NCBI Logo
GEO Logo
   NCBI > GEO > Accession DisplayHelp Not logged in | LoginHelp
GEO help: Mouse over screen elements for information.
          Go
Platform GPL18233 Query DataSets for GPL18233
Status Public on Jan 29, 2014
Title [MoGene-2_0-st] Affymetrix Mouse Gene 2.0 ST Array [probe set (exon) version]
Technology type in situ oligonucleotide
Distribution commercial
Organism Mus musculus
Manufacturer Affymetrix
Manufacture protocol See manufacturer's web site

 
Description Affymetrix submissions are typically submitted to GEO using the GEOarchive method described at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/geo/info/geo_affy.html

#%create_date=Thu Mar 28 11:12:16 2013 PDT
#%chip_type=MoGene-2_0-st-v1
#%lib_set_name=MoGene-2_0-st
#%lib_set_version=v1
#%genome-species=Mus musculus
#%genome-version=mm10
#%genome-version-ucsc=mm10
#%genome-version-ncbi=38
#%genome-version-create_date=2011-12-00
#%genome-lifted-method=liftOver
#%genome-lifted_from-species=Mus musculus
#%genome-lifted_from-version-ucsc=mm10
#%genome-lifted_from-version-ncbi=38
#%netaffx-annotation-date=2012-09-30
#%netaffx-annotation-netaffx-build=33

 
Web link http://www.affymetrix.com/support/technical/libraryfilesmain.affx
Submission date Jan 29, 2014
Last update date May 12, 2014
Organization Affymetrix, Inc.
E-mail(s) geo@ncbi.nlm.nih.gov, support@affymetrix.com
Phone 888-362-2447
URL http://www.affymetrix.com/index.affx
Street address
City Santa Clara
State/province CA
ZIP/Postal code 95051
Country USA
 
Samples (339) GSM1318161, GSM1318162, GSM1318163, GSM1318164, GSM1318165, GSM1318166 
Series (26)
GSE54519 Mouse male and female astrocytoma cells stably transfected with shRNA targeting Cdca7l
GSE67034 Common lymphoid progenitor-independent pathways of innate and T lymphocyte development
GSE70729 Role of the histone demethylase KDM2B in hematopoietic homeostasis and malignancies

Data table header descriptions
ID probe set id
seqname
strand
start
stop
probe_count
transcript_cluster_id
exon_id
psr_id
gene_assignment
mrna_assignment
crosshyb_type
number_independent_probes
number_cross_hyb_probes
number_nonoverlapping_probes
level
bounded
noBoundedEvidence
has_cds
fl
mrna
est
vegaGene
vegaPseudoGene
ensGene
sgpGene
exoniphy
twinscan
geneid
genscan
genscanSubopt
human_fl
human_mrna
rat_fl
rat_mrna
microRNAregistry
rnaGene
mitomap
probeset_type
SPOT_ID

