Genetic impact of vaccination on breakthrough HIV-1 sequences from the STEP trial

Nat Med. 2011 Mar;17(3):366-71. doi: 10.1038/nm.2316. Epub 2011 Feb 27.

Abstract

We analyzed HIV-1 genome sequences from 68 newly infected volunteers in the STEP HIV-1 vaccine trial. To determine whether the vaccine exerted selective T cell pressure on breakthrough viruses, we identified potential T cell epitopes in the founder sequences and compared them to epitopes in the vaccine. We found greater distances to the vaccine sequence for sequences from vaccine recipients than from placebo recipients. The most significant signature site distinguishing vaccine from placebo recipients was Gag amino acid 84, a site encompassed by several epitopes contained in the vaccine and restricted by human leukocyte antigen (HLA) alleles common in the study cohort. Moreover, the extended divergence was confined to the vaccine components of the virus (HIV-1 Gag, Pol and Nef) and not found in other HIV-1 proteins. These results represent what is to our knowledge the first evidence of selective pressure from vaccine-induced T cell responses on HIV-1 infection in humans.

Publication types

  • Research Support, N.I.H., Extramural

MeSH terms

  • AIDS Vaccines / administration & dosage*
  • Epitopes / chemistry
  • Female
  • HIV Infections / immunology
  • HIV-1 / chemistry
  • HIV-1 / classification
  • HIV-1 / genetics*
  • Humans
  • Male
  • Molecular Sequence Data
  • Phylogeny
  • Placebos
  • T-Lymphocytes, Cytotoxic / immunology

