::94.28571::2.6E-9::+	SAS0669::70::97.14286::3.7E-10::+	SAV0704::70::100.0::5.3E-11::+	MW0666::70::97.14286::3.7E-10::+	SA0659::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL0764::70::95.71428::9.8E-10::+
5QSA00008_P_19	CAGGCATTTACAAATACACATGCACCAGTTGAAGTATTAAAAGAAAAATTCGAACCTGTACTTAAAGAAC	32.86	30	89	Mu50	SAV1762	similar to Fe-S oxidoreductase		SAR1845::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS1686::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV1762::70::100.0::5.0E-11::+	MW1703::70::98.57143::1.3E-10::+	SA1581::70::100.0::5.0E-11::+		SACOL1810::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_P_2	ACTTAGATTTAGTTTATTCAGATACATGGTTAGAAAAAATGAAATCAAGACAAGGAGTTAAATCAGAATG	27.14	32	97	MSSA476	SAS0090	pyridoxal-phosphate dependent enzyme		SAR0119::70::100.0::5.2E-11::+	SAS0090::70::100.0::5.2E-11::+	SAV0116::70::100.0::5.2E-11::+	MW0089::70::100.0::5.2E-11::+	SA0112::70::100.0::5.2E-11::+		SACOL0100::70::100.0::4.9E-11::+
5QSA00008_P_20	ATGGTAGTGCATTACAGATTAATAAAAACACAAATAAACAAGCTATTAAAGACTTTTTAGATGAAGATTA	24.29	31	88	MSSA476	SAS1302	putative membrane protein		SAR1374::70::100.0::5.3E-11::+	SAS1302::70::100.0::5.3E-11::+	SAV1362::70::100.0::5.3E-11::+	MW1249::70::100.0::5.3E-11::+	SA1195::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL1398::70::100.0::5.3E-11::+
5QSA00008_P_21	ATGCATCATTTAATTGATACAGAACAATTTAAAATGATGAAATCTACGGTGTATTTAATCAATGCCTCTC	28.57	32	126	Mu50	SAV2305	glycerate dehydrogenase		SAR2389::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS2196::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV2305::70::100.0::5.0E-11::+	MW2224::70::98.57143::1.3E-10::+	SA2098::70::100.0::5.0E-11::+		SACOL2296::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00008_P_22	TTATGACTTCTTCGAAAATGAAGTAATGAATAAAGAAGATATTAAAGCAGAAAAAAATGCTGATACAAAT	24.29	32	77	Mu50	SAV1389	thioredoxine reductase		SAR1402::70::98.57143::1.4E-10::+	SAS1330::70::98.57143::1.4E-10::+	SAV1389::70::100.0::5.3E-11::+	MW1277::70::98.57143::1.4E-10::+	SA1221::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL1424::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00008_P_23	TAAAGTTGAATTCCAGAATGACGACGTAGAAGGCAATTTTATTGATCGTTTGTTTGATGAGAGCTCGCAT	37.14	30	82	MSSA476	SAS1881	hypothetical phage protein			SAS1881::70::100.0::5.0E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-		MW1898::70::100.0::5.0E-11::+			
5QSA00008_P_24	AAAAAGGTGGCGTATTTGGTACTACTCAAGGACTACAACAACAATATGGTGAAGACAGAGTTATCGATAC	38.57	30	74	MSSA476	SAS1455	2-oxoisovalerate dehydrogenase beta subunit		SAR1594::70::97.14286::3.7E-10::+	SAS1455::70::100.0::5.3E-11::+	SAV1516::70::100.0::5.3E-11::+	MW1469::70::100.0::5.3E-11::+	SA1347::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL1561::69::97.10145::6.4E-10::+
5QSA00008_P_3	TTTCCCTAAGAAAACAGACTTAGCTAAAGTAAATCAAGAGCAACTTAACTATGCATTAGACTCAATTAAT	30.0	32	76	MRSA252	SAR1433	putative transposase		SAR1170::70::100.0::4.9E-11::+,SAR2705::70::100.0::4.9E-11::+,SAR0955::70::100.0::4.9E-11::+,SAR1433::70::100.0::4.9E-11::+,SAR0085::70::100.0::4.9E-11::+,SAR2706::70::100.0::1.0E-10::+,SAR0954::70::100.0::1.1E-10::-,SAR1305::70::98.57143::1.3E-10::+						
5QSA00008_P_4	TAAGTTATATACAATTATGGGATATGTAGGCTTATTTATTGTAGTAGCTGTAATTATTAAATATTTCAAA	21.43	34	107	MSSA476	SAS0619	putative membrane protein		SAR0664::70::98.57143::1.6E-10::+	SAS0619::70::100.0::5.9E-11::+	SAV0654::70::100.0::5.2E-11::+	MW0616::70::100.0::5.9E-11::+	SA0609::70::100.0::5.2E-11::+		SACOL0711::70::100.0::5.9E-11::+
5QSA00008_P_5	ATGGTCACAGAGTCCATAATGCATTTAAAAATAGAAACTACACTGTGAAATATGAAGTCAATTGGAAGAC	32.86	30	85	MRSA252	SAR2510	gamma-hemolysin component C precursor	hlgC	SAR2510::70::100.0::4.9E-11::+						
5QSA00008_P_6	GAGCAATTTAAGTTAAGCTATTTATTTATCGCGCATGATTTAAGTGTAGTGAAACATATTAGTGATGTAA	28.57	31	82	Mu50	SAV0993	oligopeptide transport system ATP-binding protein AppF homolog	appF	SAR0958::70::91.42857::1.8E-8::+	SAS0863::70::91.42857::1.8E-8::+	SAV0993::70::100.0::5.2E-11::+	MW0875::70::91.42857::1.8E-8::+	SA0852::70::100.0::5.2E-11::+		SACOL0998::70::91.42857::1.8E-8::+
5QSA00008_P_7	ACAAACACCCAACAAGCACATACACTAATGTCAACACAATCACAAGACGTATCTTATGGTACTTATTATA	34.29	31	86	Mu50	SAV0276	peptidoglycan hydrolase	lytM	SAR0273::70::98.57143::1.3E-10::+	SAS0252::70::98.57143::1.3E-10::+	SAV0276::70::100.0::5.0E-11::+	MW0252::70::98.57143::1.3E-10::+	SA0265::70::100.0::5.0E-11::+		SACOL0263::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00008_P_8	GTATTATTCAAATATTAAATGAATTAGAAGAATATTTACAAATCAAATCGCAATTTGGTTCATTGAAAAT	20.0	34	123	MSSA476	SAS1452	putative membrane protein		SAR1591::70::100.0::5.2E-11::+	SAS1452::70::100.0::5.2E-11::+	SAV1513::70::100.0::5.2E-11::+	MW1466::70::100.0::5.2E-11::+	SA1344::70::100.0::5.2E-11::+		SACOL1557::70::100.0::5.2E-11::+
5QSA00008_P_9	TACTGTCACCAGTACAAATACCGGCAAGCATTATTATTGCATTAATTGGTATACCAGTGTTATTTTACAT	32.86	31	122	Mu50	SAV0610	similar to iron(III) ABC transporter permease protein		SAR0619::70::92.85714::6.6E-9::+	SAS0578::70::95.71428::9.4E-10::+	SAV0610::70::100.0::5.0E-11::+	MW0574::70::95.71428::9.4E-10::+	SA0567::70::100.0::5.0E-11::+		SACOL0666::70::95.71428::9.4E-10::+
5QSA00009_A_1	GATACAAAAAAATCTAAAATCAAAGTAACTTACCAAAGAGAAATGGATAGATATACTAATCAATGGAATC	25.71	32	69	MSSA476	SAS1748	gamma-hemolysin component B precursor	hlgB		SAS1748::70::100.0::5.3E-11::+	SAV1819::70::100.0::5.3E-11::+	MW1767::70::100.0::5.3E-11::+	SA1637::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL1880::70::100.0::5.3E-11::+
5QSA00009_A_10	AAGATAGAATTCAAGGATTTGAAACGATAGCTTCTCAAAATAAAATTAATTATCAAATTATTGAGACTAG	24.29	32	108	COL	SACOL1552	maltose operon repressor	malR							SACOL1552::70::100.0::5.6E-11::+
5QSA00009_A_11	TTAAATCCAGAGCGTATGATCATTATGACTGATCACGCTAAAAAAGATTCTGCTGAATTCAAGAAATTAC	32.86	30	124	MSSA476	SAS2078	putative transport system binding lipoprotein			SAS2078::70::100.0::5.3E-11::+	SAV2177::70::95.71428::9.8E-10::+	MW2103::70::100.0::5.3E-11::+	SA1979::70::95.71428::9.8E-10::+		SACOL2167::70::95.71428::9.8E-10::+
5QSA00009_A_12	ACAGAGAAAAAAATCTCACAAAGCTTACAATTTAATTTTCTTACTGAGCCAAATTATGATAAAGAGACAG	28.57	32	89	MRSA252	SAR2107	putative leukocidin F subunit		SAR2107::70::100.0::5.6E-11::+						
5QSA00009_A_13	TACCTTCAACACCGTATGATGCTAAAGGTCTATTATTATCTTCAATTGAATCAAATGATCCTGTTTTATA	30.0	29	105	MRSA252	SAR1594	2-oxoisovalerate dehydrogenase beta subunit	bfmBAB	SAR1594::70::100.0::5.3E-11::+						
5QSA00009_A_14	TTATGAAACCATTATTACCAAAAAGCATAACTATGGATAGAGGTAAGGAGTTCGCTCTATTTGAACAAAT	31.43	29	86	COL	SACOL1573	integrase-recombinase, core domain family, authentic frameshift		SAR1287::70::94.28571::2.7E-9::+						SACOL1573::70::100.0::5.6E-11::+
5QSA00009_A_15	TGATGGTGACTACAAGCAAAATATCGATGCTTTCAAGACAATTGCGAAAGCTTTAGATAAAGAAAAAGAA	32.86	32	97	MRSA252	SAR2268	putative transport system binding lipoprotein		SAR2268::70::100.0::5.3E-11::+						
5QSA00009_A_16	CATCAGGTACTGTAGATATTACCATTTCTGTTGAACAAAATCGTATCGCAGATTGTCGTATTTATGGGGA	37.14	30	105	Mu50	SAV0327	putative lipoate-protein ligase		SAR0324::70::92.85714::7.1E-9::+	SAS0304::70::92.85714::7.1E-9::+	SAV0327::70::100.0::5.6E-11::+	MW0304::70::92.85714::7.1E-9::+	SA0316::70::100.0::5.6E-11::+		SACOL0398::70::92.85714::7.1E-9::+
5QSA00009_A_17	ACTGGCAGAAAAATATGGCATCGATGGTGTCATGATTGGTAGAGGCATTTTCCATAATCCATTCGCTTTT	40.0	31	96	Mu50	SAV0089	similar to nitrogen regulation protein NifR3		SAR0099::70::95.71428::9.9E-10::+	SAS0059::70::95.71428::9.9E-10::+	SAV0089::70::100.0::5.3E-11::+,SAV0083::70::94.28571::1.1E-9::+	MW0059::70::95.71428::9.9E-10::+	SA0085::70::100.0::5.3E-11::+,SA0079::70::94.28571::1.1E-9::+		SACOL0067::70::95.71428::9.1E-10::+,SACOL0059::70::90.0::1.4E-8::+
5QSA00009_A_18	AATTTAACTGACAATAAAAACTTTGTAGTTTCTGAAGACAAATTGAATAAGATTGTAGATTCATCGGCAG	28.57	30	101	Mu50	SAV0813	extracellular ECM and plasma binding protein	ssp	SAR0845::70::91.42857::1.9E-8::+	SAS0754::70::95.71428::1.0E-9::+	SAV0813::70::100.0::5.6E-11::+	MW0767::70::95.71428::1.0E-9::+	SA0744::70::100.0::5.6E-11::+		SACOL0858::70::95.71428::1.0E-9::+
5QSA00009_A_19	AAGAAAACGGGAAAGCTAGAACTGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATCCGTGGCCTGGATATGA	45.71	30	68	Mu50	SAV0095	1-phosphatidylinositol phosphodiesterase precurosr	plc	SAR0105::70::94.28571::2.6E-9::+	SAS0070::70::94.28571::2.6E-9::+	SAV0095::70::100.0::5.3E-11::+	MW0070::70::94.28571::2.6E-9::+	SA0091::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL0078::70::94.28571::2.6E-9::+
5QSA00009_A_2	ATAGCTAATCTTGAAAATACATTAAACAATAATGCATTTATCCAGCAATTATTAGCTGGAAATGGCTATA	27.14	33	123	Mu50	SAV1103	hypothetical protein		SAR1077::70::98.57143::1.5E-10::+	SAS1038::70::98.57143::1.5E-10::+	SAV1103::70::100.0::5.6E-11::+	MW0986::70::98.57143::1.5E-10::+	SA0954::70::100.0::5.6E-11::+		SACOL1112::70::98.57143::1.5E-10::+
5QSA00009_A_20	TTTAAAGATAAACATATAGAGATTCGATTTATAGAATTTATGGATGTTGGTAATGATAATGGATGGGATT	25.71	34	98	MSSA476	SAS2158	putative molybdenum cofactor biosynthesis protein A		SAR2352::70::100.0::5.6E-11::+	SAS2158::70::100.0::5.6E-11::+	SAV2268::70::100.0::5.6E-11::+	MW2186::70::100.0::5.6E-11::+	SA2063::70::100.0::5.6E-11::+		SACOL2261::70::100.0::5.6E-11::+
5QSA00009_A_21	TTTATTAAATGTATTAAAAGACAAACTTTCTGGTAAAAACGTTAAAATCGTATTACCTGAAGGAGAGGAC	28.57	31	90	MSSA476	SAS0547	putative phosphate acetyltransferase		SAR0594::70::100.0::5.3E-11::+	SAS0547::70::100.0::5.3E-11::+	SAV0588::70::100.0::5.3E-11::+	MW0543::70::100.0::5.3E-11::+	SA0545::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL0634::70::100.0::5.3E-11::+
5QSA00009_A_22	ATGGGAAAAAATATACCTATGAATTAGCCGAACAGTTTTCTAAAGAGAAGTCGGGTGGTCAAAAAGCAGA	37.14	28	68	Mu50	SAV0400	similar to lipoprotein, NLP/P60 family				SAV0400::70::100.0::5.6E-11::+				
5QSA00009_A_23	CATATTAAGTAAGTCAATTATTAAATTATTACCAGAAAAGATATCTAAACTAAGTAGTGGAGAAGTTATA	22.86	32	92	Mu50	SAV0992	oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein homolog		SAR0957::70::98.57143::1.4E-10::+	SAS0862::70::98.57143::1.4E-10::+	SAV0992::70::100.0::5.3E-11::+	MW0874::70::98.57143::1.4E-10::+	SA0851::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL0997::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00009_A_24	CAAAACGATACGAATTAACGGATGCAGATTGGGAAGCGATTGATGAATTAGTTGATAAAAAGTATAAAAA	31.43	34	71	MSSA476	SAS0304	putative lipoate-protein ligase A			SAS0304::70::100.0::5.6E-11::+	SAV0327::70::95.71428::1.0E-9::+	MW0304::70::100.0::5.6E-11::+	SA0316::70::95.71428::1.0E-9::+		SACOL0398::70::95.71428::1.0E-9::+
5QSA00009_A_3	GTACCTAGAGACTCAGATAAATATGTCACACAAATATTCAACTTAAAATTAGAAGCAATAAGACAAAACG	30.0	32	67	N315	SA1808	probable ss-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase						SA1808::70::100.0::5.3E-11::+		
5QSA00009_A_4	CGGTTGCATCACAATTTAATCTGGATTATCAAATTATTGAGACTAGTAATGAAAGAGAAGTTATTTTAAA	27.14	32	100	Mu50	SAV1508	maltose operon transcriptional repressor	malR	SAR1585::70::97.14286::3.9E-10::+	SAS1448::70::97.14286::3.9E-10::+	SAV1508::70::100.0::5.6E-11::+	MW1462::70::97.14286::3.9E-10::+	SA1339::70::100.0::5.6E-11::+		
5QSA00009_A_5	TAAATTAATCAATAAGTATAAAGATGAAATTAAATTTGATAGAAATCAAAAAGTGCTTCCAGCAGTAGTT	22.86	33	81	MSSA476	SAS2078	putative transport system binding lipoprotein		SAR2268::70::98.57143::1.4E-10::+	SAS2078::70::100.0::5.3E-11::+	SAV2177::70::100.0::5.3E-11::+	MW2103::70::100.0::5.3E-11::+	SA1979::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL2167::70::100.0::5.3E-11::+
5QSA00009_A_6	TAATATTTATAAACCACATTCTGGCTTTACATTAGAAACACAATTTTTACCAAATGATATTAATTTATAT	20.0	34	112	MSSA476	SAS2230	putative aldose 1-epimerase		SAR2424::70::100.0::5.6E-11::+	SAS2230::70::100.0::5.6E-11::+	SAV2338::70::100.0::5.6E-11::+	MW2258::70::100.0::5.6E-11::+	SA2129::70::100.0::5.6E-11::+		SACOL2332::70::100.0::5.6E-11::+
5QSA00009_A_7	ACTGAGAATAATGATATGAATGACTTGAATGATATAAAGTACAAAAATGAAATTAGTAATCATTCAAATC	22.86	34	114	MRSA252	SAR0686	putative transposase (pseudogene)		SAR0711::70::100.0::5.0E-11::+,SAR0686::70::100.0::1.3E-10::+,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::+				SAP001::70::100.0::5.3E-11::+		
5QSA00009_A_8	CATTTAGCGATTTTAAGTGTGCTATATGAACTTAATATTGAAATTCCAAAAGATGTAATGACAGCAACAT	28.57	30	103	MSSA476	SAS1448	maltose operon transcriptional repressor		SAR1585::70::95.71428::1.0E-9::+	SAS1448::70::100.0::5.6E-11::+	SAV1508::70::95.71428::1.0E-9::+	MW1462::70::100.0::5.6E-11::+	SA1339::70::95.71428::1.0E-9::+		SACOL1552::70::95.71428::1.0E-9::+
5QSA00009_A_9	ATAACCCAGATAATCCTGATAACCCTAACAATCCTGATAACCCTAACAACCCTAACAACCCTGATAATCC	40.0	36	53	MW2	MW0932	serine protease; V8 protease; glutamyl endopeptidase	sspA		SAS0984::70::95.71428::1.0E-9::+,SAS0984::70::91.42857::1.8E-8::+	SAV1048::70::91.42857::1.9E-8::+	MW0932::70::100.0::5.3E-11::+	SA0901::70::91.42857::1.9E-8::+		
5QSA00009_B_1	CAACTGGTGTTAGAATTACAATTGGTTTTAAAGAACAAAATGATAAAATGTTAGAAGTTTTATCAAATTT	22.86	32	96	Mu50	SAV0724	Histidinol-phosphate aminotransferase		SAR0777::70::97.14286::4.1E-10::+	SAS0689::70::98.57143::1.5E-10::+	SAV0724::70::100.0::5.9E-11::+	MW0686::70::98.57143::1.5E-10::+	SA0679::70::100.0::5.9E-11::+		SACOL0784::70::98.57143::1.5E-10::+
5QSA00009_B_10	ATTAAATAGTTTGAGTAAATATTTTAACCAAAAGTTAAAAGCACTCAATGTTAATTATAATAGTTCAAAC	20.0	32	133	MSSA476	SAS2315	putative 8-amino-7-oxononanoate synthase		SAR2514::70::98.57143::1.6E-10::+	SAS2315::70::100.0::6.3E-11::+	SAV2424::70::100.0::6.3E-11::+	MW2347::70::100.0::6.3E-11::+	SA2212::70::100.0::6.3E-11::+		SACOL2425::70::100.0::6.3E-11::+
5QSA00009_B_11	TAGATAATCCGATAAAGCCATTGCAAAATGATAAAGATAGCATTATCGATTATATTAAAGGAGCTTTATA	27.14	34	132	Mu50	SAV1329	threonine synthase	thrC	SAR1339::70::98.57143::1.6E-10::+	SAS1269::70::98.57143::1.6E-10::+	SAV1329::70::100.0::5.9E-11::+	MW1216::70::98.57143::1.6E-10::+	SA1165::70::100.0::5.9E-11::+		SACOL1363::70::98.57143::1.6E-10::+
5QSA00009_B_12	TTTACCACTGCATTAAAAGTATTAGACGACCAACTTCCAGACGGTCAGACATTCCCTAGAATTGTTATAC	38.57	30	77	MW2	MW0745	hypothetical protein	int				MW0745::70::100.0::6.3E-11::+			
5QSA00009_B_13	ATTGCTTTAATTCAAAAAGCAGCTAATATTGTTGATGAAACATATGAATATATTTTAACTGTTGTAAAAG	22.86	32	125	MSSA476	SAS1468	putative peptidase			SAS1468::70::100.0::5.9E-11::+	SAV1529::70::100.0::5.9E-11::+	MW1482::70::100.0::5.9E-11::+	SA1360::70::100.0::5.9E-11::+		SACOL1588::70::100.0::5.9E-11::+
5QSA00009_B_14	GTTTCAAATATTCAAAATACAAATAATATAGCAAATCCTAATTTAATATTTATTGGTCAAAAATTAAAAG	17.14	35	121	MSSA476	SAS1181	putative cell wall hydrolase		SAR1223::70::100.0::6.3E-11::+	SAS1181::70::100.0::6.3E-11::+	SAV1247::70::100.0::6.3E-11::+	MW1130::70::100.0::6.3E-11::+	SA1090::70::100.0::6.3E-11::+		SACOL1264::70::100.0::6.5E-11::+
5QSA00009_B_15	GTGATACTAATTCAATTATTTATGGCATTTATTATTGGGGTTTTAGCTGCTCATCAATTTAAATTTAATG	25.71	33	108	Mu50	SAV1859	similar to regulatory protein		SAR1950::70::98.57143::1.6E-10::+	SAS1782::70::98.57143::1.6E-10::+	SAV1859::70::100.0::5.9E-11::+	MW1800::70::98.57143::1.6E-10::+	SA1676::70::100.0::5.9E-11::+		SACOL1917::70::98.57143::1.6E-10::+
5QSA00009_B_16	ATTATATATTAGAAATTTGTGACAAAGGCTTAGAACAAGCAATTAAAGATAATGAAGCCTTAAGTACTGG	28.57	32	102	MSSA476	SAS1382	alanine dehydrogenase 2		SAR1451::70::98.57143::1.6E-10::+	SAS1382::70::100.0::6.3E-11::+	SAV1439::70::100.0::6.3E-11::+	MW1328::70::100.0::6.3E-11::+	SA1272::70::100.0::6.3E-11::+		SACOL1478::70::100.0::6.3E-11::+
5QSA00009_B_17	TGATTCAAAAAGCAGCAGATATCGTTGATGAAACATATGAATACATACTAACGGTTGCAAAAGCTGGTAT	34.29	29	88	MRSA252	SAR1607	putative peptidase		SAR1607::70::100.0::5.9E-11::+						
5QSA00009_B_18	ATTACTTAATTGCTTCAGACTATTCATTTGTAAATCCAGAAGATAATGACTTAGATCAAGGTTTTGAATG	28.57	31	98	MSSA476	SAS1557	conserved hypothetical protein		SAR1701::70::98.57143::1.6E-10::+	SAS1557::70::100.0::6.3E-11::+	SAV1621::70::100.0::6.3E-11::+	MW1571::70::100.0::6.3E-11::+	SA1449::70::100.0::6.3E-11::+		SACOL1676::70::100.0::6.3E-11::+
5QSA00009_B_19	TGATGTCGTGAATTTAAAGGGTGGATATAAAGATTATGAAGCAAAGAACTTCAATAGTGCTCCTTTAATA	31.43	30	88	MRSA252	SAR0046	hypothetical protein		SAR0046::70::100.0::5.9E-11::+		SAV0047::70::100.0::5.9E-11::+		SA0044::70::100.0::5.9E-11::+		
5QSA00009_B_2	AATCTGGCAATATAAAAGGTAACTCTGAAGAAACAAGTACAGTATCTAATATAAGTTATGAAATAGAAAA	25.71	31	82	COL	SACOL2496	conserved hypothetical protein								SACOL2496::70::100.0::6.2E-11::+
5QSA00009_B_20	AATAAAGGGTATAGAGAAGCATTTAAATCAAATCAACCATTATCATTAGGTTTAAATACTTACAAAGGTC	27.14	31	114	MSSA476	SAS1636	alanine dehydrogenase 1		SAR1787::70::100.0::6.3E-11::+	SAS1636::70::100.0::6.3E-11::+	SAV1709::70::100.0::6.3E-11::+	MW1652::70::100.0::6.3E-11::+	SA1531::70::100.0::6.3E-11::+		SACOL1758::70::100.0::6.3E-11::+
5QSA00009_B_21	ATTTAGATATAAATTATTCTGCTAAAGGTACTACAATTGTATTATTTAGTGGAGAATTAGACAAAGCTGT	25.71	32	139	MSSA476	SAS0056	hypothetical protein			SAS0056::70::100.0::5.9E-11::+	SAV0086::70::100.0::5.9E-11::+	MW0056::70::100.0::5.9E-11::+	SA0082::70::100.0::5.9E-11::+		SACOL0063::70::100.0::5.9E-11::+
5QSA00009_B_22	AAGATGAAACAGAAACATACTTAAATTTAAAAATAGAATCTACTGATGATTTAAAAATAGCTGCTAAACG	24.29	32	105	MSSA476	SAS0288	PfkB family carbohydrate kinase		SAR0308::70::100.0::6.3E-11::+	SAS0288::70::100.0::6.3E-11::+	SAV0311::70::100.0::6.3E-11::+	MW0288::70::100.0::6.3E-11::+			SACOL0308::70::100.0::6.3E-11::+
5QSA00009_B_23	GATTATACAGTCACATTAGTTGATCGTATGCCATTTCATGGATTGAAACCAGAATTCTATGCTTTAGCTG	35.71	30	83	Mu50	SAV0938	putative NADH dehydrogenase		SAR0900::70::98.57143::1.6E-10::+	SAS0808::70::98.57143::1.6E-10::+	SAV0938::70::100.0::5.9E-11::+	MW0820::70::98.57143::1.6E-10::+	SA0799::70::100.0::5.9E-11::+		SACOL0941::70::98.57143::1.6E-10::+
5QSA00009_B_24	CTCTTGAATCAGAATATCCATATTTTAAAGAAGGACTAGTATTATTTACTTATCTTCATCTAGCGAATGA	28.57	30	100	MRSA252	SAR1787	alanine dehydrogenase 1	ald1	SAR1787::70::100.0::6.3E-11::+	SAS1636::70::90.0::5.3E-8::+		MW1652::70::90.0::5.3E-8::+	SA1531::70::90.0::5.3E-8::+		SACOL1758::70::90.0::5.3E-8::+
5QSA00009_B_3	AAACGTTAAAATGAGTGATTTGAAAGGCACTTTAGAATTGTTAGCTAAGAAATTATTTGGTGCTGATCGT	31.43	31	93	Mu50	SAV1138	Phe-tRNA synthetase alpha chain	pheS	SAR1111::70::98.57143::1.5E-10::+	SAS1072::70::98.57143::1.5E-10::+	SAV1138::70::100.0::5.9E-11::+	MW1021::70::98.57143::1.5E-10::+	SA0985::70::100.0::5.9E-11::+		SACOL1148::70::98.57143::1.5E-10::+
5QSA00009_B_4	ACATCATTACTATACAAATTATTTTCTCCAGTATCAGAAATGATTATGAATTCAGTACAATCATCATATG	25.71	36	116	MSSA476	SAS2050	putative membrane protein		SAR2235::70::100.0::6.1E-11::+	SAS2050::70::100.0::6.1E-11::+	SAV2147::70::100.0::6.1E-11::+	MW2071::70::100.0::6.1E-11::+			SACOL2140::70::100.0::6.3E-11::+
5QSA00009_B_5	TATGGATATTAAAGGATACGCCAATCTATATCAAAAGGATATAGGTAAAGATGTAAGTATGATTGAACAG	30.0	31	86	MW2	MW0754	hypothetical protein					MW0754::70::100.0::5.9E-11::+			
5QSA00009_B_6	GATATACAAAATAATTTAGGTAGTAATGATAAATTAAATGAATATATTACACATAGAGGTTCTGCTTCAT	22.86	32	94	MSSA476	SAS0320	putative Sec-independent exported protein		SAR0341::70::94.28571::3.2E-9::+	SAS0320::70::100.0::7.0E-11::+	SAV0344::70::100.0::6.3E-11::+	MW0320::70::100.0::6.3E-11::+	SA0332::70::100.0::6.3E-11::+		SACOL0415::70::100.0::7.0E-11::+
5QSA00009_B_7	ACACAAAAAACTGCAAGAGCATCGTATGGCAGGCACTAATATTGATAACATTGAAGTGAATATAAAATAA	31.43	32	71	COL	SACOL0470	exotoxin, putative								SACOL0470::70::100.0::5.9E-11::+
5QSA00009_B_8	GCACTTGTATTTATAGGATTAATAATTTTTATCTCTGTTGTAATACTTATAATGTCGCTTTTCACCCTTA	27.14	30	96	Mu50	SAV2038	accessory gene regulator C	agrC			SAV2038::70::100.0::6.3E-11::+		SA1843::70::100.0::6.3E-11::+		
5QSA00009_B_9	AAAAGTTAGTTATGAGCAACGTATTAATGAAATTATTGAAGCAAGTAAATTAGCAGATGAAACAGGTATT	27.14	33	85	Mu50	SAV0339	similar to bacterial luciferase family protein		SAR0335::70::97.14286::4.1E-10::+	SAS0315::70::98.57143::1.6E-10::+	SAV0339::70::100.0::5.9E-11::+	MW0315::70::98.57143::1.6E-10::+	SA0327::70::100.0::5.9E-11::+		SACOL0409::70::98.57143::1.6E-10::+
5QSA00009_C_1	CATAGTTTGTTTATTAATCCAATCACTCGAAAACTTCATACGTTCAATTTAGAGAAAAAACAAATAATGA	25.71	31	131	Mu50	SAV0999	similar to transcription factor		SAR0967::70::95.71428::9.9E-10::+	SAS0869::70::95.71428::9.9E-10::+	SAV0999::70::100.0::5.3E-11::+	MW0881::70::95.71428::9.9E-10::+	SA0858::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL1004::70::95.71428::9.9E-10::+
5QSA00009_C_10	TACGAATTATAGCGAAAAAGGCATGCGAGAAATTAAGAAAGATATCGGTATGATATTTCAGCATTTCAAT	31.43	31	99	Mu50	SAV0462	similar to ABC transporter ATP-binding protein		SAR0461::70::90.14085::1.0E-7::+	SAS0419::70::91.54929::4.0E-8::+	SAV0462::70::100.0::5.6E-11::+	MW0416::70::91.54929::4.0E-8::+	SA0420::70::100.0::5.6E-11::+		SACOL0504::70::91.54929::4.0E-8::+
5QSA00009_C_11	TTTTAATTGAAAATATTAAAACAGAATATCATAATTTAACATTTGCACCTGCTCAATTTGAAACTGAAAT	21.43	32	134	MSSA476	SAS1485	glucokinase		SAR1624::70::100.0::5.3E-11::+	SAS1485::70::100.0::5.3E-11::+	SAV1547::70::100.0::5.3E-11::+	MW1499::70::100.0::5.3E-11::+	SA1377::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL1604::70::100.0::5.3E-11::+
5QSA00009_C_12	GTAAATATGATCTTCCAACATTTTAATTTGTTATGGTCAAGGACTGTGTTAAAAAATATTATGTTTCCGC	28.57	30	114	Mu50	SAV0837	ABC transporter ATP-binding protein homolog		SAR0870::70::98.57143::1.5E-10::+	SAS0779::70::98.57143::1.5E-10::+	SAV0837::70::100.0::5.6E-11::+	MW0790::70::98.57143::1.5E-10::+	SA0769::70::100.0::5.6E-11::+		SACOL0882::70::98.57143::1.5E-10::+
5QSA00009_C_13	ATCAAAGATATATTTTATGATGGTACTTTTAAGAGAGAAGATGATTCTGTAGAAACTTTACGTTCGACTA	28.57	30	82	Mu50	SAV1889	hypothetical protein		SAR1980::70::94.28571::2.6E-9::+	SAS1811::70::97.14286::3.7E-10::+	SAV1889::70::100.0::5.3E-11::+	MW1829::70::97.14286::3.7E-10::+	SA1705::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL1947::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00009_C_14	GCACTTTATACTCTAAATCAGAATTGGAAGAGTTATGCAAAGTATGTAAGCAATATCAGCTTCCATTATT	31.43	30	96	Mu50	SAV1315	possible low specificity-threonine aldolase		SAR1326::70::98.57143::1.5E-10::+	SAS1256::70::98.57143::1.5E-10::+	SAV1315::70::100.0::5.6E-11::+	MW1203::70::98.57143::1.5E-10::+	SA1154::70::100.0::5.6E-11::+		SACOL1349::70::98.57143::1.5E-10::+
5QSA00009_C_15	ATATTATGTCACATAAGATTTGGTTATTAGTGCTCGTCTCCACGTTAATTCCATTAATACCATTTTACAA	30.0	31	91	COL	SACOL0034	methicillin-resistance MecR1 regulatory protein	mecR1	SAR0040::70::100.0::9.0E-11::+		SAV0042::70::100.0::9.0E-11::+	MW0032::70::100.0::5.3E-11::+	SA0039::70::100.0::9.0E-11::+		SACOL0034::70::100.0::5.3E-11::+
5QSA00009_C_16	AACTGAAATTAAAAATAAAGGCGTTAATATCGCATTTGTTACATTACATGTTGGGTTAGGTACGTTTAGA	30.0	32	118	MSSA476	SAS1576	S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase		SAR1720::70::97.14286::3.9E-10::+	SAS1576::70::100.0::5.6E-11::+	SAV1640::70::100.0::5.6E-11::+	MW1590::70::100.0::5.6E-11::+	SA1466::70::100.0::5.6E-11::+		SACOL1695::70::97.14286::3.9E-10::+
5QSA00009_C_17	ATGAATAATGTATTGTTAGAGGTTAAAGATTTAGAAACATCATTAAAAATAAATAATGAATGGTTAGCAA	21.43	33	112	MSSA476	SAS0862	putative oligopeptide transport ATP-binding protein		SAR0957::70::100.0::5.3E-11::+	SAS0862::70::100.0::5.3E-11::+	SAV0992::70::100.0::5.3E-11::+	MW0874::70::100.0::5.3E-11::+	SA0851::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL0997::70::100.0::5.3E-11::+
5QSA00009_C_18	TTACGATACAACACATGGAAAATATAATCTAAAAGTTGAACCGATTGAAAATGGATTGCAAGTTGGTGAT	31.43	30	88	Mu50	SAV1687	glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase 2	gapB	SAR1766::70::97.14286::3.9E-10::+	SAS1615::70::97.14286::3.9E-10::+	SAV1687::70::100.0::5.6E-11::+	MW1630::70::97.14286::3.9E-10::+	SA1510::70::100.0::5.6E-11::+		SACOL1734::70::97.14286::3.9E-10::+
5QSA00009_C_19	TGTTAAATTCCATTAAAGAGGTTAAAATAATAGCTATAGTTAAAAATATGGGAGTGGCTTATGTGTTTTC	27.14	31	88	MSSA476	SAS0013	putative membrane protein		SAR0013::70::98.57143::1.4E-10::+	SAS0013::70::100.0::5.3E-11::+	SAV0013::70::98.57143::1.4E-10::+		SA0012::70::98.57143::1.4E-10::+		
5QSA00009_C_2	TATCTGATGCAGATTGGGAATCGATTGAAGAATTGGCGAGTAAAAAGTATAAAAATTGGGATTGGAATTA	32.86	31	51	MRSA252	SAR0324	putative lipoate-protein ligase A		SAR0324::70::100.0::5.6E-11::+		SAV0327::70::90.14085::1.0E-7::+		SA0316::70::90.14085::1.0E-7::+		SACOL0398::70::90.14085::1.0E-7::+
5QSA00009_C_20	CTTTCAAAATAGTGTTGTAGAGGTGCTTACGTTTAAAGCTATTCAAGCTTGTAAAGAATATAGTGTTCAG	32.86	33	106	Mu50	SAV2049	similar to O-sialoglycoprotein endopeptidase		SAR2136::70::94.28571::2.7E-9::+	SAS1954::70::98.57143::1.5E-10::+	SAV2049::70::100.0::5.6E-11::+	MW1973::70::98.57143::1.5E-10::+	SA1854::70::100.0::5.6E-11::+		SACOL2038::70::95.71428::1.0E-9::+
5QSA00009_C_21	CATATTTTTAAAAATTTAGAAACGAAAGTCTTAACGATGGGGTTCATAGATGATTTGCTATATCCGGACG	32.86	30	83	Mu50	SAV0012	putative homoserine-o-acetyltransferase		SAR0012::70::92.85714::6.7E-9::+	SAS0012::70::94.28571::2.5E-9::+	SAV0012::70::100.0::5.3E-11::+	MW0012::70::94.28571::2.5E-9::+	SA0011::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL0012::70::94.28571::2.6E-9::+