Data table
ID seqname strand start stop probe_count transcript_cluster_id exon_id psr_id gene_assignment mrna_assignment crosshyb_type number_independent_probes number_cross_hyb_probes number_nonoverlapping_probes level bounded noBoundedEvidence has_cds fl mrna est vegaGene vegaPseudoGene ensGene sgpGene exoniphy twinscan geneid genscan genscanSubopt human_fl human_mrna rat_fl rat_mrna microRNAregistry rnaGene mitomap probeset_type SPOT_ID
17210851 chr1 + 3102029 3102110 8 17210850 2311773 1691774 --- ENSMUST00000082908 // chr1 // 100 // 8 // 8 // 0 3 0 7 0 --- 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 main chr1(+):3102029-3102110
17210853 chr1 + 3466587 3466687 13 17210852 2311775 1691777 --- ENSMUST00000161581 // chr1 // 100 // 13 // 13 // 0 1 0 0 0 --- 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 main chr1(+):3466587-3466687
17210854 chr1 + 3513415 3513552 10 17210852 2311776 1691779 --- ENSMUST00000161581 // chr1 // 100 // 10 // 10 // 0 1 0 0 1 --- 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 main chr1(+):3513415-3513552
17210857 chr1 + 4807919 4807944 2 17210855 2311780 1691788 NM_008866 // Lypla1 /// ENSMUST00000027036 // Lypla1 /// CT010201 // Lypla1 /// BC013536 // Lypla1 /// BC052848 // Lypla1 /// U89352 // Lypla1 /// ENSMUST00000134384 // Lypla1 /// ENSMUST00000155020 // Lypla1 /// ENSMUST00000150971 // Lypla1 /// AK050549 // Lypla1 /// AK167231 // Lypla1 /// ENSMUST00000137887 // Lypla1 /// ENSMUST00000115529 // Lypla1 /// ENSMUST00000119612 // Lypla1 NM_008866 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000027036 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// CT010201 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// BC013536 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// BC052848 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// U89352 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000134384 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000155020 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000150971 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// AK050549 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// AK167231 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000137887 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000115529 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000119612 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 1 0 0 0 --- 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 main chr1(+):4807919-4807944
17210858 chr1 + 4808250 4808332 3 17210855 2311781 1691790 ENSMUST00000131119 // Lypla1 ENSMUST00000131119 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 1 0 0 1 --- 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 main chr1(+):4808250-4808332
17210859 chr1 + 4808461 4808486 2 17210855 2311782 1691792 NM_008866 // Lypla1 /// ENSMUST00000027036 // Lypla1 /// CT010201 // Lypla1 /// BC013536 // Lypla1 /// BC052848 // Lypla1 /// U89352 // Lypla1 /// ENSMUST00000150971 // Lypla1 /// AK050549 // Lypla1 /// AK167231 // Lypla1 /// ENSMUST00000137887 // Lypla1 /// ENSMUST00000115529 // Lypla1 /// ENSMUST00000119612 // Lypla1 /// ENSMUST00000131119 // Lypla1 NM_008866 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000027036 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// CT010201 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// BC013536 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// BC052848 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// U89352 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000150971 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// AK050549 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// AK167231 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000137887 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000115529 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000119612 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000131119 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 1 0 0 0 --- 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 main chr1(+):4808461-4808486
17210860 chr1 + 4828584 4828623 3 17210855 2311783 1691794 NM_008866 // Lypla1 /// ENSMUST00000027036 // Lypla1 /// CT010201 // Lypla1 /// BC013536 // Lypla1 /// BC052848 // Lypla1 /// U89352 // Lypla1 /// ENSMUST00000134384 // Lypla1 /// ENSMUST00000155020 // Lypla1 /// ENSMUST00000150971 // Lypla1 /// AK050549 // Lypla1 /// AK167231 // Lypla1 /// ENSMUST00000137887 // Lypla1 /// ENSMUST00000115529 // Lypla1 /// ENSMUST00000119612 // Lypla1 /// ENSMUST00000131119 // Lypla1 NM_008866 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// ENSMUST00000027036 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// CT010201 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// BC013536 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// BC052848 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// U89352 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// ENSMUST00000134384 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// ENSMUST00000155020 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// ENSMUST00000150971 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// AK050549 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// AK167231 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// ENSMUST00000137887 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// ENSMUST00000115529 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// ENSMUST00000119612 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// ENSMUST00000131119 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 1 0 0 0 --- 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 main chr1(+):4828584-4828623