Substances

  • AIDS Vaccines
  • Epitopes
  • Placebos

Associated data

  • GENBANK/JF320002
  • GENBANK/JF320003
  • GENBANK/JF320004
  • GENBANK/JF320005
  • GENBANK/JF320006
  • GENBANK/JF320007
  • GENBANK/JF320008
  • GENBANK/JF320009
  • GENBANK/JF320010
  • GENBANK/JF320011
  • GENBANK/JF320012
  • GENBANK/JF320013
  • GENBANK/JF320014
  • GENBANK/JF320015
  • GENBANK/JF320016
  • GENBANK/JF320017
  • GENBANK/JF320018
  • GENBANK/JF320019
  • GENBANK/JF320020
  • GENBANK/JF320021
  • GENBANK/JF320022
  • GENBANK/JF320023
  • GENBANK/JF320024
  • GENBANK/JF320025
  • GENBANK/JF320026
  • GENBANK/JF320027
  • GENBANK/JF320028
  • GENBANK/JF320029
  • GENBANK/JF320030
  • GENBANK/JF320031
  • GENBANK/JF320032
  • GENBANK/JF320033
  • GENBANK/JF320034
  • GENBANK/JF320035
  • GENBANK/JF320036
  • GENBANK/JF320037
  • GENBANK/JF320038
  • GENBANK/JF320039
  • GENBANK/JF320040
  • GENBANK/JF320041
  • GENBANK/JF320042
  • GENBANK/JF320043
  • GENBANK/JF320044
  • GENBANK/JF320045
  • GENBANK/JF320046
  • GENBANK/JF320047
  • GENBANK/JF320048
  • GENBANK/JF320049
  • GENBANK/JF320050
  • GENBANK/JF320051
  • GENBANK/JF320052
  • GENBANK/JF320053
  • GENBANK/JF320054
  • GENBANK/JF320055
  • GENBANK/JF320056
  • GENBANK/JF320057
  • GENBANK/JF320058
  • GENBANK/JF320059
  • GENBANK/JF320060
  • GENBANK/JF320061
  • GENBANK/JF320062
  • GENBANK/JF320063
  • GENBANK/JF320064
  • GENBANK/JF320065
  • GENBANK/JF320066
  • GENBANK/JF320067
  • GENBANK/JF320068
  • GENBANK/JF320069
  • GENBANK/JF320070
  • GENBANK/JF320071
  • GENBANK/JF320072
  • GENBANK/JF320073
  • GENBANK/JF320074
  • GENBANK/JF320075
  • GENBANK/JF320076
  • GENBANK/JF320077
  • GENBANK/JF320078
  • GENBANK/JF320079
  • GENBANK/JF320080
  • GENBANK/JF320081
  • GENBANK/JF320082
  • GENBANK/JF320083
  • GENBANK/JF320084
  • GENBANK/JF320085
  • GENBANK/JF320086
  • GENBANK/JF320087
  • GENBANK/JF320088
  • GENBANK/JF320089
  • GENBANK/JF320090
  • GENBANK/JF320091
  • GENBANK/JF320092
  • GENBANK/JF320093
  • GENBANK/JF320094
  • GENBANK/JF320095
  • GENBANK/JF320096
  • GENBANK/JF320097
  • GENBANK/JF320098
  • GENBANK/JF320099
  • GENBANK/JF320100
  • GENBANK/JF320101
  • GENBANK/JF320102
  • GENBANK/JF320103
  • GENBANK/JF320104
  • GENBANK/JF320105
  • GENBANK/JF320106
  • GENBANK/JF320107
  • GENBANK/JF320108
  • GENBANK/JF320109
  • GENBANK/JF320110
  • GENBANK/JF320111
  • GENBANK/JF320112
  • GENBANK/JF320113
  • GENBANK/JF320114
  • GENBANK/JF320115
  • GENBANK/JF320116
  • GENBANK/JF320117
  • GENBANK/JF320118
  • GENBANK/JF320119
  • GENBANK/JF320120
  • GENBANK/JF320121
  • GENBANK/JF320122
  • GENBANK/JF320123
  • GENBANK/JF320124
  • GENBANK/JF320125
  • GENBANK/JF320126
  • GENBANK/JF320127
  • GENBANK/JF320128
  • GENBANK/JF320129
  • GENBANK/JF320130
  • GENBANK/JF320131
  • GENBANK/JF320132
  • GENBANK/JF320133
  • GENBANK/JF320134
  • GENBANK/JF320135
  • GENBANK/JF320136
  • GENBANK/JF320137
  • GENBANK/JF320138
  • GENBANK/JF320139
  • GENBANK/JF320140
  • GENBANK/JF320141
  • GENBANK/JF320142
  • GENBANK/JF320143
  • GENBANK/JF320144
  • GENBANK/JF320145
  • GENBANK/JF320146
  • GENBANK/JF320147
  • GENBANK/JF320148
  • GENBANK/JF320149
  • GENBANK/JF320150
  • GENBANK/JF320151
  • GENBANK/JF320152
  • GENBANK/JF320153
  • GENBANK/JF320154
  • GENBANK/JF320155
  • GENBANK/JF320156
  • GENBANK/JF320157
  • GENBANK/JF320158
  • GENBANK/JF320159
