WARNING: C Toolkit is deprecated, please use C++ Toolkit instead


Identifier search

Type the full name of an identifier to look for (a function name, variable name, typedef, etc).
Matches are case-sensitive. As a convenience,extra N line numbers denote case-insensitive occurrences..

      



Definitions for score

Type Member of File Line
macro (un)definition /asnstat/all.h 6138
macro (un)definition /asnstat/asnalign.h 228
structure name /object/objalign.h 142

3 declarations in 3 files.

References to score

File Line
/algo/blast/api/blast_seqalign.c 39 90 93 93 94 95 97 100 101 1283
/algo/blast/api/blast_tabular.c 441
/algo/blast/composition_adjustment/compo_heap.c 254 270 298 320 333 346 365 376
/algo/blast/composition_adjustment/compo_heap.h 113 132
/algo/blast/composition_adjustment/composition_adjustment.c 221 251 252 254 286 287
/algo/blast/composition_adjustment/composition_adjustment.h 462
/algo/blast/composition_adjustment/redo_alignment.c 103 111 111 172 172 189 189 291 414 414 944 946 977 977 978 990 1074 1271
/algo/blast/composition_adjustment/redo_alignment.h 58 79 293
/algo/blast/composition_adjustment/smith_waterman.c 52 132 244 338 546 557 565
/algo/blast/composition_adjustment/smith_waterman.h 165
/algo/blast/core/aa_ungapped.c 304 392 403 406 457 576 588 591 641 685 692 695 732 787 794 797 838 847 849 850 859 859 893 904 906 907 915 945 952 954 955 964 964 992 1000 1002 1003 1011 1028 1044 1045 1064 1073 1100 1110 1112 1114 1115
/algo/blast/core/blast_aalookup.c 101 121 478 494 496 504 539 541 543 546 562 581 601 603 667 689 691 693 696 711 728 745 747 1004 1019 1034 1050 1052 1067 1077 1084 1093 1117 1119 1121
/algo/blast/core/blast_extend.c 291 292 361 370 370
/algo/blast/core/blast_extend.h 146 210
/algo/blast/core/blast_gapalign.c 402 476 482 485 486 487 559 592 594 596 598 601 610 611 618 619 626 627 631 634 759 811 816 819 820 821 858 868 869 871 872 874 893 894 905 907 908 911 1016 1054 1059 1062 1063 1064 1096 1122 1129 1130 1134 1146 1147 1149 1156 1157 1164 1165 1168 1171 1187 1188 1190 1197 1198 1204 1206 1219 1220 1221 1222 1224 1231 1232 1240 1241 1243 1246 1354 1439 1444 1445 1456 1458 1531 1551 1552 1552 1553 1556 1568 1574 1576 1580 1584 1592 1598 1606 1607 1608 1613 1615 1616 1621 1626 1633 1636 1642 1643 1643 1644 1647 1659 1664 1665 1666 1673 1679 1685 1693 1694 1695 1699 1701 1702 1707 1712 1719 1722 1728 1729 1729 1730 1733 1745 1751 1752 1753 1760 1766 1772 1780 1781 1782 1786 1788 1789 1794 1799 1841 1842 1842 1843 1863 1972 2031 2036 2037 2042 2044 2081 2099 2100 2100 2109 2110 2111 2131 2137 2153 2154 2155 2163 2165 2166 2176 2179 2189 2190 2190 2196 2197 2198 2206 2212 2220 2221 2222 2226 2228 2229 2235 2238 2244 2245 2245 2252 2253 2254 2262 2268 2276 2277 2278 2282 2284 2285 2327 2328 2328 2329 2344 2556 2564 2564 2770 2808 2818 2849 2869 2871 2873 2935 2961 2962 3014 3055 3096 3101 3104 3105 3106 3142 3152 3153 3155 3156 3158 3177 3178 3189 3191 3193 3196 3251 3268 3271 3273 3276 3281 3282 3284 3285 3287 3288 3302 3307 3309 3312 3329 3336 3341 3342 3347 3348 3359 3367 3368 3369 3370 3373 3374 3382 3383 3384 3397 3409 3412 3414 3417 3422 3423 3425 3426 3428 3429 3492 3492 3495 3495 3552 3576 3692 3778 3844 3898 3904 3904 3907 3907 3955 3956 4057 4075 4346 4714 4766