5QSA00009_C_22	CAGAAAAACACGACGTGATTGCCGAGAATTACCTGCCCTCTAGTTATTTTAGATCTAGTGGTTATGATGG	41.43	33	81	MSSA476	SAS0228	putative zinc-binding dehydrogenase		SAR0247::70::94.28571::2.7E-9::+	SAS0228::70::100.0::5.6E-11::+		MW0228::70::100.0::5.6E-11::+			
5QSA00009_C_23	CTGGATTAACCGACATGCCAATTAAAGATATTGAGGCAAAATATGAAGGGGAAGGTTATGGTAAATTTAA	34.29	30	82	Mu50	SAV0996	tryptophanyl-tRNA synthetase	trpS	SAR0964::70::92.85714::6.9E-9::+	SAS0866::70::95.71428::9.9E-10::+	SAV0996::70::100.0::5.3E-11::+	MW0878::70::95.71428::9.9E-10::+	SA0855::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL1001::70::95.71428::9.9E-10::+
5QSA00009_C_24	AATATGGATCAACAATTTGATGACACGGCAATAAATCAATATTTCAAAGAGAAAAATATTCAATTTGAGG	27.14	33	96	MSSA476	SAS0419	ABC transporter ATP-binding protein		SAR0461::70::98.57143::1.5E-10::+	SAS0419::70::100.0::5.6E-11::+	SAV0462::70::98.57143::1.5E-10::+	MW0416::70::100.0::5.6E-11::+	SA0420::70::98.57143::1.5E-10::+		SACOL0504::70::98.57143::1.5E-10::+
5QSA00009_C_3	ATTAGTAATAATAATATTACAGATCCAACTTTAAACTTAGCAATGGAAGAATATGTTTTAAAAAATTTAC	20.0	33	111	MSSA476	SAS0960	putative lipoate-protein ligase A		SAR0997::70::100.0::5.3E-11::+	SAS0960::70::100.0::5.3E-11::+	SAV1028::70::100.0::5.3E-11::+	MW0908::70::100.0::5.3E-11::+	SA0884::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL1034::70::100.0::5.3E-11::+
5QSA00009_C_4	GAGTATTTGAAAAAGGTACGAAAGTAGTAATGGTGCCGAATACACCTACAGAGCAACATCATATTATCGC	38.57	30	74	Mu50	SAV0252	similar to xylitol dehydrogenase				SAV0252::70::100.0::5.6E-11::+		SA0242::70::100.0::5.6E-11::+		SACOL0237::70::95.71428::1.0E-9::+
5QSA00009_C_5	AAATCTAGAAATTATGCTTTTCGGTGACGAAAAAAAGTATAATCTGAACCATGAACGAATCGAATTTAGA	30.0	31	113	Mu50	SAV1229	fatty acid/phospholipid synthesis protein	plsX	SAR1205::70::97.14286::3.7E-10::+	SAS1163::70::97.14286::3.7E-10::+	SAV1229::70::100.0::5.3E-11::+	MW1112::70::97.14286::3.7E-10::+	SA1072::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL1243::70::97.14286::3.7E-10::+
5QSA00009_C_6	AAATTAGCGTTGTTAAAAGGTCAAGAATATGAAATTGCAACAATTAATGATCTTACAGAAGCTTTTGAAG	28.57	32	124	Mu50	SAV0256	similar to xylitol dehydrogenase		SAR0253::70::98.57143::1.5E-10::+	SAS0233::70::98.57143::1.5E-10::+	SAV0256::70::100.0::5.6E-11::+	MW0232::70::98.57143::1.5E-10::+	SA0246::70::100.0::5.6E-11::+		SACOL0241::70::98.57143::1.5E-10::+
5QSA00009_C_7	GATTGAAAATTTATTTGATATACCTGGTATTGGTTATCTATTAATGGATAGTATTAAATCTCGAGATTAT	24.29	34	126	MSSA476	SAS1323	putative oligopeptide transport system permease		SAR1395::70::100.0::5.3E-11::+	SAS1323::70::100.0::5.3E-11::+	SAV1382::70::100.0::5.3E-11::+	MW1270::70::100.0::5.3E-11::+	SA1214::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL1417::70::100.0::5.3E-11::+
5QSA00009_C_8	GCAATTTTTGGACCATCATTAGATGCACACGTTTCAGGAAGTTTCCACTTGTTAGAAAACTTATTAAATG	34.29	30	96	Mu50	SAV0328	similar to oxidoreductase homolog lmo1477		SAR0325::70::90.0::5.0E-8::+	SAS0305::70::90.0::5.0E-8::+	SAV0328::70::100.0::5.6E-11::+	MW0305::70::90.0::5.0E-8::+	SA0317::70::100.0::5.6E-11::+		SACOL0399::70::90.0::5.0E-8::+
5QSA00009_C_9	TACCTTAATTATTGAAAAGGGGAATGTCGTTGAATCAATCTATAATTATCCTACTCACCAAACATTTTTC	30.0	29	108	Mu50	SAV1480	thioredoxin reductase-like protein		SAR1488::70::97.14286::3.7E-10::+	SAS1420::70::97.14286::3.7E-10::+	SAV1480::70::100.0::5.3E-11::+	MW1368::70::97.14286::3.7E-10::+	SA1311::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL1520::70::97.14286::3.7E-10::+
5QSA00009_D_1	CTAAGTGATAAAAAGAACGACAAACAAGGAGTTCAAATGGTATTGATTAAACATTTTGGCGATATTGTAG	31.43	31	90	Mu50	SAV1465	3-dehydroquinate synthase	aroB			SAV1465::70::100.0::5.9E-11::+		SA1298::70::100.0::5.9E-11::+		
5QSA00009_D_10	TTAAAGATATTTTAACAGAACATCATATTAGAATATTAGACTTACCGCTTATGACTGGGCTGGTTGCTGA	32.86	30	94	Mu50	SAV2329	similar to amino acid amidohydrolase		SAR2414::70::90.0::5.4E-8::+	SAS2222::70::94.28571::3.0E-9::+	SAV2329::70::100.0::6.3E-11::+	MW2250::70::94.28571::3.0E-9::+	SA2120::70::100.0::6.3E-11::+		SACOL2322::70::94.28571::3.0E-9::+
5QSA00009_D_11	CACCAAGCAAAAATGAAAACAGACAAACTACAAAAGTTGTAAGTAGTGAAGCTACAAAAGATCAAAGTCA	32.86	33	52	MRSA252	SAR1103	iron-regulated heme-iron binding protein	isdA	SAR1103::70::100.0::5.9E-11::+						
5QSA00009_D_12	TTAGTACACACTGGTCAAAATTATGATTATACATTGAATCAAATTTTCTTTGATGATTTGGAATTAAGAC	25.71	32	120	COL	SACOL0142	UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase Cap5G	cap5G	SAR0157::70::100.0::6.3E-11::+	SAS0130::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV0155::70::100.0::6.3E-11::+	MW0130::70::98.57143::1.7E-10::+	SA0150::70::100.0::6.3E-11::+		SACOL0142::70::100.0::6.3E-11::+
5QSA00009_D_13	TTATTTGATTCTAAGCATGATATTAATCATTATATTCAATATTTAATACAACTTGGCTATCCTTTAGACA	22.86	32	137	MRSA252	SAR1476	putative 3-dehydroquinate synthase	aroB	SAR1476::70::100.0::5.9E-11::+	SAS1408::70::94.28571::2.8E-9::+		MW1355::70::94.28571::2.8E-9::+			SACOL1505::70::97.14286::4.1E-10::+
5QSA00009_D_14	AAAAAGCAATAGGATTAAAAACATTTTTAGAGGAAAGAGGACATGAGTTCATTATATTAGCAGATAATGG	28.57	33	81	Mu50	SAV0177	NAD-dependent formate dehydrogenase	fdh	SAR0178::70::97.14286::4.4E-10::+	SAS0152::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV0177::70::100.0::6.3E-11::+	MW0151::70::98.57143::1.7E-10::+	SA0171::70::100.0::6.3E-11::+		SACOL0162::70::98.57143::1.5E-10::+
5QSA00009_D_15	CAGTTGTTAATGTTTTAAAAGAAAATGGTGCAAAAACTGTGGGTATACGATTTGAAACGTTACCAGAAGA	32.86	31	93	MRSA252	SAR2256	conserved hypothetical protein		SAR2256::70::100.0::5.9E-11::+						
5QSA00009_D_16	GCATCATAATCAAGCAGCAGAAATCGATAATTTAATTTGGTATTTTAGTGAGTTATTTAAAAGTGAATTG	27.14	31	93	Mu50	SAV0742	similar to glycerate kinase		SAR0796::70::97.14286::4.4E-10::+	SAS0707::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV0742::70::100.0::6.3E-11::+	MW0704::70::98.57143::1.7E-10::+	SA0697::70::100.0::6.3E-11::+		SACOL0805::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00009_D_17	TCCAAATGAATCTATTATAGAAAGATTGAAAGAAGCAAACATTAAGCTAATAGGTACAGCAACAAGTGTT	30.0	32	79	N315	SA0781	hypothetical protein		SAR0883::70::98.57143::1.6E-10::+	SAS0791::70::95.71428::1.1E-9::+	SAV0920::70::98.57143::1.6E-10::+	MW0803::70::95.71428::1.1E-9::+	SA0781::70::100.0::5.9E-11::+		
5QSA00009_D_18	CATTTACAGTGGAATTTTTTATAGATAGTAACAACCAATTGTATGTGAACGAGATTGCACCAAGGCCTCA	35.71	30	84	Mu50	SAV1065	phosphoribosylaminoimidazole carboxylase carbon dioxide-fixation chain PurK homolog	purK	SAR1039::70::97.14286::4.4E-10::+	SAS1001::70::97.14286::4.4E-10::+	SAV1065::70::100.0::6.3E-11::+	MW0948::70::97.14286::4.4E-10::+	SA0917::70::100.0::6.3E-11::+		SACOL1074::70::97.14286::4.4E-10::+
5QSA00009_D_19	GACAATTAAAAAGCAAGTGCCTGTATGTTGTTTTACTTTTGGAATTCCAAGCGAATCTATTATAAAAAGA	30.0	32	92	MW2	MW0803	hypothetical protein		SAR0883::70::95.71428::1.1E-9::+	SAS0791::70::98.57143::1.6E-10::+	SAV0920::70::92.85714::7.5E-9::+	MW0803::70::100.0::5.9E-11::+	SA0781::70::94.28571::2.8E-9::+		SACOL0922::69::91.30435::3.3E-8::+
5QSA00009_D_2	AGTATTAACTTGTTACACAGTTATGGGTTATTTATCTTCACGTTATTTAACTAAATACTTGAACTATAAG	25.71	32	109	Mu50	SAV0979	hypothetical protein		SAR0942::70::97.14286::4.3E-10::+	SAS0849::70::95.71428::1.1E-9::+	SAV0979::70::100.0::6.3E-11::+	MW0861::70::95.71428::1.1E-9::+	SA0839::70::100.0::6.3E-11::+		SACOL0983::70::95.71428::1.1E-9::+
5QSA00009_D_20	GACAAGTTATCTAATACTTATAAAAAAGTAGAAGAAACACAACCAAGATTTATAAATCAGTTGTTATCTA	24.29	32	99	MSSA476	SAS1372	conserved hypothetical protein		SAR1442::70::97.14286::4.4E-10::+	SAS1372::70::100.0::6.3E-11::+	SAV1429::70::100.0::6.3E-11::+	MW1319::70::100.0::6.3E-11::+	SA1262::70::100.0::6.3E-11::+		SACOL1465::70::100.0::6.3E-11::+
5QSA00009_D_21	ATAAAACTTACTATATCTATTGTAAAAGTGGTAATAGAAGTAGAAAAGCCAGTCAATTTCTTGCACAACG	30.0	30	88	COL	SACOL0047	conserved hypothetical protein								SACOL0047::70::100.0::5.9E-11::+
5QSA00009_D_22	ATTGAAAGTGTCTTTGGTCAAACAATAAATAATTTAAAAGAGAAAGAATTAATTGTAGAAAAGAACGATG	24.29	33	113	Mu50	SAV1583	coproporphyrinogen III oxidase	hemN	SAR1660::70::97.14286::4.4E-10::+	SAS1521::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV1583::70::100.0::6.3E-11::+	MW1535::70::98.57143::1.7E-10::+	SA1412::70::100.0::6.3E-11::+		SACOL1640::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00009_D_23	TTCCAAGCGAACAGATTATAAGCAGGTTGAAAGCAGCGAATGTCAAACTTATAGGTACAGCAACAAGTGT	40.0	31	77	COL	SACOL0922	conserved hypothetical protein								SACOL0922::70::100.0::5.9E-11::+
5QSA00009_D_24	CCATGAGAAAGGTAAGTTAATTGGTATGTTGCAAATGTTTATGACAAAAGAGAGCATTGCAGATCGCATT	35.71	31	80	Mu50	SAV1846	hypothetical protein		SAR1937::70::97.14286::4.4E-10::+	SAS1767::70::97.14286::4.4E-10::+	SAV1846::70::100.0::6.3E-11::+	MW1787::70::97.14286::4.4E-10::+	SA1664::70::100.0::6.3E-11::+		SACOL1903::70::97.14286::4.4E-10::+
5QSA00009_D_3	AACGTAATTTAAAATTGATTAAGTATGCTTATCAGCAAACAAATGGTGAATTTTTAATTATAGGTACAGG	25.71	32	142	MSSA476	SAS2475	putative dihydroorotate dehydrogenase		SAR2669::70::100.0::5.9E-11::+	SAS2475::70::100.0::5.9E-11::+	SAV2589::70::100.0::5.9E-11::+	MW2509::70::100.0::5.9E-11::+	SA2375::70::100.0::5.9E-11::+		SACOL2606::70::100.0::5.9E-11::+
5QSA00009_D_4	AATTTACAGGCATCTGAGTTATTAAAAATTGCAATCATATTATATATCCCATTTATGATCAGTAAAAAAA	22.86	34	119	Mu50	SAV1113	hypothetical protein		SAR1087::70::97.14286::4.7E-10::+	SAS1048::70::98.57143::1.8E-10::+	SAV1113::70::100.0::6.3E-11::+	MW0996::70::98.57143::1.8E-10::+	SA0962::70::100.0::6.3E-11::+		SACOL1122::70::98.57143::1.8E-10::+
5QSA00009_D_5	CAGGTGAAAAGACAAAAACATTTCATCAATATCAAGAAACATTAGAGTATATTTTATCCCATCATGTGAC	30.0	31	87	MSSA476	SAS1408	putative 3-dehydroquinate synthase			SAS1408::70::100.0::5.9E-11::+		MW1355::70::100.0::5.9E-11::+			SACOL1505::70::92.85714::7.5E-9::+
5QSA00009_D_6	GAAACTTTTAATTATAATGAAGAAAATAATGCTATAGAAATAAGTGAAAAAGATGACATGTCAATTATCG	22.86	32	78	Mu50	SAV1345	similar to exonuclease SbcD		SAR1356::70::95.71428::1.1E-9::+	SAS1285::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV1345::70::100.0::6.3E-11::+	MW1232::70::98.57143::1.7E-10::+	SA1180::70::100.0::6.3E-11::+		SACOL1381::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00009_D_7	CAACTGGTGATTTTGCTGGGTTTATTGCGGCGACACTTTTACGAGGCGTTCACTTTATACAAGTGCCAAC	45.71	30	72	COL	SACOL1505	3-dehydroquinate synthase	aroB							SACOL1505::70::100.0::5.9E-11::+
5QSA00009_D_8	TGCTAATAAAGATAAAGTAATGGGCTTTGGTCATCGTGTATATAAAGATGGTGATCCTAGAGCGAAATAT	34.29	30	84	Mu50	SAV1695	citrate synthase	citZ	SAR1774::70::98.57143::1.7E-10::+	SAS1623::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV1695::70::100.0::6.3E-11::+	MW1639::70::98.57143::1.7E-10::+	SA1518::70::100.0::6.3E-11::+		SACOL1742::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00009_D_9	CTGTTGTTAATGCATTAAAAGAAAACGGTGCGAAAACGGTCGGTATACGATTTGAAACATTGCCGGAAGA	40.0	32	87	MSSA476	SAS2067	conserved hypothetical protein			SAS2067::70::100.0::5.9E-11::+	SAV2165::70::100.0::5.9E-11::+	MW2092::70::100.0::5.9E-11::+	SA1969::70::100.0::5.9E-11::+		SACOL2156::70::100.0::5.9E-11::+
5QSA00009_E_1	ATTTCAAGAAAAAACATATACAGTACAAGAATTAACTGATGCTCGTGCTAGTGAACATTTCGATTATGTA	30.0	30	87	Mu50	SAV1394	aspartate semialdehyde dehydrogenase	asd	SAR1406::70::95.71428::9.9E-10::+	SAS1335::70::95.71428::9.9E-10::+	SAV1394::70::100.0::5.3E-11::+	MW1282::70::95.71428::9.9E-10::+	SA1226::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL1429::70::95.71428::9.9E-10::+
5QSA00009_E_10	TGATAACCCTAACAATCCTGATAACCCTAACAATCCTGATAACCCTAACAACCCAGATGAACCAAATAAC	38.57	37	40	Mu50	SAV1048	serine protease	sspA		SAS0984::69::89.85507::8.3E-8::+	SAV1048::70::100.0::5.6E-11::+		SA0901::70::100.0::5.6E-11::+		SACOL1057::70::94.28571::2.7E-9::+
5QSA00009_E_11	TATATATTAAGTATTATGGCAGCAATGAAATAGTAGCATTAAAGCTCACAGATGATTTAATTAATAGAAA	24.29	35	126	Mu50	SAV0275	similar to penicillin amidase V		SAR0272::70::98.57143::1.4E-10::+	SAS0251::70::98.57143::1.4E-10::+	SAV0275::70::100.0::5.3E-11::+	MW0251::70::98.57143::1.4E-10::+	SA0264::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL0262::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00009_E_12	TTTAAAAAAAGAAGTTTCTATTAAGGCAATGAATCATATTACTGGTGGAGGTTTTTATGAAAATATTCCA	25.71	33	101	Mu50	SAV1071	phosphoribosylaminoimidazole synthetase	purM	SAR1045::70::98.57143::1.5E-10::+	SAS1007::70::98.57143::1.5E-10::+	SAV1071::70::100.0::5.6E-11::+	MW0954::70::98.57143::1.5E-10::+	SA0923::70::100.0::5.6E-11::+		SACOL1080::70::98.57143::1.5E-10::+
5QSA00009_E_13	TATAGATAAAAATAATGCGTTAAAAGCAATAGTTAATGGTTATAAAACACTACAAGCAGAAGTAGATGAC	27.14	32	96	MSSA476	SAS0719	peptide chain release factor 2		SAR0808::70::100.0::6.2E-11::+	SAS0719::70::100.0::6.2E-11::+	SAV0754::70::100.0::5.3E-11::+		SA0709::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL0818::70::100.0::6.2E-11::+
5QSA00009_E_14	TAACTGTTTTTGAAAGAAGTAAAGAAACAGGTAAAATTACTCTATGTGATAATACTCGTGTAGCATCTGA	30.0	30	70	Mu50	SAV1921	hypothetical protein		SAR2014::70::94.28571::2.7E-9::+	SAS1845::70::94.28571::2.7E-9::+	SAV1921::70::100.0::5.6E-11::+	MW1862::70::94.28571::2.7E-9::+	SA1737::70::100.0::5.6E-11::+		SACOL1985::70::94.28571::2.7E-9::+
5QSA00009_E_15	TTATAAATAATAAATATGCAATTTCAGTACCTGATTCATTACAATACGCAGCTGAAAAATTATCGGATAG	27.14	31	99	MSSA476	SAS1456	2-oxoisovalerate dehydrogenase alpha subunit		SAR1595::70::100.0::5.3E-11::+	SAS1456::70::100.0::5.3E-11::+	SAV1517::70::100.0::5.3E-11::+	MW1470::70::100.0::5.3E-11::+	SA1348::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL1562::70::100.0::5.3E-11::+
5QSA00009_E_16	TGTGAGAGATGTAGCAGAACTACACATTTTGGCAATGACCAATGAGCAAGCCAGCGGTAAACGATTTATT	41.43	30	72	MRSA252	SAR0325	putative reductase		SAR0325::70::100.0::5.6E-11::+						
5QSA00009_E_17	GGATATAAATCATCATTAAAATTGATTGACGATTTATATGAAAAGTTAAATATTGAAAAACAATCAAAAT	18.57	34	122	MSSA476	SAS0089	lipoprotein		SAR0118::70::97.14286::3.8E-10::+	SAS0089::70::100.0::5.3E-11::+	SAV0115::70::95.71428::9.9E-10::+	MW0088::70::100.0::5.3E-11::+	SA0111::70::95.71428::9.9E-10::+		SACOL0099::70::95.71428::9.9E-10::+
5QSA00009_E_18	GTTTCAACGCGGTTGATAAAAACGTAAGCAATAGTAACCACGGACAAAATGTCTCTAACGAATACATTAA	35.71	30	61	MRSA252	SAR0790	lipoprotein	sstD	SAR0790::70::100.0::5.6E-11::+						
5QSA00009_E_19	ATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGG	38.57	31	104	COL	SACOL2003	phospholipase C	hlb							SACOL2003::70::100.0::5.3E-11::+
5QSA00009_E_2	TAGCTGAACTGCACATTTTGGCAATGACAAATGAACAAGCTAATGGCAAGCGATTTATTGCGACGGCTGA	42.86	31	98	COL	SACOL0399	oxidoreductase, putative			SAS0305::70::94.28571::2.7E-9::+	SAV0328::70::94.28571::2.7E-9::+	MW0305::70::94.28571::2.7E-9::+	SA0317::70::94.28571::2.7E-9::+		SACOL0399::70::100.0::5.6E-11::+
5QSA00009_E_20	AAGTGAATTAATATCATTGAAGAAGGACATTGGCTATTTATTGTTAGATGTAAATCAAGCTTCTGTCGTC	31.43	29	89	Mu50	SAV0175	hypothetical protein		SAR0176::70::95.71428::1.0E-9::+	SAS0150::70::94.28571::2.7E-9::+	SAV0175::70::100.0::5.7E-11::+	MW0149::70::94.28571::2.7E-9::+	SA0169::70::100.0::5.7E-11::+		SACOL0160::70::95.71428::1.0E-9::+
5QSA00009_E_21	ATCATTACATTTTTAATCGTCTTAATTAACTTAATCGTTACATTTCCGGTTTTACGAAAATTTAAAATCG	24.29	34	121	Mu50	SAV0013	hypothetical protein		SAR0013::70::98.57143::1.4E-10::+	SAS0013::70::98.57143::1.4E-10::+	SAV0013::70::100.0::5.4E-11::+	MW0013::70::98.57143::1.3E-10::+	SA0012::70::100.0::5.4E-11::+		SACOL0013::70::98.57143::1.3E-10::+
5QSA00009_E_22	TTTATGTCAAATTTTCATCTGAATATACGACTGAATCATTACATAAATTAATGACCTCTTATTATGCTAA	24.29	32	115	Mu50	SAV0184	N-acetylglutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase	argC	SAR0185::70::97.14286::4.0E-10::+	SAS0159::70::97.14286::4.0E-10::+	SAV0184::70::100.0::5.7E-11::+	MW0158::70::97.14286::3.9E-10::+	SA0178::70::100.0::5.7E-11::+		SACOL0169::70::97.14286::3.9E-10::+
5QSA00009_E_23	AATCTTTTAAAATGATTGTAGTTATTGCATTTTTAGGTGCCATTGTTGTTACTATATTAGTTGTTGCGCT	28.57	31	66	Mu50	SAV0114	lipoprotein	sirB		SAS0088::70::98.57143::1.4E-10::+	SAV0114::70::100.0::5.4E-11::+	MW0087::70::98.57143::1.4E-10::+	SA0110::70::100.0::5.4E-11::+		SACOL0098::70::92.85714::6.9E-9::+
5QSA00009_E_24	ATTTAATGATAGGTACTTTATTTTTATTTTTGGTCTTAGTGATTTTTACATTATTTACATATAAAGCACC	21.43	32	88	Mu50	SAV0310	regulatory protein PfoR		SAR0307::70::97.14286::3.9E-10::+	SAS0287::70::98.57143::1.5E-10::+	SAV0310::70::100.0::5.7E-11::+	MW0287::70::98.57143::1.5E-10::+	SA0298::70::100.0::5.7E-11::+		SACOL0307::70::97.14286::3.9E-10::+
5QSA00009_E_3	TTAGTTTAAGTTTTATCGTAATAGCAGTTATTATAATAGTTGCATTACTTATTTTATTCTCATTTGTACC	22.86	33	117	Mu50	SAV1573	hypothetical protein		SAR1650::70::98.57143::1.4E-10::+	SAS1511::70::98.57143::1.4E-10::+	SAV1573::70::100.0::5.3E-11::+	MW1525::70::98.57143::1.4E-10::+	SA1402::70::100.0::5.3E-11::+		SACOL1630::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00009_E_4	ATGGTCATAAAGTTGTAACACCAGGACAAGCTAGTATTAGAATTCATCACTTTTGTGCTGTACCTCAAAT	35.71	30	101	MRSA252	SAR0845	putative exported protein		SAR0845::70::100.0::5.6E-11::+						
5QSA00009_E_5	TGTTTAAGGAGGAAAGAACAATGACAAATTACACAGTAGATACTTTAAATTTAGGGGAATTTATTACAGA	28.57	34	88	COL	SACOL0012	homoserine O-acetyltransferase, putative				SAV0012::70::97.14286::3.7E-10::+		SA0011::70::97.14286::3.7E-10::+		SACOL0012::70::100.0::5.3E-11::+
5QSA00009_E_6	TAAAAGAAAAACTTTTAACACTAGAATATGTTAGAAACGAATTGAATGATTATAAAGCTTCAATGAGATA	22.86	32	90	MSSA476	SAS0128	capsular polysaccharide synthesis enzyme		SAR0155::70::100.0::5.6E-11::+	SAS0128::70::100.0::5.6E-11::+	SAV0153::70::100.0::5.6E-11::+	MW0128::70::100.0::5.6E-11::+	SA0148::70::100.0::5.6E-11::+		SACOL0140::70::100.0::5.6E-11::+
5QSA00009_E_7	AGTGCTGTGACTGATTCAGACGGTATTATTAAATTCGACCGCGACAATAAACCAGGTATTACAAATTTAA	35.71	29	89	MRSA252	SAR0964	putative tryptophanyl-tRNA synthetase	trpS	SAR0964::70::100.0::5.3E-11::+						
5QSA00009_E_8	ATCGGTAAAATTTACGATAAAGAAGATAAAGCTAAAGAATTAAATAAAGATTTAGATAACAAAATTGCTT	21.43	33	92	MSSA476	SAS0701	lipoprotein		SAR0790::70::98.57143::1.5E-10::+	SAS0701::70::100.0::5.6E-11::+	SAV0736::70::100.0::5.6E-11::+	MW0698::70::100.0::5.6E-11::+	SA0691::70::100.0::5.6E-11::+		SACOL0799::70::98.57143::1.5E-10::+
5QSA00009_E_9	GGTAACCTTCCAGATGCTATATTATGTATCAGTGACGAAGAAGCTATTGGTATCATGCATAGTGCAATGG	40.0	30	88	MRSA252	SAR1814	catabolite control protein A	ccpA	SAR1814::70::100.0::5.3E-11::+						
5QSA00009_F_1	GCAAGAGCATCGTATGGCAGATGTCATAGAAGGTACAAACATTGATAAAATTGAAGTGAATATAAAATAA	31.43	32	66	Mu50	SAV0424	exotoxin 8	set8		SAS0386::70::91.42857::2.0E-8::+	SAV0424::70::100.0::6.0E-11::+	MW0384::70::91.42857::2.0E-8::+	SA0384::70::100.0::6.0E-11::+		
5QSA00009_F_10	CTACTGGATTATCAATTTGTTGAAAAAATTAAAGATGGACGGGAAGATGAAATTATTAATTACTTTGATC	27.14	34	87	MSSA476	SAS0826	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family protein		SAR0918::70::98.57143::1.7E-10::+	SAS0826::70::100.0::6.3E-11::+	SAV0956::70::100.0::6.3E-11::+	MW0838::70::100.0::6.3E-11::+	SA0817::70::100.0::6.3E-11::+		SACOL0959::70::100.0::6.3E-11::+
5QSA00009_F_11	CAGATGTACCAATTCGACTTATTGGTGTCACTGTAGGTAATTTAGAACAATCAACTTATAAAAATATGAC	31.43	31	88	Mu50	SAV1895	DNA polymerase IV		SAR1986::70::98.57143::1.6E-10::+	SAS1817::70::98.57143::1.6E-10::+	SAV1895::70::100.0::6.0E-11::+	MW1836::70::98.57143::1.6E-10::+	SA1711::70::100.0::6.0E-11::+		SACOL1955::70::98.57143::1.6E-10::+
5QSA00009_F_12	ATTAGCGCATTTTAATGAAGTGGATGCAATTCCAGAATTGAAAAAAGTTGCAACAACAGATGAAAGACCG	35.71	30	86	Mu50	SAV1856	similar to iron-sulfur cluster-binding protein		SAR1947::70::98.57143::1.7E-10::+	SAS1779::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV1856::70::100.0::6.3E-11::+	MW1797::70::98.57143::1.7E-10::+	SA1673::70::100.0::6.3E-11::+		SACOL1914::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00009_F_13	AAAATATACAATTCACACCAGTAATTAAGTGTATAGCTGGTGACCGTACAATTGTAGAAAGCTTAAAAGC	32.86	32	114	Mu50	SAV2178	hypothetical protein		SAR2269::70::97.14286::4.1E-10::+	SAS2079::70::97.14286::4.1E-10::+	SAV2178::70::100.0::6.0E-11::+	MW2104::70::97.14286::4.1E-10::+	SA1980::70::100.0::6.0E-11::+		SACOL2168::70::97.14286::4.1E-10::+
5QSA00009_F_14	ATTTTCTAATTTATTAATGGTATGTCATCCATTGTTATTTATGTTTTTTACTAAAATTTTCATCCAATCT	20.0	34	107	MSSA476	SAS2449	putative glycosyl transferase		SAR2645::70::100.0::6.3E-11::+	SAS2449::70::100.0::6.3E-11::+	SAV2563::70::100.0::6.3E-11::+	MW2484::70::100.0::6.3E-11::+	SA2350::70::100.0::6.3E-11::+		SACOL2578::70::100.0::6.4E-11::+
5QSA00009_F_15	AATAGTAAAAAAGTTAATCACAAAGTAGAATTAAGCATTACTAAAAAAGATAATCAAGGTATGATTTCAC	22.86	33	73	MSSA476	SAS0386	exotoxin			SAS0386::70::100.0::6.0E-11::+	SAV0424::70::95.71428::1.1E-9::+	MW0384::70::100.0::6.0E-11::+	SA0384::70::95.71428::1.1E-9::+		SACOL0470::70::100.0::5.9E-11::+
5QSA00009_F_16	ATTAATTCAATTTTATAATGAAAAAAATCCAGTCGTAGTTGAAGAAATGGAACAATTTATAAATAAAATT	18.57	34	98	MRSA252	SAR0043	xylose repressor (pseudogene)	xylR	SAR0043::70::100.0::6.5E-11::+		SAV0044::70::100.0::6.4E-11::+		SA0041::70::100.0::6.4E-11::+		
5QSA00009_F_17	GATGGAACGATTCAAGGACTTTTTGAAGTTTTGGATGTACCATATGTAGGAAATGGTGTATTGTCAGCTG	38.57	31	82	MSSA476	SAS1987	D-alanine--D-alanine ligase		SAR2170::70::95.71428::1.1E-9::+	SAS1987::70::100.0::6.0E-11::+	SAV2083::70::97.14286::4.1E-10::+	MW2006::70::100.0::6.0E-11::+	SA1887::70::97.14286::4.1E-10::+		SACOL2074::70::97.14286::4.1E-10::+
5QSA00009_F_18	ATAATCGCGATAAATATGAATCTTATATCAATAAGCAAGATAACATTGTAAATAAAGATGACGTATTTAT	22.86	33	136	MSSA476	SAS1651	haloacid dehalogenase-like hydrolase		SAR1802::70::98.57143::1.7E-10::+	SAS1651::70::100.0::6.4E-11::+	SAV1725::70::100.0::6.4E-11::+	MW1667::70::100.0::6.4E-11::+	SA1546::70::100.0::6.4E-11::+		SACOL1774::70::100.0::6.4E-11::+
5QSA00009_F_19	TCTATTTATAGTATCATCTCAAAGCCGGCTATTAATTCTAATTCTCAGTGATGCGTTTTTTTATGATGGG	32.86	30	83	COL	SACOL1124	cytochrome oxidase assembly protein	ctaA							SACOL1124::70::100.0::6.0E-11::+
5QSA00009_F_2	TTAATTGACATTATTAAATCTTATGTAAAAGATGATGTAATATTTACAAATCATGAAGTTACGCATATAG	21.43	32	106	Mu50	SAV2306	similar to monooxygenase		SAR2390::70::97.14286::4.4E-10::+	SAS2197::70::95.71428::1.1E-9::+	SAV2306::70::100.0::6.3E-11::+	MW2225::70::95.71428::1.1E-9::+	SA2099::70::100.0::6.3E-11::+		SACOL2297::70::95.71428::1.1E-9::+
5QSA00009_F_20	ATTGAATTGATTGAACCTTTGGACGTAGTAGATTTCCATAATTTTGCTAAAAAATCTTATTTTATTTTGA	24.29	33	96	MSSA476	SAS2014	UDP-GlcNAc 2-epimerase		SAR2199::70::90.0::5.4E-8::+	SAS2014::70::100.0::6.4E-11::+	SAV2111::70::100.0::6.4E-11::+	MW2035::70::100.0::6.4E-11::+	SA1913::70::100.0::6.4E-11::+		SACOL2103::70::100.0::6.3E-11::+
5QSA00009_F_21	GCTATTAAAGCTAGCTAAACAATATCATGCAAGTATTATTACGACAGATTTCAACCTAAATAAAGTTTGT	28.57	31	99	Mu50	SAV0527	hypothetical protein		SAR0530::70::94.28571::2.9E-9::+	SAS0484::70::94.28571::2.9E-9::+	SAV0527::70::100.0::6.0E-11::+	MW0482::70::94.28571::2.9E-9::+	SA0485::70::100.0::6.0E-11::+		SACOL0573::70::92.85714::7.5E-9::+
5QSA00009_F_22	CATTACCTATATTAACTGGTATCAAAATCGATGCGAAAGAACATGAAGTTATACTAACTGGTTCAGACTC	34.29	29	83	Mu50	SAV0002	DNA polymerase III subunit beta	dnaN	SAR0002::70::97.14286::4.4E-10::+	SAS0002::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV0002::70::100.0::6.4E-11::+	MW0002::70::98.57143::1.7E-10::+	SA0002::70::100.0::6.4E-11::+		SACOL0002::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00009_F_23	TCATAATAAGGTACCTAATATTAAAAATTTAGATTCAGATTATATGAATATGTCATTTGATAAAGGCAAT	21.43	32	107	Mu50	SAV1102	spermidine/putrescine-binding protein precursor homolog	potD	SAR1076::70::98.57143::1.6E-10::+	SAS1037::70::98.57143::1.6E-10::+	SAV1102::70::100.0::6.0E-11::+	MW0985::70::98.57143::1.6E-10::+	SA0953::70::100.0::6.0E-11::+		SACOL1111::70::98.57143::1.6E-10::+
5QSA00009_F_24	CATATATCATCAGCCTTATCTTTAAGGGGCATGACCAAGTAATGATTATCTCGGTATCCGTTGCGACTTT	40.0	29	97	MSSA476	SAS0329	putative membrane protein			SAS0329::70::100.0::6.4E-11::+	SAV0353::70::100.0::6.4E-11::+	MW0329::70::100.0::6.4E-11::+	SA0341::70::100.0::6.4E-11::+		
5QSA00009_F_3	GAAGATAAATATGATTACTTAACAGGCTTAGGTAATGTAAAAGAATTTGATAGACATTTAAATGAAATTT	22.86	32	104	MSSA476	SAS0711	putative membrane protein		SAR0800::70::100.0::6.0E-11::+	SAS0711::70::100.0::6.0E-11::+	SAV0746::70::100.0::6.0E-11::+	MW0708::70::100.0::6.0E-11::+	SA0701::70::100.0::6.0E-11::+		SACOL0809::70::100.0::6.0E-11::+
5QSA00009_F_4	GCTATATAGCTGTTCCAAGCAAAATGAGAAAGCTCAAAATAAATCTGTTAATCCAAATGAGTATGCAAAG	32.86	32	69	MSSA476	SAS2566	putative lipoprotein		SAR2763::70::97.14286::4.4E-10::+	SAS2566::70::100.0::6.3E-11::+	SAV2681::70::100.0::6.3E-11::+	MW2600::70::100.0::6.3E-11::+	SA2473::70::100.0::6.3E-11::+		SACOL2705::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00009_F_5	ATTATTTATACCAGCAATGATTTTAAGTTTATTAATTCTATTCTTTTACTTATTTAGTGATGGATTACGT	21.43	33	92	MSSA476	SAS0857	putative oligopeptide transport system permease protein		SAR0950::70::100.0::6.0E-11::+	SAS0857::70::100.0::6.0E-11::+	SAV0987::70::100.0::6.0E-11::+	MW0869::70::100.0::6.0E-11::+	SA0846::70::100.0::6.0E-11::+		SACOL0992::70::100.0::6.0E-11::+