  • GENBANK/JF320160
  • GENBANK/JF320161
  • GENBANK/JF320162
  • GENBANK/JF320163
  • GENBANK/JF320164
  • GENBANK/JF320165
  • GENBANK/JF320166
  • GENBANK/JF320167
  • GENBANK/JF320168
  • GENBANK/JF320169
  • GENBANK/JF320170
  • GENBANK/JF320171
  • GENBANK/JF320172
  • GENBANK/JF320173
  • GENBANK/JF320174
  • GENBANK/JF320175
  • GENBANK/JF320176
  • GENBANK/JF320177
  • GENBANK/JF320178
  • GENBANK/JF320179
  • GENBANK/JF320180
  • GENBANK/JF320181
  • GENBANK/JF320182
  • GENBANK/JF320183
  • GENBANK/JF320184
  • GENBANK/JF320185
  • GENBANK/JF320186
  • GENBANK/JF320187
  • GENBANK/JF320188
  • GENBANK/JF320189
  • GENBANK/JF320190
  • GENBANK/JF320191
  • GENBANK/JF320192
  • GENBANK/JF320193
  • GENBANK/JF320194
  • GENBANK/JF320195
  • GENBANK/JF320196
  • GENBANK/JF320197
  • GENBANK/JF320198
  • GENBANK/JF320199
  • GENBANK/JF320200
  • GENBANK/JF320201
  • GENBANK/JF320202
  • GENBANK/JF320203
  • GENBANK/JF320204
  • GENBANK/JF320205
  • GENBANK/JF320206
  • GENBANK/JF320207
  • GENBANK/JF320208
  • GENBANK/JF320209
  • GENBANK/JF320210
  • GENBANK/JF320211
  • GENBANK/JF320212
  • GENBANK/JF320213
  • GENBANK/JF320214
  • GENBANK/JF320215
  • GENBANK/JF320216
  • GENBANK/JF320217
  • GENBANK/JF320218
  • GENBANK/JF320219
  • GENBANK/JF320220
  • GENBANK/JF320221
  • GENBANK/JF320222
  • GENBANK/JF320223
  • GENBANK/JF320224
  • GENBANK/JF320225
  • GENBANK/JF320226
  • GENBANK/JF320227
  • GENBANK/JF320228
  • GENBANK/JF320229
  • GENBANK/JF320230
  • GENBANK/JF320231
  • GENBANK/JF320232
  • GENBANK/JF320233
  • GENBANK/JF320234
  • GENBANK/JF320235
  • GENBANK/JF320236
  • GENBANK/JF320237
  • GENBANK/JF320238
  • GENBANK/JF320239
  • GENBANK/JF320240
  • GENBANK/JF320241
  • GENBANK/JF320242
  • GENBANK/JF320243
  • GENBANK/JF320244
  • GENBANK/JF320245
  • GENBANK/JF320246
  • GENBANK/JF320247
  • GENBANK/JF320248
  • GENBANK/JF320249
  • GENBANK/JF320250
  • GENBANK/JF320251
  • GENBANK/JF320252
  • GENBANK/JF320253
  • GENBANK/JF320254
  • GENBANK/JF320255
  • GENBANK/JF320256
  • GENBANK/JF320257
  • GENBANK/JF320258
  • GENBANK/JF320259
  • GENBANK/JF320260
  • GENBANK/JF320261
  • GENBANK/JF320262
  • GENBANK/JF320263
  • GENBANK/JF320264
  • GENBANK/JF320265
  • GENBANK/JF320266
  • GENBANK/JF320267
  • GENBANK/JF320268
  • GENBANK/JF320269
  • GENBANK/JF320270
  • GENBANK/JF320271
  • GENBANK/JF320272
  • GENBANK/JF320273
  • GENBANK/JF320274
  • GENBANK/JF320275
  • GENBANK/JF320276
  • GENBANK/JF320277
  • GENBANK/JF320278
  • GENBANK/JF320279
  • GENBANK/JF320280
  • GENBANK/JF320281
  • GENBANK/JF320282
  • GENBANK/JF320283
  • GENBANK/JF320284
  • GENBANK/JF320285
  • GENBANK/JF320286
  • GENBANK/JF320287
  • GENBANK/JF320288
  • GENBANK/JF320289
  • GENBANK/JF320290
  • GENBANK/JF320291
  • GENBANK/JF320292
  • GENBANK/JF320293
  • GENBANK/JF320294
  • GENBANK/JF320295
  • GENBANK/JF320296
  • GENBANK/JF320297
  • GENBANK/JF320298
  • GENBANK/JF320299
  • GENBANK/JF320300
  • GENBANK/JF320301
  • GENBANK/JF320302
  • GENBANK/JF320303
  • GENBANK/JF320304
  • GENBANK/JF320305
  • GENBANK/JF320306
  • GENBANK/JF320307
  • GENBANK/JF320308
  • GENBANK/JF320309
  • GENBANK/JF320310
  • GENBANK/JF320311
  • GENBANK/JF320312
  • GENBANK/JF320313
  • GENBANK/JF320314
  • GENBANK/JF320315
  • GENBANK/JF320316
  • GENBANK/JF320317
  • GENBANK/JF320318
  • GENBANK/JF320319
  • GENBANK/JF320320