17210862 chr1 + 4832311 4832341 2 17210855 2311785 1691800 NM_008866 // Lypla1 /// ENSMUST00000027036 // Lypla1 /// CT010201 // Lypla1 /// BC013536 // Lypla1 /// BC052848 // Lypla1 /// U89352 // Lypla1 /// ENSMUST00000134384 // Lypla1 /// ENSMUST00000155020 // Lypla1 /// ENSMUST00000150971 // Lypla1 /// AK050549 // Lypla1 /// AK167231 // Lypla1 /// ENSMUST00000137887 // Lypla1 /// ENSMUST00000115529 // Lypla1 /// ENSMUST00000119612 // Lypla1 /// ENSMUST00000131119 // Lypla1 NM_008866 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000027036 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// CT010201 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// BC013536 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// BC052848 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// U89352 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000134384 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000155020 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000150971 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// AK050549 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// AK167231 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000137887 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000115529 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000119612 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000131119 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// GENSCAN00000010943 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 1 0 0 0 --- 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 main chr1(+):4832311-4832341
17210864 chr1 + 4839387 4839461 2 17210855 2311787 1691805 NM_008866 // Lypla1 /// ENSMUST00000027036 // Lypla1 /// CT010201 // Lypla1 /// BC013536 // Lypla1 /// BC052848 // Lypla1 /// U89352 // Lypla1 /// ENSMUST00000134384 // Lypla1 /// ENSMUST00000155020 // Lypla1 /// ENSMUST00000150971 // Lypla1 /// ENSMUST00000141278 // Lypla1 /// AK050549 // Lypla1 /// AK034851 // Lypla1 /// AK167231 // Lypla1 /// ENSMUST00000137887 // Lypla1 /// ENSMUST00000131119 // Lypla1 NM_008866 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000027036 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// CT010201 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// BC013536 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// BC052848 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// U89352 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000134384 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000155020 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000150971 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000141278 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// AK050549 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// AK034851 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// AK167231 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000137887 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000131119 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 1 0 0 2 --- 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 main chr1(+):4839387-4839461
17210865 chr1 + 4840957 4840999 3 17210855 2311788 1691807 NM_008866 // Lypla1 /// ENSMUST00000027036 // Lypla1 /// CT010201 // Lypla1 /// BC013536 // Lypla1 /// U89352 // Lypla1 /// BC052848 // Lypla1 /// ENSMUST00000134384 // Lypla1 /// ENSMUST00000155020 // Lypla1 /// ENSMUST00000150971 // Lypla1 /// ENSMUST00000141278 // Lypla1 /// AK050549 // Lypla1 /// AK034851 // Lypla1 /// ENSMUST00000115529 // Lypla1 /// ENSMUST00000131119 // Lypla1 NM_008866 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// ENSMUST00000027036 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// CT010201 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// BC013536 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// U89352 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// BC052848 // chr1 // 67 // 2 // 3 // 0 /// ENSMUST00000134384 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// ENSMUST00000155020 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// ENSMUST00000150971 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// ENSMUST00000141278 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// AK050549 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// AK034851 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// ENSMUST00000115529 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// ENSMUST00000131119 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// GENSCAN00000010943 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 1 0 0 0 --- 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 main chr1(+):4840957-4840999
17210867 chr1 + 4844992 4845016 1 17210855 2311789 1691810 NM_008866 // Lypla1 /// ENSMUST00000027036 // Lypla1 /// BC013536 // Lypla1 /// BC052848 // Lypla1 /// U89352 // Lypla1 /// AK167231 // Lypla1 /// ENSMUST00000115529 // Lypla1 /// ENSMUST00000119612 // Lypla1 NM_008866 // chr1 // 100 // 1 // 1 // 0 /// ENSMUST00000027036 // chr1 // 100 // 1 // 1 // 0 /// BC013536 // chr1 // 100 // 1 // 1 // 0 /// BC052848 // chr1 // 100 // 1 // 1 // 0 /// U89352 // chr1 // 100 // 1 // 1 // 0 /// AK167231 // chr1 // 100 // 1 // 1 // 0 /// ENSMUST00000115529 // chr1 // 100 // 1 // 1 // 0 /// ENSMUST00000119612 // chr1 // 100 // 1 // 1 // 0 1 0 0 1 --- 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 main chr1(+):4844992-4845016