5QSA00009_F_6	GACATACTACCTGATATTAAAGCTGCTTTTTCAGGTGAAAGTCAGGTGTTGGAATCTGGAAAAGACCCAC	41.43	29	112	MRSA252	SAR1442	conserved hypothetical protein		SAR1442::70::100.0::6.3E-11::+						
5QSA00009_F_7	TAAAGGTTATGCTAAAACGATTGATGAAGAACAATTAACAGCACAAATTTTATTACAAGAACTAAATGAA	25.71	31	90	Mu50	SAV1418	N-acetylglucosaminyl transferase	murG	SAR1430::70::95.71428::1.1E-9::+	SAS1360::70::98.57143::1.6E-10::+	SAV1418::70::100.0::6.0E-11::+	MW1307::70::98.57143::1.6E-10::+	SA1251::70::100.0::6.0E-11::+		SACOL1453::70::97.14286::4.1E-10::+
5QSA00009_F_8	ACCGCTTAGTACTTGATAAAAATAAGCATGTTGTATCTGAAACGACAGACTCAAAAGGCCATGCTACTTA	37.14	29	89	MRSA252	SAR2763	putative lipoprotein		SAR2763::70::100.0::6.3E-11::+						SACOL2705::70::90.0::5.4E-8::+
5QSA00009_F_9	ATTTAAAACTTATTTTGTAACTAATGAATTAGTGTTGTTTTATAAAAATGGTATTACACTTCAATCAATA	18.57	32	117	MSSA476	SAS1481	putative membrane protein		SAR1620::70::100.0::6.0E-11::+	SAS1481::70::100.0::6.0E-11::+	SAV1543::70::100.0::6.0E-11::+	MW1495::70::100.0::6.0E-11::+	SA1373::70::100.0::6.0E-11::+		SACOL1600::70::100.0::6.0E-11::+
5QSA00009_G_1	TAGTGAATACATATGTAACTATTCCATCAGTATTGTTAAATATTTTAAATACTATATCAACAATTTGCTT	21.43	31	112	Mu50	SAV0341	hypothetical protein		SAR0338::70::94.28571::2.6E-9::+	SAS0317::70::94.28571::2.6E-9::+	SAV0341::70::100.0::5.4E-11::+	MW0317::70::94.28571::2.6E-9::+	SA0329::70::100.0::5.4E-11::+		SACOL0411::70::94.28571::2.6E-9::+
5QSA00009_G_10	TCTTGTTGAAAAAACCAATTTTTTAGGAGTCAACGGGTCAGCAACGTATCAAATCACATTGAATCAAGTC	35.71	33	86	COL	SACOL0160	conserved hypothetical protein		SAR0176::69::91.30435::3.2E-8::+		SAV0175::70::97.14286::3.9E-10::+		SA0169::70::97.14286::3.9E-10::+		SACOL0160::70::100.0::5.7E-11::+
5QSA00009_G_11	CAGTTAATTCAGTTGAAACTATGAAATCAGTTGGTCCATCTATCGCGCCAACAAATGCTAAAGGTACATT	37.14	29	78	MSSA476	SAS1720	putative membrane protein			SAS1720::70::100.0::5.4E-11::+		MW1738::70::100.0::5.4E-11::+			
5QSA00009_G_12	TAGAATAAAAGTTGCAATACTGTTTGGGGGTTGCTCAGAGGAGCATGACGTATCGGTAAAATCTGCAATA	40.0	28	80	pLW043	VRA0040	vancomycin/teicoplanin A-type resistance protein VanA	vanA						VRA0040::70::100.0::5.7E-11::+	
5QSA00009_G_13	GAATGCGTCTAAAAGTGATAAATCTAGTGTAGAAAAAAGTGAATCTAATGAGGAAACTGCTCCTGTAGAG	35.71	34	56	COL	SACOL1847	conserved domain protein, putative		SAR1880::70::98.57143::1.4E-10::+	SAS1720::69::97.10145::6.5E-10::+	SAV1800::70::98.57143::1.4E-10::+	MW1738::69::97.10145::6.5E-10::+	SA1618::70::98.57143::1.4E-10::+		SACOL1847::70::100.0::5.4E-11::+
5QSA00009_G_14	AAAATCATACGGCTAATCCTGAACAGGCGGCAAAGTCTAACACAGAAAATGTATCAACATCGCTTTCAAC	40.0	30	59	MRSA252	SAR0424	exotoxin		SAR0424::70::100.0::5.7E-11::+						
5QSA00009_G_15	TTAAAATGATTGTTGTCATCGCGTTTTTGGGTGCTATTGTTGTTACAGTCTTAGTCGTTGCACTAGGGAT	38.57	30	62	MRSA252	SAR0117	putative siderophore transport system permease	sirB	SAR0117::70::100.0::5.4E-11::+						
5QSA00009_G_16	TTCTGGCGCGTCATTTGTCATTGTATTAGTAACGATTATTATTCCATCATTAGAATACTACTCACTTTAT	31.43	30	88	MRSA252	SAR2267	FecCD transport family protein		SAR2267::70::100.0::5.7E-11::+						
5QSA00009_G_17	CGTTCAGGAATCGCATTTTCGTCTAAACGGTTACTGAAATTAGCTATTATATTATATGGATTAAAGTTAA	30.0	30	90	MRSA252	SAR0686	putative transposase (pseudogene)		SAR0718::70::100.0::5.4E-11::+,SAR0686::70::100.0::1.3E-10::+,SAR0685::70::100.0::1.3E-10::+						
5QSA00009_G_18	TGAAGAAAATTATGGAATAAAAATCATATATACATCAAATATTAAAAATACTCGCTTTGATAGTGATATT	20.0	32	109	COL	SACOL2390	sensory box histidine kinase, putative		SAR2481::70::90.0::5.0E-8::+	SAS2283::70::98.57143::1.5E-10::+	SAV2392::70::100.0::5.7E-11::+	MW2314::70::98.57143::1.5E-10::+	SA2180::70::100.0::5.7E-11::+		SACOL2390::70::100.0::5.7E-11::+
5QSA00009_G_19	TATTACTTCAACGATTACAGCACTTAGATAAATCCATTGATATGATTGAATTACCAACGACTTTAAAAAT	27.14	31	97	MSSA476	SAS0248	LacI family regulatory protein		SAR0269::70::100.0::5.4E-11::+	SAS0248::70::100.0::5.4E-11::+	SAV0271::70::100.0::5.4E-11::+	MW0247::70::100.0::5.4E-11::+	SA0261::70::100.0::5.4E-11::+		SACOL0257::70::100.0::5.4E-11::+
5QSA00009_G_2	ACCTAGTTAATCTTTGCAAAATAAATAACATTCCATATAAAGTAGACATATATCCATATTATGGTTCAGA	25.71	31	82	COL	SACOL1402	glutamyl aminopeptidase, putative		SAR1379::70::98.57143::1.5E-10::+	SAS1306::70::98.57143::1.5E-10::+	SAV1366::70::100.0::5.7E-11::+	MW1253::70::98.57143::1.5E-10::+	SA1198::70::100.0::5.7E-11::+		SACOL1402::70::100.0::5.7E-11::+
5QSA00009_G_20	AAAATATTATGAGCATTCAATCGAAAAGATAGTTTTTGCTGATGATAACGGTAAAATTATTGCAATGAAT	25.71	33	108	COL	SACOL2390	sensory box histidine kinase, putative			SAS2283::70::98.57143::1.5E-10::+	SAV2392::70::98.57143::1.5E-10::+	MW2314::70::98.57143::1.5E-10::+	SA2180::70::98.57143::1.5E-10::+		SACOL2390::70::100.0::5.7E-11::+
5QSA00009_G_21	CGCAGAAGGCATAGAACTTGCAACTACATTGATTGATAATGGTGAAGCATTGAAAAAATACCATCAAATG	35.71	30	85	MSSA476	SAS1309	anthranilate phosphoribosyltransferase		SAR1382::70::91.42857::1.8E-8::+	SAS1309::70::100.0::5.4E-11::+	SAV1369::70::100.0::5.4E-11::+	MW1256::70::100.0::5.4E-11::+	SA1201::70::100.0::5.4E-11::+		SACOL1405::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00009_G_22	TATCCCTCCTTTAGTAGAAAAAGGAATTCATGTTATTGATTTATCTGGTGCATTCAGAATTAAAAACCGT	31.43	30	75	MRSA252	SAR0185	putative N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase	argC	SAR0185::70::100.0::5.7E-11::+						
5QSA00009_G_23	CAATTACAAATGCATTATATAGAGTATTATTTGAAAATATCTCAGTAAAAGAATGCGTAAAAGATTTAAT	21.43	33	136	MSSA476	SAS1415	glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P) ]		SAR1483::70::100.0::5.4E-11::+	SAS1415::70::100.0::5.4E-11::+	SAV1474::70::100.0::5.4E-11::+	MW1363::70::100.0::5.4E-11::+	SA1306::70::100.0::5.4E-11::+		SACOL1514::70::100.0::5.4E-11::+
5QSA00009_G_24	AATTAGAAGCTTTATTAAAAAAATACTATGAACATTCAATCGAAAAAATAGTATTTGCCGACGATAGTGG	27.14	30	91	MRSA252	SAR2481	putative histidine kinase		SAR2481::70::100.0::5.7E-11::+						
5QSA00009_G_3	ATACTAAAGTGTTATCGACAATGATTTATGATATAGCTTTAGAATTAATTAGTACTATTCCTTTCGTACC	27.14	32	113	Mu50	SAV0766	hypothetical protein		SAR0821::70::98.57143::1.4E-10::+	SAS0731::70::98.57143::1.4E-10::+	SAV0766::70::100.0::5.4E-11::+	MW0728::70::98.57143::1.4E-10::+	SA0721::70::100.0::5.4E-11::+		SACOL0831::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00009_G_4	TCACTTATCCTTACGAATCACCTGTAGGTATTGTGACATCATTCGTAGGTGCACTTTACTTCTTATTTAT	35.71	31	96	Mu50	SAV2176	heme transport system permease	htsB	SAR2267::70::91.42857::1.9E-8::+	SAS2077::70::91.42857::1.9E-8::+	SAV2176::70::100.0::5.7E-11::+	MW2102::70::91.42857::1.9E-8::+	SA1978::70::100.0::5.7E-11::+		SACOL2166::70::91.42857::1.9E-8::+
5QSA00009_G_5	AGAGCAAACCTACCACTAGTGAAGCACCACCTAGTCAAAATAATCACAACGAAAATAACATGTATGATGC	38.57	31	72	Mu50	SAV1800	hypothetical protein				SAV1800::70::100.0::5.4E-11::+		SA1618::70::100.0::5.4E-11::+		
5QSA00009_G_6	ATCACTCTCGTTGAAAAAACAAATTTTTTAGGGGTAAATGGCTCGGCTACGTATCAAATTACTTTGAATC	34.29	30	74	MSSA476	SAS0150	conserved hypothetical protein		SAR0176::70::92.85714::7.2E-9::+	SAS0150::70::100.0::5.7E-11::+		MW0149::70::100.0::5.7E-11::+			
5QSA00009_G_7	GTTATGTTTCAAGTCATCATGAAGTGTTTAAAGAAGCGAATAAGACTATTGTAAATAAACATTTATACTA	25.71	33	104	MSSA476	SAS2264	pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein		SAR2461::70::100.0::5.7E-11::+	SAS2264::70::100.0::5.7E-11::+	SAV2372::70::100.0::5.4E-11::+	MW2294::70::100.0::5.7E-11::+	SA2162::70::100.0::5.4E-11::+		SACOL2369::70::100.0::5.7E-11::+
5QSA00009_G_8	CTTTTTTCATTGTATTTGTGACGATTATCATTCCATCATTAGAATATTATGCATTATATTTAGGTGTGAT	25.71	33	100	MSSA476	SAS2077	FecCD transport family protein			SAS2077::70::100.0::5.7E-11::+	SAV2176::70::98.57143::1.5E-10::+	MW2102::70::100.0::5.7E-11::+	SA1978::70::98.57143::1.5E-10::+		SACOL2166::70::97.14286::3.9E-10::+
5QSA00009_G_9	GAAAACAAGGACTTTAGCGATAGAGCAAATGAAGAATTAAAGAAGTATAACACTAAGATGTATGTATCTA	30.0	31	63	Mu50	SAV0888	hypothetical protein				SAV0888::70::100.0::5.4E-11::+				
5QSA00009_H_1	TAGAAATAATTTCATTGTGTTCGTTTTATCATTTTTTATTAGTATTATATTGTATTCATCGCACGTATTA	21.43	34	72	Mu50	SAV1665	hypothetical protein		SAR1745::70::97.14286::4.1E-10::+	SAS1594::70::97.14286::4.1E-10::+	SAV1665::70::100.0::6.0E-11::+	MW1609::70::97.14286::4.1E-10::+	SA1490::70::100.0::6.0E-11::+		SACOL1712::70::97.14286::4.1E-10::+
5QSA00009_H_10	AACGTTGCTATTGATATTCGAAGTGGAGAAATTCATTTGGTATTAGATGATGATAGCCTTGATATATTAA	30.0	29	88	COL	SACOL2142	SAP domain protein								SACOL2142::70::100.0::6.4E-11::+
5QSA00009_H_11	ATGGTTTAGGATTACAAGAACATGAATATCAAGATGTTTCAAGTACTAATTCTAATTTGTTAGAAGCTGG	30.0	31	112	Mu50	SAV1708	Xaa-Pro dipeptidase homolog		SAR1786::70::97.14286::4.1E-10::+	SAS1635::70::97.14286::4.1E-10::+	SAV1708::70::100.0::6.0E-11::+	MW1651::70::97.14286::4.1E-10::+	SA1530::70::100.0::6.0E-11::+		SACOL1756::70::97.14286::4.1E-10::+
5QSA00009_H_12	TGGAGATGAACATGCCAAAGTATCATTGTCAAAAGATTTAGTAGATCGTGAAACTAATGTTGTTTTAATT	30.0	30	86	COL	SACOL2203	ClpA-related protein								SACOL2203::70::100.0::6.4E-11::+
5QSA00009_H_13	GAGATTATTTATTAAAGTTAGTAGAAGCACATGACATTGAACATCAATACTATATGTCACCAGGTGGAAC	32.86	32	98	Mu50	SAV1745	endo-1,4-beta-glucanase homolog		SAR1823::70::97.14286::4.2E-10::+	SAS1671::70::98.57143::1.6E-10::+	SAV1745::70::100.0::6.0E-11::+	MW1688::70::98.57143::1.6E-10::+	SA1566::70::100.0::6.0E-11::+		SACOL1795::70::98.57143::1.6E-10::+
5QSA00009_H_14	ATAACCGTTAAAGGAGAAATATTCAATACTGATGAAAGTCTAAAATCACATATTCCGAAAGATAACTTTG	28.57	30	82	Mu50	SAV0576	acetyl-CoA c-acetyltransferase	vraB	SAR0581::70::97.14286::4.4E-10::+	SAS0534::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV0576::70::100.0::6.4E-11::+	MW0531::70::98.57143::1.7E-10::+	SA0534::70::100.0::6.4E-11::+		SACOL0622::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00009_H_15	AATACAATTAAACCAGATTTGGCGATAGCTGTCGATGTAGGTATTGCTTATGATACCCCAGGTATGTCAG	40.0	29	83	Mu50	SAV2455	endo-1,4-beta-glucanase		SAR2545::70::95.71428::1.1E-9::+	SAS2347::70::97.14286::4.2E-10::+	SAV2455::70::100.0::6.0E-11::+	MW2379::70::97.14286::4.2E-10::+	SA2244::70::100.0::6.0E-11::+		SACOL2463::70::97.14286::4.2E-10::+
5QSA00009_H_16	GATAATGAAAAAATATAATATTCCAACTGCTGATTATAAAGAAGTTGAGCGAAAAAAGGATGCTTTAACA	27.14	32	102	Mu50	SAV1074	phosphoribosylamine-glycine ligase	purD	SAR1048::70::94.28571::3.3E-9::+	SAS1010::70::98.57143::1.8E-10::+	SAV1074::70::100.0::6.4E-11::+	MW0957::70::98.57143::1.8E-10::+	SA0926::70::100.0::6.4E-11::+		SACOL1083::70::98.57143::1.8E-10::+
5QSA00009_H_17	GCATCTTTATTAATGTCATTGATTATGGGTTTACTATCAGAAAAACGATTAATCTTTAAATTTAGTATTG	24.29	33	115	Mu50	SAV2495	hypothetical protein			SAS2382::70::97.14286::4.6E-10::+	SAV2495::70::100.0::6.0E-11::+	MW2415::70::97.14286::4.6E-10::+	SA2283::70::100.0::6.0E-11::+		SACOL2504::70::95.71428::1.2E-9::+
5QSA00009_H_18	ATGTTGATATTAAAGTAGTAACGCCTACTAAATTAACAGATAGACAAAAAGAACTAATGAAAGAATTTGC	27.14	32	81	MSSA476	SAS1517	chaperone protein		SAR1656::70::98.57143::1.7E-10::+	SAS1517::70::100.0::6.4E-11::+	SAV1579::70::100.0::6.4E-11::+	MW1531::70::100.0::6.4E-11::+	SA1408::70::100.0::6.4E-11::+		SACOL1636::70::100.0::6.4E-11::+
5QSA00009_H_19	AGGAAAGGCCTTTTCGCATAAGTTTTTTGTATCTAAAACTTGGATTAATAATGCTCCTACAAAAGAAGAT	31.43	31	100	Mu50	SAV2596	hypothetical protein				SAV2596::70::100.0::6.0E-11::+				
5QSA00009_H_2	TATTGGCAAAACAGCTCATGCAAGTACGCCAAAAGAGGGTGTTAGTGCTATTAATATTGCGGCTAAAGCA	41.43	30	73	Mu50	SAV1512	similar to tripeptidase		SAR1590::70::95.71428::1.2E-9::+	SAS1451::70::95.71428::1.2E-9::+	SAV1512::70::100.0::6.4E-11::+	MW1465::70::95.71428::1.2E-9::+	SA1343::70::100.0::6.4E-11::+		SACOL1555::70::95.71428::1.2E-9::+
5QSA00009_H_20	AGAACACTTCAAAGAATTAGTGTCAGACAAAGTCGGTTTAGTAACATGTATGTATGTAAATAATGTAACT	30.0	31	82	Mu50	SAV1716	similar to iron-sulfur cofactor synthesis protein nifZ			SAS1643::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV1716::70::100.0::6.4E-11::+	MW1659::70::98.57143::1.7E-10::+	SA1538::70::100.0::6.4E-11::+		SACOL1765::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00009_H_21	TCATCATGGATATGACAATACAGTAAAAGATCCAAACTTTTTCTATAAAAAGAAAGAATCAAATGCTAAC	27.14	31	81	MSSA476	SAS1838	putative oxygenase		SAR2007::70::97.14286::4.2E-10::+	SAS1838::70::100.0::6.0E-11::+	SAV1914::70::98.57143::1.6E-10::+	MW1855::70::100.0::6.0E-11::+	SA1730::70::98.57143::1.6E-10::+		SACOL1976::70::98.57143::1.6E-10::+
5QSA00009_H_22	AGATTCATTAAAAAATATTTATACTGTTACTGAAGGTTTTGAAAATCGTTTGAAATCTAACATTTATGAA	21.43	33	108	MSSA476	SAS1060	conserved hypothetical protein		SAR1099::70::92.85714::7.9E-9::+	SAS1060::70::100.0::6.4E-11::+	SAV1126::70::100.0::6.4E-11::+	MW1008::70::100.0::6.4E-11::+	SA0974::70::100.0::6.4E-11::+		SACOL1135::70::100.0::6.4E-11::+
5QSA00009_H_23	GGCTAAAACAATTAGTTGATATTGAAAGAGATTGGATTCCTGAAGGGGAAGGTCAATCATTATATATTCG	34.29	30	80	COL	SACOL0600	branched-chain amino acid aminotransferase	ilvE		SAS0512::70::98.57143::1.6E-10::+	SAV0554::70::98.57143::1.6E-10::+	MW0509::70::98.57143::1.6E-10::+	SA0512::70::98.57143::1.6E-10::+		SACOL0600::70::100.0::6.0E-11::+
5QSA00009_H_24	GTTAGATGAGAATTGTGACTGTTATACATGTCAAAACTATTCAAGAGCGTATATACGTCATTTAATCAAG	31.43	32	121	MSSA476	SAS1575	queuine tRNA-ribosyltransferase		SAR1719::70::98.57143::1.7E-10::+	SAS1575::70::100.0::6.4E-11::+	SAV1639::70::100.0::6.4E-11::+	MW1589::70::100.0::6.4E-11::+	SA1465::70::100.0::6.4E-11::+		SACOL1694::70::100.0::6.4E-11::+
5QSA00009_H_3	AATTTCGCAAATGATGACCACCCTAACAACCCTGATAATCCAGACAATCCAAATAATCCGGACAATCCTA	40.0	31	56	MRSA252	SAR1022	glutamyl endopeptidase precursor	sspA	SAR1022::70::100.0::6.0E-11::+						
5QSA00009_H_4	ATCACGCCTTATTTCCATAATGAACTGACAAACGCGAAGTATATTTCATATTCACTAGGTATACTCGTTA	34.29	31	90	COL	SACOL0425	hypothetical protein		SAR0350::70::94.28571::3.0E-9::+	SAS0329::68::91.17647::6.0E-8::+	SAV0353::68::91.17647::6.0E-8::+	MW0329::68::91.17647::6.0E-8::+	SA0341::68::91.17647::6.0E-8::+		SACOL0425::70::100.0::6.4E-11::+
5QSA00009_H_5	TAGCATGAATATTTTCTTCGTTGAAAATGGAAAAGTAATTACACCAGAGTTGAATGGCAGTATTTTACCT	31.43	30	83	MSSA476	SAS0512	putative aminotransferase		SAR0559::70::95.71428::1.1E-9::+	SAS0512::70::100.0::6.0E-11::+	SAV0554::70::100.0::6.0E-11::+	MW0509::70::100.0::6.0E-11::+	SA0512::70::100.0::6.0E-11::+		SACOL0600::70::97.14286::4.2E-10::+
5QSA00009_H_6	TAGATGTAATAGACTTCCATAATTTTGCTAAACAATCCTATTTTATTTTGACGGATTCGGGAGGCATACA	32.86	29	89	MRSA252	SAR2199	UDP-GlcNAc 2-epimerase	mnaA	SAR2199::70::100.0::6.4E-11::+						
5QSA00009_H_7	GATAAAGAAAAAATTTATGATGAATGGACAAAACATGGTATTAAACCATTAAAATTTAATATTTATCATG	20.0	36	151	MSSA476	SAS0551	phosphomevalonate kinase		SAR0598::70::100.0::6.0E-11::+	SAS0551::70::100.0::6.0E-11::+	SAV0592::70::100.0::6.0E-11::+	MW0547::70::100.0::6.0E-11::+	SA0549::70::100.0::6.0E-11::+		SACOL0638::70::100.0::6.0E-11::+
5QSA00009_H_8	TTTCAGATATGCAGCAATTTATAGATAGACTAGATAAACGCATATATGACTTACAGCTTTCAAGACAAAT	30.0	34	121	Mu50	SAV1406	tellurite resisrance protein (e-140,65%,86%,378-376)		SAR1418::70::98.57143::1.7E-10::+	SAS1347::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV1406::70::100.0::6.4E-11::+	MW1294::70::98.57143::1.7E-10::+	SA1238::70::100.0::6.4E-11::+		SACOL1441::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00009_H_9	TACAAAATCTATTATAGCTATTATTAGCTTATGTATACTTACATATACAACAATGATTGGTAGCGTGTTG	27.14	32	114	Mu50	SAV1132	hypothetical protein		SAR1105::70::97.14286::4.2E-10::+	SAS1066::70::98.57143::1.6E-10::+	SAV1132::70::100.0::6.0E-11::+	MW1014::70::98.57143::1.6E-10::+	SA0979::70::100.0::6.0E-11::+		SACOL1142::70::98.57143::1.6E-10::+
5QSA00009_I_1	GCAAAACACCGAACGATCCATTGTTAGAATCGTTGATTGACAGGGAAGATGTCATATTAACACCACATAT	38.57	30	87	Mu50	SAV2559	2-hydroxyacid dehydrogenase		SAR2640::70::98.57143::1.4E-10::+	SAS2445::70::98.57143::1.4E-10::+	SAV2559::70::100.0::5.4E-11::+	MW2480::70::98.57143::1.4E-10::+	SA2346::70::100.0::5.4E-11::+		SACOL2574::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00009_I_10	ATGTCGCTATGACTGCTAAAAAAGCAATTGAAGCAGGTGTGGTTGGTAAACCATTAGTAGCACGTGTACA	41.43	29	83	Mu50	SAV0218	similar to NADH-dependent dehydrogenase		SAR0210::70::91.42857::1.9E-8::+	SAS0194::70::92.85714::7.3E-9::+	SAV0218::70::100.0::5.7E-11::+	MW0194::70::92.85714::7.3E-9::+	SA0211::70::100.0::5.7E-11::+		SACOL0197::70::92.85714::7.3E-9::+
5QSA00009_I_11	TTGGTCAACAAATTTTTGAAAAATATGGTATTCGAGAAATGGAAGTTACAGATGAAGTATTCGAAAGTAA	28.57	31	78	Mu50	SAV1169	ornithine carbamoyltransferase	argF	SAR1142::70::98.57143::1.4E-10::+	SAS1102::70::98.57143::1.4E-10::+	SAV1169::70::100.0::5.4E-11::+	MW1050::70::98.57143::1.4E-10::+	SA1012::70::100.0::5.4E-11::+		SACOL1181::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00009_I_12	TACAAAATGGTGTCGTATGATTATTAGACAGATTTTGTCAAACGCATTGAAATATAGTGAGAATTTTAAT	27.14	30	108	Mu50	SAV0660	putative two-component sensor histidine kinase		SAR0670::70::92.85714::7.3E-9::+	SAS0625::70::97.14286::4.0E-10::+	SAV0660::70::100.0::5.7E-11::+	MW0622::70::97.14286::4.0E-10::+	SA0615::70::100.0::5.7E-11::+		SACOL0717::70::97.14286::4.0E-10::+
5QSA00009_I_13	AAATTTAAGAGAAATTTTACTTAAAGCAAATACTTACAACAATATGCATATAAATATTGATACTGAAAAA	18.57	33	110	Mu50	SAV1766	proline dehydrohenase homolog		SAR1849::70::97.14286::3.8E-10::+	SAS1690::70::98.57143::1.4E-10::+	SAV1766::70::100.0::5.4E-11::+	MW1707::70::98.57143::1.4E-10::+	SA1585::70::100.0::5.4E-11::+		SACOL1816::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00009_I_14	CCGAAGCGATAGTGTCACATGAAGACTTAATTGAAGAATTATTAGGTATGGAAATTGAAGATGAGATGGA	35.71	30	84	Mu50	SAV0919	hemolysin		SAR0882::70::98.57143::1.5E-10::+	SAS0790::70::98.57143::1.5E-10::+	SAV0919::70::100.0::5.7E-11::+	MW0802::70::98.57143::1.5E-10::+	SA0780::70::100.0::5.7E-11::+		SACOL0921::70::98.57143::1.5E-10::+
5QSA00009_I_15	TACACCAGCAGGTTATTATTTTGATCAAGATGTGGTTACTAAATCAGGCATATTAAAAGAGGGGCGACTC	38.57	29	85	Mu50	SAV1796	o-succinylbenzoic acid synthetase	menC	SAR1876::70::91.42857::1.8E-8::+	SAS1716::70::91.42857::1.8E-8::+	SAV1796::70::100.0::5.4E-11::+	MW1734::70::91.42857::1.8E-8::+	SA1614::70::100.0::5.4E-11::+		SACOL1843::70::91.42857::1.8E-8::+
5QSA00009_I_16	GTGATGCCAGAAACAGCACCAATTGCTAAACAGAATGCTACCAAAGGATATGGTGCAAAAGTCATTTTAA	38.57	30	87	Mu50	SAV1438	threonine dehydratase				SAV1438::70::100.0::5.7E-11::+		SA1271::70::100.0::5.7E-11::+		
5QSA00009_I_17	CAATTTTAAAGCTTCAAAACCCAAATAAAAAAGATGATATGACTATTTTGATTATAAAAAGAGTAAATTA	20.0	34	107	MSSA476	SAS1972	putative sigma factor sigB regulation protein		SAR2155::70::98.57143::1.4E-10::+	SAS1972::70::100.0::5.4E-11::+	SAV2067::70::100.0::5.4E-11::+	MW1991::70::100.0::5.4E-11::+	SA1872::70::100.0::5.4E-11::+		SACOL2057::70::100.0::5.4E-11::+
5QSA00009_I_18	ATTTAGATATGACTACAGCATTTAAGTTATTCAATAATCCTCAGTATGAAATTTACAGTAAACTATTCAA	24.29	32	101	MSSA476	SAS1849	hypothetical protein		SAR2017::70::98.57143::1.5E-10::+	SAS1849::70::100.0::5.7E-11::+	SAV1925::70::100.0::5.7E-11::+	MW1866::70::100.0::5.7E-11::+	SA1739::70::100.0::5.7E-11::+		SACOL1988::70::100.0::5.7E-11::+
5QSA00009_I_19	AATTCGCTAATGCTTTTAAAGAAGCTAGTGAACAGCTCGCAACATGGGTTCAAGAAGGTAAAATTCAGTC	38.57	29	80	Mu50	SAV2187	similar to quinone oxidoreductase		SAR2278::70::98.57143::1.4E-10::+	SAS2088::70::98.57143::1.4E-10::+	SAV2187::70::100.0::5.4E-11::+	MW2113::70::98.57143::1.4E-10::+	SA1989::70::100.0::5.4E-11::+		SACOL2178::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00009_I_2	CTTCCTTTAAAGTTGATGGTAAAAAATATGAATTTGAACTTTCAGATGAAGATTTAAAAACACAAACACT	25.71	32	103	Mu50	SAV1118	hypothetical protein		SAR1092::70::95.71428::1.0E-9::+	SAS1053::70::98.57143::1.5E-10::+	SAV1118::70::100.0::5.7E-11::+	MW1001::70::98.57143::1.5E-10::+	SA0967::70::100.0::5.7E-11::+		SACOL1128::70::98.57143::1.2E-10::+
5QSA00009_I_20	TCACAACAAGGGTTAGGTCCTAAAGTTTTAAATTGGCGTGCCTTATTTATCAATGTTAGTTTCATCAATT	32.86	30	82	N315	SA2226	hypothetical protein						SA2226::70::100.0::7.8E-11::+		
5QSA00009_I_21	CTCCAATTGCTCTTGATGAAAAGGCGACGTCACTGTCGGCCATAATTAATTTGATAAAATTATACAATGT	35.71	29	92	MRSA252	SAR1876	hypothetical protein		SAR1876::70::100.0::5.4E-11::+						
5QSA00009_I_22	AAGAATGGCTTACAGAACATGTCCCAGGAAATAATGAACTAAAAGATACAAATGTCGAGTTTTATTTTAA	30.0	30	90	Mu50	SAV2650	hypothetical protein		SAR2729::70::95.71428::9.5E-10::+	SAS2536::70::95.71428::9.5E-10::+	SAV2650::70::100.0::5.7E-11::+	MW2571::70::95.71428::1.1E-9::+	SA2443::70::100.0::5.7E-11::+		SACOL2672::70::95.71428::9.5E-10::+
5QSA00009_I_23	AGGCGGTGGATCATACTACACAGTACAAGCAGGTGACTCATTGTCATTAATCGCATCAAAATATGGTACA	41.43	30	84	N315	SA0423	hypothetical protein		SAR0464::70::95.71428::1.0E-9::+,SAR0464::70::91.42857::1.8E-8::+	SAS0422::70::95.71428::1.0E-9::+,SAS0422::70::94.28571::2.7E-9::+	SAV0465::70::94.28571::1.9E-9::+	MW0419::70::95.71428::1.0E-9::+,MW0419::70::94.28571::2.7E-9::+	SA0423::70::100.0::5.4E-11::+,SA0423::70::94.28571::2.7E-9::+		SACOL0507::70::94.28571::2.7E-9::+,SACOL0507::70::94.28571::2.7E-9::+
5QSA00009_I_24	TGACGAAATACAATTAACAAGACATATTAGTCAGGTTAAAGGTATTGGTTTTGATGTTGACTTTAAAGTG	30.0	31	100	MSSA476	SAS0625	putative sensor histidine kinase protein			SAS0625::70::100.0::5.7E-11::+	SAV0660::70::98.57143::1.5E-10::+	MW0622::70::100.0::5.7E-11::+	SA0615::70::98.57143::1.5E-10::+		SACOL0717::70::98.57143::1.5E-10::+
5QSA00009_I_3	CCATACTGTTAAATTAATCGGTACGGATCTAAAGAAACTAATCCTGGAGTATAGAATTGTATATGATTAA	30.0	32	98	Obsolete	Obsolete	Obsolete								
5QSA00009_I_4	AATAAAAACAATACAATTTTAAAAATGATCAAAGGTGAAGAAACATCACATACACCTGTTTGGTTTATGC	27.14	33	102	MSSA476	SAS1755	uroporphyrinogen decarboxylase		SAR1925::70::94.28571::2.8E-9::+	SAS1755::70::100.0::5.7E-11::+	SAV1834::70::100.0::5.7E-11::+	MW1774::70::100.0::5.7E-11::+	SA1652::70::100.0::5.7E-11::+		SACOL1889::70::100.0::5.7E-11::+
5QSA00009_I_5	TATTCCTGTTTTAGAAGATGAAAAACAAGAAGAGAAAAATCATAAAAATATAGCTCAATTAAAATCTGAC	24.29	31	76	MW2	MW0766	truncated secreted von Willebrand factor-binding protein VWbp			SAS0753::70::98.57143::2.1E-10::+		MW0766::70::100.0::5.4E-11::+			SACOL0857::70::98.57143::2.1E-10::+
5QSA00009_I_6	ATGATTTGGTTTAATTTAAGTGATCGAGACCAATATACATTCCCTGTACCTATGTCAAAGATTTATCAAT	30.0	30	87	Mu50	SAV1868	similar to A/G-specific adenine glycosylase		SAR1958::70::97.14286::4.0E-10::+	SAS1790::70::97.14286::4.0E-10::+	SAV1868::70::100.0::5.7E-11::+	MW1808::70::97.14286::4.0E-10::+	SA1685::70::100.0::5.7E-11::+		SACOL1926::70::97.14286::4.0E-10::+
5QSA00009_I_7	TCAATGCAAACATTATTTATTGCACTTGTACAAGGGCTACTTATTACAACAAAGCAACTATCTGCAGCCA	35.71	33	118	MRSA252	SAR0116	putative siderophore transport system permease	sirC	SAR0116::70::100.0::5.4E-11::+						
5QSA00009_I_8	AATAGACAAGTTTATCAGAAATTCATAAACGACCATTCAAAAGAACACGCAAAAGAAACTATAAGAAAAA	27.14	32	92	N315	SA1810	integrase	int	SAR2105::70::98.57143::1.5E-10::+	SAS1922::70::98.57143::1.5E-10::+	SAV2002::70::98.57143::1.5E-10::+	MW1939::70::98.57143::1.5E-10::+	SA1810::70::100.0::5.7E-11::+		
5QSA00009_I_9	AGTACATCAAGCACGCATCATTGCAGGCACACAAGAACAGGTTAAAGCACAATTAGATGATTTCATTGCT	40.0	30	76	Mu50	SAV0323	similar to bacterial luciferase family protein		SAR0320::70::95.71428::1.0E-9::+	SAS0300::70::95.71428::1.0E-9::+	SAV0323::70::100.0::5.4E-11::+	MW0300::70::95.71428::1.0E-9::+	SA0312::70::100.0::5.4E-11::+		SACOL0394::70::95.71428::1.0E-9::+
5QSA00009_J_1	AGACTGATGATAAAGAAGAAGTAGAAATGTTAAAAGAGGAGAGTAATGGTATTAAAGCTGAACTTCCAAA	31.43	32	54	MSSA476	SAS2021	peptide chain release factor 1		SAR2206::70::95.71428::1.1E-9::+	SAS2021::70::100.0::6.0E-11::+	SAV2118::70::100.0::6.0E-11::+	MW2042::70::100.0::6.0E-11::+	SA1920::70::100.0::6.0E-11::+		SACOL2110::70::100.0::6.0E-11::+
5QSA00009_J_10	GCTACAGGCCATATTGTAAATCTATATTTTCCGTTTGTTGAAGTTGAAATGATGTTAACATTGTTGGATA	31.43	30	91	Mu50	SAV1622	iron-sulfur cofactor synthesis protein homolog		SAR1702::70::98.57143::1.7E-10::+	SAS1558::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV1622::70::100.0::6.4E-11::+	MW1572::70::98.57143::1.7E-10::+	SA1450::70::100.0::6.4E-11::+		SACOL1677::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00009_J_11	TCGAGATATGTATGTGCAAAAGAATAATAAGATGTTCTATGCATTATTAATCGCTATTACTATTCAAAGT	27.14	32	109	MSSA476	SAS1950	putative membrane protein		SAR2132::70::98.57143::1.6E-10::+	SAS1950::70::100.0::6.0E-11::+	SAV2045::70::100.0::6.0E-11::+	MW1969::70::100.0::6.0E-11::+	SA1850::70::100.0::6.0E-11::+		SACOL2034::70::100.0::6.0E-11::+
5QSA00009_J_12	AACTTTAACAAAAGGTATTGATGTCGTCTTTGACATTACAGATTTTCATCAAAGAATTAAAGATGCAGAC	30.0	33	113	MSSA476	SAS2324	putative glycerate kinase		SAR2522::70::100.0::6.4E-11::+	SAS2324::70::100.0::6.4E-11::+	SAV2432::70::100.0::6.4E-11::+	MW2356::70::100.0::6.4E-11::+	SA2220::70::100.0::6.4E-11::+		SACOL2435::70::100.0::6.4E-11::+
5QSA00009_J_13	TGGAGTTACTCCATTTTTAATTGCAATTGTCATTATGATTGCGGTCTACTATTTCACAACGAGTCATCTT	34.29	29	106	Mu50	SAV2517	hypothetical protein		SAR2597::69::94.202896::4.9E-9::+	SAS2402::69::94.202896::4.9E-9::+	SAV2517::70::100.0::6.0E-11::+	MW2437::69::94.202896::4.9E-9::+	SA2305::70::100.0::6.0E-11::+		SACOL2528::69::94.202896::4.9E-9::+