/algo/blast/core/blast_gapalign.h 93
/algo/blast/core/blast_hits.c 154 179 179 244 274 274 412 415 442 451 451 453 486 530 584 588 595 598 612 627 637 643 664 670 680 694 711 714 716 718 730 1347 1347 1513 1513 1520 1520 1523 1523 1526 1526 1826 1846 1866 1866 1869 1876 1882 1889 1924 1927 1949 1949 2093 2305 2305 2307 2307 2371 2371 2373 2373 3063 3097 3097 3099 3099 3207 3264 3456 3456 3458 3458
/algo/blast/core/blast_hits.h 127 250
/algo/blast/core/blast_hspstream.c 555
/algo/blast/core/blast_itree.c 275 275 277 277 822 822 1020 1020 1074 1147 1187
/algo/blast/core/blast_kappa.c 111 111 113 259 259 330 442 796 852 877 880 1767 1815 1850
/algo/blast/core/blast_parameters.c 254 255 255 256 256 257 257 258 258 259 659 673 676
/algo/blast/core/blast_psi_priv.c 2327 2328
/algo/blast/core/blast_stat.c 1359 1453 1463 1466 1502 1513 1514 1514 1516 1517 1518 1519 2154 2164 2164 2164 2165 2175 2176 2178 2185 2185 2185 2187 2189 2190 2192 2201 2201 2201 2203 2204 2204 2609 2622 2622 2622 2623 2623
/algo/blast/core/blast_sw.c 681 696 706 715 720
/algo/blast/core/blast_traceback.c 83 83 114 115 501 560 564 568 796
/algo/blast/core/hspfilter_mapper.c 54 54 57 80 80 89 89 99 99 104 104 131 199 199 209 209 214 214 258 286 288 289 375 375 473 484 492 501 506 510 514 521 525 529 532 551 551 609 613 624 629 1014 1179 1184 1184 1202 1260 1272 1277 1277 1322 1322 1526 1526 1826 1923 1923 1926 1926 1966 1967 1974 1974 1974 1976 2020 2020 2020 2021 2022 2026 2026 2028 2028 2056 2056 2073 2073 2073 2081 2082 2082 2248 2458 2736 2745 2987 3615 3615 3696 3725 3779 3780 3816 3860 3860 3881 3892 3892 3939 3939 3941 3941 3985 3985 3987 3987 4011 4042 4042 4045 4045 4098 4098 4117 4122 4122 4179 4179 4196 4201 4201 4216 4216 4269 4269 4269 4342 4361 4378 4386 4395 4403 4430 4455 4485 4587 4723 4723 4750
/algo/blast/core/jumper.c 290 296 335 344 371 372 491 505 697 710 713 716 718 725 751 847 853 882 886 889 896 897 1146 1255 1261 1265 1269 1275 1293 1296 1309 1312 1340 1345 1349 1359 1363 1367 1397 1424 1503 1515 1520 1531 1548 1765 1860 1866 1889 1893 1896 1903 1904 2129 2235 2241 2244 2249 2255 2273 2276 2289 2292 2314 2319 2322 2333 2337 2340 2366 2386 2463 2475 2480 2491 2508 2622 2630 2642 2658 2658 2690 3221 3431 4363 4367 4378
/algo/blast/core/link_hsps.c 702 749 749 751 753 795 864 864 866 868 1523
/algo/blast/core/na_ungapped.c 155 177 199 229 230 230 242 242 272 288 299 329 337 345 345 752 923 1762 2272