  • GENBANK/JF320321
  • GENBANK/JF320322
  • GENBANK/JF320323
  • GENBANK/JF320324
  • GENBANK/JF320325
  • GENBANK/JF320326
  • GENBANK/JF320327
  • GENBANK/JF320328
  • GENBANK/JF320329
  • GENBANK/JF320330
  • GENBANK/JF320331
  • GENBANK/JF320332
  • GENBANK/JF320333
  • GENBANK/JF320334
  • GENBANK/JF320335
  • GENBANK/JF320336
  • GENBANK/JF320337
  • GENBANK/JF320338
  • GENBANK/JF320339
  • GENBANK/JF320340
  • GENBANK/JF320341
  • GENBANK/JF320342
  • GENBANK/JF320343
  • GENBANK/JF320344
  • GENBANK/JF320345
  • GENBANK/JF320346
  • GENBANK/JF320347
  • GENBANK/JF320348
  • GENBANK/JF320349
  • GENBANK/JF320350
  • GENBANK/JF320351
  • GENBANK/JF320352
  • GENBANK/JF320353
  • GENBANK/JF320354
  • GENBANK/JF320355
  • GENBANK/JF320356
  • GENBANK/JF320357
  • GENBANK/JF320358
  • GENBANK/JF320359
  • GENBANK/JF320360
  • GENBANK/JF320361
  • GENBANK/JF320362
  • GENBANK/JF320363
  • GENBANK/JF320364
  • GENBANK/JF320365
  • GENBANK/JF320366
  • GENBANK/JF320367
  • GENBANK/JF320368
  • GENBANK/JF320369
  • GENBANK/JF320370
  • GENBANK/JF320371
  • GENBANK/JF320372
  • GENBANK/JF320373
  • GENBANK/JF320374
  • GENBANK/JF320375
  • GENBANK/JF320376
  • GENBANK/JF320377
  • GENBANK/JF320378
  • GENBANK/JF320379
  • GENBANK/JF320380
  • GENBANK/JF320381
  • GENBANK/JF320382
  • GENBANK/JF320383
  • GENBANK/JF320384
  • GENBANK/JF320385
  • GENBANK/JF320386
  • GENBANK/JF320387
  • GENBANK/JF320388
  • GENBANK/JF320389
  • GENBANK/JF320390
  • GENBANK/JF320391
  • GENBANK/JF320392
  • GENBANK/JF320393
  • GENBANK/JF320394
  • GENBANK/JF320395
  • GENBANK/JF320396
  • GENBANK/JF320397
  • GENBANK/JF320398
  • GENBANK/JF320399
  • GENBANK/JF320400
  • GENBANK/JF320401
  • GENBANK/JF320402
  • GENBANK/JF320403
  • GENBANK/JF320404
  • GENBANK/JF320405
  • GENBANK/JF320406
  • GENBANK/JF320407
  • GENBANK/JF320408
  • GENBANK/JF320409
  • GENBANK/JF320410
  • GENBANK/JF320411
  • GENBANK/JF320412
  • GENBANK/JF320413
  • GENBANK/JF320414
  • GENBANK/JF320415
  • GENBANK/JF320416
  • GENBANK/JF320417
  • GENBANK/JF320418
  • GENBANK/JF320419
  • GENBANK/JF320420
  • GENBANK/JF320421
  • GENBANK/JF320422
  • GENBANK/JF320423
  • GENBANK/JF320424
  • GENBANK/JF320425
  • GENBANK/JF320426
  • GENBANK/JF320427
  • GENBANK/JF320428
  • GENBANK/JF320429
  • GENBANK/JF320430
  • GENBANK/JF320431
  • GENBANK/JF320432
  • GENBANK/JF320433
  • GENBANK/JF320434
  • GENBANK/JF320435
  • GENBANK/JF320436
  • GENBANK/JF320437
  • GENBANK/JF320438
  • GENBANK/JF320439
  • GENBANK/JF320440
  • GENBANK/JF320441
  • GENBANK/JF320442
  • GENBANK/JF320443
  • GENBANK/JF320444
  • GENBANK/JF320445
  • GENBANK/JF320446
  • GENBANK/JF320447
  • GENBANK/JF320448
  • GENBANK/JF320449
  • GENBANK/JF320450
  • GENBANK/JF320451
  • GENBANK/JF320452
  • GENBANK/JF320453
  • GENBANK/JF320454
  • GENBANK/JF320455
  • GENBANK/JF320456
  • GENBANK/JF320457
  • GENBANK/JF320458
  • GENBANK/JF320459
  • GENBANK/JF320460
  • GENBANK/JF320461
  • GENBANK/JF320462
  • GENBANK/JF320463
  • GENBANK/JF320464
  • GENBANK/JF320465
  • GENBANK/JF320466
  • GENBANK/JF320467
  • GENBANK/JF320468
  • GENBANK/JF320469
  • GENBANK/JF320470
  • GENBANK/JF320471
  • GENBANK/JF320472
  • GENBANK/JF320473
  • GENBANK/JF320474
  • GENBANK/JF320475
  • GENBANK/JF320476
  • GENBANK/JF320477
  • GENBANK/JF320478
  • GENBANK/JF320479
  • GENBANK/JF320480
  • GENBANK/JF320481
  • GENBANK/JF320482