5QSA00009_J_14	ACAAGAAAACTAAATTAATTCATGGTGGGCACACAACAGACGATTATACAGGTGCCGTTACAACACCAAT	38.57	29	79	COL	SACOL0503	trans-sulfuration enzyme family protein			SAS0418::70::90.0::5.4E-8::+	SAV0460::70::90.0::5.4E-8::+	MW0415::70::90.0::5.4E-8::+	SA0419::70::90.0::5.4E-8::+		SACOL0503::70::100.0::6.4E-11::+
5QSA00009_J_15	GTAACCGATGGGTTTAAAAAAAGATGGCCAATTAATATAGGTTTTATTGGTAATGTTAGATTTAATGAGA	28.57	33	98	MSSA476	SAS0131	capsular polysaccharide synthesis enzyme		SAR0158::70::92.85714::7.6E-9::+	SAS0131::70::100.0::6.0E-11::+		MW0131::70::100.0::6.0E-11::+			
5QSA00009_J_16	GGGGGAAAATTTATTAAAAGCAATCCAAGACGTGACAGGTTTAGAAGAACATGACCCTGTGATTCAAGCT	40.0	30	81	Mu50	SAV0240	putative flavohemoprotein		SAR0233::70::92.85714::8.0E-9::+	SAS0216::70::92.85714::8.0E-9::+	SAV0240::70::100.0::6.5E-11::+	MW0216::70::92.85714::8.0E-9::+	SA0231::70::100.0::6.5E-11::+		SACOL0220::70::91.42857::2.1E-8::+
5QSA00009_J_17	TTTTAGATTTAATGAAAGAACTACAACAAAAAATCGATACAGCAATTATTTTTATAACGCATGATTTAGG	24.29	32	89	COL	SACOL0993	oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein	oppD	SAR0951::70::100.0::6.0E-11::+	SAS0858::70::98.57143::1.6E-10::+	SAV0988::70::100.0::6.0E-11::+	MW0870::70::98.57143::1.6E-10::+	SA0847::70::100.0::6.0E-11::+		SACOL0993::70::100.0::6.0E-11::+
5QSA00009_J_18	TAATATTTCTAAAATTCTCGATTTTCAAATATCAGAAAACAAACCTATAATTGGTGAAAATATATTTAAA	18.57	32	116	MSSA476	SAS0847	hypothetical protein		SAR0940::70::100.0::6.5E-11::+	SAS0847::70::100.0::6.5E-11::+	SAV0977::70::100.0::6.5E-11::+	MW0859::70::100.0::6.5E-11::+	SA0837::70::100.0::6.5E-11::+		SACOL0981::70::100.0::6.5E-11::+
5QSA00009_J_19	TATATAAAGAAGGAATTACTAAACATACAGTTAGATTACTTCATGCAATCGAATTAGAACGTTTAAATTT	24.29	32	120	MRSA252	SAR2386	putative dehydrogenase		SAR2386::70::100.0::6.0E-11::+	SAS2192::70::98.57143::1.6E-10::+	SAV2302::70::100.0::6.0E-11::+	MW2220::70::98.57143::1.6E-10::+	SA2095::70::100.0::6.0E-11::+		SACOL2293::70::98.57143::1.6E-10::+
5QSA00009_J_2	AATACTAATATGACATATGATGTTGTTTTCACTAGTGGTGCAACGGAATCTAACAATATCGCGCTTAAAG	34.29	29	96	MRSA252	SAR1794	aminotransferase class-V protein		SAR1794::70::100.0::6.4E-11::+						
5QSA00009_J_20	TTTTTATCTACATACATTTTAACAAGTAATAAAGAATTTGAATATTTAGTAAATCGTAAAGCAACGAAGC	22.86	33	110	Mu50	SAV1444	similar to methyltransferase		SAR1456::70::98.57143::1.7E-10::+	SAS1387::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV1444::70::100.0::6.5E-11::+	MW1333::70::98.57143::1.7E-10::+	SA1277::70::100.0::6.5E-11::+		SACOL1483::70::97.14286::4.4E-10::+
5QSA00009_J_21	CCATGAAAGAACCAAACAAACAAGATATTAAGATTTCACATTCCTATTTATACGGTAATTCTGATAGTAC	30.0	30	82	MRSA252	SAR2453	putative membrane protein		SAR2453::70::100.0::6.0E-11::+						
5QSA00009_J_22	TATTTAGCTGGTGGTATTAATGTTCAGAAATTTAAAGAAACACTTGCGTTAGATGATATGGATTTATACA	28.57	31	85	MRSA252	SAR2061	hypothetical phage protein		SAR2061::70::100.0::6.5E-11::+,SAR2031::70::100.0::1.3E-10::-		SAV1963::70::100.0::6.5E-11::+		SA1774::70::100.0::6.5E-11::+		
5QSA00009_J_23	ATTCTTATATATCGGTTATTCAATTATTGACTTACCATATATTCCTTTATTAGTTCTATTTGCTGGTGTC	27.14	32	117	Mu50	SAV1012	hypothetical protein		SAR0979::70::98.57143::1.6E-10::+	SAS0881::70::98.57143::1.6E-10::+	SAV1012::70::100.0::6.1E-11::+	MW0893::70::98.57143::1.6E-10::+	SA0870::70::100.0::6.1E-11::+		SACOL1017::70::98.57143::1.6E-10::+
5QSA00009_J_24	CTAAATTATATACACACTTAAAAGATAAACAAGGCTATATTGGCGCTGAAGAATTACAAGCATTTTTAGC	30.0	31	86	MSSA476	SAS0216	flavohemoprotein			SAS0216::70::100.0::6.5E-11::+	SAV0240::70::98.57143::1.7E-10::+	MW0216::70::100.0::6.5E-11::+	SA0231::70::98.57143::1.7E-10::+		SACOL0220::70::97.14286::4.4E-10::+
5QSA00009_J_3	AGGCCTAGGAGTTATAAGTTCAAGAGAATTTTCAAAAGCAGAAACACAACGTATGCAATTTATTTATGAT	31.43	30	79	pLW043	VRA0014	TraG	traG						VRA0014::70::100.0::6.0E-11::+	
5QSA00009_J_4	GGTTTACATGGCATTTGGGATACATCTTTAACTGTACTTGGCAGTGATACGTTGAAAATATTTATTTTAA	31.43	32	101	Mu50	SAV0236	hypothetical protein		SAR0229::70::98.57143::1.7E-10::+	SAS0212::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV0236::70::100.0::6.4E-11::+	MW0212::70::98.57143::1.7E-10::+	SA0228::70::100.0::6.4E-11::+		SACOL0216::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00009_J_5	AGGACTTAAGCAATTAGTTGATTTAGAGAGAGAATGGGTTCCGGAAGGTGAAGGTCAATCATTATATATT	35.71	29	67	MRSA252	SAR0559	putative aminotransferase		SAR0559::70::100.0::6.0E-11::+						
5QSA00009_J_6	TTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGCATCGATATTGTCTTGCATTC	31.43	30	93	MSSA476	SAS0418	putative Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme		SAR0460::70::97.14286::4.4E-10::+	SAS0418::70::100.0::6.4E-11::+	SAV0460::70::100.0::6.4E-11::+	MW0415::70::100.0::6.4E-11::+	SA0419::70::100.0::6.4E-11::+		SACOL0503::70::97.14286::4.4E-10::+
5QSA00009_J_7	TAGGTGTCACGTTACGATACATGCACTCTAATGTATCGGTACTCAATGTAGATGATTATGAAAATTCTGT	35.71	31	90	MRSA252	SAR2545	conserved hypothetical protein		SAR2545::70::100.0::6.0E-11::+						
5QSA00009_J_8	TTGTAGATGTGGGTGATTGTGATTCAGCGAGTGACTATGCTATCCGTTTACTTGAAGATAAGGCGTTATA	40.0	30	65	Mu50	SAV1458	lipopolysaccharide biosynthesis-related pr-like protein		SAR1469::70::92.85714::8.0E-9::+	SAS1401::70::95.71428::1.2E-9::+	SAV1458::70::100.0::6.4E-11::+	MW1348::70::95.71428::1.2E-9::+	SA1291::70::100.0::6.4E-11::+		SACOL1498::70::95.71428::1.2E-9::+
5QSA00009_J_9	TAATTATGAACCAGAATCAGTGATGGGTTCAACATTCCATAAATTAAATAAGCAGCATGATGCGGCAAAC	35.71	31	103	N315	SA0210	hypothetical protein		SAR0209::70::98.57143::1.6E-10::+	SAS0193::70::97.14286::4.2E-10::+	SAV0217::70::98.57143::1.6E-10::+	MW0193::70::97.14286::4.2E-10::+	SA0210::70::100.0::6.0E-11::+		SACOL0196::70::97.14286::4.2E-10::+
5QSA00009_K_1	GAATGATGCTTGAAGGTGAAAAAATCAAAGCTTTTTATGAAGATATGCCGCCGTATCAGACTGTCAAAAA	35.71	30	86	Mu50	SAV0718	hypothetical protein		SAR0771::70::97.14286::3.8E-10::+	SAS0683::70::95.71428::1.0E-9::+	SAV0718::70::100.0::5.4E-11::+	MW0680::70::95.71428::1.0E-9::+	SA0673::70::100.0::5.4E-11::+		SACOL0777::70::97.14286::3.8E-10::+
5QSA00009_K_10	ACATTATATGAAGACGAAAGATATTAATGTAAAGCCTATTATTTCTCATTTTTTACCGTTAGAAAAAGGC	27.14	30	81	MSSA476	SAS0226	putative zinc-binding dehydrogenase		SAR0245::70::100.0::5.7E-11::+	SAS0226::70::100.0::5.7E-11::+	SAV0250::70::100.0::5.7E-11::+	MW0226::70::100.0::5.7E-11::+	SA0240::70::100.0::5.7E-11::+		SACOL0235::70::100.0::5.7E-11::+
5QSA00009_K_11	GATAATGTGTCTGGATATCAGTTACCACAAGCTCAAATTCAAACACAATCTGTTCATAGTAAAGACATAA	32.86	30	98	MW2	MW0045	hypothetical protein					MW0045::70::100.0::5.4E-11::+,MW0044::64::100.0::6.5E-10::+			
5QSA00009_K_12	GTCAAAATATAGAATTCAGTAAGAAATTACAAGAATTGAATGTACCAGTAGATACTTTGTTTTATGATGG	27.14	31	94	MSSA476	SAS0620	putative esterase		SAR0665::70::97.14286::4.0E-10::+	SAS0620::70::100.0::5.7E-11::+	SAV0655::70::100.0::5.7E-11::+	MW0617::70::100.0::5.7E-11::+	SA0610::70::100.0::5.7E-11::+		SACOL0712::70::100.0::5.7E-11::+
5QSA00009_K_13	TTATTCATTATATTAACAATTAGTAAACAACTTACCATTTTAAATCTTGGTGAATCATTAGCTAAAGGTT	22.86	31	99	MSSA476	SAS0613	ferrichrome transport permease		SAR0658::70::98.57143::1.4E-10::+	SAS0613::70::100.0::5.4E-11::+	SAV0648::70::100.0::5.4E-11::+	MW0610::70::100.0::5.4E-11::+	SA0603::70::100.0::5.4E-11::+		SACOL0705::70::100.0::5.4E-11::+
5QSA00009_K_14	AAGCAATCAAACACATATTGAAATTATTTACTTGAAGTCTTGTGATTTAACAACAATTCTTCACAATTTA	24.29	31	100	Mu50	SAV1771	riboflavin specific deaminase	ribD	SAR1853::70::98.57143::1.5E-10::+	SAS1694::70::97.14286::4.0E-10::+	SAV1771::70::100.0::5.7E-11::+	MW1711::70::97.14286::4.0E-10::+	SA1589::70::100.0::5.7E-11::+		SACOL1820::70::97.14286::4.0E-10::+
5QSA00009_K_15	AATCAAATCATTCATGATGAAAAACAAATACGACAAAAGTTAGACACTTATAATCAATTAGAAACACAAG	25.71	34	60	Mu50	SAV0524	putative ATP:guanido phosphotransferase		SAR0527::70::97.14286::3.8E-10::+	SAS0481::70::98.57143::1.4E-10::+	SAV0524::70::100.0::5.5E-11::+	MW0479::70::98.57143::1.4E-10::+	SA0482::70::100.0::5.5E-11::+		SACOL0569::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00009_K_16	ATATCATCTATTTTCAAGGTATGTTTTATACACAAATATTCGGAATACCAGTCTTTTTATTTTTAAATCT	22.86	34	85	MSSA476	SAS1807	histidine kinase sensor		SAR1975::70::100.0::5.7E-11::+	SAS1807::70::100.0::5.7E-11::+	SAV1885::70::100.0::5.7E-11::+	MW1825::70::100.0::5.7E-11::+	SA1701::70::100.0::5.7E-11::+		SACOL1943::70::98.57143::1.5E-10::+
5QSA00009_K_17	AATAGATATATCATAGAAATTATGAAAATAAGACAACGAGTCATGGAAATGTTACTATTACCTGAACAAA	25.71	31	89	Mu50	SAV0640	teichoic acid biosynthesis protein X	tagX	SAR0650::70::97.14286::4.1E-10::+	SAS0606::70::98.57143::1.6E-10::+	SAV0640::70::100.0::5.5E-11::+	MW0602::70::98.57143::1.6E-10::+	SA0596::70::100.0::5.5E-11::+		SACOL0697::70::98.57143::1.6E-10::+
5QSA00009_K_18	GAACACTAATTAATAAGTTTAATTTAATGAATATCAACTTTAAAATGCCGAGCAAAAAGAATCATATTAA	21.43	34	104	MSSA476	SAS2418	putative membrane protein		SAR2612::70::100.0::5.7E-11::+	SAS2418::70::100.0::5.7E-11::+	SAV2532::70::100.0::5.7E-11::+	MW2453::70::100.0::5.7E-11::+	SA2320::70::100.0::5.7E-11::+		SACOL2546::70::100.0::5.7E-11::+
5QSA00009_K_19	GGTGATTACATTACCTATTTCAGCATTGTTAGCAGGTTTACTATTCTATATACTTAACTTATTTTTCTAA	27.14	31	84	MSSA476	SAS0629	putative phosphate transport protein		SAR0674::70::97.14286::3.8E-10::+	SAS0629::70::100.0::5.5E-11::+	SAV0664::70::98.57143::1.4E-10::+	MW0626::70::100.0::5.5E-11::+	SA0619::70::100.0::5.5E-11::+		SACOL0722::70::100.0::5.5E-11::+
5QSA00009_K_2	TTAAACATTTAGTAGATGAATTTATTCTTGTTACTGAAGAAGAAATTGAACATGCTATGAAAGATTTAAT	22.86	33	174	MSSA476	SAS1381	putative threonine dehydratase		SAR1450::70::100.0::5.7E-11::+	SAS1381::70::100.0::5.7E-11::+		MW1327::70::100.0::5.7E-11::+			SACOL1477::70::100.0::5.7E-11::+
5QSA00009_K_20	ACATTATGTATGGACAAGGTATTTCTAAAGAGGGTGAACTTATTGATTTAGGTGTTGAAAACGACATCGT	34.29	30	80	MSSA476	SAS1219	recombinase A		SAR1261::70::98.57143::1.5E-10::+	SAS1219::70::100.0::5.7E-11::+	SAV1285::70::98.57143::1.5E-10::+	MW1168::70::100.0::5.7E-11::+	SA1128::70::98.57143::1.5E-10::+		SACOL1304::70::98.57143::1.5E-10::+
5QSA00009_K_21	TTCTGAAAATGTAGGTAAATCCGTGTTAATCATTAATGGTGCCGGTGGTGTAGGCAGTATAGCCACTCAA	41.43	30	72	Mu50	SAV2186	similar to alginate lyase		SAR2277::70::91.42857::1.8E-8::+	SAS2087::70::90.0::4.9E-8::+	SAV2186::70::100.0::5.5E-11::+	MW2112::70::90.0::4.9E-8::+	SA1988::70::100.0::5.5E-11::+		SACOL2177::70::90.0::4.8E-8::+
5QSA00009_K_22	CTGGCGCTCAATTAGCAAGTCAATTTACTGCAATACAGACAAATAATCAATTAAGAAAAGCCATGAAATT	32.86	29	94	MRSA252	SAR0665	putative esterase		SAR0665::70::100.0::5.7E-11::+						
5QSA00009_K_23	ATTAACAAAAGAGACTGTATTGAAAATTTATGAGGATACTAATATTGATACCTTAGATTTATTAAATGAG	22.86	32	113	MSSA476	SAS2316	putative biotin synthase		SAR2515::70::100.0::5.5E-11::+	SAS2316::70::100.0::5.5E-11::+	SAV2425::70::100.0::5.5E-11::+	MW2348::70::100.0::5.5E-11::+	SA2213::70::100.0::5.5E-11::+		SACOL2426::70::100.0::5.5E-11::+
5QSA00009_K_24	GACGATTTAAACACTGAAATAAGTACCAAAATTGCTGATGCTCATGTTAAAAATAGTACAAACTTTTTAG	28.57	29	97	MRSA252	SAR0063	hypothetical protein		SAR0063::70::100.0::5.8E-11::+		SAV0065::70::100.0::5.8E-11::+		SA0061::70::100.0::5.8E-11::+		
5QSA00009_K_3	AGACCTACGAGATTACGACAATATATTGGTCAAAATTCAATAAAAAGTAATTTAGAAGTATTTATTAAAG	24.29	31	104	MSSA476	SAS1577	Holliday junction DNA helicase		SAR1721::70::100.0::5.4E-11::+	SAS1577::70::100.0::5.4E-11::+	SAV1641::70::100.0::5.4E-11::+	MW1591::70::100.0::5.4E-11::+	SA1467::70::100.0::5.4E-11::+		SACOL1696::70::100.0::5.4E-11::+
5QSA00009_K_4	TTACAGAAGGCAAGTACAGTGTTCTTGACTTTGGTAGTGGTACTACAATTATTGATACTTATCAAAATAT	31.43	31	94	pLW043	VRA0060	hypothetical protein							VRA0060::70::100.0::5.7E-11::+	
5QSA00009_K_5	TTATCAACCAGAATTAGCTTATTTTGAAGTATTACATGAAATGAAATTAATCGTTGATTTGATGTATGAA	24.29	33	124	MSSA476	SAS1961	ketol-acid reductoisomerase		SAR2143::70::100.0::5.4E-11::+	SAS1961::70::100.0::5.4E-11::+	SAV2056::70::100.0::5.4E-11::+	MW1980::70::100.0::5.4E-11::+	SA1861::70::100.0::5.4E-11::+		SACOL2045::70::100.0::5.4E-11::+
5QSA00009_K_6	GGAATGTTGTTATATGCTAAAACAGACGAAAATATTGTTTTGAACGATAAATTTCATATGAGTGGTAGTC	30.0	30	88	MRSA252	SAR0088	putative restriction enzyme modulator protein		SAR0088::70::100.0::5.7E-11::+						
5QSA00009_K_7	TAGTGATGTTGATATTGATGGTTGTATTGCCCATGTGGATTATTATTTTTTGGAAACACATGGACAGGAC	35.71	31	74	Mu50	SAV2276	molybdopterin biosynthesis protein	moeB	SAR2360::70::94.28571::2.7E-9::+	SAS2166::70::97.14286::3.8E-10::+	SAV2276::70::100.0::5.4E-11::+	MW2194::70::97.14286::3.8E-10::+	SA2071::70::100.0::5.4E-11::+		SACOL2269::70::97.14286::3.8E-10::+
5QSA00009_K_8	TACAATTACAAGTTACTTCGACTATTGGAAAAGGAACAACGGTTAAATTGATCTTCCCATTACAAAATGA	31.43	31	87	MRSA252	SAR0670	putative sensor histidine kinase protein		SAR0670::70::100.0::5.7E-11::+						
5QSA00009_K_9	GATCAAGCAAGTTATTACATTTGATGAACTTCCAGAACAACTTAACAAAGTAATTAATCATGAAAATAAA	25.71	32	109	Mu50	SAV2370	probable oxidoreductase		SAR2459::70::98.57143::1.4E-10::+	SAS2261::70::98.57143::1.4E-10::+	SAV2370::70::100.0::5.4E-11::+	MW2291::70::98.57143::1.4E-10::+	SA2160::70::100.0::5.4E-11::+		SACOL2367::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00009_L_1	AGATTTAAACGAAATTAAAGAAGTATTGAAAGATCACCATCATAATCAAAATGCAAAAATGATTATTAGT	22.86	33	67	MSSA476	SAS1340	putative alanine racemase		SAR1411::70::100.0::6.1E-11::+	SAS1340::70::100.0::6.1E-11::+	SAV1399::70::100.0::6.1E-11::+	MW1287::70::100.0::6.1E-11::+	SA1231::70::100.0::6.1E-11::+		SACOL1434::70::100.0::6.1E-11::+
5QSA00009_L_10	TAGAATATAATTATCGCTACTATTTAACTGAAAATGAATATAAGCAATACCATATTCAATTAAAGGGATT	22.86	35	113	MSSA476	SAS0679	para-aminobenzoate synthase component		SAR0767::70::100.0::6.5E-11::+	SAS0679::70::100.0::6.5E-11::+	SAV0714::70::100.0::6.5E-11::+	MW0676::70::100.0::6.5E-11::+	SA0669::70::100.0::6.5E-11::+		SACOL0774::70::100.0::9.0E-11::+
5QSA00009_L_11	GCTGACAAGGATAAAAAAGTTGTCACTGAACCAAAAAATACAAAAGTAGAAAATGGTAAAGTGACAACAT	31.43	31	95	Mu50	SAV2147	lytic regulatory protein truncated with Tn554		SAR2235::70::97.14286::4.2E-10::+	SAS2050::70::97.14286::4.2E-10::+	SAV2147::70::100.0::6.1E-11::+	MW2071::70::97.14286::4.2E-10::+	SA1956::70::100.0::1.4E-11::+		SACOL2140::70::97.14286::4.3E-10::+
5QSA00009_L_12	GAAATTTATTAAAGAACAGAAGTCAAAATTATGTGCTCATAAGATTATTAAATTGGCTTAGAACAACAAA	24.29	33	116	Mu50	SAV1284	competence-damage inducible protein	cinA	SAR1260::70::95.71428::1.2E-9::+	SAS1218::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV1284::70::100.0::6.5E-11::+	MW1167::70::98.57143::1.7E-10::+	SA1127::70::100.0::6.5E-11::+		SACOL1303::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00009_L_13	TAAGTAGAACAGATAATATAAGTGAAATTGTAAAGTCTATATTGCATAATAATTTGCGTTTTATCTCTCC	25.71	33	107	COL	SACOL1583	replication initiation factor family protein		SAR1297::70::95.71428::1.0E-9::+						SACOL1583::70::100.0::6.1E-11::+
5QSA00009_L_14	TGATGAAAAAGCGTTAATAAACGTGGTTAATTTTTACGAAAATTTATTAAATAATTACAAAGAGGTGTAA	22.86	33	106	Mu50	SAV1398	hippurate hydrolase		SAR1410::70::98.57143::1.7E-10::+	SAS1339::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV1398::70::100.0::6.5E-11::+	MW1286::70::98.57143::1.7E-10::+	SA1230::70::100.0::6.5E-11::+		SACOL1433::70::97.14286::4.5E-10::+
5QSA00009_L_15	CATTAATTGATGCTGATTTTATTGGTAAATCTGTATTAAAAGATCAAAAAGAAAATGGTGCACCAAGAAG	28.57	31	100	MSSA476	SAS1475	putative aminomethyltransferase		SAR1614::70::98.57143::1.6E-10::+	SAS1475::70::100.0::6.1E-11::+	SAV1537::70::100.0::6.1E-11::+	MW1489::70::100.0::6.1E-11::+	SA1367::70::100.0::6.1E-11::+		SACOL1595::70::100.0::6.1E-11::+
5QSA00009_L_16	GATAAATTAACAGATGTATTTGATAAATGGTTATCCTCTGATCTTGCTAAATCATTAAATTGTCATTGTT	25.71	31	123	MSSA476	SAS1799	conserved hypothetical protein		SAR1967::70::100.0::6.5E-11::+	SAS1799::70::100.0::6.5E-11::+	SAV1877::70::100.0::6.5E-11::+	MW1817::70::100.0::6.5E-11::+	SA1693::70::100.0::6.5E-11::+		SACOL1935::70::100.0::6.5E-11::+
5QSA00009_L_17	TGAATGAACATAAATTACAGTTCATTATACAGGATAATGGAGAAGGTATTGACAGCGGCTGTGAAATAAA	32.86	30	94	MRSA252	SAR1331	sensor kinase protein		SAR1331::70::100.0::6.1E-11::+						
5QSA00009_L_18	TTTATATTATTGTAAGGAGTGTTTCATCATGAATAAACAACAAAGTAAAGTACGCTATTCAATTAGAAAA	24.29	31	119	COL	SACOL1264	cell wall hydrolase	lytN							SACOL1264::70::100.0::6.5E-11::+
5QSA00009_L_19	CTGATTTTATTGGAGAATCTAATATTGTTGAAGGACGCATGGTTAGAGATTATGTCGTGAATATTTATGG	32.86	31	79	Mu50	SAV1099	spermidine/putrescine ABC transporter	potA	SAR1073::70::98.57143::1.6E-10::+	SAS1034::70::98.57143::1.6E-10::+	SAV1099::70::100.0::6.1E-11::+	MW0982::70::98.57143::1.6E-10::+	SA0950::70::100.0::6.1E-11::+		SACOL1108::70::98.57143::1.6E-10::+
5QSA00009_L_2	AGTATTGCAAATCATTATGACAACGCTAAATTATATACCCACTTAAAAGGCGAACAAGGTTATATCGGTG	34.29	30	70	MRSA252	SAR0233	flavohemoprotein		SAR0233::70::100.0::6.5E-11::+						
5QSA00009_L_20	ATACGATAAGACCGATCATATCGTTGGTAGTGGCATTACTGCTGCACATCTTGCACTTAAATTGTTAAAT	37.14	30	74	Mu50	SAV0945	hypothetical protein		SAR0907::70::97.14286::4.5E-10::+	SAS0815::70::97.14286::4.5E-10::+	SAV0945::70::100.0::6.5E-11::+	MW0827::70::97.14286::4.5E-10::+	SA0806::70::100.0::6.5E-11::+		SACOL0948::70::97.14286::4.5E-10::+
5QSA00009_L_21	AATTATGTGAAAACGGCTAAAAATGATATCTTTAAATTTGAAAAAGAATTAAAGAGACTAGGAATTAATG	22.86	34	98	MSSA476	SAS1152	conserved hypothetical protein		SAR1194::70::98.57143::1.6E-10::+	SAS1152::70::100.0::6.1E-11::+	SAV1218::70::100.0::6.1E-11::+	MW1101::70::100.0::6.1E-11::+	SA1061::70::100.0::6.1E-11::+		SACOL1230::70::100.0::6.1E-11::+
5QSA00009_L_22	CTATTAGGGCCTCAATATTTGATTGATAAATTAACATTTATGCACGCCTATAATTGTATTTGTGCCAATG	31.43	32	105	Mu50	SAV1049	HisC homolog		SAR1023::70::98.57143::1.7E-10::+	SAS0985::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV1049::70::100.0::6.5E-11::+	MW0933::70::98.57143::1.7E-10::+	SA0902::70::100.0::6.5E-11::+		SACOL1058::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00009_L_23	TATCAAAACGACTTATATTTACTTAATAACAATTTCCTATTACAAATCAAATTAGATTTAGATTCATTAA	18.57	34	111	MSSA476	SAS1787	putative membrane protein		SAR1955::70::100.0::6.1E-11::+	SAS1787::70::100.0::6.1E-11::+	SAV1865::70::100.0::6.1E-11::+	MW1805::70::100.0::6.1E-11::+	SA1682::70::100.0::6.1E-11::+		SACOL1923::70::100.0::6.1E-11::+
5QSA00009_L_24	ACAGTTGATTCACAAATAATAGATAAAACAAAACTCATTTATTTAACGTATCCAAATAATCCAACTGGAT	25.71	31	125	MSSA476	SAS2446	putative aminotransferase		SAR2641::70::97.14286::4.5E-10::+	SAS2446::70::100.0::6.5E-11::+	SAV2560::70::100.0::6.5E-11::+	MW2481::70::100.0::6.5E-11::+	SA2347::70::100.0::6.5E-11::+		SACOL2575::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00009_L_3	TGATCTTCAGTCAAAAAAAGCCATAAGAGAAGAAACGACAGTGAATACAATTTTAAATGTAGTTATGAGT	30.0	29	88	MRSA252	SAR0054	transposase A 1	tnpA1	SAR1739::70::100.0::6.1E-11::+,SAR0054::70::100.0::6.1E-11::+,SAR1733::70::100.0::1.3E-10::+		SAV0056::70::100.0::6.1E-11::+,SAV1659::70::100.0::6.1E-11::+		SA0052::70::100.0::6.1E-11::+,SA0762::70::100.0::6.1E-11::+,SA1484::70::100.0::6.1E-11::+,SA1955::70::100.0::6.1E-11::+,SA2388::70::100.0::6.1E-11::+		
5QSA00009_L_4	GCTTTGTTACCTATTGGATATGCAGATGGCTATTTACGCATAATGCAAGGTAGCTTTGTAAATGTAAATG	35.71	32	125	Mu50	SAV2070	alanine racemase	alr	SAR2158::70::97.14286::4.5E-10::+	SAS1975::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV2070::70::100.0::6.5E-11::+	MW1994::70::98.57143::1.7E-10::+	SA1874::70::100.0::6.5E-11::+		SACOL2060::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00009_L_5	TAAACTAATAGATACTGATGTAGAAAAAGTAAAAGCTGAATTATTAGCAATTAATAAATTATCTCGTGAA	22.86	32	95	Mu50	SAV1321	similar to two-component sensor histidine kinase			SAS1261::70::98.57143::1.6E-10::+	SAV1321::70::100.0::6.1E-11::+	MW1208::70::98.57143::1.6E-10::+	SA1158::70::100.0::6.1E-11::+		SACOL1354::70::98.57143::1.6E-10::+
5QSA00009_L_6	TTTATTTCATTGGGGAACAAATCCAACAGTTCAATATGCTTTACTTAAATTTTTAAAAGGCGATCCAAGT	30.0	31	79	MRSA252	SAR0638	putative membrane protein		SAR0638::70::100.0::6.5E-11::+						
5QSA00009_L_7	GATAAGTAAAGTGACTTATATCATGAGTTTACATAACATATCTATAAGCAACTTAAGAATCTTAGAAGTA	25.71	32	116	Mu50	SAV1365	prephenate dehydrogenase	tyrA	SAR1378::70::94.28571::2.9E-9::+	SAS1305::70::98.57143::1.6E-10::+	SAV1365::70::100.0::6.1E-11::+	MW1252::70::98.57143::1.6E-10::+	SA1197::70::100.0::6.1E-11::+		SACOL1401::70::98.57143::1.6E-10::+
5QSA00009_L_8	AATTACATGATAAATTATGGGACAATGCACAATATTTAAAAAATGGATTGTCAAAATTAGGATATGATAC	24.29	34	131	MSSA476	SAS0508	putative 2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase		SAR0555::70::98.57143::1.8E-10::+	SAS0508::70::100.0::6.7E-11::+	SAV0550::70::100.0::6.5E-11::+	MW0505::70::100.0::6.7E-11::+	SA0508::70::100.0::6.5E-11::+		SACOL0596::70::98.57143::1.8E-10::+
5QSA00009_L_9	TTGATAGCAACAAAGGACCATTTAACGATAATACAATTAAGCAATTATTTAAAGAAATTTTTAAAGCCTC	25.71	33	93	Mu50	SAV1737	3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase		SAR1815::70::92.85714::7.6E-9::+	SAS1663::70::92.85714::7.6E-9::+	SAV1737::70::100.0::6.1E-11::+	MW1680::70::92.85714::7.6E-9::+	SA1558::70::100.0::6.1E-11::+		SACOL1787::70::92.85714::7.6E-9::+
5QSA00009_M_1	TTGATACATTTAAAATTTCACATAATCCTGCTGAAAACGAAGGGAAGTCTGTCTTAATCATTAATGGTGC	32.86	30	81	MSSA476	SAS2087	putative zinc-binding dehydrogenase			SAS2087::70::100.0::5.5E-11::+	SAV2186::70::90.0::4.9E-8::+	MW2112::70::100.0::5.5E-11::+	SA1988::70::90.0::4.9E-8::+		SACOL2177::70::95.77465::2.1E-9::+
5QSA00009_M_10	ACAAATCGTATTTAGTCCGGAAATAATGTCATGGATAGAACAACGTAGCTTGAATATACATCGAGGATAA	34.29	30	88	Mu50	SAV2346	isopentenyl pyrophosphate isomerase	fni	SAR2431::70::98.57143::1.5E-10::+	SAS2237::70::98.57143::1.5E-10::+	SAV2346::70::100.0::5.8E-11::+	MW2267::70::98.57143::1.5E-10::+	SA2136::70::100.0::5.8E-11::+		SACOL2341::70::97.14286::4.0E-10::+
5QSA00009_M_11	TATCGATGTAGTGTTAGAATGTACTGGTTTCTACACTGATAAAGATAAAGCACAAGCTCATATTGAAGCA	34.29	31	99	MSSA476	SAS0738	glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase 1		SAR0828::70::98.57143::1.5E-10::+	SAS0738::70::100.0::5.5E-11::+	SAV0772::70::100.0::5.5E-11::+	MW0734::70::100.0::5.5E-11::+	SA0727::70::100.0::5.5E-11::+		SACOL0838::70::98.57143::1.5E-10::+
5QSA00009_M_12	ACTATTTAGAAAATAGCGATTTGAGACCTAAAACAAAACGACGCAAACAAAATGAATATCATAAACACTT	28.57	30	69	Mu50	SAV0847	integrase	int			SAV0847::70::100.0::5.8E-11::+				
5QSA00009_M_13	TTATTTAATAAGTATATCTGTAATCATCGTATATGTATTATCTACAAACTTTGTTTGTAAATGGACAAAT	21.43	33	106	MSSA476	SAS0986	putative membrane protein		SAR1024::70::100.0::5.5E-11::+	SAS0986::70::100.0::5.5E-11::+	SAV1050::70::98.57143::1.5E-10::+	MW0934::70::100.0::5.5E-11::+	SA0903::70::100.0::5.5E-11::+		SACOL1059::70::100.0::5.5E-11::+
5QSA00009_M_14	TTATAAAGCCTACTGCTTTCCTAGAGAAAAAACAAAGCATAACAATATTGAGTACAATGTATCGTTGTTT	30.0	30	96	MW2	MW0042	hypothetical protein					MW0042::70::100.0::5.8E-11::+			
5QSA00009_M_15	CAATTTTTGATACATCTAGCTTGCGACATACTTCGAAAAAATTATCAACAATTTTAAAAGGGGATTTGTA	28.57	30	108	Mu50	SAV1608	hypothetical protein		SAR1687::70::98.57143::1.5E-10::+	SAS1544::70::98.57143::1.5E-10::+	SAV1608::70::100.0::5.5E-11::+	MW1558::70::98.57143::1.5E-10::+	SA1436::70::100.0::5.5E-11::+		SACOL1663::70::98.57143::1.5E-10::+
5QSA00009_M_16	CAGAGAAGTCACACATGGATGACTATATGCAACACCCTGGTAAAGTAATTAAACAAAATAATAAATATTA	30.0	31	61	MSSA476	SAS1064	iron-regulated heme-iron binding protein		SAR1103::70::98.57143::1.6E-10::+	SAS1064::70::100.0::5.8E-11::+	SAV1130::70::100.0::5.8E-11::+	MW1012::70::100.0::5.8E-11::+	SA0977::70::100.0::5.8E-11::+		SACOL1140::70::98.57143::1.5E-10::+
5QSA00009_M_17	CTCTGTAAGCTATTACTTTAAAAATAGTTTTTATATCACACCAAGTGGCATGTTAACGAAGCCACAGTTT	32.86	29	100	Mu50	SAV2580	hypothetical protein		SAR2660::70::94.28571::2.7E-9::+	SAS2466::70::95.71428::1.0E-9::+	SAV2580::70::100.0::5.5E-11::+	MW2500::70::95.71428::1.0E-9::+	SA2366::70::100.0::5.5E-11::+		SACOL2596::70::95.71428::1.0E-9::+
5QSA00009_M_18	CTATTCAACAGTAAAATATTATTATTGTTATCTTTTATTTTACAGCAATCATTTTTATATTACTTTACGA	18.57	33	114	MSSA476	SAS2555	intercellular adhesion protein C		SAR2750::70::100.0::5.8E-11::+	SAS2555::70::100.0::5.8E-11::+	SAV2669::70::100.0::5.8E-11::+	MW2589::70::100.0::5.8E-11::+	SA2462::70::100.0::5.8E-11::+		SACOL2692::70::100.0::5.8E-11::+
5QSA00009_M_19	ATTAATTTATTAAAAGACTATCAAGTGAATCAACAGATGTTTGATTTAACAGGTAAAGATTCAACGATAT	24.29	32	118	MSSA476	SAS2520	putative ornithine carbamoyltransferase		SAR2713::70::98.57143::1.5E-10::+	SAS2520::70::100.0::5.5E-11::+	SAV2634::70::100.0::5.5E-11::+	MW2555::70::100.0::5.5E-11::+	SA2427::70::100.0::5.5E-11::+		SACOL2656::70::100.0::5.5E-11::+
5QSA00009_M_2	TATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGAGCACCACGAATTTGGTGG	25.71	31	128	MSSA476	SAS1963	3-isopropylmalate dehydrogenase		SAR2145::70::98.57143::1.5E-10::+	SAS1963::70::100.0::5.8E-11::+	SAV2058::70::100.0::5.8E-11::+	MW1982::70::100.0::5.8E-11::+	SA1863::70::100.0::5.8E-11::+		SACOL2047::70::100.0::5.8E-11::+
5QSA00009_M_20	AGTTGATTGGAAAAATAAAACAGTTAAAGTCGTTGATAAATACTCTGATAATAAATCATTTAGAGAAGGA	25.71	31	83	MSSA476	SAS1925	putative leukocidin S subunit			SAS1925::70::100.0::5.8E-11::+		MW1942::70::100.0::5.8E-11::+			