/algo/blast/core/phi_gapalign.c 90 212 250 284 301 304 306 309 312 734 810 815 904
/algo/blast/core/spliced_hits.c 157 157
/algo/blast/core/spliced_hits.h 63
/api/alignmgr.c 1176 1176 1183 1274 1386 1386 1393 1433 1822 1856 1857 2032 2076 2077 2288 2306 2307 9464 9464 9465 9465 11277
/api/alignmgr2.c 491 491 1028 1028 1035 1369 1370 1371 1372 1373 1373 1375 1375 1854 1855 1856 1857 1858 1858 1860 1860 1884 1885 1887 1888 1889 1891 2111 2112 8348 8403 8404 9357 9358 9359 9360 9361 9361 9363 9363 9404 9452 9452 9457 9457 9598 9599 9600 9601 9602 9602 9604 9604 9731
/api/alignmgr2.h 199
/api/alignval.c 2038 2043 2043 2043 2043 2043 2044 2045 2046 2047
/api/asn2gnb4.c 6287 6313 6317 6323 6327 6329
/api/jzcoll.c 150
/api/jzmisc.c 2355 2360 2360 2362 2363 2366 2375 2391 2391 2393 2393 2408 2420 2421 2421 2423 2424
/api/maputil.c 1515 1515 1517 1517 1539 1541 1543 1545 1547 1569 1569 1571 1571 1605 1660 1661 1662 1662 1663 1663 1665 1665 1800
/api/maputil.h 549
/api/needleman.c 137 144 147 277 634
/api/needleman.h 59
/api/salpacc.c 780 802 803 827 828 829 830 831 832
/api/salpacc.h 115
/api/salpedit.c 1483 1490 1508 1539 2454 2459 2465 2475 2493 2493 2513 3071 3072 3076 3077 3077 3078 3682 3686 3687 3720 3724 3878 3884 3885 3887
/api/salpstat.c 78 87 94 120 125 128 129 132 144 150 158 160 168 1915 2036 2038 2076 2077 2084 2094 2405
/api/salpstat.h 70 81 83 86
/api/salsap.c 195 201 201 201 201 201 203 206 207 574 574 575 703 703 704 4727 4738
/api/salutil.c 513 526 530 532
/api/samutil.c 537
/api/sequtil.c 9508 9522 9525 9564 9573 9582 9587 9600 9618 9625 9637
/api/sequtil.h 813
/api/sqnutil2.c 25933 25972 25973 25974 25975 25975 25975
/api/sqnutil3.c 30000
/api/txalign.c 86 2417 2428 2437 4191 4301 4304 4304 4305 4305 4372 4372 4843 5151 5169 5291 5315 5362 5362 5364 5367
/api/viewmgr.c 701 702 702 703
/asnstat/all.h 6138
/asnstat/asnalign.h 228
/biostruc/cblast/cblast.h 92
/biostruc/cblast/cblastutil.c 318 1948 1957 1961 1961
/biostruc/cdd/cddutil.c 1024 1088 1133 1133 1133 1153 1161 1161 1161 1537 1551 1624 1638 1688 3536
/biostruc/cdd/objcdd.pl 7
/biostruc/mmdbapi1.c 3093 3285 3525
/biostruc/mmdbapi4.c 1838
/cn3d/seqcons.c 338 352 352 353 354 387 388 389 390 391 402
/demo/blastclust.c 218 322 322 325 325 730 730 751 753 786
/demo/cleanasn.c 9377 9456 9457 9458 9459 9459 9459
/demo/cnsgn.c 538 839 1300 1306 1349 1353 1357 1363 1406 1410
/demo/cnsgnv.c 800 940 943 947 948 956 963 964 987
/demo/cnsrt.c 152
/demo/epi.c 255 257 262
/demo/epiv.c 595 598 609 609 631 632
/demo/megablast.c 725 838 839 842 842 864 869 889 954 955 958 958 1018 1018 1023 1023
/demo/mts.c 366 374
/demo/profiles.c 509 579 606 666 669 705 789 816 890 893 927 999 1142 1148 1162 1181 1188 1197 1203 1219 1221 1244
/demo/sigmev.c 382 402 403 405 406 406 411 420 424 428 429 434 439 441 444 445 446 451 456 458 461 462 463 468 472 478 478 480
/desktop/aacomp.c 136 177 178
/desktop/asn2graphic.c 5558 5561 5565