  • GENBANK/JF320483
  • GENBANK/JF320484
  • GENBANK/JF320485
  • GENBANK/JF320486
  • GENBANK/JF320487
  • GENBANK/JF320488
  • GENBANK/JF320489
  • GENBANK/JF320490
  • GENBANK/JF320491
  • GENBANK/JF320492
  • GENBANK/JF320493
  • GENBANK/JF320494
  • GENBANK/JF320495
  • GENBANK/JF320496
  • GENBANK/JF320497
  • GENBANK/JF320498
  • GENBANK/JF320499
  • GENBANK/JF320500
  • GENBANK/JF320501
  • GENBANK/JF320502
  • GENBANK/JF320503
  • GENBANK/JF320504
  • GENBANK/JF320505
  • GENBANK/JF320506
  • GENBANK/JF320507
  • GENBANK/JF320508
  • GENBANK/JF320509
  • GENBANK/JF320510
  • GENBANK/JF320511
  • GENBANK/JF320512
  • GENBANK/JF320513
  • GENBANK/JF320514
  • GENBANK/JF320515
  • GENBANK/JF320516
  • GENBANK/JF320517
  • GENBANK/JF320518
  • GENBANK/JF320519
  • GENBANK/JF320520
  • GENBANK/JF320521
  • GENBANK/JF320522
  • GENBANK/JF320523
  • GENBANK/JF320524
  • GENBANK/JF320525
  • GENBANK/JF320526
  • GENBANK/JF320527
  • GENBANK/JF320528
  • GENBANK/JF320529
  • GENBANK/JF320530
  • GENBANK/JF320531
  • GENBANK/JF320532
  • GENBANK/JF320533
  • GENBANK/JF320534
  • GENBANK/JF320535
  • GENBANK/JF320536
  • GENBANK/JF320537
  • GENBANK/JF320538
  • GENBANK/JF320539
  • GENBANK/JF320540
  • GENBANK/JF320541
  • GENBANK/JF320542
  • GENBANK/JF320543
  • GENBANK/JF320544
  • GENBANK/JF320545
  • GENBANK/JF320546
  • GENBANK/JF320547
  • GENBANK/JF320548
  • GENBANK/JF320549
  • GENBANK/JF320550
  • GENBANK/JF320551
  • GENBANK/JF320552
  • GENBANK/JF320553
  • GENBANK/JF320554
  • GENBANK/JF320555
  • GENBANK/JF320556
  • GENBANK/JF320557
  • GENBANK/JF320558
  • GENBANK/JF320559
  • GENBANK/JF320560
  • GENBANK/JF320561
  • GENBANK/JF320562
  • GENBANK/JF320563
  • GENBANK/JF320564
  • GENBANK/JF320565
  • GENBANK/JF320566
  • GENBANK/JF320567
  • GENBANK/JF320568
  • GENBANK/JF320569
  • GENBANK/JF320570
  • GENBANK/JF320571
  • GENBANK/JF320572
  • GENBANK/JF320573
  • GENBANK/JF320574
  • GENBANK/JF320575
  • GENBANK/JF320576
  • GENBANK/JF320577
  • GENBANK/JF320578
  • GENBANK/JF320579
  • GENBANK/JF320580
  • GENBANK/JF320581
  • GENBANK/JF320582
  • GENBANK/JF320583
  • GENBANK/JF320584
  • GENBANK/JF320585
  • GENBANK/JF320586
  • GENBANK/JF320587
  • GENBANK/JF320588
  • GENBANK/JF320589
  • GENBANK/JF320590
  • GENBANK/JF320591
  • GENBANK/JF320592
  • GENBANK/JF320593
  • GENBANK/JF320594
  • GENBANK/JF320595
  • GENBANK/JF320596
  • GENBANK/JF320597
  • GENBANK/JF320598
  • GENBANK/JF320599
  • GENBANK/JF320600
  • GENBANK/JF320601
  • GENBANK/JF320602
  • GENBANK/JF320603
  • GENBANK/JF320604
  • GENBANK/JF320605
  • GENBANK/JF320606
  • GENBANK/JF320607
  • GENBANK/JF320608
  • GENBANK/JF320609
  • GENBANK/JF320610
  • GENBANK/JF320611
  • GENBANK/JF320612
  • GENBANK/JF320613
  • GENBANK/JF320614
  • GENBANK/JF320615
  • GENBANK/JF320616
  • GENBANK/JF320617
  • GENBANK/JF320618
  • GENBANK/JF320619
  • GENBANK/JF320620
  • GENBANK/JF320621
  • GENBANK/JF320622
  • GENBANK/JF320623
  • GENBANK/JF320624
  • GENBANK/JF320625
  • GENBANK/JF320626
  • GENBANK/JF320627
  • GENBANK/JF320628
  • GENBANK/JF320629
  • GENBANK/JF320630
  • GENBANK/JF320631
  • GENBANK/JF320632
  • GENBANK/JF320633
  • GENBANK/JF320634
  • GENBANK/JF320635
  • GENBANK/JF320636
  • GENBANK/JF320637
  • GENBANK/JF320638
  • GENBANK/JF320639
  • GENBANK/JF320640
  • GENBANK/JF320641
  • GENBANK/JF320642
  • GENBANK/JF320643