5QSA00009_M_21	CAACCCTAACAACCCTGATAATCCAGACAATGGCGATACCAATAATTCAGACAATCCAGATGCAGCTTAA	41.43	31	62	COL	SACOL1057	V8 Protease	sspA		SAS0984::70::91.42857::1.8E-8::+	SAV1048::70::91.42857::1.9E-8::+	MW0932::70::91.42857::1.8E-8::+	SA0901::70::91.42857::1.9E-8::+		SACOL1057::70::100.0::5.5E-11::+
5QSA00009_M_22	GTTAGATTTACATGGTGCGTTTTGGGCATTCATTGGTTCGATCGAATTTGATTATTTAGGCTATATTTTA	32.86	32	74	COL	SACOL2721	high-affinity nickel-transport protein	nixA		SAS2582::70::98.57143::1.5E-10::+	SAV2698::70::98.57143::1.5E-10::+	MW2617::70::98.57143::1.5E-10::+	SA2489::70::98.57143::1.5E-10::+		SACOL2721::70::100.0::5.8E-11::+
5QSA00009_M_23	TCAGTGAAACAACATATAACACATTGTTGTTAGAGCCATCAGTCATAAACACTTTAGACAAAATTAAACA	30.0	32	87	MSSA476	SAS0737	glycolytic operon regulator		SAR0827::70::98.57143::1.5E-10::+	SAS0737::70::100.0::5.5E-11::+	SAV0771::70::100.0::5.5E-11::+	MW0733::70::100.0::5.5E-11::+	SA0726::70::100.0::5.5E-11::+		SACOL0837::70::98.57143::1.5E-10::+
5QSA00009_M_24	ATTTATTAACACAAATTACTTTAAAACATGAGAATATGGAAGGAGGATCTTTAGTACTACAGTTCTATAT	25.71	31	93	MRSA252	SAR2750	intercellular adhesion protein C	icaC	SAR2750::70::100.0::5.8E-11::+						
5QSA00009_M_3	GTTACGAAACATCGGCTATTTTCATGGATTCAAAGGGTATAATTTCTTTTTAAACAAAGAAGAAGAACTT	30.0	31	88	MRSA252	SAR0386	hypothetical protein		SAR0386::70::100.0::5.5E-11::+						
5QSA00009_M_4	TGTATATCAAGATTTGAATGCCCGTATAGATGGTATTGTTCAAGCTGAACAAAGTGAAGAAGGATTAGAA	34.29	30	89	Mu50	SAV2116	hypothetical protein		SAR2204::70::95.71428::1.1E-9::+	SAS2019::70::97.14286::4.0E-10::+	SAV2116::70::100.0::5.8E-11::+	MW2040::70::97.14286::4.0E-10::+	SA1918::70::100.0::5.8E-11::+		SACOL2108::70::97.14286::4.1E-10::+
5QSA00009_M_5	TATAGGTAAATCCGTGTTAATCATTAATGGCGCTGGGGGTGTAGGAAGTATTGCCACTCAAATTGCTAAA	40.0	30	73	MRSA252	SAR2277	putative zinc-binding dehydrogenase		SAR2277::70::100.0::5.5E-11::+		SAV2186::70::91.42857::1.8E-8::+		SA1988::70::91.42857::1.8E-8::+		
5QSA00009_M_6	CTGTATCGACTTATTGGCATGATGCACATAAATGGAATGATAGAGCTAAAGCTGAGGGTTATAAAGTTGA	37.14	30	92	COL	SACOL1576	traG protein, putative		SAR1290::70::95.71428::9.9E-10::+						SACOL1576::70::100.0::5.8E-11::+
5QSA00009_M_7	GAAATCATATTACTTAATCCGATGGGTATGGCTATCGAAGATATTTCAAGTGCTTATTTTATTTATCAAC	30.0	30	104	Mu50	SAV0117	probable ornithine cyclodeaminase protein		SAR0120::70::98.57143::1.5E-10::+	SAS0091::70::98.57143::1.5E-10::+	SAV0117::70::100.0::5.5E-11::+	MW0090::70::98.57143::1.5E-10::+	SA0113::70::100.0::5.5E-11::+		SACOL0101::70::98.57143::1.4E-10::+
5QSA00009_M_8	TGCAATTGTGTTAATGATTGTCTCTGTATTAGGAAGTTTATTCTCCATTTTAACAATTAGAAAAATAGAT	25.71	30	82	MSSA476	SAS0285	putative membrane protein		SAR0305::70::100.0::5.8E-11::+	SAS0285::70::100.0::5.8E-11::+	SAV0308::70::100.0::5.8E-11::+	MW0285::70::100.0::5.8E-11::+	SA0296::70::100.0::5.8E-11::+		SACOL0305::70::100.0::5.8E-11::+
5QSA00009_M_9	AGAAATCAATGATATTTTTGAAGAAATGGAAAAGGGTACTATAACTGGTAGAATGGTTATTAAATTTTAA	24.29	32	66	Mu50	SAV0605	alcohol dehydrogenase	adh1	SAR0613::70::98.57143::1.5E-10::+	SAS0573::70::98.57143::1.5E-10::+	SAV0605::70::100.0::5.5E-11::+	MW0568::70::98.57143::1.5E-10::+	SA0562::70::100.0::5.5E-11::+		SACOL0660::70::98.57143::1.5E-10::+
5QSA00009_N_1	TCATGGTACATAGTACATTCCAAGGAATGGAATTGATTTCTAAATTAGATTCAAGAACCCAAGTGATGAC	34.29	33	97	Mu50	SAV0213	multiple sugar-binding transport ATP-binding protein	msmX	SAR0205::70::94.28571::2.9E-9::+	SAS0189::70::94.28571::2.9E-9::+	SAV0213::70::100.0::6.1E-11::+	MW0189::70::94.28571::2.9E-9::+	SA0206::70::100.0::6.1E-11::+		SACOL0192::70::94.28571::2.9E-9::+
5QSA00009_N_10	ATGTTAAAGATTTCATCAATTACCTTTCAACTTTAGATGTTGAAGTTAAAGCAGTATTTAGTCAATATTG	25.71	32	112	Mu50	SAV1723	similar to transaminase		SAR1800::70::97.14286::4.5E-10::+	SAS1649::70::94.28571::3.1E-9::+	SAV1723::70::100.0::6.5E-11::+	MW1665::70::94.28571::3.1E-9::+	SA1544::70::100.0::6.5E-11::+		SACOL1772::70::95.71428::1.2E-9::+
5QSA00009_N_11	ATTGGTTCAATATAGAAAAAATAAATATAGATGTTGAAGCATCTACAATTAATACAGATCCATTTCAATA	22.86	33	120	Mu50	SAV1559	hypothetical protein		SAR1636::70::97.14286::4.3E-10::+	SAS1497::70::97.14286::4.3E-10::+	SAV1559::70::100.0::6.2E-11::+	MW1511::70::97.14286::4.3E-10::+	SA1388::70::100.0::6.2E-11::+		SACOL1616::70::97.14286::4.3E-10::+
5QSA00009_N_12	ATGTTATCTGCTCAAGATAGCTGGACACTTGCTAAACATTTAAAAACATTTCCAATCAGATTTAAACAAT	30.0	31	110	MSSA476	SAS0334	Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme		SAR0355::70::97.14286::4.5E-10::+	SAS0334::70::100.0::6.6E-11::+	SAV0358::70::100.0::6.6E-11::+	MW0334::70::100.0::6.6E-11::+	SA0346::70::100.0::6.6E-11::+		SACOL0430::70::97.14286::4.5E-10::+
5QSA00009_N_13	GATAGATATTCCTTTAGATGAATCATCATTTATGTATGATACACCAGGTATTATTCAAGATCATCAAATG	28.57	32	118	Mu50	SAV1597	similar to GTPase family protein		SAR1674::70::97.14286::4.3E-10::+	SAS1534::70::97.14286::4.3E-10::+	SAV1597::70::100.0::6.2E-11::+	MW1548::70::97.14286::4.3E-10::+	SA1425::70::100.0::6.2E-11::+		SACOL1653::70::97.14286::4.3E-10::+
5QSA00009_N_14	TCATTTTAACCATCATTTTAATTATCATTTTAACAACGGAACAAACATGGAAGCATCATGACCTATGGCG	32.86	32	82	Mu50	SAV0207	hypothetical protein		SAR0200::70::97.14286::4.5E-10::+	SAS0183::70::97.14286::4.5E-10::+	SAV0207::70::100.0::6.6E-11::+	MW0183::70::97.14286::4.5E-10::+	SA0200::70::100.0::6.6E-11::+		SACOL0186::70::97.14286::4.5E-10::+
5QSA00009_N_15	TAGAAAATTTAGACATTTGTATTTTTGCAGAAAGTTTAGGAGGTACTGAAACATTAGTGACCTTCCCTTA	31.43	30	81	Mu50	SAV0359	similar to cystathionine gamma-synthase		SAR0356::70::98.57143::1.6E-10::+	SAS0335::70::98.57143::1.6E-10::+	SAV0359::70::100.0::6.2E-11::+	MW0335::70::98.57143::1.6E-10::+	SA0347::70::100.0::6.2E-11::+		SACOL0431::70::98.57143::1.6E-10::+
5QSA00009_N_16	ATTATATGAATTAAAACAATCCTTAGGTATGATTGGACAACAATTAAAAAATAAAAATGATGAATTGAGT	21.43	32	76	MSSA476	SAS0935	hypothetical phage protein		SAR1516::70::100.0::6.6E-11::+,SAR1563::70::100.0::1.3E-10::+	SAS0935::70::100.0::6.6E-11::+		MW1398::70::100.0::6.6E-11::+			SACOL0370::70::100.0::6.6E-11::+
5QSA00009_N_17	TAAATATGGAATTACAAATAAGTTGGTATTATATGTACCAACATATAGAGAAGATAAAGCAGATAATAGG	25.71	32	99	COL	SACOL0696	teichoic acid biosynthesis protein B	tagB	SAR0649::70::98.57143::1.6E-10::+	SAS0605::70::98.57143::1.6E-10::+		MW0601::70::98.57143::1.6E-10::+			SACOL0696::70::100.0::6.2E-11::+
5QSA00009_N_18	GCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAG	31.43	33	103	COL	SACOL0186	peptide ABC transporter, permease protein								SACOL0186::70::100.0::6.6E-11::+
5QSA00009_N_19	ATTATTAAAAGAGCAATTAGAAGATGTGCTTGATACATTAACTGATAGAGAAGAAAATGTATTACGATTA	25.71	32	81	MSSA476	SAS1499	RNA polymerase sigma factor		SAR1638::70::100.0::6.2E-11::+	SAS1499::70::100.0::6.2E-11::+	SAV1561::70::100.0::6.2E-11::+	MW1513::70::100.0::6.2E-11::+	SA1390::70::100.0::6.2E-11::+		SACOL1618::70::100.0::6.2E-11::+
5QSA00009_N_2	GGCTATCAACAATATAAAGATGACAGTCAGATAAGAAATTCAACAAGTGCGAGTAAAGTGATGGTAATGA	34.29	31	84	MSSA476	SAS2175	conserved hypothetical protein			SAS2175::70::100.0::6.5E-11::+	SAV2285::70::97.14286::4.5E-10::+	MW2203::70::100.0::6.5E-11::+	SA2080::70::97.14286::4.5E-10::+		SACOL2278::70::97.14286::4.5E-10::+
5QSA00009_N_20	TATCATTTCTCAGCCGTTGGTAGCCTTTTACTTCACAACTATAACTATCATGTTAATAGTAATATTTCTT	30.0	30	87	COL	SACOL2523	drug transporter, putative								SACOL2523::70::100.0::6.6E-11::+
5QSA00009_N_21	ATTAACATATCTTTATAATAAAGATTTAGAACGCACTGGTTTATTAAATACAGCTGCATTGTTATTGAAG	25.71	32	130	MSSA476	SAS2060	putative mannitol-1-phosphate 5-dehydrogenase		SAR2247::70::98.57143::1.6E-10::+	SAS2060::70::100.0::6.2E-11::+	SAV2159::70::100.0::6.2E-11::+	MW2085::70::100.0::6.2E-11::+	SA1963::70::100.0::6.2E-11::+		SACOL2149::70::100.0::6.2E-11::+
5QSA00009_N_22	ATCTAGTTATCGAAAAATTAATGTCATGTATTACAGATAGCATTATTTGTGTTTCAGATTTCGATAAACA	25.71	32	141	Mu50	SAV0130	hypothetical protein		SAR0132::70::97.14286::4.5E-10::+	SAS0104::70::95.71428::1.2E-9::+	SAV0130::70::100.0::6.6E-11::+	MW0104::70::95.71428::1.2E-9::+	SA0125::70::100.0::6.6E-11::+		SACOL0115::70::95.71428::1.2E-9::+
5QSA00009_N_23	CCCATCTTTTAACACAGCGGGAAGGCTTACCAGCTAAACAAGAGGTCATTGAAAATTACCAAAAAAATCA	38.57	29	93	Mu50	SAV2584	probable monooxygenase		SAR2664::70::97.14286::4.3E-10::+	SAS2470::70::97.14286::4.3E-10::+	SAV2584::70::100.0::6.2E-11::+	MW2504::70::97.14286::4.3E-10::+	SA2370::70::100.0::6.2E-11::+		SACOL2600::70::95.71428::1.1E-9::+
5QSA00009_N_24	TTTATGAAAAAGGTATTTACTTTATTCAACAAAGTCCGTTATTAGGCTATGGGCCATTTAACTATTATAA	27.14	31	92	Mu50	SAV0158	capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap5J	capJ			SAV0158::70::100.0::6.6E-11::+		SA0153::70::100.0::6.6E-11::+		SACOL0145::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00009_N_3	GATTTATCCGTGCCGAAGTAACAAGTTATGATGACTATGTACAATATGGCGGCGAAAGTGGCGCTAAAGA	42.86	29	94	Mu50	SAV0363	GTP-binding protein		SAR0360::70::97.14286::4.2E-10::+	SAS0339::70::97.14286::4.2E-10::+	SAV0363::70::100.0::6.1E-11::+	MW0339::70::97.14286::4.2E-10::+	SA0351::70::100.0::6.1E-11::+		SACOL0435::70::97.14286::4.2E-10::+
5QSA00009_N_4	TTTTGAGATTACACGGTATAACCTACAAACGATAACGCTAACAAAAACGCACATAGACCTATACTATATG	34.29	30	82	pLW043	VRA0038	sensor histidine kinase VanS	vanS						VRA0038::70::100.0::6.5E-11::+	
5QSA00009_N_5	ATACATGTACGTAATTATAATAATGTTAAACATAAAGATGTATTAATCGTTGGGAATACATTCAATAATT	21.43	33	121	MSSA476	SAS1841	hypothetical protein		SAR2010::70::100.0::6.1E-11::+	SAS1841::70::100.0::6.1E-11::+	SAV1917::70::100.0::6.1E-11::+	MW1858::70::100.0::6.1E-11::+	SA1733::70::100.0::6.1E-11::+		SACOL1980::70::100.0::6.1E-11::+
5QSA00009_N_6	GGTTGGAAAACTGTGTTTGGTAGAATTTGATTATGCTACAAGTCAAGATTTTTTATCATTAAGTAGTCTT	30.0	31	82	MRSA252	SAR1898	putative type I restriction modification DNA specificity protein		SAR1898::70::100.0::6.5E-11::+						
5QSA00009_N_7	GTCGTATTTAAGCTTCAAGCTATGGATACAATGACAAGTTTCTGGATTCCACAATTAGGTGGTCAAAAAT	35.71	30	93	Mu50	SAV1061	quinol oxidase polypeptide II QoxA		SAR1034::70::98.57143::1.6E-10::+	SAS0996::70::98.57143::1.6E-10::+	SAV1061::70::100.0::6.2E-11::+	MW0944::70::98.57143::1.6E-10::+	SA0913::70::100.0::6.2E-11::+		SACOL1070::70::98.57143::1.6E-10::+
5QSA00009_N_8	ATATACAGCCGAAAGTCAGATTAGAAATGCGACGAGTGCGAGTAAAGTAATGGTAATGAACCAAGGCCTT	41.43	30	53	MRSA252	SAR2369	conserved hypothetical protein		SAR2369::70::100.0::6.5E-11::+						
5QSA00009_N_9	TGTAGGAGAAATTGTATTTAATACAGCTATGACAGGTTATCAAGAAACTATTTCAGATCCATCATATACA	30.0	31	129	Mu50	SAV1202	carbamoyl-phosphate synthase small subunit	pyrAA	SAR1178::70::98.57143::1.6E-10::+	SAS1136::70::98.57143::1.6E-10::+	SAV1202::70::100.0::6.2E-11::+	MW1085::70::98.57143::1.6E-10::+	SA1045::70::100.0::6.2E-11::+		SACOL1214::70::98.57143::1.6E-10::+
5QSA00009_O_1	TATTTATGATAAAGATATGCAATTAGACTCTTATCGTCGGTTCAAGAATGTTATAAATCAGATAAATGAA	25.71	33	113	MSSA476	SAS1559	putative oxygenase		SAR1703::70::95.71428::1.0E-9::+	SAS1559::70::100.0::5.5E-11::+	SAV1623::70::100.0::5.6E-11::+	MW1573::70::100.0::5.5E-11::+	SA1451::70::100.0::5.5E-11::+		SACOL1678::70::100.0::5.5E-11::+
5QSA00009_O_10	TTATGCACCTCCAATTTTAGAAAAAAATAAAGATGGTCAAAGGTTAATTGTCACTTATGAAGTTGATTGG	30.0	31	81	N315	SA1813	hypothetical protein			SAS1925::70::97.14286::4.0E-10::+	SAV2005::70::98.57143::1.5E-10::+	MW1942::70::97.14286::4.0E-10::+	SA1813::70::100.0::5.8E-11::+		SACOL2006::70::98.57143::1.5E-10::+
5QSA00009_O_11	GGCGTTAGTTTACAAAAGAAATTTAATGAAGTACTAGGTAATATAGAATCGTCTAACATGTACAGAGATA	30.0	30	92	Mu50	SAV2209	hypothetical protein				SAV2209::70::100.0::5.5E-11::+		SA2010::70::100.0::5.5E-11::+		
5QSA00009_O_12	TAATCTTTAATTTCACTCATTTACTTTTCAATCTTTTAAAAGCGAGGTTTTTAATAATGACAAAAATTAT	20.0	33	121	MW2	MW2444	2-hydroxyacid dehydrogenase	ddh			SAV2524::70::100.0::5.8E-11::+	MW2444::70::100.0::5.8E-11::+	SA2312::70::100.0::5.8E-11::+		
5QSA00009_O_13	TGCGTCATGCATTTGATGCAGATCATATCGCCGCGATAGACAATACCGTTCGTAAATTATTACAACAACG	41.43	30	96	Mu50	SAV2698	similar to high-affinity nickel-transport protein		SAR2778::70::91.42857::1.9E-8::+		SAV2698::70::100.0::5.5E-11::+		SA2489::70::100.0::5.5E-11::+		
5QSA00009_O_14	ATATTGACAACAGCCATTGTATCAGGTTTGGTATCAGCATTAGTAGGTATTCATGGAACGAAAGAATCAG	37.14	30	83	Mu50	SAV2570	regulatory protein		SAR2651::70::95.71428::1.1E-9::+	SAS2456::70::95.71428::1.1E-9::+	SAV2570::70::100.0::5.8E-11::+	MW2491::70::95.71428::1.1E-9::+	SA2357::70::100.0::5.8E-11::+		SACOL2585::70::95.71428::1.1E-9::+
5QSA00009_O_15	GTTGATTATTATTCCTTACTTACTATTTAAATCGAATACACTAAATATTATTCATACGGGTGATAATATT	22.86	33	122	MSSA476	SAS0614	ferrichrome transport permease		SAR0659::70::100.0::5.5E-11::+	SAS0614::70::100.0::5.5E-11::+	SAV0649::70::100.0::5.5E-11::+	MW0611::70::100.0::5.5E-11::+	SA0604::70::100.0::5.5E-11::+		SACOL0706::70::100.0::5.5E-11::+
5QSA00009_O_16	ATATTTTAATCACATTAATTATTCTTTTATTAAGTATTATGGTGTTATTTATTAGTGGTTTAGCTCAAGG	21.43	37	97	MSSA476	SAS2251	putative permease protein		SAR2446::70::98.57143::1.5E-10::+	SAS2251::70::100.0::5.8E-11::+	SAV2360::70::98.57143::1.5E-10::+	MW2281::70::100.0::5.8E-11::+	SA2150::70::98.57143::1.5E-10::+		SACOL2357::70::98.57143::1.5E-10::+
5QSA00009_O_17	TTACTCCTAAGAATAAGATGCCTGTAACTGTTTCTGAAGGGTTTAATCCAGAATTTTTAGCTGTTATGTC	34.29	31	89	MSSA476	SAS1924	putative leukocidin F subunit			SAS1924::70::100.0::5.5E-11::+	SAV2004::70::90.0::4.9E-8::+	MW1941::70::100.0::5.5E-11::+	SA1812::70::90.0::4.9E-8::+		SACOL2004::70::90.0::4.1E-8::+
5QSA00009_O_18	AGGAAAGCTATCATTTATTCGATAAAGCAATGTTTGATCATGTGAAAAAAGGTGCAATTTTAGTTAACGC	31.43	30	112	MSSA476	SAS2410	D-specific D-2-hydroxyacid dehydrogenase		SAR2605::70::95.71428::9.9E-10::+	SAS2410::70::100.0::5.3E-11::+	SAV2524::70::97.14286::4.1E-10::+	MW2444::70::100.0::5.8E-11::+	SA2312::70::97.14286::4.1E-10::+		SACOL2535::70::97.14286::3.8E-10::+
5QSA00009_O_19	ATTTAGGCTATATTTTAGTTGCATTATTTTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGG	24.29	36	86	MSSA476	SAS2582	putative nickel transport protein		SAR2778::70::94.28571::2.7E-9::+	SAS2582::70::100.0::5.5E-11::+	SAV2698::70::100.0::5.5E-11::+	MW2617::70::100.0::5.5E-11::+	SA2489::70::100.0::5.5E-11::+		SACOL2721::70::100.0::5.8E-11::+
5QSA00009_O_2	AATATGAACAAGTGACTTACCTCATAGATGCTAATCCATCTATTTTAACACCATCTTTTTATGAGCATCT	31.43	31	106	Mu50	SAV0190	hypothetical protein		SAR0191::70::97.14286::4.1E-10::+	SAS0165::70::97.14286::4.1E-10::+	SAV0190::70::100.0::5.8E-11::+	MW0164::70::97.14286::4.1E-10::+	SA0184::70::100.0::5.8E-11::+		SACOL0176::70::97.14286::4.1E-10::+
5QSA00009_O_20	AACCTGATGAAAAAATTTCAGATACAGAACGAAAATTGAATAGTAAAGAATTTTATAATATTAAACGTAA	21.43	32	87	COL	SACOL1582	conserved hypothetical protein								SACOL1582::70::100.0::5.8E-11::+
5QSA00009_O_21	ACTTACACGGTGCATTTTGGGCATTTATTAGTTCAATCGAATTTGATTATTTAGGCTATATTCTAGTCGC	34.29	30	74	MRSA252	SAR2778	putative nickel transport protein		SAR2778::70::100.0::5.5E-11::+						
5QSA00009_O_22	CCATCAGATTATAAAAAGCCTGAAGAAAAAACATCAGATACTGAACGTAAATTAAATAGTAAGGAATTTT	27.14	31	62	MRSA252	SAR1296	putative membrane protein		SAR1296::70::100.0::5.8E-11::+						
5QSA00009_O_23	TTAGGCACGGTATTGTTAGTACCAGGTTCAATAGCACTGATTATGATATCATTGAGAAACAGTTTTTATG	34.29	30	88	Mu50	SAV1087	cytochrome D ubiquinol oxidase subunit II homolog		SAR1060::70::97.14286::3.9E-10::+	SAS1022::70::97.14286::3.9E-10::+	SAV1087::70::100.0::5.6E-11::+	MW0969::70::97.14286::3.9E-10::+	SA0938::70::100.0::5.6E-11::+		SACOL1095::70::97.14286::3.9E-10::+
5QSA00009_O_24	GGACCTGATGATATTGGTAAAAACGGTAAAGTTACAAAGCGTACTGTATCTGAATACGATAAAGAGACAA	35.71	29	77	MRSA252	SAR2108	putative leukocidin S subunit		SAR2108::70::100.0::5.8E-11::+						
5QSA00009_O_3	AACAGCATCGCAGTTAAAGCAATTAGAAGAAATTGTTAAAGAATGGAGCGCAAAATATGATTTATCAAAA	30.0	31	78	Mu50	SAV2677	hypothetical protein		SAR2759::70::97.14286::3.9E-10::+	SAS2562::70::95.71428::1.0E-9::+	SAV2677::70::100.0::5.5E-11::+	MW2596::70::95.71428::1.0E-9::+	SA2469::70::100.0::5.5E-11::+		SACOL2701::70::97.14286::3.9E-10::+
5QSA00009_O_4	GGTTTAGATATTATACGCAAAAAAGGTTTCTACAGTCAAATAGGTATTTTTAAGGATGCTGAAATTCCAT	30.0	30	86	Mu50	SAV0248	sorbitol dehydrogenase		SAR0243::70::95.71428::1.1E-9::+	SAS0224::70::97.14286::4.1E-10::+	SAV0248::70::100.0::5.8E-11::+	MW0224::70::97.14286::4.1E-10::+	SA0239::70::100.0::5.8E-11::+		SACOL0233::70::97.14286::4.1E-10::+
5QSA00009_O_5	AATTGCCGGCTTAAGGTTGGGTGTATTAATGAGTACTGTTGAAACGATACAGCGTATTCAAACAATAGAA	37.14	28	84	MRSA252	SAR2759	putative aminotransferase		SAR2759::70::100.0::5.5E-11::+						
5QSA00009_O_6	ATATTAATTAAACAAGCAAACAGATTATCAACATTATTTGATGATATGACTCATATTATCACTTTAAATA	20.0	33	129	MSSA476	SAS0670	histidine kinase protein		SAR0758::70::100.0::5.8E-11::+	SAS0670::70::100.0::5.8E-11::+	SAV0705::70::100.0::5.8E-11::+	MW0667::70::100.0::5.8E-11::+	SA0660::70::100.0::5.8E-11::+		SACOL0765::70::100.0::5.8E-11::+
5QSA00009_O_7	TTATATACAAATCAAAATATAATCACTTCAAAATCAAAAATTAAATACAATACACCTAAATCGGTTGTAA	20.0	35	64	MSSA476	SAS1278	hypothetical protein		SAR1348::70::95.71428::8.0E-10::+	SAS1278::70::100.0::4.1E-11::+	SAV1338::70::100.0::5.5E-11::+	MW1225::70::100.0::4.1E-11::+	SA1173::70::100.0::5.5E-11::+		SACOL1373::70::100.0::4.1E-11::+
5QSA00009_O_8	ATTAATAGATAACAACTACCGACCAATATTAAATTTAATTAGTCGGAAATCGTCACACAAAGAAGATTAG	28.57	32	123	Mu50	SAV0747	lipophilic protein affecting bacterial lysis rate and methicillin resistance level	llm	SAR0801::70::90.0::5.1E-8::+	SAS0712::70::97.14286::4.1E-10::+	SAV0747::70::100.0::5.8E-11::+	MW0709::70::97.14286::4.1E-10::+	SA0702::70::100.0::5.8E-11::+		SACOL0810::70::90.0::5.1E-8::+
5QSA00009_O_9	TATACAAAAACATCACAATTTGTAGTTTAGCAATATCTACTGCATTAACTGTATTTCCGGCAACTTCTTA	30.0	31	99	Mu50	SAV2004	hypothetical protein				SAV2004::70::100.0::5.5E-11::+		SA1812::70::100.0::5.5E-11::+		
5QSA00009_P_1	GAATAACATATACAAGGACGACTATGTATTGTTTGGCACATTCTATAAAGCTTACAGCGAGTCTACTATT	34.29	30	84	Mu50	SAV0783	integrase				SAV0783::70::100.0::6.2E-11::+				
5QSA00009_P_10	TCTTAATAGAATGACTACATATAATGAAGTTGACAATCTTACTAAAAATAATAAAGGAATTGCTGTTTTA	22.86	33	90	MSSA476	SAS1832	staphopain protease		SAR2001::70::98.57143::1.7E-10::+	SAS1832::70::100.0::6.6E-11::+	SAV1909::70::100.0::6.6E-11::+	MW1850::70::100.0::6.6E-11::+	SA1725::70::100.0::6.6E-11::+		SACOL1970::70::100.0::6.6E-11::+
5QSA00009_P_11	ATATAGATAAGTATAATCAAGATTTAACACAAATTAGGGGGTCTCTTTGACTTAGAGAACAAAGAAACTA	28.57	30	74	MSSA476	SAS0719	peptide chain release factor 2		SAR0808::70::100.0::6.2E-11::+	SAS0719::70::100.0::6.2E-11::+					SACOL0818::70::100.0::6.2E-11::+
5QSA00009_P_12	ATTTATACTGGATCATTATATTTAAGCCTAATATCATTACTTGAAAATCGTGATTTACAAGCTGGTGAAA	27.14	30	110	MSSA476	SAS2432	3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A synthase		SAR2626::70::100.0::6.6E-11::+	SAS2432::70::100.0::6.6E-11::+	SAV2546::70::100.0::6.6E-11::+	MW2467::70::100.0::6.6E-11::+	SA2334::70::100.0::6.6E-11::+		SACOL2561::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00009_P_13	CTAAATTATTTACCTAGTCTTAAATTTGATTATGCTCAAAATGAAGCGGCACGACTTGAAGAAATTATGT	30.0	30	126	Mu50	SAV0004	recombination protein F	recF	SAR0004::70::98.57143::1.6E-10::+	SAS0004::70::98.57143::1.6E-10::+	SAV0004::70::100.0::6.2E-11::+	MW0004::70::98.57143::1.6E-10::+	SA0004::70::100.0::6.2E-11::+		SACOL0004::70::98.57143::1.6E-10::+
5QSA00009_P_14	ACAGTATCGCACAAGCAATGCGAGATAAAATTGACGAAGCTAAAAACGATGGTGATTCAATAGGGGGAGT	41.43	30	64	MSSA476	SAS1409	chorismate synthase		SAR1477::67::92.537315::4.0E-8::+	SAS1409::70::100.0::6.6E-11::+	SAV1466::70::91.42857::2.1E-8::+	MW1356::70::100.0::6.6E-11::+	SA1299::70::91.42857::2.1E-8::+		SACOL1506::70::91.42857::2.1E-8::+
5QSA00009_P_15	CTGTATCTCATTTCAAAGGAGTCTCATATTAAAACGTCTGTTACGGAGTTTGATTTAAACAAAGTCAAAA	31.43	31	85	Mu50	SAV0197	hypothetical protein				SAV0197::70::100.0::6.2E-11::+		SA0191::70::100.0::6.2E-11::+		
5QSA00009_P_16	GAAAAATATAACGAAGCTTTGAGTAGGGATAATGATGTAATAGCTTTATTTGAAACAAAATTAGATTTAG	25.71	32	102	MW2	MW1427	hypothetical protein		SAR1543::70::94.28571::3.1E-9::+,SAR1563::70::94.28571::5.7E-9::+	SAS0907::70::91.42857::2.1E-8::+		MW1427::70::100.0::6.6E-11::+			
5QSA00009_P_17	TTTAATCTTTTTAAAAAATGCAAATACTGTGACTTATACTATTTCGATGAATTGGTCGTTAGAAATTGCG	27.14	31	102	Mu50	SAV0470	hypothetical protein		SAR0469::70::97.14286::4.3E-10::+	SAS0427::70::97.14286::4.3E-10::+	SAV0470::70::100.0::6.2E-11::+	MW0424::70::97.14286::4.3E-10::+	SA0428::70::100.0::6.2E-11::+		SACOL0512::70::97.14286::4.3E-10::+
5QSA00009_P_18	GCGGTTACGGACGTGGACGTCGTATGCAAATTGAGAAAGATACAGTAGAAATAGTATCAGGCGTTAGAAA	42.86	30	61	COL	SACOL1506	chorismate synthase	aroC		SAS1409::70::91.42857::2.1E-8::+	SAV1466::70::91.42857::2.1E-8::+	MW1356::70::91.42857::2.1E-8::+	SA1299::70::91.42857::2.1E-8::+		SACOL1506::70::100.0::6.6E-11::+
5QSA00009_P_19	ATTTATCTAATGAAATCGAAGAAAACATATATAGAGCATTACAAGAGTGTATTAATAATGTTAAGAAACA	22.86	35	90	MSSA476	SAS1770	putative histidine kinase		SAR1940::70::98.57143::1.6E-10::+	SAS1770::70::100.0::6.2E-11::+	SAV1849::70::100.0::6.2E-11::+	MW1790::70::100.0::6.2E-11::+	SA1667::70::100.0::6.2E-11::+		SACOL1906::70::98.57143::1.6E-10::+
5QSA00009_P_2	TATCTATTTACTATTTATCTTAGCGGCACTCCTTATTACATTAACGACGATCCAACATGTAACAGAAGAT	32.86	30	97	Mu50	SAV0279	hypothetical protein		SAR0276::70::97.14286::4.5E-10::+	SAS0255::70::97.14286::4.5E-10::+	SAV0279::70::100.0::6.6E-11::+	MW0255::70::97.14286::4.5E-10::+	SA0268::70::100.0::6.6E-11::+		SACOL0266::70::97.14286::4.5E-10::+
5QSA00009_P_20	TCATCGCTAGTCATGTTGGTGGCATTTCGGAATTAGTAACTGATAATGGTATATGTATAGTGAACAATCA	35.71	30	84	MRSA252	SAR0132	galactosyl transferase		SAR0132::70::100.0::6.6E-11::+						
5QSA00009_P_21	ATTAAAGAGGCTGATAACACTGAAAAACAAACTGTTACTTCTCTAATGGAAATTATGTATGAAGATATGC	30.0	31	78	MSSA476	SAS1028	putative pyruvate dehydrogenase E1 component, alpha subunit		SAR1067::70::100.0::6.2E-11::+	SAS1028::70::100.0::6.2E-11::+	SAV1093::70::100.0::6.2E-11::+	MW0976::70::100.0::6.2E-11::+	SA0943-1::70::100.0::6.2E-11::+		SACOL1102::70::100.0::6.2E-11::+
5QSA00009_P_22	GCAATTTTAACGCTCGTCTTAGCGTTCGGTTTATCGGCATTTGAAACACTGTATTCTTTATATACATCGT	37.14	30	68	MRSA252	SAR0748	fluoroquinolone resistance protein	norA	SAR0748::70::100.0::6.6E-11::+						
5QSA00009_P_23	ATTATATTCGAAGCCTTAAATATGACGGGATAATGTATGAGAGCATATTACAAGATGGTACTTTTAACTT	30.0	30	89	COL	SACOL0183	hypothetical protein								SACOL0183::70::100.0::6.2E-11::+
5QSA00009_P_24	AGTGGAGATTGTTTCGGGTGTAAGAAATGGTTATACATTAGGTAGCCCTATTACAATGGTTGTTACTAAT	35.71	30	91	MRSA252	SAR1477	chorismate synthase	aroC	SAR1477::70::100.0::6.6E-11::+						
5QSA00009_P_3	CACACAGATATAATTTATGGAATTAATTTTACAAACACCTGTGCAAAACATCATAGTGATGAGGAAATGT	30.0	31	92	MSSA476	SAS0368	hypothetical protein			SAS0368::70::100.0::6.2E-11::+		MW0368::70::100.0::6.2E-11::+			
5QSA00009_P_4	TTATATTCAGTTGTTGTCTTAATATTATTAGTTTTTGCTAATGGCTATTGGTCAATAATGTTAATCAGTT	24.29	35	101	MSSA476	SAS0660	fluoroquinolone resistance protein			SAS0660::70::100.0::6.6E-11::+	SAV0695::70::100.0::6.6E-11::+	MW0657::70::100.0::6.6E-11::+	SA0650::70::100.0::6.6E-11::+		SACOL0754::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00009_P_5	CAACACGTGTAAATAATGTTGCAGCGATTAACTCAATGCAACCTTCTGAAGAATTGAAACAAGCAATTTT	34.29	30	118	MRSA252	SAR2247	putative mannitol-1-phosphate 5-dehydrogenase	mtlD	SAR2247::70::100.0::6.2E-11::+						
5QSA00009_P_6	AAAGCAAAAGAATTAAATTCTGATGTATATGTTGTAAAAGCACAAATTCATGCTGGAGGTAGAGGTAAAG	31.43	32	79	Mu50	SAV1245	succinyl-CoA synthetase subunit beta	sucC	SAR1221::70::98.57143::1.7E-10::+	SAS1179::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV1245::70::100.0::6.6E-11::+	MW1128::70::98.57143::1.7E-10::+	SA1088::70::100.0::6.6E-11::+		SACOL1262::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00009_P_7	TGATGAAATCATTGAATATTACGTTTCTGGCGATAAATTAGAAGTTGTAGACATACCAGTAGGATACACA	32.86	30	85	Mu50	SAV0154	capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap5F	capF	SAR0156::70::97.14286::4.3E-10::+	SAS0129::70::97.14286::4.3E-10::+	SAV0154::70::100.0::6.2E-11::+	MW0129::70::97.14286::4.3E-10::+	SA0149::70::100.0::6.2E-11::+		SACOL0141::70::97.14286::4.3E-10::+
5QSA00009_P_8	GTGGATCTAATCATTTAGGTGGTTTAGAGGGTGGTATGTCAAATGGTATGCCAATTATTGTAAATGGTGT	37.14	31	82	Mu50	SAV1466	chorismate synthase	aroC	SAR1477::70::91.42857::2.1E-8::+		SAV1466::70::100.0::6.6E-11::+		SA1299::70::100.0::6.6E-11::+		
5QSA00009_P_9	GAATGATTATAAAATTGTTGGAATGAATAATTCACAAGCTACTAATAGGCGATTGGAAAATTTAGATTGT	27.14	32	95	Mu50	SAV0157	capsular polysaccharide synthesis enzyme Cap5I	capI			SAV0157::70::100.0::6.2E-11::+		SA0152::70::100.0::6.2E-11::+		SACOL0144::70::97.14286::4.3E-10::+
5QSA00010_A_1	GATACTGAATATATTAATGGTATTAAGACAAGATTAAATATTCCATTAGATAAAAAAGTGATTATGTACG	22.86	31	114	MSSA476	SAS0231	putative teichoic acid biosynthesis protein		SAR0251::70::97.14286::4.5E-10::+	SAS0231::70::100.0::6.6E-11::+	SAV0254::70::100.0::6.6E-11::+	MW0230::70::100.0::6.6E-11::+	SA0244::70::100.0::6.6E-11::+		SACOL0239::70::100.0::6.6E-11::+
5QSA00010_A_10	GTTTGGACAGCCAGAAGTGTATTTAACTATAAAAGATATTATACCAAAGTTGTCTAGAGCAAAATTATAT	28.57	29	89	MRSA252	SAR0310	putative nucleoside permease		SAR0310::70::100.0::6.9E-11::+						
