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Platform GPL33022 Query DataSets for GPL33022
Status Public on Jan 15, 2023
Title Illumina Infinium MethylationEPIC version 2
Technology type oligonucleotide beads
Distribution commercial
Organism Homo sapiens
Manufacturer Illumina, Inc.
Manufacture protocol See manufacturer's website
 
 
Submission date Jan 15, 2023
Last update date Jan 15, 2023
Organization Illumina Inc.
E-mail(s) expression@illumina.com, techsupport@illumina.com
Phone 1 800 809 4566
URL http://www.illumina.com
Street address 9885 Towne Centre Drive
City San Diego
State/province CA
ZIP/Postal code 92121
Country USA
 
Samples (741) GSM6935221, GSM6935222, GSM6935223, GSM6935224, GSM6935225, GSM6935226 
Series (13)
GSE222919 Validation of the upgraded EPIC DNA methylation microarray (900K EPIC v2.0) for high-throughput profiling of the human DNA methylome
GSE228820 Evaluating The Infinium Human MethylationEPIC v2 BeadChip
GSE229715 The brain tumor classifications based on machine learning models trained with older version of methylation microarray chip compatible with the new EPIC v2 illumina’s chip.

Data table header descriptions
ID
SPOT_ID
Name
AddressA_ID
AlleleA_ProbeSeq
AddressB_ID
AlleleB_ProbeSeq
Next_Base
Color_Channel
col
Probe_Type
Strand_FR
Strand_TB
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Infinium_Design
Infinium_Design_Type
CHR
MAPINFO
Species
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Regulatory_Feature_Group
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Methyl27_Loci
EPICv1_Loci
Manifest_probe_match
SNP_ID
SNP_DISTANCE
SNP_MinorAlleleFrequency

Data table
ID SPOT_ID Name AddressA_ID AlleleA_ProbeSeq AddressB_ID AlleleB_ProbeSeq Next_Base Color_Channel col Probe_Type Strand_FR Strand_TB Strand_CO Infinium_Design Infinium_Design_Type CHR MAPINFO Species Genome_Build Source_Seq Forward_Sequence Top_Sequence Rep_Num UCSC_RefGene_Group UCSC_RefGene_Name UCSC_RefGene_Accession UCSC_CpG_Islands_Name Relation_to_UCSC_CpG_Island GencodeV41_Group GencodeV41_Name GencodeV41_Accession Phantom5_Enhancers HMM_Island Regulatory_Feature_Name Regulatory_Feature_Group 450k_Enhancer DMR DNase_Hypersensitivity_NAME Encode_CisReg_Site Encode_CisReg_Site_Evid OpenChromatin_NAME OpenChromatin_Evidence_Count Methyl450_Loci Methyl27_Loci EPICv1_Loci Manifest_probe_match SNP_ID SNP_DISTANCE SNP_MinorAlleleFrequency
cg25324105_BC11 cg25324105_BC11 cg25324105 1754126 ATTTATAAACTAATAACCCAAAATACATTTCCCAAAAACCTTCACAACCA 99753217 GTTTATAAACTAATAACCCGAAATACATTTCCCAAAAACCTTCGCGACCG A Red R cg F B C 1 I chr19 37692358 Human GRCh38 GTTTGTGGGCTGGTAGCCCGGAATACATTTCCCAGAGGCCTTCGCGGCCG CGGTTCCGCCGCGTTTGTGGGCTGGTAGCCCGGAATACATTTCCCAGAGGCCTTCGCGGC[CG]ACGTGCTTCGCGCAGGAACGCAGCCGCCTCCCGACTGGAGGACGCGGTAGCGGAGCTGCT AGCAGCTCCGCTACCGCGTCCTCCAGTCGGGAGGCGGCTGCGTTCCTGCGCGAAGCACGT[CG]GCCGCGAAGGCCTCTGGGAAATGTATTCCGGGCTACCAGCCCACAAACGCGGCGGAACCG 1 TSS200;TSS200;TSS200;TSS200 ZNF781;ZNF781;ZNF781;ZNF781 NR_173332.1;NR_173331.1;NR_173330.1;NR_173329.1 chr19:37691892-37692426 Island TSS200;TSS200;TSS200;TSS200;TSS200;TSS200;TSS200 ENSG00000120784.17;ENSG00000120784.17;ENSG00000120784.17;ENSG00000196381.12;ENSG00000196381.12;ENSG00000196381.12;ENSG00000196381.12 ENST00000587199.5;ENST00000589676.5;ENST00000586732.1;ENST00000358582.9;ENST00000590008.5;ENST00000593040.5;ENST00000585624.1 19:38182603-38183622 Unclassified_Cell_type_specific TRUE DMR EH38D5131145 EH38E3303729|DNase-only;EH38E3303729|Low-DNase;EH38E3303729|PLS;EH38E3303729|PLS/CTCF-bound 1;18;46;22 Het;Quies;TssA;TxWk;TssFlnkU;ZNF/Rpts;TssFlnk;Tx;TssBiv;EnhA2;TssFlnkD 261;34;540;408;120;186;50;42;12;3;7 cg25324105 cg25324105 TRUE
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