17210868 chr1 + 4845569 4845790 2 17210855 2311789 1691812 NM_008866 // Lypla1 /// ENSMUST00000027036 // Lypla1 /// BC013536 // Lypla1 /// BC052848 // Lypla1 /// AK167231 // Lypla1 NM_008866 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000027036 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// BC013536 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// BC052848 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// AK167231 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 1 0 0 2 --- 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 main chr1(+):4845569-4845790
17210870 chr1 + 4857707 4857769 2 17210869 2311791 1691816 NM_011541 // Tcea1 /// NM_001159750 // Tcea1 /// ENSMUST00000081551 // Tcea1 NM_011541 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// NM_001159750 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000081551 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 1 0 0 2 --- 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 main chr1(+):4857707-4857769
17210871 chr1 + 4857918 4857946 2 17210869 2311791 1691818 NM_011541 // Tcea1 /// NM_001159750 // Tcea1 /// ENSMUST00000081551 // Tcea1 /// M18210 // Tcea1 NM_011541 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// NM_001159750 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000081551 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// M18210 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 1 0 0 0 --- 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 main chr1(+):4857918-4857946
17210872 chr1 + 4858359 4858406 3 17210869 2311792 1691820 NM_001159751 // Tcea1 /// ENSMUST00000165720 // Tcea1 NM_001159751 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 /// ENSMUST00000165720 // chr1 // 100 // 3 // 3 // 0 1 0 0 0 --- 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 main chr1(+):4858359-4858406
17210873 chr1 + 4858412 4858444 2 17210869 2311792 1691822 NM_001159751 // Tcea1 /// ENSMUST00000165720 // Tcea1 NM_001159751 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000165720 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 1 0 0 0 --- 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 main chr1(+):4858412-4858444
17210874 chr1 + 4867470 4867531 2 17210869 2311793 1691824 NM_001159751 // Tcea1 /// NM_011541 // Tcea1 /// NM_001159750 // Tcea1 /// ENSMUST00000081551 // Tcea1 /// ENSMUST00000165720 // Tcea1 /// M18210 // Tcea1 NM_001159751 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// NM_011541 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// NM_001159750 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000081551 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000165720 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// M18210 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 1 0 0 2 --- 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 main chr1(+):4867470-4867531
17210876 chr1 + 4886746 4886809 2 17210869 2311795 1691828 NM_001159751 // Tcea1 /// NM_011541 // Tcea1 /// NM_001159750 // Tcea1 /// ENSMUST00000081551 // Tcea1 /// ENSMUST00000165720 // Tcea1 /// M18210 // Tcea1 NM_001159751 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// NM_011541 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// NM_001159750 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000081551 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000165720 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// M18210 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 1 0 0 2 --- 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 main chr1(+):4886746-4886809
17210877 chr1 + 4889546 4889581 2 17210869 2311796 1691831 NM_001159751 // Tcea1 /// NM_011541 // Tcea1 /// NM_001159750 // Tcea1 /// ENSMUST00000081551 // Tcea1 /// ENSMUST00000165720 // Tcea1 /// M18210 // Tcea1 NM_001159751 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// NM_011541 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// NM_001159750 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000081551 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// ENSMUST00000165720 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 /// M18210 // chr1 // 100 // 2 // 2 // 0 1 0 0 0 --- 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 main chr1(+):4889546-4889581
17210878 chr1 + 4890770 4890794 1 17210869 2311797 1691833 NM_001159751 // Tcea1 /// NM_011541 // Tcea1 /// NM_001159750 // Tcea1 /// ENSMUST00000081551 // Tcea1 /// ENSMUST00000165720 // Tcea1 /// M18210 // Tcea1 NM_001159751 // chr1 // 100 // 1 // 1 // 0 /// NM_011541 // chr1 // 100 // 1 // 1 // 0 /// NM_001159750 // chr1 // 100 // 1 // 1 // 0 /// ENSMUST00000081551 // chr1 // 100 // 1 // 1 // 0 /// ENSMUST00000165720 // chr1 // 100 // 1 // 1 // 0 /// M18210 // chr1 // 100 // 1 // 1 // 0 1 0 0 1 --- 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 main chr1(+):4890770-4890794

Total number of rows: 269751

Table truncated, full table size 132195 Kbytes.




Download family Format
SOFT formatted family file(s) SOFTHelp
MINiML formatted family file(s) MINiMLHelp

Supplementary data files not provided

| NLM | NIH | GEO Help | Disclaimer | Accessibility |
NCBI Home NCBI Search NCBI SiteMap