5QSA00010_A_11	GACTTATTACAATCCGAATAACAATAAAAAGCAATATCAAATACTTACGCCAAAAACTGAAAGCTCAATC	30.0	31	50	Mu50	SAV2028	similar to integrase	int			SAV2028::70::100.0::6.6E-11::+		SA1835::70::100.0::6.6E-11::+		
5QSA00010_A_12	TTATTAACTTACGATAAAGAAGAAATTATTATTAAATCGAAAGAAATTGGTACATTTGAAACATCTATTC	21.43	32	91	MSSA476	SAS1642	putative thiamine biosynthesis protein		SAR1793::70::100.0::6.9E-11::+	SAS1642::70::100.0::6.9E-11::+	SAV1715::70::100.0::6.9E-11::+	MW1658::70::100.0::6.9E-11::+	SA1537::70::100.0::6.9E-11::+		SACOL1764::70::100.0::6.9E-11::+
5QSA00010_A_13	CTTTTGTAACGATACCGGATAATATTATTTTATCTTTAATAAATAATTTAGATGAATTGTTGAATGGCAA	22.86	32	122	Mu50	SAV0147	similar to transcription regulator		SAR0149::70::95.71428::1.2E-9::+		SAV0147::70::100.0::6.6E-11::+		SA0142::70::100.0::6.6E-11::+		
5QSA00010_A_14	ATTAGTGACAGGGGTTATTGGAAGTCTTTTTGTGTATATTATATTGTTGCAAATGGCACAATTTTATTCA	30.0	31	87	Mu50	SAV1836	similar to ABC transporter ecsB				SAV1836::70::100.0::6.9E-11::+		SA1654::70::100.0::6.9E-11::+		
5QSA00010_A_15	AACAGTTCAAAATGATTTTGTTTCAACGATTATTAATAAACATAAAGGCAAGAAAGTTATTTTACTAACA	22.86	32	137	MSSA476	SAS0139	capsular polysaccharide synthesis enzyme		SAR0166::70::98.57143::1.7E-10::+	SAS0139::70::100.0::6.6E-11::+	SAV0164::70::100.0::6.6E-11::+	MW0139::70::100.0::6.5E-11::+	SA0159::70::100.0::6.6E-11::+		SACOL0151::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00010_A_16	AAAAGATATGTACCTGAAATATATTGATATTTTTAAAGAGGCTTCCATTCAATATTTAAAAGAGAAATAA	21.43	32	102	N315	SA1814	hypothetical protein		SAR2109::70::95.71428::1.2E-9::+	SAS1926::70::97.14286::4.7E-10::+		MW1943::70::97.14286::4.7E-10::+	SA1814::70::100.0::6.9E-11::+		SACOL2007::70::97.14286::4.7E-10::+
5QSA00010_A_17	TAAGCTTCTACAAGGTTTAGCAATAGCAAATGATATTAACTATGATTTGAATTATATTAAAGGGTATTTG	25.71	31	109	COL	SACOL0595	peptidase, M20-M25-M40 family			SAS0507::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV0549::70::100.0::6.6E-11::+	MW0504::70::98.57143::1.7E-10::+	SA0507::70::100.0::6.6E-11::+		SACOL0595::70::100.0::6.6E-11::+
5QSA00010_A_18	TAGCATTGACATCCATTTTTCCAATGCGACCACTCCTAAAAGAAGCGGATAAAATCTTTTTATTACCATT	34.29	30	70	MSSA476	SAS1757	putative transporter protein		SAR1927::70::97.14286::4.7E-10::+	SAS1757::70::100.0::6.9E-11::+	SAV1836::70::97.14286::4.7E-10::+	MW1776::70::100.0::6.9E-11::+	SA1654::70::97.14286::4.7E-10::+		SACOL1892::70::92.85714::8.4E-9::+
5QSA00010_A_19	ATTAGAGATCAATACTGGATATTAATTCAAGAAAGTAAGCGTAAAGTTAGACGTGACTACGAATTCAATG	31.43	30	89	Mu50	SAV0935	poly (glycerophosphate chain) D-alanine transfer protein	dltD	SAR0897::70::97.14286::4.6E-10::+	SAS0805::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV0935::70::100.0::6.6E-11::+	MW0817::70::98.57143::1.7E-10::+	SA0796::70::100.0::6.6E-11::+		SACOL0938::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00010_A_2	TATTATGATAATTATACTGCTTTGACATTTTCATATGTTATAAATAGAAATAAATCGAAATATTACAAGG	20.0	32	120	MSSA476	SAS1539	hypothetical phage protein		SAR1682::70::98.57143::1.8E-10::+	SAS1539::70::100.0::6.9E-11::+	SAV1603::70::100.0::6.9E-11::+	MW1553::70::100.0::6.9E-11::+	SA1431::70::100.0::6.9E-11::+		SACOL1658::70::100.0::6.9E-11::+
5QSA00010_A_20	TATGCCATCGTTAATGGTGAAAATTTAGGTCAAGTTGCCAGTCAAACACTTCATAGTATGTATGCAATTA	34.29	29	83	MRSA252	SAR1793	putative thiamine biosynthesis protein	thiI	SAR1793::70::100.0::6.9E-11::+						
5QSA00010_A_21	AGAAGCAATAAAAATTGTAGCAAGTTTAACGAACGGTAATGAGCAATTAACTAACATGATTAGTACAATG	30.0	32	94	Mu50	SAV1017	similar to cell wall synthesis protein		SAR0987::70::97.14286::4.6E-10::+	SAS0886::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV1017::70::100.0::6.6E-11::+	MW0898::70::98.57143::1.7E-10::+	SA0875::70::100.0::6.6E-11::+		SACOL1022::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00010_A_22	TTGCAGTTTTACTTATAGTTTGGTTATCATATCCATTAGTGACAGCAATTATTGGGTGTTTATTTGTATA	28.57	31	89	MRSA252	SAR1927	putative transporter protein		SAR1927::70::100.0::6.9E-11::+	SAS1757::70::95.71428::1.2E-9::+		MW1776::70::95.71428::1.2E-9::+			SACOL1892::70::95.71428::1.2E-9::+
5QSA00010_A_23	TTATTAGCTACTGAGTATTTAGAAAAAGAAAAGAAGATTCCTAGAGCAGTATTAATTGATGCTATTGAAG	28.57	33	81	MSSA476	SAS1200	putative N utilization substance protein A		SAR1242::70::100.0::6.6E-11::+	SAS1200::70::100.0::6.6E-11::+	SAV1266::70::100.0::6.6E-11::+	MW1149::70::100.0::6.6E-11::+	SA1109::70::100.0::6.6E-11::+		SACOL1285::70::100.0::6.6E-11::+
5QSA00010_A_24	AAGAACAAGAAGGCGCCAAATTATTAGCAGATAAAGGCTATTTAGATGATGTTGATGGTCTAATGATTGC	35.71	32	89	MRSA252	SAR2109	putative peptidase		SAR2109::70::100.0::6.9E-11::+	SAS1926::70::90.0::5.7E-8::+		MW1943::70::90.0::5.7E-8::+			SACOL2007::70::90.0::5.7E-8::+
5QSA00010_A_3	CATTATATGAAATTCCATATTTTGTAAAATATTTAGCTGATTCTTATACGAATGGAAAGGTAATTATGTT	22.86	32	115	MSSA476	SAS1661	histone deacetylase family protein		SAR1813::70::97.14286::4.5E-10::+	SAS1661::70::100.0::6.6E-11::+	SAV1735::70::100.0::6.6E-11::+	MW1678::70::100.0::6.6E-11::+	SA1556::70::100.0::6.6E-11::+		SACOL1785::70::100.0::6.6E-11::+
5QSA00010_A_4	AAATTTCATATTAGTCATAAATTCAGCACTATTTATTTGGATAAACTCAGCATTTTACTTATTCATAGGA	24.29	31	99	MW2	MW0062	hypothetical protein			SAS0062::70::98.57143::1.8E-10::+		MW0062::70::100.0::6.9E-11::+			SACOL0070::70::98.57143::1.8E-10::+
5QSA00010_A_5	GCTGTTTAACAATAAGTATTTGTGCAGGTATTGGTAACGGCTTAATTTTTAAATTAGTACCATCCTACTT	31.43	32	108	Mu50	SAV2388	nitrite extrusion protein	narK	SAR2476::70::97.14286::4.5E-10::+	SAS2278::70::97.14286::4.5E-10::+	SAV2388::70::100.0::6.6E-11::+	MW2308::70::97.14286::4.5E-10::+	SA2176::70::100.0::6.6E-11::+		SACOL2386::70::95.71428::1.2E-9::+
5QSA00010_A_6	TGACAATTTTAACTGCACTAGGTTCATTTTTTGAAGGGCTAATAAATATTAGTAAAGCAGGCATAAATTT	28.57	32	112	COL	SACOL0310	nucleoside permease NupC, putative								SACOL0310::70::100.0::6.9E-11::+
5QSA00010_A_7	TTAATGGCGCCTTAAATATTTTATCATCTGAAGGAACATTATTGTTATGTACAAATGCAAGTGTATATCC	30.0	30	80	Mu50	SAV1081	hypothetical protein		SAR1054::70::94.28571::3.1E-9::+	SAS1016::70::97.14286::4.5E-10::+	SAV1081::70::100.0::6.6E-11::+	MW0963::70::97.14286::4.5E-10::+	SA0932::70::100.0::6.6E-11::+		SACOL1089::70::97.14286::4.5E-10::+
5QSA00010_A_8	TTGATAATAAGAGTTTAAATATTAACGGAACAATCCATTGGTTTCACGATGAATCTGGTGGATTCGGTGT	34.29	30	82	COL	SACOL0885	pathogenicity island protein, integrase								SACOL0885::70::100.0::6.9E-11::+
5QSA00010_A_9	GTAAGTGAAAGAACGCATACAACTAAAGAAGATGATATTCCAAGCTTCATTAGAAATAGAGAAGAAAGAC	32.86	30	68	Mu50	SAV1186	cell division protein FtsZ	ftsZ	SAR1162::70::97.14286::4.5E-10::+	SAS1120::70::97.14286::4.5E-10::+	SAV1186::70::100.0::6.6E-11::+	MW1069::70::97.14286::4.5E-10::+	SA1029::70::100.0::6.6E-11::+		SACOL1199::70::97.14286::4.5E-10::+
5QSA00010_B_1	GTCGTATGTTTCCAGTTTCCAATAAGGCACAAGACGTCGTTGATACTTTAGTGACAACTATAGAAAATCA	37.14	30	126	MRSA252	SAR1840	putative exported protein		SAR1840::70::100.0::7.2E-11::+						
5QSA00010_B_10	TTGGTCTTTATTACAGATCTTCTTACAGCTGTTTGTTTAATGGGCTTTAATTTATATATTCCTGTGTATC	30.0	31	76	MRSA252	SAR2260	putative transport protein		SAR2260::70::100.0::7.5E-11::+						
5QSA00010_B_11	TTACAAAATGGAGAATTACAACAAGCAGATATTTTAATTGATGGTAAGGTAATTAAACAAATTGCACCTG	28.57	31	86	Mu50	SAV1201	dihydroorotase	pyrC	SAR1177::70::98.57143::1.9E-10::+	SAS1135::70::98.57143::1.9E-10::+	SAV1201::70::100.0::7.2E-11::+	MW1084::70::98.57143::1.9E-10::+	SA1044::70::100.0::7.2E-11::+		SACOL1213::70::98.57143::1.9E-10::+
5QSA00010_B_12	TTAGTTATGTACACGAATCTATTAGTGATGGTCAAAACTTTATTGTCTTTTCTTTAATTCAAGGTGTGAC	30.0	31	82	Mu50	SAV0329	ascorbate-specific PTS system enzyme IIC	ulaA	SAR0326::70::97.14286::5.1E-10::+	SAS0306::70::95.71428::1.3E-9::+	SAV0329::70::100.0::7.5E-11::+	MW0306::70::95.71428::1.3E-9::+	SA0318::70::100.0::7.5E-11::+		SACOL0400::70::98.57143::2.0E-10::+
5QSA00010_B_13	TTCGAAGTATGGTAAATTTATGTATTTCAATAGATCATCGCATTTTAGATGGTTTACAAACTGGTAAATT	27.14	31	92	Mu50	SAV1515	branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E2	bmfBB	SAR1593::70::94.28571::3.3E-9::+	SAS1454::70::90.0::5.9E-8::+	SAV1515::70::100.0::7.2E-11::+	MW1468::70::90.0::5.9E-8::+	SA1346::70::100.0::7.2E-11::+		SACOL1560::70::90.0::5.9E-8::+
5QSA00010_B_14	CTGTTGCAGTACAATATCCAAACTTTTACGGTTCAATTGAAGATCTTGAAAAGATTCAAAGCTTTATTGA	31.43	32	127	Mu50	SAV1536	glycine dehydrogenase subunit 1		SAR1613::70::94.28571::3.5E-9::+	SAS1474::70::97.14286::5.1E-10::+	SAV1536::70::100.0::7.5E-11::+	MW1488::70::97.14286::5.1E-10::+	SA1366::70::100.0::7.5E-11::+		SACOL1594::70::97.14286::5.1E-10::+
5QSA00010_B_15	ATTTAGTTGGACCAAAAGGCATTATCAGAAGAATGGTTGACACAAAAAAATTAACTTCAATGATTTTTTA	27.14	31	94	Mu50	SAV1627	similar to ATPase, AAA family		SAR1707::70::97.14286::4.9E-10::+	SAS1563::70::97.14286::4.9E-10::+	SAV1627::70::100.0::7.2E-11::+	MW1577::70::97.14286::4.9E-10::+	SA1454::70::100.0::7.2E-11::+		SACOL1682::70::97.14286::4.9E-10::+
5QSA00010_B_16	AATTGATATACTAAATCCATACTTATGTATTATTTTCTGTAATAGTAGAGATAATGCAAATGATTTAGCA	22.86	34	139	MSSA476	SAS1496	putative helicase		SAR1635::70::97.14286::5.1E-10::+	SAS1496::70::100.0::7.5E-11::+	SAV1558::70::100.0::7.5E-11::+	MW1510::70::100.0::7.5E-11::+	SA1387::70::100.0::7.5E-11::+		SACOL1615::70::100.0::7.5E-11::+
5QSA00010_B_17	CTATTGACGCTGAGACAACTGGTGGCAATACAAAAGTCAGCGTTCTTCAAACAGATGCTGCTATTAACCC	44.29	29	76	MSSA476	SAS1654	putative protease		SAR1805::70::97.14286::4.9E-10::+	SAS1654::70::100.0::7.2E-11::+	SAV1728::70::97.14286::4.9E-10::+	MW1670::70::100.0::7.2E-11::+	SA1549::70::97.14286::4.9E-10::+		SACOL1777::70::97.14286::4.9E-10::+
5QSA00010_B_18	AAAAATCGTAAATATGAAGAATTAGATGTTCCATATTTTACAGATAGAACACGTGCGTCATTAAAAATTC	27.14	32	106	Mu50	SAV1576	similar to Fe-S oxidoreductase		SAR1653::70::97.14286::5.1E-10::+	SAS1514::70::98.57143::2.0E-10::+	SAV1576::70::100.0::7.5E-11::+	MW1528::70::98.57143::2.0E-10::+	SA1405::70::100.0::7.5E-11::+		SACOL1633::70::97.14286::5.1E-10::+
5QSA00010_B_19	ATGATTGAAGTAGATGCTACAAATCTTGTGAAAACGAGAAATCATTATAAAAACAGCTTTAAAAATAAAG	25.71	31	84	COL	SACOL1560	2-oxoisovalerate dehydrogenase, E2 component, dihydrolipoamide acetyltransferase			SAS1454::70::98.57143::1.9E-10::+	SAV1515::70::98.57143::1.9E-10::+	MW1468::70::98.57143::1.9E-10::+	SA1346::70::98.57143::1.9E-10::+		SACOL1560::70::100.0::7.2E-11::+
5QSA00010_B_2	ATGGGCTTAACAGAAACAGCTTACCAATTCACAGCTGGTGTACTTAAAAACGCACGTGGATTTACAGCGG	44.29	29	93	MSSA476	SAS1242	glutamine synthetase			SAS1242::70::100.0::7.5E-11::+		MW1192::70::100.0::7.5E-11::+			
5QSA00010_B_20	GATTTATATGAAACTAAATCTATTTTAGAAAATGTCATATTATCAACATGTAATCGAACTGAAGTATATG	22.86	33	104	MSSA476	SAS1601	glutamyl-tRNA reductase		SAR1752::70::100.0::7.5E-11::+	SAS1601::70::100.0::7.5E-11::+	SAV1672::70::100.0::7.5E-11::+	MW1616::70::100.0::7.5E-11::+	SA1496::70::100.0::7.5E-11::+		SACOL1719::70::100.0::7.5E-11::+
5QSA00010_B_21	CGCCAATAGCAACTATGATTATCTTGGTAATCTTTTCTTTAGCTTTTTATCCTGCATATAATCCTAAACC	32.86	32	82	Mu50	SAV2374	hypothetical protein		SAR2463::70::97.14286::4.9E-10::+	SAS2266::70::98.57143::1.9E-10::+	SAV2374::70::100.0::7.2E-11::+	MW2296::70::98.57143::1.9E-10::+	SA2164::70::100.0::7.2E-11::+		SACOL2373::70::98.57143::1.9E-10::+
5QSA00010_B_22	CACAGTTCAATTCATTGATGAACCAAAAGCTATACAATACAGAGAAACTTTAAGATTAACTTCACTCTAA	30.0	31	86	MRSA252	SAR1911	putative exported protein		SAR1911::70::100.0::7.5E-11::+						
5QSA00010_B_23	TATACCAATTGGTTATACGTTTAACTTAGACGGATCAGCACTTTATCAATCTATTGCAGCATTATTCGTT	32.86	32	104	MSSA476	SAS2274	putative proton/sodium-glutamate symport protein		SAR2472::70::97.14286::4.9E-10::+	SAS2274::70::100.0::7.2E-11::+	SAV2384::70::100.0::7.2E-11::+	MW2304::70::100.0::7.2E-11::+	SA2172::70::100.0::7.2E-11::+		SACOL2382::70::98.57143::1.9E-10::+
5QSA00010_B_24	GTTAAACATATTGTACCCCTATATTGAAACCATTCACATTACGAAAGATAAAAATCTTATAGGAATCTAT	27.14	31	76	Mu50	SAV0062	cassette chromosome recombinase A	ccrA			SAV0062::70::100.0::7.6E-11::+		SA0058::70::100.0::7.6E-11::+		
5QSA00010_B_3	ATTAGTACCTATTTTAAATCCTATTCTCCCAACACAAAAATTATCGGAGTTGAACCTTCAGGTGCTAGTA	34.29	29	88	MRSA252	SAR2148	threonine dehydratase biosynthetic	ilvA	SAR2148::70::100.0::7.2E-11::+						
5QSA00010_B_4	GTATCATACAAAGCATTTGTATTAGTTTTCATTTTAATGAGTTTTATTATTGCTAACCAAGGTTTAAATG	24.29	31	93	MSSA476	SAS1350	putative branched-chain amino acid transporter protein		SAR1419::70::100.0::7.5E-11::+	SAS1350::70::100.0::7.5E-11::+	SAV1407::70::100.0::7.5E-11::+	MW1297::70::100.0::7.5E-11::+	SA1239::70::100.0::7.5E-11::+		SACOL1443::70::100.0::7.5E-11::+
5QSA00010_B_5	AAGCTAACTGATAGTAAAAAGAAACAATACGGTATGTTATTTGATGCTAAAAATTTCTATTTTAATTATC	22.86	31	120	Mu50	SAV0214	similar to maltose/maltodextrin transport system		SAR0206::70::97.14286::4.9E-10::+	SAS0190::70::98.57143::1.9E-10::+	SAV0214::70::100.0::7.2E-11::+	MW0190::70::98.57143::1.9E-10::+	SA0207::70::100.0::7.2E-11::+		SACOL0193::70::98.57143::1.9E-10::+
5QSA00010_B_6	GTTTTTATAACGGACCTTCTAACAGCTATTTGTTTAATGGGATTCAATTTATATATTCCAGTCTACCTTC	31.43	31	78	N315	SA1972	hypothetical protein			SAS2070::70::98.57143::2.0E-10::+		MW2095::70::98.57143::2.0E-10::+	SA1972::70::100.0::7.5E-11::+		SACOL2159::70::98.57143::2.0E-10::+
5QSA00010_B_7	AGTATAGATGCTCTAATTGATACAATTAAACAGTACCATGATAAAGAAAAAGTAGATATTTTGTTCTCAG	27.14	30	85	MSSA476	SAS1591	putative folylpolyglutamate synthase		SAR1742::70::100.0::7.2E-11::+	SAS1591::70::100.0::7.2E-11::+	SAV1662::70::100.0::7.2E-11::+	MW1606::70::100.0::7.2E-11::+	SA1487::70::100.0::7.2E-11::+		SACOL1709::70::100.0::7.2E-11::+
5QSA00010_B_8	TTATATTGGTAATCATATGCCAGTAAGTGACATGAAACTAAATGAATTGAAATCACATGACCGTAACATT	30.0	32	94	MRSA252	SAR1419	putative branched-chain amino acid transporter protein		SAR1419::70::100.0::7.5E-11::+						
5QSA00010_B_9	ATTAGAATTCAAACCTAAACTTACCAGCGTTTATGTGAAAGAATTTAATAACACTGGAATTTACAAATAT	25.71	31	111	pLW043	VRA0045	hypothetical protein							VRA0045::70::100.0::7.2E-11::+	
5QSA00010_C_1	CAAGATGTTAAAGTTAAAATTAAATCTATTGATAGAGATACAGAACGTATTTCATTATCAATCAAAGATA	22.86	33	108	MSSA476	SAS1417	putative 30S ribosomal protein S1		SAR1485::70::100.0::6.6E-11::+	SAS1417::70::100.0::6.6E-11::+	SAV1476::70::100.0::6.6E-11::+	MW1365::70::100.0::6.6E-11::+	SA1308::70::100.0::6.6E-11::+		SACOL1516::70::100.0::6.6E-11::+
5QSA00010_C_10	TTGAAGCAACGATGAATGTTCCTGTTGATTACTATGTACGCGTTAATATGAAGGCCTTTGTAGAAGCTGT	38.57	31	81	MRSA252	SAR1029	putative exported protein		SAR1029::70::100.0::6.9E-11::+						
5QSA00010_C_11	CATATACAGACACTGAAGAAATTATCAAAAGTATTGATAAAATTTTTGATAGTATTACTTATTTTGTAGC	22.86	34	148	MSSA476	SAS0174	putative permease protein			SAS0174::70::100.0::6.7E-11::+	SAV0199::70::100.0::6.7E-11::+	MW0174::70::100.0::5.3E-11::+	SA0193::70::100.0::6.7E-11::+		
5QSA00010_C_12	ATATCTTAATGTACTTTAATATTTTACCGAAAATTATTGGAGGTATTGGTTGGTTACTAGCTAAAGTAAC	27.14	32	106	MSSA476	SAS0610	putative Na  dependent nucleoside transporter		SAR0655::70::100.0::7.0E-11::+	SAS0610::70::100.0::7.0E-11::+	SAV0645::70::100.0::7.0E-11::+	MW0607::70::100.0::7.0E-11::+	SA0600::70::100.0::7.0E-11::+		SACOL0701::70::100.0::7.0E-11::+
5QSA00010_C_13	TTGAATTAAATGAAGCATTTGCAGCACAATTATTAGCTGTTGATCGTGAATTAAAATTACCTCCTGAAAA	30.0	33	92	Mu50	SAV0354	acetyl-CoA C-acetyltransferase homolog		SAR0351::70::98.57143::1.7E-10::+	SAS0330::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV0354::70::100.0::6.7E-11::+	MW0330::70::98.57143::1.7E-10::+	SA0342::70::100.0::6.7E-11::+		SACOL0426::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00010_C_14	ATAAAGATAAGATTGAAGGGTCTTTAGAAGAAGTCGTAAAAGACGCAGATGTATTTATCGGAGTTTCTGT	34.29	31	110	MSSA476	SAS1629	NAD-dependent malic enzyme		SAR1780::70::95.71428::1.2E-9::+	SAS1629::70::100.0::7.0E-11::+	SAV1702::70::100.0::7.0E-11::+	MW1645::70::100.0::7.0E-11::+	SA1524::70::100.0::7.0E-11::+		SACOL1749::70::98.57143::1.8E-10::+
5QSA00010_C_15	ATTTTAAAAATGAATCATGGGTTACGTAACTTAATATCATTTACAGGTGATACATTAGATCATTTATGGC	27.14	32	134	MSSA476	SAS0666	putative N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase		SAR0754::70::100.0::6.7E-11::+	SAS0666::70::100.0::6.7E-11::+	SAV0701::70::100.0::6.7E-11::+	MW0663::70::100.0::6.7E-11::+	SA0656::70::100.0::6.7E-11::+		SACOL0761::70::100.0::6.7E-11::+
5QSA00010_C_16	ATTTAGTAATAAAAGAACTATTAATGAAAATGAATATCCTGTTTTAACATCGTCAAGACAAGGTTTAATA	22.86	32	93	N315	SA1625	probable specificity determinant HsdS				SAV1807::70::98.57143::1.8E-10::+		SA1625::70::100.0::7.0E-11::+		
5QSA00010_C_17	CACTACCTGGTAATGTAAAAGAAAAAGAAAGTGCTAAAACAGTTTCAGCAAAATTGAAACAAGAGTTAAA	30.0	33	93	Mu50	SAV1047	cysteine protease precursor	sspB		SAS0983::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV1047::70::100.0::6.7E-11::+	MW0931::70::98.57143::1.7E-10::+	SA0900::70::100.0::6.7E-11::+		SACOL1056::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00010_C_18	TAAAAAAGAAAGTGACTTTGAATTCACAAAAAATCATAAAAGGTTATTATTAGGTTCTGTATTTTTGATG	22.86	33	100	MSSA476	SAS1540	putative membrane protein			SAS1540::70::100.0::7.0E-11::+	SAV1604::70::100.0::7.0E-11::+	MW1554::70::100.0::7.0E-11::+	SA1432::70::100.0::7.0E-11::+		SACOL1659::70::100.0::7.0E-11::+
5QSA00010_C_19	ATAATGATTTTAGTAGCACAACCATTAATTAAACCGGTTCTCTATCTGTTAAAAGGAAACTTAAAGAAGC	30.0	32	108	Mu50	SAV1761	multidrug resistance protein homolog		SAR1844::70::97.14286::4.6E-10::+	SAS1685::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV1761::70::100.0::6.7E-11::+	MW1702::70::98.57143::1.7E-10::+	SA1580::70::100.0::6.7E-11::+		SACOL1809::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00010_C_2	TTTAATGGCTTTGGTCGTATCTCTAATCGAATTAAAAGAACAAAATGAATTGCCTCATGGAACGATTAGA	32.86	31	100	COL	SACOL2007	peptidase, M20-M25-M40 family, authentic frameshift								SACOL2007::70::100.0::6.9E-11::+
5QSA00010_C_20	TTACTTTTTATTGCTTTTCAAAAAGCGACAAAACAATTTATCGATATACAAAATAATTTAGGTAGTAATG	22.86	32	117	COL	SACOL0415	Dyp-type peroxidase family protein			SAS0320::70::94.28571::3.2E-9::+	SAV0344::70::94.28571::3.0E-9::+	MW0320::70::94.28571::3.0E-9::+	SA0332::70::94.28571::3.0E-9::+		SACOL0415::70::100.0::7.0E-11::+
5QSA00010_C_21	TAGCATTAGGTTTTGATGAAGATTTACGAGATTATCATATTGCTGCACAGATTTTAAAATATTTTAACAT	25.71	31	93	Mu50	SAV1769	riboflavin biosynthesis protein	ribA	SAR1851::70::98.57143::1.7E-10::+	SAS1692::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV1769::70::100.0::6.7E-11::+	MW1709::70::98.57143::1.7E-10::+	SA1587::70::100.0::6.7E-11::+		SACOL1818::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00010_C_22	TTCCATAGTGATGCTAAGTTTACTAAAGTTTCTATAGAAGATGCTGAAAAAGAAGTAAAAAAACATAAAC	27.14	32	92	Mu50	SAV2340	hypothetical protein		SAR2426::70::98.57143::1.8E-10::+	SAS2232::70::98.57143::1.8E-10::+	SAV2340::70::100.0::7.0E-11::+	MW2260::70::98.57143::1.8E-10::+	SA2131::70::100.0::7.0E-11::+		SACOL2334::70::98.57143::1.8E-10::+
5QSA00010_C_23	AGTTCATATAAATCTAGAGTATTCAATATTATAAGCATCATAATGGTTTCAATGCTTATTTTATCACTAG	24.29	33	125	MSSA476	SAS0983	cysteine protease precursor		SAR1021::70::97.14286::4.6E-10::+	SAS0983::70::100.0::6.7E-11::+	SAV1047::70::100.0::6.7E-11::+	MW0931::70::100.0::6.7E-11::+	SA0900::70::100.0::6.7E-11::+		SACOL1056::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00010_C_24	ATGCAACGCTTAATGATGCTGTTCATATTATGAGACAAAAGCGTGTTGATACTATTTTTGTAGTAGATAG	32.86	31	109	Mu50	SAV2448	glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter	opuCA	SAR2538::70::91.42857::2.2E-8::+		SAV2448::70::100.0::7.0E-11::+		SA2237::70::100.0::7.0E-11::+		SACOL2453::70::91.42857::2.2E-8::+
5QSA00010_C_3	TACCCTGAGTTATCTTTTGAAGAATTTCAAACACATGATTATATTGTTAACCAATTAAGCCAGTTATCTT	28.57	30	92	MW2	MW0504	hypothetical protein		SAR0554::70::98.57143::1.7E-10::+	SAS0507::70::98.57143::1.7E-10::+	SAV0549::70::98.57143::1.7E-10::+	MW0504::70::100.0::6.6E-11::+	SA0507::70::98.57143::1.7E-10::+		SACOL0595::70::98.57143::1.7E-10::+
5QSA00010_C_4	ATTATTGATATACCTAAACGTGTCTTTGCCAAATTAGATATTCCAGCAAACACTGAACCTATTCGTGGTG	35.71	30	90	Mu50	SAV0743	peptidase T	pepT	SAR0797::70::98.57143::1.8E-10::+	SAS0708::70::98.57143::1.8E-10::+	SAV0743::70::100.0::6.9E-11::+	MW0705::70::98.57143::1.8E-10::+	SA0698::70::100.0::6.9E-11::+		SACOL0806::70::98.57143::1.8E-10::+
5QSA00010_C_5	CCTGATCAAGCATTTTGTAAAGGTACAGTTCGTACATTTGACTCGAAAATACAAGAACATGTCATGCATA	35.71	31	108	MRSA252	SAR0554	putative peptidase		SAR0554::70::100.0::6.6E-11::+						
5QSA00010_C_6	GTTTATTGATTATCCGTTATTAGTTACATATATTGTATTGAGTTTAATTGGATTAGTGATGGTATATAGT	24.29	35	92	MSSA476	SAS1048	putative cell division protein		SAR1087::70::98.57143::1.8E-10::+	SAS1048::70::100.0::6.9E-11::+		MW0996::70::100.0::6.9E-11::+			SACOL1122::70::100.0::6.9E-11::+
5QSA00010_C_7	GAAGCTTTAAAATCTAAAGAAGACAAAATGATTGAGATCAGACGTTATTTACATCAGCATCCAGAATTAT	30.0	31	98	Mu50	SAV0102	similar to aminoacylase		SAR0108::70::97.14286::4.6E-10::+	SAS0079::70::97.14286::4.6E-10::+	SAV0102::70::100.0::6.7E-11::+	MW0078::70::97.14286::4.6E-10::+	SA0098::70::100.0::6.7E-11::+		SACOL0085::70::97.14286::4.6E-10::+
5QSA00010_C_8	AAACGTGTTGATACTATTTTTGTAGTAGATAGTAATAACCATTTACTAGGTTTCTTAGACATTGAAGATA	27.14	31	98	COL	SACOL2453	amino acid ABC transporter, ATP-binding protein		SAR2538::70::94.28571::3.2E-9::+	SAS2340::70::90.0::5.7E-8::+	SAV2448::70::98.57143::1.8E-10::+	MW2372::70::90.0::5.7E-8::+	SA2237::70::98.57143::1.8E-10::+		SACOL2453::70::100.0::6.9E-11::+
5QSA00010_C_9	ATGAAAATTGTTAAGAAAGATTTCACAGGTATTAGCTTCTTAAACTTAGTAGACTTTGATGCATTATACG	28.57	30	93	MSSA476	SAS0113	putative phosphopentomutase		SAR0141::70::100.0::6.7E-11::+	SAS0113::70::100.0::6.7E-11::+	SAV0139::70::100.0::6.7E-11::+	MW0113::70::100.0::6.7E-11::+	SA0134::70::100.0::6.7E-11::+		SACOL0124::70::100.0::6.7E-11::+
5QSA00010_D_1	ATAATTTCTTTAAACGTTTTAGCTTCTATGCAATTGCAATTCAATACTTTGTTGTACAATTTATCATTAC	24.29	33	106	Mu50	SAV2512	glucarate transporter		SAR2589::70::98.57143::1.9E-10::+	SAS2397::70::98.57143::1.9E-10::+	SAV2512::70::100.0::7.2E-11::+	MW2431::70::98.57143::1.9E-10::+	SA2300::70::100.0::7.2E-11::+		SACOL2521::70::98.57143::1.9E-10::+
5QSA00010_D_10	GTCCTTATTGTGATTCAACACTAACTAATATGACCATTAGAAAAAAGCACCATACATTACGTTATTATGT	30.0	31	79	COL	SACOL0042	cassette chromosome recombinase A1	ccrA1							SACOL0042::70::100.0::7.6E-11::+
5QSA00010_D_11	GAATTAAAGACAGATAAAACAAGGGAAATGATGGATTCAGATGCAGAAATTAATATTAAAGAAAAATCCA	27.14	33	83	Mu50	SAV1328	homoserine dehydrogenase	dhoM	SAR1338::70::98.57143::1.9E-10::+	SAS1268::70::97.14286::4.9E-10::+	SAV1328::70::100.0::7.2E-11::+	MW1215::70::97.14286::4.9E-10::+	SA1164::70::100.0::7.2E-11::+		SACOL1362::70::98.57143::1.9E-10::+
5QSA00010_D_12	CCCTATTGTCATTCGACACTCACAAACATGACTGTCCGAAAACCAGATCATTCATTGCGTTACTATGTCT	41.43	30	76	MSSA476	SAS0033	site-specific recombinase	ccrA1		SAS0033::70::100.0::7.6E-11::+					
5QSA00010_D_13	TGAAAAAAGAACCCCGTGCAAATACACAAGCAGCGGAACGTATTTTACAAGATTTAAGAAGCCAACAATA	37.14	32	64	MSSA476	SAS2431	3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase			SAS2431::70::100.0::7.2E-11::+		MW2466::70::100.0::7.2E-11::+			
5QSA00010_D_14	GTAAAGAAGACAACAACAAACCTGGCAAAGAAGACGGCAACAAGCCTGGTAAAGAAGACAACAACAAGCC	44.29	34	36	Mu50	SAV0111	Immunoglobulin G binding protein A precursor	spa	SAR0114::70::94.28571::3.8E-9::+,SAR0114::70::92.85714::9.8E-9::+,SAR0114::70::91.42857::2.5E-8::+	SAS0085::70::92.85714::9.5E-9::+,SAS0085::70::92.85714::9.5E-9::+,SAS0085::70::92.85714::9.5E-9::+,SAS0085::67::91.04478::1.2E-7::+	SAV0111::70::100.0::7.6E-11::+,SAV0111::70::95.71428::1.3E-9::+,SAV0111::70::94.28571::3.5E-9::+,SAV0111::70::92.85714::9.0E-9::+	MW0084::70::94.28571::3.7E-9::+,MW0084::70::92.85714::9.5E-9::+,MW0084::70::92.85714::9.5E-9::+	SA0107::70::100.0::7.6E-11::+,SA0107::70::95.71428::1.3E-9::+,SA0107::70::94.28571::3.5E-9::+,SA0107::70::92.85714::9.0E-9::+		SACOL0095::70::95.71428::1.4E-9::+,SACOL0095::70::92.85714::9.7E-9::+,SACOL0095::70::92.85714::9.7E-9::+,SACOL0095::70::90.0::6.5E-8::+
5QSA00010_D_15	AATAGCACAAGCAGACAAACAAGAACAAAGAAGTAAAGTATATGAAAATCTTTACAATGGCAATGTTGAT	30.0	31	71	pLW043	VRA0013	TraF	traF						VRA0013::70::100.0::7.2E-11::+	
5QSA00010_D_16	ATTTTTATTTATAGTATTTGTAATGTATGCTATCCAATTGGGTTATATTTTTACGTTCCCATTCATAATG	24.29	32	97	MSSA476	SAS0111	putative transport system protein		SAR0139::70::98.57143::2.0E-10::+	SAS0111::70::100.0::7.6E-11::+	SAV0137::70::100.0::7.6E-11::+	MW0111::70::100.0::7.6E-11::+	SA0132::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL0122::70::100.0::7.6E-11::+
5QSA00010_D_17	ACTCAGTTGTATTACGTCACTCTCGTCGTGTAAGTGGTATTACAGATTTATCTATTAACTCAATCGATGT	35.71	32	113	Mu50	SAV0017	adenylosuccinate synthase	purA	SAR0017::70::97.14286::4.9E-10::+	SAS0017::70::98.57143::1.9E-10::+	SAV0017::70::100.0::7.2E-11::+	MW0017::70::98.57143::1.9E-10::+	SA0016::70::100.0::7.2E-11::+		SACOL0018::70::98.57143::1.9E-10::+
5QSA00010_D_18	GATTGAAAATGGTGCATGTATTCAACAGTCTGTTGTTAATGATGCTAGCGTAGGAGCTAATACTAAGGTC	38.57	30	91	Mu50	SAV0499	UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase homolog	gcaD	SAR0500::70::98.57143::2.0E-10::+	SAS0456::70::98.57143::2.0E-10::+	SAV0499::70::100.0::7.6E-11::+	MW0454::70::98.57143::2.0E-10::+	SA0457::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL0543::70::98.57143::2.0E-10::+