/desktop/glbpic.c 1879 1880 1881 1882
/desktop/ingenext.c 3968
/desktop/ingenwin.c 748 2200 2204 2271 2418 2455 3519 3539 3541
/desktop/salogif.c 198
/desktop/seqpcc.c 14 27 27 28 28 137 166 167
/desktop/vibfltr.c 3 11 23 28 32 33 34 35 36 38 40 43 43 44
/desktop/vibfltr.h 13
/desktop/vibpcc.c 3 10 22 27 30 31 32 33 35 37 40 40 41
/desktop/vibpcc.h 13
/network/blast3/client/blastpat.h 81
/network/blast3/client/netblap3.c 2562
/network/blast3/client/objblst3.c 4416 4486
/network/blast3/client/objblst3.h 508
/network/sybutils/ctlib/gipropmmap.c 62 194 195
/object/objalign.c 351 441 443 621 622
/object/objalign.h 142 146 217
/sequin/sequin1.c 6286 6348 6349 6350 6351 6351 6351
/sequin/sequin8.c 1568 1573 1574 1577 1578 1582 1582 1591 1592 8001 8002 8003 8004 8005 8005 8007 8007 8035 8086 8086 8091 8091 11343 11546 11550 11550 11555 11555 11563 11569 11570 11574 11577 11580
/tools/actutils.c 1210 1212 1213 1213 1215 1215 1226 1227 1227 1229 1229 1270 1273 1288 1288 1291 1317 1334 1334 1338 1338 2047
/tools/actutils.h 140 147
/tools/bandalg0.c 59 121 132 134 150 155 155 157 157 161 161 165
/tools/bandalg1.c 57 110 112 114 130 132 136 136 138 138 141 141 145
/tools/bandalg2.c 81 160 161 164 168 592 594 603 603 605 605 608 608 615 618 620
/tools/bandalg3.c 57 112 113 115 132 134 136 139 145 145 147 147 151 151 156 158 161
/tools/bandalg4.c 71 143 145 147 872 874 876 880 885 885 889 890 893 893 895 898 898 900 904 905 907
/tools/bandalg5.c 59 111 112 114 337 339 341 345 351 351 355 356 359 359 361 364 364 366 370 372 373
/tools/bandalgn.c 259 272 277 282 287 292 297 302 306 314 314 436 444 458 464 464 942 976 976 976 976 976 977 979 980
/tools/bandalgn.h 270 319
/tools/blast.c 2927 2927 2945 3087 3102 3104 3109 3113 3115 3117 3122 3124 3124 6277 6277 6429 6430 6506 7839 7870 7878 7880 7913 7920 7922 7932 7941 7946 7959 7969 7986 8011 8022 8024 8036 8062 8072 8074 8084 8094 8100 8113 8123 8140 8181 8190 8192 8261 8290 8298 8303 8316 8326 8341 8367 8378 8380 8407 8431 8440 8446 8459 8469 8492 8525 8540 8546 8566 8577 8593 8640 8650 8658 8666 8674 8692 8713 8724 8735 8746 8768 8790 8796 8801 9751 9751 9849 9850 9853 9853 9856 11040 11555 11605 11605 11608 11609 11653 11723 11723 11726 11727 12150 12159 12171
/tools/blastdef.h 1549 1616 1760
/tools/blastkar.c 1860 1990 2002 2005 2036 2048 2049 2049 2051 2053 2055 2056 2057 2058 2079 2091 2092 2092 2094 2095 2280 2290 2290 2290 2291 2301 2302 2304 2311 2311 2311 2313 2315 2316 2318 2327 2327 2327 2329 2330 2330 3747 3760 3760 3760 3761 3761 5001 5008 5011
/tools/blastkar.h 614
/tools/blastool.c 2901 2952 2953 2953 2957 3403 3403 3404 3404 4277 4277 4279 4279 4577 4832 5176 5176 5182 5214 5938
/tools/blastpri.h 829 832 836 841