5QSA00010_D_19	GGATTTAGTGCAAGCAAAACATATGATATAGAAGTTTGGTTACCAAGCTACAATGATTATAAAGAAATTA	28.57	31	108	Mu50	SAV0009	seryl-tRNA synthetase	serS	SAR0009::70::98.57143::1.9E-10::+	SAS0009::70::98.57143::1.9E-10::+	SAV0009::70::100.0::7.3E-11::+	MW0009::70::98.57143::1.9E-10::+	SA0009::70::100.0::7.3E-11::+		SACOL0009::70::98.57143::1.9E-10::+
5QSA00010_D_2	AAGAAACAATTAAGTCTGGTACTATCAGTATCATTATGATGGGGATTATTTATACCCTACTAGCAATCAT	31.43	30	91	Mu50	SAV0186	similar to branched-chain amino acid transport system carrier		SAR0187::70::98.57143::2.0E-10::+	SAS0161::70::98.57143::2.0E-10::+	SAV0186::70::100.0::7.6E-11::+	MW0160::70::98.57143::2.0E-10::+	SA0180::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL0171::70::98.57143::2.0E-10::+
5QSA00010_D_20	AAAATTGAAGCTATTGTTGGTACATTAATTTTCACAGTGTTATTCATCTTTATATTTGAAGTCTATATTT	22.86	32	87	MSSA476	SAS1040	putative manganese transport protein		SAR1079::70::100.0::7.6E-11::+	SAS1040::70::100.0::7.6E-11::+	SAV1105::70::98.57143::2.0E-10::+	MW0988::70::100.0::7.6E-11::+	SA0956::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL1114::70::100.0::7.6E-11::+
5QSA00010_D_21	ACATACACTTTTCAAACCAATTGTATATGGATTTGAAAGCTTTTTGAAAGGTAGTACACTAATTTTTACA	27.14	33	114	Mu50	SAV1262	putative zinc metalloprotease yluc			SAS1196::70::95.71428::1.3E-9::+	SAV1262::70::100.0::7.3E-11::+	MW1145::70::95.71428::1.3E-9::+	SA1105::70::100.0::7.3E-11::+		
5QSA00010_D_22	TATTAAAACAGATTATATACAAAATGATTATCCAACAACGAAACCAATTTTTGCATGTTATACAAAAGAT	22.86	34	83	Mu50	SAV2451	similar to para-nitrobenzyl esterase chain A		SAR2541::70::98.57143::2.0E-10::+	SAS2343::70::98.57143::2.0E-10::+	SAV2451::70::100.0::7.6E-11::+	MW2375::70::98.57143::2.0E-10::+	SA2240::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL2459::70::98.57143::2.0E-10::+
5QSA00010_D_23	GATGTGAATCCAGAAGAAATATGTCGAATAGTAAAACAACACGAGGATGCTCGTAATAAAGTTAACCAAC	35.71	31	64	Mu50	SAV1279	processing proteinase		SAR1255::70::95.71428::1.3E-9::+	SAS1213::70::95.71428::1.3E-9::+	SAV1279::70::100.0::7.3E-11::+	MW1162::70::95.71428::1.3E-9::+	SA1122::70::100.0::7.3E-11::+		SACOL1298::70::95.71428::1.3E-9::+
5QSA00010_D_24	TAGGTATTCCTGCATTTTTAATGAGTATCTTAATGGGATTCACAGGATTAGTTTTAAATTTATTTTTAGC	27.14	33	87	Mu50	SAV0334	hypothetical protein		SAR0331::70::98.57143::2.0E-10::+	SAS0311::70::98.57143::2.0E-10::+	SAV0334::70::100.0::7.6E-11::+	MW0311::70::98.57143::2.0E-10::+	SA0323::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL0405::70::98.57143::2.0E-10::+
5QSA00010_D_3	GACGGACAGTATCGTGGTATTGCAACATGGAGATACGATCAAAAACGTCAACGTTTAATTGGTACAATAG	40.0	31	110	Mu50	SAV2545	hydroxymethylglutaryl-CoA reductase	mvaA	SAR2625::70::92.85714::8.7E-9::+		SAV2545::70::100.0::7.2E-11::+		SA2333::70::100.0::7.2E-11::+		
5QSA00010_D_4	TAGAACTCAAATGATTACACTAAATGAACCTTTTAATGTAGACGAATTACTAGAAACAATAAAAGAACAT	25.71	31	98	MSSA476	SAS0667	putative membrane protein		SAR0755::70::95.71428::1.3E-9::+	SAS0667::70::100.0::7.6E-11::+	SAV0702::70::100.0::7.6E-11::+	MW0664::70::100.0::7.6E-11::+	SA0657::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL0762::70::100.0::7.6E-11::+
5QSA00010_D_5	TAATGTCATAAAGCAACTTGGTTATGCTAAAGAAGAAATTACAGCAGATAGTGCAGAACAAAAAAGTATA	30.0	30	82	Mu50	SAV0886	large terminase				SAV0886::70::100.0::7.2E-11::+				
5QSA00010_D_6	ACATTGCTTGATAATAATCCAATAATTGTTAAAAATCCTGGAATACCTTATACAGTATCTATTATTGATG	25.71	34	117	Mu50	SAV1183	UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase	murD	SAR1159::70::95.71428::1.3E-9::+	SAS1117::70::98.57143::2.0E-10::+	SAV1183::70::100.0::7.6E-11::+	MW1066::70::98.57143::2.0E-10::+	SA1026::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL1196::70::98.57143::2.0E-10::+
5QSA00010_D_7	GCTTTGAAAAAAGAACCCCGTGCAAATACACAAGCAGCGGAACATATTTTACAAGAAATTAGACAACAAT	35.71	32	71	COL	SACOL2560	hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, degradative			SAS2431::70::90.41096::8.1E-8::+		MW2466::70::90.41096::8.1E-8::+			SACOL2560::70::100.0::7.2E-11::+
5QSA00010_D_8	ACTCAAGCTTAATATCTTCATCAGTTTAGCCGAACTTGAATCGGATAACATTGGAGAACAAGTCAGAAAT	35.71	30	105	MW2	MW0039	cassette chromosome recombinase A	ccrA	SAR0060::70::91.42857::2.3E-8::+		SAV0062::70::91.42857::2.3E-8::+	MW0039::70::100.0::7.6E-11::+	SA0058::70::91.42857::2.3E-8::+		
5QSA00010_D_9	TTGGTTCACCAAAAGATATTACATCCTTTGTTATACCGATTGGCTATACGTTTAACTTAGACGGATCAGC	37.14	29	80	MRSA252	SAR2472	putative proton/sodium-glutamate symport protein	gltT	SAR2472::70::100.0::7.2E-11::+	SAS2274::70::90.0::5.9E-8::+	SAV2384::70::90.0::5.9E-8::+	MW2304::70::90.0::5.9E-8::+	SA2172::70::90.0::5.9E-8::+		
5QSA00010_E_1	CCACTAGCTAATAACATCAAAGAAAAAGAAAGTGCTAAAACAGTTTCACCACAATTAAAGCAAGAGCTAA	32.86	32	98	MRSA252	SAR1021	cysteine protease precursor	sspB	SAR1021::70::100.0::6.7E-11::+						
5QSA00010_E_10	ATATTACTTTGTTTTACCTTTTATAATATCAACTACTATTTATTCCAATTAAGCGACCTTGATGCCGTAC	28.57	31	84	Mu50	SAV0131	hypothetical protein		SAR0133::70::94.28571::3.3E-9::+	SAS0105::70::97.14286::4.8E-10::+	SAV0131::70::100.0::7.0E-11::+	MW0105::70::97.14286::4.8E-10::+	SA0126::70::100.0::7.0E-11::+		SACOL0116::70::98.57143::1.8E-10::+
5QSA00010_E_11	TAGCTATCAACGATAAAACAGGGATTTTGAATATTCCAGATTTGGCAAAGAAATGTAAACAGGAAGAATG	32.86	30	75	Mu50	SAV0408	putative transcriptional regulator				SAV0408::70::100.0::6.7E-11::+				
5QSA00010_E_12	TTAGATATGAGTCATATTTCTCAAATAGTTATTTTTAATAAAAAGGACTTATGTGATCATGCATCAAATC	24.29	32	143	COL	SACOL1326	GTP-binding protein, putative		SAR1281::70::100.0::7.0E-11::+	SAS1239::69::100.0::1.2E-10::+	SAV1307::70::100.0::7.0E-11::+	MW1189::69::100.0::1.2E-10::+	SA1147::70::100.0::7.0E-11::+		SACOL1326::70::100.0::7.0E-11::+
5QSA00010_E_13	TTTATTGGCATCGAACTTAACACAGATGCCGCACCTTTCGTTGAACAACTGATTAAACGTGGCATTTTAT	38.57	30	105	MRSA252	SAR0186	putative ornithine aminotransferase precursor		SAR0186::70::100.0::6.7E-11::+						
5QSA00010_E_14	AAGAAATTGAAGAAACAGCATATATTAATCAAGAAAAAGTATTAAATGCATTTCATCATGTCAAAGCAAC	25.71	34	104	MSSA476	SAS1240	conserved hypothetical protein		SAR1282::70::97.14286::4.8E-10::+	SAS1240::70::100.0::7.0E-11::+	SAV1308::70::100.0::7.0E-11::+	MW1190::70::100.0::7.0E-11::+	SA1148::70::100.0::7.0E-11::+		SACOL1327::70::100.0::7.0E-11::+
5QSA00010_E_15	GTATTTGAGAAGTTCTGTTTAACACCTTTATTAAAAAAGATTCAGAACGAATTAAACGCGAAACTCATAA	28.57	32	131	Mu50	SAV1965	hypothetical protein		SAR2063::70::98.57143::1.8E-10::+,SAR2031::70::98.57143::3.4E-10::-		SAV1965::70::100.0::6.7E-11::+		SA1776::70::100.0::6.7E-11::+		
5QSA00010_E_16	ATTAATTAATGAAGGATTTAGAATTGTTTCTGGCGGTACAGATAATCACTTAGTAGCTGTTGATGTAAAA	30.0	32	95	MSSA476	SAS2016	serine hydroxymethyltransferase		SAR2201::70::98.57143::1.8E-10::+	SAS2016::70::100.0::7.0E-11::+	SAV2113::70::100.0::7.0E-11::+	MW2037::70::100.0::7.0E-11::+	SA1915::70::100.0::7.0E-11::+		SACOL2105::70::100.0::7.0E-11::+
5QSA00010_E_17	TAGCTATTAAGAATTTGAAACAATTAGATGAGAACTTTGGGGTTATTGAACAACCAACTTTAAAATTCGA	28.57	31	102	MSSA476	SAS2072	putative UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase		SAR2262::70::97.14286::4.6E-10::+	SAS2072::70::100.0::6.7E-11::+	SAV2171::70::100.0::6.7E-11::+	MW2097::70::100.0::6.7E-11::+	SA1974::70::100.0::6.7E-11::+		SACOL2161::70::97.14286::4.6E-10::+
5QSA00010_E_18	ATCGCGTTAGCTACTGATTATAATCCAGGCAGCAGTGTAACGAATAACTTGCAACTTGTTATGGCCATTG	41.43	28	92	Mu50	SAV2330	imidazolonepropionase	hutI			SAV2330::70::100.0::7.0E-11::+		SA2121::70::100.0::7.0E-11::+		
5QSA00010_E_19	ATTTCTGTTTCTATTTTTATCGTTATGATGTTACTTATGAATTTAATCTTACCTGGTTCAGGTCTATTGT	27.14	31	66	MSSA476	SAS2344	putative transport protein		SAR2542::70::97.14286::4.6E-10::+	SAS2344::70::100.0::6.7E-11::+	SAV2452::70::100.0::6.7E-11::+	MW2376::70::100.0::6.7E-11::+	SA2241::70::100.0::6.7E-11::+		SACOL2460::70::98.57143::1.8E-10::+
5QSA00010_E_2	GATTCTTAGACATTGAGGATATTAATCAAGGTATACGAGGACACAAAACTTTGCGTGATATGATGCAACA	35.71	30	73	MSSA476	SAS2340	putative glycine betaine/carnitine/choline transport ATP-binding protein			SAS2340::70::100.0::6.9E-11::+		MW2372::70::100.0::7.0E-11::+			
5QSA00010_E_20	ATATAGTTTTTCAATATTTCTACTATCATCATTTACTATGACTTTTATAAACGTTATTCAATTTACAGTC	21.43	32	95	MSSA476	SAS2552	glucosaminyltransferase		SAR2747::70::100.0::7.0E-11::+	SAS2552::70::100.0::7.0E-11::+	SAV2666::70::100.0::7.0E-11::+	MW2586::70::100.0::7.0E-11::+	SA2459::70::100.0::7.0E-11::+		SACOL2689::70::100.0::7.0E-11::+
5QSA00010_E_21	GGTTCAATCATTACATGAGTTTTTAGAGGAAAATATAAATTATCTAAAAGAAAATGGTTTGTATAATGAA	22.86	33	124	MSSA476	SAS0508	putative 2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase		SAR0555::70::100.0::6.7E-11::+	SAS0508::70::100.0::6.7E-11::+		MW0505::70::100.0::6.7E-11::+			SACOL0596::70::100.0::6.7E-11::+
5QSA00010_E_22	CCTGAATCTATGAATACATTAAGAGAATTAGCAGAAGCAATACAAAACAACTCTATTTCAGAAAGTGTAT	30.0	30	74	Mu50	SAV0910	tail fiber				SAV0910::70::100.0::7.0E-11::+				
5QSA00010_E_23	TTGAACTTCAGGCAAAACAATTAAAAGAACTACATCGACAAACTGGTCATAAAATTCAATGGTACATTAT	30.0	31	79	MRSA252	SAR2262	putative UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase		SAR2262::70::100.0::6.7E-11::+						
5QSA00010_E_24	TATGCAACAAGCCAATGACTATTATATTGAACATGGTAACTTCCGAAATTTATTACTTAAATTTAGTTCC	28.57	30	96	MSSA476	SAS0134	capsular polysaccharide synthesis enzyme		SAR0161::70::97.14286::4.8E-10::+	SAS0134::70::100.0::7.0E-11::+		MW0134::70::100.0::7.0E-11::+			
5QSA00010_E_3	AACAAGTTGTTCCAGACATTTATATTTTAGGTAAGGCATTGGGTGGCGGCTTATACCCTGTATCTGCTGT	41.43	29	66	Mu50	SAV0185	ornithine aminotransferase		SAR0186::70::97.14286::4.6E-10::+	SAS0160::70::97.14286::4.6E-10::+	SAV0185::70::100.0::6.7E-11::+	MW0159::70::97.14286::4.6E-10::+	SA0179::70::100.0::6.7E-11::+		SACOL0170::70::97.14286::4.6E-10::+
5QSA00010_E_4	GGTGAAATAGGTTATCCGTCTGTAATTTTAAATGACCCTGAAAATACTGTGTTTAGTGGATTTGTATTAA	31.43	31	84	MRSA252	SAR0434	putative restriction and modification system specificity protein		SAR0434::70::100.0::7.0E-11::+						
5QSA00010_E_5	ACGGGTAAACTCAGTTGAATATACAAACGCAGGACCAAAAGTACACACAAATATCTTTGACCAAGATGAA	37.14	31	67	Mu50	SAV0231	acetyl-CoA acetyltransferase homolog		SAR0223::70::95.71428::1.2E-9::+	SAS0207::70::97.14286::4.6E-10::+	SAV0231::70::100.0::6.7E-11::+	MW0207::70::97.14286::4.6E-10::+	SA0223::70::100.0::6.7E-11::+		SACOL0211::70::97.14286::4.6E-10::+
5QSA00010_E_6	TAAAGCTTAAACATCGCGAAAGTGATTTTGAATTTACTAAAAACCATAAGAGATTATTGTTAGGTTCTGT	28.57	30	85	MRSA252	SAR1683	putative membrane protein		SAR1683::70::100.0::7.0E-11::+						
5QSA00010_E_7	TACTGAATTTAAAGCAGAAGTATACGTATTATCAAAAGACGAAGGTGGACGTCACACTCCATTCTTCTCA	37.14	29	87	Mu50	SAV0548	elongation factor Tu	tuf	SAR0553::70::98.57143::1.8E-10::+	SAS0506::70::98.57143::1.8E-10::+	SAV0548::70::100.0::6.7E-11::+	MW0503::70::98.57143::1.8E-10::+	SA0506::70::100.0::6.7E-11::+		SACOL0594::70::98.57143::1.8E-10::+
5QSA00010_E_8	GTAGAGTACATGGATGATAAGTATCCATTCTATTTAGATCCAATGCCAAACCTTTATTTTACTAGAGATC	32.86	32	92	Mu50	SAV2635	arginine deiminase	arcA	SAR2714::70::98.57143::1.8E-10::+	SAS2521::70::98.57143::1.8E-10::+	SAV2635::70::100.0::7.0E-11::+	MW2556::70::98.57143::1.8E-10::+	SA2428::70::100.0::7.0E-11::+		SACOL2657::70::98.57143::1.8E-10::+
5QSA00010_E_9	ATACATCCTCATATTAAAATAGGATCACGTAATTTAGTAGGACATACGCATAGATTTAGAGAGGCGGCTG	37.14	32	96	Mu50	SAV2133	HmrA	hmrA	SAR2221::70::97.14286::4.6E-10::+	SAS2036::70::98.57143::1.8E-10::+	SAV2133::70::100.0::6.7E-11::+	MW2057::70::98.57143::1.8E-10::+	SA1935::70::100.0::6.7E-11::+		SACOL2125::70::98.57143::1.8E-10::+
5QSA00010_F_1	GTAATATGGGTGTCGTACCACCGATTGAAGGTTTTTTACAGGGATTAAGAGATATTACGACTGAATACGG	40.0	31	88	Mu50	SAV1667	glutamate-1-semialdehyde aminotransferase	hemL	SAR1747::70::98.57143::1.9E-10::+	SAS1596::70::97.14286::4.9E-10::+	SAV1667::70::100.0::7.3E-11::+	MW1611::70::97.14286::4.9E-10::+	SA1491::70::100.0::7.3E-11::+		SACOL1714::70::98.57143::1.9E-10::+
5QSA00010_F_10	CATTAGAAACAGAATTAACTACAAAAGAAATTTTATTTAAATATGTACTGAACAATAAATGGGTATGGGC	25.71	33	100	COL	SACOL0407	glycerol-3-phosphate transporter	glpT	SAR0333::70::100.0::7.6E-11::+	SAS0313::70::98.57143::2.0E-10::+	SAV0337::70::100.0::5.9E-11::+,SAV0336::70::100.0::7.6E-11::+	MW0313::70::98.57143::2.0E-10::+	SA0325::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL0407::70::100.0::7.6E-11::+
5QSA00010_F_11	TATGGGCTTTATAGCTGCTTTCTTATCTTCGATTATGAACAACATGCCAACTGTTTTAATAGATGCAATA	32.86	30	104	N315	SAP017	arsenic efflux pump protein	arsB	SAR0691::70::98.57143::1.9E-10::+,SAR0686::70::98.57143::3.4E-10::+,SAR0685::70::98.57143::3.4E-10::+				SAP017::70::100.0::7.3E-11::+		
5QSA00010_F_12	ATTTTAATTTTGTTTTTAATTAACTTTAGTAATAATGCCGATAAAACATCCATTAAAGTTTACAATAGAG	20.0	33	131	MSSA476	SAS0956	putative sodium transport protein		SAR0993::70::97.14286::5.1E-10::+	SAS0956::70::100.0::7.6E-11::+	SAV1024::70::100.0::7.6E-11::+	MW0904::70::100.0::7.6E-11::+	SA0880::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL1030::70::100.0::7.6E-11::+
5QSA00010_F_13	GGTTTATTAGTACCTGTAGTGAAACATGCTGATCGTAAGTCTATTTTCCAAATTTCAGATGAAATTAATG	31.43	30	81	Mu50	SAV1095	dihydrolipoamide S-acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex E2	pdhC	SAR1069::70::92.85714::8.7E-9::+	SAS1030::70::95.71428::1.3E-9::+	SAV1095::70::100.0::7.3E-11::+	MW0978::70::95.71428::1.3E-9::+	SA0945::70::100.0::7.3E-11::+		SACOL1104::70::95.71428::1.3E-9::+
5QSA00010_F_14	AGCGGATAAAAGTGTGGCTGTATCAAATGAAGAGTCAAAAGCATCGGCATTAAAAGTACAACAAGCAGCA	40.0	33	79	Mu50	SAV1738	hypothetical protein		SAR1816::69::91.30435::3.7E-8::+		SAV1738::70::100.0::7.6E-11::+	MW1681::70::90.0::6.1E-8::+,MW1681::70::90.0::6.1E-8::+	SA1559::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL1788::69::91.30435::4.2E-8::+
5QSA00010_F_15	AGAATGAAGAAACTGTCTTATGTGCAGACTTAATTGCACCTGAAGGATACGGTGAAATTATCGGTGGATC	40.0	31	82	Mu50	SAV1454	asparaginyl-tRNA synthetase	asnS	SAR1465::70::95.71428::1.3E-9::+	SAS1397::70::95.71428::1.3E-9::+	SAV1454::70::100.0::7.3E-11::+	MW1344::70::95.71428::1.3E-9::+	SA1287::70::100.0::7.3E-11::+		SACOL1494::70::95.71428::1.3E-9::+
5QSA00010_F_16	ATAAATGATGCCTATAATGCAAGTCCTACAAGTATGAGAGCAGCTATTGATACACTGGGTACTTTGACAG	38.57	30	86	Mu50	SAV2082	UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate-D-alanyl-D-alanyl ligase	murF	SAR2169::70::97.14286::5.1E-10::+	SAS1986::70::98.57143::2.0E-10::+	SAV2082::70::100.0::7.6E-11::+	MW2005::70::98.57143::2.0E-10::+	SA1886::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL2073::70::98.57143::2.0E-10::+
5QSA00010_F_17	TTATTATATGCAATAGCAGATAAATTAGAAGAATATAAAGATGTTGACTTCACAGTTGAAGAAGAGGAGT	28.57	33	72	MSSA476	SAS1580	Spo0B-associated GTP-binding protein		SAR1724::70::100.0::7.3E-11::+	SAS1580::70::100.0::7.3E-11::+	SAV1644::70::100.0::7.3E-11::+	MW1594::70::100.0::7.3E-11::+	SA1470::70::100.0::7.3E-11::+		SACOL1699::70::98.57143::1.9E-10::+
5QSA00010_F_18	AATACATTTTTAAGTGATTCGCATGGTGTTAATACCTTTTTCCATGGTCATACATACACCGGAAATCAAA	32.86	30	98	Mu50	SAV2426	adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase	bioA	SAR2516::70::97.14286::5.1E-10::+	SAS2317::70::95.71428::1.3E-9::+	SAV2426::70::100.0::7.6E-11::+	MW2349::70::95.71428::1.3E-9::+	SA2214::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL2427::70::97.14286::5.1E-10::+
5QSA00010_F_19	TGATTATACCTAATTTATTCTCGCTTTTAGCAAGTATTATAGTATTGTGGTTATATTTTAGAAAGGCGAT	27.14	31	89	Mu50	SAV1774	aesenical pump membrane protein homolog			SAS1697::70::98.57143::1.9E-10::+	SAV1774::70::100.0::7.3E-11::+	MW1714::70::98.57143::1.9E-10::+	SA1592::70::100.0::7.3E-11::+		SACOL1823::70::98.57143::1.9E-10::+
5QSA00010_F_2	AATAAATTGCAATTAAATACAAATTATGAAGAAATAGATAATTTAGCAAATACGTTTAATGAGATGATGA	20.0	35	115	MSSA476	SAS1357	sensor kinase protein		SAR1426::70::100.0::7.6E-11::+	SAS1357::70::100.0::7.6E-11::+	SAV1414::70::100.0::7.6E-11::+	MW1304::70::100.0::7.6E-11::+	SA1246::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL1450::70::100.0::7.6E-11::+
5QSA00010_F_20	TTGGAGATGTATTACTGTACGGTATGATTATTGCCATTCCAGTTACACTCATTGCAGGACCTATATTTAA	35.71	31	102	MSSA476	SAS2390	putative gluconate permease		SAR2582::70::97.14286::5.1E-10::+	SAS2390::70::100.0::7.6E-11::+	SAV2505::70::100.0::7.6E-11::+	MW2423::70::100.0::7.6E-11::+	SA2293::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL2514::70::97.14286::5.1E-10::+
5QSA00010_F_21	CTTAGCCGTTATTTCAATTCTACCAATATTAGCAACTAAGTTTATGGGATTACCACAATCAATTCAGATT	31.43	30	86	Mu50	SAV2230	preprotein translocase SecY	secY	SAR2315::70::98.57143::1.9E-10::+	SAS2121::70::98.57143::1.9E-10::+	SAV2230::70::100.0::7.3E-11::+	MW2149::70::98.57143::1.9E-10::+	SA2028::70::100.0::7.3E-11::+		SACOL2219::70::98.57143::1.9E-10::+
5QSA00010_F_22	GTGCACTTATACCCATCTATTAATATTGACAGGGTAAATGAACTATACCAGTTATGTGATATTTATCTTG	31.43	31	98	Mu50	SAV2647	hypothetical protein		SAR2726::70::98.57143::2.0E-10::+	SAS2533::70::95.71428::1.3E-9::+	SAV2647::70::100.0::7.6E-11::+	MW2568::70::95.71428::1.3E-9::+	SA2440::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL2669::70::98.57143::2.0E-10::+
5QSA00010_F_23	ATTATATTACTGAGTATCTTAATTTTTATTTATTCTCAATTTACTCTTAAAGAAATGAAATATAAACGTA	17.14	33	118	MSSA476	SAS1943	autoinducer sensor protein		SAR2125::70::100.0::7.3E-11::+	SAS1943::70::100.0::7.3E-11::+		MW1962::70::100.0::7.3E-11::+			
5QSA00010_F_24	TTGACTTCAAACCACATAGCTATCAAAAGTATGCAATAGATAAAGTGATAGATAATGAGAAATACGGTCT	31.43	28	86	MW2	MW1405	hypothetical protein		SAR1523::70::95.71428::1.3E-9::+,SAR1563::70::95.71428::2.2E-9::+	SAS0928::70::95.71428::1.3E-9::+		MW1405::70::100.0::7.6E-11::+			
5QSA00010_F_3	GTATTAAAAAATAATAAACAATTCGATAAAGAAATCGAACAAAATATTCAAACATTAAAAGAACGCTATG	21.43	34	65	MSSA476	SAS1860	conserved hypothetical protein		SAR2028::70::100.0::7.3E-11::+	SAS1860::70::100.0::7.3E-11::+	SAV1936::70::100.0::7.3E-11::+	MW1878::70::100.0::7.3E-11::+	SA1749::70::100.0::7.3E-11::+		SACOL2000::70::100.0::7.3E-11::+
5QSA00010_F_4	ATGATTTAAATGATAATAAATTTTATTTTATGGAAATGAATACACGTATTCAAGTAGAACATCCTGTAAC	22.86	32	105	MSSA476	SAS1465	biotin carboxylase subunit of acetyl-CoA carboxylase		SAR1604::70::98.57143::2.0E-10::+	SAS1465::70::100.0::7.6E-11::+	SAV1526::70::100.0::7.6E-11::+	MW1479::70::100.0::7.6E-11::+	SA1357::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL1571::70::100.0::7.6E-11::+
5QSA00010_F_5	TTTTTAAACCAATTGTATTCGGATTTAAAAGCTTTTTAATCGGTAGTACTTATATTTTTACAGCTGTAGT	25.71	31	142	COL	SACOL1281	membrane-associated zinc metalloprotease, putative		SAR1238::70::92.85714::8.7E-9::+						SACOL1281::70::100.0::7.3E-11::+
5QSA00010_F_6	AGCTATTTAAAATCAACAGTAGATGTTAACTTTGAAGGTTTGAAAATTGTTTTAGATGGTGCAAATGGTT	28.57	32	112	Mu50	SAV2161	phosphoglucosamine-mutase	glmM(femD)	SAR2252::70::98.57143::2.0E-10::+	SAS2063::70::98.57143::2.0E-10::+	SAV2161::70::100.0::7.6E-11::+	MW2088::70::98.57143::2.0E-10::+	SA1965::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL2151::70::98.57143::2.0E-10::+
5QSA00010_F_7	GCATTGCGCAAGCATTTAATTGACAAGTATTCTATTGGTGTCATTGCACTTAATGCTACAGATATTCGTA	35.71	30	103	MRSA252	SAR2028	conserved hypothetical protein		SAR2028::70::100.0::7.3E-11::+						
5QSA00010_F_8	TACAAGGTGCGATTATCATTCCTGTATTATTTATTATGAATGCTTTGTTCGGCCTCACAGGTGTCATATG	37.14	31	83	MSSA476	SAS0311	putative membrane protein			SAS0311::70::100.0::7.6E-11::+	SAV0334::70::92.85714::9.0E-9::+	MW0311::70::100.0::7.6E-11::+	SA0323::70::92.85714::9.0E-9::+		SACOL0405::70::91.42857::2.3E-8::+
5QSA00010_F_9	AGAAGAGGTTAATGAAATTTCGCATAACAATGGGACACTAGTGATTTATGATGAAGTAATTACTGCATTC	32.86	30	128	Mu50	SAV1864	glutamate-1-semialdehyde aminotransferase	gsaB	SAR1954::70::95.71428::1.3E-9::+	SAS1786::70::97.14286::4.9E-10::+	SAV1864::70::100.0::7.3E-11::+	MW1804::70::97.14286::4.9E-10::+	SA1681::70::100.0::7.3E-11::+		SACOL1922::70::97.14286::4.9E-10::+
5QSA00010_G_1	ATTAGAAAAACATGGTGATAAAATTGTATTACCAGTAGACACTAAAGTTGCTAAAGAATTTTCTAATGAT	25.71	33	145	MSSA476	SAS0739	phosphoglycerate kinase		SAR0829::70::100.0::6.7E-11::+	SAS0739::70::100.0::6.7E-11::+	SAV0773::70::100.0::6.7E-11::+	MW0735::70::100.0::6.7E-11::+	SA0728::70::100.0::6.7E-11::+		SACOL0839::70::100.0::6.7E-11::+
5QSA00010_G_10	ATTCAACAGCGACAAGTCAAACGCCTATGCAAGTGTTAAATGTTTTAGAGGATTACTACAAGCGTTATAA	35.71	30	69	Mu50	SAV0844	aminotransferase NifS homolog		SAR0878::70::97.14286::4.8E-10::+	SAS0786::70::97.14286::4.8E-10::+	SAV0844::70::100.0::7.0E-11::+	MW0797::70::97.14286::4.8E-10::+	SA0776::70::100.0::7.0E-11::+		SACOL0916::70::97.14286::4.8E-10::+
5QSA00010_G_11	AAAACTTAAAAGAGAAAATAGCAATTATAGACCCAGCAGACCATCATTACTATCAACCATTATGGACGTT	32.86	32	74	Mu50	SAV0088	similar to sulfide-quinone reductase			SAS0058::70::98.57143::1.8E-10::+	SAV0088::70::100.0::6.8E-11::+	MW0058::70::98.57143::1.8E-10::+	SA0084::70::100.0::6.8E-11::+		SACOL0065::70::98.57143::1.8E-10::+
5QSA00010_G_12	AATCTATTGTTGAATGTAACATAGCCAAAAACAAAGACGGCGAAACCGGAATAATTGAATTCGAGTATTA	32.86	30	75	COL	SACOL0343	prophage L54a, replicative DNA helicase, putative								SACOL0343::70::100.0::7.0E-11::+
5QSA00010_G_13	ATATATAAATTTTTAAAGACACAAGATAAAGTTTATGCAAGAACGTTAGATCATCCAGTTATAGAATCAT	24.29	33	92	MSSA476	SAS0462	putative tetrapyrrole (corrin/porphyrin) methylases		SAR0506::70::97.14286::4.6E-10::+	SAS0462::70::100.0::6.8E-11::+	SAV0505::70::100.0::6.8E-11::+	MW0460::70::100.0::6.8E-11::+	SA0463::70::100.0::6.8E-11::+		SACOL0549::70::100.0::6.8E-11::+
5QSA00010_G_14	TGAAAACGCAGACGATAATTTTAACCAACTTTACGAAAATGCAAAGCCACTTAAAGAGAATATAGAAATA	30.0	31	69	COL	SAA0003	plasmid recombination enzyme	pre							SAA0003::70::100.0::7.0E-11::+
5QSA00010_G_15	TGCGAAAGTTATTGAAGAAGTTACAGGTAAATCTTATGCTGAGAATTATTATACAAAAATAGGAGATCCT	30.0	31	80	Mu50	SAV1057	autolysis and methicillin resistant-related protein	fmt		SAS0992::70::98.57143::1.8E-10::+	SAV1057::70::100.0::6.8E-11::+	MW0940::70::98.57143::1.8E-10::+	SA0909::70::100.0::6.8E-11::+		SACOL1066::70::98.57143::1.8E-10::+
5QSA00010_G_16	CTGGTGTTATTGGAGAATATTTGCCAATGGATAAAATTAAAACTGGTACAGAACATATTAATGATGCTAA	30.0	31	88	MRSA252	SAR0184	putative arginine biosynthesis bifunctional protein	argJ	SAR0184::70::100.0::7.0E-11::+						
5QSA00010_G_17	TTTATTTTCAATATATTCATGATGAAACAATCTTGAATCAGCAATATTATGCATTAGATAAAACGTTATT	21.43	33	115	MSSA476	SAS2035	hypothetical protein		SAR2220::70::100.0::6.8E-11::+	SAS2035::70::100.0::6.8E-11::+	SAV2132::70::100.0::6.8E-11::+	MW2056::70::100.0::6.8E-11::+	SA1934::70::100.0::6.8E-11::+		SACOL2124::70::100.0::6.8E-11::+
5QSA00010_G_18	GACACGATTTACGAATTGTCTCAAAATCGAAAAATAGATATGAGACTTGCAGCATATATCATAGGTATTA	31.43	30	102	Mu50	SAV0958	NAD-specific glutamate dehydrogenase	gudB	SAR0920::70::98.57143::1.8E-10::+	SAS0828::70::97.14286::4.8E-10::+	SAV0958::70::100.0::7.0E-11::+	MW0840::70::97.14286::4.8E-10::+	SA0819::70::100.0::7.0E-11::+		SACOL0961::70::97.14286::4.8E-10::+
5QSA00010_G_19	TAAAGTACTTAAATATATTGGTATGGTAAATATGTATTATTTAAGTTCACTTTTATTTGGCATTGCTTTG	22.86	33	126	Mu50	SAV2180	transporter		SAR2271::70::95.71428::1.2E-9::+	SAS2081::70::98.57143::1.8E-10::+	SAV2180::70::100.0::6.8E-11::+	MW2106::70::98.57143::1.8E-10::+	SA1982::70::100.0::6.8E-11::+		SACOL2170::70::98.57143::1.8E-10::+
5QSA00010_G_2	CAGATTCTTTTATGCTTAAATATGGTTCCAATGTAAGTACAGAAAAAAGGCAACAAGTGTTAGAAGATTT	30.0	31	104	MW2	MW1400	portal protein		SAR1518::70::92.85714::8.5E-9::+,SAR1563::70::92.85714::1.5E-8::+	SAS0933::70::92.85714::8.5E-9::+		MW1400::70::100.0::7.0E-11::+			SACOL0368::70::92.85714::8.5E-9::+
5QSA00010_G_20	TTTAGTAATCGAATCTTTAGAATCAGCACAAGCTCGAGGTGCCAATATTTATGCTGAGATAGTTGGCTAT	37.14	30	94	Mu50	SAV0984	3-oxoacyl synthase		SAR0947::70::98.57143::1.8E-10::+	SAS0854::70::98.57143::1.8E-10::+	SAV0984::70::100.0::7.0E-11::+	MW0866::70::98.57143::1.8E-10::+	SA0843::70::100.0::7.0E-11::+		SACOL0988::70::98.57143::1.8E-10::+
5QSA00010_G_21	TTTTAAGAATTATTTTGATCATCAATGCCATAGCTTTAATTATTTATGGTTTTACTGGATTAGAAGGTTA	24.29	32	93	Mu50	SAV2462	antibiotic resistance protein		SAR2549::70::95.71428::1.2E-9::+	SAS2353::70::98.57143::1.8E-10::+	SAV2462::70::100.0::6.8E-11::+	MW2386::70::98.57143::1.8E-10::+	SA2250::70::100.0::6.8E-11::+		SACOL2471::70::94.28571::3.2E-9::+
5QSA00010_G_22	AAAGATAGCTTGTATAAATCTTAATGAATATCAAGATAAATTAAAAATACAATTATTGAAAATCGAAAAT	17.14	34	109	MSSA476	SAS1182	FemAB family protein		SAR1224::70::98.57143::1.8E-10::+	SAS1182::70::100.0::7.0E-11::+	SAV1248::70::100.0::7.0E-11::+	MW1131::70::100.0::7.0E-11::+	SA1091::70::100.0::7.0E-11::+		SACOL1265::70::100.0::7.0E-11::+
5QSA00010_G_23	TTTGTTGAACCAAAAACAAAGGCGAGCGTTCGTCATATTGTATTAGATAAATGCACATTAACTTATTTAT	30.0	29	90	Mu50	SAV0392	integrase homolog	int			SAV0392::70::100.0::6.8E-11::+				
5QSA00010_G_24	ATTATTTCTATTTAATTGAAATTGGTCAAAAGGAACAAGCAATTACTATTTTAAATCAATTGTTGGAACT	22.86	31	96	Mu50	SAV1463	hypothetical protein		SAR1474::70::98.57143::1.8E-10::+	SAS1406::70::98.57143::1.8E-10::+	SAV1463::70::100.0::7.0E-11::+	MW1353::70::98.57143::1.8E-10::+	SA1296::70::100.0::7.0E-11::+		SACOL1503::70::98.57143::1.8E-10::+
5QSA00010_G_3	CTCTTTAGAATTAGGAGATTATTTTAAAGAACAATTAAAGCAAATTGATCATCCATCAATTAAAGAAGTC	25.71	35	126	MSSA476	SAS0827	ornithine aminotransferase		SAR0919::70::100.0::6.7E-11::+	SAS0827::70::100.0::6.7E-11::+	SAV0957::70::100.0::6.7E-11::+	MW0839::70::100.0::6.7E-11::+	SA0818::70::100.0::6.7E-11::+		SACOL0960::70::100.0::6.7E-11::+
5QSA00010_G_4	TAGACAATAACGGTGCGATTGCATTAGCAACTGATTATAACCCTGGTAGTAGTGTCACAAACAACTTACA	38.57	29	87	MSSA476	SAS2223	putative imidazolonepropionase		SAR2416::70::92.85714::8.5E-9::+	SAS2223::70::100.0::7.0E-11::+		MW2251::70::100.0::7.0E-11::+			SACOL2323::70::98.57143::1.8E-10::+
5QSA00010_G_5	ATTTATTTTATACATGATATTAATTTTTACTCTATCTATGATTGTTAATATTCACATCGTGTGGATTATC	21.43	35	114	MRSA252	SAR0986	putative membrane protein		SAR0986::70::100.0::6.7E-11::+	SAS0885::70::98.57143::1.8E-10::+	SAV1016::70::100.0::6.7E-11::+	MW0897::70::98.57143::1.8E-10::+	SA0874::70::100.0::6.7E-11::+		SACOL1021::70::98.57143::1.8E-10::+
5QSA00010_G_6	AATTAGATGAATTAAATGTTGTGAAAAATGGTACAGTTGTCATTAAAGATGGCAAAATTGTATATGCTGG	28.57	33	96	MSSA476	SAS2223	putative imidazolonepropionase		SAR2416::70::100.0::7.0E-11::+	SAS2223::70::100.0::7.0E-11::+	SAV2330::70::100.0::7.0E-11::+	MW2251::70::100.0::7.0E-11::+	SA2121::70::100.0::7.0E-11::+		SACOL2323::70::100.0::7.0E-11::+
5QSA00010_G_7	AATACGCTTCTCAAAACGGAGTTAACGGCTTTCCTAGATTACGAAAAGTATGATCGCATTGGTTTTAACA	37.14	29	82	Mu50	SAV0415	transposase	tnp			SAV0415::70::100.0::6.7E-11::+				
5QSA00010_G_8	TATTTGATGAGCAAGCTATGTCGAACACATTAACTCATGAACATGTCACAATTGACGTTCAACTTGGTTT	35.71	31	94	Mu50	SAV0183	bifunctional ornithine acetyltransferase/N-acetylglutamate synthase protein	argJ	SAR0184::70::95.71428::1.3E-9::+	SAS0158::70::95.71428::1.3E-9::+	SAV0183::70::100.0::7.0E-11::+	MW0157::70::95.71428::1.3E-9::+	SA0177::70::100.0::7.0E-11::+		SACOL0168::70::95.71428::1.3E-9::+
5QSA00010_G_9	CTATTAGTTACTAAAAAGAATGATGTATCAGAAACAGTTAATACAGATAATAAAGACACTGTTAAACAAA	24.29	32	104	MRSA252	SAR1816	putative membrane protein		SAR1816::70::100.0::6.7E-11::+						
5QSA00010_H_1	AGCACACCATATCTAATACTAAACAAAGGATTTTTAATAGTTATTTCGACTATCTTACTGCTTACTTTTT	27.14	31	89	COL	SACOL2025	accessory gene regulator protein C	argC2							SACOL2025::70::100.0::7.3E-11::+
5QSA00010_H_10	CTTGTTAGAATCACAAGATTCTATTTTCTTTTCACAAACACCTGAACAATTAATAAAGGTCAATAATAAA	25.71	31	81	Mu50	SAV1042	putative menaquinone-specific isochorismate		SAR1016::70::97.14286::5.2E-10::+	SAS0978::70::98.57143::2.0E-10::+	SAV1042::70::100.0::7.6E-11::+	MW0926::70::98.57143::2.0E-10::+	SA0895::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL1051::70::98.57143::1.8E-10::+
5QSA00010_H_11	ATTCTTTAAATTGTTAACGGAATTTATAAATATAATGATTCATGGACTACTACTTTCAGTGTTCATTACG	25.71	31	94	Mu50	SAV1080	hypothetical protein		SAR1053::70::98.57143::1.9E-10::+	SAS1015::69::98.55073::3.2E-10::+	SAV1080::70::100.0::7.3E-11::+	MW0962::69::98.55073::3.2E-10::+	SA0931::70::100.0::7.3E-11::+		SACOL1088::70::98.57143::1.9E-10::+
5QSA00010_H_12	CTAAAGATACTGTCTACCATAAGAAAGCTTTGAAAATGTCTATGATTGTTGGATTCTTTTCAACTTTACT	30.0	31	97	Mu50	SAV1086	cytochrome D ubiquinol oxidase subunit 1 homolog		SAR1059::70::98.57143::2.0E-10::+	SAS1021::70::97.14286::5.2E-10::+	SAV1086::70::100.0::7.6E-11::+	MW0968::70::97.14286::5.2E-10::+	SA0937::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL1094::70::97.14286::5.2E-10::+
5QSA00010_H_13	CAAAAGAAGAATTAGATGAATGTTTCGATCCTAAACATCATTTGAATCAAGTTGACACTATTTTCGAACG	31.43	31	108	Mu50	SAV1908	adenylosuccinate lyase	purB	SAR2000::70::98.57143::1.9E-10::+	SAS1831::70::98.57143::1.9E-10::+	SAV1908::70::100.0::7.3E-11::+	MW1849::70::98.57143::1.9E-10::+	SA1724::70::100.0::7.3E-11::+		SACOL1969::70::98.57143::1.9E-10::+
5QSA00010_H_14	CAAAAATTAATCGAAGAATCTCCTTGTGCAGCATTAACTGAAGAACGACGACAACAAATATGTAACGATG	35.71	31	82	Mu50	SAV1606	acetyl-CoA carboxylase		SAR1685::70::98.57143::2.0E-10::+	SAS1542::70::98.57143::2.0E-10::+	SAV1606::70::100.0::7.6E-11::+	MW1556::70::98.57143::2.0E-10::+	SA1434::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL1661::70::98.57143::2.0E-10::+
5QSA00010_H_15	TAATAAAATAGACGAAGATAAGAAAGAACAGTTTAGGAATATTTTAAATGATAATCCAGGGTCTCAACAC	28.57	31	86	Mu50	SAV0025	hypothetical protein		SAR0025::70::98.57143::1.9E-10::+	SAS0048::70::98.57143::1.9E-10::+	SAV0025::70::100.0::7.3E-11::+	MW0025::70::98.57143::1.9E-10::+,MW0048::70::98.57143::1.9E-10::+	SA0024::70::98.57143::1.9E-10::+		SACOL0026::70::98.57143::1.9E-10::+
5QSA00010_H_16	ATTCCAAAGGCAATTAACAGTGTACCCATTAGAATTTTAATATTTTACGTTGGTGCGTTAGCGGTTATCA	34.29	30	96	Mu50	SAV1696	D-serine/D-alanine/glycine transporter	aapA		SAS1624::70::97.14286::5.2E-10::+	SAV1696::70::100.0::7.6E-11::+	MW1640::70::97.14286::5.2E-10::+	SA1519::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL1743::70::97.14286::5.2E-10::+
5QSA00010_H_17	GATGACACATCGAGCAATCATGTTAGCATCTTTAGCTGAAGGAACTTCCAATATTTATAAACCATTACTT	34.29	30	90	Mu50	SAV1464	3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase	aroA			SAV1464::70::100.0::7.3E-11::+		SA1297::70::100.0::7.3E-11::+		
5QSA00010_H_18	TACATTTAAAATAAGTGATCAGTCATTCTACCAAATTAATTCTGAACAAACAGAGAAATTATATAATAAA	21.43	32	122	MSSA476	SAS1819	putative RNA methyltransferase		SAR1988::70::100.0::7.6E-11::+	SAS1819::70::100.0::7.6E-11::+	SAV1897::70::100.0::7.6E-11::+	MW1838::70::100.0::7.6E-11::+	SA1713::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL1957::70::100.0::7.6E-11::+
5QSA00010_H_19	TTCAAGATATAATGACGCCATTAGATGATTTGTCTGTGCTGTTTGATACGATGAAAATAGCAGATTATAA	31.43	31	91	Mu50	SAV1705	similar to thioesterase family protein		SAR1783::70::98.57143::1.9E-10::+	SAS1632::70::98.57143::1.9E-10::+	SAV1705::70::100.0::7.3E-11::+	MW1648::70::98.57143::1.9E-10::+	SA1527::70::100.0::7.3E-11::+		SACOL1752::70::98.57143::1.9E-10::+
5QSA00010_H_2	ATATCGGCCGAGGTTATATAACTATACTTGGACAATATAATGAACCAATTTTATTTGATGCACCTTTAAT	30.0	32	102	COL	SACOL1578	FtsK-SpoIIIE family protein		SAR1292::70::94.28571::3.5E-9::+						SACOL1578::70::100.0::7.6E-11::+
5QSA00010_H_20	ATGCTAGTCAATGGGATTATGATTCCTATCACAGCATTTTTAATTGAACGTTTTACATTACGTTCTTTAT	30.0	29	78	MRSA252	SAR0094	putative transporter protein		SAR0094::70::100.0::7.6E-11::+						
5QSA00010_H_21	CGAATATTGAAGGTATTGAAGATAATTATACACCATTAATTATTAAGCCATCTGTCATAAAAGGTATAAA	25.71	31	95	MSSA476	SAS1407	3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase			SAS1407::70::100.0::7.3E-11::+	SAV1464::70::100.0::7.3E-11::+	MW1354::70::100.0::7.3E-11::+	SA1297::70::100.0::7.3E-11::+		SACOL1504::70::100.0::7.3E-11::+
5QSA00010_H_22	AGTGCACTTTTTTGCGTATTGTTATTAATGTCTTTTAACTTATTGAGTGCGAGACTATTTGGAGAGTTAG	32.86	31	70	MRSA252	SAR1775	putative D-serine/D-alanine/glycine transporter	cycA	SAR1775::70::100.0::7.6E-11::+						
5QSA00010_H_23	GGAATTGAAGACAATTACACCCCATTAATCATTAAACCATCTGTAATTAAAGGTATTAATTACAAGATGG	30.0	32	122	MRSA252	SAR1475	3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase	aroA	SAR1475::70::100.0::7.3E-11::+						
5QSA00010_H_24	ATTAAGTTTGTTGATGGCTGTTTTGGAAAAGAAAGAAAATTATCTATTACAACAACAAGATGCTTATATC	27.14	31	121	MSSA476	SAS0483	putative DNA repair protein		SAR0529::70::100.0::7.6E-11::+	SAS0483::70::100.0::7.6E-11::+	SAV0526::70::100.0::7.6E-11::+	MW0481::70::100.0::7.6E-11::+	SA0484::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL0572::70::100.0::7.6E-11::+
5QSA00010_H_3	GAGCAATTTGGTCAATATCATTTCTGCAGATTACTTTAACATTAGTTTCTCTCAATATCTTAGTAGAATG	30.0	31	86	MRSA252	SAR1856	arsenical pump membrane protein 2	arsB2	SAR1856::70::100.0::7.3E-11::+						
5QSA00010_H_4	AAAAGAAGGTGGAAAAATATTTGGATCAGGAAGTAGAGCACCGATAGCTATATCTATTTTAGTTAAAGAT	31.43	31	88	COL	SACOL2205	conserved hypothetical protein, degenerate								SACOL2205::70::100.0::7.6E-11::+
5QSA00010_H_5	AAGATAACAAATATATTAGAAATGATATTCGTAATAGAATTATTCCAGCTATTGATGAAAATAATCAACT	21.43	31	112	Mu50	SAV0509	hypothetical protein		SAR0510::70::98.57143::1.9E-10::+	SAS0466::70::98.57143::1.9E-10::+	SAV0509::70::100.0::7.3E-11::+	MW0464::70::98.57143::1.9E-10::+	SA0467::70::100.0::7.3E-11::+		SACOL0553::70::98.57143::1.9E-10::+
5QSA00010_H_6	GAAGAAGAAAAATTAGATATTCCACCAGAAGCTTTAAATTATATAGCAAATCAAATTCAATCTAATATTC	24.29	35	130	MSSA476	SAS0001	chromosomal replication initiator protein DnaA		SAR0001::70::100.0::7.6E-11::+	SAS0001::70::100.0::7.6E-11::+	SAV0001::70::100.0::7.6E-11::+	MW0001::70::100.0::7.6E-11::+	SA0001::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL0001::70::100.0::7.6E-11::+
5QSA00010_H_7	TAGTAGAAGAAAAAGTTTTTAAAGATCCGATACATCGATATATTCATGTTGAAGATCAATTGATATGGGA	28.57	32	89	Mu50	SAV0603	similar to dGTP triphosphohydrolase		SAR0611::70::98.57143::1.9E-10::+	SAS0571::70::98.57143::1.9E-10::+	SAV0603::70::100.0::7.3E-11::+	MW0566::70::98.57143::1.9E-10::+	SA0560::70::100.0::7.3E-11::+		SACOL0658::70::98.57143::1.9E-10::+
5QSA00010_H_8	TTTAGTCATAGATCATGATGCTGATGATAATATCGTGCTTTATGCTATAAGTAAAGACCGCCACGATTAC	35.71	29	128	Mu50	SAV0020	hypothetical protein		SAR0020::70::95.71428::1.3E-9::+	SAS0020::70::94.28571::3.4E-9::+	SAV0020::70::100.0::7.6E-11::+	MW0020::70::94.28571::3.4E-9::+	SA0019::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL0021::70::95.71428::1.3E-9::+
5QSA00010_H_9	TTATGTTGAAAATGATCTTTACGATGTTTTACCAAGTGATTTTAGTAAAAAAGATTATAAACTTGTAGTC	24.29	33	118	COL	SACOL0699	penicillin-binding protein 4	pbp4	SAR0652::70::100.0::7.3E-11::+	SAS0608::70::98.57143::1.9E-10::+	SAV0642::70::100.0::7.3E-11::+	MW0604::70::98.57143::1.9E-10::+	SA0598::70::100.0::7.3E-11::+		SACOL0699::70::100.0::7.3E-11::+
5QSA00010_I_1	TACATTGTCTTTAGGACTTATAAGTTTAATTATACCTTTACTAAGCTTAAGTAATATATTTATATCAGGA	22.86	31	129	MSSA476	SAS2382	putative membrane protein			SAS2382::70::100.0::6.8E-11::+		MW2415::70::100.0::6.8E-11::+			SACOL2504::70::95.71428::1.2E-9::+
5QSA00010_I_10	ATATCTTGAAACACGCAATGATATTCAAGGTGGTTCGTTAAAAACAGACTCAGGATTTGTAGTTATTCCA	34.29	30	81	MSSA476	SAS1887	putative capsid protein			SAS1887::70::100.0::7.1E-11::+,SAS1862::70::100.0::1.3E-10::-		MW1904::70::100.0::7.1E-11::+			
5QSA00010_I_11	TCAAATAGACGTACAGACCATTACGGTGCCGACTCATTAAAAAATCGTGCAAGATTATGTTTAGAAGTTA	35.71	30	87	Mu50	SAV0322	putative trimethylamine dehydrogenase		SAR0319::70::97.14286::4.7E-10::+	SAS0299::70::97.14286::4.6E-10::+	SAV0322::70::100.0::6.8E-11::+	MW0299::70::97.14286::4.6E-10::+	SA0311::70::100.0::6.8E-11::+		SACOL0392::70::97.14286::4.6E-10::+
5QSA00010_I_12	AGCTTCTATTCAACAAAAGGTTATTCCAGAACATTTGCTTGCTAGATTAACTACAATCATAACAAGTATT	30.0	31	87	MSSA476	SAS2262	putative membrane protein			SAS2262::70::100.0::7.1E-11::+		MW2292::70::100.0::7.1E-11::+			
5QSA00010_I_13	TTTTAAACGTACTAAAGACATTCTTAAATATTTAGGTGAACATAAAACATCACAGTATTTAATAGGCTTT	24.29	31	122	MSSA476	SAS1145	putative flavoprotein		SAR1187::70::100.0::6.8E-11::+	SAS1145::70::100.0::6.8E-11::+	SAV1211::70::100.0::6.8E-11::+	MW1094::70::100.0::6.8E-11::+	SA1054::70::100.0::6.8E-11::+		SACOL1223::70::100.0::6.8E-11::+
5QSA00010_I_14	GAGATTATTTATTCGCCTATAGTTTCAGAACAACGCTTTAAAATTATTCCTAAAGCTAAAAGAGGAACAT	30.0	31	104	Mu50	SAV0178	similar to integral membrane protein LmrP		SAR0179::70::98.57143::1.8E-10::+	SAS0153::70::98.57143::1.8E-10::+	SAV0178::70::100.0::7.1E-11::+	MW0152::70::98.57143::1.8E-10::+	SA0172::70::100.0::7.1E-11::+		SACOL0163::70::98.57143::1.8E-10::+
5QSA00010_I_15	TTTAAATAATAATTTCAAGCAATTTAATGATAATTTGCAATCATATTTTTCTAATTTCACACAAGCAGTA	20.0	36	124	MSSA476	SAS1826	putative lipoprotein		SAR1995::70::100.0::6.8E-11::+	SAS1826::70::100.0::6.8E-11::+	SAV1903::70::100.0::6.8E-11::+	MW1844::70::100.0::6.8E-11::+	SA1719::70::100.0::6.8E-11::+		SACOL1964::70::100.0::6.8E-11::+
5QSA00010_I_16	GCTATGAACATAGAAGATGGTCGTTTAAATGTCATTTTAATGGTCGGTGTGAATGGTGTTGGTAAAACAA	35.71	30	82	Mu50	SAV1235	signal recognition particle		SAR1211::70::97.14286::4.8E-10::+	SAS1169::70::97.14286::4.8E-10::+	SAV1235::70::100.0::7.1E-11::+	MW1118::70::97.14286::4.8E-10::+	SA1078::70::100.0::7.1E-11::+		SACOL1251::70::97.14286::4.8E-10::+
5QSA00010_I_17	TTTGGATAATAAATCTAAAGAAATTAATAAAGCGATTAAAGCACAACGTTTTAGTTTGAATTACCATTAT	22.86	32	116	MSSA476	SAS0263	putative membrane protein		SAR0284::70::97.14286::7.8E-10::+	SAS0263::70::100.0::1.2E-10::+	SAV0287::70::100.0::1.2E-10::+	MW0263::70::100.0::1.2E-10::+	SA0276::70::100.0::1.2E-10::+		SACOL0276::70::100.0::1.2E-10::+
5QSA00010_I_18	TTATATTGTCATTAATTACATCAAGGTAAAACTAAAATATCATGATGCATTAGATGCATTTGGTATTCAT	24.29	32	106	COL	SACOL2031	ammonium transporter family protein		SAR2130::69::92.753624::1.5E-8::+	SAS1948::69::98.55073::3.1E-10::+	SAV2043::70::100.0::7.1E-11::+	MW1967::69::98.55073::3.1E-10::+	SA1848::70::100.0::7.1E-11::+		SACOL2031::70::100.0::7.1E-11::+
5QSA00010_I_19	TAGACAATAAAATGAATAATCAAATGAATAGAATTGAGTTATTAAAAGAACGTAAAAAAGAACTATTACA	20.0	33	87	MSSA476	SAS1731	putative restriction modification DNA specificity protein			SAS1731::70::100.0::6.8E-11::+		MW1750::70::100.0::6.8E-11::+			SACOL1861::70::98.57143::1.8E-10::+
5QSA00010_I_2	TATTAATGTTAACAATTATGAATTTGAATTTTGAATTAAATGAAGTGTCTGATTATATCACTGTATTAAT	18.57	35	134	MSSA476	SAS1744	putative lantibiotic biosynthesis protein			SAS1744::70::100.0::7.0E-11::+		MW1763::70::100.0::7.0E-11::+			SACOL1876::70::100.0::7.0E-11::+
5QSA00010_I_20	ATTTATCTACAATGAGCATGAAGTTTATTACTTATCTAGTGGTTCAAACCCTAAATATAATGCTTATATG	27.14	31	123	COL	SACOL2409	fmhA protein	fmhA	SAR2501::69::97.10145::8.2E-10::+	SAS2302::69::100.0::1.2E-10::+	SAV2411::70::100.0::7.1E-11::+	MW2333::69::100.0::1.2E-10::+	SA2199::70::100.0::7.1E-11::+		SACOL2409::70::100.0::7.1E-11::+
5QSA00010_I_21	TTTGAAATTTATCGTTATAAGGACAATCCATATTCATTTGAAAAAGTTTCAATTTCGAGACAGGACACAA	28.57	32	104	Mu50	SAV0123	probable diaminopimelate decarboxylase protein		SAR0126::70::97.14286::4.7E-10::+	SAS0097::70::98.57143::1.8E-10::+	SAV0123::70::100.0::6.8E-11::+	MW0096::70::98.57143::1.8E-10::+	SA0119::70::100.0::6.8E-11::+		SACOL0107::70::97.14286::4.7E-10::+
5QSA00010_I_22	AATATTTATTTGGACAGGTAGGTATTGATCAAATTGCAGGACCAACAGAAATAGCACTGATTATTGACGA	34.29	32	103	MSSA476	SAS2563	putative histidinol dehydrogenase		SAR2760::70::98.57143::1.9E-10::+	SAS2563::70::100.0::7.1E-11::+	SAV2678::70::100.0::7.1E-11::+	MW2597::70::100.0::7.1E-11::+	SA2470::70::100.0::7.1E-11::+		SACOL2702::70::91.42857::2.2E-8::+
5QSA00010_I_23	AGTCGGGTGGTCATGCATCGCATACGCCTGAAACAGAAGAATATGGCATATCATCATTTGTATATAAACG	41.43	30	91	Mu50	SAV0450	putative cobalamin synthesis protein		SAR0450::70::92.85714::8.3E-9::+	SAS0408::70::92.85714::8.3E-9::+	SAV0450::70::100.0::6.8E-11::+	MW0406::70::92.85714::8.3E-9::+	SA0410::70::100.0::6.8E-11::+		SACOL0491::70::92.85714::8.3E-9::+
5QSA00010_I_24	AATGTTAAGTTTGAGGATATGCTAGACATCAAATTTTATTCGTTGGATGATATAAATGGTTTGTCACTGT	30.0	30	88	MW2	MW1906	portal protein			SAS1889::70::98.57143::1.8E-10::+,SAS1862::70::98.57143::3.4E-10::-		MW1906::70::100.0::7.1E-11::+			
5QSA00010_I_3	CAGTCCTAAAATAACCAATCCATTATTACATGAGTTTGGTACGAAAAAGTATCCAGATGAATATCGATAT	31.43	31	92	COL	SACOL1066	fmt protein		SAR1030::69::98.55073::3.0E-10::+	SAS0992::70::98.57143::1.8E-10::+	SAV1057::70::98.57143::1.8E-10::+	MW0940::70::98.57143::1.8E-10::+	SA0909::70::98.57143::1.8E-10::+		SACOL1066::70::100.0::6.8E-11::+
5QSA00010_I_4	GGAACGATTATCGATCAATTTAAATTGATGTTTAAAGATGGAGAAATTATTGATTTTTCAGCTGAAAAAG	27.14	33	97	Mu50	SAV1879	aminopeptidase ampS	ampS	SAR1969::70::97.14286::4.8E-10::+	SAS1801::70::95.71428::1.3E-9::+	SAV1879::70::100.0::7.1E-11::+	MW1819::70::95.71428::1.3E-9::+	SA1695::70::100.0::7.1E-11::+		SACOL1937::70::94.28571::3.3E-9::+
5QSA00010_I_5	AGCCATCGAAATTAAAGGAAGTATACAATAGTAAAGATCCAAAGTATAAGAAGATTGACCGGTATTTACA	31.43	31	77	MRSA252	SAR1030	autolysis and methicillin resistant-related protein	fmt	SAR1030::70::100.0::6.8E-11::+						
5QSA00010_I_6	CGAATCCAAAACCAGATCCAGATAACCCGAAACCAAAACCAGACCCAGATAAACCAAAGCCAAATCTGGA	44.29	34	54	Mu50	SAV2032	hypothetical protein				SAV2032::70::100.0::7.1E-11::+		SA1839::70::100.0::7.1E-11::+		
5QSA00010_I_7	AAACGTACATGCCTCTAGCAATTTATTTATCACATCAATTGGCAAAACGTTTATCTGATGTGCGTAAAGA	34.29	30	111	Mu50	SAV1790	S-adenosylmethionine synthetase	metK	SAR1870::70::95.71428::1.2E-9::+	SAS1711::70::95.71428::1.2E-9::+	SAV1790::70::100.0::6.8E-11::+	MW1728::70::95.71428::1.2E-9::+	SA1608::70::100.0::6.8E-11::+		SACOL1837::70::95.71428::1.2E-9::+
5QSA00010_I_8	GAAATTGGTGCTGGTGGACGAGAACATGCACTTGCATATAAACTTAATCAATCGAATCTAGTTAAACAAG	37.14	31	76	MW2	MW0957	phosphoribosylamine--glycine ligase PurD	purD	SAR1048::70::98.57143::1.8E-10::+	SAS1010::70::98.57143::1.8E-10::+		MW0957::70::100.0::7.1E-11::+			SACOL1083::70::98.57143::1.8E-10::+
5QSA00010_I_9	GTATATATTGATGAGTTAAAAGTACAATATGCACAAAATGATGAGTCACCTTTAGTTAATGAATTTTCAG	27.14	32	108	MSSA476	SAS1765	putative DNA repair exonuclease		SAR1935::70::98.57143::1.8E-10::+	SAS1765::70::100.0::6.8E-11::+	SAV1844::70::98.57143::1.8E-10::+	MW1785::70::100.0::6.8E-11::+	SA1662::70::98.57143::1.8E-10::+		SACOL1900::70::98.57143::1.8E-10::+
5QSA00010_J_1	ATTTAAAGAAGTTCCAGAATTAACAGATGAAATTGCTAATGAATTAGATGCAGAAGCAAATACAGTAGAC	30.0	33	84	MSSA476	SAS1604	trigger factor (prolyl isomerase)		SAR1755::70::98.57143::1.9E-10::+	SAS1604::70::100.0::7.3E-11::+	SAV1675::70::100.0::7.3E-11::+	MW1619::70::100.0::7.3E-11::+	SA1499::70::100.0::7.3E-11::+		SACOL1722::70::98.57143::1.9E-10::+
5QSA00010_J_10	TATTTCTAGTACCAATTCCAGTCGAACAAGATGGACAGAAGCAAACAACGTTGCCCGTAGCATTTTTAGC	41.43	30	70	Mu50	SAV2174	hypothetical protein		SAR2265::70::97.14286::5.2E-10::+	SAS2075::70::95.71428::1.3E-9::+	SAV2174::70::100.0::7.7E-11::+	MW2100::70::97.14286::5.2E-10::+	SA1976::70::100.0::7.7E-11::+		SACOL2164::70::97.14286::5.2E-10::+
5QSA00010_J_11	ATTACAAGAATATACAGTATTTACGTCATTGGTGGTGCAGCAGTTATAGCAATTGTTTTAGCATTCATTG	32.86	33	92	Mu50	SAV1199	uracil permease	pyrP	SAR1175::70::98.57143::1.9E-10::+	SAS1133::70::98.57143::1.9E-10::+	SAV1199::70::100.0::7.4E-11::+	MW1082::70::98.57143::1.9E-10::+	SA1042::70::100.0::7.4E-11::+		SACOL1211::70::98.57143::1.9E-10::+
5QSA00010_J_12	CTATTCCTGCATTATTACCTTTATATAAAGCGTTAAATATGAATAAATATTTATTGATTTTACTATTAGC	21.43	33	125	MSSA476	SAS2504	putative transporter protein		SAR2696::70::97.14286::5.2E-10::+	SAS2504::70::100.0::7.7E-11::+	SAV2618::70::100.0::7.7E-11::+	MW2538::70::100.0::7.7E-11::+	SA2411::70::100.0::7.7E-11::+		SACOL2636::70::100.0::7.7E-11::+
5QSA00010_J_13	TAATTCCAGGTTTAGAGAATGTTGATATTGTTAGATATGGTGTGATGCATAGAAATACCTTCATTAACTC	31.43	30	88	Mu50	SAV1251	glucose-inhibited division protein A	gid	SAR1227::70::98.57143::1.9E-10::+	SAS1185::70::98.57143::1.9E-10::+	SAV1251::70::100.0::7.4E-11::+	MW1134::70::98.57143::1.9E-10::+	SA1094::70::100.0::7.4E-11::+		SACOL1268::70::95.71428::1.3E-9::+
5QSA00010_J_14	GATTATTGCATAATGCGTTTAATGTAAGAATAGGTTGGTTAATTTTGCGATTACTTGCCGTTGTCTTTGC	34.29	31	73	MRSA252	SAR2265	putative membrane protein		SAR2265::70::100.0::7.7E-11::+						
5QSA00010_J_15	ATAAAGAAATATCTGACAAACATATAAAACTATCTATTGTTACCATTAATATCTCATTTCTATTTATCAG	21.43	35	132	MSSA476	SAS1929	putative sodium transport protein		SAR2111::70::98.57143::1.9E-10::+	SAS1929::70::100.0::7.4E-11::+	SAV2007::70::100.0::7.4E-11::+	MW1946::70::100.0::7.4E-11::+	SA1815::70::100.0::7.4E-11::+		SACOL2011::70::100.0::7.4E-11::+
5QSA00010_J_16	GGTCCGATGGCGCGGGTAGCTGCTGTTTTAAAAGCTAAAAGTGTCAATGAATTATGGTTTGGATTAATAC	41.43	29	85	MRSA252	SAR2696	putative transporter protein		SAR2696::70::100.0::7.7E-11::+		SAV2618::70::90.0::6.1E-8::+		SA2411::70::90.0::6.1E-8::+		SACOL2636::70::90.0::6.1E-8::+
5QSA00010_J_17	AGAAATGATTTTAAAAATTGCTGTCCCATTATTGACATTAATATATCCCGTGTCTATTGCACTTGTACTG	31.43	30	76	MSSA476	SAS0283	putative amino acid transport system		SAR0303::70::97.14286::5.0E-10::+	SAS0283::70::100.0::7.4E-11::+	SAV0306::70::97.14286::5.0E-10::+	MW0283::70::100.0::7.4E-11::+	SA0294::70::97.14286::5.0E-10::+		SACOL0302::69::97.10145::8.5E-10::+
5QSA00010_J_18	TACATCAACGTTCTTTATTCAATGAAGCACGTATTGCCGTTACTTTAATTCGTGGGAATCATTACTTTAA	32.86	30	90	Mu50	SAV0691	putative deoxyribodipyrimidine photolyase		SAR0744::70::94.28571::3.5E-9::+	SAS0656::70::95.71428::1.3E-9::+	SAV0691::70::100.0::7.7E-11::+	MW0653::70::95.71428::1.3E-9::+	SA0646::70::100.0::7.7E-11::+		SACOL0751::70::95.71428::1.3E-9::+
5QSA00010_J_19	AAATATTCAGTACTAAGAGCTTTAAAAGCGATTGAACGTTCAAATGTTGTTTTAGTGGTCATTGATGCAG	32.86	28	114	Mu50	SAV1475	GTP-binding protein EngA		SAR1484::70::98.57143::1.9E-10::+	SAS1416::70::97.14286::5.0E-10::+	SAV1475::70::100.0::7.4E-11::+	MW1364::70::97.14286::5.0E-10::+	SA1307::70::100.0::7.4E-11::+		SACOL1515::70::97.14286::5.0E-10::+
5QSA00010_J_2	ATAAAGATAATGATGCGTGAAGTAAGATTAGCGTTATTTGAGGCTGACGTAAACTTTAAAGTGGTAAAAG	32.86	33	90	Mu50	SAV1237	signal recognition particle homolog	ffh	SAR1213::70::98.57143::2.0E-10::+	SAS1171::70::98.57143::2.0E-10::+	SAV1237::70::100.0::7.6E-11::+	MW1120::70::98.57143::2.0E-10::+	SA1080::70::100.0::7.6E-11::+		SACOL1253::70::98.57143::2.0E-10::+
5QSA00010_J_20	TAAAAAACCAGATATGCTTGAAAGTGAAAAAGAAGAAGCGTTAAAGCCATTTATTTTACTTGTTGTAGAT	28.57	32	93	Mu50	SAV2141	hypothetical protein		SAR2229::70::98.57143::2.0E-10::+	SAS2044::70::98.57143::2.0E-10::+	SAV2141::70::100.0::7.7E-11::+	MW2065::70::98.57143::2.0E-10::+	SA1943::70::100.0::7.7E-11::+		SACOL2133::70::98.57143::2.0E-10::+
5QSA00010_J_21	GGTTACAAGTATTTAACAGATACTTATAAAAGCTATAAAGAAAAATATGATACAGCAAAGTACTACTATA	24.29	33	99	MSSA476	SAS2309	IgG-binding protein		SAR2508::70::100.0::7.4E-11::+	SAS2309::70::100.0::7.4E-11::+	SAV2418::70::100.0::7.2E-11::+	MW2341::70::100.0::7.4E-11::+	SA2206::70::100.0::7.4E-11::+		SACOL2418::70::100.0::7.4E-11::+
5QSA00010_J_22	CAACTGAATTGTTACTCTTATCCGAATTAGATAATCACCAACATTTATTATTCGATGATAAGATTCAAGT	28.57	31	156	Mu50	SAV2362	similar to two component histidine kinase sensor		SAR2448::70::98.57143::2.0E-10::+	SAS2253::70::98.57143::2.0E-10::+	SAV2362::70::100.0::7.7E-11::+	MW2283::70::98.57143::2.0E-10::+	SA2152::70::100.0::7.7E-11::+		SACOL2359::70::98.57143::2.0E-10::+
5QSA00010_J_23	AACATCTATATCAAGGTCAATTCTATAATTATTCTTATGCGATCCCTCTATTGCATGAACAACAACAAAT	30.0	31	79	MSSA476	SAS0026	putative type I restriction enzyme specificity protein			SAS0026::70::100.0::7.4E-11::+					
5QSA00010_J_24	CCCATGTCAGCAATTGTTGGACGCAAAGAGATTATGAATTGTTTAGAAGCACCAGCACATTTATTTACAA	37.14	33	102	Mu50	SAV2604	4-aminobutyrate aminotransferase		SAR2682::70::98.57143::2.0E-10::+	SAS2489::70::97.14286::5.1E-10::+	SAV2604::70::100.0::7.7E-11::+	MW2523::70::97.14286::5.2E-10::+	SA2397::70::100.0::7.7E-11::+		SACOL2620::70::98.57143::2.0E-10::+
5QSA00010_J_3	CACGTAACAGTTCGCTTTATGTGCACCCGCCACTATTTATGAATGACTTTTCATTGAAAGCCATTTTCGA	40.0	30	78	Mu50	SAV2468	hypothetical protein		SAR2555::70::94.28571::3.4E-9::+	SAS2359::70::95.71428::1.3E-9::+	SAV2468::70::100.0::7.3E-11::+	MW2392::70::95.71428::1.3E-9::+	SA2256::70::100.0::7.3E-11::+		SACOL2477::70::95.71428::1.2E-9::+
5QSA00010_J_4	GAAATCTTGACTAGTGAATATTTAAGGCCTGAGATTTGTAAAGAATTAAGGGAGAAATTAAAACAGTATC	30.0	31	86	MRSA252	SAR1884	hypothetical protein		SAR1884::70::100.0::7.6E-11::+						
5QSA00010_J_5	TATCGCAGTAGCACGTGCAGCAGCTGACTTATTAGGTCAACCACTTTACAAATATTTAGGTGGATTTAAT	38.57	32	91	MSSA476	SAS0742	putative enolase		SAR0832::70::98.57143::1.9E-10::+	SAS0742::70::100.0::7.3E-11::+	SAV0776::70::100.0::7.3E-11::+	MW0738::70::100.0::7.3E-11::+	SA0731::70::100.0::7.3E-11::+		SACOL0842::70::100.0::7.3E-11::+
5QSA00010_J_6	AGAACTAACGCAAGAAGAATTAATGAAAGCTATTAAAGCTATTAAAGCAAGAATAGCTAAGCATAAGTAA	28.57	34	108	MSSA476	SAS0928	hypothetical phage protein			SAS0928::70::100.0::7.6E-11::+					
5QSA00010_J_7	AACTCATTACGAGTATTTGGTTCATTTGGCAACATAGTATTTGGTATGACAGTGATACTTGCATGTTTAA	32.86	30	85	Mu50	SAV0306	similar to branched-chain amino acid transport system II				SAV0306::70::100.0::7.4E-11::+		SA0294::70::100.0::7.4E-11::+		
5QSA00010_J_8	GCTCTGATGAACAAGGTATTGTTCACATGGTAGGACCTGAGACAGGACTTACACAGCCCGGCAAAACAAT	47.14	29	81	Mu50	SAV2059	isopropylmalate isomerase large subunit	leuC	SAR2146::70::95.71428::1.3E-9::+	SAS1964::70::94.28571::3.5E-9::+	SAV2059::70::100.0::7.7E-11::+	MW1983::70::94.28571::3.5E-9::+	SA1864::70::100.0::7.7E-11::+		SACOL2048::70::95.71428::1.3E-9::+
5QSA00010_J_9	AGAAACAGATGGTTATATCCTTAAACATGGTGTTATGAAAGAACATGCATCATCTGTATTTAATGGTATC	31.43	32	111	Mu50	SAV0843	similar to ABC transporter-associated protein		SAR0877::70::98.57143::1.9E-10::+	SAS0785::70::98.57143::1.9E-10::+	SAV0843::70::100.0::7.4E-11::+	MW0796::70::98.57143::1.9E-10::+	SA0775::70::100.0::7.4E-11::+		SACOL0915::70::98.57143::1.9E-10::+
5QSA00010_K_1	TTAATGTAACTGAACCAATTGATTTAGAATTGTTGATTGCTATAGTGTCAGTTAAATTTGATATTAATTA	22.86	33	126	Mu50	SAV1457	putative poly(A) polymerase		SAR1468::70::97.14286::4.7E-10::+	SAS1400::70::97.14286::4.7E-10::+	SAV1457::70::100.0::6.8E-11::+	MW1347::70::97.14286::4.7E-10::+	SA1290::7