/tools/blastutl.c 4502 4502 4504 4504 7861 7861 7862 7889 7889 7947 7947 7966 7978 7981 7986 7990 7996 7997 7999 8000 8002 8003 8038 8066 8073 8079 8082 8317 8317 8357 8357 8567 8567 8577 8577 8647 8647 8648 8652 8662 8763 8763 8772 8772 8820 8820 8824 8831 9087 9087 9107 9107 9254 9276 9276 9298 9304 9315 9347 9347 9355 9371 9371 9499 9689 9690 9810 9811 9897 9926 9935 9976 10038 10048 10077 10086 10102 10109 10477 10522 10522 10596 10600 10606 10660 10660 10689 10690 10698 10702 10715 10715 10727 10727 10758 10804 10804 10830 10831 10839 10843 10856 10856 10868 10868 11209 11215 11227 11513 11566 11569 11574 11574 11716 11717 11719 11778 11822 11825 11829 11937 11938 11941 11990 12026 12028 12029 12128 12129 12131 12258 12261 12261 12262 12263 12265 12268 12269
/tools/blfmtutl.c 1033 1163 1247 1306
/tools/bxmlobj.c 1297 1483
/tools/bxmlobj.h 174
/tools/csim.c 85 471 554 576 1256 1257 1271 1282 1282 1285 1299 1299
/tools/dotseq.c 257 257 259 259 310 321 330 330 346 353 438 460 476 478 493 521 523 537 552 568 590 606 608 623 655 657 672 688 1214 1214 1216 1216 1257 1260 1260 1266 1266 1268 1283 1283 1288 1288 1290 2058
/tools/dotseq.h 95
/tools/falign.c 192 702 1057 1061 1226 1226 1240 1240 1251 1251 1537 1548 1563 1572 1573 1573 1588 1621 1724 1726 1739 1795 1797 1798 1837 1837 1840 1841 1865 1865 1874 1874 1887 1898 1898 1901 1901 1906 1906 1910 1911 1949 1959 1974 1983 1986 2000 2015 2031 2041 2055 2069 2085 2095 2110 2118 2132 2140 2161 2175 2183 2220 2233 2235 2271 2271 2299 2299 2317 2327 2441 2441 2456 2456 2469 2472 2473 2499 2499 2500 2500 2517 2517 2518 2518 2532 2532 2533 2533 2619 2619 2634 2634 2651 2652 2691 2691 2704 2704 2738 2738 2739 2739 2756 2756 2757 2757 2771 2771 2772 2772 2801 2813
/tools/g_any.c 486 488 492 492 494 494 497 497 501
/tools/gapxdrop.c 1818 1915 2090
/tools/gapxdrop.h 249
/tools/impatool.c 517 517 519 519 594 599 601 609 611
/tools/kappa.c 521 526 526 527 528 543 608 742 833 834 1057 1104 1130 1136 1139 1647 1698 1719
/tools/list.h 65
/tools/mblast.c 1807 1807 1809 1809 1811 1811 1813 1813 2924 2925 3101 3132 3142 3150 3162 3171 3173 3175 3177 3185 3200 3221 3226 3234 3236 3238 3246 3246 3381 3381 3387 3387 3393 3393 3559 3569 3609 3646 3674 3675 3680 3697 3699 3712 3716 3717 3717 3720 4088 4132 4132 4136
/tools/motif.c 93 120 121 125 126 126 159 160 164 165 165 181 198 211 223 250 251 256 256 289 290 295 295 327 396 397 397 410 433 446 457 470 471 476 476 495 496 501 501
/tools/motif.h 64
/tools/pattern1.c 1040 1161 1165 1202 1216 1243 1247 1250 1255 1258 1262
/tools/pobutil.c 261 267 1215 1228 1230 1958 2037 2038
/tools/posit.c 637
/tools/pseed3.c 918 926 926 1012 1057 1069 1232 1359
/tools/rpsutil.c 296 715 716 723 747 747 750 750 998 1002 1041 1256 2224 2760
/tools/rpsutil.h 203
/tools/salign.c 70 389 413 416 416 418 860 878 880 882 884 886 888 890 892 894 907 916 929 931 1097 1114 1116 1116 1255 1336
/tools/sec.c 181 246 391 417 537 537 544 549 564
/tools/sec.h 21
/tools/seed.h 150
/tools/simutil.c 322 328 491 505 507 568 573 575 576 607 614 614 621 646 658 659 735 746 746 761 765 822 822 915 915 915 979 979 979
/tools/simutil.h 239 412 466 485
/tools/spidey.c 305 316 317 318 319 320 321 323 324 325 326 327 328 3444 3444 3446 3446 3546 3644 3644 3655 3655 3675 3675 3828 3838 3842 5462 5550 5571 5573 5575 5580 5581 5583 5587 5587 5589 5589 5647 5658 5658 5671 5740 5742 5743 5753 5757 5759 5937 5969 5971 6519 6793 6796 6799 6802 6805 6808 6812 6819 6829 6851 6861 6879 6882 6903 6914 6936 6939 6958 6968 6985 6988 7007 7017 7039 7042 7061 7074 7088 7091 7095 7098 7101 7101 7174 7177 7180 7183 7186 7189 7193 7200 7209 7231 7241 7270 7273 7290 7304 7329 7332 7349 7362 7409 7412 7429 7442 7467 7470 7487 7504 7525 7528 7534 7537 7537 8610 8620 8627 8679 8689 8696 8740 8808 8842 8862 8864 8866 8871 8872 8874 8878 8878 8880 8880 10007 10007 10304 10304 10307 10307 10317 10317 10320 10320
/tools/spidey.h 232 296 387 521 522
/tools/splutil.c 62 77 107 116 128 129 131
/tools/splutil.h 50
/tools/suggadj.c 55 869 874 875 878 879 883 888 1246 1246 1248 1248 1420 1431 1442 1448
/tools/taxblast.c 514 515 515 515 515 515 516 532 533 533 533 533 533 534 535 635 665 665 665 666 666 667 668 669 670 671 672 673
/tools/urkbias.c 354 374 376 393 413 415 435 455 457 460 461 462 463 464 477 497 499 500 500 501 701 723 742 751
/tools/urkcnsrt.c 88 95 99 107 115 121 126 129 133 137 143 149 155 159 163 169 177 182 186 189 193 197 200 330 345 357 359 489 504 995 1002 1018 1022
/tools/urkepi.c 101 668 683 683 685 685 819 824 824 846 849 873 888 888 890 890 939 965 1037 1041 1043 1047 1051 1051 1070 1073 1108 1117 1117 1125 1126 1126 1129 1129 1131 1132 1149 1157 1158 1161 1163 1164 1258
/tools/urkepi.h 69
/tools/urkfltr.c 63 108 109 392 403 406 417 419 426 429 431 440 449 451 458 461 463 472
/tools/urkfltr.h 98
/tools/urkgraph.c 198 202 206 212 219 226 227 230 231 232 233 237 238 241 242 243 244 247 270 276 283 293 301 307
/tools/urkgraph.h 106 109 113 116
/tools/urkpcc.c 62 110 111 180 191 192 193 194 357 367 378 378 380 387 389 399 399 402 402 404 413 422 425 427 436 469 481 492 492 494 501 503 513 513 516 516 518 527 536 539 541 550
/tools/urkpcc.h 100 104
/tools/urkptpf.c 117 119 120 138 155 157 158 158 1717 1738 1782 1782 1813 1813 1846 1856 1862 1862 1863 1863 1864 1864 1866 1866 1867 1867 1868 1868 1870 1870 1871 1871 1872 1872 1874 1874 1875 1875 1876 1876 1878 1878 1879 1879 1880 1880 1882 1882 1883 1883 1884 1884 1907 1911 1914 1914 1915 1915 1917 1976 1990 1998 1998 2004 2013 2013 2014 2020 2021 2028 2053 2067 2074 2080 2089 2089 2090 2097 2098 2106 2757 2758 2760 2761
/tools/urkptpf.h 87
/tools/urksigu.c 109 124 125 125 128 128 140 141 141 144 144
/tools/urktree.c 1262
/tools/urktree.h 64
/tools/vecscrn.c 623 646 655 655 660 660 665 665
/tools/xmlblast.c 630 714 722 730 1414 1417 1425 1440 1486 1488 1488 1513 1531 1533 1533 1535 1568

2846 references in 166 files.